หลังจากติดตั้งอุปกรณ์เสร็จที่เมืองนิวอัลบานี รัฐอินเดียนาเรือโมนาคก็เริ่มปฏิบัติหน้าที่กับกองเรือแรมฟลีท โดยแล่นลงแม่น้ำในเดือนพฤษภาคม ปี 1862 เธอได้ลาดตระเวนป้อมพิลโลว์ รัฐเทนเนสซีในเดือนมิถุนายน ปี 1862 และ เข้าร่วมกับ เรือพี่น้อง ของเธอ คือเรือกลไฟล้อข้างUSS Queen of the West และเรือปืนหุ้ม เกราะ เหล็กUSS Benton , USS Cairo , USS Carondelet , USS LouisvilleและUSS St. Louisในยุทธการเมมฟิสเมื่อวันที่ 6 มิถุนายน ปี 1862 ในการปะทะกับ กองเรือป้องกันแม่น้ำ ของฝ่ายสัมพันธมิตรเรือแรมฟลีทได้ทำลายเรือของฝ่ายสัมพันธมิตรไปเจ็ดลำ ทำให้กองเรือป้องกันนั้นหมดสิ้นประสิทธิภาพในฐานะกองกำลังทางทะเล ระหว่างการรบ เรือโมนาคได้พุ่งชนเรือแรมหุ้มเกราะฝ้ายCSS Colonel LovellและGeneral Beauregard กอง กำลังฝ่าย สหภาพเข้ายึดเมืองเมมฟิส รัฐเทนเนสซี เมื่อวันที่ 6 มิถุนายน ค.ศ. 1862 โดยกวาดล้างป้อมปราการและเรือรบของฝ่ายสมาพันธรัฐในบริเวณแม่น้ำมิสซิสซิปปีตอนบน     

เมื่อวันที่ 26 มิถุนายน ค.ศ. 1862 เรือโมนาคและเรือรบยูเอสเอสแลนแคสเตอร์ ไล่ตามเรือเจเนอรัล เอิร์ล แวน ดอร์นลงไปตามแม่น้ำมิสซิสซิปปีและขึ้นไปตามแม่น้ำยาซูโดยฝ่ายสัมพันธมิตรได้เผาเรือเจเนอรัล เอิร์ล แวน ดอร์นบริเวณใต้เมืองยาซู รัฐมิสซิสซิปปีเพื่อป้องกันไม่ให้เรือถูกจับกุม

เริ่มตั้งแต่เดือนมิถุนายน ค.ศ. 1862 เรือโมนาคได้ปฏิบัติการโจมตีเมืองวิกส์เบิร์กรัฐมิสซิสซิปปีเรือโมนาคและเรืออีกห้าลำออกเดินทางจากเฮเลนา รัฐอาร์คันซอเมื่อวันที่ 16 สิงหาคม ค.ศ. 1862 ในปฏิบัติการร่วมระหว่างกองทัพบกและกองทัพเรือสหรัฐฯ ในมิสซิสซิปปี โดยล่องขึ้นไปตามแม่น้ำยาซู กองกำลังได้ขึ้นฝั่งตามจุดต่างๆ บนชายฝั่งและทำลายป้อมปืนใหญ่ ของฝ่ายสัมพันธมิตร ที่อยู่ริมแม่น้ำ เรือของฝ่ายสหภาพยึดเรือกลไฟล้อข้างCSS Fairplayเหนือเมืองวิกส์เบิร์กเมื่อวันที่ 27 สิงหาคม ค.ศ. 1862 จากนั้น เรือโมนาคได้ล่องไปตามแม่น้ำยาซูพร้อมกับเรือกลไฟล้อข้างUSS General Bragg เพื่อป้องกันไม่ให้ฝ่ายสัมพันธมิตรใช้เรือกลไฟPaul Jonesและเพื่อขัดขวางการติดต่อสื่อสารกับวิกส์เบิร์ก ต่อมาในปีเดียวกันนั้นเรือโมนาคได้กวาดทุ่นระเบิดทางทะเลในแม่น้ำยาซู

เรือรบโมนาคเข้าร่วมกับเรืออีก 11 ลำในการปฏิบัติการเพื่อยึดป้อมฮินด์แมนรัฐอาร์คันซอ เมื่อวันที่ 4 มกราคม 1863 ซึ่งพลเรือตรีเดวิด ดิกสัน พอร์เตอร์ระบุว่าเป็น "จุดที่ยากลำบากมาก" โดยร่วมมือกับ กองทหารของ พลตรีวิลเลียม เทคัมเซห์ เชอร์แมนเมื่อวันที่ 9 มกราคม 1863 เรือรบของฝ่ายสหภาพได้เข้าร่วมการรบที่อาร์คันซอโพสต์และมีส่วนร่วมในการยึดป้อมฮินด์แมนเมื่อวันที่ 11 มกราคม

ในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1863 เรือโมนาคแล่นขึ้นไปตามแม่น้ำยาซูถึงเมืองกรีนวิลล์รัฐมิสซิสซิปปี เพื่อช่วยเหลือผู้บัญชาการพริชเช็ตต์ในการควบคุมกิจกรรมของกองโจร ในเดือนเมษายน ค.ศ. 1863 เธอได้เข้าร่วมกับเรือรบยูเอสเอสฟุลตัน ยูเอสเอสไลออนเนส และยูเอสเอส ที. ดี. ฮอร์เนอร์ในการสนับสนุนกองพลนาวิกโยธินของพันเอกเอลเล็ตในหุบเขาเทนเนสซี

เมื่อวิกส์เบิร์กตกอยู่ภายใต้การยึดครองในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2406 และการล่มสลายของกองกำลังทางเรือของฝ่ายสัมพันธมิตรในแม่น้ำทางตะวันตก ภารกิจของ โมนาคก็สำเร็จลุล่วง เธอถูกจอดทิ้งไว้ที่แม่น้ำมิสซิสซิปปีทางใต้ของเซนต์หลุยส์ รัฐมิสซูรีหลังจากเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2406 ^{[ 1 ]}และถูกถอดออกจากรายชื่อกองทัพเรือในปี พ.ศ. 2407 แต่ยังคงอยู่ในกองหนุน พร้อมที่จะเรียกกลับมาใช้งาน เธอถูกน้ำแข็งจมในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2407 ^{[ 1 ]}แต่ถูกกู้ขึ้นมาและนำไปยังเมืองเมานด์ซิตี้ รัฐอิลลินอยส์เพื่อรื้อถอนในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2408