ในปี พ.ศ. 2387 มุลเลอร์ศึกษาที่เบอร์ลินกับฟรีดริช เชลลิงเขาเริ่มแปลอุปนิษัทให้กับเชลลิง และศึกษาภาษาสันสกฤตต่อกับฟรานซ์ บอปป์นักวิชาการด้านภาษาอินโด-ยุโรป (IE) คนแรกที่เป็นระบบ เชลลิงได้ชักนำให้มุลเลอร์เชื่อมโยงประวัติศาสตร์ของภาษากับประวัติศาสตร์ของศาสนา ในช่วงเวลานี้ มุลเลอร์ได้ตีพิมพ์หนังสือเล่มแรกของเขา ซึ่งเป็นการแปลฮิโตปาเทศ เป็นภาษาเยอรมัน ซึ่งเป็นชุดนิทานอินเดีย^{[ 11 ]}

ในปี ค.ศ. 1845 มุลเลอร์ย้ายไปปารีสเพื่อศึกษาสันสกฤตกับเออแฌน เบอร์นูฟเบอร์นูฟสนับสนุนให้เขาตีพิมพ์คัมภีร์ฤคเวท ฉบับสมบูรณ์ โดยใช้ต้นฉบับที่มีอยู่ในอังกฤษ เขาจึงย้ายไปอังกฤษในปี ค.ศ. 1846 เพื่อศึกษา ตำรา สันสกฤตในคลังของบริษัทอีสต์อินเดีย เขาเลี้ยงชีพด้วยการเขียนหนังสือในช่วงแรก โดยนวนิยาย เรื่อง German Loveของเขาได้รับความนิยมในยุคนั้น

ความสัมพันธ์ของมุลเลอร์กับบริษัทอีสต์อินเดียและนักสันสกฤตที่มหาวิทยาลัยออกซ์ฟอร์ดนำไปสู่การทำงานในสหราชอาณาจักร ซึ่งในที่สุดเขาก็กลายเป็นนักวิจารณ์ทางปัญญาชั้นนำเกี่ยวกับวัฒนธรรมของอินเดียในขณะนั้น สหราชอาณาจักรควบคุมอินเดียในฐานะส่วนหนึ่งของจักรวรรดิ ทำให้เกิดการแลกเปลี่ยนที่ซับซ้อนระหว่างวัฒนธรรมทางปัญญาของอินเดียและอังกฤษ โดยเฉพาะอย่างยิ่งผ่านความสัมพันธ์ของมุลเลอร์กับพรหมสมาจ

การศึกษาภาษาสันสกฤตของมุลเลอร์เกิดขึ้นในช่วงเวลาที่นักวิชาการเริ่มมองเห็นความสัมพันธ์ระหว่างพัฒนาการทางภาษาและพัฒนาการทางวัฒนธรรม การค้นพบกลุ่มภาษาอินโด-ยุโรปเมื่อไม่นานมานี้ได้นำไปสู่การคาดเดามากมายเกี่ยวกับความสัมพันธ์ระหว่าง วัฒนธรรม กรีก-โรมันกับวัฒนธรรมของชนชาติโบราณ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง วัฒนธรรม เวทของอินเดียถูกมองว่าเป็นบรรพบุรุษของวัฒนธรรมคลาสสิกของยุโรป นักวิชาการพยายามเปรียบเทียบภาษาในยุโรปและเอเชียที่มีความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมเพื่อสร้างรูปแบบแรกสุดของภาษาต้นกำเนิด ภาษาสันสกฤตซึ่งเป็นภาษาเวทนั้นถูกมองว่าเป็นภาษาอินโด-ยุโรปที่เก่าแก่ที่สุด

มุลเลอร์อุทิศตนให้กับการศึกษาภาษานี้ จนกลายเป็นหนึ่งในนักวิชาการสันสกฤตชั้นนำในยุคของเขา เขาเชื่อว่าเอกสารที่เก่าแก่ที่สุดของวัฒนธรรมเวทควรได้รับการศึกษาเพื่อเป็นกุญแจสำคัญในการพัฒนาศาสนาของชาวนอกรีตในยุโรป และความเชื่อทางศาสนาโดยทั่วไป ด้วยเหตุนี้ มุลเลอร์จึงพยายามทำความเข้าใจคัมภีร์เวทที่เก่าแก่ที่สุด คือ ฤคเวท มุลเลอร์แปล หนังสือ ฤคเวทสัมหิตาที่เขียนโดยนักวิชาการสันสกฤตในศตวรรษที่ 14 ชื่อสายนาจารยะ จากภาษาสันสกฤตเป็นภาษาอังกฤษ มุลเลอร์ประทับใจ รามกฤษณะ ปารามหันสา ผู้ร่วมสมัยและผู้สนับสนุนปรัชญาเวทอย่างมากและได้เขียนบทความและหนังสือหลายเล่มเกี่ยวกับเขา^{[ 12 ]}

สำหรับมุลเลอร์ การศึกษาภาษาต้องเกี่ยวข้องกับการศึกษาวัฒนธรรมที่ใช้ภาษานั้น เขาเห็นว่าการพัฒนาของภาษาควรเชื่อมโยงกับระบบความเชื่อ ในเวลานั้นคัมภีร์เวทยังไม่เป็นที่รู้จักในโลกตะวันตกมากนัก แม้ว่าจะมีความสนใจในปรัชญาของอุปนิษัท เพิ่มมากขึ้นก็ตาม มุลเลอร์เชื่อว่าปรัชญาอุปนิษัทที่ซับซ้อนสามารถเชื่อมโยงกับลัทธิเอกเทวนิยม ดั้งเดิม ของพราหมณ์เวทยุคต้นซึ่งเป็นต้นกำเนิดของปรัชญานั้น เขาต้องเดินทางไปลอนดอนเพื่อดูเอกสารที่อยู่ในคอลเลกชันของบริษัทบริติชอีสต์อินเดียขณะอยู่ที่นั่น เขาได้โน้มน้าวให้บริษัทอนุญาตให้เขาจัดทำฉบับวิจารณ์ของฤคเวท ซึ่งเป็นงานที่เขาทำต่อเนื่องมาหลายปี (1849–1874) ^{[ 13 ]}

สำหรับมุลเลอร์ วัฒนธรรมของชาวเวทนั้นแสดงถึงรูปแบบหนึ่งของการบูชาธรรมชาติซึ่งเป็นแนวคิดที่ได้รับอิทธิพลจากลัทธิโรแมนติซิสม์อย่างชัดเจน มุลเลอร์มีแนวคิดหลายอย่างที่เกี่ยวข้องกับ ลัทธิ โรแมนติซิสม์ซึ่งส่งผลต่อการบรรยายเรื่องศาสนาโบราณของเขา โดยเฉพาะอย่างยิ่งการเน้นย้ำถึงอิทธิพลในการก่อตัวของศาสนาในยุคแรกเริ่มจากการสื่อสารทางอารมณ์กับพลังแห่งธรรมชาติ^{[ 14 ]}เขามองว่าเทพเจ้าในฤคเวทเป็นพลังแห่งธรรมชาติที่กระตือรือร้น ซึ่งถูกทำให้เป็นบุคคลเพียงบางส่วนในฐานะ บุคคล เหนือธรรมชาติ ในจินตนาการ จากข้ออ้างนี้ มุลเลอร์จึงได้ทฤษฎีที่ว่าตำนานเป็น "โรคของภาษา" ^{[ 15 ]}โดยเขาหมายความว่าตำนานเปลี่ยนแนวคิดให้กลายเป็นสิ่งมีชีวิตและเรื่องราว ในมุมมองของมุลเลอร์ "เทพเจ้า" เริ่มต้นจากคำที่สร้างขึ้นเพื่อแสดงความคิดเชิงนามธรรม แต่ถูกเปลี่ยนไปเป็นบุคคลในจินตนาการ ดังนั้นเทพเจ้าผู้เป็นบิดาของชาวอินโด-ยุโรปจึงปรากฏภายใต้ชื่อต่างๆ เช่นซุส จูปิเตอร์ไดอัส ปิตาสำหรับมุลเลอร์ ชื่อเหล่านี้ทั้งหมดสามารถสืบย้อนไปถึงคำว่า"Dyaus"ซึ่งเขาเข้าใจว่าหมายถึง "ส่องแสง" หรือ "รัศมี" สิ่งนี้นำไปสู่คำว่า "deva", "deus", "theos" ในฐานะคำทั่วไปสำหรับเทพเจ้า และชื่อ "Zeus" และ "Jupiter" (มาจาก deus-pater) ด้วยวิธีนี้ อุปมาจึงกลายเป็นบุคคลและคงที่^{[ 16 ]}

ในปี พ.ศ. 2331 มุลเลอร์ได้รับการแต่งตั้งเป็นอาจารย์กิฟฟอร์ดที่มหาวิทยาลัยกลาสโก ว์ การ บรรยายกิฟฟอร์ดเหล่านี้เป็นครั้งแรกในชุดการบรรยายประจำปีที่จัดขึ้นในมหาวิทยาลัยหลายแห่งในสกอตแลนด์ ซึ่งดำเนินต่อเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน ในช่วงสี่ปีถัดมา มุลเลอร์ได้บรรยายทั้งหมดสี่ชุด^{[ 10 ]}หัวข้อและลำดับของการบรรยายมีดังนี้: ^{[ 21 ]}

1. ศาสนาธรรมชาติการบรรยายชุดแรกนี้มีจุดประสงค์เพื่อเป็นการแนะนำเบื้องต้นเท่านั้น และมีเป้าหมายเพื่อการนิยามศาสนาธรรมชาติในความหมายที่กว้างที่สุด
2. ศาสนาเชิงกายภาพการบรรยายชุดที่สองนี้มีจุดประสงค์เพื่อแสดงให้เห็นว่าชาติต่างๆ มาถึงความเชื่อในสิ่งที่ไม่มีที่สิ้นสุดที่อยู่เบื้องหลังสิ่งที่มีขอบเขตจำกัด ในสิ่งที่มองไม่เห็นที่อยู่เบื้องหลังสิ่งที่มองเห็นได้ ในตัวแทนหรือเทพเจ้าแห่งธรรมชาติที่มองไม่เห็นมากมาย จนกระทั่งพวกเขามาถึงความเชื่อในพระเจ้าองค์เดียวที่อยู่เหนือเทพเจ้าเหล่านั้นทั้งหมด กล่าวโดยสรุปคือ ประวัติศาสตร์ของการค้นพบสิ่งที่ไม่มีที่สิ้นสุดในธรรมชาติ
3. ศาสนาเชิงมานุษยวิทยาหลักสูตรที่สามนี้มีจุดประสงค์เพื่อแสดงให้เห็นว่าชาติต่างๆ มีความเชื่อเรื่องวิญญาณ ได้อย่างไร พวกเขาตั้งชื่อความสามารถต่างๆ ของวิญญาณอย่างไร และพวกเขาจินตนาการถึงชะตากรรมของวิญญาณหลังความตายอย่างไร
4. ลัทธิเทววิทยาหรือศาสนาจิตวิทยาการบรรยายชุดที่สี่และชุดสุดท้ายมีจุดประสงค์เพื่อตรวจสอบความสัมพันธ์ระหว่างพระเจ้ากับจิตวิญญาณ ("อนันต์สองประการนี้") รวมถึงแนวคิดที่บางชาติหลักของโลกได้สร้างขึ้นเกี่ยวกับความสัมพันธ์นี้ มุลเลอร์ยืนยันว่าศาสนาที่แท้จริงนั้นตั้งอยู่บนการรับรู้ที่แท้จริงเกี่ยวกับความสัมพันธ์ของจิตวิญญาณกับพระเจ้าและของพระเจ้ากับจิตวิญญาณ มุลเลอร์ต้องการพิสูจน์ว่าสิ่งนี้เป็นจริง ไม่ใช่เพียงแค่สมมติฐาน แต่เป็นข้อเท็จจริงทางประวัติศาสตร์ ชื่อเดิมของการบรรยายคือ 'ศาสนาจิตวิทยา' แต่มุลเลอร์รู้สึกว่าจำเป็นต้องเพิ่ม 'ลัทธิเทววิทยา' เข้าไปด้วย การบรรยายกิฟฟอร์ดครั้งสุดท้ายของมุลเลอร์มีความสำคัญในการตีความงานของเขาอย่างกว้างขวาง เนื่องจากเขาวางตำแหน่งการวิจัยทางภาษาศาสตร์และประวัติศาสตร์ของเขาไว้ในโครงการเทววิทยาแบบเฮอร์เมติกและลึกลับ^{[ 22 ]}

ในปี พ.ศ. 2324 เขาได้ตีพิมพ์คำแปลของฉบับพิมพ์ครั้งแรกของCritique of Pure ReasonของKantเขาเห็นด้วยกับSchopenhauerว่าฉบับนี้เป็นการแสดงออกความคิดของ Kant ที่ตรงไปตรงมาและซื่อสัตย์ที่สุด คำแปลของเขาแก้ไขข้อผิดพลาดหลายประการที่นักแปลคนก่อนๆ ได้กระทำ^{[ 23 ]}ในคำนำของผู้แปล Müller เขียนว่า:

สะพานแห่งความคิดและถอนหายใจที่ทอดข้ามประวัติศาสตร์ทั้งหมดของโลกอารยัน มีซุ้มประตูแรกอยู่ในพระเวท และซุ้มประตูสุดท้ายอยู่ในวิจารณ์ของคานต์ ... ในขณะที่เราอาจศึกษาวัยเด็กในพระเวท เราอาจศึกษาความเป็นผู้ใหญ่ที่สมบูรณ์แบบของจิตใจชาวอารยันในวิจารณ์แห่งเหตุผลบริสุทธิ์ของคานต์ ... บัดนี้ เนื้อหาต่างๆ สามารถเข้าถึงได้แล้ว และชนชาติที่พูดภาษาอังกฤษ ชนชาติแห่งอนาคต จะมีวิจารณ์ของคานต์เป็นมรดกตกทอดของชาวอารยันอีกชิ้นหนึ่ง ซึ่งมีค่าเท่าเทียมกับพระเวท—งานที่อาจถูกวิพากษ์วิจารณ์ได้ แต่ไม่อาจมองข้ามได้เลย

มุลเลอร์ยังคงได้รับอิทธิพลจาก แบบ จำลองจิตวิญญาณแบบลัทธิเหนือธรรมชาติของ คานท์ ^{[ 24 ]}และต่อต้านแนวคิดการพัฒนาของมนุษย์ตามทฤษฎีของดาร์วิน^{[ 25 ]}เขาโต้แย้งว่า "ภาษาเป็นกำแพงที่ผ่านไม่ได้ระหว่างมนุษย์กับสัตว์" ^{[ 26 ]}

เมื่อวันที่ 25 สิงหาคม ค.ศ. 1866 มุลเลอร์ได้เขียนจดหมายถึงเชวาลิเยร์ บุนเซินว่า:

อินเดียพร้อมสำหรับศาสนาคริสต์มากกว่าโรมหรือกรีซในสมัยของนักบุญเปาโล ต้นไม้ที่เน่าเปื่อยได้รับการค้ำยันจากมนุษย์มาระยะหนึ่งแล้ว เพราะการล้มลงของมันจะสร้างความไม่สะดวกให้กับรัฐบาล แต่ถ้าชาวอังกฤษเห็นว่าต้นไม้ต้องล้มลง ไม่ช้าก็เร็ว สิ่งนั้นก็สำเร็จ... ข้าพเจ้าอยากจะสละชีวิต หรืออย่างน้อยก็ยื่นมือช่วยเหลือในการต่อสู้ครั้งนี้... ข้าพเจ้าไม่ชอบที่จะไปอินเดียในฐานะมิชชันนารีเลย เพราะนั่นทำให้ต้องพึ่งพาบาทหลวง... ข้าพเจ้าอยากจะใช้ชีวิตอย่างสงบสุขสักสิบปี เรียนรู้ภาษา พยายามสร้างมิตรภาพ และดูว่าข้าพเจ้าเหมาะสมที่จะมีส่วนร่วมในงานที่จะโค่นล้มความชั่วร้ายเก่าๆ ของนักบวชอินเดีย และเปิดทางให้คำสอนของคริสเตียนที่เรียบง่ายเข้ามาได้หรือไม่... ^{[ 27 ]}

ในอาชีพของเขา มุลเลอร์ได้แสดงความคิดเห็นหลายครั้งว่าจำเป็นต้องมีการ "ปฏิรูป" ภายในศาสนาฮินดู ซึ่งเทียบได้กับการปฏิรูปศาสนาคริสต์^{[ 28 ]}ในมุมมองของเขา "หากมีสิ่งหนึ่งที่การศึกษาเปรียบเทียบศาสนาต่างๆ ทำให้เห็นได้อย่างชัดเจนที่สุด นั่นก็คือการเสื่อมถอยที่หลีกเลี่ยงไม่ได้ซึ่งทุกศาสนาต้องเผชิญ...  เมื่อใดก็ตามที่เราสามารถสืบย้อนรอยศาสนาไปถึงจุดเริ่มต้นแรกเริ่ม เราจะพบว่าศาสนานั้นปราศจากข้อบกพร่องมากมายที่ส่งผลกระทบต่อศาสนานั้นในภายหลัง" ^{[ 29 ]}

เขาใช้ความสัมพันธ์กับบราห์โมสมาจเพื่อส่งเสริมการปฏิรูปดังกล่าวตามแนวทางที่รามโมฮันรอย ริเริ่ม มุลเลอร์เชื่อว่าบราห์โมจะก่อให้เกิดศาสนาคริสต์ในรูปแบบอินเดีย และในทางปฏิบัติพวกเขาก็คือ "คริสเตียนที่ไม่ใช่โรมันคาทอลิก แองกลิกัน หรือลูเธอรัน" ในประเพณีลูเธอรัน เขาหวังว่า "ความเชื่อโชลาง" และการบูชารูปเคารพ ซึ่งเขาถือว่าเป็นลักษณะเฉพาะของศาสนาฮินดูที่เป็นที่นิยมในปัจจุบัน จะหายไป^{[ 30 ]}

มุลเลอร์เขียนว่า:

การแปลพระเวทต่อไปนี้จะบอกถึงชะตากรรมของอินเดียและการเติบโตของผู้คนนับล้านในประเทศนั้นเป็นอย่างมาก มันเป็นรากฐานของศาสนาของพวกเขา และการแสดงให้พวกเขาเห็นว่ารากฐานนั้นคืออะไร ฉันมั่นใจว่าเป็นวิธีเดียวที่จะถอนรากถอนโคนทุกสิ่งที่งอกเงยจากมันในช่วง 3,000 ปีที่ผ่านมา... เราควรลุกขึ้นมาทำในสิ่งที่อาจเป็นงานของพระเจ้า^{[ 31 ] [ 32 ]}

มุลเลอร์หวังว่าการเพิ่มงบประมาณด้านการศึกษาในอินเดียจะส่งเสริมวรรณกรรมรูปแบบใหม่ที่ผสมผสานประเพณีตะวันตกและอินเดียเข้าด้วยกัน ในปี 1868 เขาได้เขียนจดหมายถึงจอร์จ แคมป์เบลล์รัฐมนตรีต่างประเทศคนใหม่ที่ดูแล กิจการอินเดีย ว่า:

อินเดียเคยถูกพิชิตมาแล้วครั้งหนึ่ง แต่อินเดียจะต้องถูกพิชิตอีกครั้ง และการพิชิตครั้งที่สองนั้นควรเป็นการพิชิตด้วยการศึกษา ช่วงหลังมานี้มีการดำเนินการด้านการศึกษามากมาย แต่หากงบประมาณเพิ่มขึ้นเป็นสามเท่าหรือสี่เท่า ก็คงยังไม่เพียงพอ (...) การส่งเสริมให้ศึกษาวรรณกรรมโบราณของตนเองเป็นส่วนหนึ่งของการศึกษา จะช่วยปลุกความรู้สึกภาคภูมิใจและเคารพตนเองในหมู่ผู้ที่มีอิทธิพลต่อประชาชนจำนวนมาก วรรณกรรมแห่งชาติใหม่อาจเกิดขึ้น โดยผสมผสานแนวคิดตะวันตก แต่ยังคงรักษาจิตวิญญาณและลักษณะดั้งเดิมไว้ (...) วรรณกรรมแห่งชาติใหม่จะนำมาซึ่งชีวิตชาติใหม่และพลังทางศีลธรรมใหม่ ส่วนเรื่องศาสนานั้นก็จะจัดการตัวเองได้ เหล่ามิชชันนารีได้ทำมากกว่าที่พวกเขารู้ตัวเสียอีก ที่จริงแล้ว พวกเขาอาจจะปฏิเสธงานส่วนใหญ่ที่เป็นของพวกเขาด้วยซ้ำ ศาสนาคริสต์ในศตวรรษที่ 19 ของเราคงไม่ใช่ศาสนาคริสต์ของอินเดีย แต่ศาสนาโบราณของอินเดียกำลังจะล่มสลาย และหากศาสนาคริสต์ไม่เข้ามาแทรกแซง ใครจะเป็นคนผิด? ^{[ 33 ]}

ในช่วงอายุ 60 และ 70 ปี มุลเลอร์ได้บรรยายหลายครั้ง ซึ่งสะท้อนให้เห็นถึงมุมมองที่ละเอียดอ่อนยิ่งขึ้นเกี่ยวกับศาสนาฮินดูและวรรณกรรมโบราณจากอินเดีย ในการบรรยายเรื่อง "อินเดียสามารถสอนอะไรเราได้บ้าง?" ที่มหาวิทยาลัยเคมบริดจ์ เขาได้ยกย่องวรรณกรรมสันสกฤตโบราณและอินเดียไว้ดังนี้:

หากข้าพเจ้าจะมองไปทั่วโลกเพื่อค้นหาประเทศที่อุดมสมบูรณ์ที่สุดด้วยความมั่งคั่ง อำนาจ และความงามที่ธรรมชาติมอบให้ได้—ในบางส่วนเป็นสวรรค์บนดิน—ข้าพเจ้าจะชี้ไปที่อินเดีย หากข้าพเจ้าถูกถามว่าภายใต้ท้องฟ้าใดที่จิตใจมนุษย์ได้พัฒนาพรสวรรค์อันยอดเยี่ยมที่สุด ได้ใคร่ครวญปัญหาที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของชีวิตอย่างลึกซึ้งที่สุด และได้ค้นพบวิธีแก้ปัญหาบางประการที่สมควรได้รับความสนใจแม้กระทั่งจากผู้ที่ศึกษาเพลโตและคานต์—ข้าพเจ้าจะชี้ไปที่อินเดีย และหากข้าพเจ้าถามตัวเองว่าจากวรรณกรรมใดที่เราในยุโรป เราผู้ซึ่งได้รับการเลี้ยงดูเกือบทั้งหมดจากความคิดของชาวกรีกและโรมัน และของชนชาติเซมิติกหนึ่งเดียวคือชาวยิว อาจดึงเอาการแก้ไขที่จำเป็นที่สุดเพื่อทำให้ชีวิตภายในของเราสมบูรณ์ยิ่งขึ้น ครอบคลุมยิ่งขึ้น เป็นสากลยิ่งขึ้น และที่จริงแล้วเป็นมนุษย์อย่างแท้จริงมากขึ้น ชีวิตที่ไม่ใช่เพื่อชีวิตนี้เท่านั้น แต่เป็นชีวิตที่เปลี่ยนแปลงและเป็นนิรันดร์—ข้าพเจ้าจะชี้ไปที่อินเดียอีกครั้ง^{[ 34 ]}

มุลเลอร์ตั้งข้อสันนิษฐานว่า การเข้ามาของศาสนาอิสลามในอินเดียในศตวรรษที่ 11 ส่งผลกระทบอย่างลึกซึ้งต่อจิตใจและพฤติกรรมของชาวฮินดู ในการบรรยายอีกเรื่องหนึ่งชื่อ "ลักษณะนิสัยที่ซื่อสัตย์ของชาวฮินดู"

มหากาพย์อีกเรื่องหนึ่งคือมหาภารตะ ก็ เต็มไปด้วยเรื่องราวที่แสดงให้เห็นถึงความเคารพอย่างลึกซึ้งต่อความจริง (...) หากข้าพเจ้าจะยกคำพูดจากตำรากฎหมายทั้งหมด และจากงานเขียนในยุคต่อมา ข้าพเจ้าจะได้ยินเสียงหลักเดียวกันคือ ความซื่อสัตย์สุจริตที่ดังก้องไปทั่วทุกหนทุกแห่ง (...) ข้าพเจ้าขอย้ำอีกครั้งว่า ข้าพเจ้าไม่ได้ต้องการที่จะเปรียบเทียบชาวอินเดีย 253 ล้านคนว่าเป็นเทวดา แต่ข้าพเจ้าต้องการให้เข้าใจและยอมรับว่าเป็นความจริงที่ว่า ข้อกล่าวหาที่สร้างความเสียหายเรื่องความไม่ซื่อสัตย์ที่กล่าวหาประชาชนเหล่านั้นในสมัยโบราณนั้นไม่มีมูลความจริงเลย มันไม่เพียงแต่ไม่เป็นความจริงเท่านั้น แต่ยังตรงกันข้ามกับความจริงอย่างสิ้นเชิง สำหรับยุคปัจจุบัน ซึ่งข้าพเจ้ากำหนดช่วงเวลาไว้ประมาณ 1000 ปีหลังคริสต์ศักราช ข้าพเจ้ากล่าวได้เพียงว่า หลังจากอ่านเรื่องราวเกี่ยวกับความน่าสะพรึงกลัวและความโหดร้ายของการปกครองของชาวมุสลิมแล้ว ข้าพเจ้าประหลาดใจที่คุณธรรมและความซื่อสัตย์สุจริตของชนพื้นเมืองยังคงอยู่รอดมาได้มากมายเช่นนี้ คุณอาจคาดหวังให้หนูพูดความจริงต่อหน้าแมวได้ เช่นเดียวกับที่ชาวฮินดูจะพูดความจริงต่อหน้าผู้พิพากษาชาวมุสลิม^{[ 35 ]}

สวามีวิเวกานันทะผู้เป็นศิษย์เอกของรามกฤษณะ ปารามหัมสะได้พบกับมุลเลอร์ระหว่างรับประทานอาหารกลางวันเมื่อวันที่ 28 พฤษภาคม 1896 ต่อมาสวามีได้เขียนถึงมุลเลอร์และภรรยาของเขาว่า:

การไปเยือนครั้งนั้นเป็นการเปิดเผยที่แท้จริงสำหรับฉัน บ้านสีขาวหลังเล็กๆ ที่ตั้งอยู่ในสวนสวยงาม นักปราชญ์ผมสีเงินผู้มีใบหน้าสงบและอ่อนโยน หน้าผากเรียบเนียนราวกับเด็กแม้จะผ่านฤดูหนาวมาเจ็ดสิบปีแล้ว และทุกเส้นบนใบหน้านั้นบ่งบอกถึงเหมืองแห่งจิตวิญญาณที่ฝังลึกอยู่เบื้องหลัง ภรรยาผู้สูงศักดิ์ ผู้ช่วยเหลือชีวิตของเขาตลอดภารกิจอันยาวนานและยากลำบากในการกระตุ้นความสนใจ เอาชนะการต่อต้านและการดูหมิ่น และในที่สุดก็สร้างความเคารพต่อความคิดของนักปราชญ์แห่งอินเดียโบราณ ต้นไม้ ดอกไม้ ความสงบ และท้องฟ้าที่แจ่มใส ทั้งหมดนี้ทำให้ฉันหวนนึกถึงวันอันรุ่งโรจน์ของอินเดียโบราณ วันเวลาของพราหมณ์และราชาฤๅษี วันเวลาของวรรณปราสถะผู้ยิ่งใหญ่ วันเวลาของอรุณธาติและวสิษฐะ สิ่งที่ฉันเห็นไม่ใช่ทั้งนักภาษาศาสตร์หรือนักวิชาการ แต่เป็นจิตวิญญาณที่ตระหนักถึงความเป็นหนึ่งเดียวกับจักรวาลทุกวัน^{[ 36 ]}

ในระหว่างการบรรยาย Gifford ของเขา ในหัวข้อศาสนาธรรมชาติมุลเลอร์ถูกวิพากษ์วิจารณ์อย่างรุนแรงว่าต่อต้านศาสนาคริสต์ ในปี 1891 ในการประชุมของ Established Presbytery of Glasgowนายทอมสัน (รัฐมนตรีแห่ง Ladywell) ได้เสนอญัตติว่าคำสอนของมุลเลอร์นั้น "บ่อนทำลายศรัทธาของคริสเตียน และเหมาะสมที่จะเผยแพร่ความคิดแบบแพนธีอิสติกและความคิดนอกรีตในหมู่นักศึกษาและคนอื่นๆ" และตั้งคำถามเกี่ยวกับการแต่งตั้งมุลเลอร์เป็นอาจารย์^{[ 41 ]}การโจมตีมุลเลอร์ที่รุนแรงยิ่งกว่านั้นเกิดขึ้นโดยมอนซิยอร์อเล็กซานเดอร์ มุนโร ในมหาวิหารเซนต์แอ น ดรูว์ มุนโร เจ้าหน้าที่ของคริสตจักรโรมันคาทอลิกในสกอตแลนด์ (และเจ้าอาวาสของมหาวิหารคาทอลิกแห่งกลาสโกว์ตั้งแต่ปี 1884 ถึง 1892) ประกาศว่าการบรรยายของมุลเลอร์ "ไม่ใช่สิ่งอื่นใดนอกจากสงครามครูเสดต่อต้านการเปิดเผยของพระเจ้า ต่อต้านพระเยซูคริสต์ และต่อต้านศาสนาคริสต์" เขากล่าวต่อว่า การบรรยายที่ดูหมิ่นศาสนานั้นเป็น "การประกาศลัทธิอเทวนิยมภายใต้หน้ากากของลัทธิแพนธีอิสม์" และ "ทำลายความคิดเรื่องพระเจ้าของเรา เพราะมันปฏิเสธความคิดเรื่องพระเจ้าที่เป็นบุคคล" ^{[ 42 ]}

ข้อกล่าวหาในทำนองเดียวกันนี้เคยนำไปสู่การที่มุลเลอร์ถูกขับออกจากตำแหน่งศาสตราจารย์ด้านสันสกฤตประจำเก้าอี้โบเดน โดยตำแหน่งนั้นตกเป็นของโมเนียร์ โมเนียร์-วิลเลียมส์ ผู้มีแนวคิดอนุรักษ์นิยม ในช่วงทศวรรษ 1880 มุลเลอร์ได้รับการทาบทามจากชาร์ลส์ ก็อดฟรี เลแลนด์ เฮเลนาบลาวัตสกีนักปรัชญาเทววิทยาและนักเขียนคนอื่นๆ ที่พยายามยืนยันคุณค่าของ ประเพณีทางศาสนา ของพวกนอกรีต เหนือศาสนาคริสต์ แมรี เฟรเซอร์ ไทต์เลอร์นักออกแบบกล่าวว่าหนังสือChips from a German Workshop ของ มุลเลอร์ (ซึ่งเป็นรวมบทความของเขา) เป็น "คัมภีร์" ของเธอ ซึ่งช่วยให้เธอสร้างภาพศักดิ์สิทธิ์ที่มีความหลากหลายทางวัฒนธรรมได้

มุลเลอร์แยกตัวออกจากพัฒนาการเหล่านี้ และยังคงยึดมั่นใน ศาสนา ลูเธอรันที่เขาได้รับการเลี้ยงดูมา ตามที่ G. Beckerlegge กล่าวไว้ว่า "ภูมิหลังของมุลเลอร์ในฐานะชาวเยอรมันลูเธอรันและการระบุตัวตนของเขากับพรรค Broad Church" นำไปสู่ ​​"ความสงสัยจากผู้ที่ต่อต้านจุดยืนทางการเมืองและศาสนาที่พวกเขารู้สึกว่ามุลเลอร์เป็นตัวแทน" โดยเฉพาะอย่างยิ่งลัทธิเสรีนิยม ของ เขา^{[ 43 ]}

แม้ว่ามุลเลอร์จะมีความสนใจทางศาสนาและวิชาการอย่างมากใน ศาสนา ฮินดูและศาสนาอื่นที่ไม่ใช่คริสต์ และมักเปรียบเทียบศาสนาคริสต์กับศาสนาที่โปรเตสแตนต์ดั้งเดิมหลายคนมองว่าล้าสมัยหรือเป็นเท็จ แต่เขาก็ได้วางรากฐานลัทธิสัจนิยม ของเขาไว้ บนความเชื่อที่ว่าศาสนาคริสต์มีสัจธรรมที่สมบูรณ์ที่สุดในบรรดาศาสนาที่มีชีวิตทั้งหมด^{[ 44 ]}นักวิชาการด้านศาสนาในศตวรรษที่ 21 ไม่ได้กล่าวหามุลเลอร์ว่าต่อต้านคริสต์ศาสนา แต่กลับตรวจสอบโครงการทางเทววิทยาของมุลเลอร์อย่างวิพากษ์วิจารณ์ว่าเป็นหลักฐานของอคติที่มีต่อแนวคิดเรื่องพระเจ้าของคริสต์ศาสนาในการศึกษาศาสนาเชิงวิชาการใน ยุคแรก ^{[ 45 ] [ 46 ]}

มุลเลอร์พยายามกำหนดปรัชญาศาสนาที่กล่าวถึงวิกฤตศรัทธาที่เกิดจากการศึกษาทางประวัติศาสตร์และวิพากษ์วิจารณ์ศาสนาโดยนักวิชาการชาวเยอรมันในด้านหนึ่ง และการปฏิวัติของดาร์วินในอีกด้านหนึ่ง เขาระมัดระวังงานของดาร์วินเกี่ยวกับการวิวัฒนาการของมนุษย์ และโจมตีมุมมองของเขาเกี่ยวกับการพัฒนาความสามารถของมนุษย์ งานของเขาได้รับการสนับสนุนจากนักวิจารณ์ทางวัฒนธรรม เช่นจอห์น รัส กิน เพื่อนของเขา ซึ่งมองว่าเป็นการตอบสนองที่สร้างสรรค์ต่อวิกฤตการณ์ของยุคสมัยเขาได้วิเคราะห์ตำนานต่างๆ ว่าเป็นการหาเหตุผลให้กับปรากฏการณ์ทางธรรมชาติ จุดเริ่มต้นดั้งเดิมที่เราอาจเรียกว่า " วิทยาศาสตร์เบื้องต้น " ภายในวิวัฒนาการทางวัฒนธรรมมุลเลอร์เสนอการตีความเชิงลึกลับในยุคแรกๆ ของวิวัฒนาการแบบเทวนิยมโดยใช้ดาร์วินนิยมเป็นการวิพากษ์วิจารณ์ปรัชญาเชิงกล^{[ 47 ]}

ในปี พ.ศ. 2413 มุลเลอร์ได้บรรยายหลักสูตรสั้นๆ สามครั้งให้กับสถาบันอังกฤษเกี่ยวกับภาษาที่เป็นอุปสรรคระหว่างมนุษย์กับสัตว์ ซึ่งเขาเรียกว่า "ว่าด้วยปรัชญาภาษาของดาร์วิน" ^{[ 48 ]}มุลเลอร์ไม่เห็นด้วยกับทฤษฎีของดาร์วินเกี่ยวกับต้นกำเนิดของภาษาโดยเฉพาะ และกล่าวว่าภาษาของมนุษย์อาจพัฒนามาจากภาษาของสัตว์ ในปี พ.ศ. 2416 เขาได้ส่งสำเนาการบรรยายของเขาไปให้ดาร์วิน โดยยืนยันว่าถึงแม้เขาจะไม่เห็นด้วยกับข้อสรุปบางประการของดาร์วิน แต่เขาก็เป็นหนึ่งใน "ผู้อ่านที่ขยันขันแข็งและผู้ชื่นชมที่จริงใจ" ของดาร์วิน^{[ 49 ]}

งานของมุลเลอร์มีส่วนช่วยในการพัฒนาความสนใจใน วัฒนธรรม อารยันซึ่งมักจะนำประเพณีอินโด-ยุโรป ("อารยัน") มาเปรียบเทียบกับ ศาสนา เซมิติกเขา "เสียใจอย่างยิ่งที่การจำแนกประเภทเหล่านี้ในภายหลังถูกแสดงออกมาใน แง่ของ การเหยียดเชื้อชาติ " เพราะนั่นไม่ใช่เจตนาของเขาเลย^{[ 50 ]}สำหรับมุลเลอร์ การค้นพบบรรพบุรุษร่วมกันระหว่างอินเดียและยุโรปเป็นข้อโต้แย้งที่ทรงพลังต่อต้านการเหยียดเชื้อชาติ โดยเขากล่าวว่า "นักชาติพันธุ์วิทยาที่พูดถึงเชื้อชาติอารยัน เลือดอารยัน ดวงตาและผมอารยัน เป็นคนบาปพอๆ กับนักภาษาศาสตร์ที่พูดถึงพจนานุกรมแบบศีรษะยาวหรือ ไวยากรณ์ แบบศีรษะสั้น " และ "ชาวฮินดูที่ผิวดำที่สุดแสดงถึงขั้นก่อนหน้าของภาษาพูดและความคิดของชาวอารยันมากกว่าชาว สแกนดิเนเวียที่ผิวขาวที่สุด" ^{[ 51 ] [ 52 ]}

มุลเลอร์เสนอและส่งเสริมทฤษฎีของตระกูลภาษาหรือสำนวน " ทูราเนียน " ซึ่งประกอบด้วยภาษา ฟินนิคภาษาซามอยดิก ภาษา ตาตาริก ( ภาษาเตอร์กิก ) ภาษามองโกลิกและ ภาษา ตังกูสิ ก ^{[ 53 ]}ตามที่มุลเลอร์กล่าว ภาษาทั้งห้านี้เป็นภาษา "ที่พูดกันในเอเชียหรือยุโรปซึ่งไม่ได้รวมอยู่ในตระกูลภาษาอารยันและภาษาเซมิติก ยกเว้นอาจจะเป็นภาษาจีนและภาษาถิ่น" นอกจากนี้ ภาษาเหล่านี้ยังเป็น "ภาษาเร่ร่อน" ซึ่งแตกต่างจากอีกสองตระกูลภาษา (อารยันและเซมิติก) ที่เขาเรียกว่าภาษาของรัฐหรือภาษาทางการเมือง^{[ 54 ]}

แนวคิดเรื่องตระกูลภาษาตูราเนียนไม่ได้เป็นที่ยอมรับของทุกคนในเวลานั้น^{[ 55 ]}แม้ว่าคำว่า "ตูราเนียน" จะกลายเป็นคำโบราณอย่างรวดเร็ว^{[ 56 ]} (ต่างจาก "อารยัน") แต่มันก็ไม่ได้หายไปโดยสิ้นเชิง แนวคิดนี้ถูกซึมซับเข้าไปในอุดมการณ์ชาตินิยมในฮังการีและตุรกีใน ภายหลัง ^{[ 57 ]}