จนถึงปี 1914 บริการเดียวบนสาย Myrtle Avenue ทางตะวันออกของGrand Avenueคือบริการรถไฟท้องถิ่นระหว่างPark Row (ผ่านสะพาน Brooklyn Bridge ) และ Middle Village (หมายเลข11ในปี 1924) ^{[ 7 ]}สะพาน Myrtle Viaduct ซึ่งเป็นทางลาดสองรางที่เชื่อมต่อสาย Myrtle Avenue กับสาย BMT Broadway Elevated (ปัจจุบันคือสาย Jamaica) ที่สถานี Myrtle Avenue เปิดให้บริการเมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม 1914 ทำให้มีบริการที่สอง คือสาย Myrtle Avenue–Chambers Street หรือสาย Myrtle-Chambersซึ่งวิ่งไปตามทางยกระดับ Broadwayและสะพาน WilliamsburgไปยังChambers StreetบนNassau Street Loopใน Lower Manhattan ^{[ 8 ] [ 9 ]}

หลังจากสร้างรางที่สามเสร็จสมบูรณ์บนทางยกระดับบรอดเวย์ระหว่างถนนมาร์ซีและถนนเมอร์เทิลเมื่อวันที่ 17 มกราคม พ.ศ. 2459 ^{[ 10 ]}รถไฟเหล่านี้เริ่มวิ่งด่วนบนทางยกระดับบรอดเวย์ในช่วงชั่วโมงเร่งด่วนตอนเย็นในทิศทางที่มีผู้โดยสารมากที่สุด^{[ 11 ]}ในปี พ.ศ. 2463 รถไฟเริ่มวิ่งด่วนในช่วงชั่วโมงเร่งด่วนตอนเช้าและช่วงบ่ายวันเสาร์ในทิศทางที่มีผู้โดยสารมากที่สุด^{[ 12 ]}หมายเลข10ถูกกำหนดให้กับบริการนี้ในปี พ.ศ. 2467 ^{[ 7 ]}ในขณะนั้น บริการจะวิ่งในวันธรรมดาตั้งแต่เวลา 6.00  น. ถึง 20.00  น. ในวันเสาร์ตั้งแต่เวลา 6.00  น. ถึง 21.00  น. และในวันอาทิตย์ตั้งแต่เวลา 12.30 น. ถึง 23.00  น. ในช่วงชั่วโมงเร่งด่วนตอนเช้า รถไฟจะวิ่งด่วนระหว่างถนนเซ็นทรัลและถนนเอสเซ็กซ์ และในช่วงชั่วโมงเร่งด่วนตอนเย็น รถไฟจะวิ่งด่วนระหว่างถนนโบเวอรี่และถนนบรอดเวย์-เมอร์เทิล^{[ 13 ]}

บริการในวันอาทิตย์ถูกยกเลิกในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2476 ^{[ 13 ]}รถไฟทุกขบวนในวันเสาร์เริ่มวิ่งแบบธรรมดาในวันที่ 28 มิถุนายน พ.ศ. 2495 ^{[ 14 ]}ในวันที่ 10 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2491 รถไฟพิเศษไบรตัน-แนสซอในช่วงชั่วโมงเร่งด่วน 4 ขบวน เริ่มจอดที่สถานีเน็คโรดและอเวนิว ยู นอกจากนี้ รถไฟในช่วงชั่วโมงเร่งด่วนตอนเย็นเริ่มจอดที่สถานีเดคาลบ์อเวนิว เช่นเดียวกับรถไฟในช่วงชั่วโมงเร่งด่วน ตอนเช้า ^{[ 15 ]}ในวันที่ 28 มิถุนายน พ.ศ. 2491 บริการในวันเสาร์ถูกยกเลิก^{[ 14 ]}ในวันที่ 26 พฤษภาคม พ.ศ. 2492 บริการช่วงกลางวันถูกยกเลิก ทำให้สายเมอร์เทิล-แชมเบอร์สให้บริการเฉพาะช่วงชั่วโมงเร่งด่วนเท่านั้น ก่อนหน้านี้ให้บริการในวันธรรมดาตั้งแต่ 6.00  น. ถึง 20.00  น. ^{[ 16 ]}ตั้งแต่วันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2503 รถไฟด่วนเริ่มจอดที่สถานีมาร์ซีอเวนิว ซึ่งเดิมทีเป็นสถานีธรรมดา^{[ 14 ]}

ในปี พ.ศ. 2504 เมื่อ รถไฟ R27รุ่นใหม่มาถึงซึ่งมีป้ายม้วนที่มีตัวอักษรกำหนดหมายเลขใหม่สำหรับบริการรถไฟ BMT หมายเลข 10 จึงถูกเปลี่ยนชื่อเป็น M ^{[ 17 ] [ 18 ]}เนื่องจากรถไฟเหล่านี้ไม่ได้ถูกกำหนดให้วิ่งในเส้นทางนี้^{[ 19 ]}จึงยังคงใช้ป้ายหมายเลข 10 ต่อไป อย่างไรก็ตาม รถไฟพิเศษ Nassau Street ในช่วงชั่วโมงเร่งด่วนของสาย BMT Brightonและสาย BMT Fourth Avenueใช้ป้ายหมายเลข M ^{[ 20 ] : 86}สายนี้ได้รับการกำหนดอย่างเป็นทางการให้เป็น "M" หลังจากการเปลี่ยนเส้นทางที่ Chrystie Street ในวันที่ 27 พฤศจิกายน พ.ศ. 2510 ^{[ 21 ]}

ส่วนที่สองของทางเชื่อมถนนคริสตี้เปิดให้บริการเมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2511 และสายJJซึ่งเคยวิ่งไปตามถนนแนสซอไปยังถนนบรอดได้ถูกย้ายผ่านทางเชื่อมใหม่ไปยังสาย IND Sixth Avenue (และเปลี่ยนชื่อเป็น KK) เพื่อเพิ่ม บริการสาย QJไปยังถนนบรอด สาย M จึงได้ขยายออกไปอีกสองสถานี จากถนนแชมเบอร์สไปยังถนนบรอด^{[ 22 ]}

เมื่อวันที่ 4 ตุลาคม พ.ศ. 2512 รถไฟยกระดับ Myrtle Avenue ถูกยกเลิกบริการทางใต้ของ Myrtle Avenue ไปยัง Jay Street เพื่อชดเชยการสูญเสียบริการ MJ บริการ M จึงขยายเวลาให้บริการในช่วงกลางวัน โดยให้บริการในวันธรรมดาตั้งแต่เวลา 6.00  น. ถึง 19.00  น. และรถรับส่ง SS ใหม่เริ่มให้บริการระหว่าง Myrtle Avenue และ Metropolitan Avenue ในช่วงเวลาอื่น^{[ 23 ]}ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2515 รถรับส่ง SS นอกเวลาทำการถูกเปลี่ยนชื่อเป็นส่วนหนึ่งของ M ^{[ 24 ] : 62}

ตั้งแต่วันที่ 2 มกราคม 1973 เป็นต้นไป รถไฟสาย QJ ที่วิ่งในเวลากลางวันถูกลดเส้นทางเหลือเพียงถนนบรอดสตรีท และเปลี่ยนเป็นสาย Jส่วนสาย M ถูกขยายเส้นทางวิ่งเลยถนนบรอดสตรีทไปในเวลากลางวัน โดยใช้เส้นทางเดิมของสายQJ ไปยัง โคนีย์ไอส์แลนด์–สติลเวลล์อเวนิวผ่านอุโมงค์ถนนมอนแทกูและรางรถไฟท้องถิ่นสายไบรตัน การขยายเส้นทางของสาย M ไปยังสายไบรตันยังส่งผลให้มีการเปลี่ยนแปลงบริการของสาย D ด้วย รถไฟสาย M ที่วิ่งขึ้นเหนือในวันธรรมดาจากคิงส์ไฮเวย์จะเริ่มให้บริการเวลา 5:46  น. ขณะที่รถไฟสาย D ที่วิ่งขึ้นเหนือจากโคนีย์ไอส์แลนด์จะเริ่มให้บริการเวลา 6:34  น. ตั้งแต่เวลา 5:40 น. ถึง 6:34  น. รถไฟสาย D ที่วิ่งขึ้นเหนือจะวิ่งแบบธรรมดาจากไบรตันบีชไปยังคิงส์ไฮเวย์ จากนั้นจะวิ่งแบบด่วนไปยังพร็อสเปคต์พาร์ค รถไฟสาย D ในช่วงสายและช่วงบ่ายจะวิ่งแบบด่วนจากไบรตันบีชไปยังคิงส์ไฮเวย์ และเวลาให้บริการแบบด่วนของสาย D ไปยังไบรตันบีชถูกขยายออกไปอีก 45 นาที จนถึง 21:05  น. จาก Prospect Park และช่วงเวลาการให้บริการของรถไฟสาย M จาก Broad Street ไปยัง Coney Island ได้ขยายออกไปอีก 45 นาทีจากช่วงเวลาการให้บริการของรถไฟสาย QJ ก่อนหน้านี้ เพื่อครอบคลุมสถานีท้องถิ่น^{[ 25 ] [ 26 ]}รถไฟสาย M สองขบวนเริ่มให้บริการที่ Brighton Beach ในช่วงชั่วโมงเร่งด่วนตอนเช้า และในช่วงเช้าตรู่ รถไฟสาย M สามขบวนเริ่มให้บริการที่ Brighton Beach และหกขบวนเริ่มให้บริการที่ Kings Highway นอกจากนี้ รถไฟสาย M เก้าขบวนสุดท้ายที่วิ่งลงใต้ในช่วงเย็นสิ้นสุดการให้บริการที่ Brighton Beach เมื่อวันที่ 13 พฤษภาคม 1974 รถไฟสองในสามขบวนที่วิ่งขึ้นเหนือในช่วงเช้าตรู่ซึ่งเริ่มให้บริการที่ Brighton Beach ได้ถูกย้ายไปให้บริการที่ Kings Highway แทน^{[ 27 ]}

รถประจำทางท้องถิ่นสาย K (เปลี่ยนชื่อจาก KK ในปี 1973) ถูกยกเลิกเมื่อวันที่ 27 สิงหาคม 1976 ^{[ 28 ]}และบริการรถประจำทางด่วนสาย M ระหว่างถนน Myrtle Avenue และถนน Marcy Avenue ก็สิ้นสุดลง^{[ 29 ]}

เมื่อวันที่ 3 ธันวาคม พ.ศ. 2522 รถไฟสี่ขบวนที่วิ่งขึ้นเหนือในช่วงชั่วโมงเร่งด่วนเช้าวันธรรมดา ซึ่งได้เริ่มให้บริการที่สถานี Kings Highway ได้เริ่มให้บริการที่สถานี Brighton Beach ^{[ 27 ]}

โครงการปรับปรุงเส้นทางรถไฟสายไบรตันเป็นเวลาหกเดือนเริ่มขึ้นเมื่อวันที่ 26 เมษายน พ.ศ. 2529 และเพื่อลดความแออัดและความล่าช้า บริการรถไฟสาย M ในช่วงเวลากลางวันของวันธรรมดาจึงถูกย้ายไปที่รางด่วนของสาย Fourth Avenue ทางใต้ของถนน DeKalb Avenueและสาย BMT West Endบริการเริ่มสิ้นสุดที่สถานี Ninth Avenueในช่วงกลางวัน และที่สถานี Bay Parkwayในช่วงชั่วโมงเร่งด่วน^{[ 30 ]}บริการนี้ทำซ้ำรูปแบบที่เคยดำเนินการครั้งสุดท้ายในชื่อTTจนถึงปลายปี พ.ศ. 2510 ^{[ 31 ]}รถไฟสาย M ที่มุ่งหน้าไปยังแมนฮัตตันให้บริการจาก Bay Parkway ระหว่างเวลาประมาณ 7:00 ถึง 8:20  น. โดยให้บริการทุก 12 ถึง 15 นาที รถไฟสาย M ที่มุ่งหน้าไปยัง Bay Parkway ออกจาก Chambers Street ระหว่างเวลา 16:20 ถึง 17:30  น. ^{[ 32 ]}ในปี พ.ศ. 2534 รถไฟสาย M เริ่มให้บริการโดยมีจำนวนตู้โดยสารน้อยลงตลอดเวลา ยกเว้นวันธรรมดาตั้งแต่เวลา 6:00  น. ถึง 20:00  น. เพื่อเพิ่มความปลอดภัยของผู้โดยสารในช่วงเวลากลางคืน^{[ 33 ]}

บริการรถไฟสาย M บนถนน Fourth Avenue ซึ่งให้บริการระหว่างเวลา 6:30 น . ถึง 20:00  น. ได้เปลี่ยนไปใช้รางท้องถิ่นในวันที่ 31 พฤษภาคม 1994 โดยสลับกับรถไฟสายNซึ่งวิ่งแบบท้องถิ่นมาตั้งแต่รถไฟสาย M ถูกย้ายในปี 1987 ^{[ 34 ] [ 35 ]}การเปลี่ยนแปลงนี้ดำเนินการในรูปแบบทดลองเป็นเวลาหกเดือน และหลังจากนั้นก็เปลี่ยนมาใช้แบบถาวร การเปลี่ยนแปลงนี้เป็นส่วนหนึ่งของข้อตกลงค่าโดยสารของ New York City Transit ซึ่งมุ่งหวังที่จะเพิ่มจำนวนผู้โดยสารโดยการปรับปรุงบริการ การเปลี่ยนแปลงนี้ได้รับการเสนอในเดือนพฤศจิกายน 1993 และมีการจัดประชุมรับฟังความคิดเห็นสาธารณะเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงนี้^{[ 36 ]}การเปลี่ยนแปลงนี้ช่วยลดเวลาเดินทางลง4 + 1 ⁄ 2นาที สำหรับผู้โดยสาร 26,000 คน ซึ่งเป็นผู้โดยสารส่วนใหญ่ในเส้นทางนี้ ผลจากการเปลี่ยนแปลงนี้ ผู้โดยสารบางส่วนเปลี่ยนจากการใช้สถานีบนสาย BMT West End ไปยังสาย BMT Sea Beach และจากป้ายรถไฟท้องถิ่นบนถนน Fourth Avenue ไปยังป้ายรถไฟด่วนบนถนน Fourth Avenue ^{[ 37 ]}การวิจัยตลาดพบว่า 44% ของผู้โดยสาร M รู้สึกว่าความแออัดลดลง 35% ของผู้โดยสาร M และ 30% ของผู้โดยสาร N ใช้บริการบ่อยขึ้น 58% ของผู้โดยสารคิดว่าการเปลี่ยนแปลงนี้เป็นความคิดที่ดี และมีเพียงผู้โดยสารที่สถานีถนนสายที่ 45 และถนนสายที่ 53 ซึ่งได้รับบริการน้อยกว่าเท่านั้นที่มองว่าการเปลี่ยนแปลงนี้เป็นลบ การเปลี่ยนแปลงนี้ทำให้ต้นทุนการดำเนินงานเพิ่มขึ้น 245,000 ดอลลาร์^{[ 38 ]}

รถไฟสาย M ช่วงกลางวัน (ระหว่าง 9:30  น. ถึง 15:30  น.) ถูกลดเส้นทางชั่วคราวเหลือเพียงสถานี Chambers Street เมื่อวันที่ 30 เมษายน 1995 จาก Ninth Avenue ในบรูคลิน เนื่องจากสะพานแมนฮัตตันปิดให้บริการในช่วงกลางวันของวันธรรมดาเพื่อซ่อมแซมโครงสร้าง^{[ 39 ] [ 40 ] [ 41 ]}การเปลี่ยนแปลงนี้เกิดขึ้นเพื่อเพิ่มความจุในอุโมงค์ Montague Street สำหรับรถไฟสาย Q ซึ่งเปลี่ยนเส้นทางมาจากสะพานแมนฮัตตัน เพื่อทดแทนบริการรถไฟสาย M ในบรูคลิน รถไฟสาย N ช่วงกลางวันจึงเริ่มจอดรับส่งผู้โดยสารในบรูคลิน นอกจากนี้ ระยะเวลาการให้บริการรถไฟสาย M ไปยังบรูคลินยังลดลง 15 นาทีในช่วงเช้าตรู่ และ 25 นาทีในช่วงเย็น^{[ 42 ]}

การยกเลิกบริการช่วงกลางวันไปยังบรูคลินมีผลบังคับใช้ถาวรในวันที่ 12 พฤศจิกายน 1995 หลังจากโครงการซ่อมแซมหกเดือนเสร็จสมบูรณ์^{[ 43 ]}ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการลดบริการหลายรายการที่ดำเนินการโดย New York City Transit เพื่อชดเชยการขาดดุลในงบประมาณ เดิมทีคาดว่าจะได้ กำไร 160 ล้านดอลลาร์ในปี 1995 แต่เนื่องจากการลดการสนับสนุนจากรัฐและรัฐบาลกลาง ทำให้ต้องขาดทุนซึ่งอาจสูงถึง 172  ล้านดอลลาร์ การยกเลิกบริการรถไฟสาย M ช่วงกลางวันไปยังบรูคลินเป็นส่วนหนึ่งของแผนการใหญ่ในการลดค่าใช้จ่ายเพื่อหลีกเลี่ยงการขึ้นค่าโดยสาร ซึ่งผู้ว่าการรัฐจอร์จ พาตาคีและนายกเทศมนตรีรูดี้ จิอูลีอานีได้กดดันให้ MTA หลีกเลี่ยง มีผู้โดยสารเพียง 4,200 คนเท่านั้นที่ใช้บริการรถไฟสาย M ไปยังบรูคลินในช่วงกลางวัน โดยมีผู้โดยสารน้อยกว่า 20 คนต่อตู้ หรือ 80 คนต่อขบวน (รถไฟสาย M ใช้ขบวนสี่ตู้ในช่วงกลางวัน) เนื่องจากการให้บริการไปยังบรู๊คลินมีต้นทุนต่ำ และเนื่องจากมีการให้บริการทางเลือกบนสาย N และ R จึงตัดสินใจตัดการให้บริการดังกล่าว การตัดการให้บริการนี้ช่วยประหยัดเงินได้ 664,000 ดอลลาร์ต่อปี มีการพิจารณาแผนการดำเนินงานทางเลือก 3 แผน ได้แก่ การคงการให้บริการช่วงกลางวันไว้ การยุติการให้บริการช่วงกลางวันที่สถานีบรอดสตรีท และการให้บริการแบบรถรับส่งเช่นเดียวกับการให้บริการในช่วงสุดสัปดาห์และช่วงดึก ตัดสินใจไม่ยุติการให้บริการที่สถานีบรอดสตรีท เนื่องจากจะทำให้การประหยัดค่าใช้จ่ายด้านพนักงานส่วนใหญ่หมดไป เนื่องจากจำเป็นต้องมีบุคลากรในการเปลี่ยนขบวนรถที่สถานีปลายทางบรอดสตรีท เวลาในการเดินทางที่ยาวนานขึ้น และอาจทำให้การให้บริการสาย J ซึ่งสิ้นสุดที่นั่นอยู่แล้วล่าช้า ส่วนตัวเลือกแบบรถรับส่งนั้นถูกยกเลิกไป เพราะจะสร้างความไม่สะดวกให้กับผู้โดยสารสาย M จำนวนมาก^{[ 44 ]}การตัดการให้บริการสาย M ช่วงกลางวันได้รับการเสนอตั้งแต่เดือนมกราคม พ.ศ. 2534 เพื่อดำเนินการในเดือนตุลาคมของปีนั้น โดยขึ้นอยู่กับการอนุมัติจากคณะกรรมการ MTA ^{[ 45 ]}

ตั้งแต่วันที่ 1 พฤษภาคม ถึง 1 กันยายน พ.ศ. 2542 รางรถไฟใต้ดิน สะพานวิลเลียมส์เบิร์กถูกปิดเพื่อการปรับปรุงใหม่ ทำให้บริการสาย M ถูกแบ่งออกเป็นสองส่วน ส่วนหนึ่งให้บริการตลอดเวลาระหว่าง Middle Village–Metropolitan Avenue และ Marcy Avenue ส่วนอีกส่วนหนึ่งให้บริการเฉพาะช่วงเวลาเร่งด่วนระหว่าง Bay Parkway และ Chambers Street มีรถรับส่งให้บริการในสาย BMT Nassau Street Line ค่าโดยสารรถบัส B39 ที่ข้ามสะพานวิลเลียมส์เบิร์กถูกยกเลิก และมีการเปลี่ยนรถไฟใต้ดินเป็นรถบัสฟรีที่ Marcy Avenue และ Delancey Street ^{[ 46 ]}คาดว่าการปิดจะกินเวลานานถึงเดือนตุลาคม พ.ศ. 2542 แต่บริการรถไฟใต้ดินกลับมาให้บริการได้เร็วกว่ากำหนดหนึ่งเดือน^{[ 47 ]}โครงการนี้มีค่าใช้จ่าย 130  ล้านดอลลาร์ รวมถึงการเปลี่ยนโครงสร้างรองรับราง ระบบสัญญาณ และอุปกรณ์อื่นๆ^{[ 48 ]}

ตั้งแต่วันที่ 23 กรกฎาคม 2544 ถึงวันที่ 22 กุมภาพันธ์ 2547 การปิดรางรถไฟทางเหนือบนสะพานแมนฮัตตันส่งผลให้มีการขยายเส้นทางรถไฟช่วงกลางวันไปยังถนนไนน์อเวนิว รวมถึงการขยายเวลาให้บริการในช่วงชั่วโมงเร่งด่วนไปจนถึง 22.00  น. การเปลี่ยนแปลงนี้ช่วยรักษาบริการระหว่างสายเวสต์เอนด์และไชน่าทาวน์สำหรับผู้โดยสารที่ปกติจะขึ้นรถไฟสายBไปยังถนนแกรนด์สตรีท [ ^{49 ] เมื่อ}การให้บริการบนสะพานแมนฮัตตันกลับมาเป็นปกติ บริการรถไฟสาย M ช่วงกลางวันถูกลดเส้นทางไปยังถนนแชมเบอร์ส และถูกแทนที่ในบรูคลินตอนใต้ด้วยรถไฟสายD [ ^{50 ] [ 51 ] [ 52 ] ผู้นำ}ชุมชนในไชน่าทาวน์ไม่พอใจกับการตัดสินใจที่จะยุติการให้บริการช่วงกลางวันที่ถนนไนน์อเวนิว แทนที่จะวิ่งไปยังเบย์พาร์คเวย์ โฆษกของ New York City Transit ระบุว่าการยุติการให้บริการรถไฟที่ถนนไนน์อเวนิวทำได้ง่ายกว่า และโครงการปรับปรุงสัญญาณกำลังดำเนินการอยู่ถัดไป^{[ 53 ]}นอกจากนี้ บริการรถไฟช่วงกลางวันชั่วคราวไปยังบรูคลินมีการใช้งานน้อย โดยมีผู้โดยสารเฉลี่ย 50 ถึง 60 คนต่อขบวนในช่วงกลางวันที่เดินทางไปบรูคลิน และมีผู้โดยสารน้อยกว่า 50 คนต่อขบวนในช่วงเย็นที่เดินทางไปบรูคลิน^{[ 54 ] : 49}

หลังจาก การโจมตี เมื่อวันที่ 11 กันยายน 2544บริการรถไฟสาย M เริ่มแรกดำเนินการเป็นรถไฟรับส่งระหว่าง Metropolitan Avenue และ Myrtle Avenue–Broadway ^{[ 55 ]}ในวันที่ 17 กันยายน บริการรถไฟสาย M ได้เปลี่ยนเส้นทางผ่านสายSea Beach Lineและเริ่มต้นและสิ้นสุดที่ Stillwell Avenue เพื่อทดแทนรถไฟสาย Nซึ่งถูกระงับ บริการผ่านสายWest End Lineยังคงให้บริการโดย รถไฟสาย Wรถไฟสาย M จอดทุกสถานีตามเส้นทางที่เปลี่ยนใหม่^{[ 56 ] [ 57 ] [ 58 ]}บริการรถไฟสาย M ตามปกติได้รับการฟื้นฟูในวันที่ 28 ตุลาคม^{[ 59 ]}

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2550 MTA ประกาศแผนการจัดสรรเงิน 27  ล้านดอลลาร์สหรัฐในปี พ.ศ. 2551 และ 60  ล้านดอลลาร์สหรัฐต่อปีหลังจากนั้น เพื่อปรับปรุงบริการเพื่อช่วยเหลือผู้โดยสารในการรับมือกับค่าโดยสารที่เพิ่มขึ้น การขยายบริการรถไฟสาย M ในช่วงเย็นวันธรรมดาไปยังถนนบรอดสตรีท และบริการในช่วงสุดสัปดาห์ไปยังถนนแชมเบอร์สสตรีท เป็นส่วนหนึ่งของแผน^{[ 60 ]}อย่างไรก็ตาม ในวันที่ 24 มีนาคม พ.ศ. 2551 มีการประกาศว่าเนื่องจากหน่วยงานได้รับรายได้จากภาษีธุรกรรมอสังหาริมทรัพย์น้อยลงอย่างมาก การปรับปรุงจึงลดลงเหลือ 4.5  ล้านดอลลาร์สหรัฐในปี พ.ศ. 2551 และ 8.9  ล้านดอลลาร์สหรัฐต่อปีหลังจากนั้น^{[ 61 ] [ 62 ]}แผนการขยายบริการในช่วงสุดสัปดาห์ไปยังถนนแชมเบอร์สสตรีทถูกยกเลิก หลังจากล่าช้าไปหลายเดือน รถไฟในช่วงเย็นวันธรรมดาจึงขยายไปยังถนนบรอดสตรีทในวันที่ 27 กรกฎาคม พ.ศ. 2551 ^{[ 63 ] [ 64 ]}

เมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน 2551 ท่ามกลางปัญหางบประมาณที่ย่ำแย่ MTA ได้ประกาศแผนการลดบริการหลายรายการ หนึ่งในนั้นคือการยกเลิกบริการรถไฟสาย M ในช่วงชั่วโมงเร่งด่วน ซึ่งเคยให้บริการเลยสถานี Chambers Street บนสาย Nassau Street ในแมนฮัตตันตอนล่าง ไปจนถึงสถานี Bay Parkway บนสาย West End ในบรูคลิน^{[ 65 ]}ในเดือนพฤษภาคม 2552 หลังจากที่สภานิติบัญญัติแห่งรัฐนิวยอร์กผ่านร่างกฎหมายเพื่อให้การสนับสนุนทางการเงินแก่ MTA แผนการลดบริการดังกล่าวก็ถูกยกเลิกไป^{[ 66 ]}อย่างไรก็ตาม ในช่วงปลายปี 2552 MTA ก็พบว่าตนเองกำลังเผชิญกับวิกฤตทางการเงินอีกครั้ง แผนการลดบริการส่วนใหญ่ที่เคยขู่ไว้เมื่อไม่กี่เดือนก่อนหน้านี้จึงถูกนำกลับมาพิจารณาอีกครั้ง ข้อเสนอหนึ่งคือการยกเลิกบริการรถไฟสาย M อย่างสมบูรณ์และใช้รถไฟสาย Vแทน ภายใต้ข้อเสนอนี้ รถไฟสาย V จะไม่ให้บริการที่สถานีปลายทางทางใต้ที่Second Avenue อีกต่อ ไป แต่หลังจากออกจากบรอดเวย์–ลาฟาแยตสตรีทแล้ว รถไฟจะวิ่งไปตามเส้นทางเชื่อมต่อถนนคริสตี–สะพานวิลเลียมส์เบิร์ก ซึ่งไม่ได้ใช้งานมาตั้งแต่การยกเลิกสาย K ในปี 1976 และจอดที่ระดับบน (BMT) ของถนนเอสเซ็กซ์ในแมนฮัตตัน ก่อนที่จะให้บริการสถานี M ทั้งหมดไปจนถึงถนนเมโทรโพลิแทนในควีนส์^{[ 67 ]}

MTA ระบุว่า การเปลี่ยนแปลงนี้ แม้จะเป็นการลดการให้บริการ แต่จะเป็นประโยชน์ต่อผู้โดยสารสาย M ในบรูคลินตอนเหนือ โดยมีผู้โดยสารประมาณ 17,000 คนในวันธรรมดาใช้เส้นทางนี้เพื่อไปยังสถานีต่างๆ ในแมนฮัตตันตอนล่าง ในขณะที่ 22,000 คนเปลี่ยนไปใช้เส้นทางอื่นเพื่อไปยังจุดหมายปลายทางในมิดทาวน์แมนฮัตตัน อย่างไรก็ตาม มีผู้โดยสารเพียงประมาณ 10,000 คนในบรูคลินตอนใต้ที่ใช้สาย M เพื่อไปยังสาย Nassau Street Line การควบรวมกิจการนี้เปิดโอกาสการเดินทางใหม่สำหรับบรูคลินตอนเหนือและควีนส์ เนื่องจากช่วยให้เข้าถึงพื้นที่ที่ก่อนหน้านี้ไม่มีบริการโดยเส้นทางเหล่านั้น เช่น มิดทาวน์แมนฮัตตัน ได้โดยตรงและสะดวกยิ่งขึ้น เพราะก่อนการเปลี่ยนแปลงการให้บริการ ผู้โดยสารรถไฟสาย M ต้องเปลี่ยนรถอย่างน้อยหนึ่งครั้งหากมุ่งหน้าไปยังมิดทาวน์^{[ 68 ]}

เมื่อวันที่ 19 มีนาคม 2553 มีรายงานว่าแผนดังกล่าวได้มีการเปลี่ยนแปลง และบริการแบบผสมใหม่จะใช้ชื่อรถไฟ M แทน โดยเปลี่ยนสีเป็นสีส้มเพื่อระบุว่าสาย IND Sixth Avenue เป็นสายหลักไปยังแมนฮัตตัน ในขณะเดียวกันก็ยกเลิกรถไฟ V สมาชิกคณะกรรมการ MTA หลายคนคัดค้านการยกเลิกชื่อรถไฟ M โดยกล่าวว่าผู้โดยสารจะรู้สึกสะดวกสบายกว่าหากใช้ชื่อรถไฟ M มากกว่าชื่อรถไฟ V และเนื่องจากรถไฟ M มีมานานกว่ารถไฟ V ^{[ 69 ] [ 70 ]}รถไฟ M ขบวนสุดท้ายที่วิ่งไปยัง Bay Parkway คือวันที่ 25 มิถุนายน 2553 ^{[ 71 ]}และบริการรถไฟ M ผ่านทางเชื่อม Chrystie Street เริ่มต้นในวันจันทร์ถัดไปคือวันที่ 28 มิถุนายน 2553 ^{[ 72 ] [ 73 ]}

เมื่อวันที่ 8 มิถุนายน 2557 บริการรถไฟสาย M ในช่วงกลางวันของวันหยุดสุดสัปดาห์ได้ขยายไปยังถนน Essex Streetซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของโครงการที่ได้รับทุนสนับสนุน 18 ล้านดอลลาร์สหรัฐ เพื่อปรับปรุงบริการรถไฟใต้ดิน รวมถึงเพื่อเชื่อมต่อโดยตรงกับรถไฟสาย F ในวันเสาร์และวันอาทิตย์ บริการรถไฟช่วงดึกยังคงสิ้นสุดที่ถนน Myrtle Avenue ^{[ 74 ] [ 75 ]}

ในช่วงชั่วโมงเร่งด่วนตอนเช้า สาย M มีผู้โดยสาร 90 เปอร์เซ็นต์ของความจุตามแนวทางของรถไฟใต้ดินนิวยอร์กซิตี้ จำนวนผู้โดยสารบนสาย M เพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วมากนับตั้งแต่มีการเปลี่ยนแปลงการให้บริการในปี 2010 และคาดว่าแนวโน้มนี้จะยังคงดำเนินต่อไป ในเดือนมิถุนายน 2016 ความถี่ในการให้บริการของสาย M ในช่วงชั่วโมงเร่งด่วนได้รับการเพิ่มขึ้น โดยคาดว่าความถี่ของรถไฟในช่วงชั่วโมงเร่งด่วนจะเพิ่มขึ้นอีกในอนาคต^{[ 76 ] [ 77 ]}

ตั้งแต่วันที่ 1 กรกฎาคม 2560 ถึง 30 เมษายน 2561 ^{[ 78 ]}การก่อสร้างใหม่ในสองส่วนของสาย BMT Myrtle Avenue Line —ทางเข้าสู่จุดเชื่อมต่อของสายกับสาย BMT Jamaica Line และสะพาน Fresh Pond Bridge ข้ามMontauk BranchของLong Island Rail Roadในควีนส์—ทำให้ต้องเปลี่ยนเส้นทางเดินรถสาย M รถไฟที่วิ่งไปและกลับจากแมนฮัตตันและควีนส์ แทนที่จะแยกที่Myrtle Avenueเพื่อไปยังMetropolitan Avenueจะวิ่งต่อไปทางตะวันออกบนสายBMT Jamaica Lineและสิ้นสุดที่Broadway Junctionตลอดเวลา ยกเว้นช่วงดึก ซึ่งจะระงับการให้บริการ มีรถไฟจำนวนจำกัดวิ่งในช่วงชั่วโมงเร่งด่วนระหว่าง 71st Avenue ในควีนส์และSecond Avenueในแมนฮัตตัน โดยจำลอง เส้นทางของรถไฟ สาย Vก่อนที่จะถูกยกเลิกในปี 2553 มีรถบัสรับส่งสามเส้นทางวิ่งในช่วงการก่อสร้างสะพาน Fresh Pond Bridge ใหม่: เส้นทางหนึ่งระหว่าง Myrtle Avenue และFresh Pond Road ; เส้นทางที่สองระหว่าง Myrtle และ Metropolitan Avenue โดยข้ามสถานี Fresh Pond Road ในช่วงเวลากลางวัน; และขบวนที่สามระหว่างถนนฟลัชชิง /บรอดเวย์และมิดเดิลวิลเลจ-เมโทรโพลิแทนอเวนิว โดยจอดที่ถนนฟลัชชิงและไวคอฟฟ์เพื่อเปลี่ยนไปขึ้นรถไฟสาย BMT Canarsieที่ถนนเจฟเฟอร์สัน^{[ 79 ] [ 80 ] [ 81 ]}

เมื่อโครงการสะพาน Fresh Pond เสร็จสมบูรณ์ในวันที่ 2 กันยายน 2017 รถไฟชัตเติล 6 โบกี้ 2 ขบวนเริ่มให้บริการระหว่าง Metropolitan และ Wyckoff Avenue ตลอดเวลา โดยวิ่งแยกกันบนรางทั้งสองราง นอกจากนี้ยังมีรถไฟ 6 โบกี้อีก 2 ขบวนเก็บไว้ใน Fresh Pond Yard เพื่อสลับเปลี่ยนขบวนรถเข้าและออกจากบริการ^{[ 82 ] [ 83 ] [ 84} ] รถไฟชัตเติลเหล่านี้ พร้อมกับเส้นทางรถบัสชัตเติลที่ให้บริการระหว่าง Wyckoff Avenue และ Broadway ให้บริการจนถึงวันที่ 27 เมษายน^{2018 [ 79 ] [ 80 ] [ 81 ]}

เมื่ออุโมงค์ถนนสายที่ 14เริ่มขึ้นในเดือนเมษายน 2019 บริการรถไฟสาย M ในช่วงเย็นวันสุดสัปดาห์และวันธรรมดา (ตั้งแต่ 23:00  น. ถึง 01:15  น.) ได้ขยายเส้นทางจากถนน Essex ไปยังถนนสายที่ 96บนรถไฟใต้ดินสาย Second Avenueในแมนฮัตตัน ผ่านถนนสายที่ 63เพื่อชดเชย บริการรถไฟ สาย L ที่จำกัด ระหว่างบรูคลินและแมนฮัตตัน รถไฟสาย M ต้องวิ่งไปถึงถนนสายที่ 96 เนื่องจากมีการลดความจุบนสาย Queens Boulevard Line อันเนื่องมาจากการก่อสร้างในช่วงสุดสัปดาห์ที่ดำเนินอยู่^{[ 85 ] [ 86 ]}ความถี่ของรถไฟสาย M ทั้งในวันธรรมดาและวันสุดสัปดาห์ก็เพิ่มขึ้นเช่นกัน^{[ 87 ] [ 88 ] [ 86 ]}บริการพิเศษนี้ถูกยกเลิกหลังจากการก่อสร้างอุโมงค์เสร็จสิ้นในวันที่ 27 เมษายน 2020 ^{[ 89 ]}บริการในช่วงเย็นวันธรรมดาหลัง 21:15  น. นอกจากนี้ยังถูกตัดเส้นทางจาก Forest Hills ไปยัง Essex Street อย่างไม่มีกำหนด เพื่อรองรับงานบำรุงรักษาสำหรับการติดตั้งระบบควบคุมรถไฟแบบใช้การสื่อสารบนสาย Queens Boulevard, สาย Eighth Avenueและสาย Sixth Avenue ^{[ 90 ] [ 91 ]}

ความถี่ในการเดินรถในช่วงสุดสัปดาห์ของสาย M เพิ่มขึ้นในเดือนกรกฎาคม 2023 ^{[ 92 ] [ 93 ]}ตั้งแต่วันที่ 28 สิงหาคม 2023 รถไฟสาย M ในวันธรรมดาจะวิ่งถึงแค่สถานี 57th Streetในแมนฮัตตัน และรถไฟสาย F จะเปลี่ยนเส้นทางผ่านอุโมงค์ 53rd Streetระหว่างควีนส์และแมนฮัตตัน เนื่องจากมีการเปลี่ยนรางและซ่อมแซมอื่นๆ ในอุโมงค์ 63rd Street บริการรถไฟสาย M ในช่วงสุดสัปดาห์ยังคงสิ้นสุดที่สถานี Essex Street ^{[ 94 ] [ 95 ]}บริการไปยัง Forest Hills กลับมาให้บริการอีกครั้งในวันที่ 1 เมษายน 2024 ^{[ 96 ] [ 97 ]}

ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2568 เอกสารภายในของ MTA รั่วไหลออกมา ซึ่งระบุว่าข้อเสนอในการเปลี่ยนเส้นทางรถไฟสาย M ผ่านอุโมงค์ถนนสายที่ 63 และเปลี่ยนเส้นทางรถไฟสาย F ผ่านอุโมงค์ถนนสายที่ 53 จะถูกนำเสนอเพื่อขออนุมัติ คาดว่าการสลับเส้นทางจะช่วยลดความแออัดที่สถานีสายถนนสายที่ 63 รวมถึงลดการพึ่งพาจุดเชื่อมต่อทางตะวันตกของสถานีถนนสายที่ 36ในควีนส์^{[ 98 ] [ 99 ]}ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2568 MTA ยืนยันว่ารถไฟสาย F และ M จะสลับเส้นทางในวันธรรมดาเริ่มตั้งแต่วันที่ 8 ธันวาคม พ.ศ. 2568 โดยรถไฟสาย F จะวิ่งผ่านถนนสายที่ 53 และรถไฟสาย M จะวิ่งผ่านถนนสายที่ 63 ^{[ 100 ] [ 101 ]}การให้บริการในเส้นทางรถไฟสาย M จะเพิ่มขึ้นในช่วงชั่วโมงเร่งด่วนเพื่อให้บริการเพิ่มเติมตามสายถนนสายที่ 63 เนื่องจากรถไฟสาย M วิ่งน้อยกว่ารถไฟสาย F ^{[ 102 ]}