การตั้งชื่อตามวิวัฒนาการ (บางครั้งเรียกว่าการตั้งชื่อตามกลุ่มวิวัฒนาการ ) เป็นวิธีการตั้งชื่อสำหรับกลุ่มสิ่งมีชีวิตในทางชีววิทยาที่ใช้ คำจำกัดความ ตามวิวัฒนาการสำหรับชื่อกลุ่มสิ่งมีชีวิต การตั้งชื่อตามวิวัฒนาการจะกำหนดชื่อให้กับกลุ่มวิวัฒนาการซึ่งเป็นกลุ่มที่ประกอบด้วยบรรพบุรุษและลูกหลานทั้งหมดเท่านั้น ซึ่งแตกต่างจากวิธีการแบบดั้งเดิมที่กำหนดชื่อกลุ่มสิ่งมีชีวิตโดยใช้ตัวอย่างต้นแบบซึ่งอาจเป็นตัวอย่างหรือกลุ่มสิ่งมีชีวิตที่มีลำดับ ต่ำกว่า และคำอธิบายเป็นคำพูด^{[ 1 ]}ปัจจุบันการตั้งชื่อตามวิวัฒนาการถูกควบคุมโดยประมวลกฎหมายระหว่างประเทศว่าด้วยการตั้งชื่อตามวิวัฒนาการ ( PhyloCode )

การตั้งชื่อตามวิวัฒนาการเชื่อมโยงชื่อกับกลุ่มสายพันธุ์ซึ่งประกอบด้วยบรรพบุรุษและลูกหลานทั้งหมด กลุ่มดังกล่าวเรียกว่าโมโนฟิเลติกมีวิธีการระบุบรรพบุรุษที่แตกต่างกันเล็กน้อย ซึ่งจะกล่าวถึงต่อไป เมื่อระบุบรรพบุรุษแล้ว ความหมายของชื่อก็จะคงที่ กล่าวคือ บรรพบุรุษและสิ่งมีชีวิตทั้งหมดที่เป็นลูกหลานของมันจะถูกรวมอยู่ในกลุ่มอนุกรมวิธานที่ตั้งชื่อ การระบุสิ่งมีชีวิตทั้งหมดเหล่านี้ (เช่น การให้ขอบเขต ที่สมบูรณ์ ) จำเป็นต้องทราบแผนภูมิวิวัฒนาการที่สมบูรณ์ ในทางปฏิบัติ มักจะมีสมมติฐาน อย่างน้อยหนึ่งข้อ เกี่ยวกับความสัมพันธ์ที่ถูกต้อง สมมติฐานที่แตกต่างกันส่งผลให้สิ่งมีชีวิตที่แตกต่างกันถูกคิดว่ารวมอยู่ในกลุ่มอนุกรมวิธานที่ตั้งชื่อ แต่การนำไปใช้กับชื่อในบริบทของวิวัฒนาการต่างๆ โดยทั่วไปยังคงไม่คลุมเครือ ข้อยกเว้นที่เป็นไปได้เกิดขึ้นสำหรับคำจำกัดความตามลักษณะเฉพาะ เมื่อการปรับให้เหมาะสมของลักษณะเฉพาะที่กำหนดนั้นคลุมเครือ^{[ 2 ]}

สิ่งเดียวที่จำเป็นในการระบุกลุ่มสายพันธุ์คือการระบุบรรพบุรุษ มีหลายวิธีในการทำเช่นนี้ โดยทั่วไปแล้วบรรพบุรุษจะถูกระบุโดยความสัมพันธ์กับตัวระบุ สองตัวขึ้นไป (ชนิดพันธุ์ ตัวอย่าง หรือลักษณะ) ที่กล่าวถึงอย่างชัดเจน แผนภาพแสดงวิธีการทั่วไปสามวิธีในการทำเช่นนี้ สำหรับกลุ่มสายพันธุ์ A, B และ C ที่กำหนดไว้ก่อนหน้านี้ กลุ่มสายพันธุ์ X สามารถกำหนดได้ดังนี้:

• นิยามแบบอิงตามโหนดอาจเขียนได้ว่า: " บรรพบุรุษร่วมสุดท้ายของ A และ B และลูกหลานทั้งหมดของบรรพบุรุษนั้น" ดังนั้น สายทั้งหมดที่อยู่ต่ำกว่าจุดเชื่อมต่อของ A และ B จึงไม่ได้อยู่ในกลุ่มสายพันธุ์ที่ชื่อตามนิยามนี้อ้างถึงกลุ่มมงกุฎเป็นกลุ่มแบบอิงตามโหนดประเภทหนึ่ง โดยที่ A และ B เป็นสิ่งมีชีวิตที่ยังมีชีวิตอยู่ (extant)

ตัวอย่าง: ไดโนเสาร์ ซอโรพอดประกอบด้วยบรรพบุรุษร่วมสุดท้ายของวัลคาโนดอน (A) และอะพาโทซอรัส (B) ^{[ 3 ]}และลูกหลานทั้งหมดของบรรพบุรุษนั้น บรรพบุรุษนี้เป็นซอโรพอดตัวแรก C อาจรวมถึงไดโนเสาร์อื่นๆ เช่นสเตโกซอรัส

• นิยามแบบกิ่งก้านสาขาซึ่งมักเรียกว่านิยามแบบลำต้นอาจกล่าวได้ว่า " บรรพบุรุษ ตัวแรกของ A ที่ไม่ใช่บรรพบุรุษของ C และลูกหลานทั้งหมดของบรรพบุรุษนั้น" ดังนั้น เส้นทั้งหมดที่อยู่ต่ำกว่าจุดเชื่อมต่อของ A และ B (ยกเว้นจุดล่างสุด) จึงเป็นของกลุ่มที่ชื่อตามนิยามนี้อ้างถึง กลุ่มแพนกรุ๊ปหรือกลุ่มทั้งหมดเป็นกลุ่มแบบกิ่งก้านสาขาประเภทหนึ่ง โดยที่ A และ C เป็นกลุ่มสิ่งมีชีวิตที่ยังมีชีวิตอยู่ (extant)

ตัวอย่าง (รวมถึงกลุ่มทั้งหมด): สัตว์ฟันแทะประกอบด้วยบรรพบุรุษตัวแรกของหนูบ้าน (A) ซึ่งไม่ใช่บรรพบุรุษของกระต่ายป่าตะวันออก (C) รวมทั้งลูกหลานทั้งหมดของบรรพบุรุษนั้น ในที่นี้ บรรพบุรุษของ A (แต่ไม่ใช่ C) คือสัตว์ฟันแทะตัวแรกสุด B คือลูกหลานอื่น ๆ ของสัตว์ฟันแทะตัวแรกนั้น อาจจะเป็นกระรอกแดง

• นิยามที่อิงตามลักษณะเฉพาะ (apomorphy)อาจกล่าวได้ว่า: "บรรพบุรุษตัวแรกของ A ที่มีลักษณะ M ซึ่งสืทอดโดย A และลูกหลานทั้งหมดของบรรพบุรุษนั้น" ในแผนภาพ ลักษณะ M พัฒนาขึ้นที่จุดตัดของเส้นแนวนอนกับแผนภูมิวิวัฒนาการ ดังนั้น กลุ่มสายพันธุ์ (clade) ที่ชื่อตามนิยามนี้อ้างถึงจึงประกอบด้วยส่วนของเส้นที่อยู่ต่ำกว่าบรรพบุรุษร่วมสุดท้ายของ A และ B ซึ่งสอดคล้องกับบรรพบุรุษที่มีลักษณะเฉพาะ M ส่วนล่างของเส้นถูกตัดออกไป ไม่จำเป็นว่า B จะต้องมีลักษณะ M ด้วย ลักษณะนั้นอาจหายไปในสายพันธุ์ที่นำไปสู่ ​​B ก็ได้

ตัวอย่าง: สัตว์สี่ขาประกอบด้วยบรรพบุรุษแรกของมนุษย์ (A) ซึ่งมนุษย์ได้รับสืบทอดแขนขาที่มีนิ้วมือหรือนิ้วเท้า (M) มาจากบรรพบุรุษนี้ และลูกหลานทั้งหมดของบรรพบุรุษนั้น ลูกหลานเหล่านี้รวมถึงงู (B) ซึ่งไม่มีแขนขา

มีทางเลือกอื่นอีกหลายอย่างในPhyloCode [ ^{4 ]} (ดูด้านล่าง ) แม้ว่าจะไม่มีความพยายามที่จะทำให้ครอบคลุมทุกทางเลือก ^{ก็ตาม}

ระบบการตั้งชื่อตามวิวัฒนาการช่วยให้สามารถใช้ได้ไม่เพียงแต่ความสัมพันธ์ ทางบรรพบุรุษเท่านั้น แต่ยังรวมถึงคุณสมบัติของการดำรงอยู่ด้วยตัวอย่างเช่น หนึ่งในหลายวิธีในการระบุ กลุ่มนกยุคใหม่ ( Neornithes ) คือ:

กลุ่มนีออร์นิเธส (Neornithes) ประกอบด้วยบรรพบุรุษร่วมสุดท้ายของ สมาชิก ที่ยังมีชีวิตอยู่ของกลุ่มที่ครอบคลุมมากที่สุด ซึ่งรวมถึงนกกระตั้วคาคาตัวกาเลริตา(Cacatua galerita)แต่ไม่รวมไดโนเสาร์สเตโกซอรัส อาร์มาทัส (Stegosaurus armatus)ตลอดจนลูกหลานทั้งหมดของบรรพบุรุษนั้น

Neornithes เป็นกลุ่มวิวัฒนาการระดับสูง (crown clade ) ซึ่งหมายถึงกลุ่มวิวัฒนาการที่บรรพบุรุษร่วมสุดท้ายของสมาชิกที่ยังมีชีวิตอยู่ในปัจจุบัน เป็นบรรพบุรุษร่วมสุดท้ายของสมาชิก ทั้งหมด ในกลุ่มนั้นด้วย

• โหนดมงกุฎ : บรรพบุรุษร่วมที่ใกล้ที่สุดของสายพันธุ์ที่สุ่มตัวอย่างในกลุ่มสายพันธุ์ที่สนใจ
• โหนดต้นกำเนิด : บรรพบุรุษร่วมที่ใกล้ที่สุดของกลุ่มสายพันธุ์ที่สนใจและกลุ่มสายพันธุ์พี่น้องของมัน

สำหรับPhyloCodeเฉพาะกลุ่มสายพันธุ์เท่านั้นที่สามารถรับ "คำจำกัดความทางวิวัฒนาการ" ได้ และข้อจำกัดนี้ได้รับการปฏิบัติตามในบทความนี้ อย่างไรก็ตาม ยังสามารถสร้างคำจำกัดความสำหรับชื่อของกลุ่มอื่นๆ ที่เป็นวิวัฒนาการในแง่ที่ว่าใช้ความสัมพันธ์บรรพบุรุษตามชนิดหรือตัวอย่างเท่านั้น^{[ 5 ]}ตัวอย่างเช่น สมมติว่า Mammalia และ Aves (นก) ถูกกำหนดในลักษณะนี้ Amniotes สามารถถูกกำหนดให้เป็น "บรรพบุรุษร่วมที่ใกล้ที่สุดของ Mammalia และ Aves และลูกหลานทั้งหมด ยกเว้น Mammalia และ Aves" นี่เป็นตัวอย่างของ กลุ่ม พาราไฟเลติกกลุ่มสายพันธุ์ที่ลบกลุ่มสายพันธุ์ย่อยหนึ่งกลุ่มขึ้นไป ชื่อของ กลุ่มโพลี ไฟเลติกซึ่งมีลักษณะเฉพาะที่วิวัฒนาการแบบลู่เข้าในสองกลุ่มย่อยขึ้นไป สามารถกำหนดได้ในทำนองเดียวกันเป็นผลรวมของกลุ่มสายพันธุ์หลายกลุ่ม^{[ 5 ]}

การใช้หลักเกณฑ์การตั้งชื่อ แบบดั้งเดิม เช่นหลักเกณฑ์การตั้งชื่อทางสัตววิทยาสากลและหลักเกณฑ์การตั้งชื่อสาหร่าย เชื้อรา และพืชสากลนั้นกลุ่มสิ่งมีชีวิตที่ไม่เกี่ยวข้องกับลำดับชั้น อย่างชัดเจน จะไม่สามารถตั้งชื่ออย่างเป็นทางการได้ เนื่องจาก1การตั้งชื่อให้กับกลุ่มสิ่งมีชีวิตนั้นขึ้นอยู่กับทั้งชนิดต้นแบบและลำดับชั้น ตัวอย่างเช่น วงศ์ Hominidae ใช้สกุล Homo เป็นชนิดต้นแบบ ลำดับชั้น (วงศ์) ของมันระบุโดยคำต่อท้าย -idae (ดูรายละเอียดเพิ่มเติมด้านล่าง) ข้อกำหนดเรื่องลำดับชั้นเป็นความแตกต่างที่สำคัญระหว่างการตั้งชื่อแบบดั้งเดิมและการตั้งชื่อตามวิวัฒนาการ ซึ่งมีผลกระทบหลายประการ ได้แก่ จำกัดจำนวนระดับการซ้อนกันที่สามารถใช้ชื่อได้ ทำให้ส่วนท้ายของชื่อเปลี่ยนไปหากกลุ่มนั้นมีการเปลี่ยนลำดับชั้น แม้ว่าจะมีสมาชิกเหมือนกันทุกประการ (เช่นขอบเขต เดียวกัน ) และไม่สอดคล้องกับตรรกะที่ว่ากลุ่มสิ่งมีชีวิตทั้งหมดเป็นกลุ่มโมโนฟิเลติก

รหัสปัจจุบันมีกฎที่ระบุว่าชื่อต้องมีคำต่อท้ายที่แน่นอนขึ้นอยู่กับลำดับชั้นของกลุ่มอนุกรมวิธานที่นำไปใช้ เมื่อกลุ่มมีลำดับชั้นที่แตกต่างกันในการจำแนกประเภทที่แตกต่างกัน ชื่อของกลุ่มนั้นจะต้องมีคำต่อท้ายที่แตกต่างกัน Ereshefsky (1997:512) ^{[ 6 ]}ได้ยกตัวอย่าง เขาตั้งข้อสังเกตว่า Simpson ในปี 1963 และ Wiley ในปี 1981 เห็นพ้องกันว่ากลุ่มสกุลเดียวกัน ซึ่งรวมถึงสกุลHomoควรถูกจัดไว้ด้วยกันในกลุ่มอนุกรมวิธาน Simpson ถือว่ากลุ่มอนุกรมวิธานนี้เป็นวงศ์ และจึงตั้งชื่อว่า "Hominidae": "Homin-" มาจาก "Homo" และ "-idae" เป็นคำต่อท้ายสำหรับวงศ์โดยใช้รหัสทางสัตววิทยา Wiley พิจารณาว่ามันอยู่ในระดับ "เผ่า" และจึงตั้งชื่อว่า "Hominini" โดย "-ini" เป็นคำต่อท้ายสำหรับเผ่า เผ่า Hominini ของ Wiley เป็นเพียงส่วนหนึ่งของวงศ์ที่เขาเรียกว่า "Hominidae" ดังนั้น การใช้หลักเกณฑ์ทางสัตววิทยา ทำให้กลุ่มสิ่งมีชีวิตสองกลุ่มที่มีขอบเขตจำแนกเหมือนกันทุกประการ กลับได้รับชื่อที่แตกต่างกัน (เช่น Hominidae ของ Simpson และ Hominini ของ Wiley) และกลุ่มสิ่งมีชีวิตสองกลุ่มที่มีชื่อเดียวกัน กลับมีขอบเขตจำแนกที่แตกต่างกัน (เช่น Hominidae ของ Simpson และ Hominidae ของ Wiley)

โดยเฉพาะอย่างยิ่งในช่วงไม่กี่ทศวรรษที่ผ่านมา (เนื่องจากความก้าวหน้าในด้านพันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ ) นักอนุกรมวิธานได้ตั้งชื่ออนุกรมวิธานแบบ "ซ้อนกัน" จำนวนมาก (เช่น อนุกรมวิธานที่อยู่ภายในอนุกรมวิธานอื่น) ไม่มีระบบการตั้งชื่อใดที่พยายามตั้งชื่อทุกกลุ่มวิวัฒนาการ เพราะจะเป็นเรื่องยากมากหากใช้ระบบการตั้งชื่อแบบดั้งเดิม เนื่องจากอนุกรมวิธานทุกชื่อจะต้องมีลำดับชั้นต่ำกว่าอนุกรมวิธานที่มีชื่อซึ่งซ้อนอยู่ภายใน ดังนั้นจำนวนชื่อที่สามารถกำหนดให้กับชุดอนุกรมวิธานแบบซ้อนกันจึงไม่สามารถมากกว่าจำนวนลำดับชั้นที่ได้รับการยอมรับโดยทั่วไป Gauthier et al. (1988) ^{[ 7 ]} แนะนำว่า หาก Reptilia ได้รับการกำหนดลำดับชั้นแบบดั้งเดิมเป็น "ชั้น" แล้ว การจัดจำแนกทางวิวัฒนาการจะต้องกำหนดลำดับชั้นเป็นสกุลให้กับ Aves ^{[ 6 ]}ในการจัดจำแนกดังกล่าว นกที่มีชีวิตอยู่และสูญพันธุ์ไปแล้วประมาณ 12,000 ชนิดที่รู้จักทั้งหมดจะต้องถูกรวมเข้าไว้ในสกุลนี้

มีการเสนอแนวทางแก้ไขต่างๆ มากมายในขณะที่ยังคงใช้รหัสการตั้งชื่อตามลำดับชั้น Patterson และ Rosen (1977) ^{[ 8 ]}เสนอลำดับชั้นใหม่ 9 ลำดับระหว่างวงศ์และวงศ์ใหญ่เพื่อให้สามารถจำแนกกลุ่มของปลาเฮอริ่งได้ และ McKenna และ Bell (1997) ^{[ 9 ]}ได้แนะนำลำดับชั้นใหม่จำนวนมากเพื่อรับมือกับความหลากหลายของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม ซึ่งยังไม่ได้รับการนำไปใช้อย่างกว้างขวาง สำหรับพฤกษศาสตร์กลุ่ม Angiosperm Phylogeny Group ซึ่งรับผิดชอบการจำแนกประเภท พืชดอกที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในปัจจุบันได้เลือกวิธีการที่แตกต่างออกไป พวกเขายังคงรักษาลำดับชั้นดั้งเดิมของวงศ์และอันดับ โดยพิจารณาว่ามีคุณค่าสำหรับการสอนและการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างกลุ่มอนุกรมวิธาน แต่ยังได้แนะนำกลุ่มที่มีชื่อโดยไม่มีลำดับชั้นอย่างเป็นทางการ^{[ 10 ]}

สำหรับการตั้งชื่อทางวิวัฒนาการ ลำดับชั้นไม่มีผลต่อการสะกดชื่ออนุกรมวิธาน (ดูเช่น Gauthier (1994) ^{[ 11 ]}และPhyloCode ) อย่างไรก็ตาม ลำดับชั้นไม่ได้ถูกห้ามโดยสิ้นเชิงสำหรับการตั้งชื่อทางวิวัฒนาการ เพียงแต่แยกออกจากการตั้งชื่อเท่านั้น กล่าวคือ ไม่ส่งผลต่อชื่อที่สามารถใช้ได้ อนุกรมวิธานใดที่เกี่ยวข้องกับชื่อใด และชื่อใดสามารถอ้างถึงอนุกรมวิธานที่ซ้อนกันได้^{[ 12 ] [ 13 ] [ 14 ]}

หลักการของการตั้งชื่อตามลำดับชั้นแบบดั้งเดิมนั้นไม่สอดคล้องกับตรรกะที่ว่าสิ่งมีชีวิตทุกชนิดจะต้องเป็นกลุ่มโมโนฟิเลติกอย่างเคร่งครัด^{[ 12 ] [ 15 ]}สิ่งมีชีวิตทุกชนิดจะต้องอยู่ในสกุลตัวอย่างเช่น จะต้องมีสกุลสำหรับบรรพบุรุษร่วมกันของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมและนกทุกตัว เพื่อให้สกุลดังกล่าวเป็นกลุ่มโมโนฟิเลติก จะต้องรวมทั้งชั้น Mammalia และชั้น Aves ด้วย อย่างไรก็ตาม สำหรับการตั้งชื่อตามลำดับชั้น ชั้นจะต้องรวมสกุล ไม่ใช่ในทางกลับกัน

ความขัดแย้งระหว่างการตั้งชื่อตามวิวัฒนาการและการตั้งชื่อแบบดั้งเดิมแสดงถึงความคิดเห็นที่แตกต่างกันเกี่ยวกับอภิปรัชญาและญาณวิทยาของอนุกรมวิธาน สำหรับผู้สนับสนุนการตั้งชื่อตามวิวัฒนาการ อนุกรมวิธานถือเป็นหน่วยเฉพาะบุคคล หน่วยที่อาจได้รับและสูญเสียคุณลักษณะเมื่อเวลาผ่านไป^{[ 16 ]}เช่นเดียวกับที่คนๆ หนึ่งไม่กลายเป็นคนอื่นเมื่อคุณสมบัติของเขาหรือเธอเปลี่ยนแปลงไปตามการเจริญเติบโต ความชรา หรือการเปลี่ยนแปลงที่รุนแรงกว่า เช่น ภาวะความจำเสื่อม การสูญเสียแขนขา หรือการเปลี่ยนเพศ อนุกรมวิธานก็ยังคงเป็นหน่วยเดิมไม่ว่าจะได้รับหรือสูญเสียลักษณะใดก็ตาม^{[ 17 ]} เมื่อพิจารณาจากข้ออ้างทางอภิปรัชญาเกี่ยวกับหน่วยที่ไม่สามารถสังเกตได้ซึ่งผู้สนับสนุนการตั้งชื่อตามวิวัฒนาการได้กล่าวไว้ นักวิจารณ์จึงเรียกวิธีการของพวกเขาว่าลัทธิสาระสำคัญแห่งต้นกำเนิด^{[ 18 ] [ 19 ]}

สำหรับสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิด จะต้องมีบางสิ่งบางอย่างที่เชื่อมโยงช่วงเวลาต่างๆ เข้าด้วยกัน ซึ่งทำให้มันยังคงเป็นสิ่งมีชีวิตชนิดเดียวกัน สำหรับบุคคล ความต่อเนื่องของร่างกายในมิติเวลาและพื้นที่เป็นความต่อเนื่องเชิงแนวคิดที่เกี่ยวข้อง ตั้งแต่วัยทารกจนถึงวัยชรา ร่างกายจะดำเนินไปตามเส้นทางที่ต่อเนื่องในโลก และความต่อเนื่องนี้เอง ไม่ใช่ลักษณะเฉพาะของสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิด ที่เชื่อมโยงทารกกับผู้สูงอายุ^{[ 20 ]}นี่คล้ายกับปัญหาทางปรัชญาที่รู้จักกันดีของเรือของเธเซอุสสำหรับกลุ่มสิ่งมีชีวิต หากลักษณะเฉพาะไม่เกี่ยวข้อง ก็จะมีเพียงความสัมพันธ์ทางบรรพบุรุษเท่านั้นที่เชื่อมโยงผีเสื้อRhyniognatha hirsti ในยุคดีโวเนียน กับผีเสื้อโมนาร์ช ในปัจจุบัน ในฐานะตัวแทนที่แยกจากกัน 400 ล้านปีของกลุ่มสิ่งมีชีวิต Insecta ^{[ 17 ]}ความคิดเห็นที่คัดค้านตั้งคำถามถึงข้อสมมติฐานของตรรกะดังกล่าว และโต้แย้งจากมุมมองทางญาณวิทยาว่า สมาชิกของกลุ่มอนุกรมวิธานสามารถระบุได้เฉพาะในเชิงประจักษ์บนพื้นฐานของลักษณะที่สังเกตได้ และสมมติฐานเกี่ยวกับบรรพบุรุษร่วมกันเป็นผลมาจากระบบอนุกรมวิธานเชิงทฤษฎี ไม่ใช่ข้อสมมติฐานเบื้องต้น หากไม่มีลักษณะใดที่ทำให้นักวิทยาศาสตร์สามารถระบุฟอสซิลว่าเป็นของกลุ่มอนุกรมวิธานได้ มันก็เป็นเพียงก้อนหินที่ไม่สามารถจัดประเภทได้^{[ 21 ]}

หากบรรพบุรุษเพียงพอสำหรับการดำรงอยู่ของกลุ่มสิ่งมีชีวิต กลุ่มลูกหลานทั้งหมดของสมาชิกในกลุ่มนั้นก็จะถูกรวมอยู่ในกลุ่มนั้นด้วย ดังนั้นกลุ่มสิ่งมีชีวิตที่แท้จริงทั้งหมดจึงเป็นกลุ่มโมโนฟิเลติก ชื่อของกลุ่มพาราฟิเลติกจึงไม่สมควรได้รับการยอมรับอย่างเป็นทางการ เนื่องจาก " Pelycosauria " หมายถึงกลุ่มพาราฟิเลติกที่รวมถึงสัตว์มีกระดูกสันหลังสี่ขาในยุคเพอร์เมียนบางชนิด แต่ไม่รวมลูกหลานที่ยังมีชีวิตอยู่ จึงไม่สามารถยอมรับได้ว่าเป็นชื่อกลุ่มสิ่งมีชีวิตที่ถูกต้อง อีกครั้งหนึ่ง แม้ว่าจะไม่เห็นด้วยกับแนวคิดที่ว่าควรตั้งชื่อเฉพาะกลุ่มโมโนฟิเลติกเท่านั้น นักอนุกรมวิธานเชิงประจักษ์โต้แย้งแนวคิดเรื่องบรรพบุรุษนี้โดยชี้ให้เห็นว่าเพลิโคซอรัสได้รับการยอมรับว่าเป็นกลุ่มพาราฟิเลติกก็เพราะพวกมันแสดงให้เห็นถึงลักษณะร่วมที่บ่งชี้ว่าบางชนิดมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมมากกว่าเพลิโคซอรัสชนิดอื่น การดำรงอยู่ของซากดึกดำบรรพ์และสถานะของมันในฐานะกลุ่มสิ่งมีชีวิตนั้นไม่ใช่ประเด็นเดียวกัน กลุ่มโมโนฟิเลติกสมควรได้รับความสนใจและการตั้งชื่อเนื่องจากมีคุณสมบัติร่วมกันที่น่าสนใจ — ซินาโพมอร์ฟี — ซึ่งเป็นหลักฐานที่ช่วยให้สามารถอนุมานบรรพบุรุษร่วมกันได้^{[ 22 ]}

การตั้งชื่อเชิงวิวัฒนาการเป็นการขยายความหมายของการยอมรับโดยทั่วไปของแนวคิดเรื่องการแตกแขนงในระหว่างวิวัฒนาการ ซึ่งแสดงให้เห็นในแผนภาพของฌอง-แบปติสต์ ลามาร์คและนักเขียนรุ่นหลัง เช่นชาร์ลส์ ดาร์วินและเอิร์นส์ เฮคเคล [ ^{24 ] [ 25 ] ใน}ปี พ.ศ. 2409 เฮคเคลได้สร้างแผนภาพความสัมพันธ์เดียวของสิ่งมีชีวิตทั้งหมดเป็นครั้งแรก โดยอิงตามการจำแนกสิ่งมีชีวิตที่มีอยู่ซึ่งเป็นที่ยอมรับในขณะนั้น การจำแนกประเภทนี้อิงตามลำดับชั้น แต่ไม่ได้รวมถึงกลุ่มสิ่งมีชีวิตที่เฮคเคลพิจารณาว่าเป็นกลุ่มพหุวงศ์ในแผนภาพนี้ เฮคเคลได้แนะนำลำดับชั้น ของ ไฟลัมซึ่งมีความหมายแฝงถึงความเป็นกลุ่มเดียวในชื่อ (ความหมายตามตัวอักษรคือ "ลำต้น")

นับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา มีการถกเถียงกันว่าควรใช้ความเข้าใจเกี่ยวกับวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิตเป็นพื้นฐานในการจำแนกประเภทอย่างไรและในขอบเขตใด โดยมีหลายความคิดเห็น เช่น "อนุกรมวิธานเชิงตัวเลข" ( phenetics ) " อนุกรมวิธานเชิงวิวัฒนาการ " (gradistics) และ "ระบบอนุกรมวิธานเชิงวิวัฒนาการ" ตั้งแต่ทศวรรษ 1960 เป็นต้นมา มีการเสนอการจำแนกประเภทแบบไม่มีลำดับชั้นบ้างเป็นครั้งคราว แต่โดยทั่วไปแล้ว หลักการและภาษาทั่วไปของการตั้งชื่อแบบดั้งเดิมถูกนำมาใช้โดยทั้งสามสำนักคิด

อย่างไรก็ตาม หลักการพื้นฐานส่วนใหญ่ของระบบการตั้งชื่อตามวิวัฒนาการ (การขาดลำดับชั้นบังคับ และสิ่งที่ใกล้เคียงกับคำจำกัดความตามวิวัฒนาการ) สามารถสืบย้อนไปได้ถึงปี 1916 เมื่อ Edwin Goodrich ^{[ 26 ]}ตีความชื่อSauropsidaซึ่งกำหนดไว้เมื่อ 40 ปีก่อนหน้านั้นโดยThomas Henry Huxleyให้รวมถึงนก ( Aves ) เช่นเดียวกับส่วนหนึ่งของReptiliaและคิดค้นชื่อใหม่Theropsidaเพื่อรวมถึงสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมเช่นเดียวกับอีกส่วนหนึ่งของ Reptilia เนื่องจากกลุ่มอนุกรมวิธานเหล่านี้แยกออกจากระบบการตั้งชื่อทางสัตววิทยาแบบดั้งเดิม Goodrich จึงไม่ได้เน้นลำดับชั้น แต่เขาได้กล่าวถึงลักษณะเฉพาะที่จำเป็นในการจำแนกและจัดประเภทฟอสซิลที่อยู่ในกลุ่มต่างๆ อย่างชัดเจน ตัวอย่างเช่น ในส่วนของกระดูกฝ่าเท้าชิ้นที่ห้าของขาหลัง เขากล่าวว่า "ข้อเท็จจริงสนับสนุนมุมมองของเรา เพราะสัตว์เลื้อยคลานยุคแรกเหล่านี้มีกระดูกฝ่าเท้าปกติเหมือนกับบรรพบุรุษที่เป็นสัตว์สะเทินน้ำสะเทินบก ดังนั้นจึงเห็นได้ชัดว่าเรามีลักษณะเฉพาะที่สำคัญที่จะช่วยให้เราตัดสินใจได้ว่าสายพันธุ์ใดอยู่ในสายวิวัฒนาการของเทรอปซิดันหรือซอรอปซิดัน" กู๊ดริชสรุปบทความของเขาว่า "การมีลักษณะเหล่านี้แสดงให้เห็นว่าสัตว์เลื้อยคลานที่ยังมีชีวิตอยู่ทั้งหมดอยู่ในกลุ่มซอรอปซิดัน ในขณะที่โครงสร้างของเท้าช่วยให้เราสามารถกำหนดความสัมพันธ์ของสกุลฟอสซิลที่ไม่รู้จักอย่างสมบูรณ์หลายสกุล และสรุปได้ว่ามีเพียงอันดับที่สูญพันธุ์ไปแล้วบางอันดับเท่านั้นที่อยู่ในสาขาเทรอปซิดัน" กู๊ดริชแสดงความคิดเห็นว่าควรละทิ้งชื่อ Reptilia เมื่อทราบถึงวิวัฒนาการของสัตว์เลื้อยคลานดีขึ้นแล้ว

หลักการที่ว่าควรตั้งชื่อ เฉพาะ กลุ่มสายพันธุ์ อย่างเป็นทางการเท่านั้น ได้รับความนิยมในหมู่นักวิจัยบางกลุ่มในช่วงครึ่งหลังของศตวรรษที่ 20 หลักการนี้แพร่หลายไปพร้อมกับวิธีการค้นหากลุ่มสายพันธุ์ ( cladistics ) และเป็นส่วนสำคัญของระบบอนุกรมวิธานเชิงวิวัฒนาการ (ดูข้างต้น) ในขณะเดียวกัน ก็ปรากฏชัดว่าลำดับชั้นบังคับที่เป็นส่วนหนึ่งของระบบการตั้งชื่อแบบดั้งเดิมก่อให้เกิดปัญหา ผู้เขียนบางคนเสนอให้ละทิ้งลำดับชั้นเหล่านั้นทั้งหมด โดยเริ่มจากการที่Willi Hennigละทิ้ง^{[ 27 ]}ข้อเสนอเดิมของเขาในการกำหนดลำดับชั้นเป็นชั้นอายุทางธรณีวิทยา^{[ 28 ] [ 29 ]}

การใช้ระบบการตั้งชื่อทางวิวัฒนาการครั้งแรกในสิ่งพิมพ์สามารถย้อนไปได้ถึงปี 1986 ^{[ 30 ]}บทความเชิงทฤษฎีที่สรุปหลักการของระบบการตั้งชื่อทางวิวัฒนาการ ตลอดจนสิ่งพิมพ์เพิ่มเติมที่มีการประยุกต์ใช้ระบบการตั้งชื่อทางวิวัฒนาการ (ส่วนใหญ่กับสัตว์มีกระดูกสันหลัง) ตามมาในไม่ช้า (ดูส่วนวรรณกรรม)

เพื่อพยายามหลีกเลี่ยงการแตกแยกในหมู่ชุมชนอนุกรมวิธาน “ Gauthierเสนอให้สมาชิกสองคนของICZNใช้ชื่ออนุกรมวิธานอย่างเป็นทางการที่ควบคุมโดยรหัสทางสัตววิทยาเฉพาะกับกลุ่มสายพันธุ์ (อย่างน้อยสำหรับอนุกรมวิธานระดับเหนือชนิด) และละทิ้งลำดับชั้นของ Linnean แต่สมาชิกทั้งสองคนนี้ปฏิเสธความคิดเหล่านี้ทันที” ^{[ 31 ]}หลักการของชื่อในระบบการตั้งชื่อแบบดั้งเดิมนั้นขึ้นอยู่กับตัวอย่างต้นแบบเป็นหลัก และการกำหนดขอบเขตของกลุ่มถือเป็นทางเลือกทางอนุกรมวิธานที่นักอนุกรมวิธานที่ทำงานในกลุ่มเฉพาะนั้นๆ เลือก มากกว่าจะเป็นการตัดสินใจด้านการตั้งชื่อที่ทำขึ้นตามกฎเกณฑ์เบื้องต้นของรหัสการตั้งชื่อ [ ^{32 ] ความ}ปรารถนาที่จะรวมขอบเขตทางอนุกรมวิธานไว้ในคำจำกัดความของการตั้งชื่อทำให้ Kevin de Queiroz และนักพฤกษศาสตร์ Philip Cantino เริ่มร่างรหัสการตั้งชื่อของตนเองPhyloCodeเพื่อควบคุมการตั้งชื่อทางวิวัฒนาการ

งานบุกเบิกของWilli Hennig ก่อให้เกิดข้อโต้แย้ง ^{[ 33 ]}เกี่ยวกับคุณค่าสัมพัทธ์ของระบบการตั้งชื่อตามวิวัฒนาการเทียบกับระบบอนุกรมวิธานแบบลินเนียส หรือวิธีการอนุกรมวิธานเชิงวิวัฒนาการ ที่เกี่ยวข้อง ซึ่งยังคงดำเนินต่อไปจนถึงปัจจุบัน^{[ 34 ]}ข้อโต้แย้งบางประการที่นักอนุกรมวิธานแบบคลาดิสต์มีส่วนร่วมนั้นเกิดขึ้นมาตั้งแต่ศตวรรษที่ 19 ^{[ 35 ]}ในขณะที่ Hennig ยืนยันว่าแผนการจำแนกประเภทที่แตกต่างกันนั้นมีประโยชน์สำหรับวัตถุประสงค์ที่แตกต่างกัน^{[ 36 ]}เขาให้ความสำคัญกับระบบของตนเอง โดยอ้างว่าหมวดหมู่ในระบบของเขามี "ความเป็นเอกลักษณ์และความเป็นจริง" ตรงกันข้ามกับ "นามธรรมที่ไร้กาลเวลา" ของการจำแนกประเภทตามความคล้ายคลึงโดยรวม^{[ 37 ]}

กล่าวกันว่าการจำแนกประเภทอย่างเป็นทางการโดยอาศัยเหตุผลเชิงคลาดิสม์นั้นเน้นที่บรรพบุรุษมากกว่าลักษณะเชิงพรรณนา ถึงกระนั้น นักอนุกรมวิธานส่วนใหญ่ในปัจจุบันก็หลีกเลี่ยงกลุ่มพาราไฟเลติกเมื่อใดก็ตามที่พวกเขาคิดว่าเป็นไปได้ภายในอนุกรมวิธานแบบลินเนียน กลุ่มอนุกรมวิธานแบบโพลีไฟเลติกนั้นไม่เป็นที่นิยมมานานแล้ว นักคลาดิสม์หลายคนอ้างว่าหลักเกณฑ์การตั้งชื่อทางสัตววิทยาและพฤกษศาสตร์แบบดั้งเดิมนั้นเข้ากันได้อย่างสมบูรณ์กับวิธีการเชิงคลาดิสม์ และไม่จำเป็นต้องคิดค้นระบบชื่อใหม่ที่ใช้งานได้ดีมาเป็นเวลา 250 ปีแล้ว^{[ 38 ] [ 39 ] [ 40 ]}แต่คนอื่นๆ โต้แย้งว่าระบบนี้ไม่มีประสิทธิภาพเท่าที่ควร และถึงเวลาแล้วที่จะนำหลักการตั้งชื่อที่แสดงถึงวิวัฒนาการที่แตกต่างกันมาใช้เป็นกลไกที่อธิบายความหลากหลายทางชีวภาพที่รู้จักกันส่วนใหญ่^{[ 41 ] [ 42 ]}อันที่จริง มีการเรียกร้องให้ปฏิรูปการตั้งชื่อทางชีววิทยาแม้กระทั่งก่อนที่จะมีการพัฒนาการตั้งชื่อเชิงไฟโลเจเนติก^{[ 43 ]}

ICPN หรือPhyloCodeคือหลักเกณฑ์และข้อแนะนำสำหรับการตั้งชื่อทางวิวัฒนาการของสิ่งมี ชีวิต

• ICPN ควบคุมเฉพาะ ชื่อ กลุ่มสาย พันธุ์เท่านั้น ชื่อสปีชีส์ นั้นอาศัยหลักเกณฑ์ของประมวลกฎหมายการตั้งชื่อแบบ ดั้งเดิม
• หลักการลำดับความสำคัญ (หรือ "ความได้เปรียบ") ถูกนำมาใช้กับชื่อและคำจำกัดความภายใน ICPN โดยจุดเริ่มต้นของลำดับความสำคัญคือวันที่ 30 เมษายน 2563
• คำจำกัดความของชื่อที่มีอยู่แล้ว และชื่อใหม่พร้อมคำจำกัดความ จะต้องได้รับการตีพิมพ์ใน งานวิจัย ที่ผ่านการตรวจสอบโดยผู้ทรงคุณวุฒิ (ในหรือหลังวันที่เริ่มต้น) และต้องลงทะเบียนในฐานข้อมูลออนไลน์จึงจะมีผลบังคับใช้ได้

จำนวนผู้สนับสนุนการนำPhyloCode มาใช้ในวงกว้าง ยังคงมีน้อย และยังไม่แน่ชัดว่าจะมีการปฏิบัติตามอย่างกว้างขวางเพียงใด

เอกสารบางฉบับที่ไม่ได้ระบุไว้ในรายการอ้างอิงได้ถูกนำมาอ้างอิงไว้ในที่นี้ รายชื่อเอกสารทั้งหมดเกี่ยวกับการตั้งชื่อทางวิวัฒนาการสามารถดูได้ที่เว็บไซต์ของสมาคมระหว่างประเทศเพื่อการตั้งชื่อทางวิวัฒนาการ (International Society for Phylogenetic Nomenclature )

• Bryant, Harold N. (1994). "ความคิดเห็นเกี่ยวกับนิยามเชิงวิวัฒนาการของชื่ออนุกรมวิธานและธรรมเนียมปฏิบัติเกี่ยวกับการตั้งชื่อกลุ่มวิวัฒนาการหลัก" Syst. Biol . 43 : 124–129 . doi : 10.1093/sysbio/43.1.124 .
• Cantino, Philip D.; Olmstead, Richard G. (2008). "การประยุกต์ใช้ชื่อที่กำหนดตามวิวัฒนาการไม่จำเป็นต้องมีตัวระบุทุกตัวอยู่ในแผนภูมิวิวัฒนาการ" Syst. Biol . 57 (1): 157– 160. doi : 10.1080/10635150701883873 . PMID  18300028 .
• เดอ เคย์รอซ, เควิน (1992). นิยามเชิงวิวัฒนาการและปรัชญาอนุกรมวิธาน. ชีววิทยาเชิงปรัชญา7 :295–313.
• Gauthier, Jacques A., Arnold G. Kluge และ Timothy Rowe (1988). วิวัฒนาการช่วงต้นของแอมนิโอตา หน้า 103–155 ใน Michael J. Benton (บรรณาธิการ): วิวัฒนาการและจำแนกประเภทของสัตว์มีกระดูกสันหลังสี่ขา เล่ม 1: สัตว์สะเทินน้ำสะเทินบก สัตว์เลื้อยคลาน และนก Syst. Ass. Spec. Vol. 35A . Clarendon Press, Oxford.
• Gauthier, Jacques, David Cannatella, Kevin de Queiroz, Arnold G. Kluge และ Timothy Rowe (1989). วิวัฒนาการของสัตว์มีกระดูกสันหลังสี่ขา หน้า 337–353 ใน B. Fernholm, K. Bremer และ H. Jörnvall (บรรณาธิการ): ลำดับชั้นของสิ่งมีชีวิต Elsevier Science BV (แผนกชีวการแพทย์), นิวยอร์ก
• Ghiselin, MT (1984). "คำจำกัดความ," "ลักษณะ," และคำศัพท์ที่มีความหมายกำกวมอื่นๆ" Syst. Zool . 33 (1): 104– 110. doi : 10.2307/2413135 . JSTOR  2413135 .
• Keesey, T. Michael (2007). "แนวทางทางคณิตศาสตร์ในการกำหนดชื่อกลุ่มสายพันธุ์ พร้อมการประยุกต์ใช้ที่เป็นไปได้ในการจัดเก็บและประมวลผลข้อมูลด้วยคอมพิวเตอร์" Zool. Scr. 36 (6): 607– 621. doi : 10.1111/j.1463-6409.2007.00302.x . S2CID  83862527 .
• ลอริน, มิเชล (2005) ข้อดีของระบบการตั้งชื่อสายวิวัฒนาการเหนือระบบการตั้งชื่อของ Linnean หน้า 67–97 ใน A. Minelli, G. Ortalli และ G. Sanga (บรรณาธิการ): ชื่อสัตว์ . Instituto Veneto di Scienze, เลตเตอร์เร เอ็ด อาร์ติ; เวนิส
• Lee, Michael SY (2005). "การเลือกกลุ่มอ้างอิงในการตั้งชื่อทางวิวัฒนาการ" Zool. Scr. 34 (3): 329– 331. doi : 10.1111/j.1463-6409.2005.00196.x . S2CID  86329828 .
• Rowe, Timothy (1987). "คำจำกัดความและการวินิจฉัยในระบบวิวัฒนาการ" Syst. Zool . 36 (2): 208– 211. doi : 10.2307/2413270 . JSTOR  2413270 .
• Rowe, Timothy; Gauthier, Jacques (1992). "บรรพบุรุษ บรรพชีวินวิทยา และนิยามของชื่อ Mammalia". Syst. Biol . 41 (3): 372– 378. doi : 10.1093/sysbio/41.3.372 . S2CID  86132781 .
• เซเรโน, พอล ซี. (1998) "เหตุผลสำหรับคำจำกัดความสายวิวัฒนาการพร้อมการประยุกต์ใช้กับอนุกรมวิธานระดับสูงกว่าของ Dinosauria" Neues Jahrbuch für Geologie และ Paläontologie - Abhandlungen . 210 : 41– 83. ดอย : 10.1127/njgpa/210/1998/41 .
• Sereno, Paul C. (1999). "คำจำกัดความในอนุกรมวิธานเชิงวิวัฒนาการ: การวิจารณ์และเหตุผล". Syst. Biol . 48 (2): 329– 351. doi : 10.1080/106351599260328 . PMID  12066711 .
• Sereno, Paul C. (2005). "พื้นฐานเชิงตรรกะของอนุกรมวิธานเชิงวิวัฒนาการ" . Syst. Biol . 54 (4): 595– 619. doi : 10.1080/106351591007453 . PMID  16109704 .
• Taylor, Michael P. (2007). "คำจำกัดความทางวิวัฒนาการในยุคก่อน PhyloCode; ผลกระทบต่อการตั้งชื่อกลุ่มสายพันธุ์ภายใต้ PhyloCode" PaleoBios . 27 : 1– 6.
• Wilkinson, Mark (2006). "การระบุกลุ่มอ้างอิงที่เสถียรสำหรับการตั้งชื่อทางวิวัฒนาการ" Zool. Scr. 35 : 109– 112. doi : 10.1111/j.1463-6409.2005.00213.x . S2CID  85702468 .
• Wyss, AR; Meng, J. (1996). "การประยุกต์ใช้อนุกรมวิธานเชิงวิวัฒนาการกับกลุ่มสายพันธุ์ที่มีความละเอียดต่ำ: คำจำกัดความของ Rodentia ที่อิงตามโหนดที่ปรับเปลี่ยนลำต้น" Syst. Biol . 45 (4): 559– 568. doi : 10.1093/sysbio/45.4.559 .