บริการเรือข้ามฟาก หมู่เกาะ นอร์เทิร์นไอล์ส ที่ได้รับการอุดหนุนจากรัฐบาลซึ่งก่อนหน้านี้ดำเนินการโดยP&O Scottish Ferriesได้เปิดให้ประมูลในปี 1999 บริษัทร่วมทุนระหว่างCaledonian MacBrayneและThe Royal Bank of Scotlandในชื่อNorthLink Orkney and Shetland Ferriesได้รับสัญญาและเริ่มดำเนินการในเดือนตุลาคม 2002

ปัจจัยหลายประการ รวมถึงการแข่งขันจากผู้ให้บริการคู่แข่งอย่างPentland Ferriesกลุ่ม Norse Island Ferries ที่ก่อตั้งโดยผู้ขนส่งในท้องถิ่นที่กังวลเกี่ยวกับราคาค่าขนส่งที่ NorthLink เสนอ และต้นทุนการดำเนินงานที่สูงกว่าที่คาดไว้^{[ 2 ]}ล้วนส่งผลให้บริษัทประสบปัญหาทางการเงิน เพื่อเป็นการตอบสนอง กลุ่มการขนส่งของ Scottish Executive (ปัจจุบันคือTransport Scotland ) ได้จ่ายเงินอุดหนุนเพิ่มเติมจำนวน 0.6 ล้านปอนด์ และตกลงที่จะปรับโครงสร้างระยะเวลาการจ่ายเงินอุดหนุน^{[ 2 ]}

ในช่วงกลางปี ​​2546 บริษัทระบุว่าไม่น่าจะสามารถดำเนินการตามสัญญาให้เสร็จสิ้นได้เนื่องจากปัญหาทางการเงินที่ยังคงดำเนินอยู่ NorthLink ผิดนัดชำระค่าเช่าเรือในเดือนกรกฎาคมและสิงหาคม 2546 ^{[ 2 ]}และในเดือนเมษายน 2547 คณะบริหารสกอตแลนด์ ในขณะนั้น ได้ประกาศว่าจะเปิดประมูลบริการใหม่เนื่องจาก NorthLink ไม่สามารถปฏิบัติตามเงื่อนไขของสัญญาได้

บริษัทดำเนินงานต่อไปภายใต้ข้อตกลงชั่วคราวจนถึงเดือนเมษายน พ.ศ. 2549 ในระหว่างที่รอการทำสัญญาฉบับใหม่

เมื่อวันที่ 19 กรกฎาคม 2548 คณะบริหารสกอตแลนด์ประกาศว่ามีสามบริษัท ได้แก่V-Ships , Irish Continental FerriesและCaledonian MacBrayneที่ยื่นประมูลเพื่อให้บริการเรือข้ามฟากไปยังหมู่เกาะนอร์เทิร์น อย่างไรก็ตาม Irish Continental ได้ถอนตัวจากการประมูลในเดือนตุลาคม 2548 ทำให้เหลือผู้ประกอบการที่มีศักยภาพสองรายในวันปิดประมูลคือวันที่ 1 ธันวาคม 2548 การประมูลที่เหลือทั้งสองครั้งเป็นไปตามข้อกำหนดของสัญญา แต่เนื่องจาก Caledonian MacBrayne ยื่นประมูลในราคาที่ต่ำกว่า จึงได้รับสัญญาไป

Caledonian MacBrayneได้ก่อตั้งบริษัทชื่อNorthLink Ferries Limitedซึ่งใช้ตราสินค้าและเรือของบริษัทก่อนหน้า และเริ่มดำเนินการให้บริการเรือเฟอร์รี่ Northern Isles ในวันที่ 6 กรกฎาคม พ.ศ. 2549 ^{[ 3 ]}

บริการเรือข้ามฟากหมู่เกาะนอร์เทิร์นไอล์สถูกเปิดประมูลใหม่ในปี 2011/12 เนื่องจากสัญญาของบริษัท NorthLink Ferries Limited สิ้นสุดลง

ในขั้นต้น บริการสองเส้นทางของสัญญา (Aberdeen-Lerwick และ Scrabster-Stromness) จะถูกแยกออกจากกัน การเสนอราคาที่มีคุณสมบัติเหมาะสมสำหรับบริการดังกล่าวได้รับจากPentland Ferries (ซึ่งแสดงความสนใจเฉพาะบริการ Scrabster-Stromness เท่านั้น), Sea-Cargo A/S (ซึ่งแสดงความสนใจเฉพาะบริการ Aberdeen-Lerwick เท่านั้น), P&O Ferries , Shetland Line (1984) Limited (เป็นส่วนหนึ่งของบริษัทขนส่งและขนส่งสินค้าในท้องถิ่น Streamline Shipping Group), Sercoและ NorthLink Ferries Limited ซึ่งเป็นผู้ให้บริการรายเดิม^{[ 4 ]} ต่อมารัฐบาลสกอตแลนด์ได้รวมเส้นทางเข้าด้วยกันอีกครั้ง เมื่อมีผู้แสดงความสนใจในเส้นทางที่แยกกันไม่เพียงพอ

เมื่อวันที่ 4 พฤษภาคม 2555 Transport Scotlandประกาศว่า Serco เป็นผู้เสนอราคาที่ได้รับการคัดเลือก^{[ 5 ]}การตัดสินใจนี้ถูกท้าทายทางกฎหมายในศาลเซสชั่นโดยผู้เสนอราคาคู่แข่ง Shetland Line (1984) Limited โดยอ้างว่ารัฐบาลสกอตแลนด์ไม่ได้คำนึงถึงว่าพวกเขาได้คะแนนสูงกว่า Serco สำหรับบริการที่เสนอ ซึ่งทำให้การให้สัญญาถูกระงับ^{[ 6 ]}อย่างไรก็ตาม เมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม 2555 ศาลได้ยกเลิกการระงับและ Serco ได้รับการยืนยันให้เป็นผู้ให้บริการรายใหม่ ยุติการมีส่วนร่วมของ Caledonian MacBrayne กับบริการเรือเฟอร์รี่หมู่เกาะนอร์เทิร์นเป็นเวลา 10 ปี^{[ 7 ] [ 8 ]}สัญญามีระยะเวลาหกปีและมีมูลค่า 243 ล้านปอนด์^{[ 9 ]}

Serco ใช้เรือและตราสินค้าของบริษัทก่อนหน้า เริ่มให้บริการเรือข้ามฟากหมู่เกาะนอร์เทิร์นไอล์สในเวลา 15:00 น. ของวันที่ 5 กรกฎาคม 2555 ^{[ 10 ]}โดยระบุว่ามีแผนจะไม่เปลี่ยนแปลงค่าโดยสารหรือตารางเวลาในช่วงที่เหลือของปี 2555 และมีแผนที่จะ "ปรับปรุงบริการอาหาร ที่นั่ง และความบันเทิงบนเรือ" ในอนาคต^{[ 11 ]}

ในฤดูใบไม้ผลิปี 2013 ^{[ 12 ]} NorthLink ได้เปลี่ยนชื่อแบรนด์และเปิดตัวบริการใหม่บนรถไฟ เช่น ที่นั่งปรับเอนได้แบบ "แคปซูลนอน" และห้องรับรองพิเศษ^{[ 13 ] [ 14 ]}สัญญาจะสิ้นสุดในปี 2018 แต่ Serco ได้รับการต่อสัญญาออกไปอีก 18 เดือน^{[ 15 ]}สหภาพแรงงาน RMT ได้เสนอข้อโต้แย้งเพื่อนำบริการนี้มาอยู่ภายใต้การเป็นเจ้าของของรัฐ^{[ 16 ]}

Transport Scotland มอบสัญญาใหม่ให้ Serco ดำเนินการบริการเรือเฟอร์รี่ Northern Isles ในเดือนเมษายน 2020 สัญญาดังกล่าวเริ่มมีผลตั้งแต่วันที่ 30 มิถุนายน 2020 โดยมีระยะเวลาเริ่มต้น 6 ปี และมีตัวเลือกในการขยายระยะเวลาออกไปอีก 2 ปี^{[ 17 ]}ในเดือนมิถุนายน 2026 Transport Scotland ประกาศว่ากระบวนการประกวดราคาสำหรับสัญญาฉบับใหม่ได้เริ่มต้นขึ้นแล้ว โดยมีกำหนดเริ่มสัญญาในวันที่ 30 มิถุนายน 2028 ^{[ 18 ]}