การจัดลำดับ ChIL (ChIL-seq) หรือที่รู้จักกันในชื่อ การจัดลำดับ การติดฉลากการรวมโครมาติน (Chromatin Integration Labeling sequencing ) เป็นวิธีการที่ใช้ในการวิเคราะห์ ปฏิสัมพันธ์ ของโปรตีนกับDNA การจัดลำดับ ChIL ผสมผสานการตัดที่ควบคุมโดยแอนติบอดีเป้าหมายโดยทรานสโพเน ส Tn5 กับ การจัดลำดับ DNAแบบขนานจำนวนมากเพื่อระบุตำแหน่งการจับของโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับ DNA สามารถใช้ในการทำแผนที่ตำแหน่งการจับ DNA ทั่วโลกได้อย่างแม่นยำสำหรับโปรตีนที่สนใจใดๆ ปัจจุบันChIP-Seqเป็นเทคนิคที่ใช้กันมากที่สุดในการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนและ DNA อย่างไรก็ตาม เทคนิคนี้มีข้อจำกัดในทางปฏิบัติและทางเศรษฐกิจหลายประการที่การจัดลำดับ ChIL ไม่มี ChIL-Seq เป็นเทคนิคที่แม่นยำซึ่งช่วยลดการสูญเสียตัวอย่างและสามารถนำไปใช้กับเซลล์เดี่ยวได้^{[ 1 ]}

การลำดับ ChIL สามารถใช้ในการตรวจสอบการควบคุมยีนหรือวิเคราะห์ การจับกัน ของปัจจัยการถอดรหัสและโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับโครมาตินอื่นๆ ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนและ DNA ควบคุมการแสดงออกของยีนและเป็นสาเหตุของกระบวนการทางชีววิทยาและสภาวะของโรคต่างๆ มากมายข้อมูลทางพันธุกรรม นี้เป็นส่วนเสริมของการวิเคราะห์ จีโนไทป์และการแสดงออก ChIL-Seq เป็นทางเลือกแทนChIP-seq ซึ่งเป็นมาตรฐานในปัจจุบัน ChIP-Seq มีข้อจำกัดเนื่องจากขั้นตอนการเชื่อมโยงในโปรโตคอล ChIP-Seq ที่สามารถส่งเสริมการบดบังอีพิโทปและสร้างตำแหน่งการจับที่ผิดพลาดได้^{[ 2 ] [ 3 ]}นอกจากนี้ ChIP-seq ยังมีอัตราส่วนสัญญาณต่อสัญญาณรบกวนที่ไม่เหมาะสมและความละเอียดต่ำ^{[ 4 ]}การลำดับ ChIL มีข้อดีคือเป็นเทคนิคที่ง่ายกว่า เหมาะสำหรับตัวอย่างปริมาณน้อย เนื่องจากมีอัตราส่วนสัญญาณต่อสัญญาณรบกวนสูง จึงต้องการความลึกในการลำดับน้อยลงเพื่อความไวที่สูงขึ้น^{[ 5 ]}

สามารถแยกตำแหน่ง DNA เฉพาะที่เกิดปฏิสัมพันธ์ทางกายภาพโดยตรงกับโปรตีน เช่น ปัจจัยการถอดรหัส ได้โดยใช้Tn5 ที่เชื่อมต่อกับ โปรตีน A (pA) ซึ่งจับกับโปรตีนที่สนใจ การตัดโดย Tn5 จะสร้างไลบรารีของตำแหน่ง DNA เป้าหมายที่จับกับโปรตีนที่สนใจในตำแหน่งเดิมการจัดลำดับไลบรารี DNA ที่เตรียมไว้และการเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลลำดับจีโนมทั้งหมดช่วยให้นักวิจัยสามารถวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนเป้าหมายและ DNA ตลอดจนความแตกต่างใน การดัดแปลง โครมาติน แบบเอพิเจเนติกส์ ดังนั้น วิธี ChIL-Seq จึงสามารถนำไปใช้กับโปรตีนและการดัดแปลงต่างๆ ได้ รวมถึงปัจจัยการถอดรหัส โพลีเมอเรสโปรตีนโครงสร้างการดัดแปลงโปรตีน และการดัดแปลง DNA

ข้อจำกัดหลักของ ChIL-seq คือโอกาสที่จะเกิดการย่อย DNA มากเกินไปเนื่องจากจังหวะเวลาที่ไม่เหมาะสมของปฏิกิริยา Tn5 ที่ขึ้นอยู่กับแมกนีเซียม ซึ่งมีแนวโน้มที่จะเกิดกับโครมาตินแบบเปิด เช่นATAC-Seqและเทคนิคที่คล้ายกัน^{[ 5 ]}ข้อจำกัดที่คล้ายกันนี้ยังมีอยู่ในโปรโตคอล ChIP-Seq ในปัจจุบัน ซึ่งการตัด DNA ด้วยเอนไซม์หรือคลื่นเสียงจะต้องได้รับการปรับให้เหมาะสม เช่นเดียวกับChIP-Seqจำเป็นต้องใช้แอนติบอดีคุณภาพดีที่กำหนดเป้าหมายโปรตีนที่สนใจ เช่นเดียวกับเทคนิคอื่นๆ ที่ใช้ Tn5 การเตรียมไลบรารีมีความเอนเอียงไปทาง GC อย่างมากและมีความไวต่ำในบริเวณ GC ต่ำหรือจีโนมที่มีความแปรปรวนสูงในปริมาณ GC ^{[ 7 ] [ 8 ] [ 9 ]}

ChIL-Seq ต้องใช้ขั้นตอนในห้องปฏิบัติการจำนวนมากและใช้เวลานานกว่าเทคนิคอื่นๆ เช่นCUT&RUNหรือCUT&Tagอย่างไรก็ตาม เทคนิคนี้ยังคงใช้งานได้อย่างกว้างขวางและหลีกเลี่ยงการสูญเสียตัวอย่าง เหมาะสำหรับเซลล์จำนวนน้อย แต่ต้นทุนวัสดุสิ้นเปลืองของ ChIL-Seq ต่ำกว่ามาก ทำให้สามารถประมวลผลตัวอย่างได้มากขึ้น^{[ 10 ]}

• Sono-Seq : เหมือนกับ ChIP-Seq ทุกประการ แต่ไม่มีขั้นตอนการตกตะกอนด้วยภูมิคุ้มกัน
• HITS-CLIP : หรือเรียกอีกอย่างว่าCLIP-Seqใช้ในการตรวจจับปฏิกิริยาที่เกิดขึ้นกับRNAแทนที่จะเป็น DNA
• PAR-CLIP : วิธีการระบุตำแหน่งการจับของโปรตีนที่จับกับ RNAใน เซลล์
• RIP-Chip : คล้ายกับ ChIP-Seq แต่ไม่ใช้วิธีการเชื่อมโยงข้าม และใช้ การวิเคราะห์ ไมโครอาร์เรย์แทนการลำดับดีเอ็นเอ
• SELEX : ใช้ในการกำหนดลำดับการจับกันที่เป็นไปตามฉันทามติ
• Competition-ChIP : วัดพลวัตการทดแทนสัมพัทธ์บนดีเอ็นเอ
• ChiRP-Seq : วัดปริมาณ DNA และโปรตีนที่จับกับ RNA
• ChIP-exo : ใช้การบำบัดด้วยเอ็กโซนิวคลีเอสเพื่อให้ได้ความละเอียดระดับเบสคู่เดียว
• ChIP-nexus : แนวทางที่อาจปรับปรุงChIP-exo ได้ โดยสามารถให้ผลลัพธ์ที่มีความละเอียดสูงถึงระดับเบสคู่เดียว
• DRIP-seq : ใช้แอนติบอดี S9.6 ในการตกตะกอนไฮบริด DND:RNA สามสายที่เรียกว่าR- loops
• TCP-seq : โดยหลักการแล้วเป็นวิธีการที่คล้ายคลึงกันในการวัดพลวัตการแปล mRNA
• DamID : ใช้หลักการเพิ่มความเข้มข้นของลำดับดีเอ็นเอที่มีการเติมหมู่เมทิลเพื่อตรวจจับปฏิกิริยาระหว่างโปรตีนและดีเอ็นเอโดยไม่ต้องใช้แอนติบอดี

• ชิปออนชิป
• ชิป-ซีค
• ตัดและวิ่ง
• ตัดและติดป้าย