หลังจากที่ชาร์ลส์ ดาร์วินเสนอ ทฤษฎีการคัดเลือกโดยธรรมชาติในปี 1838 การพัฒนาทฤษฎีของดาร์วินเพื่ออธิบาย "ปริศนาแห่งปริศนา" เกี่ยวกับการ กำเนิดของ สิ่งมีชีวิตสายพันธุ์ ใหม่ กลายเป็น "งานอดิเรกหลัก" ของเขาควบคู่ไปกับงานหลักคือการตีพิมพ์ผลการวิจัยทางวิทยาศาสตร์จากการเดินทางของเรือบีเกิล เขาเริ่มใช้ชีวิตแต่งงานอย่างมีความสุข แต่ก็เจ็บป่วยเป็นระยะ และหลังจากที่ลูกคนแรกเกิด ครอบครัวจึงย้ายไปอยู่ที่ บ้านดาวน์เฮาส์ในชนบทเพื่อเป็นบ้านพักของครอบครัวให้ห่างจากความกดดันของลอนดอน

การตีพิมพ์ บันทึกและข้อสังเกตของเขาในปี 1839 (ปัจจุบันรู้จักกันในชื่อการเดินทางของเรือบีเกิล ) ทำให้เขาประสบความสำเร็จในฐานะนักเขียน และในปี 1842 เขาได้ตีพิมพ์หนังสือวิทยาศาสตร์เล่มแรกที่สำคัญของเขาคือโครงสร้างและการกระจายตัวของแนวปะการังซึ่งนำเสนอทฤษฎีการก่อตัวของแนวปะการังวงแหวน เขาได้เขียนร่างแนวคิดพื้นฐานเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ซึ่งเขาได้ขยายความเพิ่มเติมเป็น "บทความ" ในปี 1844 และได้อภิปรายทฤษฎีของเขากับเพื่อนๆ รวมถึงทำการทดลองและการวิจัยอย่างกว้างขวางต่อไป ในปีเดียวกันนั้นเอง หนังสือที่ไม่ระบุชื่อผู้ เขียนเรื่อง ร่องรอยของประวัติศาสตร์ธรรมชาติแห่งการสร้างสรรค์ได้ดึงดูดความสนใจของสาธารณชนในวงกว้างเกี่ยวกับแนวคิดวิวัฒนาการ แต่ก็แสดงให้เห็นถึงความจำเป็นของหลักฐานที่น่าเชื่อถือเพื่อให้ได้รับการยอมรับทางวิทยาศาสตร์เกี่ยวกับวิวัฒนาการด้วย

ในปี ค.ศ. 1846 เขาเขียนหนังสือธรณีวิทยาเล่มที่สามเสร็จ และเปลี่ยนจากการดูแลการตีพิมพ์รายงานผู้เชี่ยวชาญเกี่ยวกับผลการค้นพบจากการเดินทางสำรวจ มาเป็นการตรวจสอบ ตัวอย่าง เพรียงด้วยตนเอง งานวิจัยนี้กินเวลานานถึงแปดปี โดยใช้ทฤษฎีของเขาในการค้นหาความสัมพันธ์ที่ไม่เคยมีใครรู้มาก่อนระหว่างเพรียงหลายชนิด และสร้างความเชี่ยวชาญในฐานะนักชีววิทยา ศรัทธาในศาสนาคริสต์ของเขาลดลง และเขาเลิกไปโบสถ์ ในปี ค.ศ. 1851 ลูกสาวสุดที่รักของเขาป่วยหนักและเสียชีวิต ในปี ค.ศ. 1854 เขาจึงกลับมาทำงานวิจัยเกี่ยวกับเรื่องชนิดของสิ่งมีชีวิตอีกครั้ง ซึ่งนำไปสู่การตีพิมพ์ทฤษฎีของดาร์วินใน ที่สุด

ชาร์ลส์ ดาร์วินกลายเป็นนักธรรมชาติวิทยาในช่วงเวลาที่ทฤษฎีการเปลี่ยนแปลงทางชีวภาพกำลังถูกพัฒนาขึ้นเพื่ออธิบายความไม่สอดคล้องกันในคำอธิบายเกี่ยวกับสายพันธุ์ต่างๆ ที่อิงตามความเชื่อ ดั้งเดิม เขาได้พิจารณาปัญหาเหล่านี้ด้วยตนเองในระหว่างการสำรวจโดยเรือบีเกิลเมื่อเรือกลับมาในปี 1836 แนวคิดของเขาก็พัฒนาอย่างรวดเร็ว การเก็บรวบรวมและการเขียนของเขาทำให้เขากลายเป็นนักธรณีวิทยาและนักสะสมที่มีชื่อเสียง

ดาร์วินอ่านเรียงความเรื่องหลักการของประชากรของมัลทัส ในบริบทของการค้นพบเกี่ยวกับสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องกับสถานที่ การสอบสวนเกี่ยวกับการผสมพันธุ์สัตว์ และแนวคิดของ "กฎแห่งความกลมกลืน" ตามธรรมชาติ ประมาณปลายเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1838 เขาเปรียบเทียบการคัดเลือกพันธุ์สัตว์กับการคัดเลือกโดยธรรมชาติแบบมัลทัสจากตัวแปรที่เกิดขึ้นโดย "โอกาส" เพื่อให้ "ทุกส่วนของโครงสร้างที่ได้มาใหม่นั้นใช้งานได้จริงและสมบูรณ์แบบ" ^{[ 1 ]}โดยคิดว่านี่เป็น "ส่วนที่สวยงามของทฤษฎีของฉัน" ^{[ 2 ]}เกี่ยวกับกำเนิดของสายพันธุ์

ทฤษฎีของเขาเกี่ยวกับการกำเนิดของสิ่งมีชีวิตนั้นเริ่มเป็นรูปเป็นร่างในเชิงหลักการแล้ว แต่เขาก็รู้ดีถึงความยากลำบากที่เขาจะต้องเผชิญในการทำให้เพื่อนและเพื่อนร่วมงานในวงการวิทยาศาสตร์ยอมรับทฤษฎีนี้ เมื่อวันที่ 19 ธันวาคม ค.ศ. 1838 ในฐานะเลขานุการของสมาคมธรณีวิทยาแห่งลอนดอนดาร์วินได้เห็นการสอบสวนอย่างโหดร้ายโดยริชาร์ด โอเวน และพันธมิตรของเขาต่อ โรเบิร์ต เอ็ดมันด์ แกรนต์อาจารย์เก่าของดาร์วินซึ่งพวกเขาเยาะเย้ยทฤษฎีนอกรีตของลามาร์คของแกรนต์ แสดงให้เห็นถึงความไม่ยอมรับของวงการต่อทฤษฎีวัตถุนิยม

ในปี ค.ศ. 1839 หลังจากแต่งงานกับเอ็มมาและตั้งรกรากอยู่ในลอนดอน ดาร์วินยังคงมองหาข้อมูลจากชนบทและเริ่มเขียน สมุดบันทึก คำถามและการทดลองโดยรวบรวมแนวคิดที่อาจดูธรรมดาอย่างน่าประหลาดสำหรับนักวิทยาศาสตร์ "เชิงปรัชญา" ในสมัยนั้น เขาพิมพ์คำถามเกี่ยวกับการผสมพันธุ์สัตว์และส่งไปยังเกษตรกรผู้มีฐานะดี เพื่อขอข้อมูลเกี่ยวกับการเลี้ยงสัตว์จากผู้ดูแลเรือนเพาะชำและผู้ดูแลสัตว์ป่า เกี่ยวกับวิธีการผสมพันธุ์หรือคัดเลือกสายพันธุ์ มีเพียงสามคนที่ตอบกลับมา หนึ่งในนั้นพบว่าคำถามนั้นยากเกินกว่าจะตอบได้ เขาเห็นด้วยกับนักพฤกษศาสตร์ชาวสวิสที่มาเยี่ยมเยือนอัลฟองส์ เดอ คานดอลล์ซึ่งบิดาของเขาออกัสตินเคยใช้แนวคิดเรื่อง "สงครามของธรรมชาติ" ^{[ 3 ] [ 4 ]}อย่างไรก็ตาม เมื่อเขาพยายามอธิบายทฤษฎีของเขาให้เฮนสลีย์ เวดจ์วูดฟัง ลูกพี่ลูกน้องของเขา "ดูเหมือนจะคิดว่ามันไร้สาระ... ที่เสือกระโดดไปอีกนิ้วหนึ่งจะกำหนดความอยู่รอดของมัน"

การตีพิมพ์ บันทึกและข้อสังเกตของดาร์วิน(การเดินทางของเรือบีเกิล) ในเดือนพฤษภาคม ทำให้เกิดบทวิจารณ์ที่กล่าวหาว่าเขาเน้นการตั้งทฤษฎีมากกว่าการปล่อยให้ข้อเท็จจริงเป็นเครื่องพิสูจน์ เขาจึงหันไปให้ความสนใจกับการขยายการวิจัยและทฤษฎีเกี่ยวกับการก่อตัวของแนวปะการัง ซึ่งเป็นส่วนแรกของหนังสือเกี่ยวกับธรณีวิทยาที่เขาวางแผนไว้

ในเดือนธันวาคม ขณะที่เอ็มมาตั้งครรภ์ครั้งแรก ชาร์ลส์ก็ล้มป่วยและทำงานได้ไม่มากนักในปีต่อมา อย่างไรก็ตาม เขาได้รับตำแหน่งในสภาของสมาคมภูมิศาสตร์ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1840 ในปี ค.ศ. 1841 เขาสามารถทำงานได้เป็นช่วงสั้นๆ สองสามวันต่อสัปดาห์ และได้เขียนบทความเกี่ยวกับหินและเศษซากที่ถูกพัดพาไปโดยแผ่นน้ำแข็ง แต่สภาพของเขาก็ไม่ดีขึ้น หลังจากปรึกษากับบิดาแล้ว เขาเริ่มมองหาบ้านในชนบทเพื่อหลีกหนีจากเมืองที่กำลังประสบกับภาวะเศรษฐกิจตกต่ำและความไม่สงบภายในประเทศ โอเวนเป็นหนึ่งในเพื่อนนักวิทยาศาสตร์ไม่กี่คนที่มาเยี่ยมดาร์วินในช่วงเวลานั้น แต่การที่โอเวนคัดค้านข้อบ่งชี้ใดๆ เกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงสสาร ทำให้ดาร์วินต้องเก็บทฤษฎีของเขาไว้เป็นความลับ

ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2385 ดาร์วินได้ส่งคำอธิบายเบื้องต้นเกี่ยวกับแนวคิดของเขาในจดหมายถึงไลเอลซึ่งขณะนั้นกำลังท่องเที่ยวอยู่ในอเมริกา ไลเอลรู้สึกผิดหวังที่พันธมิตรเก่าของเขาได้กลายเป็นผู้เชื่อในทฤษฎีการเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ โดยตั้งข้อสังเกตว่าดาร์วิน "ปฏิเสธที่จะเห็นจุดเริ่มต้นของแต่ละสายพันธุ์" ^{[ 5 ]}

หนังสือของดาร์วิน เรื่อง "โครงสร้างและการกระจายตัวของแนวปะการัง"เกี่ยวกับทฤษฎีการก่อตัวของอะทอลล์ได้รับการตีพิมพ์ในเดือนพฤษภาคม หลังจากการทำงานมากกว่าสามปี โดยมีภาคที่ 4: ปลาและสัตววิทยาของการเดินทางของเรือเอชเอ็มเอส บีเกิลตามมาตีพิมพ์ด้วย อาการป่วยยังคงเป็นปัญหาต่อเนื่อง และเขาและเอ็มมาจึงออกจากลอนดอนในวันที่ 18 พฤษภาคม ไปเยี่ยมพ่อแม่ของเธอที่แมร์ฮอลล์ก่อนจะย้ายไปชรูว์สเบอรีในวันที่ 15 มิถุนายน เพื่อพักผ่อนและหาความสงบ ดาร์วิน "อนุญาตให้ตัวเองได้เขียนบทสรุปสั้นๆ เกี่ยวกับทฤษฎีของเขาด้วยดินสอใน 35 หน้า" ซึ่งเป็น "ภาพร่างด้วยดินสอ" ของทฤษฎีของเขา บทสรุปนี้กล่าวถึงเกษตรกรที่เพาะพันธุ์สัตว์ ให้การเปรียบเทียบเรื่องประชากรล้นเกินและการแข่งขันที่นำไปสู่ ​​"การคัดเลือกโดยธรรมชาติ" ผ่าน "สงครามแห่งธรรมชาติ" และกลไกของการสืบเชื้อสายสิ่งมีชีวิตทุกชนิดมีความสัมพันธ์กันในลำดับวงศ์ตระกูลแบบแตกแขนง ไม่ใช่การไต่บันไดแบบลามาร์ค และลำดับวงศ์ตระกูลนี้เป็นพื้นฐานที่เหมาะสมสำหรับการจำแนกประเภท^{[ 6 ]}เขาคิดว่าการโต้แย้งว่าพระเจ้าสร้างปรสิตและหนอนทุกชนิดตามอำเภอใจเป็นเรื่อง "ดูหมิ่น" ^{[ 7 ]}รูปแบบคร่าวๆ ของถ้อยคำและแนวคิดที่เขาตีพิมพ์ในอีก 17 ปีต่อมาในย่อหน้าสุดท้ายของหนังสือOn the Origin of Speciesสามารถเห็นได้ในข้อสรุปของเขาในฉบับร่างแรกนี้:

จากความตาย ความอดอยาก การปล้นสะดม และสงครามที่ซ่อนเร้นของธรรมชาติ เราจะเห็นได้ว่าสิ่งที่ดีที่สุดที่เราสามารถนึกถึงได้ นั่นคือการสร้างสัตว์ชั้นสูงนั้น เกิดขึ้นโดยตรงแล้ว ไม่ต้องสงสัยเลยว่าในตอนแรกมันเกินกว่าความสามารถอันต่ำต้อยของเราที่จะนึกถึงกฎเกณฑ์ที่สามารถสร้างสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิด ซึ่งแต่ละชนิดมีลักษณะเฉพาะด้วยฝีมืออันประณีตและการปรับตัวที่กว้างขวาง การคิดว่าแต่ละสิ่งต้องอาศัยพระบัญชาของพระผู้สร้างนั้น สอดคล้องกับความถ่อมตนและความต่ำต้อยของความสามารถของเรามากกว่า แต่ในขณะเดียวกัน การมีอยู่ของกฎเกณฑ์ดังกล่าวก็ควรจะยกระดับความคิดของเราเกี่ยวกับอำนาจของพระผู้สร้างผู้ทรงรอบรู้ มีความยิ่งใหญ่เรียบง่ายในมุมมองของชีวิตที่มีพลังแห่งการเติบโต การดูดซึม และการสืบพันธุ์ ซึ่งเดิมทีถูกสูดดมเข้าไปในสสารภายใต้รูปแบบหนึ่งหรือสองรูปแบบ และในขณะที่โลกของเราโคจรไปตามกฎที่แน่นอน และแผ่นดินและน้ำในวัฏจักรแห่งการเปลี่ยนแปลงได้เข้ามาแทนที่กัน จากจุดเริ่มต้นที่เรียบง่ายเช่นนี้ ผ่านกระบวนการคัดเลือกอย่างค่อยเป็นค่อยไปของการเปลี่ยนแปลงเล็กน้อย รูปแบบที่สวยงามและน่าอัศจรรย์ที่สุดนับไม่ถ้วนจึงได้วิวัฒนาการขึ้นมา^{[ 8 ]}

พวกเขากลับมายังลอนดอนในวันที่ 18 กรกฎาคม ซึ่งกำลังเกิดความไม่สงบจากกลุ่มชาร์ติสต์และดาร์วินได้คัดลอกและแก้ไข "ภาพร่าง" ของเขาจนแทบอ่านไม่ออก เขาเริ่มมองหาบ้านอีกครั้งและพบบ้านพักของบาทหลวงหลังหนึ่งในหมู่บ้านชนบทดาวน์ในราคาที่ดี การนัดหยุดงานครั้งใหญ่ทำให้เกิดการเดินขบวนประท้วงทั่วลอนดอน แต่ก็ถูกปราบปรามโดยกองทหารเมื่อดาร์วินย้ายเข้ามาอยู่ ในวันที่ 17 กันยายน ค.ศ. 1842 ครอบครัวของเขาย้ายเข้าไปอยู่ในบ้านดาวน์เฮาส์ (ประมาณปี ค.ศ. 1850 หมู่บ้านเปลี่ยนชื่อเป็นดาวน์เพื่อหลีกเลี่ยงความสับสนกับเคาน์ตีดาวน์ในไอร์แลนด์ แต่บ้านยังคงใช้ชื่อเดิม) หลังจากทำการปรับปรุงหลายครั้ง ดาร์วินก็ลงหลักปักฐาน และในปี ค.ศ. 1843 กลับไปเขียนหนังสือVolcanic Islands ของเขาอีก ครั้ง ในเดือนพฤษภาคม เขาเริ่มเขียนบันทึกประจำวันในชนบท (ส่วนใหญ่เป็นเรื่องทางธรณีวิทยา) ที่เขาตั้งชื่อว่าThe General Aspect

เพื่อตอบสนองต่อคำขอของGeorge Robert Waterhouseเกี่ยวกับคำแนะนำในการจำแนกประเภท ดาร์วินตอบว่าการจำแนกประเภทที่ถูกต้องนั้น "ประกอบด้วยการจัดกลุ่มสิ่งมีชีวิตตามความสัมพันธ์ ที่แท้จริง กล่าวคือ ความสัมพันธ์ทางสายเลือด หรือการสืบเชื้อสายมาจากบรรพบุรุษเดียวกัน" ^{[ 9 ]}เขาได้เขียนจดหมายอีกฉบับตามมา โดยแสดงความเชื่อว่า "ลำดับ วงศ์ และสกุลทั้งหมดในหมู่สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมเป็นเพียงคำศัพท์ที่สร้างขึ้นมา ซึ่งมีประโยชน์อย่างมากในการแสดงความสัมพันธ์ของสมาชิกในกลุ่มที่ยังไม่สูญพันธุ์ " ก่อนที่จะขอให้ส่งจดหมายคืนอย่างระมัดระวัง^{[ 10 ]} Waterhouse ได้รับอิทธิพลจาก Owen และในบทความหนึ่งได้โจมตีความเชื่อที่ผิดเพี้ยนเช่นนี้ โดยจัดวางสายพันธุ์ของเขาไว้ในวงกลมเชิงสัญลักษณ์ของระบบ Quinarianไม่ใช่แผนผังลำดับวงศ์ตระกูล^{[ 11 ]}ดาร์วินได้ส่งคำตอบที่เฉียบคมเกี่ยวกับ "วงกลมที่เลวร้าย" เหล่านี้^{[ 12 ]}

ดาร์วินกลายเป็นเพื่อนสนิทของโจเซฟ ดัลตัน ฮุกเกอร์ นักพฤกษศาสตร์ และในวันที่ 11 มกราคม ค.ศ. 1844 เขาได้เขียนจดหมายถึงฮุกเกอร์ด้วยอารมณ์ขันแบบเกินจริงว่า เขา "เกือบจะเชื่อแล้ว (ซึ่งตรงกันข้ามกับความคิดเห็นที่ผมเริ่มต้นไว้) ว่าสายพันธุ์ต่างๆ นั้นไม่ได้ (มันเหมือนกับการสารภาพฆาตกรรม) เปลี่ยนแปลงไม่ได้ ขอพระเจ้าทรงปกป้องผมจากเรื่องไร้สาระของลามาร์คเรื่อง "แนวโน้มที่จะก้าวหน้า" "การปรับตัวจากความตั้งใจอย่างช้าๆ ของสัตว์" และอื่นๆ—แต่ข้อสรุปที่ผมได้รับนั้นไม่แตกต่างจากของเขามากนัก—ถึงแม้ว่าวิธีการเปลี่ยนแปลงจะแตกต่างกันโดยสิ้นเชิง—ผมคิดว่าผมได้ค้นพบ (นี่เป็นการสันนิษฐาน!) วิธีง่ายๆ ที่ทำให้สายพันธุ์ต่างๆ ปรับตัวได้อย่างยอดเยี่ยมเพื่อจุดประสงค์ต่างๆ" ^{[ 13 ]}คำตอบของฮุกเกอร์นั้นระมัดระวังแต่เป็นมิตร โดยกล่าวว่า "ในความคิดของผม อาจมีการผลิตหลายชุดในสถานที่ต่างๆ และยังมีการเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์อย่างค่อยเป็นค่อยไป ผมยินดีที่จะรับฟังความคิดเห็นของคุณว่าการเปลี่ยนแปลงนี้เกิดขึ้นได้อย่างไร เพราะความคิดเห็นในปัจจุบันยังไม่ทำให้ผมพอใจในเรื่องนี้" ^{[ 14 ]}

ดาร์วินได้พัฒนา "ร่าง" ของเขาให้กลายเป็น "เรียงความ" ความยาว 189 หน้า และในเดือนกรกฎาคม เขาได้มอบต้นฉบับให้ครูใหญ่ในท้องถิ่นคัดลอก จากนั้นเขาได้เขียนจดหมายฉบับหนึ่งที่เขียนด้วยลายมืออย่างยากลำบาก โดยให้ภรรยาของเขาเปิดอ่านในกรณีที่เขาเสียชีวิต เพื่อขอให้ตีพิมพ์เรียงความนี้หลังจากที่เขาเสียชีวิตแล้ว เขาเริ่มเขียนหนังสือ " การสังเกตทางธรณีวิทยาเกี่ยวกับอเมริกาใต้ " และได้ติดต่อกับฮุกเกอร์เกี่ยวกับเรื่องนี้ โดยส่งคำถามที่เกี่ยวข้องกับ "เรียงความ" ของเขาเข้าไป เรียงความที่คัดลอกแล้วซึ่งมีความยาว 231 หน้า ถูกส่งคืนให้เขาเพื่อแก้ไขในเดือนกันยายน จากนั้นวันหนึ่งเขาได้นำมันไปให้เอ็มมาและขอให้เธออ่าน เธออ่านไปทีละหน้า จดบันทึกในขอบหน้ากระดาษ ชี้ให้เห็นข้อความที่ไม่ชัดเจนและแสดงส่วนที่เธอไม่เห็นด้วย

บาทหลวงเลียวนาร์ด เจนินส์นักธรรมชาติวิทยาที่ดาร์วินรู้จักมาตั้งแต่สมัยเรียนที่มหาวิทยาลัยเคมบริดจ์ ได้เขียนหนังสือเกี่ยวกับ ปลาใน ชื่อ " สัตววิทยาแห่งการเดินทางของเรือเอชเอ็มเอส บีเกิล" ตาม คำขอของดาร์วินและขณะนี้กำลังเขียนหนังสือบันทึกการสังเกตพืชและสัตว์อยู่ เมื่อวันที่ 12 ตุลาคม ดาร์วินเขียนจดหมายถึงเขาว่า "งานวิจัยเกี่ยวกับคำถามเรื่องชนิดของสิ่งมีชีวิตได้ทำให้ผมประทับใจอย่างมากกับความสำคัญของงานทุกประเภท เช่น งานที่คุณตั้งใจจะเขียน ซึ่งประกอบด้วยสิ่งที่ผู้คนมักเรียกว่าข้อเท็จจริงเล็กน้อย แต่ข้อเท็จจริงเหล่านี้ต่างหากที่ทำให้เราเข้าใจการทำงานหรือ 'ระบบเศรษฐกิจ' ของธรรมชาติ... กล่าวคือ อะไรคือปัจจัยควบคุมและช่วงชีวิตที่จำกัดการเพิ่มจำนวนของสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิด" เขาบอกกับเจนินส์ว่า เขา "ยังคงอ่านและรวบรวมข้อเท็จจริงเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงของสัตว์และพืชในประเทศ รวมถึงคำถามที่ว่าอะไรคือสายพันธุ์อย่างต่อเนื่อง ผมมีข้อมูลมากมาย และผมคิดว่าผมสามารถสรุปผลที่สมเหตุสมผลได้ ข้อสรุปโดยทั่วไปที่ผมค่อยๆ ได้มาจากการเชื่อในสิ่งที่ตรงกันข้ามอย่างสิ้นเชิงก็คือ สายพันธุ์สามารถเปลี่ยนแปลงได้ และสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องกันสืบเชื้อสายมาจากบรรพบุรุษร่วมกัน ผมรู้ว่าผมอาจถูกตำหนิได้มากแค่ไหนสำหรับข้อสรุปเช่นนี้ แต่ผมก็ได้ข้อสรุปนี้มาอย่างซื่อสัตย์และรอบคอบ ผมจะไม่ตีพิมพ์ผลงานเกี่ยวกับเรื่องนี้ในอีกหลายปีข้างหน้า" ^{[ 15 ]}ในเดือนพฤศจิกายน เขาขอบคุณเจนินส์ที่ส่งบันทึกรายละเอียดมาให้ และบอกเขาว่า "เกี่ยวกับงานวิจัยเรื่องสายพันธุ์ของผมที่อยู่ห่างไกล ผมคงพูดผิดพลาดอย่างร้ายแรง หากผมทำให้คุณเข้าใจผิดว่าผมตั้งใจจะบอกว่าข้อสรุปของผมเป็นสิ่งที่หลีกเลี่ยงไม่ได้ ข้อสรุปเหล่านั้นกลายเป็นเช่นนั้นหลังจากที่ผมได้พิจารณาปริศนาต่างๆ มาหลายปี มีเพียงผมคนเดียวเท่านั้นที่รู้ แต่ในความฝันกลางวันที่บ้าคลั่งที่สุดของผม ผมไม่เคยคาดหวังอะไรมากไปกว่าการแสดงให้เห็นว่ามีสองด้านของคำถามเกี่ยวกับความไม่เปลี่ยนแปลงของสายพันธุ์ กล่าวคือ สายพันธุ์ถูกสร้างขึ้นโดยตรงหรือโดยกฎเกณฑ์ระดับกลาง (เช่นเดียวกับชีวิตและความตายของแต่ละบุคคล)" เขาสรุปเหตุการณ์ที่นำไปสู่ความคิดเหล่านี้ และในขณะที่ระมัดระวังเกี่ยวกับ "ความยากลำบากมากมายเกี่ยวกับความคิดของผม" เขาก็บอกเขาว่าเขา "ได้ร่างและคัดลอกข้อสรุปของผม (ใน 200 หน้า) และถ้าผมคิดว่าในอนาคตคุณคิดว่ามันคุ้มค่าที่จะอ่าน ผมก็จะขอบคุณมากหากได้รับคำวิจารณ์จากนักวิจารณ์ที่มีความสามารถเช่นนี้" ^{[ 16 ]}เจนินส์ไม่เคยรับข้อเสนอที่จะอ่าน "เรียงความ" แต่ได้แนะนำดาร์วินเกี่ยวกับปัญหาที่อาจเกิดขึ้นกับคำว่า "การกลายพันธุ์" ดาร์วินตอบว่า "อีกหลายปีกว่าผมจะตีพิมพ์ ดังนั้นผมจะมีเวลาเหลือเฟือที่จะคิดหาคำที่ดีกว่านี้" ^{[ 17 ]}

ในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1844 การเปลี่ยนแปลงสภาพกลายเป็นประเด็นพูดคุยของชนชั้นกลาง เนื่องจากการตีพิมพ์หนังสือVestiges of the Natural History of CreationโดยRobert Chambers โดยไม่ระบุชื่อผู้เขียน ซึ่งนำเสนอ มุมมอง แบบลามาร์ค หนังสือเล่มนี้ทำให้แนวคิดเรื่องการเปลี่ยนแปลงสภาพเป็นที่รู้จักในวงกว้างและได้รับความนิยมอย่างมาก จนกลายเป็นหนังสือขายดีในแวดวงสังคมชั้นสูงและมีการพิมพ์ซ้ำหลายครั้ง ดาร์วินอ่านหนังสือเล่มนี้ในเดือนพฤศจิกายน^{[ 18 ]}และเมื่อถูกฮุกเกอร์สอบถามในเดือนมกราคม เขาชื่นชมสำนวนการเขียน แต่เขียนว่า "ธรณีวิทยาดูแย่สำหรับผม และสัตววิทยาแย่กว่ามาก" หนังสือเล่มนี้เป็นที่ชื่นชอบของชาวเควกเกอร์และยูนิเทเรียน หลายคน วิลเลียม คาร์เพนเตอร์ นักสรีรวิทยาชาว ยูนิเทเรียนเพื่อนของดาร์วินเรียกหนังสือเล่มนี้ว่า "หนังสือที่สวยงามและน่าสนใจมาก" และช่วย Chambers แก้ไขในฉบับพิมพ์ครั้งต่อๆ มา นักวิจารณ์ขอบคุณพระเจ้าที่ผู้เขียนเริ่มต้น "ด้วยความไม่รู้และความเย่อหยิ่ง" เพราะฉบับแก้ไข "คงจะอันตรายกว่ามาก" ร่องรอยทางประวัติศาสตร์ได้ปูทางไปสู่การอภิปราย แต่ก็เน้นย้ำถึงความจำเป็นในการเข้าใจข้อเท็จจริงที่ซับซ้อนอย่างถ่องแท้

ฮุกเกอร์กลายเป็นกำลังสำคัญของดาร์วินในการค้นหาและอธิบายข้อเท็จจริงที่ผิดปกติ แม้ว่าดาร์วินจะผิดหวังอย่างมากในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1845 เมื่อฮุกเกอร์ได้รับเชิญไปสอนพฤกษศาสตร์ที่เอดินบะระ บุคคลอื่นที่ให้ความช่วยเหลือ ได้แก่กัปตันโบฟอร์ตแห่งกองทัพเรือซึ่งเชิญดาร์วินให้จดรายการข้อเท็จจริงใด ๆ ที่เขาต้องการตรวจสอบ เพื่อให้ศัลยแพทย์ประจำเรือ (นักธรรมชาติวิทยา) ตรวจสอบเมื่อเรือของพวกเขาอยู่ในส่วนที่เหมาะสมของโลก ในเดือนมีนาคม ดาร์วินทำตามคำแนะนำด้านการลงทุนของบิดาและกลายเป็นเจ้าของบ้านไร่และที่ดินในลินคอล์นเชียร์ซึ่งบาทหลวงซามูเอล วิลเบอร์ฟอร์ซได้แนะนำเจ้าของที่ดินในท้องถิ่นให้ดูแลการศึกษาของชาวบ้าน มิฉะนั้นชาวบ้านอาจเรียนรู้ "วิทยาศาสตร์เพียงผิวเผิน" และลืมหน้าที่ที่พระเจ้ามอบให้

สำนักพิมพ์จอห์น เมอร์เรย์เสนอเงินค่าพิมพ์ซ้ำครั้งที่สองของหนังสือ Journal and Remarksซึ่งทำให้ความสนใจของดาร์วินเบี่ยงเบนไปจากอเมริกาใต้ในวันที่ 25 เมษายน ดาร์วินเริ่มทำการแก้ไขเพิ่มเติมอย่างกว้างขวาง โดยนำข้อมูลและการตีความล่าสุดของเขามาใช้ รวมถึงข้อบ่งชี้หลายประการเกี่ยวกับการคาดเดาสายพันธุ์ของเขา ตอนนี้เขาเห็นหมู่เกาะกาลาปากอสว่าเป็น "โลกเล็กๆ ในตัวเอง หรืออาจจะเป็นดาวบริวารที่เกาะติดกับอเมริกา ซึ่งเป็นที่มาของผู้อพยพที่หลงเข้ามาไม่กี่คน" ซึ่งเรา "ประหลาดใจกับจำนวนสิ่งมีชีวิตดั้งเดิมและขอบเขตการกระจายตัวที่จำกัด" และ "ดูเหมือนว่าจะเข้าใกล้ความจริงอันยิ่งใหญ่ – ปริศนาแห่งปริศนา – การปรากฏตัวครั้งแรกของสิ่งมีชีวิตใหม่บนโลกใบนี้" ในวันที่ 5 สิงหาคม ดาร์วินเริ่มอ่านหนังสือTravels in North America ของไลเอล และรู้สึกตกใจที่หนังสือเล่มนั้นมองว่าการเป็นทาสไม่มีอันตรายใดๆ เขาเพิ่มย่อหน้าใหม่สองย่อหน้าลงในบันทึกประจำวัน ของเขา โดยบันทึกความโหดร้ายต่างๆ หลังจากกล่าวว่า "ขอบคุณพระเจ้าที่ฉันจะไม่ไปเยือนประเทศที่มีการค้าทาสอีก" และแก้ไขเสร็จสิ้นในวันที่ 26 สิงหาคม^{[ 18 ] [ 19 ]}

นักบวช แองกลิกัน /นักธรรมชาติวิทยาตอบสนองต่อ หนังสือ Vestigesอย่างช้าๆ เพราะไม่ต้องการเผยแพร่แนวคิดที่เลวร้ายเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ แต่หนังสือเล่มนี้กลับขายได้มากขึ้นเรื่อยๆ ในหมู่ชนชั้นสูง ในวารสารEdinburgh Review ฉบับ เดือนกรกฎาคม อดัม เซดจ์วิก ผู้ซึ่งเคยสอนธรณีวิทยาให้ดาร์วินที่มหาวิทยาลัย ได้เขียน บทความโจมตีอย่างยาวและรุนแรง ทำนายว่า "ความพินาศและความสับสนจะเกิดขึ้นในลัทธิเช่นนี้" ซึ่งหากประชาชนนำไปใช้จะ "ทำลายโครงสร้างทางศีลธรรมและสังคมทั้งหมด" นำมาซึ่ง "ความขัดแย้งและความเสียหายร้ายแรง" ในวันที่ 8 ตุลาคม ดาร์วินเขียนจดหมายถึงไลเอลว่า วารสารนั้น "ไม่เป็นที่นิยมในหมู่ผู้อ่านที่ไม่ใช่สายวิทยาศาสตร์ ผมคิดว่าบางส่วนดูเหมือนจะเป็นลัทธิความเชื่อแบบนักเทศน์มากกว่าปรัชญาของศาสตราจารย์" อย่างไรก็ตาม มันเป็น "ข้อโต้แย้งที่ยอดเยี่ยมเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ และผมอ่านมันด้วยความกลัวและความสั่นเทา แต่ก็รู้สึกยินดีที่พบว่าผมไม่ได้มองข้ามข้อโต้แย้งใดๆ แม้ว่าผมจะพิจารณามันอย่างอ่อนแอเหมือนน้ำกับนมก็ตาม" ^{[ 20 ]}

ในการติดต่อสื่อสาร ดาร์วินยังคงหารือเกี่ยวกับงานวิจัยเรื่องสายพันธุ์กับฮุกเกอร์ และเขารู้สึกไม่พอใจเมื่อฮุกเกอร์กล่าวถึงนักธรรมชาติวิทยาคนอื่นว่า "ไม่มีใครมีสิทธิ์ตรวจสอบคำถามเรื่องสายพันธุ์ได้เลย หากไม่ได้อธิบายรายละเอียดมากมาย" อย่างไรก็ตาม แม้แต่ริชาร์ด โอเวนผู้ซึ่งคัดค้านการเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ ก็ยังบอกเขาว่า "เป็นหัวข้อที่น่าสนใจมาก" โดยมีข้อเท็จจริงมากมายให้ตรวจสอบ "และถึงแม้ว่าฉันจะได้รับผลตอบแทนมากกว่าเงินเล็กน้อย ฉันก็จะพยายามทำงานของฉันต่อไป" ^{[ 23 ]}ต้นเดือนพฤศจิกายน ดาร์วินบอกเป็นนัยว่า "การกระจายทางภูมิศาสตร์จะเป็นกุญแจสำคัญที่จะไขปริศนาของสายพันธุ์" และเชิญฮุกเกอร์ให้ "ดูร่างคร่าวๆ (ที่คัดลอกมาอย่างดี) เกี่ยวกับเรื่องนี้" ในขณะที่เกรงว่านี่จะเป็น "คำขอที่อวดดีเกินไป" ^{[ 24 ]}

การวิจัยของดาร์วินนำไปสู่การประชุมเมื่อวันที่ 23 พฤศจิกายนกับชาร์ลส์ เจมส์ ฟ็อกซ์ บันเบอรี ซึ่งเขาได้หารือเกี่ยวกับการกระจายทางภูมิศาสตร์ของพืชและสัตว์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในหมู่เกาะกาลาปากอส ซึ่งแสดงให้เห็นอย่างชัดเจนว่า "มีลักษณะของอเมริกาใต้ประทับอยู่บนพวกมันทั้งหมด ในขณะที่เกือบทุกสายพันธุ์มีความแปลกประหลาด" ดังที่บันเบอรีเล่าว่า "เขายอมรับว่าตนเองเชื่อในการเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ในระดับหนึ่ง แม้ว่าเขาจะไม่ตรงกับหลักคำสอนของลามาร์คหรือของเวสติจส์ก็ตาม แต่เขายอมรับว่านักพฤกษศาสตร์และนักสัตววิทยาชั้นนำทั้งหมด อย่างน้อยก็ในประเทศนี้ อยู่ฝ่ายตรงข้าม" ^{[ 25 ]}ดาร์วินกำลังแนะนำ "นักธรรมชาติวิทยาที่กำลังมาแรงที่สุด" ให้รู้จักกับแนวคิดนี้ และในวันที่ 6 ธันวาคม เขาได้ต้อนรับฮุกเกอร์เอ็ดเวิร์ด ฟอร์บส์ฮิวจ์ ฟอลคอนเนอร์และจอร์จ โรเบิร์ต วอเตอร์เฮาส์มาเยี่ยมดาวน์เพื่อรับประทานอาหารเย็นและ "มีการอภิปรายอย่างดุเดือด" ^{[ 26 ]}

ในปีต่อมา โรคระบาดในมันฝรั่งทำให้เกิดภาวะอดอยาก ซึ่งส่งผลกระทบต่อคนรับใช้และคนงานของครอบครัวดาร์วิน และนำไปสู่การล้มล้างกฎหมายข้าวโพดดาร์วินยินดีกับเรื่องนี้ แต่ในฐานะเจ้าของที่ดิน เขาพบว่ามันส่งผลกระทบต่อรายได้จากค่าเช่า และเขาเขียนถึงตัวแทนของเขาว่า "ถึงแม้โดยหลักการแล้วผมจะเป็นผู้ค้าเสรี แต่แน่นอนว่าผมไม่เต็มใจที่จะลดราคามากกว่าที่จำเป็นเพื่อรักษาผู้เช่าที่ดีไว้" แม้ว่าอาการป่วยของเขาจะกำเริบขึ้นอีก ดาร์วินก็ยังคงเดินหน้าเขียนหนังสือเรื่องอเมริกาใต้ ต่อไป โดยต้องร่วมออกเงินอุดหนุนกับสำนักพิมพ์เมื่อเงินอุดหนุนจากกระทรวงการคลังหมดลง และหนังสือเล่มนี้ก็เสร็จสมบูรณ์ในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1846

เหลือเพรียง เพียงชนิด เดียว ที่ยังไม่ได้อธิบาย และในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2389 ดาร์วินได้เริ่มเขียนบทความเกี่ยวกับเรื่องนี้ ^{[ 27 ]}โดยทำงานผ่าตัดร่วมกับฮุกเกอร์ซึ่งขณะนั้นอยู่ที่คิวเพื่อเปรียบเทียบกับชนิดอื่นๆ เขาจึงยืมตัวอย่าง และในไม่ช้าก็มีส่วนร่วมในการศึกษาอย่างครอบคลุมที่จำเป็นมากเกี่ยวกับสิ่งมีชีวิตที่แปลกประหลาดเหล่านี้ ซึ่งเพิ่งพบว่าเป็นสัตว์จำพวกครัสเตเชียนมากกว่าหอย[ ^{28 ] สำหรับ}ฮุกเกอร์ การศึกษาอย่างละเอียดถี่ถ้วนเช่นนี้อาจช่วยลดแนวโน้มของดาร์วินในการตั้งทฤษฎีเชิงคาดเดา และสำหรับดาร์วินแล้ว มันจะสร้างความน่าเชื่อถือให้กับเขา

ฮุกเกอร์มาเยี่ยมเยียนบ่อยครั้ง และในเดือนมกราคม พ.ศ. 2490 เมื่อดาร์วินป่วยหนัก ฮุกเกอร์ได้นำสำเนา "บทความ" ไปด้วย^{[ 29 ]}หลังจากล่าช้าไปบ้าง เขาก็ส่งบันทึกย่อมาให้หนึ่งหน้า ซึ่งให้ข้อเสนอแนะเชิงวิจารณ์ที่ดาร์วินต้องการอย่างใจเย็น เขาไม่เห็นด้วยกับการปฏิเสธการสร้างโลกของดาร์วิน โดยโต้แย้งว่า "การอ้างอิงถึงการดูแลของพระเจ้าเป็นสิ่งที่ไม่จำเป็น – ผู้สร้างสามารถสร้างสิ่งมีชีวิตแรกเริ่มได้ และยังสามารถชี้นำต่อไปได้ และเป็นเรื่องไร้สาระที่จะมาถกเถียงกันว่าพระองค์ทรงทำหรือไม่" ^{[ 30 ]}การถกเถียงของพวกเขายังคงดำเนินต่อไป^{[ 31 ]}บางครั้งก็มีการโต้เถียงกัน และดาร์วินรู้สึกเสียใจอย่างมากที่ฮุกเกอร์ตั้งใจจะออกเดินทางสำรวจ

ดาร์วินเอาชนะความเจ็บป่วยเพื่อเข้าร่วม การประชุม สมาคมเพื่อความก้าวหน้าทางวิทยาศาสตร์แห่งอังกฤษที่ออกซ์ฟอร์ดในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1847 เพื่อหารือเกี่ยวกับ "ภาพร่าง" กับฮุกเกอร์ ดาร์วินเข้าร่วมในส่วนของธรณีวิทยา ซึ่งมีการบรรยายโดยโรเบิร์ต แชมเบอร์สเกี่ยวกับชายหาดโบราณ ผู้สังเกตการณ์ในการประชุมรายงานว่า แชมเบอร์ส "ได้ขยายข้อสรุปของเขาไปไกลเกินความจำเป็น และถูกตำหนิอย่างรุนแรงจากบัคแลนด์ เดอ ลา เบช เซดจ์วิก เมอร์ชิสัน และไลเอล คนสุดท้ายบอกกับผมในภายหลังว่า เขาทำเช่นนั้นโดยเจตนา เพื่อให้ [แชมเบอร์ส] เห็นว่าการให้เหตุผลในแบบของผู้เขียนหนังสือ Vestiges นั้นจะไม่เป็นที่ยอมรับในหมู่นักวิทยาศาสตร์" นี่เป็นการเตือนอย่างชัดเจนจากเพื่อนๆ ของดาร์วินในเคมบริดจ์

ในวันอาทิตย์นั้นซามูเอล วิลเบอร์ฟอร์ซซึ่งปัจจุบันดำรงตำแหน่งเป็นบิชอปแห่งออกซ์ฟอร์ด ได้ใช้เทศน์ของเขาที่โบสถ์เซนต์แมรี ในหัวข้อ "วิธีการทำวิทยาศาสตร์ที่ผิดพลาด" เพื่อโจมตีแชมเบอร์สอย่างรุนแรง โบสถ์ที่ "แน่นขนัดจนแทบหายใจไม่ออก" ไปด้วยนักธรณีวิทยา นักดาราศาสตร์ และนักสัตววิทยา ได้ยินคำเสียดสีเกี่ยวกับ "ผู้มีความรู้เพียงครึ่งเดียว" ที่ถูกล่อลวงด้วย "สิ่งล่อใจอันชั่วร้าย" ของการคาดเดาที่มองหาจักรวาลที่ดำรงอยู่ได้ด้วยตนเองใน "จิตวิญญาณแห่งความไม่เชื่อที่เยาะเย้ย" แสดงให้เห็นถึงความล้มเหลวในการเข้าใจ "รูปแบบการกระทำของพระผู้สร้าง" หรือในการทำหน้าที่ของสุภาพบุรุษ แชมเบอร์สประณามเรื่องนี้ว่าเป็นความพยายามที่จะปิดกั้นความคิดเห็นที่ก้าวหน้า แต่คนอื่นๆ คิดว่าเขาคงกลับบ้าน "ด้วยความรู้สึกเหมือนเป็นผู้พลีชีพ" ดาร์วินไม่ได้เข้าร่วมงาน แต่ในสัปดาห์ต่อมาที่สมาคม เขาได้แสดงจุดยืนว่าไม่เกี่ยวข้องกับหนังสือVestiges ที่เต็มไปด้วยข้อผิดพลาด ต่อหน้าไลเอล โดยโจมตี "ความด้อยสติปัญญา" ของผู้เขียน และมองว่ามันเป็นเพียง "สิ่งแปลกประหลาดทางวรรณกรรม"

ตลอดช่วงที่เหลือของปีนั้น ดาร์วินประสบปัญหาด้านสุขภาพมากขึ้นเรื่อยๆ โดยมีฝีอักเสบรุนแรง และในเดือนพฤศจิกายน ฮุกเกอร์ก็เดินทางไปอินเดีย ดาร์วินจึงหันกลับมาให้ความสนใจกับชีวิตครอบครัวและการผ่าศึกษาเพรียงทะเล ในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1848 เซอร์ จอห์น เฮอร์เชลผู้นำด้านวิทยาศาสตร์ของอังกฤษได้เขียนจดหมายชักชวนดาร์วินให้เข้าร่วมโครงการร่างคู่มือสำหรับลูกเรือเกี่ยวกับการทำงานภาคสนามทางวิทยาศาสตร์ ตามคำขอของหัวหน้ากองทัพเรือดาร์วินใช้เวลาห้าสัปดาห์ในการเขียนส่วนหนึ่งของคู่มือเพื่ออธิบายว่าสุภาพบุรุษทุกคนสามารถ "สำรวจทางธรณีวิทยา" ได้อย่างไร

ในฤดูร้อนปีนั้น การปฏิวัติในฝรั่งเศสตามมาด้วยการเดินขบวนประท้วงครั้งใหญ่ของกลุ่มชาร์ติสต์ในลอนดอน โดยเหล่าคนร่ำรวยและพระราชินีต่างพากันหนีไปหาที่ปลอดภัย เพื่อนของดาร์วินถูกระดมพลเพื่อปกป้องสถาบันวิทยาศาสตร์จากการโจมตีของกลุ่มผู้ก่อจลาจลที่อาจยินดีกับทฤษฎีลับของเขา ดาร์วินยังคงศึกษาเพรียงต่อไปและพบว่าสิ่งที่ดูเหมือนปรสิตขนาดเล็กนั้น ในบางกรณีคือตัวผู้ขนาดเล็ก "และฝังตัวครึ่งหนึ่งอยู่ในเนื้อของภรรยาของพวกมัน พวกมันใช้ชีวิตอยู่เช่นนั้นตลอดชีวิต" ซึ่งเป็น "สิ่งมหัศจรรย์ของธรรมชาติ" ที่ไม่สอดคล้องกับแนวคิดการสร้างโลกที่ว่าพระเจ้าทรงกำหนดระบบสังคมขึ้นมา

ดาร์วินไปเยี่ยมเดอะเมาท์ เมืองชรูว์สเบอรีเนื่องในวันเกิดครบรอบ 82 ปีของบิดาซึ่งกำลังป่วยหนัก ต่อมาเขาก็ล้มป่วยอย่างหนักและกลับบ้านไปให้เอ็มมาดูแล ซึ่งเอ็มมาได้ให้กำเนิดบุตรชายคนที่สามในเดือนสิงหาคม จากนั้นในเดือนพฤศจิกายน เขาก็เสียใจอย่างมากเมื่อบิดาเสียชีวิต เอ็มมาคอยปลอบโยนเขา และพวกเขาก็อ่านหนังสือเกี่ยวกับศาสนาด้วยกัน ในเดือนกุมภาพันธ์ ปี 1849 เขาได้รับความปลอบใจจากหนังสือเล่มใหม่ของแฮเรียต มาร์ติโน เรื่อง "ชีวิตตะวันออก อดีตและปัจจุบัน" ซึ่งเป็นบันทึกการเดินทางไปยังสุสานต่างๆ พร้อมกับข้อความที่ว่าความเชื่อของคริสเตียนในเรื่องรางวัลและการลงโทษนั้นมีรากฐานมาจากความเชื่อโชลางของคนนอกศาสนา

อาการป่วยของเขาสร้างความงุนงงให้กับแพทย์มานานแล้ว ด้วยความลังเลและไม่แน่ใจ เขาจึงทำตามคำแนะนำของเพื่อน และทั้งครอบครัวพร้อมหน้าพร้อมตาจึงเดินทางไปยังมัลเวอร์น ในวันที่ 8 มีนาคม ค.ศ. 1849 เพื่อให้เขาได้ลองรับ การ รักษาด้วยน้ำเย็นเป็นเวลาสองเดือนที่ สถาน บำบัดด้วยน้ำของ ดร. เจมส์ กัลลีพวกเขาเช่า "เดอะลอดจ์" ในสถานที่เงียบสงบใกล้เคียง และเขาเริ่มต้นการรักษาซึ่งรวมถึงการดื่มน้ำแร่ การขัดตัวด้วยน้ำเย็น การเดินออกกำลังกาย การควบคุมอาหารอย่างเคร่งครัดการสะกดจิตและการใช้ยา โฮมีโอพา ธี

ครอบครัวมีความสุขกับอากาศในฤดูใบไม้ผลิและชื่นชอบคุณหมอกัลลี่ และวันหยุดนั้นก็กลายเป็นช่วงเวลาที่แสนสุขในบรรยากาศรื่นเริงรอบๆสปาอาการปวดท้องของเขาได้รับการวินิจฉัยว่าเกิดจากความเครียด และในไม่ช้าเขาก็หายป่วยและสามารถเดินได้วันละ 7 ไมล์ (11 กิโลเมตร) แม้ว่าเขาจะสงสัยว่าเป็นการรักษาแบบหลอกลวง แต่การรักษาก็ได้ผล และหลังจากพักอยู่ 16 สัปดาห์ พวกเขาก็กลับบ้าน โดยมาถึงในวันที่ 30 มิถุนายน และดาร์วินก็กระตือรือร้นที่จะกลับไปทำงานเกี่ยวกับเพรียงทะเลของเขาต่อ

เขายังคงรักษาตัวในรูปแบบที่ผ่อนคลายขึ้นเล็กน้อย โดยสร้างกระท่อมที่มีฝักบัวน้ำเย็น และตื่นนอนตอนเจ็ดโมงเช้าเพื่ออบอุ่นร่างกายด้วยตะเกียงแอลกอฮอล์ จากนั้นจึงลงไปแช่น้ำเย็นและให้คนรับใช้ขัดตัวให้ ในเดือนกันยายน หน้าที่ของเขาในฐานะรองประธานสมาคมอังกฤษและความสนใจในบทความเกี่ยวกับเพรียงทะเลทำให้เขาเข้าร่วมการประชุมที่เบอร์มิงแฮมแต่เขารู้สึกไม่สบายใจและความตื่นเต้นทำให้โรคกลับมาอีก แม้หลังจากไปพบคุณหมอกัลลีอย่างรวดเร็วและพักผ่อนที่บ้านแล้ว เขาก็ยังต้องใช้เวลาหลายสัปดาห์กว่าจะหายดี

การตรวจสอบเพรียงของเขาพบว่าการแบ่งส่วนของพวกมันมีความสัมพันธ์กับสัตว์จำพวกครัสเตเชียนอื่นๆ ซึ่งแสดงให้เห็นว่าพวกมันแยกตัวออกจากญาติๆ อย่างไร สำหรับโอเวน "ความเหมือนกัน" ในกายวิภาคเปรียบเทียบเช่นนี้แสดงให้เห็นถึง "ต้นแบบ" ในจิตใจของพระเจ้า แต่สำหรับดาร์วิน นี่คือหลักฐานของการสืบเชื้อสาย แสดงให้เห็นอย่างชัดเจนว่าอวัยวะต่างๆ สามารถเปลี่ยนแปลงหน้าที่เพื่อตอบสนองต่อสภาวะใหม่ได้อย่างไร ดาร์วิน "ดีใจมาก" เขียนจดหมายถึงหลุยส์ อากัสซิสเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงที่แปลกประหลาดนี้ และขอให้เขาและคนอื่นๆ ทั่วโลกส่งตัวอย่างเพรียงมาเพิ่ม จดหมายจำนวนมากของเขาทำให้ฮุกเกอร์เบื่อหน่ายรายละเอียดเกี่ยวกับเพรียง และเขียนจากเทือกเขาหิมาลัยว่าเมื่อไตร่ตรองแล้ว เขาอยากฟังการคาดเดาเรื่องวิวัฒนาการมากกว่า ดาร์วินตอบว่า "น่าเสียดาย" เพราะ "การอนุมัติอย่างเด็ดขาดของคุณเกี่ยวกับงานเพรียงของผม" "ทำให้ผม...เลื่อนงานวิจัยเกี่ยวกับสายพันธุ์" ออกไปตั้งแต่แรก

ขณะที่งานวิจัยของเขาดำเนินไปถึงฟอสซิลของเพรียงทะเล ความกดดันทำให้เขาป่วยอีกครั้ง และในเดือนมิถุนายน ปี 1850 เขาจึงเดินทางไปมัลเวอร์นเพื่อรับการรักษาเป็นเวลาหนึ่งสัปดาห์ ฮุกเกอร์ช่วยค้นหาหลักฐาน โดยพยายามทดสอบแนวคิดวิวัฒนาการและเขียนว่า "พวกเขาได้ครอบงำผม โดยไม่ได้เปลี่ยนความคิดผมแต่อย่างใด" ในขณะที่ฮุกเกอร์ไม่พบความแตกต่างหลากหลายในระดับต่างๆ เพรียงทะเลของดาร์วินกลับแสดงให้เห็นถึงความแตกต่างนี้อย่างชัดเจน จนกระทั่งการกำหนดชนิดของสิ่งมีชีวิตนั้นยากมาก

ดาร์วินเดินทางกลับจากมัลเวอร์นในปลายเดือนมิถุนายน ปี 1850 และความกังวลใจที่ว่าอาการป่วยของเขาอาจเป็นกรรมพันธุ์ก็กลับมาอีกครั้ง แอนน์ ลูกสาววัยเก้าขวบผู้ฉลาดเฉลียวและเป็นที่รักยิ่งของเขาเริ่มล้มป่วย เธอทุกข์ทรมานอยู่นานหลายสัปดาห์ จากนั้นก็มีไข้สูง แพทย์ไม่สามารถทำอะไรได้และคิดว่าอาจเป็นกรรมพันธุ์ เธอฟื้นตัวได้บ้างในเดือนมีนาคม ปี 1851 แต่แล้วทั้งเธอและพ่อก็ล้มป่วยด้วยไข้หวัดใหญ่ดาร์วินหายดีแล้ว แต่แอนน์ยังคงป่วยอยู่ และในวันที่ 24 มีนาคม เขาจึงพาเธอไปที่มัลเวอร์น ทิ้งเธอไว้ที่นั่นเพื่อรับการรักษาที่ดีที่สุดเท่าที่เขารู้จัก และกลับไปที่ดาวน์ซึ่งเอ็มมาพักอยู่เพราะกำลังตั้งครรภ์ หลังจากตีพิมพ์บทความวิจัยชิ้นแรกเกี่ยวกับเพรียงทะเล และฮุกเกอร์เดินทางกลับอังกฤษอย่างปลอดภัยพร้อมตัวอย่างจำนวนมาก สถานการณ์ดูดีขึ้น แต่แล้วในวันที่ 15 เมษายน แอนน์ก็ล้มป่วยอย่างหนัก และดาร์วินต้องรีบไปดูแลเธอ

ดาร์วินผู้ทุกข์ทรมานอยู่เฝ้าข้างเตียงของแอนนี่ขณะที่วิกฤตทวีความรุนแรงขึ้น ดร.กัลลีดูแลเธอตลอดทั้งคืนโดยคิดว่าเธอคงอยู่ไม่รอด แต่เวลา 6 โมงเช้า เธออาเจียนและอาการของเธอก็คงที่ ดูเหมือนเธอจะฟื้นตัวขึ้นเล็กน้อย และหลังจากนั้นก็มีอาการขึ้นๆ ลงๆ หลายครั้ง โดยดาร์วินและแฟนนี้ เวดจ์วูดเฝ้าดูและเขียนจดหมายกลับบ้านด้วยความกังวล แต่ในที่สุดอาการของเธอก็ทรุดลงและเสียชีวิตในวันที่ 23 เมษายน ค.ศ. 1851

ศรัทธาในศาสนาคริสต์ของดาร์วินเริ่มจางหายไปแล้ว และตั้งแต่ราวปี 1849 เขาก็เลิกไปโบสถ์^{[ 32 ]}ในช่วงที่แอนนี่ป่วยเป็นเวลานาน ดาร์วินได้อ่านหนังสือของฟรานซิส วิลเลียม นิวแมนนักวิวัฒนาการนิกายยูนิแทเรียนที่เรียกร้องให้มีการสังเคราะห์ใหม่หลังศาสนาคริสต์ และเขียนว่า "ความกระวนกระวายของเด็กเป็นความชั่วร้ายที่ไม่มีที่สิ้นสุด" เป็นเวลาสามปีที่ดาร์วินได้ไตร่ตรองถึงความหมายของความตายในศาสนาคริสต์ ซึ่งเปิดมุมมองเกี่ยวกับธรรมชาติอันน่าเศร้าและเป็นไปตามสถานการณ์ ในวันที่ 30 เมษายน เขาได้เขียนบันทึกความทรงจำสั้นๆ ที่เต็มไปด้วยอารมณ์ความรู้สึกเกี่ยวกับแอนนี่สำหรับตัวเขาเองและเอ็มม่า

ดาร์วินมีความสัมพันธ์ที่ดีกับบาทหลวงประจำท้องถิ่น เขาให้การสนับสนุนโบสถ์ ช่วยเหลือด้านการกุศลของชุมชน และเสนอให้จัดตั้งสมาคมเพื่อการกุศล ซึ่งต่อมากลายเป็นสมาคมดาวน์เฟรนด์ลี่โดยมีดาร์วินเป็นผู้ดูแลและเหรัญญิก ในวันอาทิตย์ เอ็มมาจะพาเด็กๆ ไปโบสถ์ บางครั้งดาร์วินก็ไปกับพวกเขาถึงแค่ประตูทางเข้าสุสาน แล้วเขาก็จะไปเดินเล่น ในระหว่างพิธี เอ็มมายังคงหันหน้าไปข้างหน้าเมื่อผู้คนในโบสถ์หันหน้าไปทางแท่นบูชาเพื่อกล่าวคำปฏิญาณ โดยยึดมั่นในศรัทธาแบบยูนิแทเรียนของเธอ

ครอบครัว ดาร์วินเดินทางไปงานมหกรรมโลกในปี 1851 โดยพักอยู่กับ " ลุงราส " แต่ในขณะที่เด็กๆ สนุกสนานกับการไปเที่ยวหลายครั้ง อาการเจ็บป่วยของดาร์วินกลับกำเริบขึ้นมาพร้อมกับความตื่นเต้นนั้น การบรรยายถึงเพรียงทะเลยังคงดำเนินต่อไปอย่างเหน็ดเหนื่อย ชีวิตครอบครัวนั้นคุ้มค่าแต่ก็สร้างความกดดันเช่นกัน สิ่งที่เขากังวลมากที่สุดคือความกลัวเรื่องความอ่อนแอทางพันธุกรรม ลูกชายคนโตของเขาวิลเลียมเรียนรู้ช้า และหลังจากครุ่นคิดอยู่นาน ดาร์วินจึงส่งเขาไปเรียนที่โรงเรียนรักบี้แม้ว่าพวกเขาจะได้รับมรดกมามากมาย แต่ก็ต้องลงทุนอย่างชาญฉลาด เงินจำนวนมากถูกนำไปลงทุนในหุ้นรถไฟอย่างระมัดระวัง ซึ่งในขณะนั้นกำลังเฟื่องฟูแต่ก็มีความผันผวน เขาได้บันทึกผลของการบำบัดด้วยน้ำอย่างต่อเนื่อง และพบว่ามันช่วยผ่อนคลายได้บ้างแต่ไม่มีผลอย่างมีนัยสำคัญ เขาจึงหยุดการบำบัดในปี 1852 และเริ่มทดลองการบำบัดแบบทดลองต่างๆ โดยไม่มีความมั่นใจในผลลัพธ์ของมันเลย

งานมหกรรมนิทรรศการครั้งยิ่งใหญ่ประกาศถึงความสำเร็จของการค้าเสรีและวิทยาศาสตร์สมัยใหม่ในการปรับปรุงความมั่งคั่ง มีความต้องการใหม่สำหรับการปฏิรูปเสรีนิยมและก้าวหน้า กลุ่มนักคิดเริ่มมองธรรมชาติใหม่ในฐานะตลาดแข่งขันวารสารWestminster Review ที่ John Chapmanเพิ่งซื้อมากลายเป็นจุดสนใจของพวกเขา และบทความแรกๆ ของHerbert Spencerได้นำเสนอมุมมองแบบมัลทัสที่ว่า ผู้คนที่เพิ่มจำนวนเกินกำลังของตนจะ "เดินไปสู่การสูญพันธุ์" ในขณะที่ "ผู้ที่ถูกเลือกในรุ่นของพวกเขา" ยังคงอยู่เพื่อรับประกันความก้าวหน้า Spencer กลายเป็นเพื่อนสนิทและพันธมิตรของThomas Huxleyนักธรรมชาติวิทยาผู้ทะเยอทะยานที่กลับมาจากการเดินทางสำรวจระยะยาว แต่ขาดความมั่งคั่งทางครอบครัวหรือการติดต่อที่จะหางานทำ Huxley ได้ส่งเอกสารไปให้ Darwin ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของการติดต่อ และ Darwin ได้ส่งสำเนาเล่มแรกของBarnacles ให้เขา เมื่อพิมพ์เสร็จ Huxley เรียกมันว่าเป็นผลงานที่เป็นแบบอย่าง ซึ่งน่าทึ่งยิ่งกว่าที่มาจากนักธรณีวิทยาผู้มีชื่อเสียงมากกว่านักกายวิภาคศาสตร์^{[ 33 ]}

เพื่อเป็นการยกย่องผลงานของเขาเกี่ยวกับธรณีวิทยาของอเมริกาใต้ การวิจัยสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง และโดยเฉพาะอย่างยิ่งผลงานของเขาเกี่ยวกับเพรียงทะเล ดาร์วินได้รับเหรียญรางวัล Royal Medal of the Royal Society และได้รับรางวัลนี้ในการประชุมเมื่อวันที่ 30 พฤศจิกายน พ.ศ. 2396 ความตื่นเต้นทำให้ความเจ็บป่วยกลับมาอีกครั้ง และเขากลับไปรักษาด้วยน้ำอีกครั้ง คราวนี้ประสบความสำเร็จและสุขภาพของเขาดีขึ้น เขาเขียนหนังสือ Barnaclesเล่มที่สองเสร็จสมบูรณ์ ซึ่งเป็นผลงานที่ใช้เวลาเกือบแปดปี ทำให้เขากลายเป็นผู้เชี่ยวชาญชั้นนำของโลกในเรื่องนี้^{[ 34 ]}

ในฤดูใบไม้ผลิปี 1854 เขาได้เข้าร่วมชมรมปรัชญาของราชสมาคม และเขายังได้เป็นสมาชิกของ สมาคมลินเนียนแห่งลอนดอนโดยได้รับสิทธิ์ในการเข้าถึงห้องสมุดผ่านทางไปรษณีย์ เขาประหลาดใจที่ท้องของเขาไม่ปั่นป่วน และเขาสนุกกับการไปเยือนลอนดอนเป็นประจำและพบปะกับนักวิทยาศาสตร์รุ่นใหม่ โดยเฉพาะอย่างยิ่งจอห์น ไทน์ ดอล ล์ ฮุกเกอร์ และฮักซ์ลีย์ ดาร์วินสนับสนุนพวกเขาในการได้รับเหรียญทองจากสมาคม โดยกล่าวว่าพวกเขาจะกลายเป็น "ยักษ์ใหญ่ทางวิทยาศาสตร์" และเขาคิดว่าเป็นเรื่องถูกต้องที่พวกเขาควรได้รับการยกย่องเพื่อเป็นแรงผลักดัน ไทน์ดอลล์เข้ารับตำแหน่งศาสตราจารย์ด้านปรัชญาธรรมชาติที่สถาบันวิทยาศาสตร์หลวงในปี 1853 และกำลังช่วยฮักซ์ลีย์ดูแลส่วนวิทยาศาสตร์ของThe Westminster Reviewฮักซ์ลีย์เริ่มสอนที่โรงเรียนเหมืองแร่หลวงในเดือนพฤศจิกายน จากนั้น "เบื่อหน่ายชนชั้นกลางที่ไร้สาระ" จึงเริ่มบรรยายให้กับคนงานหนึ่งปีต่อมา และฮุกเกอร์ก็เข้ารับตำแหน่งที่สวนคิว^{[ 35 ] [ 36 ]}

ชีววิทยาเริ่มมีความเสรีมากขึ้น แม้แต่ในหมู่นักบวชบางคน บาทหลวงบาเดน พาวเวลล์ศาสตราจารย์คณิตศาสตร์แห่งมหาวิทยาลัยออกซ์ฟอร์ดได้นำเอาข้อโต้แย้งทางเทววิทยาที่ว่าพระเจ้าเป็นผู้บัญญัติกฎหมาย ปาฏิหาริย์เป็นการฝ่าฝืนกฎบัญญัติที่ออกไว้ตั้งแต่การสร้างโลก ดังนั้นความเชื่อในปาฏิหาริย์จึงเป็นลัทธิอเทวนิยม^{[ 37 ]}

ภายในเดือนกันยายน ค.ศ. 1854 หนังสือ Barnaclesเล่มที่สองของเขาได้รับการพิมพ์และจัดส่งเรียบร้อยแล้ว และเขาก็หันมาสนใจเรื่อง Species โดยบอกกับวิลเลียม ดาร์วิน ฟ็อกซ์ ลูกพี่ลูกน้องของเขา ว่า เขาตั้งใจจะ "ตรวจสอบข้อเท็จจริงทั้งหมดที่ผมสามารถศึกษาได้...เพื่อดูว่าข้อเท็จจริงเหล่านั้นสนับสนุนหรือขัดแย้งกับแนวคิดที่ว่าสายพันธุ์ป่าสามารถเปลี่ยนแปลงได้หรือเปลี่ยนแปลงไม่ได้มากน้อยเพียงใด" เขาตรวจสอบข้อมูลที่มีอยู่ทั้งหมดเพื่อหา "ข้อเท็จจริงที่ขัดแย้ง" และหารือกับฮุกเกอร์ ผู้ซึ่งเคยต่อต้านสิ่งที่เขาเรียกว่า "ทฤษฎีความยืดหยุ่น" ของดาร์วิน แต่ตอนนี้เขากำลังพัฒนา "ความไม่เชื่ออย่างสิ้นเชิงเกี่ยวกับสกุลและสายพันธุ์ของผมเอง"

ในฤดูใบไม้ผลิปี 1855 ขณะที่สงครามไครเมียกำลังดำเนินไป ดาร์วินกำลังครุ่นคิดถึงสงครามของธรรมชาติ โดยนำเอาแนวคิดเปรียบเทียบกับเศรษฐกิจอุตสาหกรรมมาใช้ให้ลึกซึ้งกว่าคนอื่นๆ และสงสัยว่าสิ่งมีชีวิตแพร่กระจายได้อย่างไร เขาปฏิเสธแนวคิดที่คนอื่นๆ เสนอเกี่ยวกับทวีปที่จมอยู่ใต้น้ำอย่างแอตแลนติสและเริ่มทดลองในบ้านของเขาด้วยการแช่เมล็ดในน้ำเกลือแล้วดูว่ามันจะงอกหรือไม่ เขาได้รายงานผลการทดลองในวารสาร Gardeners' Chronicleและชักชวนเพื่อนบาทหลวงของเขา รวมถึงเฮนสโลว์ มาร่วมด้วย กงสุลในนอร์เวย์ได้ส่งฝักเมล็ดที่ลอยมาเกยฝั่งมาให้ ฮุกเกอร์สามารถระบุได้ว่ามาจากทะเลแคริบเบียนและทำให้มันงอกที่คิว การตรวจสอบความแปรผันทำให้เขากลับมาสนใจการเลี้ยงสัตว์เขาเริ่มผ่าสัตว์เลี้ยงและเพาะพันธุ์นกพิราบเข้าร่วมชมรมผู้เลี้ยงนกพิราบ ซึ่งเป็นพฤติกรรมที่ผิดปกติมากสำหรับนักธรรมชาติวิทยาในเวลานั้น

ฮักซ์ลีย์ได้รับตำแหน่ง และเพื่อนๆ ของเขาก็มีอิทธิพลต่อกลุ่มผู้มีอำนาจ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ฮักซ์ลีย์ได้ปฏิเสธวิทยานิพนธ์เรื่องการแปรสภาพของแชมเบอร์สในหนังสือVestiges อย่างรุนแรง เขายังโต้แย้งอย่างดุเดือดกับโอเวนผู้มีอิทธิพล ซึ่งได้แสดงหลักฐานฟอสซิลของลำดับวิวัฒนาการของม้าเพื่อสนับสนุนแนวคิดเรื่องการพัฒนาจากต้นแบบใน "การเปลี่ยนแปลงอย่างต่อเนื่องที่ถูกกำหนดไว้" และในปี 1854 โอเวนได้กล่าวสุนทรพจน์ในสมาคมอังกฤษเกี่ยวกับความเป็นไปไม่ได้ที่ลิงใหญ่ เช่นกอริลลา ที่เพิ่งค้นพบ จะยืนตัวตรงและแปรสภาพเป็นมนุษย์ได้ ดาร์วินพยายามในที่ประชุมที่ดาวน์เมื่อวันที่ 22 เมษายน 1856 ที่จะโน้มน้าวฮักซ์ลีย์และฮุกเกอร์ให้ยอมรับวิวัฒนาการในฐานะกระบวนการ โดยไม่กล่าวถึงกลไก

ดาร์วินตั้งใจจะเขียนถึงมนุษย์ในการคัดเลือกโดยธรรมชาติในช่วงกลางปี ​​พ.ศ. 2390 แต่ผลงานของเขาต้องการหลักฐานและข้อเท็จจริงจำนวนมหาศาล เขาละเว้นมนุษย์ไปส่วนหนึ่งเพราะ " การก่อกบฏในอินเดีย " ทำให้การติดต่อกับ เอ็ดเวิร์ด บลายธ์ในกัลกัตตาต้องหยุดชะงัก หากเขารวม การคัดเลือกทางเพศ เข้าไปด้วย ในเวลานั้นจะมีเพียงองค์ประกอบการแข่งขันของเพศชายเท่านั้น ไม่ใช่การเลือกของเพศหญิง^{[ 38 ]}

ในขั้นตอนนี้เองที่อัลเฟรด รัสเซล วอลเลซเข้ามามีส่วนร่วม และงานของดาร์วินก็มีความเร่งด่วนมากขึ้น ในขณะที่ดาร์วินยังคงสะสมความรู้และทำการทดลองต่อไป เขาก็เริ่มมุ่งมั่นที่จะตีพิมพ์ผลงานของตนเองด้วย

โปรดดูการตีพิมพ์ทฤษฎีของดาร์วินเพื่อศึกษาพัฒนาการที่เกิดขึ้น โดยพิจารณาจากบริบทชีวิต การทำงาน และอิทธิพลภายนอกในขณะนั้น

• Ospovat, Dov (1981), การพัฒนาทฤษฎีของดาร์วิน: ประวัติศาสตร์ธรรมชาติ, เทววิทยาธรรมชาติ และการคัดเลือกโดยธรรมชาติ, 1838–1859 , เคมบริดจ์; นิวยอร์ก: สำนักพิมพ์มหาวิทยาลัยเคมบริดจ์, ISBN 0-521-23818-8

• ผลงานทั้งหมดของชาร์ลส์ ดาร์วิน ออนไลน์ – Darwin Online ; งานตีพิมพ์ เอกสารส่วนตัว และบรรณานุกรมของดาร์วิน รวมถึงผลงานเสริมต่างๆ เช่น ชีวประวัติ บทความไว้อาลัย และบทวิจารณ์ สามารถใช้งานได้ฟรี และรวมถึงเอกสารที่ไม่เป็นสาธารณสมบัติ
• ผลงานของชาร์ลส์ ดาร์วินที่Project Gutenberg ; สาธารณสมบัติ
• โครงการจดหมายโต้ตอบของดาร์วินข้อความและหมายเหตุสำหรับจดหมายส่วนใหญ่ของเขา