ARHGEF6 โครงสร้างที่มีอยู่ พีดีบี การค้นหาออร์โธล็อก: PDBe RCSB รายชื่อรหัส PDB 1UJY , 1WYR
ตัวระบุ ชื่อเรียกอื่น ARHGEF6 , COOL2, Cool-2, MRX46, PIXA, alpha-PIX, alphaPIX, Rac/Cdc42 guanine nucleotide exchange factor 6รหัสภายนอก โอมิม : 300267 ; เอ็มจีไอ : 1920591 ; โฮโมโลยีน : 3561 ; GeneCards : ARHGEF6 ; OMA : ARHGEF6 - ออโธโลจีการแสดงออกของ RNA บีจี มนุษย์ เมาส์ (ออร์โธล็อก)สูงสุดที่แสดงใน กล้ามเนื้อไบเซปส์ เนื้อเยื่อกล้ามเนื้อโครงร่างของกล้ามเนื้อไบเซปส์ เบรคิไอ กลอบัส พัลลิดัสภายใน กล้ามเนื้อวาสตัส ลาเทอราลิส เนื้อเยื่อกล้ามเนื้อโครงร่างของกล้ามเนื้อหน้าท้อง (rectus abdominis) ห้องหัวใจด้านขวา กระดูกหน้าแข้ง เอ็นร้อยหวาย เซลล์โมโนนิวเคลียร์ โมโนไซต์
สูงสุดที่แสดงใน แกสตรูลา ผนังกั้นระหว่างโพรงหัวใจ ต่อมน้ำเหลืองในช่องท้อง แกรนูโลไซต์ กะโหลกศีรษะ กล้ามเนื้อไตรเซปส์ เบรคิไอ กล้ามเนื้อต้นขา ต่อมไทมัส กล้ามเนื้อวาสตัส ลาเทอราลิส ส่วนหัวด้านในของกล้ามเนื้อน่อง
ข้อมูลอ้างอิงเพิ่มเติม
ไบโอจีพีเอส ข้อมูลอ้างอิงเพิ่มเติม
ออนโทโลยีของยีน หน้าที่ระดับโมเลกุล การจับโปรตีน กิจกรรมกระตุ้น GTPase กิจกรรมของปัจจัยแลกเปลี่ยนกัวนิลนิวคลีโอไทด์ ส่วนประกอบของเซลล์ ไซโตซอล การฉายภาพเซลล์ ลาเมลลิโพเดียม กระบวนการทางชีวภาพ การควบคุมเชิงบวกของกระบวนการอะพอพโทซิส แคสเคด เจเอ็นเค การควบคุมการส่งสัญญาณของโปรตีน Rho การควบคุมการส่งสัญญาณผ่าน GTPase ขนาดเล็ก การประกอบลาเมลลิโพเดียม กระบวนการอะพอพโทซิส การควบคุมเชิงบวกของกิจกรรม GTPase วิถีการส่งสัญญาณของตัวรับที่เชื่อมโยงกับโปรตีนจี แหล่งที่มา: Amigo / QuickGO
ออร์โธล็อก สายพันธุ์ มนุษย์ หนู เอนเทรซ วงดนตรี ยูนิโปรท RefSeq (mRNA) RefSeq (โปรตีน) NP_690014 NP_001345502 NP_001392097 NP_001392098 NP_001392099 NP_001392100 NP_001392101 NP_001392102 NP_001392103 NP_001392104 NP_001392105
สถานที่ตั้ง (UCSC) โครโมโซม X: 136.67 – 136.78 เมกะไบต์ โครโมโซม X: 57.23 – 57.34 เมกะไบต์ ใน PubMed [ 3 ] [ 4 ]
วิกิดาต้า
Rho guanine nucleotide exchange factor 6 เป็นโปรตีน ที่ในมนุษย์ถูกเข้ารหัสโดยยีน ARHGEF6 [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]
ARHGEF6 เป็นที่รู้จักกันทั่วไปในชื่อp21 - activated protein kinase exchange factor alpha (alpha-PIX หรือ αPIX) เนื่องจากได้รับการระบุโดยการจับกับp21-activated kinase (PAK) และยังมีโดเมน guanine nucleotide exchange factor อีก ด้วย 6 ]
โดเมนและฟังก์ชัน αPIX เป็นโปรตีนหลายโดเมนที่ทำหน้าที่ทั้งเป็นโปรตีนโครงร่าง การส่งสัญญาณ และเป็นเอนไซม์[ 8 ] αPIX ARHGEF7/βPIX ที่มีความคล้ายคลึงกันสูง αPIX ประกอบด้วยโดเมน DH/PH RhoGEF ตรงกลาง ซึ่งทำหน้าที่เป็นตัวแลกเปลี่ยนนิวคลีโอไทด์กัวนีน (GEF) สำหรับGTPase ขนาดเล็ก ในตระกูล Rho โดยเฉพาะRac และCdc42 [ 6 ] GDP จากโปรตีนที่จับกับ GTP ขนาดเล็กที่ไม่ทำงานและการจับกับGTP เพื่อส่งเสริมการกระตุ้นการทำงาน โครงร่างการส่งสัญญาณจะจับกับพันธมิตรที่เฉพาะเจาะจงเพื่อส่งเสริมการส่งสัญญาณที่มีประสิทธิภาพโดยการจัดเรียงองค์ประกอบตามลำดับของเส้นทางให้ใกล้กันเพื่ออำนวยความสะดวกในการโต้ตอบ/การถ่ายโอนข้อมูล และยังโดยการยึดคอมเพล็กซ์โปรตีนพันธมิตรเหล่านี้ไว้ในตำแหน่งที่เฉพาะเจาะจงภายในเซลล์เพื่อส่งเสริมการส่งสัญญาณในระดับท้องถิ่นหรือระดับภูมิภาค ในกรณีของ αPIX โดเมน SH3 ของมัน จะจับกับโปรตีนพันธมิตรที่มีโมทีฟโพลีโพรลีนที่เหมาะสม และโดยเฉพาะอย่างยิ่งกับไคเนสที่กระตุ้นด้วย p21 กลุ่ม I (PAK) ( PAK1 , PAK2 และPAK3 ) [ 6 ] โปรตีนไคเนส ทำให้เกิดการฟอสโฟรีเลชัน ของโปรตีนเป้าหมาย ปลายทาง เนื่องจาก αPIX สามารถกระตุ้น GTPase ขนาดเล็ก “p21” เช่น Rac1 หรือ Cdc42 ผ่านกิจกรรม GEF ของมัน คอมเพล็กซ์ αPIX/PAK/Rac นี้จึงเป็นตัวอย่างของฟังก์ชันโครงสร้าง ในเชิงโครงสร้าง αPIX จะประกอบเป็นไตรเมอร์ผ่านโดเมน coiled-coil ที่ปลายคาร์บอกซิล และยังโต้ตอบกับไดเมอร์ของGIT1 หรือGIT2 ผ่านโดเมนที่จับกับ GIT ที่อยู่ใกล้เคียงเพื่อสร้างคอมเพล็กซ์ GIT-PIX แบบโอลิโกเมอร์[ 8 ] Calponin Homology (CH) ที่ปลายอะมิโน ซึ่งฟังก์ชันยังไม่ชัดเจนนัก แต่โต้ตอบกับโปรตีนในตระกูล parvin/affixin [ 9 ] [ 8 ]
เนื่องจากยีน ARHGEF6 ตั้งอยู่บนโครโมโซม X ทำให้เพศชายมีสำเนาเพียงชุดเดียว การกลายพันธุ์ในยีนนี้ในมนุษย์จึงสามารถทำให้เกิดความบกพร่องทางสติปัญญาที่ไม่จำเพาะเจาะจงที่เชื่อมโยงกับโครโมโซม X ได้ [ 10 ] [ 11 ] ไซแนปส์ ประสาท [ 12 ] ของเซลล์ T ภูมิคุ้มกัน [ 13 ] สูญเสียการได้ยิน [ 14 ]
ปฏิสัมพันธ์ มีรายงานว่า αPIX มีปฏิสัมพันธ์กับโปรตีนมากกว่า 40 ชนิด[ 8 ] [ 15 ]
โปรตีนที่มีปฏิสัมพันธ์หลัก ได้แก่:
ลิงก์ภายนอก ตำแหน่งจีโนมของยีน ARHGEF6 ในมนุษย์ และ รายละเอียดของยีน ARHGEF6 ใน UCSC Genome Browser ภาพรวมของข้อมูลโครงสร้างทั้งหมดที่มีอยู่ใน PDB สำหรับ UniProt : Q15052 (Human Rho guanine nucleotide exchange factor 6) ที่ PDBe- KB ภาพรวมของข้อมูลโครงสร้างทั้งหมดที่มีอยู่ใน PDB สำหรับ UniProt : Q8K4I3 (Mouse Rho guanine nucleotide exchange factor 6) ที่ PDBe- KB
อ่านเพิ่มเติม Yntema HG, Hamel BC, Smits AP และ คณะ (1999). "การระบุตำแหน่งของยีนสำหรับภาวะปัญญาอ่อนที่เชื่อมโยงกับโครโมโซม X แบบไม่จำเพาะ (MRX46) ที่ Xq25-q26" . J. Med. Genet . 35 (10): 801– 5. doi : 10.1136/jmg.35.10.801 . PMC 1051453 . PMID 9783701 . Yoshii S, Tanaka M, Otsuki Y และ คณะ (1999). "ปัจจัยแลกเปลี่ยนนิวคลีโอไทด์ alphaPIX ถูกกระตุ้นโดยการโต้ตอบกับฟอสฟาติดิลอินโนซิทอล 3-ไคเนส" Oncogene . 18 ( 41): 5680– 90. doi : 10.1038/sj.onc.1202936 . PMID 10523848 . Brown A, Wang X, Sawai E, Cheng-Mayer C (1999). "การกระตุ้นไคเนสที่เกี่ยวข้องกับ PAK โดย Nef ของไวรัสภูมิคุ้มกันบกพร่องของมนุษย์ชนิดที่ 1 ในลิมโฟไซต์และแมโครฟาจในเลือดส่วนปลายของมนุษย์นำไปสู่การฟอสโฟรีเลชันของคอมเพล็กซ์ PIX-p95" J. Virol . 73 ( 12): 9899– 907. doi : 10.1128/JVI.73.12.9899-9907.1999 . PMC 113039. PMID 10559302 . Premont RT, Claing A, Vitale N และ คณะ (2000). "ตระกูล GIT ของโปรตีนกระตุ้น GTPase ของปัจจัย ADP-ribosylation ความหลากหลายเชิงหน้าที่ของ GIT2 ผ่านการตัดต่อทางเลือก" . J. Biol. Chem . 275 (29): 22373– 80. doi : 10.1074/jbc.275.29.22373 . PMID 10896954 . Lower KM, Gecz J (2001). "การจำแนกลักษณะของ ARHGEF6 ซึ่งเป็นปัจจัยแลกเปลี่ยนนิวคลีโอไทด์กัวนีนสำหรับ Rho GTPases และยีนที่อาจเกี่ยวข้องกับภาวะปัญญาอ่อนที่เชื่อมโยงกับโครโมโซม X: การคัดกรองการกลายพันธุ์ในกลุ่มอาการ Börjeson-Forssman-Lehmann และ MRX27" Am. J. Med. Genet . 100 (1): 43– 8. doi : 10.1002/ajmg.1189 . PMID 11337747 . Yoshii S, Tanaka M, Otsuki Y และ คณะ (2001). "การมีส่วนร่วมของปัจจัยแลกเปลี่ยนที่โต้ตอบกับอัลฟา-PAK ในการกระตุ้น PAK1-c-Jun NH(2)-terminal kinase 1 และการเกิดอะพอพโทซิสที่เกิดจากเบนโซ[ a ] ไพรีน" . Mol. Cell. Biol . 21 (20): 6796– 807. doi : 10.1128/MCB.21.20.6796-6807.2001 . PMC 99857 . PMID 11564864 . Vikis HG, Li W, Guan KL (2002). "การโต้ตอบระหว่าง plexin-B1/Rac ยับยั้งการกระตุ้น PAK และเพิ่มการจับลิแกนด์ Sema4D" Genes Dev . 16 (7): 836– 45. doi : 10.1101/gad.966402 . PMC 186329 . PMID 11937491 . Flanders JA, Feng Q, Bagrodia S และ คณะ (2003). "โปรตีน Cbl เป็นคู่พันธะสำหรับโปรตีนที่จับกับไคเนสที่กระตุ้นโดย p21 ในตระกูล Cool/Pix" FEBS Lett . 550 ( 1–3 ): 119–23 . Bibcode : 2003FEBSL.550..119F . doi : 10.1016/S0014-5793(03)00853-6 . PMID 12935897. S2CID 46540220 . Brill LM, Salomon AR, Ficarro SB และ คณะ (2004). "การสร้างโปรไฟล์ฟอสโฟโปรตีโอมิกที่แข็งแกร่งของตำแหน่งฟอสโฟรีเลชันของไทโรซีนจากเซลล์ T ของมนุษย์โดยใช้โครมาโทกราฟีความสัมพันธ์กับโลหะที่ตรึงอยู่กับที่และแมสสเปกโทรเมตรีแบบคู่ขนาน" Anal. Chem . 76 (10): 2763–72 . Bibcode : 2004AnaCh..76.2763B . doi : 10.1021/ac035352d . PMID 15144186 . Beausoleil SA, Jedrychowski M, Schwartz D และ คณะ (2004). "การศึกษาลักษณะเฉพาะของโปรตีนฟอสโฟในนิวเคลียสของเซลล์ HeLa ในวงกว้าง" Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 101 (33): 12130– 5. Bibcode : 2004PNAS..10112130B . doi : 10.1073/pnas.0404720101 . PMC 514446 . PMID 15302935 . Jin J, Smith FD, Stark C และ คณะ (2004). "การวิเคราะห์โปรตีนที่จับกับ 14-3-3 ในร่างกายที่เกี่ยวข้องกับการควบคุมโครงสร้างเซลล์และการจัดระเบียบเซลล์" Curr . Biol . 14 (16): 1436– 50. Bibcode : 2004CBio...14.1436J . doi : 10.1016/j.cub.2004.07.051 . PMID 15324660. S2CID 2371325 . 
