แผนงานดังกล่าวได้รับการเสนอให้ยอมรับ "ตามที่เป็นอยู่" โดยไม่มีช่องว่างสำหรับการปรับเปลี่ยน^{[ 14 ]}อย่างไรก็ตาม คำแถลงของรัฐบาลเมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม 2546 ระบุชัดเจนว่าอิสราเอลถือว่าข้อสงวนของตนเป็นส่วนหนึ่งของแผนงาน:

รัฐบาลอิสราเอลยืนยันการประกาศของนายกรัฐมนตรี และยืนยันว่าความคิดเห็นทั้งหมดของอิสราเอลตามที่กล่าวถึงในแถลงการณ์ของฝ่ายบริหารจะถูกนำไปปฏิบัติอย่างครบถ้วนในระหว่างขั้นตอนการดำเนินการตามแผนงาน^{[ 17 ]}

นอกจากนี้ รัฐบาลยังได้ปฏิเสธสิทธิในการกลับคืนถิ่น อย่างเด็ดขาดอีกด้วย :

รัฐบาลอิสราเอลชี้แจงเพิ่มเติมว่า ทั้งในระหว่างและหลังจากกระบวนการทางการเมือง การแก้ไขปัญหาของผู้ลี้ภัยจะไม่รวมถึงการเข้าหรือการตั้งถิ่นฐานของพวกเขาภายในรัฐอิสราเอล^{[ 17 ]}

อย่างไรก็ตาม เจ้าหน้าที่สหรัฐฯ กล่าวว่าความมุ่งมั่นของสหรัฐฯ ไม่ได้หมายความว่าข้อเรียกร้องทั้งหมดของอิสราเอลจะได้รับการตอบสนอง อับบาสเรียกข้อสงวนของอิสราเอลเกี่ยวกับแผนที่ว่า"ไม่ได้เป็นส่วนหนึ่งของแผนที่และ...ไม่เกี่ยวข้องกับการนำไปใช้ และ...ชาวปาเลสไตน์ไม่ยอมรับ" ^{[ 17 ]}

ขั้นตอนแรกของแผนงานคือการแต่งตั้งนายกรัฐมนตรีปาเลสไตน์คนแรกคือมาห์มูด อับบาส (หรือที่รู้จักกันในชื่ออบู มาเซน ) โดยผู้นำปาเลสไตน์ยัสเซอร์ อาราฟัตสหรัฐอเมริกาและอิสราเอลเรียกร้องให้ลดบทบาทของอาราฟัตในกระบวนการแผนงาน โดยอ้างว่าเขาไม่ได้ทำอะไรมากพอที่จะหยุดยั้งการโจมตีของชาวปาเลสไตน์ต่อชาวอิสราเอลขณะดำรงตำแหน่ง สหรัฐอเมริกาปฏิเสธที่จะเปิดเผยแผนงานจนกว่าจะมีนายกรัฐมนตรีปาเลสไตน์เข้ารับตำแหน่ง อับบาสได้รับการแต่งตั้งเมื่อวันที่ 19 มีนาคม 2546 ซึ่งเป็นการเปิดทางให้มีการเปิดเผยรายละเอียดของแผนงานในวันที่ 30 เมษายน 2546

การเผยแพร่แผนที่เส้นทางไม่ได้หยุดยั้งความรุนแรงของอินติฟาดาครั้งที่สอง ฮามาสปฏิเสธ โดยกล่าวว่า"อาบู มาเซนกำลังทรยศต่อการต่อสู้และญิฮาดของชาวปาเลสไตน์เพื่อเอาใจสหรัฐอเมริกาและหลีกเลี่ยงการทำให้อิสราเอลโกรธ" [ ^{13 ] ตั้งแต่}วันที่ 1 ถึง 17 พฤษภาคม 2546 พลเรือนชาวปาเลสไตน์ 43 คนถูกสังหาร รวมถึง 19 คนที่เกี่ยวข้องกับการสู้รบหรือถูกอิสราเอลโจมตี^{[ 18 ]}เช่นเดียวกับพลเรือนชาวอิสราเอล 4 คน^{[ 19 ]}หลังจากการโจมตีฆ่าตัวตายเมื่อวันที่ 18 พฤษภาคม ซึ่งทำให้ชาวอิสราเอลเสียชีวิต 6 คน กองทัพได้ดำเนินการรื้อถอนบ้านเรือนของชาวปาเลสไตน์ 35 หลังเพื่อ ลงโทษ^{[ 20 ]} เมื่อวันที่ 27 พฤษภาคม 2546 นายกรัฐมนตรีอิสราเอล อาริเอล ชารอน กล่าวว่า "การยึดครอง" ดินแดนปาเลสไตน์เป็น "สิ่งที่เลวร้ายสำหรับอิสราเอลและชาวปาเลสไตน์" และ "ไม่สามารถดำเนินต่อไปได้เรื่อยๆ" ถ้อยคำของชารอนสร้างความตกใจให้กับหลายคนในอิสราเอล นำไปสู่การชี้แจงว่า "การยึดครอง" ที่ชารอนกล่าวถึงนั้น หมายถึงการควบคุมชีวิตของชาวปาเลสไตน์หลายล้านคน ไม่ใช่การยึดครองดินแดนจริง ๆ

การซุ่มโจมตีบนเส้นทางหมายเลข 60เกิดขึ้นเมื่อวันที่ 20 มิถุนายน ขณะที่รัฐมนตรีต่างประเทศโคลิน พาวเวลล์อยู่ในกรุงเยรูซาเลมเพื่อเจรจาสันติภาพ^{[ 21 ]}

ประธานาธิบดีบุชเดินทางเยือนตะวันออกกลางระหว่างวันที่ 2 ถึง 4 มิถุนายน พ.ศ. 2546 เพื่อเข้าร่วมการประชุมสุดยอดสองครั้ง ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการเดินทางต่างประเทศเจ็ดวันในยุโรปและรัสเซีย เพื่อผลักดันแผนงานสันติภาพ ในวันที่ 2 มิถุนายน อิสราเอลได้ปล่อยตัวนักโทษชาวปาเลสไตน์ประมาณ 100 คนก่อนการประชุมสุดยอดครั้งแรกในอียิปต์ เพื่อแสดงเจตนารมณ์ที่ดี รายชื่อส่วนใหญ่ประกอบด้วยผู้ต้องขังทางปกครองที่จะได้รับการปล่อยตัว การปล่อยตัวนักโทษในครั้งต่อมาเกี่ยวข้องกับสมาชิกของกลุ่มฮามาสและกลุ่มอิสลามิกจิฮาด แต่รัฐบาลยืนยันว่าผู้ที่จะได้รับการปล่อยตัวไม่ได้มี "เลือดติดมือ" กับอิสราเอล ในวันที่ 3 มิถุนายน ในอียิปต์ ประธานาธิบดีบุชได้พบกับผู้นำของอียิปต์ ซาอุดีอาระเบีย จอร์แดน และบาห์เรน รวมถึงนายกรัฐมนตรีอับบาส ผู้นำอาหรับประกาศสนับสนุนแผนงานสันติภาพและสัญญาว่าจะทำงานเพื่อตัดแหล่งเงินทุนให้กับกลุ่มก่อการร้าย มีความหวังว่าแผนงานสันติภาพจะประสบความสำเร็จ^{[ 22 ]}

อย่างไรก็ตาม หลังจากประธานาธิบดีบุชออกจากภูมิภาค ความรุนแรงก็กลับมาอีกครั้ง^{[ 23 ]}เมื่อวันที่ 5 มิถุนายน ชาวอิสราเอล 2 คนถูกพบว่าถูกทุบตีและแทงจนเสียชีวิต ไม่กี่วันต่อมา ฮามาสโจมตีจุดตรวจเอเรซ สังหารทหารอิสราเอล 4 นาย ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของความพยายามที่จะบ่อนทำลายแผนงาน ในการตอบโต้ อิสราเอลได้โจมตีผู้นำฮามาสด้วยการโจมตีทางอากาศ^{[ 22 ]}

เมื่อวันที่ 29 มิถุนายน พ.ศ. 2546 ทางการปาเลสไตน์และกลุ่มปาเลสไตน์หลัก 4 กลุ่มได้ประกาศหยุดยิงฝ่ายเดียวชั่วคราว (" ฮุดนา " ในภาษาอาหรับ) ^{[ 24 ] [ 25 ]} กลุ่ม ญิฮาดอิสลามปาเลสไตน์และฮามาสประกาศหยุดยิงร่วมกันเป็นเวลา 3 เดือน ขณะที่กลุ่มฟาตาห์ของยาเซอร์ อาราฟัตประกาศหยุดยิงเป็นเวลา 6 เดือน ต่อมาแนวร่วมประชาธิปไตยเพื่อการปลดปล่อยปาเลสไตน์ ได้เข้าร่วมการหยุดยิง ด้วย เงื่อนไขหนึ่งของการรักษาสันติภาพคือการเรียกร้องให้ปล่อยตัวนักโทษจากเรือนจำของอิสราเอล ซึ่งไม่ได้เป็นส่วนหนึ่งของกระบวนการแผนที่เส้นทาง เหตุการณ์นี้เกิดขึ้นพร้อมกับการเยือนภูมิภาคของที่ปรึกษาด้านความมั่นคงแห่งชาติของสหรัฐอเมริกา คอนโดลีซซา ไรซ์

เมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม 2546 ณ กรุงเยรูซาเลม ชารอนและอับบาสได้จัดพิธีเปิดการเจรจาสันติภาพเป็นครั้งแรก ซึ่งถ่ายทอดสดทางโทรทัศน์ทั้งภาษาอาหรับและภาษาฮิบรู ผู้นำทั้งสองกล่าวว่าความรุนแรงดำเนินมานานเกินไปแล้ว และพวกเขามุ่งมั่นที่จะปฏิบัติตามแผนงานเพื่อสันติภาพ เมื่อวันที่ 2 กรกฎาคม กองทัพอิสราเอลถอนตัวออกจากเบธเลเฮมและส่งมอบการควบคุมให้กับกองกำลังรักษาความปลอดภัยของปาเลสไตน์ แผนดังกล่าวระบุว่าตำรวจปาเลสไตน์จะเข้ามารับช่วงต่อจากกองกำลังอิสราเอลที่ถอนตัวออกไป และหยุดยั้งการโจมตีของกลุ่มติดอาวุธต่อต้านอิสราเอล ในขณะเดียวกัน สหรัฐฯ ประกาศให้ความช่วยเหลือมูลค่า 30 ล้านดอลลาร์สหรัฐแก่องค์การบริหารปาเลสไตน์ เพื่อช่วยฟื้นฟูโครงสร้างพื้นฐานที่ถูกทำลายจากการรุกรานของอิสราเอล

ข้อตกลงหยุดยิงล่มสลายอย่างรวดเร็ว ในวันที่ 3 กรกฎาคม กองทัพอิสราเอลสังหารพลเรือน 2 คน โดยหนึ่งในนั้นถูกกล่าวหาว่าเป็นบุคคลที่อิสราเอลต้องการตัว^{[ 18 ] [ 26 ]}ในปฏิบัติการของกองทัพอิสราเอลเพื่อจับกุมสมาชิกฮามาส เกิดการยิงปะทะกันขึ้น ส่งผลให้ทหารอิสราเอล 1 นาย และนักรบฮามาส 2 คนถูกสังหาร วงจรความรุนแรงรอบใหม่จึงเกิดขึ้น ฮามาสและฟาตาห์ต่างตอบโต้ด้วยการโจมตีฆ่าตัวตายในวันที่ 12 สิงหาคม โดยแต่ละฝ่ายสังหารพลเรือนอิสราเอล 1 คน แม้จะมีการละเมิดข้อตกลงหยุดยิงโดยพฤตินัยเช่น นี้ ฮามาสก็ยังระบุว่าข้อตกลงหยุดยิงจะยังคงดำเนินต่อไป

จากนั้นความขัดแย้งก็ทวีความรุนแรงขึ้น กองทัพอิสราเอลสังหารมูฮัมหมัด ซีเดอร์ แห่งกลุ่มอิสลามิก จิฮาด เมื่อวันที่ 14 สิงหาคม พ.ศ. 2546 การสังหารหมู่บนรถบัสสาย 2 ในเยรูซาเลมโดยกลุ่มฮามาสและอิสลามิก จิฮาด เมื่อวันที่ 19 สิงหาคม ทำให้มีผู้เสียชีวิต 23 คนและบาดเจ็บ 136 คน อิสราเอลตอบโต้ด้วยการทำลายล้างครั้งใหญ่ในศูนย์กลางประชากรชาวปาเลสไตน์^{[ 27 ]}เมื่อวันที่ 21 สิงหาคม อิสราเอลลอบสังหารอิสมาอิล อาบู ชานา บ ผู้นำทางการเมืองของกลุ่มฮามาส ชา นาบซึ่งสนับสนุนแนวทางแก้ปัญหาแบบสองรัฐ คัดค้านการโจมตีฆ่าตัวตายอย่างรุนแรง และพยายามรักษาข้อตกลงหยุดยิง ถือเป็นหนึ่งในผู้นำของกลุ่มฮามาสที่ค่อนข้างเป็นกลางและมีเหตุผล^{[ 28 ] [ 29 ]}นอกจากชานาบแล้ว พลเรือนอีกสามคน (บอดี้การ์ดสองคนของเขาและชายวัย 74 ปี) ก็ถูกสังหารด้วย ในวันต่อมา การโจมตีสังหารของอิสราเอลยังคงดำเนินต่อไปอีกหลายครั้ง^{[ 18 ] [ 27 ]}การลอบสังหาร Seeder และ Shanab ส่งผลให้ Hamas ยกเลิกข้อตกลงหยุดยิงกับอิสราเอล^{[ 28 ]}การวิพากษ์วิจารณ์อิสราเอลจากนานาชาติเพิ่มมากขึ้น เนื่องจากเป็นที่เชื่อกันอย่างกว้างขวางว่าอิสราเอลไม่เต็มใจที่จะเคารพข้อตกลงหยุดยิง^{[ 28 ]}

ในเดือนพฤศจิกายน ปี 2003 คณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติได้ให้การรับรองแผนงานในมติคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติที่ 1515ซึ่งเรียกร้องให้ยุติความรุนแรงทุกรูปแบบ รวมถึง "การก่อการร้าย การยั่วยุ การปลุกปั่น และการทำลายล้าง" แต่เมื่อสิ้นปี 2003 ทางการปาเลสไตน์ยังไม่สามารถป้องกันการก่อการร้ายของชาวปาเลสไตน์ได้ และอิสราเอลก็ไม่ได้ถอนกำลังออกจากพื้นที่ปาเลสไตน์ที่ยึดครองมาตั้งแต่ 28 กันยายน 2000 หรือระงับการขยายการตั้งถิ่นฐาน ดังนั้น ข้อกำหนดของระยะที่ 1 ของแผนงานจึงไม่ได้รับการปฏิบัติตาม และแผนงานจึงไม่ดำเนินต่อไปจนถึงทางตัน

เมื่อวันที่ 14 เมษายน พ.ศ. 2547 นายกรัฐมนตรีชารอนได้เขียนจดหมายถึงประธานาธิบดีบุช โดยยืนยันความมุ่งมั่นของเขาต่อแผนงานดังกล่าว เขายังกล่าวหาหน่วยงานปาเลสไตน์ว่าไม่ปฏิบัติตามความรับผิดชอบของตนภายใต้แผนงานดังกล่าว โดยระบุว่า "ไม่มีพันธมิตรชาวปาเลสไตน์ที่จะก้าวไปสู่การแก้ไขปัญหาอย่างสันติ" ชารอนจึงประกาศแผนการถอนกำลังฝ่ายเดียว ของเขา (การถอนกำลังของอิสราเอลจากฉนวนกาซา) ซึ่งหมายถึงการรื้อถอนนิคมของอิสราเอล ทั้งหมดออก จากฉนวนกาซาและนิคมอีก 4 แห่งในเวสต์แบงก์^{[ 33 ]}แผนดังกล่าวได้รับการเสนอโดยเขาแล้วเมื่อวันที่ 18 ธันวาคม พ.ศ. 2546 ในการประชุมเฮอร์ซลิยาครั้งที่ 4 ^{[ 34 ]}

แม้ว่าจะไม่ได้ดำเนินการภายใต้แผนงาน แต่ชารอนประกาศว่าขั้นตอนฝ่ายเดียวนี้ไม่ขัดแย้งกับแผนงาน ประธานาธิบดีบุชให้การสนับสนุนแผนดังกล่าว โดยเรียกแผนนี้ว่า "เป็นความคิดริเริ่มที่กล้าหาญและเป็นประวัติศาสตร์ที่สามารถมีส่วนสำคัญต่อสันติภาพได้" ^{[ 33 ]}

จนถึงปี 2004 จุดยืนอย่างเป็นทางการของสหรัฐฯ คือ โดยหลักการแล้ว อิสราเอลควรกลับไปสู่เส้นหยุดยิงปี 1949 (เส้นสีเขียว)และการเปลี่ยนแปลงเส้นเหล่านี้จะต้องได้รับการตกลงร่วมกันในการเจรจาสถานะขั้นสุดท้าย การตั้งถิ่นฐานอย่างต่อเนื่องของอิสราเอลถูกวิพากษ์วิจารณ์ เนื่องจากเป็นอุปสรรคต่อการเจรจาสถานะขั้นสุดท้าย

ในการตอบจดหมายลงวันที่ 14 เมษายนจากนายกรัฐมนตรีชารอน ประธานาธิบดีบุชได้แสดงท่าทีที่แตกต่างจากหลักการนี้ โดยกล่าวว่า "เมื่อพิจารณาจากความเป็นจริงใหม่ๆ ที่เกิดขึ้นในพื้นที่ รวมถึงศูนย์กลางประชากรหลักของอิสราเอลที่มีอยู่แล้ว การที่ผลลัพธ์ของการเจรจาสถานะขั้นสุดท้ายจะกลับไปสู่เส้นหยุดยิงปี 1949 อย่างสมบูรณ์นั้นเป็นเรื่องที่ไม่สมจริง ... เป็นเรื่องที่สมเหตุสมผลที่จะคาดหวังว่าข้อตกลงสถานะขั้นสุดท้ายใดๆ จะบรรลุผลได้ก็ต่อเมื่อมีการเปลี่ยนแปลงที่ตกลงร่วมกันซึ่งสะท้อนถึงความเป็นจริงเหล่านี้" ^{[ 33 ] [ 35 ]}

เกี่ยวกับผู้ลี้ภัยชาวปาเลสไตน์ ประธานาธิบดีบุชกล่าวว่า "ดูเหมือนว่ากรอบการทำงานที่ตกลงกันได้ ยุติธรรม เป็นธรรม และสมจริงสำหรับการแก้ปัญหาผู้ลี้ภัยชาวปาเลสไตน์ ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของข้อตกลงสถานะขั้นสุดท้าย จะต้องค้นหาผ่านการจัดตั้งรัฐปาเลสไตน์และการตั้งถิ่นฐานของผู้ลี้ภัยชาวปาเลสไตน์ที่นั่น แทนที่จะเป็นในอิสราเอล" ^{[ 33 ] [ 35 ]}

จดหมายฉบับนี้ได้รับการมองว่าเป็นชัยชนะของชารอนอย่างกว้างขวาง เนื่องจากประธานาธิบดีบุชดูเหมือนจะยอมรับนโยบายของอิสราเอลตามข้อเท็จจริงบนพื้นดินซึ่งก็คือมุมมองที่ว่าการผ่านไปของเวลาและความเป็นจริงใหม่ ๆ ( การตั้งถิ่นฐานของอิสราเอลในเขตเวสต์แบงก์) ทำให้ข้อผูกพันของอิสราเอลที่จะต้องถอนตัวออกไปมากหรือน้อยตามเส้นปี 1967 เพื่อแลกกับสันติภาพ การยอมรับ และความมั่นคงนั้นหมดไป^{[ 36 ]}

ในการแถลงข่าวร่วมกับผู้นำปาเลสไตน์ มาห์มูด อับบาส ที่สวนกุหลาบทำเนียบขาว เมื่อวันที่ 26 พฤษภาคม 2548 ประธานาธิบดีบุชกล่าวว่า “ข้อตกลงสถานะขั้นสุดท้ายใดๆ ก็ตามจะต้องบรรลุผลระหว่างทั้งสองฝ่าย และการเปลี่ยนแปลงเส้นหยุดยิงปี 1949จะต้องได้รับการตกลงร่วมกัน ทางออกสองรัฐที่ใช้ได้ผลจะต้องรับประกันความต่อเนื่องของเวสต์แบงก์ และรัฐที่มีดินแดนกระจัดกระจายจะไม่สามารถใช้งานได้ นอกจากนี้ยังต้องมีการเชื่อมโยงที่มีความหมายระหว่างเวสต์แบงก์และกาซา นี่คือจุดยืนของสหรัฐอเมริกาในวันนี้ และจะเป็นจุดยืนของสหรัฐอเมริกาในเวลาที่มีการเจรจาสถานะขั้นสุดท้าย” ^{[ 37 ]}

คำแถลงนี้ได้รับการมองว่าเป็นชัยชนะของอับบาสอย่างกว้างขวาง เนื่องจากนักวิจารณ์หลายคนมองว่าขัดแย้งกับจดหมายของเขาเมื่อวันที่ 14 เมษายน พ.ศ. 2547 ^{[ 38 ]}ฝ่ายบริหารของบุชไม่ได้พยายามชี้แจงความไม่สอดคล้องกันที่รับรู้ได้ระหว่างคำแถลงทั้งสอง

ในขณะที่ชาวปาเลสไตน์ยังคงโจมตีชาวอิสราเอลอย่างรุนแรง อิสราเอลก็ได้ดำเนินการทางทหารครั้งใหญ่ในฉนวนกาซา ในปี 2547 พลเรือนชาวอิสราเอลจำนวนมากเสียชีวิตจากการโจมตีด้วยระเบิด 6 ครั้งภายในประเทศอิสราเอล กองทัพอิสราเอลบุกและปิดล้อมฉนวนกาซาตอนใต้ในเดือนพฤษภาคมในปฏิบัติการสายรุ้งบุกและปิดล้อมเบตฮานูนในฉนวนกาซาตอนเหนือในช่วงฤดูร้อนในการโจมตีที่กินเวลานาน 37 วันและบุกฉนวนกาซาตอนเหนืออีกครั้งตั้งแต่วันที่ 29 กันยายนถึง 16 ตุลาคมในปฏิบัติการวันแห่งการสำนึกผิด

แผนงานดังกล่าวมีพื้นฐานมาจากแนวคิดของประธานาธิบดีบุชที่ว่า การก่อการร้ายของชาวปาเลสไตน์เป็นอุปสรรคสำคัญที่สุดต่อข้อตกลงสันติภาพระหว่างอิสราเอลและปาเลสไตน์ ทางการปาเลสไตน์ (PA) สนับสนุนการก่อการร้าย และการโค่นล้มผู้นำปาเลสไตน์ในปัจจุบันเป็นเงื่อนไขเบื้องต้นสำหรับการก่อตั้งรัฐปาเลสไตน์ ในสุนทรพจน์เมื่อวันที่ 24 มิถุนายน 2545 บุชกล่าวว่า:

สันติภาพต้องการผู้นำปาเลสไตน์ใหม่และแตกต่างออกไป เพื่อให้รัฐปาเลสไตน์สามารถถือกำเนิดขึ้นได้ ข้าพเจ้าขอเรียกร้องให้ประชาชนปาเลสไตน์เลือกผู้นำใหม่ ผู้นำที่ไม่ถูกครอบงำด้วยการก่อการร้าย ... และเมื่อประชาชนปาเลสไตน์มีผู้นำใหม่ สถาบันใหม่ และข้อตกลงด้านความมั่นคงใหม่กับประเทศเพื่อนบ้าน สหรัฐอเมริกาจะสนับสนุนการสร้างรัฐปาเลสไตน์ ซึ่งพรมแดนและอำนาจอธิปไตยบางส่วนจะเป็นแบบชั่วคราว จนกว่าจะได้รับการแก้ไขในฐานะส่วนหนึ่งของการยุติปัญหาในตะวันออกกลาง ... ในปัจจุบัน ทางการปาเลสไตน์กำลังส่งเสริม ไม่ใช่ต่อต้านการก่อการร้าย ... ทางการปาเลสไตน์ได้ปฏิเสธข้อเสนอของคุณ [อิสราเอล] และติดต่อกับผู้ก่อการร้าย^{[ 1 ]}

อิสราเอลเห็นด้วย อิสราเอลต้องการขับไล่อาราฟัต แต่สหรัฐฯ คัดค้าน^{[ 39 ]}จึงมีการเสนอให้สร้างตำแหน่งนายกรัฐมนตรีขึ้นมาแทน ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2546 รัฐบาลประกาศว่า "อาราฟัตเป็นอุปสรรคสำคัญต่อความคืบหน้าใดๆ ในกระบวนการสันติภาพในตะวันออกกลาง" นายกรัฐมนตรีอาริเอล ชารอน กล่าวว่าไม่มีความหวังที่จะบรรลุข้อตกลงทางการเมือง "ตราบใดที่ [อาราฟัต] ยังอยู่" แต่เขามองว่าการขับไล่อาราฟัตไม่เป็นผลดีต่ออิสราเอล^{[ 40 ]}

แม้ว่าประธานาธิบดีอาราฟัตได้ดำเนินการปฏิรูปที่สำคัญหลายประการตั้งแต่เดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2545 แต่กระบวนการดังกล่าวก็หยุดชะงักตั้งแต่เดือนมีนาคม พ.ศ. 2546 เนื่องจากมาตรการของอิสราเอลและปัจจัยทางการเมืองภายในประเทศ^{[ 41 ]}ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2546 ประธานาธิบดีอาราฟัตได้เสนอชื่อมาห์มูด อับบาส ให้ดำรงตำแหน่ง นายกรัฐมนตรีคนแรกเมื่อวันที่ 29 เมษายนรัฐสภาปาเลสไตน์ได้อนุมัติการแต่งตั้งนายกรัฐมนตรีและรัฐบาลใหม่ของเขา [ ^{42 ] [ 43 ] อย่างไรก็ตาม}การต่อสู้แย่งชิงอำนาจระหว่างอับบาสและอาราฟัต รวมถึงสมาชิกของกลุ่มอำนาจเก่า ทำให้รัฐบาลใหม่เป็นอัมพาต^{[ 44 ]}อับบาสอยู่ในสถานะที่อ่อนแอ เนื่องจากเขาไม่สามารถต่อต้านอิสราเอลได้ ซึ่งอิสราเอลปฏิเสธที่จะปล่อยตัวนักโทษและยังคงยึดครองเมืองปาเลสไตน์ ดำเนินกิจกรรมการตั้งถิ่นฐาน ลอบสังหาร และบุกรุก รวมถึงการตั้งด่านตรวจ^{[ 41 ]}อับบาสลาออกในเดือนกันยายน พ.ศ. 2546 และภายใต้ผู้สืบทอดตำแหน่งของเขาอาห์เหม็ด คูเรอี (อาบู อะลา) การปฏิรูปที่จำเป็นก็ไม่ปรากฏขึ้น คณะทำงานระหว่างประเทศสรุปว่ามีเพียงการเลือกตั้งทั่วไปเท่านั้นที่จะสามารถเปลี่ยนแปลงระบบการเมืองได้ ซึ่งอย่างไรก็ตามเป็นไปไม่ได้ภายใต้การยึดครองของอิสราเอลที่ยังคงดำเนินต่อไป^{[ 41 ]} หลังจากอาราฟัตเสียชีวิตในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2547 อับบา สได้รับการเลือกตั้งเป็นประธานาธิบดีคนที่สองขององค์การปกครองปาเลสไตน์

PA ถูกสร้างขึ้นโดยข้อตกลงออสโลและกำหนดรายละเอียดไว้ PA มุ่งมั่นที่จะต่อสู้กับการก่อการร้ายของชาวปาเลสไตน์ อย่างไรก็ตามกองกำลังรักษาความปลอดภัย ของ PA ถูกห้ามไม่ให้เข้าไปในพื้นที่ Cซึ่งคิดเป็นประมาณ 60% ของเวสต์แบงก์ ซึ่งอิสราเอลมีหน้าที่รับผิดชอบในการควบคุมความปลอดภัยแต่เพียงผู้เดียว ยิ่งไปกว่านั้น พวกเขาไม่สามารถเคลื่อนที่ได้อย่างอิสระระหว่างทุกส่วนของพื้นที่ที่ปาเลสไตน์ควบคุม ซึ่งถูกแบ่งแยกออกเป็นมากกว่า 160 เขตย่อยภายในพื้นที่ C ^{[ 45 ]}ถึงกระนั้น อิสราเอลก็ถือว่า PA โดยเฉพาะประธานาธิบดีอาราฟัต เป็นผู้รับผิดชอบต่อการโจมตีของผู้ก่อการร้ายที่กระทำโดยกลุ่มติดอาวุธที่ไม่เกี่ยวข้องกับเขา^{[ 46 ] [ 47 ] [ 48 ]}หลังจากการโจมตีด้วยระเบิดฆ่าตัวตาย สองครั้ง ในอิสราเอลและเยรูซาเลมที่ดำเนินการโดยสมาชิกของฮามาส คณะรัฐมนตรีความมั่นคงของอิสราเอลได้ตัดสินใจเมื่อวันที่ 11 กันยายน 2546 ว่า "อิสราเอลจะดำเนินการเพื่อกำจัดอุปสรรคนี้ [อาราฟัต] ในลักษณะ เวลา และในวิธีการที่จะตัดสินใจแยกต่างหาก" ^{[ 49 ] [ 50 ]}

โดยหลักการแล้วอิสราเอลปฏิเสธที่จะยอมรับการหยุดยิงกับกลุ่มติดอาวุธ เนื่องจาก "อิสราเอลติดต่อเฉพาะกับหน่วยงานปาเลสไตน์เท่านั้น" และ "ชาวอิสราเอลไม่ติดต่อกับองค์กรก่อการร้ายเหล่านี้" ในขณะเดียวกันก็ดำเนินนโยบาย การ สังหารเป้าหมาย^{[ 51 ]}แทนที่จะเป็นเช่นนั้น อิสราเอลตอบโต้การโจมตีของผู้ก่อการร้ายด้วยการโจมตีหน่วยรักษาความปลอดภัยของหน่วยงานปาเลสไตน์และสำนักงานของพวกเขา^{[ 48 ] [ 52 ]}

เมื่ออินติฟาดาครั้งที่สองเริ่มต้นขึ้น อิสราเอลได้เริ่มทำลายสำนักงานของหน่วยงานรักษาความปลอดภัยอย่างเป็นระบบ จนกระทั่ง 90% ถูกทำลายภายในปี 2546 และเจ้าหน้าที่ความมั่นคงแห่งชาติประมาณสามในสี่ถูกคุมขังในค่ายกักกันของอิสราเอล ส่วนที่เหลือถูกสังหาร^{[ 53 ] [ 54 ]}การโจมตีของอิสราเอลส่วนใหญ่มุ่งเน้นไปที่กองกำลังรักษาความปลอดภัยของปาเลสไตน์ แม้ว่าฮามาสจะเป็นผู้รับผิดชอบการวางระเบิดและการยิงส่วนใหญ่ก็ตาม^{[ 55 ]}การปิดล้อมบริเวณที่พักของอาราฟัตซึ่งเริ่มต้นในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2545 ระหว่างปฏิบัติการโล่ป้องกันยังคงดำเนินต่อไปในปี พ.ศ. 2546 และ พ.ศ. 2547 จนกระทั่งอาราฟัตเสียชีวิตอย่างไม่คาดคิด

ด้วยการทำลายสำนักงาน PA หลายร้อยแห่ง เช่น กระทรวงศึกษาธิการ กระทรวงการอุดมศึกษา และกระทรวงสาธารณสุข พร้อมทั้งอุปกรณ์ คอมพิวเตอร์ และเอกสารต่างๆ กองทัพอิสราเอลได้ทำลายธนาคารข้อมูลสาธารณะ ตามที่อามิรา ฮาส กล่าวไว้ เห็นได้ชัดว่าเพื่อทำลายสถาบันพลเรือนของปาเลสไตน์ และบ่อนทำลายเป้าหมายของปาเลสไตน์ในการได้รับเอกราชไปอีกหลายปี^{[ 56 ]}