โครงการไมโครไบโอมของมนุษย์ (HMP)
เจ้าของ	สถาบันสุขภาพแห่งชาติของสหรัฐอเมริกา
ที่จัดตั้งขึ้น	2007 ( 2007 )
ยุบเลิกแล้ว	2016 ( 2016 )
เว็บไซต์	hmpdacc .org

โครงการไมโครไบโอมของมนุษย์ ( HMP ) เป็นโครงการวิจัยริเริ่ม ของสถาบันสุขภาพแห่งชาติสหรัฐอเมริกา(NIH) เพื่อปรับปรุงความเข้าใจเกี่ยวกับจุลินทรีย์ที่เกี่ยวข้องกับสุขภาพและโรคของมนุษย์ เปิดตัวในปี 2550 ^{[ 1 ]}ระยะแรก (HMP1) มุ่งเน้นไปที่การระบุและลักษณะเฉพาะของจุลินทรีย์ในร่างกายมนุษย์ ระยะที่สอง ซึ่งรู้จักกันในชื่อโครงการไมโครไบโอมของมนุษย์แบบบูรณาการ (iHMP) เปิดตัวในปี 2557 โดยมีเป้าหมายเพื่อสร้างทรัพยากรเพื่อกำหนดลักษณะของไมโครไบโอมและอธิบายบทบาทของจุลินทรีย์ในสภาวะสุขภาพและโรค โครงการนี้ได้รับเงินทุน 170 ล้านดอลลาร์สหรัฐจากกองทุนร่วมของ NIHตั้งแต่ปี 2550 ถึง 2559 ^{[ 2 ]}

องค์ประกอบสำคัญของ HMP คือวิธี การจำแนกลักษณะ ชุมชน จุลินทรีย์ที่ไม่ขึ้นกับวัฒนธรรม เช่นเมตาจีโนมิกส์ (ซึ่งให้มุมมองทางพันธุกรรมที่กว้างขวางเกี่ยวกับชุมชนจุลินทรีย์เดียว) รวมถึงการจัดลำดับจีโนมทั้งหมดอย่างละเอียด(ซึ่งให้มุมมองทางพันธุกรรมที่ "ลึกซึ้ง" เกี่ยวกับบางแง่มุมของชุมชนจุลินทรีย์ที่กำหนดเช่น สายพันธุ์แบคทีเรียแต่ละชนิด) ลำดับหลังนี้ทำหน้าที่เป็นลำดับจีโนม อ้างอิง — ปัจจุบันมีการวางแผนลำดับดังกล่าว 3,000 ลำดับของแบคทีเรีย ที่แยกได้แต่ละชนิด— เพื่อวัตถุประสงค์ในการเปรียบเทียบระหว่างการวิเคราะห์เมตาจีโนมิกส์ในภายหลัง โครงการนี้ยังให้ทุนสนับสนุนการจัดลำดับเชิงลึกของ ลำดับ ยีน 16S rRNA ของแบคทีเรีย ที่ขยายโดยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสจากมนุษย์^{[ 3 ]}

ก่อนการเปิดตัว HMP สื่อยอดนิยมและวรรณกรรมทางวิทยาศาสตร์มักรายงานว่ามีเซลล์จุลินทรีย์ประมาณ 10 เท่าและยีนจุลินทรีย์ประมาณ 100 เท่าในร่างกายมนุษย์เมื่อเทียบกับเซลล์มนุษย์ ตัวเลขนี้อิงตามการประมาณการว่าไมโครไบโอมของมนุษย์ประกอบด้วยเซลล์แบคทีเรียประมาณ 100 ล้านล้านเซลล์ และมนุษย์ผู้ใหญ่โดยทั่วไปมีเซลล์มนุษย์ประมาณ 10 ล้านล้านเซลล์^{[ 4 ]} ในปี 2014 สถาบันจุลชีววิทยาแห่งอเมริกาได้เผยแพร่คำถามที่พบบ่อยซึ่งเน้นย้ำว่าจำนวนเซลล์จุลินทรีย์และจำนวนเซลล์มนุษย์เป็นการประมาณการทั้งคู่ และระบุว่าการวิจัยล่าสุดได้มาถึงการประมาณการใหม่ของจำนวนเซลล์มนุษย์ที่ประมาณ 37 ล้านล้านเซลล์ ซึ่งหมายความว่าอัตราส่วนของเซลล์จุลินทรีย์ต่อเซลล์มนุษย์น่าจะอยู่ที่ประมาณ 3:1 ^{[ 4 ] [ 5 ]} ในปี 2016 กลุ่มอื่นได้เผยแพร่การประมาณค่าอัตราส่วนใหม่โดยประมาณที่ 1:1 (1.3:1 โดยมี "ความไม่แน่นอน 25% และความแปรปรวน 53% ในประชากรชายมาตรฐาน 70 กก.") ^{[ 6 ] [ 7 ]}

แม้ว่าจะมีจุลินทรีย์จำนวนมหาศาลทั้งในและบนร่างกายมนุษย์ แต่ก็ยังมีความรู้เพียงเล็กน้อยเกี่ยวกับบทบาทของพวกมันต่อสุขภาพและโรคภัยไข้เจ็บของมนุษย์ จุลินทรีย์หลายชนิดที่ประกอบขึ้นเป็นไมโครไบโอมยังไม่สามารถเพาะเลี้ยงระบุ หรือศึกษาลักษณะเฉพาะได้อย่างประสบความสำเร็จ อย่างไรก็ตาม จุลินทรีย์ที่เชื่อว่าพบในไมโครไบโอมของมนุษย์โดยทั่วไปสามารถแบ่งออกเป็นแบคทีเรีย สมาชิกในอาณาจักร Archaea ยีสต์ และยูคาริโอตเซลล์เดียวรวมถึงพยาธิและไวรัส ชนิดต่างๆ ซึ่งรวมถึงไวรัสที่ติดเชื้อไวรัสในเซลล์ของจุลินทรีย์ในไมโครไบโอม (เช่นแบคทีริโอเฟจ ) โครงการ HMP จึงตั้งเป้าหมายที่จะค้นพบและศึกษาลักษณะเฉพาะของไมโครไบโอมของมนุษย์ โดยเน้นที่บริเวณช่องปาก ผิวหนัง ช่องคลอด ทางเดินอาหาร และทางเดินหายใจ

HMP จะจัดการกับคำถามทางวิทยาศาสตร์ที่สร้างแรงบันดาลใจ น่าปวดหัว และพื้นฐานที่สุดในปัจจุบัน ที่สำคัญคือ มีศักยภาพที่จะทำลายกำแพงเทียมระหว่างจุลชีววิทยาทางการแพทย์และจุลชีววิทยาทางสิ่งแวดล้อม หวังว่า HMP จะไม่เพียงแต่ระบุวิธีการใหม่ ๆ ในการกำหนดสุขภาพและแนวโน้มที่จะเกิดโรค แต่ยังกำหนดพารามิเตอร์ที่จำเป็นในการออกแบบ ดำเนินการ และตรวจสอบกลยุทธ์ในการจัดการจุลินทรีย์ในร่างกายมนุษย์โดยเจตนา เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในบริบทของสรีรวิทยาของแต่ละบุคคล^{[ 8 ]}

HMP ได้รับการอธิบายว่าเป็น "ส่วนขยายเชิงแนวคิดและเชิงทดลองที่สมเหตุสมผลของโครงการจีโนมมนุษย์ " ^{[ 8 ]}ในปี 2550 HMP ได้รับการระบุไว้ในแผนงานวิจัยทางการแพทย์ของ NIH ^{[ 9 ]}ในฐานะหนึ่งในเส้นทางใหม่สู่การค้นพบการจำแนกลักษณะของไมโครไบโอมของมนุษย์อย่างเป็นระบบยังดำเนินการในระดับนานาชาติภายใต้การดูแลของสมาคมไมโครไบโอมของมนุษย์ระหว่างประเทศ^{[ 10 ]} สถาบันวิจัยสุขภาพแห่งแคนาดาผ่านทางสถาบันการติดเชื้อและภูมิคุ้มกันของ CIHR กำลังเป็นผู้นำโครงการริเริ่มไมโครไบโอมของแคนาดาเพื่อพัฒนาความพยายามในการวิจัยที่ประสานงานและมุ่งเน้นเพื่อวิเคราะห์และจำแนกลักษณะของจุลินทรีย์ที่อาศัยอยู่ในร่างกายมนุษย์และการเปลี่ยนแปลงที่อาจเกิดขึ้นในระหว่างภาวะโรคเรื้อรัง^{[ 11 ]}

โครงการ HMP ได้รับการสนับสนุนจากสถาบันวิจัยหลายแห่ง รวมถึงมหาวิทยาลัยสแตนฟอร์ดสถาบันบรอดมหาวิทยาลัยเวอร์จิเนียคอมมอนเวลธ์มหาวิทยาลัยวอชิงตันมหาวิทยาลัยนอร์ทอีสเทิร์น MIT วิทยาลัยแพทยศาสตร์เบย์เลอร์และอื่นๆ อีกมากมายการมีส่วนร่วมครอบคลุมถึงการประเมินข้อมูล การสร้างชุดข้อมูลลำดับอ้างอิง การศึกษาด้านจริยธรรมและกฎหมาย การพัฒนาเทคโนโลยี และอื่นๆ

HMP1 ประกอบด้วยความพยายามในการวิจัยจากหลายสถาบัน^{[ 12 ]} HMP1 กำหนดเป้าหมายดังต่อไปนี้: ^{[ 13 ]}

• พัฒนาชุดข้อมูลอ้างอิงลำดับจีโนมของจุลินทรีย์ และดำเนินการศึกษาลักษณะเบื้องต้นของไมโครไบโอมในมนุษย์
• สำรวจความสัมพันธ์ระหว่างโรคและการเปลี่ยนแปลงของจุลินทรีย์ในร่างกายมนุษย์
• พัฒนาเทคโนโลยีและเครื่องมือใหม่สำหรับการวิเคราะห์เชิงคำนวณ
• จัดตั้งคลังทรัพยากร
• ศึกษาผลกระทบทางด้านจริยธรรม กฎหมาย และสังคมของการวิจัยจุลินทรีย์ในร่างกายมนุษย์

ในปี 2557 NIH ได้เริ่มโครงการระยะที่สอง ซึ่งรู้จักกันในชื่อโครงการบูรณาการไมโครไบโอมของมนุษย์ (iHMP) เป้าหมายของ iHMP คือการสร้างทรัพยากรเพื่อสร้างลักษณะเฉพาะของไมโครไบโอมของมนุษย์อย่างสมบูรณ์ โดยมุ่งเน้นที่การทำความเข้าใจการมีอยู่ของจุลินทรีย์ในสภาวะสุขภาพและโรค^{[ 14 ]}ภารกิจของโครงการ ตามที่ NIH ระบุไว้ มีดังนี้:

iHMP จะสร้างชุดข้อมูลระยะยาวแบบบูรณาการของคุณสมบัติทางชีวภาพจากทั้งไมโครไบโอมและโฮสต์จากการศึกษากลุ่มตัวอย่างที่แตกต่างกัน 3 กลุ่มของสภาวะที่เกี่ยวข้องกับไมโครไบโอมโดยใช้เทคโนโลยี "omics" หลายประเภท^{[ 14 ]}

โครงการนี้ประกอบด้วยโครงการย่อย 3 โครงการที่ดำเนินการในหลายสถาบัน วิธีการศึกษาประกอบด้วยการวิเคราะห์โปรไฟล์ยีน16S rRNAการจัดลำดับจีโนมแบบช็อตกัน ทั้งหมด การจัด ลำดับจีโนมทั้งหมด เมตาทรานสคริปโตมิกส์เมตาโบโลมิกส์/ลิพิโดมิกส์และอิมมูโนโปรตีโอมิกส์ ผล การค้นพบที่สำคัญของ iHMP ได้รับการตีพิมพ์ในปี 2019 ^{[ 15 ]}

ทีม Vaginal Microbiome Consortium ที่ Virginia Commonwealth University เป็นผู้นำการวิจัยในโครงการ Pregnancy & Preterm Birth โดยมีเป้าหมายเพื่อทำความเข้าใจว่าไมโครไบโอมเปลี่ยนแปลงอย่างไรในช่วงตั้งครรภ์และมีอิทธิพลต่อไมโครไบโอมในทารกแรกเกิด โครงการนี้ยังเกี่ยวข้องกับบทบาทของไมโครไบโอมในการเกิดการคลอดก่อนกำหนด ซึ่งตาม ข้อมูลของ CDCคิดเป็นเกือบ 10% ของการคลอดทั้งหมด^{[ 16 ]}และเป็นสาเหตุการเสียชีวิตของทารกแรกเกิดอันดับสอง^{[ 17 ]}โครงการนี้ได้รับเงินทุนจาก NIH จำนวน 7.44 ล้านดอลลาร์สหรัฐ^{[ 18 ]}

ทีมข้อมูลมัลติโอมิกส์ของโรคอักเสบในลำไส้ (IBDMDB) เป็นกลุ่มนักวิจัยจากหลายสถาบันที่มุ่งเน้นการทำความเข้าใจว่าจุลินทรีย์ในลำไส้เปลี่ยนแปลงไปอย่างไรในระยะยาวในผู้ใหญ่และเด็กที่ป่วยเป็นโรคIBDโรค IBD เป็นโรคอักเสบที่เกิดจากระบบภูมิคุ้มกัน ผิดปกติ ซึ่งแสดงออกในรูปแบบของโรคโครห์นหรือลำไส้ใหญ่อักเสบและส่งผลกระทบต่อชาวอเมริกันประมาณหนึ่งล้านคน^{[ 19 ]}ผู้เข้าร่วมการวิจัยประกอบด้วยกลุ่มตัวอย่างจาก โรงพยาบาลแมสซาชูเซตส์เจ เนอรัล โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยเอมอรี/ โรงพยาบาลเด็กซินซินเนติและศูนย์การแพทย์ซีดาร์ส-ไซนาย^{[ 20 ]}

นักวิจัยจากมหาวิทยาลัยสแตนฟอร์ดและห้องปฏิบัติการการแพทย์จีโนมิกส์แจ็กสันได้ร่วมมือกันทำการวิเคราะห์ตามยาวเกี่ยวกับกระบวนการทางชีวภาพที่เกิดขึ้นในไมโครไบโอมของผู้ป่วยที่มีความเสี่ยงต่อโรคเบาหวานประเภทที่ 2 โรคเบาหวานประเภทที่ 2ส่งผลกระทบต่อชาวอเมริกันเกือบ 20 ล้านคน โดยมีผู้ป่วยก่อนเป็นเบาหวานอย่างน้อย 79 ล้านคน^{[ 21 ]}และมีลักษณะเฉพาะบางส่วนคือการเปลี่ยนแปลงอย่างเห็นได้ชัดในไมโครไบโอมเมื่อเทียบกับบุคคลที่มีสุขภาพดี โครงการนี้มีเป้าหมายเพื่อระบุโมเลกุลและเส้นทางการส่งสัญญาณที่มีบทบาทในสาเหตุของโรค^{[ 22 ]}

ผลกระทบของ HMP จนถึงปัจจุบันอาจประเมินได้บางส่วนจากการตรวจสอบงานวิจัยที่ได้รับการสนับสนุนจาก HMP มีสิ่งพิมพ์ที่ผ่านการตรวจสอบโดยผู้ทรงคุณวุฒิมากกว่า 650 รายการที่ระบุไว้ในเว็บไซต์ HMP ตั้งแต่เดือนมิถุนายน พ.ศ. 2552 ถึงสิ้นปี พ.ศ. 2560 และได้รับการอ้างอิงมากกว่า 70,000 ครั้ง^{[ 23 ]}ณ จุดนี้ เว็บไซต์ถูกเก็บถาวรและไม่ได้อัปเดตอีกต่อไป แม้ว่าชุดข้อมูลจะยังคงมีอยู่^{[ 24 ]}

ประเภทงานหลักที่ได้รับทุนสนับสนุนจาก HMP ได้แก่:

• การพัฒนาระบบฐานข้อมูลใหม่ที่ช่วยให้การจัดระเบียบ การจัดเก็บ การเข้าถึง การค้นหา และการระบุข้อมูลจำนวนมหาศาลมีประสิทธิภาพ ซึ่งรวมถึง IMG ซึ่งเป็น ฐานข้อมูล จีโนมจุลินทรีย์แบบบูรณาการและระบบวิเคราะห์เปรียบเทียบ^{[ 25 ]} IMG/M ซึ่งเป็นระบบที่เกี่ยวข้องที่บูรณาการชุดข้อมูลเมตาจีโนมกับจีโนมจุลินทรีย์ที่แยกได้จากระบบ IMG ^{[ 26 ]} CharProtDBซึ่งเป็นฐานข้อมูลคำอธิบายประกอบโปรตีนที่ได้รับการระบุลักษณะจากการทดลอง^{[ 27 ]}และฐานข้อมูลจีโนมออนไลน์ (GOLD) สำหรับการติดตามสถานะของโครงการจีโนมิกและเมตาจีโนมิกทั่วโลกและข้อมูลเมตาที่เกี่ยวข้อง^{[ 28 ]}
• การพัฒนาเครื่องมือสำหรับการวิเคราะห์เปรียบเทียบที่อำนวยความสะดวกในการรับรู้รูปแบบทั่วไป ธีมหลัก และแนวโน้มในชุดข้อมูลที่ซับซ้อน ซึ่งรวมถึง RAPSearch2 เครื่องมือค้นหาความคล้ายคลึงของโปรตีนที่รวดเร็วและมีประสิทธิภาพด้านหน่วยความจำสำหรับข้อมูลการจัดลำดับรุ่นต่อไป^{[ 29 ]} Boulder ALignment Editor (ALE) เครื่องมือจัดตำแหน่ง RNA บนเว็บ^{[ 30 ]} WebMGA เว็บเซิร์ฟเวอร์ที่ปรับแต่งได้สำหรับการวิเคราะห์ลำดับเมตาจีโนมิกส์อย่างรวดเร็ว^{[ 31 ]}และ DNACLUST เครื่องมือสำหรับการจัดกลุ่มยีนเครื่องหมายทางวิวัฒนาการที่แม่นยำและมีประสิทธิภาพ^{[ 32 ]}
• การพัฒนาวิธีการและระบบใหม่สำหรับการประกอบชุดข้อมูลลำดับขนาดใหญ่ ไม่มีอัลกอริทึมการประกอบใดที่สามารถแก้ไขปัญหาทั้งหมดที่ทราบเกี่ยวกับการประกอบลำดับที่มีความยาวสั้นได้^{[ 33 ]}ดังนั้นโปรแกรมการประกอบรุ่นต่อไป เช่น AMOS ^{[ 34 ]}จึงเป็นแบบโมดูลาร์ โดยมีเครื่องมือที่หลากหลายสำหรับการประกอบ อัลกอริทึมใหม่ได้รับการพัฒนาขึ้นเพื่อปรับปรุงคุณภาพและประโยชน์ของลำดับจีโนมฉบับร่าง^{[ 35 ]}
• การรวบรวมแคตตาล็อกของจีโนมอ้างอิงลำดับของสายพันธุ์แบคทีเรียบริสุทธิ์จากหลายตำแหน่งในร่างกาย ซึ่งสามารถใช้เปรียบเทียบผลลัพธ์เมตาจีโนมิกส์ได้ เป้าหมายเดิมที่ 600 จีโนมนั้นได้บรรลุเกินเป้าหมายไปแล้ว ปัจจุบันเป้าหมายคือให้มีจีโนม 3,000 จีโนมในแคตตาล็อกอ้างอิงนี้ โดยมีการจัดลำดับอย่างน้อยในระดับร่างที่มีคุณภาพสูง ณ เดือนมีนาคม 2555 มีการจัดทำแคตตาล็อกจีโนมแล้ว 742 จีโนม^{[ 36 ]}
• การจัดตั้งศูนย์วิเคราะห์และประสานงานข้อมูล (DACC) ^{[ 37 ]}ซึ่งทำหน้าที่เป็นแหล่งเก็บข้อมูลส่วนกลางสำหรับข้อมูล HMP ทั้งหมด
• การศึกษาวิจัยต่างๆ ที่สำรวจประเด็นทางกฎหมายและจริยธรรมที่เกี่ยวข้องกับการวิจัยลำดับจีโนมทั้งหมด^{[ 38 ] [ 39 ] [ 40 ] [ 41 ]}

โครงการพัฒนาที่ได้รับทุนสนับสนุนจาก HMP ได้แก่:

• วิธีการทำนายใหม่สำหรับการระบุตำแหน่งการจับของปัจจัยการถอดรหัสที่ใช้งานอยู่^{[ 42 ]}
• การระบุตามหลักฐานทางชีวสารสนเทศของสารตั้งต้นตัวนำอิเล็กตรอนที่ผลิตโดยไรโบโซมซึ่งกระจายตัวอย่างกว้างขวาง^{[ 43 ]}
• ภาพเคลื่อนไหวแบบไทม์แลปส์ของไมโครไบโอมของมนุษย์^{[ 44 ]}
• การระบุการปรับตัวเฉพาะที่แบคทีเรียเส้นใยแบบแบ่งส่วน (SFB) นำมาใช้ในบทบาทของพวกมันในฐานะจุลินทรีย์ประจำถิ่นในลำไส้^{[ 45 ]} SFB มีความสำคัญทางการแพทย์เนื่องจากพวกมันกระตุ้นเซลล์ T helper 17ซึ่งเชื่อว่ามีบทบาทสำคัญในโรคภูมิต้านตนเอง
• การระบุปัจจัยที่แยกแยะจุลินทรีย์ในลำไส้ที่แข็งแรงและลำไส้ที่เป็นโรค^{[ 46 ]}
• การระบุบทบาทเด่นของVerrucomicrobiota ที่ไม่เคยได้รับการยอมรับมาก่อน ในชุมชนแบคทีเรียในดิน^{[ 47 ]}
• การระบุปัจจัยที่กำหนดศักยภาพความรุนแรงของ สายพันธุ์ Gardnerella vaginalisในภาวะช่องคลอดอักเสบ^{[ 48 ]}
• การระบุความเชื่อมโยงระหว่างจุลินทรีย์ในช่องปากและหลอดเลือดแดงแข็ง^{[ 49 ]}
• การแสดงให้เห็นว่าเชื้อNeisseria ที่ก่อโรค ซึ่งเกี่ยวข้องกับโรคเยื่อหุ้มสมอง อักเสบ ภาวะติดเชื้อ ในกระแสเลือดและโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์มีการแลกเปลี่ยนปัจจัยก่อโรคกับเชื้อที่อาศัยอยู่ร่วมกัน^{[ 50 ]}

เมื่อวันที่ 13 มิถุนายน 2555 ฟรานซิส คอลลินส์ผู้อำนวยการNIHได้ประกาศความสำเร็จครั้งสำคัญของ HMP ^{[ 51 ]}การประกาศดังกล่าวมาพร้อมกับบทความที่ประสานงานกันหลายฉบับที่ตีพิมพ์ในNature ^{[ 52 ] [ 53 ]}และวารสารหลายฉบับ รวมถึงPublic Library of Science (PLoS) ในวันเดียวกัน^{[ 54 ] [ 55 ] [ 56 ]}ด้วยการทำแผนที่องค์ประกอบจุลินทรีย์ปกติของมนุษย์ที่มีสุขภาพดีโดยใช้เทคนิคการจัดลำดับจีโนม นักวิจัยของ HMP ได้สร้างฐานข้อมูลอ้างอิงและขอบเขตของความแปรผันของจุลินทรีย์ปกติในมนุษย์^{[ 57 ]}

จากอาสาสมัครชาวอเมริกันที่มีสุขภาพดี 242 คน ได้มีการเก็บตัวอย่างเนื้อเยื่อมากกว่า 5,000 ตัวอย่างจาก 15 (ในผู้ชาย) ถึง 18 (ในผู้หญิง) บริเวณของร่างกาย เช่น ปาก จมูก ผิวหนัง ลำไส้ส่วนล่าง (อุจจาระ) และช่องคลอด ดีเอ็นเอทั้งหมด ทั้งของมนุษย์และจุลินทรีย์ ถูกวิเคราะห์ด้วยเครื่องจัดลำดับดีเอ็นเอ ข้อมูลจีโนมของจุลินทรีย์ถูกสกัดโดยการระบุ RNA ไรโบโซมเฉพาะของแบคทีเรีย16S rRNAนักวิจัยคำนวณว่ามีจุลินทรีย์มากกว่า 10,000 ชนิดอาศัยอยู่ในระบบนิเวศของมนุษย์ และพวกเขาระบุสกุลได้แล้ว 81 – 99% นอกจากการสร้างฐานข้อมูลอ้างอิงไมโครไบโอมของมนุษย์แล้ว โครงการ HMP ยังค้นพบ "เรื่องน่าประหลาดใจ" อีกหลายอย่าง ซึ่งรวมถึง:

• จุลินทรีย์มีส่วนร่วมในการสร้างยีนที่สำคัญต่อการอยู่รอดของมนุษย์มากกว่ายีนของมนุษย์เอง มีการประมาณการว่ายีนที่สร้างโปรตีนของแบคทีเรียมีจำนวนมากกว่ายีนของมนุษย์ถึง 360 เท่า
• กิจกรรมการเผาผลาญของจุลินทรีย์ เช่น การย่อยไขมัน ไม่ได้เกิดขึ้นจากแบคทีเรียสายพันธุ์เดียวกันเสมอไป สิ่งสำคัญดูเหมือนจะอยู่ที่การมีอยู่ของกิจกรรมเหล่านั้นมากกว่า
• องค์ประกอบของไมโครไบโอมในร่างกายมนุษย์เปลี่ยนแปลงไปตามกาลเวลา โดยได้รับผลกระทบจากสภาวะของโรคและยาที่ผู้ป่วยใช้ อย่างไรก็ตาม ในที่สุดไมโครไบโอมก็จะกลับคืนสู่สภาวะสมดุล แม้ว่าองค์ประกอบของชนิดแบคทีเรียจะเปลี่ยนแปลงไปก็ตาม

ในบรรดาการประยุกต์ใช้ทางคลินิกครั้งแรกที่ใช้ข้อมูล HMP ดังที่รายงานไว้ในเอกสาร PLoS หลายฉบับ นักวิจัยพบว่าความหลากหลายของสายพันธุ์ในไมโครไบโอมช่องคลอดของหญิงตั้งครรภ์ที่กำลังเตรียมตัวคลอดลดลง และปริมาณ DNA ของไวรัสในไมโครไบโอมจมูกของเด็กที่มีไข้โดยไม่ทราบสาเหตุมีปริมาณสูง การศึกษาอื่นๆ ที่ใช้ข้อมูลและเทคนิค HMP รวมถึงบทบาทของไมโครไบโอมในโรคต่างๆ ในระบบทางเดินอาหาร ผิวหนัง อวัยวะสืบพันธุ์ และความผิดปกติในวัยเด็ก^{[ 51 ]}

นักจุลชีววิทยาเภสัชกรรมได้พิจารณาถึงผลกระทบของข้อมูล HMP ที่เกี่ยวข้องกับการมีอยู่/ไม่มีอยู่ของจุลินทรีย์ที่ไม่พึงประสงค์ในผลิตภัณฑ์ยาที่ไม่ผ่านการฆ่าเชื้อ และที่เกี่ยวข้องกับการตรวจสอบจุลินทรีย์ภายในสภาพแวดล้อมที่ควบคุมซึ่งใช้ในการผลิตผลิตภัณฑ์ นอกจากนี้ ผลกระทบต่อการเลือกสื่อเพาะเลี้ยงและการศึกษาประสิทธิภาพของสารฆ่าเชื้อก็มีความสำคัญเช่นกัน^{[ 58 ]}

• โครงการไมโครไบโอมของมนุษย์
• ศูนย์วิเคราะห์และประสานงานข้อมูลสำหรับโครงการจุลชีววิทยาในมนุษย์ (HMP)
• โครงการริเริ่มด้านจุลชีววิทยาของแคนาดาของ CIHR
• สมาคมจุลชีววิทยาของมนุษย์นานาชาติ
• ปี 2006 บทสรุปโดยย่อของการศึกษาจุลินทรีย์ในลำไส้ใหญ่ ( การศึกษาฉบับเต็ม: Gill et al., 2006 )
• โอลิเวีย จูดสัน จากMicrobes 'R' Us (เก็บถาวรเมื่อ 27 กันยายน 2009 ที่Wayback Machine) นิวยอร์กไทมส์ 22 กรกฎาคม 2009
• จิน่า โคลาตาสุขภาพดี? ขอบคุณแบคทีเรีย 100 ล้านล้านตัวของคุณนิวยอร์กไทมส์ 13 มิถุนายน 2012