ตั้งแต่ปี 1939 ถึงเดือนพฤษภาคม ปี 1940 หน่วยฝึกนักบินขับไล่ได้ปฏิบัติงานในเมืองชาร์ตร์ โดยใช้ชื่อว่า "ศูนย์ฝึกการต่อสู้" (Centre d'Instruction de la Chasse) นักบินหลายคนจากหน่วยนี้ได้เข้าร่วมการต่อสู้กับเครื่องบินของเยอรมัน

สนามบินแห่งนี้ถูกโจมตีครั้งแรกโดยกองทัพอากาศ เยอรมัน เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน พ.ศ. 2483 โดยฝูงบิน ทิ้งระเบิดเบา Dornier Do 17 สองเครื่องยนต์จำนวน 15 ลำ สนามบินแห่งนี้ยอมจำนนพร้อมกับฐานทัพอากาศฝรั่งเศสอื่นๆ ในฝรั่งเศสในช่วงสงบศึกครั้งที่สองที่เมืองคอมปิเญเมื่อวันที่ 22 มิถุนายน และถูกยึดครองโดยกองทัพเยอรมันที่เข้ายึดครอง^{[ 3 ]}

หลังยุทธการฝรั่งเศสชาร์ตร์ถูกใช้เป็น สนามบินทหาร ของลุฟท์วาฟเฟ่ระหว่างการยึดครอง หน่วยที่ทราบที่ได้รับมอบหมาย (ทั้งหมดจากลุฟท์ล็อตต์ 3 ฝูงบินที่ 4): ^{[ 4 ] [ 5 ]}

• Kampfgeschwader 100 (KG 100) 17 มิถุนายน-19 กรกฎาคม 1941; 29 พฤศจิกายน 1941 – 21 เมษายน 1942 Heinkel He 111 H (รหัสลำตัว 6N+)
• Lehr & Erprobungskommando 100 (LEKG 100) มกราคม–มิถุนายน 1942 Heinkel He 111 H
• Kampfgeschwader 53 (KG 53) 15 กรกฎาคม-16 สิงหาคม 1942 Heinkel He 111 H (รหัสลำตัว A1+)
• Kampfgeschwader 66 (KG 66) เมษายน–มิถุนายน 1943 Dornier Do 217 , Junkers Ju 88 A (รหัสลำตัว Z6+)
• Nahaufklärungsgruppe 13 (NKG 13) 7 มิถุนายน–สิงหาคม 1944 Junkers Ju 88
• Kampfgeschwader 55 (KG 55) 27 กรกฎาคม 1943 – 18 มิถุนายน 1944 Focke-Wulf Fw 190 (รหัสลำตัว G1+)

KG 100, KG 53, KG 66 เป็นหน่วยทิ้งระเบิดกลางคืนที่ปฏิบัติการเหนือประเทศอังกฤษ ; LEKG 100 เป็นหน่วยคอมมานโดของกองทัพอากาศเยอรมันที่สามารถส่งพลร่มได้; KG 55 เป็นหน่วยสกัดกั้นกลางวันเพื่อต่อต้านการโจมตีทิ้งระเบิดกลางวันของกองทัพอากาศที่แปด; NKG 13 เป็นหน่วยสกัดกั้นกลางคืนเพื่อต่อต้านการโจมตีทิ้งระเบิดกลางคืนของกองทัพอากาศอังกฤษ

พื้นที่ Chartres ถูกโจมตีอย่างหนักหลายครั้งโดย เครื่องบินทิ้งระเบิด ของกองทัพอากาศที่ 8 ของกองทัพบกสหรัฐฯ ในปี 1943 และ 1944 และสนามบินถูกโจมตีเพียงครั้งเดียวในวันที่ 15 กันยายน 1943 โดย เครื่องบินทิ้งระเบิด B-24 Liberator จำนวน 22 ลำ ของ กลุ่ม ทิ้งระเบิดที่ 44 ^{[ 6 ]}การโจมตีเพิ่มเติมที่สนามบินเกิดขึ้นในวันที่ 2 มีนาคมและ 25 มีนาคม 1944 โดย เครื่องบินทิ้งระเบิด B-17 Flying Fortressของกลุ่มทิ้งระเบิดที่ 94และกลุ่มทิ้งระเบิดที่ 388ของ กอง บินทิ้งระเบิดที่ 4 ^{[ 7 ]}

ก่อนการยกพลขึ้นบกที่นอร์มังดี ใน วันดีเดย์ เครื่องบิน ทิ้งระเบิดขนาดกลางMartin B-26 Marauder ของ กองบัญชาการทิ้งระเบิดที่ 9 กลุ่มทิ้งระเบิดที่ 322ได้ทำการโจมตีสนามบินเพิ่มเติมในช่วงเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2487 ^{[ 8 ]}สนามบินถูกโจมตีอีกครั้งในช่วงเดือนมิถุนายนและกรกฎาคมหลังจากการยกพลขึ้นบกโดยกลุ่มทิ้งระเบิดที่ 397 และ 416

สนาม บินแห่งนี้ได้รับการปลดปล่อยโดยกองกำลังภาคพื้นดินของฝ่ายสัมพันธมิตรเมื่อประมาณวันที่ 21 สิงหาคม พ.ศ. 2487 ระหว่างการรบทางตอนเหนือของฝรั่งเศส เกือบจะในทันที กองบัญชาการวิศวกรกองทัพอากาศที่ 9 ของสหรัฐฯกองพันการบินวิศวกร ที่ 832 ^{[ 9 ] และ 833 [ 10 ]}เริ่มทำการกวาดล้างทุ่นระเบิดและทำลายเครื่องบินของลุฟท์วาฟเฟ่ และซ่อมแซมสิ่งอำนวยความสะดวกในการปฏิบัติการเพื่อให้เครื่องบินอเมริกันสามารถใช้งานได้ ต่อมา สนามบินชาร์ตร์กลายเป็น สนามบินรบ ของกองทัพอากาศที่ 9 ของสหรัฐฯ ซึ่งกำหนดให้เป็น "A-40" เมื่อประมาณวันที่ 26 สิงหาคม เพียงหนึ่งสัปดาห์หลังจากยึดคืนจากกองกำลังเยอรมัน^{[ 11 ]}

เมื่อประกาศว่าพร้อมใช้งานแล้ว สนามบินมีทางวิ่งคอนกรีตยาว 5500 ฟุต วางแนว 08/26 โดย ใช้ แผ่นเหล็กเจาะรู จำนวนมาก เพื่อซ่อมแซมความเสียหายที่เกิดจากการทิ้งระเบิดของฝ่ายสัมพันธมิตรบ่อยครั้ง โรงเก็บเครื่องบินและอาคารสนับสนุนส่วนใหญ่ถูกทำลาย และต่อมาต้องใช้เต็นท์สำหรับที่พักและสิ่งอำนวยความสะดวกสนับสนุน พร้อมทั้งจัดหาน้ำดื่มและระบบไฟฟ้าขั้นต่ำสำหรับการสื่อสารและแสงสว่างของสถานี^{[ 12 ]}

ภายใต้การควบคุมของอเมริกา ในตอนแรก Chartres กลายเป็นที่ตั้งของกลุ่มนักรบที่ 368ซึ่งบินเครื่องบินRepublic P-47 Thunderboltจากสนามบินแห่งนี้ตั้งแต่วันที่ 23 สิงหาคม จนถึงวันที่ 11 กันยายน ต่อมากลุ่มทิ้งระเบิดที่ 323 ซึ่ง ใช้ เครื่องบิน Martin B-26 Marauder ได้เข้ามาแทนที่ ในวันที่ 21 กันยายน และปฏิบัติภารกิจรบจนถึงวันที่ 13 ตุลาคม พ.ศ. 2487 ^{[ 13 ]}

หน่วยรบได้ย้ายออกไปเมื่อปลายเดือนตุลาคม พ.ศ. 2487 และจนกระทั่งสิ้นสุดสงคราม ชาร์ตร์ได้กลายเป็นสนามบินสำหรับส่งเสบียงและอพยพผู้บาดเจ็บจากการรบ รวมถึงทำหน้าที่สนับสนุนอื่นๆ ให้แก่ฝ่ายสัมพันธมิตร สนามบินแห่งนี้ถูกส่งคืนให้กับการควบคุมพลเรือนของฝรั่งเศสในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2488 ^{[ 11 ]}