มีเพียงคนในครอบครัวของจอนเบเน็ตเท่านั้นที่ทราบว่าอยู่ในบ้านในคืนที่จอนเบเน็ตเสียชีวิต ได้แก่ แพทซีและจอห์น แรมซีย์ และเบิร์ค ลูกชายของพวกเขา^{[ 17 ]}จดหมายเรียกค่าไถ่มีคำสั่งเฉพาะเจาะจงห้ามติดต่อตำรวจและเพื่อน แต่แพทซีโทรแจ้งตำรวจเวลา 5:52  น. ตามเวลา MST ^{[ 18 ]}เธอยังโทรหาครอบครัวและเพื่อนๆ ด้วย^{[ 19 ]}เจ้าหน้าที่ตำรวจสองนายตอบรับ การโทร 9-1-1และมาถึงบ้านแรมซีย์ภายในสามนาที พวกเขาทำการค้นบ้านอย่างคร่าวๆ แต่ไม่พบร่องรอยการบุกรุก^{[ 19 ] [ b ]}

เจ้าหน้าที่ริค เฟรนช์ลงไปที่ชั้นใต้ดินและพบประตูที่มีสลักไม้เพิ่มเติมอยู่ด้านบนของกรอบประตู เขาหยุดอยู่ครู่หนึ่งหน้าประตู แต่ก็เดินจากไปโดยไม่ได้เปิดมัน เฟรนช์อธิบายในภายหลังว่าเขากำลังมองหาทางออกที่คนร้ายใช้ เนื่องจากสลักไม้ล็อกประตูจากด้านในบ้าน คนร้ายจึงไม่สามารถใช้ประตูนี้แล้วปิดสลักจากด้านในได้ จึงตัดความเป็นไปได้ที่ประตูนี้จะเป็นทางออก ศพของจอนเบเน็ตถูกพบในภายหลังอยู่หลังประตู^{[ 20 ]}

เนื่องจากจอนเบเน็ตยังคงหายตัวไป จอห์นจึงจัดการจ่ายค่าไถ่ ทีม พิสูจน์หลักฐานถูกส่งไปยังบ้าน ทีมเชื่อในเบื้องต้นว่าเด็กถูกลักพาตัว และห้องนอนของจอนเบเน็ตเป็นห้องเดียวในบ้านที่ถูกกั้นไว้เพื่อป้องกันการปนเปื้อนของหลักฐานไม่มีการใช้มาตรการป้องกันใดๆ เพื่อป้องกันการปนเปื้อนของหลักฐานในส่วนอื่นๆ ของบ้าน^{[ 20 ]}ในขณะเดียวกัน เพื่อนๆ ผู้ให้ความช่วยเหลือเหยื่อ และบาทหลวงของครอบครัวแรมซีย์ก็มาถึงบ้านเพื่อแสดงการสนับสนุน ผู้มาเยี่ยมได้หยิบและทำความสะอาดพื้นผิวในครัว ซึ่งอาจทำลายหลักฐานได้^{[ 20 ]}นักสืบลินดา อาร์นด์ท จากโบลเดอร์มาถึงประมาณ 8:00  น. ตามเวลา MST โดยคาดว่าจะได้รับคำแนะนำเพิ่มเติมจากผู้ลักพาตัว แต่ไม่มีใครพยายามเรียกร้องเงินเลย^{[ 22 ]}

เวลา 13.00  น. ตามเวลา MST นักสืบ Arndt ขอให้ John Ramsey และ Fleet White ซึ่งเป็นเพื่อนของครอบครัว ค้นบ้านเพื่อดูว่า "มีอะไรผิดปกติหรือไม่" ^{[ 20 ]}พวกเขาเริ่มค้นหาในห้องใต้ดิน John เปิดประตูที่ล็อคไว้ซึ่งเจ้าหน้าที่ French มองข้ามไป ร่างของลูกสาวของเขานอนอยู่ในห้องหนึ่ง^{[ 20 ]}ปากของ JonBenét ถูกปิดด้วยเทปกาว มีเชือก ไนลอนพันรอบข้อมือและคอของเธอ และลำตัวของเธอถูกคลุมด้วยผ้าห่มสีขาว^{[ 23 ] [ 24 ]} John อุ้มร่างของเธอและรีบวิ่งขึ้นไปชั้นบน เมื่อเคลื่อนย้าย JonBenét สถานที่เกิดเหตุก็ปนเปื้อนมากขึ้น และหลักฐานทางนิติวิทยาศาสตร์ที่สำคัญก็ถูกรบกวนสำหรับทีมนิติวิทยาศาสตร์ที่กลับมา^{[ 20 ] [ c ]}

แรมซีย์แต่ละคนได้มอบลายมือ เลือด และตัวอย่างเส้นผมให้กับตำรวจ จอห์นและแพทซีเข้าร่วมการสัมภาษณ์เบื้องต้นเป็นเวลานานกว่าสองชั่วโมง และเบิร์คก็ได้รับการสัมภาษณ์ภายในสองสามสัปดาห์แรกหลังจากการเสียชีวิตของจอนเบเน็ต^{[ 24 ]}

Scott Gibbons เพื่อนบ้านอ้างว่าประมาณเที่ยงคืน ขณะที่เขามองจากหน้าต่างห้องครัว เขาเห็นห้องครัวชั้นบนของบ้าน Ramsey สว่างไสวด้วยแสงไฟสลัวๆ เพื่อนบ้าน Melody Stanton รายงานว่าเธอตื่นขึ้นมาไม่นานหลังจากเที่ยงคืนเนื่องจากได้ยินเสียงกรีดร้องของเด็กมาจากบ้าน Ramsey ^{[ 25 ]}

แพทซี แรมซีย์ รายงานว่าเธอพบจดหมาย เรียกค่าไถ่ที่เขียนด้วยลายมือความยาวสองหน้าครึ่งบนบันไดห้องครัว จดหมายเรียกร้องเงิน 118,000 ดอลลาร์สหรัฐเพื่อแลกกับการคืนตัวจอนเบเน็ต^{[ 26 ]}จอห์นชี้ให้ตำรวจชุดแรกที่มาถึงที่เกิดเหตุเห็นว่าจำนวนเงินนั้นเกือบจะเท่ากับโบนัสคริสต์มาสของปีที่แล้ว ซึ่งบ่งชี้ว่าอาจมีคนบางคนที่เข้าถึงข้อมูลนั้นได้เกี่ยวข้องกับอาชญากรรมนี้ นักสืบพิจารณาทฤษฎีต่างๆ เกี่ยวกับจำนวนเงินที่เรียกร้อง โดยพิจารณาถึงพนักงานของ Access Graphics ที่อาจรู้จำนวนโบนัสของจอห์นในปีก่อนๆ พวกเขายังพิจารณาถึงความเป็นไปได้ที่การเรียกร้องค่าไถ่เป็นการอ้างอิงถึงสดุดี 118และได้พูดคุยกับแหล่งข้อมูลทางศาสนาเพื่อพิจารณาความเกี่ยวข้องที่เป็นไปได้^{[ 27 ]}

จดหมายเรียกค่าไถ่ดูเหมือนจะสะท้อนบทสนทนาในภาพยนตร์ ภาพยนตร์เรื่องRuthless People , Ransom , Escape from New York , Speed ^{​​[ 28 ]}และDirty Harry ^{[ 29 ]}ถือเป็นแหล่งที่มาที่เป็นไปได้

จดหมายเรียกค่าไถ่มีความยาวผิดปกติสำนักงานสอบสวนกลาง (FBI) แจ้งตำรวจว่าการเขียนจดหมายดังกล่าวในที่เกิดเหตุเป็นเรื่องผิดปกติมาก^{[ 30 ]}ตำรวจเชื่อว่าจดหมายฉบับนี้ถูกจัดฉากขึ้น เนื่องจากไม่มีลายนิ้วมือใดๆ นอกจากลายนิ้วมือของแพทซีและเจ้าหน้าที่ที่จัดการกับจดหมาย^{[ 31 ]}และเนื่องจากมีการใช้เครื่องหมายอัศเจรีย์และอักษรย่อในลักษณะที่ผิดปกติ^{[ 32 ] [ 33 ]}จดหมายและร่างต้นฉบับถูกเขียนด้วยปากกาและสมุดบันทึกจากบ้านของแรมซีย์^{[ 34 ] [ 35 ]}ตามรายงานของสำนักงานสอบสวนแห่งรัฐโคโลราโด (CBI) ระบุว่ามี "ข้อบ่งชี้ว่าผู้เขียนจดหมายเรียกค่าไถ่คือแพทริเซีย แรมซีย์" อย่างไรก็ตาม หลักฐานยังไม่เพียงพอที่จะสรุปได้อย่างแน่ชัด^{[ 36 ]}ไมเคิล บาเดนผู้เชี่ยวชาญด้านพยาธิวิทยานิติ เวชที่ ได้รับการรับรองจากคณะกรรมการซึ่งได้ให้คำปรึกษาแก่ทั้งสองฝ่ายของคดี กล่าวว่าเขาไม่เคยเห็นบันทึกแบบนี้มาก่อนในประสบการณ์ 60 ปีของเขา และเขาไม่คิดว่าบันทึกนี้เขียนโดยคนแปลกหน้าจากภายนอก^{[ 31 ]}

ศาลรัฐบาลกลางตัดสินว่าไม่น่าเป็นไปได้ที่แพทซีจะเป็นผู้เขียนบันทึกดังกล่าว โดยอ้างถึงผู้เชี่ยวชาญด้านลายมือที่ได้รับการรับรอง 6 คน ศาลเสียใจที่ผู้เชี่ยวชาญที่อ้างตนเอง—โดยไม่มีคุณสมบัติ—เข้ามาแทรกแซงคดีโดยกล่าวหาแพทซีโดยไม่มีพื้นฐานทางวิทยาศาสตร์^{[ 37 ]}

ผลการชันสูตรศพเผยว่า จอนเบเน็ตถูกฆ่าโดยการรัดคอและกะโหลกศีรษะแตกสาเหตุการตายอย่างเป็นทางการคือ " ขาดอากาศหายใจจากการรัดคอร่วมกับการบาดเจ็บที่ศีรษะและ สมอง " ^{[ 38 ] [ 1 ]}ไม่มีหลักฐานการข่มขืน ตามปกติ แม้ว่าจะไม่สามารถตัดความเป็นไปได้ ของ การทำร้ายทางเพศ ออกไปได้ แม้ว่าจะไม่พบ น้ำอสุจิแต่ก็มีหลักฐานว่ามีการบาดเจ็บที่ช่องคลอด หลักฐานยังชี้ให้เห็นว่าแปรงทาสีที่ใช้ในการรัดคอยังถูกใช้ในการทำร้ายทางเพศ ด้วย ^{[ 39 ]}ในขณะที่ทำการชันสูตรศพ พยาธิแพทย์บันทึกว่าดูเหมือนว่าบริเวณช่องคลอดของเธอถูกเช็ดด้วยผ้า^{[ 40 ]}การเสียชีวิตของเธอถูกตัดสินว่าเป็นคดีฆาตกรรม^{[ 41 ]}

เชือก ที่ ใช้รัดคอซึ่งทำจากเชือกไนลอนและด้ามแปรงทาสีที่หักถูกผูกไว้รอบคอของจอนเบเน็ต และดูเหมือนว่าจะถูกใช้รัดคอเธอ ปลายขนแปรงส่วนหนึ่งถูกพบในถังที่บรรจุอุปกรณ์ศิลปะของแพทซี แต่ส่วนล่างหนึ่งในสามของแปรงนั้นไม่เคยถูกพบแม้ว่าตำรวจจะค้นบ้านอย่างละเอียดในวันต่อมา^{[ 42 ]}

ผลการชันสูตรพลิกศพพบ "วัสดุผักหรือผลไม้ที่อาจเป็นสับปะรด " ซึ่งจอนเบเน็ตรับประทานไปไม่กี่ชั่วโมงก่อนเสียชีวิต^{[ 1 ] [ 43 ]}ภาพถ่ายบ้านที่ถ่ายในวันที่พบศพของจอนเบเน็ตแสดงให้เห็นชามสับปะรดวางอยู่บนโต๊ะในครัวพร้อมช้อนอยู่ในนั้น^{[ 43 ]}อย่างไรก็ตาม ทั้งจอห์นและแพทซีต่างกล่าวว่าพวกเขาจำไม่ได้ว่าวางชามไว้บนโต๊ะหรือป้อนสับปะรดให้จอนเบเน็ต^{[ 43 ] [ 44 ]}ตำรวจรายงานว่าพบรอยนิ้วมือของแพทซี แรมซีย์บนชาม^{[ 44 ]}

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2546 นักนิติวิทยาศาสตร์ได้สกัดสารจากตัวอย่างเลือดผสมที่พบในชุดชั้นในของจอนเบเน็ตจนเพียงพอสำหรับการสร้างโปรไฟล์DNA ^{[ 45 ]} DNA นั้นเป็นของบุคคลชายที่ไม่ทราบชื่อ และไม่รวม DNA ของสมาชิกครอบครัวแรมซีย์แต่ละคน DNA ดังกล่าวถูกส่งไปยังระบบดัชนี DNA รวม ของ FBI (CODIS) ซึ่งเป็นฐานข้อมูลที่มีโปรไฟล์ DNA มากกว่า 1.6 ล้านโปรไฟล์ แต่ตัวอย่างดังกล่าวไม่ตรงกับโปรไฟล์ใดๆ ในฐานข้อมูล^{[ 46 ]}ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2559 รายงานระบุว่าการวิเคราะห์ทางนิติวิทยาศาสตร์ใหม่ด้วยเทคนิคที่ละเอียดอ่อนกว่าเผยให้เห็นว่า DNA ดั้งเดิมมีเครื่องหมายทางพันธุกรรมจากบุคคลสองคนที่ไม่ใช่จอนเบเน็ต^{[ 47 ] [ 48 ]}

เอ. เจมส์ โคลาร์ ซึ่งเป็นหัวหน้าผู้สืบสวนของสำนักงานอัยการเขต กล่าวว่า มีร่องรอยดีเอ็นเอของผู้ชายเพิ่มเติมที่พบในสายไฟและแปรงทาสี ซึ่งแมรี เลซี อัยการเขตโบลเดอร์ไม่ได้กล่าวถึง และพบตัวอย่างดีเอ็นเอแยกกัน 6 ตัวอย่างที่เป็นของบุคคลที่ไม่ทราบชื่อ^{[ 31 ]}แคนดิซ เดลองอดีตนักวิเคราะห์พฤติกรรมอาชญากรของเอฟบีไอเชื่อว่าดีเอ็นเอที่ปรากฏเหมือนกันในหลายตำแหน่งบนพื้นผิวหลายแห่ง เป็นของฆาตกร^{[ 49 ]} บ็อบ แกรนต์ อดีต อัยการ เขตอดัมส์เคาน์ตี้ รัฐโคโลราโดซึ่งให้ความช่วยเหลือสำนักงานอัยการเขตโบลเดอร์ในคดีนี้มาหลายปี ก็เชื่อว่าหลักฐานดีเอ็นเอมีความสำคัญ โดยกล่าวว่าการคลี่คลายคดีใดๆ ก็ตามจะต้องอธิบายว่าดีเอ็นเอปรากฏบนเสื้อผ้าหลายชิ้นของจอนเบเน็ตได้อย่างไร^{[ 46 ]}ไมเคิล บาเดนผู้เชี่ยวชาญด้านนิติเวชกล่าวว่า "ดีเอ็นเอปริมาณเล็กน้อยสามารถไปติดอยู่ตามสถานที่ต่างๆ และเสื้อผ้าได้จากวิธีการต่างๆ ที่ไม่น่าสงสัย ไม่มีหลักฐานทางนิติเวชใดที่แสดงให้เห็นว่านี่เป็นการฆาตกรรมคนแปลกหน้า" ^{[ 31 ]}

ในตอนแรก ตำรวจโบลเดอร์มุ่งเน้นไปที่พ่อแม่ของจอนเบเน็ตเกือบทั้งหมด^{[ 50 ] [ 52 ]}ตามที่เกร็ก แมคเครารีนักวิเคราะห์พฤติกรรมอาชญากรของเอฟบีไอที่เกษียณแล้วกล่าวว่า "ตามสถิติแล้ว มีโอกาส 12 ต่อ 1 ที่สมาชิกในครอบครัวหรือผู้ดูแลจะมีส่วนเกี่ยวข้องกับการฆาตกรรมเด็ก" ^{[ 52 ]}ตำรวจไม่พบหลักฐานการบุกรุกโดยใช้กำลัง แต่พบหลักฐานการจัดฉาก เช่น จดหมายเรียกค่าไถ่ พวกเขาไม่พบว่าครอบครัวแรมซีย์ให้ความร่วมมือในการช่วยไขคดี^{[ 52 ] [ f ]}ครอบครัวแรมซีย์กล่าวว่าความลังเลของพวกเขาเกิดจากความกลัวว่าจะไม่มีการสอบสวนผู้บุกรุกอย่างเต็มที่ และพวกเขาจะถูกเลือกอย่างเร่งรีบให้เป็นผู้ต้องสงสัยหลักในคดีนี้ ตามรายงานของเดลี่เคเมรา^{[ 18 ]}

จอห์น เอ็ดเวิร์ด ดักลาสอดีตเจ้าหน้าที่พิเศษของ FBI และผู้เชี่ยวชาญด้านการวิเคราะห์พฤติกรรมอาชญากร โต้แย้งว่าจอห์นและแพทซี แรมซีย์ไม่ได้ฆ่าลูกสาวของพวกเขา เขาวิจารณ์วิธีการที่สื่อและสาธารณชนมองคดีนี้ว่า “อาชญากรรมหลายคดีถูกตัดสินในศาลของความคิดเห็นสาธารณะก่อนที่จะถึงศาลยุติธรรม แต่ผมไม่รู้จักคดีอื่นใดที่คนส่วนใหญ่ตัดสินหาทางออกโดยอิงจากสถิติ ผมไม่รู้จักคดีอื่นใดที่สาธารณชนเชื่อในสิ่งที่รายงานในหนังสือพิมพ์แท็บลอยด์เป็นส่วนใหญ่ ผมไม่รู้จักคดีอื่นใดที่สื่อกระแสหลักปล่อยให้หนังสือพิมพ์แท็บลอยด์เป็นผู้นำแล้วจึงรายงานตามรายงานของพวกเขา และผมไม่รู้จักคดีอื่นใดที่รายการโทรทัศน์ที่น่านับถือส่วนใหญ่พยายามแข่งขันกันสร้างความตื่นเต้นเร้าใจ ” ^{[ 64 ]}

ทฤษฎีหนึ่งกล่าวว่าแพทซีทำร้ายจอนเบเน็ตด้วยความโกรธจัดหลังจากเหตุการณ์ปัสสาวะรดที่นอน และบีบคอเธอเพื่อปกปิดสิ่งที่เกิดขึ้นหลังจากเข้าใจผิดคิดว่าเธอเสียชีวิตไปแล้ว^{[ 18 ] [ 65 ]}เบิร์ค แรมซีย์ พี่ชายของจอนเบเน็ตกล่าวในภายหลังว่า "เราไม่ได้ถูกตี ไม่มีอะไรแบบนั้น ไม่มีอะไรใกล้เคียงเลย ไม่มีอะไรใกล้เคียงกับการแตะต้องตัวเราเลย ไม่ต้องพูดถึงการฆ่าลูกของคุณ" ^{[ 65 ]}

ตามทฤษฎีแล้ว การบีบคออาจเป็นเพียงกลลวงเพื่อปกปิดองค์ประกอบอื่นๆ ของการทำร้ายร่างกายและการฆาตกรรม^{[ 53 ] [ 65 ]}

เบิร์ค ซึ่งมีอายุ 9 ปีในขณะที่จอนเบเน็ตเสียชีวิต ถูกสอบสวนโดยผู้สอบสวนอย่างน้อย 3 ครั้ง^{[ 66 ]}การสอบสวนไม่ได้ก่อให้เกิดความกังวลใดๆ การตรวจสอบโดยนักจิตวิทยาเด็กระบุว่าดูเหมือนว่าครอบครัวแรมซีย์จะมี "ความสัมพันธ์ในครอบครัวที่แข็งแรงและเอาใจใส่" ^{[ 53 ]}ในปี 1998 มาร์ค เบ็คเนอร์ หัวหน้าตำรวจเมืองโบลเดอร์ กล่าวในการสัมภาษณ์กับนักข่าวว่าเบิร์คไม่ได้มีส่วนเกี่ยวข้องกับการฆาตกรรมน้องสาวของเขา ในเดือนพฤษภาคม 1999 สำนักงานอัยการเขตโบลเดอร์เคาน์ตี้ย้ำอีกครั้งว่าเบิร์คไม่ใช่ผู้ต้องสงสัย^{[ 67 ]}ผู้สอบสวนไม่เคยพิจารณาเขาเป็นผู้ต้องสงสัยเลย^{[ 68 ]}

ครอบครัวแรมซีย์เสนอเงินรางวัล 100,000 ดอลลาร์ในโฆษณาหนังสือพิมพ์เมื่อวันที่ 27 เมษายน พ.ศ. 2540 ^{[ 15 ]}สามวันต่อมา กว่าสี่เดือนหลังจากพบศพลูกสาวของพวกเขา พวกเขาเข้ารับการสัมภาษณ์อย่างเป็นทางการแยกกันเป็นครั้งแรกที่ศูนย์ยุติธรรมเขตโบลเดอร์^{[ 15 ]}

ในปี พ.ศ. 2542 ผู้ว่าการรัฐโคโลราโดบิล โอเวนส์ได้ออกมาพูด โดยบอกกับคู่สามีภรรยาแรมซีย์ว่า "เลิกซ่อนตัวอยู่หลังทนายความของพวกเขา เลิกซ่อนตัวอยู่หลัง บริษัท ประชาสัมพันธ์ ของพวกเขา " ^{[ 69 ] [ f ]}

คณะลูกขุนใหญ่ของโคโลราโดลงมติในปี 1999 ให้ฟ้องร้องพ่อแม่^{[ 70 ] [ g ]}คำฟ้องระบุ "ข้อหาทำร้ายเด็กคนละสองกระทง" และกล่าวว่าพ่อแม่ "ได้กระทำการโดยมิชอบด้วยกฎหมาย โดยรู้เห็นโดยประมาทเลินเล่อ และเป็นความผิดทางอาญา ปล่อยให้เด็กอยู่ในสถานการณ์ที่ก่อให้เกิดอันตรายต่อชีวิตหรือสุขภาพของเด็ก ซึ่งส่งผลให้จอนเบเน็ต แรมซีย์ เด็กหญิงอายุต่ำกว่าสิบหกปีเสียชีวิต" ^{[ 71 ]}

ในบรรดาผู้เชี่ยวชาญที่ให้การเป็นพยานในคดีนี้ ได้แก่แบร์รี เช็ค ผู้เชี่ยวชาญด้านดีเอ็นเอ และเฮนรี ลี ผู้เชี่ยวชาญด้านนิติวิทยาศาสตร์[ 15 ^{]เมื่อวัน}ที่ 13 ตุลาคม พ.ศ. 2542 อเล็กซ์ ฮันเตอร์ อัยการเขต ปฏิเสธที่จะลงนามในคำฟ้อง โดยกล่าวว่าหลักฐานไม่เพียงพอสำหรับการดำเนินคดี^{[ 15 ] [ 70 ]}สาธารณชนคิดว่าการสอบสวนของคณะลูกขุนใหญ่ยังไม่สามารถสรุปผลได้^{[ 72 ]}ในปี พ.ศ. 2545 อายุความของข้อกล่าวหาของคณะลูกขุนใหญ่หมดอายุลง^{[ 71 ]}

ผลการลงคะแนนของคณะลูกขุนในการฟ้องร้องไม่ได้ถูกเปิดเผยต่อสาธารณะจนกระทั่งวันที่ 25 ตุลาคม 2556 เมื่อเอกสารของศาลที่ถูกปิดผนึกไว้ก่อนหน้านี้ถูกเปิดเผย^{[ h ]}

รายการ The Case of: JonBenét Ramseyซึ่งออกอากาศทาง CBSในวันที่ 18 และ 19 กันยายน 2016 ได้ใช้กลุ่มผู้เชี่ยวชาญในการประเมินหลักฐาน กลุ่มดังกล่าวตั้งทฤษฎีว่าเบิร์คตีหัวน้องสาวของเขาด้วยวัตถุหนัก (อาจเป็นไฟฉาย) หลังจากที่เธอขโมยสับปะรดจากชามของเขา โดยอาจไม่ได้ตั้งใจจะฆ่าเธอ พวกเขาเสนอว่าจดหมายเรียกค่าไถ่เป็นการพยายามปกปิดสถานการณ์การเสียชีวิตของจอนเบเน็ต ^{[ 76 ]}ในนามของเบิร์ค แรมซีย์ ทนายความของเขาได้ยื่นฟ้องคดีหมิ่นประมาทต่อ CBS ​​ผู้ผลิตรายการ และผู้เข้าร่วมรายการหลายคน โดยอ้างอิงจากข้อกล่าวอ้างหลายประการ ^{[ 77 ]}

ตำรวจและอัยการติดตามเบาะแสของผู้บุกรุกส่วนหนึ่งเนื่องจากรอยรองเท้าที่ไม่ทราบที่มาซึ่งทิ้งไว้ในห้องใต้ดินที่พบศพของจอนเบเน็ต^{[ 20 ]}

บุคคลที่น่าสงสัยในช่วงแรก ได้แก่ บิล แม็ครีนอลด์ส เพื่อนบ้าน; คริส วูล์ฟ นักข่าวท้องถิ่นซึ่งแฟนสาวในขณะนั้นรายงานว่าเขาเป็นผู้ต้องสงสัย; ลินดา ฮอฟฟ์แมน-พิวจ์ แม่บ้านของครอบครัว; และชายชื่อไมเคิล เฮลโกธ ซึ่งเสียชีวิตจากการฆ่าตัวตายไม่นานหลังจากที่จอนเบเน็ตเสียชีวิต มี การตรวจดีเอ็นเอ หลายร้อยครั้ง เพื่อหาดีเอ็นเอที่ตรงกับดีเอ็นเอที่พบระหว่างการชันสูตรศพของเธอ^{[ 78 ]}ในคดีฟ้องร้องหมิ่นประมาทในปี 2546 ที่เกี่ยวข้องกับคดีนี้ ( Wolf v. Ramsey ) ซึ่งเกี่ยวข้องกับการที่ครอบครัวแรมซีย์เปิดเผยผู้ต้องสงสัยคนแรกในคดีต่อสาธารณะ ผู้พิพากษาจูลี อี. คาร์เนสเขียนว่า:

แทบไม่มีหลักฐานใด ๆ ที่สนับสนุนทฤษฎีของ [วูล์ฟ] ที่ว่า [ครอบครัวแรมซีย์] ฆ่าลูกของพวกเขา แต่มีหลักฐานมากมายที่สนับสนุนความเชื่อของพวกเขาว่ามีผู้บุกรุกเข้ามาในบ้านของพวกเขาในช่วงกลางคืนของวันที่ 25 ธันวาคม พ.ศ. 2539 และฆ่าลูกสาวของพวกเขา^{[ 37 ]}

ลู สมิท นักสืบในคดีนี้ ประเมินหลักฐานและสรุปว่าผู้บุกรุกเป็นผู้ก่ออาชญากรรม^{[ 79 ]}ในคืนที่จอนเบเน็ตถูกฆ่า มีหน้าต่างสองบานที่เปิดแง้มไว้เล็กน้อยเพื่อให้สายไฟสำหรับไฟประดับคริสต์มาสภายนอกผ่านได้ หน้าต่างชั้นใต้ดินแตก และประตูที่ไม่ได้ล็อกหนึ่งบาน^{[ 19 ] [ b ]}ทฤษฎีของสมิทคือมีคนเข้าไปในบ้านแรมซีย์ผ่านทางหน้าต่างชั้นใต้ดินที่แตก นักวิจารณ์ตั้งคำถามถึงทฤษฎีนี้ เพราะมีใยแมงมุม ที่ยังคงสภาพสมบูรณ์ อยู่ในหน้าต่างชั้นใต้ดิน^{[ 31 ]}ตะแกรงเหล็กที่ปิดหน้าต่างก็มีใยแมงมุมที่ยังคงสภาพสมบูรณ์ และใบไม้รอบๆ ตะแกรงก็ยังคงสภาพสมบูรณ์^{[ 80 ]}นอกจากนี้ยังมีใยแมงมุมอยู่ในรางของหน้าต่างต่างๆ และมีฝุ่นและเศษซากอยู่บนขอบหน้าต่างบางส่วน^{[ 80 ]}สมิทเชื่อว่าผู้บุกรุกใช้ปืนช็อตไฟฟ้า ทำให้จอนเบเน็ตหมดสติ และพาเธอลงไปที่ชั้นใต้ดิน จอนเบเน็ตถูกฆ่าตายและมีการทิ้งจดหมายเรียกค่าไถ่ไว้^{[ 23 ]}ทฤษฎีของสมิทได้รับการสนับสนุนจากอดีตเจ้าหน้าที่ FBI จอห์น อี. ดักลาสซึ่งได้รับการว่าจ้างจากครอบครัวแรมซีย์^{[ 79 ] [ i ]}ด้วยความเชื่อว่าครอบครัวแรมซีย์บริสุทธิ์ สมิทจึงลาออกจากการสอบสวนเมื่อวันที่ 20 กันยายน 1998 ห้าวันหลังจากคณะลูกขุนใหญ่ถูกเรียกประชุมเพื่อดำเนินคดีกับครอบครัวแรม ซีย์ ^{[ 15 ]}แม้ว่าจะไม่ได้เป็นผู้สอบสวนอย่างเป็นทางการในคดีนี้อีกต่อไป สมิทก็ยังคงทำงานในคดีนี้ต่อไปจนกระทั่งเสียชีวิตในปี 2010 ^{[ 79 ]}

ผู้เขียน Stephen Singular ในหนังสือPresumed Guilty (1999, ฉบับปรับปรุง 2016) ^{[ 81 ]}อ้างถึงการปรึกษาหารือกับผู้เชี่ยวชาญด้านอาชญากรรมไซเบอร์เพื่อโต้แย้งว่า JonBenét ดึงดูดความสนใจของผู้ผลิตสื่อลามกเด็กและผู้ล่วงละเมิดทางเพศเด็กที่เกี่ยวข้องกับวงการประกวดความงามเด็ก Singular ยังเชื่ออีกว่าการสืบสวนมุ่งเน้นไปที่พ่อแม่ของ Ramsey มากเกินไป ทำให้การสืบสวนในสถานการณ์อื่น ๆ ถูกขัดขวาง และ Ramsey ไม่ได้เป็นผู้รับผิดชอบต่อการฆาตกรรม นอกเหนือจากการที่อาจทำให้ลูกสาวของตนตกอยู่ในอันตรายจากผู้ล่าทางเพศโดยไม่รู้ตัว Singular คาดการณ์ว่าสถานการณ์นี้อธิบายได้ว่าทำไมคณะลูกขุนจึงไม่แนะนำให้ฟ้องร้องพ่อแม่ของ Ramsey ในข้อหาฆาตกรรม แต่ให้ฟ้องร้องในข้อหาทำร้ายหรือทำให้เด็กตกอยู่ในอันตรายจากการวางลูกสาวของตนไว้ในสถานการณ์เสี่ยง^{[ 82 ]}

มีการตรวจสอบพบว่ามีการโจรกรรมมากกว่า 100 ครั้งในละแวกบ้านของครอบครัวแรมซีย์ในช่วงหลายเดือนก่อนการฆาตกรรมจอนเบเน็ต นอกจากนี้ยังมีผู้กระทำความผิดทางเพศ ที่ขึ้นทะเบียนไว้ 38 ราย อาศัยอยู่ใน รัศมี 2 ไมล์ (3.2 กิโลเมตร)จากบ้านของครอบครัวแรมซีย์^{[ 83 ]}ในปี 2544 อดีตอัยการเขตโบลเดอร์เคาน์ตี้ ทริป เดอมูธ และนักสืบสตีฟ เอนส์เวิร์ธ แห่งสำนักงานนายอำเภอเขตโบลเดอร์เคาน์ตี้ ได้กล่าวว่าควรมีการสืบสวนเชิงรุกมากขึ้นเกี่ยวกับทฤษฎีผู้บุกรุก^{[ 21 ]} 

หนึ่งในบุคคลที่ Smit ระบุว่าเป็นผู้ต้องสงสัยคือ Gary Howard Oliva ซึ่งถูกจับกุมในข้อหา "พยายามแสวงประโยชน์ทางเพศจากเด็ก 2 กระทง และแสวงประโยชน์ทางเพศจากเด็ก 1 กระทง" ในเดือนมิถุนายน 2016 ตามรายงานของDaily Camera ในเมืองโบลเดอร์ Oliva ซึ่งเป็นผู้กระทำความผิดทางเพศที่ขึ้นทะเบียนไว้ ได้รับการระบุต่อสาธารณะว่าเป็นผู้ต้องสงสัยในรายการ48 Hours Investigatesตอน เดือนตุลาคม 2002 ^{[ 22 ]}

ในรายการ The Killing of JonBenét: The Truth Uncoveredซึ่งออกอากาศทางA&Eเมื่อวันที่ 5 กันยายน 2016 ผู้เชี่ยวชาญด้าน DNA และนิติวิทยาศาสตร์ Lawrence Kobilinsky ระบุว่า จากการวิเคราะห์ DNA ทางนิติวิทยาศาสตร์ของหลักฐาน "ชายนิรนามก่ออาชญากรรมนี้" ^{[ 84 ]}

สำนักงานอัยการเขตที่สืบสวนคดีล่วงละเมิดทางเพศเด็กได้แจ้งให้เครก ซิลเวอร์แมน อดีตอัยการเมืองเดนเวอร์ทราบว่าสำนักงานอัยการเขตยึดถือทฤษฎีผู้บุกรุก ครอบครัวแรมซีย์ได้สร้างความสัมพันธ์กับแมรี เลซี อัยการเขตและสำนักงานของเธอ ซึ่งถูกวิพากษ์วิจารณ์โดยเจ้าหน้าที่ เช่น เลสลี แอล. เดอร์กิน นายกเทศมนตรีของเมือง^{[ 63 ] [ 52 ] [ j ]}ซิลเวอร์แมนกล่าวว่า "เมื่อคุณยอมรับความเป็นไปได้ของผู้บุกรุกแล้ว ผมไม่เห็นว่าแรมซีย์คนใดจะถูกดำเนินคดีได้สำเร็จ" ^{[ 52 ]}กอร์ดอน คูมบ์ส เข้าร่วมสำนักงานในฐานะผู้สืบสวนภายใต้เลซีเมื่อพวกเขากำลังทดสอบเสื้อผ้าของจอนเบเน็ตเพื่อหาดีเอ็นเอจากการสัมผัส เขายังกล่าวอีกว่าเลซีสนับสนุนทฤษฎีผู้บุกรุกอย่างมากและพูดคุยเกี่ยวกับเรื่องนี้กับเจ้าหน้าที่ แม้ว่าเขาจะไม่ได้เกี่ยวข้องกับคดีโดยตรง แต่เขากล่าวว่าเขาได้รับคำสั่งไม่ให้คัดค้านทฤษฎีนี้เพราะเขาอาจจะเสียงาน "มันดูแปลก ๆ กับหลักการทั้งหมดของ...ความพยายามที่จะมีอิทธิพลต่อหน่วยงานทั้งหมด" เขากล่าว^{[ 63 ]}

จอห์น มาร์ค คาร์ ครูโรงเรียนวัย 41 ปี ถูกจับกุมในกรุงเทพฯประเทศไทย เมื่อวันที่ 15 สิงหาคม พ.ศ. 2549 หลังจากการสารภาพเท็จว่าฆ่าจอนเบเน็ต^{[ 85 ]}คาร์อ้างว่าได้วางยา ข่มขืน และฆ่าจอนเบเน็ตโดยอุบัติเหตุ^{[ 86 ]}ตามรายงานของCNN "เจ้าหน้าที่ยังกล่าวอีกว่าพวกเขาไม่พบหลักฐานใดๆ ที่เชื่อมโยงคาร์กับสถานที่เกิดเหตุ" ^{[ 87 ] [ 88 ]}

ในการสารภาพนั้น คาร์ให้เพียงข้อเท็จจริงพื้นฐานที่ทราบกันดีอยู่แล้ว และไม่ได้ให้รายละเอียดเพิ่มเติมที่น่าเชื่อถือใดๆ คำกล่าวอ้างที่ว่าจอนเบเน็ตถูกวางยาทำให้คำสารภาพนั้นน่าสงสัยยิ่งขึ้น เพราะการชันสูตรศพระบุว่าไม่พบยาเสพติดในร่างกายของเธอ^{[ 89 ]}ยิ่งไปกว่านั้น DNA ของคาร์ไม่ตรงกับ DNA ที่พบในร่างกายของจอนเบเน็ต^{[ 88 ] [ 90 ] [ 91 ] [ k ]}

• "ตำรวจสอบปากคำ 'ซานตาคลอส' แห่งโบลเดอร์ และภรรยา"เดลีคาเมราสำนักข่าวเอพี 3 มีนาคม 1997
• Maloney, JJ (25 ตุลาคม 2013). "การฆาตกรรม JonBenét Ramsey" . นิตยสารอาชญากรรม . เก็บถาวรจากต้นฉบับเมื่อ 29 พฤศจิกายน 2014 . สืบค้นเมื่อ19 พฤศจิกายน 2014 .
• Prendergast, Alan (12 ตุลาคม 2549). "เหมาะสมกัน: เรื่องอื้อฉาวของ Karr จบลงแล้ว แต่การตามล่าผู้ต้องสงสัยที่ไม่น่าจะเป็นบุคคลสำคัญในคดี Ramsey ของ Michael Tracey ยังคงดำเนินต่อไป" . Westword . เก็บถาวรจากต้นฉบับเมื่อวันที่ 28 กรกฎาคม 2557 . สืบค้นเมื่อ21 พฤศจิกายน 2556 .
• เซบาสเตียน, แมตต์ (17 กุมภาพันธ์ 1999). "ตำรวจต้องการจับกุมแม่" . เดลี่ คาเมรา . เก็บถาวรจากต้นฉบับเมื่อวันที่ 17 ตุลาคม 2016 . สืบค้นเมื่อ2 ตุลาคม 2016 .
• โทมัส, สตีฟ (6 สิงหาคม 1998). "จดหมายลาออกของโทมัส - "เราพยายามคลี่คลายคดีฆาตกรรมโดยที่ถูกมัดมือมัดเท้าไว้"" . เดลี่ คาเมรา .

• "เมืองถูกปิดล้อม: การรายงานข่าวของสื่อและการจัดการอย่างลับๆ ของเจ้าหน้าที่เมืองโบลเดอร์ในการสืบสวนคดีฆาตกรรมจอนเบเน็ต แรมซีย์" รายการไนท์ไลน์ 31 มกราคม 1997 LCCN 00568713 ABC 
• "ปิดคดี: การสืบสวนคดีฆาตกรรมจอนเบเน็ต แรมซีย์ของกรมตำรวจโบลเดอร์" รายการไนท์ไลน์ 30 พฤษภาคม 1997 LCCN 00571015 ABC 
• เอ็ดเวิร์ด ลูคัส ผู้กำกับ (2000). หนีรอดจากคดีฆาตกรรม: เรื่องราวของจอนเบเน็ต แรมซีย์ ( โทรทัศน์). บริษัท ฟ็อกซ์ บรอดแคสติ้ง. LCCN 2003632300 
• บิล เคอร์ติสผู้อำนวยการสร้าง (2000) รายงานเชิงสืบสวน จอน เบเน็ต – กายวิภาคของการสืบสวน ( โทรทัศน์) เครือข่ายโทรทัศน์ A&E LCCN 2001646808 
• " จอนเบเน็ต แรมซีย์" หลักฐานอันน่าสะพรึงกลัว (รายการโทรทัศน์) ช่อง Court TV 4 ตุลาคม 2551 LCCN 2009595419 
• Jim Clemente, Laura Richards, Stan Burke, James Fitzgerald, James Kolar, Henry Lee , Cyril Wecht , Werner Spitz (2016). กรณีของ: JonBenét Ramsey (โทรทัศน์). เนื้อหาเชิงวิพากษ์ (สถานีโทรทัศน์ CBS).
• เดวิด มิลส์ และ เจเน็ต เทย์เลอร์ (5 กันยายน 2016) การฆาตกรรมจอนเบเน็ต: ความจริงที่ถูกเปิดเผย (รายการโทรทัศน์) ผลิตโดย Mills Productions สำหรับเครือข่ายA&E
• Netflixได้ปล่อยสารคดีเกี่ยวกับคดีของ จอนเบเน็ตเรื่อง Casting JonBenetเมื่อวันที่ 28 เมษายน 2560 และสารคดีชุดที่สองที่มีสามตอนจบเรื่องCold Case: Who Killed JonBenet Ramseyเมื่อวันที่ 25 พฤศจิกายน 2567