กลับไปหน้าบทความ

อ่าน 10 นาที

ไม่มีชื่อบทความ

การ กลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ (เรียกอีกอย่างว่า ข้อผิดพลาดในการจัดเฟรม หรือ เฟรมการอ่าน ) เป็นการ กลายพันธุ์ทางพันธุกรรม ที่เกิดจาก การแทรก หรือ การลบ ( indels ) ของนิวคลีโอ ไทด์...

การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์

การกลายพันธุ์แบบอินเดลมีหลายประเภท ภาพ C เป็นเพียงการลบ ไม่ใช่การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์

การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ (เรียกอีกอย่างว่าข้อผิดพลาดในการจัดเฟรมหรือเฟรมการอ่าน ) เป็นการกลายพันธุ์ทางพันธุกรรมที่เกิดจากการแทรกหรือการลบ ( indels ) ของนิวคลีโอ ไทด์จำนวนหนึ่งในลำดับดีเอ็นเอที่ไม่สามารถหารด้วยสามลงตัว เนื่องจากลักษณะการแสดงออกของยีน แบบสามตัว โดยโคดอนการแทรกหรือการลบสามารถเปลี่ยนเฟรมการอ่าน (การจัดกลุ่มของโคดอน) ส่งผลให้การแปล แตกต่าง จากเดิมอย่างสิ้นเชิง ยิ่งการลบหรือการแทรกเกิดขึ้นเร็วในลำดับเท่าใด โปรตีนก็จะยิ่งเปลี่ยนแปลงมากขึ้นเท่านั้น[ 1 ]การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ไม่เหมือนกับการกลายพันธุ์แบบนิวคลีโอไทด์เดี่ยวซึ่งนิวคลีโอไทด์ถูกแทนที่ แทนที่จะเป็นการแทรกหรือการลบ การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์โดยทั่วไปจะทำให้การอ่านโคดอนหลังจากการกลายพันธุ์เข้ารหัสกรดอะมิโนที่แตกต่างกัน การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์จะเปลี่ยนแปลงโคดอนหยุดตัวแรก ("UAA", "UGA" หรือ "UAG") ที่พบในลำดับด้วย โพลีเปปไทด์ที่สร้างขึ้นอาจสั้นหรือยาวผิดปกติ และมีแนวโน้มที่จะไม่สามารถใช้งานได้[ 2 ]

การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ปรากฏให้เห็นในโรคทางพันธุกรรมร้ายแรง เช่นโรคเทย์-แซคส์ การกลายพันธุ์ เหล่านี้เพิ่มความเสี่ยงต่อมะเร็งบางชนิดและโรคไขมันในเลือดสูงในครอบครัวในปี 1997 [ 3 ]การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์เชื่อมโยงกับความต้านทานต่อการติดเชื้อไวรัสเอชไอวี มีการเสนอว่าการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์เป็นแหล่งที่มาของนวัตกรรมทางชีวภาพ เช่นเดียวกับการสร้างไนโลเนส ที่ถูกกล่าวอ้าง อย่างไรก็ตาม การตีความนี้ยังเป็นที่ถกเถียงกันอยู่ การศึกษาโดย Negoro et al. (2006) [ 4 ]พบว่าการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ไม่น่าจะเป็นสาเหตุ และการแทนที่กรดอะมิโนสองตัวในบริเวณออกฤทธิ์ของเอสเตอเรส บรรพบุรุษ ส่งผลให้เกิดไนโลเนส

พื้นหลัง

ข้อมูลที่อยู่ในดีเอ็นเอเป็นตัวกำหนดหน้าที่ของโปรตีนในเซลล์ของสิ่งมีชีวิตทุกชนิด กระบวนการถอดรหัสและการแปลรหัสช่วยให้ข้อมูลนี้ถูกส่งต่อเพื่อสร้างโปรตีน อย่างไรก็ตาม ความผิดพลาดในการอ่านการสื่อสารนี้อาจทำให้การทำงานของโปรตีนผิดปกติและในที่สุดอาจก่อให้เกิดโรคได้ แม้ว่าเซลล์จะมีกลไกการแก้ไขต่างๆ แล้วก็ตาม ข้อมูลทางพันธุกรรมถูกส่งผ่านโดยดีเอ็นเอเพื่อการสังเคราะห์โปรตีนภายในเซลล์ การตีความผิดพลาดอาจนำไปสู่การทำงานที่ผิดพลาดและโรคต่างๆ แม้จะมีกลไกการแก้ไขภายในเซลล์ก็ตาม

แบบจำลองหลักคำสอนกลาง

หลักคำสอนกลาง

ในปี พ.ศ. 2499 ฟรานซิส คริกได้อธิบายการไหลของข้อมูลทางพันธุกรรมจากDNAไปสู่การจัดเรียงกรดอะมิโนที่เฉพาะเจาะจงเพื่อสร้างโปรตีนซึ่งเรียกว่าหลักการพื้นฐาน[ 1 ]เพื่อให้เซลล์ทำงานได้อย่างถูกต้อง จำเป็นต้องมีการผลิตโปรตีนอย่างแม่นยำเพื่อโครงสร้างและ กิจกรรม เร่งปฏิกิริยาโปรตีนที่สร้างขึ้นอย่างไม่ถูกต้องอาจส่งผลเสียต่อ ความอยู่รอด ของเซลล์และในกรณีส่วนใหญ่จะทำให้สิ่งมีชีวิตชั้น สูง ไม่แข็งแรงเนื่องจากการทำงานของเซลล์ที่ผิดปกติ เพื่อให้แน่ใจว่าจีโนมส่งต่อข้อมูลได้อย่างสำเร็จ กลไก การตรวจสอบความถูกต้องเช่นเอ็กโซนิวคลีเอสและ ระบบ ซ่อมแซมความผิดพลาดจึงถูกรวมเข้าไว้ใน การจำลอง แบบDNA [ 1 ]

การถอดเสียงและการแปล

กระบวนการแปล

หลังจากการจำลองดีเอ็นเอ การอ่านข้อมูลทางพันธุกรรมส่วนที่เลือกไว้จะสำเร็จได้ด้วยการถอดรหัส[ 1 ] นิวคลีโอไทด์ที่มีข้อมูลทางพันธุกรรมจะอยู่บนแม่แบบผู้ส่งสารสายเดี่ยวที่เรียกว่าmRNA mRNA จะถูกรวมเข้ากับหน่วยย่อยของไรโบโซมและมีปฏิสัมพันธ์กับrRNAข้อมูลทางพันธุกรรมที่อยู่ในโคดอนของ mRNA จะถูกอ่าน (ถอดรหัส) โดยแอนติโคดอนของ tRNA เมื่ออ่านโคดอนแต่ละอัน (สามตัว) กรดอะมิโนจะถูกเชื่อมต่อกันจนกว่า จะถึง โคดอนหยุด (UAG, UGA หรือ UAA) ณ จุดนี้โพลีเปปไทด์ (โปรตีน) ได้ถูกสังเคราะห์และปล่อยออกมา[ 1 ]สำหรับกรดอะมิโนทุกๆ 1,000 ตัวที่รวมอยู่ในโปรตีน จะมีไม่เกินหนึ่งตัวที่ไม่ถูกต้อง ความแม่นยำในการจดจำโคดอนนี้ ซึ่งรักษาความสำคัญของเฟรมการอ่านที่ถูกต้องนั้น สำเร็จได้ด้วยการจับคู่เบสที่ถูกต้องที่ไซต์ A ของไรโบโซมกิจกรรมไฮโดรไลซิสGTP ของ EF-Tuซึ่งเป็นรูปแบบหนึ่งของความเสถียรทางจลนศาสตร์ และกลไกการตรวจสอบความถูกต้องเมื่อ EF-Tu ถูกปล่อยออกมา[ 1 ]

การเลื่อนเฟรมอาจเกิดขึ้นระหว่าง การแปล โปรเฟสทำให้เกิดโปรตีนที่แตกต่างกันจากเฟรมการอ่านแบบเปิดที่ทับซ้อนกัน เช่น โปรตีน เรโทรไวรัส gag-pol-env ซึ่งค่อนข้างพบได้ทั่วไปในไวรัสและยังเกิดขึ้นในแบคทีเรียและยีสต์ด้วย (Farabaugh, 1996) เชื่อกันว่า เอนไซม์รีเวอร์สทรานสคริปเทสเมื่อเทียบกับRNA โพลีเมอเรส IIเป็นสาเหตุสำคัญของการเกิดการกลายพันธุ์แบบเลื่อนเฟรม ในการทดลองพบว่าการกลายพันธุ์แบบเลื่อนเฟรมทั้งหมดเพียง 3–13% เกิดจาก RNA โพลีเมอเรส II ในโปรคาริโอตอัตราความผิดพลาดที่ทำให้เกิดการกลายพันธุ์แบบเลื่อนเฟรมนั้นอยู่ในช่วงเพียง 0.0001 ถึง 0.00001 เท่านั้น[ 5 ]

มีกระบวนการทางชีววิทยาหลายอย่างที่ช่วยป้องกันการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ การกลายพันธุ์แบบย้อนกลับเกิดขึ้นซึ่งเปลี่ยนลำดับที่กลายพันธุ์กลับไปเป็น ลำดับ แบบดั้งเดิมอีกความเป็นไปได้หนึ่งสำหรับการแก้ไขการกลายพันธุ์คือการใช้การกลายพันธุ์แบบยับยั้งซึ่งจะชดเชยผลของการกลายพันธุ์ดั้งเดิมโดยการสร้างการกลายพันธุ์รอง เลื่อนลำดับเพื่อให้สามารถอ่านกรดอะมิโนที่ถูกต้องได้ นอกจากนี้ ยังสามารถใช้ RNA นำทางเพื่อแทรกหรือลบยูริดีนใน mRNA หลังจากการถอดรหัส ซึ่งช่วยให้เฟรมการอ่านถูกต้อง[ 1 ]

ความสำคัญของโคดอนสามตัว

รหัสสามตัวอักษร หรือโคดอน

โคดอนคือชุดของนิวคลีโอไทด์ สาม ตัว หรือที่เรียกว่าทริปเล็ต ซึ่งเข้ารหัสกรดอะมิโนชนิดหนึ่งโคดอนตัวแรกจะกำหนดเฟรมการอ่าน ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของโคดอนใหม่ลำดับโครงสร้าง กรดอะมิโนของโปรตีน ถูกกำหนดโดยทริปเล็ตที่ต่อเนื่องกัน[ 6 ]โคดอนเป็นกุญแจสำคัญในการแปลข้อมูลทางพันธุกรรมเพื่อการสังเคราะห์โปรตีน เฟรมการอ่านจะถูกกำหนดเมื่อการแปล mRNA เริ่มต้นขึ้นและจะคงอยู่เมื่ออ่านทริปเล็ตหนึ่งไปยังอีกทริปเล็ตหนึ่ง การอ่านรหัสพันธุกรรมอยู่ภายใต้กฎสามข้อที่ตรวจสอบโคดอนใน mRNA ประการแรก โคดอนจะถูกอ่านในทิศทาง 5' ถึง 3' ประการที่สอง โคดอนจะไม่ทับซ้อนกันและข้อความไม่มีช่องว่าง กฎข้อสุดท้าย ดังที่กล่าวไว้ข้างต้น คือข้อความจะถูกแปลในเฟรมการอ่านที่กำหนดไว้[ 1 ]

ตัวอย่างของการกลายพันธุ์แบบจุดประเภทต่างๆ

กลไก

การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์สามารถเกิดขึ้นได้เองโดยสุ่ม หรือเกิดจากสิ่งกระตุ้นภายนอก การตรวจจับการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์สามารถทำได้หลายวิธี เฟรมชิฟต์เป็นเพียงการกลายพันธุ์ประเภทหนึ่งที่อาจนำไปสู่โปรตีนที่ไม่สมบูรณ์หรือผิดพลาด แต่คิดเป็นเปอร์เซ็นต์ที่สำคัญของข้อผิดพลาดในดีเอ็นเอ ในยีนที่ไม่เปลี่ยนแปลง โคดอน (นิวคลีโอไทด์สามตัว) จะถูกตีความตามลำดับ โดยแต่ละโคดอนจะเข้ารหัสกรดอะมิโนเฉพาะ ซึ่งเรียกว่าเฟรมการอ่านมาตรฐาน อย่างไรก็ตาม ในกรณีของการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ นิวคลีโอไทด์พิเศษ (หรือมากกว่านั้น) จะถูกแทรกเข้าไปในลำดับดีเอ็นเอ ทำให้เฟรมการอ่านปกติหยุดชะงักและทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงในลำดับ

การแทรกนี้ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงในเฟรมการอ่านเนื่องจากรหัสพันธุกรรมมีลักษณะเป็นสามตัว ตัวอย่างเช่น การเพิ่ม "A" พิเศษจะนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงลำดับ ทำให้มีการอ่านชุดโคดอนที่แตกต่างไปโดยสิ้นเชิง ความเบี่ยงเบนในข้อมูลทางพันธุกรรมนี้ทำให้ไรโบโซมซึ่งอ่าน mRNA เพื่อสังเคราะห์โปรตีน ตีความข้อมูลทางพันธุกรรมผิดพลาด ส่งผลให้เกิดลำดับกรดอะมิโนที่แตกต่างไปโดยสิ้นเชิง ส่งผลให้ลำดับโปรตีนเปลี่ยนแปลงไป ในกรณีส่วนใหญ่ เฟรมการอ่านใหม่จะทำให้พบกับโคดอนหยุดก่อนกำหนด นำไปสู่การสร้างโปรตีนที่สั้นลงและมักจะไม่ทำงาน การกลายพันธุ์รูปแบบนี้เรียกว่าการกลายพันธุ์โคดอนหยุดก่อนกำหนดหรือการกลายพันธุ์ไร้ความหมาย

พันธุกรรมหรือสิ่งแวดล้อม

นี่คือการกลายพันธุ์ทางพันธุกรรมในระดับเบสของนิวคลีโอไทด์ สาเหตุและวิธีการที่การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์เกิดขึ้นนั้นยังคงถูกค้นหาอย่างต่อเนื่อง มีการศึกษาด้านสิ่งแวดล้อม โดยเฉพาะอย่างยิ่งการสร้าง การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ที่เกิดจาก รังสียูวีโดยเอนไซม์ดีเอ็นเอพอลิเมอเรสที่ขาดกิจกรรมเอ็กโซนิวคลีเอส 3′ → 5′ ลำดับปกติ 5′ GTC GTT TTA CAA 3′ ถูกเปลี่ยนเป็น GTC GTT T TTA CAA (MIDT) หรือ GTC GTT C TTA CAA (MIDC) เพื่อศึกษาเฟรมชิฟต์เอนไซม์E. coli pol I Kf และ T7 DNA polymerase กลายพันธุ์ที่ปราศจากกิจกรรมเอ็กโซนิวคลีเอส 3′ → 5′ สร้างรีเวอร์แทนต์ที่เกิดจากรังสียูวีในความถี่ที่สูงกว่าเอนไซม์ที่มีกิจกรรมเอ็กโซนิวคลีเอส ข้อมูลบ่งชี้ว่าการสูญเสียกิจกรรมการตรวจสอบความถูกต้องจะเพิ่มความถี่ของเฟรมชิฟต์ที่เกิดจากรังสียูวี[ 7 ]

การตรวจจับ

การเรืองแสง

ผลกระทบของเบสข้างเคียงและโครงสร้างทุติยภูมิในการตรวจจับความถี่ของการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ ได้รับการศึกษาอย่างละเอียดโดยใช้ฟลูออเรสเซน ซ์ ดีเอ็นเอที่ติดแท็กฟลูออเรสเซนซ์โดยใช้เบสอะนาล็อกช่วยให้สามารถศึกษาการเปลี่ยนแปลงเฉพาะที่ของลำดับดีเอ็นเอได้[ 8 ]การศึกษาเกี่ยวกับผลกระทบของความยาวของสายไพรเมอร์เผยให้เห็นว่ามีการสังเกตส่วนผสมสมดุลของโครงสร้างไฮบริดไดเซชันสี่แบบเมื่อเบสแม่แบบวนออกเป็นส่วนนูน กล่าวคือโครงสร้างที่ขนาบข้างด้วยดีเอ็นเอแบบคู่ ในทางตรงกันข้าม โครงสร้างแบบสองวงที่มีโครงสร้างดีเอ็นเอที่ไม่เรียงซ้อนกันอย่างผิดปกติที่ขอบด้านล่างถูกสังเกตเมื่อเบสที่ยื่นออกมาอยู่ในตำแหน่งจุดเชื่อมต่อไพรเมอร์-แม่แบบ แสดงให้เห็นว่าการจัดเรียงที่ไม่ถูกต้องสามารถแก้ไขได้โดยโครงสร้างทุติยภูมิของดีเอ็นเอข้างเคียง[ 9 ]

การจัดลำดับ

การกลายพันธุ์แบบลบจะเปลี่ยนแปลงรหัสพันธุกรรมทุกตัวที่ตามมา และอาจทำให้การสังเคราะห์โปรตีนหยุดลงก่อนกำหนดโดยการสร้างรหัสหยุด (stop codon )

การจัดลำดับแบบ Sangerและ การจัด ลำดับแบบ pyrosequencingเป็นสองวิธีที่ใช้ในการตรวจจับการกลายพันธุ์แบบ frameshift อย่างไรก็ตาม เป็นไปได้ว่าข้อมูลที่ได้จะไม่ได้มีคุณภาพสูงสุด ถึงกระนั้นก็ตาม มีการระบุ indel จำนวน 1.96 ล้านรายการ ผ่านการจัดลำดับแบบ Sanger ซึ่งไม่ทับซ้อนกับฐานข้อมูลอื่น เมื่อตรวจพบการกลายพันธุ์แบบ frameshift จะถูกนำไปเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลการกลายพันธุ์ของจีโนมมนุษย์ (HGMD) เพื่อพิจารณาว่าการกลายพันธุ์นั้นมีผลเสียหรือไม่ โดยจะพิจารณาจากคุณลักษณะสี่ประการ ประการแรก อัตราส่วนระหว่าง DNA ที่ได้รับผลกระทบและ DNA ที่ได้รับการอนุรักษ์ ประการที่สอง ตำแหน่งของการกลายพันธุ์เมื่อเทียบกับทรานสคริปต์ ประการที่สาม อัตราส่วนของกรดอะมิโนที่ได้รับการอนุรักษ์และกรดอะมิโนที่ได้รับผลกระทบ และสุดท้าย ระยะห่างของ indel ถึงปลาย เอ็ กซอน[ 10 ]

การจัดลำดับแบบขนานขนาดใหญ่ (Massively Parallel Sequencing)เป็นวิธีการใหม่กว่าที่สามารถใช้ตรวจจับการกลายพันธุ์ได้ ด้วยวิธีนี้ สามารถจัดลำดับได้มากถึง 17 กิกะเบสในคราวเดียว ซึ่งแตกต่างจากการจัดลำดับแบบแซงเกอร์ (Sanger sequencing)ที่มีช่วงจำกัดเพียงประมาณ 1 กิโลเบส มีเทคโนโลยีหลายอย่างที่สามารถใช้ทดสอบนี้ได้ และกำลังอยู่ระหว่างการพิจารณาเพื่อนำไปใช้ในทางคลินิก[ 11 ]เมื่อทดสอบมะเร็งชนิดต่างๆ วิธีการปัจจุบันอนุญาตให้ตรวจสอบได้เพียงยีนเดียวในแต่ละครั้ง การจัดลำดับแบบขนานขนาดใหญ่สามารถทดสอบการกลายพันธุ์ที่ก่อให้เกิดมะเร็งได้หลากหลายชนิดในคราวเดียว ซึ่งแตกต่างจากการทดสอบเฉพาะเจาะจงหลายๆ ครั้ง[ 12 ]การทดลองเพื่อกำหนดความแม่นยำของวิธีการจัดลำดับแบบใหม่นี้ได้ทดสอบยีน 21 ยีน และไม่มีการเรียกผลบวกเท็จสำหรับการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์[ 13 ]

การวินิจฉัย

สิทธิบัตรของสหรัฐอเมริกา(5,958,684) ในปี 1999 โดย Leeuwen ได้ให้รายละเอียดเกี่ยวกับวิธีการและสารเคมีสำหรับการวินิจฉัยโรคที่เกิดจากหรือเกี่ยวข้องกับยีนที่มีการกลายพันธุ์แบบโซมาติกซึ่งก่อให้เกิดการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ วิธีการดังกล่าวรวมถึงการจัดหาตัวอย่างเนื้อเยื่อหรือของเหลวและการวิเคราะห์ยีนสำหรับการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์หรือโปรตีนจากการกลายพันธุ์ประเภทนี้ ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนที่สงสัยจะได้รับจากลำดับยีนที่ตีพิมพ์หรือจากการโคลนและการจัดลำดับของยีนที่สงสัย จากนั้นจึงทำนายลำดับกรดอะมิโนที่เข้ารหัสโดยยีน[ 14 ]การจัดลำดับ NA: การจัดลำดับแบบ Sanger หรือการจัดลำดับรุ่นต่อไป (NGS) สามารถใช้เพื่อจัดลำดับ DNA โดยตรงและระบุการแทรกหรือการลบ ปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส (PCR): PCR สามารถใช้เพื่อขยายบริเวณเฉพาะที่มีการกลายพันธุ์สำหรับการวิเคราะห์ในภายหลัง การขยายสัญญาณโพรบแบบพึ่งพาการเชื่อมต่อแบบมัลติเพล็กซ์ (MLPA): MLPA เป็นเทคนิคที่ใช้ตรวจจับความแปรผันของจำนวนสำเนา และการแทรกหรือการลบขนาดเล็ก การผสมพันธุ์จีโนมเชิงเปรียบเทียบ (CGH): CGH ใช้ในการตรวจจับความไม่สมดุลของโครโมโซม ซึ่งอาจรวมถึงการแทรกหรือการลบขนาดใหญ่

ความถี่

แม้จะมีกฎที่ควบคุมรหัสพันธุกรรมและกลไกต่างๆ ที่มีอยู่ในเซลล์เพื่อให้แน่ใจว่าการถ่ายทอดข้อมูลทางพันธุกรรมอย่างถูกต้องในระหว่างกระบวนการจำลองดีเอ็นเอและการแปลรหัส แต่ก็ยังเกิดการกลายพันธุ์ขึ้นได้ การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ไม่ใช่ประเภทเดียว มีการกลายพันธุ์แบบจุดที่ได้รับการยอมรับอย่างน้อยสองประเภท ได้แก่การกลายพันธุ์แบบมิสเซนส์และการกลายพันธุ์แบบนันเซนส์ [ 1 ] การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์สามารถเปลี่ยนแปลงความสามารถในการเข้ารหัส (ข้อมูลทางพันธุกรรม) ของข้อความได้อย่างมาก[ 1 ]การแทรกหรือการลบขนาดเล็ก (น้อยกว่า 20 คู่เบส) คิดเป็น 24% ของการกลายพันธุ์ที่แสดงออกในโรคทางพันธุกรรมที่ได้รับการยอมรับในปัจจุบัน[ 10 ]

การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์พบได้บ่อยในบริเวณซ้ำของ DNA เหตุผลหนึ่งก็คือการเลื่อนของเอนไซม์พอลิเมอเรสในบริเวณซ้ำ ทำให้เกิดการกลายพันธุ์ในลำดับ[ 15 ] สามารถ ทำการ ทดลองเพื่อกำหนดความถี่ของการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ได้โดยการเพิ่มหรือลบจำนวนนิวคลีโอไทด์ที่กำหนดไว้ล่วงหน้า การทดลองได้ดำเนินการโดยการเพิ่มเบสคู่สี่คู่ เรียกว่าการทดลอง +4 แต่ทีมจากมหาวิทยาลัยเอมอรีได้ตรวจสอบความแตกต่างในความถี่ของการกลายพันธุ์โดยการเพิ่มและลบเบสคู่ พบว่าไม่มีความแตกต่างในความถี่ระหว่างการเพิ่มและการลบเบสคู่ อย่างไรก็ตาม มีความแตกต่างในผลลัพธ์ของโปรตีน[ 15 ]

โรคฮันติงตันเป็นหนึ่งในเก้าโรคที่เกิดจากการซ้ำของรหัสพันธุกรรม (codon reiteration disorders) ซึ่งเกิดจากการกลายพันธุ์แบบขยายตัวของโพลีกลูตามีน (polyglutamine expansion mutations) ได้แก่ โรคอะแท็กเซียของไขสันหลังและสมองน้อย (SCA) 1, 2, 6, 7 และ 3, โรคกล้ามเนื้อฝ่อของไขสันหลังและก้านสมอง (spinobulbar muscular atrophy) และโรคกล้ามเนื้อฝ่อของเดนทาโทรูบัล-พัลลิโดลูอิเซียนา (dentatorubal-pallidoluysianatrophy) อาจมีความเชื่อมโยงระหว่างโรคที่เกิดจากการกลายพันธุ์แบบขยายตัวของโพลีกลูตามีนและโพลีอะลานีน เช่น การเปลี่ยนเฟรม (frame shifting) ของผลิตภัณฑ์ยีน SCA3 ดั้งเดิมที่เข้ารหัส CAG/โพลีกลูตามีน ไปเป็น GCA/โพลีอะลานีน มีการเสนอว่าการลื่นไถลของไรโบโซมระหว่างการแปลโปรตีน SCA3 เป็นกลไกที่ทำให้เกิดการเปลี่ยนเฟรมจากเฟรมที่เข้ารหัสโพลีกลูตามีนไปเป็นเฟรมที่เข้ารหัสโพลีอะลานีน การลบไดนิวคลีโอไทด์หรือการแทรกนิวคลีโอไทด์เดี่ยวภายในแทร็กโพลีกลูตามีนของเอ็กซอน 1 ของฮันติงตินจะทำให้เฟรมการเข้ารหัส CAG โพลีกลูตามีนเลื่อนไป +1 (+1 เฟรมชิฟต์) ไปยังเฟรมการเข้ารหัส GCA โพลีอะลานีน และแนะนำเอพิโทปใหม่ไปยังปลาย C ของเอ็กซอน 1 ของ Htt (APAAAPAATRPGCG) [ 16 ]

โรคต่างๆ

โรคหลายชนิดมีสาเหตุมาจากการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์อย่างน้อยบางส่วน การทราบการกลายพันธุ์ที่พบได้บ่อยสามารถช่วยในการวินิจฉัยโรคได้ ปัจจุบันมีการพยายามใช้การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ในการรักษาโรคอย่างมีประโยชน์ โดยการเปลี่ยนเฟรมการอ่านของกรดอะมิโน

ความถี่ของการกลายพันธุ์ในยีน BRCA1 บนโครโมโซม 17
ความถี่ของการกลายพันธุ์ในยีน BRCA2 บนโครโมโซม 13

มะเร็ง

การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์เป็นที่ทราบกันดีว่าเป็นปัจจัยหนึ่งใน มะเร็ง ลำไส้ใหญ่และมะเร็งชนิด อื่นๆ ที่มีความไม่เสถียรของไมโครแซทเทลไลต์ ดังที่กล่าวไว้ก่อนหน้านี้ การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์มีแนวโน้มที่จะเกิดขึ้นในบริเวณลำดับซ้ำ เมื่อการซ่อมแซม DNA ที่ไม่ตรงกันไม่สามารถแก้ไขการเพิ่มหรือการลบเบสได้ การกลายพันธุ์เหล่านี้มีแนวโน้มที่จะก่อให้เกิดโรคได้มากขึ้น ซึ่งอาจเป็นเพราะเนื้องอกไม่ได้รับคำสั่งให้หยุดการเจริญเติบโต การทดลองในยีสต์และแบคทีเรียช่วยแสดงลักษณะของไมโครแซทเทลไลต์ที่อาจมีส่วนทำให้การซ่อมแซม DNA ที่ไม่ตรงกันบกพร่อง ซึ่งรวมถึงความยาวของไมโครแซทเทลไลต์องค์ประกอบของสารพันธุกรรม และความบริสุทธิ์ของลำดับซ้ำ จากผลการทดลองพบว่าไมโครแซทเทลไลต์ที่ยาวกว่ามีอัตราการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์สูงกว่า DNA ที่อยู่ข้างเคียงยังสามารถมีส่วนทำให้เกิดการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ได้[ 17 ]ในมะเร็งต่อมลูกหมาก การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์จะเปลี่ยนกรอบการอ่านแบบเปิด (ORF) และป้องกัน ไม่ให้เกิดอะพอพโท ซิสซึ่งนำไปสู่การเจริญเติบโตของเนื้องอก อย่างไม่ควบคุม แม้ว่าจะมีปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมที่ส่งผลต่อความก้าวหน้าของมะเร็งต่อมลูกหมากแต่ก็ยังมีองค์ประกอบทางพันธุกรรมด้วย ในระหว่างการทดสอบบริเวณรหัสเพื่อระบุการกลายพันธุ์ พบตัวแปรทางพันธุกรรม 116 ตัว รวมถึงการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ 61 ตัว[ 18 ]มีการกลายพันธุ์มากกว่า 500 ตัวบนโครโมโซม 17 ที่ดูเหมือนจะมีบทบาทในการพัฒนามะเร็งเต้านมและมะเร็งรังไข่ในยีน BRCA1 ซึ่งหลายตัวเป็นการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์[ 19 ]

โรคโครห์น

โรคโครห์นมีความเกี่ยวข้องกับ ยีน NOD2การกลายพันธุ์คือการแทรกไซโตซีนที่ตำแหน่ง 3020 ซึ่งนำไปสู่รหัสหยุดก่อนกำหนด ทำให้โปรตีนที่ควรจะถูกถอดรหัสสั้นลง เมื่อโปรตีนสามารถสร้างได้ตามปกติ มันจะตอบสนองต่อไลโปแซคคาไรด์ของแบคทีเรีย ซึ่งการกลายพันธุ์ 3020insC จะทำให้โปรตีนไม่สามารถตอบสนองได้[ 20 ]

โรคซิสติกไฟโบรซิส

โรค ซิสติกไฟโบรซิส (CF) เป็นโรคที่เกิดจากการกลายพันธุ์ใน ยีน ควบคุมการนำไฟฟ้าผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ซิสติกไฟโบรซิสมีการระบุการกลายพันธุ์มากกว่า 1500 ชนิด แต่ไม่ใช่ทุกชนิดที่ทำให้เกิดโรค[ 21 ]กรณีส่วนใหญ่ของโรคซิสติกไฟโบรซิสเป็นผลมาจากการกลายพันธุ์ ∆F508 ซึ่งลบกรดอะมิโนทั้งหมด การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์สองชนิดที่น่าสนใจในการวินิจฉัย CF คือ CF1213delT และ CF1154-insTC การกลายพันธุ์ทั้งสองชนิดนี้มักเกิดขึ้นร่วมกับการกลายพันธุ์อื่นอย่างน้อยหนึ่งชนิด การกลายพันธุ์ทั้งสองชนิดนี้ทำให้การทำงานของปอด ลดลงเล็กน้อย และเกิดขึ้นในผู้ป่วยประมาณ 1% ที่ได้รับการทดสอบ การกลายพันธุ์เหล่านี้ได้รับการระบุผ่านการจัดลำดับแบบแซงเกอร์[ 22 ]

เอชไอวี

CCR5เป็นหนึ่งในปัจจัยร่วมในการเข้าสู่เซลล์ที่เกี่ยวข้องกับ HIV ซึ่งมักเกี่ยวข้องกับสายพันธุ์ที่ไม่ก่อให้เกิดซิงไซเทียม และพบได้ชัดเจนในผู้ป่วย HIV มากกว่าผู้ป่วยเอดส์ การลบเบสคู่ 32 คู่ใน CCR5 ได้รับการระบุว่าเป็นกลายพันธุ์ที่ลดโอกาสการติดเชื้อ HIV บริเวณนี้บนกรอบการอ่านแบบเปิด ( ORF)มีการกลายพันธุ์แบบเลื่อนเฟรมซึ่งนำไปสู่รหัสหยุดก่อนกำหนด ส่งผลให้สูญเสียการทำงานของตัวรับร่วมของ HIV ในหลอดทดลอง CCR5-1 ถือเป็นชนิดปกติ และ CCR5-2 ถือเป็นอัลลีลกลายพันธุ์ ผู้ที่มีการกลายพันธุ์แบบเฮเทอโรไซกัสสำหรับ CCR5 มีความเสี่ยงต่อการเกิด HIV น้อยกว่า ในการศึกษาหนึ่ง แม้จะสัมผัสกับไวรัส HIV ในระดับสูง ก็ไม่มีผู้ใดที่เป็นโฮโมไซกัสสำหรับการกลายพันธุ์ของ CCR5 ที่ตรวจพบว่าติดเชื้อ HIV [ 3 ]

โรคเทย์-แซคส์

โรคเทย์-แซคส์เป็นโรคร้ายแรงที่ส่งผลต่อระบบประสาทส่วนกลาง พบได้บ่อยที่สุดในทารกและเด็กเล็ก การดำเนินของโรคเริ่มต้นตั้งแต่ในครรภ์แต่จะไม่แสดงอาการจนกว่าจะอายุประมาณ 6 เดือน ไม่มีวิธีรักษาโรคนี้[ 23 ]การกลายพันธุ์ในยีน β-hexosaminidase A ( HEXA ) เป็นที่ทราบกันว่าส่งผลต่อการเกิดโรคเทย์-แซคส์ โดยมีการอธิบายการกลายพันธุ์ประเภทต่างๆ 78 แบบ ซึ่ง 67 แบบเป็นที่ทราบกันว่าทำให้เกิดโรค การกลายพันธุ์ส่วนใหญ่ที่พบ (65/78) เป็นการแทนที่เบสเดี่ยวหรือ SNP การลบ 11 แบบ ขนาดใหญ่ 1 แบบ และขนาดเล็ก 10 แบบ และการแทรก 2 แบบ การกลายพันธุ์ที่พบ 8 แบบเป็นการเปลี่ยนแปลงเฟรม การลบ 6 แบบ และการแทรก 2 แบบ การแทรกเบสคู่ 4 คู่ในเอ็กซอน 11 พบในร้อยละ 80 ของผู้ป่วยโรคเทย์-แซคส์ในประชากรชาวยิวแอชเคนาซีการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์นำไปสู่โคดอนหยุดก่อนกำหนด ซึ่งเป็นที่ทราบกันว่ามีบทบาทในโรคในทารก โรคที่เริ่มแสดงอาการช้าดูเหมือนจะเกิดจากการกลายพันธุ์ที่แตกต่างกัน 4 แบบ โดยหนึ่งในนั้นคือการลบเบสคู่ 3 คู่[ 24 ]

กลุ่มอาการสมิธ-มาเกนิส

กลุ่มอาการสมิธ-มาเกนิส ( Smith–Magenis syndromeหรือ SMS) เป็นกลุ่มอาการ ที่ซับซ้อน ซึ่งเกี่ยวข้องกับความบกพร่องทางสติปัญญาความผิดปกติของการนอนหลับ ปัญหาด้านพฤติกรรม และความผิดปกติหลายอย่างของกะโหลกศีรษะ โครงกระดูก และอวัยวะภายใน กรณีส่วนใหญ่ของ SMS มีการขาดหายของยีนประมาณ 3.5 เมกะเบส (Mb) ที่ครอบคลุมยีนเรติโนอิกแอซิดอินดิวซ์-1 ( RAI1 ) กรณีอื่นๆ แสดงให้เห็นถึงความแปรปรวนของ ลักษณะอาการ SMS ที่ไม่เคยปรากฏมาก่อนสำหรับการกลายพันธุ์ของ RAI1 รวมถึงการสูญเสียการได้ยิน พฤติกรรมทำร้ายตัวเอง และพัฒนาการล่าช้าเล็กน้อย การวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอของ RAI1 เผยให้เห็นการกลายพันธุ์ของลำดับ C-tract แบบเจ็ดตัว (CCCCCCC) ในเอ็กซอน 3 ส่งผลให้เกิดการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ จากการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์เจ็ดกรณีที่รายงานว่าเกิดขึ้นในลำดับ C-tract หลายตัวใน RAI1 สี่กรณี (~57%) เกิดขึ้นที่ลำดับ C-tract แบบเจ็ดตัวนี้ ผลลัพธ์บ่งชี้ว่า C-tract เฮปตาเมอร์นี้เป็นฮอตสปอตการแทรก/การลบ (SNindels) ที่เป็นที่ต้องการ และดังนั้นจึงเป็นเป้าหมายหลักสำหรับการวิเคราะห์ในผู้ป่วยที่สงสัยว่ามีการกลายพันธุ์ใน RAI1 [ 25 ]

โรคกล้ามเนื้อหัวใจหนาตัวผิดปกติ

โรคกล้ามเนื้อหัวใจหนาตัวผิดปกติ ( Hypertrophic cardiomyopathy ) เป็นสาเหตุที่พบบ่อยที่สุดของการเสียชีวิตฉับพลันในคนหนุ่มสาว รวมถึงนักกีฬาที่ได้รับการฝึกฝน และเกิดจากการกลายพันธุ์ในยีนที่เข้ารหัสโปรตีนของซาร์โคเมียร์ของหัวใจ การกลายพันธุ์ในยีน Troponin C ( TNNC1 ) เป็นสาเหตุทางพันธุกรรมที่หายากของโรคกล้ามเนื้อหัวใจหนาตัวผิดปกติ การศึกษาล่าสุดระบุว่าการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ (c.363dupG หรือ p.Gln122AlafsX30) ใน Troponin C เป็นสาเหตุของโรคกล้ามเนื้อหัวใจหนาตัวผิดปกติ (และการเสียชีวิตจากภาวะหัวใจหยุดเต้นเฉียบพลัน) ในชายอายุ 19 ปี[ 26 ]

การรักษา

การค้นหาวิธีรักษาโรคที่เกิดจากการกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์นั้นหายาก การวิจัยในเรื่องนี้ยังคงดำเนินต่อไป ตัวอย่างหนึ่งคือภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่องปฐมภูมิ (PID) ซึ่งเป็นภาวะทางพันธุกรรมที่อาจนำไปสู่การติดเชื้อเพิ่มขึ้น มี 120 ยีนและ 150 การกลายพันธุ์ที่มีบทบาทในภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่องปฐมภูมิ การรักษามาตรฐานในปัจจุบันคือการบำบัดด้วยยีนแต่เป็นการรักษาที่มีความเสี่ยงสูงและมักนำไปสู่โรคอื่นๆ เช่น มะเร็งเม็ดเลือดขาว ขั้นตอนการบำบัดด้วยยีนรวมถึงการดัดแปลงโปรตีนฟิวชั่นซิงค์ฟริงเกอร์นิวคลีเอส การ ตัดปลายทั้งสองข้างของการกลายพันธุ์ ซึ่งจะทำให้การกลายพันธุ์นั้นหายไปจากลำดับ การข้ามเอ็กซอนโดยใช้แอนติเซนส์โอลิโกนิวคลีโอไทด์ เป็นอีกทางเลือกหนึ่งสำหรับโรคกล้ามเนื้อเสื่อมดูเชน กระบวนการนี้ช่วยให้สามารถส่งผ่านการกลายพันธุ์ไปได้ ทำให้ลำดับที่เหลือยังคงอยู่ในเฟรมและหน้าที่ของโปรตีนยังคงอยู่ อย่างไรก็ตาม วิธีนี้ไม่ได้รักษาโรค แต่เป็นการบรรเทาอาการเท่านั้น และใช้ได้ผลเฉพาะในโปรตีนโครงสร้างหรือยีนที่ซ้ำกันอื่นๆ เท่านั้น รูปแบบการซ่อมแซมแบบที่สามคือโมเสกย้อนกลับซึ่งเกิดขึ้นตามธรรมชาติโดยการสร้างการกลายพันธุ์แบบย้อนกลับหรือการกลายพันธุ์ที่ตำแหน่งที่สองที่แก้ไขเฟรมการอ่าน การย้อนกลับนี้อาจเกิดขึ้นโดยการรวมตัว กันภายใน ยีน การแปลงยีน ไมโทซิส การเลื่อนของ DNA ที่ตำแหน่งที่สอง หรือการย้อนกลับเฉพาะตำแหน่ง สิ่งนี้เป็นไปได้ในหลายโรค เช่นภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่องอย่างรุนแรงที่เชื่อมโยงกับโครโมโซม X (SCID) กลุ่มอาการวิสคอตต์-อัลดริชและกลุ่มอาการบลูมไม่มีตัวยาหรือวิธีการทางเภสัชพันธุศาสตร์อื่นใดที่ช่วยในเรื่อง PID ได้[ 27 ]

สิทธิบัตรยุโรป (EP1369126A1) ในปี 2546 โดย Bork บันทึกวิธีการที่ใช้ในการป้องกันมะเร็งและการรักษาโรคมะเร็งและภาวะก่อนมะเร็ง เช่น เนื้องอกที่เกิดจากความผิดปกติของการซ่อมแซม DNA-mismatch (MMR) และเนื้องอกที่เกี่ยวข้องกับ HNPCC แนวคิดคือการใช้ภูมิคุ้มกันบำบัดด้วยส่วนผสมของเปปไทด์ที่ได้จากการกลายพันธุ์แบบ frameshift ที่จำเพาะต่อเนื้องอกเพื่อกระตุ้นการตอบสนองของเซลล์ T ที่เป็นพิษต่อเซลล์โดยเฉพาะต่อเซลล์เนื้องอก[ 28 ]

ดูเพิ่มเติม

อ่านเพิ่มเติม

  • Farabaugh PJ (1996). "การเลื่อนเฟรมการแปลแบบโปรแกรม" . Annu. Rev. Genet . 30 (1): 507– 28. doi : 10.1146/annurev.genet.30.1.507 . PMC 239420 . PMID 8982463 .  
  • ลูอิส, ริคกี้ (2005). พันธุศาสตร์มนุษย์: แนวคิดและการประยุกต์ใช้ (  ฉบับที่ 6). บอสตัน แมสซาชูเซตส์: แมคกรอว์ฮิลล์. หน้า227–228 . ISBN  978-0-07-111156-0.
  • "เอนไซม์ไนโลเนส" . 20 เมษายน 2547 . สืบค้นเมื่อ2 มิถุนายน 2552 .
  • Frameshift+Mutation ใน หัวข้อทางการแพทย์(MeSH) ของหอสมุดแห่งชาติสหรัฐอเมริกา
  • ฐานข้อมูล NCBI dbSNP — "แหล่งรวบรวมข้อมูลส่วนกลางสำหรับทั้งการแทนที่นิวคลีโอไทด์แบบเบสเดี่ยวและการกลายพันธุ์แบบการลบและการแทรกสั้นๆ"
  • Wise2 - จัดเรียงโปรตีนให้ตรงกับลำดับดีเอ็นเอ โดยคำนึงถึงการเลื่อนเฟรมและอินทรอน
  • FastY - โปรแกรมเปรียบเทียบลำดับดีเอ็นเอกับฐานข้อมูลลำดับโปรตีน โดยอนุญาตให้มีช่องว่างและการเลื่อนเฟรมได้
  • เส้นทางนี้ถูกเก็บถาวรไว้เมื่อวันที่ 19 กรกฎาคม 2011 ในWayback Machine - เครื่องมือที่ใช้เปรียบเทียบ โปรตีน ที่มีการเลื่อนเฟรม สองตัว ( หลักการ แปล ย้อนกลับ )
  • HGMD - ฐานข้อมูลการกลายพันธุ์ของจีโนมมนุษย์

สรุปเนื้อหา

ข้อมูลสำคัญจากบทความ

ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ ไม่มีชื่อบทความ

การ กลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ (เรียกอีกอย่างว่า ข้อผิดพลาดในการจัดเฟรม หรือ เฟรมการอ่าน ) เป็นการ กลายพันธุ์ทางพันธุกรรม ที่เกิดจาก การแทรก หรือ การลบ ( indels ) ของนิวคลีโอ ไทด์...

พื้นหลัง

ข้อมูลที่อยู่ในดีเอ็นเอเป็นตัวกำหนดหน้าที่ของโปรตีนในเซลล์ของสิ่งมีชีวิตทุกชนิด กระบวนการถอดรหัสและการแปลรหัสช่วยให้ข้อมูลนี้ถูกส่งต่อเพื่อสร้างโปรตีน อย่างไรก็ตาม ความผิดพลาดในการอ่านการสื่อสารนี้อาจทำให้การทำงานของโปรตีนผิดปกติและในที่สุดอาจก่อให้เกิดโรคได้...

หลักคำสอนกลาง

ในปี พ.ศ. 2499 ฟรานซิส คริก ได้อธิบายการไหลของข้อมูลทางพันธุกรรมจาก DNA ไปสู่การจัดเรียงกรดอะมิโนที่เฉพาะเจาะจงเพื่อสร้าง โปรตีน ซึ่งเรียกว่าหลักการพื้นฐาน [ 1 ] เพื่อให้เซลล์ทำงานได้อย่างถูกต้อง จำเป็นต้องมีการผลิตโปรตีนอย่างแม่นยำเพื่อโครงสร้างและ กิจกรรม...

การถอดเสียงและการแปล

หลังจากการจำลองดีเอ็นเอ การอ่านข้อมูลทางพันธุกรรมส่วนที่เลือกไว้จะสำเร็จได้ด้วยการ ถอดรหัส [ 1 ] นิวคลีโอไทด์ที่มีข้อมูลทางพันธุกรรมจะอยู่บนแม่แบบผู้ส่งสารสายเดี่ยวที่เรียกว่า mRNA mRNA จะถูกรวมเข้ากับหน่วยย่อยของ ไรโบโซม และมีปฏิสัมพันธ์กับ rRNA...