หลังจากการปะทุของสงครามแปซิฟิกกองบัญชาการกองทัพที่ 1 พร้อมด้วยกองพลที่ 6 และ 7 ได้รับการปลดประจำการจากตะวันออกกลางเพื่อรับมือกับภัยคุกคามจากการรุกคืบของญี่ปุ่นในมหาสมุทรแปซิฟิก^{[ 18 ]}กองพลเหล่านี้เดินทางออกจากอียิปต์ทางทะเลโดยขบวนเรือหลายขบวนระหว่างเดือนมกราคมถึงมีนาคม พ.ศ. 2485 ^{[ 19 ]}อย่างไรก็ตาม กองพลที่ 9 จะยังคงอยู่ในตะวันออกกลางตามคำขอ^{[ 20 ]}และจะได้เข้าร่วมการรบเพิ่มเติมในยุทธการเอลอะลาเมนครั้งที่ 1และ 2 ซึ่งพวกเขาจะได้รับมอบหมายให้สังกัดกองทัพที่ 30 ของอังกฤษ^{[ 21 ]}

เมื่อสถานการณ์ในมหาสมุทรแปซิฟิกเลวร้ายลงสำหรับฝ่ายสัมพันธมิตร จึงมีการวางแผนที่จะส่งกองบัญชาการกองทัพที่ 1 และกองพลที่ 6 และ 7 ไปยัง^{สุมาตรา}ชวา[ ​​19 ] ^{หรืออาจ}จะไปยังพม่าเพื่อช่วยยับยั้งการรุกคืบของญี่ปุ่นในย่างกุ้งคณะล่วงหน้าซึ่งรวมถึงผู้บัญชาการกองทัพ ลาวารัค ได้บินไปยังชวาก่อนการยกพลขึ้นบกและให้คำแนะนำไม่ให้ส่งกำลังไปที่นั่น โดยแนะนำว่าควรส่งไปยังพม่าแทน ในที่สุดรัฐบาลออสเตรเลียก็ปฏิเสธคำขอที่จะเปลี่ยนเส้นทางกองพลที่ 7 ไปยังย่างกุ้ง^{[ 22 ]}และถึงแม้ว่ากำลังส่วนใหญ่จะกลับไปยังออสเตรเลีย ลาวารัคก็ไม่สามารถป้องกันไม่ให้บางส่วนยกพลขึ้นบกในชวาได้ โดยส่วนใหญ่เป็นทหารบนเรือขนส่ง Orcadesซึ่งประกอบด้วยกองพันปืนกล (กองพันที่2/3 ) และกองพันทหารช่าง (กองพันที่2/2 ) รวมถึงวิศวกร เจ้าหน้าที่ขนส่ง และเจ้าหน้าที่ทางการแพทย์ ซึ่งกลายเป็นส่วนหนึ่งของ Blackforce ภายใต้การนำของพลจัตวาอาเธอร์ แบล็กเบิ ร์ น^{[ 23 ]}กองกำลังนี้ต่อสู้เคียงข้างกองกำลังสหรัฐฯ และดัตช์เป็นเวลาสั้นๆ ก่อนที่จะถูกโจมตีจนพ่ายแพ้และถูกจับเป็นเชลย^{[ 24 ] [ 25 ]}

กองบัญชาการกองทัพที่ 1 ถูกย้ายไปออสเตรเลียในเวลาต่อมา โดยไปถึงแอดิเลดในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2485 จากนั้นจึงย้ายไปเมลเบิร์น กองพลที่ 7 ถูกส่งไปประจำการทางตอนเหนือของนิวเซาท์เวลส์^{[ 26 ]}ในขณะที่กองพลที่ 6 (ยกเว้นกองพลทหารราบที่ 19ซึ่งถูกส่งไปประจำการที่ดาร์วิน) ถูกแยกไปประจำการที่ซีลอนเพื่อจัดตั้งกองกำลังป้องกันการโจมตีของญี่ปุ่นที่อาจเกิดขึ้น การรุกรานไม่ได้เกิดขึ้นจริง และชาวออสเตรเลียยังคงอยู่บนเกาะจนถึงเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2485 ^{[ 27 ]}และในที่สุดก็เดินทางถึงออสเตรเลียในเดือนถัดมา^{[ 28 ]}

ในขณะที่กองพลน้อยที่ 16 และ 17 ประจำการอยู่ที่ศรีลังกา กองทัพบกในออสเตรเลียได้ทำการปรับโครงสร้างครั้งสำคัญเพื่อรับมือกับภัยคุกคามจากการรุกรานของญี่ปุ่นที่อาจเกิดขึ้นได้ ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2485 กองบัญชาการกองทัพที่ 1 ถูกใช้เพื่อจัดตั้งหน่วยระดับกองทัพบก คือกองทัพที่ 1และกองบัญชาการกองทัพที่ 1 แห่งใหม่ถูกจัดตั้งขึ้นจากกองบัญชาการภาคใต้ (เดิมคือเขตทหารที่ 3 ) ^{[ 29 ]}กองทัพที่ 1 อยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของพลโทซิดนีย์ โรเวลล์ในช่วงเวลานี้^{[ 30 ]}ได้รับมอบหมายให้ป้องกันทางตอนใต้ของรัฐควีนส์แลนด์ กองทัพที่ 1 แห่งใหม่ได้ย้ายไปยังเมืองเอสก์ รัฐควีนส์แลนด์ซึ่งกลายเป็นส่วนหนึ่งของกองทัพที่ 1 และบังคับบัญชากองกำลังในทางตอนเหนือของรัฐนิวเซาท์เวลส์และรัฐควีนส์แลนด์ รวมถึงกองพลทหารราบที่ 25 กองกำลังคุ้มกันบริสเบน กองพลทหารราบที่ 7 กองพลยานยนต์ที่ 1 และส่วนที่เหลือของกองพลที่ 7 ซึ่งถูกเก็บไว้เป็นกองกำลังสำรองรอบๆ เมืองเกลน อินเนส รัฐนิวเซาท์เวลส์ [ ^{29 ]}ในการมอบหมายภารกิจนี้ กองทัพที่ 1 ได้เข้าร่วมกับกองทัพที่ 2ซึ่งเป็นหนึ่งในสองกองทัพ (อีกกองทัพหนึ่งคือ กองทัพ ^ที่ 3 ) ที่จัดตั้งขึ้นในเวลานั้น^{[ 31 ]}ในเดือนพฤษภาคม ในปี พ.ศ. 2485 กองทัพได้รับการเสริมกำลังด้วยกองพลทหารราบที่ 3 ที่เหลืออยู่ แม้ว่าพวกเขาจะถูกโอนไปยังกองทัพที่ 2 ในเดือนกรกฎาคม และเคลื่อนไปทางเหนือมากขึ้น และถูกแทนที่ภายในกองทัพที่ 1 โดย กองพลทหารราบที่ 32ของสหรัฐฯ^{[ 29 ]}

เมื่อการสู้รบในนิวกินีทวีความรุนแรงขึ้นและกองทัพญี่ปุ่นรุกคืบไปไกลกว่าโคโคดาจึงมีการวางแผนเสริมกำลังทหารตามเส้นทางโคโคดาส่งผลให้ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2485 กองบัญชาการกองทัพที่ 1 ได้เคลื่อนพลไปยังพอร์ตมอร์สบีซึ่งพวกเขารับช่วงต่อจากกองบัญชาการกองกำลังนิวกินี ที่มีอยู่เดิม และกลายเป็นกองบัญชาการกองทัพที่ 1 และกองกำลังนิวกินี แม้ว่าในทางปฏิบัติแล้วจะถูกเรียกว่ากองกำลังนิวกินีก็ตาม กองกำลังนี้ได้บัญชาการทหารรอบอ่าวมิลน์ ซึ่งต่อมาได้ขับไล่การยกพลขึ้นบกของญี่ปุ่นรวมถึงกองทหารของกองพลที่ 7 ที่เคลื่อนพลไปตามเส้นทาง กองทหารของกองพลที่ 6 รอบพอร์ตมอร์สบี และกองกำลังคังก้ารอบเมืองวาอู^{[ 29 ]}

ในช่วงปลายเดือนกันยายน หลังจากการถอนกำลังจากอิโอริไบวาบลาเมย์ตัดสินใจเปลี่ยนตัวโรเวลล์จากตำแหน่งผู้บัญชาการกองทัพด้วยพลโทเอ็ดมันด์ เฮอร์ริงซึ่งเคยบัญชาการกองทัพที่ 2 มาก่อน^{[ 32 ]}ในเดือนตุลาคมและพฤศจิกายน กองทัพญี่ปุ่นเริ่มถอนกำลัง และกองทัพออสเตรเลีย – พร้อมด้วยกำลังพลจากกองพลที่ 6 และ 7 – ได้ทำการรุกตอบโต้ ทำให้พวกเขาสามารถยึดโคโคดาคืนได้ จากนั้นจึงรุกคืบไปทางเหนือสู่หัวหาดของญี่ปุ่นรอบๆบูนาและโกนาหัวหาดเหล่านี้ถูกยึดได้ในที่สุดในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2485 และมกราคม พ.ศ. 2486 โดยกองกำลังออสเตรเลียและสหรัฐฯ จากกองพลทหารราบที่ 7 และ 32 หลังจากการต่อสู้อย่างหนัก^{[ 33 ]}ในช่วงเวลานี้ ระหว่างเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2485 ถึงมกราคม พ.ศ. 2486 กองกำลังนิวกินีได้ส่งกองบัญชาการล่วงหน้าไปควบคุมการต่อสู้^{[ 29 ]}

หลังจากการยึดครองปาปัวตอนเหนือ กองกำลังนิวกินีได้รับการปรับโครงสร้างใหม่ และหน่วยรบใหม่เริ่มทยอยเข้ามา ในขณะเดียวกัน ตลอดครึ่งแรกของปี 1943 ปฏิบัติการของออสเตรเลียเน้นไปที่การยึดครองซาลาเมาวาซึ่งมีการสู้รบหลายครั้งเพื่อรักษาซาลาเมาวาไว้ก่อนการรุกคืบไปยังลาเอในเดือนสิงหาคม 1943 กองบัญชาการกองทัพน้อยที่ 1 แห่งใหม่ถูกจัดตั้งขึ้นจากเจ้าหน้าที่กองบัญชาการกองกำลังนิวกินี และกองบัญชาการกองทัพน้อยได้ตั้งขึ้นที่ดอบดูรา ซึ่งได้รับมอบหมายให้เป็นส่วนหนึ่งของกองกำลังนิวกินีในฐานะกองบัญชาการระดับกองทัพบก กองทัพน้อยที่ 1 ได้รับมอบหมายให้ยึดครองลาเอ โดยได้รับกองพลทหารราบที่ 7 ซึ่งในต้นเดือนกันยายน 1943 ได้ถูกส่งทางอากาศไปยังนาซับและโจมตีทางบกจากที่นั่น และกองพลทหารราบที่ 9 ซึ่งทำการยกพลขึ้นบกทางตะวันออกของลาเอ ก่อนที่จะโจมตีไปตามแนวชายฝั่ง^{[ 34 ] [ 35 ]}เมืองลาเอถูกยึดได้เร็วกว่าที่คาดไว้ และต่อมาในเดือนเดียวกัน กองกำลังจากกองพลที่ 9 ได้เข้ายึดหาดสการ์เล็ตซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของปฏิบัติการเพื่อยึดคาบสมุทรฮูออนขณะที่กองพลที่ 7 เริ่มปฏิบัติการเพื่อยึดหุบเขามาร์กแฮมและรามูอย่างไรก็ตาม ในเดือนถัดมา กองบัญชาการกองทัพที่ 1 ได้รับการเปลี่ยนกำลังโดยกองทัพที่ 2 เนื่องจากกำลังพลต้องการพักผ่อน และต่อมาพวกเขาก็เดินทางกลับออสเตรเลีย กองทัพที่ 2 และกองกำลังนิวกินีจะบัญชาการปฏิบัติการต่อจากที่กองทัพที่ 1 เริ่มต้นไว้ ซึ่งจบลงด้วยการยึดเมือง มาดัง ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2487 ^{[ 36 ]}

ในขณะเดียวกัน ในออสเตรเลีย กองบัญชาการกองทัพที่ 1 ได้จัดตั้งขึ้นใหม่ที่Barrine รัฐควีนส์แลนด์ซึ่งรับหน้าที่บัญชาการหน่วยต่างๆ ที่กำลังพักผ่อนและฝึกฝนก่อนที่จะส่งไปปฏิบัติการเพิ่มเติม ในเวลานี้ กองทัพได้รับมอบหมายให้ดูแลกองพลทหารราบที่ 3 และ 6 ซึ่งตั้งอยู่ที่KairiและWondeclaตามลำดับ ในช่วงต้นปี 1944 กองทัพยังได้รับมอบหมายให้ดูแลกองพลทหารราบที่ 9 ที่Ravenshoeหลังจากเดินทางกลับจากนิวกินีเพื่อพักผ่อน^{[ 35 ]}ในเดือนกุมภาพันธ์ 1944 Herring เกษียณอายุราชการ และการบังคับบัญชากองทัพที่ 1 ได้ถูกโอนไปให้พลโทStanley Savige ชั่วคราว ในเดือนเมษายน 1944 กองบัญชาการกองทัพที่ 1 ได้ส่งกำลังเสริมไปยังกองบัญชาการกองทัพที่ 2 แม้ว่าจะไม่มีการเปลี่ยนชื่อในเวลานี้ และกองทัพที่ 1 ยังคงอยู่ในออสเตรเลียเพื่อบัญชาการกองพล AIF ที่ 2 ในขณะที่กองทัพที่ 2 รับช่วงต่อกองพลทหารอาสาสมัครที่ถูกส่งไปประจำการ ได้แก่ กองพลที่ 3, 5 และ 11 ด้วยเหตุนี้ พลโทแฟรงค์ เบอร์รีแมนจึงเข้ารับตำแหน่งผู้บัญชาการกองทัพที่ 1 ^{[ 37 ]}สอดคล้องกับเรื่องนี้ กองพลทหารราบที่ 7 จึงถูกโอนไปยังกองทัพที่ 1 ในเวลานี้ เนื่องจากพวกเขากลับมาจากนิวกินีเพื่อพักผ่อน แม้ว่าพวกเขาจะตั้งฐานอยู่ทางใต้มากกว่าหน่วยอื่นๆ บริเวณสแตรธไพน์ในขณะเดียวกัน กองพลทหารราบที่ 3 ก็ถูกส่งไปประจำการที่นิวกินีอีกครั้ง และกองพลทหารราบที่ 7 ก็ย้ายไปที่ไครี เพื่อรวมกำลังให้ใกล้กับหน่วยอื่นๆ ของกองทัพที่ 1 มากขึ้น^{[ 35 ]}

ตลอดปี 1944 มีการวางแผนให้กองทัพที่ 1 ถูกใช้ในฟิลิปปินส์และอัมบอน แต่ในที่สุดแผนเหล่านี้ก็ไม่ได้ถูกนำไปปฏิบัติ เนื่องจากบทบาทของกองกำลังออสเตรเลียในแปซิฟิกลดลง และกองกำลังสหรัฐฯ มีอำนาจเหนือกว่า^{[ 35 ] [ 38 ]}ในเดือนตุลาคม 1944 พลโทเลสลี มอร์สเฮดได้เข้ารับตำแหน่งผู้บัญชาการกองทัพ^{[ 39 ]}ในที่สุด ก็มีการตัดสินใจว่ากองกำลังนี้จะถูกส่งไปปฏิบัติการเพื่อยึดบอร์เนียวคืนในช่วงกลางปี ​​1945 ^{[ 35 ]}เพื่อรักษาฐานทัพอากาศและฐานทัพเรือที่สำคัญ เพื่อให้สามารถปฏิบัติการเพิ่มเติมในที่อื่นๆ ในบอร์เนียว และต่อมาในชวา^{[ ​​40 ] [ 41 ]}

สำหรับการปฏิบัติการ กองทัพถูกจัดให้อยู่ภายใต้การบังคับบัญชา โดยตรง ของ พลเอก ดักลาส แมคอาเธอร์แทนที่จะถูกมอบหมายให้กองทัพที่ 8ของ สหรัฐฯ ^{[ 42 ]}หน่วยส่วนหน้าของกองบัญชาการกองทัพที่ 1 ได้ย้ายไปยังเกาะโมโรไตในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2488 ตามมาด้วยส่วนที่เหลือของกองบัญชาการในเดือนถัดไป จากที่นั่น พวกเขาได้สั่งการปฏิบัติการยกพลขึ้นบกหลายครั้งที่ดำเนินการโดยกองพลที่ 7 และ 9 ที่ทาราคานบอร์เนียวเหนือและบาลิกปาปันตลอดเดือนพฤษภาคม มิถุนายน และกรกฎาคม^{[ 35 ]}ในทุกสถานที่ เป้าหมายถูกยึดได้ แม้ว่าจะเผชิญกับการต่อต้านที่แข็งแกร่งกว่าที่คาดไว้ในบางกรณี ส่งผลให้มีผู้บาดเจ็บล้มตายจำนวนมาก หลังจากนั้นชาวออสเตรเลียก็รุกคืบเข้าไปในแผ่นดินลึกขึ้น ดำเนินการกวาดล้าง ที่ทาราคาน สนามบินถูกยึดได้ห้าวันหลังจากการยกพลขึ้นบก แต่ได้รับความเสียหายอย่างหนักและในที่สุดก็ไม่มีบทบาทในการปฏิบัติการในภายหลัง ในขณะเดียวกัน ในบอร์เนียวเหนือ หลังจากปฏิบัติการรักษาความปลอดภัยที่ลาบวนและบรูไนประสบความสำเร็จ การยกพลขึ้นบกครั้งที่สองจึงเกิดขึ้นบริเวณเวสตัน ตามด้วยการรุกคืบไปยังโบฟอร์ต ซึ่งถูกยึดได้หลังจากการปะทะอย่างหนักส่งผลให้ทหารญี่ปุ่นเสียชีวิตกว่า 100 นาย ในช่วงกลางเดือนกรกฎาคม การต่อต้านหลักรอบบัลคิปาปันและพื้นที่ชายฝั่งถูกเอาชนะได้ และทหารญี่ปุ่นที่ป้องกันได้ถอนตัวเข้าไปในเนินเขาที่อยู่ลึกเข้าไปในแผ่นดิน^{[ 43 ]}

หลังจากการยุติการสู้รบในเดือนสิงหาคม กองทัพได้รับมอบหมายให้รับผิดชอบในการอำนวยความสะดวกให้ญี่ปุ่นยอมจำนนบนเกาะบอร์เนียว และเตรียมการเพื่อส่งมอบพื้นที่คืนให้กับการปกครองอาณานิคมของเนเธอร์แลนด์ในยุคหลังสงคราม^{[ 35 ]}ซึ่งรวมถึงการลาดตระเวนในพื้นที่และลาดตระเวนป้องกันเพื่อรักษากฎหมายและความสงบเรียบร้อย และรักษาความปลอดภัยให้กับทหารญี่ปุ่นที่ยังไม่ยอมจำนน ในส่วนหนึ่งของกระบวนการปลดประจำการ กองบัญชาการกองทัพที่ 1 ปิดทำการในวันที่ 15 กันยายน พ.ศ. 2488 ซึ่งในเวลานั้นกองพลต่างๆ ที่ประกอบขึ้นเป็นกองทัพถูกโอนไปอยู่ภายใต้การบังคับบัญชาโดยตรงของกองบัญชาการภาคพื้นดินขั้นสูง^{[ 44 ]}ในยุคหลังสงคราม กองทัพออสเตรเลียไม่ได้จัดตั้งหน่วยระดับกองทัพขึ้นอีก^{[ 45 ]}