ในทางชีววิทยาอนุกรมวิธาน (จากภาษากรีกโบราณτάξις ( taxis ) ' การจัดเรียง'และ-νομία ( -nomia ) ' วิธีการ ' ) คือ การศึกษา ทางวิทยาศาสตร์เกี่ยวกับการตั้งชื่อ การกำหนด ( การกำหนดขอบเขต ) และการจำแนกกลุ่มของสิ่งมีชีวิต ทางชีววิทยา โดยอาศัยลักษณะร่วมกัน แนวทางสมัยใหม่ให้ความสำคัญกับบรรพบุรุษร่วมกันและความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการ^{[ 1 ]}สิ่งมีชีวิตถูกจัดกลุ่มเป็นอนุกรมวิธาน (เอกพจน์: อนุกรมวิธาน) และกลุ่มเหล่านี้จะได้รับลำดับชั้นทางอนุกรม วิธาน กลุ่มที่มีลำดับชั้นเดียวกันสามารถรวมกันเพื่อสร้างกลุ่มที่ครอบคลุมมากขึ้นที่มีลำดับชั้นสูงกว่า จึงสร้างลำดับชั้นทางอนุกรมวิธาน ลำดับชั้นหลักที่ใช้ในปัจจุบัน ได้แก่โดเมนอาณาจักรไฟลัม ( บางครั้งในทางพฤกษศาสตร์ใช้ คำว่าดิวิชั่นแทนไฟลัม ) ชั้น อันดับวงศ์สกุลและสปีชีส์คาร์ล ลินเนียสนักพฤกษศาสตร์ชาวสวีเดนได้รับการยกย่องว่าเป็นผู้ก่อตั้งระบบอนุกรมวิธานในปัจจุบัน โดยได้พัฒนาระบบจัดลำดับที่เรียกว่าอนุกรมวิธานแบบลินเนียสเพื่อจำแนกสิ่งมีชีวิต

ด้วยความก้าวหน้าในทฤษฎี ข้อมูล และเทคโนโลยีการวิเคราะห์ทางอนุกรมวิธานชีวภาพ ระบบของลินเนียสจึงได้เปลี่ยนแปลงไปเป็นระบบการจำแนกประเภทชีวภาพสมัยใหม่ ซึ่งมีจุดมุ่งหมายเพื่อสะท้อน ความสัมพันธ์ เชิงวิวัฒนาการระหว่างสิ่งมีชีวิต ทั้งที่ยังมีชีวิตอยู่และที่สูญพันธุ์ไปแล้ว

คำจำกัดความที่แน่นอนของอนุกรมวิธานแตกต่างกันไปตามแต่ละแหล่งข้อมูล แต่แก่นแท้ของสาขาวิชานี้ยังคงอยู่ นั่นคือ แนวคิด การตั้งชื่อ และการจำแนกกลุ่มของสิ่งมีชีวิต^{[ 2 ]}เพื่อเป็นข้อมูลอ้างอิง คำจำกัดความล่าสุดของอนุกรมวิธานมีดังต่อไปนี้:

1. ทฤษฎีและการปฏิบัติในการจัดกลุ่มบุคคลเข้าเป็นสปีชีส์ จัดเรียงสปีชีส์เข้าเป็นกลุ่มที่ใหญ่กว่า และตั้งชื่อกลุ่มเหล่านั้น จึงทำให้เกิดการจำแนกประเภท^{[ 3 ]}
2. สาขาวิทยาศาสตร์ (และองค์ประกอบหลักของระบบอนุกรมวิธาน ) ที่ครอบคลุมถึงการบรรยาย การระบุ การตั้งชื่อและการจำแนกประเภท^{[ 4 ]}
3. วิทยาศาสตร์การจำแนกประเภท ในทางชีววิทยา คือการจัดเรียงสิ่งมีชีวิตเข้าเป็นกลุ่ม^{[ 5 ]}
4. "วิทยาศาสตร์การจำแนกประเภทที่ใช้กับสิ่งมีชีวิต รวมถึงการศึกษาวิธีการสร้างสปีชีส์ ฯลฯ" ^{[ 6 ]}
5. "การวิเคราะห์ลักษณะของสิ่งมีชีวิตเพื่อวัตถุประสงค์ในการจำแนกประเภท" ^{[ 7 ]}
6. "ระบบอนุกรมวิธานศึกษาวิวัฒนาการเพื่อให้ได้รูปแบบที่สามารถแปลไปสู่การจำแนกและการตั้งชื่อในสาขาอนุกรมวิธานที่ครอบคลุมมากขึ้น" (ระบุว่าเป็นคำจำกัดความที่พึงประสงค์แต่ไม่ปกติ) ^{[ 8 ]}

คำจำกัดความที่หลากหลายนั้น บางคำจำกัดความจัดให้อนุกรมวิธานเป็นสาขาย่อยของระบบอนุกรมวิธาน (คำจำกัดความที่ 2) บางคำจำกัดความกลับความสัมพันธ์นั้น (คำจำกัดความที่ 6) หรือบางคำจำกัดความดูเหมือนจะถือว่าทั้งสองคำมีความหมายเหมือนกัน มีความเห็นไม่ตรงกันว่าการตั้งชื่อทางชีววิทยาถือเป็นส่วนหนึ่งของอนุกรมวิธาน (คำจำกัดความที่ 1 และ 2) หรือเป็นส่วนหนึ่งของระบบอนุกรมวิธานที่อยู่นอกอนุกรมวิธาน^{[ 9 ] [ 10 ]}ตัวอย่างเช่น คำจำกัดความที่ 6 จับคู่กับคำจำกัดความของระบบอนุกรมวิธานต่อไปนี้ที่จัดให้การตั้งชื่ออยู่นอกอนุกรมวิธาน: ^{[ 7 ]}

• อนุกรมวิธาน : "การศึกษาเกี่ยวกับการระบุ การจัดหมวดหมู่ และการตั้งชื่อสิ่งมีชีวิต รวมถึงการจัดกลุ่มสิ่งมีชีวิตตามความสัมพันธ์ทางธรรมชาติ และการศึกษาความแปรผันและวิวัฒนาการของกลุ่มสิ่งมีชีวิต"

ในปี พ.ศ. 2513 Michener และคณะได้กำหนดความหมายของ "ชีววิทยาระบบ" และ "อนุกรมวิธาน" ไว้โดยสัมพันธ์กันดังนี้: ^{[ 11 ]}

ชีววิทยาระบบ (ต่อไปนี้จะเรียกว่า ระบบอนุกรมวิธาน) คือสาขาที่

• (ก) ให้ชื่อทางวิทยาศาสตร์สำหรับสิ่งมีชีวิต
• (ข) อธิบายถึงสิ่งเหล่านั้น
• (ค) เก็บรักษาชุดสะสมของสิ่งเหล่านั้น
• (d) จัดให้มีการจำแนกประเภทของสิ่งมีชีวิต กุญแจสำหรับการระบุชนิด และข้อมูลเกี่ยวกับการกระจายตัวของสิ่งมีชีวิตเหล่านั้น
• (e) ศึกษาประวัติวิวัฒนาการของพวกมัน และ
• (f) พิจารณาการปรับตัวให้เข้ากับสภาพแวดล้อม

นี่เป็นสาขาที่มีประวัติศาสตร์ยาวนานและในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมาได้มีการฟื้นฟูอย่างโดดเด่น โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านเนื้อหาทางทฤษฎี เนื้อหาทางทฤษฎีส่วนหนึ่งเกี่ยวข้องกับด้านวิวัฒนาการ (หัวข้อ e และ f ข้างต้น) ส่วนที่เหลือเกี่ยวข้องกับปัญหาการจำแนกประเภทโดยเฉพาะ อนุกรมวิธานเป็นส่วนหนึ่งของระบบอนุกรมวิธานที่เกี่ยวข้องกับหัวข้อ (a) ถึง (d) ข้างต้น

คำศัพท์ชุดหนึ่งที่รวมถึง taxonomy, systematic biology, systematics , scientific classification, biological classification และphylogeneticsมีความหมายที่ทับซ้อนกันในบางครั้ง – บางครั้งเหมือนกัน บางครั้งแตกต่างกันเล็กน้อย แต่เกี่ยวข้องกันและตัดกันเสมอ^{[ 2 ] [ 12 ]}ในที่นี้ใช้ความหมายที่กว้างที่สุดของ "taxonomy" คำนี้ได้รับการแนะนำในปี 1813 โดยde CandolleในThéorie élémentaire de la botaniqueของ เขา ^{[ 13 ]} John Lindleyได้ให้คำจำกัดความเบื้องต้นของ systematics ในปี 1830 แม้ว่าเขาจะเขียนถึง "systematic botany" แทนที่จะใช้คำว่า "systematics" ก็ตาม^{[ 2 ]}ชาวยุโรปมักใช้คำว่า "systematics" และ "biosystematics" สำหรับการศึกษาความหลากหลายทางชีวภาพโดยรวม ในขณะที่ชาวอเมริกาเหนือมักใช้คำว่า "taxonomy" บ่อยกว่า^{[ 14 ]}อย่างไรก็ตาม อนุกรมวิธาน และโดยเฉพาะอย่างยิ่งอนุกรมวิธานอัลฟา มีเป้าหมายที่เฉพาะเจาะจงกว่าคือการระบุ การอธิบาย และการตั้งชื่อ (เช่น การตั้งชื่อ) ของสิ่งมีชีวิต^{[ 15 ]}ในขณะที่ "การจำแนกประเภท" มุ่งเน้นไปที่การจัดวางสิ่งมีชีวิตไว้ในกลุ่มลำดับชั้นที่แสดงความสัมพันธ์ของสิ่งมีชีวิตเหล่านั้นกับสิ่งมีชีวิตอื่นๆ

การแก้ไขอนุกรมวิธานหรือการทบทวนอนุกรมวิธานคือการวิเคราะห์รูปแบบความแปรผันใหม่ในอนุกรมวิธาน เฉพาะ การวิเคราะห์นี้อาจดำเนินการบนพื้นฐานของลักษณะต่างๆ ที่มีอยู่ เช่น ลักษณะทางสัณฐานวิทยากายวิภาคศาสตร์ละอองเรณูชีวเคมีและพันธุกรรมเอกสาร ทาง วิชาการ หรือ การแก้ไขแบบสมบูรณ์คือการแก้ไขที่ครอบคลุมสำหรับอนุกรมวิธานสำหรับข้อมูลที่ได้รับ ณ เวลาใดเวลาหนึ่ง และสำหรับทั่วโลก การแก้ไขอื่นๆ (บางส่วน) อาจมีข้อจำกัดในแง่ที่ว่าอาจใช้เพียงชุดลักษณะที่มีอยู่บางส่วนหรือมีขอบเขตเชิงพื้นที่ที่จำกัด การแก้ไขส่งผลให้เกิดการยืนยันหรือข้อมูลเชิงลึกใหม่เกี่ยวกับความสัมพันธ์ระหว่างอนุกรมวิธานย่อยภายในอนุกรมวิธานที่กำลังศึกษา ซึ่งอาจนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงในการจำแนกอนุกรมวิธานย่อยเหล่านี้ การระบุอนุกรมวิธานย่อยใหม่ หรือการรวมอนุกรมวิธานย่อยก่อนหน้านี้^{[ 16 ]}

ลักษณะทางอนุกรมวิธานคือคุณลักษณะทางอนุกรมวิธานที่สามารถใช้เป็นหลักฐานในการอนุมานความสัมพันธ์ ( วิวัฒนาการ ) ระหว่างกลุ่มอนุกรมวิธานได้^{[ 17 ] [ 18 ]}ประเภทของลักษณะทางอนุกรมวิธาน ได้แก่: ^{[ 19 ]}

คำว่า " อนุกรมวิธานอัลฟา " ส่วนใหญ่ใช้เพื่ออ้างถึงสาขาวิชาการค้นหา อธิบาย และตั้งชื่ออนุกรมวิธานโดยเฉพาะอย่างยิ่งชนิด^{[ 20 ]}ในวรรณกรรมก่อนหน้านี้ คำนี้มีความหมายที่แตกต่างออกไป โดยหมายถึงอนุกรมวิธานเชิงสัณฐานวิทยา และผลงานวิจัยจนถึงปลายศตวรรษที่ 19 ^{[ 21 ]}

William Bertram Turrillได้นำเสนอคำว่า "alpha taxonomy" ในชุดบทความที่ตีพิมพ์ในปี พ.ศ. 2478 และ พ.ศ. 2480 ซึ่งเขาได้อภิปรายปรัชญาและทิศทางในอนาคตที่เป็นไปได้ของสาขาวิชาอนุกรมวิธาน^{[ 22 ]}

...นักอนุกรมวิธานมีความปรารถนาเพิ่มมากขึ้นที่จะพิจารณาปัญหาของตนจากมุมมองที่กว้างขึ้น สำรวจความเป็นไปได้ของความร่วมมือที่ใกล้ชิดยิ่งขึ้นกับเพื่อนร่วมงานด้านเซลล์วิทยา นิเวศวิทยา และพันธุศาสตร์ และยอมรับว่าการแก้ไขหรือขยายขอบเขตเป้าหมายและวิธีการของตน อาจเป็นที่พึงปรารถนา อาจเป็นการเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่... ทูร์ริล (1935) ได้เสนอแนะว่า ในขณะที่ยอมรับอนุกรมวิธานแบบเก่าที่มีคุณค่า ซึ่งอิงตามโครงสร้าง และกำหนดให้เป็น "อัลฟา" อย่างสะดวกนั้น เป็นไปได้ที่จะมองเห็นอนุกรมวิธานในอนาคตอันไกลโพ้น ซึ่งสร้างขึ้นบนพื้นฐานของข้อเท็จจริงทางสัณฐานวิทยาและสรีรวิทยาที่กว้างขวางที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้ และเป็นอนุกรมวิธานที่ "มีที่สำหรับข้อมูลการสังเกตและการทดลองทั้งหมดที่เกี่ยวข้อง แม้จะโดยอ้อมก็ตาม กับองค์ประกอบ การแบ่งย่อย ต้นกำเนิด และพฤติกรรมของสปีชีส์และกลุ่มอนุกรมวิธานอื่นๆ" อาจกล่าวได้ว่า อุดมคติไม่สามารถบรรลุผลได้อย่างสมบูรณ์ อย่างไรก็ตาม พวกมันมีคุณค่าอย่างมากในการทำหน้าที่เป็นตัวกระตุ้นถาวร และหากเรามีอุดมคติบางอย่าง แม้จะคลุมเครือ เกี่ยวกับการจำแนกประเภท "โอเมก้า" เราอาจก้าวหน้าไปได้เล็กน้อยตามตัวอักษรกรีก บางคนพอใจที่คิดว่าตอนนี้เรากำลังคลำทางอยู่ในการจำแนกประเภท "เบต้า" ^{[ 22 ]}

ดังนั้น Turrill จึงแยกสาขาการศึกษาต่างๆ ที่เขารวมไว้ในอนุกรมวิธานโดยรวม เช่น นิเวศวิทยา สรีรวิทยา พันธุศาสตร์ และเซลล์วิทยา ออกจากอนุกรมวิธานอัลฟาอย่างชัดเจน นอกจากนี้ เขายังแยกการสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการออกจากอนุกรมวิธานอัลฟาอีกด้วย^{[ 23 ]}

ผู้เขียนรุ่นหลังได้ใช้คำนี้ในความหมายที่แตกต่างออกไป โดยหมายถึงการกำหนดขอบเขตของสปีชีส์ (ไม่ใช่สปีชีส์ย่อยหรืออนุกรมวิธานในระดับอื่น) โดยใช้วิธีการสืบสวนสอบสวนที่มีอยู่ทั้งหมด รวมถึงเทคนิคการคำนวณหรือห้องปฏิบัติการที่ซับซ้อน^{[ 24 ] [ 20 ]}ดังนั้นErnst Mayrในปี 1968 จึงได้นิยาม " อนุกรมวิธานเบต้า " ว่าเป็นการจำแนกประเภทของลำดับชั้นที่สูงกว่าสปีชีส์^{[ 25 ]}

ความเข้าใจในความหมายทางชีววิทยาของความแปรผันและต้นกำเนิดทางวิวัฒนาการของกลุ่มสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องมีความสำคัญยิ่งกว่าสำหรับขั้นตอนที่สองของกิจกรรมทางอนุกรมวิธาน นั่นคือ การจัดเรียงสายพันธุ์ออกเป็นกลุ่มญาติ ("แท็กซา") และการจัดเรียงในลำดับชั้นของหมวดหมู่ที่สูงขึ้น กิจกรรมนี้คือสิ่งที่คำว่า การจำแนกประเภท หมายถึง และเรียกอีกอย่างว่า "อนุกรมวิธานขั้นเบต้า"

วิธีการกำหนดชนิดของสิ่งมีชีวิตในกลุ่มใดกลุ่มหนึ่งก่อให้เกิดปัญหาในทางปฏิบัติและทางทฤษฎีที่เรียกว่าปัญหาของชนิดงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์เกี่ยวกับการกำหนดชนิดของสิ่งมีชีวิตเรียกว่าจุลอนุกรมวิธาน^{[ 26 ] [ 27 ] [ 20 ]}โดยขยายความแล้ว มหอนุกรมวิธานคือการศึกษากลุ่มในระดับอนุกรมวิธาน ที่สูงกว่า เช่น สกุลย่อยขึ้นไป^{[ 20 ]}หรือเรียกง่ายๆ ว่ากลุ่มที่ประกอบด้วยอนุกรมวิธานมากกว่าหนึ่งชนิดที่ถือว่าเป็นชนิดเดียวกัน โดยแสดงออกมาในรูปของ ชื่อ วิทยาศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ^{[ 28 ]}

แม้ว่าคำอธิบายบางส่วนเกี่ยวกับประวัติศาสตร์อนุกรมวิธานจะพยายามกำหนดอนุกรมวิธานให้ย้อนไปถึงอารยธรรมโบราณ แต่ความพยายามทางวิทยาศาสตร์ที่แท้จริงในการจำแนกสิ่งมีชีวิตนั้นเกิดขึ้นในศตวรรษที่ 18 เท่านั้น โดยอาจยกเว้นอริสโตเติล ซึ่งผลงานของเขาชี้ให้เห็นถึงอนุกรมวิธาน^{[ 29 ] [ 30 ]}ผลงานก่อนหน้านี้ส่วนใหญ่เป็นการบรรยายและมุ่งเน้นไปที่พืชที่มีประโยชน์ในด้านการเกษตรหรือการแพทย์

แนวคิดทางวิทยาศาสตร์นี้มีหลายขั้นตอน การจัดจำแนกทางอนุกรมวิธานในยุคแรกนั้นอาศัยเกณฑ์ที่กำหนดขึ้นเอง ซึ่งเรียกว่า "ระบบเทียม" รวมถึง ระบบการจำแนกเพศของพืชของ ลินเนียส (การจำแนกสัตว์ของลินเนียสในปี 1735 มีชื่อว่า " Systema Naturae " ("ระบบแห่งธรรมชาติ") ซึ่งหมายความว่าอย่างน้อยเขาก็เชื่อว่ามันเป็นมากกว่า "ระบบเทียม")

ต่อมาได้มีการพัฒนาระบบที่พิจารณาคุณลักษณะของกลุ่มสิ่งมีชีวิตอย่างครบถ้วนมากขึ้น ซึ่งเรียกว่า "ระบบธรรมชาติ" เช่น ระบบของเดอ จัสซิเยอ (1789) เดอ แคนดอลล์ (1813) และเบนแธมและฮุกเกอร์ (1862–1863) การจำแนกประเภทเหล่านี้อธิบายถึงรูปแบบเชิงประจักษ์และมีแนวคิด ก่อน วิวัฒนาการ

การตีพิมพ์หนังสือ " ว่าด้วยกำเนิดของสิ่งมีชีวิต" ( On the Origin of Species ) ของชาร์ลส์ ดาร์วิน (ค.ศ. 1859) นำไปสู่คำอธิบายใหม่เกี่ยวกับการจำแนกประเภท โดยอิงจากความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการ นี่คือแนวคิดของ ระบบ วิวัฒนาการ (phyletic systems) ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1883 เป็นต้นมา แนวทางนี้ได้รับการศึกษาอย่างเด่นชัดโดยงานของไอช์เลอร์ (ค.ศ. 1883) และเองเลอร์ (ค.ศ. 1886–1892)

การเกิดขึ้นของ วิธีการ จำแนกกลุ่มสายพันธุ์ในช่วงทศวรรษ 1970 นำไปสู่การจำแนกประเภทโดยอาศัยเกณฑ์เดียวคือ ความเป็น กลุ่มสายพันธุ์เดียวกันโดยได้รับการสนับสนุนจากการมีอยู่ของลักษณะร่วมที่สืบทอดมานับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา หลักฐานพื้นฐานได้รับการขยายด้วยข้อมูลจากพันธุศาสตร์โมเลกุลซึ่งส่วนใหญ่ช่วยเสริมสัณฐานวิทยาแบบ ดั้งเดิม ^{[ 31 ] [ 32 ] [ 33 ]}

การตั้งชื่อและจัดประเภทสภาพแวดล้อมของมนุษย์น่าจะเริ่มต้นพร้อมกับการกำเนิดของภาษา การแยกแยะพืชมีพิษออกจากพืชที่กินได้เป็นสิ่งสำคัญต่อการอยู่รอดของชุมชนมนุษย์ ภาพประกอบของพืชสมุนไพรปรากฏในภาพเขียนฝาผนังของอียิปต์ตั้งแต่ราว 1500 ปีก่อนคริสตกาลซึ่งบ่งชี้ว่ามีการเข้าใจการใช้ประโยชน์ของพืชชนิดต่างๆ และมีการจัดหมวดหมู่พื้นฐานไว้แล้ว^{[ 34 ]}

สิ่งมีชีวิตได้รับการจำแนกประเภทครั้งแรกโดยอริสโตเติล ( กรีกโบราณ 384–322 ปีก่อนคริสตกาล) ในระหว่างที่เขาพำนักอยู่บนเกาะเลสบอส [ ^{35 ] [ 36 ] [ 37 ] เขา}จำแนกสิ่งมีชีวิตตามส่วนต่างๆ หรือในแง่สมัยใหม่ คือ คุณลักษณะเช่น การเกิดมีชีวิต การมีสี่ขา การวางไข่ การมีเลือด หรือการมีร่างกายอุ่น^{[ 38 ]}เขาแบ่งสิ่งมีชีวิตทั้งหมดออกเป็นสองกลุ่ม^คือพืชและสัตว์^{[ 36} ]

กลุ่มสัตว์บางกลุ่มของเขา เช่นAnhaima (สัตว์ที่ไม่มีเลือด แปลว่าสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง ) และEnhaima (สัตว์ที่มีเลือด โดยประมาณคือสัตว์มีกระดูกสันหลัง ) รวมถึงกลุ่มต่างๆ เช่นฉลามและวาฬมักถูกนำมาใช้^{[ 39 ] [ 40 ] [ 41 ]}

ศิษย์ของเขา^ชื่อธีโอฟราสตัส (กรีซ, 370–285 ปีก่อนคริสตกาล) ได้สืบทอดประเพณีนี้ โดยกล่าวถึงพืชประมาณ 500 ชนิดและประโยชน์ของพืชเหล่านั้นในหนังสือ Historia Plantarum ของเขา พืชหลายสกุลสามารถสืบย้อนกลับไปถึงธีโอฟราสตัสได้ เช่นCornus , CrocusและNarcissus ^{[ 36} ]

การจัดหมวดหมู่ในยุคกลางส่วนใหญ่มีพื้นฐานมาจากระบบของอริสโตเติล [ ^{38 ] โดยมีการเพิ่มเติมเกี่ยวกับลำดับทางปรัชญาและการ ดำรง}อยู่ของสิ่งมีชีวิต ซึ่งรวมถึงแนวคิดต่างๆ เช่นห่วงโซ่แห่งการดำรงอยู่อันยิ่งใหญ่ในประเพณีวิชาการ ตะวันตก ^{[ 38 ]}ซึ่งท้ายที่สุดแล้วได้มาจากอริสโตเติล

ระบบของอริสโตเติลไม่ได้จัดประเภทพืชหรือเชื้อราเนื่องจากในสมัยนั้นยังไม่มีกล้องจุลทรรศน์^{[ 37 ]}เพราะแนวคิดของเขาตั้งอยู่บนพื้นฐานของการจัดเรียงโลกทั้งหมดไว้ในความต่อเนื่องเดียว ตามหลักสกาลา นาตูรา (บันไดธรรมชาติ) ^{[ 36 ]}สิ่งนี้ก็ถูกนำมาพิจารณาในห่วงโซ่แห่งการดำรงอยู่ด้วยเช่นกัน^{[ 36 ]}

นักวิชาการเช่นProcopius , Timotheus of Gaza , Demetrios PepagomenosและThomas Aquinas ได้สร้างความก้าวหน้าขึ้น นักคิดในยุคกลางใช้การจัดหมวดหมู่ทางปรัชญาและตรรกะเชิงนามธรรมซึ่งเหมาะสมกับปรัชญาเชิงนามธรรมมากกว่าการจำแนกประเภทเชิงปฏิบัติ^{[ 36 ]}ในโลกมุสลิมAl-Damiri (เสียชีวิตในปี 1405) ได้เขียนผลงานที่มีอิทธิพลชื่อชีวิตของสัตว์ ( Ḥayāt al-ḥayawān al-kubrā , ประมาณปี 1371) ซึ่งกล่าวถึงสัตว์ 931 ชนิดที่กล่าวถึงใน อัลกุรอานประเพณี และวรรณกรรมบทกวีและสุภาษิตของชาวอาหรับเรียงตามลำดับตัวอักษร^{[ 42 ]}

ในช่วงยุคฟื้นฟูศิลปวิทยาและยุคแห่งการตรัสรู้การจัดหมวดหมู่สิ่งมีชีวิตกลายเป็นที่แพร่หลายมากขึ้น^{[ 36 ]}และงานอนุกรมวิธานก็มีความทะเยอทะยานมากพอที่จะเข้ามาแทนที่ตำราโบราณ บางครั้งสิ่งนี้ได้รับการยกย่องว่าเป็นผลมาจากการพัฒนาเลนส์ออปติคอลที่ซับซ้อน ซึ่งทำให้สามารถศึกษาสัณฐานวิทยาของสิ่งมีชีวิตได้อย่างละเอียดมากขึ้น หนึ่งในผู้เขียนคนแรกๆ ที่ใช้ประโยชน์จากความก้าวหน้าทางเทคโนโลยีนี้คือแพทย์ชาวอิตาลีAndrea Cesalpino (1519–1603) ซึ่งได้รับการขนานนามว่าเป็น "นักอนุกรมวิธานคนแรก" ^{[ 43 ]}ผลงานชิ้นเอก ของเขาDe Plantisออกมาในปี 1583 และได้อธิบายพืชมากกว่า 1,500 ชนิด^{[ 44 ] [ 45 ]}สองวงศ์พืชขนาดใหญ่ที่เขารู้จักเป็นครั้งแรกยังคงใช้กันอยู่จนถึงปัจจุบัน^{ได้แก่} AsteraceaeและBrassicaceae ^[ 46 ^]

ในศตวรรษที่ 17 จอห์น เรย์ ( อังกฤษ , 1627–1705) ได้เขียนงานอนุกรมวิธานที่สำคัญหลายชิ้น^{[ 37 ]}อาจกล่าวได้ว่าผลงานที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของเขาคือMethodus Plantarum Nova (1682) ^{[ 47 ]}ซึ่งเขาได้ตีพิมพ์รายละเอียดเกี่ยวกับพืชมากกว่า 18,000 ชนิด ในขณะนั้น การจำแนกประเภทของเขาอาจซับซ้อนที่สุดเท่าที่นักอนุกรมวิธานคนใดเคยทำมา เนื่องจากเขาใช้ลักษณะหลายอย่างรวมกันเป็นพื้นฐานในการจำแนกอนุกรมวิธานของเขา

ผลงานอนุกรมวิธานที่สำคัญถัดมาผลิตโดยJoseph Pitton de Tournefort (ฝรั่งเศส, 1656–1708) ^{[ 48 ]}ผลงานของเขาในปี 1700 ชื่อ Institutiones Rei Herbariaeประกอบด้วยพืชมากกว่า 9,000 ชนิดใน 698 สกุล ซึ่งมีอิทธิพลโดยตรงต่อ Linnaeus เนื่องจากเป็นตำราที่เขาใช้เมื่อครั้งยังเป็นนักศึกษา^{[ 34 ]}

นักพฤกษศาสตร์ชาวสวีเดนคาร์ล ลินเนียส (ค.ศ. 1707–1778) ^{[ 38 ]}ได้เปิดศักราชใหม่ของอนุกรมวิธาน ด้วยผลงานสำคัญของเขา ได้แก่Systema Naturaeฉบับที่ 1 ในปี ค.ศ. 1735 ^{[ 49 ]} Species Plantarumในปี ค.ศ. 1753 ^{[ 50 ]}และSystema Naturaeฉบับที่ 10 [ ^{51 ]}เขาได้ปฏิวัติอนุกรมวิธานสมัยใหม่ ผลงานของเขาได้นำระบบการตั้งชื่อแบบทวิภาคที่เป็นมาตรฐานมาใช้สำหรับชนิดของสัตว์และพืช^{[ 52 ] ซึ่งพิสูจน์ แล้ว}ว่าเป็นวิธีแก้ปัญหาที่สง่างามสำหรับวรรณกรรมอนุกรมวิธานที่วุ่นวายและไม่เป็นระเบียบ เขาไม่เพียงแต่แนะนำมาตรฐานของชั้น อันดับ สกุล และชนิดเท่านั้น แต่ยังทำให้สามารถระบุพืชและสัตว์จากหนังสือของเขาได้โดยใช้ส่วนเล็กๆ ของดอกไม้ (ที่รู้จักกันในชื่อระบบลินเนียส ) ^{[ 52 ]}

นักอนุกรมวิธานพืชและสัตว์ถือว่างานของลินเนียสเป็น "จุดเริ่มต้น" สำหรับชื่อที่ถูกต้อง (ในปี 1753 และ 1758 ตามลำดับ) ^{[ 53 ]}ชื่อที่ตีพิมพ์ก่อนวันที่เหล่านี้เรียกว่า "ก่อนลินเนียส" และไม่ถือว่าถูกต้อง (ยกเว้นแมงมุมที่ตีพิมพ์ในSvenska Spindlar ^{[ 54 ]} ) แม้แต่ชื่ออนุกรมวิธานที่ลินเนียสเองตีพิมพ์ก่อนวันที่เหล่านี้ก็ถือว่าเป็นชื่อก่อนลินเนียส

รูปแบบของกลุ่มที่ซ้อนกันอยู่ภายในกลุ่มได้รับการกำหนดโดยการจำแนกพืชและสัตว์ของลินเนียส และรูปแบบเหล่านี้เริ่มถูกนำเสนอเป็นแผนผังลำดับวงศ์ ตระกูลของ อาณาจักรสัตว์และพืชในช่วงปลายศตวรรษที่ 18 ซึ่งเป็นเวลานานก่อนที่ หนังสือ On the Origin of Species ของชาร์ลส์ ดาร์วิน จะได้รับการตีพิมพ์^{[ 37 ]}รูปแบบของ "ระบบธรรมชาติ" ไม่ได้เกี่ยวข้องกับกระบวนการสร้าง เช่น วิวัฒนาการ แต่ก็อาจบ่งบอกถึงกระบวนการดังกล่าว ซึ่งเป็นแรงบันดาลใจให้แก่นักคิดยุคแรกๆ ที่เชื่อในการเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ ในบรรดาผลงานยุคแรกๆ ที่สำรวจแนวคิดเรื่องการเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ได้แก่Zoonomiaในปี 1796 โดยอีราสมัส ดาร์วิน (ปู่ของชาร์ลส์ ดาร์วิน) และPhilosophie zoologiqueของฌอง-แบปติสต์ ลามาร์คในปี 1809 ^{[ 20 ]} แนวคิดนี้ได้รับความนิยมในโลกที่ใช้ภาษาอังกฤษโดย Vestiges of the Natural History of Creation ซึ่งเป็นหนังสือเชิงคาดการณ์แต่ได้รับการอ่านอย่างกว้างขวาง ตีพิมพ์โดยไม่ระบุชื่อผู้เขียนโดยโรเบิร์ต แชมเบอร์สในปี 1844 ^{[ 55 ]}

ด้วยทฤษฎีของดาร์วิน การยอมรับโดยทั่วไปจึงเกิดขึ้นอย่างรวดเร็วว่าการจำแนกประเภทควรสะท้อนถึงหลักการสืบเชื้อสายร่วมกัน ของดาร์ วิน^{[ 56 ]} การแสดงภาพ ต้นไม้แห่งชีวิตได้รับความนิยมในงานวิทยาศาสตร์ โดยมีการรวมกลุ่มฟอสซิลที่รู้จักไว้ด้วย หนึ่งในกลุ่มสมัยใหม่กลุ่มแรกๆ ที่เชื่อมโยงกับบรรพบุรุษฟอสซิลคือนก^{[ 57 ]}โดยใช้ฟอสซิลที่เพิ่งค้นพบใหม่ของArchaeopteryxและHesperornisโทมัส เฮนรี ฮักซ์ลีย์ประกาศว่าพวกมันวิวัฒนาการมาจากไดโนเสาร์ ซึ่งเป็นกลุ่มที่ริชาร์ด โอเวน ตั้งชื่ออย่างเป็นทางการ ในปี 1842 ^{[ 58 ] [ 59 ]}คำอธิบายที่ได้คือไดโนเสาร์ "ให้กำเนิด" หรือเป็น "บรรพบุรุษของ" นก ซึ่งเป็นลักษณะสำคัญของ การคิด เชิงอนุกรมวิธานแบบวิวัฒนาการเมื่อมีการค้นพบและรู้จักกลุ่มฟอสซิลมากขึ้นเรื่อยๆ ในช่วงปลายศตวรรษที่ 19 และต้นศตวรรษที่ 20 นักบรรพชีวินวิทยาจึงพยายามทำความเข้าใจประวัติศาสตร์ของสัตว์ตลอดหลายยุคสมัยโดยการเชื่อมโยงกลุ่มที่รู้จักเข้าด้วยกัน^{[ 60 ]}ด้วยการสังเคราะห์วิวัฒนาการสมัยใหม่ในช่วงต้นทศวรรษ 1940 ทำให้เกิดความเข้าใจที่ทันสมัยเกี่ยวกับวิวัฒนาการของกลุ่มหลักๆ เนื่องจากอนุกรมวิธานเชิงวิวัฒนาการมีพื้นฐานมาจากลำดับชั้นอนุกรมวิธานของลินเนียส ดังนั้นคำศัพท์ทั้งสองจึงสามารถใช้แทนกันได้ในปัจจุบัน^{[ 61 ]}

วิธี การ จัดกลุ่มวิวัฒนาการ (cladistic method) เกิดขึ้นตั้งแต่ทศวรรษ 1960 ^{[ 56 ]}ในปี 1958 Julian Huxleyใช้คำว่าclade [ ^{20 ] ต่อ}มาในปี 1960 Cain และ Harrison ได้แนะนำคำว่าcladistic [ ^{20 ] คุณลักษณะ}เด่นคือการจัดเรียง taxa ในแผนภูมิวิวัฒนาการ แบบลำดับชั้น โดยมีเป้าหมายที่ต้องการคือ taxa ที่ได้รับการตั้งชื่อทั้งหมดเป็น monophyletic ^{[ 56 ]} taxon เรียกว่า monophyletic หากรวมถึงลูกหลานทั้งหมดของรูปแบบบรรพบุรุษ^{[ 62 ] [ 63 ]}กลุ่มที่มีกลุ่มลูกหลานที่แยกออกจากกันเรียกว่าparaphyletic [ ^{62 ]}ในขณะที่กลุ่มที่แสดงถึงมากกว่าหนึ่งสาขาจากแผนภูมิวิวัฒนาการเรียกว่าpolyphyletic [ ^{62 ] [ 63 ] กลุ่ม} monophyletic ได้รับการยอมรับและวินิจฉัยบนพื้นฐานของ^{synapomorphies}ซึ่งเป็นสถานะลักษณะที่ได้มาร่วมกัน^{[ 64 ]}

การจำแนกประเภทแบบคลัดิสติกเข้ากันได้กับอนุกรมวิธานแบบลินเนียนดั้งเดิมและหลักเกณฑ์การตั้งชื่อทางสัตววิทยาและ พฤกษศาสตร์ ในระดับหนึ่ง^{[ 65 ]}มีการเสนอระบบการตั้งชื่อทางเลือกอีกระบบหนึ่งคือหลักเกณฑ์การตั้งชื่อทางวิวัฒนาการระหว่างประเทศหรือPhyloCode ซึ่งควบคุมการตั้งชื่ออย่างเป็นทางการของกลุ่มสายพันธุ์ ^{[ 66 ] [ 28 ] [ 10 ]}ลำดับชั้นแบบลินเนียนเป็นทางเลือกและไม่มีสถานะอย่างเป็นทางการภายใต้PhyloCodeซึ่งมีจุดประสงค์เพื่อให้มีอยู่ร่วมกับหลักเกณฑ์ลำดับชั้นในปัจจุบัน^{[ 28 ]}แม้ว่าความนิยมของระบบการตั้งชื่อตามวิวัฒนาการจะเติบโตอย่างต่อเนื่องในช่วงไม่กี่ทศวรรษที่ผ่านมา^{[ 10 ]}แต่ก็ยังคงต้องรอดูว่านักอนุกรมวิธานส่วนใหญ่จะยอมรับPhyloCode ในที่สุด หรือไม่ หรือจะยังคงใช้ระบบการตั้งชื่อปัจจุบันที่ใช้ (และปรับเปลี่ยน แต่โต้แย้งว่าอาจไม่มากเท่าที่นักอนุกรมวิธานบางคนต้องการ) ^{[ 67 ] [ 68 ]}มานานกว่า 250 ปี

โดเมนเป็นการจัดกลุ่มที่ค่อนข้างใหม่ เสนอครั้งแรกในปี 1977 ระบบสามโดเมนของCarl Woeseไม่ได้รับการยอมรับโดยทั่วไปจนกระทั่งภายหลัง^{[ 69 ]}ลักษณะสำคัญประการหนึ่งของวิธีการสามโดเมนคือการแยกArchaeaและBacteriaซึ่งก่อนหน้านี้จัดอยู่ในอาณาจักรเดียวคือ Bacteria (อาณาจักรนี้บางครั้งก็เรียกว่าMonera ) ^{[ 70 ]}โดยมีEukaryotaสำหรับสิ่งมีชีวิตทั้งหมดที่มีเซลล์ที่มีนิวเคลียส[ ^{71 ] นัก}วิทยาศาสตร์จำนวนน้อยรวมอาณาจักรที่หกคือ Archaea แต่ไม่ยอมรับวิธีการโดเมน^{[ 70 ]}

Thomas Cavalier-Smithผู้ซึ่งตีพิมพ์ผลงานมากมายเกี่ยวกับการจำแนกประเภทของโปรติสต์ในปี 2545 ^{[ 72 ]}เสนอว่าNeomuraซึ่งเป็นกลุ่มที่รวม Archaea และEucarya เข้าด้วยกัน น่าจะวิวัฒนาการมาจาก Bacteria โดยเฉพาะอย่างยิ่งจากActinomycetotaการจำแนกประเภทของเขาในปี 2547 ถือว่าarchaeobacteriaเป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรย่อยของอาณาจักร Bacteria กล่าวคือ เขาปฏิเสธระบบสามโดเมนโดยสิ้นเชิง^{[ 73 ]} Stefan Luketa ในปี 2555 เสนอระบบ "โดเมน" ห้าโดเมน โดยเพิ่มPrionobiota ( ไม่มีเซลล์และไม่มีกรดนิวคลีอิก ) และVirusobiota (ไม่มีเซลล์แต่มีกรดนิวคลีอิก) เข้าไปในสามโดเมนแบบดั้งเดิม^{[ 74 ]}

มีการจำแนกประเภทบางส่วนสำหรับกลุ่มสิ่งมีชีวิตแต่ละกลุ่มจำนวนมาก และได้รับการแก้ไขและแทนที่เมื่อมีข้อมูลใหม่เข้ามา อย่างไรก็ตาม การจัดจำแนกสิ่งมีชีวิตส่วนใหญ่หรือทั้งหมดอย่างครอบคลุมและตีพิมพ์เผยแพร่นั้นหายากกว่า ตัวอย่างล่าสุดคือผลงานของ Adl et al., 2012 และ 2019 ^{[ 82 ] [ 83 ]}ซึ่งครอบคลุมเฉพาะยูคาริโอตโดยเน้นที่โปรติสต์ และ Ruggiero et al., 2015 ^{[ 84 ]}ซึ่งครอบคลุมทั้งยูคาริโอตและโปรคาริโอตจนถึงระดับอันดับ แม้ว่าทั้งสองจะไม่รวมตัวแทนฟอสซิลก็ตาม^{[ 84 ]}การรวบรวมแยกต่างหาก (Ruggiero, 2014) ^{[ 85 ]}ครอบคลุมอนุกรมวิธานที่มีอยู่จนถึงระดับวงศ์ แหล่งข้อมูลอื่นๆ ที่ใช้ฐานข้อมูล ได้แก่Encyclopedia of Life , Global Biodiversity Information Facility , ฐานข้อมูลอนุกรมวิธานของ NCBI , Interim Register of Marine and Nonmarine Genera , Open Tree of LifeและCatalogue of Life ส่วนPaleobiology Databaseเป็นแหล่งข้อมูลเกี่ยวกับฟอสซิล

อนุกรมวิธานทางชีววิทยาเป็นสาขาย่อยของชีววิทยาและโดยทั่วไปแล้วนักชีววิทยาที่เรียกว่า "นักอนุกรมวิธาน" จะเป็นผู้ปฏิบัติ แม้ว่านักธรรมชาติวิทยา ที่กระตือรือร้น ก็มักจะมีส่วนร่วมในการตีพิมพ์อนุกรมวิธานใหม่ด้วยเช่นกัน^{[ 86 ]}เนื่องจากอนุกรมวิธานมีจุดมุ่งหมายเพื่ออธิบายและจัดระเบียบ สิ่งมี ชีวิตงานที่นักอนุกรมวิธานดำเนินการจึงมีความสำคัญต่อการศึกษาความหลากหลายทางชีวภาพและสาขาชีววิทยาการอนุรักษ์ที่ เกิดขึ้น ^{[ 87 ] [ 88 ]}

การจำแนกทางชีววิทยาเป็นองค์ประกอบสำคัญของกระบวนการจำแนกทางอนุกรมวิธาน ดังนั้นจึงช่วยให้ผู้ใช้ทราบว่าญาติของอนุกรมวิธานนั้นคาดว่าจะเป็นอย่างไร การจำแนกทางชีววิทยาใช้ลำดับชั้นทางอนุกรมวิธาน ซึ่งรวมถึง (เรียงลำดับจากครอบคลุมมากที่สุดไปจนถึงครอบคลุมน้อยที่สุด) : โดเมนอาณาจักรไฟลัมชั้นอันดับวงศ์สกุลสปีชีส์และสายพันธุ์ [ ^{89 ] [หมายเหตุ1 ]}

“คำจำกัดความ” ของอนุกรมวิธานนั้นสรุปได้ด้วยคำอธิบายหรือการวินิจฉัย หรือทั้งสองอย่างรวมกัน ไม่มีกฎเกณฑ์ตายตัวที่ควบคุมคำจำกัดความของอนุกรมวิธาน แต่การตั้งชื่อและการตีพิมพ์อนุกรมวิธานใหม่นั้นอยู่ภายใต้กฎเกณฑ์ที่กำหนดไว้^{[ 9 ]}ในสัตววิทยาการตั้งชื่อสำหรับลำดับชั้นที่ใช้กันทั่วไป ( วงศ์ใหญ่ถึงชนิดย่อย ) นั้นถูกควบคุมโดย ประมวล กฎการตั้งชื่อทางสัตววิทยาสากล ( ICZN Code ) ^{[ 90 ]}ในสาขาสาหร่ายวิทยาเชื้อราวิทยาและพฤกษศาสตร์การตั้งชื่ออนุกรมวิธานนั้นอยู่ภายใต้ประมวลกฎการตั้งชื่อสากลสำหรับสาหร่าย เชื้อรา และพืช ( ICN ) ^{[ 91 ]}

คำอธิบายเบื้องต้นของอนุกรมวิธานประกอบด้วยข้อกำหนดหลักห้าประการ: ^{[ 92 ]}

1. ต้องตั้งชื่อให้กับกลุ่มสิ่งมีชีวิตนั้นโดยใช้ตัวอักษรละติน 26 ตัว ( ชื่อทวิภาคสำหรับชนิดใหม่ หรือชื่อเอกภาคสำหรับลำดับชั้นอื่นๆ)
2. ชื่อต้องไม่ซ้ำกัน (เช่น ไม่ใช่ชื่อที่มีเสียงเหมือนกัน แต่ความหมายต่างกัน )
3. คำอธิบายต้องอ้างอิงจากตัวอย่างต้นแบบ ที่มีชื่ออย่างน้อยหนึ่ง ตัวอย่าง
4. ควรประกอบด้วยข้อความเกี่ยวกับคุณลักษณะที่เหมาะสมเพื่ออธิบาย (กำหนด) กลุ่มอนุกรมวิธานหรือเพื่อแยกความแตกต่างจากกลุ่มอนุกรมวิธานอื่น ๆ (การวินิจฉัยรหัส ICZNมาตรา 13.1.1 รหัสICNมาตรา 38 ซึ่งอาจอิงตามสัณฐานวิทยาหรือไม่ก็ได้^{[ 93 ]} ) รหัสทั้งสองแยกการกำหนดเนื้อหาของกลุ่มอนุกรมวิธาน ( ขอบเขต ) ออกจากการกำหนดชื่อของกลุ่ม อนุกรมวิธานโดยเจตนา
5. ข้อกำหนดสี่ข้อแรกนี้จะต้องได้รับการตีพิมพ์ในงานเขียนที่สามารถจัดหาได้ในรูปแบบสำเนาที่เหมือนกันจำนวนมาก เพื่อเป็นบันทึกทางวิทยาศาสตร์ถาวร

อย่างไรก็ตาม มักจะมีข้อมูลเพิ่มเติมอีกมากมาย เช่น ขอบเขตทางภูมิศาสตร์ของกลุ่มสิ่งมีชีวิต บันทึกทางนิเวศวิทยา เคมี พฤติกรรม ฯลฯ วิธีที่นักวิจัยใช้ในการจำแนกกลุ่มสิ่งมีชีวิตนั้นแตกต่างกันไป ขึ้นอยู่กับข้อมูลและทรัพยากรที่มีอยู่ วิธีการจะแตกต่างกันไปตั้งแต่ การเปรียบเทียบ เชิงปริมาณหรือเชิงคุณภาพ อย่างง่ายของลักษณะเด่น ไปจนถึงการวิเคราะห์ ข้อมูลลำดับดีเอ็นเอจำนวนมากด้วยคอมพิวเตอร์อย่างละเอียด^{[ 94 ]}

อาจมีการระบุ "ผู้มีอำนาจ" ไว้หลังชื่อวิทยาศาสตร์^{[ 95 ]}ผู้มีอำนาจคือชื่อของนักวิทยาศาสตร์หรือนักวิทยาศาสตร์ที่ตีพิมพ์ชื่อนั้นเป็นครั้งแรกอย่างถูกต้อง^{[ 95 ]}ตัวอย่างเช่น ในปี 1758 ลินเนียสได้ตั้งชื่อวิทยาศาสตร์ ให้ ช้างเอเชีย ว่า Elephas maximusดังนั้นบางครั้งชื่อจึงเขียนว่า " Elephas maximus Linnaeus, 1758" ^{[ 96 ]}ชื่อของผู้เขียนมักจะย่อ: ตัวย่อL.สำหรับLinnaeusมักใช้กันทั่วไป ในทางพฤกษศาสตร์ มีรายการตัวย่อมาตรฐานที่กำหนดไว้ (ดูรายชื่อนักพฤกษศาสตร์ตามตัวย่อของผู้เขียน ) [ ^{97 ] ระบบ}การกำหนดผู้มีอำนาจแตกต่างกันเล็กน้อยระหว่างพฤกษศาสตร์และสัตววิทยา^{[ 9 ]}อย่างไรก็ตาม เป็นมาตรฐานว่าหากสกุลของสปีชีส์มีการเปลี่ยนแปลงไปตั้งแต่คำอธิบายดั้งเดิม ชื่อของผู้เขียนดั้งเดิมจะถูกใส่ไว้ในวงเล็บ^{[ 98 ]}

ในฟีเนติกส์ หรือที่รู้จักกันในชื่อแท็กซิเมตริกส์ หรืออนุกรมวิธานเชิงตัวเลข สิ่งมีชีวิตจะถูกจัดประเภทตามความคล้ายคลึงโดยรวม โดยไม่คำนึงถึงวิวัฒนาการหรือความสัมพันธ์ทางสายพันธุ์^{[ 20 ]}ซึ่งส่งผลให้เกิดการวัด "ระยะทาง" แบบไฮเปอร์จีโอเมตริกส์ระหว่างกลุ่มสิ่งมีชีวิต วิธีการฟีเนติกส์ค่อนข้างหายากในยุคปัจจุบัน ส่วนใหญ่ถูกแทนที่ด้วย การวิเคราะห์ แบบคลัดิสติกส์เนื่องจากวิธีการฟีเนติกส์ไม่สามารถแยกแยะลักษณะบรรพบุรุษร่วม (หรือพลีซิโอมอร์ฟิก ) ออกจากลักษณะที่ได้มาร่วม (หรืออะโพมอร์ฟิก ) ได้^{[ 99 ]}อย่างไรก็ตาม วิธีการฟีเนติกส์บางอย่าง เช่นการเชื่อมต่อเพื่อนบ้านยังคงมีอยู่ เนื่องจากเป็นตัวประมาณความสัมพันธ์ที่รวดเร็วเมื่อวิธีการขั้นสูงกว่า (เช่นการอนุมานแบบเบย์เซียน ) มีค่าใช้จ่ายในการคำนวณสูงเกินไป^{[ 100 ]}

อนุกรมวิธานสมัยใหม่ใช้ เทคโนโลยี ฐานข้อมูลในการค้นหาและจัดทำรายการจำแนกประเภทและเอกสารประกอบ^{[ 101 ]}แม้ว่าจะไม่มีฐานข้อมูลที่ใช้กันทั่วไป แต่ก็มีฐานข้อมูลที่ครอบคลุม เช่นCatalogue of Lifeซึ่งพยายามรวบรวมรายชื่อสิ่งมีชีวิตทุกชนิดที่มีการบันทึกไว้^{[ 102 ]}ณ เดือนเมษายน 2559 แคตตาล็อกดังกล่าวระบุรายชื่อสิ่งมีชีวิต 1.64 ล้านชนิดในทุกอาณาจักร โดยอ้างว่าครอบคลุมมากกว่าสามในสี่ของจำนวนชนิดที่วิทยาศาสตร์สมัยใหม่รู้จัก^{[ 103 ]}

• การระบุชนิดพันธุ์โดยอัตโนมัติ  – กระบวนการ AI ทางอนุกรมวิธาน
• อนุกรมวิธานของแบคทีเรีย  – การจัดกลุ่มแบคทีเรียตามลำดับชั้น
• แผนภูมิวิวัฒนาการ (Cladogram)  – แผนภาพที่ใช้แสดงความสัมพันธ์ระหว่างกลุ่มสิ่งมีชีวิตที่มีต้นกำเนิดร่วมกัน
• การจำแนกประเภท  – การจัดสิ่งต่างๆ เข้าเป็นหมวดหมู่
• การวิเคราะห์คลัสเตอร์  – การจัดกลุ่มวัตถุชุดหนึ่งตามความคล้ายคลึงกัน
• กลุ่มความร่วมมือเพื่อบาร์โค้ดแห่งชีวิต  – องค์กรเพื่อการกำหนดบาร์โค้ดดีเอ็นเอเป็นมาตรฐานสากลสำหรับการระบุชนิดพันธุ์
• กลุ่มสถาบันวิจัยด้านอนุกรมวิธานแห่งยุโรป  – เครือข่ายวิจัยของยุโรป
• เดนโดแกรม  – แผนภาพที่มีโครงสร้างคล้ายต้นไม้
• ความคล้ายคลึงกันในครอบครัว  – แนวคิดทางปรัชญาที่ลุดวิก วิทเกนสไตน์ นำเสนอจนเป็นที่นิยม
• อนุกรมวิธานพื้นบ้าน  – ระบบการตั้งชื่อตามภาษาถิ่น ตรงข้ามกับระบบการตั้งชื่อทางวิทยาศาสตร์
• จีโนไทป์  – แนวคิดในวิทยาศาสตร์พันธุศาสตร์
• อภิธานศัพท์การตั้งชื่อทางวิทยาศาสตร์
• การระบุชนิด (ชีววิทยา)  – กระบวนการนำชื่อที่มีอยู่แล้วมาใช้กับสิ่งมีชีวิตชนิดเดียว
• Incertae sedis  – คำศัพท์เพื่อระบุตำแหน่งทางอนุกรมวิธานที่ไม่แน่นอน
• อนุกรมวิธานเชิงตัวเลข  – ระบบการจำแนกประเภทในอนุกรมวิธานทางชีววิทยา
• Open Tree of Life  – แผนภูมิวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิตแบบออนไลน์
• พาราแท็กโซโนมี
• ฟีเนติกส์ (หรือแท็กซิเมตริกส์)  – ความพยายามในการจำแนกสิ่งมีชีวิตโดยอาศัยความคล้ายคลึงโดยรวม
• แผนภูมิแสดงลักษณะทางพันธุกรรม
• ทฤษฎีต้นแบบ  – ทฤษฎีการจัดหมวดหมู่ในทางจิตวิทยา
• ทฤษฎีเซต  – สาขาหนึ่งของคณิตศาสตร์ที่ศึกษาเกี่ยวกับเซต
• Systema Naturae  – ผลงานชิ้นสำคัญของนักพฤกษศาสตร์ Carolus Linnaeus
• อนุกรมวิธาน (หรือฟีเนติกส์)  – พยายามจำแนกสิ่งมีชีวิตโดยอาศัยความคล้ายคลึงโดยรวม
• อนุกรมวิธาน (ทั่วไป)  – การพัฒนากลุ่มและประเภทต่างๆ
• การจำแนกประเภทไวรัส  – การจัดกลุ่มไวรัสเข้าสู่ระบบอนุกรมวิธาน

• อนุกรมวิธานคืออะไร?ที่พิพิธภัณฑ์ประวัติศาสตร์ธรรมชาติแห่งลอนดอน
• ระบบการจำแนกประเภทที่NCBI ( ศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ )
• การจัดหมวดหมู่ทางอนุกรมวิธานในUniProtแหล่งข้อมูลโปรตีนสากล
• ITIS คือระบบข้อมูลอนุกรมวิธานแบบบูรณาการ
• CETaF คือสมาคมสิ่งอำนวยความสะดวกด้านอนุกรมวิธานแห่งยุโรป
• Wikispecies สารบบพันธุ์สัตว์ฟรี
• การจำแนกประเภททางชีววิทยาเก็บถาวรเมื่อวันที่ 13 สิงหาคม 2563 ที่Wayback Machine