อย่างเป็นทางการ กองทัพเรือแอฟริกาใต้สามารถสืบย้อนต้นกำเนิดไปถึงการก่อตั้งกองทัพเรือแอฟริกาใต้เมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2465 อย่างไรก็ตาม อย่างไม่เป็นทางการ กองทัพเรือมีความสัมพันธ์อย่างต่อเนื่องกับกองอาสาสมัครกองทัพเรือนาตาล ซึ่งก่อตั้งขึ้นในเมืองเดอร์บันเมื่อวันที่ 30 เมษายน พ.ศ. 2428 และกองอาสาสมัครกองทัพเรือเคป ซึ่งก่อตั้งขึ้นในเมืองเคปทาวน์ในปี พ.ศ. 2448 ^{[ 4 ]}เมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2456 หลังจากการก่อตั้งสหภาพแอฟริกาใต้ในปี พ.ศ. 2453 ^{[ 6 ]}กองพลแอฟริกาใต้ของกองกำลังสำรองอาสาสมัครกองทัพเรือหลวง (RNVR[SA]) ได้ถูกจัดตั้งขึ้น แม้ว่าการควบคุมองค์กรและการปฏิบัติงานทั้งหมดจะอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของกองทัพเรือหลวงก็ตาม^{[ 4 ] [ 7 ]}

ในฐานะส่วนหนึ่งของจักรวรรดิอังกฤษแอฟริกาใต้เข้าร่วมสงครามกับฝ่ายมหาอำนาจกลางเมื่อวันที่ 4 สิงหาคม พ.ศ. 2457 ^{[ 8 ]}แม้จะมีการต่อต้านจากชาวแอฟริกันจำนวน มาก ^{[ 9 ]}ชาวแอฟริกาใต้ทั้งหมด 412 คนรับใช้ใน RNVR[SA] ในช่วงสงคราม โดยมีสมาชิก 164 คนอาสาสมัครเข้ารับราชการในกองทัพเรือหลวงโดยตรง^{[ 10 ]}เจ้าหน้าที่ 1 นายและพลทหาร 8 นายเสียชีวิตในระหว่างสงคราม^{[ 10 ]} ชาวแอฟริกาใต้จะปฏิบัติหน้าที่บนเรือรบในน่านน้ำยุโรปและทะเลเมดิเตอร์เรเนียน รวมถึงเข้าร่วมในการรบทางบกในแอฟริกาตะวันตกเฉียงใต้ของเยอรมันและแอฟริกาตะวันออกของเยอรมัน ภายใต้เขตอำนาจของกองทัพเรือหลวง RNVR (SA) ลาดตระเวนในน่านน้ำแอฟริกาใต้โดยใช้เรือประมงที่ดัดแปลง ช่วยในการกวาดล้างทุ่นระเบิดเพื่อตอบโต้ปฏิบัติการของเรือรบเยอรมันSMS Wolf ในปี พ.ศ. 2460 ^{[ 11 ] [ 12 ]}รวมถึงการปกป้องฐานทัพเรือหลวงที่สำคัญทางยุทธศาสตร์ที่ไซมอนส์ทาวน์

เมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2465 กองทัพเรือแอฟริกาใต้ (SANS) ได้ก่อตั้งขึ้น และร่วมกับ RNVR (SA) มีหน้าที่ปกป้องน่านน้ำอาณาเขต กวาดทุ่นระเบิด และสำรวจทางอุทกศาสตร์^{[ 10 ]}ในปีเดียวกันนั้น SANS ได้ประจำการเรือสำรวจทางอุทกศาสตร์ ขนาดเล็ก HMSAS (His/Her Majesty's South African Ship) Protea เรือ กวาดทุ่นระเบิดที่ดัดแปลงมาจากเรือประมงสองลำ คือ HMSAS Immortelleและ HMSAS SonneblomและเรือฝึกGeneral Botha (อดีตเรือลาดตระเวนHMS Thames ในศตวรรษที่ 19 )ซึ่งทั้งหมดนี้เคยประจำการอยู่ในกองทัพเรืออังกฤษมาก่อน เนื่องจากภาวะเศรษฐกิจตกต่ำครั้งใหญ่ในปี พ.ศ. 2462 ประกอบกับการขาดการลงทุนจากรัฐบาล ทำให้ SANS ถูกบังคับให้ส่งคืนเรือทั้งหมดให้กับกองทัพเรืออังกฤษภายในปี พ.ศ. 2482 ^{[ 13 ]}เมื่อสงครามโลกครั้งที่สอง ปะทุขึ้น หน่วยงานนี้มีเจ้าหน้าที่เพียง 3 นายและพลทหารเพียง 3 นายเท่านั้น^{[ 4 ]}

การประกาศสงครามของอังกฤษต่อเยอรมนีเมื่อวันที่ 3 กันยายน พ.ศ. 2482 ทำให้แอฟริกาใต้ตกอยู่ในภาวะกลืนไม่เข้าคายไม่ออกทางรัฐธรรมนูญเนื่องจากสถานะของตนเป็นประเทศ เอกราช ในเครือจักรภพนายกรัฐมนตรี JBM Hertzogและกลุ่มต่อต้านอังกฤษอื่นๆ ในพรรคUnited Partyเรียกร้องให้วางตัวเป็นกลางอย่างเคร่งครัด ในขณะที่รองนายกรัฐมนตรีJan Smuts ซึ่งมีแนวคิดสนับสนุนอังกฤษมากกว่า สนับสนุนว่าแอฟริกาใต้มีหน้าที่ตามรัฐธรรมนูญและศีลธรรมที่จะต้องสนับสนุนอังกฤษและต่อสู้กับลัทธิฟาสซิสต์^{[ 9 ]}สองวันต่อมา หลังจากการลงคะแนนเสียงในรัฐสภาอย่างเฉียดฉิวด้วยคะแนน 80 ต่อ 67 เสียงเห็นชอบกับ Smuts แอฟริกาใต้จึงปฏิบัติตามอังกฤษและประกาศสงครามกับเยอรมนี^{[ 9 ]}

ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2482 พลเรือตรี กาย ฮาลิแฟกซ์นายทหารเรือหลวงที่เกษียณอายุราชการและอาศัยอยู่ในแอฟริกาใต้ ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้อำนวยการกองทัพเรือแอฟริกาใต้ ซึ่งต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็นกองกำลังป้องกันทางทะเล (SDF) ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2483 ^{[ 14 ]}โดยดูแลโครงการอุตสาหกรรมขนาดใหญ่ในการเปลี่ยนเรือล่าวาฬและเรือประมงพลเรือนให้เป็นเรือรบ แม้ว่าจะมีลักษณะดั้งเดิมมาก แต่เรือกว่า 80 ลำดังกล่าวก็กลายเป็นกำลังหลักของกองทัพเรือแอฟริกาใต้

ในน่านน้ำแอฟริกาใต้ กองกำลังป้องกันตนเองของแอฟริกาใต้ (SDF) ร่วมกับกองทัพเรืออังกฤษ ได้ควบคุมน่านน้ำรอบเส้นทางเดินเรือแหลมเคป ซึ่งเป็นเส้นทางยุทธศาสตร์สำคัญ โดยมีบทบาทหลักในการลาดตระเวนชายฝั่ง การกวาดล้างทุ่นระเบิด และปฏิบัติการต่อต้านเรือดำน้ำครั้งสำคัญระหว่างปี 1942 ถึง 1945 เนื่องจากการโจมตีอย่างต่อเนื่องของเรือดำน้ำเยอรมันส่งผลให้เรือสินค้ากว่า 100 ลำถูกจมลงนอกชายฝั่งแอฟริกาใต้

เรือรบของแอฟริกาใต้มีส่วนร่วมในสมรภูมิเมดิเตอร์เรเนียน เช่นกัน [ ^{15 ]}และต่อมาในตะวันออกไกล[ ^{16 ] ตั้งแต่}ปี 1941 แอฟริกาใต้ได้ให้ความช่วยเหลือในการคุ้มกันขบวนเรือตามแนวชายฝั่งแอฟริกาเหนือ รวมถึงการส่งเสบียงและการอพยพออกจากโทบรุกในที่สุด^ได้ดำเนินการกวาดล้างทุ่นระเบิด ต่อสู้กับเรือดำน้ำของศัตรูได้สำเร็จ และดำเนินการกู้ซากเรือในท่าเรือ ในปี 1942 กองทัพเรือแห่งชาติที่เป็นหนึ่งเดียวได้เกิดขึ้นหลังจากการรวม SDF และ RNVR(SA) เข้าด้วยกันอย่างประสบความสำเร็จ ทำให้เกิดกองทัพเรือแอฟริกาใต้ (SANF) ^{[ 7 ]}เมื่อสงครามใกล้สิ้นสุดลง แอฟริกาใต้ได้รับเรือรบที่สร้างขึ้นโดยเฉพาะเป็นครั้งแรก คือ เรือฟริเกต ชั้น Loch จำนวน 3 ลำ จากกองทัพเรืออังกฤษ^{[ 13 ]} แอฟริกาใต้ ถูกส่งไปประจำการในตะวันออกไกลภายใต้การบังคับบัญชาของอังกฤษ และต่อมาได้มีส่วนร่วมในปฏิบัติการปลดปล่อยดินแดนที่ญี่ปุ่นยึดครอง^{[ 16 ]}

โดยรวมแล้ว มีบุคลากรทางการทหารกว่า 10,000 นายสมัครเข้ารับราชการใน SANF และหน่วยงานก่อนหน้า โดยมีผู้เสียชีวิต 324 นาย และได้รับเกียรติยศจากการรบ 26 ครั้ง^{[ 10 ]}

หนึ่งปีหลังจากการสิ้นสุดการสู้รบ ในวันที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ. 2489 กองทัพเรือแอฟริกาใต้ได้รับการจัดตั้งขึ้นใหม่เป็นส่วนหนึ่งของกองกำลังป้องกันสหภาพก่อนที่จะเปลี่ยนชื่ออย่างเป็นทางการในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2494 เมื่อ SANF กลายเป็นที่รู้จักอย่างเป็นทางการในชื่อกองทัพเรือแอฟริกาใต้^{[ 5 ]}ปี พ.ศ. 2491 เป็นจุดเปลี่ยน ไม่เพียงแต่สำหรับแอฟริกาใต้ในฐานะประเทศหลังจากการได้รับชัยชนะในการเลือกตั้งของพรรคแห่งชาติแต่ยังรวมถึงทิศทางของกองทัพเรือด้วย^{[ 17 ]}อิทธิพลของอังกฤษลดลงและถูกจำกัดมากขึ้นเรื่อยๆ ทั่วทั้งกองทัพ เรือ ในปี พ.ศ. 2495 คำนำหน้าชื่อเรือ ที่เคยใช้ก่อนหน้านี้ คือ HMSAS (His/Her Majesty's South African Ship) ถูกเปลี่ยนเป็น SAS (South African Ship) แทน^{[ 18 ]}ในปี พ.ศ. 2490 กองทัพเรืออังกฤษได้โอนการควบคุมฐานทัพเรือไซมอนส์ทาวน์ให้กับกองทัพเรือแอฟริกาใต้หลังจากครอบครองมา 70 ปี และต่อมาในปี พ.ศ. 2492 มงกุฎเซนต์เอ็ดเวิร์ดซึ่งเคยปรากฏอยู่ในตราหมวกของกองทัพเรือและเครื่องหมายอื่นๆ ถูกแทนที่ด้วยสิงโตแห่งนัสเซาจากตราแผ่นดินของแอฟริกาใต้^{[ 19 ]}

ในช่วงหลังสงครามไม่นาน กองทัพเรือแอฟริกาใต้ได้ขยายตัวอย่างมีนัยสำคัญทั้งในเชิงคุณภาพและปริมาณ เนื่องจากกองทัพเรืออังกฤษได้จำหน่ายยุทโธปกรณ์ส่วนเกินออกไป^{[ 20 ]}ในปี 1947 ได้มีการซื้อ เรือกวาดทุ่นระเบิดชั้นAlgerine ส่วนเกินจำนวน 2 ลำจากสหราชอาณาจักร ได้แก่HMSAS Bloemfontein  (เดิมชื่อRosamund ) และHMSAS Pietermaritzburg  (เดิมชื่อ HMS Pelorus ) รวมทั้งเรือคอร์เวตชั้น Flower ชื่อ HMS Rockroseซึ่งถูกดัดแปลงเป็นเรือสำรวจทางอุทกศาสตร์ชื่อ HMSAS Protea ในปี 1950 แอฟริกาใต้ได้ขยายขีดความสามารถทางทะเลเพิ่มเติมและซื้อเรือพิฆาตชั้น W ของอังกฤษลำแรกจากทั้งหมด 2 ลำ คือ SAS Jan van Riebeeck ในปี 1952 คือ SAS Simon van der Stel  [ ^{21 ]}และต่อมาคือเรือฟริเกตต่อต้านเรือดำน้ำType 15 ชื่อ SAS Vrystaat (เดิม ^ชื่อ HMS Wrangler ) ^{[ 22 ]} 

ในช่วงต้นทศวรรษ 1960 กองทัพเรือแอฟริกาใต้กำลังก้าวไปสู่จุดสูงสุดของการมีส่วนร่วมในระดับนานาชาติอย่างรวดเร็ว และโดยทั่วไปถือว่าเป็นยุคทองของกองทัพเรือที่มีความสมดุล ทันสมัย ​​และมีประสิทธิภาพ ซึ่งได้รับการปรับให้เหมาะสมสำหรับการมีส่วนร่วมทางเรือแบบดั้งเดิมร่วมกับพันธมิตรระหว่างประเทศตะวันตกที่เป็นมิตร^{[ 20 ]}

ตั้งแต่ปี 1962 ถึง 1964 กองทัพเรือแอฟริกาใต้ได้รับเรือฟริเกต Type 12M ที่สร้างโดยอังกฤษจำนวน 3 ลำ ซึ่งประกอบเป็นชั้น President  ได้แก่SAS President Kruger  , SAS President Steyn และSAS President Pretorius ตามลำดับ^{[ 21 ]}เรือเหล่านี้เป็นเรือคุ้มกันต่อต้านเรือดำน้ำชั้นหนึ่งที่สามารถปฏิบัติการในมหาสมุทรได้อย่างรวดเร็ว ซึ่งผลักดันให้กองทัพเรือแอฟริกาใต้ก้าวเข้าสู่ยุคของผู้ปฏิบัติการเรือรบสมัยใหม่ที่ทัดเทียมกับชาติตะวันตก^{[ 23 ]}การสั่งซื้อเรือดำน้ำชั้นDaphné จำนวน 3 ลำ จากฝรั่งเศสในปี 1968 ^{[ 24 ]}ซึ่งเป็นการใช้งานเรือดำน้ำเป็นครั้งแรก ได้ผลักดันให้กองทัพเรือก้าวไปอีกขั้น ในช่วงต้นทศวรรษ 1970 กองทัพเรือแอฟริกาใต้ได้ปฏิบัติการในช่วงที่ ความสามารถในการฉาย อำนาจในทะเลลึก อยู่ในระดับสูงสุด โดยเรือดำน้ำชั้น Daphné ลำแรกSAS Maria van Riebeeck ได้เข้าประจำการในปี 1970 และSAS Emily Hobhouse และSAS Johanna van der Merwe เข้าประจำการในปีถัดมา^{[ 24 ]}

อย่างไรก็ตาม ในช่วงครึ่งหลังของทศวรรษ 1970 แอฟริกาใต้ต้องเผชิญกับการถูกโดดเดี่ยวและการวิพากษ์วิจารณ์จากนานาชาติ อย่างรุนแรง ในปี 1973 สหประชาชาติได้ประณามนโยบายแบ่งแยกสีผิวว่าเป็น "อาชญากรรมต่อมนุษยชาติ" ^{[ 25 ]}ซึ่งทวีความรุนแรงยิ่งขึ้นจากการปราบปรามอย่างโหดร้ายของรัฐและการจำคุกและการเสียชีวิตจำนวนมากที่ตามมาหลังจากการลุกฮือในโซเวโตในปี 1976 ^{[ 26 ]} และการเสียชีวิตของ สตีฟ บิโกนักเคลื่อนไหวต่อต้านการแบ่งแยกสีผิวที่มีชื่อเสียงในปี 1977 ^{[ 27 ]}ในปีต่อมาการคว่ำบาตรอาวุธของสหประชาชาติซึ่งมีผลบังคับใช้อย่างหลวมๆ ตั้งแต่ปี 1962 ได้กลายเป็นข้อบังคับ^{[ 28 ]}การถอนการลงทุนทางเศรษฐกิจระหว่างประเทศจากแอฟริกาใต้ที่ตามมาได้เพิ่มสูงขึ้น ส่งผลให้เศรษฐกิจต้องแบกรับภาระหนักอย่างมาก เมื่อรวมกับปัญหาร้ายแรงเหล่านี้ รากฐานของนโยบายต่างประเทศระดับภูมิภาคของประเทศก็เผชิญกับการล่มสลายและการเปลี่ยนแปลงอย่างสมบูรณ์เมื่อสิ้นสุดการปกครองของโปรตุเกสในแองโกลาและโมซัมบิกในปี 1975 ^{[ 29 ]}และการเจรจายุติการปกครองของชนกลุ่มน้อยผิวขาวในโรดีเซียของเอียน สมิธ ในปี 1979 ^{[ 30 ]}เมื่อแอฟริกาใต้เข้าไปเกี่ยวข้องกับสงครามชายแดนในแอฟริกาตะวันตกเฉียงใต้ ( นามิเบียในปัจจุบัน) และแองโกลามากขึ้น กองทัพเรือจึงเริ่มปรับเปลี่ยนมุมมองและองค์กรระหว่างประเทศจากเดิม รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมในขณะนั้นพีดับบลิว โบธาประสบความสำเร็จในการแสวงหาความสัมพันธ์ทางทหารกับอิสราเอลและมีการสั่งซื้อเรือโจมตีขีปนาวุธ "Reshef" จำนวน 9 ลำ ซึ่งเป็น เรือ ชั้น Warrior ที่ประจำ การในแอฟริกาใต้ ในปี 1974 ^{[ 21 ]}หลังจากการลุกฮือของโซเวโตและการคว่ำบาตรอาวุธ ที่ตามมา แอฟริกาใต้ถูกบังคับให้ยอมรับการยกเลิกการจัดซื้อเรือรบครั้งสำคัญอีกครั้ง ได้แก่เรือฟริเกตเบา Type-69A ใหม่ 2 ลำ และเรือดำน้ำชั้นAgosta 2 ลำ จากฝรั่งเศส^{[ 31 ]}

ในปี พ.ศ. 2530 แอฟริกาใต้ได้สั่งสร้างเรือสนับสนุนการเติมเสบียงSAS Drakensberg  ซึ่งออกแบบและสร้างขึ้นในประเทศ เรือลำ นี้สร้างขึ้นที่เมืองเดอร์บันและยังคงเป็นเรือรบที่ใหญ่ที่สุดและทันสมัยที่สุดเท่าที่เคยสร้างมาในแอฟริกาใต้ สามปีก่อนหน้านั้น เรือสนับสนุนลำอื่นของกองทัพเรือ คือSAS Tafelberg ได้รับการปรับปรุงใหม่ ซึ่งเพิ่มขีดความสามารถในการปฏิบัติการสะเทินน้ำสะเทินบก อย่างมาก นับเป็นการเพิ่มอิทธิพลของกองทัพเรืออย่างแท้จริงTafelbergสามารถส่งกำลังพลขึ้นบกได้หนึ่งกองร้อย เรือยกพลขึ้นบกหกลำ เฮลิคอปเตอร์ขนาดกลางสองลำ และติดตั้งโรงพยาบาลขนาดเล็กได้^{[ 31 ] [ 20 ]}ตลอดทศวรรษนั้น กองทัพเรือแอฟริกาใต้ยังคงมีส่วนร่วมในสงครามชายแดนและการป้องกันชายฝั่ง เป็นเวลา 23 ปี (พ.ศ. 2519-2532) ที่กองทัพเรือแอฟริกาใต้รักษาการควบคุมทางทะเล อย่างเด็ดเดี่ยว รอบแอฟริกาตอนใต้ และให้การสนับสนุนที่มีค่าแก่ปฏิบัติการทางบก^{[ 32 ]}เมื่อสิ้นสุดทศวรรษ 1980 ขณะที่การปกครองของชนกลุ่มน้อยผิวขาวกำลังจะสิ้นสุดลงจากการเจรจากองทัพเรือได้สูญเสียเรือรบผิวน้ำขนาดใหญ่ทั้งหมด มีขีดความสามารถในการต่อต้านเรือดำน้ำ/ต่อต้านอากาศยานลดลงอย่างมากในทุกด้าน และเกือบจะโดดเดี่ยวจากนานาชาติโดยสิ้นเชิง^{[ 10 ]}ขณะที่แอฟริกาใต้ถอนตัวออกจากการปฏิบัติการด้านความมั่นคงภายนอกและภายในกองทัพป้องกันประเทศแอฟริกาใต้ก็ประสบกับการตัดงบประมาณอย่างรุนแรง กองทัพเรือต้องทนกับการลดจำนวนบุคลากรลง 23% ^{[ 20 ]}การยุบหน่วยนาวิกโยธิน การปิดกองบัญชาการทหารเรือสองแห่ง (กองบัญชาการทหารเรือตะวันออกและกองบัญชาการทหารเรือตะวันตก) ฐานทัพเรือสองแห่งที่เคปทาวน์และวอลวิสเบย์และการยุติโครงการที่ค่อนข้างก้าวหน้าในการสร้างเรือดำน้ำทดแทนภายในประเทศ^{[ 33 ]}อย่างไรก็ตาม สิ่งที่เป็นผลดีต่อกองทัพเรือในช่วงเวลานี้คือการได้มาซึ่งเรือขนส่ง/เติมเสบียงอเนกประสงค์SAS Outeniqua  ซึ่งเป็นเรือขนส่งเสบียงในแถบอาร์กติกที่สร้างโดยสหภาพโซเวียตในเดือนกันยายน พ.ศ. 2535 เพื่อทดแทนเรือ Tafelbergที่มีอายุ 35 ปี^{[ 34 ]}

แม้จะมีการลดงบประมาณอย่างเข้มงวด แต่กองทัพเรือก็เป็นผู้นำในการฟื้นฟูแอฟริกาใต้ให้กลับเข้าสู่ประชาคมระหว่างประเทศอย่างช้าๆ รวมถึงการเป็นสาธารณรัฐในเครือจักรภพเมื่อวันที่ 1 มิถุนายน 1994 ก่อนการเลือกตั้งครั้งสำคัญในปี 1994 เสียอีก ในปี 1990 เรือสำรวจSAS Protea กลายเป็นเรือรบของแอฟริกาใต้ลำแรกที่เดินทางเยือนยุโรปนับตั้งแต่ปี 1972 และในปีเดียวกันนั้น เรือSAS Drakensberg และเรือรบโจมตีชั้น Warrior สองลำ คือSAS Jan Smuts และSAS Hendrik Mentz ได้เดินทางไปยังไต้หวันซึ่งถือเป็นครั้งแรกที่เรือของแอฟริกาใต้ได้เดินทางไปยังตะวันออกไกลนับตั้งแต่ปี 1945 การเยือนต่างประเทศอื่นๆ ในปีต่อๆ มา ได้แก่ ซาอีร์ เคนยา บังกลาเทศ ตุรกี ฝรั่งเศส โปรตุเกส และอุรุกวัย^{[ 10 ]}ในขณะที่ " ประเทศสายรุ้ง " ได้รับการยกย่องหลังจากชัยชนะของพรรค ANC ในการเลือกตั้งประชาธิปไตยเสรีครั้งแรกในปี 1994 หนึ่งในสัญลักษณ์ที่ชัดเจนที่สุดของยุคใหม่นี้คือการที่เรือรบต่างชาติและบุคคลสำคัญจากต่างประเทศเดินทางมาเยือนท่าเรือของแอฟริกาใต้เป็นจำนวนมาก ซึ่งมักมาจากประเทศที่ไม่มีความสัมพันธ์กันมาก่อน เช่น รัสเซีย โปแลนด์ และญี่ปุ่น^{[ 19 ]}ในปี 1994 มีเรือต่างชาติ 21 ลำจาก 8 ประเทศเข้าเทียบท่าที่ท่าเรือของแอฟริกาใต้ โดยมี 26 ลำจาก 12 ประเทศในปี 1995 และ 27 ลำจาก 10 ประเทศในปี 1996 ในปี 1997 กองทัพเรือได้ฉลองครบรอบ 75 ปี โดยมี 15 ประเทศส่งเรือเข้าร่วมงานเฉลิมฉลอง

ความจำเป็นเร่งด่วนในการจัดหาอุปกรณ์ใหม่ให้กับกองทัพเรือ รวมถึงกองทัพโดยรวมหลังจากการยกเลิกมาตรการคว่ำบาตรในยุคแบ่งแยกสีผิว ได้รับการแก้ไขโดยแพ็คเกจการป้องกันเชิงกลยุทธ์ในปี 1999 ^{[ 35 ]} แพ็คเกจ ดังกล่าวเป็นที่รู้จักกันดีในชื่อ " ข้อตกลงอาวุธ " ที่น่าอัปยศ การจัดซื้อในแพ็คเกจนี้และบุคคลที่เกี่ยวข้องถูกกล่าวหาซ้ำแล้วซ้ำเล่าในเรื่องการทุจริต การฉ้อโกง และการติดสินบน^{[ 36 ]}มีการให้คำมั่นสัญญาว่าจะใช้เงินรวม 30 พันล้านแรนด์ (4.8 พันล้านดอลลาร์สหรัฐในปี 1999) ในการซื้ออุปกรณ์ทางทหารที่ทันสมัย ​​สำหรับกองทัพเรือ ส่วนแบ่งของพวกเขาทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงอย่างสิ้นเชิงจากกองกำลัง "น้ำตื้น" ที่มีเรือลาดตระเวนขีปนาวุธและเรือดำน้ำระยะสั้นที่ล้าสมัย ไปเป็นกองกำลังที่มี ขีดความสามารถในการรบ "น้ำลึก" อย่างมีนัยสำคัญ อีกครั้ง^{[ 37 ]}ในปี 2544 ด้วยคำขอเบื้องต้นจำนวน 5 ลำ ซึ่งต่อมาลดเหลือ 4 ลำ ได้มีการจัดซื้อเรือฟริเกตอเนกประสงค์Meko A200SAN ของเยอรมนี พร้อมด้วยเฮลิคอปเตอร์ประจำเรือ Super Lynx ของอังกฤษ 4 ลำ และ เรือดำน้ำดีเซล Type 209/1400 ของเยอรมนี 3 ลำ นอกจากนี้ ตั้งแต่ปี 2534 ยังมีการก่อสร้าง เรือลาดตระเวนชายฝั่งT-Craftที่ผลิตในประเทศอีก 3 ลำ^{[ 20 ]}เมื่อแอฟริกาใต้ก้าวเข้าสู่สหัสวรรษและก้าวต่อไปรัฐบาล ANCได้ค่อยๆ ฟื้นฟูกองทัพเรือให้กลับมามีอำนาจทางทะเลในระดับที่เคยเห็นครั้งสุดท้ายในช่วงทศวรรษ 1960 และ 1970 และประสบความสำเร็จในการบูรณาการกองทัพเรือกลับเข้าสู่ปฏิบัติการทางทะเลกับพันธมิตรระดับภูมิภาคและระดับนานาชาติ^{[ 10 ]}

เรือ Meko A200SAN ทั้งสี่ลำ ซึ่งเป็นเรือชั้น Valour ที่ ประจำการ ในกองทัพเรือแอฟริกาใต้ ได้รับการประจำการตั้งแต่ปี 2549 ด้วยงบประมาณรวม 9.65 พันล้านแรนด์ และกลายเป็น "เรือรบผิวน้ำที่ทรงพลังที่สุดในแอฟริกาใต้สะฮารา และ...ฟื้นฟูความเป็นเลิศทางกองทัพเรือของแอฟริกาใต้" ^{[ 38 ]}เรือชั้นนี้สร้างขึ้นด้วยหลักการออกแบบที่เน้นการพรางตัว ทำให้มีสัญญาณเรดาร์ที่เล็กกว่าเรือขนาดใกล้เคียงกันถึง 50% ปล่อยรังสีอินฟราเรดน้อยลง 75% ต้นทุนตลอดอายุการใช้งานต่ำกว่า 20% ระวางขับน้ำต่ำกว่า 25% และมีลูกเรือน้อยลง 30% ^{[ 39 ]}เรือฟริเกตทั้งสี่ลำได้รับการออกแบบมาโดยเฉพาะเพื่อปฏิบัติการอย่างต่อเนื่องในสภาพทะเลนอกชายฝั่งแอฟริกาใต้ สามารถปฏิบัติภารกิจได้หลากหลาย ตั้งแต่การบังคับใช้กฎหมายทางทะเลการสนับสนุนพลเรือน ไปจนถึงปฏิบัติการทางทหาร เช่น การปิดกั้นพื้นที่ การสนับสนุนการยิง และการรวบรวมข้อมูลข่าวกรอง เฮลิคอปเตอร์ SuperLynx ที่ประจำการอยู่บนเรือ ช่วยปรับปรุงและขยายการเฝ้าระวัง ตลอดจนเพิ่มขีดความสามารถในการปฏิบัติการโดยรวมอย่างมีนัยสำคัญ ด้วยการกลับมาใช้งานเรือรบอเนกประสงค์แบบหลายภารกิจอีกครั้ง เรือชั้น Valour ได้รับการยกย่องว่าเป็นแพลตฟอร์มต่อต้านเรือผิวน้ำ ต่อต้านอากาศยาน และต่อต้านเรือดำน้ำระดับภูมิภาคที่ทันสมัย ​​น่าประทับใจ และสำคัญSAS Amatola  , SAS Isandlwana  , SAS Spioenkop และSAS Mendi มีแท่นยิงสี่เซลล์สองแท่นสำหรับขีปนาวุธพื้นผิวสู่พื้นผิว Exocet จำนวน 8 ลูก ขีปนาวุธ Umkhonto VLS ที่ผลิตในประเทศจำนวน 16 ถึง 32 เซลล์ สำหรับการป้องกันภัยทางอากาศ ปืนหลัก OTO Melara ขนาด 76 มิลลิเมตร (3.0 นิ้ว) หนึ่งกระบอก ปืนอเนกประสงค์Denel ขนาด 35 มิลลิเมตร (1.4 นิ้ว) สอง กระบอก ปืนใหญ่  Oerlikon ขนาด 20 มิลลิเมตร (0.79 นิ้ว)  สองกระบอกและปืนควบคุมระยะไกลขนาด 12.7 มิลลิเมตร (0.50 นิ้ว) สองกระบอก ^{[ 39 ]}อย่างไรก็ตาม ณ ปี 2024 การตัดงบประมาณส่งผลให้มีเรือฟริเกตเพียงลำเดียวจากสี่ลำที่ยังคงใช้งานได้^{[ 40 ]}  

เนื่องจากกองทัพเรือแอฟริกาใต้มีเรือรบผิวน้ำหลักเพียงสี่ลำเท่านั้น เพื่อเป็นการปรับปรุงความพร้อมใช้งานของสินทรัพย์ในการปฏิบัติการลาดตระเวนชายฝั่งตามปกติมากขึ้น และลดภาระให้กับเรือรบที่ทันสมัยแต่ไม่เหมาะสม จึงได้ มีการปรับปรุง เรือรบโจมตีชั้น Warrior ที่ ปลดประจำการไปแล้วสาม ลำให้ทันสมัยและนำกลับมาประจำการใหม่เป็นเรือลาดตระเวนชายฝั่ง (OPV) ระหว่างปี 2012 ถึง 2014 ได้แก่SAS Isaac Dyobha  , SAS Galeshewe และSAS Makhanda  ^{[ 41 ] [ 42 ]}ณ เดือนกุมภาพันธ์ 2023 เหลือเพียงMakhandaที่ยังคงประจำการอยู่ ตั้งแต่เดือนมิถุนายน 2022 กองเรือลาดตระเวนได้รับการเสริมกำลังด้วยการเข้าประจำการของSAS King Sekhukhune Iซึ่ง เป็น เรือลาดตระเวนชายฝั่งแบบหลายภารกิจ (MMIPV) ลำแรกจากทั้งหมดสามลำที่กำลังก่อสร้างโดยอู่ต่อเรือ Damen Shipyards Cape Town

โดยหลักแล้ว กองเรือลาดตระเวนจะปฏิบัติภารกิจทางเรือแบบดั้งเดิมมากขึ้น เช่น การลาดตระเวน ในเขตเศรษฐกิจพิเศษของแอฟริกาใต้และการบังคับใช้กฎหมายทางทะเล ภารกิจทั่วไป ได้แก่ การต่อต้านการลักลอบขนสินค้า การตรวจสอบการเข้าเมืองอย่างผิดกฎหมาย การค้นหาและช่วยเหลือ การตรวจสอบการประมง และการป้องกันชายแดนตามปกติ ด้วยความสามารถในการปฏิบัติการไกลออกไปในแหลมและรับมือกับทะเลที่มักจะมีคลื่นลมแรง กองเรือลาดตระเวนจึงคาดว่าจะช่วยเสริมศักยภาพการรบของกองทัพเรือ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อทำการลาดตระเวนต่อต้านโจรสลัดใน^{ช่องแคบ}โมซัมบิก^[ 43 ^]

เพื่อสะท้อนบทบาทใหม่ในการรักษาความสงบเรียบร้อย เรือ Warriors จึงได้ถอดเครื่องยิงขีปนาวุธ Skerpioen รุ่นเก่า และปืนขนาด 76 มม. ที่ท้ายเรือออก แทนที่ด้วยเรือที่สามารถรองรับ เรือยางท้องแข็งขนาด เล็ก (RHIB) และ นาวิกโยธินจำนวนจำกัดสำหรับการขึ้นเรือต้องสงสัย รวมถึงยังคงปืนใหญ่ขนาด 20 มม. และปืนกลหนักขนาด 12.7 มม. เดิมไว้ ^{[ 44 ]}   

ณ ปี 2020 เรือกวาดทุ่นระเบิดชายฝั่ง ชั้น River จำนวน 4 ลำ ยังคงประจำการอยู่ในกองทัพเรือแอฟริกาใต้ แม้ว่า 2 ลำจะลดการใช้งานลงก็ตาม เชื่อกันว่าเรือเหล่านี้สูญเสียความสามารถในการค้นหาทุ่นระเบิดเนื่องจากการปลดระวางยานใต้น้ำอัตโนมัติ (AUV) รุ่น PAP104 ที่ล้าสมัย แม้ว่าจะยังคงมีห้องลดความดันสำหรับดำน้ำปฏิบัติการอยู่ แต่เรือชั้น River ในปัจจุบันถูกใช้งานในภารกิจป้องกันชายฝั่งทั่วไป และติดตั้ง ปืนใหญ่ Oerlikon ขนาด 20 มม. 1 กระบอก ปืนกลขนาด 12.7  มม. 2 กระบอก และเรือยาง RHIB ^{[ 45 ]}

นอกจากเรือชั้น Warrior และ River แล้ว ยังมีเรือชั้น T Craft ที่ทันสมัยกว่า โดยเข้าประจำการ 3 ลำตั้งแต่ปี 1992 เรือเหล่านี้สร้างด้วย โครงสร้าง แบบเรือ สองลำตัวคล้ายเรือคาตามารัน ที่ทำจากพลาสติกเสริมใยแก้วแบบแซนด์วิช และสร้างขึ้นสำหรับอิสราเอลอีก 3 ลำในปี 1997 เรือ T Craft มีโครงสร้างที่เบากว่าและขนาดเล็กกว่า จึงสามารถลาดตระเวนรักษาความปลอดภัยทางทะเลได้ใกล้ชายฝั่งมากขึ้น และตรวจสอบอ่าวและเวิ้งน้ำต่างๆ เรือ SAS Tobie , SAS Ternและ SAS Tekwaneติดตั้ง ปืนกล Browning ขนาด 12.7 มม. หนึ่งกระบอก และสามารถบรรทุกเรือยาง RHIB พร้อมทหารราบนาวิกโยธิน จำนวนเล็กน้อย เพื่อตรวจสอบเรือได้^{[ 46 ]}

ระหว่างปี 2547 ถึง 2551 เรือดำน้ำ Type 209/1400 ที่สร้างโดยเยอรมนีจำนวน 3 ลำ ถูกส่งมอบเพื่อทดแทนเรือดำน้ำชั้นDaphné ที่ล้าสมัย เรือดำน้ำชั้น Heroineถือเป็นการยกระดับกองกำลังใต้น้ำของกองทัพเรืออย่างมีนัยสำคัญ เนื่องจากมีความก้าวหน้าอย่างมากในด้านประสิทธิภาพและความทนทานใต้น้ำ^{[ 47 ]}

ณ ปี 2020 แอฟริกาใต้เป็นหนึ่งในสามรัฐในทวีปแอฟริกา ร่วมกับแอลจีเรียและอียิปต์ที่มีเรือดำน้ำใช้งานอยู่ และเป็นรัฐเดียวใน ภูมิภาค ซับซาฮาราในขณะเดียวกัน ความสามารถนี้ก็มีความเสี่ยงที่จะลดลง ณ ปี 2019 มีรายงานว่าเรือดำน้ำสองลำจำเป็นต้องได้รับการปรับปรุง "อย่างเร่งด่วนและครบถ้วน" แนวทางที่แนะนำคือให้เริ่มขั้นตอนการทำสัญญาในปี 2020 รายงานประจำปี ของ Armscorต่อรัฐสภาระบุว่า หากการปรับปรุงไม่เกิดขึ้น ความสามารถของเรือดำน้ำจะไม่สามารถใช้งานได้หลังจากปีงบประมาณ 2022/23 ^{[ 48 ]}ณ เดือนมีนาคม 2021 ขั้นตอนการทำสัญญายังไม่ได้เริ่มต้น และยังไม่มีการประกาศวันที่สำหรับการอัปเกรดเรือดำน้ำใดๆ^{[ 49 ]}

ในเดือนสิงหาคม 2021 มีรายงานว่าเรือดำน้ำ Charlotte Maxekeกำลังได้รับการปรับปรุงใหม่ที่อู่ต่อเรือ Armscor มีรายงานว่ามีการจัดสรรงบประมาณจำนวน 189 ล้านแรนด์ เพื่อให้มั่นใจว่าการปรับปรุงใหม่จะแล้วเสร็จภายในปีงบประมาณ 2023/24 ส่วนงบประมาณสำหรับการปรับปรุงใหม่เรือดำน้ำQueen Modjadjiนั้นไม่มี อย่างไรก็ตาม มีรายงานว่ากองทัพเรือให้ความสำคัญกับการบำรุงรักษาและซ่อมแซมที่จำเป็นของเรือดำน้ำ SAS Manthatisi (ซึ่งได้รับการปรับปรุงใหม่ครั้งล่าสุดในปี 2013/14) เพื่อให้มั่นใจว่า "สามารถปฏิบัติการได้รวดเร็ว" ^{[ 50 ]} ณ ปี 2024 ไม่มีเรือดำน้ำลำใดที่พร้อมใช้งานในทะเล^{[ 40 ]}

เรือชั้น Heroine มีความซับซ้อนสูง นอกจากประโยชน์ในการต่อต้านเรือแบบดั้งเดิมและการปิดกั้นพื้นที่แล้ว ยังมีประโยชน์ในการรวบรวมข้อมูลข่าวกรองผ่านการส่งกำลังพิเศษอีกด้วย มีการดัดแปลงเรือชั้นนี้หลายครั้งเพื่อให้สามารถดำเนินการปฏิบัติการลับเหล่านี้ได้^{[ 20 ]}

ปัจจุบัน Heroines ติดตั้งเฉพาะท่อตอร์ปิโด แบบปกติเท่านั้น แต่มีศักยภาพในการบูรณาการ UGM-84 Harpoon เป็นตัวเลือกเพิ่มเติม เพื่อเพิ่มศักยภาพในการต่อต้านเรือ อย่างไรก็ตาม ณ ปี 2020 ยังไม่มีการใช้งาน ในทำนองเดียวกัน แม้ว่าปัจจุบันจะไม่สามารถใช้งานอาวุธโจมตีภาคพื้นดินได้ แต่เยอรมนีกำลังพัฒนาขีปนาวุธพิสัยกลางIDASสำหรับเรือ Type 209 ของตนเอง ซึ่งจะมุ่งเป้าไปที่ภัยคุกคามทางอากาศเป็นหลัก แต่ยังรวมถึงเรือผิวน้ำขนาดเล็กและเป้าหมายบนบกชายฝั่งด้วย^{[ 51 ]}

หลังจากการปลดประจำการของSAS Outeniqua ในปี 2547 SAS Drakensberg จึงเป็นเรือเติมเสบียงประจำกองเรือเพียงลำเดียวที่มีบทบาทหลักในการสนับสนุนเรือรบในทะเล^{[ 52 ]} Drakensbergยังได้รับการดัดแปลงให้สามารถบรรทุกเรือยาง RHIB สองลำ รวมถึงเรือลำเลียงพลขึ้นบก (LCU) สองลำสำหรับการใช้งานสะเทินน้ำสะเทินบกแบบจำกัด นับตั้งแต่สิ้นสุดการปกครองโดยชนกลุ่มน้อยDrakensbergได้ดำเนินการปฏิบัติการด้านมนุษยธรรมและต่อต้านโจรสลัดมากมาย แสดง 'ธงสีรุ้ง' อย่างสม่ำเสมอในการเดินทางเพื่อไมตรีจิตทั่วโลก และนำแอฟริกาใต้กลับเข้าสู่การฝึกซ้อมทางทะเลระหว่างประเทศอีกครั้ง^{[ 53 ]}

กองทัพเรือแอฟริกาใต้ยังคงใช้งานเรือสำรวจทางอุทกศาสตร์เฉพาะทาง SAS Protea ซึ่งประจำการในปี พ.ศ. 2515 ^{[ 54 ]}

กองนาวิกโยธินแอฟริกาใต้ก่อตั้งขึ้นครั้งแรกในฐานะหน่วยย่อยของกองทัพเรือในปี 1951 จนถึงปี 1955 และได้รับการปรับปรุงใหม่ในปี 1979 จนถึงปี 1990 โดยมีวัตถุประสงค์หลักเพื่อปกป้องท่าเรือของประเทศ^{[ 14 ]}นาวิกโยธินยังทำหน้าที่เป็นทหารราบปกติในช่วงสงครามจนถึงปี 1988 รวมถึง ปฏิบัติการ ต่อต้านการก่อความไม่สงบภายในแอฟริกาใต้^{[ 55 ]}นาวิกโยธินมี ความสามารถ ในการยกพลขึ้นบกโดยปฏิบัติการจากSAS Tafelberg และ SAS Drakensberg โดยมีการจัดตั้งกองร้อยชั้นยอดชื่อ Marine Amphibious Company (MAC) เพื่อให้มั่นใจถึงความสามารถในการยกพลขึ้นบกบนชายหาดสำหรับกองกำลังเฉพาะกิจขนาดใหญ่ พร้อมกับหน่วยลาดตระเวนชั้นยอดขนาดเล็กระหว่างปี 1983 ถึง 1989 นาวิกโยธินถูกยุบเมื่อวันที่ 18 ^{มกราคม} 1990 หลังจากการปรับโครงสร้างครั้งใหญ่ของกองทัพเรือเมื่อสิ้นสุดสงครามชายแดนแอฟริกาใต้ [ ^{56 ]}

ในปี พ.ศ. 2548 มีการตัดสินใจจัดตั้งกองกำลังเคลื่อนพลเร็วทางทะเลเพื่อให้แอฟริกาใต้สามารถทุ่มเทให้กับปฏิบัติการรักษาสันติภาพทั่วทวีปมากขึ้น โดยเฉพาะในภูมิภาคทะเลสาบใหญ่ในปี พ.ศ. 2549 กองกำลังนี้ได้กลายเป็นกองเรือตอบโต้ทางทะเลกองเรือตอบโต้ทางทะเลให้บริการเรือสะเทินน้ำสะเทินบก เรือดำน้ำ และเรือขนาดเล็กแก่กองทัพเรือ โดยส่งกำลังพลกองทัพเรือแอฟริกาใต้ที่ได้รับการฝึกฝนด้านทหารราบไปปฏิบัติภารกิจรักษาสันติภาพต่างๆ ในทวีปแอฟริกา รวมถึงช่วยเหลือในการปฏิบัติการขึ้นเรือในทะเล และการช่วยเหลือด้านมนุษยธรรมและการบรรเทาภัยพิบัติ^{[ 57 ]}

ฝูงบินประกอบด้วยส่วนประกอบดังต่อไปนี้: ^{[ 58 ]}

• กองเรือปฏิบัติการ (Operational Boat Division - OBD) ประกอบด้วย เรือลาดตระเวนท่าเรือ ชั้นนามาคูร์รา 10 ลำ และเรือลำเลียงพลอเนกประสงค์ชั้นลิมา 6 ลำ
• กองพลตอบโต้ (Reaction Force Division - RFD) ประกอบด้วยกองร้อยนาวิกโยธิน 1 กองร้อย พร้อมด้วยหน่วยบัญชาการและสนับสนุน
• กองปฏิบัติการดำน้ำ (ODD) ประกอบด้วยทีมดำน้ำปฏิบัติการ 4 ทีม ทีมละ 17 นักดำน้ำ

กองทัพเรือแอฟริกาใต้ยังคงรักษาบทบาทดั้งเดิมในการเป็นเครื่องยับยั้งทางทหารที่น่าเชื่อถือ ปกป้องผลประโยชน์ของแอฟริกาใต้จากการโจมตีของศัตรูที่อาจเกิดขึ้น และเข้าร่วมใน ภารกิจรักษาสันติภาพ ของสหภาพแอฟริกาเนื่องจากโอกาสที่จะเกิดการปะทะทางทะเลกับศัตรูแบบดั้งเดิมนั้นน้อยมาก กองทัพเรือแอฟริกาใต้ในปัจจุบันจึงมุ่งเน้นการปฏิบัติการต่อต้านโจรสลัด การคุ้มครองการประมง และการต่อต้านการลักลอบขนสินค้าเป็นหลัก^{[ 20 ]}

กองทัพเรือ แอฟริกาใต้มักจะทำการฝึกซ้อมร่วมกับประเทศอื่นๆ เช่นกองทัพเรือสหรัฐอเมริกา (การฝึกซ้อม Shared Accord/Southern Accord) ^{[ 59 ]} กลุ่มเรือรบของนาโต (การฝึกซ้อม Amazolo) กองทัพเรือฝรั่งเศส (การฝึกซ้อมOxide ประจำปี) [ 60 ] กองทัพเรือเยอรมัน (การ ฝึกซ้อม Good Hope ทุกสองปี) ^{[ 61 ]}กองทัพเรืออังกฤษ (การฝึกซ้อมเฉพาะกิจเมื่อ มาเยือนน่านน้ำแอฟริกาใต้) ^{[ 62 ]}กองทัพเรืออินเดีย(การฝึกซ้อม IBSAMAR ทุกสองปี) และกองทัพเรือของ^อุรุกวัย^และบราซิล( การ ^ฝึกซ้อม Atlasur และ IBSAMAR) ^{[ 63 ]}

สำหรับการแข่งขันฟุตบอลโลก FIFA ปี 2010กองทัพเรือได้จัดให้มีการรักษาความปลอดภัยทางอากาศและทางทะเลโดยการส่งเรือฟริเกต 3 ลำไปประจำการเป็นเรือรักษาการณ์นอกชายฝั่งเมืองเดอร์บันพอร์ตเอลิซาเบธและเคปทาวน์^{[ 64 ]}

งบประมาณด้านการป้องกันประเทศของแอฟริกาใต้มีแนวโน้มลดลงมาตั้งแต่ปี 1994 เมื่อค่าใช้จ่ายอยู่ที่ 4.56% ของ GDP ในปี 2010 ระดับดังกล่าวอยู่ที่ 1.92% และในปี 2020 คาดว่าค่าใช้จ่ายจะลดลงเหลือประมาณ 0.59% ซึ่งเป็นระดับต่ำสุดนับตั้งแต่ปี 1960 ^{[ 83 ] [ 84 ]}สำหรับปี 2020/21 งบประมาณด้านการป้องกันประเทศรวมทั้งสิ้น 52.4 พันล้านแรนด์ (2.4 พันล้านปอนด์^{[ 85 ]} ) ^{[ 86 ]}โดยกองทัพเรือแอฟริกาใต้ได้รับการจัดสรร 4.9 พันล้านแรนด์ (226 ล้านปอนด์^{[ 85 ]} ) ประมาณ 9% ^{[ 87 ]}อย่างไรก็ตาม การใช้จ่ายด้านการป้องกันประเทศของแอฟริกาใต้ไม่ได้สอดคล้องกับระดับเงินเฟ้อในปัจจุบัน ซึ่งเฉลี่ยอยู่ที่ 5% ต่อปี^{[ 88 ]}ซึ่งผลักดันให้กระทรวงกลาโหมตกอยู่ในภาวะยากลำบากทางการเงินและผลกระทบต่อการดำเนินงานมากขึ้น

โดยรวมแล้ว งบประมาณด้านกลาโหมสำหรับปี 2020/21 ได้รับการจัดสรรเงินทุนเพียง 87% ของจำนวนที่ต้องการ ซึ่งขาดไป 9.4 พันล้านแรนด์ (433 ล้านปอนด์^{[ 85 ]} ) ^{[ 86 ]}กองทัพเรือแอฟริกาใต้สำหรับปี 2020/21 ได้รับการจัดสรรเพียง 65% ของจำนวนที่ต้องการ ซึ่งขาดไป 2.8 พันล้านแรนด์ (130 ล้านปอนด์^{[ 85 ]} ) อันเป็นผลมาจากสถานการณ์ทางการเงินที่ย่ำแย่ลง กองทัพเรือได้เตือนว่าพวกเขาจะประสบปัญหาอย่างหนักในการรักษาสมรรถนะ ระดับการลงทุน และพันธกรณีระหว่างประเทศในปัจจุบัน^{[ 87 ]}อันเป็นผลมาจากCOVID-19รวมถึงปัญหาที่เกิดขึ้นอย่างต่อเนื่องในเศรษฐกิจของแอฟริกาใต้คาดว่า GDP จะลดลง 5.6% ในปี 2020/21 ซึ่งจะมีผลกระทบอย่างมากต่อประเทศและกองทัพเรือแอฟริกาใต้^{[ 89 ]}

ในปี 2013/14 กองทัพเรือแอฟริกาใต้มีเป้าหมายการฝึกในทะเลปีละ 22,000 ชั่วโมง แต่ในปี 2018/19 ตัวเลขนี้ลดลงเหลือ 12,000 ชั่วโมง และลดลงอีกเหลือ 10,000 ชั่วโมงต่อปีตั้งแต่ปี 2019/20 ^{[ 90 ]}กองทัพเรือยอมรับว่าต้องการเวลาฝึกในทะเลอย่างน้อย 12,000 ชั่วโมง (500 วัน) ต่อปี เพื่อฝึกอบรมบุคลากรอย่างเพียงพอ โดยต้องใช้เวลาอย่างน้อย 7,800 ชั่วโมงต่อปีในการปฏิบัติภารกิจด้านการป้องกันชายแดน ความมั่นคงทางทะเล และการต่อต้านโจรสลัด^{[ 91 ]}แม้จะมีข้อกำหนดเหล่านี้ แต่ในปี 2019/20 กองทัพเรือแอฟริกาใต้มีทรัพยากรทางการเงินเพียงพอสำหรับการฝึกในทะเลเพียง 6,000 ชั่วโมง และจัดสรรเวลาสำหรับการปฏิบัติภารกิจเพียง 4,320 ชั่วโมงเท่านั้นพลเรือโทฮลองวาเนได้เตือนว่า:

"หากชั่วโมงการเดินเรือในทะเลลดลงต่ำกว่า 10,000 ชั่วโมงต่อปี กองทัพเรือแอฟริกาใต้จะเสื่อมถอยลงอย่างรวดเร็ว และ...การลดชั่วโมงการเดินเรือในทะเลลงอีกจะส่งผลกระทบอย่างรุนแรงต่อการฝึกอบรมส่วนบุคคลและทีมในทะเล การรักษาความปลอดภัยในทะเล และการเดินเรืออย่างปลอดภัยของเรือกองทัพเรือแอฟริกาใต้ทั้งหมด" ^{[ 91 ]}

นอกจากนี้ กองทัพเรือแอฟริกาใต้ยังเผชิญกับปัญหาการขาดแคลนทักษะอย่างรุนแรง ซึ่งส่งผลกระทบอย่างมากต่อ ความพร้อมใช้งาน ของเรือ พลเรือโทฮลองวาเน กล่าวว่า "ความสามารถด้านวิศวกรรมของกองทัพเรือในปัจจุบันมีจำกัดอย่างมาก ซึ่งจะส่งผลกระทบต่อความปลอดภัยและความสามารถในการเดินเรือของเรือและเรือดำน้ำ และความสามารถในการปฏิบัติการมากขึ้นเรื่อยๆ" ^{[ 92 ]}ปัจจุบันเป็นเรื่องที่น่ากังวลว่ากองทัพเรือแอฟริกาใต้มีทักษะที่จำเป็นในการจัดกำลังพลประจำเรือรบและเรือดำน้ำที่มีความซับซ้อนสูงหลายลำพร้อมกันหรือไม่

แม้ว่าปัจจุบันแอฟริกาใต้จะประสบวิกฤตงบประมาณด้านการป้องกันประเทศ แต่การซื้อเรือลาดตระเวนชายฝั่งใหม่ 3 ลำ (IPV)ซึ่งเรียกว่าโครงการ Biro และการจัดซื้อเรือสำรวจทางอุทกศาสตร์ใหม่ โครงการ Hotel ก็ได้รับการอนุมัติในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมา การจัดซื้อเหล่านี้เชื่อมโยงกับเป้าหมายที่กว้างขึ้นของรัฐบาลในการพัฒนาเศรษฐกิจทางทะเล – ปฏิบัติการ Phakisa ^{[ 93 ] [ 94 ]}ด้วยการนำเข้าและส่งออกถึง 90% ที่ขึ้นอยู่กับทะเล เขตเศรษฐกิจพิเศษของแอฟริกาใต้ซึ่งมีรายงานว่าอุดมไปด้วยทรัพยากรธรรมชาติ และการสูญเสียที่คาดการณ์ไว้เกือบ 23 พันล้านดอลลาร์ต่อปีจากการประมงที่ผิดกฎหมายและไม่ได้รับการควบคุม กองทัพเรือแอฟริกาใต้จึงได้โต้แย้งอย่างประสบความสำเร็จว่าความมั่นคงทางทะเลมีความสำคัญต่อผลประโยชน์ของชาติและการพัฒนาเศรษฐกิจ^{[ 95 ]}

กองบัญชาการกองเรือประกอบด้วยเรือและหน่วยทั้งหมดของกองทัพเรือ ยกเว้นกองบัญชาการกองทัพเรือที่พรีโทเรีย กองบัญชาการกองเรือตั้งอยู่ที่ไซมอนส์ทาวน์ ภายใต้การควบคุมของนายพลประจำกองเรือ^{[ 107 ]}

หน่วยงานทั้งสี่มีหน้าที่รับผิดชอบในการควบคุมกองบัญชาการกองเรือในแต่ละวัน: ^{[ 107 ] : 70}

• ผู้อำนวยการฝ่ายเตรียมความพร้อมกำลังรบ (DFPP) มีหน้าที่รับผิดชอบการดำเนินงานประจำวันของเรือและเรือดำน้ำ และการรับรองความพร้อมในการปฏิบัติการ กองเรือตอบโต้ทางทะเลและศูนย์บัญชาการทางทะเลก็ขึ้นตรงกับ DFPP ด้วยเช่นกัน
• ผู้อำนวยการฝ่ายทรัพยากรบุคคลด้านการเดินเรือ (DFHR) มีหน้าที่รับผิดชอบด้านการฝึกอบรมและการจัดกำลังคนทั้งหมด รวมถึงควบคุมหน่วยฝึกอบรมต่างๆ ด้วย
• ผู้อำนวยการฝ่ายประกันคุณภาพกองเรือ (DFQA) มีหน้าที่รับผิดชอบผลผลิตของกองบัญชาการกองเรือ และตรวจสอบการประกันคุณภาพทั่วทั้งกองบัญชาการกองเรือ
• ผู้อำนวยการฝ่ายโลจิสติกส์ยานพาหนะ (DFL) มีหน้าที่รับผิดชอบหน่วยงานด้านโลจิสติกส์ทั้งหมด รวมถึงการบำรุงรักษาฝูงยานพาหนะด้วย

กองทัพเรือดำเนินการฐานทัพเรือดังต่อไปนี้: ^{[ 107 ] : 149}

• ฐานทัพเรือไซมอนส์ทาวน์ – ฐานทัพเรือที่ใหญ่ที่สุดและหลักที่กองทัพเรือแอฟริกาใต้ใช้ในปัจจุบัน สร้างขึ้นโดยบริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ในปี 1743 และต่อมาได้รับการพัฒนาโดยกองทัพเรืออังกฤษ ฐานทัพแห่งนี้ถูกโอนให้แก่แอฟริกาใต้ในปี 1957 ตามข้อตกลงไซมอนส์ทาวน์ และขยายเพิ่มเติมในปี 1975 ไซมอนส์ทาวน์เป็นท่าเรือหลักของกองเรือฟริเกตและเรือดำน้ำ รวมถึงเป็นที่ตั้งของสิ่งอำนวยความสะดวกด้านการฝึกอบรมด้วย
• ฐานทัพเรือเดอร์บัน – สร้างขึ้นในช่วงสงครามโลกครั้งที่สองเพื่อให้บริการการประจำการของเรือรบนอกชายฝั่งตะวันออกของแอฟริกาได้ดียิ่งขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งหลังจากที่ญี่ปุ่นประกาศสงครามในปี 1941 ^{[ 16 ]}ในปี 2002 เดอร์บันถูกลดระดับเป็นสถานีทหารเรือ โดยโครงสร้างพื้นฐานส่วนใหญ่ถูกกองทัพบก เข้าควบคุม และต่อมาถูกทิ้งร้าง ในปี 2012 มีการตัดสินใจที่จะปรับปรุงและขยายสิ่งอำนวยความสะดวก อย่างไรก็ตาม ในปี 2020 มีการประกาศว่าเนื่องจากข้อจำกัดด้านงบประมาณ การจัดประเภทเดอร์บันใหม่ให้เป็นฐานทัพเรือที่ใช้งานได้เต็มรูปแบบจะล่าช้าออกไปปัจจุบันสถานีแห่งนี้เป็นที่ตั้งของกองเรือลาดตระเวนชายฝั่งของกองทัพเรือ และจะยังคงเป็นเช่นนั้นต่อไปหลังจากการส่งมอบเรือลาดตระเวนชายฝั่ง/ชายฝั่งทดแทน^{[ 118 ]}
• สถานีทหารเรือพอร์ตเอลิซาเบธ – ให้การสนับสนุนกองเรือและเป็นสถานที่ต้อนรับเรือที่มาเยือน อย่างไรก็ตามไม่มีเรือขนาดใหญ่ประจำการอยู่ที่นี่^{[ 119 ]}

• SAS Saldanha  – ตั้งอยู่บนชายฝั่งตะวันตกและให้การฝึกอบรมและพัฒนาทักษะสำหรับลูกเรือ^{[ 120 ]}
• SAS Wingfield  – ตั้งอยู่ใน เขต มหานครเคปทาวน์ในอดีตเคยเป็นสถานที่ฝึกปฏิบัติสำหรับผู้ฝึกงาน แต่ปัจจุบันเปิดฝึกอบรมทั้งพลทหารและนายทหาร
• SAS Simonsberg – ตั้งอยู่ในเมืองไซมอนส์ทาวน์และให้บริการฝึกอบรมด้านการยิงปืน การต่อต้านเรือดำน้ำ การสื่อสาร การดำน้ำ และการเดินเรือ นอกจากนี้ Simonsbergยังประกอบด้วย:
  • ศูนย์ฝึกอบรมการรบทางทะเล
  • ศูนย์ฝึกอบรมเรือดำน้ำ ฝั่งตะวันออก
  • ศูนย์ฝึกอบรมการควบคุมความเสียหายจากนิวเคลียร์ ชีวภาพ และเคมี
  • ศูนย์ฝึกอบรมทางทหาร เวสต์ยาร์ด
• วิทยาลัยทหารเรือแอฟริกาใต้ – ตั้งอยู่ที่กอร์ดอนส์เบย์สถาบันแห่งนี้ให้การฝึกอบรมแก่นายทหารเรือ

ณ สิ้นปีงบประมาณ 2018/19 มีสมาชิกกองทัพเรือแอฟริกาใต้ที่ปฏิบัติหน้าที่อยู่ประมาณ 6,816 นาย ซึ่งน้อยกว่าเป้าหมาย 7,071 นายเล็กน้อย^{[ 121 ]}นอกจากนี้ยังมีเจ้าหน้าที่พลเรือนอีก 1,071 คนที่ให้การสนับสนุนกองทัพเรือ^{[ 122 ]}

ในปี 2549 หน่วยสำรองกองทัพเรือเดิมที่จำลองมาจาก ระบบ สำรองกองทัพเรือหลวงถูกปิดลง และได้มีการสร้างระบบสำรองกองทัพเรือใหม่ขึ้นมา โดยประกอบด้วยตำแหน่งสำรองประมาณ 1,000 ตำแหน่ง ตำแหน่งเหล่านี้จะถูกรวมไว้ และสมาชิกจะถูกดึงมาจากกลุ่มตำแหน่งสำรองเหล่านั้นตามความจำเป็น เพื่อเสริมกำลังให้กับหน่วยประจำการและกองร้อยบนเรือ

เนื่องจากอิทธิพลทางประวัติศาสตร์ ระบบลำดับชั้นจึงอิงตามระบบของ^{กองทัพ}เรือหลวง^{[ 123} ]

ยศนายทหารสัญญาบัตร

เครื่องหมายยศของ นาย ทหารสัญญาบัตร

กลุ่มอันดับ	นายพล / นายทหารระดับสูง										เจ้าหน้าที่ระดับสูง						นายทหารชั้นผู้น้อย
กองทัพเรือแอฟริกาใต้[ 124 ] วี ที อี
			พลเรือเอก		พลเรือโท		พลเรือตรี		พลเรือตรี(ยศต่ำกว่า)		กัปตัน		ผู้บัญชาการ		ร้อยโท		ร้อยโท		ร้อยโท			ธง

ยศอื่นๆ

เครื่องหมายยศของนายทหารชั้นประทับและพลทหาร

กลุ่มอันดับ	นายทหารชั้นประทวนอาวุโส																						นายทหารชั้นประทวนระดับล่าง						เกณฑ์ทหาร
กองทัพเรือแอฟริกาใต้[ 124 ] วี ที อี
	นายทหารสัญญาบัตรชั้น 1						นายทหารสัญญาบัตรชั้น 2		จ่าสิบเอก		นายทหารชั้นประทวน												นายทหารเรือชั้นนำ						กะลาสีเรือ						กะลาสีเรือ

กองทัพเรือแอฟริกาใต้มีเรือประจำการประมาณ 60 ลำ รวมถึงเรือฟริเกต 4 ลำ เรือดำน้ำ 3 ลำเรือลาดตระเวนชายฝั่ง 9 ลำ เรือ มิสไซล์ 1 ลำ เรือ กวาดทุ่นระเบิด 4 ลำเรือลาดตระเวนท่าเรือ 26 ลำ เรือสนับสนุนการรบ 1 ลำ เรือ สำรวจทางอุทกศาสตร์ 1 ลำ เรือลากจูง 5 ลำเรือลำเลียงพลอเนกประสงค์ 6 ลำและนอกจากนี้ยังมีเรือยางและเรือฝึก อีกจำนวนหนึ่งที่ไม่ทราบจำนวน

นอกเหนือจากกองเรือที่มีอยู่ในปัจจุบันแล้ว กองทัพเรือแอฟริกาใต้ยังได้ปลดประจำการเรือรบหลักหลายลำในช่วงหลายปีที่ผ่านมา ซึ่งได้แก่:

• เรือดำน้ำโจมตีดีเซลไฟฟ้าชั้นDaphné จำนวน 3 ลำ ( SAS Maria van Riebeeck , SAS Emily HobhouseและSAS Johanna van der Merwe ) เข้าประจำการในช่วงต้นทศวรรษ 1970 และปลดประจำการในช่วงต้นทศวรรษ 2000 โดยถูกแทนที่ด้วยเรือดำน้ำชั้น Heroine
• เรือฟริเกต Type 12 ชั้น Presidentจำนวน 3 ลำ ( SAS President Kruger , SAS President SteynและSAS President Pretorius ) ซึ่งได้มาจากกองทัพเรืออังกฤษในช่วงทศวรรษ 1950-1960 เป็นกำลังหลักของกองทัพเรือจนกระทั่งปลดประจำการในทศวรรษ 1980
• เรือพิฆาต ชั้น Wจำนวน 2 ลำ( SAS Jan van RiebeeckและSAS Simon van der Stel ) — โอนมาจากกองทัพเรืออังกฤษในช่วงทศวรรษ 1950 โดยทำหน้าที่เป็นเรือรบผิวน้ำขนาดใหญ่ที่สุดของกองทัพเรือในยุคนั้น ก่อนที่จะถูกปลดประจำการ
• เรือโจมตีเร็วชั้นวอร์ริเออร์ 8 ลำ — เรือโจมตีเร็วที่เริ่มใช้งานตั้งแต่ปลายทศวรรษ 1970 ครั้งหนึ่งเคยเป็นกำลังสำคัญในการป้องกันชายฝั่ง ปัจจุบันเหลือใช้งานเพียงลำเดียว สองลำอยู่ในกองเรือสำรอง และที่เหลือถูกปลดประจำการหรือจมลงเพื่อใช้เป็นเป้าหมาย

เรือเหล่านี้ถือเป็นสินทรัพย์ที่ทรงพลังที่สุดของกองทัพเรือในยุคนั้น โดยเป็นรากฐานของขีดความสามารถในการทำสงครามบนผิวน้ำและใต้น้ำของแอฟริกาใต้ ก่อนที่จะเปลี่ยนไปใช้กองเรือชั้น Valour และ Heroine ที่ทันสมัยกว่า