เช่นเดียวกับที่อื่นๆ ในจักรวรรดิ หน่วยงานบริหาร เช่นsancaks , eyaletsและtax farmsไม่ได้ถูกกำหนดขอบเขตไว้อย่างชัดเจน แต่สามารถจัดระเบียบใหม่ได้ตามความต้องการของรัฐบาลหรือความสำคัญส่วนบุคคลของผู้ได้รับมอบหมาย ชาวออตโตมันเคยพิจารณาที่จะเปลี่ยนSidon-Beirutให้เป็นbeğlerbeğlikภายใต้การปกครองของ 'Ali Harfush ในปี 1585 โดยเริ่มตั้งแต่ปี 1590 Fakhr al-Din Ma'n และบุตรชายของเขาได้ครอบครองSafadและต่อมา Sidon-Beirut เป็นเวลาหลายปีในฐานะ sancak-beğs ^{[ 8 ]}

ในช่วงต้นทศวรรษ 1600 เอมีร์ยูนุส อัล-ฮาร์ฟุช แห่งราชวงศ์ฮาร์ฟุช ขัดแย้งกับฟาคร อัล-ดินเจ้าผู้ครองเมืองดรูซแห่งเลบานอนเนื่องจากความขัดแย้งนั้น ฟาคร อัล-ดินจึงตัดสินใจยกทัพเข้าไปในหุบเขาเบกา ราชวงศ์ฮาร์ฟุชต้องการเข้ายึดครองอาณาจักรของตระกูลมาอันในช่วงที่ฟาคร อัล-ดินลี้ภัย ยูนุสมีพันธมิตรคือ มุสตาฟา ปาชา ผู้ว่าการเมืองดามัสกัสยูนุสและปาชาต้องการยึดครองซันจักแห่งซาฟัดจากฟาคร อัล-ดิน ฟาคร อัล-ดินเดินทางกลับจากอิตาลีและยกทัพข้ามหุบเขาเบกา เขาจับตัวมุสตาฟา ปาชา และเอาชนะเอมีร์แห่งฮาร์ฟุชได้

ข้อมูลเกี่ยวกับ หุบเขาเบกา ก่อนและหลังยุทธการอันจาร์ สามารถหาได้จากทะเบียน การแต่งตั้ง อิลติซัม ( ทรัพย์สินที่เก็บจากผู้ยากไร้ ) ของจังหวัดดามัสกัสที่เพิ่งตีพิมพ์เมื่อไม่นานมานี้ ทะเบียนนี้ครอบคลุมช่วงปี ค.ศ. 1616 ถึง 1635 และให้หลักฐานทางเอกสารเกี่ยวกับการถูกลดบทบาทของตระกูลฮาร์ฟุชมากขึ้นเรื่อย ๆ รวมถึงการขึ้นมามีอำนาจของตระกูลชีฮาบีแห่งวาดีตัยม์ในฐานะผู้ท้าชิงรายใหม่สำหรับการเก็บภาษีจากรัฐบาลในภูมิภาคนี้ ตัวอย่างเช่น ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1618 ในช่วงเวลาที่ฟัคร อัล-ดิน กลับมาจากทัสคานี ยูนุส ฮาร์ฟุช ก็ถูกกดดันให้สละรายได้ที่ปกติแล้วควรเป็นของเอมินแห่งบาอัลเบกจากหมู่บ้านอัยธา หลังจากที่มุฟตีแห่งดามัสกัส (ซึ่งเป็นชาวอัยธา) ได้ยื่นคำร้องขอให้กันรายได้นั้นไว้สำหรับตนเองโดยอ้างว่าเพื่อฟื้นฟูและเพิ่มจำนวนประชากรในพื้นที่ แม้ในภายหลัง เมื่อตระกูลฮาร์ฟุชได้ยึดครองเบกาคืนจากตระกูลมาน และมุฟตีเสียชีวิตไปนานแล้ว หมู่บ้านแห่งนี้ก็ยังคงถูกกีดกันออกจากดินแดนของพวกเขาอย่างเป็นทางการ บันทึกนี้ยังให้ความกระจ่างเกี่ยวกับบริบททางการบริหารของความขัดแย้ง (ฟิตนะฮ์) ระหว่างตระกูลฮาร์ฟุชและมานในปี 1623–24 บันทึกนี้ยืนยันคำกล่าวอ้างของนักบันทึกเหตุการณ์ท้องถิ่นที่ว่า ฟัคร อัล-ดิน เสนอที่จะส่งเหรียญทอง 100,000 เหรียญให้แก่สุลต่านเพื่อแลกกับการผ่อนปรนภาษีของบาอัลเบก แต่ก็ทำให้เกิดข้อสงสัยเกี่ยวกับแนวคิดที่ว่าผู้ว่าการเมืองดามัสกัสเพียงแค่ 'ไม่สนใจ' ข้อเสนอหรือเพิกเฉยต่อคำสั่งของสุลต่านออตโตมันในการแต่งตั้งเขา ข้อเสนอของฟัคร อัล-ดิน ได้รับการสนับสนุนจากยูนุส และอิลติซัมได้รับการยืนยันอีกครั้งให้กับอาลี ฮาร์ฟุช บุตรชายของเขาโดยกาดิแห่งดามัสกัสและบาอัลเบกทันทีหลังจากการรบที่อันจาร์^{[ 9 ]}

มีนักวิชาการอิมามีอย่างน้อยหนึ่งคนจากเบกาชื่อฮาร์ฟุชในช่วงสมัยออตโตมัน: มูฮัมหมัด อิบนุ อาลี อัล-ฮาร์ฟุชี (เสียชีวิตในปี 1649) ช่างทอผ้า นักไวยากรณ์ และกวีจากคารัค นูห์เห็นได้ชัดว่าถูกข่มเหงเพราะ rafd ในดามัสกัส จากนั้นจึงย้ายไปอิหร่าน ซึ่งเขาได้รับตำแหน่งราชการ^{[ 6 ]}

ดูเหมือนว่าตระกูลฮาร์ฟุชจะกลับมาควบคุมบาอัลเบกได้อีกครั้งในปี ค.ศ. 1702 เมื่อบันทึกท้องถิ่นระบุว่าชีคคริสเตียนแห่งอากูราในภูเขาเลบานอนเข้ารับราชการเป็นยาซีซีหรือเลขานุการให้กับเอมีร์ฮุเซน (ฮาร์ฟุช) เนื่องจากทักษะภาษาตุรกีของเขา ในปี ค.ศ. 1711 รายงานกงสุลฝรั่งเศสระบุว่า ฮุเซน ฮาร์ฟุชให้ที่พักพิงแก่ไฮดาร์ ชิฮาบี จากนั้นได้ส่งทหาร 2,500 นายไปช่วยเขากำจัดคู่แข่งชาวดรูซในการรบที่ไอน์ ดาราและสถาปนาตนเองเป็นเอมีร์แต่เพียงผู้เดียวของชูฟ ซึ่งน่าแปลกที่ไม่ได้กล่าวถึงในฮา อัล-ชิฮาบี หรือพงศาวดารอื่น ๆ ในช่วงเวลานั้น^{[ 10 ]}

ราชิด (เสียชีวิตปี 1735) นักประวัติศาสตร์ประจำราชสำนักออตโตมัน ได้รวบรวมเหตุการณ์สำคัญหลายอย่างไว้ในบันทึกอย่างเป็นทางการของเขา (แต่ละเว้นการกล่าวถึงความโหดร้ายที่กระทำต่อชาวบ้านชีอะห์) พวกฮามาดา ซึ่งได้รับการสนับสนุนจากพวกเอาจันและพวกฮาร์ฟุชถูกหิมะตกหนักขณะหลบหนีไปยังบาอัลเบก มีผู้เสียชีวิตประมาณ 150 คน มีเพียงพวกคาซินเท่านั้นที่สามารถป้องกันการสังหารหมู่ผู้รอดชีวิตได้ โดยอ้างอย่างไม่จริงใจว่าพวกเขาไม่ได้รับอนุญาตจากมานให้เดินทางออกจากจังหวัดตริโปลี และสั่งให้กองกำลังของจักรวรรดิไปที่อื่น ถึงกระนั้น อาลี ปาชา ก็ยังไม่พอใจ การไล่ล่าพวกฮามาดาและพรรคพวก ไม่ว่าจะเป็นชีอะห์หรือไม่ก็ตาม จึงเริ่มต้นขึ้น หมู่บ้านนับไม่ถ้วนถูกเผา ผู้หญิงถูกจับเป็นทาส และศีรษะที่ถูกตัดขาดถูกนำกลับไปยังตริโปลี ในช่วงปลายเดือนสิงหาคม เขาได้ส่งกองทัพอีกกองหนึ่งเข้าไปในฟตูห์เพื่อปล้นสะดมไร่นา ในระหว่างที่พยายามนำสัตว์เลี้ยงของพวกเขากลับคืนมา ฮุเซน อิบนุ ซิรฮาน ลูกพี่ลูกน้องของเขา ฮาซัน ดิบ และสหายอีกหลายคนถูกจับและถูกฆ่า^{[ 11 ]}ในช่วงปลายเดือนตุลาคม เมื่ออับดุล กานี อัล-นาบูลูซีมาเยือนตริโปลี อาลี ปาชา ยังคง "ต่อสู้กับพวกนอกรีตที่ดื้อรั้น กลุ่มฮามาดา" ^{[ 12 ] [ 13 ]}

เช่นเดียวกับตระกูลฮามาดา ตระกูลฮาร์ฟุชก็มีส่วนเกี่ยวข้องในการคัดเลือกเจ้าหน้าที่ของศาสนจักรและการบริหารจัดการอารามในท้องถิ่นอยู่หลายครั้ง ตามธรรมเนียมเล่าว่าคริสเตียนจำนวนมากอพยพออกจากเขตบาอัลเบกในศตวรรษที่ 18 ไปยังเมืองซาห์เล ที่ใหม่กว่าและปลอดภัยกว่า เนื่องจากถูกกดขี่และฉ้อฉลโดยตระกูลฮาร์ฟุช แต่การศึกษาเชิงวิพากษ์ได้ตั้งคำถามถึงการตีความนี้ โดยชี้ให้เห็นว่าตระกูลฮาร์ฟุชมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับตระกูลมาลูฟแห่งซาห์เลซึ่งเป็นนิกายออร์โธดอกซ์ (ซึ่งมุสตาฟา ฮาร์ฟุชได้ลี้ภัยไปในอีกหลายปีต่อมา) และแสดงให้เห็นว่าการปล้นสะดมจากหลายฝ่ายรวมถึงความน่าดึงดูดทางการค้าที่เพิ่มขึ้นของซาห์เลเป็นสาเหตุของการเสื่อมถอยของบาอัลเบกในศตวรรษที่ 18 การกดขี่ที่เกิดขึ้นไม่ได้มุ่งเป้าไปที่ชุมชนคริสเตียนโดยตรงเสมอไป ตัวอย่างเช่น ตระกูลอุซัยรันของชาวชีอะห์ก็กล่าวกันว่าได้ออกจากบาอัลเบกในช่วงเวลานี้เพื่อหลีกเลี่ยงการยึดทรัพย์โดยตระกูลฮาร์ฟุช และได้ตั้งรกรากเป็นหนึ่งในครัวเรือนการค้าชั้นนำของไซดอน และต่อมายังดำรงตำแหน่งกงสุลของอิหร่านอีกด้วย^{[ 14 ]}