อ่าน 20 นาที
กลุ่มความร่วมมือด้านจีโนมิกส์เชิงโครงสร้าง
กลุ่ม ความร่วมมือ ด้านจีโนมิกส์เชิงโครงสร้าง (SGC) เป็นความร่วมมือระหว่างภาครัฐและเอกชนที่มุ่งเน้นการไขปริศนาเกี่ยวกับหน้าที่และความเกี่ยวข้องกับโรคของโปรตีนทั้งหมดที่เข้ารหัสโดย...
กลุ่มความร่วมมือด้านจีโนมิกส์เชิงโครงสร้าง
กลุ่ม ความร่วมมือ ด้านจีโนมิกส์เชิงโครงสร้าง (SGC) เป็นความร่วมมือระหว่างภาครัฐและเอกชนที่มุ่งเน้นการไขปริศนาเกี่ยวกับหน้าที่และความเกี่ยวข้องกับโรคของโปรตีนทั้งหมดที่เข้ารหัสโดยจีโนมมนุษย์โดยเน้นที่โปรตีนที่ยังไม่ได้รับการศึกษาอย่างเพียงพอ[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] SGC เผยแพร่ผลงานวิจัยทั้งหมดสู่สาธารณะโดยไม่มีข้อจำกัด ไม่ยื่นขอสิทธิบัตร และยังคงส่งเสริมวิทยาศาสตร์แบบเปิด [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] [ 14 ] บทความตีพิมพ์ล่าสุดสองฉบับได้ทบทวนกรณีของวิทยาศาสตร์แบบเปิดอีกครั้ง[ 15 ] [ 16 ] SGC ก่อตั้งขึ้นในปี 2546 และจำลองแบบมาจากSingle Nucleotide Polymorphism Database (dbSNP) Consortiumโดยเป็นบริษัทการกุศลที่มีสมาชิกเป็นองค์กรต่างๆ ที่บริจาคเงินมากกว่า 5.4 ล้านยูโรให้กับ SGC ในระยะเวลา 5 ปี คณะกรรมการประกอบด้วยตัวแทนจากสมาชิกแต่ละประเทศ 1 คน และประธานอิสระ 1 คน ซึ่งดำรงตำแหน่งวาระละ 5 ปี ประธานคนปัจจุบันคือAnke Müller-Fahrnow (เยอรมนี) และประธานคนก่อนๆ ได้แก่Michael Morgan (สหราชอาณาจักร), Wayne Hendrickson (สหรัฐอเมริกา), Markus Gruetter (สวิตเซอร์แลนด์) และTetsuyuki Maruyama (ญี่ปุ่น) ผู้ก่อตั้งและซีอีโอคนปัจจุบันคือAled Edwards (แคนาดา) สมาชิกผู้ก่อตั้งบริษัท SGC ได้แก่Canadian Institutes of Health Research , Genome Canada , Ontario Research Fund, GlaxoSmithKlineและWellcome Trust สมาชิกปัจจุบัน (มีนาคม 2022) ประกอบด้วย Bayer Pharma AG, Bristol Myers Squibb , Boehringer Ingelheim , Eshelman Institute for Innovation, Genentech, Genome Canada, Janssen, Merck KGaA, Pfizer และ Takeda
กิจกรรมการวิจัยของ SGC ดำเนินการในเครือข่ายห้องปฏิบัติการที่ประสานงานกันซึ่งเกี่ยวข้องกับมหาวิทยาลัยต่างๆ ได้แก่มหาวิทยาลัยเกอเธ่ แฟรงก์เฟิร์ต , สถาบันคาโรลินสกา , มหาวิทยาลัยแมคกิลล์และมหาวิทยาลัย นอ ร์ทแคโรไลนา แชเปลฮิลล์และ มหาวิทยาลัย โตรอนโตกิจกรรมการวิจัยได้รับการสนับสนุนทั้งจากเงินทุนของบริษัท SGC และจากทุนวิจัยที่นักวิทยาศาสตร์ที่สังกัดโครงการของ SGC ได้รับ ในแต่ละมหาวิทยาลัย ทีมวิทยาศาสตร์นำโดยหัวหน้านักวิทยาศาสตร์ ซึ่งได้แก่สเตฟาน แนปป์ (มหาวิทยาลัยเกอเธ่ แฟรงก์เฟิร์ต), ไมเคิล ซุนด์สตรอม (สถาบันคาโรลินสกา), เท็ด ฟอน (มหาวิทยาลัยแมคกิลล์), ทิม วิลสัน (มหาวิทยาลัยนอร์ทแคโรไลนา แชเปลฮิลล์) และเชอริล แอร์โรว์สมิธ (มหาวิทยาลัยโตรอนโต) ปัจจุบัน SGC ประกอบด้วยนักวิทยาศาสตร์ประมาณ 200 คน
ผลงานที่โดดเด่น
ชีวเคมีของโปรตีนในมนุษย์
ชีววิทยาโครงสร้างของโปรตีนมนุษย์ – SGC ได้เผยแพร่โครงสร้างโปรตีนของมนุษย์ที่มีศักยภาพเกี่ยวข้องกับการค้นพบยา มากกว่า 2,000 โครงสร้าง สู่สาธารณะตั้งแต่ปี 2003 [ 17 ]โครงสร้างที่ประกอบเป็นสารประกอบเชิงซ้อนกับโมเลกุลขนาดเล็กสังเคราะห์ได้รับการสนับสนุนจากความร่วมมือกับDiamond synchrotron ใน Oxfordshire [ 18 ] โครงการตรวจสอบทางเคมีให้ความสำคัญกับ (สมาชิกของ) ตระกูลโปรตีนที่ยังไม่ได้รับการศึกษาอย่างเพียงพอ หรือที่อาจเกี่ยวข้องกับชีววิทยาของมนุษย์และการค้นพบยาในปัจจุบัน ตระกูลเหล่านี้ได้แก่การส่งสัญญาณเอพิเจเนติก[ 19 ] [ 20 ]การขนส่งสารละลาย[ 21 ] [ 22 ]การรักษาสมดุลโปรตีน[ 23 ] [ 24 ] [ 25 ] [ 26 ] [ 27 ]และ การฟอส โฟ รี เล ชัน ของโปรตีน[ 12 ] [ 28 ] [ 29 ]แนวทางตระกูลโปรตีนได้รับการสนับสนุนจากเครื่องมือชีวสารสนเทศที่เปิดเผยต่อสาธารณะ (ChromoHub, [ 30 ] UbiHub [ 31 ] ) การผลิตโปรตีนตามตระกูลและชีวเคมี การตกผลึกและการกำหนดโครงสร้าง ชีวฟิสิกส์ และชีววิทยาของเซลล์ (เช่น การทดสอบการมีส่วนร่วมของเป้าหมาย) SGC ได้ (จนถึงปัจจุบัน) เผยแพร่โพรบเคมี ประมาณ 120 รายการ [ 10 ] [ 32 ] [ 33 ]สู่สาธารณะในช่วงทศวรรษที่ผ่านมา และมีการแจกจ่ายตัวอย่างโพรบเหล่านี้มากกว่า 25,000 ตัวอย่างให้กับชุมชนวิทยาศาสตร์ โพรบเคมีเหล่านี้เป็นไปตามเกณฑ์คุณภาพมาตรฐานของชุมชนที่สร้างขึ้นโดย SGC และเครือข่ายความร่วมมือ[ 10 ] [ 34 ] [ 35 ] [ 36 ] [ 37 ] [ 38 ]
- โพรบเคมี เอพิเจเนติกส์ที่ได้รับความสนใจทางคลินิกในเป้าหมาย ได้แก่ PFI-1 [ 39 ]และ JQ1 [ 40 ]สำหรับตระกูล BET, UNC0642 [ 41 ]สำหรับ G9a/GLP, UNC1999 [ 42 ]สำหรับ EZH2/H1, LLY-283 [ 43 ]และ GSK591 [ 44 ]สำหรับ PRMT5 และ OICR-9429 [ 45 ] สำหรับ WDR5 โพรบเคมี WDR5 ได้รับการปรับให้เหมาะสม (โดยบริษัทภายนอก SGC) สำหรับการใช้งานทางคลินิก และเป็นเป้าหมายของการ ลงทุนจาก Celgene
- ไคเนสมีตัวยาที่ได้รับการอนุมัติจาก FDA จำนวน 50 ชนิดสำหรับการรักษาโรคมะเร็ง การอักเสบ และพังผืด [ 46 ]บทวิจารณ์ [ 47 ]จากเมื่อสองปีครึ่งที่แล้ว เอกสารฉบับร่างล่าสุด [ 48 ]และสิ่งพิมพ์ที่ได้รับการตรวจสอบโดยผู้ทรงคุณวุฒิ [ 49 ]เน้นย้ำถึงการครอบคลุมไคเนสที่ต่ำทั้งในสิ่งพิมพ์ที่ได้รับการตรวจสอบโดยผู้ทรงคุณวุฒิและโครงสร้าง 3 มิติ ในช่วง 4 ปีที่ผ่านมา ห้องปฏิบัติการในแฟรงก์เฟิร์ต นอร์ทแคโรไลนา และออกซ์ฟอร์ด ได้พัฒนาสารเคมีเพื่อช่วยให้นักชีววิทยาศึกษาไคเนสที่ยังไม่ได้รับการศึกษาอย่างเพียงพอ โดยความร่วมมือกับบริษัทเภสัชกรรมและสถาบันการศึกษา ได้ มีการพัฒนา สารเคมีตรวจสอบ 15 ชนิด และ สารยับยั้ง เคโมจีโนมิกส์ เวอร์ชัน 1.0 จำนวน 187 ชนิด (หรือที่เรียกว่า KCGS) สำหรับไคเนส 215 ชนิด [ 12 ] [ 29 ]ร่วมกัน
- โปรตีนเมมเบรนแบบอินทิกรัลจะยึดติดกับเยื่อหุ้มเซลล์อย่างถาวร ตระกูลนี้รวมถึงโปรตีนตัวพาสารละลาย (SLC) โปรตีน SLC ส่วนใหญ่ยังไม่ได้รับการสำรวจในเชิงการรักษา ~30% ถือว่าเป็น 'โปรตีนกำพร้า' เนื่องจากความจำเพาะของสารตั้งต้นและหน้าที่ทางชีวภาพยังไม่เป็นที่ทราบ ในปี 2019 ความร่วมมือระหว่างภาครัฐและเอกชนซึ่งประกอบด้วยพันธมิตร 13 ราย รวมถึง SGC ได้ก่อตั้งกลุ่มความร่วมมือ RESOLUTE [ 22 ]โดยได้รับการสนับสนุนทางการเงินจาก IMIเป้าหมายของ RESOLUTE คือการส่งเสริมการวิจัยเกี่ยวกับ SLC
- ชุดการเปิดใช้งานเป้าหมาย (TEP) คือชุดรีเอเจนต์และความรู้เกี่ยวกับเป้าหมายโปรตีนที่มุ่งกระตุ้นการสำรวจทางชีวเคมีและเคมี และลักษณะเฉพาะของโปรตีนที่มีการเชื่อมโยงทางพันธุกรรมกับพื้นที่โรคที่สำคัญ SGC ได้เปิดรับการเสนอชื่อเป้าหมายต่อสาธารณะ[ 50 ]
- โครงการ Unrestricted Leveraging of Targets for Research Advancement and Drug Discovery (ULTRA-DD) ซึ่งได้รับทุนสนับสนุนจากInnovative Medicines Initiative (IMI) ของคณะกรรมาธิการยุโรป มีเป้าหมายเพื่อระบุและตรวจสอบเป้าหมายที่ยังไม่ได้รับการสำรวจอย่างเพียงพอในแบบจำลองโรคภูมิต้านตนเองและโรคอักเสบ เซลล์ไลน์ที่ได้จากผู้ป่วยจะถูกคัดกรองกับตัวปรับแต่งทางเคมี (รวมถึงโพรบทางเคมีและสารประกอบเคมีจีโนมิก) โดยมีจุดประสงค์เพื่อให้ได้ผลลัพธ์ฟีโนไทป์ในบริบทที่เกี่ยวข้องกับโรค[ 51 ]
- โครงการEnabling and Unlocking biology in the Open (EUbOPEN) ซึ่งได้รับทุนสนับสนุนจากIMIมีเป้าหมายเพื่อรวบรวม คลังข้อมูล เคมีจีโนมิกส์สำหรับโปรตีนประมาณ 1,000 ชนิด ค้นพบสารเคมีตรวจสอบคุณภาพสูงประมาณ 100 ชนิด สร้างโครงสร้างพื้นฐานเพื่อศึกษาลักษณะเฉพาะของสารประกอบเหล่านี้ เผยแพร่โปรโตคอลที่แข็งแกร่งสำหรับการทดสอบเบื้องต้นโดยใช้เซลล์ของผู้ป่วย พร้อมทั้งสร้างโครงสร้างพื้นฐานเพื่อริเริ่มความพยายามระดับโลกในการค้นหายาที่ครอบคลุมจีโนมทั้งหมด
โปรตีนที่ไม่ใช่ของมนุษย์
กลุ่มความร่วมมือด้านการค้นพบยาโดยใช้โครงสร้างเป็นแนวทาง (Structure-guided Drug Discovery Coalition หรือ SDDC) ซึ่งประกอบด้วยศูนย์จีโนมิกส์เชิงโครงสร้างเพื่อโรคติดเชื้อแห่งซีแอตเติล (Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease หรือ SSGCID) ศูนย์จีโนมิกส์เชิงโครงสร้างแห่งมิดเวสต์ (Midwest Center for Structural Genomics of Infectious Diseases หรือ CSGID) และทีมค้นพบยาจากสถาบันการศึกษาและอุตสาหกรรม ได้ค้นพบยาต้นแบบ 7 ชนิดสำหรับรักษาวัณโรค (TB) มาลาเรีย และคริปโตสปอริเดียซิส SDDC ได้รับเงินทุนสนับสนุนจากโครงการริเริ่มทางวิชาการที่เข้าร่วมและมูลนิธิบิลและเมลินดา เกตส์
มหาวิทยาลัยนอร์ทแคโรไลนาที่แชเปลฮิลล์และสถาบันนวัตกรรมเอเชลแมนได้เปิดตัวโครงการริเริ่มการพัฒนายาต้านไวรัสที่เกิดขึ้นอย่างรวดเร็ว (READDI™) และโครงการริเริ่มการขัดขวางยาจากไวรัส (VIMI™) READDI™ มีรูปแบบตามโครงการวิจัยและพัฒนายาที่ไม่แสวงหาผลกำไร Drugs for Neglected Diseases Initiative (DNDi) READDI™ และ VIMI™ เป็นโครงการวิทยาศาสตร์แบบเปิดที่ไม่แสวงหาผลกำไรซึ่งมุ่งเน้นการพัฒนายารักษาสำหรับไวรัสที่สามารถก่อให้เกิดการระบาดใหญ่ได้ทั้งหมด[ 52 ]
วิทยาศาสตร์เปิด
วิทยาศาสตร์แบบเปิดเป็นหลักการดำเนินงานที่สำคัญ[ 53 ]ข้อตกลงความไว้วางใจ[ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 54 ]จะถูกลงนามก่อนที่จะมีการแบ่งปันสารเคมีกับนักวิจัย สารเคมีเหล่านี้รวมถึงโคลน cDNA ( Addgene ) โพรบเคมี[ 55 ]และโครงสร้าง 3 มิติ [ 17 ] เครื่องมือในการส่งเสริมวิทยาศาสตร์แบบเปิด ได้แก่สมุดบันทึกห้องปฏิบัติการแบบเปิด [ 9 ] แพลตฟอร์มหลังนี้ถูกใช้เพื่อแบ่งปันงานวิจัยเกี่ยวกับ (ตัวอย่างเช่น) เนื้องอกในสมองส่วนพอนส์ชนิดแพร่กระจาย (DIPG) โรค กระดูกพรุนชนิดก้าวหน้าโรคฮันติงตัน[ 8 ] [ 56 ]โรคพาร์กินสันและ โรค คอร์ดโด มา
การค้นพบยาแบบเปิด
บริษัทที่แยกตัวออกมาเพื่อแสวงหาผลกำไร ได้แก่ M4K Pharma (ยาสำหรับเด็ก), M4ND Pharma (ยาสำหรับโรคทางระบบประสาท) และ M4ID Pharma (ยาสำหรับโรคติดเชื้อ) ไม่ยื่นจดสิทธิบัตรและดำเนินการวิจัยแบบเปิด บริษัท M4 เป็นเจ้าของโดยสมบูรณ์โดย Agora Open Science Trust ซึ่งเป็นองค์กรการกุศลของแคนาดาที่มีพันธกิจในการแบ่งปันความรู้ทางวิทยาศาสตร์และสร้างความมั่นใจว่ายาทุกชนิดจะเข้าถึงได้ในราคาที่เหมาะสม M4K Pharma มีโปรแกรมการค้นพบยาแบบเปิดที่ทันสมัยที่สุด[ 14 ]และได้รับการสนับสนุนด้านเงินทุนจากสถาบันวิจัยมะเร็งแห่งออนแทรีโอ , The Brain Tumour Charity , Charles River Laboratoriesและ Reaction Biology รวมถึงการสนับสนุนจากนักวิทยาศาสตร์ที่มหาวิทยาลัย McGill, North Carolina, Oxford, Pennsylvania และ Toronto และในโรงพยาบาล Sant Joan de Déu, โรงพยาบาล University Health Network , โรงพยาบาลสำหรับเด็กป่วยและสถาบันวิจัยมะเร็ง M4K Pharma กำลังพัฒนาสารยับยั้งALK2 แบบเลือกเฉพาะ สำหรับDIPGซึ่งเป็นเนื้องอกในสมองของเด็กที่ร้ายแรงถึงแก่ชีวิต[ 14 ]
ประวัติศาสตร์
แนวคิด
ในปี พ.ศ. 2543 กลุ่มบริษัทและเวลล์คัมได้วางแนวคิดในการจัดตั้งกลุ่มความร่วมมือด้านจีโนมิกส์เชิงโครงสร้างเพื่อมุ่งเน้นการกำหนดโครงสร้างสามมิติของโปรตีนมนุษย์[ 1 ] กลุ่มความร่วมมือนี้จะต้องนำข้อมูลโครงสร้างและสารเคมีสนับสนุนทั้งหมดมาเผยแพร่สู่สาธารณะโดยไม่มีข้อจำกัด ความพยายามนี้ได้รับการออกแบบมาเพื่อเสริมโปรแกรม จีโนมิกส์เชิงโครงสร้างอื่นๆในโลก
ระยะที่ 1 (ปี 2004-2007)
โครงการทางวิทยาศาสตร์ SGC เปิดตัวขึ้น โดยมีกิจกรรมต่างๆ ที่มหาวิทยาลัยออกซ์ฟอร์ดและมหาวิทยาลัยโทรอนโต และมีเป้าหมายที่จะเผยแพร่โครงสร้างโปรตีนของมนุษย์มากกว่า 350 โครงสร้างสู่สาธารณะ เพื่อให้บรรลุเป้าหมายเหล่านี้ โปรตีนเหล่านั้นต้องมาจากรายการที่กำหนดไว้ล่วงหน้า และโครงสร้างโปรตีนต้องเป็นไปตามเกณฑ์คุณภาพที่กำหนดไว้ล่วงหน้า คุณภาพของโครงสร้างโปรตีนได้รับการตัดสินโดยคณะกรรมการที่ประกอบด้วยนักวิทยาศาสตร์อิสระจากสถาบันการศึกษา ไมเคิล มอร์แกน เป็นประธานคณะกรรมการ SGC และกิจกรรมทางวิทยาศาสตร์นำโดย เชอริล แอร์โรว์สมิธ (โทรอนโต) และไมเคิล ซันด์สตรอม (ออกซ์ฟอร์ด) ในช่วงกลางปี 2548 VINNOVAมูลนิธิคนุตและอลิซ วอลเลนเบิร์กและมูลนิธิเพื่อการวิจัยเชิงกลยุทธ์ (SSF)ได้จัดตั้งศูนย์วิจัย SGC ในสวีเดน กิจกรรมการทดลองเริ่มต้นขึ้นที่สถาบันคาโรลินสกาในสตอกโฮล์ม นำโดย แพร์ นอร์ดลุนด์ และโยฮัน ไวเกลท์ ห้องปฏิบัติการทั้งสามแห่งของ SGC ได้ร่วมกันเผยแพร่โครงสร้างโปรตีนของมนุษย์จำนวน 392 โครงสร้างสู่สาธารณะ โครงการนำร่องด้านชีววิทยาโครงสร้างของโปรตีนในปรสิตมาลาเรียก็เริ่มต้นขึ้นเช่นกัน[ 57 ]
ระยะที่ 2 (2550-2554)
เป้าหมายใหม่สำหรับโครงสร้างคือ 650 SGC มุ่งเน้นกิจกรรมที่สำคัญในด้านการยูบิควิตินเนชัน การฟอสโฟรีเลชันของโปรตีน โปรตีน G ขนาดเล็ก และเอพิเจเนติกส์ และยังริเริ่มความพยายามในด้านชีววิทยาโครงสร้างของโปรตีนเมมเบรนแบบบูรณาการ ในระยะนี้ SGC ได้กำหนดโครงสร้างของโปรตีนมนุษย์ 665 ชนิดจากรายการเป้าหมาย ด้วยการสนับสนุนจาก Wellcome และ GSK SGC ได้เปิดตัวโครงการพัฒนาโพรบเคมี ที่หาได้ฟรี สำหรับโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการส่งสัญญาณเอพิเจเนติกส์ ซึ่งในขณะนั้นยังไม่ได้รับการศึกษาอย่างเพียงพอ[ 2 ] [ 5 ]คุณภาพของโพรบเคมีแต่ละตัวอยู่ภายใต้การตรวจสอบสองระดับก่อนที่จะเผยแพร่สู่สาธารณะ ระดับแรกเป็นการตรวจสอบภายใน โดยผ่านคณะกรรมการบริหารร่วมซึ่งประกอบด้วยตัวแทนจากองค์กรสมาชิกแต่ละแห่ง ระดับที่สองดำเนินการโดยกลุ่มผู้เชี่ยวชาญอิสระที่ได้รับการคัดเลือกจากสถาบันการศึกษา การกำกับดูแลในระดับนี้มีจุดมุ่งหมายเพื่อพัฒนารีเอเจนต์ที่สนับสนุนการวิจัยที่สามารถทำซ้ำได้[ 58 ] [ 59 ] [ 13 ]ในที่สุดก็นำไปสู่การสร้างพอร์ทัล Chemical Probesสมาชิก SGC ขยายไปรวมถึง Merck, Sharpe and Dohme และ Novartis Wayne Hendricksonดำรงตำแหน่งประธานคณะกรรมการ SGC
ระยะที่ 3 (2011-2015)
ขอบเขตอำนาจหน้าที่ของ SGC มีความหลากหลายมากขึ้น โดยครอบคลุมโปรตีนของมนุษย์ 200 ชนิด รวมถึงโปรตีนเมมเบรนแบบบูรณาการ 5 ชนิด และโพรบทางเคมี (30) โครงการโพรบทางเคมีหลายโครงการดำเนินการร่วมกับนักวิทยาศาสตร์ในบริษัทเภสัชกรรม ซึ่งได้ให้คำมั่นที่จะเผยแพร่โพรบทางเคมีที่ร่วมมือกันสู่สาธารณะโดยไม่มีข้อจำกัด ในระยะที่ 3 SGC ร่วมกับ SSGCID (https://www.ssgcid.org/) และ CSGID (https://csgid.org/) ได้เปิดตัว SDDC สมาชิกของ SGC ได้แก่ AbbVie, Bayer AG, Boehringer Ingelheim, Eli Lilly และ Janssen ส่วน Merck, Sharpe and Dohme และ Canadian Institutes for Health Research ได้ออกจากกลุ่มพันธมิตร Markus Gruetter ได้ดำรงตำแหน่งประธานคณะกรรมการ SGC [ 60 ]
ระยะที่ 4 (2015-2020)
ระยะนี้สร้างขึ้นบนเป้าหมายของระยะก่อนหน้า แต่รวมถึงแอนติบอดีที่มีลักษณะเฉพาะต่อโปรตีนของมนุษย์ SGC ได้ริเริ่มความพยายามร่วมกันในการพัฒนาการทดสอบแบบใช้เซลล์ที่เกี่ยวข้องกับโรคโดยใช้เซลล์ (ปฐมภูมิ) หรือเนื้อเยื่อจากผู้ป่วย ระยะนี้ได้เห็นการเปิดตัวกิจกรรมการวิจัยที่มหาวิทยาลัย Goethe ในแฟรงก์เฟิร์ต มหาวิทยาลัย McGill และมหาวิทยาลัย Campinas และ North Carolina และการมีส่วนร่วมในULTRADDและRESOLUTE [ 21 ] [ 22 ]ภายในIMIสมาชิก SGC: Merck KGaA, สถาบันนวัตกรรม Eshelman, Merck, Sharpe และ Dohme เข้าร่วม ในขณะที่ GSK และ Eli Lilly ออกไป Tetsuyuki Maruyama กลายเป็นประธานคณะกรรมการ
อนาคต - เป้าหมายปี 2035
Target 2035เป็นการ เคลื่อนไหว วิทยาศาสตร์แบบเปิดที่มีเป้าหมายในการสร้างเครื่องมือทางเคมี [ 12 ] [ 24 ] [ 29 ] [ 32 ] [ 33 ]และ/หรือทางชีววิทยา [ 13 ] [ 59 ]สำหรับโปรตีโอมทั้งหมดภายในปี 2035 [ 61 ]การเปิดตัวในเดือนพฤศจิกายน 2020 และการสัมมนาออนไลน์รายเดือนยังคงเปิดให้เข้าร่วมได้ฟรีโครงการสนับสนุนที่กำลังดำเนินการอยู่ ได้แก่ โปรแกรมโพรบเคมีด้านเอพิเจเนติกส์ของ SGC [ 62 ] [ 63 ] [ 64 ]โครงการ Illuminating the Druggable Genomeของ NIH สำหรับไคเนส GPCRและช่องไอออนที่ยังไม่ได้รับการสำรวจ [ 65 ] [ 66 ] [ 67 ] โครงการ RESOLUTEของ IMIเกี่ยวกับ SLC ของมนุษย์ [ 22 ]และโครงการ Enabling and Unlocking Biology in the Open ( EUbOPEN )ทีมเหล่านี้เชื่อมโยงกับเครือข่ายความร่วมมือระดับโลกของ SGC [ 2 ] [ 10 ] [ 35 ] [ 51 ] [ 68 ] [ 13 ] [ 59 ]
ผลงานตีพิมพ์ที่คัดเลือก
เคโมจีโนมิกส์ การย่อยสลายโปรตีน
- Carter, AJ; Kraemer, O; Zwick, M; Mueller-Farhnow, A; Arrowsmith, CH; Edwards, AM (พฤศจิกายน 2019). "เป้าหมาย 2035: การสำรวจโปรตีนในมนุษย์" Drug Discovery Today . 24 (11): 2111– 2115. doi : 10.1016/j.drudis.2019.06.020 . PMID 31278990 .
- Wells, CI (2021). "ชุดเคมีจีโนมิกของไคเนส (KCGS): แหล่งข้อมูลวิทยาศาสตร์แบบเปิดสำหรับการระบุความเปราะบางของไคเนส"วารสารวิทยาศาสตร์โมเลกุลนานาชาติ 22 ( 2): 566. doi : 10.3390/ijms22020566 . PMC 7826789 . PMID 33429995 .
- Schapira, M; Calabrese, MF; Bullock, AN; Crews, CM (ธันวาคม 2019). "การย่อยสลายโปรตีนแบบกำหนดเป้าหมาย: การขยายขอบเขตเครื่องมือ" Nature Reviews Drug Discovery . 18 (12): 949– 963. doi : 10.1038/s41573-019-0047-y . PMID 31666732 . S2CID 204942300 .
- Superti-Furga, G; และคณะ (กรกฎาคม 2020). "กลุ่มความร่วมมือ RESOLUTE: ปลดล็อกตัวขนส่ง SLC เพื่อการค้นพบยา" Nature Reviews Drug Discovery 19 ( 7): 429– 430. doi : 10.1038/d41573-020-00056-6 . hdl : 21.11116/0000-0006-0FF1-A . PMID 32265506 . S2CID 215406274 .
การทดสอบเซลล์ที่ได้จากผู้ป่วย
- Edwards, AM และคณะ (มีนาคม 2015). "การตรวจสอบความถูกต้องของเป้าหมายก่อนการทดลองทางคลินิกโดยใช้เซลล์ที่ได้จากผู้ป่วย" Nature Reviews Drug Discovery . 14 (3): 149– 50. doi : 10.1038/nrd4565 . PMID 25722227 . S2CID 2423838 .
- Lan, X และคณะ (กันยายน 2017). "การทำแผนที่ชะตากรรมของกลิโอบลาสโตมาในมนุษย์เผยให้เห็นลำดับชั้นของเซลล์ต้นกำเนิดที่ไม่เปลี่ยนแปลง" Nature . 549 ( 7671 ): 227– 232. Bibcode : 2017Natur.549..227L . doi : 10.1038/nature23666 . PMC 5608080. PMID 28854171 .
- Kulandaimanuvel, AM; และคณะ (มิถุนายน 2020). "การควบคุมเมตาบอลิซึมของเอพิเจโนมขับเคลื่อน Ependymoma ในเด็กที่ร้ายแรง" . Cell . 181 (6): 1329–1345.e24. doi : 10.1016/j.cell.2020.04.047 . PMC 10782558 . PMID 32445698 . S2CID 218842162 .
วิทยาศาสตร์แบบเปิด
- Muller, S; และคณะ (เมษายน 2018). "บริจาคสารเคมีสำหรับการวิจัยแบบเปิด" . eLife . 7 e34311. doi : 10.7554/eLife.34311 . PMC 5910019 . PMID 29676732 . S2CID 4976020 .
- Harding, RJ (มกราคม 2019). "วิทยาศาสตร์สมุดบันทึกแบบเปิดสามารถเพิ่มผลกระทบสูงสุดสำหรับโครงการโรคหายาก" . PLOS Biol . 17 (1) e3000120. doi : 10.1371/journal.pbio.3000120 . PMC 6366684 . PMID 30689629 . S2CID 59338390 .
ความสามารถในการทำซ้ำ
- Frye, SV; Arkin, MR; Arrowsmith, CH; Conn, PJ; Glicksman, MA; Hull-Ryde, EA; Slusher, BS (พฤศจิกายน 2015). "การจัดการกับความสามารถในการทำซ้ำในการค้นพบยาพรีคลินิกเชิงวิชาการ" Nature Reviews Drug Discovery . 14 (11): 733– 4. doi : 10.1038/nrd4737 . PMID 26388229 . S2CID 205478934 .
- Marcon, E; และคณะ (สิงหาคม 2015). "การประเมินวิธีการกำหนดลักษณะการเลือกและความจำเพาะของแอนติบอดีสำหรับการใช้ในการตกตะกอนภูมิคุ้มกัน" Nature Methods . 12 (8): 725– 31. doi : 10.1038/nmeth.3472 . PMID 26121405 . S2CID 205423964 .
- Laflamme, C; และคณะ (ตุลาคม 2019). "การนำขั้นตอนการจำแนกลักษณะแอนติบอดีไปใช้และการประยุกต์ใช้กับยีน C9ORF72 ซึ่งเป็นยีนสำคัญของโรค ALS/FTD" . eLife . 8 e48363. doi : 10.7554/eLife.48363 . PMC 6794092 . PMID 31612854 . S2CID 204704632 .
ลิงก์ภายนอก
- รายชื่อพันธมิตร
- เว็บไซต์ SGC ทั่วโลก
- เอสจีซี ยูเอ็นซี
- เอสจีซี แฟรงค์เฟิร์ต
- เอสจีซี คาโรลินสกา
- เอสจีซี โตรอนโต
- แหล่งข้อมูลเกี่ยวกับโพรบเคมี: พอร์ทัลโพรบเคมี , Probe Miner , โพรบเคมีของ SGC , โครงการโพรบเคมีที่บริจาคโดย SGC
- เคโมจีโนมิกส์: ชุดเคโมจีโนมิกส์ไคเนส เวอร์ชัน 1.0
- ศูนย์ค้นคว้ายา
- มหาวิทยาลัยแคมปินาส