ตามที่ Cooke (1987) กล่าวไว้พระเจ้าเฮนรีที่ 3ทรงเป็นสักขีพยานในการอภิเษกของโบสถ์แซงต์ชาเปลในปารีสในปี 1248 และทรงปรารถนาที่จะสร้างโบสถ์ในพระราชวังหลักของพระองค์ที่เวสต์มินสเตอร์ให้มีความยิ่งใหญ่เทียบเท่า งานก่อสร้างดำเนินต่อไปอีกหลายปีภายใต้รัชสมัยของผู้สืบทอดตำแหน่งต่อจากพระเจ้าเฮนรี จนแล้วเสร็จราวปี 1297 ^{[ 2 ]} ในโบสถ์สองชั้นที่สร้างเสร็จแล้ว โบสถ์ชั้นบนถูกใช้โดยราชวงศ์ และโบสถ์ชั้นล่างถูกใช้โดยราชสำนักและข้าราชบริพาร

มีการบันทึกว่ามีการจัดงานแต่งงานของราชวงศ์สองครั้งในโบสถ์เซนต์สตีเฟน เมื่อวันที่ 20 มกราคม ค.ศ. 1382 พระเจ้าริชาร์ดที่ 2 ทรงอภิเษกสมรสกับแอนน์แห่งโบฮีเมียเจ้าบ่าวมีพระชนมายุ 15 พรรษา ส่วนเจ้าสาวมีพระชนมายุ 16 พรรษา^{[ 3 ]} การแต่งงานอีกครั้งเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 15 มกราคม ค.ศ. 1478 ระหว่างเจ้าชายริชาร์ด ดยุกแห่งยอร์ก เจ้าชายองค์น้อยในหอคอยลอนดอนกับแอนน์ โมว์เบรย์ [ ^{4 ] แอ}นน์มีพระชนมายุ 5 พรรษา ซึ่งแก่กว่าริชาร์ดเกือบ 1 พรรษา เมื่อพระชนมายุ 8 พรรษา แอนน์สิ้นพระชนม์ โลงพระศพของพระองค์ถูกค้นพบในห้องใต้ดินที่สเตปนีย์ในปี ค.ศ. 1964 และพระศพถูกนำไปฝังใหม่ที่มหาวิหารเวสต์มินสเตอร์ [ ^{4 ] พระ} ศพของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 พระบิดาของพระเจ้าริชาร์ดซึ่งสิ้นพระชนม์ที่พระราชวังเวสต์มินสเตอร์เมื่อวันที่ 9 เมษายน ค.ศ. 1483 ถูกนำไปยังโบสถ์เซนต์สตีเฟนในวันรุ่งขึ้น และตั้งพระศพไว้ที่นั่นเป็นเวลา 8 วันก่อนที่จะฝังพระศพที่โบสถ์เซนต์จอร์จ วินด์เซอร์^{[ 5 ]}

โทมัส แครนเมอร์ได้รับการแต่งตั้งเป็นอาร์ชบิชอปแห่งแคนเทอร์เบอรี ณ โบสถ์เซนต์สตีเฟน เมื่อวันที่ 30 มีนาคม ค.ศ. 1533 ^{[ 6 ]}หลังจากการสวรรคตของพระเจ้าเฮนรีที่ 8พระราชวังเวสต์มินสเตอร์ก็ไม่ได้เป็นที่ประทับของราชวงศ์อีกต่อไป พระโอรสของพระเจ้าเฮนรี คือพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 6ได้ออกพระราชบัญญัติยกเลิกโบสถ์น้อยในปี ค.ศ. 1545 และ 1547และโบสถ์เซนต์สตีเฟนจึงสามารถใช้เป็นห้องประชุมของสภาสามัญชนได้^{[ 7 ]}โอลิเวอร์ ครอมเวลล์ได้ทาสีห้องใต้ดินให้เป็นสีขาวและใช้เป็นคอกม้า^{[ 8 ]}

ในคืนก่อนการสำรวจสำมะโนประชากรปี 1911 เอมิลี่ เดวิสันนักเรียกร้องสิทธิสตรี ใช้เวลาค้างคืนในห้องเก็บไม้กวาดด้านหลังห้องใต้ดิน เพื่อที่จะสามารถแจ้งที่อยู่ของเธอในฐานะสมาชิกสภาสามัญชนได้ แม้ว่าจะไม่ได้รับอนุญาตให้ลงสมัครรับเลือกตั้งหรือลงคะแนนเสียงก็ตาม^{[ 9 ]}ป้ายจารึกถูกติดตั้งอย่างไม่เป็นทางการในห้องเก็บไม้กวาดเพื่อรำลึกถึงเหตุการณ์นี้ราวปี 1991 โดยโทนี่ เบนน์ส.ส. ผู้ล่วงลับ เขาติดตั้งป้ายจารึกด้วยมือของเขาเองและแสดงให้ผู้เยี่ยมชมเห็นอย่างภาคภูมิใจ ต่อมาเขาได้ติดตั้งป้ายจารึกแผ่นที่สองเพื่อจุดประสงค์ที่ปัจจุบันไม่ทราบแน่ชัด แต่ทางพระราชวังได้ขอให้เขานำออก รูสกรูยังคงมองเห็นได้

รูปแบบและการใช้งานของโบสถ์เดิมมีอิทธิพลต่อการจัดวางเฟอร์นิเจอร์และที่นั่งของสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรในสภาสามัญ เก้าอี้ของ ประธานสภาถูกวางไว้บนขั้นบันไดแท่นบูชา ซึ่งอาจถือได้ว่าเป็นต้นกำเนิดของธรรมเนียมการที่สมาชิกโค้งคำนับประธานสภา เช่นเดียวกับที่เคยทำกับแท่นบูชาในอดีต บริเวณที่เคยเป็นแท่นอ่านพระคัมภีร์ ปัจจุบัน ได้มีการติดตั้งโต๊ะประชุมสภา สมาชิกนั่งหันหน้าเข้าหากันในที่นั่งนักร้องประสานเสียงแบบยุคกลาง ทำให้เกิดรูปแบบการจัดที่นั่งแบบเผชิญหน้าซึ่งยังคงมีอยู่ในห้องประชุมสภาสามัญจนถึงทุกวันนี้ ฉากกั้นนักร้องประสานเสียงแบบเก่าที่มีทางเข้าสองทางอยู่เคียงข้างกันก็ถูกเก็บรักษาไว้และเป็นพื้นฐานของระบบการลงคะแนนเสียงสมัยใหม่สำหรับสมาชิกสภา โดยผู้ลงคะแนนเสียง "เห็นด้วย" จะผ่านประตูทางขวา และผู้ลงคะแนนเสียง "ไม่เห็นด้วย" จะผ่านประตูทางซ้าย^{[ 10 ]}

เพื่อให้เหมาะสมกับความต้องการของสภาสามัญชน สถาปนิกหลายท่านได้ทำการเปลี่ยนแปลง รูปแบบสถาปัตยกรรม โกธิก ดั้งเดิมของโบสถ์ แห่งนี้ระหว่างปี 1547 ถึง 1834 การเปลี่ยนแปลงครั้งแรกในช่วงปลายศตวรรษที่ 16 ค่อนข้างเล็กน้อย โดยมีการเปลี่ยนเฟอร์นิเจอร์ดั้งเดิมของโบสถ์ ทาสีขาวภายใน และเปลี่ยนกระจกสีเป็นกระจกใส การเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่กว่านั้นเกิดขึ้นโดยคริสโตเฟอร์ เรนในช่วงทศวรรษ 1690 ในระหว่างการปรับปรุงนั้น อาคารถูกลดความสูงลงอย่างมากด้วยการรื้อส่วนช่องแสงและเพดานโค้ง ในขณะที่หน้าต่างยุคกลางขนาดใหญ่ถูกปิดตาย และมีการเจาะหน้าต่างขนาดเล็กกว่าลงในงานหินใหม่ ภายใน ผนังถูกลดความหนาลงเพื่อรองรับที่นั่งเพิ่มเติม และการเพิ่มระเบียงสาธารณะสำหรับผู้ชายเท่านั้นที่ชั้นบนตามแนวทั้งสองด้านของห้อง และส่วนที่เหลือของภายในยุคกลางถูกซ่อนไว้หลัง แผ่น ไม้บุผนังและแผ่นไม้โอ๊ค มีการติดตั้งเพดานเทียมในห้องเพื่อช่วยปรับปรุงคุณภาพเสียง ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญในยุคที่ไม่มีการขยายเสียงเทียม พื้นที่ห้องใต้หลังคาที่สร้างขึ้นใหม่เหนือเพดานเป็นที่ตั้งของโคมไฟระบายอากาศและใช้เป็นระเบียงสำหรับสุภาพสตรี แม้ว่าทัศนวิสัยในการมองลงไปในห้องด้านล่างผ่านโคมไฟจะถูกจำกัดอย่างมาก ต่อมาได้มีการเพิ่มที่นั่งเพิ่มเติมสำหรับสมาชิกที่เพิ่มขึ้นจากพระราชบัญญัติการรวมชาติกับสกอตแลนด์ (1707) และไอร์แลนด์ (1800) ในศตวรรษที่ 19 ภายในโบสถ์มีลักษณะที่เรียบง่ายและไม่หรูหราเมื่อเทียบกับความงดงามในยุคกลางในอดีต^{[ 11 ]}เจมส์ ไวแอตต์ได้ทำการเปลี่ยนแปลงภายนอกเพิ่มเติมในช่วงปลายศตวรรษที่ 18

ไฟไหม้ในปี ค.ศ. 1834ทำลายส่วนหลักของโบสถ์จนหมดสิ้น โดยห้องใต้ดินและระเบียงทางเดินที่อยู่ติดกันนั้นรอดมาได้อย่างหวุดหวิด ในบรรดาเฟอร์นิเจอร์เพียงไม่กี่ชิ้นที่รอดพ้นจากเปลวไฟนั้น มีโต๊ะประชุมซึ่งปัจจุบันเก็บรักษาไว้ในห้องพักของประธานสภาที่พระราชวัง แม้ว่าจะถูกทำลายไปไม่นานหลังจากเกิดไฟไหม้ แต่โครงสร้างหินของโบสถ์ที่ยังคงเหลืออยู่พร้อมกับส่วนต่อเติมในภายหลังที่ถูกไฟไหม้ไปทั้งหมด ก็ดึงดูดผู้เยี่ยมชมและนักโบราณคดีจำนวนมากที่มาชมการตกแต่งยุคกลางดั้งเดิมที่ปรากฏให้เห็นอีกครั้ง ความสำคัญทางประวัติศาสตร์ของโบสถ์ได้รับการตระหนักในการออกแบบพระราชวังใหม่ในรูปแบบของห้องโถงเซนต์สตีเฟน ซึ่งเป็นห้องโถงทางเข้าสาธารณะหลักที่ตกแต่งอย่างหรูหรา สร้างขึ้นบนผังพื้นเดียวกันกับโบสถ์เก่า โดยมีการกำหนดตำแหน่งของเก้าอี้ประธานสภาไว้บนพื้น^{[ 12 ]}

ห้องใต้ดินใต้หอประชุมเซนต์สตีเฟน โบสถ์เซนต์แมรีอันเดอร์ครอฟต์ ซึ่งถูกปล่อยทิ้งร้างมานานก่อนเกิดเพลิงไหม้และเคยถูกนำไปใช้ในหลายรูปแบบ ได้รับการบูรณะและกลับมาใช้เป็นสถานที่ประกอบพิธีกรรมทางศาสนาอีกครั้ง ปัจจุบันก็ยังคงใช้เพื่อจุดประสงค์นี้อยู่ บุตรหลานของขุนนางผู้มีฐานะเป็น " ท่านผู้ทรงเกียรติ " มีสิทธิที่จะใช้สถานที่นี้เป็นสถานที่จัดงานแต่งงาน สมาชิกสภาและขุนนางมีสิทธิใช้โบสถ์แห่ง นี้เป็นสถานที่ประกอบพิธีศีลล้างบาป^{[ 13 ]}

ร่างของมาร์กาเร็ต แทตเชอร์ถูกเก็บไว้ในเซนต์แมรีอันเดอร์ครอฟต์ในคืนก่อนงานศพของเธอในวันที่ 17 เมษายน 2556 ^{[ 14 ]}