รถไฟเหล่านี้ทยอยถูกแทนที่ด้วย รถไฟ EMU ซีรีส์ E233-2000 รุ่น ใหม่ และขบวนสุดท้ายได้เริ่มให้บริการเชิงพาณิชย์ในวันที่ 26 กันยายน 2011 ^{[ 6 ]}

รถไฟรุ่น 203 จำนวน 5 ขบวน (หมายเลขชุด 51, 52, 66, 68, 69) ซึ่งเดิมมีทั้งหมด 10 ตู้ ถูกส่งไปยังKAI Commuterในจาการ์ตา ประเทศอินโดนีเซีย ในปี 2554 ต่อมาได้มีการปรับปรุงรถไฟเหล่านี้ใหม่เป็น 4 ชุด โดยประกอบด้วยชุด 8 ตู้ 1 ชุด (ชุด 108) ชุด 10 ตู้ 2 ชุด (ชุด 106 และ 109) และชุด 12 ตู้ 1 ชุด (ชุด 2) ^{[ 7 ]}ชุด 10 ตู้ ชุด 109 มีโครงสร้างแบบ 5+5 โดยมีตู้โดยสารตรงกลาง 2 ตู้ ซึ่งใช้เฉพาะในช่วงการบำรุงรักษาตามปกติ^{[ 7 ]}ชุด 203-106 เป็นรถไฟรุ่น 203 ชุดแรกที่ใช้สีแดง-ขาวล่าสุดของ KAI Commuter ในขณะที่ชุด 203-109 (รถไฟแบบ 5+5) จะใช้สีล่าสุดของ KAI Commuter ในเดือนกันยายน 2566

เมื่อวันที่ 11 พฤศจิกายน พ.ศ. 2568 รถไฟซีรีส์ 203 ได้ปลดระวางอย่างเป็นทางการหลังจากที่ KAI Commuter ร่วมกับ IRPS (สมาคมอนุรักษ์รถไฟอินโดนีเซีย) จัดงานวิ่งครั้งสุดท้ายร่วมกับรถไฟซีรีส์ Tokyo Metro 7000และTokyu 8500ที่ สถานี Jakarta Kota ^{[ 8 ]}

• 
  รถ KRL Jabodetabek 203 8 คัน ตั้งอยู่บนเส้นทาง Bogor ในเดือนกรกฎาคม 2012
• 
  ขบวนรถไฟชุดที่ 52 เดิม ได้ถูกปรับเปลี่ยนเป็นขบวนรถไฟ 12 ตู้ ในชื่อ BUD 2 เมื่อเดือนสิงหาคม 2560
• 
  รหัสชุดรถไฟทั่วไปของอินโดนีเซียที่ใช้กับรถไฟ KAI Commuter ซีรีส์ 203 ชุด BOO 106 แสดงหมายเลขหัวขบวน ณ เดือนธันวาคม 2017
• 
  รถไฟ JR 203 106 โฉมใหม่ กำลังออกจากสถานีเทเบต
• 
  รถไฟรุ่น 203 BUD106 กำลังวิ่งผ่านสถานีมหาวิทยาลัยปัญจศีลา หลังจากเสร็จสิ้นกิจกรรมวิ่งครั้งสุดท้าย
• 
  JR203-106 MaTo 66 ที่สถานี Jakarta Kotaบนชานชาลา 10
• 
  รถไฟ JR203-109+108 MaTo 69 ออกจากสถานีจาการ์ตาโคตาบนชานชาลาที่ 10 ก่อนเกิดเหตุรถไฟตกราง บริเวณจุดสับรางที่สถานีจาการ์ตาโคตา

ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2554 รถไฟซีรีส์ 203 ชุดละ 10 ตู้ จำนวน 4 ขบวน (หมายเลขชุด 53, 54, 55, 67) ถูกส่งไปยังการรถไฟแห่งชาติฟิลิปปินส์ (PNR) ในประเทศฟิลิปปินส์เพื่อให้บริการรถไฟโดยสารในเขตเมโทรมานิลา โดยแทนที่รถโดยสารซีรีส์ 12 และ 14 ของญี่ปุ่นเดิม ณ เดือนตุลาคม พ.ศ. 2556 ได้มีการจัดตั้งรถไฟชุดละ 4 ตู้ จำนวน 7 ขบวน ดังแสดงในภาพด้านล่าง โดยมีตู้ "A" อยู่ที่ปลายด้านอะลาบัง^{[ 9 ]}เนื่องจากการขาดระบบไฟฟ้าในเส้นทางของ PNR รถไฟเหล่านี้จึงติดตั้งเครื่องกำเนิดไฟฟ้าดีเซลที่ตู้หัวขบวนเพื่อจ่ายไฟให้กับประตู ไฟส่องสว่าง และเครื่องปรับอากาศ โดยปกติแล้วรถไฟเหล่านี้จะถูกลากจูงโดยหัว รถจักร คลาส 900สำหรับการให้บริการรถไฟโดยสาร หัวรถจักรคลาส 2500 และคลาส 5000 จะทำการสับเปลี่ยนรถไฟ EMU ซีรีส์ 203 ที่สถานีตูตูบันเพื่อเติมเชื้อเพลิง

ในปี 2557 PNR เริ่มให้บริการรถไฟ EMU ในรูปแบบ 5 ตู้ โดย ณ เดือนธันวาคม 2561 มีรถไฟ EMU ให้บริการอยู่ 5 ชุด ชุดที่ 02 เป็นรถไฟ EMU รุ่น 203 เพียงชุดเดียวในรูปแบบ 4 ตู้ จนกระทั่งปี 2558

รถไฟ EMU หมายเลข 3, 4 และ 7 ถูกแบ่งไปรวมกับรถไฟ EMU อื่นๆ เพื่อประกอบเป็น 5 ชุด และชิ้นส่วนที่เหลือจะถูกเก็บไว้เป็นหน่วยสำรองหรือแหล่งอะไหล่

ภายในเดือนเมษายน 2562 ตู้หัวขบวนของ EMU 06 (KuHa 202-3) ถูกย้ายไปใช้กับ EMU 02 ภายในเดือนพฤษภาคม 2562 ตู้หัวขบวนของ EMU 01 (KuHa 203-107) ถูกแทนที่ด้วยตู้หัวขบวนของ EMU 04 (KuHa 203-4) และภายในเดือนกรกฎาคม ตู้หัวขบวนของ EMU 07 (KuHa 202-107) ถูกย้ายไปใช้กับ EMU 08

เนื่องจากอายุการใช้งานที่ยาวนาน เครื่องปรับอากาศของรถไฟซีรีส์ 203 จึงทำงานช้าลง PNR จึงจัดการประมูลจัดซื้อเครื่องปรับอากาศจำนวน 10 เครื่องสำหรับรถไฟซีรีส์ 203 ตั้งแต่เดือนสิงหาคมถึงกันยายน 2561 บริษัท PT INKAผ่านการประมูล แต่หลังจากการตรวจสอบคุณสมบัติ ผู้ประมูลรายเดียวถูกตัดสิทธิ์ ทำให้การประมูลล้มเหลว จึงได้มีการจัดการประมูลครั้งที่สองในเดือนธันวาคม 2561 บริษัท PT INKA เข้าร่วมอีกครั้งและผ่านการประมูล บริษัทผ่านการตรวจสอบคุณสมบัติและได้รับสัญญาในเดือนกุมภาพันธ์ 2562 ^{[ 11 ]}การเปลี่ยนเครื่องปรับอากาศดำเนินการในเดือนกุมภาพันธ์ 2563 โดยติดตั้งเครื่องปรับอากาศรุ่นใหม่ Model ACI-4202 I-Cond ในรถไฟ EMU 05 และ 06 ^{[ 12 ] [ 13 ]}ในทางกลับกัน ปัจจุบัน PNR กำลังดำเนินการจัดซื้อเครื่องปรับอากาศอีก 15 เครื่องสำหรับตู้โดยสาร^{[ 14 ]}

PNR จัดซื้อแผงโพลีคาร์บอเนตจาก PT Industries Incorporated ผ่านการประมูลสาธารณะในปี 2019 เพื่อทดแทนหน้าต่างเก่าของรถไฟซีรีส์ 203 สัญญายังครอบคลุมถึงการเปลี่ยนหน้าต่างของรถไฟHyundai Rotem DMU , ​​KiHa 350 , KiHa 52และKiHa 59 (KoGaNe) ด้วย ^{[ 15 ]}การเปลี่ยนหน้าต่างดำเนินการในปี 2020 โดย EMU 05 เป็นชุดแรกที่มีหน้าต่างติดตั้งใหม่ ทำให้ไม่จำเป็นต้องใช้ตะแกรงอีกต่อไป^{[ 16 ]}รถไฟ EMU ทั้งสี่ชุดที่ใช้งานอยู่มีหน้าต่างโพลีคาร์บอเนต

ในช่วงฤดูร้อนปี 2020 การรถไฟฟิลิปปินส์ (PNR) ได้ลอกสีน้ำเงินออกจากรถไฟ EMU หมายเลข 04 และ 07 โดยฝ่ายบริหารได้ลอกสีออกและมุ่งเน้นไปที่ความคืบหน้าของตัวถังรถไฟ EMU ดังกล่าว (โดยบางส่วนเผยให้เห็นสีเดิมที่ย้อนกลับไปถึงสมัยที่ยังอยู่ภายใต้การบริหารของ JR) เพื่อเตรียมการสำหรับสีใหม่ของรถไฟ EMU ซีรีส์ 203 ของ PNR

ณ ปี 2025 รถไฟรุ่น 203 ทั้ง 5 ชุด ไม่ได้ใช้งานแล้ว เนื่องจากเส้นทางรถไฟฟ้าใต้ดินมะนิลาถูกปิดเพื่อก่อสร้างทางรถไฟสายเหนือ-ใต้ อย่างไรก็ตาม คาดว่ารถไฟเหล่านี้จะกลับมาให้บริการอีกครั้งหลังจากมีการโอนย้ายรถไฟที่ใช้งานได้จากมะนิลาไปยังเส้นทางที่ยังใช้งานอยู่ของ PNR ในภาคใต้ของเกาะลูซอน ในระหว่างที่รอการโอนย้าย รถไฟเหล่านี้ได้รับการปรับเปลี่ยนสีและซ่อมแซมหลายครั้งเพื่อเตรียมพร้อมสำหรับบทบาทใหม่ในภาคใต้

สำคัญ

• คูฮา: อดีตคนขับรถพ่วง
• SaHa: อดีตรถพ่วงขนาดกลาง
• MoHa 202: อดีตรถยนต์ขนาดกลาง
• MoHa 203: อดีตรถยนต์ขนาดกลางที่มีระบบรับกระแสไฟฟ้า (pantograph)

• 
  รถไฟ PNR EMU 02 ที่สถานี PNR ซานอันเดรส (กรกฎาคม 2559)
• 
  PNR EMU 02 และ 06 ที่สถานี Tutuban (2559)
• 
  ภายในตู้โดยสารรถไฟ PNR EMU 203 (ปี 2017)
• 
  รถไฟ PNR EMU 05 ออกจากสถานีซานตาเมซา (ธันวาคม 2018)
• 
  รถไฟ PNR EMU สาย 07 ที่สถานีอะลาบัง (เมษายน 2562)
• 
  รถไฟ PNR EMU 04 ที่สถานี FTI (พฤษภาคม 2019)
• 
  รถไฟ PNR EMU 07 ที่สถานี FTI (มิถุนายน 2019)
• 
  รถไฟ PNR EMU 04 ในลายพรางแบบเรียบง่าย ใกล้สถานีสุคัต (ธันวาคม 2020)
• 
  รถไฟ PNR EMU 06 สีฟ้าและส้ม จอดอยู่ใกล้สถานีสุคัตมีหน้าต่างโพลีคาร์บอเนตและเครื่องปรับอากาศจากPT INKA (ธันวาคม 2020)
• 
  รถหัวขบวน PNR EMU 05 พร้อมหน้าต่างโพลีคาร์บอเนต และโลโก้ PNR และJNRที่ห้องคนขับด้านหน้า (ตุลาคม 2021)
• 
  รถไฟ PNR EMU หมายเลข 04/01 สีเทารองพื้น จอดอยู่ที่สถานีซานตาเมซา (มีนาคม 2022)

• เมื่อวันที่ 20 มีนาคม 1995 รถไฟหมายเลข A725K หรือรถไฟชุดมัตสึโดะหมายเลข 67 ซึ่งต่อมาโอนให้แก่การรถไฟแห่งชาติฟิลิปปินส์ในปี 2011 มีส่วนเกี่ยวข้องกับการโจมตีด้วยแก๊สซารินที่เกิดขึ้นบนรถไฟฟ้าใต้ดินโตเกียวสายชิโยดะและอีกสองเหตุการณ์ โดยเกิดขึ้นบนรถไฟที่มุ่งหน้าไปยังสถานีโยโยกิ-อุเอฮาระเวลา 7:48 น. ขณะที่รถไฟกำลังเข้าใกล้สถานีชิน-โอชาโนมิซุ ซึ่งตั้งอยู่ในย่านธุรกิจใจกลางเมืองชิโยดะ สมาชิกคนหนึ่งของทีมได้เจาะถุงบรรจุแก๊สซารินถุงหนึ่งจากสองถุง โดยอีกถุงหนึ่งยังคงสภาพเดิม และลงจากรถไฟที่สถานีชิน-โอชาโนมิซุ จากนั้นรถไฟก็วิ่งต่อไปโดยที่ถุงแก๊สซารินที่ถูกเจาะยังคงรั่วไหลอยู่ จนกระทั่งถึงสถานีคาสุมิกาเซกิ ซึ่งอยู่ห่างออกไปสี่สถานี ที่นั่น ถุงแก๊สถูกนำออกและกำจัดทิ้งโดยเจ้าหน้าที่สถานี ซึ่งมีเจ้าหน้าที่สองคนเสียชีวิต รถไฟวิ่งต่อไปยังสถานีถัดไป ซึ่งถูกหยุดอย่างสมบูรณ์ อพยพผู้โดยสาร และทำความสะอาด

• เมื่อวันที่ 14 มกราคม 2561 ผู้โดยสารในขบวนรถไฟซีรีส์ 203 ได้งัดประตูรถไฟขณะที่รถไฟกำลังเคลื่อนที่^{[ 17 ] [ 18 ]}
• เมื่อวันที่ 16 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2563 ขบวนรถไฟซีรีส์ 203 ประสบเหตุการณ์ขว้างปาหิน ทำให้กระจกประตูเสียหายและผู้โดยสารได้รับบาดเจ็บ 1 ราย^{[ 19 ]}
• เมื่อวันที่ 12 เมษายน พ.ศ. 2565 เด็กอายุ 9-12 ปีเสียชีวิตหลังจากถูกรถไฟ EMU รุ่น 900 ที่ลากรถไฟ EMU รุ่น 203 วิ่งทับที่ทางแยกถนน Antipolo และถนน Ipil ในเขต Sta. Cruz กรุงมะนิลา^{[ 20 ]}
• เมื่อวันที่ 18 เมษายน พ.ศ. 2566 ขบวนรถไฟซีรีส์ 203 ประสบอุบัติเหตุตกรางระหว่างสถานี Pasay Road และสถานี EDSA ^{[ 21 ]}

• เมื่อวันที่ 16 กุมภาพันธ์ 2565 รถไฟรุ่น 203 ชุด MaTo 66 (203-106) ตกรางที่กิโลเมตรที่ 47+0 ช่วง Parungpanjang – Cilejitไม่มีผู้ใดได้รับบาดเจ็บ
• เมื่อวันที่ 28 พฤศจิกายน 2022 รถไฟรุ่น 203 ชุด MaTo 52 (203-2/BUD2) ตกรางสองครั้งที่สถานี Kampung Bandanและสถานี Manggaraiไม่มีผู้ใดได้รับบาดเจ็บ^{[ 22 ] [ 23 ]}

• เมื่อวันที่ 5 สิงหาคม 2568 รถไฟรุ่น 203 ชุด MaTo 69 (203-109) ตกรางบนทางแยกรางรถไฟใกล้กับจาการ์ตา โกตาไม่มีผู้ใดได้รับบาดเจ็บ