การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์

การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ (เรียกอีกอย่างว่าข้อผิดพลาดในการจัดเฟรมหรือเฟรมการอ่าน ) เป็นการกลายพันธุ์ทางพันธุกรรมที่เกิดจากการแทรกหรือการลบ ( indels ) ของนิวคลีโอ ไทด์จำนวนหนึ่งในลำดับดีเอ็นเอที่ไม่สามารถหารด้วยสามลงตัว เนื่องจากลักษณะการแสดงออกของยีน แบบสามตัว โดยโคดอนการแทรกหรือการลบสามารถเปลี่ยนเฟรมการอ่าน (การจัดกลุ่มของโคดอน) ส่งผลให้การแปล แตกต่าง จากเดิมอย่างสิ้นเชิง ยิ่งการลบหรือการแทรกเกิดขึ้นเร็วในลำดับเท่าใด โปรตีนก็จะยิ่งเปลี่ยนแปลงมากขึ้นเท่านั้น[ 1 ]การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ไม่เหมือนกับการกลายพันธุ์แบบนิวคลีโอไทด์เดี่ยวซึ่งนิวคลีโอไทด์ถูกแทนที่ แทนที่จะเป็นการแทรกหรือการลบ การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์โดยทั่วไปจะทำให้การอ่านโคดอนหลังจากการกลายพันธุ์เข้ารหัสกรดอะมิโนที่แตกต่างกัน การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์จะเปลี่ยนแปลงโคดอนหยุดตัวแรก ("UAA", "UGA" หรือ "UAG") ที่พบในลำดับด้วย โพลีเปปไทด์ที่สร้างขึ้นอาจสั้นหรือยาวผิดปกติ และมีแนวโน้มที่จะไม่สามารถใช้งานได้[ 2 ]
การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ปรากฏให้เห็นในโรคทางพันธุกรรมร้ายแรง เช่นโรคเทย์-แซคส์ การกลายพันธุ์ เหล่านี้เพิ่มความเสี่ยงต่อมะเร็งบางชนิดและโรคไขมันในเลือดสูงในครอบครัวในปี 1997 [ 3 ]การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์เชื่อมโยงกับความต้านทานต่อการติดเชื้อไวรัสเอชไอวี มีการเสนอว่าการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์เป็นแหล่งที่มาของนวัตกรรมทางชีวภาพ เช่นเดียวกับการสร้างไนโลเนส ที่ถูกกล่าวอ้าง อย่างไรก็ตาม การตีความนี้ยังเป็นที่ถกเถียงกันอยู่ การศึกษาโดย Negoro et al. (2006) [ 4 ]พบว่าการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ไม่น่าจะเป็นสาเหตุ และการแทนที่กรดอะมิโนสองตัวในบริเวณออกฤทธิ์ของเอสเตอเรส บรรพบุรุษ ส่งผลให้เกิดไนโลเนส
พื้นหลัง
ข้อมูลที่อยู่ในดีเอ็นเอเป็นตัวกำหนดหน้าที่ของโปรตีนในเซลล์ของสิ่งมีชีวิตทุกชนิด กระบวนการถอดรหัสและการแปลรหัสช่วยให้ข้อมูลนี้ถูกส่งต่อเพื่อสร้างโปรตีน อย่างไรก็ตาม ความผิดพลาดในการอ่านการสื่อสารนี้อาจทำให้การทำงานของโปรตีนผิดปกติและในที่สุดอาจก่อให้เกิดโรคได้ แม้ว่าเซลล์จะมีกลไกการแก้ไขต่างๆ แล้วก็ตาม ข้อมูลทางพันธุกรรมถูกส่งผ่านโดยดีเอ็นเอเพื่อการสังเคราะห์โปรตีนภายในเซลล์ การตีความผิดพลาดอาจนำไปสู่การทำงานที่ผิดพลาดและโรคต่างๆ แม้จะมีกลไกการแก้ไขภายในเซลล์ก็ตาม

หลักคำสอนกลาง
ในปี พ.ศ. 2499 ฟรานซิส คริกได้อธิบายการไหลของข้อมูลทางพันธุกรรมจากDNAไปสู่การจัดเรียงกรดอะมิโนที่เฉพาะเจาะจงเพื่อสร้างโปรตีนซึ่งเรียกว่าหลักการพื้นฐาน[ 1 ]เพื่อให้เซลล์ทำงานได้อย่างถูกต้อง จำเป็นต้องมีการผลิตโปรตีนอย่างแม่นยำเพื่อโครงสร้างและ กิจกรรม เร่งปฏิกิริยาโปรตีนที่สร้างขึ้นอย่างไม่ถูกต้องอาจส่งผลเสียต่อ ความอยู่รอด ของเซลล์และในกรณีส่วนใหญ่จะทำให้สิ่งมีชีวิตชั้น สูง ไม่แข็งแรงเนื่องจากการทำงานของเซลล์ที่ผิดปกติ เพื่อให้แน่ใจว่าจีโนมส่งต่อข้อมูลได้อย่างสำเร็จ กลไก การตรวจสอบความถูกต้องเช่นเอ็กโซนิวคลีเอสและ ระบบ ซ่อมแซมความผิดพลาดจึงถูกรวมเข้าไว้ใน การจำลอง แบบDNA [ 1 ]
การถอดเสียงและการแปล

หลังจากการจำลองดีเอ็นเอ การอ่านข้อมูลทางพันธุกรรมส่วนที่เลือกไว้จะสำเร็จได้ด้วยการถอดรหัส[ 1 ] นิวคลีโอไทด์ที่มีข้อมูลทางพันธุกรรมจะอยู่บนแม่แบบผู้ส่งสารสายเดี่ยวที่เรียกว่าmRNA mRNA จะถูกรวมเข้ากับหน่วยย่อยของไรโบโซมและมีปฏิสัมพันธ์กับrRNAข้อมูลทางพันธุกรรมที่อยู่ในโคดอนของ mRNA จะถูกอ่าน (ถอดรหัส) โดยแอนติโคดอนของ tRNA เมื่ออ่านโคดอนแต่ละอัน (สามตัว) กรดอะมิโนจะถูกเชื่อมต่อกันจนกว่า จะถึง โคดอนหยุด (UAG, UGA หรือ UAA) ณ จุดนี้โพลีเปปไทด์ (โปรตีน) ได้ถูกสังเคราะห์และปล่อยออกมา[ 1 ]สำหรับกรดอะมิโนทุกๆ 1,000 ตัวที่รวมอยู่ในโปรตีน จะมีไม่เกินหนึ่งตัวที่ไม่ถูกต้อง ความแม่นยำในการจดจำโคดอนนี้ ซึ่งรักษาความสำคัญของเฟรมการอ่านที่ถูกต้องนั้น สำเร็จได้ด้วยการจับคู่เบสที่ถูกต้องที่ไซต์ A ของไรโบโซมกิจกรรมไฮโดรไลซิสGTP ของ EF-Tuซึ่งเป็นรูปแบบหนึ่งของความเสถียรทางจลนศาสตร์ และกลไกการตรวจสอบความถูกต้องเมื่อ EF-Tu ถูกปล่อยออกมา[ 1 ]
การเลื่อนเฟรมอาจเกิดขึ้นระหว่าง การแปล โปรเฟสทำให้เกิดโปรตีนที่แตกต่างกันจากเฟรมการอ่านแบบเปิดที่ทับซ้อนกัน เช่น โปรตีน เรโทรไวรัส gag-pol-env ซึ่งค่อนข้างพบได้ทั่วไปในไวรัสและยังเกิดขึ้นในแบคทีเรียและยีสต์ด้วย (Farabaugh, 1996) เชื่อกันว่า เอนไซม์รีเวอร์สทรานสคริปเทสเมื่อเทียบกับRNA โพลีเมอเรส IIเป็นสาเหตุสำคัญของการเกิดการกลายพันธุ์แบบเลื่อนเฟรม ในการทดลองพบว่าการกลายพันธุ์แบบเลื่อนเฟรมทั้งหมดเพียง 3–13% เกิดจาก RNA โพลีเมอเรส II ในโปรคาริโอตอัตราความผิดพลาดที่ทำให้เกิดการกลายพันธุ์แบบเลื่อนเฟรมนั้นอยู่ในช่วงเพียง 0.0001 ถึง 0.00001 เท่านั้น[ 5 ]
มีกระบวนการทางชีววิทยาหลายอย่างที่ช่วยป้องกันการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ การกลายพันธุ์แบบย้อนกลับเกิดขึ้นซึ่งเปลี่ยนลำดับที่กลายพันธุ์กลับไปเป็น ลำดับ แบบดั้งเดิมอีกความเป็นไปได้หนึ่งสำหรับการแก้ไขการกลายพันธุ์คือการใช้การกลายพันธุ์แบบยับยั้งซึ่งจะชดเชยผลของการกลายพันธุ์ดั้งเดิมโดยการสร้างการกลายพันธุ์รอง เลื่อนลำดับเพื่อให้สามารถอ่านกรดอะมิโนที่ถูกต้องได้ นอกจากนี้ ยังสามารถใช้ RNA นำทางเพื่อแทรกหรือลบยูริดีนใน mRNA หลังจากการถอดรหัส ซึ่งช่วยให้เฟรมการอ่านถูกต้อง[ 1 ]
ความสำคัญของโคดอนสามตัว

โคดอนคือชุดของนิวคลีโอไทด์ สาม ตัว หรือที่เรียกว่าทริปเล็ต ซึ่งเข้ารหัสกรดอะมิโนชนิดหนึ่งโคดอนตัวแรกจะกำหนดเฟรมการอ่าน ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของโคดอนใหม่ลำดับโครงสร้าง กรดอะมิโนของโปรตีน ถูกกำหนดโดยทริปเล็ตที่ต่อเนื่องกัน[ 6 ]โคดอนเป็นกุญแจสำคัญในการแปลข้อมูลทางพันธุกรรมเพื่อการสังเคราะห์โปรตีน เฟรมการอ่านจะถูกกำหนดเมื่อการแปล mRNA เริ่มต้นขึ้นและจะคงอยู่เมื่ออ่านทริปเล็ตหนึ่งไปยังอีกทริปเล็ตหนึ่ง การอ่านรหัสพันธุกรรมอยู่ภายใต้กฎสามข้อที่ตรวจสอบโคดอนใน mRNA ประการแรก โคดอนจะถูกอ่านในทิศทาง 5' ถึง 3' ประการที่สอง โคดอนจะไม่ทับซ้อนกันและข้อความไม่มีช่องว่าง กฎข้อสุดท้าย ดังที่กล่าวไว้ข้างต้น คือข้อความจะถูกแปลในเฟรมการอ่านที่กำหนดไว้[ 1 ]

กลไก
การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์สามารถเกิดขึ้นได้เองโดยสุ่ม หรือเกิดจากสิ่งกระตุ้นภายนอก การตรวจจับการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์สามารถทำได้หลายวิธี เฟรมชิฟต์เป็นเพียงการกลายพันธุ์ประเภทหนึ่งที่อาจนำไปสู่โปรตีนที่ไม่สมบูรณ์หรือผิดพลาด แต่คิดเป็นเปอร์เซ็นต์ที่สำคัญของข้อผิดพลาดในดีเอ็นเอ ในยีนที่ไม่เปลี่ยนแปลง โคดอน (นิวคลีโอไทด์สามตัว) จะถูกตีความตามลำดับ โดยแต่ละโคดอนจะเข้ารหัสกรดอะมิโนเฉพาะ ซึ่งเรียกว่าเฟรมการอ่านมาตรฐาน อย่างไรก็ตาม ในกรณีของการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ นิวคลีโอไทด์พิเศษ (หรือมากกว่านั้น) จะถูกแทรกเข้าไปในลำดับดีเอ็นเอ ทำให้เฟรมการอ่านปกติหยุดชะงักและทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงในลำดับ
การแทรกนี้ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงในเฟรมการอ่านเนื่องจากรหัสพันธุกรรมมีลักษณะเป็นสามตัว ตัวอย่างเช่น การเพิ่ม "A" พิเศษจะนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงลำดับ ทำให้มีการอ่านชุดโคดอนที่แตกต่างไปโดยสิ้นเชิง ความเบี่ยงเบนในข้อมูลทางพันธุกรรมนี้ทำให้ไรโบโซมซึ่งอ่าน mRNA เพื่อสังเคราะห์โปรตีน ตีความข้อมูลทางพันธุกรรมผิดพลาด ส่งผลให้เกิดลำดับกรดอะมิโนที่แตกต่างไปโดยสิ้นเชิง ส่งผลให้ลำดับโปรตีนเปลี่ยนแปลงไป ในกรณีส่วนใหญ่ เฟรมการอ่านใหม่จะทำให้พบกับโคดอนหยุดก่อนกำหนด นำไปสู่การสร้างโปรตีนที่สั้นลงและมักจะไม่ทำงาน การกลายพันธุ์รูปแบบนี้เรียกว่าการกลายพันธุ์โคดอนหยุดก่อนกำหนดหรือการกลายพันธุ์ไร้ความหมาย
พันธุกรรมหรือสิ่งแวดล้อม
นี่คือการกลายพันธุ์ทางพันธุกรรมในระดับเบสของนิวคลีโอไทด์ สาเหตุและวิธีการที่การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์เกิดขึ้นนั้นยังคงถูกค้นหาอย่างต่อเนื่อง มีการศึกษาด้านสิ่งแวดล้อม โดยเฉพาะอย่างยิ่งการสร้าง การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ที่เกิดจาก รังสียูวีโดยเอนไซม์ดีเอ็นเอพอลิเมอเรสที่ขาดกิจกรรมเอ็กโซนิวคลีเอส 3′ → 5′ ลำดับปกติ 5′ GTC GTT TTA CAA 3′ ถูกเปลี่ยนเป็น GTC GTT T TTA CAA (MIDT) หรือ GTC GTT C TTA CAA (MIDC) เพื่อศึกษาเฟรมชิฟต์เอนไซม์E. coli pol I Kf และ T7 DNA polymerase กลายพันธุ์ที่ปราศจากกิจกรรมเอ็กโซนิวคลีเอส 3′ → 5′ สร้างรีเวอร์แทนต์ที่เกิดจากรังสียูวีในความถี่ที่สูงกว่าเอนไซม์ที่มีกิจกรรมเอ็กโซนิวคลีเอส ข้อมูลบ่งชี้ว่าการสูญเสียกิจกรรมการตรวจสอบความถูกต้องจะเพิ่มความถี่ของเฟรมชิฟต์ที่เกิดจากรังสียูวี[ 7 ]
การตรวจจับ
การเรืองแสง
ผลกระทบของเบสข้างเคียงและโครงสร้างทุติยภูมิในการตรวจจับความถี่ของการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ ได้รับการศึกษาอย่างละเอียดโดยใช้ฟลูออเรสเซน ซ์ ดีเอ็นเอที่ติดแท็กฟลูออเรสเซนซ์โดยใช้เบสอะนาล็อกช่วยให้สามารถศึกษาการเปลี่ยนแปลงเฉพาะที่ของลำดับดีเอ็นเอได้[ 8 ]การศึกษาเกี่ยวกับผลกระทบของความยาวของสายไพรเมอร์เผยให้เห็นว่ามีการสังเกตส่วนผสมสมดุลของโครงสร้างไฮบริดไดเซชันสี่แบบเมื่อเบสแม่แบบวนออกเป็นส่วนนูน กล่าวคือโครงสร้างที่ขนาบข้างด้วยดีเอ็นเอแบบคู่ ในทางตรงกันข้าม โครงสร้างแบบสองวงที่มีโครงสร้างดีเอ็นเอที่ไม่เรียงซ้อนกันอย่างผิดปกติที่ขอบด้านล่างถูกสังเกตเมื่อเบสที่ยื่นออกมาอยู่ในตำแหน่งจุดเชื่อมต่อไพรเมอร์-แม่แบบ แสดงให้เห็นว่าการจัดเรียงที่ไม่ถูกต้องสามารถแก้ไขได้โดยโครงสร้างทุติยภูมิของดีเอ็นเอข้างเคียง[ 9 ]
การจัดลำดับ

การจัดลำดับแบบ Sangerและ การจัด ลำดับแบบ pyrosequencingเป็นสองวิธีที่ใช้ในการตรวจจับการกลายพันธุ์แบบ frameshift อย่างไรก็ตาม เป็นไปได้ว่าข้อมูลที่ได้จะไม่ได้มีคุณภาพสูงสุด ถึงกระนั้นก็ตาม มีการระบุ indel จำนวน 1.96 ล้านรายการ ผ่านการจัดลำดับแบบ Sanger ซึ่งไม่ทับซ้อนกับฐานข้อมูลอื่น เมื่อตรวจพบการกลายพันธุ์แบบ frameshift จะถูกนำไปเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลการกลายพันธุ์ของจีโนมมนุษย์ (HGMD) เพื่อพิจารณาว่าการกลายพันธุ์นั้นมีผลเสียหรือไม่ โดยจะพิจารณาจากคุณลักษณะสี่ประการ ประการแรก อัตราส่วนระหว่าง DNA ที่ได้รับผลกระทบและ DNA ที่ได้รับการอนุรักษ์ ประการที่สอง ตำแหน่งของการกลายพันธุ์เมื่อเทียบกับทรานสคริปต์ ประการที่สาม อัตราส่วนของกรดอะมิโนที่ได้รับการอนุรักษ์และกรดอะมิโนที่ได้รับผลกระทบ และสุดท้าย ระยะห่างของ indel ถึงปลาย เอ็ กซอน[ 10 ]
การจัดลำดับแบบขนานขนาดใหญ่ (Massively Parallel Sequencing)เป็นวิธีการใหม่กว่าที่สามารถใช้ตรวจจับการกลายพันธุ์ได้ ด้วยวิธีนี้ สามารถจัดลำดับได้มากถึง 17 กิกะเบสในคราวเดียว ซึ่งแตกต่างจากการจัดลำดับแบบแซงเกอร์ (Sanger sequencing)ที่มีช่วงจำกัดเพียงประมาณ 1 กิโลเบส มีเทคโนโลยีหลายอย่างที่สามารถใช้ทดสอบนี้ได้ และกำลังอยู่ระหว่างการพิจารณาเพื่อนำไปใช้ในทางคลินิก[ 11 ]เมื่อทดสอบมะเร็งชนิดต่างๆ วิธีการปัจจุบันอนุญาตให้ตรวจสอบได้เพียงยีนเดียวในแต่ละครั้ง การจัดลำดับแบบขนานขนาดใหญ่สามารถทดสอบการกลายพันธุ์ที่ก่อให้เกิดมะเร็งได้หลากหลายชนิดในคราวเดียว ซึ่งแตกต่างจากการทดสอบเฉพาะเจาะจงหลายๆ ครั้ง[ 12 ]การทดลองเพื่อกำหนดความแม่นยำของวิธีการจัดลำดับแบบใหม่นี้ได้ทดสอบยีน 21 ยีน และไม่มีการเรียกผลบวกเท็จสำหรับการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์[ 13 ]
การวินิจฉัย
A US patent (5,958,684) in 1999 by Leeuwen, details the methods and reagents for diagnosis of diseases caused by or associated with a gene having a somatic mutation giving rise to a frameshift mutation. The methods include providing a tissue or fluid sample and conducting gene analysis for frameshift mutation or a protein from this type of mutation. The nucleotide sequence of the suspected gene is provided from published gene sequences or from cloning and sequencing of the suspect gene. The amino acid sequence encoded by the gene is then predicted.[14] NA Sequencing: Sanger sequencing or Next-Generation Sequencing (NGS) can be used to directly sequence the DNA and identify insertions or deletions. Polymerase Chain Reaction (PCR): PCR can be used to amplify the specific region containing the mutation for subsequent analysis. Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA): MLPA is a technique used to detect copy number variations and small insertions or deletions. Comparative Genomic Hybridization (CGH): CGH is used to detect chromosomal imbalances, which may include large insertions or deletions.
Frequency
Despite the rules that govern the genetic code and the various mechanisms present in a cell to ensure the correct transfer of genetic information during the process of DNA replication as well as during translation, mutations do occur; frameshift mutation is not the only type. There are at least two other types of recognized point mutations, specifically missense mutation and nonsense mutation.[1] A frameshift mutation can drastically change the coding capacity (genetic information) of the message.[1] Small insertions or deletions (those less than 20 base pairs) make up 24% of mutations that manifest in currently recognized genetic disease.[10]
Frameshift mutations are found to be more common in repeat regions of DNA. A reason for this is because of slipping of the polymerase enzyme in repeat regions, allowing for mutations to enter the sequence.[15]Experiments can be run to determine the frequency of the frameshift mutation by adding or removing a pre-set number of nucleotides. Experiments have been run by adding four basepairs, called the +4 experiments, but a team from Emory University looked at the difference in frequency of the mutation by both adding and deleting a base pair. It was shown that there was no difference in the frequency between the addition and deletion of a base pair. There is however, a difference in the result of the protein.[15]
โรคฮันติงตันเป็นหนึ่งในเก้าโรคที่เกิดจากการซ้ำของรหัสพันธุกรรม (codon reiteration disorders) ซึ่งเกิดจากการกลายพันธุ์แบบขยายตัวของโพลีกลูตามีน (polyglutamine expansion mutations) ได้แก่ โรคอะแท็กเซียของไขสันหลังและสมองน้อย (SCA) 1, 2, 6, 7 และ 3, โรคกล้ามเนื้อฝ่อของไขสันหลังและก้านสมอง (spinobulbar muscular atrophy) และโรคกล้ามเนื้อฝ่อของเดนทาโทรูบัล-พัลลิโดลูอิเซียนา (dentatorubal-pallidoluysianatrophy) อาจมีความเชื่อมโยงระหว่างโรคที่เกิดจากการกลายพันธุ์แบบขยายตัวของโพลีกลูตามีนและโพลีอะลานีน เช่น การเปลี่ยนเฟรม (frame shifting) ของผลิตภัณฑ์ยีน SCA3 ดั้งเดิมที่เข้ารหัส CAG/โพลีกลูตามีน ไปเป็น GCA/โพลีอะลานีน มีการเสนอว่าการลื่นไถลของไรโบโซมระหว่างการแปลโปรตีน SCA3 เป็นกลไกที่ทำให้เกิดการเปลี่ยนเฟรมจากเฟรมที่เข้ารหัสโพลีกลูตามีนไปเป็นเฟรมที่เข้ารหัสโพลีอะลานีน การลบไดนิวคลีโอไทด์หรือการแทรกนิวคลีโอไทด์เดี่ยวภายในแทร็กโพลีกลูตามีนของเอ็กซอน 1 ของฮันติงตินจะทำให้เฟรมการเข้ารหัส CAG โพลีกลูตามีนเลื่อนไป +1 (+1 เฟรมชิฟต์) ไปยังเฟรมการเข้ารหัส GCA โพลีอะลานีน และแนะนำเอพิโทปใหม่ไปยังปลาย C ของเอ็กซอน 1 ของ Htt (APAAAPAATRPGCG) [ 16 ]
โรคต่างๆ
โรคหลายชนิดมีสาเหตุมาจากการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์อย่างน้อยบางส่วน การทราบการกลายพันธุ์ที่พบได้บ่อยสามารถช่วยในการวินิจฉัยโรคได้ ปัจจุบันมีการพยายามใช้การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ในการรักษาโรคอย่างมีประโยชน์ โดยการเปลี่ยนเฟรมการอ่านของกรดอะมิโน


มะเร็ง
การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์เป็นที่ทราบกันดีว่าเป็นปัจจัยหนึ่งใน มะเร็ง ลำไส้ใหญ่และมะเร็งชนิด อื่นๆ ที่มีความไม่เสถียรของไมโครแซทเทลไลต์ ดังที่กล่าวไว้ก่อนหน้านี้ การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์มีแนวโน้มที่จะเกิดขึ้นในบริเวณลำดับซ้ำ เมื่อการซ่อมแซม DNA ที่ไม่ตรงกันไม่สามารถแก้ไขการเพิ่มหรือการลบเบสได้ การกลายพันธุ์เหล่านี้มีแนวโน้มที่จะก่อให้เกิดโรคได้มากขึ้น ซึ่งอาจเป็นเพราะเนื้องอกไม่ได้รับคำสั่งให้หยุดการเจริญเติบโต การทดลองในยีสต์และแบคทีเรียช่วยแสดงลักษณะของไมโครแซทเทลไลต์ที่อาจมีส่วนทำให้การซ่อมแซม DNA ที่ไม่ตรงกันบกพร่อง ซึ่งรวมถึงความยาวของไมโครแซทเทลไลต์องค์ประกอบของสารพันธุกรรม และความบริสุทธิ์ของลำดับซ้ำ จากผลการทดลองพบว่าไมโครแซทเทลไลต์ที่ยาวกว่ามีอัตราการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์สูงกว่า DNA ที่อยู่ข้างเคียงยังสามารถมีส่วนทำให้เกิดการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ได้[ 17 ]ในมะเร็งต่อมลูกหมาก การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์จะเปลี่ยนกรอบการอ่านแบบเปิด (ORF) และป้องกัน ไม่ให้เกิดอะพอพโท ซิสซึ่งนำไปสู่การเจริญเติบโตของเนื้องอก อย่างไม่ควบคุม แม้ว่าจะมีปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมที่ส่งผลต่อความก้าวหน้าของมะเร็งต่อมลูกหมากแต่ก็ยังมีองค์ประกอบทางพันธุกรรมด้วย ในระหว่างการทดสอบบริเวณรหัสเพื่อระบุการกลายพันธุ์ พบตัวแปรทางพันธุกรรม 116 ตัว รวมถึงการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ 61 ตัว[ 18 ]มีการกลายพันธุ์มากกว่า 500 ตัวบนโครโมโซม 17 ที่ดูเหมือนจะมีบทบาทในการพัฒนามะเร็งเต้านมและมะเร็งรังไข่ในยีน BRCA1 ซึ่งหลายตัวเป็นการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์[ 19 ]
โรคโครห์น
โรคโครห์นมีความเกี่ยวข้องกับ ยีน NOD2การกลายพันธุ์คือการแทรกไซโตซีนที่ตำแหน่ง 3020 ซึ่งนำไปสู่รหัสหยุดก่อนกำหนด ทำให้โปรตีนที่ควรจะถูกถอดรหัสสั้นลง เมื่อโปรตีนสามารถสร้างได้ตามปกติ มันจะตอบสนองต่อไลโปแซคคาไรด์ของแบคทีเรีย ซึ่งการกลายพันธุ์ 3020insC จะทำให้โปรตีนไม่สามารถตอบสนองได้[ 20 ]
โรคซิสติกไฟโบรซิส
โรค ซิสติกไฟโบรซิส (CF) เป็นโรคที่เกิดจากการกลายพันธุ์ใน ยีน ควบคุมการนำไฟฟ้าผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ซิสติกไฟโบรซิสมีการระบุการกลายพันธุ์มากกว่า 1500 ชนิด แต่ไม่ใช่ทุกชนิดที่ทำให้เกิดโรค[ 21 ]กรณีส่วนใหญ่ของโรคซิสติกไฟโบรซิสเป็นผลมาจากการกลายพันธุ์ ∆F508 ซึ่งลบกรดอะมิโนทั้งหมด การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์สองชนิดที่น่าสนใจในการวินิจฉัย CF คือ CF1213delT และ CF1154-insTC การกลายพันธุ์ทั้งสองชนิดนี้มักเกิดขึ้นร่วมกับการกลายพันธุ์อื่นอย่างน้อยหนึ่งชนิด การกลายพันธุ์ทั้งสองชนิดนี้ทำให้การทำงานของปอด ลดลงเล็กน้อย และเกิดขึ้นในผู้ป่วยประมาณ 1% ที่ได้รับการทดสอบ การกลายพันธุ์เหล่านี้ได้รับการระบุผ่านการจัดลำดับแบบแซงเกอร์[ 22 ]
เอชไอวี
CCR5เป็นหนึ่งในปัจจัยร่วมในการเข้าสู่เซลล์ที่เกี่ยวข้องกับ HIV ซึ่งมักเกี่ยวข้องกับสายพันธุ์ที่ไม่ก่อให้เกิดซิงไซเทียม และพบได้ชัดเจนในผู้ป่วย HIV มากกว่าผู้ป่วยเอดส์ การลบเบสคู่ 32 คู่ใน CCR5 ได้รับการระบุว่าเป็นกลายพันธุ์ที่ลดโอกาสการติดเชื้อ HIV บริเวณนี้บนกรอบการอ่านแบบเปิด ( ORF)มีการกลายพันธุ์แบบเลื่อนเฟรมซึ่งนำไปสู่รหัสหยุดก่อนกำหนด ส่งผลให้สูญเสียการทำงานของตัวรับร่วมของ HIV ในหลอดทดลอง CCR5-1 ถือเป็นชนิดปกติ และ CCR5-2 ถือเป็นอัลลีลกลายพันธุ์ ผู้ที่มีการกลายพันธุ์แบบเฮเทอโรไซกัสสำหรับ CCR5 มีความเสี่ยงต่อการเกิด HIV น้อยกว่า ในการศึกษาหนึ่ง แม้จะสัมผัสกับไวรัส HIV ในระดับสูง ก็ไม่มีผู้ใดที่เป็นโฮโมไซกัสสำหรับการกลายพันธุ์ของ CCR5 ที่ตรวจพบว่าติดเชื้อ HIV [ 3 ]
โรคเทย์-แซคส์
โรคเทย์-แซคส์เป็นโรคร้ายแรงที่ส่งผลต่อระบบประสาทส่วนกลาง พบได้บ่อยที่สุดในทารกและเด็กเล็ก การดำเนินของโรคเริ่มต้นตั้งแต่ในครรภ์แต่จะไม่แสดงอาการจนกว่าจะอายุประมาณ 6 เดือน ไม่มีวิธีรักษาโรคนี้[ 23 ]การกลายพันธุ์ในยีน β-hexosaminidase A ( HEXA ) เป็นที่ทราบกันว่าส่งผลต่อการเกิดโรคเทย์-แซคส์ โดยมีการอธิบายการกลายพันธุ์ประเภทต่างๆ 78 แบบ ซึ่ง 67 แบบเป็นที่ทราบกันว่าทำให้เกิดโรค การกลายพันธุ์ส่วนใหญ่ที่พบ (65/78) เป็นการแทนที่เบสเดี่ยวหรือ SNP การลบ 11 แบบ ขนาดใหญ่ 1 แบบ และขนาดเล็ก 10 แบบ และการแทรก 2 แบบ การกลายพันธุ์ที่พบ 8 แบบเป็นการเปลี่ยนแปลงเฟรม การลบ 6 แบบ และการแทรก 2 แบบ การแทรกเบสคู่ 4 คู่ในเอ็กซอน 11 พบในร้อยละ 80 ของผู้ป่วยโรคเทย์-แซคส์ในประชากรชาวยิวแอชเคนาซีการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์นำไปสู่โคดอนหยุดก่อนกำหนด ซึ่งเป็นที่ทราบกันว่ามีบทบาทในโรคในทารก โรคที่เริ่มแสดงอาการช้าดูเหมือนจะเกิดจากการกลายพันธุ์ที่แตกต่างกัน 4 แบบ โดยหนึ่งในนั้นคือการลบเบสคู่ 3 คู่[ 24 ]
กลุ่มอาการสมิธ-มาเกนิส
กลุ่มอาการสมิธ-มาเกนิส ( Smith–Magenis syndromeหรือ SMS) เป็นกลุ่มอาการ ที่ซับซ้อน ซึ่งเกี่ยวข้องกับความบกพร่องทางสติปัญญาความผิดปกติของการนอนหลับ ปัญหาด้านพฤติกรรม และความผิดปกติหลายอย่างของกะโหลกศีรษะ โครงกระดูก และอวัยวะภายใน กรณีส่วนใหญ่ของ SMS มีการขาดหายของยีนประมาณ 3.5 เมกะเบส (Mb) ที่ครอบคลุมยีนเรติโนอิกแอซิดอินดิวซ์-1 ( RAI1 ) กรณีอื่นๆ แสดงให้เห็นถึงความแปรปรวนของ ลักษณะอาการ SMS ที่ไม่เคยปรากฏมาก่อนสำหรับการกลายพันธุ์ของ RAI1 รวมถึงการสูญเสียการได้ยิน พฤติกรรมทำร้ายตัวเอง และพัฒนาการล่าช้าเล็กน้อย การวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอของ RAI1 เผยให้เห็นการกลายพันธุ์ของลำดับ C-tract แบบเจ็ดตัว (CCCCCCC) ในเอ็กซอน 3 ส่งผลให้เกิดการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ จากการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์เจ็ดกรณีที่รายงานว่าเกิดขึ้นในลำดับ C-tract หลายตัวใน RAI1 สี่กรณี (~57%) เกิดขึ้นที่ลำดับ C-tract แบบเจ็ดตัวนี้ ผลลัพธ์บ่งชี้ว่า C-tract เฮปตาเมอร์นี้เป็นฮอตสปอตการแทรก/การลบ (SNindels) ที่เป็นที่ต้องการ และดังนั้นจึงเป็นเป้าหมายหลักสำหรับการวิเคราะห์ในผู้ป่วยที่สงสัยว่ามีการกลายพันธุ์ใน RAI1 [ 25 ]
โรคกล้ามเนื้อหัวใจหนาตัวผิดปกติ
โรคกล้ามเนื้อหัวใจหนาตัวผิดปกติ ( Hypertrophic cardiomyopathy ) เป็นสาเหตุที่พบบ่อยที่สุดของการเสียชีวิตฉับพลันในคนหนุ่มสาว รวมถึงนักกีฬาที่ได้รับการฝึกฝน และเกิดจากการกลายพันธุ์ในยีนที่เข้ารหัสโปรตีนของซาร์โคเมียร์ของหัวใจ การกลายพันธุ์ในยีน Troponin C ( TNNC1 ) เป็นสาเหตุทางพันธุกรรมที่หายากของโรคกล้ามเนื้อหัวใจหนาตัวผิดปกติ การศึกษาล่าสุดระบุว่าการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ (c.363dupG หรือ p.Gln122AlafsX30) ใน Troponin C เป็นสาเหตุของโรคกล้ามเนื้อหัวใจหนาตัวผิดปกติ (และการเสียชีวิตจากภาวะหัวใจหยุดเต้นเฉียบพลัน) ในชายอายุ 19 ปี[ 26 ]
การรักษา
การค้นหาวิธีรักษาโรคที่เกิดจากการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์นั้นหายาก การวิจัยในเรื่องนี้ยังคงดำเนินต่อไป ตัวอย่างหนึ่งคือภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่องปฐมภูมิ (PID) ซึ่งเป็นภาวะทางพันธุกรรมที่อาจนำไปสู่การติดเชื้อเพิ่มขึ้น มี 120 ยีนและ 150 การกลายพันธุ์ที่มีบทบาทในภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่องปฐมภูมิ การรักษามาตรฐานในปัจจุบันคือการบำบัดด้วยยีนแต่เป็นการรักษาที่มีความเสี่ยงสูงและมักนำไปสู่โรคอื่นๆ เช่น มะเร็งเม็ดเลือดขาว ขั้นตอนการบำบัดด้วยยีนรวมถึงการดัดแปลงโปรตีนฟิวชั่นซิงค์ฟริงเกอร์นิวคลีเอส การ ตัดปลายทั้งสองข้างของการกลายพันธุ์ ซึ่งจะทำให้การกลายพันธุ์นั้นหายไปจากลำดับ การข้ามเอ็กซอนโดยใช้แอนติเซนส์โอลิโกนิวคลีโอไทด์ เป็นอีกทางเลือกหนึ่งสำหรับโรคกล้ามเนื้อเสื่อมดูเชน กระบวนการนี้ช่วยให้สามารถส่งผ่านการกลายพันธุ์ไปได้ ทำให้ลำดับที่เหลือยังคงอยู่ในเฟรมและหน้าที่ของโปรตีนยังคงอยู่ อย่างไรก็ตาม วิธีนี้ไม่ได้รักษาโรค แต่เป็นการบรรเทาอาการเท่านั้น และใช้ได้ผลเฉพาะในโปรตีนโครงสร้างหรือยีนที่ซ้ำกันอื่นๆ เท่านั้น รูปแบบการซ่อมแซมแบบที่สามคือโมเสกย้อนกลับซึ่งเกิดขึ้นตามธรรมชาติโดยการสร้างการกลายพันธุ์แบบย้อนกลับหรือการกลายพันธุ์ที่ตำแหน่งที่สองที่แก้ไขเฟรมการอ่าน การย้อนกลับนี้อาจเกิดขึ้นโดยการรวมตัว กันภายใน ยีน การแปลงยีน ไมโทซิส การเลื่อนของ DNA ที่ตำแหน่งที่สอง หรือการย้อนกลับเฉพาะตำแหน่ง สิ่งนี้เป็นไปได้ในหลายโรค เช่นภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่องอย่างรุนแรงที่เชื่อมโยงกับโครโมโซม X (SCID) กลุ่มอาการวิสคอตต์-อัลดริชและกลุ่มอาการบลูมไม่มีตัวยาหรือวิธีการทางเภสัชพันธุศาสตร์อื่นใดที่ช่วยในเรื่อง PID ได้[ 27 ]
สิทธิบัตรยุโรป (EP1369126A1) ในปี 2546 โดย Bork บันทึกวิธีการที่ใช้ในการป้องกันมะเร็งและการรักษาโรคมะเร็งและภาวะก่อนมะเร็ง เช่น เนื้องอกที่เกิดจากความผิดปกติของการซ่อมแซม DNA-mismatch (MMR) และเนื้องอกที่เกี่ยวข้องกับ HNPCC แนวคิดคือการใช้ภูมิคุ้มกันบำบัดด้วยส่วนผสมของเปปไทด์ที่ได้จากการกลายพันธุ์แบบ frameshift ที่จำเพาะต่อเนื้องอกเพื่อกระตุ้นการตอบสนองของเซลล์ T ที่เป็นพิษต่อเซลล์โดยเฉพาะต่อเซลล์เนื้องอก[ 28 ]
ดูเพิ่มเติม
อ่านเพิ่มเติม
- Farabaugh PJ (1996). "การเลื่อนเฟรมการแปลแบบโปรแกรม" . Annu. Rev. Genet . 30 (1): 507– 28. doi : 10.1146/annurev.genet.30.1.507 . PMC 239420 . PMID 8982463 .
- ลูอิส, ริคกี้ (2005). พันธุศาสตร์มนุษย์: แนวคิดและการประยุกต์ใช้ ( ฉบับที่ 6). บอสตัน แมสซาชูเซตส์: แมคกรอว์ฮิลล์. หน้า227–228 . ISBN 978-0-07-111156-0.
- "เอนไซม์ไนโลเนส" . 20 เมษายน 2547 . สืบค้นเมื่อ2 มิถุนายน 2552 .
ลิงก์ภายนอก
- Frameshift+Mutation ใน หัวข้อทางการแพทย์(MeSH) ของหอสมุดแห่งชาติสหรัฐอเมริกา
- ฐานข้อมูล NCBI dbSNP — "แหล่งรวบรวมข้อมูลส่วนกลางสำหรับทั้งการแทนที่นิวคลีโอไทด์แบบเบสเดี่ยวและการกลายพันธุ์แบบการลบและการแทรกสั้นๆ"
- Wise2 - จัดเรียงโปรตีนให้ตรงกับลำดับดีเอ็นเอ โดยคำนึงถึงการเลื่อนเฟรมและอินทรอน
- FastY - โปรแกรมเปรียบเทียบลำดับดีเอ็นเอกับฐานข้อมูลลำดับโปรตีน โดยอนุญาตให้มีช่องว่างและการเลื่อนเฟรมได้
- เส้นทางนี้ถูกเก็บถาวรไว้เมื่อวันที่ 19 กรกฎาคม 2011 ในWayback Machine - เครื่องมือที่ใช้เปรียบเทียบ โปรตีน ที่มีการเลื่อนเฟรม สองตัว ( หลักการ แปล ย้อนกลับ )
- HGMD - ฐานข้อมูลการกลายพันธุ์ของจีโนมมนุษย์