อัลฟาโซลีนอยด์มีบทบาทสำคัญในโปรตีนที่ประกอบขึ้นเป็นคอมเพล็กซ์รูพรุนนิวเคลียร์ (NPC) โดยโดเมนอัลฟาโซลีนอยด์และเบตาโพรเพลเลอร์รวมกันคิดเป็นมวลมากถึงครึ่งหนึ่งของโครงสร้างหลักของ NPC ^{[ 4 ]} โปรตีน นิวคลีโอพอรินที่อนุรักษ์ไว้จำนวนมากที่ประกอบเป็น NPC เป็นโปรตีนอัลฟาโซลีนอยด์หรือประกอบด้วยโดเมนเบตาโพรเพลเลอร์ที่ปลาย Nและอัลฟาโซลีนอยด์ที่ปลายC ^{[ 7 ] [ 8 ]}สถาปัตยกรรมโดเมนแบบหลังนี้ยังพบในคลัทรินและSec31และเคยคิดว่าเป็นเอกลักษณ์เฉพาะของยูคาริโอต [ ^{7 ] [ 9 ] แม้ว่าจะ มี}รายงานตัวอย่างบางส่วนในแพลงค์โตไมซีต^{[ 10 ]}

โปรตีนเคลือบเวสิเคิลมักมีอัลฟาโซลีนอยด์และมีโครงสร้างโดเมนร่วมกันกับโปรตีน NPC บางชนิด^{[ 7 ]}คอมเพล็กซ์เคลือบหลักสามคอมเพล็กซ์ที่เกี่ยวข้องกับวิถีเซลล์ที่แตกต่างกันล้วนมีโปรตีนอัลฟาโซลีนอยด์ ได้แก่คอมเพล็กซ์คลัทริน / อะแดปตินซึ่งสร้างเวสิเคิลจากเยื่อหุ้มพลาสมาและเกี่ยวข้องกับเอนโดไซโท ซิส คอมเพล็กซ์ COPI ซึ่งสร้างเวสิเคิลจากเครื่องมือ Golgiและเกี่ยวข้องกับการขนส่งย้อนกลับและ คอมเพล็กซ์ COPIIซึ่งสร้างเวสิเคิลจากเอนโดพลาสมิกเรติคูลัมและเกี่ยวข้องกับการขนส่งไปข้างหน้า^{[ 12 ]}

เนื่องจากมีแนวโน้มที่จะสร้างพื้นผิวปฏิสัมพันธ์ขนาดใหญ่ที่เหมาะสมกับปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนกับโปรตีนและพื้นผิวที่ยืดหยุ่นทำให้สามารถจับกับโมเลกุลขนส่งต่างๆ ได้ โปรตีนอัลฟาโซลีนอยด์จึงมักทำหน้าที่เป็นโปรตีนขนส่งโดยเฉพาะอย่างยิ่งในการขนส่งระหว่างนิวเคลียสและไซโตพลาสซึม [ ^{2 ] ตัวอย่าง}เช่น ซูเปอร์แฟมิลีเบตา- คาริโอเฟอรินประกอบด้วยโปรตีนอัลฟาโซลีนอยด์ที่สร้างขึ้นจากHEAT repeat ; อิมพอร์ทินเบตาเป็นสมาชิกของแฟมิลีนี้ และโปรตีนอะแดปเตอร์อิมพอร์ทินอัลฟาเป็นอัลฟาโซลีนอยด์ที่สร้างขึ้นจากArmadillo repeat [ ^{13 ] ตัว}ขนส่งโมเลกุลอื่นๆ เช่นRNAก็สามารถมีโครงสร้างแบบอัลฟาโซลีนอยด์ได้เช่นกัน เช่นในเอ็กซ์พอร์ทิน-5 ^{[ 14 ]}หรือ โปรตีนจับ RNA ที่มี pentatricopeptide repeat ซึ่งพบได้ทั่วไปในพืช^{[ 15 ] [ 16 ]}

ความสามารถในการโต้ตอบระหว่างโปรตีนกับโปรตีนของโปรตีนอัลฟาโซลีนอยด์ยังทำให้โปรตีนเหล่านี้เหมาะสมที่จะทำหน้าที่เป็นโปรตีนควบคุมตัวอย่างเช่น หน่วยย่อยควบคุม A (หรือที่รู้จักกันในชื่อ PR65) ของโปรตีนฟอสฟาเทส 2Aเป็นอัลฟาโซลีนอยด์แบบ HEAT-repeat ซึ่งความยืดหยุ่นของโครงสร้างจะควบคุมการเข้าถึงตำแหน่งการจับของเอนไซม์^{[ 18 ] [ 1 ]}

คอมเพล็กซ์รูพรุนนิวเคลียร์ เป็น คอมเพล็กซ์โปรตีนขนาดใหญ่มากที่ทำหน้าที่เป็นตัวกลางในการเคลื่อนย้ายเข้าและออกจากนิวเคลียสของเซลล์โครงสร้างที่คล้ายคลึงกันซึ่ง NPC อาจวิวัฒนาการมาจากนั้นยังไม่ถูกตรวจพบในโปรตีนขนส่งผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ของโปรคาริโอต อย่างไรก็ตาม มีการเสนอแนะว่าส่วนประกอบของ NPC แสดงความคล้ายคลึงกันอย่างชัดเจนกับโปรตีนเคลือบถุงเวสิเคิลที่พบใน คอมเพล็กซ์ คลัทริน / อะแดปติน , COPIและCOPIIที่โดดเด่นที่สุดคือ สถาปัตยกรรมโดเมนร่วมกันซึ่งประกอบด้วยเบต้าโพรเพลเลอร์ ที่ปลาย N และอัลฟาโซลีนอยด์ที่ปลาย C ได้รับการตรวจพบในทั้ง NPC และโปรตีนเคลือบ ซึ่งชี้ให้เห็นถึงต้นกำเนิดร่วมกันที่เป็นไปได้^{[ 7 ] [ 8 ]}มีการเสนอ "โปรโตโคอาโตเมอร์" บรรพบุรุษที่แตกแขนงออกไปเพื่อรับลักษณะเฉพาะที่ได้มาของคอมเพล็กซ์สมัยใหม่ทั้งสี่^{[ 4 ] [ 19 ] [ 20 ] [ 21 ]}

การตรวจสอบจีโนมของLokiarchaeumซึ่งเชื่อกันว่าเป็นญาติใกล้ชิดที่สุด ของ อาร์เคียกับยูคาริโอต ไม่พบตัวอย่างของสถาปัตยกรรมโดเมนเบต้าโพรเพลเลอร์/อัลฟาโซลีนอยด์ แม้ว่าจะมีการระบุโฮโมล็อกของโปรตีนอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับการขนส่งเมมเบรนของยูคาริโอตก็ตาม อย่างไรก็ตาม ยังไม่ชัดเจนว่าการสังเกตนี้หมายความว่าสถาปัตยกรรมโพรเพลเลอร์/โซลีนอยด์วิวัฒนาการขึ้นในภายหลังหรือสูญหายไปจากโลคิอาร์เคียในปัจจุบัน^{[ 22 ]}

จากการสำรวจจีโนมที่เรียงลำดับของโปรคาริโอตที่ซับซ้อนจากซูเปอร์ไฟลัม PVC ( Planctomycetota - Verrucomicrobiota - Chlamydiota ) พบตัวอย่างของโปรตีนที่มีความคล้ายคลึงกับโปรตีนขนส่งเมมเบรนของยูคาริโอต รวมถึงตัวอย่างของโครงสร้างโดเมนเบต้าโพรเพลเลอร์/อัลฟาโซลีนอยด์ที่โดดเด่น ซึ่งก่อนหน้านี้เชื่อว่ามีเฉพาะในยูคาริโอตเท่านั้น^{[ 10 ]}ซูเปอร์ไฟลัม PVC เป็นที่รู้จักกันดีว่ามีแบคทีเรียที่มีสัณฐานวิทยาของเมมเบรนที่ซับซ้อนผิดปกติ และการค้นพบนี้ได้รับการอ้างถึงเป็นหลักฐานสนับสนุนสถานะของสิ่งมีชีวิตเหล่านี้ในฐานะรูปแบบกลางระหว่างโปรคาริโอตและยูคาริโอต แพลนก์โตไมซีตGemmata obscuriglobusมีสถาปัตยกรรมเมมเบรนที่ซับซ้อนเป็นพิเศษและเป็นแหล่งที่มาของข้อโต้แย้งในวรรณกรรมเกี่ยวกับความเป็นไปได้ที่มันมีช่อง "นิวคลีออยด์" ที่มีเมมเบรนล้อมรอบ DNA ของมัน^{[ 23 ] [ 24 ] [ 25 ] [ 26 ] [ 27 ] [ 28 ]}การระบุโปรตีนที่มีลำดับคล้ายคลึงกับ HEAT repeat ในโปรตีโอมของG. obscuriglobus ได้รับการตีความว่าเป็นการสนับสนุนสมมติฐานนิวคลีออยด์ที่ยึดติดกับเยื่อหุ้มเซลล์^{[ 29 ]}อย่างไรก็ตาม เรื่องนี้ถูกโต้แย้ง^{[ 24 ]}