ในช่วงสงครามโลกครั้งที่สองกองทัพอากาศอังกฤษได้สร้างสนามบินบนพื้นที่145 เฮกตาร์(359 เอเคอร์)ในปาลาลีใกล้กับกังเกสันธุไรทางตอนเหนือของศรีลังกา^{[ 4 ] [ 5 ] [ 6 ]}รันเวย์ของสนามบิน มี ความยาวประมาณ2,000 เมตร(6,562 ฟุต) ^{[ 7 ]}ฝูงบินของกองทัพอากาศอังกฤษหลายฝูง ( 160 , 203 , 292 , 354 ) และ หน่วย กู้ภัยทางอากาศและทางทะเลประจำการอยู่ที่สนามบินแห่งนี้ในช่วงสงครามและหลังสงครามทันที^{[ 8 ] [ 9 ]}สนามบินถูกทิ้งร้างหลังสงครามและถูกกรมการบินพลเรือนเข้า ครอบครอง ^{[ 6 ] [ 9 ]}   

เที่ยวบินปฐมฤกษ์ของแอร์ซีลอนเมื่อวันที่ 10 ธันวาคม พ.ศ. 2490 เป็นเที่ยวบินจากสนามบินรัตมาลานาไป ยัง มัทราสผ่านปาลาลี^{[ 9 ] [ 10 ]}หลัง ได้ รับเอกราชสนามบินแห่งนี้ให้บริการเที่ยวบินภายในประเทศไปยังโคลัมโบ (รัตมาลานา) และตรินโคมาลีและเที่ยวบินระหว่างประเทศไปยัง อินเดียตอน ใต้ (มัทราสและติรุจิรัปปัลลี ) ^{[ 11 ] [ 12 ]}ชาวบ้านใช้สนามบินเมื่อเดินทางไปอินเดียตอนใต้ด้วยเหตุผลทางวัฒนธรรม การศึกษา และศาสนา ในขณะที่นักการเมืองและเจ้าหน้าที่ท้องถิ่นใช้สนามบินเพื่อเดินทางไปยังโคลัมโบ^{[ 4 ]}ในแต่ละปี พนักงานของรัฐบาลจะขอตั๋วรถไฟ สามใบ สำหรับการเดินทางระหว่าง กัง เกสันธุไรและกัลเลซึ่งเป็นการเดินทางด้วยรถไฟที่ยาวที่สุดและแพงที่สุด และแลกเปลี่ยนตั๋วเหล่านี้เป็นตั๋วเครื่องบินระหว่างปาลาลีและรัตมาลานา^{[ 4 ]} เครื่องบิน Douglas DC-3 , Avro HS-748และNord 262ของแอร์ซีลอนให้บริการที่สนามบินแห่งนี้^{[ 7 ] [ 9 ]}การเติบโตของกลุ่มติดอาวุธชาวทมิฬทำให้เที่ยวบินพลเรือนที่สนามบินต้องยุติลง^{[ 12 ]}

หน่วยทหารอากาศศรีลังกา (SLAF) ย้ายเข้ามาประจำการในพื้นที่ประมาณปี 1976 ^{[ 6 ]}พื้นที่ดังกล่าวกลายเป็นหน่วยสนามบินในเดือนมกราคม 1982 ^{[ 6 ]}สนามบินแห่งนี้ทำหน้าที่เป็นสิ่งอำนวยความสะดวกหลักสำหรับกองทัพศรีลังกาในช่วงสงครามกลางเมืองกองทัพได้ยึดครองที่ดินใกล้เคียง261 เฮกตาร์(646 เอเคอร์) ในปี 1985 ^{[ 4 ]}หลังจากการลงนามในข้อตกลงอินโด-ศรีลังกาในเดือนกรกฎาคม 1987 กองกำลังรักษาสันติภาพอินเดีย (IPKF) ได้ใช้สนามบินปาลาลีในการขนส่งทหารระหว่างอินเดียและศรีลังกา^{[ 4 ] [ 13 ]} เมื่อวันที่ 5 ตุลาคม 1987 สมาชิกกลุ่มกบฏเสือทมิฬปลดปล่อยอีแลม (LTTE) ประมาณ12 คนซึ่งกองทัพศรีลังกาจะนำตัวขึ้นเครื่องบินไปยังโคลัมโบเพื่อเผชิญข้อหาทางอาญาที่เกี่ยวข้องกับการฆ่ากลุ่มติดอาวุธทมิฬ ที่เป็นคู่แข่ง ได้ฆ่าตัวตายบนลานจอดเครื่องบินที่สนามบินปาลาลีโดยการกินแคปซูลไซยาไนด์^{[ 14 ] [ 15 ] [ 16 ]}ในบรรดาผู้เสียชีวิตมีผู้บัญชาการระดับสูงของ LTTE สองคน ได้แก่ Kumarappa (ผู้บัญชาการ Jaffna) และ Pulendran (ผู้บัญชาการ Trincomalee) ^{[ 17 ] [ 18 ] [ 19 ]}ในปี 1989 ขณะที่ IPKF กำลังเตรียมถอนกำลังออกจากศรีลังกา กลุ่มติดอาวุธที่ได้รับการสนับสนุนจากอินเดีย เช่นแนวร่วมปลดปล่อยปฏิวัติประชาชนอีลัมได้หลบหนีไปยังโคลัมโบผ่านทางสนามบินปาลาลี^{[ 4 ]}พวกเขาแต่ละคนถูกเรียกเก็บเงิน 5,000 รูปีโดย SLAF ซึ่งค่าตั๋วเครื่องบินไป-กลับมาตรฐานในเวลานั้นมีราคาเพียง 3,000 รูปี^{[ 4 ]} 

ในช่วงต้นทศวรรษ 1990 สนามบินและพื้นที่โดยรอบถูกประกาศให้เป็นเขตความมั่นคงสูง และผู้อยู่อาศัยทั้งหมดถูกขับไล่ออกไป^{[ 20 ] [ 21 ]}ระหว่างปี 1990 ถึง 1995 เขตความมั่นคงสูงนี้เป็นดินแดนที่รัฐบาลควบคุมเพียงแห่งเดียวใน ภูมิภาค วาลิกามัมหลังจากที่กองทัพศรีลังกายึดวาลิกามัมคืนได้ในปี 1995 สนามบินทำหน้าที่เป็นเส้นทางเชื่อมต่อที่สำคัญไปยังส่วนอื่นๆ ของประเทศ เนื่องจากเส้นทางบกถูกควบคุมโดย LTTE กองทัพอากาศศรีลังกาจึงเริ่มให้บริการเที่ยวบินประจำระหว่างปาลาลีและโคลัมโบ^{[ 4 ]} หน่วย Helitoursของกองทัพอากาศศรีลังกาให้บริการเที่ยวบินพลเรือนโดยใช้เครื่องบินและลูกเรือที่เช่ามาจากอดีตสหภาพโซเวียต^{[ 7 ]}

สายการ บิน Lionairเริ่มให้บริการเที่ยวบินสำหรับพลเรือนระหว่าง Palaly และ Ratmalana ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2539 โดยรับช่วงต่อจากกองทัพอากาศศรีลังกา และขึ้นราคาค่าโดยสารเป็นสองเท่า^{[ 22 ]} Lionair มีการผูกขาดที่ทำกำไรได้จนถึงเดือนมีนาคม พ.ศ. 2541 เมื่อสายการบิน Monara เริ่มให้บริการเที่ยวบินในเส้นทางเดียวกัน^{[ 23 ]} Monara ระงับการให้บริการในวันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2541 หลังจากได้รับการข่มขู่จาก LTTE เนื่องจากขนส่งบุคลากรทางทหาร^{[ 24 ]}ในวันที่ 29 กันยายน พ.ศ. 2541 เที่ยวบิน Lionair 602ออกจากสนามบินเวลาประมาณ 13.48 น. มุ่งหน้าไปยังสนามบิน Ratmalana ^{[ 25 ]}เวลา 14.10 น. มีรายงานว่าเครื่องบินหายไป ชาวบ้านรายงานว่าเห็นเครื่องบินดิ่งลงสู่ทะเลใกล้กับIranaitivuซึ่ง อยู่ห่าง จากMannar ไปทางเหนือ 15 กม . (9 ไมล์) ^{[ 26 ]}ผู้โดยสารและลูกเรือทั้งหมด 55 คนเสียชีวิต^{[ 27 ]} LTTE ถูกกล่าวหาว่ายิงเครื่องบินตก^{[ 22 ]} Lionair ระงับเที่ยวบินไปยัง Palaly ทันที^{[ 28 ]}  

หลังจากการหยุดยิงที่นอร์เวย์อำนวยความสะดวก เที่ยวบินพลเรือนกลับมาให้บริการอีกครั้งจากปาลาลีในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2545 เมื่อExpoAirเริ่มให้บริการเที่ยวบินระหว่างปาลาลีและรัตมาลานา^{[ 12 ] [ 29 ] [ 30 ]}เที่ยวบินเหล่านี้ได้รับความนิยมอย่างมาก และในช่วงที่ได้รับความนิยมสูงสุด ExpoAir ให้บริการเที่ยวบินวันละสี่เที่ยว โดยใช้เครื่องบินFokker F27-500 ขนาด 52 ที่นั่งสองลำ ^{[ 29 ] [ 31 ]}

ExpoAir ระงับการให้บริการในปี 2010 เนื่องจากความต้องการลดลง แต่กลับมาให้บริการอีกครั้งในเดือนมกราคม 2012 ^{[ 31 ] [ 32 ]}สายการบินให้บริการเที่ยวบินไป-กลับวันละสองเที่ยวโดยใช้เครื่องบินCessna Grand Caravan ขนาด 12 ที่นั่ง ^{[ 29 ] [ 31 ]}อาคารผู้โดยสารแห่งใหม่เปิดให้บริการเมื่อวันที่ 4 มกราคม 2013 ^{[ 33 ] [ 34 ]}

ในปี 2014 ส.ส. Mavai Senathirajah จาก พรรค Tamil National Alliance (TNA) ซึ่งมาจากMaviddapuram ที่อยู่ใกล้เคียง ได้ยื่นอุทธรณ์ต่อกงสุล อินเดีย ในJaffnaเพื่อขอให้ปรับปรุงสนามบิน Palaly ^{[ 4 ] [ 35 ]}คำอุทธรณ์ดังกล่าวถูกส่งต่อไปยังรัฐบาลอินเดียและหลังจากได้รับการอนุมัติจากนายกรัฐมนตรีอินเดียการเจรจากับรัฐบาลศรีลังกา (GoSL) ก็เริ่มต้นขึ้น ^{[ 4 ]}ในช่วงปลายปี 2015 GoSL ได้อนุมัติข้อตกลงระหว่างสองประเทศเพื่อปรับปรุงสนามบิน^{[ 4 ]}ข้อตกลงดังกล่าวได้รับการต่อต้านจากข้าราชการในโคลัมโบที่เกรงว่าการพัฒนาทางตอนเหนือใดๆ จะเป็นไปในทางที่เสียเปรียบทางตอนใต้^{[ 4 ]}นักการเมืองชาวทมิฬบางคนก็คัดค้านแผนดังกล่าว โดยอ้างว่าการพัฒนาสนามบินใดๆ จะส่งผลให้มีการเวนคืนที่ดินพลเรือนเพิ่มขึ้น^{[ 4 ]}อย่างไรก็ตาม ด้วยแรงกดดันที่เพิ่มขึ้นจาก TNA รัฐบาลอินเดียจึงตัดสินใจดำเนินการพัฒนาต่อไป^{[ 4 ]}

เจ้าหน้าที่จากสนามบินนานาชาติเชนไนเดินทางมาถึงปาลาลีในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2559 เพื่อดำเนินการศึกษาทางเทคนิคและความเป็นไปได้ และสรุปว่าการพัฒนาใหม่สามารถดำเนินการได้โดยไม่ต้องซื้อที่ดินพลเรือนเพิ่มเติม^{[ 4 ] [ 36 ]}มีการจัดทำแผนรายละเอียดขึ้น แต่สำนักงานการบินพลเรือนแห่งศรีลังกา (CAA) เกรงว่าเที่ยวบินตรงระหว่างประเทศไปยังปาลาลีจะทำให้รายได้ของสนามบินนานาชาติบันดาราไนเก ลดลง จึงปฏิเสธการอนุญาต ^{[ 4 ]}ในช่วงปลายปี พ.ศ. 2561 รัฐบาลเสียงข้างน้อยของนายกรัฐมนตรีรานิล วิกรมสิงเห ต้องพึ่งพาการสนับสนุนจากพรรค TNA เพื่ออยู่ในอำนาจต่อไป^{[ 4 ]}ในทางกลับกัน พรรค TNA เรียกร้องให้พัฒนาปาลาลีให้เป็นสนามบินนานาชาติ^{[ 4 ]}เพื่อเอาชนะ การ คัดค้านจากเจ้าหน้าที่ทางใต้ วิกรมสิงเหให้คำมั่นว่าสนามบินรัตมาลานาจะกลายเป็นสนามบินนานาชาติในเวลาเดียวกันกับสนามบินปาลาลี^{[ 4 ]} CAA ตกลงที่จะอนุญาตโดยมีเงื่อนไขว่า Palaly จะทำหน้าที่เป็นสนามบินระดับภูมิภาคเท่านั้น (กล่าวคือไม่มี เที่ยวบิน ระยะไกล ) และความช่วยเหลือทางการเงินใดๆ จากอินเดียจะอยู่ในรูปแบบของเงินช่วยเหลือแทนที่จะเป็นเงินกู้^{[ 4 ]}ในขณะเดียวกัน กลุ่มภาคประชาสังคมจาก ศรีลังกา ตะวันออกได้ร้องเรียนต่อกงสุลอินเดียใน Jaffna ว่างานพัฒนาของอินเดียเน้นเฉพาะทางเหนือและละเลยทางตะวันออก^{[ 4 ]}รัฐบาลอินเดียตกลงที่จะพัฒนาสนามบิน Batticaloa ใหม่ และรัฐบาลศรีลังกาตกลงที่จะทำให้เป็นสนามบินนานาชาติเช่นกัน^{[ 4 ]}

แม้ว่าสนามบินปาลาลีจะมีรันเวย์ยาว 2,300 เมตร แต่มีเพียง 950 เมตรเท่านั้นที่ได้รับการปรับปรุงให้ได้มาตรฐานที่เหมาะสมสำหรับเครื่องบินโดยสาร^{[ 37 ]}การพัฒนาสนามบินเริ่มขึ้นในเดือนกรกฎาคม 2019 ด้วยการขยายรันเวย์จาก 950 เมตรเป็น 1,400 เมตร (เฟส 1) ทำให้สามารถรองรับเครื่องบินที่มีที่นั่งได้ถึง 75 ที่นั่ง^{[ 38 ] [ 39 ] [ 40 ]}หน่วยงานพัฒนาถนนได้รับมอบหมายให้ก่อสร้างลานจอดเครื่องบินทางขับและถนนใหม่ รวมถึงการปูรันเวย์ ใหม่ ^{[ 41 ] [ 42 ]}บริษัท Airport and Aviation Services (AAS) ซึ่งเป็นของรัฐมีหน้าที่รับผิดชอบในการก่อสร้างหอควบคุมอาคารผู้โดยสาร สถานีดับเพลิง อาคารสำนักงาน และระบบนำทางอากาศ^{[ 41 ] [ 42 ]}

ในช่วงต้นเดือนตุลาคม พ.ศ. 2562 สนามบินแห่งนี้ได้รับการยกฐานะเป็นสนามบินระดับภูมิภาค เปลี่ยนชื่อเป็นสนามบินนานาชาติจาฟนา และอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของ CAA ^{[ 43 ] [ 44 ] [ 45 ] [ 46 ]} AAS ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้ดำเนินการด้านพลเรือนของสนามบิน^{[ 42 ] [ 45 ]}สนามบินที่ได้รับการปรับปรุงใหม่นี้เปิดทำการโดยประธานาธิบดีไมตรีปาละ สิริเสนาและนายกรัฐมนตรีวิกรมสิงเห เมื่อวันที่ 17 ตุลาคม พ.ศ. 2562 ^{[ 47 ] [ 48 ]}การมาถึงของ เครื่องบิน Alliance Air ATR 72-600จากเชนไน ซึ่งบรรทุกเจ้าหน้าที่สายการบินและนักข่าว เป็นสัญญาณของการเปิดสนามบินนานาชาติแห่งที่สามของศรีลังกา^{[ 47 ] [ 49 ]}นี่เป็นเที่ยวบินต่างประเทศเที่ยวแรกของ Alliance Air ด้วยเช่นกัน^{[ 47 ] [ 49 ]}ค่าใช้จ่ายในการปรับปรุงอยู่ที่ 2.25 พันล้านรูปี โดยรัฐบาลศรีลังกาเป็นผู้สนับสนุน 1.95 พันล้านรูปี และรัฐบาลอินเดียเป็นผู้สนับสนุน 0.3 พันล้านรูปี^{[ 50 ] [ 51 ]}

คาดว่าสายการบิน Alliance Air จะให้บริการเที่ยวบินตามกำหนดจากเชนไนไปยังจาฟนาสัปดาห์ละ 3 ครั้ง ตั้งแต่วันที่ 1 พฤศจิกายน 2019 ^{[ 47 ] [ 52 ]}อย่างไรก็ตาม ในวันที่ 1 พฤศจิกายน 2019 CAA ได้ประกาศว่าเที่ยวบินจะเริ่มในวันที่ 10 พฤศจิกายน 2019 ^{[ 53 ] [ 54 ]}สายการบิน Alliance Air เริ่มให้บริการเที่ยวบินจากเชนไนไปยังจาฟนาสัปดาห์ละ 3 ครั้ง ในวันที่ 11 พฤศจิกายน 2019 ^{[ 55 ] [ 56 ] [ 57 ]}

FitsAirกล่าวว่าพวกเขาจะให้บริการเที่ยวบินเช่าเหมาลำไปยังเชนไนตั้งแต่วันที่ 8 พฤศจิกายน 2019 และเที่ยวบินเช่าเหมาลำไป ยัง สนามบินนานาชาติติรุจิรัปปัลลีตั้งแต่วันที่ 10 พฤศจิกายน 2019 ^{[ 53 ] [ 54 ]}รัฐบาลศรีลังการะบุว่าสนามบินแห่งนี้จะมีเที่ยวบินไปยังจุดหมายปลายทางอื่นๆ ในอินเดีย ได้แก่บังกาล อ ร์โคชินไฮเดอราบัดและมุมไบ [ ^{40 ] [ 58 ]}นอกจากนี้ยังมีการพูดถึงเที่ยวบินไปยังมัลดีฟส์^{ด้วย[ 51 ]}คาดว่าจะมีการขยายรันเวย์เป็น 2,300 เมตรในเฟสที่ 2 ^{[ 39 ] [ 41 ]}ซึ่งจะทำให้สนามบินสามารถรองรับเครื่องบินขนาด 150 ที่นั่ง เช่นแอร์บัส A320และแอร์บัส A321ทำให้สามารถให้บริการเที่ยวบินไปยังส่วนอื่นๆ ของเอเชียและยุโรปได้^{[ 37 ] [ 47 ]}ในเฟสที่ 3 จะมีการขยายรันเวย์เป็น 3,200 เมตร ซึ่งสามารถรองรับเครื่องบินขนาด 200 ที่นั่งได้^{[ 37 ]}

เที่ยวบินถูกระงับหลังจากการระบาดของโรคโควิด-19 ในศรีลังกาแต่กลับมาให้บริการอีกครั้งในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2565 ระหว่างเมืองจาฟนาและเชนไน^{[ 59 ]}