รหัสเอพิเจเนติกส์ถูกตั้งสมมติฐานว่าเป็นรหัสที่กำหนดในเซลล์ยูคาริโอติก ทุกเซลล์ ซึ่งประกอบด้วยการดัดแปลง เอพิเจเนติกส์เฉพาะในแต่ละเซลล์ ประกอบด้วยการดัดแปลงฮิสโตนที่กำหนดโดยรหัสฮิส โตน และการดัดแปลงเอพิเจเนติกส์เพิ่มเติม เช่นการเมทิลเลชันของดีเอ็นเอ พื้นฐานของรหัสเอพิเจเนติกส์คือระบบที่อยู่เหนือรหัสพันธุกรรมของเซลล์เดียว ในขณะที่ในแต่ละบุคคล รหัสพันธุกรรมในแต่ละเซลล์จะเหมือนกัน แต่รหัสเอพิเจเนติกส์นั้นมีความเฉพาะเจาะจงต่อเนื้อเยื่อและเซลล์^{[ 1 ]}รหัสเอพิเจเนติกส์อาจมีลักษณะหลายมิติ อาจรวมถึงโมเลกุลขนาดใหญ่ของเซลล์หลักสามชนิด ได้แก่ ดีเอ็นเอ (ไม่ขึ้นกับรหัส) อาร์เอ็นเอ และ/หรือโปรตีน ในซีลิเอตบางชนิด ยังมีการเสนอรหัสโครงสร้างที่เป็นไปได้อีกด้วย^{[ 2 ]}

• รหัสฮิสโตน
• เอพิเจเนติกส์
• การเมทิลเลชั่นของดีเอ็นเอ