แฮนค็อกได้รับการแต่งตั้งเป็นร้อยโทกิตติมศักดิ์ใน กรม ทหารราบที่ 6 ของสหรัฐฯและประจำการครั้งแรกในดินแดนอินเดียนใน หุบเขา แม่น้ำเรดริเวอร์ภูมิภาคนี้เงียบสงบในเวลานั้น และช่วงเวลาของแฮนค็อกที่นั่นก็ไม่มีเหตุการณ์ใดๆ เกิดขึ้น^{[ 8 ]}เมื่อเกิดสงครามกับเม็กซิโกในปี 1846 แฮนค็อกพยายามที่จะรักษาตำแหน่งของตนเองไว้ที่แนวหน้า^{[ 9 ]}ในตอนแรกเขาได้รับมอบหมายให้ทำหน้าที่เกณฑ์ทหารในเคนตักกี้เขาพิสูจน์ให้เห็นว่าเขามีความเชี่ยวชาญในการเกณฑ์ทหารมากจนผู้บังคับบัญชาของเขาไม่เต็มใจที่จะปล่อยเขาจากตำแหน่ง^{[ 10 ]}อย่างไรก็ตาม ในเดือนกรกฎาคม 1847 แฮนค็อกได้รับอนุญาตให้เข้าร่วมกรมทหารของเขาในปวยบลา เม็กซิโก ซึ่งพวกเขาเป็นส่วนหนึ่งของกองทัพที่นำโดยนายพล วินฟิลด์ สก็อตต์ผู้ซึ่งมีชื่อเดียวกับเขา^{[ 10 ]}

กองทัพของสก็อตเคลื่อนพลเข้าไปในแผ่นดินจากปวยบลาโดยไม่มีใครขัดขวาง และโจมตีเม็กซิโกซิตี้จากทางใต้ ในระหว่างการรบในปี 1847 แฮนค็อกได้เผชิญกับการสู้รบครั้งแรกที่คอนเตรราสและชูรูบุสโก [ ^{11 ] เขา}ได้รับการแต่งตั้งเป็นร้อยโทกิตติมศักดิ์เนื่องจากปฏิบัติหน้าที่อย่างกล้าหาญและมีคุณความดีในการรบเหล่านั้น^{[ 12 ]}แฮนค็อกได้รับบาดเจ็บที่หัวเข่าที่ชูรูบุสโกและมีไข้^{[ 13 ]}แม้ว่าเขาจะแข็งแรงพอที่จะเข้าร่วมกองทหารของเขาที่โมลิโนเดลเรย์ได้แต่ไข้ก็ทำให้แฮนค็อกไม่สามารถเข้าร่วมในการบุกทะลวงครั้งสุดท้ายไปยังเม็กซิโกซิตี้ซึ่งเป็นสิ่งที่เขาจะเสียใจไปตลอดชีวิต^{[ 14 ]}หลังจากการได้รับชัยชนะครั้งสุดท้าย แฮนค็อกยังคงอยู่ในเม็กซิโกกับกองทหารราบที่ 6 จนกระทั่ง มีการลงนามใน สนธิสัญญาสันติภาพในปี 1848 ^{[ 15 ]}

แฮนค็อกปฏิบัติหน้าที่ในหลายตำแหน่งในฐานะนายทหารฝ่ายเสบียงและนายทหารฝ่ายธุรการโดยส่วนใหญ่ประจำอยู่ที่ป้อมสเนลลิง รัฐมินนิโซตาและเซนต์หลุยส์ รัฐมิสซูรี [ ^{16 ] ที่}เซนต์หลุยส์นี่เองที่เขาได้พบกับอัลมิรา (“แอลลี”) รัสเซลล์ และทั้งคู่แต่งงานกันในวันที่ 24 มกราคม พ.ศ. 2393 ^{[ 17 ]}แอลลีให้กำเนิดบุตรสองคน คือ รัสเซลล์ในปี พ.ศ. 2393 และเอดาในปี พ.ศ. 2390 แต่บุตรทั้งสองเสียชีวิตก่อนบิดามารดา^{[ 18 ]}แฮนค็อกได้รับการเลื่อนตำแหน่งเป็นกัปตัน ในปี พ.ศ. 2398 และได้รับมอบหมายให้ประจำการที่ป้อมไมเออร์ส รัฐฟลอริดา^{[ 19 ]}ครอบครัวของแฮนค็อกได้ติดตามเขาไปยังที่ประจำการใหม่ ซึ่งแอลลี แฮนค็อกเป็นผู้หญิงเพียงคนเดียวในที่ประจำการนั้น^{[ 20 ]}

การปฏิบัติหน้าที่ของแฮนค็อกในฟลอริดาตรงกับช่วงสิ้นสุดสงครามเซมิโนลครั้งที่สามหน้าที่หลักของเขาคือนายทหารฝ่ายเสบียงและเขาไม่ได้เข้าร่วมการรบในสงครามครั้งนั้น^{[ 21 ]}เมื่อสถานการณ์ในฟลอริดาเริ่มสงบลง แฮนค็อกจึงถูกย้ายไปประจำการที่ป้อมเลเวนเวิร์ธรัฐแคนซัส[ ^{21 ] เขา}ปฏิบัติหน้าที่ในภาคตะวันตกในช่วงสงครามกองโจร " แคนซัสนองเลือด " และในดินแดนยูทาห์ซึ่งกองทหารราบที่ 6 เดินทางมาถึงหลังจากสงครามยูทาห์ [ ^{2 ] หลังจาก}ความขัดแย้งนั้นยุติลง แฮนค็อกก็ถูกประจำการในแคลิฟอร์เนีย ตอนใต้ ในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1858 ^{[ 22 ]}เขาอยู่ที่นั่นพร้อมกับแอลลีและลูกๆ จนกระทั่งสงครามกลางเมืองปะทุขึ้นในปี ค.ศ. 1861 โดยดำรงตำแหน่งกัปตันและผู้ช่วยนายทหารฝ่ายเสบียงภายใต้พลเอกอัลเบิร์ต ซิดนีย์ จอห์นสตันแห่ง ฝ่าย สัมพันธมิตร ในอนาคต ^{[ 13 ]}ในแคลิฟอร์เนีย แฮนค็อกได้เป็นเพื่อนกับนายทหารฝ่ายใต้หลายคน โดยเฉพาะอย่างยิ่งลูอิส เอ. อาร์มิสเตดจากรัฐเวอร์จิเนีย^{[ 23 ]}เมื่อสงครามกลางเมืองปะทุขึ้น อาร์มิสเตดและชาวใต้คนอื่นๆ ได้เดินทางไปเข้าร่วมกองทัพฝ่ายใต้ขณะที่แฮนค็อกยังคงรับใช้สหรัฐอเมริกา^{[ 24 ]}เมื่ออาร์มิสเตดจากไป เขาหันไปหาแฮนค็อกแล้วพูดว่า "คุณจะไม่มีวันรู้ว่าสิ่งนี้ทำให้ผมต้องเสียอะไรไปบ้าง แต่ลาก่อน ลาก่อน" ^{[ 25 ]}

แฮนค็อกกลับไปทางตะวันออกเพื่อเข้ารับหน้าที่เสนาธิการฝ่ายส่งกำลังบำรุงให้กับกองทัพสหภาพ ที่กำลังเติบโตอย่างรวดเร็ว แต่ได้รับการเลื่อนตำแหน่งเป็นพลตรี อย่างรวดเร็ว ในวันที่ 23 กันยายน พ.ศ. 2404 และได้รับ มอบหมายให้บัญชาการ กองพลทหารราบในกองทัพของพลตรีวิลเลียม เอฟ. "บัลดี" สมิธแห่งกองทัพโปโตแมค [ ^{13 ] เขา}ได้รับฉายา "สุดยอด" ^{[ 13 ]}ในการรบที่คาบสมุทรในปี พ.ศ. 2405 โดยนำการโจมตีโต้กลับที่สำคัญในการรบที่วิลเลียมส์เบิร์กผู้บัญชาการกองทัพพลตรีจอร์จ บี. แมคเคลแลนส่งโทรเลขไปยังวอชิงตันว่า "แฮนค็อกยอดเยี่ยมมากในวันนี้" และฉายานี้ก็ติดตัวเขามา^{[ 27 ]}อย่างไรก็ตาม แมคเคลแลนไม่ได้ดำเนินการตามความคิดริเริ่มของแฮนค็อก และกองกำลังฝ่ายสัมพันธมิตรได้รับอนุญาตให้ถอนตัวโดยไม่ถูกรบกวน^{[ 28 ]}

ในการรบที่แอนทิเอแทมแฮนค็อกเข้ารับตำแหน่งผู้บัญชาการกองพลที่ 1 กองทัพที่ 2หลังจากที่พลตรีอิสราเอล บี. ริชาร์ดสัน ได้รับบาดเจ็บสาหัส ในการสู้รบอันน่าสยดสยองที่ "บลัดดีเลน" แฮนค็อกและเจ้าหน้าที่ของเขาได้เข้าสู่สนามรบอย่างน่าทึ่ง โดยควบม้าไปมาระหว่างกองทหารของเขากับศัตรู ขนานไปกับถนนซันเคน^{[ 29 ]}ทหารของเขาคิดว่าแฮนค็อกจะสั่งการโจมตีโต้กลับใส่ฝ่ายสัมพันธมิตรที่อ่อนล้า แต่เขากลับได้รับคำสั่งจากแมคเคลแลนให้รักษาตำแหน่งของเขาไว้^{[ 30 ]}เขาได้รับการเลื่อนยศเป็นพลตรีอาสาสมัครเมื่อวันที่ 29 พฤศจิกายน พ.ศ. 2405 ^{[ 13 ]}เขาเป็นผู้นำกองพลของเขาในการโจมตีที่แมรีส์ไฮท์อย่างหายนะในการรบที่เฟรเดอริกส์เบิร์กในเดือนถัดมาและได้รับบาดเจ็บที่ท้อง ในการรบที่แชนเซลเลอร์วิลล์กองพลของเขาได้คุ้มกันการถอนกำลังของพลตรีโจเซฟ ฮุกเกอร์และแฮนค็อกก็ได้รับบาดเจ็บอีกครั้ง^{[ 31 ]}ผู้บัญชาการกองทัพของเขา พลตรีดาริอุส เอ็น. เคาช์ได้ย้ายออกจากกองทัพแห่งโปโตแมคเพื่อประท้วงการกระทำของฮุกเกอร์ในการรบ และแฮนค็อกจึงเข้ารับตำแหน่งผู้บัญชาการกองทัพที่ 2 ซึ่งเขาจะนำทัพจนกระทั่งก่อนสงครามจะสิ้นสุดลงไม่นาน^{[ 27 ]}

การปฏิบัติหน้าที่ที่มีชื่อเสียงที่สุดของแฮนค็อกคือการเป็นผู้บัญชาการกองทัพคนใหม่ในยุทธการเกตตีสเบิร์กระหว่างวันที่ 1 ถึง 3 กรกฎาคม พ.ศ. 2406 ^{[ 27 ]}หลังจากที่เพื่อนของเขา พลตรีจอห์น เอฟ. เรย์โนลด์ส ถูกสังหารในช่วงเช้าของวันที่ 1 กรกฎาคม พลตรีจอร์จ จี. มีด ผู้บัญชาการคนใหม่ของกองทัพโพโทแมค ได้ส่งแฮนค็อกไปข้างหน้าเพื่อรับคำสั่งของหน่วยต่างๆ ในสนามรบและประเมินสถานการณ์ ดังนั้นแฮนค็อกจึงรับคำสั่งชั่วคราวของ "ปีกซ้าย" ของกองทัพ ซึ่งประกอบด้วย กองทัพที่ 1 , 2, 3และ11นี่แสดงให้เห็นถึงความเชื่อมั่นอย่างสูงของมีดที่มีต่อเขา เพราะแฮนค็อกไม่ใช่เจ้าหน้าที่อาวุโสที่สุดของฝ่ายสหภาพในเกตตีสเบิร์กในขณะนั้น^{[ 32 ]}แฮนค็อกและผู้บัญชาการกองทัพที่ XI ที่มีอาวุโสกว่า พลตรีโอลิเวอร์ โอ. ฮาวาร์ดได้โต้เถียงกันสั้นๆ เกี่ยวกับการจัดกำลังบัญชาการนี้ แต่แฮนค็อกเป็นฝ่ายชนะ และเขาได้จัดระเบียบการป้องกันของฝ่ายสหภาพบนเนินสุสานขณะที่กองกำลังฝ่ายสัมพันธมิตรที่มีจำนวนมากกว่าผลักดันกองทัพที่ I และ XI กลับผ่านเมือง เขามีอำนาจจากมีดให้ถอนกำลัง ดังนั้นเขาจึงรับผิดชอบต่อการตัดสินใจที่จะยืนหยัดต่อสู้ที่เกตตีสเบิร์ก^{[ 33 ]}เมื่อสิ้นสุดการปฏิบัติการในวันนั้น พลตรีเฮนรี วอร์เนอร์ สโลคัมได้เดินทางมาถึงสนามรบและเข้ารับตำแหน่งบัญชาการจนกระทั่งพลเอกมีดมาถึงหลังเที่ยงคืน

ในวันที่ 2 กรกฎาคม กองทัพที่ 2 ของแฮนค็อกประจำการอยู่ที่Cemetery Ridgeซึ่งอยู่กึ่งกลางแนวรบของฝ่ายสหภาพ ในขณะที่พลเอกโรเบิร์ต อี. ลี แห่งฝ่ายสัมพันธมิตร ได้เปิดฉากโจมตีที่ปลายทั้งสองด้านของแนวรบ^{[ 34 ]}ทางด้านซ้ายของฝ่ายสหภาพ การโจมตีของ พลโทเจมส์ ลองสตรีทได้ทำลายกองทัพที่ 3 และแฮนค็อกได้ส่งกองพลที่ 1 ภายใต้การนำของพลจัตวาจอห์น ซี. คัลด์เวลล์เข้าไปเสริมกำลังฝ่ายสหภาพในทุ่งข้าวสาลีขณะที่กองทัพของพลโทเอพี ฮิลล์ยังคงโจมตีไปยังใจกลางของฝ่ายสหภาพ แฮนค็อกได้รวบรวมกำลังป้องกันและส่งหน่วยไปยังจุดสำคัญ^{[ 34 ]}ก่อนอื่น เขาได้ส่งกองพลน้อยที่ 3 ของกองพลที่ 3 ภายใต้การนำของพันเอกจอร์จ วิลลาร์ด เข้าสู่สมรภูมิเพื่อหยุดการรุกคืบของกองพลน้อยของพลจัตวา วิลเลียม บาร์กสเดล แห่งฝ่ายสัมพันธมิตร^{[ 35 ]}ในเหตุการณ์ที่มีชื่อเสียงครั้งหนึ่ง เขาได้เสียสละกองทหารราบอาสาสมัครมินนิโซตาที่ 1โดยสั่งให้กองทหารนี้รุกคืบและโจมตีกองพลของฝ่ายสัมพันธมิตรที่มีขนาดใหญ่กว่าถึงสี่เท่า ทำให้ทหารมินนิโซตาได้รับความสูญเสียถึง 87% ^{[ 36 ]}แม้ว่าการเสียสละครั้งนี้จะมีราคาแพง แต่ก็ช่วยให้มีเวลาจัดระเบียบแนวป้องกันและช่วยกอบกู้สถานการณ์ให้กับกองทัพสหภาพได้^{[ 36 ]}หลังจากปฏิบัติการทางด้านขวาของเขา เขาได้ส่งกองทหารราบอาสาสมัครเวอร์มอนต์ที่ 13แห่งกองทัพที่ 1 ซึ่งมาจากเนินสุสานเพื่อช่วยระงับวิกฤต ไปยึดปืนใหญ่บางส่วนที่ฝ่ายสัมพันธมิตรยึดไปและกำลังถอนกำลังออกไป ทหารเวอร์มอนต์ประสบความสำเร็จ^{[ 37 ]}หลังจากทำให้แนวรบของเขามั่นคงแล้ว เขาก็หันความสนใจไปที่เสียงการต่อสู้บนเนินสุสานตะวันออก ณ ที่นั้น เมื่อความมืดเริ่มปกคลุม ทหารฝ่ายสัมพันธมิตรจากกองพลของพลตรีจูบัล เออร์ลี ได้เข้าโจมตีป้อมปืนของฝ่ายสหภาพและต่อสู้กับพลปืนใหญ่แบบประชิดตัว^{[ 38 ]}แฮนค็อกได้ส่งกองพลน้อยที่หนึ่งของกองพลที่สามของเขา ภายใต้การนำของพันเอกซามูเอล เอส. แคร์โรลล์ เข้าสู่การต่อสู้^{[ 39 ]}กองพลน้อยนี้มีบทบาทสำคัญในการขับไล่ศัตรูออกจากป้อมปืนและส่งพวกเขากลับลงไปตามหน้าผาของเนินเขาสุสานตะวันออก

ในวันที่ 3 กรกฎาคม แฮนค็อกได้ป้องกันตำแหน่งของเขาบนสันเขาเซเมเทอรี และด้วยเหตุนี้จึงรับภาระหนักจาก การโจมตี ของพิกเก็ต [ ^{40 ] ใน}ระหว่างการระดมยิงปืนใหญ่ของฝ่ายสัมพันธมิตรอย่างหนักหน่วงที่เกิดขึ้นก่อนการโจมตีของทหารราบ แฮนค็อกได้ขี่ม้าอย่างโดดเด่น ตรวจแถวและให้กำลังใจทหารของเขา เมื่อผู้ใต้บังคับบัญชาคนหนึ่งประท้วงว่า "ท่านนายพล ผู้บัญชาการกองทัพไม่ควรเสี่ยงชีวิตแบบนั้น" แฮนค็อกกล่าวว่า "มีบางครั้งที่ชีวิตของผู้บัญชาการกองทัพไม่สำคัญ" ^{[ 41 ]}ในระหว่างการโจมตีของทหารราบ เพื่อนเก่าของเขาพลจัตวาลูอิส เอ. อาร์มิสเตดซึ่งขณะนั้นกำลังนำกองพลน้อยในกองพลของพลตรีจอร์จ พิกเก็ตได้รับบาดเจ็บและเสียชีวิตในอีกสองวันต่อมา แฮนค็อกไม่สามารถพบกับเพื่อนของเขาได้เพราะเขาเพิ่งได้รับบาดเจ็บเช่นกัน บาดแผลสาหัสเกิดจากกระสุนปืนที่พุ่งเข้าที่ส่วนหน้าของอานม้า เข้าไปในต้นขาขวาด้านในพร้อมกับเศษไม้และตะปูงอขนาดใหญ่^{[ 42 ]}ผู้ช่วยช่วยเขาลงจากม้า และ ใช้ สายรัดห้ามเลือดเพื่อหยุดเลือดไหล เขาถอดตะปูอานม้าออกเอง และด้วยความเข้าใจผิดเกี่ยวกับที่มาของตะปู จึงพูดอย่างประชดประชันว่า "พวกเขาคงขาดแคลนกระสุนแน่ๆ ถึงได้ยิงแบบนั้น" ^{[ 43 ]}ข่าวการบาดเจ็บสาหัสของอาร์มิสเตดถูกนำมาแจ้งให้แฮนค็อกทราบโดยร้อยเอกเฮนรี เอช. บิงแฮม สมาชิกในคณะทำงานของเขา แม้จะเจ็บปวด แต่แฮนค็อกก็ปฏิเสธการอพยพไปด้านหลังจนกว่าการรบจะยุติลง เขาเป็นแรงบันดาลใจให้กับกองทหารของเขาตลอดการรบสามวัน ต่อมาแฮนค็อกได้รับคำขอบคุณจากรัฐสภาสหรัฐฯสำหรับ "...  การมีส่วนร่วมที่กล้าหาญ มีคุณความดี และโดดเด่นของเขาในชัยชนะอันยิ่งใหญ่และเด็ดขาดนั้น" ^{[ 13 ]}

นักประวัติศาสตร์การทหารคนหนึ่งเขียนว่า "ไม่มีนายพลฝ่ายสหภาพคนใดที่เกตตีสเบิร์กที่ครอบงำผู้คนด้วยพลังแห่งการปรากฏตัวได้อย่างสมบูรณ์ยิ่งกว่าแฮนค็อก" ^{[ 27 ]}ดังที่อีกคนหนึ่งเขียนไว้ว่า "ทักษะทางยุทธวิธีของเขาทำให้เขาได้รับความชื่นชมอย่างรวดเร็วจากฝ่ายตรงข้ามที่รู้จักเขาในฐานะ 'สายฟ้าแห่งกองทัพโปโตแมค '" ^{[ 44 ]}

แฮนค็อกต้องทนทุกข์ทรมานจากบาดแผลที่เกตตีสเบิร์กตลอดช่วงที่เหลือของสงคราม^{[ 27 ]}หลังจากพักฟื้นที่นอร์ริสทาวน์ เขาได้ปฏิบัติหน้าที่รับสมัครทหารในช่วงฤดูหนาว และกลับมาบัญชาการกองทัพที่ 2 ในฤดูใบไม้ผลิสำหรับการรณรงค์โอเวอร์แลนด์ปี 1864 ของพลโท ยูลิสซีส เอส. แกรนต์แต่เขาก็ไม่สามารถกลับมาเคลื่อนไหวได้อย่างเต็มที่และมีพลังงานเหมือนวัยหนุ่มอีกครั้ง^{[ 45 ]}อย่างไรก็ตาม เขาทำผลงานได้ดีในการรบที่เดอะวิลเดอร์เนสและบัญชาการการโจมตีทะลวงแนวป้องกันที่สำคัญของมิวล์ชูที่ "มุมเลือด" ในการรบที่สปอตส์ซิลวาเนียคอร์ทเฮาส์เมื่อวันที่ 12 พฤษภาคม ทำลายกองกำลังป้องกันของฝ่ายสัมพันธมิตรที่อยู่ข้างหน้าเขา รวมถึงกองพลสโตนวอลล์ด้วย^{[ 46 ]} กองทัพของเขาประสบความสูญเสียอย่างมหาศาลระหว่างการโจมตีที่ไร้ผลซึ่ง แกรนต์สั่งการที่โคลด์ฮาร์เบอร์^{[ 47 ]}

หลังจากที่กองทัพของแกรนท์เคลื่อนผ่านกองทัพของลีเพื่อข้ามแม่น้ำเจมส์แฮนค็อกพบว่าตัวเองอยู่ในสถานการณ์ที่เขาอาจจะยุติสงครามได้ กองทัพของเขามาถึงเพื่อสนับสนุนการโจมตีของวิลเลียม ฟาร์รา สมิธ ต่อแนวป้องกัน ปีเตอร์สเบิร์ก ที่เบาบาง แต่เขาเชื่อฟังคำแนะนำของสมิธเพราะสมิธรู้จักพื้นที่และอยู่ในสนามรบมาทั้งวัน และไม่มีการโจมตีครั้งสำคัญใดๆ เกิดขึ้นก่อนที่แนวรบของฝ่ายสัมพันธมิตรจะได้รับการเสริมกำลัง โอกาสครั้งสำคัญครั้งหนึ่งของสงครามจึงสูญเสียไป^{[ 2 ]}หลังจากที่กองทัพของเขามีส่วนร่วมในการโจมตีที่ดีปบอตทอมแฮนค็อกได้รับการเลื่อนตำแหน่งเป็นพลตรีในกองทัพประจำการ มีผลตั้งแต่วันที่ 12 สิงหาคม พ.ศ. 2407 ^{[ 13 ]}

ความพ่ายแพ้ทางทหารครั้งสำคัญเพียงครั้งเดียวของแฮนค็อกเกิดขึ้นระหว่างการล้อมเมืองปีเตอร์สเบิร์กกองทัพที่ 2 ของเขาเคลื่อนทัพไปทางใต้ของเมืองตามแนวทางรถไฟวิลมิงตันและเวลดัน ทำให้ รางรถไฟเสียหาย ในวันที่ 25 สิงหาคม พลตรีเฮนรี เฮธ แห่งฝ่ายสัมพันธมิตร ได้โจมตีและยึดตำแหน่งที่ผิดพลาดของฝ่ายสหภาพที่สถานีรีมส์ทำให้กองทัพที่ 2 แตกพ่ายและจับเชลยศึกได้จำนวนมาก^{[ 48 ]}แม้ว่าจะได้รับชัยชนะในภายหลังที่แฮทเชอร์ส รันแต่ความอัปยศอดสูที่สถานีรีมส์ ประกอบกับผลกระทบที่ยังคงอยู่จากบาดแผลที่เกตตีสเบิร์ก ทำให้เขาตัดสินใจสละตำแหน่งผู้บัญชาการภาคสนามในเดือนพฤศจิกายน^{[ 49 ]}เขาออกจากกองทัพที่ 2 หลังจากหนึ่งปีที่กองทัพได้รับความสูญเสียกว่า 40,000 นาย แต่ก็ได้รับชัยชนะทางทหารที่สำคัญหลายครั้ง ภารกิจต่อไปของเขาคือการบัญชาการกองทัพทหารผ่านศึกที่ 1 ซึ่งเป็นกองทัพพิธีการ^{[ 49 ]}เขาดำเนินการรับสมัครทหารเพิ่มขึ้น บัญชาการกองกลาง และเข้ารับตำแหน่งแทนพลตรีฟิลิป เชอริแดน ในการบัญชาการกองกำลังใน หุบเขาเชนันโดอาที่สงบลงแล้ว^{[ 2 ]}เขาได้รับการเลื่อนยศเป็นพลตรีกิตติมศักดิ์ในกองทัพประจำการเนื่องจากปฏิบัติหน้าที่ที่สปอตส์ซิลวาเนีย มีผลตั้งแต่วันที่ 13 มีนาคม พ.ศ. 2408 ^{[ 13 ]}

เมื่อสงครามสิ้นสุดลง แฮนค็อกได้รับมอบหมายให้ดูแลการประหารชีวิตผู้สมรู้ร่วมคิดในการลอบสังหารประธานาธิบดีอับราฮัม ลินคอล์น [ ^{50 ] ลินคอล์น}ถูกลอบสังหารเมื่อวันที่ 14 เมษายน พ.ศ. 2408 และภายในวันที่ 9 พฤษภาคมของปีนั้น คณะกรรมการทหารได้ถูกเรียกประชุมเพื่อพิจารณาคดีผู้ถูกกล่าวหา^{[ 51 ]}จอห์น วิลค์ส บูธผู้ลอบสังหารตัวจริงเสียชีวิตไปแล้ว แต่การพิจารณาคดีของผู้สมรู้ร่วมคิดคนอื่นๆ ดำเนินไปอย่างรวดเร็ว ส่งผลให้มีการตัดสินลงโทษ ประธานาธิบดี แอน ดรูว์ จอห์นสันสั่งให้ดำเนินการประหารชีวิตในวันที่ 7 กรกฎาคม แม้ว่าเขาจะไม่เต็มใจที่จะประหารชีวิตผู้สมรู้ร่วมคิดบางคนที่ความผิดน้อยกว่า โดยเฉพาะแมรี ซูแรตต์ แฮนค็อกก็ปฏิบัติตามคำสั่งของเขา ต่อมาเขาเขียนว่า "ทหารทุกคนมีหน้าที่ต้องทำเช่นเดียวกับที่ผมทำภายใต้สถานการณ์ที่คล้ายคลึงกัน" ^{[ 52 ]}

หลังจากประหารชีวิต แฮนค็อกได้รับมอบหมายให้บัญชาการกองทหารภาคกลาง ที่จัดตั้งขึ้นใหม่ ซึ่งมีสำนักงานใหญ่อยู่ที่บัลติมอร์ [ ^{53 ] ใน}ปี พ.ศ. 2409 ตามคำแนะนำของแกรนต์ แฮนค็อกได้รับการเลื่อนตำแหน่งเป็นพลตรี และต่อมาในปีเดียวกันนั้น เขาได้ย้ายไปบัญชาการกองทหารภาคแห่งมิสซูรีซึ่งรวมถึงรัฐมิสซูรีและแคนซัสและดินแดนโคโลราโดและนิวเม็กซิโก [ ^{54 ]}แฮนค็อกรายงานตัวที่ป้อมเลเวนเวิร์ธ^รัฐแคนซัส และเข้ารับตำแหน่งใหม่ของเขา

หลังจากเดินทางมาถึงไม่นาน เขาได้รับมอบหมายจากนายพลเชอร์แมนให้เป็นผู้นำคณะสำรวจเพื่อเจรจากับชาวเชเยนน์และซูซึ่งความสัมพันธ์ของพวกเขาย่ำแย่ลงนับตั้งแต่การสังหารหมู่ที่แซนด์ครีก [ ^{55 ] การ}เจรจาเริ่มต้นได้ไม่ดีนัก และหลังจากที่แฮนค็อกสั่งให้เผาหมู่บ้านเชเยนน์ร้างในแคนซัสตอนกลาง ความสัมพันธ์ก็แย่ลงกว่าตอนที่คณะสำรวจเริ่มต้นเสียอีก^{[ 56 ]}

รายงานอย่างเป็นทางการที่ คณะกรรมการสันติภาพอินเดียเสนอต่อประธานาธิบดีพบว่าการกระทำของจอร์จ คัสเตอร์และผู้ใต้บังคับบัญชาคนอื่นๆ หลังจากที่แฮนค็อกเดินทางมาถึง นำไปสู่การยุยงให้ชนพื้นเมืองอเมริกันตอบโต้ด้วยความรุนแรง:

จากนั้นจึงมีคำสั่งให้ล้อมหมู่บ้านและจับกุมชาวอินเดียนแดงที่เหลืออยู่ คำสั่งนั้นได้รับการปฏิบัติตาม แต่หัวหน้าเผ่าและนักรบได้จากไปแล้ว บุคคลที่พบมีเพียงชายชราเผ่าซูและเด็กหญิงปัญญาอ่อนอายุแปดหรือเก้าขวบ ต่อมาปรากฏว่าเด็กหญิงคนนี้ถูกล่วงละเมิดทางเพศ และเสียชีวิตในเวลาต่อมา ชาวอินเดียนแดงได้จากไปแล้ว และข่าวลือแพร่กระจายว่าเธอถูกจับเป็นเชลยอยู่ท่ามกลางพวกเขา และพวกเขาได้กระทำการอันโหดร้ายนี้ก่อนจากไป ชาวอินเดียนแดงกล่าวว่าเธอเป็นเด็กหญิงชาวเชเยนน์ปัญญาอ่อนที่ถูกลืมไว้ในความสับสนวุ่นวายของการหลบหนี และหากถูกล่วงละเมิดทางเพศ ก็ไม่ใช่ฝีมือของพวกเขา

เช้าวันต่อมา นายพลคัสเตอร์ได้รับคำสั่งให้เริ่มไล่ล่าชาวอินเดียนแดงพร้อมกับกองทหารม้าของเขา และปฏิบัติการอันยากลำบากและยากลำบากอย่างยิ่ง โดยเดินทางผ่านพื้นที่กว้างใหญ่ไพศาล แต่ก็ไม่พบชาวอินเดียนแดงที่เป็นศัตรู เมื่อชาวอินเดียนแดงที่กำลังหนีไปถึงเนินเขาสโมกี้ พวกเขาก็ทำลายสถานีแห่งหนึ่งและฆ่าคนไปหลายคน เมื่อผู้ส่งสารนำข่าวนี้ไปแจ้งให้นายพลแฮนค็อกทราบ เขาก็สั่งให้เผาหมู่บ้านของชาวอินเดียนแดงซึ่งมีกระท่อมประมาณ 300 หลัง พร้อมกับทรัพย์สินทั้งหมดของชนเผ่าทันที

ในเวลานั้น ชาวอินเดียนแดงกลายเป็นผู้กระทำผิดกฎหมาย ไม่ใช่แค่ชาวเชเยนน์และซูเท่านั้น แต่รวมถึงชนเผ่าทั้งหมดบนที่ราบด้วย หัวหน้าบริษัทขนส่งด่วนชื่อคอตเทรลล์ ได้ออกคำสั่งเวียนไปยังตัวแทนและพนักงานของบริษัทด้วยถ้อยคำดังนี้: "ห้ามติดต่อสื่อสารกับชาวอินเดียนแดงโดยเด็ดขาด หากชาวอินเดียนแดงเข้ามาในระยะยิง ให้ยิงพวกเขา อย่าแสดงความเมตตาต่อพวกเขา เพราะพวกเขาจะไม่แสดงความเมตตาต่อคุณเช่นกัน" เหตุการณ์นี้เกิดขึ้นในดินแดนของชาวอินเดียนแดง เขากล่าวปิดท้ายว่า "นายพลแฮนค็อกจะปกป้องคุณและทรัพย์สินของเรา"

ดูเหมือนว่าแม้แต่พลเอกแฮนค็อกเองก็ยังสงสัยว่ามีสงครามเกิดขึ้นก่อนหน้านั้นหรือไม่ แต่หลังจากวันนั้นเป็นต้นมา ไม่มีใครสงสัยในเรื่องนี้อีกเลย ชนพื้นเมืองอินเดียนแดงตื่นตัวเต็มที่ และไม่เคยมีสงครามใดที่พวกเขาก่อขึ้นอย่างเด็ดเดี่ยวเท่านี้มาก่อน หลักฐานที่รวบรวมได้แสดงให้เห็นว่าเราสูญเสียทหารไปจำนวนมาก นอกเหนือจากผู้ตั้งถิ่นฐานจำนวนมากที่ชายแดน ขบวนขนส่งที่มีค่าที่สุดซึ่งเป็นของบุคคลทั่วไปและของรัฐบาล รวมถึงขบวนขนส่งกระสุนของรัฐบาล ถูกพวกทหารม้าป่าเหล่านั้นยึดไป สถานีต่างๆ ถูกทำลาย ม้าและล่อหลายร้อยตัวถูกยึดไป และพบว่าอยู่ในครอบครองของพวกเขาเมื่อเราพบพวกเขาในการประชุม ในขณะที่เราต้องเชื่อว่าความสูญเสียทั้งหมดของพวกเขานับตั้งแต่หมู่บ้านของพวกเขาถูกเผา มีเพียงแค่ชายหกคนที่เสียชีวิตเท่านั้น

จะเห็นได้ว่าชาวคิโอวาและโคแมนเชปฏิเสธคำกล่าวของโจนส์ในทุกประเด็น พวกเขากล่าวว่าไม่มีกองกำลังรบใดเข้ามาในช่วงเวลาดังกล่าว หรือในช่วงเวลาอื่นใดหลังจากสนธิสัญญาปี 1865 พวกเขาปฏิเสธว่าไม่ได้ฆ่าทหารผิวดำ และยืนยันอย่างหนักแน่นว่าไม่เคยมีชาวอินเดียนแดงคนใดเคยถลกหนังศีรษะคนผิวดำมาก่อน คำกล่าวหลังนี้ได้รับการยืนยันจากทุกเผ่าและจากบุคคลที่รู้จักวิถีชีวิตของพวกเขา และบันทึกของสำนักงานนายพลผู้ช่วยก็ไม่แสดงให้เห็นถึงการสูญเสียทหารผิวดำ 17 นาย หรือทหารคนใดเลย พวกเขาปฏิเสธว่าไม่ได้ปล้นโจนส์หรือดูหมิ่นเพจหรือแทปปัน คำให้การของแทปปันถูกบันทึกไว้ ซึ่งเขากล่าวว่าคำกล่าวทั้งหมดของโจนส์เป็นเท็จ และประกาศว่าทั้งเขาและเพจได้แจ้งให้พันตรีดักลาสทราบภายในไม่กี่วันหลังจากที่โจนส์ให้การเป็นลายลักษณ์อักษร เราได้บันทึกคำให้การของพันตรีดักลาส ซึ่งเขายอมรับว่าคำกล่าวของแทปปันถูกต้อง แต่ด้วยเหตุผลบางอย่างที่อธิบายไม่ได้ เขากลับไม่แจ้งการแก้ไขนั้นให้พลเอกแฮนค็อกทราบ คำขู่ที่จะยึดม้าและโจมตีป้อมปราการบนแม่น้ำอาร์คันซอเป็นการพูดเล่นเพื่อโอ้อวด และไม่มีใครที่อยู่ในเหตุการณ์ในขณะนั้นเข้าใจว่ามันมีความสำคัญแม้แต่น้อย กรณีของครอบครัวบ็อกซ์ได้อธิบายไปแล้ว และนี่เป็นการสรุปกรณีของชนเผ่าคิโอวาและโคแมนเช ซึ่งได้รับการยกเว้นความผิดจากคำให้การที่เป็นเอกฉันท์ของทุกชนเผ่าจากการมีส่วนร่วมใดๆ ในเหตุการณ์ความวุ่นวายที่ผ่านมา

ชาวเชเยนยอมรับว่าชายหนุ่มคนหนึ่งของพวกเขาได้ฆ่าชาวนิวเม็กซิกันคนหนึ่งที่ป้อมซาราห์ ในระหว่างการทะเลาะวิวาทส่วนตัว โดยที่ทั้งสองฝ่ายเมาสุรา เหตุการณ์เช่นนี้เกิดขึ้นบ่อยครั้งในหมู่คนผิวขาวบนที่ราบ จนชาวอินเดียนแดงผู้ไร้ความรู้ อาจได้รับการให้อภัยหากกระทำไปเพื่อแสดงให้เห็นถึงความก้าวหน้าทางอารยธรรมของพวกเขา ชาวอินเดียนแดงอ้างว่าชาวสเปนเป็นฝ่ายผิด และยังประท้วงต่อไปอีกว่าไม่มีการเรียกร้องให้ส่งตัวชาวอินเดียนแดงคนนั้นเลย

ชาวอาราปาโฮยอมรับว่า กลุ่มชายหนุ่มของพวกเขา พร้อมด้วยนักรบหนุ่มชาวเชเยนน์สามคน ซึ่งกำลังเดินทางกลับจากการรบกับชาวอูท ได้โจมตีขบวนคาราวานของนายเวดเดลล์แห่งนิวเม็กซิโก ในเดือนมีนาคม และพวกเขากำลังรวบรวมปศุสัตว์อยู่เมื่อสงครามเริ่มต้นขึ้น

แม้ว่าการเล่าเรื่องนี้อาจจะน่าเบื่อ แต่ก็คิดว่าจำเป็นเพื่อป้องกันอนาคตจากความผิดพลาดในอดีต เราจะไม่ลดความระมัดระวังของทหารในดินแดนอินเดียนแดง แต่เราจะเตือนพวกเขาถึงการกระทำของผู้เห็นแก่ตัวและไร้หลักการ ซึ่งจำเป็นต้องได้รับการจับตาดูเช่นเดียวกับชาวอินเดียนแดง ต้นกำเนิดและความคืบหน้าของสงครามนี้เกิดขึ้นซ้ำแล้วซ้ำเล่าในสงครามอินเดียนแดงเกือบทุกครั้ง ประวัติศาสตร์ของสงครามหนึ่งครั้งก็เพียงพอสำหรับสงครามอื่นๆ อีกมากมาย

เราไม่ได้ต้องการตำหนิพลเอกแฮนค็อก [เน้นคำ] ที่จัดตั้งกองกำลังนี้ขึ้นมา ท่านเพิ่งเข้ารับตำแหน่ง และสถานการณ์ต่างๆ ถูกจัดฉากขึ้นอย่างแยบยลเพื่อหลอกลวงท่าน การรับใช้ชาติอันโดดเด่นของท่านในอีกด้านหนึ่ง ทำให้ท่านมีเวลาเพียงเล็กน้อยในการทำความคุ้นเคยกับสาเหตุทั้งทางตรงและทางอ้อมที่ก่อให้เกิดปัญหาเหล่านี้ หากท่านทำผิดพลาด ท่านก็สามารถโยนความรับผิดชอบส่วนหนึ่งไปให้ผู้อื่นได้ ไม่ใช่แค่ผู้บังคับบัญชาระดับล่างที่ถูกผู้อื่นหลอกลวงเท่านั้น แต่รวมถึงผู้ที่สามารถป้องกันความผิดพลาดได้แต่กลับไม่ทำ เรามีสนธิสัญญากับชนพื้นเมืองอินเดียนหลายร้อยฉบับ และมีฐานทัพตั้งอยู่ทั่วทุกหนแห่งในเขตสงวนของพวกเขา นับตั้งแต่ปี 1837 สนธิสัญญาเหล่านี้ไม่ได้ถูกรวบรวมไว้ และเมื่อมีการประกาศสนธิสัญญาแล้ว ก็ไม่มีการจัดเตรียมเอกสารใดๆ ให้กับผู้บัญชาการของฐานทัพ กรม หรือกองต่างๆ นี่เป็นความผิดของรัฐสภา

^{[ 57 ]}

ช่วงเวลาที่แฮนค็อกอยู่ในภาคตะวันตกนั้นสั้นมาก ประธานาธิบดีจอห์นสันไม่พอใจกับวิธีการที่นายพลพรรครีพับลิกันปกครองภาคใต้ในช่วงการฟื้นฟูจึงมองหาคนมาแทนที่พวกเขา^{[ 58 ]}นายพลที่ทำให้จอห์นสันไม่พอใจมากที่สุดคือฟิลิป เชอริแดนและในไม่ช้าจอห์นสันก็สั่งให้นายพลแกรนต์สลับตำแหน่งของแฮนค็อกและเชอริแดน โดยเชื่อว่าแฮนค็อกซึ่งเป็นพรรคเดโมแครตจะปกครองในรูปแบบที่จอห์นสันชอบมากกว่า^{[ 59 ]}แม้ว่าทั้งสองคนจะไม่พอใจกับการเปลี่ยนแปลงนี้ แต่เชอริแดนก็ไปรายงานตัวที่ป้อมเลเวนเวิร์ธ และแฮนค็อกไปที่นิวออร์ลีนส์^{[ 59 ]}

ภารกิจใหม่ของแฮนค็อกทำให้เขารับผิดชอบเขตทหารที่ห้าซึ่งครอบคลุมรัฐเท็กซัสและหลุยเซียน่า เกือบจะในทันทีที่มาถึง แฮนค็อกก็เอาใจประชากรผิวขาวที่สนับสนุนการแยกตัวโดยการออกคำสั่งทั่วไปหมายเลข 40 เมื่อวันที่ 29 พฤศจิกายน พ.ศ. 2410 ในคำสั่งนั้น ซึ่งเขียนขึ้นขณะเดินทางไปนิวออร์ลีนส์ แฮนค็อกได้แสดงความรู้สึกสนับสนุนนโยบายของประธานาธิบดีจอห์นสัน โดยเขียนว่าหากผู้อยู่อาศัยในเขตนั้นประพฤติตนอย่างสงบสุขและเจ้าหน้าที่พลเรือนปฏิบัติหน้าที่ของตนแล้ว "อำนาจทางทหารควรยุติการนำ และการบริหารพลเรือนควรกลับมามีอำนาจตามธรรมชาติและโดยชอบธรรม" ^{[ 60 ]}คำสั่งดังกล่าวยังกล่าวต่อไปว่า:

หลักการสำคัญของเสรีภาพของชาวอเมริกันยังคงเป็นมรดกอันชอบธรรมของประชาชนกลุ่มนี้ และควรจะเป็นเช่นนั้นตลอดไป สิทธิในการพิจารณาคดีโดยคณะลูกขุน สิทธิในการยื่นคำร้องขอปล่อยตัวผู้ถูกคุมขัง เสรีภาพของสื่อ เสรีภาพในการพูด สิทธิตามธรรมชาติของบุคคล และสิทธิในทรัพย์สินจะต้องได้รับการรักษาไว้ สถาบันเสรี แม้ว่าจะเป็นสิ่งจำเป็นต่อความเจริญรุ่งเรืองและความสุขของประชาชน ก็ยังเป็นแรงจูงใจที่แข็งแกร่งที่สุดในการรักษาความสงบเรียบร้อย^{[ 61 ]}

คำสั่งของแฮนค็อกกระตุ้นให้พรรคเดโมแครตผิวขาวทั่วภาคใต้ที่หวังจะกลับไปสู่การปกครองโดยพลเรือนได้เร็วขึ้น แต่ทำให้คนผิวดำและพรรครีพับลิกันในภาคใต้ไม่สบายใจ เพราะเกรงว่าจะกลับไปสู่วิถีแบบก่อนสงครามกลางเมืองที่การครอบงำของคนผิวขาวแบบดั้งเดิมจะกลับคืนมา^{[ 62 ]}

คำสั่งทั่วไปหมายเลข 40 ของแฮนค็อกถูกประณามอย่างรวดเร็วโดยพรรครีพับลิกันในวอชิงตัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งโดยกลุ่มหัวรุนแรงในขณะที่ประธานาธิบดีจอห์นสันอนุมัติอย่างเต็มที่^{[ 63 ]}แฮนค็อกไม่สนใจสถานการณ์ในวอชิงตัน และลงมือปฏิบัติคำพูดของเขาในไม่ช้า โดยปฏิเสธคำขอของนักการเมืองพรรครีพับลิกันในท้องถิ่นที่ต้องการให้เขาใช้อำนาจเพื่อล้มล้างการเลือกตั้งและคำพิพากษาของศาล พร้อมทั้งแจ้งให้ทราบว่าการก่อจลาจลอย่างเปิดเผยจะถูกปราบปราม^{[ 63 ]}ความนิยมของแฮนค็อกภายในพรรคเดโมแครตเพิ่มขึ้นจนถึงขั้นที่เขาถูกพิจารณาว่าเป็นผู้ได้รับการเสนอชื่อเป็นประธานาธิบดีของพรรคนั้นในการเลือกตั้งปี 1868 [ ^{64 ] แม้ว่า}แฮนค็อกจะได้รับผู้แทนจำนวนมากในการประชุมปี 1868 แต่โอกาสในการเป็นประธานาธิบดีของเขาก็ไม่สำเร็จ ถึงกระนั้น เขาก็ได้รับการระบุว่าเป็นบุคคลหายากในทางการเมือง นั่นคือ ผู้ที่เชื่อในหลักการของพรรคเดโมแครตเกี่ยวกับสิทธิของรัฐและรัฐบาลที่มีอำนาจจำกัด แต่ความรู้สึกต่อต้านการแยกตัวของเขานั้นไม่อาจโต้แย้งได้^{[ 65 ]}

หลังจาก ชัยชนะในการเลือกตั้งประธานาธิบดี ของนายพลแกรนต์ในปี 1868 พรรครีพับลิกันก็มีอำนาจควบคุมวอชิงตันอย่างมั่นคง ส่งผลให้แฮนค็อกถูกย้ายจากภารกิจสำคัญในการฟื้นฟูภาคใต้ไปสู่ภารกิจที่ค่อนข้างเงียบสงบอย่างกรมดาโกตา [ ^{66 ] กรม}นี้ครอบคลุมมินนิโซตามอนแทนาและดาโกตาเช่นเดียวกับในกองบัญชาการภาคตะวันตกก่อนหน้านี้ แฮนค็อกเริ่มต้นด้วยการประชุมหัวหน้าเผ่าอินเดียนแดง แต่ครั้งนี้ประสบความสำเร็จมากกว่าในการสร้างเจตนารมณ์ที่สันติ^{[ 67 ]}อย่างไรก็ตาม ความสัมพันธ์กลับแย่ลงในปี 1870 เมื่อกองทัพได้ทำการสังหารหมู่ชาวแบล็กฟีต [ 68 ] ความสัมพันธ์กับชาวซูว์ก็ตึงเครียดขึ้นเช่นกันอันเป็นผลมาจากการรุกรานของชาวผิวขาวเข้าไปในแบล็กฮิล^{ส์ซึ่งเป็นการ}ละเมิดสนธิสัญญาฟอร์ตลารามี^{[ 69 ]}

ระหว่างการเดินทางครั้งนี้ แฮนค็อกมีโอกาสได้มีส่วนร่วมในการสร้างอุทยานแห่งชาติเยลโลว์สโตนในเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1870 เขาได้สั่งให้กองทหารม้าที่ 2 ที่ป้อมเอลลิสจัดกำลังคุ้มกันทางทหารสำหรับการสำรวจภูมิภาคเยลโลว์สโตนที่วางแผนไว้ของนายพลเฮนรี ดี. วอชเบิร์นการเดินทางครั้งนี้ซึ่งเป็นแรงผลักดันสำคัญในการสร้างอุทยาน กลายเป็นที่รู้จักในชื่อการเดินทางวอชเบิร์น-แลงฟอร์ด-โดนคำสั่งของแฮนค็อกนำไปสู่การมอบหมายให้ร้อยโทกุสตาวัส เชย์นีย์ โดนและทหารม้า 5 นายจากป้อมเอลลิสคุ้มกันการเดินทาง ในปี ค.ศ. 1871 กัปตันจอห์น ดับเบิลยู. บาร์โลว์ระหว่างการสำรวจภูมิภาคเยลโลว์สโตน ได้ตั้งชื่อยอดเขาบนพื้นที่ซึ่งต่อมาจะกลายเป็นเขตแดนทางใต้ของอุทยานว่า ภูเขาแฮนค็อกเพื่อเป็นเกียรติแก่การตัดสินใจของนายพลในการจัดกำลังคุ้มกัน^{[ 70 ]}

ในปี พ.ศ. 2415 นายพลมีดเสียชีวิต ทำให้แฮนค็อกเป็นนายพลตรีอาวุโสที่สุดของกองทัพ ซึ่งทำให้เขามีสิทธิ์ได้รับตำแหน่งบัญชาการที่สำคัญยิ่งขึ้น และประธานาธิบดีแกรนต์ยังคงต้องการให้แฮนค็อกอยู่ห่างจากตำแหน่งทางใต้ จึงมอบหมายให้เขาบัญชาการกองพลแอตแลนติกซึ่งมีสำนักงานใหญ่อยู่ที่ป้อมโคลัมบัสบนเกาะกอฟเวอร์เนอร์สในนครนิวยอร์ก^{[ 71 ]}กองพลขนาดใหญ่นี้ครอบคลุมพื้นที่ทางตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศที่มีผู้คนอาศัยอยู่ และไม่มีเหตุการณ์ทางทหารใดๆ เกิดขึ้น ยกเว้นการมีส่วนร่วมของกองทัพในการนัดหยุดงานรถไฟครั้งใหญ่ในปี พ.ศ. 2420เมื่อคนงานรถไฟนัดหยุดงานเพื่อประท้วงการลดค่าจ้าง ระบบขนส่งของประเทศก็เป็นอัมพาต ผู้ว่าการรัฐเพนซิลเวเนีย เวสต์เวอร์จิเนีย และแมริแลนด์ ขอให้ประธานาธิบดีเฮย์สเรียกกองกำลังของรัฐบาลกลางเข้ามาเพื่อเปิดทางรถไฟอีกครั้ง เมื่อกองกำลังของรัฐบาลกลางเข้ามาในเมือง ผู้ประท้วงส่วนใหญ่ก็สลายตัวไป แต่ก็มีการปะทะกันอย่างรุนแรงบ้าง^{[ 72 ]}

ตลอดเวลาที่แฮนค็อกประจำการอยู่ในนิวยอร์ก เขาพยายามอย่างเต็มที่ที่จะรักษาความทะเยอทะยานทางการเมืองของเขาไว้ เขาได้รับคะแนนเสียงบ้างในการประชุมพรรคเดโมแครตในปี 1876 แต่ก็ไม่เคยเป็นผู้ท้าชิงที่จริงจัง เนื่องจาก ซามูเอล เจ. ทิลเดนผู้ว่าการรัฐนิวยอร์กกวาดคะแนนเสียงทั้งหมดในการลงคะแนนรอบที่สอง^{[ 73 ]} รั ทเธอร์ฟอร์ด บี. เฮย์สผู้สมัคร จากพรรครีพับ ลิกัน ชนะการเลือกตั้ง และแฮนค็อกก็มุ่งเป้าความทะเยอทะยานของเขาไปที่ปี 1880 วิกฤตการณ์การเลือกตั้งในปี 1876 และการสิ้นสุดของการฟื้นฟูในปี 1877 ทำให้ผู้สังเกตการณ์หลายคนเชื่อว่าการเลือกตั้งในปี 1880 จะทำให้พรรคเดโมแครตมีโอกาสชนะมากที่สุดในรอบหนึ่งชั่วอายุคน^{[ 74 ]}

ก่อนปี 1880 ชื่อของแฮนค็อกได้รับการเสนอชื่อหลายครั้งสำหรับการเสนอชื่อเป็นตัวแทนพรรคเดโมแครตเพื่อชิงตำแหน่งประธานาธิบดี แต่เขาไม่เคยได้รับเสียงข้างมากจากผู้แทน อย่างไรก็ตาม ในปี 1880 โอกาสของแฮนค็อกดีขึ้น ประธานาธิบดีเฮย์สได้สัญญาว่าจะไม่ลงสมัครรับเลือกตั้งเป็นสมัยที่สอง และทิลเดน ผู้ได้รับการเสนอชื่อจากพรรคเดโมแครตก่อนหน้านี้ ปฏิเสธที่จะลงสมัครอีกครั้งเนื่องจากสุขภาพไม่ดี^{[ 75 ]}แฮนค็อกต้องเผชิญกับคู่แข่งหลายคนในการเสนอชื่อ รวมถึงโทมัส เอ. เฮนดริกส์อัลเลน จี. เธอร์แมน สตีเฟน จอห์นสัน ฟิลด์และโทมัส เอฟ. เบย์อาร์ดความเป็นกลางของแฮนค็อกในประเด็นทางการเงินและการสนับสนุนที่ยังคงอยู่ของเขาในภาคใต้ (เนื่องจากคำสั่งทั่วไปหมายเลข 40 ของเขา) หมายความว่าแฮนค็อกได้รับการสนับสนุนทั่วประเทศมากกว่าผู้สมัครคนอื่นๆ^{[ 76 ]}เมื่อการประชุมใหญ่ของพรรคเดโมแครตจัดขึ้นที่ซินซินเนติในเดือนมิถุนายน 1880 แฮนค็อกนำในการลงคะแนนรอบแรก แต่ไม่ได้รับเสียงข้างมาก^{[ 77 ]}ในการลงคะแนนรอบที่สอง แฮนค็อกได้รับคะแนนเสียงสองในสามตามที่กำหนด และวิลเลียม เฮย์เดน อิงลิชจากรัฐอินเดียนาได้รับเลือกให้เป็นคู่หูในการลงสมัครรับเลือกตั้ง^{[ 78 ] [ 79 ]}

พรรครีพับลิกันเสนอชื่อเจมส์ เอ. การ์ฟิลด์สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจากโอไฮโอและนักการเมืองที่มีความสามารถ รวมทั้งอดีตนายพลจากสงครามกลางเมือง แฮนค็อกและพรรคเดโมแครตคาดว่าจะได้คะแนนเสียงจากภาคใต้ที่มั่นคงแต่จำเป็นต้องได้คะแนนเสียงจากรัฐทางเหนืออีกเล็กน้อยเพื่อชนะการเลือกตั้ง ความแตกต่างในทางปฏิบัติระหว่างพรรคมีน้อย และพรรครีพับลิกันลังเลที่จะโจมตีแฮนค็อกเป็นการส่วนตัวเนื่องจากชื่อเสียงด้านความกล้าหาญของเขา^{[ 80 ]} ความ แตกต่างทางนโยบายเพียงอย่างเดียวที่พรรครีพับลิกันสามารถใช้ประโยชน์ได้คือข้อความในนโยบายของพรรคเดโมแครตที่สนับสนุน " ภาษีศุลกากรเพื่อรายได้เท่านั้น" ^{[ 81 ]}ผู้รณรงค์หาเสียงของการ์ฟิลด์ใช้ข้อความนี้เพื่อวาดภาพพรรคเดโมแครตว่าไม่เห็นอกเห็นใจต่อชะตากรรมของแรงงานอุตสาหกรรม ซึ่งเป็นกลุ่มที่จะได้รับประโยชน์จากภาษีศุลกากรคุ้มครองที่สูง ประเด็นภาษีศุลกากรทำให้การสนับสนุนพรรคเดโมแครตในรัฐอุตสาหกรรมทางเหนือลดลง ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญในการสร้างเสียงข้างมากของพรรคเดโมแครต^{[ 82 ]}ในที่สุด พรรคเดโมแครตและแฮนค็อกก็ไม่สามารถชนะรัฐทางเหนือใดๆ ที่พวกเขาตั้งเป้าไว้ได้ ยกเว้นรัฐนิวเจอร์ซีย์ แฮนค็อกแพ้การเลือกตั้งให้กับการ์ฟิลด์ การ์ฟิลด์ได้คะแนนเสียงมากกว่าแฮนค็อกเพียง 39,213 เสียง โดยคะแนนเสียงจากประชาชนอยู่ที่ 4,453,295 เสียงสำหรับการ์ฟิลด์ และ 4,414,082 เสียงสำหรับแฮนค็อก อย่างไรก็ตาม คะแนนเสียงจากคณะผู้เลือกตั้งมีความแตกต่างกันมาก โดยการ์ฟิลด์ได้คะแนนเสียงจากคณะผู้เลือกตั้ง 214 เสียง และแฮนค็อกได้เพียง 155 เสียง การ์ฟิลด์ถูกยิงเสียชีวิตในวันที่ 2 กรกฎาคม พ.ศ. 2424 หลังจากดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีได้สี่เดือนและเสียชีวิตในวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2424 ^{[ 83 ]}