การแผ่รังสีของไฟลัมผู้สมัคร
ภาพวาดแบคทีเรีย CPR จากตัวอย่าง "GWB1"
การจำแนกทางวิทยาศาสตร์
โดเมน:	แบคทีเรีย
อาณาจักร:	incertae sedis
กลุ่มไม่เป็นทางการ :	ไฟลัมแบคทีเรียที่น่าจะเป็นไปได้
กลุ่มไม่เป็นทางการ :	การแผ่รังสีของไฟลัมผู้สมัคร
ไฟลัม[ 1 ] [ 2 ]
" เอลูลิไมโครไบโอตา " มินิซินค็อกโคตา
คำพ้องความหมาย
ซูเปอร์ไฟลัม: "Patescibacteria" Rinke และคณะ 2013 ไฟลัม: "Patescibacteria" สวนสาธารณะ และคณะ 2018 "Patescibacteriota" Dutkiewicz และคณะ 2025

กลุ่ม แบคทีเรีย ที่กำลังวิวัฒนาการ (เรียกอีกอย่างว่ากลุ่ม CPR ) เป็นกลุ่มแบคทีเรียที่มีการวิวัฒนาการ อย่างกว้างขวาง โดยสมาชิกส่วนใหญ่ไม่สามารถเพาะเลี้ยงได้ และรู้จักกันเฉพาะจาก เมตาจีโนมิกส์และการลำดับดีเอ็นเอระดับเซลล์เดียวเท่านั้น แบคทีเรียกลุ่ม นี้ถูกเรียกว่านาโนแบคทีเรีย (ไม่ควรสับสนกับอนุภาคนาโนที่ไม่มีชีวิตซึ่งมีชื่อเดียวกัน ) หรือแบคทีเรียขนาดเล็กมากเนื่องจากมีขนาดเล็กกว่าแบคทีเรียชนิดอื่น (ระดับนาโนเมตร)

เดิมที (ประมาณปี 2016) มีการเสนอว่า CPR คิดเป็นสัดส่วนมากกว่า 15% ของความหลากหลายของแบคทีเรียทั้งหมด และอาจประกอบด้วยไฟลัมที่แตกต่างกันมากกว่า 70 ไฟลัม^{[ 3 ]}อย่างไรก็ตามฐานข้อมูลอนุกรมวิธานจีโนม (2018) ซึ่งอิงตามความแตกต่างทางวิวัฒนาการสัมพัทธ์ พบว่า CPR เป็นเพียงไฟลัมเดียว^{[ 4 ]}โดยตัวเลขก่อนหน้านี้สูงเกินจริงเนื่องจากวิวัฒนาการอย่างรวดเร็วของโปรตีนไรโบโซม^{[ 5 ]}โดยทั่วไปแล้วสายพันธุ์ CPR มีลักษณะเป็นจีโนม ขนาดเล็ก และขาดวิถีการสังเคราะห์ทางชีวภาพและ โปรตีน ไรโบโซม หลายอย่าง ซึ่งนำไปสู่การคาดการณ์ว่าพวกมันน่าจะเป็นสิ่งมีชีวิตร่วมอาศัยที่จำเป็น^{[ 6 ] [ 7 ]}

งานวิจัยก่อนหน้านี้เสนอซูเปอร์ไฟลัมที่เรียกว่าPatescibacteriaซึ่งครอบคลุมไฟลัมหลายไฟลัมที่ต่อมาถูกจัดอยู่ในกลุ่ม CPR ^{[ 8 ]}ดังนั้น Patescibacteria และ CPR จึงมักถูกใช้เป็นคำพ้องความหมาย^{[ 9 ]}ชื่อเดิมไม่จำเป็นต้องล้าสมัย ตัวอย่างเช่น GTDB ใช้ชื่อที่คล้ายกันคือPatescibacteriotaเนื่องจากถือว่ากลุ่ม CPR เป็นไฟลัม^{[ 4 ]}

แม้ว่าจะมีข้อยกเว้นอยู่บ้าง แต่โดยทั่วไปแล้วสมาชิกของกลุ่มไฟลัมที่คาดว่าจะมีการแผ่ขยายนั้นขาดวิถีการสังเคราะห์ทางชีวภาพหลายอย่างสำหรับกรดอะมิโนและนิวคลีโอไทด์หลายชนิด จนถึงปัจจุบัน ยังไม่มีหลักฐานทางจีโนมใดที่บ่งชี้ว่าพวกมันสามารถผลิตไขมันที่จำเป็นสำหรับการสร้างเยื่อหุ้มเซลล์ได้^{[ 7 ]} นอกจากนี้ พวกมันยังมีแนวโน้มที่จะขาด วงจร TCA ที่สมบูรณ์ และคอมเพล็กซ์ของห่วงโซ่การขนส่งอิเล็กตรอน รวมถึง ATP synthase การขาดวิถีสำคัญหลายอย่างที่พบในโปรคาริโอตอิสระส่วนใหญ่บ่งชี้ว่ากลุ่มไฟลัมที่คาดว่าจะมีการแผ่ขยายนั้นประกอบด้วยซิมไบโอนต์ที่ต้องอาศัยการหมัก^{[ 10 ]}

นอกจากนี้ สมาชิกของ CPR ยังมีคุณลักษณะของไรโบโซมที่เป็นเอกลักษณ์ แม้ว่าโดยทั่วไปแล้วสมาชิกของ CPR จะไม่สามารถเพาะเลี้ยงได้ และด้วยเหตุนี้จึงตรวจไม่พบในวิธีการที่ต้องอาศัยการเพาะเลี้ยง แต่พวกเขาก็มักจะตรวจไม่พบในการศึกษาที่ไม่ต้องอาศัยการเพาะเลี้ยงซึ่งอาศัย ลำดับ 16S rRNAยีน rRNA ของพวกเขาดูเหมือนจะเข้ารหัสโปรตีนและมีอินทรอนที่ตัดต่อตัวเองซึ่งเป็นคุณลักษณะที่พบได้ยากในแบคทีเรีย แม้ว่าจะเคยมีการรายงานมาก่อนแล้วก็ตาม^{[ 11 ]} เนื่องจากอินทรอนเหล่านี้ สมาชิกของ CPR จึงไม่ถูกตรวจพบในวิธีการที่ต้องอาศัย 16S นอกจากนี้ สมาชิก CPR ทั้งหมดขาดโปรตีนไรโบโซม L30ซึ่งเป็นลักษณะที่มักพบในซิมไบออนต์^{[ 10 ]}

ลักษณะหลายอย่างของมันคล้ายคลึงหรือเทียบเคียงได้กับอาร์เคียขนาดเล็กมาก (Nanobdellati) ^{[ 7 ]}

จากการวิเคราะห์ทางวิวัฒนาการเบื้องต้นของกลุ่มนี้โดยอาศัยโปรตีนไรโบโซมและโปรไฟล์การเกิดของตระกูลโปรตีนพบว่ากลุ่มไฟลัมที่คาดว่าจะเป็น กลุ่ม พี่น้อง กับแบคทีเรียอื่นๆ ทั้งหมด การศึกษาเหล่านี้พบวิวัฒนาการระหว่างไฟลัมและซูเปอร์ไฟลัมดังต่อไปนี้ โดยซูเปอร์ไฟลัมจะแสดงด้วยตัวหนา ^{[ 7 ] [ 6 ]}

อย่างไรก็ตาม การศึกษาล่าสุดหลายชิ้นได้แนะนำว่า CPR อยู่ในกลุ่ม Bacillatiและมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับChloroflexota มากกว่า ^{[ 13} ] ^{[ 12 ] [ 14 ] ความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการที่ได้รับการสนับสนุนโดยทั่วไปจาก การ}ศึกษาเหล่านี้มีดังต่อไปนี้

เนื่องจากสมาชิก CPR จำนวนมากไม่สามารถเพาะเลี้ยงได้ จึงไม่สามารถจัดอยู่ในอนุกรมวิธานของแบคทีเรีย อย่างเป็นทางการได้ แต่ชื่อชั่วคราวหรือชื่อ Candidatusจำนวนหนึ่งได้รับการยอมรับโดยทั่วไป^{[ 8 ] [ 2 ] [ 1 ]}ณ ปี 2017 มีการยอมรับ ซูเปอร์ไฟลัม 2 ไฟลัมภายใต้ CPR ได้แก่ Parcubacteria และ Microgenomates ^{[ 3 ]}ไฟลัมภายใต้ CPR ประกอบด้วย:

• ?" Elulimicrobiota " Rodriguez-R et al. 2020
• Clade "Patescibacteria" Rinke และคณะ 2013 ไม่ใช่ Parks และคณะ 2018
  • " แบคทีเรียเวิร์ธ " ฮักและคณะ 2016
  • กลุ่มไมโครจีโนเมต
    • " แบคทีเรีย Dojka " Wrighton และคณะ 2016 (WS6)
    • “ คาตาโนแบคทีเรีย ” กอด และคณะ 2016b (WWE3)
    • ไมโครจีโนเมตส์ระดับซูเปอร์ไฟลัม
      • "ไมโครจีโนเมต" รินเกและคณะ 2013
      • " วอยเคแบคทีเรีย " อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF34)
      • " Curtissbacteria " บราวน์และคณะ 2015
      • " เดวีส์แบคทีเรีย " บราวน์และคณะ 2015
      • " Roizmanbacteria " บราวน์และคณะ 2015
      • " Gottesmanbacteria " บราวน์และคณะ 2015
      • " แบคทีเรียสกุล Levy " บราวน์และคณะ 2015
      • " แบคทีเรียสกุล Shapiro " บราวน์และคณะ 2015
      • กลุ่ม GWA2-44-7
        • ?" Genascibacteria " เขาและคณะ 2021
        • " Amesbacteraceaeia " บราวน์และคณะ 2015
        • " แบคทีเรียแบล็กเบิร์น " อนันธารามันและคณะ 2016 (RIF35)
        • " Woesebacteria " บราวน์ และคณะ 2015 (ดูเซล-2, ดูเซล-4)
      • Clade "Chazhemtoแบคทีเรีย" Pallen, Rodriguez-R & Alikhan 2022 [UBA1400]
        • " Beckwithbacteria " บราวน์และคณะ 2015
        • " แบคทีเรียคอลลิเออร์ " บราวน์และคณะ 2015 (MFAQ01)
        • " Chazhemtonibacteraceae " คอร์ริก. กัดนิคอฟ และคณะ 2020
        • “ ชิโซลัมแบคทีเรีย ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF36)
        • " เซอริแบคทีเรีย " Kroeger และคณะ 2018
        • " Pacebacteria " Brown et al. 2015 (PJMF01)
  • กลุ่มแบคทีเรียแซคคาริแบคทีเรีย
    • " Berkelbacteria " Wrighton et al. 2014 (ACD58)
    • “ Kazanbacteria ” จาฟเฟ และคณะ 2020 (คาซาน)
    • " Howlettbacteria " Probst และคณะ 2018 (CPR2)
    • " Saccharimonadia " Albertsen และคณะ 2556 (TM7)
  • กลุ่ม แบคทีเรียกราซิลิแบคทีเรีย
    • กลุ่มแบคทีเรีย "Absconditabacteria"
      • " Absconditabacteria " กอดและคณะ 2016b (SR1)
      • " Ca. Altimarinus " Rinke และคณะ 2013 {BD1-5: UBA6164} (GN02)
    • ซูเปอร์ไฟลัม "กราซิลิแบคทีเรีย"
      • “ อะบาคาแบคทีเรีย ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF46)
      • " แบคทีเรีย Peregrini " บราวน์และคณะ 2015 (PER)
      • " Fallacibacteriota " Dudek et al. 2017 ["Fertabacteria" (sic)] (DOLZORAL124_38_8)
      • “ Peribacteria ” อนันตรามัน และคณะ 2559
  • กลุ่มแบคทีเรียพาร์คูแบคทีเรีย
    • " ไบคาลิแบคทีเรีย " ฮาโร-โมเรโน และคณะ 2023
    • “ Doudnabacteria ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (SM2F11)
    • " แบคทีเรียแอนเดอร์เซน " อนันธารามันและคณะ 2016 (RIF9)
    • " Torokbacteria " Probst และคณะ 2018
    • ซูเปอร์ไฟลัม "Patescibacteria" (ABY1)
      • ?" แบคทีเรียสีน้ำตาล " Danczak และคณะ 2017
      • “ Kerfeldbacteria ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF4)
      • “ Jacksonbacteria ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF38)
      • “ Komeilibacteria ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF6)
      • " Kuenenbacteria " บราวน์ และคณะ 2558
      • " Veblenbacteria " อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF39)
      • " แบคทีเรีย Magasanik " บราวน์และคณะ 2015
      • " Uhrbacteria " Brown et al. 2015 (SG8-24)
      • “ แบคทีเรียบูคานัน ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF37)
      • " Patescibacteria " (sic) สวนสาธารณะ และคณะ 2018 ไม่ใช่ Rinke และคณะ 2013
      • " แบคทีเรียฟัลโคว์ " บราวน์และคณะ 2015
      • " แบคทีเรียโมอิสส์ล " Probst และคณะ 2018
    • ซูเปอร์ไฟลัมพาร์คูแบคทีเรีย
      • " Montesolbacteria " He et al. 2021
      • " โมรานแบคทีเรีย " บราวน์และคณะ 2015 (OD1-i)
      • กลุ่ม UBA6257
        • “ Brennerbacteria ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF18)
        • " Jorgensenbacteria " บราวน์และคณะ 2015
        • " Wolfebacteria " บราวน์และคณะ 2015
        • “ Colwellbacteria ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF41)
        • “ Harrisonbacteria ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF43)
        • “ ลิปตันแบคทีเรีย ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF42)
      • “ Spechtbacteria ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF19)
      • “ เทอร์รี่แบคทีเรีย ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF13)
      • " Parcunitrobacteria " Castelle และคณะ 2017 (GWA2-38-13b)
      • “ พอร์ทนอยแบคทีเรีย ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF22)
      • กลุ่ม "Paceibacteria"
        • ? Minisyncoccota Nakajima และคณะ 2025
        • “ Wildermuthbacteria ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF21)
        • " กริบัลโดแบคทีเรีย " Probst และคณะ 2018
        • " Paceibacteria " (sic) Brown et al. 2015
        • “ Nealsonbacteria ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF40)
        • “ Staskawiczbacteria ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF20)
      • " แบคทีเรีย Azambacteria " บราวน์และคณะ 2015
      • " แบคทีเรีย Yanofsky " บราวน์และคณะ 2015
      • “ ซองแบคทีเรีย ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF17)
      • “ ไรอันแบคทีเรีย ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF10)
      • " Giovannonibacteria " บราวน์และคณะ 2015
      • “ Niyogibacteria ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF11)
      • " Tagabacteria " Anantharaman และคณะ 2016 (RIF12)
      • กลุ่ม UBA9973
        • " Hugbacteria " Danczak และคณะ 2017
        • ?” Llyodbacteria “ อนันตรามัน และคณะ. 2559 (RIF45)
        • " Vogelbacteria " Anantharaman และคณะ 2016 (RIF14)
        • “ โยนาทแบคทีเรีย ” อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF44)
        • " แบคทีเรียโนมูระ " บราวน์และคณะ 2015
        • " แบคทีเรีย Adler " บราวน์และคณะ 2015
        • " ไคเซอร์แบคทีเรีย " บราวน์และคณะ 2015
        • " แคมป์เบลล์แบคทีเรีย " บราวน์และคณะ 2015
        • " Taylorbacteria " Anantharaman และคณะ 2016 (RIF16)
        • " Zambryskibacteria " อนันตรามัน และคณะ 2559 (RIF15)

แผนภูมิวิวัฒนาการปัจจุบันอิงตามโปรตีนไรโบโซม (Hug et al., 2016) ^{[ 6 ]}แนวทางอื่นๆ รวมถึง การมีอยู่ ของตระกูลโปรตีนและRNA ไรโบโซม 16Sให้ผลลัพธ์ที่คล้ายกันที่ความละเอียดต่ำกว่า^{[ 18 ] [ 3 ]}

• รายชื่อสกุลของแบคทีเรีย
• รายชื่อลำดับชั้นของแบคทีเรีย
• ไฟลัมแบคทีเรีย § ไฟลัมที่ไม่สามารถเพาะเลี้ยงได้ และเมตาจีโนมิกส์สำหรับไฟลัมบางส่วนใน CPR

• ส่วนใหญ่ของต้นไม้แห่งชีวิตยังคงเป็นปริศนาอย่างสมบูรณ์เราทราบว่ามีกิ่งก้านบางส่วนอยู่ แต่เราไม่เคยเห็นสิ่งมีชีวิตที่เกาะอยู่บนกิ่งเหล่านั้นเลย โดย เอ็ด ยอง, 12 เมษายน 2016, atlantic.com
• พบแบคทีเรียปรสิตขนาดเล็กมากในน้ำบาดาล สุนัข แมว และตัวคุณเอง ; จาก: SciTechDaily; 21 กรกฎาคม 2020; ที่มา: สถาบันฟอร์ไซธ์
• McLean, Jeffrey S.; Bor, Batbileg; Kerns, Kristopher A.; Liu, Quanhui; To, Thao T.; Solden, Lindsey; Hendrickson, Erik L.; Wrighton, Kelly; Shi, Wenyuan; He, Xuesong (2020). "การได้รับและการปรับตัวของแบคทีเรียปรสิตขนาดเล็กมากที่มีจีโนมลดลงต่อโฮสต์สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม" . Cell Reports . 32 (3) 107939. bioRxiv  10.1101/258137 . doi : 10.1016/j.celrep.2020.107939 . PMC  7427843 . PMID  32698001 .
• โบคารี RH; อามีรจัน, N; จองเอช; คิม กม.; คาเอตาโน-อาโนลเลส, จี; นาซีร์ เอ (1 มีนาคม 2020) "ต้นกำเนิดของแบคทีเรียและวิวัฒนาการของการลดลงของกลุ่ม CPR " ชีววิทยาและวิวัฒนาการของจีโนม . 12 (3): 103– 121. ดอย : 10.1093/gbe/ evaa024 PMC  7093835 . PMID  32031619 .