การย้อมสีเป็นเทคนิคที่ใช้เพื่อเพิ่มความคมชัดในตัวอย่าง โดยทั่วไปจะใช้ในระดับกล้องจุลทรรศน์สีย้อมและสีทาถูกใช้บ่อยในเนื้อเยื่อวิทยา (การศึกษา เนื้อเยื่อทางชีวภาพด้วยกล้องจุลทรรศน์) ในเซลล์วิทยา (การศึกษาเซลล์ ด้วยกล้องจุลทรรศน์ ) และในสาขาการแพทย์ เช่น พยาธิวิทยาเนื้อเยื่อโลหิตวิทยาและพยาธิวิทยาเซลล์ซึ่งเน้นการศึกษาและการวินิจฉัยโรคในระดับกล้องจุลทรรศน์ สีย้อมอาจใช้เพื่อกำหนดเนื้อเยื่อทางชีวภาพ (เช่น การเน้นเส้นใยกล้ามเนื้อหรือเนื้อเยื่อเกี่ยวพัน ) กลุ่ม เซลล์ (การจำแนก เซลล์เม็ดเลือดชนิดต่างๆ) หรือออร์แกเนลล์ภายในเซลล์แต่ละเซลล์

ในสาขาชีวเคมีการย้อมสีเกี่ยวข้องกับการเติมสีย้อมเฉพาะกลุ่ม (ดีเอ็นเอ โปรตีน ไขมัน คาร์โบไฮเดรต) ลงในสารตั้งต้นเพื่อตรวจสอบหรือวัดปริมาณสารประกอบเฉพาะนั้นๆ การย้อมสีและการติดแท็กด้วยฟลูออเรสเซนต์สามารถใช้เพื่อวัตถุประสงค์ที่คล้ายคลึงกันได้ การย้อมสีทางชีวภาพยังใช้เพื่อทำเครื่องหมายเซลล์ในการวิเคราะห์ด้วยเครื่องฟลูออเรสเซนต์ไซโตเมตรีและเพื่อระบุโปรตีนหรือกรดนิวคลีอิกใน การวิเคราะห์ด้วยเจลอิ เล็กโทรโฟเรซิสกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงใช้สำหรับดูตัวอย่างที่ย้อมสีแล้วที่กำลังขยายสูง โดยทั่วไปจะใช้แสงสว่างแบบสนามสว่างหรือแบบฟลูออเรสเซนต์

การย้อมสีไม่ได้จำกัดอยู่เฉพาะวัสดุทางชีวภาพเท่านั้น แต่ยังสามารถใช้ศึกษาโครงสร้างของวัสดุอื่นๆ ได้อีกด้วย ตัวอย่างเช่น โครงสร้าง แบบแผ่นของพอลิเมอร์กึ่งผลึกหรือโครงสร้างโดเมนของ โคพอลิเมอ ร์ แบบบล็อก

การย้อมสีในร่างกาย (หรือเรียกว่าการย้อมสีมีชีวิตหรือการย้อมสีภายในเซลล์ที่มีชีวิต) คือกระบวนการย้อมสีเนื้อเยื่อที่มีชีวิต โดยการทำให้เซลล์หรือโครงสร้างบางส่วนรับสีที่ตัดกัน ทำให้สามารถมองเห็นและศึกษาลักษณะรูปร่าง (สัณฐานวิทยา ) หรือตำแหน่งภายในเซลล์หรือเนื้อเยื่อได้อย่างชัดเจน จุดประสงค์โดยทั่วไปคือเพื่อเปิดเผยรายละเอียดทางเซลล์วิทยาที่อาจไม่ปรากฏให้เห็นได้หากไม่ย้อมสี อย่างไรก็ตาม การย้อมสียังสามารถเปิดเผยตำแหน่งที่สารเคมีบางชนิดหรือปฏิกิริยาเคมีเฉพาะเกิดขึ้นภายในเซลล์หรือเนื้อเยื่อได้อีกด้วย

การย้อมสี ในหลอดทดลองเกี่ยวข้องกับการย้อมสีเซลล์หรือโครงสร้างที่ถูกแยกออกจากบริบททางชีวภาพ โดยทั่วไปมักใช้สีย้อมหลายชนิดร่วมกันเพื่อให้ได้รายละเอียดและลักษณะที่ชัดเจนกว่าการใช้สีย้อมเพียงชนิดเดียว เมื่อรวมกับขั้นตอนเฉพาะสำหรับการตรึงและการเตรียมตัวอย่าง นักวิทยาศาสตร์และแพทย์สามารถใช้เทคนิคมาตรฐานเหล่านี้เป็นเครื่องมือวินิจฉัยที่สม่ำเสมอและทำซ้ำได้ สีย้อมเสริมคือสีย้อมที่ทำให้เซลล์หรือโครงสร้างมองเห็นได้ชัดเจนขึ้น เมื่อมองเห็นได้ไม่ชัดเจนด้วยสีย้อมหลัก

• สีคริสตัลไวโอเลตสามารถย้อมได้ทั้งแบคทีเรียแกรมบวกและแกรมลบ การใช้แอลกอฮอล์ล้างสีคริสตัลไวโอเลตออกจากแบคทีเรียแกรมลบเท่านั้น จึงใช้ ซาฟรานินเป็นสีย้อมเสริมเพื่อย้อมแบคทีเรียแกรมลบที่ถูกล้างสีออกไปโดยแอลกอฮอล์ให้กลับมามีสีอีกครั้ง

ในขณะที่อยู่นอกร่างกาย เซลล์จำนวนมากยังคงมีชีวิตอยู่และเผาผลาญสารอาหารต่อไปจนกว่าจะถูก "ตรึง" วิธีการย้อมสีบางวิธีใช้คุณสมบัตินี้เป็นหลัก สีย้อมที่เซลล์ที่มีชีวิตไม่เข้าไป แต่เซลล์ที่ตายแล้วดูดซึมเข้าไป เรียกว่า สีย้อมมีชีวิต ( vital stains ) (เช่น ไตรแพนบลูหรือโพรพิเดียมไอโอไดด์สำหรับเซลล์ยูคาริโอติก) ส่วนสีย้อมที่เข้าไปย้อมเซลล์ที่มีชีวิตเรียกว่า สีย้อมเหนือเซลล์มีชีวิต ( supravital stains ) (เช่นนิวเมทิลีนบลูและบริลเลียนท์เครซิลบลูสำหรับ การย้อม เรติคิวโลไซต์ ) อย่างไรก็ตาม สีย้อมเหล่านี้เป็นพิษต่อสิ่งมีชีวิต บางชนิดเป็นพิษมากกว่าชนิดอื่น ส่วนหนึ่งเนื่องจากปฏิกิริยาที่เป็นพิษภายในเซลล์ที่มีชีวิต เมื่อสีย้อมเหนือเซลล์มีชีวิตเข้าไปในเซลล์ที่มีชีวิต อาจทำให้เกิดรูปแบบการย้อมสีที่แตกต่างจากการย้อมสีของเซลล์ที่ถูกตรึงแล้ว (เช่น ลักษณะ "เรติคิวโลไซต์" เทียบกับ "โพลีโครมาเซีย" แบบกระจาย) เพื่อให้ได้ผลลัพธ์ที่ต้องการ สีย้อมจึงถูกใช้ในสารละลายเจือจางมาก ตั้งแต่1:5,000ถึง1 : 500,000 ( Howey , 2000 )โปรดทราบว่าสีย้อมหลายชนิดสามารถใช้ได้ทั้งในเซลล์ที่มีชีวิตและเซลล์ที่ถูกตรึงไว้

ขั้นตอนการเตรียมการจะขึ้นอยู่กับประเภทของการวิเคราะห์ที่วางแผนไว้ อาจจำเป็นต้องใช้ขั้นตอนบางส่วนหรือทั้งหมดดังต่อไปนี้

การเตรียมสไลด์แบบเปียกใช้สำหรับดูสิ่งมีชีวิตที่มีชีวิตและสามารถทำได้โดยใช้น้ำและสีย้อมบางชนิด เติมของเหลวลงบนสไลด์ก่อนที่จะใส่สิ่งมีชีวิตลงไป และวางแผ่นกระจกปิดทับตัวอย่างในน้ำและสีย้อมเพื่อช่วยจำกัดขอบเขตการมองเห็น ^{[ 1 ]}

การตรึงซึ่งอาจประกอบด้วยหลายขั้นตอน มีจุดมุ่งหมายเพื่อรักษารูปร่างของเซลล์หรือเนื้อเยื่อที่เกี่ยวข้องให้มากที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้ บางครั้งใช้ความร้อนในการตรึง เพื่อฆ่า ยึดติด และเปลี่ยนแปลงตัวอย่างเพื่อให้รับสีย้อมได้ สารเคมีตรึงส่วนใหญ่ (สารเคมีที่ทำให้เกิดการตรึง) สร้าง พันธะเคมีระหว่างโปรตีนและสารอื่นๆ ภายในตัวอย่าง ทำให้แข็งตัวมากขึ้น สารตรึงทั่วไป ได้แก่ฟอร์มาลดีไฮด์เอทานอลเมทานอลและ/หรือกรดพิคริกชิ้นส่วนของเนื้อเยื่ออาจถูกฝังในพาราฟินแว็กซ์เพื่อเพิ่มความแข็งแรงและความเสถียรเชิงกล และทำให้ง่ายต่อการตัดเป็นชิ้นบางๆ ^{[ 2 ]}

สารช่วย ย้อม (Mordant)คือสารเคมีที่มีคุณสมบัติในการทำให้วัสดุที่ไม่สามารถย้อมสีได้นั้น สามารถย้อมสีได้

สารช่วยยึดสีแบ่งออกเป็นสองประเภท:

ก) สารช่วยย้อมพื้นฐาน: ทำปฏิกิริยากับสีย้อมที่เป็นกรด เช่น สารส้ม เฟอร์รัสซัลเฟต เซทิลไพริดิเนียมคลอไรด์ เป็นต้น

b) สารช่วยย้อมที่เป็นกรด: ทำปฏิกิริยากับสีย้อมที่เป็นเบส เช่น กรดพิคริก กรดแทนนิก เป็นต้น

^{[ 2 ]}การย้อมสีโดยตรง:ดำเนินการโดยไม่ต้องใช้สารช่วยย้อม

การย้อมสีทางอ้อม:การย้อมสีโดยใช้สารช่วยย้อม (mordant)

การทำให้เซลล์ ซึมผ่านได้นั้นเกี่ยวข้องกับการบำบัดเซลล์ด้วยสารลดแรงตึงผิวชนิด อ่อน (โดยปกติ) การบำบัดนี้จะละลายเยื่อหุ้มเซลล์และยอมให้โมเลกุลของสีย้อมขนาดใหญ่เข้าไปภายในเซลล์ได้

การเตรียมตัวอย่างสำหรับการตรวจวิเคราะห์ด้วยกล้องจุลทรรศน์มักเกี่ยวข้องกับการติดตัวอย่างลงบนแผ่นกระจก เพื่อการสังเกตและวิเคราะห์ ในบางกรณี อาจเพาะเลี้ยงเซลล์โดยตรงบนแผ่นสไลด์ สำหรับตัวอย่างเซลล์ที่แยกตัวออกมา (เช่น ตัวอย่างเลือดหรือตัวอย่างเซลล์จากปากมดลูก ) สามารถนำตัวอย่างไปวางบนแผ่นสไลด์ได้โดยตรง สำหรับชิ้นเนื้อขนาดใหญ่ จะทำการตัดชิ้นเนื้อเป็นแผ่นบางๆ โดยใช้เครื่องไมโครโทมจากนั้นจึงนำแผ่นเนื้อเหล่านั้นมาเตรียมและตรวจสอบ

สีย้อมส่วนใหญ่ที่ใช้กันทั่วไปในกล้องจุลทรรศน์มีจำหน่ายในรูปแบบสีย้อมที่ได้รับการรับรองจาก BSCซึ่งหมายความว่าตัวอย่างจากล็อตการผลิตของผู้ผลิตได้รับการทดสอบโดยหน่วยงานอิสระ คือคณะกรรมการสีย้อมชีวภาพ ( BSC ) และพบว่าตรงตามหรือเกินกว่ามาตรฐานความบริสุทธิ์ ปริมาณสีย้อม และประสิทธิภาพในเทคนิคการย้อมสี ทำให้มั่นใจได้ว่าการทดลองจะดำเนินการได้อย่างแม่นยำยิ่งขึ้นและได้ผลลัพธ์ที่น่าเชื่อถือมากขึ้น มาตรฐานเหล่านี้ได้รับการตีพิมพ์ในวารสารBiotechnic & Histochemistryของ คณะกรรมการ ^{[ 3 ]}สีย้อมหลายชนิดมีองค์ประกอบที่ไม่สม่ำเสมอจากผู้จำหน่ายรายหนึ่งไปยังอีกรายหนึ่ง การใช้สีย้อมที่ได้รับการรับรองจาก BSC จะช่วยขจัดแหล่งที่มาของผลลัพธ์ที่ไม่คาดคิด^{[ 4 ]}

ผู้ขายบางรายจำหน่ายสีย้อมที่ "ได้รับการรับรอง" โดยตนเอง แทนที่จะได้รับการรับรองโดยคณะกรรมการสีย้อมชีวภาพ ผลิตภัณฑ์ดังกล่าวอาจเหมาะสมหรือไม่เหมาะสมสำหรับการวินิจฉัยและการใช้งานอื่นๆ^{[ 5 ]}

วิธีการย้อมสีแบคทีเรียแบบง่ายๆ ที่มักได้ผลดี แม้ว่า วิธี การย้อมสีแบบบวกจะล้มเหลว ก็คือการใช้การย้อมสีแบบลบสามารถทำได้โดยการป้ายตัวอย่างลงบนสไลด์ แล้วใช้ไนโกรซิน (สีย้อมสังเคราะห์สีดำ) หรือหมึกอินเดีย (สารแขวนลอยของอนุภาคคาร์บอนในน้ำ) หลังจากแห้งแล้ว จุลินทรีย์สามารถมองเห็นได้ด้วยกล้องจุลทรรศน์แบบส่องสว่าง โดยปรากฏเป็นสีที่สว่างกว่า ตัดกับสภาพแวดล้อมที่มืดรอบๆ ได้ดี^{[ 6 ]} การย้อมสีแบบลบสามารถย้อมพื้นหลังแทนที่จะย้อมจุลินทรีย์ได้ เพราะผนังเซลล์ของจุลินทรีย์มักมีประจุลบ ซึ่งจะผลักสีย้อมที่มีประจุลบออกไป สีย้อมที่ใช้ในการย้อมสีแบบลบมีฤทธิ์เป็นกรด^{[ 1 ]}หมายเหตุ: การย้อมสีแบบลบเป็นเทคนิคที่ไม่รุนแรง ซึ่งอาจไม่ทำลายจุลินทรีย์ ดังนั้นจึงไม่เหมาะสำหรับการศึกษาเชื้อโรค

ต่างจากการย้อมสีแบบลบ การย้อมสีแบบบวกใช้สีย้อมพื้นฐานในการย้อมสีตัวอย่างให้กลมกลืนกับพื้นหลังที่สว่าง ในขณะที่โครโมฟอร์ถูกใช้สำหรับการย้อมสีทั้งแบบลบและแบบบวกเหมือนกัน แต่ชนิดของโครโมฟอร์ที่ใช้ในเทคนิคนี้เป็นไอออนที่มีประจุบวกแทนที่จะเป็นประจุลบ ผนังเซลล์ที่มีประจุลบของจุลินทรีย์หลายชนิดดึงดูดโครโมฟอร์ที่มีประจุบวก ทำให้ตัวอย่างดูดซับสีย้อมและมีสีตามสีย้อมที่ใช้ การย้อมสีแบบบวกเป็นที่นิยมใช้มากกว่าการย้อมสีแบบลบในจุลชีววิทยา ประเภทต่างๆ ของการย้อมสีแบบบวกมีดังต่อไปนี้^{[ 1 ]}

การย้อมสีแบบง่ายเป็นเทคนิคที่ใช้สีย้อมเพียงชนิดเดียวบนสไลด์ในแต่ละครั้ง เนื่องจากใช้สีย้อมเพียงชนิดเดียว ตัวอย่าง (สำหรับการย้อมสีบวก) หรือพื้นหลัง (สำหรับการย้อมสีลบ) จะมีสีเดียว ดังนั้น การย้อมสีแบบง่ายจึงมักใช้สำหรับการดูสิ่งมีชีวิตเพียงชนิดเดียวต่อสไลด์ การย้อมสีแบบแยกความแตกต่างใช้สีย้อมหลายชนิดต่อสไลด์ โดยขึ้นอยู่กับสีย้อมที่ใช้ สิ่งมีชีวิตที่มีคุณสมบัติแตกต่างกันจะปรากฏเป็นสีที่แตกต่างกัน ทำให้สามารถจัดหมวดหมู่ตัวอย่างหลายชนิดได้ การย้อมสีแบบแยกความแตกต่างยังสามารถใช้เพื่อย้อมสีออร์แกเนลล์ที่แตกต่างกันภายในสิ่งมีชีวิตชนิดเดียวกัน ซึ่งสามารถมองเห็นได้ในการย้อมเอนโดสปอร์^{[ 1 ]}

การย้อมสีแกรมใช้เพื่อกำหนดสถานะแกรมเพื่อจำแนกแบคทีเรียอย่างกว้างๆ โดยพิจารณาจากองค์ประกอบของผนังเซลล์การย้อมสีแกรมใช้คริสตัลไวโอเลตในการย้อมผนังเซลล์ไอโอดีน (เป็นสารช่วยย้อม) และฟูชซินหรือซาฟรานินเป็นสีย้อมเสริม (เพื่อทำเครื่องหมายแบคทีเรียทั้งหมด) สถานะแกรมช่วยแบ่งตัวอย่างแบคทีเรียออกเป็นสองกลุ่ม ซึ่งโดยทั่วไปเป็นตัวแทนของวิวัฒนาการพื้นฐาน ลักษณะนี้เมื่อรวมกับเทคนิคอื่นๆ ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์ในห้องปฏิบัติการจุลชีววิทยาทางคลินิก ซึ่งอาจมีความสำคัญในการเลือกยาปฏิชีวนะ ที่เหมาะสม ใน ระยะเริ่มต้น ^{[ 8 ]}

ในการย้อมสีแกรมส่วนใหญ่ จุลินทรีย์ แกรมลบจะปรากฏเป็นสีแดงหรือชมพูเนื่องจากสีย้อมเสริม เนื่องจากมีปริมาณไขมันสูงกว่า หลังจากแช่ในแอลกอฮอล์แล้ว ความพรุนของผนังเซลล์จะเพิ่มขึ้น ทำให้สารประกอบ CVI (คริสตัลไวโอเลต-ไอโอดีน) สามารถผ่านเข้าไปได้ ดังนั้นสีย้อมหลักจึงไม่คงอยู่ นอกจากนี้ เมื่อเปรียบเทียบกับแบคทีเรียแกรมบวกส่วนใหญ่ แบคทีเรียแกรมลบมีเพปติโดไกลแคนเพียงไม่กี่ชั้นและเยื่อหุ้มเซลล์ทุติยภูมิที่ประกอบด้วยลิโปโพลีแซคคาไรด์เป็นหลัก

การย้อมเอนโดสปอร์ใช้เพื่อระบุการมีอยู่หรือไม่มีอยู่ของเอนโดสปอร์ซึ่งทำให้แบคทีเรียฆ่าได้ยากมาก สปอร์ของแบคทีเรียพิสูจน์แล้วว่าย้อมติดสีได้ยาก เนื่องจากไม่สามารถซึมผ่านสารละลายสีย้อมในน้ำได้ การย้อมเอนโดสปอร์มีประโยชน์อย่างยิ่งในการระบุเชื้อแบคทีเรียก่อโรคที่ สร้างเอนโดสปอร์ เช่นClostridioides difficileก่อนที่จะมีการพัฒนาวิธีการที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น การย้อมนี้ทำโดยใช้วิธี Wirtz ร่วมกับการตรึงด้วยความร้อนและการย้อมสีเพิ่มเติม การใช้มาลาไคต์กรีนและคาร์โบลฟุคซินในอัตราส่วนเจือจาง ร่วมกับการตรึงแบคทีเรียในกรดออสมีก เป็นวิธีที่ดีในการป้องกันการผสมของสี อย่างไรก็ตาม วิธีการย้อมที่ได้รับการปรับปรุงใหม่ได้ลดเวลาที่ใช้ในการย้อมเหล่านี้ลงอย่างมาก การปรับปรุงนี้รวมถึงการแทนที่คาร์โบลฟุคซินด้วยซาฟรานินในน้ำ ร่วมกับมาลาไคต์กรีนสูตรเจือจาง 5% ใหม่ องค์ประกอบของสีย้อมแบบใหม่และปรับปรุงแล้วนี้ดำเนินการในลักษณะเดียวกับก่อนหน้านี้โดยใช้การตรึงด้วยความร้อน การล้าง และการซับให้แห้งเพื่อการตรวจสอบในภายหลัง เมื่อตรวจสอบแล้ว แบคทีเรียที่สร้างเอนโดสปอร์ทั้งหมดจะถูกย้อมเป็นสีเขียว ในขณะที่เซลล์อื่นๆ ทั้งหมดจะปรากฏเป็นสีแดง^{[ 9 ]}

การย้อมสี Ziehl –Neelsenเป็นการย้อมสีแบบทนกรดที่ใช้ย้อมเชื้อแบคทีเรีย Mycobacterium tuberculosis สายพันธุ์ ที่ไม่ติดสีด้วยวิธีการย้อมสีมาตรฐานในห้องปฏิบัติการ เช่น การย้อมสีแกรม

การย้อมสีนี้ทำโดยใช้ทั้งคาร์โบลฟุคซิน สีแดง ซึ่งย้อมแบคทีเรีย และสีย้อมเสริม เช่นเมทิลีนบลู

การย้อมสีฮีมาทอกซิลินและอีโอซินมักใช้ในการตรวจเนื้อเยื่อบางๆ ในงานจุลพยาธิวิทยา^{[ 10 ]}ฮีมา ทอกซิลิน ย้อมนิวเคลียสของเซลล์เป็นสีน้ำเงิน ในขณะที่อีโอซินย้อมไซโตพลาซึม เนื้อเยื่อเกี่ยวพัน และสารนอกเซลล์อื่นๆ เป็นสีชมพูหรือสีแดง^{[ 10 ]} อีโอซินถูกดูดซึมโดยเม็ดเลือดแดงอย่างมาก ทำให้เม็ดเลือดแดงมีสีแดงสด ในการเตรียม H&E ที่ทำอย่างชำนาญ เม็ดเลือดแดงจะมีสีส้มเกือบทั้งหมด และคอลลาเจนและไซโตพลาซึม (โดยเฉพาะกล้ามเนื้อ) จะมีสีชมพูเฉดต่างๆ กัน

การย้อมสีปาปานิโคโล (Papanicolaou staining ) หรือ PAP staining ถูกพัฒนาขึ้นเพื่อทดแทนการตรวจเซลล์ด้วยเข็มเจาะละเอียด (Fine Needle Aspiration Cytology หรือ FNAC) โดยหวังว่าจะลดเวลาและค่าใช้จ่ายในการย้อมสีโดยไม่ลดทอนคุณภาพ การย้อมสีนี้เป็นวิธีการที่ใช้บ่อยในการตรวจสอบตัวอย่างเซลล์จากเนื้อเยื่อหลายประเภทในอวัยวะต่างๆ การย้อมสี PAP ได้รับการปรับปรุงหลายครั้งเพื่อให้กลายเป็น "ทางเลือกที่เหมาะสม" สำหรับ FNAC การเปลี่ยนแปลงนี้เกิดจากความเห็นชอบของนักวิทยาศาสตร์ต่อการเตรียมสเมียร์แบบเปียกที่ช่วยรักษาสภาพโครงสร้างของนิวเคลียส ต่างจากสเมียร์แบบโรมานอฟสกี (Romanowsky smear) ที่แห้งในอากาศซึ่งมีลักษณะทึบแสง จึงนำไปสู่การสร้างการย้อมสีแบบผสมผสานระหว่างแบบเปียกและแบบแห้งในอากาศที่เรียกว่าการย้อมสีปาปานิโคโลแบบเร็วพิเศษ (ultrafast papanicolaou stain) การปรับปรุงนี้รวมถึงการใช้น้ำเกลือในโพรงจมูกเพื่อเพิ่มความชุ่มชื้นให้กับเซลล์และเพิ่มความโปร่งใสของเซลล์ และใช้ร่วมกับฟอร์มาลินในแอลกอฮอล์เพื่อเพิ่มความเข้มของสีนิวเคลียส ปัจจุบันการย้อมสีปาปานิโคโลถูกนำมาใช้แทนการย้อมสีทางเซลล์วิทยาในอวัยวะทุกประเภท เนื่องจากคุณภาพทางสัณฐานวิทยาที่ดีขึ้น เวลาในการย้อมสีลดลง และค่าใช้จ่ายลดลง มักใช้ในการย้อมตัวอย่างPap smear ^{[ 11 ]}โดยใช้ส่วนผสมของฮีมาทอกซิลิน , ออเรน จ์ จี , อีโอซิน วาย , ไล ท์ กรีน เอฟเอฟ สีเหลืองและบางครั้งก็ใช้บิสมาร์ค บราวน์วาย^{[ 10 ] [ 11 ] [ 12 ]}

^{[ 13 ]} การย้อม สี Periodic acid-Schiffเป็นการย้อมสีพิเศษทางจุลพยาธิวิทยาที่ใช้ในการทำเครื่องหมายคาร์โบไฮเดรต(ไกลโคเจนไกลโคโปรตีนโปรตีโอไกลแคน) PAS มักใช้กับเนื้อเยื่อตับที่มีการสะสมไกลโคเจน ซึ่งทำเพื่อพยายามแยกแยะโรคที่เกิดจากการสะสมไกลโคเจนชนิดต่างๆ PAS มีความสำคัญเพราะสามารถตรวจจับเม็ดไกลโคเจนที่พบในเนื้องอกของรังไข่และตับอ่อนของระบบต่อมไร้ท่อ รวมถึงในกระเพาะปัสสาวะและไตของระบบไต เยื่อฐานก็สามารถปรากฏให้เห็นในการย้อมสี PAS และอาจมีความสำคัญในการวินิจฉัยโรคไต เนื่องจากมีปริมาณคาร์โบไฮเดรตสูงภายในผนังเซลล์ของเส้นใยและยีสต์ของเชื้อรา การย้อมสี Periodic acid-Schiff จึงสามารถช่วยระบุตำแหน่งของสายพันธุ์เหล่านี้ภายในตัวอย่างเนื้อเยื่อของร่างกายมนุษย์ได้

การย้อม สีไตรโครมของมาสซง (ตามชื่อที่บ่งบอก) เป็นวิธีการย้อมสีสามสี สูตรนี้ได้รับการพัฒนามาจากเทคนิคดั้งเดิมของมาสซงเพื่อการใช้งานเฉพาะด้านต่างๆ แต่ทุกสูตรล้วนเหมาะสมสำหรับการแยกแยะเซลล์ออกจากเนื้อเยื่อ เกี่ยวพันโดย รอบ สูตรส่วนใหญ่จะให้สีแดงสำหรับเคราติน และเส้นใยกล้าม เนื้อสีน้ำเงินหรือสีเขียวสำหรับคอลลาเจนและกระดูก สีแดงอ่อนหรือสีชมพูสำหรับ ไซโต พลาซึมและสีดำ สำหรับ นิวเคลียส ของเซลล์

การย้อมสีแบบโรมานอฟสกี ( Romanowsky-Giemsa stain)ถือเป็นการย้อมสีแบบหลายสี โดยมีพื้นฐานมาจากการผสมผสานระหว่างอีโอซินพลัส ( อีโอซินที่ถูกลด ทางเคมี ) และเมทิลีนบลู ที่ถูกกำจัดหมู่เมทิล (ซึ่งประกอบด้วยผลิตภัณฑ์ออกซิเดชันคือ อะซูร์เอและอะซูร์บี ) การย้อมสีนี้ทำให้เกิดสีที่แตกต่างกันในโครงสร้างเซลล์ทั้งหมด ("ปรากฏการณ์โรมานอฟสกี-จีมซา") ดังนั้นจึงถูกนำมาใช้ในการย้อมนิวโทรฟิลโพลีมอร์ฟและนิวเคลียสของเซลล์ รูปแบบที่พบได้ทั่วไป ได้แก่การย้อมสีของไรท์ (Wright's stain ) , การย้อมสีของเจนเนอร์ (Jenner's stain), การย้อมสีของเมย์ -กรุนวาลด์ (May-Grunwald stain), การย้อมสีของลีชแมน(Leishman stain ) และการย้อมสีของจีมซา (Giemsa stain )

ทั้งหมดนี้ใช้ในการตรวจสอบ ตัวอย่าง เลือดหรือไขกระดูกเป็นที่นิยมมากกว่า H&E ในการตรวจสอบเซลล์เม็ดเลือด เนื่องจาก สามารถแยกแยะ เม็ดเลือดขาวชนิดต่างๆ ได้อย่างง่ายดาย นอกจากนี้ ทั้งหมดนี้ยังเหมาะสำหรับการตรวจสอบเลือดเพื่อตรวจหาปรสิตในเลือดเช่นมาลาเรีย^{[ 14 ]}

การย้อมสีเงินคือการใช้เงินในการย้อมชิ้นเนื้อทางจุลวิทยาการย้อมสีชนิดนี้มีความสำคัญในการแสดงโปรตีน (เช่นคอลลาเจน ชนิดที่ 3 ) และดีเอ็นเอโดยใช้เพื่อแสดงสารทั้งภายในและภายนอกเซลล์การย้อมสีเงินยังใช้ในการแยก โปรตีนด้วยเจลอิเล็กโทรโฟเรซิ ส แบบไล่ระดับอุณหภูมิ ด้วย

เซลล์อาร์เจนตาฟฟินจะลดสารละลายเงินให้กลายเป็นโลหะเงินหลังจากตรึงด้วยฟอร์มาลิน วิธีนี้ถูกค้นพบโดยคามิลโล โกลจิ ชาวอิตาลี โดยใช้ปฏิกิริยาระหว่างซิลเวอร์ไนเตรตและโพแทสเซียมไดโครเมตทำให้เกิดการตกตะกอนของซิลเวอร์โครเมตในบางเซลล์ (ดูวิธีของโกลจิ ) เซลล์ที่ชอบอาร์เจนตาฟฟินจะลดสารละลายเงินให้กลายเป็นโลหะเงินหลังจากสัมผัสกับสีย้อมที่มีสารรีดิวซ์ตัวอย่างเช่นไฮโดรควินอนหรือฟอร์มาลิน

การย้อมสีซูดานใช้สีย้อมซูดานเพื่อย้อมสารที่ชอบซูดาน ซึ่งมักรวมถึงไขมันสีย้อมซูดาน III , ซูดาน IV , ออยล์เรดโอ , ออสเมียมเตตระออกไซด์และซูดานแบล็กบีมักถูกนำมาใช้ การย้อมสีซูดานมักใช้เพื่อกำหนดระดับไขมันในอุจจาระในการวินิจฉัยโรคอุจจาระเป็นไขมัน (steatorrhea )

การย้อมสี Wirtz-Conklin เป็นเทคนิคพิเศษที่ออกแบบมาเพื่อย้อมเอนโดสปอร์ที่แท้จริงโดยใช้สีย้อมมาลาไคต์กรีนเป็นสีย้อมหลักและซาฟรานินเป็นสีย้อมเสริม เมื่อย้อมแล้วจะไม่เปลี่ยนสี การเพิ่มความร้อนในระหว่างกระบวนการย้อมสีเป็นปัจจัยสำคัญอย่างยิ่ง^{[ 15 ]}ความร้อนช่วยเปิดเยื่อหุ้มสปอร์เพื่อให้สีย้อมเข้าไปได้ จุดประสงค์หลักของการย้อมสีนี้คือเพื่อแสดงการงอกของสปอร์แบคทีเรีย หากกระบวนการงอกเกิดขึ้น สปอร์จะเปลี่ยนเป็นสีเขียวเนื่องจากมาลาไคต์กรีน และเซลล์โดยรอบจะเป็นสีแดงจากซาฟรานิน การย้อมสีนี้ยังช่วยกำหนดทิศทางของสปอร์ภายในเซลล์แบคทีเรียได้ ไม่ว่าจะเป็นปลาย (ที่ปลายสุด) กึ่งปลาย (ภายในเซลล์) หรือกลาง (อยู่ตรงกลางเซลล์โดยสมบูรณ์)

การย้อมสีด้วย คอลลาเจนไฮบริดไดซิงเปปไทด์ (CHP) ช่วยให้สามารถย้อมคอลลาเจนที่เสียสภาพได้ทุกชนิด (ชนิดที่ 1, 2, 4 ฯลฯ) ได้อย่างง่ายดายและตรงไปตรงมา ไม่ว่าคอลลาเจนนั้นจะเสียหายหรือเสื่อมสภาพด้วยวิธีการทางเอนไซม์ ทางกล ทางเคมี หรือทางความร้อนก็ตาม เปปไทด์เหล่านี้ทำงานโดยการพับตัวกลับเข้าไปเป็นเกลียวสามชั้นของคอลลาเจนร่วมกับสายเดี่ยวที่มีอยู่ในเนื้อเยื่อ สามารถมองเห็น CHP ได้ด้วยกล้องจุลทรรศน์ ฟลูออเรสเซนต์ แบบธรรมดา

สีย้อมแต่ละชนิดจะทำปฏิกิริยาหรือสะสมตัวในส่วนต่างๆ ของเซลล์หรือเนื้อเยื่อ และคุณสมบัติเหล่านี้ถูกนำมาใช้ประโยชน์เพื่อเผยให้เห็นส่วนหรือบริเวณที่เฉพาะเจาะจง สีย้อมทางชีวภาพที่ใช้กันทั่วไปบางชนิดแสดงไว้ด้านล่างนี้ เว้นแต่จะระบุไว้เป็นอย่างอื่น สีย้อมเหล่านี้ทั้งหมดสามารถใช้กับเซลล์และเนื้อเยื่อที่ตรึงแล้วได้ สีย้อมที่ใช้กับสิ่งมีชีวิต (vital dyes) จะมีการระบุไว้

อะคริดีนออเรนจ์ (AO) เป็นสีย้อมประจุบวกเรืองแสงที่เลือกเฉพาะกรดนิวคลีอิกซึ่งมีประโยชน์สำหรับการกำหนดวงจรเซลล์ มันสามารถซึมผ่านเซลล์ได้ และมีปฏิสัมพันธ์กับ DNA และ RNA โดยการแทรกตัวหรือแรงดึงดูดทางไฟฟ้าสถิต เมื่อจับกับ DNA แล้ว สเปกตรัมของมันจะคล้ายกับฟลูออเรสซีนมาก เช่นเดียวกับฟลูออเรสซีน มันยังมีประโยชน์ในฐานะสีย้อมที่ไม่จำเพาะสำหรับการให้แสงด้านหลังเซลล์ที่ย้อมสีตามปกติบนพื้นผิวของตัวอย่างเนื้อเยื่อที่เป็นของแข็ง (การย้อมสีด้วยแสงด้านหลังแบบเรืองแสง^{[ 16 ]} )

^{[ 17 ]}สีบิสมาร์คบราวน์(หรือบิสมาร์คบราวน์วาย หรือแมนเชสเตอร์บราวน์) ให้สีเหลืองแก่กรดมิวซิและให้สีน้ำตาลเข้มแก่เซลล์มาสต์ ข้อเสียอย่างหนึ่งของสีย้อมนี้คือมันจะบดบังโครงสร้างอื่นๆ ที่อยู่รอบๆ และทำให้คุณภาพของความคมชัดต่ำ ต้องใช้ร่วมกับสีย้อมอื่นๆ จึงจะมีประโยชน์ สีย้อมเสริมบางชนิดที่ใช้ร่วมกับบิสมาร์คบราวน์ ได้แก่ ฮีมาทอกซิลินและโทลูอิดีนบลู ซึ่งให้ความคมชัดที่ดีกว่าในตัวอย่างเนื้อเยื่อวิทยา

คาร์มีนเป็นสีย้อมสีแดงเข้มที่ใช้ย้อมไกลโคเจนในขณะที่คาร์มีนอะลัมเป็นสีย้อมนิวเคลียส การย้อมด้วยคาร์มีนจำเป็นต้องใช้สารช่วยย้อม ซึ่งโดยทั่วไปคือ อะลูมิเนียม

สี คูมาซีบริลเลียนท์บลู (Coomassie brilliant blue)เป็นสีที่ย้อมโปรตีนโดยไม่จำเพาะเจาะจง ทำให้เกิดสีน้ำเงินเข้ม มักใช้ในกระบวนการแยกโปรตีนด้วยเจลอิเล็กโทรโฟเรซิส

สีย้อม เครซิลไวโอเลตจะย้อมส่วนประกอบที่เป็นกรดในไซโตพลาซึมของเซลล์ประสาทให้เป็นสีม่วง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในส่วน ของ นิสเซิลบอดี้ มักใช้ในการวิจัยเกี่ยวกับสมอง

คริสตัลไวโอเลตเมื่อผสมกับสารช่วยย้อมที่เหมาะสม จะทำให้ผนังเซลล์ ย้อม เป็นสีม่วง คริสตัลไวโอเลตเป็นสีย้อมที่ใช้ในการย้อมแกรม

DAPIเป็น สีย้อมนิวเคลียส เรืองแสงที่ถูกกระตุ้นด้วย แสง อัลตราไวโอเลตและแสดงการเรืองแสงสีน้ำเงินเข้มเมื่อจับกับDNA DAPI จับกับส่วนที่ซ้ำกันของโครโมโซมที่มี A=T มาก นอกจากนี้ DAPI ยังมองไม่เห็นด้วยกล้องจุลทรรศน์แบบส่งผ่านแสงทั่วไป สามารถใช้ได้ในเซลล์ที่มีชีวิตหรือเซลล์ที่ถูกตรึง เซลล์ที่ย้อมด้วย DAPI เหมาะอย่างยิ่งสำหรับการนับเซลล์^{[ 18 ]}

อีโอซินมักใช้เป็นสีย้อมเสริมร่วมกับฮีมาทอกซิลิน ทำให้สาร ในไซโต พลาสซึม เยื่อ หุ้มเซลล์ และโครงสร้างนอกเซลล์บางส่วนมีสีชมพูหรือแดง นอกจากนี้ยังทำให้ เม็ดเลือดแดงมีสีแดงเข้มอีโอซินอาจใช้เป็นสีย้อมเสริมในวิธีการย้อมแกรมบางแบบ และในวิธีการอื่นๆ อีกมากมาย ที่จริงแล้วมีสารประกอบสองชนิดที่ใกล้เคียงกันมากซึ่งมักเรียกกันว่าอีโอซิน ที่ใช้บ่อยที่สุดคืออีโอซินวาย (หรือที่รู้จักกันในชื่ออีโอซินวายดับเบิลยูเอส หรืออีโอซินสีเหลือง) ซึ่งมีสีเหลืองอ่อนมาก สารประกอบอีโอซินอีกชนิดหนึ่งคืออีโอซินบี (อีโอซินสีน้ำเงิน หรืออิมพีเรียลเรด) ซึ่งมีสีน้ำเงินอ่อนมาก สีย้อมทั้งสองชนิดสามารถใช้แทนกันได้ และการเลือกใช้ชนิดใดชนิดหนึ่งนั้นขึ้นอยู่กับความชอบและธรรมเนียมปฏิบัติมากกว่า

เอทิเดียมโบร ไมด์ จะแทรกตัวและย้อมดีเอ็นเอ ทำให้เกิดสีแดงส้มเรืองแสง แม้ว่าจะไม่ย้อมเซลล์ที่แข็งแรง แต่สามารถใช้ระบุเซลล์ที่อยู่ในระยะสุดท้ายของอะพอพโทซิสได้ – เซลล์เหล่านี้มี เยื่อหุ้มเซลล์ที่ซึมผ่านได้มากขึ้นดังนั้น เอทิเดียมโบรไมด์จึงมักใช้เป็นตัวบ่งชี้อะพอพโทซิสในกลุ่มเซลล์และเพื่อระบุตำแหน่งแถบดีเอ็นเอในเจลอิเล็กโทรโฟเรซิส นอกจากนี้ยังสามารถใช้ร่วมกับอะคริดีนออเรนจ์ (AO) ในการนับเซลล์ที่มีชีวิตได้ การย้อมสีแบบผสม EB/AO นี้จะทำให้เซลล์ที่มีชีวิตเรืองแสงสีเขียว ในขณะที่เซลล์อะพอพโทซิสยังคงเรืองแสงสีแดงส้มที่โดดเด่น

กรดฟุคซีนสามารถใช้ย้อมคอลลาเจน กล้ามเนื้อเรียบ หรือไมโทคอนเดรียได้กรดฟุคซีนใช้เป็นสีย้อมนิวเคลียสและไซโทพลาซึมในวิธีการย้อมไตรโครมของมาลลอรี กรดฟุคซีนย้อมไซโทพลาซึมในวิธีการย้อมไตรโครมของมาสสันบางแบบ ในวิธีการย้อมพิโครฟุคซีนของแวน กีสัน กรดฟุคซีนจะให้สีแดงแก่เส้นใยคอลลาเจน นอกจากนี้ กรดฟุคซีนยังเป็นสีย้อมดั้งเดิมสำหรับไมโทคอนเดรีย (วิธีการของอัลท์มันน์)

ฮีมาทอกซิลิน (hematoxylin ในอเมริกาเหนือ) เป็นสีย้อมนิวเคลียส^{[ 10 ]} เมื่อใช้ร่วมกับมอร์แดนท์ ฮีมาทอกซิลินจะย้อมนิวเคลียสเป็นสีม่วงน้ำเงินหรือสีน้ำตาล^{[ 10 ]} โดยส่วนใหญ่จะใช้ร่วมกับอีโอซินใน การ ย้อม H&E (ฮีมาทอกซิลินและอีโอซิน) ซึ่งเป็นหนึ่งในขั้นตอนที่พบบ่อยที่สุดในทางจุลพยาธิวิทยา^{[ 10 ]}

โฮเอชสต์ (Hoechst)เป็น สารประกอบอนุพันธ์ บิส -เบนซิมิดาโซลที่จับกับร่องเล็กของดีเอ็นเอ มักใช้ในการย้อมดีเอ็นเอด้วยกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์ โฮเอชสต์จะปรากฏเป็นสีเหลืองเมื่อละลายในสารละลายน้ำและเปล่งแสงสีน้ำเงินภายใต้การกระตุ้นด้วยรังสียูวี โฮเอชสต์มีสองประเภทหลักได้แก่โฮเอชสต์ 33258และโฮเอชสต์ 33342สารประกอบทั้งสองชนิดมีฟังก์ชันคล้ายกัน แต่มีโครงสร้างแตกต่างกันเล็กน้อย โฮเอชสต์ 33258 มี หมู่ ไฮดรอกซิล ที่ปลาย จึงละลายในสารละลายน้ำได้ดีกว่า อย่างไรก็ตาม คุณสมบัตินี้ลดความสามารถในการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ โฮเอชสต์ 33342 มี การแทนที่ เอทิลที่หมู่ไฮดรอกซิลที่ปลาย (เช่น หมู่เอทิลอีเทอร์) ทำให้มีคุณสมบัติไม่ชอบน้ำมากขึ้นและผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ได้ง่ายขึ้น

ไอโอดีนใช้ในทางเคมีเป็นตัวบ่งชี้สำหรับแป้งเมื่อผสมแป้งกับไอโอดีนในสารละลาย จะเกิดสีน้ำเงินเข้ม ซึ่งแสดงถึงสารประกอบเชิงซ้อนระหว่างแป้งและไอโอดีน แป้งเป็นสารที่พบได้ทั่วไปในเซลล์พืชส่วนใหญ่ ดังนั้นสารละลายไอโอดีนเจือจางจึงสามารถย้อมแป้งที่มีอยู่ในเซลล์ได้ ไอโอดีนเป็นส่วนประกอบหนึ่งในเทคนิคการย้อมสีที่เรียกว่าการย้อมแกรมซึ่งใช้ในจุลชีววิทยาโดยใช้เป็นสารช่วยยึด สี ในการย้อมแกรม ไอโอดีนจะช่วยเพิ่มการแทรกซึมของสีย้อมผ่านรูพรุนที่มีอยู่ในผนังเซลล์/เยื่อหุ้มเซลล์

สารละลายลูโกลหรือ ไอโอดีนของลูโกล (IKI) เป็นสารละลายสีน้ำตาลที่จะเปลี่ยนเป็นสีดำเมื่อสัมผัสกับแป้ง และสามารถใช้เป็นสีย้อมเซลล์ ทำให้ มองเห็น นิวเคลียส ของเซลล์ ได้ชัดเจนยิ่งขึ้น

เมื่อใช้ร่วมกับน้ำส้มสายชูทั่วไป (กรดอะซิติก) สารละลายของลูโกลจะใช้ในการตรวจหาการเปลี่ยนแปลงก่อนเป็นมะเร็งและมะเร็งในเนื้อเยื่อปากมดลูกและช่องคลอดระหว่างการตรวจติดตามผล "Pap smear" เพื่อเตรียมการตรวจชิ้นเนื้อ กรดอะซิติกทำให้เซลล์ที่ผิดปกติเปลี่ยนเป็นสีขาว ในขณะที่เนื้อเยื่อปกติจะย้อมติดสีน้ำตาลมะฮอกกานีจากไอโอดีน^{[ 19 ]}

มาลาไคต์กรีน (หรือที่รู้จักกันในชื่อไดมอนด์กรีนบี หรือวิกตอเรียกรีนบี) สามารถใช้เป็นสีย้อมสีเขียวอมฟ้าเพื่อเสริมฤทธิ์กับซาฟรานินในเทคนิคการย้อมสีแบบกิเมเนซสำหรับแบคทีเรีย นอกจากนี้ยังสามารถใช้ย้อมสปอร์ โดยตรง ได้ อีกด้วย

เมทิลกรีนมักใช้กับกล้องจุลทรรศน์แบบส่องสว่างและแบบเรืองแสง^{[ 20 ]}เพื่อย้อมโครมาตินของเซลล์เพื่อให้มองเห็นได้ง่ายขึ้น

เมทิลีนบลูใช้ในการย้อมเซลล์สัตว์ เช่น เซลล์แก้มของมนุษย์ เพื่อให้มองเห็นนิวเคลียสได้ชัดเจนยิ่งขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในการย้อมฟิล์มเลือดในงานด้านเซลล์วิทยาด้วย

สีแดงกลาง (หรือสีแดงโทลูอีน) ทำให้สีย้อมนิสเซิลแดงติดสี โดยปกติจะใช้เป็นสีย้อมเสริมร่วมกับสีย้อมอื่นๆ

สีไนล์บลู (หรือไนล์บลูเอ) ย้อมนิวเคลียสให้เป็นสีน้ำเงิน สามารถใช้กับเซลล์ที่มีชีวิตได้

ไนล์เรด (หรือที่รู้จักกันในชื่อ ไนล์บลูออกซาโซน) เกิดจากการต้มไนล์บลูร่วมกับกรดซัลฟิวริกซึ่งจะได้ส่วนผสมของไนล์เรดและไนล์บลู ไนล์เรดเป็น สีย้อม ที่ละลายในไขมันได้ดี มันจะสะสมอยู่ใน เม็ด ไขมันภายในเซลล์ ทำให้เซลล์มีสีแดง ไนล์เรดสามารถใช้กับเซลล์ที่มีชีวิตได้ มันจะเรืองแสงอย่างรุนแรงเมื่อแทรกตัวเข้าไปในไขมัน แต่แทบจะไม่เรืองแสงเลยในสารละลายที่เป็นน้ำ

ออสเมียมเตตระออกไซด์ใช้ในกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงเพื่อย้อมไขมันมันละลายในไขมันและถูกรีดิวซ์โดยสารอินทรีย์ให้กลายเป็นออสเมียมธาตุ ซึ่งเป็นสารสีดำที่มองเห็นได้ง่าย

โพรพิเดียมไอโอไดด์เป็นสารเรืองแสงที่แทรกตัวเข้าไปในดีเอ็นเอ ซึ่งสามารถใช้ย้อมเซลล์ได้ โพรพิเดียมไอโอไดด์ใช้เป็นสีย้อมดีเอ็นเอในเครื่องวิเคราะห์เซลล์ด้วยแสง (flow cytometry) เพื่อประเมินความมีชีวิตของเซลล์หรือปริมาณดีเอ็นเอในการวิเคราะห์วัฏจักรเซลล์ หรือใช้ในกล้องจุลทรรศน์เพื่อแสดงภาพนิวเคลียสและออร์แกเนลล์อื่นๆ ที่มีดีเอ็นเอ โพรพิเดียมไอโอไดด์ไม่สามารถผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ที่มีชีวิตได้ ทำให้มีประโยชน์ในการแยกแยะเซลล์ที่ตายแบบเนโครซิส เซลล์ที่ตายแบบอะพอพโทซิส และเซลล์ที่แข็งแรง นอกจากนี้ PI ยังจับกับอาร์เอ็นเอด้วย จึงจำเป็นต้องใช้เอนไซม์นิวคลีเอสในการแยกความแตกต่างระหว่างการย้อมอาร์เอ็นเอและดีเอ็นเอ

โรดามีนเป็นสีย้อมเรืองแสงจำเพาะต่อโปรตีน ซึ่งนิยมใช้ในกล้องจุลทรรศน์เรืองแสง

ซาฟรานีน (หรือซาฟรานีน O) เป็นสีย้อมประจุบวกสีแดง มันจับกับนิวเคลียส (DNA) และโพลี แอนไอออนของเนื้อเยื่ออื่นๆ รวมถึงไกลโคซามิโนไกลแคนในกระดูกอ่อนและเซลล์มาสต์ และส่วนประกอบของลิกนินและพลาสติดในเนื้อเยื่อพืช^{[ 21 ]} ไม่ควรสับสนซาฟรานีนกับหญ้าฝรั่น ซึ่งเป็นสีย้อมธรรมชาติราคาแพงที่ใช้ในบางวิธีเพื่อให้คอลลาเจนมีสีเหลือง เพื่อให้ตัดกับสีน้ำเงินและสีแดงที่สีย้อมอื่นๆ ให้กับนิวเคลียสและไซโตพลาซึมในเนื้อเยื่อสัตว์ (รวมถึงมนุษย์)

การสะกดผิด "safranin" เป็นเรื่องปกติ การลงท้ายด้วย -ine นั้นเหมาะสมสำหรับ safranine O เพราะสีย้อมนี้เป็นอะมีน^{[ 4 ] [ 22 ] [ 23 ]}

อนุพันธ์ของไทอะโซลออเรนจ์ เช่นSYBR Safe , SYBR Green , SYBR Gold , Pico Green, SYTO-16, SYTO-9 และ TOPhBu เป็นสีย้อมไซยานีนชนิดพิเศษที่ใช้กันทั่วไปเป็นเซนเซอร์ DNA เรืองแสง ความสามารถของสีย้อมในการตรวจจับ DNA ที่ความเข้มข้นต่ำได้รับการประเมินโดยใช้ตัวชี้วัดสองตัว ได้แก่ การเพิ่มความสว่างของฟลูออเรสเซนซ์สัมบูรณ์ (AFE) และการเพิ่มความสว่างของฟลูออเรสเซนซ์สัมพัทธ์ (RFE) ^{[ 24 ]}

เนื่องจากความกังวลเกี่ยวกับความเป็นพิษและอันตรายต่อสิ่งแวดล้อมของสีย้อมกล้องจุลทรรศน์แบบดั้งเดิม^{[ 25 ]}บางคนจึงมองหาสีย้อมทางเลือกที่ยั่งยืนกว่า สารสกัดจากCurcuma longa (แหล่งที่มาของขมิ้น) ^{[ 26 ] [ 27 ]} Beta vulgaris (บีทรูท) ^{[ 28 ]}และLawsonia inermis (เฮนน่า) ^{[ 29 ]} กำลังได้รับการพิจารณาและวิจัยอย่างจริงจังเกี่ยวกับคุณสมบัติในการย้อมสี

เนื้อเยื่อที่ดูดซับสีเรียกว่าเนื้อเยื่อที่มีสี โครโมโซมได้รับชื่อนี้เนื่องจากความสามารถในการดูดซับสีม่วง

ความสัมพันธ์เชิงบวกกับสีย้อมเฉพาะอาจกำหนดโดยคำต่อท้าย-philicตัวอย่างเช่น เนื้อเยื่อที่ย้อมติดสีย้อมสีฟ้าอาจเรียกว่าazurophilicนอกจากนี้ยังสามารถใช้สำหรับคุณสมบัติการย้อมสีทั่วไป เช่นacidophilicสำหรับเนื้อเยื่อที่ย้อมติดสีย้อมที่เป็นกรด (โดยเฉพาะอีโอซิน ) basophilicเมื่อย้อมด้วย สีย้อม ที่เป็นเบสและamphophilicเมื่อย้อมด้วยสีย้อมที่เป็นกรดหรือเบสก็ได้ ในทางตรงกันข้าม เนื้อเยื่อ chromophobicจะไม่ดูดซับสีย้อมได้ง่าย^{[ 30 ]}

เช่นเดียวกับการใช้กล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสง การย้อมสีสามารถใช้เพื่อเพิ่มความคมชัดในกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่งผ่านโดยทั่วไปจะใช้สารประกอบที่มีความหนาแน่นของอิเล็กตรอนสูง เช่น โลหะหนัก

^{[ 31 ]}กรดฟอสโฟทังสติกเป็นสีย้อมลบสำหรับไวรัสเส้นประสาทโพลีแซ็กคาไรด์และวัสดุเนื้อเยื่อชีวภาพอื่นๆ ส่วนใหญ่ใช้ในรูปแบบ 0.5-2% ทำให้เป็นกลางและผสมกับน้ำเพื่อทำเป็นสารละลายในน้ำ กรดฟอสโฟทังสติกเต็มไปด้วยสารที่มีความหนาแน่นของอิเล็กตรอนสูง ซึ่งจะย้อมพื้นหลังรอบๆ ตัวอย่างให้มืดและตัวอย่างเองให้สว่าง กระบวนการนี้ไม่ใช่เทคนิคการย้อมบวกแบบปกติที่ตัวอย่างจะมืดและพื้นหลังจะสว่าง

ออสเมียมเตตระออกไซด์ใช้ในการย้อมไขมัน ด้วยกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสง มันละลายในไขมันและถูกรีดิวซ์โดยสารอินทรีย์ให้กลายเป็นออสเมียมธาตุ ซึ่งเป็นสารสีดำที่มองเห็นได้ง่าย เนื่องจากเป็นโลหะหนักที่ดูดซับอิเล็กตรอน จึงเป็นสีย้อมที่ใช้กันมากที่สุดในการศึกษาโครงสร้างทางสัณฐานวิทยาด้วยกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนทางชีววิทยา นอกจากนี้ยังใช้ในการย้อมพอลิเมอร์ต่างๆ เพื่อศึกษาโครงสร้างทางสัณฐานวิทยาด้วยกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่งผ่าน (TEM) OsO4₄ธาตุนี้ระเหยง่ายและเป็นพิษร้ายแรงมาก เป็นสารออกซิไดซ์ที่รุนแรง เนื่องจากออสเมียมมีเลขออกซิเดชัน +8 มันออกซิไดซ์วัสดุหลายชนิดอย่างรุนแรง ทำให้เกิดคราบออสเมียมที่ไม่ระเหยในสถานะออกซิเดชันที่ต่ำกว่า

รูทีเนียมเตตระออกไซด์มีความระเหยง่ายและมีฤทธิ์กัดกร่อนรุนแรงกว่าออสเมียมเตตระออกไซด์ อีกทั้งยังสามารถทำให้เกิดคราบแม้กระทั่งวัสดุที่ต้านทานคราบออสเมียมได้ เช่น โพลีเอทิลีน

สารเคมีอื่นๆ ที่ใช้ในการย้อมสีสำหรับกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน ได้แก่ แอมโมเนียมโมลิบเดต , แคดเมียม ไอโอ ไดด์, คาร์โบไฮดราไซด์, เฟอร์ริกคลอไรด์, เฮกซามีน, อินเดียมไตรคลอไรด์, แลนทานัม(III) ไนเตรต, ตะกั่วอะซิเตต , ตะกั่วซิเตรต , ตะกั่ว(II) ไนเตรต , กรดเพอร์ไอโอไดด์ , กรดฟอ สโฟโมลิบดิก , โพแทสเซียมเฟอร์ริ ไซยาไนด์ , โพแทสเซียมเฟอร์โรไซยาไนด์ , รูทีเนียม เรด , ซิลเวอร์ไนเตรต , ซิลเวอร์โปรตีน เนต , โซเดียมคลอโรออเรต , แทลเลียมไนเตรต , ไท โอเซมิคาร์บา ไซด์ , ยูรานิลอะซิเตต , ยูรานิลไนเตรตและวานาดิลซัลเฟต

• คณะกรรมการรับรองมาตรฐานสีย้อมชีวภาพ : หน่วยงานควบคุมคุณภาพและรับรองมาตรฐานสีย้อมจากภายนอก
• เซลล์วิทยา : การศึกษาเกี่ยวกับเซลล์
• เนื้อเยื่อวิทยา : การศึกษาเกี่ยวกับเนื้อเยื่อ
• อิมมูโนฮิสโตเคมี : การใช้แอนติเซรัมเพื่อติดฉลากแอนติเจนจำเพาะ
• รูทีเนียม(II) ไตรส์(บาโทฟีนันโทรลีนไดซัลโฟเนต)ซึ่งเป็นสีย้อมโปรตีน
• สีย้อมที่มีชีวิต : สีย้อมที่ไม่ฆ่าเซลล์
• เพจ : การแยกโมเลกุลโปรตีน
• การสวนแบเรียม - การย้อมสีในร่างกายชนิดหนึ่งที่สร้างความแตกต่างในส่วนของสเปกตรัมแสงในรังสีเอกซ์
• ไดอะโฟไนเซชัน

วิกิมีเดียคอมมอนส์มีสื่อที่เกี่ยวข้องกับวิธีการย้อมสีสำหรับกล้องจุลทรรศน์

• คณะกรรมการตรวจสอบสีย้อมทางชีวภาพ (Biological Stain Commission)เป็นบริษัทอิสระที่ไม่แสวงหาผลกำไร ซึ่งทำการทดสอบสีย้อมมาตั้งแต่ต้นทศวรรษ 1920 และออกใบรับรองการอนุมัติสำหรับสีย้อมแต่ละล็อตที่ตรงตามมาตรฐานที่เป็นที่ยอมรับในระดับสากล
• เอกสารอ้างอิง StainsFileสำหรับสีย้อมและเทคนิคการย้อมสี
• การย้อมสีเพื่อศึกษาโปรโตซัวและเทคนิคการเตรียมสไลด์ชั่วคราวที่เกี่ยวข้อง ~ ฮาวีย์, 2000
• พูดถึงเรื่องความยึดติด: ตอนที่ 1และตอนที่ 2 – โดย เอ็ม. ฮาลิท อูมาร์
• ภาพถ่ายจุลทรรศน์ของสีย้อมทางเนื้อเยื่อวิทยา
• คำถามที่พบบ่อยเกี่ยวกับการฝึกย้อมสีในหน้าเว็บของ Sridhar Rao PN