หนึ่งในเหยื่อของเจ้าของที่ดินคือขุนนางชั้นผู้น้อยในท้องถิ่นนามว่าบ็อกดัน คเมล นิตสกี ในช่วงต้นปี ค.ศ. 1647 ทรัพย์สินและคู่หมั้นของเขาถูกยึดไป (และตามรายงานฉบับหนึ่งระบุว่า ลูกชายวัยสิบขวบของเขาถูกฆาตกรรม) โดยดาเนียล ชาปลินสกีซึ่งเห็นได้ชัดว่าเป็นผู้ช่วยของอเล็กซานเดอร์ โคนีเอคโปลสกี มหาเศรษฐี เมื่อคเมลนิตสกีไม่ได้รับการตอบสนองจากศาล การกบฏครั้งใหญ่จึงเริ่มก่อตัวขึ้น ซึ่งมีขนาดใหญ่กว่าการกบฏครั้งก่อนๆ มาก

ในฤดูใบไม้ผลิปี 1648 คเมลนิตสกี ผู้ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นอาตามานแห่งซาโปโรเจียนนำกองทัพคอสแซ็กเข้าโจมตีเครือรัฐโปแลนด์-ลิทัวเนีย เขาได้ทำพันธมิตรกับชาวตาตาร์ ซึ่งส่งทหารม้า 4,000 นายภายใต้การบัญชาการของทูไก เบย์ มาช่วย ในเดือนเมษายน เขาข้ามแม่น้ำดนีเปอร์พร้อมกองทัพและได้รับชัยชนะอย่างเด็ดขาดสองครั้งเหนือกองกำลังของราชวงศ์ ครั้งแรกที่โชฟติ โวดีในวันที่ 15 พฤษภาคม และครั้งที่สองที่คอร์ซุนในวันที่ 26 พฤษภาคม

ข่าวชัยชนะของเขาก่อให้เกิดการลุกฮือครั้งใหญ่ในหมู่ประชาชนทั่วประเทศ ซึ่งพวกคอสแซ็กและประชาชนทั่วไปได้สังหารหมู่ชาวยิว ขุนนาง ชาวคาทอลิก และชาวยูเนียตความวุ่นวายได้ลุกลามไปยังทางตอนใต้ของประเทศเบลารุสในปัจจุบัน เมื่อกองทัพคอสแซ็กไปถึงเมืองปินสค์ ฝั่งตะวันออกของแม่น้ำดนีเปอร์ ซึ่งประชากรส่วนใหญ่เป็นชาวออร์โธดอกซ์ และอิทธิพลของเครือจักรภพโปแลนด์-ลิทัวเนียอ่อนแอ จึงตกอยู่ภายใต้การปกครองโดยไม่มีการต่อสู้ที่แท้จริง

วันรุ่งขึ้นหลังจากชัยชนะที่คอร์ซุน ในวันแรกของ เทศกาล ชาโวออตซึ่งเป็นวันหยุดของชาวยิว ตรงกับวันที่ 27 พฤษภาคม ค.ศ. 1648 การเนรเทศชาวยิวจำนวนมากในเขตโดยรอบไปยังเมืองป้อมปราการได้เริ่มต้นขึ้น ซึ่งเป็นการดูหมิ่นวันหยุดดังกล่าว ในเวลาเดียวกันนั้นเยเรมี วิสนิโอวีเอคกีได้ถอนทัพออกจากที่ดินของเขาในลูบนีพร้อมกับกองทัพของเขาเอง และพาชาวยิวหลายร้อยคนไปพร้อมกับผู้ลี้ภัยคนอื่นๆ เขายังคงรวบรวมชาวยิวระหว่างทางต่อไป

นาธาน เบน โมเสส ฮันโนเวอร์ผู้เขียนหนังสือ " เหวแห่งความสิ้นหวัง (Yeven Metzulah) " ซึ่งเป็นบันทึกเหตุการณ์ที่รู้จักกันดีที่สุด ได้บรรยายสิ่งที่เขาได้ยินเกี่ยวกับการจลาจลในฝั่งตะวันออกที่ตกอยู่ในมือของกลุ่มกบฏ:

“ชุมชนหลายแห่งที่อยู่เลยแม่น้ำดนีเปอร์ไป และใกล้กับสนามรบ เช่นเปเรยาสลาฟบาริสซอฟกาพิราติน บอริสโปลลูบิน และลาโชวเซ และเพื่อนบ้านของพวกเขา ซึ่งไม่สามารถหลบหนีได้ ต่างล้มตายไปเพื่อความศักดิ์สิทธิ์ของพระนามของพระองค์ คนเหล่านี้ตายอย่างโหดร้ายและขมขื่น บางคนถูกถลกหนังทั้งเป็นและเนื้อถูกโยนให้สุนัขกิน บางคนถูกตัดมือและแขนขา แล้วโยนศพไว้บนทางหลวงให้รถม้าเหยียบย่ำและม้าทับ บางคนถูกทำร้ายจนบาดเจ็บสาหัส แล้วโยนทิ้งไว้บนถนนให้ตายอย่างทรมาน ดิ้นรนอยู่ในเลือดจนกระทั่งสิ้นลมหายใจ บางคนถูกฝังทั้งเป็น ศัตรูฆ่าทารกในอ้อมอกของมารดา พวกเขาหั่นทารกเป็นชิ้นๆ เหมือนปลา พวกเขาผ่าท้องหญิงตั้งครรภ์ เอาทารกออกมาแล้วโยนใส่หน้า บางคนถูกผ่าท้องจนเปิดออก...” พวกเขาเอาแมวเป็นๆ ใส่เข้าไปในท้อง แล้วเย็บปิดโดยที่แมวยังมีชีวิตอยู่ข้างใน พวกเขาตัดมือของเหยื่อเพื่อไม่ให้สามารถเอาแมวออกจากท้องได้ เด็กทารกถูกแขวนไว้บนหน้าอกของแม่ บางคนถูกแทงด้วยหอก ย่างไฟ แล้วนำไปให้แม่กิน หลายครั้งที่พวกเขาใช้ศพของเด็กชาวยิวเป็นสะพานชั่วคราวเพื่อข้ามไป ไม่มีวิธีการฆาตกรรมที่โหดร้ายใดในโลกที่ศัตรูไม่ได้กระทำ"

ในวันที่ 1 มิถุนายน ค่ายหลักของ Khmelnytsky ถูกหยุดที่Bila Tserkvaและหยุดการเคลื่อนที่ไปทางตะวันตก อย่างไรก็ตาม ประชาชนในดินแดนที่ยังคงอยู่ภายใต้การควบคุมของเครือจักรภพโปแลนด์-ลิทัวเนียยังคงก่อกบฏต่อไป หัวหน้ากองทหารคอสแซ็กบางคน โดยเฉพาะอย่างยิ่งMaksym Kryvonis ผู้มีอำนาจมากที่สุด ได้ใช้กำลังของตนสนับสนุนการก่อกบฏ ในวันที่ 10 มิถุนายน ค.ศ. 1648 Kryvonis ได้ยึดเมืองNemyrivซึ่งมีประชากรชาวยิวจำนวนมากตั้งมั่นอยู่ ตามบันทึกของ Hanover และผู้เขียนบันทึกอื่นๆ เขาแสร้งทำเป็นกองกำลังที่เป็นมิตรและชักธงของกองทัพหลวง ในขณะที่แหล่งข่าวคอสแซ็กรายงานจากภายในเมือง ทันทีที่ Nemyriv ตกอยู่ภายใต้การยึดครอง คอสแซ็กก็สังหารชาวคาทอลิกและชาวยิวทั้งหมดที่อยู่ภายในเมือง ฮันโนเวอร์รายงานว่าชาวยิวถูกสังหาร 6,000 คน ซึ่งเป็นตัวเลขที่ไม่น่าเป็นไปได้และถูกปฏิเสธโดยนักประวัติศาสตร์สมัยใหม่ แต่ก็ยังเป็นตัวชี้วัดความเสียหายที่เกิดขึ้น มอร์เดไค นาดาฟ ตั้งข้อสังเกตว่าเหตุการณ์ที่มีขนาดใหญ่เช่นเดียวกับที่เกิดขึ้นในปินสก์ ซึ่งมีชาวยิวถูกสังหารหลายสิบคนในระหว่างการรุกรานนั้น เป็นตัวอย่างที่พบได้ทั่วไปมากกว่า

การสังหารหมู่ในลักษณะเดียวกันนี้เกิดขึ้นในเมืองอื่นๆ อีกหลายแห่ง เช่นโปโลนน์และบาร์ในเนมีริฟ นักประวัติศาสตร์ชาวยิวรายงานว่าชาวยิวจำนวนมากปฏิเสธที่จะเปลี่ยนไปนับถือศาสนาคริสต์และรับความรอด แม้ว่าในขณะเดียวกัน ชาค (ชับบาไต เบน เมียร์ ฮาโคเฮน) จะเขียนว่า "ชาวยิวจำนวนมากละเมิดพันธสัญญา" กลุ่มชาวยิวที่สาบานว่าจะจงรักภักดีต่อพวกคอสแซ็กและเปลี่ยนไปนับถือศาสนาคริสต์ได้หนีออกจากเมืองได้ไม่นานหลังจากที่เนมีริฟตกอยู่ในมือของวิชนิวิตซ์กี้

เมื่อวันที่ 18 มิถุนายน ครีโวนิสเริ่มปิดล้อมเมืองทุลชินและบุกทะลวงกำแพงได้ในวันที่ 21 วันรุ่งขึ้นป้อมปราการก็แตก หลังจากหยุดการโจมตีไปหลายวัน การสังหารหมู่ก็เกิดขึ้นในวันที่ 26 มิถุนายน

ฮันโนเวอร์และคนอื่นๆ กล่าวหาว่าผู้บัญชาการท้องถิ่น ดยุกยานุส เชตวาร์ตินสกี ทรยศชาวยิวและมอบพวกเขาให้กับผู้ก่อจลาจล ขณะที่พยายามเอาชีวิตรอดอย่างสุดความสามารถแต่ไม่สำเร็จ อิสราเอล ฮาลเพริน สรุปว่าไม่มีหลักฐานใดๆ สนับสนุนข้อกล่าวหานี้ และเชตวาร์ตินสกีอาจพยายามปล่อยตัวทุกคนที่อยู่ข้างในด้วยการติดสินบน แต่พวกคอสแซ็กกลับฆ่าพวกเขาทั้งหมด เขาเชื่อว่าที่มาของข่าวลือนี้เป็นเพราะเชตวาร์ตินสกีมาจากครอบครัวออร์โธดอกซ์ที่เคร่งศาสนา และนั่นเป็นเหตุผลที่พวกคาทอลิกสงสัยเขา

ฮันโนเวอร์บันทึกไว้ว่าชาวยิวได้รับโอกาสให้เปลี่ยนไปนับถือศาสนาคริสต์เช่นกัน แต่พวกเขากลับปฏิเสธและเลือกความตายเพื่อความศักดิ์สิทธิ์ของพระนามพระเจ้า นักประวัติศาสตร์ เยเชซเคล เฟราห์ม ปฏิเสธบันทึกของฮันโนเวอร์และอ้างว่าฮันโนเวอร์อาศัยคำให้การของบุคคลอื่น เฟราห์มเชื่อว่าคำบรรยายนั้นเป็นการบิดเบือนเรื่องราว "หน้าผาแห่งยุคสมัย" เกี่ยวกับการลงโทษที่คล้ายกันในโฮมเมลซึ่งเกิดขึ้นในเวลาเดียวกัน คือวันที่ 20 มิถุนายน ค.ศ. 1648 เมียร์ เมชเบรชิน รายงานว่ามีรับบีหลายคนกระตุ้นให้ผู้คนยอมจำนนและไม่เปลี่ยนศาสนา และพวกเขาทั้งหมดถูกสังหาร แต่เหตุการณ์นี้ก็เป็นที่สงสัยเช่นกัน

ในเดือนกันยายน กองทัพของขุนนางประสบความพ่ายแพ้อย่างหนักในยุทธการที่ปิลิอาฟซีทำให้ไม่มีกำลังสำคัญเหลืออยู่เพื่อต่อต้านคเมลนิตสกี จนกระทั่งถึงกรุงวอร์ซอ คเมลนิตสกีจึงรุกคืบไปยังลวีฟและซามอชในลวีฟ ชาวเมืองได้รับข้อเสนอให้ขับไล่ชาวยิวออกไปเพื่อแลกกับการยกเลิกการปิดล้อม แต่พวกเขาปฏิเสธ เช่นเดียวกับในเมืองอื่นๆ ชาวยิวได้เข้าร่วมในการป้องกันเมือง ในปลายเดือนพฤศจิกายน ด้วยความกลัวว่าการสู้รบจะยืดเยื้อในฤดูหนาว และหลังจากที่กษัตริย์องค์ใหม่แห่งโปแลนด์-ลิทัวเนียได้เสนอสัมปทานมากมายให้แก่เขา คเมลนิตสกีจึงถอยทัพไปยังเคียฟ

การสู้รบปะทุขึ้นอีกครั้งในปลายเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1649 และดำเนินต่อไปอย่างไม่ต่อเนื่องเป็นเวลาหลายปี การสังหารหมู่ครั้งใหญ่เกิดขึ้นกับชาวยิวในยูเครนและบางส่วนของเบลารุสที่ตกอยู่ในมือของกลุ่มกบฏ จำนวนผู้คนที่เปลี่ยนไปนับถือศาสนาคริสต์มีมากพอที่ในวันที่ 2 พฤษภาคม ค.ศ. 1650 พระเจ้าแยน คาซิเมียร์ทรงออกพระราชกฤษฎีกาพิเศษอนุญาตให้ทุกคนที่ประสงค์จะกลับไปนับถือศาสนายูดายได้ อย่างไรก็ตาม ท่ามกลางความวุ่นวายนี้ หลายคนยังคงยึดมั่นในศาสนาใหม่ของตนแม้หลังจากบ้านเรือนของพวกเขาถูกปล้นสะดมโดยทหารผู้ภักดีของพระมหากษัตริย์

ชาวรูเธเนียจำนวนมากถูกชาวตาตาร์จับตัวไป ในหมู่ชาวยิวมีความคิดว่าชาวตาตาร์สนใจชาวยิวทุกคนเพื่อขายในตลาดค้าทาส อย่างไรก็ตาม พวกเขามักต้องการเฉพาะทาสที่มีราคาคุ้มค่า ซึ่งได้แก่ หญิงสาว ชายวัยทำงาน และเด็ก มีหลายกรณีที่ชาวรูเธเนียปฏิเสธการขายทาสที่ไม่ตรงตามเกณฑ์เหล่านี้ นอกจากนี้ยังมีรายงานว่าผู้สูงอายุและทาสที่ไม่เป็นที่ต้องการอื่นๆ ถูกแยกออกจากเชลยและเผาทั้งเป็นเพื่อไม่ให้เป็นภาระแก่ขบวนคาราวาน

อย่างไรก็ตาม ชาวตาตาร์ไม่ได้มีส่วนร่วมในการสังหารหมู่ที่ทุลชินและเนมีริฟ การกระทำเหล่านั้นเป็นฝีมือของครีโวนิส ส่วนพวกคอสแซ็กเองก็ไม่ได้จับคนไปเป็นทาส แต่กลับฆ่าคนที่ตกอยู่ในมือของพวกเขา ชุมชนชาวยิวได้ร่วมมือกันเพื่อไถ่ถอนทาสชาวยิว ซึ่งส่วนใหญ่อยู่ในตลาดขนาดใหญ่ในคอนสแตนติโนเปิล มีการบริจาคเงินจำนวนมากจากทั่วโลกของชาวยิว สภาสี่แผ่นดินได้เรียกเก็บภาษีพิเศษในพื้นที่ที่ไม่ได้รับผลกระทบจากการก่อจลาจล ชาวคาราอิตในเมืองหลวงของจักรวรรดิออตโตมันได้ระดมเงินบริจาค และความช่วยเหลือหลักมาจากบริษัทไถ่ถอนทาสในเวนิส ซึ่งมีผู้แทนเดินทางไปไกลถึงฮัมบูร์กและอัมสเตอร์ดัมเพื่อขอความช่วยเหลือ ด้วยเงินทุนเหล่านี้และผู้แทนอย่างเป็นทางการ ชุมชนคอนสแตนติโนเปิลได้ไถ่ถอนผู้คน 1,500 คนภายในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1651 โดยแลกเปลี่ยนเป็นเงินจำนวน 150,000 เรียลสเปน จากนั้นจำนวนผู้ได้รับการไถ่ถอนก็ลดลง และโดยรวมแล้วมีผู้ได้รับการไถ่ถอน 2,000 คนในปี 1648 บางส่วนถูกส่งไปยังตลาดที่อยู่ห่างไกล เช่น เปอร์เซียและแอลเจียร์

จำนวนเหยื่อชาวยิวถูกประเมินว่ามีจำนวนมาก ซามูเอล เบน-นาธาน ไฟเดล ในหนังสือของเขาเมื่อปี ค.ศ. 1650 นับชุมชนที่ถูกทำลายได้ 281 แห่ง และอ้างว่าชาวยิวถูกฆ่าไปหกแสนคน ในขณะที่ชาคห์บันทึกไว้ว่ามีเพียงหนึ่งพันคน เมนาเช เบน อิสราเอล เขียนถึงโอลิเวอร์ ครอมเวลล์ว่ามีหนึ่งแสนแปดหมื่นคน แม้ว่าในศตวรรษที่ 20 ไอแซค ชิเฟอร์จะประเมินว่ามีผู้เสียชีวิตหรือถูกจับเป็นเชลยสามแสนคนระหว่างปี ค.ศ. 1648 ถึง 1655 งานวิจัยสมัยใหม่ได้ลดประมาณการจำนวนเหยื่อของการสังหารหมู่ลงอย่างมาก ศาสตราจารย์ชามูเอล เอททิงเกอร์ ประเมินประชากรชาวยิวทั้งหมดในยูเครนในปี ค.ศ. 1648 ไว้ที่ 51,325 คน โดยอิงจากเอกสารในยุคนั้น ศาสตราจารย์ชาอูล สแตมป์เฟอร์ อ้างว่ามี 40,000 คน โดยระบุว่า " อย่างมากที่สุด 50% (20,000 คน) และอาจน้อยกว่านั้นมาก " เมื่อเทียบกับผู้ที่เสียชีวิตเมื่อการก่อจลาจลปะทุขึ้นในปี ค.ศ. 1648

มีหลักฐานจำกัดเกี่ยวกับการเสียชีวิตของชาวยิวเพื่อการพลีชีพเพื่อพระนามของพระเจ้า ( al kiddush Hashem ) ในช่วงการสังหารหมู่ที่ Khmelnytsky ซึ่งแตกต่างจากคำให้การมากมายจาก การสังหารหมู่ในแคว้นไรน์แลนด์ (ที่รู้จักในภาษาฮีบรูว่า Gezerot Tatnu) ซึ่งเกิดขึ้นประมาณ 500 ปีก่อนหน้านั้น นักวิชาการได้เสนอคำอธิบายต่างๆ สำหรับความแตกต่างนี้Jacob Katzโต้แย้งว่าทัศนคติทางฮาลาคาห์ (กฎหมาย) ของชาวยิวได้เปลี่ยนแปลงไป ในขณะที่ในช่วง Gezerot Tatnu การพลีชีพได้รับการยกย่องและแม้กระทั่งเป็นอุดมคติ แต่เมื่อถึงช่วงการสังหารหมู่ที่ Khmelnytsky ความคิดทางฮาลาคาห์ได้ตีความkiddush Hashemใหม่ในแง่ของจิตวิญญาณและสัญลักษณ์มากกว่าที่จะเป็นข้อบังคับทางกายภาพ ในทางตรงกันข้าม Edward Fram โต้แย้งว่าวิวัฒนาการทางฮาลาคาห์ไม่ใช่ปัจจัยชี้ขาด แต่เขาเน้นย้ำถึงลักษณะที่แตกต่างกันของการกดขี่ข่มเหง: การสังหารหมู่ครั้งก่อนๆ มีแรงจูงใจทางศาสนา และชาวยิวสามารถช่วยตัวเองได้โดยการเปลี่ยนไปนับถือศาสนาคริสต์ ซึ่งทำให้การพลีชีพกลายเป็นทางเลือกทางศาสนาโดยตั้งใจ อย่างไรก็ตาม การสังหารหมู่ที่ Khmelnytsky มีแรงผลักดันหลักมาจากความไม่สงบทางการเมืองและสังคม และการเปลี่ยนศาสนาโดยทั่วไปไม่ได้ถูกนำเสนอเป็นทางเลือก ดังนั้น กรณีที่ชาวยิวถูกบังคับให้เลือกระหว่างการเปลี่ยนศาสนากับความตายจึงเกิดขึ้นได้ยาก และด้วยเหตุนี้จึงมีบันทึกกรณีการพลีชีพในช่วงเวลานี้น้อยกว่า^{[ 3 ]}

ในปี ค.ศ. 1654 จักรวรรดิรัสเซียได้มอบอำนาจปกครองให้แก่คเมลนิตสกี และกองทัพของพวกเขาร่วมกันบุกเข้ายึดเครือรัฐโปแลนด์-ลิทัวเนีย ทั้งในยูเครนและทางเหนือ ในเบลารุสและลิทัวเนีย ต้นเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1655 วิลนีอุสตกอยู่ในมือของผู้ยึดครอง และมีการสังหารหมู่เกิดขึ้น แม้ว่ารายงานจะแสดงให้เห็นว่าชาวยิวส่วนใหญ่สามารถหลบหนีไปได้ทันเวลา ในเดือนตุลาคมลูบลินถูกยึดครอง ซึ่งบันทึกทางประวัติศาสตร์ระบุว่ามีชาวยิวประมาณ 2,000 คนถูกสังหาร นี่เป็นความหายนะครั้งใหญ่ที่สุดของการรบครั้งใหม่ นักประวัติศาสตร์ดอฟ ไวน์รีบ อ้างอิงจากทั้งบันทึกของโปแลนด์และรายงานส่วนตัว ระบุว่าจำนวนที่ถูกต้องน่าจะเป็นเพียงไม่กี่ร้อยคนเท่านั้น ชาวรัสเซียยังจับเชลยศึกจำนวนมาก และคลื่นทาสชาวยิวระลอกใหม่ได้เข้าสู่ตลาดในปี ค.ศ. 1665 และ 1656 อีกครั้งหนึ่ง ความพยายามครั้งใหญ่จึงเริ่มต้นขึ้นเพื่อระดมทุนเพื่อไถ่ถอนพวกเขา

ในฤดูร้อนปี ค.ศ. 1655 ศัตรูใหม่ของสาธารณรัฐคือจักรวรรดิสวีเดนภายใต้การนำของพระเจ้าคาร์ล กุสตาฟ ได้รุกรานเข้ามา สงครามครั้งนี้เป็นสงครามที่สร้างความเสียหายมากที่สุดในบรรดาสงครามทั้งหมดระหว่างโปแลนด์และลิทัวเนีย ยังคงมีการประเมินว่าสร้างความเสียหายมากกว่าสงครามโลกครั้งที่สองในแง่ของความเสียหายที่เกิดขึ้นกับประเทศ ในสิ่งที่ต่อมาเรียกว่า "น้ำท่วมสวีเดน" พื้นที่ที่ร่ำรวยและมีประชากรหนาแน่นที่สุดของโปแลนด์ถูกทำลายอย่างสิ้นเชิง สถานการณ์ดังกล่าวทำให้เกิดความอดอยากอย่างรุนแรงในปีนั้น รายงานของชาวยิวบรรยายว่าผู้รุกรานเห็นอกเห็นใจพวกเขา แม้ว่าพวกเขาจะไม่ได้ดำเนินการใดๆ เป็นพิเศษกับชาวยิว ยกเว้นการสังหารหมู่ แต่ชาวยิวจำนวนมากพร้อมกับประชาชนส่วนที่เหลือก็เสียชีวิตจากความอดอยาก โรคระบาด และคมดาบ ตัวอย่างเช่น ย่านชาวยิวคาซิเมียร์ในเมืองคราคอฟถูกทำลายอย่างสิ้นเชิงจากการปิดล้อมเมืองในเดือนกันยายน-ตุลาคม ค.ศ. 1655 และผู้รอดชีวิตได้หนีไปยังโบฮีเมียและโมราเวีย

เครือรัฐโปแลนด์-ลิทัวเนียกำลังใกล้ล่มสลาย: ขุนนางหลายคนเชื่อว่าคาร์ล กุสตาฟจะช่วยเหลือพวกเขา และเปลี่ยนข้างพร้อมกับกองทัพของตน มหาเศรษฐี ยานุส ราดซิวิล ได้สาบานตนจงรักภักดีเพื่อแลกกับการคุ้มครองจากรัสเซีย และแยกตัวลิทัวเนียออกจากเครือรัฐโปแลนด์-ลิทัวเนีย

แต่สถานการณ์พลิกผันจากการสังหารหมู่และการปล้นสะดมของชาวสวีเดน โดยเฉพาะอย่างยิ่งจากการตื่นตัวของกระแสความเชื่อคาทอลิกด้วยการป้องกันอาราม Jasna Góraแห่งCzęstochowa ได้สำเร็จ ตระกูล Piłsudski (ตระกูลขุนนางที่มีต้นกำเนิดในแกรนด์ดัชชีลิทัวเนียและมีชื่อเสียงมากขึ้นภายใต้เครือจักรภพโปแลนด์-ลิทัวเนียและสาธารณรัฐโปแลนด์ที่สอง) เริ่มไม่พอใจกษัตริย์สวีเดนที่ละเลยกิจการของพวกเขา และส่วนใหญ่จึงหันกลับไปจงรักภักดีต่อ Jan Kazimierz ประชาชนจำนวนมากและขุนนางชั้นรอง นำโดย Hetman Stefan Czernieckiได้เปิดฉากสงครามกองโจรต่อต้านผู้พิชิตชาวลูเทอร์ ในฤดูใบไม้ร่วงปี 1656 ซาร์ทรงประเมินว่าสวีเดนอาจแข็งแกร่งเกินไป จึงเริ่มให้การสนับสนุนกษัตริย์แห่งโปแลนด์

กลุ่มกบฏซึ่งได้รับแรงผลักดันจากการทรยศของราดซิวิล ผู้เป็นพวกคาลวินิสต์ ได้ก่อการกบฏในสิ่งที่พวกเขามองว่าเป็นสงครามเพื่อปกป้องศาสนจักรคาทอลิก พวกลูเธอรัน คาลวินิสต์ นีโอ-อารยัน ออร์โธดอกซ์ และชาวยิว ต่างถูกตราหน้าว่าเป็นศัตรูและถูกสงสัยว่าร่วมมือกับชาวสวีเดน กองกำลังติดอาวุธต่างๆ และกองกำลังของพระมหากษัตริย์ได้สังหารหมู่พวกเขาอย่างต่อเนื่อง เมื่อวันที่ 22 มกราคม ค.ศ. 1656 พระมหากษัตริย์ได้ยึดซากปราสาทคาซิเมียร์และมอบทรัพย์สินที่ปล้นมาได้ทั้งหมดให้แก่กองทัพ หลังจากประกาศว่าชาวยิวร่วมมือกับศัตรู ในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1656 ตามบันทึกระบุว่า เชอร์นีเอคกีได้สังหารชาวยิว 600 คน เมื่อเขายึดปราสาทซานโดเมียร์ได้ สำเร็จ

โปแลนด์ ลิทัวเนีย และสวีเดนลงนามในข้อตกลงสันติภาพในปี 1660 และการสู้รบระหว่างเครือรัฐโปแลนด์-ลิทัวเนียกับมอสโกก็ปะทุขึ้นอีกครั้ง การสู้รบดำเนินต่อไปในขอบเขตที่ค่อนข้างจำกัด จนกระทั่งมีการลงนามในข้อตกลงหยุดยิงอันดรูโซโวในปี 1667 ซึ่งนำความสงบสุขมาสู่ราชอาณาจักรเป็นครั้งแรกในรอบ 19 ปี ชุมชนชาวยิวในลิทัวเนียจ่ายเงินจำนวนมากเพื่อรวมข้อกำหนดในสัญญาที่อนุญาตให้นักโทษชาวยิวทุกคนในรัสเซีย ยกเว้นผู้ที่เปลี่ยนศาสนาและผู้หญิงที่แต่งงานแล้ว สามารถกลับบ้านได้

นักประวัติศาสตร์ Dov Weinryb เขียนว่า จากบันทึกเกี่ยวกับขนาดของชุมชนชาวยิวในช่วงทศวรรษ 1970 และ 1980 ซึ่งรวมกับข้อมูลอื่นๆ ที่บ่งชี้ว่าหลายคนรอดชีวิตมาได้ด้วยการเปลี่ยนศาสนาหรือการอพยพ "การประมาณการที่สมเหตุสมผล" ของชาวยิวทั้งหมดที่ถูกฆ่าตาย ไม่ว่าจะด้วยดาบ ด้วยทุกฝ่าย และด้วยโรคระบาดและภาวะอดอยาก ในช่วงเวลาที่วุ่นวายซึ่งเกิดขึ้นในโปแลนด์ตั้งแต่ปี 1648 ถึง 1677 "น่าจะอยู่ระหว่าง 40,000 ถึง 50,000 คน แม้ว่านักประวัติศาสตร์จะชี้ให้เห็นถึงการประมาณการที่สูงกว่ามาก ซึ่งสูงพอที่จะรวมถึงระหว่างหนึ่งในห้าถึงหนึ่งในสี่ของประชากรชาวยิวในโปแลนด์และลิทัวเนียก่อนการลุกฮือ"

ความโกลาหลในโปแลนด์ที่เกิดขึ้นหลังจากการสังหารหมู่ ทำให้ผู้นำชุมชนและรับบีของพวกเขาต้องดำเนินการเพื่อช่วยเหลือผู้ลี้ภัย ทั้งในด้านความช่วยเหลือทางวัตถุและการอภิปรายทางศาสนาเพื่ออนุญาตให้ผู้หญิงที่ถือว่าเป็นอากูนาห์ (หญิงที่สูญเสียสามี) สามารถแต่งงานใหม่ได้ ปัญหาของผู้หญิงที่สูญเสียสามีได้แพร่ไปถึงศาลในชุมชนห่างไกลที่ซึ่งเชลยได้รับการไถ่ตัวและต้องการแต่งงานใหม่ ในกรุงไคโร ในกรณีที่กล่าวถึงใน "ดิฟเรย์ โนอัม" กลุ่มผู้หญิงได้ส่งผู้ส่งสารไปยังโปแลนด์และผู้ส่งสารกลับมาพร้อมกับเอกสารการหย่าร้างจากสามีของพวกเธอทุกคน

คนรุ่นที่อาศัยอยู่ในช่วงเวลานั้นถกเถียงกันว่าการสังหารหมู่เป็นส่วนหนึ่งของแผนการอันศักดิ์สิทธิ์หรือไม่ ไม่ว่าจะเป็นการหลั่งเลือดเพื่อล้างบาปของวงศ์วานอิสราเอล หรือเป็นการลงโทษจากพระเจ้า หลายคนเลือกที่จะเชื่ออย่างแรก แต่มีเอกสารเผยแพร่ในยุโรปที่กล่าวโทษชาวยิวโปแลนด์ว่ากระทำบาปต่างๆ เช่น การให้กู้ยืมเงินโดยคิดดอกเบี้ยสูง การแจกจ่ายหนังสือคาบาลาห์ให้แก่ประชาชน การเลี้ยงหมูให้แก่คนที่ไม่ใช่ชาวยิว การไร้ระเบียบ และอื่นๆ การอพยพครั้งใหญ่ไปยังตะวันตกยังนำไปสู่การเติบโตของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ในฐานะศูนย์กลางสำคัญของคัมภีร์โทราห์ หลังจากที่ตกอยู่ภายใต้เงาของเพื่อนบ้านทางตะวันออกมานานหลายปี

ในอดีต นักวิจัยมักเชื่อมโยงเหตุการณ์สังหารหมู่ชาวยิวว่าเป็นตัวเร่งให้เกิดลัทธิซับบาเทียน ขึ้น ซาราห์ ภรรยาของชับไต ซวีก็กลายเป็นเด็กกำพร้าในช่วงเหตุการณ์นั้นเช่นกัน แม้ว่าข้อกล่าวอ้างนี้จะหมดความน่าเชื่อถือไปตามกาลเวลา แต่อิสราเอล ฮัลเปอร์น เชื่อว่าความพยายามในการระดมทุนเพื่อไถ่ตัวเชลยทั่วทั้งทวีปได้เร่งให้ข่าวร้ายเกี่ยวกับเหตุการณ์ดังกล่าวแพร่กระจายไปยังชาวดิแอสปอราทั้งหมด และมีบทบาทสำคัญอย่างยิ่ง

เพื่อเป็นการระลึกถึงช่วงเวลาแห่งความโศกเศร้าอย่างหนัก เหล่ารับบีจึงสั่งห้ามจัดงานเลี้ยงและแต่งกายแฟนซี ห้ามสวมใส่ผ้าไหมและกำมะหยี่เป็นเวลาสามปี ห้ามผู้หญิงสวมสร้อยคอทองคำและอัญมณีเป็นเวลาสามปี ห้ามร้องเพลงแห่งความยินดีเป็นเวลาหนึ่งปี ยกเว้นในพิธีแต่งงาน และผู้นำของแต่ละชุมชนมีอำนาจในการขยายระยะเวลาการห้ามเหล่านี้ออกไปได้อีกหลายปี

ในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1650 สภาสี่แผ่นดินได้ประชุมกันที่ลูบลิน และประกาศว่าวันรำลึกถึงการลงโทษที่บลัวส์และวันที่เนมีริฟล่มสลายคือวันที่ 10 มิถุนายน ค.ศ. 1648 ( วันที่ 20 ของเดือนสิวาน - วันในปฏิทินยิว) เพื่อระลึกถึงผู้เสียชีวิต บทไว้อาลัยและคำอธิษฐานพิเศษถูกแต่งขึ้นเพื่อใช้ในวันนั้น ต่อมารับบี ยอมทอฟ ลิปมัน เฮลเลอร์ได้แก้ไขบทไว้อาลัย"เอลลา เอเซคารา ในน้ำตาที่สาม"สำหรับผู้ที่เสียชีวิต นอกจากนี้ ยังมีการแต่งคำอธิษฐาน" เอล มาเล ราชามิม " (คำอธิษฐานของชาวยิวสำหรับวิญญาณของผู้ที่เสียชีวิต ซึ่งมักจะสวดที่หลุมฝังศพระหว่างพิธีฝังศพและในพิธีรำลึกตลอดทั้งปี) ในหลายเวอร์ชัน เพื่อใช้สวดในวันที่ 20 ของเดือนสิวาน วันยมคิปปูร์ วันสะบาโตก่อนเทศกาลชาโวออต และวันชาบัต ชาซอน

ถึงแม้จะมีข้อผิดพลาดมากมาย แต่" เหวแห่งความสิ้นหวัง "ก็กลายเป็นความทรงจำทางประวัติศาสตร์เนื่องจากคุณภาพงานเขียนของฮันโนเวอร์ที่ยอดเยี่ยม หนังสือเล่มนี้ได้รับการตีพิมพ์มากกว่ายี่สิบฉบับในหลายภาษา และยังคงเป็นแหล่งข้อมูลสำคัญจนถึงศตวรรษที่ 20 การสังหารหมู่ในปี 1648 ถูกกล่าวถึงในงานวรรณกรรมหลายชิ้นในภาษาฮีบรู ที่โด่งดังที่สุด ได้แก่"ทาส"โดยไอแซค บาเชวิส ซิงเกอร์, " ชาวนาซาเร็ธ"โดยชาลอม แอช, "เมืองที่สมบูรณ์"โดย เอส.วาย. อักนอน และบทเพลง"ธิดาของรับบี"โดยชาอูล เชอร์นิคอฟสกี