นักประวัติศาสตร์บางคนกล่าวว่าตระกูลเอลกาโนเป็นครอบครัวผู้ขนส่งทางทะเลที่ดำเนินกิจการในทะเลเมดิเตอร์เรเนียน^[ 28 ^]การเป็นเจ้าของเรือของพวกเขาได้รับการเสนอแนะจากจำนวนภาษีที่ครอบครัวจ่ายให้กับราชสำนักในปี ค.ศ. ^{1500 [ 29 ]}

แหล่งข้อมูลบางแหล่งในศตวรรษที่ 19 กล่าวว่าตระกูลเอลกาโนเป็นของชนชั้นสูง แต่เรื่องนี้เป็นที่น่าสงสัย เอลกาโนขอสิทธิ์ในการถืออาวุธจากกษัตริย์ ซึ่งเป็นสิทธิพิเศษของชนชั้นสูง [ ^{30 ]}และขอให้พี่น้องของเขาติดตามเขาไปในการเดินทางครั้งต่อไป ซึ่งแสดงให้เห็นว่าพี่น้องเอลกาโน อย่างน้อยก็ทางฝั่งพ่อของพวกเขา ไม่ได้เป็นทั้งชนชั้นสูงหรือฮิดัลโกส^และตระกูลพอร์ทุส ทางฝั่งแม่ของพวกเขา ก็อาจจะไม่ใช่ชนชั้นสูงเช่นกัน อย่างไรก็ตาม ตระกูลโอลาซาบัล ทางฝั่งยายของเขาอาจเป็นฮิดัลโกส แต่เนื่องจากความเป็นชนชั้นสูงไม่ได้สืบทอดทางสายแม่ ดังนั้นตระกูลพอร์ทุส ผ่านทางคาตาลินา ลูกสาวของโดเมนจา จึงไม่ได้เป็นฮิดัลโกส และตระกูลเอลกาโน หลานของโดเมนจา ก็จะไม่ได้เป็นฮิดัลโกสเช่นกัน

เฟอร์นันเดซ เด นาวาร์เรเต ระบุว่า นอกจากจะเป็นชาวประมงและกะลาสีเรือแล้ว เอลกาโนยังทำหน้าที่เป็นผู้ลักลอบขนสินค้าบนเรือฝรั่งเศสอีกด้วย^{[ 31 ]}แต่ไม่มีแหล่งข้อมูลต้นฉบับใดที่ยืนยันเรื่องนี้ได้ ชีวประวัติบางเล่มชี้ให้เห็นว่าครอบครัวของเอลกาโนประสบความยากลำบากทางเศรษฐกิจเนื่องจากบิดาของเอลกาโนเสียชีวิตตั้งแต่อายุยังน้อย และมารดาของเขาต้องเลี้ยงดูพี่น้องอีกแปดคน^{[ 25 ]}แต่ข้อกล่าวอ้างนี้ไม่มีมูลความจริง

ตามที่ปรากฏในเอกสาร ในปี ค.ศ. 1500 เมื่อเอลกาโนมีอายุราว 14 ปี มีการเก็บภาษีจำนวนมากในเกตาเรีย โดยบิดาของเขา โดมิงโก เอลกาโน ปรากฏอยู่ในลำดับที่ 13 ในบัญชีภาษี โดยจ่ายภาษี 23½ มาราเวดีสดูเหมือนว่าพวกเขาจะมีฐานะค่อนข้างดี เนื่องจากพวกเขาได้รับการตั้งชื่อว่าเป็นหนึ่งในครอบครัวที่ร่ำรวยที่สุดของเมือง^{[ 30 ]}ข้อบ่งชี้อีกประการหนึ่งเกี่ยวกับความมั่งคั่งของครอบครัวของเขาคือ เอกสารของราชวงศ์ที่ให้การอภัยโทษแก่เขาในภายหลังระบุว่า เมื่อเอลกาโนยังหนุ่มและประกอบอาชีพเป็นพ่อค้าในทะเลเมดิเตอร์เรเนียน เขาเป็นเจ้าของเรือขนาด 200 ตัน

เอลกาโนร่ำรวยจากการเดินทางรอบโลก โดยได้รับเงิน 613,250 มาราเวดิส^{[ 32 ]}นี่เป็นโชคลาภมหาศาล เป็นจำนวนเงินที่เทียบเท่ากับเงินเดือนของคนนำร่องเรือเป็นเวลา 20 ปี เมื่อเทียบกับ 23½ มาราเวดิสที่พ่อของเขาจ่ายเป็นภาษีเทศบาล จากโชคลาภนั้น 104,526 มาราเวดิสเป็นค่าจ้างของนายท้ายเรือและกัปตันเรือ ส่วนที่เหลือได้มาจากการขายกานพลูที่นำเข้าจากหมู่เกาะโมลุกกะ

ไม่ทราบวันเกิดของเอลกาโน แต่สามารถอนุมานได้อย่างค่อนข้างแน่นอนว่าปีเกิดของเขาคือปี 1486 หรือ 1487 นักประวัติศาสตร์ชาวสเปนเขียนไว้ว่าเขาอายุ 42 ปีเมื่อเขาแล่นเรือไปกับแมเจลลันในปี 1518 ซึ่งจะทำให้ปีเกิดของเขาอยู่ในปี 1476 ^{[ 33 ]}อย่างไรก็ตาม ก่อนออกเดินทาง เอลกาโนเองได้ยืนยันว่าเขาอายุ "ประมาณ" 32 ปี ตามที่บันทึกไว้ในเอกสารเดือนสิงหาคม 1519 ^{[ 34 ]}ดังนั้นจึงเป็นเรื่องสมเหตุสมผลที่จะเชื่อว่าเขาเกิดในปี 1486 หรือ 1487 ^{[ 5 ]}

แทบไม่มีข้อสงสัยเกี่ยวกับสถานที่เกิดของเอลกาโน เพราะในพินัยกรรมที่เอลกาโนเขียนขึ้นเอง เขาได้ระบุว่าสถานที่เกิดของเขาคือเกตาเรียโดยทั่วไปแล้วกล่าวกันว่าเขาเกิดในบ้านที่ตั้งอยู่บนถนนซานโรเกในเขตเทศบาลเกตาเรีย ซึ่งปัจจุบันเรียกว่า "บ้านเกิดของฮวน เซบาสเตียน เอลกาโน" มีป้ายจารึกเพื่อรำลึกถึงเหตุการณ์นี้อยู่ข้างบ้าน แม้ว่าเขาจะเกิดที่นั่น บ้านหลังนั้นก็ไม่ได้เป็นของตระกูลเอลกาโน แต่เป็นของตระกูลปอร์ตุส ซึ่งเป็นตระกูลของปู่ฝ่ายแม่ของเขา^{[ 30 ]}

ในพงศาวดารในสมัยนั้น เอลกาโนยังถูกนำเสนอว่าเป็น "ชาวเกตาเรีย" อีกด้วย ในปี ค.ศ. 1601 นักพงศาวดารฮวน เด มาเรียนาหลังจากเขียนว่าเอลกาโนมาจากเกตาเรียแล้ว ก็ได้เพิ่มเติมว่า "มีสัญชาติจากบิสกาย หรือชาวกิปุสโก" ^{[ 35 ]}ในเวลานั้นชาวบาสก์ถูกเรียกว่า'วิซกาอิโนส' หรือ 'บิสกายันส์'มีการอนุมานจากข้อมูลทางอ้อมว่าภาษาบาสก์เป็นภาษาแม่ของเขา แต่เป็นความจริงอย่างไม่ต้องสงสัยว่าเขาสื่อสารเป็นภาษาสเปนด้วย ดังที่เห็นได้จากจดหมายที่เขาเขียนถึงกษัตริย์ และจากการสอบสวนที่เขาได้รับในเซบียาและบายาโดลิด ดูเหมือนว่าเขาจะอ่านภาษาละตินได้เช่นกัน เพราะหนังสือสองเล่มที่อ้างถึงในพินัยกรรมของเขาเขียนด้วยภาษานั้น

มีข้อมูลเพียงเล็กน้อยเกี่ยวกับวัยเยาว์ของเอลกาโน ในวัยหนุ่มเขาเป็นเจ้าของเรือขนาดใหญ่และแล่นเรือในทะเลเมดิเตอร์เรเนียน เขาขายเรือให้กับชาวซาวอยเพื่อแก้ไขปัญหาทางกฎหมายที่เกิดขึ้นเนื่องจากกษัตริย์ไม่ได้จ่ายเงินเดือนให้เขาสำหรับ 'บริการที่ได้รับ' ตามคำสั่งของกษัตริย์ มีการกล่าวซ้ำบ่อยครั้ง เช่น ในปี 1509 ว่าเขามีส่วนร่วมในการพิชิตเมืองออรานในทะเลเมดิเตอร์เรเนียน ภายใต้การนำของพระคาร์ดินัลฟรานซิสโก ฆิเมเนซ เด ซิสเนรอสโดยบังคับบัญชาเรือขนาดสองร้อยตันของเขาเอง^{[ 36 ] [ 37 ] [ 25 ]}อย่างไรก็ตาม ในทะเบียนเรือที่เข้าร่วมในการพิชิตเมืองออราน ไม่มีการบันทึกชื่อกัปตันเอลกาโนหรือชื่ออื่นใดที่คล้ายกัน^{[ 38 ] [ 39 ] [ 5 ]}ตามประวัติศาสตร์สเปน เอลกาโนเข้าร่วมสงครามกับอิตาลีภายใต้การนำของกอนซาโล เฟอร์นันเดซ เด กอร์โดวาซึ่งเป็นที่รู้จักในนามกัปตันผู้ยิ่งใหญ่ ( El Gran Capitán ) (1495–1504) ^{[ 25 ]}เรื่องนี้ก็เป็นที่น่าสงสัยเช่นกัน เพราะไม่มีแหล่งข้อมูลปฐมภูมิที่จะพิสูจน์ได้ และเหนือสิ่งอื่นใด เพราะเอลกาโนมีอายุเพียง 8 ปี (17 ปี ตามประวัติศาสตร์สเปน) ^{[ 38 ]}และเป็นไปไม่ได้ที่เด็กชายอายุ 8 ขวบจะเป็นเจ้าของเรือหรือเข้าร่วมสงคราม

ใบรับรองการอภัยโทษที่กษัตริย์ออกให้แก่เอลกาโนได้รับการเก็บรักษาไว้^{[ 3 ]}ระบุว่าเขาปฏิบัติหน้าที่รับใช้กษัตริย์ "ในเลแวนต์และแอฟริกา" แต่การกระทำเหล่านี้ไม่ได้ระบุรายละเอียดเพิ่มเติม นอกจากนี้ยังระบุว่าเนื่องจากกษัตริย์ไม่ได้จ่ายเงินเดือนตามที่สัญญาไว้ เขาจึงถูกบังคับให้ขายเรือของเขาให้กับราชวงศ์ซาวอยสันนิษฐานว่าเมื่อเขาขอเงินจากพ่อค้าของซาวอย เขาต้องเสนอเรือเป็นหลักประกัน ดังนั้น ในกรณีที่เขาเข้าร่วมในปฏิบัติการทางทหารในทะเลเมดิเตอร์เรเนียน 'เพื่อรับใช้กษัตริย์' บางทีเหตุการณ์ความหายนะที่เกลเวส (1510) อาจเป็นปัจจัยหนึ่ง เนื่องจากความพ่ายแพ้ทางทหารครั้งนั้นจะอธิบายถึงหนี้สินของเอลกาโนได้^{[ 39 ]}ถูกบังคับให้จ่ายค่าเรือและค่าจ้างลูกเรือ แต่ไม่มีรางวัลจากการสงคราม นี่อาจเป็นสาเหตุที่ทำให้เขาเป็นหนี้ เมื่ออายุได้ 23 ปี เขาไม่สามารถชำระหนี้สินทางการเงินได้ และยังคงอยู่บนเรือในอิตาลี เขาจึงต้องมอบเรือให้กับชาวซาวอยเพื่อชำระหนี้ อีกสมมติฐานหนึ่งคือ เอลกาโนได้ปฏิบัติ 'บริการของราชวงศ์' ในฤดูใบไม้ร่วงปี 1516 ระหว่างการรบเพื่อยึดแอลเจียร์ซึ่งก็เป็นความพ่ายแพ้ทางทหารเช่นกัน และหลังจากนั้นเขาจึงต้องสละเรือของเขา^{[ 29 ]}

เป็นที่ทราบกันว่าในช่วงฤดูร้อนปี 1515 เอลกาโนได้เข้าร่วมกองกำลังท้องถิ่น ราชองครักษ์ได้ขอให้ชาวกิปุสโก 500 คนไปที่ฮอนดาร์ริเบียและซานเซบาสเตียนเพื่อรับมือกับภัยคุกคามจากฝรั่งเศส เอลกาโนไปที่นั่นพร้อมกับเพื่อนร่วมชาติอีก 11 คน โดยคิดค่าบริการวันละ 30 มาราเวดี ดูเหมือนว่าหากเขาต้องเข้าร่วมกองกำลังท้องถิ่นในปี 1515 และเขาไม่ได้เป็นเจ้าของเรือในเวลานั้น การที่เขาจะเข้าร่วมการต่อสู้เพื่อยึดแอลเจียร์นั้นไม่น่าเป็นไปได้^{[ 5 ]}ในช่วงทศวรรษ 1510 การที่เอลกาโนเป็นเจ้าของเรือขนาด 200 ตันแล้ว และสำหรับชายหนุ่มเช่นนี้ที่จะรับผิดชอบนั้น ถือเป็นเรื่องผิดปกติ แต่เห็นได้ชัดว่าเอลกาโนเป็นนักเดินเรือที่มีพรสวรรค์และก้าวหน้าอย่างรวดเร็วในฐานะนักเดินเรือมืออาชีพ อย่างไรก็ตาม เขาได้กระทำความผิดร้ายแรงโดยการขายเรือของเขาให้กับชาวซาวอย ซึ่งเป็นการกระทำที่ผิดกฎหมายในยุคที่สงครามเกิดขึ้นโดยใช้เรือ การละเมิดนี้จะทำให้เขาประสบปัญหามากมายในอีกหลายปีข้างหน้า^{[ 25 ]}

หลังจากกลับจากการรณรงค์ในทะเลเมดิเตอร์เรเนียน เนื่องจากเขามีปัญหาทางกฎหมาย จึงเป็นไปได้ว่าเขายังคงอยู่ในทะเลเมดิเตอร์เรเนียน ในแคว้นกาตาลุญญาหรือแคว้นวาเลนเซียหรืออาจจะในอาลิกันเต ด้วย ^{[ 25 ]} (ในพินัยกรรมของเขา เขาได้มอบเงิน 24 ดูแคตให้กับโบสถ์ซานตาเวโรนิกาในอาลิกัน เต) อย่างไรก็ตาม ในช่วงปลายเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1517 เขาได้ปรากฏตัวอีกครั้งในเกตาเรีย ดังที่ทราบกันดีว่าเขาได้ลงนามเป็นพยานในจดหมายหนี้ของเพื่อนร่วมชาติ เป็นไปได้ว่าบุตรชายของเขากับมาเรีย เอร์นันเดซ เอร์เนียลเด หญิงสาวชาวเกตาเรีย ได้ถือกำเนิดขึ้นในช่วงเวลานั้น ระหว่างปี ค.ศ. 1517 ถึง 1518 แม้ว่าพวกเขาจะไม่ได้แต่งงานกันก็ตาม อาจเป็นเพราะเอลกาโนไม่มีที่อยู่อาศัยที่มั่นคง^{[ 29 ]}ในช่วงปลายปี ค.ศ. 1518 เอลกาโนได้ออกจากเกตาเรียและเดินทางไปยังเซบียาเพื่อเข้าร่วมการเดินทางของแมเจลลัน อย่างไรก็ตาม หลังจากกลับจากการเดินทางสำรวจเมื่ออายุได้ 35 หรือ 36 ปี กษัตริย์ก็ทรงยกหนี้ตามกฎหมายให้เขาในวันที่ 13 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1523 ทำให้เขาสามารถสร้างฐานะในเมืองบายาโดลิดได้

เอลกาโนเข้าร่วมในการก่อกบฏอย่างรุนแรงต่อเฟอร์ดินานด์ แมเจลลัน ก่อนที่กองเรือจะค้นพบช่องแคบแมเจลลันซึ่งเป็นทางผ่านระหว่างแผ่นดินใหญ่ของอเมริกาใต้และติเอร์ราเดลฟูเอโกแมเจลลันไว้ชีวิตเขา และหลังจากทำงานหนักเป็นเวลาห้าเดือนโดยถูกล่ามโซ่ เขาก็ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นกัปตันเรือคารัค [ ^{44 ] ต่อ} มาเรือ ซานติอาโกถูกทำลายในพายุ กองเรือแล่นข้ามมหาสมุทรแอตแลนติกไปยังชายฝั่งตะวันออกของบราซิลและเข้าไปในบริเวณที่ปัจจุบันคือเมืองปูเอร์โตซานฮูเลียนในอาร์เจนตินาหลายเดือนต่อมา พวกเขาค้นพบทางผ่านที่ปัจจุบันรู้จักกันในชื่อช่องแคบแมเจลลันซึ่งตั้งอยู่ทางตอนใต้สุดของอเมริกาใต้และแล่นเรือผ่านช่องแคบ ลูกเรือของซานอันโตนิโอก่อกบฏและกลับไปยังสเปน ในวันที่ 28 พฤศจิกายน 1520 เรือสามลำออกเดินทางไปยังมหาสมุทรแปซิฟิกและมีผู้เสียชีวิตประมาณ 19 คนก่อนที่พวกเขาจะถึงเกาะกวมในวันที่ 6 มีนาคม 1521 ความขัดแย้งกับเกาะโรตาที่อยู่ใกล้เคียงทำให้แมเจลลันและเอลกาโนไม่สามารถส่งเสบียงอาหารและน้ำให้กับเรือของพวกเขาได้ ในที่สุดพวกเขาก็รวบรวมเสบียงได้เพียงพอและเดินทางต่อไปยังฟิลิปปินส์ และอยู่ที่นั่นเป็นเวลาหลายสัปดาห์ ความสัมพันธ์อันใกล้ชิดพัฒนาขึ้นระหว่างชาวเกาะและชาวสเปน ซึ่งเริ่มเผยแพร่ศาสนาและเปลี่ยนชนเผ่าเซบูให้มานับถือศาสนาคริสต์ นอกจากนี้พวกเขายังเข้าไปเกี่ยวข้องกับสงครามระหว่างชนเผ่าต่างๆ ของชาวฟิลิปปินส์บนเกาะมักตันด้วย

เมื่อวันที่ 27 เมษายน ค.ศ. 1521 แมเจลลันถูกสังหาร และชาวสเปนพ่ายแพ้ต่อชนพื้นเมืองในยุทธการที่มักตันในฟิลิปปินส์ สมาชิกที่รอดชีวิตจากการเดินทางสำรวจไม่สามารถตัดสินใจได้ว่าใครควรสืบทอดตำแหน่งต่อจากแมเจลลัน ในที่สุดพวกเขาก็เลือกที่จะบัญชาการร่วมกัน โดยแบ่งอำนาจการนำระหว่างดูอาร์เต บาร์โบซาและฌัว เซอร์เรา แต่ภายในสี่วันต่อมา ทั้งสองก็เสียชีวิตเช่นกัน หลังจากถูกทรยศโดยเจ้าภาพในงานเลี้ยงที่จัดโดยราชาฮูมาบอน ภารกิจจึงตกอยู่ในภาวะวิกฤต และฌัว โลเปส เด คาร์วัลโญ จึงเข้ารับตำแหน่งผู้บัญชาการกองเรือ นำกองเรือเดินทางอย่างวกวนผ่านหมู่เกาะฟิลิปปินส์

ระหว่างการเดินทางที่ไร้จุดหมายเป็นเวลาหกเดือนหลังจากแมเจลลันเสียชีวิต และก่อนที่จะถึงหมู่เกาะโมลุกกะสถานะของเอลกาโนก็เพิ่มสูงขึ้นเมื่อลูกเรือเริ่มผิดหวังกับการเป็นผู้นำที่อ่อนแอของคาร์วัลโญ เรือทั้งสองลำคือวิกตอเรียและตรินิแดดในที่สุดก็ถึงจุดหมายปลายทางคือหมู่เกาะโมลุกกะในวันที่ 6 พฤศจิกายน ลูกเรือพักผ่อนและเติมเสบียงให้กับเรือในท่าเรือแห่งนี้ จากนั้นก็บรรทุกสินค้าอันมีค่าอย่างกานพลูและลูกจันทน์เทศ ลงในระวางเรือ ในวันที่ 18 ธันวาคม เรือพร้อมที่จะออกเดินทาง แต่เรือตรินิแดดเกิดรั่วและไม่สามารถซ่อมแซมได้ คาร์วัลโญจึงอยู่กับเรือพร้อมกับคนอื่นๆ อีก 52 คนโดยหวังว่าจะได้กลับมาในภายหลัง^{[ 45 ]}

เรือวิคตอเรียซึ่งบัญชาการโดยเอลกาโน พร้อมด้วยผู้รอดชีวิตชาวยุโรปอีก 17 คนจากคณะสำรวจ 240 คน และผู้รอดชีวิตอีก 4 คนจากชาวติมอร์ 13 คน ได้เดินทางต่อไปทางตะวันตกสู่สเปน โดยข้ามมหาสมุทรอินเดียและมหาสมุทรแอตแลนติกพวกเขามาถึงซานลูการ์ เด บาร์ราเมดาในวันที่ 6 กันยายน ค.ศ. 1522 ^{[ 46 ]}

อันโตนิโอ ปิกาเฟตตา นักวิชาการชาวอิตาลี เป็นหนึ่งในลูกเรือของการเดินทางสำรวจของแมเจลลันและเอลกาโน และต่อมาได้เขียนเอกสารหลายฉบับเกี่ยวกับเหตุการณ์ในการเดินทางครั้งนั้น ตามที่ปิกาเฟตตาบันทึกไว้ การเดินทางครั้งนี้ครอบคลุมระยะทาง 14,460 ลีก หรือประมาณ81,449 กิโลเมตร (50,610 ไมล์) 

เฟอร์ดินานด์ แมเจลลันเป็นหัวหน้าคณะสำรวจ ดำรงตำแหน่งเป็นแม่ทัพใหญ่ ( capitán-general ) เนื่องจากเป็นชาวโปรตุเกส เขาเคยเดินทางไปทั่วเอเชียใต้กับกองทัพโปรตุเกส ในวัยหนุ่ม ได้รู้จักเกาะต่างๆ เหล่านั้น พบท่าเรือที่ปลอดภัยและที่พักอาศัย และสร้างความเชี่ยวชาญด้านเส้นทางเดินเรือเพื่อการค้า จากประสบการณ์เหล่านั้น แมเจลลันจึงรู้ตำแหน่งที่แน่นอนของหมู่เกาะโมลุกกะซึ่งในสมัยนั้นเรียกว่า "หมู่เกาะเครื่องเทศ" หรืออย่างน้อยเขาก็ทำให้พระเจ้าชาร์ลส์ที่ 5 เชื่อเช่นนั้น เขาอ้างอย่างผิดๆ ว่าหมู่เกาะเหล่านั้นอยู่ในเขตอิทธิพลของคาสติเลียตามสนธิสัญญาตอร์เดซิยาสเขาได้รับการแต่งตั้งเป็นแม่ทัพใหญ่เพราะเขามีข้อมูลนี้ และนี่ก็เป็นเหตุผลที่เขาเป็นผู้รับผิดชอบในการวางแผนเส้นทางของคณะสำรวจไปยังอินเดียตะวันออก ความสัมพันธ์ระหว่างแมเจลลันและเอลกาโนตึงเครียดขึ้นอย่างรวดเร็ว เนื่องจากแมเจลลันไม่ต้องการเปิดเผยเส้นทางให้ใครเห็น และไม่ต้องการเปิดเผยตำแหน่งที่แน่นอนของหมู่เกาะโมลุกกะ^{[ 5 ] [ 32 ]}แมเจลลันประณามเอลกาโนในซานจูเลียน ( ปาตาโกเนีย ) สำหรับการมีส่วนร่วมในการก่อกบฏซานจูเลียน

เอลกาโนสารภาพว่าเขามีส่วนร่วมในการก่อกบฏต่อต้านแมเจลลันระหว่างการสอบสวนที่บายาโดลิดหลังจากการเดินทางรอบโลก โดยกล่าวเพิ่มเติมว่าเขาไม่ได้เขียนอะไรเลยในขณะที่แมเจลลันยังมีชีวิตอยู่เพราะเขากลัวแม เจลลัน ^{[ 5 ]}แมเจลลันถูกสังหารในฟิลิปปินส์ เมื่อวันที่ 27 เมษายน ค.ศ. 1521 โดยนักรบจากเกาะมักตัน

แม้ว่าเป้าหมายที่กษัตริย์ตั้งไว้คือการเปิดเส้นทางไปยังหมู่เกาะเครื่องเทศ แต่เมื่อพวกเขาไปถึงเอเชีย แมเจลลันก็เริ่มแสวงหาเป้าหมายส่วนตัวในฐานะกัปตัน กษัตริย์ทรงสัญญาว่าจะแต่งตั้งเขาเป็นผู้ว่าการหมู่เกาะเหล่านั้นในซีกโลกของคาสติเลีย และเขาจะได้รับสิทธิทางการค้าในการค้าขายของเกาะหลักสองเกาะ นี่อาจเป็นเหตุผลที่คณะสำรวจไม่ได้แล่นเรือตรงไปยังหมู่เกาะโมลุกกะเพื่อหาเครื่องเทศ แต่ไปทางเหนือมากกว่านั้น พวกเขายังเดินทางไปทั่วภูมิภาคและเข้าไปเกี่ยวข้องกับความขัดแย้งภายในของชนเผ่าต่างๆ ที่อาศัยอยู่ในเกาะต่างๆ^{[ 32 ]}

หลังจากแมเจลลันเสียชีวิตดูอาร์เต บาร์โบซา ชาวโปรตุเกส ซึ่งเป็นญาติของแมเจลลัน ได้รับแต่งตั้งเป็นกัปตันใหญ่ แต่เขาก็ถูกสังหารในเซบูพร้อมกับกัปตันโจเอา เซอร์เราแห่งเรือตรินิแดดในการซุ่มโจมตีระหว่างงานเลี้ยงอาหารค่ำที่จัดโดยผู้นำของเกาะ ราชาที่ชื่อฮูมาบอนในการซุ่มโจมตีเมื่อวันที่ 1 พฤษภาคมที่มักตัน ลูกเรือประมาณ 35 คนเสียชีวิต^{[ 32 ]}ในสถานการณ์เช่นนี้ เมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม ค.ศ. 1521 จึงมีการตัดสินใจเผาเรือคอนเซปซิออนเนื่องจากมีลูกเรือไม่เพียงพอ เพียง 116 หรือ 117 คนเท่านั้นที่จะประจำการบนเรือสามลำ ดังนั้นการเดินทางจึงลดลงจากห้าลำเหลือสองลำ^{[ 5 ] [ 32 ]}

ขณะนี้คณะสำรวจมีเรือเพียงสองลำที่จะกลับไปยังเซบียา คือวิกตอเรียและตรินิแดดอย่างไรก็ตาม เอลกาโนไม่ได้รับการแต่งตั้งเป็นกัปตันในทันที ก่อนอื่น ชาวโปรตุเกสอีกคนหนึ่งชื่อฮวน โลเปซ เด คาร์วัลโญได้รับการแต่งตั้งในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1521 แต่ลูกเรือไม่เห็นด้วยกับวิธีการบังคับบัญชาของคาร์วัลโญ จึงปลดคาร์วัลโญและเลือกเอลกาโนเป็นกัปตันเรือในวันที่ 17 กันยายน ค.ศ. 1521 ^{[ 5 ]}การชี้แจงสิ่งที่เกิดขึ้นระหว่างเดือนพฤษภาคมถึงกันยายนนั้นซับซ้อน เนื่องจากมีเหตุการณ์หลายเวอร์ชัน วิธีการและเหตุผลที่ตัดสินใจผิดปกติในการปลดคาร์วัลโญและแต่งตั้งเอลกาโนเป็นผู้บัญชาการยังไม่ได้รับการระบุ แต่เป็นที่แน่นอนว่าเอลกาโนได้รับการเลือกเป็นกัปตันโดยลูกเรือเพื่อแทนที่คาร์วัลโญ^{[ 38 ]}

หลังจากเดินทางมาถึงหมู่เกาะโมลุกกะและบรรทุกสินค้ากานพลูเรียบร้อยแล้ว เมื่อเข้าสู่เอเชียใต้ กัปตันเอลกาโนได้เปลี่ยนแผนเดิม เขาเสนอที่จะเดินทางต่อไปทางตะวันตกเพื่อกลับไปยังยุโรปโดยอ้อมแหลมกู๊ดโฮปในแอฟริกา โดยไม่วกกลับหรืออ้อมแหลมฮอร์นในอเมริกาใต้ การเปลี่ยนแผนครั้งนี้จะนำไปสู่การเดินทางรอบโลกครั้งแรก

ในที่สุดคณะสำรวจก็มาถึง เกาะ ติโดเรในหมู่เกาะโมลุกกะ ซึ่งปัจจุบันอยู่ในประเทศอินโดนีเซียที่นั่นพวกเขาพบเครื่องเทศล้ำค่าที่พวกเขากำลังมองหา นั่นคือ กานพลู พวกเขาทำข้อตกลงกับราชาท้องถิ่น ซึ่งพวกเขาเรียกว่าอัลมันซูร์แห่งเกาะติโดเร และราชาผู้นั้นได้นำกานพลูมาให้พวกเขาเป็นจำนวนมาก (เรือวิกตอเรียกลับไปยังเซบียาพร้อมกานพลู 27 ตัน) เนื่องจากมีกานพลูไม่มากนักบนเกาะติโดเร ราชาจึงนำกานพลูจากเกาะใกล้เคียงมาด้วย ในขณะเดียวกัน เรือตรินิแดดก็ได้รับความเสียหาย เมื่อได้ยินข่าวการมาถึงของชาวโปรตุเกส และด้วยอันตรายจากการล่าช้า พวกเขาจึงตัดสินใจเดินทางกลับโดยลำพังบนเรือวิกตอเรียโดยมีเอลกาโนเป็นกัปตัน^{[ 32 ]}พวกเขาได้รับคำสั่งเฉพาะจากพระมหากษัตริย์ให้เดินทางกลับตามเส้นทางเดิม แต่พวกเขาไม่ปฏิบัติตาม^{[ 5 ] [ 38 ]}และเลือกเส้นทางไปทางทิศตะวันตกโดยมีเป้าหมายที่จะแล่นเรือรอบโลก เอลกาโนเสนอให้ทำเช่นนี้เพราะ ตามที่เขาเขียนไว้ว่า "พวกเขากำลังจะทำสิ่งที่สามารถเล่าได้" ซึ่งแสดงให้เห็นว่าเขาทราบถึงความสำคัญทางประวัติศาสตร์ของการเดินทางของพวกเขา ดังที่เห็นได้ชัดในจดหมายที่เขาเขียนถึงกษัตริย์ที่เพิ่งขึ้นครองราชย์: ^{[ 47 ]}

ฝ่าบาทคงทราบดีว่าพวกเราสมควรได้รับเกียรติสูงสุดที่ได้ค้นพบและเดินทางรอบโลกจนครบหนึ่งรอบ เพราะพวกเราได้เดินทางไปทางทิศตะวันตกและกลับมาทางทิศตะวันออก

เอลกาโนอนุญาตให้ลูกเรือเลือกเรือเอง เนื่องจากพวกเขาจะต้องแล่นเรือรอบหมู่เกาะในน่านน้ำของโปรตุเกส ลูกเรือ 47 คนเลือกที่จะกลับไปกับเอลกาโนบนเรือวิกตอเรียและลูกเรือ 13 คนตัดสินใจที่จะอยู่ต่อในหมู่เกาะโมลุกกะ ในเวลานั้นมีชาวบาสก์เหลืออยู่ในการเดินทาง 12 คน ซึ่ง 8 คนตัดสินใจที่จะกลับไปกับเอลกาโน ส่วนอีก 3 คนยังคงอยู่บนเรือตรินิแดด เรือวิกตอเรียออกจากเกาะติโดเรในวันที่ 21 ธันวาคม ค.ศ. 1521 มุ่งหน้าไปยังเซบียา พวกเขาแล่นเรือเข้าไปในพายุรุนแรงซึ่งทำให้เรือเสียหาย บนเกาะมัลลัว (ปัจจุบันเรียกว่าเกาะเวตาร์ ) ที่อยู่ใกล้เคียง พวกเขาต้องพักอยู่ 15 วันเพื่อซ่อมแซม จากติโดเร พวกเขาแล่นเรือไปยังเกาะติมอร์และหลังจากใช้เวลาอยู่ที่นั่นสองสามวัน พวกเขาก็ออกเดินทางในวันที่ 7 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1522 ตั้งแต่วันนั้นจนถึงวันที่ 9 กรกฎาคม เมื่อพวกเขาไปถึงแหลมเวอร์เดพวกเขาก็ไม่ได้เหยียบแผ่นดินอีกเลย^{[ 32 ]}คณะสำรวจวางแผนที่จะแล่นเรือจากติมอร์ไปยังเซบียา ซึ่งเป็นระยะทาง27,000 กิโลเมตร (17,000 ไมล์)โดยไม่มีการหยุดพัก เพื่อหลีกเลี่ยงการพบกับชาวโปรตุเกสระหว่างทาง พวกเขาไม่ประสบความสำเร็จ เพราะหลังจากแล่นเรือไปได้กว่า20,000 กิโลเมตร (12,000 ไมล์)เสบียง สุขภาพ และสภาพของวิกตอเรียก็แย่ลงจนไม่สามารถเดินทางต่อได้ ลูกเรือจึงลงมติให้หยุดพักและฟื้นฟูร่างกายที่แหลมเวอร์เด    

จากติมอร์ เรือวิคตอเรียเดินทางไปทางทิศตะวันตก บนเส้นละติจูดประมาณ 10°  32'  ใต้ – น่าจะอยู่ห่างจากแผ่นดินใหญ่ของออสเตรเลียไม่เกิน500 กม. (310.69 ไมล์)และแล่นผ่านใกล้เกาะคริสต์มาสและหมู่เกาะโคโคส – ก่อนที่จะมุ่งหน้าไปทางทิศตะวันตกเฉียงใต้^{[ 48 ]}เพื่อหลีกเลี่ยงอินเดียของโปรตุเกสและข้ามเส้นศูนย์สูตรเข้าสู่ซีกโลกใต้การเดินทางลงใต้ไกลขนาดนี้ทำให้พวกเขาสามารถหลีกเลี่ยง ลม มรสุมที่พัดมาจากแอฟริกาในช่วงเวลานั้นของปีได้ ในวันที่ 18 มีนาคม ลูกเรือมองเห็นเกาะที่เอลกาโนตั้งชื่อว่าDesesperanza (“ความสิ้นหวัง”; ต่อมาเป็นที่รู้จักในชื่อIle Amsterdam ) ^{[ 48 ]}เพราะเขาไม่สามารถหาที่ปลอดภัยในการขึ้นฝั่งได้ และลูกเรือของเขากระหายน้ำจืดอย่างมาก หลังจากออกเดินทางจากติมอร์มาได้ 40 วัน  

ขณะที่พวกเขายังอยู่ในมหาสมุทรอินเดีย ลูกเรือของวิคตอเรียเริ่มขาดแคลนอาหาร พวกเขามีเพียงข้าวที่หุงในน้ำทะเลเหลือให้กิน และโรคเลือดออกตามไรฟันเริ่มทำให้ลูกเรือล้มป่วยอย่างหนัก ภายใต้สถานการณ์เช่นนี้ ความคิดที่จะขึ้นฝั่งที่โมซัมบิกจึงแพร่กระจายไปทั่วเรือ อย่างไรก็ตาม การขึ้นฝั่งที่นั่นเป็นอันตราย เพราะชาวโปรตุเกสอาจจับพวกเขาได้ เอลกาโนจึงปรึกษาลูกเรือ ซึ่งลงมติให้แล่นเรือต่อไปโดยไม่แวะที่โมซัมบิก^{[ 5 ] [ 32 ]}

การแล่นเรืออ้อม แหลมกู๊ดโฮปอันอันตรายทางตอนใต้สุดของทวีปแอฟริกาเป็นเรื่องยากลำบากมากสำหรับพวกเขา ชาวโปรตุเกสเรียกแหลมนี้ว่า "แหลมแห่งพายุ" ในตอนแรกพวกเขามุ่งหน้าไปทางใต้เพื่อใช้ประโยชน์จากลม แต่เรือไม่สามารถแล่นต่อไปได้เนื่องจากสภาพอากาศเลวร้าย ซึ่งเป็นเรื่องปกติในบริเวณนั้น พวกเขาต้องอยู่ที่นั่นเป็นเวลาเก้าสัปดาห์ท่ามกลางความหนาวเย็นโดยลดใบเรือลง^{[ 49 ]}ในที่สุดเอลกาโนก็เสนอทางเลือกที่อันตรายแก่ลูกเรือ คือให้แล่นเรืออ้อมแหลมไปใกล้ชายฝั่ง ในด้านหนึ่งมีอันตรายที่พายุจะพัดพาพวกเขาไปติดชายฝั่ง และในอีกด้านหนึ่ง หากพวกเขาหลีกเลี่ยงชะตากรรมนั้นได้ พวกเขาอาจพบกับชาวโปรตุเกสทางด้านตะวันออกของแหลม พวกเขาจึงแล่นเรือต่อไปทางตะวันตกในมหาสมุทรอินเดีย ใกล้กับชายฝั่งแอฟริกา และในที่สุดก็สามารถแล่นเรืออ้อมแหลมและมุ่งหน้าไปทางเหนือออกจากชายฝั่งตะวันตกของทวีปได้^{[ 5 ] [ 32 ]}

คณะสำรวจไม่สามารถแล่นเรือตรงไปยังเซบียาได้เนื่องจากสถานการณ์บนเรือไม่สามารถรับมือได้ และพวกเขาจำเป็นต้องขึ้นฝั่งที่ใดที่หนึ่ง ด้วยความสิ้นหวังและเพื่อค้นหาอาหาร พวกเขาจึงสำรวจชายฝั่งแอฟริกาบริเวณที่ปัจจุบันคือประเทศกินีบิสเซาและเซเนกัลแต่ไม่พบสถานที่ที่เหมาะสมที่จะขึ้นฝั่ง พวกเขาจึงลงมติตัดสินใจแวะที่เคปเวอร์เดเพื่อหาอาหารและซ่อมแซมเรือ แม้ว่าโปรตุเกสจะเป็นผู้ปกครองเคปเวอร์เดก็ตาม นี่เป็นช่วงสุดท้ายของการเดินทาง และลูกเรือของเอลกาโนไม่ได้ขึ้นฝั่งเป็นเวลาหลายเดือน โดยมีผู้เสียชีวิตสัปดาห์ละสองหรือสามคน น้ำทะเลไหลเข้าสู่ตัวเรือไม้เนื่องจากหนอนทะเลเจาะเข้าไปและทำลายตัวเรือ และเนื่องจากลูกเรืออ่อนแรงจากความหิวโหย พวกเขาจึงไม่มีแรงที่จะสูบน้ำออกจากท้องเรือและเหลือลูกเรือที่ยังมีชีวิตอยู่น้อยลงเรื่อยๆ^{[ 32 ]}

ยิ่งไปกว่านั้น พวกเขาไม่มีเงินและไม่มีสินค้าใดๆ นอกจากกานพลูที่จะนำไปแลกเปลี่ยนเป็นเสบียง การยอมรับว่าพวกเขามีกานพลูจะเปิดเผยว่าคณะสำรวจกำลังเดินทางกลับจากเอเชียแทนที่จะเป็นอเมริกา และชาวโปรตุเกสจะออกมาต่อต้านพวกเขา ด้วยวิธีการที่ไม่ทราบแน่ชัด พวกเขาสามารถจ่ายค่าอาหารสองเที่ยวแรกได้ แต่พวกเขาใช้กานพลูส่วนหนึ่งที่บรรทุกมาจ่ายค่าอาหารเที่ยวที่สาม และด้วยเหตุนี้จึงเปิดเผยตัวตนของพวกเขาต่อชาวโปรตุเกส (สมมติฐานนี้ถูกปฏิเสธโดยนักวิชาการเช่น Enrique Santamaría ซึ่งโต้แย้งว่า "ข้อผิดพลาด" ดังกล่าวเป็นไปไม่ได้) [ ^{5 ] ด้วย}เหตุนี้ พวกเขาจึงถูกชาวโปรตุเกสไล่ล่าและถูกบังคับให้หนี ทำให้ลูกเรือ 13 คนตกเป็นเชลยของชาวโปรตุเกสในเคปเวอร์เด

ยังไม่ชัดเจนนักว่าการซื้อครั้งที่สามที่เสี่ยงอันตรายของพวกเขาที่เคปเวอร์เดนั้นเป็นการซื้อเสบียงหรือทาส บันทึกดั้งเดิมส่วนใหญ่ รวมถึงบันทึกของเอลกาโน กล่าวถึงเฉพาะอาหารเท่านั้น แต่เฮอร์นันโด เดอ บัสตามานเตช่างตัดผมและศัลยแพทย์ประจำเรือ กล่าวว่าพวกเขาลงไปเพื่อหาทาสเนื่องจากมีความจำเป็นต้องใช้แรงงานในการสูบน้ำที่ท่วมท้องเรือ^{[ 38 ]}นี่เป็นความเป็นไปได้ เนื่องจากการค้าทาสชาวแอฟริกันเป็นเรื่องปกติและถูกกฎหมายในโปรตุเกส

เรือไม่ได้แล่นจากแหลมเวอร์เดไปยังเซบียาเป็นเส้นตรงเพราะลมพัดพาเรือออกนอกเส้นทาง พวกเขาจึงหันกลับโดยใช้ ' Volta do mar largo ' (การแล่นเรือในทิศทางลมแรง) แล่นไปทางทิศตะวันตกเป็นวงกว้าง เกือบถึงทางเหนือของแคว้นกาลิเซียและจากที่นั่นก็แล่นลงใต้กลับไปยังเซบียา พวกเขาขึ้นฝั่งที่ซานลูการ์ เด บาร์ราเมดาในวันที่ 6 กันยายน ค.ศ. 1522 และอีกสองวันต่อมา พวกเขาก็เข้าสู่เซบียาในวันที่ 8 กันยายน หลังจากการเดินทางเกือบสามปี จากลูกเรือ 234 (หรือ 247) คนที่ออกเดินทาง มีเพียง 18 คนเท่านั้นที่มาถึง^{[ 32 ]}

ทันทีที่เรือวิคตอเรียมาถึงซานลูการ์ เด บาร์ราเมดา เอลกาโนก็เริ่มเขียนจดหมายความยาว 700 คำถึงพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 5 โดยที่เขาไม่ได้กล่าวถึงตัวเองเลย แต่เน้นย้ำว่าการเดินทางครั้งนี้บรรลุเป้าหมายในการนำเครื่องเทศที่ต้องการกลับมา ได้ "นำสันติสุข" มาสู่เกาะเหล่านั้น และได้รับมิตรภาพจากกษัตริย์และขุนนางของพวกเขา ซึ่งได้รับการยืนยันด้วยลายเซ็นของพวกเขาในเอกสาร^{[ 47 ]}เขายังเน้นย้ำถึงความยากลำบากอย่างยิ่งที่เกิดขึ้นระหว่างการเดินทาง เอลกาโนไม่ได้ลืมลูกเรือที่ถูกจับตัวไปในกาโบเวร์เดโดยชาวโปรตุเกส และวิงวอนให้กษัตริย์ริเริ่มดำเนินการทุกอย่างที่จำเป็นเพื่อปล่อยตัวพวกเขา เขาจบจดหมายด้วยคำอธิบายเกี่ยวกับการค้นพบของพวกเขา ความกลมของโลก การออกเรือไปทางทิศตะวันตก และการกลับมาจากทิศตะวันออก^{[ 47 ]}

เมื่อการเดินทางสิ้นสุดลง เมื่อมาถึงเซบียา เอลกาโนและลูกเรือที่ได้รับเลือกอีกไม่กี่คนได้เดินทางไปยังบายาโดลิด ซึ่งในขณะนั้นเป็นที่ประทับของพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 5 และราชสำนัก กษัตริย์ต้องการให้เอลกาโนเล่าเรื่องการเดินทางให้พระองค์ฟังด้วยพระองค์เอง ในจดหมายเชิญ กษัตริย์ได้เสนอให้เขาใช้ม้าในการเดินทาง แม้ว่าเส้นทางจากเซบียาไปยังบายาโดลิดจะใช้รถม้าเดินทางบ่อยกว่าขี่ม้าก็ตาม คำเชิญนั้นมีไว้สำหรับเอลกาโนและอีกสองคนเท่านั้น 'ผู้ที่มีสติปัญญาดีกว่า' แต่เอลกาโนได้พาลูกเรือมาด้วยมากกว่านั้น กลุ่มเล็กๆ เดินทางมาถึงบายาโดลิด รวมทั้งลูกเรือสามคนจากหมู่เกาะโมลุกกะที่ต้องการเข้าพบกษัตริย์^{[ 38 ]}

พระเจ้าชาร์ลส์ที่ 5 ทรงรับเอลกาโนเข้าเฝ้าอย่างช้าที่สุดหนึ่งเดือนหลังจากการเดินทางรอบโลก เอลกาโนปรากฏตัวที่ราชสำนักในเมืองบายาโดลิด และกล่าวสุนทรพจน์ต่อหน้าพระราชา โดยเล่าเรื่องราวการเดินทาง ซึ่งอาจเป็นการสนทนาสามครั้ง: ครั้งแรกกับพระราชา อาจเป็นการส่วนตัว จากนั้นกับผู้เชี่ยวชาญของราชสำนัก เพื่อชี้แจงเรื่องทางเทคนิคและการเงิน และเพื่อบรรยายเหตุการณ์ของการเดินทาง รวมถึงการก่อกบฏและการเสียชีวิตที่เกิดขึ้น และสุดท้ายกับกลุ่ม นักปราชญ์ ด้านมนุษยศาสตร์ที่สนใจในวัฒนธรรมต่างๆ ที่คณะสำรวจได้พบเจอ ไม่เป็นที่ทราบแน่ชัดว่าการประชุมเหล่านี้เป็นไปอย่างไร^{[ 50 ]}เขาใช้เวลาสามปีในเมืองบายาโดลิด ใกล้กับราชสำนัก ที่นั่นเขาได้พบกับมาเรีย บิดาอูเรตา (ในบางแหล่งข้อมูลเรียกว่า เด วิดา อูเรตา) และมีลูกสาวอีกคนหนึ่ง

ชาร์ลส์ที่ 5 พระราชทานตราประจำตระกูลเพิ่มเติมแก่ เอลกาโน โดยมีรูปโลกพร้อมคำว่าPrimus circumdedisti me ( ภาษาละติน : "พระองค์ทรงล้อมรอบข้าพเจ้าก่อน") ^{[ 51 ]}อย่างไรก็ตาม การเพิ่มเติมนี้ถูกโต้แย้ง เนื่องจากเอลกาโนไม่ได้เป็นสมาชิกของชนชั้นสูงมาก่อน เอลกาโนอ้างของขวัญสามอย่างจากกษัตริย์เป็นรางวัลสำหรับความสำเร็จของเขา ได้แก่ เงินบำนาญประจำปี 500 ดูแคต ซึ่งเขาไม่เคยได้รับ ชายติดอาวุธสองคนคอยคุ้มกันเขา และคำแถลงอย่างเป็นทางการที่ยกโทษให้เขาสำหรับการขายเรือของเขาให้กับนายธนาคารชาวซาวอย หลังจากที่เอลกาโนเสียชีวิตและหลังจากมีการฟ้องร้องดำเนินคดีเป็นเวลานาน มารดาของเขา คาตาลินา เดล ปูเอร์โต ก็ไม่สามารถได้รับเงินบำนาญใดๆ ของเขาได้เลย จนกระทั่งปี 1567 หลังจากที่เธอเสียชีวิตไปแล้ว ทายาทและญาติคนอื่นๆ ของเอลกาโนก็ยังคงเรียกร้องให้จ่ายเงินบำนาญต่อไป^{[ 52 ]}ทายาทชายของเขาได้รับตำแหน่งมาร์ควิสแห่งบูกลาสสืบทอด^{[ 53 ]}ซึ่งก็คือเกาะเนกรอสในฟิลิปปินส์ในยุคปัจจุบัน ประเทศที่มีผู้คนนามสกุล "เอลกาโน" มากที่สุดคือฟิลิปปินส์^{[ 54 ]}

พระเจ้าจอห์นที่ 3 แห่งโปรตุเกส ทรง ยื่น ฟ้องร้องเอลกาโนในข้อหา โจรสลัดขโมยสินค้ากานพลูจากหมู่เกาะโมลุกกะ ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของอาณาเขตของพระองค์ และหลบหนีออกจากเคปเวอร์เดพร้อมกับสินค้าล้ำค่าดังกล่าว พระองค์ทรงยื่นคำร้องต่อกษัตริย์แห่งกัสติลยาให้ส่งกานพลูคืนและจับกุมลงโทษเอลกาโน แต่พระเจ้าชาร์ลส์ที่ 5 ทรงเพิกเฉยต่อคำร้องและให้ความคุ้มครองเอลกาโน

โปรตุเกสและกัสติลยาต่างอ้างสิทธิ์ในหมู่เกาะโมลุกกะ ความจำเป็นในการแก้ไขสนธิสัญญาตอร์เดซิยาสไม่ใช่เรื่องง่ายที่จะแก้ไขได้ หากไม่ทราบขนาดที่แน่นอนของโลก ก็ยากที่จะวางหมู่เกาะเหล่านั้นไว้ในพื้นที่ใดพื้นที่หนึ่ง กุญแจสำคัญคือการกำหนดตำแหน่งของเส้นแอนติเมริเดียนเทียบกับเส้นเมริเดียนที่กำหนดไว้ในสนธิสัญญาตอร์เดซิยาส โดยเส้นเมริเดียนทั้งสองก่อตัวเป็นวงกลมใหญ่ที่แบ่งโลกออกเป็นสองซีกโลก เพื่อกำหนดว่าหมู่เกาะโมลุกกะตั้งอยู่ด้านใดของเส้นแอนติเมริเดียน การประชุมเพื่อแก้ไขปัญหานี้จัดขึ้นในปี 1524 ในเมืองเอลวาสและบาดาโฆสตามแนวชายแดนระหว่างสเปนและโปรตุเกส ชาวบาสก์ 5 ใน 6 คนที่เดินทางรอบโลกได้เข้าร่วมในการประชุมเหล่านี้^{[ 55 ]}

เพื่อกำหนดเส้นแอนติเมริเดียน นี้อย่างแม่นยำ กษัตริย์แต่ละพระองค์ได้รวบรวมนักดาราศาสตร์ที่ดีที่สุดในยุคนั้น คณะผู้แทนแต่ละคณะแต่งตั้งนักดาราศาสตร์หรือนักทำแผนที่สามคน นักเดินเรือสามคน และนักคณิตศาสตร์สามคน คณะผู้แทนสเปนยังได้แต่งตั้งเฟอร์นันโด โคลัมบัสบุตรชายของคริสโตเฟอร์ โคลัมบัสโดยมีวัตถุประสงค์เพื่อกำหนดตำแหน่งของหมู่เกาะโมลุกกะ ทีมเจรจาประกอบด้วยเซบาสเตียน คาบอต (Sebastián Caboto), ฮวน เวสปูซิโอ , ดิเอโก ริเบโร , เอสเตวาโอ โกเมซ , ซิมอน อัลคาซาบา และดิเอโก โลเปซ เด ซิเก โร^{[ 56 ]}

ในการประชุมที่บาดาโฆส-เอลวาส เสียงที่ทรงอิทธิพลที่สุดของคณะผู้แทนจากแคว้นกัสติยาคือเสียงของเอลกาโนเอง ซึ่งอุทิศตนให้กับงานในฐานะนักภูมิศาสตร์เขาได้นำแผนที่โลกที่เขาสร้างขึ้นเองมาในการประชุมเหล่านี้ ซึ่งบางรายงานกล่าวว่าเขาได้ใช้แผนที่นี้เพื่อกำหนดเส้นทางการเดินทางรอบโลก การประชุมเหล่านี้ไม่ประสบความสำเร็จเพราะผู้เข้าร่วมประชุมไม่สามารถตกลงกันได้เกี่ยวกับตำแหน่งที่แน่นอนของหมู่เกาะโมลุกกะ เนื่องจากไม่สามารถอนุมานได้จากบันทึกของเรือ และไม่ว่าอย่างไรก็ตาม ชาวโปรตุเกสก็ไม่ยอมรับอำนาจของเอลกาโน ไม่ทราบสาเหตุที่แน่ชัด แต่จู่ๆ เอลกาโนและเอสเตวาโอ โกเมส ผู้นำทางเรือ ก็หายไปจากการประชุมในวันที่ 15 มีนาคม ค.ศ. 1524 ไม่นานหลังจากนั้น ในวันที่ 20 พฤษภาคม ค.ศ. 1524 กษัตริย์ทรงประกาศสนับสนุนเอลกาโน เนื่องจากมีรายงานว่ามีผู้ที่ต้องการทำร้ายเขา (พระราชโองการกล่าวถึง "บาดเจ็บ เสียชีวิต หรือพิการ") และสามวันต่อมา ในวันที่ 23 พฤษภาคม ค.ศ. 1524 ที่ประชุมได้ประชุมอีกครั้งที่บาดาโฆส แต่ไม่มีเอลกาโนเข้าร่วม คาดการณ์กันว่าเขาอาจถูกชาวโปรตุเกสข่มขู่ในคดีโจรสลัดที่ถูกกล่าวหาในหมู่เกาะโมลุกกะ ในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1524 เอลกาโนอยู่ในแคว้นบาสก์เพื่อเตรียมการเดินทางสำรวจหมู่เกาะโมลุกกะครั้งที่สอง^{[ 29 ]}ในปี ค.ศ. 1529 พระเจ้าจอห์นที่ 3 แห่งโปรตุเกสและพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 5 แห่งกัสติยาได้ลงนาม ใน สนธิสัญญาซาราโกซาโดยกัสติยารับรองว่าหมู่เกาะโมลุกกะอยู่ทางฝั่งโปรตุเกสของเส้นแบ่งเขตแดนตรงข้ามเส้นแบ่งเขตแดนที่ระบุไว้ก่อนหน้านี้ในสนธิสัญญาตอร์เดซิยาส

เรือแล่นต่อไปยังหมู่เกาะโมลุกกะในสภาพที่ย่ำแย่ และลูกเรือต้องทนทุกข์ทรมานจากโรคเลือดออก ตามไรฟัน อลอนโซ เด เตฆาดาผู้ทำบัญชีอันโตนิโอ เบอร์เมโฮผู้ควบคุมเรือและลูกเรืออีก 32 คนเสียชีวิต ในที่สุด นายพลโลไอซาเองก็เสียชีวิตในวันที่ 30 กรกฎาคม จากนั้นเอลกาโนจึงเข้ารับตำแหน่งผู้บัญชาการเดินเรือ และได้รับการแต่งตั้งเป็นแม่ทัพใหญ่ ซึ่งเป็นตำแหน่งที่กษัตริย์ทรงสัญญาไว้ตั้งแต่แรก หลังจากนั้นไม่นานเขาก็เสียชีวิตด้วยโรคเลือดออกตามไรฟัน อาจจะเป็นวันที่ 6 สิงหาคม ค.ศ. 1526 ญาติของเขาที่เดินทางไปด้วยก็เสียชีวิตทั้งหมด ยกเว้นอาจจะเป็นโอโชอา มาร์ติน น้องชายของเขา ซึ่งอาจจะอยู่บนเรือที่ขึ้นฝั่งที่ซิฮัวตาเนโฮ ในเอกสารฉบับหนึ่งที่ปรากฏในลอว์แกง ในภายหลัง ลงวันที่ 29 มกราคม ค.ศ. 1529 กษัตริย์ทรงเรียก "โยฮัน โอโชอา มาร์ติเนซ เดล กาโน" ให้ไปร่วมการเดินทางของซีมอน เด อัลกาซาบาไปยังหมู่เกาะโมลุกกะ หากหมายถึงพี่ชายของเอลกาโน เขายังมีชีวิตอยู่ในปี 1529 ก่อนตาย ฮวน เซบาสเตียนได้ทำพินัยกรรมไว้ โดยมีอันเดรส เด อูร์ดาเนตาเป็น หนึ่งในพยานที่ลงนาม ^{[ 65 ]}

ในวันที่ 7 สิงหาคม ร่างของเอลกาโนถูกห่อด้วยผ้าห่อศพและผูกติดกับแผ่นไม้ด้วยเชือก หลังจากนั้น ร่างของเขาถูกวางไว้บนดาดฟ้าเรือ ขณะที่ผู้รอดชีวิตสวดบทภาวนาของพระเจ้าและบท สวด อเวมาเรีย (บทวันทามารี) เมื่อสวดเสร็จแล้ว ก็มีการผูกน้ำหนักไว้กับผ้าห่อศพ และอลอนโซ เด ซาลาซาร์ผู้บัญชาการทหารสูงสุดคนใหม่ของกองทัพ ก็พยักหน้า ลูกเรือทั้งสี่คนช่วยกันเอียงแผ่นไม้ลงจากขอบเรือ จนกระทั่งน้ำหนักของศพทำให้มันตกลงไปในทะเล^{[ 25 ]}

จดหมายฉบับแรกเขียนขึ้นที่ซานลูการ์ เด บาร์ราเมดา เพื่อแจ้งให้กษัตริย์ทราบว่าเขากลับมาจากการเดินทางรอบโลกแล้ว เนื้อหากระชับและถูกต้องตามที่พ่อค้า มักเขียน ซึ่งแตกต่างจากนักการทูต เขาให้สัญญาว่าจะนำเอกสาร จดหมายยอมจำนนจากกษัตริย์ของเกาะห่างไกล และตัวอย่างเครื่องเทศมาถวายกษัตริย์เพื่อแสดงถึงความสำเร็จของการเดินทาง เขายังนำนกแก้ว ห้าตัวมาด้วย ซึ่งได้รับความชื่นชมในราชสำนัก เขาอธิบายใน 10 บรรทัดถึงสิ่งที่เกิดขึ้นจนถึงการเสียชีวิตของแมเจลลัน และหลังจากนั้น สิ่งที่เกิดขึ้นในระหว่างที่เขารับผิดชอบในช่วง 40-45 บรรทัดที่เหลือ ณ จุดนั้น เขาขอให้กษัตริย์พยายามปล่อยตัว 13 คนที่ถูกคุมขังในเคปเวอร์เด เขาขอรางวัลทางการเงินจากชาร์ลส์ที่ 5 แต่กล่าวว่าความสำเร็จนี้เกิดขึ้นจากการตัดสินใจร่วมกัน^{[ 50 ]}

จุดประสงค์ของจดหมายฉบับที่สองคือการขอโบนัส ประมาณ 40 วันหลังจากเดินทางกลับจากการเดินทางรอบโลก เอลกาโนเดินทางมาถึงราชสำนักแห่งบายาโดลิด ซึ่งพระราชาทรงรับคำขอของเขาให้แต่งตั้งเขาเป็นแม่ทัพใหญ่ ในจดหมายนั้นเขายังขอสิทธิทางการค้าในหมู่เกาะโมลุกกะ หรือเครื่องแบบของคณะอัศวินแห่งซานติอาโกซึ่งพระราชาทรงมอบหมายให้แมเจลลัน เลขานุการของพระราชา ( ฟรานซิสโก เด โลส โคโบส ) ปฏิเสธคำขอทั้งหมดเหล่านี้ เห็นได้ชัดว่าเขาไม่ได้รับการเคารพนับถือในราชสำนักแห่งกัสติยา และพวกเขาไม่ต้องการมอบตำแหน่งที่สัญญาไว้กับแมเจลลันให้กับเอลกาโน^{[ 50 ]}ซานตามาเรียแย้งว่าความไม่พอใจนี้เกิดจากการที่เอลกาโนไม่มีสถานะขุนนาง^{[ 5 ]}เขาใช้เวลาหลายเดือนกว่าจะได้รับโบนัสอีกสามอย่างที่สัญญาไว้ ได้แก่ เงินบำนาญ การอภัยโทษ และสิทธิในการมีองครักษ์ติดอาวุธ ซึ่งอาจเป็นผลมาจากการคืนดีกับราชสำนัก^{[ 50 ]}

พินัยกรรมยังเป็นแหล่งข้อมูลเกี่ยวกับชีวิตส่วนตัวของเอลกาโนอีกด้วย นอกจากจะระบุทรัพย์สินทั้งหมดที่เขาอ้างสิทธิ์ไว้อย่างละเอียดแล้ว ยังกล่าวถึงครอบครัวของเขาด้วย แสดงให้เห็นว่าถึงแม้เขาจะไม่เคยแต่งงาน แต่เขามีความสัมพันธ์ทางเพศกับผู้หญิงอย่างน้อยสองคน ซึ่งทั้งสองคนเป็นชาวบาสก์หรือมีเชื้อสายบาสก์ และแต่ละคนก็ให้กำเนิดบุตรของเขา ลูกชายของเขา โดมิงโก เกิดก่อนการเดินทางรอบโลก และลูกสาวของเขา มาเรีย เกิดหลังจากนั้น^{[ 38 ]}

พินัยกรรมฉบับนี้จัดทำขึ้นเมื่อวันที่ 26 กรกฎาคม ค.ศ. 1526 และเปิดโดยประธานสภาแห่งอินเดียเมื่อเขาเดินทางมาถึงเซบียา สิบปีหลังจากที่ทำพินัยกรรม^{[ 66 ]}พยานทั้งเจ็ดคนในพินัยกรรมเป็นชาวบาสก์ ซึ่งน่าประหลาดใจเมื่อพิจารณาจากสถานการณ์และที่ตั้งกลางมหาสมุทรแปซิฟิก เป็นการบ่งชี้อย่างชัดเจนถึงความไว้วางใจและความสามัคคีในหมู่พวกเขา^{[ 38 ]}พยานเหล่านั้นได้แก่Martín García Karkizano , Andrés Gorostiaga , Hernando Gebara , Andrés Urdaneta , Juanes Zabala , Martín UriarteและAndrés Aletxe ^{[ 47 ]}

In his will Elcano left money to churches such as San Salvador de Getaria, Itziar, Sasiola (Deba), Our Lady of Arantzazu, San Pelayo in Zarautz and Nuestra Señora de Guadalupe in Hondarribia. However, he stipulated that these bequests should be paid out of the money owed him by the king according to the terms of their agreement, funds which he never received.^[47] This leaving of money to the church only if he were paid by the King has been used by Santamaría to dismiss the idea of Elcano being a very religious man.^[5]

He also left portions of those funds to his heirs, but if they died, as happened, his mother would receive the benefit of his properties. He treated the four of them generously in the distribution of goods: one hundred ducats of gold to Domingo's mother (37,500 maravedís), and another 40 ducats (15,000 maravedís) to the daughter, if she married, as a dowry. He requested that his daughter be taken from Valladolid to Getaria when she turned 4 years old, because Getaria was closer to his heart than the Court of Valladolid.^[47]

Thanks to the will, it is known that Elcano owned two books written in Latin, indicating that he knew how to read that language.^[38] Both books refer to astronomy, one being the Almanac of Regiomontanus,^[23] which allowed navigators to determine longitude at sea with observations of the moon.^[67] These two books were left to Andrés San Martín, his pilot cosmographer who disappeared on the circumnavigation, if he should be found alive. This suggests that in the second expedition Elcano was still hoping to find a companion lost in the first expedition.^[38]

In 1533, seven years after Elcano's death, his mother was still in court with the royal treasury seeking the salaries corresponding to the rank of captain due to her son and the other payments he never received, and his pension of 500 ducats per year.^[47] The will also shows that Elcano did not own slaves, otherwise he would have had to cite them.

นักมนุษยนิยมMaximilianus Transylvanusอยู่ในราชสำนักและได้ฟัง Elcano เล่าเรื่องราว จากสิ่งที่เขาได้ยิน เขาจึงเขียนบันทึกการเดินทางของตนเองในรูปแบบจดหมาย และส่งไปยังMatteo Lang von Wellenburg ผู้เป็นผู้อุปถัมภ์ของเขา หนังสือเล่มนี้ได้รับการตีพิมพ์ในเมืองโคโลญ ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1523 และในเดือนพฤศจิกายนของปีนั้น Gian Matteo Gibertiผู้ช่วยของสมเด็จพระสันตะปาปาClement VIIก็ได้พิมพ์ซ้ำอีกครั้งในกรุงโรม หลายปีต่อ มาGiovanni Battista Ramusioได้รวบรวมบันทึกการเดินทางและนำข้อความของ Transylvanus มาใช้ ข้อความนี้เขียนเป็นภาษาละตินเพื่อจุดประสงค์ทางการเมืองและตามรสนิยมของอัครมหาเสนาบดี Gattinara ^{[ 50 ]}เป็นไปได้ว่าข้อความของ Transylvanus นี้เป็นการรวบรวมคำบอกเล่าต่างๆ บันทึกการเดินทางในส่วนของ Magellan แตกต่างจากส่วนของ Elcano มาก^{[ 68 ]}ราวกับว่ามีผู้เขียนสองคนต่างกันเฟอร์นันเดซ เด โอเวีย โด นักบันทึกเหตุการณ์อีกคนในสมัยนั้นที่อ่านข้อความทั้งสองนี้ได้กล่าวถึงความเท่าเทียมกันระหว่างข้อความของเอลกาโนและทรานซิลวานัสว่า "เกือบจะเป็นเขา" เขาเขียน^{[ 5 ] [ 38 ] [ 68 ]}

หากส่วนที่สองของข้อความทรานซิลวานัสเป็นการแปลโดยตรงจากรายงานของเอลกาโน เขาปรากฏตัวในฐานะผู้สนับสนุน ขบวนการทางปัญญา มนุษยนิยมและยูโทเปียที่แพร่หลายในยุโรปในขณะนั้น และข้อความที่กล่าวว่าสังคมของหมู่เกาะโมลุกกะสงบสุข ปฏิบัติต่อเพื่อนบ้านอย่างดี และต้อนรับชาวต่างชาติ สามารถมองได้ว่าเป็นหนึ่งในคำอธิบายแรกๆ ของตำนานคนป่าผู้สูงส่งและเป็นการวิพากษ์วิจารณ์ความเสื่อมทรามของอารยธรรมยุโรป: ^{[ 38 ] [ 69 ]}

พวกเขาทุกคนแสดงความเคารพและเอาใจใส่เป็นอย่างมาก เพื่อไม่ให้เกิดอันตรายหรือความเดือดร้อนแก่เมืองใกล้เคียง โดยเฉพาะอย่างยิ่งเพื่อนบ้านจากเกาะใกล้เคียง และยิ่งไปกว่านั้นคือชาวต่างชาติหรือผู้แสวงบุญ

นักปรัชญาชาวบาสก์ Ekai Txapartegi สนับสนุนข้อเสนอที่ว่าข้อความของ Transylvanus เขียนโดย Elcano โดยยืนยันว่าคำอธิบายเกี่ยวกับเกาะบอร์เนียวว่าเป็นดินแดนในอุดมคติและการพรรณนาถึงขนบธรรมเนียมของชาวเกาะเผยให้เห็นแง่มุมมนุษยนิยมของความคิดทางการเมืองของเขา รวมถึงการต่อต้านความทะเยอทะยานในการขยายอำนาจของจักรวรรดิและกษัตริย์ที่ชอบทำสงคราม และการบังคับใช้ศาสนาคริสต์กับสังคมนอกรีตที่สงบสุข แนวทางที่คล้ายกันนี้ได้รับการสนับสนุนโดย Enrique Santamaría ^{[ 68 ]}ในข้อความไม่ได้กล่าวถึงเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นเมื่อคณะสำรวจอยู่ในบอร์เนียวมากนัก เพียงแต่พวกเขาพูดคุยกับกษัตริย์ท้องถิ่น แลกเปลี่ยนสิ่งของบางอย่างแล้วก็เดินทางต่อไป สิ่งที่พวกเขาทำที่นั่นไม่ได้อธิบายไว้ในข้อความ แม้ว่าจะทราบกันดีว่าบอร์เนียวเป็นสถานที่แห่งความขัดแย้งสำหรับนักเดินทาง ซึ่งบ่งชี้ว่าผู้เขียนกำลังพูดถึงวิสัยทัศน์ในอุดมคติส่วนตัวของเขามากกว่าคำอธิบายตามตัวอักษรของบอร์เนียว^{[ 38 ] [ 69 ]}

ทั่วโลก เอลกาโนเป็นบุคคลชายขอบเพราะเขาเกือบถูกลืมไปเป็นเวลาสามศตวรรษ ในบันทึกการเดินทางครั้งแรก การต้อนรับที่เย็นชาที่การเดินทางรอบโลกที่ประสบความสำเร็จได้รับจากราชสำนักแห่งกัสติลยาเป็นสิ่งที่น่าสังเกต ตัวอย่างเช่น ในบันทึกความยาวสิบเจ็ดหน้าที่เขียนโดยปีเตอร์ มาร์ตีร์ ดองเกียราเอลกาโนไม่ได้ถูกกล่าวถึงแม้แต่ครั้งเดียว เหตุผลของการละเลยนี้อาจเป็นเพราะผู้ที่แล่นเรือรอบโลกไม่ใช่ขุนนางแต่เป็นกะลาสีธรรมดา ซึ่งเป็นข้อเท็จจริงที่ขัดแย้งกับทัศนคติทางสังคมในยุคกลางตอนปลายในหมู่ชนชั้นสูง^{[ 72 ]}

หนังสือRelazione del primo viaggio intorno al mondoโดยAntonio Pigafettaนักวิชาการชาวเวนิสที่เดินทางไปกับแมเจลลันและเป็นหนึ่งใน 18 คนที่รอดชีวิตจากการเดินทางและกลับไปยังสเปน ก็ไม่ได้กล่าวถึงเอลกาโนเช่น กัน ^{[ 73 ] [ 74 ]}ในรูปแบบที่ได้รับการยอมรับ พงศาวดารของเขาได้กล่าวเกินจริงถึงบทบาทของตนเอง ซึ่งอาจอธิบายได้ว่าทำไมในงานเขียนประวัติศาสตร์ของอิตาลี เอลกาโนจึงหายไปและกัปตันปิกาเฟตตาเองกลับปรากฏเป็นตัวละครสำคัญ^{[ 75 ] [ 76 ] [ 5 ]}

อย่างไรก็ตาม ในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมา มุมมองอีกประการหนึ่งได้แพร่หลายออกไป: ปิกาเฟตตาอ้างถึงเอลกาโน แต่เนื่องจากผลงานของปิกาเฟตตาที่หลงเหลือมาจนถึงปัจจุบันได้รับการแก้ไขในการส่งต่อ บางทีการกล่าวถึงเอลกาโนอาจถูกตัดออกไป พงศาวดารต้นฉบับของปิกาเฟตตาสูญหายไป และเรื่องราวในรูปแบบปัจจุบันจะเป็นการแปลซ้ำจากการแปลที่ทำในฝรั่งเศส ซึ่งเขียนขึ้นในภายหลัง และตัดทอนหรือแก้ไขหลายส่วน สมมติฐานคือ เนื่องจากฝรั่งเศสกำลังทำสงครามกับกัสติล ฝรั่งเศสจึงกำจัด "ชาวสเปน" ทั้งหมดที่ปิกาเฟตตาได้ยกย่องในการเล่าเรื่องการเดินทางของเขา^{[ 5 ] [ 75 ]}มุมมอง 'การกำจัด' นี้ได้รับการขยายเพิ่มเติมเมื่อเขียนโดย นักบันทึกเหตุการณ์ ของฟิลิปที่ 2โดยเสริมบทบาทของขุนนางแมเจลลันและปิกาเฟตตา และลดบทบาทของสามัญชนลง ประวัติศาสตร์นิพนธ์ของสเปนเปลี่ยนแมเจลลันให้เป็นผู้นำที่สนับสนุนความเป็นเอกภาพของโปรตุเกสและสเปนแม้ว่าเขาจะทรยศโปรตุเกสโดยการเป็นชาวกัสติลก็ตาม ดังนั้น เขาจึงกลายเป็นวีรบุรุษของชาวคาสติเลีย ซึ่งส่งผลให้สถานะทางการเมืองของเขาดีขึ้น^{[ 38 ] [ 76 ] [ 72 ]}

การเชิดชูแมเจลลันและผลักดันเอลกาโนออกไปนั้นเป็นผลประโยชน์ของทั้งแคว้นกัสตีลยาและคริสตจักรคาทอลิกการต่อสู้ระหว่างจักรวรรดิของชาร์ลส์ที่ 5 กับคริสตจักรโรมันคาทอลิกเกิดขึ้นอย่างต่อเนื่องจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์นำเสนอตัวเองว่าเป็นจักรวรรดิคาทอลิก แต่ในขณะเดียวกันก็ไม่ได้ควบคุมศูนย์กลางของศาสนา นั่นคือกรุงโรม คริสตจักรไม่ต้องการให้ชาร์ลส์ที่ 5 มีอำนาจมากเกินไป ดังนั้น คริสตจักรจึงต้องการสร้างความแตกต่างระหว่างการเผยแพร่ศาสนาอย่างนองเลือดที่สเปนดำเนินการในทวีปอเมริกาและการเผยแพร่ศาสนาอย่างสันติที่โปรตุเกสดำเนินการในเอเชียเนื่องจากเป็นเรื่องสะดวกสำหรับคริสตจักรที่จะเน้นย้ำว่าความพยายามในการเผยแพร่ศาสนาของสเปนนั้นเต็มไปด้วยเลือด ในขณะที่ของโปรตุเกสเป็นการสร้างอารยธรรม คริสตจักรจึงเห็นว่าการยกย่องแมเจลลันเป็นประโยชน์ ดังนั้น แมเจลลันจึงได้รับการยกย่องจากโรมและอังกฤษ ซึ่งเป็นพันธมิตรกับโปรตุเกสต่อต้านสเปน แมเจลลันถูกยกให้เป็นแบบอย่างของอารยธรรม และฟรานซิส เดรกเป็นผู้สานฝันของเขา^{[ 5 ] [ 72 ]}

แม้ว่าเอกสารทางเทคนิคและเศรษฐกิจจำนวนมากจะยังคงหลงเหลืออยู่ แต่เอกสารต้นฉบับส่วนใหญ่ได้หายไปแล้ว การมีอยู่ของเอกสารเหล่านี้เป็นที่รู้จักเพราะเอกสารเหล่านี้ถูกอ้างถึงโดยผู้ที่ได้รับบันทึกในสมัยนั้น ทั้งข้อความจริงของพงศาวดารการเดินทางของเอลกาโน บันทึกการดำเนินการของการพิจารณาคดีของคาร์วัลโญ เอกสารที่เอลกาโนจัดหาให้ในการประชุมที่บาดาโฆส-เอลวาส และสมุดบันทึก ของเรือก็ยัง ไม่ถูกค้นพบ^{[ 76 ]}สมุดบันทึกของเรือตรินิแดดก็หายไปเช่นกัน แม้ว่าโปรตุเกสจะนำไปก็ตาม นักประวัติศาสตร์เอ็นริเก ซานตามาเรียเชื่อว่าเอกสารเหล่านี้ถูกทำลายไปแล้ว อาจจะในศตวรรษที่ 19 เขาพบว่าเป็นเรื่องยากที่จะเชื่อว่าเอกสารเหล่านี้หายไป เนื่องจากเอกสารเหล่านี้มีคุณค่าทางประวัติศาสตร์อย่างมหาศาล และสังเกตว่าเอกสารที่มีรายละเอียดอื่นๆ เกี่ยวกับการเดินทางยังคงหลงเหลืออยู่^{[ 5 ]}

ในบริบทของสงครามนโปเลียนความรู้สึกชาตินิยมเกิดขึ้นในประเทศยุโรปส่วนใหญ่ ในสเปน ความรู้สึกนี้มีองค์ประกอบอนุรักษ์นิยมที่ได้รับการสนับสนุนจากระบอบกษัตริย์ ซึ่งในมุมมองย้อนหลัง ถือว่าชาวสเปนจำเป็นต้องสร้างประวัติศาสตร์ชาติใหม่ งานนี้ตกเป็นของมาร์ติน เฟอร์นันเดซ เด นาบาร์เรเตผู้อำนวยการราชวิทยาลัยประวัติศาสตร์ในปี 1825 เฟอร์นันเดซ เด นาบาร์เรเต ได้เขียนบันทึก 'ทางการ' สมัยใหม่เกี่ยวกับการเดินทางรอบโลกครั้งแรกColección de los viajes y descubrimientos que hicieron por mar los españolesซึ่งยกย่องแมเจลลัน และมีการสร้างภาพลักษณ์ของเอลกาโนที่สืบทอดกันมาตามประเพณีขึ้นใหม่^{[ 5 ]}

ในช่วงเวลาที่สเปนกำลังดำเนินการปลดปล่อยอาณานิคมในอเมริการัฐบาลสเปนต้องการนำเสนอเรื่องราวทางประวัติศาสตร์ของชาติที่ให้ความชอบธรรมแก่อำนาจของชนชั้นปกครอง ซึ่งเป็นข้อความที่จะลดทอนสถานะของชนชั้นล่างอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้ ในเรื่องเล่าของนาวาเรเต แมเจลลันกลายเป็นตัวอย่างของบุคคลผู้สูงส่งที่ต้องต่อสู้กับความไร้ความสามารถของคนธรรมดาในการเข้าใจความซับซ้อนของการปกครอง โดยพรรณนาว่าเขามีคุณธรรมสูงส่ง เป็นผู้ยึดมั่นในศรัทธาของศาสนาคริสต์ และเป็นผู้นำในการพัฒนาอารยธรรม ในทางตรงกันข้ามกับคุณสมบัติอันดีงามที่เขายกย่องให้แก่แมเจลลัน เอลกาโนเป็นคนที่มักตัดสินเรื่องสำคัญๆ ด้วยวิธีการลงคะแนนเสียงแบบประชาธิปไตย เขาไม่เคยพิชิตชนชาติอื่นใดที่สามารถเผยแพร่ศาสนาและทำให้เจริญได้ และเขาก็ไม่เคยพยายามด้วยซ้ำ ดังนั้น ในบันทึกของนาวาเร็ต การยกย่องเอลกาโนว่าเป็นผู้ทำการเดินเรือรอบโลกครั้งแรกนั้นถือเป็นความไม่ยุติธรรมต่อความทรงจำเกี่ยวกับความสำเร็จของแมเจลลัน และประวัติศาสตร์ของนาวาเร็ตเป็นการพยายามแก้ไขข้อผิดพลาดนี้^{[ 77 ]}แนวคิดทางประวัติศาสตร์เกี่ยวกับชาติสเปนตามที่นาวาเร็ตนำเสนอนั้นได้รับการเผยแพร่ต่อโดยนักประวัติศาสตร์ของชาติอื่นๆ และยังคงเป็นมุมมองที่โดดเด่นในระดับนานาชาติเป็นเวลาหลายปี^{[ 5 ]}

ในปี พ.ศ. 2404 ทหารฮวน โคตาเรโล การาสตาซูจอมพล ( mariscal de campo ) แห่งกองทัพสเปน ได้เขียนชีวประวัติของเอลกาโนเป็นครั้งแรก เขาเขียนว่าเอลกาโนนั้น "อ่อนน้อมและเชื่อฟัง" และเขาสามารถแล่นเรือรอบโลกได้โดยเชื่อฟังพระราชาของเขา^{[ 78 ]}โดยยกเป็นหลักฐานว่าในการสอบสวนอย่างเข้มงวดที่เมืองบายาโดลิดเกี่ยวกับการเดินเรือรอบโลก เอลกาโนตอบคำถามทั้งสิบสามข้อที่เขาได้รับด้วยความอ่อนน้อมถ่อมตน^{[ 38 ]}

Eustaquio Fernández de Navarreteหลานชายของ Martín Fernández de Navarrete ได้เขียนชีวประวัติของ Elcano ที่สมบูรณ์ยิ่งขึ้นในปี พ.ศ. 2415 ชีวประวัตินี้มีแนวทางที่เป็นกลางและวิเคราะห์มากขึ้น และเป็นแหล่งอ้างอิงหลักสำหรับนักประวัติศาสตร์ เนื่องจากบางคนมองว่าการที่ Elcano ขาดเชื้อสายขุนนางเป็นปัญหา เพื่อเป็นการปกป้องชื่อเสียงของเขา Eustaquio Fernández de Navarrete จึงเสนอแนะโดยไม่มีหลักฐานใด ๆ ว่า Elcano ได้เข้าร่วมในการล้อมเมือง Oran และใน^{สงคราม}อิตาลี [ ^{72 ]}

เอลกาโนเป็นเหยื่อของการวางแผนทางการเมืองหลังเสียชีวิตในศตวรรษที่ 19 เมื่ออันโตนิโอ กาโนวาส เดล กัสติโยเผชิญกับการเกิดขึ้นของ ขบวนการ ชาตินิยมบาสก์ รอบนอก และ ลัทธิ ฟูเอริสโมเกี่ยวกับกฎหมาย (ฟูเอรอส) ของจังหวัดต่างๆ ในภูมิภาคบาสก์ ซึ่งเกิดขึ้นในสถานการณ์ที่วุ่นวายหลังจากการโค่นล้มสาธารณรัฐสเปนที่หนึ่ง กฎหมาย ที่เรียกว่ากฎหมายฟอรัลได้กำหนดกรอบทางกฎหมายที่อำนาจถูกแบ่งปันระหว่างสถาบันกษัตริย์ ซึ่งหน่วยงานของสถาบันกษัตริย์ปกครองกิจการท้องถิ่นที่เป็นประโยชน์ต่อพระมหากษัตริย์ และสถาบันระดับจังหวัด ซึ่งจัดการกิจการของตนเองเกี่ยวกับประเพณีและขนบธรรมเนียมท้องถิ่น^{[ 79 ]}กาโนวาสเชื่อว่าพวกฟอรัลใช้ประวัติศาสตร์ที่บิดเบือนเพื่อปกป้องการเมืองของพวกเขา และด้วยเหตุนี้เขาจึงต้องการลดบทบาทของชาวบาสก์และชาวนาบาร์ราในประวัติศาสตร์ไอบีเรีย ดังนั้น เขาจึงพยายามลบล้างไม่เพียงแต่เอลกาโน แต่ยังรวมถึงบลาส เด เลโซ , ชูร์รูคา , อันเดรส เด อูร์ดาเนตา และเลกาซปี ออก จากประวัติศาสตร์นี้ด้วย โดยตั้งกฎ แห่ง การสาปแช่ง^{[ 39 ]}เพื่อลบล้างสถานะของเอลกาโนในฐานะวีรบุรุษ คาโนวาสได้เน้นย้ำการใช้แมเจลลันชาวโปรตุเกสเป็นสัญลักษณ์ของความเป็นเอกภาพทางการเมืองของคาบสมุทรไอบีเรีย โดยยืนยันว่าเอลกาโนเป็นเพียง "นายเรือผู้ต่ำต้อย" ( modesto maestre ) ของเรือวิกตอเรียที่เดินทางรอบโลกเป็นครั้งแรก^{[ 39 ]}

อย่างไรก็ตาม นายกรัฐมนตรีของสเปนปริโม เด ริเวราต้องการฟื้นฟูชื่อเสียงของเอลกาโน และตั้งชื่อเรือฝึกของกองทัพเรือสเปนว่าฮวน เซบาสเตียน เด เอลกาโน (A-71) ตามชื่อของเขา ระบอบ การปกครองของฟรังโกพยายามทำให้เอลกาโนเป็นบุคคลในตำนานของชาติ โดยใช้เรื่องราวที่เขียนโดยยูสตาคิโอ เฟอร์นันเดซ เด นาบาร์เรเต (1872)

Amado Melón Ruiz de GordejuelaในหนังสือMagallanes o la Primera Vuelta al Mundo ของเขา ซึ่งตีพิมพ์ในปี 1940 ในชุดLa España Imperialยืนยันว่า Elcano มีส่วนร่วมในการล้อมเมือง Oran และเป็นผู้ช่วยของ "แม่ทัพใหญ่" Gonzalo Fernandez de Cordovaซึ่งทำการรบในอิตาลีระหว่างปี 1495 ถึง 1504 Melón Ruiz ต้องการให้ Elcano อยู่ใน Oran และเพิ่มอายุของเขาอีก 10 ปี (มิฉะนั้นเขาจะมีอายุเพียง 8 ปี) และเผยแพร่เรื่องแต่งว่า Elcano เกิดในปี 1476 แทนที่จะเป็นปี 1487 ด้วยการยอมรับวันเกิดที่แต่งขึ้นนี้โดยนักประวัติศาสตร์ ข้อมูลเท็จที่ว่า Elcano มีส่วนร่วมในการรบที่ Oran จึงได้รับการเผยแพร่อย่างกว้างขวางในหนังสือประวัติศาสตร์^{[ 39 ] [ 5 ]}

ครบรอบ 500 ปีของการเดินทางรอบโลกครั้งแรกได้รับการเฉลิมฉลองในสเปนเมื่อวันที่ 6 กันยายน พ.ศ. 2565 ^{[ 80 ]}ด้วยเหตุนี้ จึงมีการริเริ่มหลายอย่าง เช่น มูลนิธิเอลกาโน เพื่อเติมเต็มประวัติศาสตร์และรักษาความทรงจำไว้ รวมถึงวางแผนการเฉลิมฉลองเหตุการณ์ดังกล่าว^{[ 81 ] [ 82 ]}

เนื่องในโอกาสครบรอบ 500 ปีของการเดินทางรอบโลกครั้งแรกเมื่อวันที่ 6 กันยายน ค.ศ. 1522 พิพิธภัณฑ์การเดินเรือบาสก์ โดยได้รับการสนับสนุนจากมูลนิธิเอลกาโน ได้ตีพิมพ์หนังสือเล่มใหม่ชื่อElcano y el País Vasco. Cómo se hizo posible la primera vuelta al mundo (มิถุนายน ค.ศ. 2022) ^{[ 83 ]}

• 
  Juan Sebastian Elcano และ Getaria ซึ่งเป็นบ้านเกิดของเขา โดยIgnacio Zuloaga ชายในภาพคือหมอ Pío Gogorza ^{[ 84 ]}
• 
  ภาพแกะสลักของ José Ferrer de Couto ในปี 1865
• 
  Las glorias nacionalesโดยเครื่องพิมพ์ Luis Tasso, 1852.
• 
  ภาพแกะสลักของโฮเซ่ เฟร์เรร์ เดอ คูโต
• 
  ของขวัญของ ElkanoโดยElías Salaberria , 1924.

• 
  เหรียญ 500 เปเซตาปี 1931 อ้างอิงจากภาพวาดของเอเลียส ซาลาเบร์เรีย
• 
  500 เปเซตา, 1931
• 
  บันทึก 5 เปเซตาจากปี 1948 จากภาพวาดของอิกนาซิโอ ซูโลอากา

• 
  รูปปั้นของ Elcano ใน Getaria (1881)
• 
  ประติมากรรมที่Passeig de Gràcia, บาร์เซโลนา
• 
  อนุสาวรีย์ในเซวิลล์
• 
  ประติมากรรมโดยคาร์ลอส ปาลาโอในเมืองเกตาเรีย
• 
  อนุสาวรีย์อุทิศแด่เอลกาโนในเมืองเกตาเรีย
• 
  พระราชวัง Gipuzkoa, ซานเซบาสเตียน

ในปี 2019 ภาพยนตร์แอนิเมชั่นเรื่องElkano, lehen mundu biraกำกับโดยÁngel Alonsoได้ออกฉายในภาษาบาสก์ สเปน และอังกฤษ^{[ 85 ]}ในปี 2020 ภาพยนตร์แอนิเมชั่นอีกเรื่องหนึ่งโดยManuel H. Martinชื่อEl viaje más largoได้นำเสนอในเซบียา ในปี 2022 Amazon Primeได้ออกอากาศซีรีส์BoundlessโดยมีÁlvaro Morte รับบทเป็น Elcano ^{[ 86 ]} ในปี 2022 ภาพยนตร์เรื่อง Unchartedได้กล่าวถึงเขา ภาพยนตร์เรื่องนี้สร้างจากเรื่องราวการเดินทางของเขากับคณะสำรวจของแมเจลลัน