เดิมทีเรือลำนี้ได้รับมอบหมายให้ลาดตระเวนในช่องแคบเกาะเวอร์เด แต่ได้ย้ายไปประจำการที่ชายฝั่งตะวันตกของเกาะมินโดโรในวันที่ 9 ธันวาคม ในวันที่ 11 ธันวาคม เรือS-38ได้ยิงตอร์ปิโดใส่เรือบรรทุกสินค้าHydra II ของนอร์เวย์ โดยไม่ได้ตั้งใจ และจมลง ทางตะวันตกของแหลมคาลาไวต์บนเกาะมินโดโร^{[ 8 ]}ในวันที่ 12 ธันวาคม เรือได้เคลื่อนตัวเข้าไปใน บริเวณ แหลมคาลาไวต์และในคืนวันที่ 19/20 ธันวาคม ได้กำหนดเส้นทางไปยังชายฝั่งลูซอน คืนถัดมา เรือได้เข้าเทียบท่าที่อ่าวคาเมนส์ ซ่อมแซมความเสียหายที่เกิดจากการระเบิดของแรงดันที่สะสมอยู่ในเครื่องทำความเย็นน้ำมันหล่อลื่นเครื่องยนต์ด้านซ้าย และเมื่อรุ่งเช้าของวันที่ 21 ธันวาคม ก็ได้กลับมาลาดตระเวนอีกครั้ง

ได้รับคำสั่งให้แทรกซึมเข้าไป ในอ่าวลิงกาเยนที่ตื้นและเต็มไปด้วยอันตราย^{[ 9 ]} และโจมตีเรือขนส่งสินค้าของศัตรู^{[ 9 ]}เธอจึงเข้าสู่อ่าวก่อนรุ่งสาง^{[ 9 ]}ในวันที่ 22 ธันวาคม เวลา 06:45 น. เธอพบเห็นขบวนเรือขนส่งสินค้าของศัตรูจำนวน 4 ลำ^{[ 9 ]} ซึ่งมี เรือพิฆาตคุ้มกัน 2 ลำรอจนระยะห่างลดลงเหลือเพียง1,000 หลา (910 เมตร)เวลา 07:10 น. เธอจึงยิงตอร์ปิโดหัวเรือ 4 ลูก ซึ่งพลาดเป้าทั้งหมด ขณะที่เธอกำลังบรรจุกระสุนใหม่ เรือพิฆาตของศัตรูก็เข้ามาใกล้ส่งเสียงสัญญาณแต่ไม่มีระเบิดน้ำลึกมา^{[ 9 ]}เวลา 07:58 น. เธอจึงยิงตอร์ปิโด 2 ลูกใส่เรือบรรทุกสินค้าของศัตรูที่จอดทอดสมออยู่ ไม่ถึงนาทีต่อมา เรือฮาโยมารุ ขนาด 5,445 ตันก็ระเบิด เรือพิฆาตของศัตรูเข้าใกล้เรือดำน้ำอีกครั้ง และเรือดำน้ำก็ดำลงไปลึกถึง80 ฟุต (24 เมตร)และหลบหลีกขณะที่ระเบิดน้ำลึกถูกทิ้งลงมา แต่ไม่มีลูกใดเข้าใกล้^{[ 10 ]}ตั้งแต่เวลา 08:04 ถึง 09:30 เรือดำน้ำ S-boat แล่นอย่างเงียบเชียบโดยใช้กลยุทธ์หลบหลีก ในเวลา 09:30 เรือดำน้ำเกยตื้นบนพื้นโคลน และยังคงอยู่ที่นั่นเกือบทั้งวัน^{[ 9 ]}เรือพิฆาตพร้อมด้วยเรือเล็กยังคงค้นหาต่อไปโดยไม่ประสบความสำเร็จ ในเวลา 21:30 เรือดำน้ำที่ถูกไล่ล่าเริ่มพยายามถอยหนี ระหว่างการถอยหนี ใบพัดด้านซ้ายของเรือได้รับความเสียหาย แต่ในเวลา 22:01 เรือก็เป็นอิสระและมุ่งหน้าไปยัง บริเวณ หมู่เกาะร้อยเกาะทางด้านตะวันตกของอ่าว เรือดำน้ำS-38โผล่ขึ้นสู่ผิวน้ำเพื่อเปลี่ยนอากาศและชาร์จแบตเตอรี่ จากนั้นก็ดำลงไปในตอนรุ่งเช้า และอยู่ก้นทะเลตลอดทั้งวันถัดไปเพื่อให้ลูกเรือได้พักผ่อน^{[ 10 ]}    

S-38ยังคงไม่ถูกตรวจพบจนถึงวันที่ 23 ธันวาคม ในวันที่ 24 ธันวาคม เธอเคลื่อนตัวไปยังส่วนใต้ของอ่าว ซึ่งเธอได้เข้าใกล้กลุ่มเรือช่วยรบขนาดใหญ่ 6 ลำก่อนเวลา 11:30 น. เล็กน้อย เวลา 11:52 น. เกิดการระเบิดครั้งใหญ่ที่ด้านซ้ายของเธอ ซึ่งเห็นได้ชัดว่าเป็นระเบิดของเครื่องบินลาดตระเวน^{[ 9 ]}เธอดำลงไปลึกกว่าเดิม ระหว่างเวลา 12:06 ถึง 12:08 น. เกิดการระเบิดอีก 8 ครั้งรอบๆ ตัวเธอ เวลา 12:09 น. เธอหยุดเครื่องยนต์ทั้งหมดและจมลงสู่ก้นทะเลที่ระดับความลึก 180  ฟุต การทิ้งระเบิดน้ำลึกยังคงดำเนินต่อไป แต่การระเบิดอยู่ห่างออกไป เวลา 12:30 น. เรือดำน้ำเริ่มเคลื่อนที่อีกครั้ง เวลา 12:45 น. เรือล่าเรือข้าศึกพบเธออีกครั้งและเริ่มทิ้งระเบิดน้ำลึกอีกครั้งS-38จมลงสู่ก้นทะเลอีกครั้ง การทิ้งระเบิดน้ำลึกยังคงดำเนินต่อไปจนถึงหลัง 13:00 น. การค้นหายังคงดำเนินต่อไปจนถึงหลัง 18:00 น.

เวลา 18:42 เรือดำน้ำออกเดินทาง มุ่งหน้ากลับไปยังบริเวณหมู่เกาะร้อยเกาะ เวลา 22:35 เรือดำน้ำขึ้นสู่ผิวน้ำเพื่อชาร์จแบตเตอรี่ ห้านาทีต่อมาแบตเตอรี่ สำรอง ^{[ 10 ]}ที่ ระบายอากาศไม่ถูกต้องก็ ระเบิด เวลา 23:04 เรือดำน้ำแล่นไปข้างหน้าด้วยเครื่องยนต์ด้านขวา มุ่งหน้าออกจากอ่าวลิงกาเยน

ไม่นานหลังจากเวลา 02:00 น. ของวันที่ 25 ธันวาคม เธอมองเห็นเรือพิฆาตข้าศึกสองลำ แต่ยังคงไม่ถูกตรวจพบ อย่างไรก็ตาม เวลา 03:46 น. เธอมองเห็นลำที่สาม ซึ่งมองเห็นเธอเช่นกัน เรือ ดำ น้ำ S-38จึงดำลงใต้น้ำ เรือพิฆาตเข้าใกล้ตำแหน่งสุดท้ายที่เรือดำน้ำโผล่พ้นน้ำ และเวลา 03:50 น. ก็เริ่มทิ้งระเบิดน้ำลึก ตั้งแต่นั้นจนถึงหลัง 09:00 น. เรือดำน้ำหลบหลีกเรือพิฆาตโดยใช้ใบพัดเพียงใบเดียวที่ทำงานเงียบๆ จากนั้นเธอก็เกยตื้นบนฝั่งชันที่ระดับความลึก85 ฟุต (26 เมตร)เป็นเวลาสองชั่วโมงถัดมา เรือพิฆาตวนเวียนอยู่รอบๆ เรือดำน้ำS-38เลื่อนลงไปที่ระดับความลึก 200 ฟุต (60 เมตร)ใช้เครื่องยนต์ดันตัวเองขึ้นมา แล้วทำซ้ำการเคลื่อนไหวเดิม เรือพิฆาตเคลื่อนตัวออกไป และเวลา 12:35 น. เรือดำน้ำ S-boat ก็ออกเดินทางไปยังมะนิลา หนึ่งชั่วโมงต่อมา เธอเกยตื้น แต่เพียงชั่วครู่เท่านั้น และในเวลา 21:45 น. ของวันที่ 26 ธันวาคม เรือลำนี้ได้แล่นเข้าไปในเขตทุ่นระเบิดชั้น นอก บริเวณทางเข้าอ่าวมานิลา  

สถานการณ์ในคาบิเต้เริ่มไม่ปลอดภัยแล้ว และเรือดำน้ำS-38ได้รับคำสั่งให้ไปยังสุราบายาและหลังจากซ่อมแซมแล้วS-38จะปฏิบัติการร่วมกับกองกำลังพันธมิตรอื่นๆ เพื่อพยายามสกัดกั้นการรุกคืบของญี่ปุ่นเข้าสู่หมู่เกาะอินเดียตะวันออกในวันที่ 14 มกราคม 1942 เรือดำน้ำเดินทางมาถึง ฐานทัพ ดัตช์บนชายฝั่งทางเหนือของเกาะชวาในวันที่ 15 มกราคมกองบัญชาการ ABDAได้รับการจัดตั้งขึ้นอย่างเป็นทางการ ในวันที่ 24 มกราคม กองทัพญี่ปุ่นมาถึงบาลิกปาปันในวันที่ 25 มกราคมS-38ซึ่งได้รับการซ่อมแซมอย่างเร่งด่วน ได้ออกจากสุราบายาเพื่อลาดตระเวนในช่องแคบมากัสซาร์นอกชายฝั่งบาลิกปาปัน

ในช่วงสองสัปดาห์ถัดมา เรือ ดำ น้ำ S-38เผชิญกับการโจมตีด้วยระเบิดน้ำลึกอย่างรุนแรงถึงสองครั้ง ในวันที่ 7 กุมภาพันธ์ เธอแล่นเข้าไปใกล้เมืองบาลิกปาปันเพื่อตรวจสอบการขนส่งทางเรือในท่าเรือ กิจกรรมตามถนนเลียบชายฝั่ง และการป้องกันใหม่ในพื้นที่ ในวันที่ 8 กุมภาพันธ์ เธอเริ่มปฏิบัติการโจมตีอีกครั้ง แต่สภาพอากาศเลวร้ายเป็นอุปสรรคต่อความสำเร็จ ในวันที่ 9 กุมภาพันธ์ กองทัพญี่ปุ่นเคลื่อนพลเข้าโจมตีเมืองมากัสซาร์และเรือดำน้ำ S-38ได้รับคำสั่งให้ลาดตระเวนบริเวณแหลมวิลเลียมทาง ฝั่งเกาะ เซเลเบสของช่องแคบ ซึ่งเธอประจำการอยู่ที่นั่นจนถึงวันที่ 12 กุมภาพันธ์

จากนั้นได้รับคำสั่งให้กลับไปยัง Soerabaja เรือดำน้ำมาถึงฐานทัพในชวาในวันที่ 16 กุมภาพันธ์ หกวันต่อมา เธอก็ออกทะเลอีกครั้ง เคลื่อนตัวไปทางตะวันออก เธอลาดตระเวนอยู่บริเวณแนวปะการัง Meindertsทางชายฝั่งตะวันออกเฉียงเหนือของชวา จากนั้นมุ่งหน้าไปทางเหนือเพื่ออ้อมปลายด้านตะวันออกของเกาะ Madoeraระหว่างทางไปยังเกาะ Baweanในวันที่ 26 กุมภาพันธ์ เธอยิงถล่มฐานทัพญี่ปุ่นที่Sangkapuraจากนั้นลาดตระเวนระหว่าง Bawean และทางเข้าด้านตะวันตกของ Soerabaja ในวันที่ 28 กุมภาพันธ์ เธอรับผู้รอดชีวิต 58 คน^{[ 11 ]}จากเรือพิฆาตHMS Electra ซึ่งจมลงในวันก่อนหน้าในยุทธนาวีทะเลชวาและในวันที่ 1 มีนาคม ได้ส่งลูกเรือชาวอังกฤษไปยังเรือผิวน้ำในช่องแคบ Madoera จากนั้นเธอก็กลับมาไล่ล่าเรือขนส่งสินค้าของญี่ปุ่นอีกครั้ง ซึ่งเป็นเรือที่นำข้าศึกขึ้นฝั่งที่บาตาเวียอินดรามาโจและเรมบัง โดยเรมบังเป็นศูนย์กลางน้ำมันขนาดใหญ่แห่งสุดท้ายในหมู่เกาะอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ และอยู่ห่างจากสุราบายา เพียง 110 ไมล์ (180 กิโลเมตร)  

ในเช้าวันที่ 2 มีนาคมS-38ยิงตอร์ปิโด 4 ลูกใส่เรือลาดตระเวนเบา ของญี่ปุ่น และอีก 2 ลูกใส่เรือพิฆาต โดยเชื่อว่าได้สร้างความเสียหายให้กับเรือลาดตระเวน หรืออาจจะจมเรือ^{[ 12 ]}ในความเป็นจริง ตอร์ปิโดพลาดเป้าเรือลาดตระเวนเบาคินุจากนั้น S-38 ก็รออยู่ที่ก้นทะเลขณะที่เรือพิฆาตค้นหาเธอ ในช่วงบ่ายแก่ๆ เธอเคลื่อนตัวออกจากบริเวณนั้น ในเย็นวันนั้น เธอโจมตีเรือรบข้าศึกอีกลำหนึ่งแต่ไม่สำเร็จ และถึงแม้จะได้รับความเสียหาย เธอก็รอดพ้นจากการไล่ล่าอีกครั้งโดยการซ่อนตัวอยู่ใต้ชั้นน้ำเค็มในวันที่ 3 มีนาคม เธอได้รับคำสั่งให้ไปที่ออสเตรเลียตะวันตก

เมื่อวันที่ 5 มีนาคม เรือS-38แล่นผ่านบริเวณกระแสน้ำวนและแก่งที่ปลายสุดของช่องแคบลอมบ็อก ในวันที่ 13 มีนาคม เรือมาถึง เมืองฟรีแมนเทิลและในปลายเดือนนั้น ได้เดินทางต่อไปยังบริสเบนเพื่อเข้าร่วมกับเรือ S-boat ลำอื่นๆ ของกองเรือเอเชียในการจัดตั้งแกนหลักของกองเรือเฉพาะกิจที่ 42 (TF  42) และเตรียมพร้อมสำหรับการปฏิบัติการในพื้นที่นิวกินี - หมู่เกาะบิสมาร์ก - หมู่ เกาะโซโลมอน

ในช่วงเดือนมีนาคมและเมษายน การโจมตีทางอากาศของฝ่ายศัตรูต่อพอร์ตมอร์สบีทวีความรุนแรงขึ้นเพื่อเตรียมการเคลื่อนพลเข้าสู่ปาปัวจากทางตะวันออกเฉียงเหนือของนิวกินี เมื่อวันที่ 28 เมษายน เรือ S-38ออกจากอ่าวโมเรตันและมุ่งหน้าไปทางเหนือเพื่อลาดตระเวนชายฝั่งปาปัว ในช่วงกลางเดือนพฤษภาคม เธอได้ย้ายไปยังช่องแคบโจมาร์ดซึ่งเธออยู่ที่นั่นโดยไม่สามารถติดต่อกับบริสเบนได้ จนกระทั่งคืนวันที่ 18 พฤษภาคม จากนั้นเธอก็ตั้งเส้นทางไปยัง ชายฝั่ง ควีนส์แลนด์เมื่อวันที่ 20 พฤษภาคม เธอผ่านเศษซากที่เชื่อว่าเป็นผลมาจากยุทธการทะเลปะการังและในคืนนั้นเธอก็ส่งข้อความไปยังบริสเบนได้สำเร็จ เมื่อวันที่ 24 พฤษภาคม เธอกลับไปยังอ่าวโมเรตัน

หลังจากนั้นมีการซ่อมแซมและทดสอบนานหนึ่งเดือน ซึ่งเซลล์แบตเตอรี่ที่เสียหายจากการระเบิดในภารกิจลาดตระเวนครั้งแรกในสงครามก็ได้รับการเปลี่ยนใหม่ ในวันที่ 24 มิถุนายน เธอได้แล่นเรือออกจากแม่น้ำบริสเบน อีกครั้ง ผ่านอ่าวโมเรตัน และเข้าสู่ทะเลปะการังมุ่งหน้าไปยังหมู่เกาะโซโลมอน ในวันที่ 29 มิถุนายน เธอเข้าสู่พื้นที่ลาดตระเวนที่ได้รับมอบหมายและมุ่งหน้าไปยังช่องทางระหว่างหมู่เกาะรัสเซลและ เกาะ กัวดาลคาแนลในวันที่ 30 มิถุนายน เธอแล่นเรือออกจากอ่าวลุงกาและในวันที่ 1 กรกฎาคม เธอมาถึงนอกชายฝั่งทูลากิซึ่งเป็นเป้าหมายแรกของการลาดตระเวน เธอถูกตรวจพบขณะเตรียมยิง จึงหลบหลีกเรือพิฆาตที่ปล่อยระเบิดน้ำลึกและค่อยๆ เพิ่มระยะห่างในทะเล อย่างไรก็ตาม การปล่อยระเบิดน้ำลึกกลับทำให้ปัญหาเรื่องความเก่าแก่และการกัดกร่อนรุนแรงขึ้น การควบคุมความลึกทำได้ยากขึ้นเนื่องจากเกิดการรั่วไหลในถังสำรองและในห้องเครื่อง รอยรั่วในเรือลำหลังนั้นรุนแรงขึ้นเมื่อเธอเคลื่อนตัวออกจากบริเวณนั้น และส่งผลให้เกิดฟองอากาศจำนวนมาก ซึ่งนำไปสู่การตรวจจับทางอากาศสองชั่วโมงหลังจากที่เธอทิ้งเรือพิฆาตไว้เบื้องหลัง หลังจากนั้น ปัญหาทางกลไกก็ทวีความรุนแรงขึ้น และเรือS-38ซึ่งไม่สามารถปฏิบัติภารกิจได้อย่างมีประสิทธิภาพในพื้นที่ของตน จึงเปลี่ยนเส้นทางไปยังบริสเบน และมาถึงในวันที่ 7 กรกฎาคม

ตลอดช่วงเวลาเกือบ 20 วันถัดมา เรือS-38ได้รับการซ่อมแซมอย่างเข้มข้นตลอด 24 ชั่วโมงที่อู่แห้งของรัฐบาลควีนส์แลนด์และในวันที่ 28 กรกฎาคม เธอก็ออกเดินทางข้ามทะเลคอรัลอีกครั้ง ในวันที่ 4 สิงหาคม เธอเข้าสู่พื้นที่ที่ได้รับมอบหมาย คือนิวบริเตน - นิวไอร์แลนด์และเริ่มลาดตระเวนตาม เส้นทางเดินเรือระหว่าง ราบาอูลและนิวกินี ในวันที่ 6 สิงหาคม เธอเคลื่อนตัวไปทางตะวันออกตามแนวชายฝั่งของนิวบริเตน ข้ามเส้นทางเดินเรือที่ทางเข้าด้านใต้ของช่องแคบเซนต์จอร์จ และเข้าใกล้ชายฝั่งของนิวไอร์แลนด์ ในวันที่ 7 สิงหาคม เธอเปลี่ยนเป้าหมายการค้นหาเรือของญี่ปุ่นออกไปในทะเลลึก และภายในไม่กี่ชั่วโมงก็พบเป้าหมายหลายแห่ง แต่ระยะทาง ความเร็วและความคล่องตัวที่จำกัด รวมถึงความขัดข้องทางกลไก ทำให้ไม่สามารถโจมตีได้สำเร็จ ต่อมาเรือลำนี้กลาย เป็นกองกำลังโจมตีหลักของญี่ปุ่นในยุทธการที่เกาะซาโว อย่างไรก็ตาม ในวันที่ 8 สิงหาคม ห่างจาก แหลมเซนต์จอร์จไปทางใต้ประมาณ 8 ไมล์เธอมองเห็นเรือขนส่งลำหนึ่งซึ่งมีเรือพิฆาตคุ้มกันและกำลังแล่นเข้ามาใกล้จนเกือบจะผ่านหน้าเรือ ในเวลา 23:09 น. S-38ได้เตรียมระเบิดน้ำลึกและเตรียมยิง ในเวลา 23:24 น. เธอได้ยิงตอร์ปิโด 2 ลูกใส่เรือขนส่งลำนั้น ไม่ถึงนาทีต่อมา ตอร์ปิโดทั้งสองลูกก็ระเบิดเข้าเป้า เรือMeiyo Maru ขนาด 5,628 GRTจมลงกลางทะเลS-38เริ่มใช้กลยุทธ์หลบหลีก ในเวลา 23:30 น. เรือพิฆาตได้ทิ้งระเบิดน้ำลึกลูกแรก ในเวลา 23:32 น. เรือMeiyo Maruเริ่มแตกเป็นเสี่ยงๆ (เป็นเรือลำที่สองจากทั้งหมด 2 ลำที่ได้รับการยืนยันว่าจมโดยS-38 ^{[ 13 ]} ) และในเวลา 23:39 น. S-38ก็มุ่งหน้าไปทางใต้ 

เรือคุ้มกันของเรือขนส่งที่จมยังคงค้นหาต่อไป แต่เมื่อเวลา 01:45 น. ของวันที่ 9 สิงหาคม เรือS-38ได้เคลื่อนตัวออกจากพื้นที่ และเสียงการค้นหาทั้งหมดก็จางหายไป ในคืนวันที่ 9/10 สิงหาคม เรือ S-boat กลับไปยังเส้นทางเดินเรือห่างจากชายฝั่งตะวันตกเฉียงใต้ของเกาะนิวไอร์แลนด์ 8 ไมล์ (15  กิโลเมตร) ซึ่งเธอได้ทำการค้นหาต่อไปจนถึงวันที่ 12 สิงหาคม จากนั้นเธอก็เคลื่อนตัวไปทางทิศตะวันตก กลับไปยังชายฝั่งตะวันออกเฉียงใต้ของเกาะนิวบริเตน เพื่อพยายามสกัดกั้นการจราจรระหว่างราบาอูลและนิวกินี ในวันที่ 15 สิงหาคม เธอออกเดินทางไปยังออสเตรเลียและถึงบริสเบนในอีกหนึ่งสัปดาห์ต่อมา

ขณะนี้เรือดำน้ำของกองทัพเรือกำลังลาดตระเวนอยู่ในมหาสมุทรแปซิฟิก และเรือดำน้ำ S-boat กำลังได้รับคำสั่งให้กลับไปยังสหรัฐอเมริกาเพื่อทำการปรับปรุงให้ทันสมัย ​​เมื่อวันที่ 21 กันยายน เรือS-38ซึ่งบรรทุกตอร์ปิโดเพียงสี่ลูกเพื่อหลีกเลี่ยงการใช้เสบียงที่บริสเบนจนหมด ได้ออกเดินทางจากออสเตรเลียไปยังสหรัฐอเมริกา ได้รับคำสั่งให้ลาดตระเวนหมู่เกาะกิลเบิร์ต หลายแห่ง ระหว่างทาง เธอเติมเชื้อเพลิง น้ำมันหล่อลื่น และเสบียงที่นูเมอาในวันที่ 25 และ 26 กันยายน จากนั้นจึงมุ่งหน้าไปยังหมู่เกาะกิลเบิร์ต เมื่อวันที่ 30 กันยายน เธอเปลี่ยนเส้นทางและมุ่งหน้าไปยังอนูดาในหมู่เกาะซานตาครูซซึ่งเธอได้ส่งต่อ ผู้ป่วย ไส้ติ่งอักเสบ เฉียบพลันไปยังเครื่องบิน PBY Catalinaของกองทัพเรือในวันที่ 1 ตุลาคม จากนั้นจึงกลับมาปฏิบัติภารกิจเดิม เมื่อวันที่ 5 ตุลาคม เธออยู่ในหมู่เกาะกิลเบิร์ต และอีกสองวันต่อมาก็อยู่บริเวณนอกชายฝั่งทาราวาซึ่งเธอพยายามจมเรือบรรทุกน้ำมันขณะที่มันโผล่ขึ้นมาจากทะเลสาบ อย่างไรก็ตาม "ปลา" นั้นเกิดระเบิดขึ้นบนแนวปะการัง และเรือดำน้ำS-38ถูกบังคับให้ถอนตัวออกจากพื้นที่ เนื่องจากญี่ปุ่นได้ส่งทั้งกำลังทางอากาศและทางน้ำต่อต้านเรือดำน้ำเข้าโจมตี เมื่อถึงเที่ยงคืน เรือดำน้ำลำนี้ก็ลาดตระเวนอยู่ใน เส้นทางเดินเรือ มาคิน -ทาราวะ และในวันที่ 10 ตุลาคม เธอได้เสร็จสิ้นภารกิจลาดตระเวนที่มาคินและมุ่งหน้าไปยัง เพิร์ลฮา ร์เบอร์

จากฮาวาย เรือS-38เดินทางไปยังซานดิเอโก รัฐแคลิฟอร์เนียโดยมาถึงในวันที่ 6 พฤศจิกายน จากนั้นจึงทำการซ่อมบำรุงครั้งใหญ่ เครื่องยนต์ มอเตอร์ และอุปกรณ์เสริมทั้งหมดถูกถอดออกและซ่อมบำรุงอย่างสมบูรณ์ โครงสร้างส่วนบนถูกดัดแปลงเพื่อลดขนาดตัวเรือ ติดตั้งระบบปรับอากาศ เรดาร์ อุปกรณ์เสียง และวิทยุใหม่ และ ปืนขนาด 4 นิ้ว (102 มม.)/50 คาลิเบอร์ เข้ามาแทนที่ปืนขนาด 3 นิ้วเดิม ในวันที่ 13 เมษายน 1943 การซ่อมบำรุงเสร็จสมบูรณ์ และในวันที่ 15 เมษายน เรือก็แล่นไปทางตะวันตก

วันต่อมา เรือดำน้ำ S-38เริ่มประสบปัญหาขัดข้องทางกลไกอีกครั้ง และในวันที่ 29 เมษายน เธอเดินทางมาถึงเพิร์ลฮาร์เบอร์ การซ่อมแซมกินเวลาไปจนถึงเดือนมิถุนายน จากนั้นก็มีการทดสอบ และในวันที่ 26 มิถุนายน เธอได้เคลื่อนตัวไปทางตะวันตกอีกครั้งไปยังหมู่เกาะมาร์แชลล์ซึ่งเธอได้ทำการลาดตระเวนทางสงครามครั้งสุดท้าย ซึ่งแม้จะไม่มีชัยชนะและประสบปัญหาขัดข้องทางกลไก แต่ก็ประสบความสำเร็จในการถ่ายภาพกิจกรรมของญี่ปุ่นบนเกาะเป้าหมายในอนาคต

เมื่อวันที่ 22 กรกฎาคม เรือS-38ได้ออกเดินทางไปยังหมู่เกาะนิวเฮบริดีสและในวันที่ 27 กรกฎาคม เธอได้เดินทางถึง เกาะ เอสปิริตูซานโตเพื่อเริ่มภารกิจฝึกซ้อมการต่อต้านเรือดำน้ำ โดยมีการหยุดพักเพียงสองครั้ง เธอปฏิบัติหน้าที่ในพื้นที่นิวเฮบริดีส- นิวแคลิโดเนียจนถึงฤดูร้อนปี 1944 เวลา 10:17 น. ของวันที่ 16 สิงหาคม 1944 เครื่องบินทิ้งระเบิดตอร์ปิโดTBM Avenger ของกองทัพเรือสหรัฐฯ จากเรือบรรทุกเครื่องบินคุ้มกันUSS White Plains (CVE-66)เข้าใจผิดคิดว่าเรือ S-38เป็นเรือดำน้ำญี่ปุ่น ในขณะที่ อยู่ห่างจากหน่วยปฏิบัติการ ของ White Plains ประมาณ 12 ไมล์ทะเล (22 กม.; 14 ไมล์)ขณะที่เรือ S-38กำลังทำการ ฝึก ซ้อมการต่อต้านเรือดำน้ำ ใกล้กับเกาะเอสปิริตูซานโตพร้อมกับ เครื่องบินทิ้งระเบิดดำดิ่งSBD DauntlessสองลำและเรือลาดตระเวนUSS YP- 414 ^{[ 14 ]} TBM ทิ้งระเบิดน้ำลึก 2 ลูก ลูกละ 300 ปอนด์ (136 กิโลกรัม)ขณะที่S-38 ดำดิ่งลง [ ^{14 ] ระเบิด}น้ำลึกลูกแรกระเบิดใกล้กับตัวเรือขณะที่S-38ลงไป ที่ระดับความลึก 38 ฟุต (12 เมตร)ทำให้S-38สูญเสียพลังงานทั้งหมดชั่วคราว^{[ 14 ]} S-38อ้างว่าระเบิดลูกที่สองระเบิดขณะที่เธอลอยขึ้นสู่ผิวน้ำ ในขณะที่นักบิน TBM รายงานว่ามันไม่ระเบิด^{[ 14 ]}       

เมื่อวันที่ 27 สิงหาคม 1944 เรือS-38ออกเดินทางจากเอสปิริตู ซานโต ไปยังแคลิฟอร์เนียและในวันที่ 7 กันยายน ก็เดินทางถึงซานดิเอโก เดือนต่อมา เรือลำนี้ได้รับคำสั่งให้ปลดประจำการ