เมตาโบแอนาลิสต์
MetaboAnalyst [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]เป็นชุดเครื่องมือออนไลน์สำหรับ การวิเคราะห์และตีความข้อมูล เมตาโบโลมิกส์ซึ่งสร้างขึ้นโดยสมาชิกของกลุ่มวิจัย Wishart ที่มหาวิทยาลัยอัลเบอร์ตาเปิดตัวครั้งแรกในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2552 และเวอร์ชัน 2.0 เปิดตัวในเดือนมกราคม พ.ศ. 2555 MetaboAnalyst มีวิธีการวิเคราะห์ที่หลากหลายซึ่งได้รับการปรับแต่งสำหรับข้อมูลเมตาโบโลมิกส์ วิธีการเหล่านี้รวมถึงการประมวลผลข้อมูลเมตาโบโลมิกส์ การทำให้เป็นมาตรฐาน การวิเคราะห์ทางสถิติแบบหลายตัวแปร และการใส่คำอธิบายประกอบข้อมูลเวอร์ชันปัจจุบันมุ่งเน้นไปที่การค้นพบและการจำแนก ไบโอมาร์กเกอร์
เวอร์ชัน 6.0 ประกอบด้วยโมดูลใหม่ 3 โมดูล ได้แก่ การประมวลผลสเปกตรัม MS แบบคู่ขนานและการระบุสารประกอบ การวิเคราะห์การตอบสนองต่อปริมาณยาสำหรับการประเมินความเสี่ยงทางเคมี และการใช้ประโยชน์จากการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ระหว่างเมตาโบไลต์กับจีโนมและการสุ่มแบบเมนเดลสำหรับการวิเคราะห์เชิงสาเหตุ[ 4 ] [ 5 ]
MetaboAnalyst รองรับข้อมูลอินพุตหลากหลายประเภทที่มักพบได้ในการศึกษาเมตาโบลิกส์ รวมถึงสเปกตรัมดิบ GC/LC-MS, รายการพีค MS/NMR, ตารางความเข้มพีค NMR/MS, ช่วงสเปกตรัม NMR/MS และความเข้มข้นของเมตาโบไลต์
MetaboAnalyst ประกอบด้วย 4 โมดูล:
- การประมวลผลข้อมูล
- การวิเคราะห์ทางสถิติ (ข้อมูลปัจจัยเดียว ปัจจัยสองตัว และอนุกรมเวลา)
- การวิเคราะห์การเสริมคุณค่าเชิงหน้าที่
- การวิเคราะห์วิถีการเผาผลาญ
ตารางด้านล่างสรุปคุณสมบัติหลักของแต่ละโมดูลการทำงาน[ 6 ]
| 1. การประมวลผลข้อมูล | 2. การวิเคราะห์ทางสถิติ | 3. การวิเคราะห์การเสริมคุณค่าเชิงฟังก์ชัน |
|---|---|---|
| การตรวจจับจุดสูงสุด | การวิเคราะห์ตัวแปรเดียว | การวิเคราะห์การเป็นตัวแทนเกิน |
| การแก้ไขเวลาการคงอยู่ | การลดมิติ | การวิเคราะห์ตัวอย่างเดี่ยว |
| การจัดเรียงจุดสูงสุด | การเลือกคุณสมบัติ | การวิเคราะห์การเสริมคุณค่าเชิงปริมาณ |
| การกรองพื้นฐาน | การวิเคราะห์คลัสเตอร์ | |
| การตรวจสอบความถูกต้องของข้อมูล | การจำแนกประเภท | 4. การวิเคราะห์เส้นทางการเผาผลาญ |
| การเติมค่าที่หายไป | การวิเคราะห์ความแปรปรวนแบบสองทาง | การวิเคราะห์การเสริมคุณค่า |
| เอเอสซีเอ | การวิเคราะห์โทโพโลยี | |
| การเปรียบเทียบเชิงเวลา | การแสดงภาพแบบโต้ตอบ |
MetaboAnalyst สร้างรายงาน PDF ที่มีบันทึกเป็นลายลักษณ์อักษรของแต่ละขั้นตอนการวิเคราะห์ และแสดงผลลัพธ์ในรูปแบบกราฟและตาราง ผู้ใช้ยังสามารถดาวน์โหลดไฟล์ข้อมูลที่ประมวลผลแล้วและไฟล์ภาพ PNG ได้อีกด้วย
MetaboAnalyst เป็นส่วนหนึ่งของชุดฐานข้อมูลเมตาโบโลมิกส์ ซึ่งรวมถึงHuman Metabolome Database (HMDB) [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] DrugBank [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] Toxin and Toxin-Target Database [ 13 ]และThe Small Molecule Pathway Database [ 14 ] HMDBมี เมตาโบไลต์ของมนุษย์มากกว่า 7900 รายการและลำดับ DNA และโปรตีนที่เกี่ยวข้องประมาณ 7200 รายการ ซึ่งเชื่อมโยงกับรายการเมตาโบไลต์เหล่านี้ ในขณะที่ DrugBank มีข้อมูลเกี่ยวกับยา 6707 ชนิด และเป้าหมายยา เอนไซม์ ตัวขนส่ง และตัวพาที่ไม่ซ้ำกัน 4228 รายการT3DBมีสารพิษและมลพิษทางสิ่งแวดล้อมทั่วไปมากกว่า 2900 รายการ ชุดฐานข้อมูลนี้สมบูรณ์ด้วยSMPDBซึ่งมีแผนภาพเส้นทางสำหรับเส้นทางเมตาโบลิกและโรคของมนุษย์มากกว่า 350 เส้นทาง
MetaboAnalyst ถูกใช้โดยนักวิจัยมากกว่า 500,000 คนทั่วโลกตั้งแต่ปี 2018 ปัจจุบันมีการส่งงานมากกว่า 10,000 งานจากผู้ใช้มากกว่า 2,000 คนต่อวันทำงาน[ 15 ]
ดูเพิ่มเติม
- เว็บไซต์ MetaboAnalyst
- การวิเคราะห์การเสริมคุณค่าชุดเมตาโบไลต์
- เมทพีเอ
- เมตาโบโลม
- เมตาโบโลมิกส์