เปงงิรัน มูฮัมหมัด อาลี ได้รับการแต่งตั้งเป็นครูผู้ช่วยที่โรงเรียนมาเลย์กัวลาเบไลต์ ก่อนที่จะเป็นครูใหญ่ของโรงเรียนมาเลย์เซงกูรงในปี 1941 ^{[ 4 ]}เมื่อกลับบ้าน เขาได้ดำรงตำแหน่งครูอาวุโสตั้งแต่ปี 1939 ถึง 1943 และเป็นสมาชิกผู้ก่อตั้งของ PGGMB ซึ่งจดทะเบียนในปี 1939 แต่ไม่นานก็ถูกขัดขวางโดยการรุกรานของญี่ปุ่นหลังสงคราม เขาไม่ได้มีส่วนร่วมในกิจกรรมของบาริซัน เปมูดาในปี 1953 เขาได้รับการแต่งตั้งเป็นสมาชิกของTujuh Serangkaiซึ่งเป็นคณะกรรมการที่ปรึกษารัฐธรรมนูญ^{[ 10 ]}ในปีต่อมา ในฐานะครู เขาได้รับเลือกให้เป็นผู้สังเกตการณ์ในสภาแห่งรัฐโดยเป็นตัวแทนของเขตบรูไน-มัวรา บทบาทของเขาคือการรับฟังการอภิปรายและรายงานกลับไปยังสภาที่ปรึกษาเขต (DAC) โดยมีโอกาสพูดอย่างจำกัด เว้นแต่จะได้รับอนุญาตจากสุลต่านโอมาร์ อาลี ไซฟุดดินที่ 3 และผู้แทนอังกฤษ^{[ 11 ]}ตั้งแต่เดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2497 จนถึงเดือนมกราคม พ.ศ. 2490 เขาได้เข้าร่วมสภาแห่งรัฐในฐานะนี้^{[ 12 ]}

ในช่วงเวลานี้ เปงงิรัน มูฮัมหมัด อาลี กลายเป็นนักวิจารณ์รัฐบาลอย่างเปิดเผย โดยใช้ตำแหน่งของตนในการท้าทายนโยบายในสภาแห่งรัฐ^{[ 13 ]}ระหว่างปี 1954 ถึง 1955 เขาเป็นหนึ่งในครูผู้มีบทบาทสำคัญที่ได้รับเลือกให้เป็นผู้สังเกตการณ์ในสภาแห่งรัฐที่ขยายใหญ่ขึ้น ซึ่งตั้งคำถามและวิพากษ์วิจารณ์การบริหารงานของอังกฤษมากขึ้นเรื่อยๆ^{[ 3 ]}ร่วมกับบุคคลสำคัญอย่างมาร์ซาล เขามีบทบาทสำคัญในการเปลี่ยนสภาให้เป็นเวทีสำหรับการอภิปราย ซึ่งทำให้เจ้าหน้าที่อังกฤษรู้สึกไม่พอใจ ในปี 1954 เขาได้เข้าร่วมทัศนศึกษามาลายาเป็นเวลาสองสัปดาห์ ซึ่งคณะกรรมการได้ตรวจสอบการปกครอง เรื่องรัฐธรรมนูญ กิจการศาสนา และการพัฒนา เขาจำได้ว่าได้รับคำแนะนำจากคู่หูชาวมาเลย์ ซึ่งเน้นย้ำถึงความสำคัญของการรักษาบรูไนไว้ในฐานะรัฐสุลต่านอิสลามมาเลย์ เพื่อปกป้องจากอิทธิพลต่างชาติ^{[ 14 ]}

ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2499 แอนโทนี อาเบลล์ ได้สั่งการให้ เดนนิส ไวท์ผู้แทนอังกฤษที่กำลังจะเข้ามาควบคุมอิทธิพลของเปงงิรัน มูฮัมหมัด อาลี และมาร์ซาล ที่มีต่อสุลต่าน^{[ 15 ]}ถึงกระนั้น ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2490 ถึง พ.ศ. 2492 เปงงิรัน มูฮัมหมัด อาลี ยังคงเป็นสมาชิกที่ไม่เป็นทางการของสภาแห่งรัฐ ขณะเดียวกันก็ดำรงตำแหน่งผู้ตรวจการโรงเรียนชาวมาเลย์ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2490 ถึง พ.ศ. 2491 ^{[ 10 ]}ในช่วงเวลานี้ เขาได้รับการแต่งตั้งเป็นประธานคณะกรรมการนโยบายการศึกษาแห่งชาติในปี พ.ศ. 2490 หลังจากบทบาทของเขาในฐานะผู้ประสานงานโครงการอาหารกลางวันโรงเรียนในปี พ.ศ. 2499 ^{[ 4 ]}ในปี พ.ศ. 2491 ในฐานะประธาน DAC บรูไน-มัวรา เขาได้กล่าวว่าเขาจะส่งข้อเสนอของสุลต่านในการแต่งตั้งหัวหน้าคณะรัฐมนตรีและยกเลิกผู้แทนอังกฤษกลับไปยังสมาชิกสภาเพื่อหารือ^{[ 16 ]}ในปีเดียวกันนั้น เขาเป็นส่วนหนึ่งของคณะผู้แทนบรูไนไปลอนดอนเพื่อ การเจรจารัฐธรรมนูญ ซึ่งรวมถึง Omar Ali Saifuddien และสมาชิกชาวมาเลย์คนสำคัญอื่นๆ ของสภาแห่งรัฐ พวกเขาได้รับคำแนะนำจากPanglima Bukit GantangและNeil Lawsonทนายความผู้มีบทบาทในการเจรจารัฐธรรมนูญของมาลายา^{[ 17 ]}

เปงงิรัน มูฮัมหมัด อาลี มีบทบาทสำคัญในการอภิปรายรัฐธรรมนูญ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในวันที่ 9 เมษายน พ.ศ. 2491 เมื่อเขาชี้แจงในการประชุมสภาแห่งรัฐว่าสุลต่านจะปฏิบัติตามคำแนะนำก็ต่อเมื่อเขาเห็นว่าเป็นประโยชน์ต่อรัฐเท่านั้น ซึ่งแตกต่างจากข้อตกลงในปี พ.ศ. 2448/2449 ที่กำหนดให้ต้องปฏิบัติตามคำแนะนำของผู้แทนอังกฤษ^{[ 18 ]}ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2491 เขาได้ร่วมกับมาร์ซัลและอับดุล ฮาปิดซ์ เสนอให้บรูไนถอนตัวจากการประชุมระหว่างดินแดน โดยให้เหตุผลว่าการประชุมดังกล่าวไม่มีประโยชน์ที่ชัดเจนต่อรัฐ แม้ว่าโอมาร์ อาลี ไซฟุดเดียนจะไม่ได้ตัดสินใจในทันที แต่การเข้าร่วมการประชุมของบรูไนก็สิ้นสุดลงในไม่ช้า^{[ 19 ]}ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2491 รายงานของ ER Bevington ซึ่งได้รับการรับรองโดย Abell กล่าวโทษ Pengiran Muhammad Ali, Marsal และ Pengiran Yusuf ว่าเป็นต้นเหตุของปัญหาทางการเมืองในบรูไน โดยกล่าวหาว่าพวกเขาครอบงำการอภิปรายของสภาแห่งรัฐ มีอิทธิพลต่อ Omar Ali Saifuddien และผลักดันให้มีการแก้ไขรัฐธรรมนูญ^{[ 20 ]}ก่อนหน้านี้ ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2491 Pengiran Muhammad Ali พร้อมด้วย Pengiran Yusuf และ Marsal ได้รับการแต่งตั้งจากสภาแห่งรัฐให้ตรวจสอบร่างข้อตกลงระหว่างบรูไนและสหราชอาณาจักร โดยยืนยันให้มีการอภิปรายอย่างอิสระก่อนที่จะนำเสนอร่างฉบับแก้ไขให้สหราชอาณาจักรพิจารณา^{[ 21 ]}หลังจากนั้น เขาได้รับการเลื่อนตำแหน่งเป็นหัวหน้าผู้ตรวจการโรงเรียนเมื่อวันที่ 11 สิงหาคม พ.ศ. 2491 ^{[ 3 ]}

ในปี พ.ศ. 2492 เปงงิรัน มูฮัมหมัด อาลี เดินทางไปลอนดอนในฐานะส่วนหนึ่งของคณะผู้แทนรัฐธรรมนูญของสุลต่าน^{[ 10 ]}และเข้าร่วมการประชุมลอนดอนในวันที่ 23 มีนาคม ซึ่งการอภิปรายมุ่งเน้นไปที่การจัดเตรียมรัฐธรรมนูญในอนาคตของบรูไน เขาเข้าร่วมการประชุมเต็มคณะ 6 ครั้งพร้อมกับเจ้าหน้าที่อาวุโส เช่น หัวหน้าคณะรัฐมนตรีอิบราฮิม โมฮัมหมัด จาห์ฟาร์ จอมพล และที่ปรึกษาด้านกฎหมาย^{[ 22 ]}ต่อมาในปีนั้น เขาเป็นพยานในการมอบและลงนามในรัฐธรรมนูญของบรูไนที่ลาเปาในวันที่ 29 กันยายน^{[ 23 ] [ 24 ]}หลังจากการรับรองรัฐธรรมนูญปี พ.ศ. 2492 เขาได้รับการแต่งตั้งให้เป็นหัวหน้าสภาศาสนาอิสลามแห่งบรูไนชั่วคราว^{[ 12 ]}ตั้งแต่เดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2492 ถึงเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2505 เขาทำหน้าที่เป็นสมาชิกที่ไม่เป็นทางการของทั้งสภานิติบัญญัติและสภาบริหาร^{[ 10 ]}

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2503 เขามีส่วนเกี่ยวข้องกับการประท้วงของสมาชิกสภานิติบัญญัติที่ไม่เป็นทางการจำนวน 16 คน หลังจากที่ข้อเสนอของพวกเขาถูกปฏิเสธโดยโอมาร์ อาลี ไซฟุดดีน สมาชิกเหล่านั้นประท้วงว่ามติที่ผ่านโดยสภาต้องได้รับการอนุมัติจากสุลต่านก่อนจึงจะดำเนินการได้ ซึ่งพวกเขาเชื่อว่าเป็นการบั่นทอนอำนาจของพวกเขา วิกฤตการณ์ดังกล่าวได้รับการแก้ไขในภายหลังเมื่อโอมาร์ อาลี ไซฟุดดีน พบกับสมาชิกเหล่านั้นเป็นการส่วนตัว และเพื่อลดความตึงเครียด เพงกีรัน มูฮัมหมัด อาลี ได้รับการเลื่อนตำแหน่งจากครูใหญ่โรงเรียนเป็นเจ้าหน้าที่กิจการศาสนาของรัฐ^{[ 25 ]}

ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2504 ถึงสิงหาคม พ.ศ. 2505 เปงงิรัน มูฮัมหมัด อาลี ดำรงตำแหน่งเจ้าหน้าที่กิจการศาสนาของรัฐ^{[ 10 ]}ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2504 เปงงิรัน มูฮัมหมัด อาลี ได้เข้าร่วมคณะผู้แทนไปยังกัวลาลัมเปอร์เพื่อแก้ไขความตึงเครียดด้านบุคลากรกับรัฐบาลมาลายา โอมาร์ อาลี ไซฟุดเดียน ซึ่งไม่เต็มใจที่จะขอให้เจ้าหน้าที่มาลายากลับมา ได้จัดหาเจ้าหน้าที่ทดแทนผ่านการเจรจา หลังจากนั้น เขายังคงดำรงตำแหน่งหัวหน้ากิจการศาสนา ในขณะที่มาร์ซาลได้รับการเลื่อนตำแหน่งเป็นหัวหน้าคณะรัฐมนตรีรักษาการ และเปงงิรัน ยูซุฟ กลายเป็นรองเลขาธิการแห่งรัฐ อาเบลล์มองว่าทั้งสามคนเป็นชาตินิยมตัวยงที่เคยต่อต้านอิทธิพลของอังกฤษในบรูไนมาก่อน^{[ 26 ]}เมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม สภาที่ปรึกษาถาวรด้านการป้องกันประเทศ ซึ่งมีสุลต่านเป็นประธาน ได้ประชุมเพื่อหารือเกี่ยวกับความมั่นคงภายใน เนื่องจากอิบราฮิมลาป่วย โอมาร์ อาลี ไซฟุดเดียน จึงแต่งตั้งที่ปรึกษาที่ใกล้ชิดที่สุดของเขา รวมถึงมาร์ซาลและเปงงิรัน มูฮัมหมัด อาลี ให้เข้าร่วมสภา พวกเขาหารือเกี่ยวกับความเป็นไปได้ที่จะเกิดการละเมิดกฎหมายและความสงบเรียบร้อย และอนุญาตให้หัวหน้าตำรวจขอความช่วยเหลือจากซาราวักและบอร์เนียวเหนือพร้อมทั้งระดมกำลังเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยของแหล่งน้ำมัน^{[ 27 ]}

ในช่วงปลายเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2504 ขณะที่โอมาร์ อาลี ไซฟุดเดียน เริ่มตีตัวออกห่างจากอิทธิพลของมาลายัน เขาหันไปหาที่ปรึกษาดั้งเดิมของเขา ซึ่งรวมถึงเปงงิรัน มูฮัมหมัด อาลี มาร์ซาล และเปงงิรัน ยูซุฟ ซึ่งเชื่อกันว่าสนับสนุนนโยบายโดดเดี่ยว^{[ 28 ]}แม้จะมีข้อจำกัดทางรัฐธรรมนูญและสนธิสัญญา สุลต่านก็ประกาศสนับสนุนแผนมาเลเซียในเดือนพฤศจิกายนโดยไม่ปรึกษาสภาบริหาร โดยอาศัยคำแนะนำจากเปงงิรัน มูฮัมหมัด อาลี และคนอื่นๆ^{[ 29 ]} ในเดือนธันวาคม เขาเข้าร่วมการประชุม คณะกรรมการที่ปรึกษาความสามัคคีมาเลเซีย (MSCC) ครั้งที่สอง ใน กูชิงในฐานะผู้สังเกตการณ์และลงนามในบันทึกข้อตกลงฉบับสุดท้าย ซึ่งแสดงให้เห็นถึงการสนับสนุนเบื้องต้นของบรูไนต่อมาเลเซีย ในสุนทรพจน์ของเขา เขาได้วิพากษ์วิจารณ์การต่อต้านแผนดังกล่าวว่าเป็นสิ่งที่ไม่สร้างสรรค์ และตั้งคำถามว่าสหพันธ์บอร์เนียวเหนือจะรักษาอำนาจอธิปไตยของสุลต่านหรือได้รับการยอมรับจากซาราวักและบอร์เนียวเหนือหรือไม่ ซึ่งสะท้อนให้เห็นถึงความกังวลของบรูไนเกี่ยวกับบทบาทของตนในสหพันธ์ที่เสนอ^{[ 30 ]}

ในการประชุม MSCC ครั้งสุดท้ายที่สิงคโปร์เมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2505 แผนมาเลเซียได้รับการเห็นชอบโดยมีการคุ้มครองดินแดนบอร์เนียว บันทึกข้อความที่ลงนามโดยผู้แทนทั้งหมด รวมถึงผู้แทนจากบรูไน ได้ถูกส่งไปยังคณะกรรมการคอบโบลด์คณะผู้แทนบรูไนประกอบด้วย เพงิรัน ยูซุฟ เพงิรัน มูฮัมหมัด อาลี จามิล ลิม เฉิง ชูและที่ปรึกษาอับดุล อาซิส ไซน์ [ ^{31 ] ใน}เดือนมีนาคม ขณะที่เพงิรัน มูฮัมหมัด อาลี และยูซุฟ สนับสนุนแผนอย่างเปิดเผยและลงนามในบันทึกข้อความ MSCC อับดุล อาซิส แจ้งไวท์ว่ามาร์ซัลและอิบราฮิมกำลังลังเลในการสนับสนุน^{[ 32 ]}ตั้งแต่เดือนมีนาคมถึงกันยายน อาลีดำรงตำแหน่งประธานสภานิติบัญญัติชั่วคราว^{[ 9 ]}เมื่อวันที่ 23 กันยายน โอมาร์ อาลี ไซฟุดเดียน ได้แต่งตั้งเขาเป็นรองหัวหน้าคณะรัฐมนตรี พร้อมกับการยืนยันตำแหน่งของมาร์ซาลในฐานะหัวหน้าคณะรัฐมนตรีอีกครั้ง เพื่อเสริมสร้างความแข็งแกร่งให้กับรัฐบาลก่อนที่ สมาชิก พรรคประชาชนบรูไน (PRB) จะเข้าร่วมสภา^{[ 33 ]}สองวันต่อมา เขาได้เข้าร่วมคณะผู้แทนบรูไนที่นำโดยมาร์ซาลเพื่อเจรจาเบื้องต้นกับรัฐบาลมาลายาในกรุงกัวลาลัมเปอร์^{[ 34 ]}

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2505 โอมาร์ อาลี ไซฟุดเดียน แสดงความเห็นเชิงบวกต่อข้อเสนอของมาเลเซีย โดยเรียกข้อเสนอนี้ว่า "น่าสนใจมาก" เนื่องจากความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดกันในด้านศาสนา เชื้อชาติ ขนบธรรมเนียม และวัฒนธรรมระหว่างรัฐต่างๆ ของมาเลเซีย การตัดสินใจครั้งนี้ได้รับอิทธิพลจากอัยการสูงสุดคน ใหม่ อับดุล อาซิซ และได้รับการสนับสนุนจากมาร์ซัล เพงิรัน ยูซุฟ และเพงิรัน มูฮัมหมัด อาลี ผู้นำเหล่านี้ได้ช่วยทำความสะอาดรัฐบาล โดยมาร์ซัลและเพงิรัน ยูซุฟ ได้เคลียร์เอกสารที่ค้างอยู่ 600 ฉบับ และผ่านกฎหมายสำคัญ เช่น พระราชบัญญัติสัญชาติ ในระหว่างการประชุมงบประมาณของสภานิติบัญญัติ^{[ 35 ]}หลังจากการกบฏในปี พ.ศ. 2505สุลต่านได้ส่งเพงิรัน มูฮัมหมัด อาลี และจามิล ไปยังกัวลาลัมเปอร์เพื่อหารือเบื้องต้นเกี่ยวกับเงื่อนไขของบรูไนในการเข้าร่วมสหพันธรัฐมาเลเซีย ที่เสนอ อย่างไรก็ตาม ในระหว่างการเจรจาในปี พ.ศ. 2506 โอมาร์ อาลี ไซฟุดเดียน ได้แสวงหามาตรการป้องกัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งเกี่ยวกับการควบคุมรายได้จากน้ำมัน ซึ่งนำไปสู่การล้มเหลวในการเจรจา ในที่สุดบรูไนก็เลือกที่จะไม่เข้าร่วมสหพันธ์ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2506 และยังคงเป็นรัฐที่อยู่ภายใต้การคุ้มครองของอังกฤษจนกระทั่งได้รับเอกราช อย่างสมบูรณ์ ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2527 ^{[ 36 ]}

ในช่วงปลายเดือนมีนาคม พ.ศ. 2506 รัฐบาลบรูไนมีความคืบหน้าอย่างมากในการตัดสินใจเกี่ยวกับมาเลเซีย โดยสภาที่ปรึกษาของสุลต่านส่วนใหญ่ลงคะแนนเห็นชอบข้อเสนอดังกล่าว อย่างไรก็ตาม ความตึงเครียดเกิดขึ้นระหว่างมาร์ซาลและเปงงิรัน มูฮัมหมัด อาลี โดยเฉพาะอย่างยิ่งเกี่ยวกับรายงานของคณะกรรมการมาเลเซีย มาร์ซาลวิพากษ์วิจารณ์เจ้าหน้าที่มาเลเซีย ทำให้ความสัมพันธ์ของเขากับพวกเขาย่ำแย่ลง ความขัดแย้งระหว่างมาร์ซาลและเปงงิรัน มูฮัมหมัด อาลี ได้รับการแก้ไขด้วยความช่วยเหลือของเปงงิรัน ยูซุฟ และมาร์ซาลพร้อมกับสมาชิกอีกคนหนึ่งได้เปลี่ยนการลงคะแนน ทำให้เหลือเพียงนูร์ อับดุล ราซัก ที่คัดค้านมาเลเซีย อัยการสูงสุดยังได้พยายามโน้มน้าวให้เอเอ็ม อาซาฮารีอนุมัติข้อเสนอดัง กล่าวด้วย ^{[ 37 ]}เขาได้ลงนามในข้อตกลงในนามของรัฐบาลสุลต่านกับ บริษัท คลาร์ก (บรูไน) ออยล์ แอนด์ รีไฟนิ่ง คอร์ปอเรชั่น จากมิลวอกีในพิธีที่จัดขึ้นภายในอาคารสำนักเลขาธิการ^{[ 38 ]}เขาลาออกในปี พ.ศ. 2508 เพื่อลงสมัครรับเลือกตั้งสภาเขต^{[ 39 ] [ 12 ]}และออกจากตำแหน่งรองหัวหน้าคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 18 กันยายน พ.ศ. 2508 หลังจากได้รับอนุญาตให้ลาพักร้อน 436 วัน^{[ 7 ]}

หลังจากออกจากการบริหารงาน เปงงิรัน มูฮัมหมัด อาลี เข้าสู่การเมือง แม้ว่าจะประสบความสำเร็จเพียงเล็กน้อย^{[ 7 ]}การมีส่วนร่วมของเขาไม่เป็นที่ต้อนรับของโอมาร์ อาลี ไซฟุดเดียน ผู้ซึ่งต้องการควบคุมรัฐบาลอย่างสมบูรณ์และปฏิเสธการแบ่งปันอำนาจทุกรูปแบบ โดยเลือกที่จะปกครองร่วมกับนักเทคโนโลยีพื้นเมืองรุ่นใหม่ที่ได้รับการศึกษาในต่างประเทศ โดยเฉพาะในสหราชอาณาจักร^{[ 40 ]}เขาได้รับเลือกตั้งเป็นครั้งแรกในสภาเขตบรูไน-มัวราในการเลือกตั้งซ่อมเมื่อวันที่ 23 ตุลาคม พ.ศ. 2508 ^{[ 41 ]}และในวันที่ 30 ตุลาคมหนังสือพิมพ์บอร์เนียว บุลเลทินเตือนว่าชัยชนะของเขาไม่ควรถูกมองโดยเชื้อพระวงศ์และเจ้าหน้าที่ระดับล่างว่าเป็นชัยชนะของระเบียบที่จัดตั้งขึ้น^{[ 42 ]}ในเดือนธันวาคมของปีเดียวกันนั้น เขาได้ก่อตั้งพรรคประชาชน (PAKAR) ^{[ 7 ]}ซึ่งได้รับการจดทะเบียนอย่างเป็นทางการในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2509 ในฐานะพรรคการเมืองที่จำกัดเฉพาะชาวมาเลย์และชนพื้นเมือง เขาเรียกร้องให้มีการแก้ไขรัฐธรรมนูญปี 1959 โดยให้เหตุผลว่ารัฐธรรมนูญดังกล่าวไม่เพียงพอสำหรับการจัดตั้งรัฐบาลรัฐสภาที่มีประสิทธิภาพ โดยมีวัตถุประสงค์หลักคือการรวมกลุ่มชาตินิยมของบรูไนให้เป็นหนึ่งเดียวเพื่อการปฏิรูปรัฐธรรมนูญ^{[ 41 ]}

เมื่อวันที่ 12 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2509 เปงงิรัน มูฮัมหมัด อาลี วิพากษ์วิจารณ์รัฐธรรมนูญ โดยระบุว่ารัฐธรรมนูญจะไม่นำไปสู่สิ่งใด และประชาชนจะไม่มีสิทธิออกเสียงเพียงพอในกิจการของรัฐ อย่างไรก็ตาม เมื่อวันที่ 26 กุมภาพันธ์ เขาถูกกล่าวหาว่าฉวยโอกาสทางการเมืองโดยอับดุล ลาติฟ ฮามิด เลขาธิการของ BARA ซึ่งโต้แย้งว่าเขาเพิ่งเห็นว่ารัฐธรรมนูญไม่เพียงพอในตอนนี้ และไม่ได้ทำอะไรเพื่อประชาชนเลยในขณะที่ดำรงตำแหน่งรองหัวหน้าคณะรัฐมนตรี เปงงิรัน มูฮัมหมัด อาลี ผู้รักชาติและนิยมสถาบันกษัตริย์ น่าจะเห็นโอกาสที่จะกลับมามีอำนาจอีกครั้งโดยการเข้ามาเติมเต็มช่องว่างทางการเมืองหลังจากที่เขาแตกแยกกับสุลต่าน^{[ 42 ]}ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2509 หลังจากได้รับการสนับสนุนอย่างแข็งแกร่ง PAKAR ได้เปิดตัวอย่างเป็นทางการในเมืองบรูไน^{[ 41 ]}

เมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม พ.ศ. 2509 เพงิรัน มูฮัมหมัด อาลี ได้ก่อตั้งและดำรงตำแหน่งประธานพรรคเอกราชประชาชนบรูไน (BAKER) หลังจากที่พรรค PAKAR รวมเข้ากับพรรค Barisan Rakyat Brunei (BARA) ต่อมาเขาลงสมัครรับเลือกตั้งซ่อมสองครั้งในเขตเทมบูรงแต่ไม่ประสบความสำเร็จทั้งสองครั้ง โดยแพ้ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2511 และอีกครั้งในเดือนเมษายน พ.ศ. 2512 ด้วยความผิดหวังจากความท้าทายทางการเมือง เพงิรัน มูฮัมหมัด อาลี จึงหันมาสนใจธุรกิจ^{[ 7 ] [ 39 ]}ประมาณปี พ.ศ. 2539 เขาดำรงตำแหน่งประธานบริษัท Swee Sendirian Berhad ^{[ 43 ]}

เมื่อวันที่ 19 เมษายน พ.ศ. 2518 เปงกิรัน มูฮัมหมัด อาลีได้รับเกียรติจากสุลต่านฮัสซานัล โบลเกียห์ ด้วยตำแหน่งเชเตเรียเป็น เปงกิรัน เปเกร์มา เซเตีย ดิราจา ซาฮิบุล บันดาร์ซึ่งมีรูปแบบเป็น หยาง อมัท มูเลีย^{[ 7 ]}

เขาได้รับรางวัลดังต่อไปนี้: ^{[ 9 ] [ 7 ]}

• โทโคห์ กูรู เบอร์บักติ (1994)
• ปิงกัต กูรู เบอร์จาซา
• จาสวรรค์ อูกามา เนการา บรูไนดารุสซาลาม (8 พฤษภาคม 2540)

Pengiran Muhammad Ali ได้รับเกียรติดังต่อไปนี้: ^{[ 9 ]}

• เครื่องราชอิสริยาภรณ์ปาดูกา เสรี ไลลา จาสะชั้นหนึ่ง (PSLJ; 10 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2519) – ดาโต๊ะ ปาดูกา เสรี ไลลา จาซา^{[ 48 ]}
• เครื่องราชอิสริยาภรณ์เสรีปาดูกา มาห์โกตา บรูไนชั้นหนึ่ง (SPMB; 23 กันยายน พ.ศ. 2506) – ดาโต เสรี ปาดูกา^{[ 49 ]}
• เครื่องราชอิสริยาภรณ์เสรีปาดูกา มาห์โกตา บรูไน ชั้น 3 (SMB; 23 กันยายน พ.ศ. 2501) ^{[ 50 ] [ 51 ]}
• เครื่องราชอิสริยาภรณ์เซเตีย เนการา บรูไนชั้นสอง (DSNB; 24 พฤศจิกายน พ.ศ. 2503) – ดาโต เซเตีย^{[ 52 ]}
• เหรียญสุลต่านฮัสซานัล โบลเกียห์ (PHBS; 1975)
• เหรียญโอมาร์ อาลี ไซฟุดดิน (POAS; 1961)
• เหรียญบริการ Meritorius (PJK; 23 กันยายน 2502) ^{[ 53 ]}
• เหรียญเชิดชูเกียรติการรับราชการยาวนาน (PKL; 1956)

• Pengiran Pekerma Setia Diraja Sahibul Bandar Primary School เป็นโรงเรียนในกัมปง เปอร์ปินดาฮัน มาตา-มาตา^{[ 54 ]}