โครงการ 100,000 จีโนม
| โครงการ 100,000 จีโนม | |
|---|---|
| ประเภทโครงการ | รัฐบาล |
| หน่วยงานให้ทุน | |
| อ้างอิง | doi : 10.1136/bmj.k1687 |
| ผู้ประสานงานโครงการ | จีโนมิกส์ อังกฤษ |
| พันธมิตร |
|
| ระยะเวลา | กรกฎาคม 2556 – ธันวาคม 2561 |
| เว็บไซต์ | www.genomicsengland.co.uk/about-genomics-england/the-100000-genomes-project/ |
โครงการ100,000 จีโนม เป็นโครงการ ของรัฐบาลสหราชอาณาจักรที่ดำเนินการเสร็จสิ้นแล้วโดยมีGenomics England เป็นผู้บริหารจัดการ ซึ่งดำเนินการจัดลำดับจีโนมทั้งหมดจาก ผู้ป่วยใน ระบบบริการสุขภาพแห่งชาติ (National Health Service ) โครงการนี้มุ่งเน้นไปที่โรคหายากมะเร็งบางชนิดที่พบได้ทั่วไปและโรคติดเชื้อ[ 1 ] [ 2 ]ผู้เข้าร่วมโครงการให้ความยินยอมในการเชื่อมโยงข้อมูลจีโนมของตนกับข้อมูลเกี่ยวกับอาการป่วยและประวัติสุขภาพ ข้อมูลทางการแพทย์และจีโนมจะถูกแบ่งปันกับนักวิจัยเพื่อปรับปรุงความรู้เกี่ยวกับสาเหตุ การรักษา และการดูแลโรค[ 3 ]โครงการนี้ได้รับเงินลงทุนจากภาครัฐและเอกชนมากกว่า 300 ล้านปอนด์[ 4 ]
ประวัติศาสตร์
โครงการนี้ได้รับการประกาศครั้งแรกโดยนายกรัฐมนตรีเดวิด คาเมรอน แห่งสหราชอาณาจักร ในเดือนธันวาคม 2012 [ 5 ]รัฐบาลได้จัดตั้งบริษัทใหม่ชื่อGenomics Englandเพื่อดูแลโครงการนี้[ 2 ]โดยมีแผนที่จะมุ่งเน้นไปที่โรคหายาก มะเร็ง และโรคติดเชื้อ ซึ่งประกาศโดยรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุขเจเรมี ฮันต์ในเดือนกรกฎาคม 2013 โครงการนี้ยังได้รับการสนับสนุนจากสถาบันวิจัยสุขภาพและการดูแลแห่งชาติ (NIHR) NHS England , Public Health EnglandและHealth Education England ด้วย ในปี 2015 ไอร์แลนด์เหนือ[ 6 ]และสกอตแลนด์[ 7 ]ก็ได้เข้าร่วมโครงการนี้ด้วย โดยมีแผนที่จะเริ่มงานในปีถัดไป ในปี 2016 รัฐบาลเวลส์ได้ออกแถลงการณ์แสดงเจตจำนง[ 8 ]และกำลังพิจารณาที่จะเข้าร่วมโครงการ 100,000 Genomes Project [ 7 ]
ผู้เข้าร่วมเริ่มต้นได้รับการคัดเลือกจากโรงพยาบาลมหาวิทยาลัยเคมบริดจ์ , พันธมิตรของมหาวิทยาลัยคอลเลจลอนดอนและมูลนิธิ NHS นิวคาสเซิลอะพอนไทน์ศูนย์การแพทย์ต่อไปนี้เข้าร่วมโครงการในเวลาต่อมาไม่นาน: มูลนิธิ NHS โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยเซ็นทรัลแมน เชสเตอร์ , โรงพยาบาลเกรทออร์มอนด์สตรี ท , มูลนิธิ NHS กายส์และเซนต์โทมัส , มูลนิธิ NHS โรงพยาบาลมัวร์ฟิลด์อายและมูลนิธิ NHS โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยออกซ์ฟอร์ด [ 9 ] โดยรวมแล้ว การประสานงานการคัดเลือกผู้เข้าร่วมสำหรับโครงการ 100,000 จีโนมได้รับการดูแลโดยศูนย์การแพทย์จีโนมิกส์ 13 แห่งที่จัดตั้งขึ้นใน NHS Trusts 85 แห่งในอังกฤษ ไอร์แลนด์เหนือ และสกอตแลนด์[ 10 ]
ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2558 Genomics England ได้ประกาศว่าได้ทำสัญญากับCongenicaและOmicia ซึ่งเป็นพันธมิตรในการตีความข้อมูล นอกจากนี้ยังดำเนินการร่วมกับIlluminaซึ่ง เป็นพันธมิตรในการจัดลำดับข้อมูลอยู่ [ 11 ]
ณ วันที่ 1 ตุลาคม 2561 โครงการ 100,000 Genomes ได้ดำเนินการจัดลำดับจีโนมทั้งหมด 87,231 รายการในประเทศอังกฤษเสร็จสิ้นแล้ว[ 12 ]และผลลัพธ์กำลังอยู่ในขั้นตอนการส่งคืนไปยังศูนย์การแพทย์จีโนมของ NHSและในที่สุดก็ส่งคืนให้กับผู้เข้าร่วมโครงการ การวินิจฉัยครั้งแรกจากโครงการนี้ถูกส่งคืนให้กับผู้ป่วยในฤดูใบไม้ผลิปี 2558 และผลลัพธ์ของครอบครัวกว่า 2,000 ครอบครัวได้ถูกส่งคืนไปยัง NHS ในโครงการโรคหายากจนถึงปัจจุบัน (กรกฎาคม 2560) [ 13 ]
ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2561 ได้มีการบรรลุเป้าหมายสำคัญคือการรวบรวมจีโนมครบ 100,000 จีโนม[ 14 ]
ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2562 Genomics England ได้ประกาศการเผยแพร่ข้อมูลชุดที่ 7 ซึ่งรวมถึงจีโนมทั้งหมดที่ 100,000 ที่เปิดให้ใช้งานสำหรับนักวิจัย[ 15 ]
การตรวจสอบในปี 2019 ระบุว่าโครงการริเริ่มนี้เป็น 'ตัวอย่าง' ในการดึงประชาชนเข้ามามีส่วนร่วมในการวิจัยจีโนมิกส์[ 16 ]
ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2563 Lifebit บริษัทเทคโนโลยีชีวภาพในสหราชอาณาจักร ได้รับการประกาศให้เป็นผู้ให้บริการสภาพแวดล้อมการวิจัยที่เชื่อถือได้ ซึ่งจะเชื่อมโยงข้อมูลจีโนมที่รวบรวมไว้เป็นส่วนหนึ่งของโครงการ 100,000 Genome Project กับสถาบันวิจัยทางวิชาการ[ 17 ] [ 18 ]
ศูนย์การแพทย์จีโนมิกส์ของ NHS
วิจัย
Genomics England Clinical Interpretation Partnership (GeCIP) ประกอบด้วยแพทย์และนักวิทยาศาสตร์จากสหราชอาณาจักรและต่างประเทศจำนวน 2,500 คน จากสถาบันประมาณ 300 แห่งใน 24 ประเทศ และมีแผนที่จะเพิ่มจำนวนนี้ นักวิจัยจะถูกจัดกลุ่มเป็น "โดเมน" ที่จัดตั้งขึ้นตามสภาวะเฉพาะ ประเภทของมะเร็ง และพื้นที่การวิจัย เช่นการเรียนรู้ของเครื่องจักรและเศรษฐศาสตร์สุขภาพความร่วมมือนี้บูรณาการกับ NHS และมีเป้าหมายรวมถึงการปรับปรุงการใช้ ข้อมูล จีโนไทป์และฟีโนไทป์ในการดูแลสุขภาพ และการจัดหาแพลตฟอร์มสำหรับการทำงานร่วมกันด้านการวิจัยทางจีโนมิกส์เพื่อเพิ่มฐานความรู้เกี่ยวกับ ความ ผิดปกติทางพันธุกรรม[ 19 ] [ 20 ]
การศึกษาวิจัย GenOMICC เกี่ยวกับ COVID-19
โครงการ 100,000 Genomes ได้จัดเตรียมชุดข้อมูลอ้างอิงก่อนการระบาดของ COVID-19 ในการศึกษา GenOMICC เกี่ยวกับ COVID-19 Genomics England ได้ทำงานร่วมกับกลุ่มพันธมิตร GenOMICC ซึ่งนำโดยมหาวิทยาลัยเอดินบะระ เพื่อวิเคราะห์ลำดับจีโนมทั้งหมดของผู้คนประมาณ 20,000 คนที่ได้รับผลกระทบอย่างรุนแรงจาก COVID-19 ข้อมูลนี้ถูกนำมาเปรียบเทียบกับจีโนมอีก 15,000 จีโนมจากผู้ที่ได้รับผลกระทบเพียงเล็กน้อย และถูกรวมเข้ากับชุดข้อมูลซึ่งปัจจุบันมีจีโนมมากกว่า 120,000 จีโนม (จากโครงการ "100,000 Genomes") โครงการ 100,000 Genomes ถูกกล่าวถึงว่าเป็นชุดข้อมูลอ้างอิงก่อนการระบาดของ COVID-19 ที่ "มีความสำคัญอย่างยิ่ง" [ 21 ]
ดูเพิ่มเติม
- Genomics England – บริษัทที่รัฐบาลสหราชอาณาจักรเป็นเจ้าของ
- โครงการจีโนม – ความพยายามทางวิทยาศาสตร์เพื่อกำหนดลำดับจีโนมที่สมบูรณ์ของสิ่งมีชีวิต
- โครงการจีโนมมะเร็ง
- แผนที่จีโนมมะเร็ง
ลิงก์ภายนอก
- จีโนมิกส์ อังกฤษ
- โครงการให้ความรู้ด้านจีโนมิกส์ของ Health Education England
- NHS อังกฤษ – จีโนมิกส์
- ศูนย์การแพทย์จีโนมิกส์ NHS ภาคตะวันออกของอังกฤษ
- ศูนย์การแพทย์จีโนมิกส์ NHS นอร์ทเทมส์เก็บถาวรเมื่อวันที่ 12 ธันวาคม 2018 ที่Wayback Machine
- ศูนย์การแพทย์จีโนมิกส์ 13 แห่ง
- โครงการความร่วมมือด้านการตีความข้อมูลทางคลินิกของจีโนมิกส์แห่งอังกฤษ (GeCIP)
- พันธมิตรของกลุ่มความร่วมมือ Genomics England GENE Consortium
- เวลคัม จีโนม แคมปัส
- บริษัท Illumina (งานลำดับดีเอ็นเอสำหรับโครงการ 100K Genome Project ดำเนินการโดยใช้เทคโนโลยีของ Illumina ที่ศูนย์ลำดับดีเอ็นเอในWellcome Genome Campus )