เมื่อ วัน ที่ 20 สิงหาคม ค.ศ. 1775 กองทหารสเปนนำโดยกัปตันฮิวจ์ โอคอนเนอร์ทหารรับจ้างชาวไอริช ที่ทำงานให้กับสเปน ได้เลือกสถานที่ตั้งของป้อมปราการซานออกัสตินเดลทูซอน สถานที่แห่งนี้อยู่บนเนินตะวันออกที่มองเห็นที่ราบน้ำท่วมถึงของแม่น้ำซานตาครูซ ใกล้ๆ กันนั้นมีหมู่บ้านโอแดม ชื่อ CukṢon [ tʃʊk ʂɔːn ]ที่มิชชั่นซานออกัสติน ชื่อนี้ (เขียนได้อีกแบบว่าS-cuk Son , Ts-iuk-shan , Tu-uk-so-onหรือTuqui Son ) ^{[ 1 ] [ 2 ]}หมายถึง "ฐานสีดำ" ซึ่งหมายถึงฐานของยอดเขาเซนติเนล

ในปีต่อมา ทหารได้เดินทัพขึ้นเหนือจากป้อมทูบัคและเริ่มก่อสร้างป้อม ในตอนแรก ป้อมประกอบด้วยอาคารกระจัดกระจาย บางส่วนอยู่ภายในรั้วไม้ การบริหารจัดการเงินทุนที่ผิดพลาดซึ่งควรจะใช้ในการสร้างกำแพงดินเหนียวทำให้การก่อสร้างหยุดชะงัก การโจมตีที่เกือบจะร้ายแรงโดยโจรอะปาเช่ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1782 ส่งผลให้มีการพยายามสร้างป้อมให้เสร็จสมบูรณ์อีกครั้ง ซึ่งแล้วเสร็จในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1783 ป้อมมีขนาดประมาณ670 ฟุต (200 เมตร)ต่อด้าน มีหอคอยสี่เหลี่ยมอยู่ที่มุมตะวันออกเฉียงเหนือและตะวันตกเฉียงใต้ ประตูหลักอยู่ตรงกลางกำแพงด้านตะวันตก โบสถ์ประจำป้อมตั้งอยู่ตามแนวกำแพงด้านตะวันออก บ้านของผู้บัญชาการอยู่ตรงกลาง และกำแพงด้านในเรียงรายไปด้วยบ้านเรือน คอกม้า และโกดังเก็บของ กำแพงดินเหนียวขนาดใหญ่ต้องการการบำรุงรักษาอย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในช่วงเวลาที่คาดว่าจะมีการโจมตีจากชนพื้นเมืองอเมริกัน โดยส่วนใหญ่มาจากอะปาเช่ ป้อมปราการยังคงสภาพสมบูรณ์จนกระทั่งชาวอเมริกันเข้ามาในปี 1856 สองปีหลังจากสนธิสัญญาแกดส์เดนที่โอนดินแดนทางตอนใต้ของรัฐแอริโซนาให้แก่สหรัฐอเมริกา หลังจากนั้น ป้อมปราการก็ถูกรื้อถอนอย่างรวดเร็ว โดยส่วนที่ยังคงตั้งอยู่ส่วนสุดท้ายถูกรื้อถอนในปี 1918  

เมืองทูซอนเจริญรุ่งเรืองภายใต้การปกครองของสเปน ในปี 1797 ประชากรของป้อมปราการมีจำนวน 394 คน เพิ่มขึ้นเป็น 473 คนในปี 1831, 509 คนในปี 1848 และ 575 คนในปี 1853 อาณานิคมสามารถเติบโตได้ด้วยความช่วยเหลือจากป้อมและผู้อยู่อาศัย ซึ่งได้ส่งกองทัพออกไปสำรวจดินแดนของชนพื้นเมืองเพื่อต่อสู้กับชาวเซรีชาวโอปาตัสและโดยเฉพาะอย่างยิ่งชาวอะปาเช่ การสำรวจเหล่านี้มีจุดประสงค์เพื่อป้องกันการโจมตีทรัพย์สินและพลเรือนของชาวสเปน ชาวโอโอแดม ชาวปิมา และชาวกิเลโนอาศัยอยู่ใกล้เคียงที่มิชชั่นซานออกัสติน ในปี 1792 ชาวอะปาเช่ได้เข้ามาตั้งถิ่นฐานทางตะวันออกเฉียงเหนือของป้อมปราการ

ป้อมทูบัคถูกทิ้งร้างหลายครั้งในช่วง 110 ปี เนื่องจากการโจมตีซ้ำแล้วซ้ำเล่าที่หรือใกล้ป้อม กองกำลังรักษาการณ์ยังคงมีขนาดค่อนข้างเล็ก โดยส่วนใหญ่เป็นทหารม้าและปืนใหญ่บาง ส่วน ร้อยโทฮวน เดอ โอลิวาสเข้ารับตำแหน่งผู้บัญชาการป้อมทูซอนต่อจากโอคอนเนอร์ตั้งแต่ปี 1775 ถึง 1777 อัลลันเดเป็นผู้บัญชาการป้อมทูซอนในช่วงการโจมตีสี่ครั้งที่แตกต่างกันเขายังบัญชาการการรุกคืบเข้าไปในดินแดนของชาวอะปาเชเรียและเซรีหลายครั้ง นักรบพื้นเมืองยังมีส่วนร่วมในการป้องกันป้อมทูซอนหลายครั้งในประวัติศาสตร์การต่อสู้กับชาวอะปาเช บางครั้งเป็นเพราะชนพื้นเมืองที่ร่วมมือกับสเปนเป็นศัตรูกับชาวอะปาเชมานานแล้ว สงครามบานปลายจนกลายเป็นภาวะชะงักงัน ในที่สุดการขยายอำนาจของสเปนในป้อมก็ถึงจุดสูงสุด ส่งผลให้กองกำลังรักษาการณ์มีขนาดเล็ก สเปนมีทหารไม่ถึง 300 นายในป้อมและที่ตั้งถิ่นฐานทั้งหมดในพื้นที่นั้นในแต่ละช่วงเวลาป้อมปราการซานตาครูซเดเทอร์เรนาเตถูกสร้างขึ้นริมแม่น้ำซานเปโดรทางตะวันออกเฉียงใต้ของเมืองทูซอนในปี 1776 แต่ถูกทิ้งร้างในปี 1780 เนื่องจากการโจมตี ของชนเผ่าอะปาเช่ ป้อม ปราการซานเบอร์นาร์ดิโน ถูกสร้างขึ้นทางตะวันออกของ เมืองดักลาส รัฐแอริโซนา ใน ปัจจุบันในปี 1776 แต่ก็ถูกทิ้งร้างในปี 1780 เช่นกัน กองกำลังจากกลุ่มชนพื้นเมืองส่วนใหญ่ที่ช่วยเหลือชาวสเปนนั้นมีขนาดเล็กมาก ประมาณสิบห้าคน แต่ชาวปิมาได้ส่งนักรบหลายสิบคนเข้าร่วมกับกัปตันอัลลันเดในช่วงหลายปีที่ผ่านมา ซึ่งเข้าร่วมในการสำรวจชายแดนเกือบทุกครั้ง แม้จะมีจำนวนน้อยกว่าหลายพันคน แต่ชาวสเปนก็ยังคงรักษาพื้นที่ตั้งถิ่นฐานส่วนใหญ่ไว้ได้ แต่ไม่สามารถเอาชนะชนพื้นเมืองและหยุดยั้งการโจมตีของพวกเขาได้อย่างเด็ดขาด เมืองทูซอนกลายเป็นเมืองของเม็กซิโกในปี 1821

เมื่อเม็กซิโกได้รับเอกราชจากสเปนในปี 1821 ป้อมปราการทูซอนยังคงมีกองทหารสเปนประจำการอยู่ ซึ่งยอมรับอิสรภาพของเม็กซิโก อาจเป็นเพราะ อำนาจของ ชนชั้นสูง ชาวสเปน ในโซโนราตอนเหนือยังไม่ถูกทำลายลงจากผลของสงคราม ชนชั้นสูงเหล่านี้สนับสนุนเอกราชของประเทศตน ซึ่งเป็นเชื้อเพลิงให้กับการก่อกบฏ และหลายคนก็เป็นผู้นำกองทัพที่ได้รับชัยชนะในสงคราม ตั้งแต่ปี 1775 และนานกว่านั้นเนื่องจากหมู่บ้านของชาวปิมา ทูซอนจึงมีผู้คนอาศัยอยู่เสมอ ต่างจากชุมชนชาวสเปนอื่นๆ ในบริเวณนั้น ในช่วงยุคเม็กซิโกอย่างน้อยร้อยละ 75 ของทูซอนมีประชากรเป็นชนพื้นเมืองอเมริกัน หลังจากได้รับเอกราช เม็กซิโกก็ตกอยู่ในภาวะเศรษฐกิจตกต่ำ และการตั้งถิ่นฐานตามแนวชายแดนก็ขาดแคลนทั้งกำลังคนและอาหารอย่างรวดเร็ว พันธมิตรเก่าระหว่างสเปนและชนพื้นเมืองก็สิ้นสุดลง ชนเผ่าอื่นๆ ยังคงสงบสุข ชาวปิมายังคงเป็นมิตรเช่นเดียวกับชาวยาควิและกลุ่มอื่นๆ อีกไม่กี่กลุ่มในแอริโซนาตอนใต้ ชนเผ่าอะปาเชยังคงเป็นภัยคุกคามร้ายแรง และชุมชนชายแดนของสเปนส่วนใหญ่ในแอริโซนาและนิวเม็กซิโกถูกทิ้งร้าง ประชากรอพยพหนีลงใต้ โดยทั่วไปแล้วชาวเม็กซิกันยังคงอาศัยอยู่เฉพาะในรัฐชายฝั่งของเท็กซัสและแคลิฟอร์เนีย ทำให้เกิดดินแดนของชนพื้นเมืองมากขึ้นระหว่างเม็กซิโกซิตี้และแคลิฟอร์เนีย ชุมชนที่ไม่มีทางออกสู่ทะเลในพื้นที่ซึ่งปัจจุบันคือนิวเม็กซิโก ตอนเหนือ ยังคงอยู่รอด เช่น ทูซอนและเมืองมิชชั่นอื่นๆ อีกไม่กี่แห่ง เช่น มิชชั่น ซานซาเวียร์และมิชชั่นทูมาคาโคริ ชนเผ่าอะปาเชยังคงปล้นสะดมและปะทะกับชาวเม็กซิกันนอกป้อมปราการหลายครั้ง พวกเขาปล้นปศุสัตว์เช่นเดียวกับที่เคยทำกับฝูงสัตว์ของชาวสเปน ชาวเม็กซิกันมีความสามารถในการป้องกันตนเองน้อยลงเนื่องจากภาวะเศรษฐกิจตกต่ำ

เมื่อสงครามระหว่างสหรัฐอเมริกาและเม็กซิโกเริ่มต้นขึ้นในปี 1846 ภาวะเศรษฐกิจตกต่ำได้สิ้นสุดลงแล้ว และกองทัพเม็กซิโกได้เข้ายึดครองป้อมปราการทูซอน พื้นที่ดังกล่าวเจริญรุ่งเรืองและมีกองกำลังทหารที่ใหญ่ที่สุดประมาณ 200 นายหรือทหารราบ พร้อมปืนใหญ่ สองกระบอก ในปี 1846 ขณะที่กองพันมอร์มอนของกองทัพสหรัฐฯเคลื่อนพลผ่านรัฐแอริโซนาในปัจจุบัน พวกเขาเกือบจะได้ปะทะกับกองทัพเม็กซิโกขณะที่เข้าใกล้ป้อมจากทางตะวันออกเฉียงใต้ ชาวอเมริกันกำลังเดินทางไปเสริมกำลังให้กับกองทัพเรือสหรัฐฯในการรบกับแคลิฟอร์เนีย กองกำลังมอร์มอนยึดป้อมปราการได้หลังจากที่ผู้บัญชาการชาวเม็กซิกัน กัปตันอันโตนิโอ โคมาดูรอนตัดสินใจไม่สู้รบ แต่ถอนกำลังทหารไปยังซานซาเวียร์แล้วไปยังทูบัค ในที่สุดชาวมอร์มอนก็ออกจากทูซอนและถูกเม็กซิโกยึดครองอีกครั้ง สงครามสิ้นสุดลงด้วยชัยชนะของสหรัฐอเมริกาและการยกดินแดนเม็กซิโก ให้แก่สหรัฐอเมริกาในปี 1848 ซึ่งรัฐบาลเม็กซิโก ได้ขาย ดินแดนส่วนใหญ่ที่ปัจจุบันคือทางตะวันตกเฉียงใต้ของสหรัฐอเมริกา ให้แก่ชาวอเมริกัน เมืองทูซอนกลายเป็นส่วนหนึ่งของ ดินแดนนิวเม็กซิโกของอเมริกาหลังจากการซื้อดินแดนแกดส์เดนในปี 1853 แม้ว่าดินแดนจะถูกซื้อไปแล้ว แต่กองทหารเม็กซิกันก็ยังคงอยู่ประจำการที่ป้อมทูซอนจนถึงเดือนมีนาคมปี 1856 ชาวเม็กซิกันส่วนใหญ่ยังคงอาศัยอยู่ในพื้นที่นั้น

กองทัพสหรัฐฯ เข้าควบคุมป้อมทูซอน (Tucson Presidio) ในปี 1856 หลังจากดำรงอยู่มา 81 ปี และเมืองก็เริ่มเจริญรุ่งเรืองอีกครั้งบุคคล สำคัญ ทางทหาร นักสำรวจแร่โจรและนักรบต่างก็กลายเป็นส่วนหนึ่งของวัฒนธรรมทูซอนมากกว่าที่เคยเป็นมา ด้วยการค้นพบแร่ธาตุมีค่าในพื้นที่ในศตวรรษที่ 18 โดยชาวสเปน และในทศวรรษ 1860 โดยชาวอเมริกัน ค่ายเหมืองแร่และต่อมาเมืองเหมืองแร่จึงถูกสร้างขึ้นทั่วเขตแดนทะเลทรายรอบทูซอน ตั้งแต่ปี 1850 ถึง 1920 ค่ายเหมืองแร่กลายเป็นศูนย์กลางของอุตสาหกรรม ก่อนที่การเกษตรและการเลี้ยงปศุสัตว์จะมอบโอกาสที่ดีที่สุดในการสร้างความเจริญรุ่งเรืองตามแนวแม่น้ำซานตาครูซ ช่วงเวลาตั้งแต่ปี 1870 เป็นต้นไปเป็นช่วงที่การตั้งถิ่นฐานในเขตแดนรอบทูซอนรวดเร็วที่สุด เมืองและนครส่วนใหญ่ของรัฐแอริโซนาถูกสร้างขึ้นในช่วงเวลานี้ ชนพื้นเมืองที่ไม่เป็นมิตรยังคงเป็นปัญหาสำหรับการพัฒนาที่ดินที่ยังไม่ได้ตั้งถิ่นฐานและดำเนินต่อไปจนถึงปลายทศวรรษ 1880 เมืองทูบัคเริ่มมีชาวอเมริกันเข้ามาตั้งถิ่นฐานหลังจากสงครามเม็กซิกันไม่นาน เมืองเหมืองแร่ถูกสร้างขึ้นบนป้อมปราการ ซึ่งทำให้เมืองทูซอนไม่โดดเดี่ยวอีกต่อไป ในช่วงต้นของยุคอเมริกัน ประชากรเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องในช่วงหลายปีแรก จนกระทั่งเกิดสงครามอะปา เช่ครั้งใหญ่ ระหว่าง ชนเผ่า ชิริคาฮัวและสงครามกลางเมืองอเมริกันซึ่งส่งผลให้รัฐแอริโซนาเป็นรัฐอย่างที่เป็นอยู่ในปัจจุบัน ชนเผ่าชิริคาฮัวอะปาเช่ถูกบัญชาการโดยหัวหน้าเผ่า ได้แก่ มัง กัส โคโลราดาสโคชิสและเจโรนิโมพวกเขาและพันธมิตรต่อสู้แบบกองโจร เป็นหลัก กับชาวเม็กซิกันที่เหลืออยู่และชุมชนชาวอเมริกันใหม่ทั่วพื้นที่ซื้อที่ดินแกดส์เดน ซึ่งถือเป็นดินแดนดั้งเดิมของชนเผ่าอะปาเช่ สงครามอินเดียนแดงสิ้นสุดลงในแอริโซนา แต่การรณรงค์ทางทหารต่อต้านชนพื้นเมืองอเมริกันยังคงดำเนินต่อไปจนถึงปี1918

สงครามครั้งใหญ่กับชาวชิริคาฮัวเริ่มต้นขึ้นในปี 1860 หลังจากปฏิบัติการจู่โจมเข้ามาในดินแดนอเมริกันเพื่อโจมตีชุมชนชายแดน และเหตุการณ์บาสคอมที่ทำให้พี่ชายของโคชิสเสียชีวิต กลุ่มชาวอะปาเช่ชิริคาฮัวเริ่มรวมตัวกันเป็นพันธมิตร พวกเขาสร้างกองทัพที่มีกำลังมหาศาลซึ่งบัญชาการโดยโคชิสและพันธมิตรคนสำคัญอีกคนหนึ่งคือ มังกัส โคโลราดาส จากนั้นชาวอะปาเช่ก็เริ่มปฏิบัติการขับไล่ชาวผิวขาวและชาวเม็กซิกันออกจากอะปาเชเรีย การโจมตีผู้ตั้งถิ่นฐานเริ่มต้นขึ้นในบริเวณที่ปัจจุบันคือทางตะวันออกเฉียงใต้ของรัฐแอริโซนาและทางตะวันตกเฉียงใต้ของรัฐนิวเม็กซิโก ในใจกลางดินแดนของชาวอะปาเช่ในเทือกเขาดรากูนเทือกเขาดอสกาเบซัส เทือกเขา ชิริคาฮัวและช่องเขาอะปาเช่ในบริเวณนั้นเป็นที่ตั้งของเส้นทางหลักของผู้ตั้งถิ่นฐานที่เดินทางไปทางตะวันออกและตะวันตก ชาวอะปาเช่สังหาร จับกุม และทรมานผู้คนอย่างน้อย 100 คนภายในหนึ่งปีตามเส้นทางในและใกล้ช่องเขาอะปาเช่ ผู้ตั้งถิ่นฐานอีกหลายร้อยคนถูกสังหารในที่อื่นๆ ทั่วพื้นที่กว้างใหญ่ที่ชาวอะปาเช่ควบคุมอยู่ ตลอดระยะเวลาห้าสิบปีของความขัดแย้ง มีผู้ตั้งถิ่นฐานเสียชีวิตไปหลายพันคน ซึ่งไม่มีใครรู้จำนวนที่แน่นอนได้ เมืองทูซอนตกอยู่ภายใต้ภัยคุกคามจากการโจมตีอีกครั้ง ชนเผ่าอะปาเช่ควบคุมภูเขา ทั้งหมด รอบๆ ทูซอนในช่วงต้นทศวรรษ 1860 โดยเฉพาะอย่างยิ่งหลังจากที่กองทัพสหรัฐฯ ถอนตัวออกไปในปี 1861 มีเพียงผู้ตั้งถิ่นฐานผิวขาว ชาวเม็กซิกันที่เหลืออยู่ในทูซอน และชนเผ่าปิมาที่เหลือน้อยลงเท่านั้นที่อาศัยอยู่ในพื้นที่ทูซอนและหุบเขาซานตาครูซ ชนเผ่าอะปาเช่มีอำนาจสูงสุดและควบคุมเกือบทุกพื้นที่ในภูมิภาค แต่มีอิทธิพลน้อยลงทางตะวันตกเฉียงเหนือของทูซอนในพื้นที่ซึ่งปัจจุบันเป็นเขตสงวนของ ชนเผ่า โทโฮโน โอโอแดมโดยทั่วไปแล้วชนเผ่าโอโอแดมเป็นชนเผ่าที่รักสงบ ชนเผ่าปิมาเป็นหนึ่งในกลุ่มชนเผ่าโอโอแดมที่ใหญ่ที่สุดในปัจจุบัน เมื่อสงครามกลางเมืองอเมริกันเริ่มต้นขึ้น ป้อมปราการทั้งหมดที่ปกป้องทูซอนถูกทิ้งร้าง และ บริษัท ขนส่งไปรษณีย์บัตเตอร์ฟิลด์ก็ปิดตัวลงหลังจากนั้นไม่นาน เหตุการณ์ทั้งสองทำให้พื้นที่ทูซอนที่โดดเดี่ยวขาดการสนับสนุนทางทหารในการต่อต้านกองทัพอะปาเช่

นับตั้งแต่การก่อตั้งเมืองทูซอนของอเมริกาในปี 1856 ผู้ตั้งถิ่นฐานในดินแดนนิวเม็กซิโกตอนใต้เริ่มยื่นคำร้องต่อรัฐบาลเพื่อขอแยกตัว พวกเขาหวังที่จะจัดตั้งดินแดนใหม่ในแอริโซนาแบบดั้งเดิมคำร้องเหล่านั้นซึ่งลงนามในทูซอนและเมซิลลาถูกรัฐบาลสหรัฐฯ ปฏิเสธ แต่ได้รับการยอมรับจากฝ่ายสมาพันธรัฐ ดินแดนแอริโซนา ของสมาพันธรัฐ ทางใต้ของเส้นละติจูดที่ 34 ถูกสร้างขึ้น แต่ยังไม่เป็นทางการจนกระทั่งการรบครั้งแรกที่เมซิลลาในเดือนกรกฎาคม 1861 ชนเผ่าอะปาเช่ฉวยโอกาสจากการถอนกำลังของ กองทัพ สหภาพในขณะนั้นชนเผ่ามังกัสและโคชิสได้เพิ่มการโจมตีและการปล้นสะดมต่อชุมชนต่างๆ ดังนั้นในที่สุดกองกำลังเสริมของสมาพันธรัฐจึงถูกส่งไปยังพื้นที่นั้น ป้อมทูบัคถูกล้อมในเดือนสิงหาคม 1861 และถูกทิ้งร้างอีกครั้งพร้อมกับมิชชั่นทูมาคาโคริ ทำให้เมซิลลา นิวเม็กซิโก และทูซอนเป็นเพียงชุมชนหลักในดินแดนนิวเม็กซิโกตอนใต้ ประชากรที่รอดชีวิตจากทูบัคได้รับการช่วยเหลือโดยกองกำลังอาสาสมัคร ทูซอน ภายใต้การนำของกัปตันแกรนวิลล์ เอช . อูรี ผู้รอดชีวิตเดินทางไปยังเมซิลลาหลังจากนั้นไม่นาน แต่ก็ถูกโจมตีอีกครั้งในหุบเขาคุกส์ผู้ลี้ภัยชายจากทูบัคจำนวนมากกลายเป็นทหารอาสาสมัครในกองทหารอริโซนาเรนเจอร์และกองทหารอริโซนาการ์ดตั้งแต่ปี 1861 ถึง 1863 เมืองอื่นๆ อีกหลายแห่งถูกโจมตีโดยชาวอะปาเช่ แต่พวกเขามักจะพ่ายแพ้ต่อกองกำลังมินิทเมน กองกำลังฝ่ายสัมพันธมิตร หรือกองกำลังฝ่ายสหภาพ กองร้อยทหารฝ่ายสัมพันธมิตรภายใต้การนำของกัปตันเชอรอด ฮันเตอร์ได้เสริมกำลังให้กับกองกำลังอาสาสมัครของทูซอนในปลายเดือนเมษายน ปี 1862 และจัดพิธีชักธงในวันที่ 1 พฤษภาคม กองร้อยนี้ประกอบด้วยทหารอาสาสมัครจากโดนา อานากองทหารอริโซนาเรนเจอร์เป็นหลัก ซึ่งชายจากทูบัคได้เข้าร่วมหลังจากหนีออกจากเมืองของพวกเขาเมื่อปีก่อน ส่วนที่เหลือเป็นทหารม้าจากเท็กซัส กองร้อยนี้มีจำนวนประมาณเจ็ดสิบห้าคน เชื่อกันว่าการโจมตีครั้งใหญ่ของชนเผ่าอะปาเช่ต่อเมืองทูซอนถูกยับยั้งได้เนื่องจากการมาถึงของกองทัพกัปตันฮันเตอร์

ด้วยกำลังพลที่จำกัด ฮันเตอร์ได้รับคำสั่งให้สร้างพันธมิตรกับชนพื้นเมืองอเมริกันในภูมิภาค โดยเฉพาะอย่างยิ่งชาวปิมา เขายังได้รับคำสั่งให้สังเกตการณ์การรุกคืบของกองทัพแคลิฟอร์เนียภายใต้ การนำของ เจมส์ เอช. คาร์ลตันซึ่งได้เริ่มการรุกรานรัฐแอริโซนาของฝ่ายสัมพันธมิตรแล้ว ฮันเตอร์ส่งหน่วยทหารหลายหน่วยออกไปหาเสบียงพวกเขาปะทะกับชาวอะปาเช่สองครั้งในเทือกเขาดรากูน และเขาส่งคำขอไปยังผู้บังคับบัญชาเพื่อขอการเสริมกำลังเพิ่มเติม หน่วยอื่นๆ ถูกส่งไปเผาสถานีไปรษณีย์บัตเตอร์ฟิลด์โอเวอร์แลนด์ตามเส้นทางตะวันตกซึ่งเป็นจุดที่กองทัพแคลิฟอร์เนียกำลังรุกคืบ ก่อนที่กองทัพแคลิฟอร์เนียจะรุกคืบ สายลับของฝ่ายสหภาพได้ซื้อธัญพืชและอาหารหลายพันปอนด์ เก็บไว้ในสถานีไปรษณีย์ร้างและตั้งใจจะให้กองทัพแคลิฟอร์เนียใช้ หน่วยทหารฝ่ายกบฏภายใต้การนำของร้อยโทแจ็ค สวิลลิงได้เผาเสบียงของฝ่ายสหภาพที่สถานีสแตนวิกซ์เมื่อวันที่ 30 มีนาคม 1862 และปะทะกับกองทัพแคลิฟอร์เนีย ในเวลานั้น สวิลลิงได้ก่อตั้งเมืองฟีนิกซ์ซึ่งต่อมากลายเป็นเมืองหลวงของรัฐแอริโซนา ต่อมาฝ่ายกบฏได้สู้รบที่ช่องเขาปิกาโชทางตอนเหนือของทูซอน ขณะที่กองทัพสหภาพกำลังรุกคืบเข้าใกล้ป้อมปราการ การปะทะกันที่ช่องเขาปิกาโชทำให้กองกำลังสหภาพล่าช้าไปหลายสัปดาห์หลังจากที่พวกเขาล่าถอยไปทางเหนือ ในที่สุด กองทัพสหภาพก็ยึดป้อมเบร็คเคนริดจ์ ที่ไม่มีการ ป้องกันทางตะวันออกเฉียงเหนือของทูซอนได้ จากนั้นจึงโจมตีเมือง ในวันเดียวกันนั้น กองทัพสหภาพเริ่มรุกคืบเข้าสู่ทูซอน เชรอด ฮันเตอร์ พร้อมกำลังพลเพียงประมาณ 100 นาย ถอนตัวออกจากทูซอนเนื่องจากขาดกำลังเสริมซึ่งไม่เคยมาถึง เขาทิ้งทหารอาสาสมัคร 10 นายและร้อยโทเจมส์ เฮนรี เทวิสไว้เพื่อสังเกตการณ์การโจมตีของสหภาพ ทูซอนของฝ่ายสัมพันธมิตรถูกยึดโดยไม่ต้องยิงแม้แต่กระสุนเดียวในวันที่ 20 พฤษภาคม 1862 เจมส์ เอช. คาร์ลตันและกำลังพล 2,000 นายเข้าควบคุมป้อมปราการ และฝ่ายสัมพันธมิตรหนีไปยังเมซิลลา ขบวนทัพสหภาพเคลื่อนพลต่อไปอีกประมาณหนึ่งสัปดาห์ต่อมา และคาร์ลตันทิ้งกองกำลังเล็กๆ ไว้เพื่อยึดครองเมืองของฝ่ายกบฏ ในปี ค.ศ. 1863 ด้วยความช่วยเหลือของชาร์ลส์ ดี. โพสตัน บิดาผู้ก่อตั้งรัฐแอริโซนา ดินแดนสหภาพ แอริโซนา จึงถูกก่อตั้งขึ้น และทูซอนกลายเป็นเมืองหลวง หลังสงครามกลางเมือง ป้อมปราการแห่งนี้ไม่ได้มีบทบาทโดยตรงในการทำสงครามอีกต่อไป แม้ว่ากำแพงป้อมจะยังคงเป็นที่หลบภัยของผู้ตั้งถิ่นฐานจนกระทั่งเจโรนิโมยอมจำนนในปี ค.ศ. 1886 ป้อมโลเวลล์ถูกสร้างขึ้นติดกับทูซอนในปี ค.ศ. 1873 และกลายเป็นฐานทัพสำคัญ เมื่อภัยคุกคามจากชนเผ่าอะปาเช่สิ้นสุดลง พื้นที่ทูซอนก็สงบสุขและป้อมแห่งนี้ก็ไม่จำเป็นอีกต่อไป

ตั้งแต่ทศวรรษ 1860 ถึง 1890 เมืองทูซอนกลายเป็นจุดแวะพักสำคัญของกองทัพสหรัฐฯ ในการรบกับชนเผ่าอะปาเช่ โดยมีทหารอาสาสมัครจากทูซอนหลายร้อยคนเข้าร่วมในปฏิบัติการเหล่านั้น เมื่อถึงการปฏิวัติเม็กซิโกในปี 1910 ซึ่งเป็นสงครามครั้งต่อไปที่เกิดขึ้นในแอริโซนาตอนใต้ กำแพงป้อมปราการที่เหลืออยู่เพียงส่วนเดียวเท่านั้นที่ยังคงตั้งอยู่ ส่วนที่เหลือถูกฝังหรือรื้อถอนเพื่อการพัฒนาใหม่ในช่วงต้นศตวรรษที่ 20 กำแพงนั้นหนา 3 ฟุตและสูงไม่กี่ฟุต ตั้งอยู่ระหว่างอาคารของชาวอเมริกันสองหลัง และถูกทำลายในที่สุดในปี 1918 สตรีท้องถิ่นสองคนได้ทำแผ่นป้ายเพื่อระบุตำแหน่งของกำแพงนั้น ในเดือนธันวาคม 1954 บ้านพักสองชั้นถูกรื้อถอนเพื่อสร้างลานจอดรถ นักธุรกิจท้องถิ่นคนหนึ่งได้ชักชวนให้มหาวิทยาลัยแอริโซนาทำการขุดค้นทางโบราณคดี พวกเขาพบส่วนหนึ่งของป้อมปราการทางตะวันออกเฉียงเหนือที่มีความหนา 3 ฟุต (0.91 เมตร)ความพยายามที่จะทำให้พื้นที่นั้นเป็นสวนสาธารณะล้มเหลว และจึงมีการสร้างลานจอดรถขึ้นมาแทน 

นักโบราณคดีได้สำรวจพื้นที่นี้อีกครั้งระหว่างปี 2001 ถึง 2006 สิ่งก่อสร้างในยุคเพรสิดิโอที่พบในบริเวณนั้น ได้แก่ ป้อมปราการทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือ กำแพงด้านตะวันออก หลุมขุดดิน และหลุมที่เต็มไปด้วยขยะ หลังจากการสำรวจเสร็จสิ้น มุมตะวันออกเฉียงเหนือของป้อมได้รับการสร้างขึ้นใหม่เป็นพิพิธภัณฑ์ เปิดทำการในปี 2007 ปัจจุบัน พิพิธภัณฑ์เพรสิดิโอ ซาน อากุสติน เดล ทูซอน (www.TucsonPresidio.com) จัดกิจกรรมประวัติศาสตร์มีชีวิต กิจกรรมทางวัฒนธรรมหลากหลาย และทัวร์เดินชมประวัติศาสตร์และวัฒนธรรมทั่วใจกลางเมืองทูซอน ส่วนอื่นๆ ของกำแพงเพรสิดิโอที่ยังคงเหลืออยู่ได้รับการทำเครื่องหมายไว้ในลานศาลเก่าของเทศมณฑลพิมา และทั่วใจกลางเมืองทูซอน