ศาสนาคริสต์เข้ามาในอินเดียในปี ค.ศ. 52 เมื่ออัครสาวกโทมัสเดินทางมาถึงเมืองมูซิริสในชายฝั่งมาลาบาร์ซึ่งปัจจุบันคือรัฐเกรละ [ ^{4 ] ท่าน}ได้เผยแพร่ศาสนาคริสต์ในชายฝั่งตะวันออกและตะวันตกของอินเดีย^{[ 5 ]}คริสเตียนนักบุญโทมัสเหล่านี้เป็นที่รู้จักในนามนาสรานี ซึ่งเป็น คำ ในภาษาซีเรียคหมายถึง ผู้ติดตามพระเยซูชาวนาซาเร็ธ ชุมชนคริสเตียนในอินเดียต่อมาอยู่ภายใต้เขตอำนาจของบิชอปจากเปอร์เซีย นักประวัติศาสตร์ประมาณการว่าเหตุการณ์นี้เกิดขึ้นราวศตวรรษที่ 4 ^{[ 6 ]}ด้วยเหตุนี้ พวกเขาจึงได้รับสืบทอดพิธีกรรมและประเพณีซีเรียคตะวันออกของเปอร์เซีย ต่อมาเมื่อมิชชันนารีชาวตะวันตกมาถึงอินเดีย พวกเขากล่าวหาชุมชนนี้ว่าปฏิบัติเนสโตเรียนิซึมซึ่งเป็นลัทธินอกรีตที่แยกพระเจ้าของพระคริสต์ออกจากธรรมชาติของมนุษย์ พวกเขาก่อตั้งคริสตจักร เขตปกครอง และมณฑลมหานครที่เก่าแก่ที่สุดในอนุทวีปอินเดียและตะวันออกไกล เขตปกครอง ซีเรียคตะวันออกของอินเดียได้รับการยกฐานะเป็นมณฑลมหานครในศตวรรษที่ 8 โดยพระสังฆราช อิโช ยับที่ 3ตามคำกล่าวของสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ 2ชุมชนนี้แม้จะเป็นส่วนหนึ่งของคริสตจักรซีเรียตะวันออกแต่ก็ไม่เคยตัดขาดความสัมพันธ์กับคริสตจักรคาทอลิกทั่วโลกอย่างชัดเจน^{[ 7 ]}ปัจจุบัน ความต่อเนื่องของชุมชนคริสเตียนยุคแรกนี้พบได้ในคริสตจักรคาทอลิกซีโร-มาลาบาร์ ซึ่งเป็นคริ สตจักรตะวันออกที่มีความสัมพันธ์กับคริสตจักรคาทอลิก โดยยึดถือประเพณีซีเรียตะวันออก

จอห์นแห่งมอนเตคอร์วิโนเป็นนักบวชฟรานซิสกันที่ถูกส่งไปจีนเพื่อดำรงตำแหน่งประมุขแห่งปักกิ่งราวปี ค.ศ. 1307 เขาเดินทางจากเปอร์เซียและเดินทางทางทะเลลงมายังอินเดียในปี ค.ศ. 1291 ไปยัง ภูมิภาค มาดราสหรือ "ประเทศของนักบุญโทมัส" ที่นั่นเขาเทศนาเป็นเวลาสิบสามเดือนและทำพิธีบัพติศมาให้แก่ผู้คนประมาณหนึ่งร้อยคน จากที่นั่นมอนเตคอร์วิโนได้เขียนจดหมายกลับบ้านในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1291 (หรือ 1292) ซึ่งเป็นหนึ่งในบันทึกที่น่าสนใจที่สุดเกี่ยวกับชายฝั่งโคโรแมนเดลที่จัดทำโดยชาวยุโรปตะวันตก การเดินทางทางทะเลจากไมลาปูร์ เขามาถึงจีนในปี ค.ศ. 1294 ปรากฏตัวในเมืองหลวง "คัมบาลีช" (ปัจจุบันคือปักกิ่ง) ^{[ 8 ]}

บาทหลวงโอโดริกแห่งปอร์เดโนเนเดินทางมาถึงอินเดียในปี ค.ศ. 1321 ท่านได้ไปเยือนมาลาบาร์ แวะที่ปันดารานี (20  ไมล์ทางเหนือของคาลิคัต) ที่ครันกาโนร์ และที่กุลัมหรือกวิลอนจากนั้นจึงเดินทางต่อไปยังศรีลังกาและศาลเจ้าของนักบุญโทมัสที่มายลาปูร์ใกล้เมืองมัทราส ท่านบันทึกไว้ว่าท่านได้พบสถานที่ฝังศพของนักบุญโทมัสแล้ว

บาทหลวงจอร์แดนัส คาตาลานัส มิชชันนารีชาวฝรั่งเศสจากคณะโดมินิกัน ได้เดินทางตามมาในปี ค.ศ. 1321–22 ท่านรายงานไปยังกรุงโรม โดยคาดว่ามาจากบริเวณชายฝั่งตะวันตกของอินเดีย ว่าท่านได้ประกอบพิธีฝังศพแบบคริสเตียนให้กับพระภิกษุผู้พลีชีพสี่รูป จอร์แดนัสเป็นที่รู้จักจากหนังสือ "มิราบิเลีย" ในปี ค.ศ. 1329 ซึ่งบรรยายถึงสิ่งมหัศจรรย์แห่งตะวันออก ท่านได้ให้รายละเอียดที่ดีที่สุดเกี่ยวกับภูมิภาคต่างๆ ของอินเดียและชาวคริสต์ รวมถึงผลิตภัณฑ์ สภาพอากาศ ขนบธรรมเนียม ประเพณี สัตว์ และพืช ที่ชาวยุโรปในยุคกลางได้บันทึกไว้ เหนือกว่าแม้กระทั่งบันทึกของมาร์โค โปโล

สังฆมณฑลควิลอนซึ่งมีสำนักงานใหญ่อยู่ที่เมืองโกลลัมเป็นสังฆมณฑลโรมันคาทอลิกแห่งแรกในอินเดีย ตั้งอยู่ในรัฐเกรละ ก่อตั้งขึ้นครั้งแรกเมื่อวันที่ 9 สิงหาคม ค.ศ. 1329 และก่อตั้งขึ้นใหม่เมื่อวันที่ 1 กันยายน ค.ศ. 1886 ในปี ค.ศ. 1329 สมเด็จพระสันตะปาปาจอห์นที่ 22 (ขณะถูกคุมขังอยู่ที่เมืองอาวิญง) ได้สถาปนา สังฆมณฑล ควิลอนเป็นสังฆมณฑลแห่งแรกในอินเดียทั้งหมด โดยเป็นสังฆมณฑลย่อยของอัครสังฆมณฑลสุลตานีในเปอร์เซีย ผ่านพระราชกฤษฎีกา "Romanus Pontifix" ลงวันที่ 9 สิงหาคม ค.ศ. 1329 ต่อมาในวันที่ 21 สิงหาคม ค.ศ. 1329 สมเด็จพระสันตะปาปาองค์เดียวกันนี้ได้แต่งตั้งนักบวชโดมินิกันชาวฝรั่งเศส จอร์แดนัส คาตาลานี เดอ เซเวอรัก (OP) เป็นบิชอปองค์แรกของควิลอน (สำเนาคำสั่งและจดหมายที่เกี่ยวข้องซึ่งออกโดยสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์นที่ 22ถึงบิชอปจอร์แดนัส คาตาลานี (OP) และถึงสังฆมณฑลควิลอนนั้นได้รับการบันทึกและเก็บรักษาไว้ในหอจดหมายเหตุของสังฆมณฑล) ในปี ค.ศ. 1347 โจวันนี เดอ มาริญโญลลีได้ไปเยี่ยมชมศาลเจ้าเซนต์โทมัสใกล้กับเมืองมัทราสในปัจจุบัน จากนั้นจึงเดินทางต่อไปยังสิ่งที่เขาเรียกว่าอาณาจักรซาบา ซึ่งเขาระบุว่าเป็นเชบาในพระคัมภีร์ แต่จากรายละเอียดต่างๆ ดูเหมือนจะเป็นเกาะชวามากกว่า หลังจากขึ้นเรือไปยังมาลาบาร์เพื่อเดินทางต่อไปยังยุโรป เขาได้เผชิญกับพายุใหญ่

นักเดินทางชาวอินเดียที่มีชื่อเสียงอีกคนหนึ่งคือ โจเซฟ นักบวชแห่งเมืองแครนกานอร์ เขาเดินทางไปยังบาบิโลนในปี 1490 จากนั้นก็ล่องเรือไปยังยุโรปและเยี่ยมชมโปรตุเกส โรม และเวนิส ก่อนจะกลับไปยังอินเดีย เขาได้ช่วยเขียนหนังสือเกี่ยวกับการเดินทางของเขาชื่อ "การเดินทางของโจเซฟชาวอินเดีย" ซึ่งแพร่หลายไปทั่วยุโรป

ในปี ค.ศ. 1453 การล่มสลายของคอนสแตนติโน เปิ ล ป้อมปราการของศาสนาคริสต์ในเอเชียไมเนอร์ ตกอยู่ภายใต้การปกครอง ของจักรวรรดิออตโตมันอิสลามถือเป็นจุดสิ้นสุดของจักรวรรดิโรมันตะวันออกหรือจักรวรรดิไบแซนไทน์และตัดขาดเส้นทางการค้าทางบกของยุโรปกับเอเชีย ความเสียหายครั้งใหญ่ต่อศาสนาคริสต์ ครั้งนี้ กระตุ้นให้เกิดยุคแห่งการค้นพบเนื่องจากชาวยุโรปต่างแสวงหาเส้นทางอื่นไปทางตะวันออกทางทะเล พร้อมกับเป้าหมายในการสร้างพันธมิตรกับชาติคริสเตียนที่มีอยู่ก่อนแล้ว^{[ 9 ] [ 10 ]}พร้อมกับนักเดินทางทางทะเลระยะไกล ชาว โปรตุเกส ผู้บุกเบิกที่เดินทางมาถึง ชายฝั่งมาลาบาร์ในช่วงปลายศตวรรษที่ 15 ก็มีมิชชันนารีชาวโปรตุเกสที่นำคริสตจักรคาทอลิกละตินเข้ามาในอินเดีย พวกเขาได้ติดต่อกับคริสเตียนเซนต์โทมัสในเกรละ ซึ่งในขณะนั้นปฏิบัติตาม หลัก ศาสนาคริสต์ตะวันออก และอยู่ภาย ใต้เขตอำนาจของคริสตจักรแห่งตะวันออก

ในศตวรรษที่ 16 การเผยแพร่ศาสนาคริสต์ในเอเชียมีความเชื่อมโยงกับนโยบายอาณานิคมของโปรตุเกส พระราชกฤษฎีกาRomanus Pontifex [ ^{11 ] ซึ่ง}เขียนขึ้นเมื่อวันที่ 8 มกราคม ค.ศ. 1455 โดย สมเด็จ พระสันตะปาปานิโคลัสที่ 5ถึงกษัตริย์อาฟอนโซที่ 5 แห่งโปรตุเกสได้ยืนยันอำนาจการปกครองของราชวงศ์โปรตุเกสเหนือดินแดนทั้งหมดที่ค้นพบหรือพิชิตได้ในช่วงยุคแห่งการค้นพบ นอกจากนี้โปรตุเกสยังได้รับ มอบอำนาจอุปถัมภ์การเผยแพร่ศาสนาคริสต์ (ดู " Padroado ") ในเอเชีย ^{[ 12 ]}มิชชันนารีจากคณะต่างๆ ( ฟรานซิสกันโดมินิกันเยซูอิตออกัสตินฯลฯ) ต่างพากันออกมาพร้อมกับผู้พิชิต และเริ่มสร้างโบสถ์ตามแนวชายฝั่งทันที ซึ่งอำนาจของโปรตุเกสได้แผ่ขยายออกไป

ประวัติศาสตร์ของมิชชันนารีชาวโปรตุเกสในอินเดียเริ่มต้นด้วยกลุ่มนีโออัครสาวกที่เดินทางมาถึงกัปปาดใกล้โคซิโคเดะเมื่อวันที่ 20 พฤษภาคม ค.ศ. 1498 พร้อมกับนักสำรวจชาวโปรตุเกสวาสโก ดา กามาผู้ซึ่งพยายามสร้างพันธมิตรต่อต้านอิสลามกับประเทศคริสเตียนที่มีอยู่ก่อนแล้ว^{[ 1 ] [ 13 ]}การค้าเครื่องเทศที่ทำกำไรได้มหาศาลเป็นสิ่งล่อใจเพิ่มเติมสำหรับราชสำนักโปรตุเกส^{[ 14 ]}เมื่อเขาและมิชชันนารีชาวโปรตุเกสมาถึง พวกเขาพบว่าไม่มีชาวคริสต์ในประเทศ ยกเว้นในมาลาบาร์ที่รู้จักกันในชื่อคริสเตียนเซนต์โทมัส ซึ่งคิดเป็นสัดส่วนน้อยกว่า 2% ของประชากรทั้งหมด^{[ 15 ]}และเป็นคริสตจักรที่ใหญ่ที่สุดในอินเดียในขณะนั้น^{[ 1 ]}ในตอนแรกชาวคริสต์เป็นมิตรกับมิชชันนารีชาวโปรตุเกส มีการแลกเปลี่ยนของขวัญระหว่างกัน และกลุ่มเหล่านี้ต่างยินดีในความเชื่อเดียวกัน^{[ 16 ]}

ในการเดินทางสำรวจครั้งที่สอง กองเรือโปรตุเกสซึ่งประกอบด้วยเรือ 13 ลำและนักบวช 18 รูป ภายใต้การนำของกัปตันเปโดร อัลวาเรส คาบรัลได้จอดเทียบท่าที่โคชินเมื่อวันที่ 26 พฤศจิกายน ค.ศ. 1500 คาบรัลได้รับความโปรดปรานจากราชาแห่งโคชิน อย่างรวดเร็ว พระองค์อนุญาตให้นักบวชสี่รูปทำการเผยแพร่ศาสนาในหมู่ชุมชนคริสเตียนยุคแรกที่กระจัดกระจายอยู่ในและรอบๆ โคชิน ดังนั้นมิชชันนารีชาวโปรตุเกสจึงได้ก่อตั้งคณะมิชชันโปรตุเกสขึ้นในปี ค.ศ. 1500 ดอมฟรานซิสโก เด อัลเมดา อุปราชโปรตุเกสคนแรก ได้รับอนุญาตจากราชาแห่งโคชินให้สร้างโบสถ์สองแห่ง ได้แก่มหาวิหารซานตาครูซ (ก่อตั้งในปี ค.ศ. 1505) และโบสถ์เซนต์ฟรานซิส (ก่อตั้งในปี ค.ศ. 1506) โดยใช้หินและปูน ซึ่งเป็นเรื่องที่ไม่เคยมีมาก่อนในเวลานั้น เนื่องจากอคติในท้องถิ่นต่อต้านโครงสร้างดังกล่าวสำหรับวัตถุประสงค์อื่นใดนอกเหนือจากพระราชวังหรือวัด

ในช่วงต้นศตวรรษที่ 16 ดินแดนอินเดียตะวันออก ทั้งหมด อยู่ภายใต้เขตอำนาจของอัครสังฆมณฑลลิสบอนเมื่อวันที่ 12 มิถุนายน ค.ศ. 1514 โคชิน กัว-อันเจดิวา และบอมเบย์-บาสเซนกลายเป็นพื้นที่สำคัญของการเผยแพร่ศาสนา ภายใต้สังฆมณฑลฟุนชัล ที่เพิ่งก่อตั้งขึ้นใหม่ ในมาเดราในปี ค.ศ. 1534 สมเด็จพระสันตะปาปาปอลที่ 3ได้ออกพระราชกฤษฎีกา Quequem Reputamus ยกฐานะฟุนชัลเป็นอัครสังฆมณฑลและกัวเป็นสังฆมณฑลย่อย โดย มอบหมายให้อินเดียทั้งหมดอยู่ภายใต้สังฆมณฑลกัวสิ่งนี้ทำให้เกิดเขตอัครสังฆมณฑลย่อยของฟุนชัลซึ่งมีเขตอำนาจครอบคลุมดินแดนที่เคยพิชิตในอดีตและอนาคตทั้งหมด ตั้งแต่แหลมกู๊ดโฮปไปจนถึงจีน

นักสำรวจชาวโปรตุเกสเดินทางมาถึงเมืองเจนไนในปี ค.ศ. 1523 และสร้างโบสถ์ซานโทเมขึ้นเหนือสุสานของนักบุญโทมัสอัครสาวกซึ่งเป็นโบสถ์แห่งแรกในเจนไน (มาดราส)ในปี ค.ศ. 1545 สมเด็จพระสันตะปาปาฟรานซิส ที่ 11 ได้เสด็จเยือนโบสถ์แห่งนี้ ทรงสวดภาวนาในสุสานของนักบุญโทมัส และประทับอยู่ประมาณหนึ่งปีก่อนการเดินทางเผยแพร่ศาสนาไปยังประเทศจีนต่อมาโบสถ์แห่งนี้ได้รับการยกฐานะเป็นมหาวิหารในปี ค.ศ. 1606 โดยสมเด็จพระสันตะปาปาปอลที่ 5พร้อมกับการสถาปนาสังฆมณฑลนักบุญโทมัสแห่งไมลาปอร์ตามคำขอของกษัตริย์โปรตุเกส ต่อมามหาวิหารแห่งนี้ได้รับการบูรณะใหม่โดยชาวอังกฤษในปี ค.ศ. 1896 ในรูปแบบนีโอโกธิกและได้รับการยกฐานะเป็นบาซิลิกาในปี ค.ศ. 1927 โดย สมเด็จพระสันตะปาปาปิอุ สที่ 12

ประมาณปี 1540 มิชชันนารีจากคณะเยซูอิต ที่เพิ่งก่อตั้งใหม่ ได้เดินทางมาถึงกัว รัฐบาลโปรตุเกสสนับสนุนงานของพวกเขา เช่นเดียวกับงานของคณะนักบวชอื่นๆ ในกัว (โดมินิกัน ฟรานซิสกัน และอื่นๆ) ที่เดินทางมาถึงตั้งแต่โปรตุเกสยึดครองกัวในปี 1510 ชาวกัว พื้นเมือง ที่เปลี่ยนศาสนาได้รับรางวัลจากรัฐบาลด้วยสัญชาติโปรตุเกส^{[ 17 ]}ในขณะเดียวกันชาวคริสต์ใหม่ จำนวนมาก จากโปรตุเกสได้อพยพไปยังอินเดียอันเป็นผลมาจากการไต่สวนของโปรตุเกสหลายคนถูกสงสัยว่าเป็นชาวยิวและมุสลิมที่แอบนับถือศาสนาเดิม ซึ่งทั้งสองกลุ่มถือเป็นภัยคุกคามต่อความสามัคคีของความเชื่อคริสเตียน^{[ 18 ]}นักบุญฟรานซิส ซาเวียร์ ในจดหมายปี 1545 ถึงจอห์นที่ 3 แห่งโปรตุเกสได้ขอให้มีการไต่สวนในกัวแต่ศาลไต่สวนนี้จัดตั้งขึ้นในปี 1560 เท่านั้น^{[ 18 ] [ 19 ]}

ในปี ค.ศ. 1557 กัวได้รับการยกฐานะเป็นอัครสังฆมณฑลอิสระ และมีการจัดตั้งสังฆมณฑลย่อยแห่งแรกขึ้นที่โคชินและมะละกา ดินแดน ตะวันออกทั้งหมดอยู่ภายใต้เขตอำนาจของกัวและอาณาเขตของกัวขยายไปเกือบครึ่งหนึ่งของโลก ตั้งแต่แหลมกู๊ดโฮปในแอฟริกาใต้ ไปจนถึงพม่า จีน และญี่ปุ่นในเอเชียตะวันออก ในปี ค.ศ. 1576 ได้มีการเพิ่มสังฆมณฑลย่อยมาเก๊า (จีน) และในปี ค.ศ. 1588 สังฆมณฑลย่อยฟูไนในญี่ปุ่น

การเสียชีวิตของอาร์คบิชอปมหานครซีเรียตะวันออก คนสุดท้าย – มาร์ อับราฮัมแห่งคริสเตียนเซนต์โทมัสซึ่งเป็นองค์กรโบราณที่เคยเป็นส่วนหนึ่งของคริสตจักรแห่งตะวันออก^{[ 20 ]}ในปี 1597 ทำให้อาร์คบิชอปเมเนเซ สแห่งกัวในขณะนั้น มีโอกาสที่จะนำคริสตจักรพื้นเมืองมาอยู่ภายใต้อำนาจของลำดับชั้นคาทอลิกละติน เขาประสบความสำเร็จในการโน้มน้าวอาร์คดีคอนจอร์จผู้แทนสูงสุดที่เหลืออยู่ของลำดับชั้นคริสตจักรพื้นเมือง เมเนเซสเรียกประชุมสภาสังคายนาแห่งเดียมเปอร์ระหว่างวันที่ 20 ถึง 26 มิถุนายน 1599 ^{[ 21 ]}ซึ่งได้นำการปฏิรูปหลายประการมาสู่คริสตจักรและนำคริสตจักรมาอยู่ภายใต้การควบคุมของเขาอย่างสมบูรณ์ หลังจากการประชุมสภาสังคายนา เมเนเซสได้อภิเษกฟรานซิส รอส SJ เป็นอาร์คบิชอปแห่งอัครสังฆมณฑลอังกามาเลสำหรับคริสเตียนเซนต์โทมัส ซึ่งทำให้เกิดสังฆมณฑลย่อยอีกแห่งหนึ่งของอัครสังฆมณฑลกัว และ การทำให้คริสเตียนเซนต์โทมัส เป็นแบบละตินก็เริ่มต้นขึ้น แม้จะขัดกับความปรารถนาของคริสเตียนเซนต์โทมัส (ประเพณีซีเรียตะวันออก) ก็ตาม คริสเตียนเซนต์โทมัสถูกกดดันให้ยอมรับอำนาจของพระสันตะปาปา และส่วนใหญ่ก็ยอมรับศาสนาคาทอลิกในที่สุด แต่บางส่วนก็เปลี่ยนไปนับถือ พิธีกรรม ซีเรียตะวันตก^{[ 21 ]}ความไม่พอใจต่อมาตรการเหล่านี้ทำให้บางส่วนของชุมชนเข้าร่วมกับอาร์คดีคอนโทมัสที่ 1ในการสาบานว่าจะไม่ยอมจำนนต่อชาวโปรตุเกสหรือยอมรับพวกเยซูอิตเป็นเจ้านายของพวกเขาในคำสาบานกางเขนคูนันในปี 1653 ผู้ที่ยอมรับประเพณีทางเทววิทยาและพิธีกรรมซีเรียตะวันตกของมาร์ เกรกอริโอสกลายเป็นที่รู้จักในชื่อจาโคไบต์ส่วนผู้ที่ยังคงยึดมั่นใน ประเพณีพิธีกรรม ซีเรียตะวันออกก็เป็นที่รู้จักอย่างเป็นทางการในชื่อคริสตจักรซีโร-มาลาบาร์ตั้งแต่ครึ่งหลังของศตวรรษที่ 19 เป็นต้นไป

สังฆมณฑลอังกามลีถูกโอนไปเป็นสังฆมณฑลครันกาโนร์ในปี ค.ศ. 1605 ขณะที่ในปี ค.ศ. 1606 ได้มีการจัดตั้งสังฆมณฑลย่อยแห่งที่หกของกัวขึ้นที่ซานโทเม ไมลาปอร์ ใกล้กับเมืองมัทราสในปัจจุบัน สังฆมณฑลย่อยที่เพิ่มเข้ามาภายหลังของกัว ได้แก่ สังฆมณฑลโมซัมบิก (ค.ศ. 1612) และในปี ค.ศ. 1690 อีกสองสังฆมณฑลที่ปักกิ่งและหนานจิงในประเทศจีน

งานเผยแผ่ศาสนาได้ดำเนินไปอย่างกว้างขวางตามแนวชายฝั่งตะวันตก โดยเฉพาะในบอมเบย์และบัสเซนของโปรตุเกสซึ่งขยายจากดามอนและดิว ไปจนถึงเกาะซัลเซตต์และเชาล์ ภารกิจเหล่านี้ประสบความสำเร็จอย่างมากจนกระทั่งการรุกรานของมหารัตตาในกัว-อันเจดิวาและบอมเบย์-บัสเซนซึ่งทำให้โบสถ์และอารามจำนวนมากถูกทำลาย การเปลี่ยนศาสนายังเกิดขึ้นตามชายฝั่งตะวันออกที่ซานโทเมแห่งไมลาปอร์ และไกลถึงจิตตะกองของโปรตุเกสและเลยไปถึงเบงกอลในหมู่เกาะอินเดียตะวันออก ในเขตทางใต้ ภารกิจของคณะเยซูอิตในมาดูราเป็นที่รู้จักมากที่สุด โดยขยายไปถึงแม่น้ำกฤษณะ พร้อมด้วยสถานีรอบนอกอีกหลายแห่ง ภารกิจของโคชินในภูมิภาคมาลาบาร์ของอินเดียใต้ก็เป็นหนึ่งในภารกิจที่ประสบความสำเร็จมากที่สุด จนกระทั่งการกดขี่ข่มเหงคริสเตียนคาทอลิกโดยชาวดัตช์นิกายคาล วิน ในดินแดนโปรตุเกสเดิมเริ่มต้นขึ้น^{[ 22 ] [ 23 ]}มีการจัดตั้งคณะมิชชันหลายแห่งในพื้นที่ตอนในทางเหนือ เช่น คณะมิชชันแห่งอักราและลาฮอร์ในปี 1570 และคณะมิชชันแห่งทิเบตในปี 1624 ถึงกระนั้น แม้จะมีความพยายามเหล่านี้ พื้นที่ส่วนใหญ่ของชายฝั่งก็ยังไม่ได้รับการสำรวจอย่างเต็มที่ และพื้นที่กว้างใหญ่ไพศาลทางตอนในทางเหนือก็แทบจะไม่ได้รับการสำรวจเลย

เมื่อชาวดัตช์รุกคืบและอำนาจของโปรตุเกสเสื่อมลง มหาอำนาจอาณานิคมอื่นๆ โดยเฉพาะอังกฤษและชาติคริสเตียนอื่นๆ ก็เข้ามามีอิทธิพลมากขึ้น

คริสเตียนเบตติอาห์ชุมชนคริสเตียนที่เก่าแก่ที่สุดในอนุทวีปอินเดียตอนเหนือ ก่อตั้งขึ้นในศตวรรษที่ 18 โดยมิชชันนารีคริสเตียนชาวอิตาลีที่สังกัดคณะภราดาคาปูชินซึ่งเป็นคณะนักบวชโรมันคาทอลิก^{[ 24 ]}ผู้อุปถัมภ์ของคณะมิชชันนารีคริสเตียนเบตติอาห์คือมหาราชาธูรูป สิงห์ กษัตริย์แห่งเบตติอาห์ราชในฮินดูสถาน ผู้ขอให้จูเซปเป มาเรีย เบอร์นินีรักษาภรรยาที่ป่วยของพระองค์ และประสบความสำเร็จในการทำเช่นนั้น^{[ 24 ] [ 25 ]}คณะมิชชันนารีคริสเตียนเบตติอาห์เจริญรุ่งเรืองภายใต้การอุปถัมภ์ของราชสำนักแห่งเบตติอาห์ราช และมีจำนวนเพิ่มมากขึ้น^{[ 24 ]}

ชาวโปรตุเกสเผยแพร่ศาสนาคาทอลิกในกัวจากนั้นในแหลมโคโมรินเขตภายในของมาดูไรและชายฝั่งตะวันตกของบัสเซน ซัลเซตต์บอมเบย์การันจา และเชาล์^{[ 26 ]}เมื่อมีการปราบปรามคณะเยซูอิตในปี 1773 การขยายงานเผยแผ่ศาสนาในอินเดียก็ลดลง^{[ 27 ]}พร้อมกับความต้องการองค์กรภายในคริสตจักรในอินเดีย^{[ 26 ]}โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อ มีการจัดตั้ง สำนักอัครสังฆราชแห่งบอมเบย์ขึ้นในปี 1637 ^{[ 28 ]}ซึ่งอยู่ภายใต้การปกครองโดยตรงจากโรม ทำให้เกิดความเข้าใจผิดระหว่างมิชชันนารีชาวโปรตุเกสกับสำนักอัครสังฆราช^{[ 26 ]}การไต่สวนของกัวทำให้ความสัมพันธ์ตึงเครียดและไม่ไว้วางใจกับชาวฮินดูในอินเดีย^{[ 19 ]}ความสัมพันธ์ที่ตึงเครียดระหว่างคริสตจักรและมิชชันนารีชาวโปรตุเกสถึงจุดสูงสุดเมื่อปี พ.ศ. 2481 พระที่นั่งศักดิ์สิทธิ์ได้ยกเลิกเขตอำนาจศาลของสังฆมณฑลย่อยทั้งสามแห่ง ได้แก่ Crangaqnore, Cochin และ Mylapur และโอนไปยังผู้แทนพระสันตะปาปาที่ใกล้ที่สุด และได้ดำเนินการเช่นเดียวกันกับดินแดนบางส่วนที่เคยอยู่ภายใต้อำนาจของกัวเอง^{[ 26 ]}ในที่สุดในปี พ.ศ. 2429 ก็ได้มีการจัดทำสนธิสัญญาขึ้นอีกฉบับหนึ่ง และในเวลาเดียวกัน ประเทศทั้งหมดก็ถูกแบ่งออกเป็นมณฑลทางศาสนา และดินแดนบางส่วนที่ถูกถอนออกไปในปี พ.ศ. 2481 ก็ได้รับการคืนสู่เขตอำนาจศาลของสังฆมณฑลโปรตุเกส^{[ 26 ]}

เมื่อวันที่ 30 ตุลาคม พ.ศ. 2488 ในการประชุม All India Conference of Indian Christians (AICIC) ได้จัดตั้งคณะกรรมการร่วมกับสหภาพคาทอลิกแห่งอินเดียเพื่อจัดตั้งคณะกรรมการร่วมซึ่งได้ผ่านมติที่ระบุว่า "ในรัฐธรรมนูญของอินเดียในอนาคต การประกอบวิชาชีพ การปฏิบัติ และการเผยแพร่ศาสนาควรได้รับการรับประกัน และการเปลี่ยนศาสนาไม่ควรก่อให้เกิดข้อจำกัดทางพลเรือนหรือทางการเมืองใดๆ" ^{[ 29 ]}คณะกรรมการร่วมนี้ทำให้คริสเตียนในอินเดียสามารถยืนหยัดเป็นหนึ่งเดียว และต่อหน้าคณะผู้แทนรัฐสภาอังกฤษ "สมาชิกคณะกรรมการต่างสนับสนุนการเคลื่อนไหวเพื่อเอกราชอย่างเป็นเอกฉันท์และแสดงความเชื่อมั่นอย่างเต็มที่ในอนาคตของชุมชนในอินเดีย" ^{[ 29 ]}สำนักงานของคณะกรรมการร่วมนี้เปิดทำการในเดลีโดยมีรองอธิการบดีมหาวิทยาลัยอันธรา M. Rahnasamy ดำรงตำแหน่งประธาน และ BL Rallia Ram จากลาฮอร์ดำรงตำแหน่งเลขาธิการทั่วไป^{[ 29 ]}สมาชิก 6 คนของคณะกรรมการร่วมได้รับการเลือกตั้งเข้าสู่คณะกรรมการชนกลุ่มน้อยของสภาร่างรัฐธรรมนูญแห่งอินเดีย^{[ 29 ]}ในการประชุมเมื่อวันที่ 16 เมษายน พ.ศ. 2490 และ 17 เมษายน พ.ศ. 2490 คณะกรรมการร่วมของ All India Conference of Indian Christians และ All India Catholic Union ได้จัดทำบันทึกข้อความ 13 ข้อที่ส่งไปยังสภาร่างรัฐธรรมนูญ ซึ่งเรียกร้องเสรีภาพทางศาสนาสำหรับทั้งองค์กรและบุคคล ซึ่งต่อมาได้สะท้อนให้เห็นในรัฐธรรมนูญของอินเดีย^{[ 29 ]}