วีพีอาร์ บีอาร์ซี
โลโก้ VIPR
เว็บไซต์	www.viprbrc.org

ฐานข้อมูลและแหล่งข้อมูลการวิเคราะห์เชื้อไวรัสก่อโรค (ViPR) [ ^{1 ] [ 2 ] [ 3 ] เป็น}ฐานข้อมูลและแหล่งข้อมูลการวิเคราะห์แบบบูรณาการและครอบคลุมที่เปิดให้สาธารณะเข้าถึงได้ เพื่อค้นหา วิเคราะห์ แสดงภาพ บันทึก และแบ่งปันข้อมูลเกี่ยวกับเชื้อไวรัสก่อโรคใน รายการเชื้อโรคสำคัญประเภท AC ของสถาบันโรคภูมิแพ้และโรคติดเชื้อแห่งชาติ สหรัฐอเมริกา (NIAID) สำหรับการวิจัยด้านการป้องกันทางชีวภาพ และเชื้อไวรัสก่อโรคอื่นๆ ที่ทำให้เกิดโรคติดเชื้ออุบัติใหม่/กลับมาแพร่ระบาดอีกครั้ง ViPR เป็นหนึ่งในห้าศูนย์ทรัพยากรชีวสารสนเทศ (BRC) ที่ได้รับทุนสนับสนุนจากNIAIDซึ่งเป็นส่วนประกอบของสถาบันสุขภาพแห่งชาติ (NIH) ซึ่งเป็นหน่วยงานของกระทรวงสาธารณสุขและบริการมนุษย์แห่งสหรัฐอเมริกา

ฐานข้อมูล ViPR ประกอบด้วยจีโนมจากตระกูลไวรัสเหล่านี้: Arenaviridae , Bunyaviridae , Caliciviridae , Coronaviridae , Filoviridae , Flaviviridae , Hepeviridae , Herpesviridae , Paramyxoviridae , Picornaviridae , Poxviridae , Reoviridae , RhabdoviridaeและTogaviridae

• จีโนม
• คำอธิบายประกอบจีโนม
• ยีนและโปรตีน
• โดเมนและลวดลายโปรตีนที่คาดการณ์ไว้
• อี พิโทปภูมิคุ้มกัน
• คุณลักษณะลำดับ^{[ 4 ]}
• กลุ่มโปรตีนออร์โธล็อกัส
• โครงสร้างโปรตีนสามมิติ
• เมตาเดต้าทางคลินิก
• ข้อมูลปัจจัยโฮสต์

• BLAST: มีฐานข้อมูล ViPR แบบกำหนดเองหลากหลายรูปแบบเพื่อระบุลำดับที่เกี่ยวข้องมากที่สุด
• การค้นหาเปปไทด์สั้น: ช่วยให้ผู้ใช้ค้นหาลำดับเปปไทด์ใดๆ ก็ได้โดยใช้การค้นหาแบบตรงเป๊ะ แบบคลุมเครือ หรือแบบจับคู่ตามรูปแบบ
• การวิเคราะห์ความแปรผันของลำดับ (SNP): คำนวณความแปรผันของลำดับที่มีอยู่ในลำดับที่ระบุ
• เครื่องมือวิเคราะห์เปรียบเทียบแบบใช้เมตาเดตาสำหรับลำดับ (Meta-CATS): การวิเคราะห์ทางสถิติเชิงเปรียบเทียบอัตโนมัติเพื่อระบุตำแหน่งตลอดการจัดเรียงลำดับหลายลำดับที่แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญระหว่างกลุ่มลำดับที่มีลักษณะฟีโนไทป์เฉพาะ
• การจัดเรียงลำดับหลายลำดับ (Multiple Sequence Alignment): จัดเรียงจีโนมขนาดเล็ก ลำดับยีน/โปรตีน หรือลำดับจีโนมไวรัสขนาดใหญ่ โดยใช้อัลกอริทึมหลายแบบที่เหมาะสมที่สุดสำหรับงานที่ส่งมา
• การแสดงภาพการจัดเรียงลำดับ: ใช้ JalView สำหรับการแสดงภาพการจัดเรียงลำดับ
• การสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการ: คำนวณแผนภูมิโดยใช้อัลกอริทึมและแบบจำลองวิวัฒนาการที่มีอยู่หลายแบบ
• การแสดงภาพแผนภูมิวิวัฒนาการ: ช่วยให้สามารถแสดงข้อมูลเมตาของสายพันธุ์ต่างๆ บนแผนภูมิโดยใช้รหัสสี โดยใช้โปรแกรมดู Archaeopteryx
• GBrowse: ให้ความสามารถในการเรียกดูจีโนมของไวรัส DNA ขนาดใหญ่ (Herpesviridae และ Poxviridae) โดยมีการบูรณาการคุณลักษณะลำดับ ViPR สำหรับไวรัส Vaccinia
• การวิเคราะห์ ประเภทตัวแปรคุณลักษณะลำดับ (SFVT): ^{[ 4 ]}ให้คลังข้อมูลส่วนกลางของภูมิภาคการทำงานและคำนวณความแปรผันของลำดับที่สังเกตได้ทั้งหมดภายในแต่ละภูมิภาคที่กำหนดโดยอัตโนมัติ
• การแสดงภาพโครงสร้างโปรตีนแบบ 3 มิติ: ผสานรวมไฟล์โครงสร้างโปรตีน PDB กับคุณสมบัติลำดับ ViPR เมื่อเหมาะสม และมีโปรแกรมดูโครงสร้างโปรตีนแบบ 3 มิติเชิงโต้ตอบโดยใช้ Jmol
• โปรแกรมระบุข้อมูลจีโนม (GATU): ช่วยให้ผู้ใช้สามารถระบุข้อมูลจีโนมใหม่ที่ผู้ใช้ป้อนเข้ามาได้
• การกำหนดจีโนไทป์และการตรวจจับการเกิดการรวมตัวใหม่: ทำนายจีโนไทป์สำหรับลำดับดีเอ็นเอที่ผู้ใช้ป้อน และระบุตำแหน่งที่เป็นไปได้ของการเกิดการรวมตัวใหม่สำหรับไวรัสในวงศ์ Flaviviridae
• การออกแบบไพรเมอร์ PCR: ช่วยให้ผู้ใช้สามารถคาดการณ์ไพรเมอร์ที่เหมาะสมโดยอัตโนมัติโดยอิงจากลำดับและพารามิเตอร์ที่กำหนด
• ReadSeq: แปลงระหว่างรูปแบบลำดับต่างๆ
• เครื่องมือส่งข้อมูลคุณลักษณะลำดับ: ช่วยให้ผู้ใช้สามารถกำหนดคุณลักษณะลำดับโดยการกรอกแบบฟอร์มบนเว็บ
• เครื่องมือวิเคราะห์ภายนอก: แสดงรายการและคำอธิบายของเครื่องมือจากผู้ให้บริการภายนอกสำหรับการวิเคราะห์เฉพาะทางเพิ่มเติม
• พื้นที่ทำงานส่วนตัวสำหรับบันทึกและแบ่งปันข้อมูลและการวิเคราะห์

• ไวพีอาร์ บีอาร์ซี
• ศูนย์ทรัพยากรชีวสารสนเทศศาสตร์หน้าเว็บของ NIAID ที่อธิบายถึงเป้าหมายและกิจกรรมของศูนย์ทรัพยากรชีวสารสนเทศศาสตร์ (BRCs)