ริโอค1
เซรีน/ทรีโอนีน-โปรตีนไคเนส RIO1เป็นเอนไซม์ที่ในมนุษย์ถูกเข้ารหัสโดยยีนRIOK1 [ 5 ]
RIOK1 เป็นโปรตีน ที่ผิดปกติ ซึ่งมีอยู่ในอาร์เคียและยูคาริโอต ส่วนใหญ่ จัดอยู่ในกลุ่มโปรตีนไคเนสเฉพาะเซริน/ทรีโอนีน[ 6 ] [ 7 ]
มีการศึกษาอย่างเข้มข้นเพื่อทำความเข้าใจการเจริญเติบโตที่ส่งเสริมบนหน่วยย่อยไรโบโซมขนาดเล็ก (SSU) มีการเสนอแนะว่าการแสดงออกมากเกินไปหรือการกลายพันธุ์ของยีน RIOK 1 อาจทำให้เกิดการควบคุมเครือข่ายผิดพลาด (ในสัตว์หลายเซลล์ - เครือข่ายการส่งสัญญาณขนาดใหญ่ในระดับโปรตีนและยีน ซึ่งกระตุ้นหรือจำกัดการเจริญเติบโตและการแบ่งตัวเพื่อตอบสนองต่อความพร้อมของสารอาหาร) พบสิ่งนี้ในเซลล์มะเร็ง ปฐมภูมิ และอาจมีส่วนทำให้เกิดการเริ่มต้นและการลุกลามของมะเร็ง[ 8 ]
ลักษณะเฉพาะ
RIOK 1 มีน้ำหนักโมเลกุล 65,583 ดาลตัน จุดไอโซอิเล็กทริกพื้นฐาน 5.84 (ทำนาย pI สำหรับ สถานะ ฟอสโฟรีเลชัน ต่างๆ ; pI สำหรับสถานะที่ไม่มีฟอสโฟรีเลชัน = 5.84) และตำแหน่งโครโมโซมของมนุษย์แบบดั้งเดิม 6p24.3 ( 6:7,389,496-7,418,037 )
ผลกระทบของ PTM
ผลกระทบต่อโปรตีนที่ถูกดัดแปลง - การย่อยสลายโปรตีน ซึ่งถูกกระตุ้นโดยK411-m1 ; การทำให้โปรตีนคงตัว ซึ่งถูกกระตุ้นโดย T410-p ; การเติมยูบิควิติน ซึ่งถูกกระตุ้นโดย K411-m1
ผลกระทบต่อความก้าวหน้าทางชีวภาพ - การเจริญเติบโตของเซลล์ถูกยับยั้งและกระตุ้นโดย K411-m1 [ 9 ]
ผลกระทบของการกลายพันธุ์เชิงทดลองของกรดอะมิโน หนึ่งตัวหรือมากกว่า นั้นต่อคุณสมบัติทางชีวภาพของโปรตีน เมื่อมีการเปลี่ยนแปลงกรดอะมิโน เราจะรายงานการเปลี่ยนแปลง ชื่อของตัวกลายพันธุ์ (ถ้าทราบ) และผลกระทบของการกลายพันธุ์ต่อโปรตีนเซลล์หรือสิ่งมีชีวิต ทั้งหมด ตัวอย่างเช่นQ1LCS4 , P04395 , Q38914
เมื่อการกลายพันธุ์เกี่ยวข้องกับการกลายพันธุ์แบบจุดหลายจุด เราจะเพิ่มชุดการกลายพันธุ์ที่แน่นอน (ตำแหน่งและการดัดแปลงกรดอะมิโน) ตัวอย่างเช่น P62166 , O14776 [ 10 ]
การกลายพันธุ์ (D324A) ใน RIOK1 ทำให้กิจกรรมการฟอสโฟรีเลชันอัตโนมัติหายไป เพิ่มการเชื่อมโยงกับซับยูนิตไรโบโซม pre-40S และยับยั้งการประมวลผลของ pre-rRNA 18S-E ไปเป็น rRNA 18S ที่สมบูรณ์[ 11 ]
การอนุรักษ์
เมื่อพิจารณาการจัดเรียงลำดับหลายลำดับ (จัดเรียงโดยใช้ Clustal Omega) จะสามารถเปรียบเทียบสารตกค้างที่ดัดแปลงในกรอบสีแดงจาก RIOK 1 ที่แตกต่างกัน 3 ชนิด ได้แก่ มนุษย์หนูและหนูแรต[ 9 ]
การทำงาน
สารกดภูมิคุ้มกัน
แม้ว่าหน้าที่ของ RIOK1 ยังไม่ชัดเจน แต่ก็มีการค้นพบว่าการขาดโปรตีนนี้ทำให้เกิดความต้านทานต่อแบคทีเรียชนิดหนึ่งที่เรียกว่าAeromonasซึ่งแสดงให้เห็นว่ามีหน้าที่เป็นตัวยับยั้งภูมิคุ้มกัน[ 12 ]
วงจรป้อนกลับเป็นแบบจำลองที่ RIOK1 ช่วยยับยั้งระบบภูมิคุ้มกันของเราต่อแบคทีเรียโดยผ่านทาง p38 MAPK และ SKN-1 การมีอยู่ ของจุลินทรีย์จะกระตุ้นวิถี p38 MAPK ทำให้ความเข้มข้นของ SKN-1 เพิ่มขึ้น ซึ่งในที่สุดจะผลิต RIOK1 ในปริมาณที่จำเป็นเพื่อหยุดวิถีนี้

การเจริญเติบโตของ RNA
นอกจากนี้ RIOK1 ยังมีบทบาทที่เป็นไปได้ในการเผาผลาญของหน่วยย่อยไรโบโซม 40S โดยเฉพาะอย่างยิ่งเรารู้ว่ามันเกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตของหน่วยย่อยไรโบโซม 40S และจำเป็นสำหรับการรีไซเคิลของ PNO1 และ NOB1 ซึ่งทั้งสองเป็นโปรตีนที่จับกับ RNA จากสารตั้งต้น 40S [ 11 ]
การจับโปรตีน
นอกจากนี้ ฟังก์ชันการจับโปรตีนของ RIOK1 ยังโดดเด่นกว่าโปรตีนอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับกิจกรรมเดียวกัน ตัวอย่างเช่น ในการจับของPRMT5ซึ่ง RIOK1 และ PICln มีส่วนเกี่ยวข้อง แสดงให้เห็นว่า RIOK1 เป็นอะแดปเตอร์ทั่วไปมากกว่า PICln RIOK1 ยังมีปฏิสัมพันธ์กับNCLผ่านทางปลาย C ของมัน ซึ่งกำหนดเป้าหมายNCLสำหรับการเมทิลเลชัน ของ PRMT5 [ 13 ] RioK1 จับกับร่องตื้นของ โดเมน TIM barrelของPRMT5ผ่านลำดับ N-terminal VPGQFDDAD (สารตกค้าง 12–20) [ 14 ] [ 15 ]ลำดับกรดอะมิโนที่จับกันนี้ถูกใช้เป็นพื้นฐานสำหรับการสังเคราะห์สาร ยับยั้งแบบ มาโครไซคลิกของปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนกับโปรตีนระหว่างPRMT5และโปรตีนอะแดปเตอร์ของมัน[ 16 ]
รายการฟังก์ชันและกระบวนการหลักของ RIOK1
แหล่งที่มา: [ 17 ]
ฟังก์ชัน
- การจับกับ ATP
- กิจกรรมไฮโดรเลส
- การจับไอออนโลหะ
- การจับโปรตีน
- กิจกรรมของโปรตีนเซอรีน/เคโรโทนีนไคเนส
กระบวนการที่เกี่ยวข้อง
- การเจริญเติบโตของSSUU-rRNA
- การควบคุมเชิงบวกของการประมวลผล rRNA
- การฟอสฟอริเลชันของโปรตีน
- กระบวนการสร้างหน่วยย่อยขนาดเล็กของไรโบโซม
ที่ตั้งและโครงสร้าง
RIOK1 เป็นส่วนประกอบเพียงส่วนเดียวของ คอมเพล็กซ์ PRMT5ที่อยู่ในไซโตพลาสซึม เท่านั้น [ 13 ]
การแสดงออกของเนื้อเยื่อ
โปรตีนไคเนส RIO1 มีการแสดงออกสูงสุดในอัณฑะ นอกจากนี้ RNA ที่เข้ารหัสโปรตีนนี้มีความเฉพาะเจาะจงต่อเนื้อเยื่อต่ำ เนื่องจากตรวจพบได้ในเนื้อเยื่อทุกชนิด แต่ส่วนใหญ่พบในต่อมใต้สมอง อัณฑะ กล้ามเนื้อโครงร่าง ต่อมไทมัส และเซลล์ NK ( การแสดงออกของ RIOK1 ในเนื้อเยื่อ )
ลำดับและโครงสร้างหลัก
ยีน RIOK1 มีทรานสคริปต์ที่แตกต่างกัน 5 แบบ[ 5 ]แต่มีเพียงทรานสคริปต์แบบที่ 1 ( mRNA ) (RIOK1-202) เท่านั้นที่มีORF ( NCBI GenBank ) ซึ่งลำดับต้นกำเนิดประกอบด้วยเอ็กซอนที่เข้ารหัส 17 ตัว (แสดงด้วยสีแดง): [ 5 ]

ตัวแปรการถอดรหัส RIOK1 1 เข้ารหัสโปรตีนไคเนส RIO1 ( ไอโซฟอร์ม 1) ซึ่งประกอบด้วยกรดอะมิโน 568 ตัว ( NCBI GenPept ) [ 18 ]เป็นผลจากการดัดแปลงหลังการแปลโปรตีนไคเนส RIO1 มีฟอสโฟเซอรีน 2 ตัว ในตำแหน่งที่ 21 และ 22 [ 19 ]
โครงสร้างทุติยภูมิ
โครงสร้างทุติยภูมิประกอบด้วยเกลียวอัลฟา 9 อัน (สีแดง) และสายเบต้า 7 สาย (สีน้ำเงิน) ( ธนาคารข้อมูลโปรตีนในยุโรป ) [ 20 ]

รัฐพื้นเมือง
RIOK1 จัดอยู่ในกลุ่มโปรตีนไคเนสชนิดเซริน/ทรีโอนีนจำเพาะดังนั้นจึงมีโดเมนโปรตีนไคเนสอยู่ที่ตำแหน่ง 180–479
เป็นเอนไซม์โฮโลเอนไซม์ที่ใช้ Mg(+2) เป็นโคแฟคเตอร์[ 11 ]
เว็บไซต์
เอนไซม์นี้มีไซต์การจับ 3 ไซต์ที่ตำแหน่ง 208 (สำหรับ ATP), 278 (สำหรับ ATP ผ่านออกซิเจนคาร์บอนิล) และ 280 (สำหรับ ATP ผ่านไนโตรเจนอะไมด์); ไซต์การจับโลหะ 2 ไซต์ [Mg(+2)] ที่ตำแหน่ง 329 และ 349 และไซต์ที่ใช้งาน 2 ไซต์ที่ตำแหน่ง 324 (ซึ่งเป็นตัวรับโปรตอน) และ 341 (ตัวกลาง 4-แอสปาร์ทิลฟอสเฟต) [ 11 ] [ 20 ]