คำว่า "phylogeny" มาจากภาษาเยอรมันPhylogenieซึ่ง Haeckel นำมาใช้ในปี พ.ศ. 2409 ^{[ 21 ]}และแนวทางการจัดจำแนกแบบดาร์วิน ซึ่งต่อมาเป็นที่รู้จักในชื่อแนวทาง "phyletic" ^{[ 22 ]}สามารถสืบย้อนไปถึงอริสโตเติลได้ ซึ่งเขียนไว้ในPosterior Analytics ของเขา ว่า "เราอาจสันนิษฐานถึงความเหนือกว่า ceteris paribus [โดยที่สิ่งอื่น ๆ เท่ากัน] ของการพิสูจน์ที่ได้มาจากสมมติฐานหรือข้อกำหนดที่น้อยกว่า"

แนวคิดสมัยใหม่ของพันธุศาสตร์วิวัฒนาการขึ้นมาโดยหลักจากการหักล้างทฤษฎีที่เคยได้รับการยอมรับอย่างกว้างขวางก่อนหน้านี้ ในช่วงปลายศตวรรษที่ 19 ทฤษฎีการย้อนรอยวิวัฒนาการหรือ "กฎพื้นฐานทางชีวพันธุศาสตร์" ของErnst Haeckel ได้รับความนิยมอย่างแพร่หลาย ^{[ 23 ]}มักจะแสดงออกว่า " การเจริญเติบโตของสิ่งมีชีวิตย้อนรอยวิวัฒนาการของสายพันธุ์" กล่าวคือ การพัฒนาของสิ่งมีชีวิตตัวเดียวในช่วงชีวิตของมัน ตั้งแต่ตัวอ่อนไปจนถึงตัวเต็มวัย สะท้อนให้เห็นถึงระยะตัวเต็มวัยของบรรพบุรุษที่สืบทอดกันมาของสายพันธุ์ที่มันสังกัดอยู่ แต่ทฤษฎีนี้ถูกปฏิเสธมานานแล้ว^{[ 24 ] [ 25 ]}ในทางกลับกันการเจริญเติบโต ของสิ่งมีชีวิตวิวัฒนาการขึ้น – ประวัติวิวัฒนาการของสายพันธุ์ไม่สามารถอ่านได้โดยตรงจากการเจริญเติบโตของสิ่งมีชีวิต ดังที่ Haeckel คิดว่าจะเป็นไปได้ แต่ลักษณะจากการเจริญเติบโตของสิ่งมีชีวิตสามารถนำมาใช้ (และได้ถูกนำมาใช้) เป็นข้อมูลสำหรับการวิเคราะห์วิวัฒนาการ ยิ่งสองสายพันธุ์มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกันมากเท่าใด ตัวอ่อนของพวกมันก็ยิ่ง มีลักษณะเฉพาะร่วมกัน มากขึ้นเท่านั้น 

• หลักการความประหยัด ( Lex parsimoniae ) เกิด ขึ้นในศตวรรษที่ 14 โดย วิลเลียมแห่งอ็อกแคมนักปรัชญา นักศาสนศาสตร์ และพระฟรานซิสกันชาวอังกฤษ แต่แท้จริงแล้วแนวคิดนี้มีต้นกำเนิดมาจากอริสโตเติลเขาได้นำเสนอแนวคิดมีดโกนของอ็อกแคมซึ่งเป็นหลักการแก้ปัญหาที่แนะนำให้ค้นหาคำอธิบายที่สร้างขึ้นจากองค์ประกอบที่น้อยที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้ แม้ว่าเขาจะไม่ได้ใช้คำพูดเหล่านี้อย่างตรงตัว แต่หลักการนี้สามารถสรุปได้ว่า "ไม่ควรเพิ่มจำนวนสิ่งต่างๆ เกินความจำเป็น" หลักการนี้สนับสนุนว่า เมื่อมีสมมติฐานที่แข่งขันกันเกี่ยวกับคำทำนายเดียวกัน ควรเลือกสมมติฐานที่ต้องการข้อสมมติน้อยที่สุด
• 1763 ความน่าจะเป็นแบบเบย์เซียนบาทหลวงโทมัส เบย์ส^{[ 26 ]}แนวคิดเบื้องต้น ความน่าจะเป็นแบบเบย์เซียนเริ่มกลับมาได้รับความนิยมอีกครั้งในช่วงทศวรรษ 1950 ทำให้เหล่านักวิทยาศาสตร์ในสาขาการคำนวณสามารถจับคู่สถิติแบบเบย์เซียนดั้งเดิมกับเทคนิคที่ทันสมัยอื่นๆ ได้ ปัจจุบันมีการใช้เป็นคำทั่วไปสำหรับการตีความความน่าจะเป็นที่เกี่ยวข้องหลายประการในฐานะปริมาณความมั่นใจทางญาณวิทยา
• ในศตวรรษที่ 18 ปิแอร์ ซิมง (มาร์กีส์ เดอ ลาปลาซ) อาจเป็นคนแรกที่ใช้แนวคิด ML (ความน่าจะเป็นสูงสุด) ซึ่งเป็นแนวคิดพื้นฐาน งานของเขานำไปสู่การแจกแจงลาปลาซซึ่งสามารถเชื่อมโยงโดยตรงกับค่าเบี่ยงเบนสัมบูรณ์น้อยที่สุดได้
• ทฤษฎีวิวัฒนาการ พ.ศ. 2352 ปรัชญาสัตววิทยา ฌอง - แบปติสต์ เดอ ลามาร์คแนวคิดเบื้องต้น ได้รับการกล่าวถึงในศตวรรษที่ 17 และ 18 โดยวอลแตร์ เดส์การ์ต และไลบ์นิซ โดยไลบ์นิซถึงกับเสนอการเปลี่ยนแปลงทางวิวัฒนาการเพื่ออธิบายช่องว่างที่สังเกตได้ โดยชี้ให้เห็นว่าหลายสายพันธุ์สูญพันธุ์ไปแล้ว บางสายพันธุ์เปลี่ยนแปลงไป และสายพันธุ์ต่าง ๆ ที่มีลักษณะร่วมกันอาจเคยเป็นเผ่าพันธุ์เดียวกันมาก่อน^{[ 27 ]}นอกจากนี้ยังได้รับการกล่าวถึงโดยนักปรัชญากรีกยุคแรกบางคน เช่นอนาซิแมนเดอร์ในศตวรรษที่ 6 ก่อนคริสต์ศักราช และนักอะตอมนิยมในศตวรรษที่ 5 ก่อนคริสต์ศักราช ซึ่งเสนอทฤษฎีวิวัฒนาการเบื้องต้น^{[ 28 ]}
• 1837 สมุดบันทึกของดาร์วินแสดงแผนผังวิวัฒนาการ^{[ 29 ]}
• ในปี พ.ศ. 2383 นักธรณีวิทยาชาวอเมริกัน เอ็ดเวิร์ด ฮิตช์ค็อก ได้ตีพิมพ์สิ่งที่ถือว่าเป็น "ต้นไม้แห่งชีวิต" ทางบรรพชีวินวิทยาฉบับแรก ต่อมามีการวิจารณ์ ปรับปรุง และอธิบายเพิ่มเติมอีกมากมาย^{[ 30 ]}

  

• ปี ค.ศ. 1843 ริชาร์ด โอเวน เป็นผู้ริเริ่มแนวคิดเรื่องความแตกต่างระหว่างความคล้ายคลึงกันทางโครงสร้าง (homology ) และความคล้ายคลึงกันทางลักษณะ (analogy ) (ซึ่งปัจจุบันเรียกว่าhomoplasy ) คำว่า homology ใช้เพื่ออธิบายความคล้ายคลึงกันของลักษณะต่างๆ ที่สามารถอธิบายได้อย่างกระชับโดยอาศัยบรรพบุรุษร่วมกัน ส่วนคำว่า homoplasy ใช้เพื่ออธิบายลักษณะที่เกิดขึ้นหรือหายไปอย่างอิสระในสายพันธุ์ต่างๆ ตลอดช่วงวิวัฒนาการ
• ในปี ค.ศ. 1858 นักบรรพชีวินวิทยา Heinrich Georg Bronn (ค.ศ. 1800–1862) ได้ตีพิมพ์แผนภูมิสมมติเพื่อแสดงให้เห็นถึง "การเกิดขึ้น" ทางบรรพชีวินวิทยาของสายพันธุ์ใหม่ที่คล้ายคลึงกัน ภายหลังการสูญพันธุ์ของสายพันธุ์เก่า Bronn ไม่ได้เสนอกลไกที่รับผิดชอบต่อปรากฏการณ์ดังกล่าว แนวคิดเบื้องต้น^{[ 31 ]}
• พ.ศ. 2491 การขยายความทฤษฎีวิวัฒนาการ ดาร์วินและวอลเลซ^{[ 32 ]}ยังอยู่ในหนังสือ Origin of Species โดยดาร์วินในปีถัดมา แนวคิดเบื้องต้น
• ในปี พ.ศ. 2409 Ernst Haeckelได้ตีพิมพ์แผนภูมิวิวัฒนาการตามหลักฟิโลเจเนซิสเป็นครั้งแรก ซึ่งเป็นแนวคิดเบื้องต้น Haeckel ได้นำเสนอทฤษฎีการสรุปผลที่พิสูจน์แล้วว่าไม่ถูกต้อง เขาได้แนะนำคำว่า "Cladus" เป็นหมวดหมู่ทางอนุกรมวิธานที่อยู่ต่ำกว่าไฟลัมย่อย^{[ 33 ]}
• 1893 กฎของ Dollo เกี่ยวกับความไม่สามารถย้อนกลับ ของสถานะลักษณะ^{[ 34 ]}แนวคิดเบื้องต้น กฎของ Dollo เกี่ยวกับความไม่สามารถย้อนกลับระบุว่า "สิ่งมีชีวิตไม่สามารถกลับคืนสู่สถานะเดิมได้อย่างแน่นอนเนื่องจากธรรมชาติที่ไม่สามารถทำลายได้ของอดีต มันจึงยังคงร่องรอยบางส่วนของขั้นตอนการเปลี่ยนผ่านที่มันได้ผ่านไป" ^{[ 35 ]}
• ในปี ค.ศ. 1912 โรนัลด์ ฟิชเชอร์ได้แนะนำ วิเคราะห์ และเผยแพร่แนวคิดความน่าจะเป็นสูงสุด (Maximum Likelihood: ML) ซึ่งเป็นแนวคิดพื้นฐาน ฟิชเชอร์เป็นหนึ่งในผู้มีส่วนสำคัญในการฟื้นฟูทฤษฎีวิวัฒนาการของดาร์วินในช่วงต้นศตวรรษที่ 20 และได้รับการยกย่องว่าเป็น "ผู้สืบทอดที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของดาร์วิน" จากผลงานของเขาในการปรับปรุงทฤษฎีวิวัฒนาการและการใช้คณิตศาสตร์เพื่อผสมผสานพันธุศาสตร์ของเมนเดลและการคัดเลือกโดยธรรมชาติใน"การสังเคราะห์สมัยใหม่" ในศตวรรษที่ 20
• ในปี พ.ศ. 2464 Tillyard ใช้คำว่า "phylogenetic" และแยกแยะความแตกต่างระหว่างลักษณะดั้งเดิมและลักษณะเฉพาะในระบบการจำแนกประเภทของเขา^{[ 36 ]}
• ใน ปี พ.ศ. 2483 ลูเซียน กูเอโนต์ ได้บัญญัติศัพท์คำว่า " clade " ขึ้นว่า " terme nouveau de clade ( du grec κλάδοςç, branche ) [A new term clade (from the Greek word klado s, meaning branch)]" ^{[ 37 ]}เขาใช้คำนี้สำหรับการแตกแขนงทางวิวัฒนาการ^{[ 38 ]}
• พ.ศ. 2490 แบร์นฮาร์ด เรนชได้แนะนำคำว่าKladogenesisในหนังสือภาษาเยอรมันของเขาNeuere Probleme der Abstammungslehre Die transspezifische Evolution, ^{[ 39 ]}แปลเป็นภาษาอังกฤษในปี พ.ศ. 2502 ในชื่อEvolution Above the Species Level (ยังคงใช้การสะกดแบบเดียวกัน) ^{[ 40 ]}
• ปี 1949 การสุ่มตัวอย่างแบบแจ็กไนฟ์ (Jackknife resampling ) โดย มอริซ เกอนูยล์ (Maurice Quenouille) (ซึ่งมีเค้าโครงมาก่อนในปี 1946 โดยมาฮาลาโนบิส (Mahalanobis) และขยายความในปี 1958 โดยทูคีย์ (Tukey)) เป็นแนวคิดเบื้องต้น
• ในปี พ.ศ. 2493 Willi Hennigได้วางรูปแบบคลาสสิกอย่างเป็นทางการ^{[ 41 ]} Hennig ถือเป็นผู้ก่อตั้งระบบอนุกรมวิธานเชิงวิวัฒนาการ และได้ตีพิมพ์ผลงานชิ้นแรกของเขาในภาษาเยอรมันในปีนี้ เขายังได้ยืนยันหลักการความประหยัดในรูปแบบหนึ่ง โดยระบุว่าการมีลักษณะที่ไม่แน่นอนในสายพันธุ์ต่างๆ 'เป็นเหตุผลให้สงสัยถึงความสัมพันธ์ทางสายเลือดเสมอ และไม่ควรสันนิษฐานว่าต้นกำเนิดของพวกมันมาจากการบรรจบกันล่วงหน้า' นี่ถือเป็นมุมมองพื้นฐานของการอนุมานเชิงวิวัฒนาการ
• พ.ศ. 2495 วิธีการแยกแผนผังพื้นของวิลเลียม แวกเนอร์^{[ 42 ]}
• ในปี พ.ศ. 2490 Julian Huxleyได้นำคำศัพท์ของ Rensch มาใช้ในชื่อ "cladogenesis" พร้อมคำจำกัดความที่สมบูรณ์ว่า " Cladogenesisข้าพเจ้าได้นำมาใช้โดยตรงจาก Rensch เพื่อบ่งบอกถึงการแยกตัวทั้งหมด ตั้งแต่การเกิดสปีชีส์ย่อยผ่านการแผ่รังสีปรับตัวไปจนถึงการแยกตัวของไฟลัมและอาณาจักร" พร้อมกันนี้ เขาได้แนะนำคำว่า "clades" โดยให้คำจำกัดความว่า "Cladogenesis ส่งผลให้เกิดหน่วยโมโนฟิเลติกที่มีขอบเขตชัดเจน ซึ่งอาจเรียกว่า clades" ^{[ 43 ] [ 38 ]}
• ในปี พ.ศ. 2503 Arthur CainและGeoffrey Ainsworth Harrisonได้บัญญัติศัพท์ "cladistic" ซึ่งหมายถึงความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการ^{[ 44 ]}
• พ.ศ. 2506 ความพยายามครั้งแรกในการใช้ ML (ความน่าจะเป็นสูงสุด) สำหรับวิวัฒนาการทางสายพันธุ์ โดย Edwards และ Cavalli-Sforza ^{[ 45 ]}
• พ.ศ. 2508
  • ความประหยัดของ Camin-Sokal เกณฑ์ความประหยัด (การปรับให้เหมาะสม) แรก และโปรแกรมคอมพิวเตอร์/อัลกอริทึมแรกสำหรับการวิเคราะห์คลัดิสติกโดย Camin และ Sokal ^{[ 46 ]}
  • วิธีการความเข้ากันได้ของตัวละคร หรือที่เรียกว่าการวิเคราะห์กลุ่ม ได้รับการแนะนำโดยอิสระโดย Camin และ Sokal (loc. cit.) และEO Wilson ^{[ 47 ]}
• พ.ศ. 2509
  • การแปลภาษาอังกฤษของเฮนนิก^{[ 48 ]}
  • คำว่า "Cladistics" และ "cladogram" ถูกบัญญัติขึ้น (Webster's, loc. cit.)
• 1969
  • การถ่วงน้ำหนักแบบไดนามิกและต่อเนื่อง เจมส์ ฟาร์ริส^{[ 49 ]}
  • ความประหยัดแบบ Wagner, Kluge และ Farris ^{[ 50 ]}
  • CI (ดัชนีความสอดคล้อง) Kluge และ Farris ^{[ 50 ]}
  • การแนะนำความเข้ากันได้แบบคู่สำหรับการวิเคราะห์คลิก Le Quesne ^{[ 51 ]}
• พ.ศ. 2513 หลักการประหยัดของ Wagner ได้รับการขยายความโดย Farris ^{[ 52 ]}
• 1971
  • การประยุกต์ใช้ ML (ความน่าจะเป็นสูงสุด) ครั้งแรกที่ประสบความสำเร็จกับการวิเคราะห์วิวัฒนาการ (สำหรับลำดับโปรตีน) โดย Neyman ^{[ 53 ]}
  • ความประหยัดของ Fitch, Walter M. Fitch ^{[ 54 ]}สิ่งเหล่านี้นำไปสู่แนวคิดพื้นฐานที่สุดของความประหยัดสูงสุด Fitch เป็นที่รู้จักจากผลงานของเขาในการสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการจากลำดับโปรตีนและ DNA คำจำกัดความของ ลำดับออร์โธล็อกัสของเขาได้รับการอ้างอิงในสิ่งพิมพ์วิจัยหลายฉบับ
  • NNI (nearest neighbour interchange) กลยุทธ์การค้นหาการสลับสาขาแรก พัฒนาขึ้นโดยอิสระโดย Robinson ^{[ 55 ]}และ Moore et al.
  • ME (วิวัฒนาการขั้นต่ำ), Kidd และ Sgaramella-Zonta ^{[ 56 ]} (ไม่ชัดเจนว่านี่คือวิธีการระยะทางแบบคู่หรือเกี่ยวข้องกับ ML ตามที่ Edwards และ Cavalli-Sforza เรียก ML ว่า "วิวัฒนาการขั้นต่ำ")
• 1972, ความเห็นพ้องของอดัมส์, อดัมส์^{[ 57 ]}
• พ.ศ. 2519 ระบบคำนำหน้าสำหรับยศ Farris ^{[ 58 ]}
• พ.ศ. 2520, Dollo parsimony, Farris. ^{[ 59 ]}
• พ.ศ. 2522
  • ฉันทามติของเนลสัน เนลสัน^{[ 60 ]}
  • MAST ( ต้นไม้ย่อยข้อตกลงสูงสุด ) (GAS) ต้นไม้ย่อยข้อตกลงที่ยิ่งใหญ่ที่สุด) วิธีการฉันทามติ กอร์ดอน^{[ 61 ]}
  • Bootstrap, Bradley Efron, แนวคิดเบื้องต้น^{[ 62 ]}
• ปี 1980 PHYLIPเป็นซอฟต์แวร์ชุดแรกสำหรับการวิเคราะห์ทางวิวัฒนาการ โดยโจเซฟ เฟลเซนสไตน์เป็นชุดโปรแกรมทางคอมพิวเตอร์แบบฟรีสำหรับสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการ ( phylogenies ) ตัวอย่างแผนภูมิที่สร้างโดย PHYLIP เรียกว่า "drawgram" ซึ่งสร้างแผนภูมิที่มีราก ภาพที่แสดงในรูปด้านล่างแสดงให้เห็นถึงวิวัฒนาการของแผนภูมิวิวัฒนาการเมื่อเวลาผ่านไป
• 1981
  • ฉันทามติส่วนใหญ่ Margush และ MacMorris ^{[ 63 ]}
  • ฉันทามติที่เข้มงวด Sokal และ Rohlf ^{[ 64 ]}

    

    อัลกอริทึม ML (ความน่าจะเป็นสูงสุด) ที่มีประสิทธิภาพในการคำนวณเป็นครั้งแรก^{[ 65 ]} Felsenstein ได้สร้างวิธีการความน่าจะเป็นสูงสุดของ Felsenstein ซึ่งใช้สำหรับการอนุมานวิวัฒนาการซึ่งประเมินสมมติฐานเกี่ยวกับประวัติวิวัฒนาการในแง่ของความน่าจะเป็นที่แบบจำลองที่เสนอและประวัติที่ตั้งสมมติฐานไว้จะทำให้เกิดชุดข้อมูลที่สังเกตได้
• พ.ศ. 2525
  • ฟิซิส, มิเควิช และ ฟาร์ริส
  • แตกกิ่งและผูกมัด เฮนดี้และเพนนี^{[ 66 ]}
• พ.ศ. 2528
  • การวิเคราะห์คลัดิสติกครั้งแรกของยูคาริโอตโดยอาศัยหลักฐานฟีโนไทป์และจีโนไทป์ที่รวมกัน Diana Lipscomb ^{[ 67 ]}
  • วารสาร Cladisticsฉบับแรก
  • การประยุกต์ใช้บูตสแตรปทางวิวัฒนาการครั้งแรกโดยเฟลเซนสไตน์^{[ 68 ]}
  • การประยุกต์ใช้แจ็คไนฟ์ทางวิวัฒนาการครั้งแรกโดย Scott Lanyon ^{[ 69 ]}
• 1986, MacClade, Maddison และ Maddison.
• พ.ศ. 2530 วิธี Neighbor-Joining ของ Saitou และ Nei ^{[ 70 ]}
• 1988, Hennig86 (เวอร์ชัน 1.5), Farris
  • การสนับสนุนของเบรเมอร์ (ดัชนีการเสื่อมสลาย) เบรเมอร์^{[ 71 ]}
• 1989
  • RI (ดัชนีการคงอยู่), RCI (ดัชนีความสอดคล้องที่ปรับขนาดใหม่), Farris ^{[ 72 ]}
  • HER (อัตราส่วนส่วนเกินของโฮโมพลาสซี) อาร์ชี^{[ 73 ]}
• 1990
  • ฉันทามติของส่วนประกอบที่รวมกันได้ (กึ่งเข้มงวด) เบรเมอร์^{[ 74 ]}
  • SPR (การตัดแต่งกิ่งย่อยและการปลูกถ่ายใหม่), TBR (การแบ่งต้นไม้และการเชื่อมต่อใหม่), Swofford และ Olsen ^{[ 75 ]}
• 1991
  • DDI (ดัชนีการตัดสินใจข้อมูล) Goloboff ^{[ 76 ] [ 77 ]}
  • การวิเคราะห์ทางคลัดิสติกครั้งแรกของยูคาริโอตโดยอาศัยหลักฐานทางลักษณะภายนอกเพียงอย่างเดียว คือผลงานของลิปส์คอมบ์
• พ.ศ. 2536 การถ่วงน้ำหนักโดยนัยของ Goloboff ^{[ 78 ]}
• 1994 ความเห็นพ้องที่ลดลง: RCC (ความเห็นพ้องเชิงวิวัฒนาการที่ลดลง) สำหรับต้นไม้ที่มีราก Wilkinson ^{[ 79 ]}
• 1995, RPC ความเห็นพ้องที่ลดลง (ความเห็นพ้องการแบ่งส่วนที่ลดลง) สำหรับต้นไม้ที่ไม่มีราก Wilkinson ^{[ 80 ]}
• ในปี พ.ศ. 2539 วิธีการทำงานแรกสำหรับ BI (Bayesian Inference) ได้รับการพัฒนาโดยอิสระโดย Li ^{[ 81 ]} Mau ^{[ 82 ]}และ Rannala และ Yang ^{[ 83 ]}และทั้งหมดใช้ MCMC (Markov chain-Monte Carlo)
• ปี 1998, TNT (การวิเคราะห์ต้นไม้โดยใช้เทคโนโลยีใหม่), โกลอบอฟฟ์, ฟาร์ริส และนิกสัน
• 1999, วินแคลดา, นิกสัน.
• 2003 การสุ่มตัวอย่างแบบสมมาตร Goloboff ^{[ 84 ]}
• 2004, 2005 เมตริกความคล้ายคลึง (โดยใช้การประมาณค่าความซับซ้อนของ Kolmogorov) หรือ NCD (ระยะทางการบีบอัดปกติ) Li et al., ^{[ 85 ]} Cilibrasi และ Vitanyi. ^{[ 86 ]}

การวิเคราะห์ทางวิวัฒนาการชาติพันธุ์มีประโยชน์อย่างหนึ่งคือการตรวจสอบทางเภสัชวิทยาของกลุ่มสิ่งมีชีวิตที่มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกัน ความก้าวหน้าใน การวิเคราะห์ทาง วิวัฒนาการชาติพันธุ์ด้วยโปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่เร็วขึ้นและเทคนิคทางโมเลกุลที่ได้รับการพัฒนา ทำให้ความแม่นยำในการกำหนดวิวัฒนาการชาติพันธุ์เพิ่มขึ้น ส่งผลให้สามารถระบุชนิดของสิ่งมีชีวิตที่มีศักยภาพทางเภสัชวิทยาได้

ในอดีต การคัดกรองทางวิวัฒนาการเพื่อวัตถุประสงค์ทางเภสัชวิทยาถูกนำมาใช้ในลักษณะพื้นฐาน เช่น การศึกษาพืชในวงศ์Apocynaceae ซึ่งรวมถึงสายพันธุ์ที่ผลิตอัลคาลอยด์ เช่น Catharanthusซึ่งเป็นที่รู้จักกันดีในการผลิตวินคริสทีนซึ่งเป็นยาต้านมะเร็งเม็ดเลือดขาว เทคนิคสมัยใหม่ในปัจจุบันช่วยให้นักวิจัยสามารถศึกษาญาติใกล้ชิดของสายพันธุ์หนึ่งๆ เพื่อค้นหาสารประกอบออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่สำคัญในปริมาณที่มากขึ้น (เช่น สายพันธุ์Taxusสำหรับแท็กซอล) หรือรูปแบบธรรมชาติของยาที่รู้จักกันดี (เช่น สายพันธุ์Catharanthusสำหรับวินคริสทีนหรือวินบลาสทีนในรูปแบบต่างๆ) ^{[ 87 ]}

การวิเคราะห์ทางวิวัฒนาการยังถูกนำมาประยุกต์ใช้ในการศึกษาความหลากหลายทางชีวภาพภายในวงศ์เห็ดรา การวิเคราะห์ทางวิวัฒนาการช่วยให้เข้าใจประวัติการวิวัฒนาการของกลุ่มสิ่งมีชีวิตต่างๆ ระบุความสัมพันธ์ระหว่างสายพันธุ์ต่างๆ และทำนายการเปลี่ยนแปลงทางวิวัฒนาการในอนาคต ระบบภาพถ่ายที่เกิดขึ้นใหม่และเทคนิคการวิเคราะห์ใหม่ๆ ช่วยให้ค้นพบความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมมากขึ้นในพื้นที่ที่มีความหลากหลายทางชีวภาพ ซึ่งสามารถช่วยในการอนุรักษ์โดยการระบุสายพันธุ์หายากที่อาจเป็นประโยชน์ต่อระบบนิเวศทั่วโลก

ข้อมูล ลำดับจีโนมทั้งหมดจากการระบาดหรือการแพร่ระบาดของโรคติดเชื้อสามารถให้ข้อมูลเชิงลึกที่สำคัญเกี่ยวกับพลวัตการแพร่กระจายและให้ข้อมูลแก่กลยุทธ์ด้านสาธารณสุขได้ โดยทั่วไป การศึกษาจะรวมข้อมูลทางจีโนมและระบาดวิทยาเข้าด้วยกันเพื่อสร้างเหตุการณ์การแพร่กระจายขึ้นใหม่ อย่างไรก็ตาม การวิจัยล่าสุดได้สำรวจการอนุมานรูปแบบการแพร่กระจายจากข้อมูลทางจีโนมเพียงอย่างเดียวโดยใช้ฟิโลไดนามิกส์ซึ่งเกี่ยวข้องกับการวิเคราะห์คุณสมบัติของแผนภูมิวิวัฒนาการของเชื้อโรค ฟิโลไดนามิกส์ใช้แบบจำลองทางทฤษฎีเพื่อเปรียบเทียบความยาวกิ่งที่คาดการณ์ไว้กับความยาวกิ่งจริงในแผนภูมิวิวัฒนาการเพื่ออนุมานรูปแบบการแพร่กระจาย นอกจากนี้ทฤษฎีการรวมตัวกันซึ่งอธิบายการกระจายความน่าจะเป็นบนต้นไม้ตามขนาดประชากร ได้ถูกนำมาปรับใช้เพื่อวัตถุประสงค์ทางระบาดวิทยา แหล่งข้อมูลอีกแหล่งหนึ่งภายในแผนภูมิวิวัฒนาการที่ได้รับการสำรวจคือ "รูปร่างของต้นไม้" แนวทางเหล่านี้ แม้ว่าจะต้องใช้การคำนวณอย่างมาก แต่ก็มีศักยภาพที่จะให้ข้อมูลเชิงลึกที่มีค่าเกี่ยวกับพลวัตการแพร่กระจายของเชื้อโรค^{[ 88 ]}

โครงสร้างของเครือข่ายการติดต่อระหว่างโฮสต์มีผลกระทบอย่างมากต่อพลวัตของการระบาด และกลยุทธ์การจัดการขึ้นอยู่กับการทำความเข้าใจรูปแบบการแพร่กระจายเหล่านี้ จีโนมของเชื้อโรคที่แพร่กระจายผ่านโครงสร้างเครือข่ายการติดต่อที่แตกต่างกัน เช่น แบบลูกโซ่ เครือข่ายที่เป็นเนื้อเดียวกัน หรือเครือข่ายที่มีผู้แพร่กระจายอย่างรวดเร็ว จะสะสมการกลายพันธุ์ในรูปแบบที่แตกต่างกัน ส่งผลให้เกิดความแตกต่างที่เห็นได้ชัดในรูปร่างของแผนภูมิวิวัฒนาการ ดังแสดงในรูปที่ 1 นักวิจัยได้วิเคราะห์ลักษณะโครงสร้างของแผนภูมิวิวัฒนาการที่สร้างขึ้นจากการจำลองวิวัฒนาการของจีโนมแบคทีเรียในเครือข่ายการติดต่อหลายประเภท โดยการตรวจสอบคุณสมบัติทางโทโพโลยีอย่างง่ายของแผนภูมิเหล่านี้ นักวิจัยสามารถจำแนกพวกมันออกเป็นแบบลูกโซ่ แบบที่เป็นเนื้อเดียวกัน หรือแบบแพร่กระจายอย่างรวดเร็ว ซึ่งเผยให้เห็นรูปแบบการแพร่กระจาย คุณสมบัติเหล่านี้เป็นพื้นฐานของตัวจำแนกเชิงคำนวณที่ใช้ในการวิเคราะห์การระบาดในโลกแห่งความเป็นจริง การคาดการณ์เชิงคำนวณเกี่ยวกับพลวัตการแพร่กระจายสำหรับการระบาดแต่ละครั้งมักจะสอดคล้องกับข้อมูลทางระบาดวิทยาที่ทราบอยู่แล้ว

เครือข่ายการแพร่กระจายที่แตกต่างกันส่งผลให้รูปร่างของแผนภูมิวิวัฒนาการแตกต่างกันในเชิงปริมาณ เพื่อตรวจสอบว่ารูปร่างของแผนภูมิวิวัฒนาการสามารถให้ข้อมูลเกี่ยวกับรูปแบบการแพร่กระจายของโรคที่ซ่อนอยู่หรือไม่ นักวิจัยได้จำลองวิวัฒนาการของจีโนมแบคทีเรียในเครือข่ายการสัมผัสของการระบาดสามประเภท ได้แก่ แบบเอกพันธุ์ แบบแพร่กระจายอย่างรวดเร็ว และแบบลูกโซ่ พวกเขาสรุปแผนภูมิวิวัฒนาการที่ได้ด้วยตัวชี้วัดห้าตัวที่อธิบายรูปร่างของแผนภูมิวิวัฒนาการ รูปที่ 2 และ 3 แสดงให้เห็นถึงการกระจายของตัวชี้วัดเหล่านี้ในการระบาดทั้งสามประเภท ซึ่งเผยให้เห็นความแตกต่างที่ชัดเจนในโครงสร้างของแผนภูมิวิวัฒนาการขึ้นอยู่กับเครือข่ายการสัมผัสของโฮสต์ที่อยู่เบื้องหลัง

เครือข่ายซูเปอร์สเปรดเดอร์ก่อให้เกิดแผนภูมิวิวัฒนาการที่มีความไม่สมดุลของ Colless สูงกว่า รูปแบบบันไดที่ยาวกว่า ค่า Δw ที่ต่ำกว่า และต้นไม้ที่ลึกกว่า เมื่อเทียบกับแผนภูมิวิวัฒนาการจากเครือข่ายการติดต่อที่เป็นเนื้อเดียวกัน ส่วนแผนภูมิวิวัฒนาการจากเครือข่ายแบบลูกโซ่มีความแปรปรวนน้อยกว่า ลึกกว่า มีความไม่สมดุลมากกว่า และแคบกว่า เมื่อเทียบกับแผนภูมิวิวัฒนาการจากเครือข่ายอื่นๆ

แผนภาพกระจายสามารถใช้เพื่อแสดงภาพความสัมพันธ์ระหว่างตัวแปรสองตัวในการวิเคราะห์การแพร่กระจายของเชื้อโรค เช่น จำนวนผู้ติดเชื้อและระยะเวลาตั้งแต่ติดเชื้อ แผนภาพเหล่านี้สามารถช่วยระบุแนวโน้มและรูปแบบ เช่น การแพร่กระจายของเชื้อโรคเพิ่มขึ้นหรือลดลงเมื่อเวลาผ่านไป และสามารถเน้นเส้นทางการแพร่กระจายที่เป็นไปได้หรือเหตุการณ์การแพร่กระจายอย่างรวดเร็วแผนภาพกล่องที่แสดงช่วง ค่ามัธยฐาน ควาร์ไทล์ และค่าผิดปกติที่อาจเกิดขึ้นก็มีประโยชน์สำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลการแพร่กระจายของเชื้อโรค ช่วยระบุคุณลักษณะที่สำคัญในการกระจายข้อมูล อาจใช้เพื่อระบุความแตกต่างหรือความคล้ายคลึงกันในข้อมูลการแพร่กระจายได้อย่างรวดเร็ว^{[ 88 ]}