ระบบถ่ายโอนดีเอ็นเอแบบไบนารี
ระบบไบนารีของดีเอ็นเอถ่ายโอน ( T-DNA ) คือคู่ของพลาสมิดที่ประกอบด้วยเวกเตอร์ไบนารี T-DNA และพลาสมิดช่วยvir [ 1 ] [ 2 ]พลาสมิดทั้งสองถูกใช้ร่วมกัน (จึงเรียกว่าไบนารี[ 2 ] [ 3 ] ) เพื่อผลิตพืชดัดแปลงพันธุกรรม พวกมันเป็น เวกเตอร์เทียมที่ได้มาจากพลาสมิด Ti ที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติ ในแบคทีเรียสกุลAgrobacteriumเช่นA. tumefaciensเวกเตอร์ไบนารีเป็นเวกเตอร์ชัตเติลซึ่งเรียกเช่นนั้นเพราะมันสามารถจำลองตัวเองได้ในโฮสต์หลายชนิด (เช่นEscherichia coliและAgrobacterium )
ระบบที่ ยีน T-DNAและ ยีน virอยู่บนรีพลิคอนที่แยกจากกัน เรียกว่า ระบบไบนารี T-DNA T-DNA อยู่บนเวกเตอร์ไบนารี (บริเวณที่ไม่ใช่ T-DNA ของเวกเตอร์นี้ประกอบด้วยต้นกำเนิดของการจำลองแบบที่สามารถทำงานได้ทั้งในE. coliและAgrobacteriumและ ยีน ต้านทานยาปฏิชีวนะที่ใช้ในการคัดเลือกเวกเตอร์ไบนารีในแบคทีเรีย เรียกว่า ลำดับโครงสร้างหลักของเวกเตอร์) รีพลิคอนที่บรรจุ ยีน virเรียกว่าพลาสมิดช่วยvir พลาสมิดช่วย virถือว่าหมดฤทธิ์แล้วหากไม่มีออนโคยีนที่สามารถถ่ายทอดไปยังพืชได้
ข้อมูลเบื้องต้นเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมโดยใช้Agrobacterium
ระบบไบนารีการถ่ายโอน DNA มาจากกลไกการติดเชื้อของพืช โดยธรรมชาติของ Agrobacterium tumefaciens [ 4 ] Agrobacteriumเป็น แบคทีเรีย ปรสิตที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติในดินและติดเชื้อเซลล์พืชเพื่อใช้ประโยชน์จากกระบวนการทางชีวภาพและกลไกต่างๆ โดยการรวมสารพันธุกรรมของตนเองเข้ากับจีโนมของเซลล์พืชเพื่อสร้างทรัพยากรที่สนับสนุนการอยู่รอด[ 5 ]
พลาสมิด Ti
Agrobacteriumมีพลาสมิดซึ่งเป็นชิ้นส่วน DNA วงกลม เรียกว่า "พลาสมิดเหนี่ยวนำเนื้องอก" ("Ti plasmid" ย่อๆ) [ 4 ] Ti plasmid ประกอบด้วยองค์ประกอบต่อไปนี้:
บริเวณ "T-DNA":บริเวณ T-DNA คือส่วนของพลาสมิดที่รวมเข้ากับจีโนมของเซลล์พืชเจ้าบ้านAgrobacterium ใช้ กลไกการถอดรหัสและการแปลของพืชเพื่อแสดงออกยีนที่อยู่ในบริเวณ T-DNA [ 5 ]ประกอบด้วยองค์ประกอบต่อไปนี้:
- ขอบซ้ายและขวา (LB และ RB):ขอบซ้ายและขวากำหนดขอบเขตของบริเวณ T-DNA [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] RB ทำหน้าที่เป็นจุดเริ่มต้นสำหรับการถ่ายโอนทางพันธุกรรม และ LB ทำหน้าที่เป็นจุดสิ้นสุด ขอบเหล่านี้ได้รับการจดจำและตัดโดยเอนโดนิวคลีเอสที่เข้ารหัสโดยยีนvirD [ 5 ]
- ยีนออกซินและไซโตไคนิน:ยีนเหล่านี้เข้ารหัสและบังคับให้เซลล์พืชผลิตออกซินและไซโตไคนิน [ 5 ] [ 6 ]ซึ่งเป็นฮอร์โมนพืชที่ส่งเสริมการแบ่งเซลล์และการเจริญเติบโต[ 5 ]โดยการชักนำให้เกิดการแบ่งเซลล์ เซลล์ที่ติดเชื้อจะขยายพันธุ์ได้เร็วขึ้น[ 5 ] ทำให้จำนวนเซลล์ที่มี T-DNA เพิ่มขึ้น ส่งผลให้ผลิตโอปินมากขึ้น การแบ่งเซลล์อย่าง รวดเร็วนี้ทำให้เกิดเนื้องอกที่เรียกว่าปุ่มมงกุฎ[ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]
- ยีนโอพีน:ยีนโอพีนเข้ารหัสและบังคับให้เซลล์พืชแสดงเอนไซม์ที่สังเคราะห์โอพีน ซึ่งเป็นสารประกอบที่อุดมไปด้วยคาร์บอนและไนโตรเจนที่ทำหน้าที่เป็นแหล่งอาหารสำหรับแบคทีเรีย Agrobacterium [ 5 ] [ 6 ] หลังจาก สังเคราะห์แล้ว โอพีนจะถูกหลั่งออกสู่ช่องว่างระหว่างเซลล์และสิ่งแวดล้อมโดยรอบ ทำให้ แบคทีเรีย Agrobacteriumที่อยู่ใกล้เคียงสามารถดูดซึมได้โอพีนที่พบได้บ่อยที่สุดที่ผลิตโดยเซลล์พืชที่ติดเชื้อ DNA ของAgrobacteriumคือโนพาลีนและออกโทพีน[ 5 ] [ 8 ]
ยีนการสลายโอพีน: ยีน การสลายโอพีนเข้ารหัสองค์ประกอบของเส้นทางการสลายโอพีนของแบคทีเรียAgrobacterium [ 5 ]เส้นทางนี้ช่วยให้แบคทีเรียสามารถสลายและใช้โอพีนเป็นแหล่งพลังงานได้[ 5 ] [ 6 ]เฉพาะผู้ที่มีพลาสมิดนี้เท่านั้นที่สามารถเผาผลาญโอพีนได้ ทำให้พวกมันได้เปรียบในการแข่งขันเหนือจุลินทรีย์ในดินชนิดอื่น[ 5 ]
ยีนแคสเซ็ต Vir :ยีน virหรือ "ยีนก่อโรค" เข้ารหัสองค์ประกอบที่ช่วยในการถ่ายโอน T-DNA จากพลาสมิด Ti เข้าสู่จีโนมของเซลล์พืช [ 4 ] [ 5 ]มีโอเปรอนvir 6 ตัว ที่เกี่ยวข้องกับการถ่ายโอน T-DNA ได้แก่ virA, virB, virG, virC , virDและ virE [ 5 ] [ 6 ]
Ori : ori คือ "จุดเริ่มต้นของการจำลองแบบ" ซึ่ง เป็นตำแหน่งบนพลาสมิดที่สาย DNA สองสายเริ่มคลายตัวออกเพื่อให้เกิดการจำลองแบบ DNAในระหว่างการแบ่งเซลล์[ 5 ] [ 8 ]
แบคทีเรียเป็น สิ่งมีชีวิต โปรคาริโอตและพืชเป็น สิ่งมีชีวิตยูคา ริโอตกลไกและเครื่องจักรที่เกี่ยวข้องกับการแสดงออกของยีนแตกต่างกันในสิ่งมีชีวิตโปรคาริโอตและยูคาริโอต[ 8 ] Agrobacteriumได้วิวัฒนาการให้มีองค์ประกอบยีนยูคาริโอตในบริเวณ T-DNA ซึ่งช่วยให้ยีนที่เข้ารหัสในบริเวณนั้นสามารถแสดงออกโดยเซลล์พืชได้[ 6 ] [ 8 ]พลาสมิด Ti ที่เหลือยึดติดกับกระบวนการโปรคาริโอตปกติ[ 8 ]
ในการดัดแปลงพันธุกรรมของพืช[ 6 ]ยีนออกซิน ไซโตไคนิน และโอพีนจะถูกแทนที่ด้วย "ยีนที่สนใจ" ซึ่งเป็นยีนที่จะถูกแทรกเข้าไปในพืช[ 8 ]ยีนที่เกี่ยวข้องกับการสลายโอพีนก็ถูกกำจัดออกไปด้วย[ 8 ]การถ่ายโอนยีนที่สนใจจากแบคทีเรีย Agrobacteriumไปยังเซลล์พืชเกิดขึ้นผ่านกลไกการติดเชื้อตามธรรมชาติของแบคทีเรีย[ 6 ]
กลไกการติดเชื้อ
กลไกตามธรรมชาติของ การติดเชื้อ Agrobacteriumในเซลล์พืชเกิดขึ้นผ่าน ยีน vir 6 ยีนที่อยู่บนพลาสมิด Ti [ 4 ]กระบวนการติดเชื้อเกิดขึ้นใน 2 ขั้นตอนทั่วไป:
- การจดจำเซลล์พืชและการกระตุ้นการแสดงออกของ ยีน vir :เมื่อผนังเซลล์พืชได้รับความเสียหายสารประกอบฟีนอลเช่นอะซีโตไซริงโกนจะถูกปล่อยออกมาสู่สิ่งแวดล้อมโดยรอบ[ 4 ] สารประกอบเหล่านี้จะจับกับ ไคเนสตัวรับแบบครอสเมมเบรนที่อยู่บนเมมเบรนของแบคทีเรีย Agrobacterium ที่อยู่ใกล้เคียง ส่งสัญญาณไปยังแบคทีเรียว่ามีเซลล์พืชที่เสียหายอยู่ใกล้ๆ ไคเนสตัวรับถูกเข้ารหัสโดยvirAการจับกันของสารประกอบฟีนอลกับโดเมนภายนอกเซลล์ของตัวรับทำให้โดเมนภายในเซลล์ถูก ฟ อสโฟรีเลต หมู่ฟอสเฟตจะเคลื่อนจากตัวรับไปยังโปรตีนเอฟเฟกเตอร์แบบลอยตัวอิสระที่เข้ารหัสโดยvirG [ 6 ] เอฟเฟกเตอร์ที่ถูกฟอสโฟรีเลตจะถูกกระตุ้นและจับกับซิส-เอเลเมนต์ภายใน บริเวณ โปรโมเตอร์ ของยีน virอีก 4 ยีนที่เหลือทำให้เกิดการแสดงออกของยีนเหล่านั้น[ 4 ] [ 6 ]
- การถ่ายโอน T-DNA:ยีนvirDแสดงออกถึงเอนโดนิวคลีเอสที่รู้จักลำดับ RB เอนโดนิวคลีเอสจะตัดสายหนึ่งของ RB [ 4 ] [ 5 ]และจับกับปลาย 5' ที่ถูกตัดของสาย T-DNA ด้วยพันธะโควาเลนต์[ 4 ] [ 7 ]การแตกหักใน DNA จะกระตุ้น กลไก การซ่อมแซม DNA ตามธรรมชาติของเซลล์ ซึ่งจะเริ่มสังเคราะห์สาย T-DNA ใหม่โดยเริ่มจากปลาย 3' ที่ถูกตัดของ RB สายใหม่นี้จะผลักสาย T-DNA เดิมออกไป เมื่อเกิดเหตุการณ์นี้ โปรตีนที่จับกับ DNA สายเดี่ยว (โปรตีนที่จับกับ ssDNA) ซึ่งเข้ารหัสโดยvirEจะจับตามความยาวของ T-DNA เดิมเพื่อทำให้เสถียรและป้องกันไม่ให้ถูกย่อยสลาย[ 4 ] [ 6 ] เอนโดนิวคลีเอ ส virDอีกตัวหนึ่งจะรู้จักและตัดสายใน LB ปล่อยสาย T-DNA เดิมออกจากพลาสมิด[ 4 ] [ 5 ] virB แสดงโปรตีนที่สร้างช่องทางการขนส่งระหว่างAgrobacteriumและเซลล์พืช ทำหน้าที่เป็นสะพานทางกายภาพที่ T-DNA เคลื่อนที่จากสิ่งมีชีวิตหนึ่งไปยังอีกสิ่งมีชีวิตหนึ่ง[ 6 ]โปรตีนvirCช่วยในการดึงดูด เอนโดนิวคลีเอ ส virD ไปยังขอบเขตและนำทาง T-DNA ที่ปล่อยออกมาไปยังช่องทางการขนส่งvirB [ 6 ]
จากนั้น T-DNA จะรวมเข้ากับตำแหน่งสุ่มภายในจีโนมของเซลล์พืช[ 4 ] [ 6 ]
ตารางด้านล่างนี้สรุป ยีน virและหน้าที่ของยีนเหล่านั้น:
| โอเปรอน | จำนวนยีน | ประเภทของโปรตีน | การเปิดใช้งานการแสดงออก | ระดับการแสดงออกพื้นฐาน | ระดับการแสดงออกที่ถูกกระตุ้น | ตำแหน่งการใช้งาน | การทำงาน |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ไวรา | virA [ 6 ] | เซนเซอร์ไคเนสข้ามเยื่อหุ้มเซลล์[ 6 ] | ต่ำ[ 9 ] | เยื่อหุ้มเซลล์[ 9 ] | รับรู้สารประกอบฟีนอลที่ปล่อยออกมาจากเซลล์พืชที่เสียหายในบริเวณใกล้เคียง[ 4 ] ทำการ ฟอสโฟรีเลตตัวเอง[ 6 ]ถ่ายโอนกลุ่มฟอสเฟตไปยังตัวกระตุ้นvirG [ 6 ] | ||
| ไวร์บี | virB1-11 [ 6 ] | เหนี่ยวนำโดยvirA/G [ 6 ] | สูง[ 9 ] | เยื่อหุ้มเซลล์[ 9 ] | สร้างช่องทางการถ่ายโอนระบบการหลั่งประเภท 5 ระหว่างAgrobacteriumและเซลล์พืช[ 6 ] | ||
| ไวร์ซี | virC1, virC2 [ 6 ] | เหนี่ยวนำโดยvirA/G [ 6 ] | สูง[ 9 ] | ไซโตพลาสซึม[ 9 ] | ช่วยในการคัดเลือก เอนโดนิวคลีเอ ส virDไปยังขอบด้านซ้ายและด้านขวา นำ T-DNA ไปยังช่องทางการขนส่ง[ 6 ] VirC1จับกับลำดับโอเวอร์ไดรฟ์ ซึ่งเป็นบริเวณใกล้กับ RB เพื่อช่วยในการประมวลผล T-DNA [ 6 ] | ||
| ไวร์ดี | virD1-5 [ 6 ] | เฮลิเคส ( virD1 ); นิวคลีเอส ( virD2 ) [ 4 ] | เหนี่ยวนำโดยvirA/G [ 6 ] | สูง[ 9 ] | นิวเคลียส[ 9 ] | VirD2จดจำและตัดขอบด้านซ้ายและด้านขวา จับกับปลาย 5' ของ T-DNA ด้วยพันธะโควาเลนต์ มีสัญญาณระบุตำแหน่งในนิวเคลียสเพื่อนำ T-DNA เข้าสู่นิวเคลียสของพืช[ 4 ] [ 6 ] | |
| ไวร์อี | virE1-3 [ 6 ] | ตัวกระตุ้น ( virE2 ) [ 5 ] | เหนี่ยวนำโดยvirA/G [ 6 ] | สูง[ 9 ] | นิวเคลียส[ 9 ] | VirE1ป้องกันไม่ ให้โปรตีน virE2รวมตัวกันเอง[ 6 ] โปรตีน VirE2ที่จับกับ ssDNA จะเคลือบตลอดความยาวของ T-DNA ทำให้ T-DNA มีเสถียรภาพเพื่อป้องกันการเสื่อมสภาพ[ 4 ] [ 6 ] | |
| เวอร์จี | virG [ 6 ] | ตัวควบคุมการถอดรหัส[ 6 ] | เหนี่ยวนำโดยวงจรป้อนกลับเชิงบวกของvirA/G [ 6 ] | ต่ำ[ 9 ] | สูง[ 9 ] | ไซโตพลาสซึม[ 9 ] | เปิดใช้งานผ่านการฟอสโฟรีเลชันโดยvirA ; กระตุ้นการแสดงออกของยีนvir [ 4 ] [ 6 ] |
ส่วนประกอบของระบบเวกเตอร์ไบนารี
เวกเตอร์ไบนารี

เวกเตอร์ไบนารีถูกใช้ในวิศวกรรมพันธุกรรม พืช เพื่อถ่ายโอนยีน ต่างประเทศ เข้าสู่เซลล์พืชเหตุผลที่ต้องมีพลาสมิด แยกกันสองตัว ก็เพราะการโคลนและการจัดการยีนที่สนใจในE. coliโดยใช้เวกเตอร์T-DNA นั้น ง่ายกว่า เนื่องจากมีขนาดเล็กและง่ายต่อการใช้งาน ในขณะที่ยีน vir ยังคงอยู่ในAgrobacteriumบนพลาสมิดตัวช่วยเพื่อช่วยในการเปลี่ยนแปลงพืช[ 10 ]ส่วนประกอบของเวกเตอร์ไบนารีประกอบด้วย:
- ขอบซ้ายและขวา: เวกเตอร์ไบนารียังประกอบด้วยขอบซ้ายและขวา (LB และ RB) ซึ่งกำหนดขอบเขตของบริเวณ T-DNA ที่จะถูกถ่ายโอนเข้าไปในจีโนม ของพืช ลำดับขอบเหล่านี้ทำหน้าที่เป็นไซต์การจดจำสำหรับเอนไซม์เอนโดนิวคลีเอสของ Agrobacterium ซึ่งจะตัดและแยก DNA เพื่อให้สามารถถ่ายโอนเข้าไปในนิวเคลียสของเซลล์ พืช ได้[ 11 ]
- ภายในบริเวณ T-DNA มีองค์ประกอบการทำงานหลายอย่าง ประการแรก ประกอบด้วยยีนที่สนใจซึ่งเข้ารหัสโปรตีนการทำงานที่นักวิจัยมุ่งหวังที่จะนำเข้าสู่พืช ประการที่สอง ยีนที่สนใจจะถูกเชื่อมเข้ากับยีนรายงาน ซึ่งช่วยให้สามารถมองเห็นและวัดปริมาณการรวมยีนที่ประสบความสำเร็จในพืชได้ยีนรายงานที่ใช้อาจเป็น ยีน lac Z ของ E. coliซึ่งสร้างสีน้ำเงินเมื่อย้อมสี และ GFP (โปรตีนเรืองแสงสีเขียว) ซึ่งเรืองแสงภายใต้แสง UV [ 12 ]นอกจากนี้ยังมีการแนะนำโปรโมเตอร์ซึ่งขับเคลื่อนการแสดงออกของยีนที่สนใจภายในเซลล์พืช โปรโมเตอร์ที่ใช้กันทั่วไป ได้แก่ โปรโมเตอร์ CaMV 35S และโปรโมเตอร์ UBQ10 สำหรับการแสดงออกอย่างต่อเนื่อง[ 13 ]สุดท้าย ลำดับเทอร์มิเนเตอร์จะส่งสัญญาณสิ้นสุดการถอดรหัส ทำให้มั่นใจได้ว่ายีนจะถูกแสดงออกอย่างถูกต้องและสม่ำเสมอในเซลล์พืช[ 14 ]
- ภายใน T-DNA ยังมีเครื่องหมายคัดเลือก พืชอยู่ ด้วย เครื่องหมายนี้ช่วยให้สามารถคัดเลือกพืชที่ได้รวมยีนทรานส์และ T-DNA เข้ากับจีโนมนิวเคลียร์ของพวกมันได้สำเร็จ เมื่อพืชที่ได้รับการแปลงสภาพสัมผัสกับเครื่องหมาย เช่นสารกำจัดวัชพืช (เช่น ฟอสฟิโนทริซิน) หรือยาปฏิชีวนะ (เช่น คานามัยซิน) เฉพาะพืชที่ได้รวมยีนทรานส์และยีนเครื่องหมายคัดเลือกเข้าไปได้สำเร็จเท่านั้นที่จะมีชีวิตรอดและเจริญเติบโต เซลล์ใดๆ ที่ไม่ได้รวมยีนทรานส์เข้าไปจะไวต่อเครื่องหมายและจะไม่สามารถอยู่รอดได้ภายใต้สภาวะการคัดเลือก[ 15 ]
- เวกเตอร์ไบนารียังมีองค์ประกอบที่จำเป็นสำหรับการจำลองแบบและการคัดเลือกแบคทีเรียนอกเหนือจากบริเวณ T-DNA เครื่องหมายคัดเลือกแบคทีเรียช่วยให้สามารถคัดเลือก เซลล์ E. coliที่รับพลาสมิดไบนารีได้สำเร็จในระหว่างการโคลนนิ่งและการขยายจำนวน ตัวอย่างของเครื่องหมายคัดเลือกแบคทีเรีย ได้แก่ ยีนต้านทานยาปฏิชีวนะ เช่นแอมพิซิลลิน (AmpR) และคานามัยซิน (KanR) [ 15 ]
- เวกเตอร์ยังรวมถึงต้นกำเนิดการจำลองแบบสำหรับE. coliซึ่งทำให้มั่นใจได้ว่าพลาสมิดจะได้รับการจดจำโดยกลไกการจำลองแบบของแบคทีเรียและถูกจำลองแบบทุกครั้งที่ เซลล์ E. coliแบ่งตัว[ 16 ]นอกจากนี้ เวกเตอร์ไบนารียังมีต้นกำเนิดการจำลองแบบสำหรับAgrobacteriumซึ่งจำเป็นเพื่อให้แน่ใจว่าพลาสมิดสามารถจำลองแบบภายใน เซลล์ Agrobacterium ได้ หลังจากโคลนนิ่งและเพิ่มจำนวนในE. coliแล้ว พลาสมิดจะถูกถ่ายโอนไปยังAgrobacteriumเพื่อการเปลี่ยนแปลงพืช ต้นกำเนิดการจำลองแบบสำหรับAgrobacteriumทำให้มั่นใจได้ว่าพลาสมิดจะคงอยู่ และเมื่อ เซลล์ Agrobacteriumแบ่งตัว พลาสมิดก็จะพร้อมสำหรับการถ่ายโอน T-DNA ในระหว่างกระบวนการติดเชื้อของพืช[ 16 ]
การรวมกันของส่วนประกอบเหล่านี้ทำให้เวกเตอร์ไบนารีเป็นเครื่องมืออเนกประสงค์และมีประสิทธิภาพสำหรับการดัดแปลงพันธุกรรมพืช ช่วยให้นักวิจัยสามารถปรับเปลี่ยนและขยายพลาสมิดได้อย่างมีประสิทธิภาพในE. coliก่อนที่จะนำเข้าสู่Agrobacteriumเพื่อการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมของพืช
ตัวอย่างชุดเวกเตอร์ไบนารีแสดงไว้ด้านล่างนี้
| ชุด | เวกเตอร์ | ปี | หมายเลขการเข้าถึง GenBank | ขนาด (bp) | การจำลองตัวเองในแบคทีเรีย Agrobacterium | อ้างอิง |
|---|---|---|---|---|---|---|
| พีบีเอ็น | พีบีเอ็น19 | พ.ศ. 2527 | ยู09365 | 11777 | ใช่ | [ 17 ] |
| พีพีวีพี | พีพีซีพี200 | พ.ศ. 2537 | ยู10460 | 6741 | ใช่ | [ 18 ] |
| พีซีบี | พีซีบี301 | 1999 | AF139061 | 3574 | ใช่ | [ 19 ] |
| พีแคมเบีย | พีแคมเบีย-1300 | 2000 | AF234296 | 8958 | ใช่ | [ 20 ] |
| พีกรีน | พีกรีน0000 | 2000 | เอเจ007829 | 3228 | เลขที่ | [ 21 ] |
| พีแอลเอสยู | พีแอลเอสยู-1 | 2012 | HQ608521 | 4566 | ใช่ | [ 22 ] |
| พีแอลเอ็กซ์ | พีแอลเอ็กซ์-บี2 | 2017 | KY825137 | 3287 | ใช่ | [ 23 ] |
พลาสมิดช่วยไวรัส
พ ลาสมิดตัวช่วย virประกอบด้วย ยีน virที่มาจากพลาสมิด TiของAgrobacteriumยีนเหล่านี้เข้ารหัสโปรตีนหลายชนิดที่ตัดเวกเตอร์ไบนารีที่ลำดับขอบด้านซ้ายและด้านขวา และอำนวยความสะดวกในการถ่ายโอนและการรวม T-DNA เข้ากับเซลล์และจีโนมของพืชตามลำดับ[ 24 ]
มีการรายงานพลาสมิดช่วยvirหลายตัว[ 25 ]และ สายพันธุ์ Agrobacterium ทั่วไป ที่มี พลาสมิดช่วย virได้แก่:
- อีเอชเอ101
- อีเอชเอ105
- เอจีแอล-1
- แอลบีเอ4404
- จีวี2260
พลาสมิด Ti ดั้งเดิมของ Agrobacterium tumefaciens ประกอบด้วยทั้งบริเวณ T-DNA และยีน vir ที่จำเป็นสำหรับการประมวลผลและการถ่ายโอน T-DNA [ 26 ]พลาสมิดมีขนาดใหญ่และมักมีความยาวเกิน 200kb และมีโครงสร้างที่ซับซ้อน ทำให้เกิดความท้าทายในการจัดการทางพันธุกรรมและการโคลน[ 26 ] [ 27 ]เพื่อเอาชนะข้อจำกัดเหล่านี้ สามารถใช้พลาสมิดสองตัวแทนตัวเดียวได้ คือ เวกเตอร์ไบนารีและพลาสมิดช่วย vir [ 28 ] [ 29 ]
1) พลาสมิดเวกเตอร์ไบนารี : เวกเตอร์ขนาดเล็กที่มีขอบ T-DNA ล้อมรอบทรานส์ยีนที่สนใจและยีนเครื่องหมายที่เลือกได้สำหรับการคัดเลือกทั้งพืชและแบคทีเรีย[ 26 ] [ 28 ] [ 30 ]
2) พลาสมิดช่วย Vir : บรรจุยีนก่อโรคครบชุดแต่ไม่มีลำดับ T-DNA มีกลไกที่จำเป็นในการช่วยตัดและถ่ายโอน T-DNA ไม่ก่อให้เกิด DNA แปลกปลอมใดๆ ต่อจีโนมของพืช[ 26 ] [ 28 ] [ 27 ]
ข้อดีของการใช้พลาสมิดสองตัว
- ความเป็นโมดูลาร์ : เวกเตอร์หลายตัวที่บรรจุยีนที่สนใจต่างกันสามารถนำเข้าในสายพันธุ์ vir เดียวได้โดยไม่ต้องเปลี่ยนแปลงพลาสมิดตัวช่วย ซึ่งช่วยให้นักวิจัยสามารถออกแบบและจัดการบริเวณ T-DNA ได้อย่างอิสระโดยไม่ส่งผลกระทบต่อกลไกความรุนแรง [1,4] [ 26 ] [ 30 ]
- การสร้างแบบอิสระ : เนื่องจากยีนก่อโรค (vir) ถูกเก็บรักษาไว้ในพลาสมิดแยกต่างหาก นักวิจัยจึงสามารถแก้ไขแคสเซ็ต T-DNA ภายในเวกเตอร์ไบนารีได้อย่างอิสระโดยไม่กระทบต่อความสามารถในการแปลงสภาพ[ 26 ]
- การนำกลับมาใช้ใหม่ : สายพันธุ์ Agrobacterium เพียงสายพันธุ์เดียวที่มีพลาสมิด vir helper ที่เสถียร สามารถนำมาใช้เพื่อแนะนำเวกเตอร์ไบนารีได้หลากหลายชนิด ซึ่งช่วยขจัดความจำเป็นในการสร้างพลาสมิดทั้งหมดขึ้นใหม่สำหรับโครงสร้างทรานส์ยีนใหม่แต่ละอัน[ 29 ] [ 30 ]
- ประสิทธิภาพ : เวกเตอร์ขนาดเล็กสามารถช่วยเพิ่มประสิทธิภาพการแปลงและอำนวยความสะดวกในการใช้กลยุทธ์การโคลนนิ่ง[ 29 ] [ 31 ] [ 32 ]
- ขนาดเวกเตอร์ที่เล็กกว่า: เวกเตอร์ไบนารีซึ่งโดยทั่วไปมีขนาดประมาณ 10 ถึง 15 กิโลเบส มีขนาดเล็กกว่าพลาสมิด Ti จริงซึ่งมีขนาดประมาณ 200 กิโลเบสขึ้นไป ทำให้การโคลนและการขยายพันธุ์ในE. coliและAgrobacterium ง่ายขึ้นมาก [ 26 ] [ 29 ]
- ความแม่นยำในการโคลนที่ดีขึ้น : ความซับซ้อนที่ลดลงของเวกเตอร์ไบนารีช่วยลดโอกาสของการเกิดเหตุการณ์การรวมตัวใหม่หรือความไม่เสถียรของพลาสมิดระหว่างการขยายพันธุ์[ 31 ]
- อัตราการเปลี่ยนแปลงที่สูงขึ้น : เวกเตอร์ไบนารีสามารถปรับแต่งด้วยโปรโมเตอร์ที่แข็งแกร่งและเฉพาะเจาะจงต่อเนื้อเยื่อและทรานส์ยีนที่ปรับให้เหมาะสมกับโคดอน ส่งผลให้ประสิทธิภาพการแสดงออกและการรวมตัวในเนื้อเยื่อพืชเป้าหมายสูงขึ้น[ 29 ] [ 32 ]
การนำระบบไบนารี T-DNA สองพลาสมิดมาใช้ได้ปฏิวัติวิศวกรรมพันธุกรรมพืชโดยการปรับปรุงความยืดหยุ่นและประสิทธิภาพการแปลงสภาพ โดยการแยกแคสเซ็ตทรานส์ยีนออกจากกลไกความรุนแรง นักวิจัยสามารถทำการดัดแปลงพันธุกรรมได้อย่างแม่นยำ ข้อดีเหล่านี้ทำให้ระบบไบนารีเป็นระบบมาตรฐานสำหรับ การแปลงสภาพโดยใช้ Agrobacteriumทั้งในเชิงวิชาการและอุตสาหกรรม[ 26 ] [ 28 ] [ 29 ]
การพัฒนาเวกเตอร์ไบนารี T-DNA
เวกเตอร์ pBIN19 ได้รับการพัฒนาในช่วงทศวรรษ 1980 และเป็นหนึ่งในเวกเตอร์ไบนารีตัวแรกๆ ที่ใช้กันอย่างแพร่หลาย เวกเตอร์ pGreen ซึ่งได้รับการพัฒนาในปี 2000 เป็นเวกเตอร์ไบนารีรุ่นใหม่กว่าที่อนุญาตให้เลือกโปรโมเตอร์ เครื่องหมายคัดเลือก และยีนรายงาน คุณลักษณะเด่นอีกประการหนึ่งของ pGreen คือการลดขนาดลงอย่างมาก (จากประมาณ 11.7 กิโลเบส เหลือ 4.6 กิโลเบส) จาก pBIN19 จึงเพิ่มประสิทธิภาพการแปลงสภาพ[ 33 ]
นอกจากประสิทธิภาพการเปลี่ยนแปลงที่สูงขึ้นแล้ว pGreen ยังได้รับการออกแบบทางวิศวกรรมเพื่อให้มั่นใจถึงความสมบูรณ์ของการเปลี่ยนแปลง ทั้ง pBIN19 และ pGreen มักใช้เครื่องหมายคัดเลือกnptII เดียวกัน แต่ pBIN19 มีเครื่องหมายคัดเลือกอยู่ถัดจากขอบด้านขวา ในขณะที่ pGreen อยู่ใกล้กับขอบด้านซ้าย เนื่องจากความแตกต่างของขั้วในขอบด้านซ้ายและด้านขวา ขอบด้านขวาของ T-DNA จึงเข้าสู่พืชเจ้าบ้านก่อน หากเครื่องหมายคัดเลือกอยู่ใกล้กับขอบด้านขวา (เช่นเดียวกับกรณีของ pBIN19) และกระบวนการเปลี่ยนแปลงถูกขัดจังหวะ พืชที่ได้อาจมีการแสดงออกของเครื่องหมายคัดเลือกแต่ไม่มี T-DNA ทำให้เกิดผลบวกเท็จ เวกเตอร์ pGreen มีเครื่องหมายคัดเลือกเข้าสู่เจ้าบ้านเป็นลำดับสุดท้าย (เนื่องจากตำแหน่งที่อยู่ถัดจากขอบด้านซ้าย) ดังนั้นการแสดงออกของเครื่องหมายใดๆ จะส่งผลให้เกิดการรวมตัวของทรานส์ยีนอย่างสมบูรณ์[ 24 ]
เวกเตอร์ที่ใช้ pGreen เป็นพื้นฐานนั้นไม่สามารถจำลองตัวเองได้ และจะไม่สามารถจำลองตัวเองในAgrobacterium ได้ หากไม่มีpSoup เวกเตอร์ไบนารีขนาดเล็กหลายชนิดที่สามารถจำลองตัวเองได้โดยอัตโนมัติใน E. coliและAgrobacteriumได้แก่:
- pCB [ 19 ]
- pLSU [ 22 ]
- pLX [ 23 ]
การประยุกต์ใช้ระบบเวกเตอร์ไบนารีในวิศวกรรมพันธุกรรม
ระบบไบนารี T-DNA เป็นเครื่องมือสำคัญในการประยุกต์ใช้ในวิศวกรรมพันธุกรรมพืช คุณสมบัติที่หลากหลายทำให้สามารถส่งทรานส์ยีนไปยังพืชหลากหลายชนิดได้อย่างมีประสิทธิภาพ[ 26 ] [ 31 ]ด้วยแนวคิดนี้ มีพื้นที่การประยุกต์ใช้ที่สำคัญหลายแห่งซึ่งเป็นประโยชน์ต่อโลกแห่งความเป็นจริง
การสร้างพืชดัดแปลงพันธุกรรม
ระบบไบนารี T-DNA ถูกนำมาใช้เพื่อพัฒนาพืชดัดแปลงพันธุกรรม (GM)ที่มีคุณสมบัติที่ดีขึ้น[ 31 ] [ 28 ]
ข้าวโพดต้านทานแมลง
มีการใช้ระบบไบนารีเพื่อแทรกยีนพิษBacillus thuringiensis (Bt) เข้าไปในพืชผล ทำให้เกิดความต้านทานต่อศัตรูพืช [ 34 ]แต่สารพิษ เช่น Cry1Ac หรือ Cry2Ab มีความจำเพาะสูงต่อแมลงศัตรูพืชบางชนิด และไม่เป็นอันตรายต่อมนุษย์ แมลงที่เป็นประโยชน์ และสิ่งมีชีวิตอื่นๆ ที่ไม่ใช่เป้าหมาย[ 34 ] [ 35 ]
การกระทำและขั้นตอนของ Bt: [ 35 ] [ 36 ]
- แมลงกินผลึกและสปอร์ของ Bt ที่เกิดจากยีนดัดแปลงในจีโนมของพืช
- สารพิษจะจับกับตัวรับจำเพาะในจีโนม ทำให้แมลงหยุดกินอาหาร
- ผลึกดังกล่าวทำให้ผนังลำไส้แตกสลาย ส่งผลให้สปอร์และแบคทีเรียในลำไส้ปกติสามารถเข้าสู่ร่างกายได้
- แมลงตายลงเนื่องจากสปอร์และแบคทีเรียเจริญเติบโตในร่างกาย
ระบบไบนารี T-DNA ถูกนำมาใช้เพื่อแนะนำยีนหลายตัวเพื่อสร้างการสังเคราะห์โปรวิตามินเอในเอนโดสเปิร์มของข้าว เพื่อแก้ไขปัญหาการขาดวิตามินเอในประเทศกำลังพัฒนา[ 37 ] [ 38 ]การขาดวิตามินเอเป็นสาเหตุสำคัญของการตาบอดที่ป้องกันได้และเพิ่มความเสี่ยงต่อโรคติดเชื้อ เช่น ในเด็ก[ 38 ]ยีนpsyและcrtlถูกแทรกเข้าไปในบริเวณ T-DNA ของพลาสมิดไบนารีในจีโนมนิวเคลียร์ของข้าวและอยู่ภายใต้การควบคุมของโปรโมเตอร์เฉพาะเอนโดสเปิร์ม เพื่อให้ยีนเหล่านี้แสดงออกเฉพาะในเอนโดสเปิร์มเท่านั้น เพื่อให้แน่ใจว่ามีการแสดงออกในส่วนที่กินได้ของเมล็ดข้าว[ 37 ]สิ่งนี้แสดงให้เห็นถึงพลังของระบบไบนารี T-DNA ในการสร้างวิถีเมตาบอลิซึมที่ซับซ้อนในลักษณะเฉพาะของเนื้อเยื่อ[ 37 ]การใช้กลยุทธ์การแปลงสภาพสามารถนำมาใช้เพื่อผลิตพืชผลที่มีคุณค่าทางโภชนาการสูงขึ้น ซึ่งมีประโยชน์ต่อสุขภาพของประชาชนอย่างมาก[ 38 ] [ 39 ]ระบบไบนารี T-DNA ช่วยให้สามารถแทรกยีนที่สำคัญทางการเกษตรลงในจีโนมของพืชได้อย่างแม่นยำและเสถียร[ 26 ] [ 28 ]เทคโนโลยีนี้ได้มีส่วนช่วยอย่างมากต่อการเกษตรที่ยั่งยืน ความมั่นคงทางอาหาร และสุขภาพที่ดีขึ้น ผ่านการพัฒนาพืชที่ต้านทานแมลงและเสริมคุณค่าทางโภชนาการ[ 31 ] [ 28 ] [ 38 ]การประยุกต์ใช้งานจริงเน้นย้ำถึงความหลากหลายและผลกระทบของระบบไบนารีในฐานะส่วนประกอบพื้นฐานของวิศวกรรมพันธุกรรมบางส่วน[ 26 ] [ 31 ] [ 28 ]