• ที่ปรึกษาอาวุโสของประธานาธิบดี –คาร์ล โรฟ (2001–2007),แบร์รี สตีเวน แจ็กสัน (2007–2009)
• ที่ปรึกษาประธานาธิบดี –คาเรน ฮิวส์ (ปี 2001–2002),แดน บาร์ตเลตต์ (ปี 2002–2007),เอ็ด กิลเลสปี (ปี 2007–2009)
• ที่ปรึกษาด้านความมั่นคงแห่งชาติ –คอนโดลีซซา ไรซ์ (2001–2005),สตีเฟน แฮดลีย์ (2005–2009)
• รองหัวหน้าคณะเจ้าหน้าที่ทำเนียบขาว –โจ ฮากิน (2001–2008),โจชัว โบลเทน (2001–2003),แฮร์เรียต ไมเออร์ส (2003–2004) ,คาร์ล โรฟ (2005–2007),โจเอล แคปแลน (2006–2009),เบลค ก็อตเทสแมน (2008–2009)
• หัวหน้าคณะทำงานของสุภาพสตรีหมายเลขหนึ่งแห่งสหรัฐอเมริกา –แอนเดรีย บอลล์ (2001–2004),อนิตา แมคไบรด์ (2005–2009)
• ผู้อำนวยการฝ่ายสื่อสารของทำเนียบขาว –คาเรน ฮิวส์ (2001),แดน บาร์ตเลตต์ (2001–2005),นิโคล วอลเลซ (2005–2006),เควิน ซัลลิแวน (2006–2009)
• ที่ปรึกษาทำเนียบขาว –อัลเบอร์โต กอนซาเลส (2001–2005),แฮร์เรียต ไมเออร์ส (2005–2007),เฟรด ฟิลดิง (2007–2009)
• โฆษกทำเนียบขาว –อารี เฟลเชอร์ (2001–2003),สก็อตต์ แมคเคลแลน (2003–2006),โทนี่ สโนว์ (2006–2007),ดานา เพริโน (2007–2009)
• ประธานสภาที่ปรึกษาด้านเศรษฐกิจ – เกล็น ฮับบาร์ด (2001–2003), เกร็ก แมนคิว (2003–2005), ฮาร์วีย์ เอส. โรเซน (2005), เบน เบอร์นันเก (2005–2006), เอ็ดเวิร์ด ลาเซียร์ (2006–2009)
• เอกอัครราชทูตประจำสหประชาชาติ –จอห์น เนโกรปอนเต (2001–2004),จอห์น แดนฟอร์ธ (2004–2005),จอห์น โบลตัน (2005–2006),ซัลไม คาลิลซาด (2007–2009)
• ผู้อำนวยการหน่วยข่าวกรองแห่งชาติ –จอห์น เนโกรปอนเต (2005–2007),ไมค์ แมคคอนเนลล์ (2007–2009)
• ผู้อำนวยการซีไอเอ –จอร์จ เทเน็ต (2001–2004),จอห์น อี. แมคลาฟลิน (รักษาการ, 2004),พอร์เตอร์ กอสส์ (2004–2006),ไมเคิล เฮย์เดน (2006–2009)
• ผู้อำนวยการ FBI –หลุยส์ ฟรีห์ (ปี 2001),โทมัส เจ. พิคการ์ด (รักษาการ ปี 2001),โรเบิร์ต มุลเลอร์ (ปี 2001–2009)
• ประธาน FCC –ไมเคิล พาวเวลล์ (2001–2005),เควิน มาร์ติน (2005–2009)

หลังจากการเลือกตั้งปี 2547 หลายคนคาดการณ์ว่าประธานศาลสูงสุดวิลเลียม เรห์นควิสต์ ผู้สูงวัย จะลงจาก ตำแหน่งใน ศาลฎีกาสหรัฐฯเชนีย์และที่ปรึกษาทำเนียบขาว แฮเรียต ไมเออร์ส ได้เลือกผู้พิพากษาหัวอนุรักษ์นิยมที่ได้รับการยอมรับอย่างกว้างขวางสองคน ได้แก่ ผู้พิพากษาศาลอุทธรณ์เขตดีซีจอห์น โรเบิร์ตส์และผู้พิพากษาศาลอุทธรณ์เขตที่สี่ไมเคิล ลุตติงเป็นสองผู้เข้ารอบสุดท้าย ในเดือนมิถุนายน 2548 ผู้พิพากษาแซนดรา เดย์ โอคอนเนอร์ประกาศอย่างไม่คาดคิดว่าจะเกษียณอายุจากศาล และบุชได้เสนอชื่อ โรเบิร์ตส์ ให้ดำรงตำแหน่งแทนในเดือนถัดมา หลังจากเรห์นควิสต์เสียชีวิตในเดือนกันยายน บุชได้พิจารณาที่จะเลื่อนตำแหน่งผู้พิพากษาแอนโทนิน สกาเลีย ขึ้น เป็นประธานศาลสูงสุด แต่เลือกที่จะเสนอชื่อโรเบิร์ตส์แทน โรเบิร์ตส์ได้รับการยืนยันจากวุฒิสภาด้วยคะแนนเสียง 78–22 โดยพรรครีพับลิกันทั้งหมดและพรรคเดโมแครตส่วนใหญ่ลงคะแนนเสียงยืนยันโรเบิร์ตส์^{[ 22 ]}

เพื่อแทนที่โอคอนเนอร์ ฝ่ายบริหารของบุชต้องการหาผู้ได้รับการเสนอชื่อที่เป็นผู้หญิง แต่ไม่พอใจกับตัวเลือกทั่วไปที่มีอยู่^{[ 22 ]}บุชจึงเลือกเมียร์ส ซึ่งไม่เคยดำรงตำแหน่งผู้พิพากษามาก่อน แต่เคยทำงานเป็นทนายความของบริษัทและเจ้าหน้าที่ทำเนียบขาว^{[ 23 ]}การเสนอชื่อของเธอเผชิญกับการต่อต้านจากฝ่ายอนุรักษ์นิยม (และฝ่ายเสรีนิยม) ทันที ซึ่งพวกเขากังวลเกี่ยวกับอุดมการณ์ที่ยังไม่ได้รับการพิสูจน์และขาดประสบการณ์ด้านตุลาการของเธอ หลังจากที่บิล ฟริสต์ ผู้นำเสียงข้างมากในวุฒิสภา แจ้งบุชว่าเมียร์สไม่มีคะแนนเสียงเพียงพอที่จะได้รับการยืนยัน เมียร์สจึงถอนตัวจากการพิจารณา บุชจึงเสนอชื่อซามูเอล อลิโตซึ่งได้รับการสนับสนุนอย่างมากจากฝ่ายอนุรักษ์นิยม แต่เผชิญกับการต่อต้านจากพรรคเดโมแครต อลิโตได้รับเสียงสนับสนุนด้วยคะแนน 58–42 ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2549 ^{[ 22 ] [ 24 ]}ในช่วงหลายปีหลังจากที่โรเบิร์ตส์และอลิโตเข้ารับตำแหน่งศาลโรเบิร์ตส์โดยทั่วไปมีแนวคิดอนุรักษ์นิยมมากกว่าศาลเรห์นควิสต์ ก่อนหน้านี้ ส่วนใหญ่เป็นเพราะอลิโตมีแนวโน้มที่จะมีแนวคิดอนุรักษ์นิยมมากกว่าโอคอนเนอร์^{[ 25 ]}

นอกจากนี้ บุชยังแต่งตั้งผู้พิพากษา 62 คนให้ดำรงตำแหน่งในศาลอุทธรณ์แห่งสหรัฐอเมริกาผู้พิพากษา 261 คนให้ดำรงตำแหน่งในศาลแขวงแห่งสหรัฐอเมริกาและผู้พิพากษา 2 คนให้ดำรงตำแหน่งในศาลการค้าระหว่างประเทศแห่งสหรัฐอเมริกาในจำนวนนี้มีผู้พิพากษาศาลฎีกาในอนาคตสองคน ได้แก่นีล กอร์ซัคดำรงตำแหน่งในศาลอุทธรณ์เขตที่สิบในปี 2006 และเบรตต์ คาวานาห์ ดำรงตำแหน่ง ในศาลอุทธรณ์เขตโคลัมเบียในปี 2006

คำสัญญาของบุชที่จะลดภาษีเป็นหัวใจสำคัญของการหาเสียงเลือกตั้งประธานาธิบดีในปี 2000 ของเขา และเมื่อเข้ารับตำแหน่ง เขาก็กำหนดให้การลดภาษีเป็นลำดับความสำคัญด้านนิติบัญญัติหลักอันดับแรกของเขา งบประมาณเกินดุลเกิดขึ้นในช่วงการบริหารของบิล คลินตันและด้วยการสนับสนุนจากประธานธนาคารกลางสหรัฐอลัน กรีนสแปน บุชจึงโต้แย้งว่าการใช้เงินเกินดุลที่ดีที่สุดคือการลดภาษี^{[ 31 ]}เมื่อถึงเวลาที่บุชเข้ารับตำแหน่ง การเติบโตทางเศรษฐกิจที่ลดลงทำให้การคาดการณ์งบประมาณของรัฐบาลกลางไม่แข็งแกร่งเท่าที่ควร แต่บุชยังคงยืนยันว่าการลดภาษีเป็นสิ่งจำเป็นเพื่อกระตุ้นการเติบโตทางเศรษฐกิจ^{[ 32 ]}หลังจากที่พอล โอนีล รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังแสดงความกังวลเกี่ยวกับขนาดของการลดภาษีและความเป็นไปได้ของการขาดดุลในอนาคต รองประธานาธิบดีเชนีย์จึงรับผิดชอบในการร่างกฎหมาย ซึ่งฝ่ายบริหารเสนอต่อรัฐสภาในเดือนมีนาคม 2001 ^{[ 31 ]}

ในตอนแรก บุชต้องการลดภาษี 1.6 ล้านล้านดอลลาร์ในช่วงสิบปี แต่ในที่สุดก็ตกลงลดภาษีลง 1.35 ล้านล้านดอลลาร์^{[ 33 ]}ฝ่ายบริหารปฏิเสธแนวคิดเรื่อง "กลไกกระตุ้น" ที่จะค่อยๆ ยกเลิกการลดภาษีหากรัฐบาลขาดดุลอีกครั้งพระราชบัญญัติการเติบโตทางเศรษฐกิจและการบรรเทาภาษีเพื่อการปรองดองปี 2001ได้รับการสนับสนุนจากพรรครีพับลิกันในรัฐสภาและพรรคเดโมแครตส่วนน้อยในรัฐสภา และบุชได้ลงนามให้เป็นกฎหมายในเดือนมิถุนายน 2001 พระราชบัญญัตินี้ลดอัตราภาษีเงินได้สูงสุดจาก 39 เปอร์เซ็นต์เหลือ 35 เปอร์เซ็นต์ และยังลดภาษีมรดกด้วย เสียงข้างมากของพรรครีพับลิกันในวุฒิสภาเพียงเล็กน้อยทำให้จำเป็นต้องใช้การปรองดองซึ่งในทางกลับกันก็ทำให้จำเป็นต้องยกเลิกการลดภาษีในปี 2011 เว้นแต่จะมีการดำเนินการทางกฎหมายเพิ่มเติม^{[ 34 ]}

หลังจากร่างกฎหมายภาษีผ่านแล้ว วุฒิสมาชิกจิม เจฟฟอร์ดส์ได้ออกจากพรรครีพับลิกันและเริ่มเข้าร่วมกลุ่มกับพรรคเดโมแครต ทำให้พรรคเดโมแครตได้ควบคุมวุฒิสภา หลังจากที่พรรครีพับลิกันกลับมาควบคุมวุฒิสภาได้อีกครั้งในการเลือกตั้งกลางเทอมปี 2545 บุชได้เสนอการลดภาษีเพิ่มเติม โดยได้รับการสนับสนุนเพียงเล็กน้อยจากพรรคเดโมแครต รัฐสภาจึงผ่านร่างกฎหมาย Jobs and Growth Tax Relief Reconciliation Act of 2546ซึ่งลดภาษีลงอีก 350 พันล้านดอลลาร์ในระยะเวลา 10 ปี กฎหมายดังกล่าวยังลดภาษีกำไร จากการลงทุน และภาษีเงินปันผลด้วย โดยรวมแล้วการลดภาษีของบุชทำให้อัตราภาษีบุคคลธรรมดาของรัฐบาลกลางลดลงสู่ระดับต่ำสุดนับตั้งแต่สงครามโลกครั้งที่สองและรายได้ของรัฐบาลในฐานะส่วนแบ่งของผลิตภัณฑ์มวลรวมภายในประเทศลดลงจาก 20.9% ในปี 2543 เหลือ 16.3% ในปี 2547 ^{[ 34 ]}การลดภาษีของบุชส่วนใหญ่ได้รับการทำให้ถาวรในภายหลังโดยAmerican Taxpayer Relief Act of 2555แม้ว่ากฎหมายดังกล่าวจะยกเลิกการลดภาษีสำหรับผู้มีรายได้สูงก็ตาม^{[ 35 ]}

ตรงกันข้ามกับวาทกรรมของรัฐบาลบุชและพรรครีพับลิกัน การขาดดุลงบประมาณกลับเพิ่มขึ้น ทำให้หลายคนเชื่อว่าการลดภาษีเป็นสาเหตุ คำกล่าวของประธานาธิบดีบุช รองประธานาธิบดีดิ๊ก เชนีย์และผู้นำเสียงข้างมากในวุฒิสภาบิล ฟริสต์ที่ว่าการลดภาษีเหล่านี้ "ชดเชยตัวเองได้" นั้นถูกโต้แย้งโดย CBPP ^{[ 36 ]}กระทรวงการคลังสหรัฐฯ และ CBO ^{[ 37 ] [ 38 ] [ 39 ] [ 40 ]}

นอกเหนือจากการลดภาษีแล้ว นโยบายสำคัญอีกประการหนึ่งของบุชเมื่อเข้ารับตำแหน่งคือการปฏิรูปการศึกษา บุชมีความสนใจอย่างมากในการปฏิรูปการศึกษา โดยเฉพาะอย่างยิ่งการศึกษาของกลุ่มผู้มีรายได้น้อยและชนกลุ่มน้อย เขามักจะเยาะเย้ย "อคติแบบอ่อนๆ ของความคาดหวังต่ำ" ที่ทำให้กลุ่มผู้มีรายได้น้อยและชนกลุ่มน้อยล้าหลัง^{[ 41 ]}แม้ว่าอนุรักษ์นิยมหลายคนจะไม่เต็มใจที่จะเพิ่มการมีส่วนร่วมของรัฐบาลกลางในการศึกษา แต่ความสำเร็จของบุชในการรณรงค์เรื่องการปฏิรูปการศึกษาในการเลือกตั้งปี 2000 ทำให้พรรครีพับลิกันหลายคน รวมถึงจอห์น โบห์เนอร์ สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร จากโอไฮโอ ยอมรับร่างกฎหมายปฏิรูปการศึกษาที่เพิ่มเงินทุนของรัฐบาลกลาง^{[ 42 ]}เพื่อพยายามร่างกฎหมายที่เป็นกลาง บุชจึงเข้าหาเท็ด เคนเนดี สมาชิกวุฒิสภาจากพรรคเดโมแครต ซึ่งเป็นสมาชิกวุฒิสภา เสรีนิยมชั้นนำที่ดำรงตำแหน่งสมาชิกอาวุโสในคณะกรรมการวุฒิสภาด้านสุขภาพ การศึกษา และบำนาญ^{[ 43 ]}

บุชสนับสนุนการทดสอบอย่างกว้างขวางเพื่อให้แน่ใจว่าโรงเรียนต่างๆ มีมาตรฐานที่สม่ำเสมอสำหรับทักษะต่างๆ เช่น การอ่านและคณิตศาสตร์ บุชหวังว่าการทดสอบจะทำให้โรงเรียนมีความรับผิดชอบต่อผลการเรียนมากขึ้น และให้ข้อมูลแก่ผู้ปกครองมากขึ้นในการเลือกโรงเรียนที่จะส่งบุตรหลานไปเรียน เคนเนดีเห็นด้วยกับความกังวลของบุชเกี่ยวกับการศึกษาของเด็กยากจน แต่เขาคัดค้านอย่างรุนแรงต่อข้อเสนอเรื่องบัตรกำนัลโรงเรียน ของประธานาธิบดี ซึ่งจะอนุญาตให้ผู้ปกครองใช้เงินทุนของรัฐบาลกลางในการจ่ายค่าเรียนในโรงเรียนเอกชน ทั้งสองคนร่วมมือกันเพื่อผ่านร่างกฎหมายNo Child Left Behind Actซึ่งตัดแนวคิดเรื่องบัตรกำนัลโรงเรียนออกไป แต่รวมเอาแนวคิดเรื่องการทดสอบทั่วประเทศของบุชไว้ด้วย สภาทั้งสองแห่งของรัฐสภาลงมติเห็นชอบอย่างท่วมท้นต่อร่างกฎหมายฉบับสุดท้าย ซึ่งบุชได้ลงนามให้เป็นกฎหมายในเดือนมกราคม พ.ศ. 2545 ^{[ 43 ]}อย่างไรก็ตาม เคนเนดีจะวิพากษ์วิจารณ์การบังคับใช้กฎหมายในภายหลัง โดยโต้แย้งว่าบุชได้สัญญาว่าจะให้เงินทุนของรัฐบาลกลางสำหรับการศึกษามากขึ้น^{[ 44 ]}

หลังจากเหตุการณ์โจมตี 11 กันยายน ไม่นาน บุชได้ประกาศจัดตั้งสำนักงานความมั่นคงแห่งชาติและแต่งตั้งทอม ริดจ์ อดีต ผู้ว่าการรัฐเพนซิล เวเนีย เป็นผู้อำนวยการ^{[ 45 ]}หลังจากที่รัฐสภาผ่านร่างพระราชบัญญัติความมั่นคงแห่งชาติเพื่อจัดตั้งกระทรวงความมั่นคงแห่งชาติ (DHS) ริดจ์ก็กลายเป็นผู้อำนวยการคนแรกของกระทรวงที่จัดตั้งขึ้นใหม่นี้ กระทรวงนี้มีหน้าที่ดูแลด้านการตรวจคนเข้าเมือง การควบคุมชายแดน ศุลกากร และสำนักงานบริหารความปลอดภัยด้านการขนส่ง (TSA) ที่จัดตั้งขึ้นใหม่ ซึ่งมุ่งเน้นไปที่ความปลอดภัยของสนามบิน [ ^{46 ] แม้ว่า} FBI และ CIA จะยังคงเป็นหน่วยงานอิสระ แต่ DHS ได้รับมอบอำนาจในการกำกับดูแลหน่วยยามฝั่งสำนักงานตรวจคนเข้าเมืองและสัญชาติ (ซึ่งแบ่งออกเป็นสามหน่วยงาน) สำนักงานศุลกากรแห่งสหรัฐอเมริกา (ซึ่งแบ่งออกเป็นหน่วยงานแยกต่างหากเช่นกัน) และสำนักงานจัดการเหตุฉุกเฉินแห่งสหรัฐอเมริกาพระราชบัญญัติความมั่นคงแห่งชาติถือเป็นการปรับโครงสร้างกระทรวงครั้งสำคัญที่สุดนับตั้งแต่ พระราชบัญญัติความมั่นคงแห่งชาติ ปี1947 ^{[ 47 ]}

เมื่อวันที่ 26 ตุลาคม พ.ศ. 2544 บุชได้ลงนามในกฎหมายPatriot Actซึ่งผ่านการอนุมัติตามคำขอของประธานาธิบดี กฎหมายฉบับนี้อนุญาตให้มีการแบ่งปันข้อมูลข่าวกรองระหว่างหน่วยงานข่าวกรองของสหรัฐฯ มากขึ้น และขยายอำนาจของรัฐบาลภายในประเทศในการสอดส่องผู้ก่อการร้ายที่ต้องสงสัย^{[ 46 ]}กฎหมาย Patriot Act ยังอนุญาตให้ใช้การดักฟังโทรศัพท์แบบเคลื่อนที่กับผู้ก่อการร้ายที่ต้องสงสัย และขยายอำนาจของรัฐบาลในการสอดส่องผู้ก่อการร้าย " หมาป่าเดียวดาย " ที่ต้องสงสัย ^{[ 48 ]}บุชยังอนุญาตอย่างลับๆ ให้สำนักงานความมั่นคงแห่งชาติทำการสอดส่องการสื่อสารทั้งภายในและภายนอกสหรัฐอเมริกา โดยไม่ต้องมีหมายศาล ^{[ 46 ]}

McCain's 2000 presidential campaign brought the issue of campaign finance reform to the fore of public consciousness in 2001.^[49] McCain and Russ Feingold pushed a bipartisan campaign finance bill in the Senate, while Chris Shays (R-CT) and Marty Meehan (D-MA) led the effort of passing it in the House.^[49] In just the second successful use of the discharge petition since the 1980s, a mixture of Democrats and Republicans defied Speaker Dennis Hastert and passed a campaign finance reform bill.^[50] The House approved the bill with a 240–189 vote,^[51] while the bill passed the Senate in a 60–40 vote, the bare minimum required to overcome the filibuster.^[52] Throughout the congressional battle on the bill, Bush declined to take a strong position.^[51] However, in March 2002, Bush signed into law the Bipartisan Campaign Reform Act, stating that he thought the law would improve the financing system for elections but was "far from perfect."^[53] The law placed several limits on political donations and expenditures, and closed loopholes on contribution limits on donations to political candidates by banning the use of so-called "soft money."^[49] Portions of the law restricting independent expenditures would later be struck down by the Supreme Court in the 2010 case of Citizens United v. FEC.^[54]

หลังจากที่รัฐบาลบุชได้ผ่านร่างกฎหมายลดภาษีและกฎหมาย No Child Left Behind แล้ว บุชก็หันมาให้ความสำคัญกับเรื่องการดูแลสุขภาพภายในประเทศ เขาพยายามขยายโครงการ Medicareให้ครอบคลุมค่าใช้จ่ายของยาตามใบสั่งแพทย์ ด้วย ซึ่งโครงการนี้ต่อมาเป็นที่รู้จักในชื่อMedicare Part Dสมาชิกพรรคเดโมแครตในสภาคองเกรสหลายคนคัดค้านร่างกฎหมายนี้ เพราะไม่อนุญาตให้ Medicare เจรจาต่อรองราคายา ในขณะที่สมาชิกพรรครีพับลิกันสายอนุรักษ์นิยมหลายคนคัดค้านการขยายบทบาทของรัฐบาลในการดูแลสุขภาพ ด้วยความช่วยเหลือจากประธานสภาผู้แทนราษฎร เดนนิส แฮสเตอร์ต และผู้นำเสียงข้างมากในวุฒิสภาบิล ฟริสต์บุชจึงเอาชนะการคัดค้านอย่างหนักและได้รับชัยชนะในการผ่านร่างกฎหมาย Medicare ของเขา^{[ 55 ]}ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2546 บุชได้ลงนามในกฎหมาย Medicare Prescription Drug, Improvement, and Modernization Actซึ่งเป็นการขยายโครงการ Medicare ครั้งใหญ่ที่สุดนับตั้งแต่มีการก่อตั้งโครงการในปี พ.ศ. 2508 ^{[ 56 ]}

หลังจากชนะการเลือกตั้งใหม่ในปี 2547 บุชได้กำหนดให้การแปรรูปประกันสังคม บางส่วนเป็น นโยบายภายในประเทศสำคัญอันดับต้น ๆ ของเขา^{[ 57 ]}เขาเสนอให้ปรับโครงสร้างโครงการเพื่อให้ประชาชนสามารถลงทุนเงินบางส่วนที่พวกเขาจ่ายในภาษีเงินเดือนซึ่งเป็นเงินทุนของโครงการประกันสังคม^{[ 58 ]}ประธานาธิบดีกล่าวว่าประกันสังคมกำลังเผชิญกับวิกฤตการเงินที่ใกล้เข้ามา และการปฏิรูปเป็นสิ่งจำเป็นเพื่อให้มั่นใจถึงความมั่นคงทางการเงินอย่างต่อเนื่อง^{[ 59 ]}บุชคาดว่าจะมีการต่อสู้ในรัฐสภาที่ยากลำบากเกี่ยวกับข้อเสนอของเขา แต่ดังที่เขากล่าวไว้ว่า "ผมมีทุนทางการเมือง และผมตั้งใจจะใช้มัน" ^{[ 60 ]}กลุ่มต่างๆ เช่นAARPคัดค้านแผนนี้อย่างรุนแรง เช่นเดียวกับพรรคเดโมแครตสายกลางอย่างแม็กซ์ บาวคัสซึ่งเคยสนับสนุนการลดภาษีของบุช ในที่สุด บุชก็ไม่ได้รับการสนับสนุนจากสมาชิกรัฐสภาพรรคเดโมแครตแม้แต่คนเดียวสำหรับแผนของเขา และแม้แต่พรรครีพับลิกันสายกลางอย่างโอลิมเปีย สโนว์และลินคอล์น ชาฟีก็ปฏิเสธที่จะสนับสนุนการแปรรูป เมื่อเผชิญกับการต่อต้านอย่างเป็นเอกภาพ พรรครีพับลิกันจึงละทิ้งข้อเสนอประกันสังคมของบุชในช่วงกลางปี ​​2548 ^{[ 61 ]}

พายุเฮอริเคนแคทรีนาซึ่งเป็นหนึ่งในพายุเฮอริเคนขนาดใหญ่และทรงพลังที่สุดเท่าที่เคยพัดถล่มสหรัฐอเมริกา ได้สร้างความเสียหายให้กับหลายรัฐตามแนวชายฝั่งอ่าวเม็กซิโกในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2548 ในช่วงวันหยุดพักผ่อนที่ไร่ของเขาในเท็กซัส บุชอนุญาตให้หน่วยงานของรัฐและท้องถิ่นตอบสนองต่อภัยพิบัติทางธรรมชาติในตอนแรก พายุเฮอริเคนขึ้นฝั่งในวันที่ 29 สิงหาคม ทำลายล้างเมืองนิวออร์ลีนส์หลังจากเขื่อนของเมืองพัง ทลาย มีผู้เสียชีวิตจากพายุเฮอริเคนมากกว่า 1,800 คน และบุชถูกวิพากษ์วิจารณ์อย่างกว้างขวางสำหรับการตอบสนองต่อภัยพิบัติที่ล่าช้า^{[ 62 ]}ด้วยความไม่พอใจต่อการตอบสนองของประชาชน บุชจึงปลดไมเคิล ดี. บราวน์ผู้อำนวยการสำนักงานจัดการเหตุฉุกเฉินแห่งสหรัฐฯ ออก จากตำแหน่ง และกล่าวต่อสาธารณะว่า "แคทรีนาได้เปิดเผยปัญหาที่ร้ายแรงในความสามารถในการตอบสนองของเราในทุกระดับของรัฐบาล" ^{[ 63 ]}หลังจากพายุเฮอริเคนแคทรีนา คะแนนความนิยมของบุชลดลงต่ำกว่า 40 เปอร์เซ็นต์ ซึ่งจะคงอยู่ที่ระดับนั้นตลอดวาระการดำรงตำแหน่งของเขา^{[ 62 ]}

แม้ว่าในช่วงวาระแรกของเขา บุชจะมุ่งเน้นไปที่นโยบายภายในประเทศอื่นๆ แต่เขาก็สนับสนุนการปฏิรูปการเข้าเมืองตลอดการบริหารงานของเขา ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2549 เขาได้เสนอแผนห้าข้อที่จะเพิ่มความมั่นคงชายแดนจัดตั้งโครงการแรงงานต่างชาติและสร้างเส้นทางสู่การเป็นพลเมือง สำหรับ ผู้อพยพผิดกฎหมาย 12 ล้าน คน ที่อาศัยอยู่ในสหรัฐอเมริกา วุฒิสภาได้ผ่านร่างพระราชบัญญัติการปฏิรูปการเข้าเมืองอย่างครอบคลุม พ.ศ. 2549ซึ่งรวมถึงข้อเสนอหลายประการของประธานาธิบดี แต่ร่างกฎหมายนี้ไม่ผ่านสภาผู้แทนราษฎร หลังจากที่พรรคเดโมแครตได้ควบคุมรัฐสภาในการเลือกตั้งกลางเทอมปี พ.ศ. 2549 บุชได้ทำงานร่วมกับเท็ด เคนเนดีเพื่อนำร่างกฎหมายนี้กลับมาเสนอใหม่ในชื่อพระราชบัญญัติการปฏิรูปการเข้าเมืองอย่างครอบคลุม พ.ศ. 2550ร่างกฎหมายนี้ได้รับการวิพากษ์วิจารณ์อย่างหนักจากกลุ่มอนุรักษ์นิยมจำนวนมาก ซึ่งเริ่มไม่เชื่อมั่นในการปฏิรูปการเข้าเมืองมากขึ้น และไม่ผ่านวุฒิสภา^{[ 64 ]}

หลังจากที่รัฐบาลบุชเร่งการผ่อนคลายกฎระเบียบทางการเงินมาหลายปี ธนาคารต่างๆ ก็ปล่อยสินเชื่อบ้านดอกเบี้ยสูงให้กับผู้ซื้อบ้านมากขึ้นเรื่อยๆ จนเกิดฟองสบู่ในตลาด ที่อยู่อาศัย ธนาคารหลายแห่งยังลงทุนใน สัญญาแลกเปลี่ยนความเสี่ยงจากการผิดนัด ชำระหนี้ (credit default swaps)และอนุพันธ์ต่างๆซึ่งโดยพื้นฐานแล้วเป็นการเดิมพันกับความมั่นคงของสินเชื่อเหล่านี้ เพื่อตอบสนองต่อราคาบ้านที่ลดลงและความกังวลเกี่ยวกับภาวะเศรษฐกิจถดถอยที่กำลังจะเกิดขึ้น รัฐบาลบุชจึงได้ผลักดันให้มีการออกกฎหมายกระตุ้นเศรษฐกิจปี 2008ราคาบ้านที่ลดลงเริ่มคุกคามความมั่นคงทางการเงินของสถาบันการเงินหลายแห่ง ทำให้Bear Stearnsซึ่งเป็นธนาคารเพื่อการลงทุนชั้นนำของสหรัฐฯ ตกอยู่ในภาวะใกล้ล้มละลายในเดือนมีนาคม 2008 เมื่อตระหนักถึงภัยคุกคามจากวิกฤตการณ์ทางการเงินที่เพิ่มขึ้น บุชจึงอนุญาตให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง พอลสัน จัดการให้ธนาคารอีกแห่งหนึ่งคือJPMorgan Chaseเข้าครอบครองสินทรัพย์ส่วนใหญ่ของ Bear Stearns ด้วยความกังวลว่าFannie MaeและFreddie Macอาจล้มเหลวเช่นกัน รัฐบาลบุชจึงสั่งให้ทั้งสองสถาบันอยู่ภายใต้การดูแล ของรัฐบาล หลังจากนั้นไม่นาน ฝ่ายบริหารก็ทราบว่าเลห์แมนบราเธอร์สกำลังจะล้มละลาย แต่ในที่สุดฝ่ายบริหารก็ปฏิเสธที่จะเข้าแทรกแซงเพื่อช่วยเหลือเลห์แมนบราเธอร์ส^{[ 65 ]}

พอลสันหวังว่าอุตสาหกรรมการเงินจะฟื้นตัวขึ้นหลังจากการล้มเหลวของแบร์ ​​สเตียร์นส์ และการล้มเหลวของเลห์แมน บราเธอร์สจะไม่ส่งผลกระทบต่อเศรษฐกิจอย่างรุนแรง แต่ข่าวการล้มเหลวกลับทำให้ราคาหุ้นร่วงลงและทำให้สินเชื่อหยุดชะงัก ด้วยความกลัวว่าจะเกิดการล่มสลายทางการเงินอย่างสิ้นเชิง พอลสันและธนาคารกลางสหรัฐจึงเข้าควบคุมอเมริกัน อินเตอร์เนชั่นแนล กรุ๊ป (AIG) ซึ่งเป็นสถาบันการเงินขนาดใหญ่อีกแห่งที่กำลังจะล้มเหลว เพื่อหวังจะพยุงธนาคารอื่นๆ บุชและพอลสันจึงเสนอกฎหมายว่าด้วยการรักษาเสถียรภาพทางเศรษฐกิจฉุกเฉินปี 2008ซึ่งจะสร้างโครงการบรรเทาปัญหาหนี้สิน (TARP) มูลค่า 700 พันล้านดอลลาร์เพื่อซื้อสินทรัพย์ที่มีปัญหาสภาผู้แทนราษฎรปฏิเสธ TARP ด้วยคะแนนเสียง 228 ต่อ 205 แม้ว่าการสนับสนุนและการคัดค้านจะข้ามพรรคการเมือง แต่มีเพียงประมาณหนึ่งในสามของสมาชิกพรรครีพับลิกันเท่านั้นที่สนับสนุนร่างกฎหมายนี้ หลังจากดัชนีอุตสาหกรรมดาวโจนส์ร่วงลง 778 จุดในวันที่สภาผู้แทนราษฎรลงคะแนนเสียง สภาผู้แทนราษฎรและวุฒิสภาก็ผ่านร่างกฎหมาย TARP ในที่สุด ต่อมาบุชได้ขยายเงินกู้ TARP ให้กับบริษัทรถยนต์ของสหรัฐฯ ซึ่งเผชิญกับวิกฤตอุตสาหกรรมยานยนต์ในปี 2008–2010อันเนื่องมาจากเศรษฐกิจที่อ่อนแอ แม้ว่า TARP จะช่วยยุติวิกฤตการณ์ทางการเงินได้ แต่ก็ไม่ได้ป้องกันการเริ่มต้นของภาวะเศรษฐกิจถดถอยครั้งใหญ่ซึ่งจะดำเนินต่อไปหลังจากที่บุชพ้นจากตำแหน่ง^{[ 66 ] [ 67 ]}

ในวันแรกที่เข้ารับตำแหน่ง ประธานาธิบดีบุชได้นำนโยบายเม็กซิโกซิตี้ กลับมาใช้ใหม่ ซึ่งเป็นการปิดกั้นความช่วยเหลือจากรัฐบาลกลางแก่กลุ่มต่างประเทศที่ให้ความช่วยเหลือแก่ผู้หญิงในการทำแท้งไม่กี่วันต่อมา เขาประกาศความมุ่งมั่นที่จะจัดสรรความช่วยเหลือจากรัฐบาลกลางให้แก่องค์กรบริการทางศาสนามากขึ้น แม้จะมีเสียงวิพากษ์วิจารณ์ว่าการกระทำนี้จะทำให้การแยกศาสนาออกจากรัฐแบบดั้งเดิมในสหรัฐอเมริกา หาย ไป^{[ 68 ] [ 69 ]}เพื่อเป็นการส่งเสริมความมุ่งมั่นนี้ เขาจึงได้จัดตั้งสำนักงานทำเนียบขาวด้านศาสนาและโครงการริเริ่มชุมชนขึ้นเพื่อช่วยเหลือองค์กรบริการทางศาสนา^{[ 70 ]}ในปี 2546 บุชได้ลงนามในกฎหมายห้ามการทำแท้งแบบคลอดบางส่วนซึ่งห้ามการขยายและดึงออกโดยสมบูรณ์ซึ่งเป็นขั้นตอนการทำแท้ง^{[ 71 ]}

ในช่วงต้นของการบริหารงาน ประธานาธิบดีบุชให้ความสนใจเป็นพิเศษกับประเด็นการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิด^{[ 72 ]}รัฐบาลคลินตันได้ออกแนวทางที่อนุญาตให้รัฐบาลกลางให้ทุนสนับสนุนการวิจัยโดยใช้เซลล์ต้นกำเนิด และบุชตัดสินใจศึกษาจริยธรรมของสถานการณ์ก่อนที่จะออกคำสั่งบริหารของตนเองในประเด็นนี้ กลุ่มศาสนาอีแวนเจลิคัลโต้แย้งว่าการวิจัยนั้นผิดศีลธรรมเพราะทำลายตัวอ่อน ของมนุษย์ ในขณะที่กลุ่มสนับสนุนต่างๆ ยกย่องความก้าวหน้าทางวิทยาศาสตร์ที่อาจเกิดขึ้นจากการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิด^{[ 73 ]}ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2544 บุชได้ออกคำสั่งบริหารห้ามการให้ทุนสนับสนุนจากรัฐบาลกลางสำหรับการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดสายพันธุ์ใหม่ คำสั่งดังกล่าวอนุญาตให้การวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดสายพันธุ์ที่มีอยู่แล้วดำเนินต่อไปได้^{[ 74 ]}ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2549 บุชใช้สิทธิวีโต้ครั้งแรกในฐานะประธานาธิบดีกับกฎหมายส่งเสริมการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดซึ่งจะขยายการ ให้ทุนสนับสนุน จากรัฐบาลกลางสำหรับการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดจากตัวอ่อน ร่างกฎหมายที่คล้ายกันนี้ผ่านการพิจารณาในทั้งสภาผู้แทนราษฎรและวุฒิสภาในช่วงต้นกลางปี ​​2550 ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของแผน 100 ชั่วโมงของแนนซี เพโลซี ประธานสภาผู้แทนราษฎร แต่ถูกบุชวีโต้ออก^{[ 75 ]}

หลังจากที่ศาลฎีกาได้ยกเลิกกฎหมายรักร่วมเพศ ของรัฐ ในคดีLawrence v. Texas ในปี 2546 ฝ่ายอนุรักษ์นิยมก็เริ่มผลักดันให้มีการแก้ไขรัฐธรรมนูญว่าด้วยการแต่งงานของรัฐบาลกลางซึ่งจะกำหนดให้การแต่งงานเป็นการรวมกันระหว่างชายและหญิง บุชสนับสนุนข้อเสนอนี้และนำมาใช้เป็นส่วนหนึ่งของการหาเสียงในช่วงการเลือกตั้งปี 2547 และ 2549 ^{[ 76 ] [ 77 ]}อย่างไรก็ตาม ประธานาธิบดีบุชได้แสดงจุดยืนที่แตกต่างจากพรรคของเขาในเรื่องการยอมรับการจดทะเบียนสมรสของคู่รักเพศเดียวกัน^{[ 78 ] [ 79 ] [ 80 ]}

บุชคัดค้านการุณยฆาต อย่างแข็งขัน และสนับสนุนการฟ้องร้องของอัยการสูงสุดจอห์น แอชครอฟต์ซึ่งท้ายที่สุดไม่ประสบความสำเร็จในการต่อต้านกฎหมายการตายอย่างมีศักดิ์ศรีของรัฐโอเรกอน [ ^{81 ] อย่างไรก็ตาม}ในขณะที่เขาดำรงตำแหน่งผู้ว่าการรัฐเท็กซัสบุชได้ลงนามในกฎหมายที่ให้อำนาจโรงพยาบาลในการถอดเครื่องช่วยชีวิตออกจากผู้ป่วยระยะสุดท้ายโดยไม่คำนึงถึงความประสงค์ของคู่สมรสหรือพ่อแม่ หากแพทย์เห็นว่าเหมาะสมทางการแพทย์^{[ 82 ]}ความไม่สอดคล้องกันในนโยบายนี้กลายเป็นประเด็นในปี 2548 เมื่อบุชลงนามในกฎหมายที่เป็นข้อถกเถียงเพื่อริเริ่มการแทรกแซงของรัฐบาลกลางในการต่อสู้ในศาลของเทอร์รี สเคียโว หญิง ชาวฟลอริดา ที่ อยู่ในอาการโคม่าและเสียชีวิตในที่สุด^{[ 83 ]}

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2544 รัฐบาลบุชประกาศว่าจะไม่ปฏิบัติตามพิธีสารเกียวโตซึ่งเป็นสนธิสัญญาระหว่างประเทศที่ลงนามในปี พ.ศ. 2540 ซึ่งกำหนดให้ประเทศต่างๆ ต้องลดการปล่อยก๊าซเรือนกระจก รัฐบาลให้เหตุผลว่าการให้สัตยาบันสนธิสัญญาดังกล่าวจะจำกัดการเติบโตของสหรัฐฯ อย่างไม่เหมาะสม ในขณะที่ไม่สามารถจำกัดการปล่อยก๊าซจากประเทศกำลังพัฒนาได้อย่างเพียงพอ[ ^{84 ] รัฐบาล}ตั้งคำถามถึงฉันทามติทางวิทยาศาสตร์เกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศ^{[ 85 ]}บุชกล่าวว่าเขาเชื่อว่าภาวะโลกร้อนเป็นเรื่องจริง^{[ 86 ]}และเป็นปัญหาที่ร้ายแรง แม้ว่าเขาจะยืนยันว่ามี "การถกเถียงกันว่าเกิดจากฝีมือมนุษย์หรือเกิดจากธรรมชาติ" ^{[ 87 ]}จุดยืนของรัฐบาลบุชเกี่ยวกับภาวะโลกร้อนยังคงเป็นที่ถกเถียงกันในแวดวงวิทยาศาสตร์และสิ่งแวดล้อม นักวิจารณ์กล่าวหาว่ารัฐบาล^{[ 88 ]}ให้ข้อมูลที่ผิดแก่สาธารณชนและไม่ได้ทำมากพอที่จะลดการปล่อยก๊าซคาร์บอนและยับยั้งภาวะโลกร้อน^{[ 89 ]}

เมื่อวันที่ 6 มกราคม พ.ศ. 2552 ประธานาธิบดีบุชได้กำหนดพื้นที่คุ้มครองทางทะเลที่ใหญ่ที่สุดในโลก แหล่งที่อยู่อาศัยในมหาสมุทรแปซิฟิกประกอบด้วยร่องลึกมาเรียนาและน่านน้ำและปะการังรอบเกาะร้าง 3 เกาะใน หมู่เกาะ มาเรียนาเหนืออะทอลล์โรสในอเมริกันซามัว และเกาะอีก 7 เกาะตามแนวเส้นศูนย์สูตร^{[ 90 ]}

ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2545 หลังจากเกิดเรื่องอื้อฉาวทางการบัญชี หลายครั้ง เช่น เรื่องอื้อฉาว ของเอนรอนบุชได้ลงนามในกฎหมายSarbanes–Oxley Act ซึ่งกฎหมายฉบับนี้ได้ขยายข้อกำหนดการรายงานสำหรับบริษัทมหาชน ^{[ 91 ]}ไม่นานหลังจากเริ่มต้นวาระที่สองของเขา บุชได้ลงนามในกฎหมาย Class Action Fairness Act of 2548ซึ่งเป็นสิ่งที่รัฐบาลของเขาให้ความสำคัญและเป็นส่วนหนึ่งของเป้าหมายที่กว้างขึ้นในการปฏิรูปกฎหมายละเมิด กฎหมายฉบับนี้ได้รับการออกแบบมาเพื่อย้าย คดีฟ้องร้อง แบบกลุ่ม ส่วนใหญ่ จากศาลของรัฐไปยังศาลของรัฐบาลกลาง ซึ่งถือว่ามีความเห็นอกเห็นใจโจทก์ในคดีฟ้องร้องแบบกลุ่มน้อยกว่า^{[ 92 ]}

บุชสนับสนุนสิทธิพลเมืองและแต่งตั้งคนผิวดำ ผู้หญิง และคนรักร่วมเพศให้ดำรงตำแหน่งสูง ตำแหน่งสำคัญที่สุดในคณะรัฐมนตรีคือ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ ซึ่งได้แก่โคลิน พาวเวลล์ (2001–2005) ซึ่งเป็นคนผิวดำคนแรกที่ได้รับการแต่งตั้งในระดับสูงเช่นนี้ ต่อมาคือคอนโดลีซซา ไรซ์ (2005–2009) ซึ่งเป็นผู้หญิงผิวดำคนแรกอัลเบอร์โต กอนซาเลส (2005–2007) ดำรงตำแหน่งอัยการสูงสุด และยังคงดำรงตำแหน่งชาวฮิสแปนิกที่ได้รับการแต่งตั้งในระดับสูงสุดในประวัติศาสตร์รัฐบาลอเมริกันจนถึงปี 2024 นอกจากนี้ บุชยังแต่งตั้งเจ้าหน้าที่ระดับสูงที่เป็นคนรักร่วมเพศอย่างเปิดเผยเป็นคนแรก อย่างไรก็ตาม เขาได้รณรงค์ต่อต้านโควตา และเตือนว่าการดำเนินการเชิงบวกที่เกี่ยวข้องกับโควตานั้นเป็นสิ่งที่ยอมรับไม่ได้ เขาจงใจเลือกชนกลุ่มน้อยที่เป็นที่รู้จักว่าเป็นผู้ต่อต้านการดำเนินการเชิงบวกให้ดำรงตำแหน่งสำคัญด้านสิทธิพลเมือง เช่น ในปี 2001 บุชเสนอชื่อลินดา ชาเวซให้เป็นชาวลาตินคนแรกในคณะรัฐมนตรีในตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงแรงงาน แต่เธอต้องถอนตัวเมื่อมีรายงานว่าเมื่อสิบปีก่อน เธอเคยจ้างแรงงานต่างด้าวผิดกฎหมาย^{[ 93 ] [ 94 ] [ 95 ] [ 96 ]}

เมื่อเข้ารับตำแหน่ง บุชมีประสบการณ์ด้านนโยบายต่างประเทศน้อยมาก และการตัดสินใจของเขาได้รับคำแนะนำจากที่ปรึกษา บุชยอมรับมุมมองของเชนีย์และกลุ่มนีโอคอนเซอร์เวทีฟ อื่นๆ ที่ลดความสำคัญของลัทธิพหุภาคีลง กลุ่มนีโอคอนเซอร์เวทีฟเชื่อว่าเนื่องจากสหรัฐอเมริกาเป็นมหาอำนาจ เพียงหนึ่งเดียวของโลก จึงสามารถดำเนินการฝ่ายเดียวได้หากจำเป็น^{[ 98 ]}ในขณะเดียวกัน บุชก็พยายามดำเนินนโยบายต่างประเทศที่ไม่แทรกแซง มากนัก ตามที่เขาได้ให้สัญญาไว้ในระหว่างการหาเสียงเลือกตั้งปี 2000 ^{[ 99 ]}แม้ว่าในช่วงหลายเดือนแรกของการดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีของเขาจะมุ่งเน้นไปที่ประเด็นภายในประเทศ แต่รัฐบาลบุชได้ถอนสหรัฐอเมริกาออกจากข้อตกลงพหุภาคีที่มีอยู่หรือที่เสนอไว้หลายฉบับ รวมถึง พิธีสาร เกียวโต สนธิสัญญาต่อต้านขีปนาวุธและศาลอาญาระหว่างประเทศ^{[ 98 ]}

การก่อการร้ายกลายเป็นประเด็นสำคัญด้านความมั่นคงแห่งชาติในสมัยรัฐบาลคลินตัน และกลายเป็นประเด็นหลักประเด็นหนึ่งในสมัยรัฐบาลบุช^{[ 100 ]}ในช่วงปลายทศวรรษ 1980 โอซามา บิน ลาเดนได้ก่อตั้งอัล-เคดา ซึ่งเป็นองค์กรติดอาวุธอิสลามนิกายสุหนี่ ข้ามชาติ ที่มุ่งโค่นล้มรัฐบาลที่ได้รับการสนับสนุนจากตะวันตกในซาอุดีอาระเบียจอร์แดนอียิปต์และปากีสถานเพื่อ ตอบโต้การตัดสินใจของซาอุดีอาระเบียที่ จะเริ่มให้ทหารสหรัฐฯ เข้ามาประจำการในปี 1991 อัล-เคดาได้เริ่มปฏิบัติการก่อการร้ายต่อเป้าหมายของสหรัฐฯ โดยวางแผนโจมตี เช่นการวางระเบิดสถานทูตสหรัฐฯ ในปี 1998และการวางระเบิดเรือ USS Cole ในปี 2000 ในช่วงไม่กี่เดือนแรกที่บุชดำรงตำแหน่ง หน่วยข่าวกรองของสหรัฐฯได้ดักฟังการสื่อสารที่บ่งชี้ว่าอัล-เคดากำลังวางแผนโจมตีสหรัฐฯ อีกครั้ง แต่เจ้าหน้าที่ด้านนโยบายต่างประเทศยังไม่พร้อมรับมือกับการโจมตีครั้งใหญ่ต่อสหรัฐฯ^{[ 101 ]}บุชได้รับแจ้งเกี่ยวกับกิจกรรมของอัล-เคดา แต่ในช่วงเดือนแรก ๆ ของการดำรงตำแหน่ง เขามุ่งเน้นไปที่ประเด็นนโยบายต่างประเทศอื่น ๆ^{[ 102 ]}

เมื่อวันที่ 11 กันยายน พ.ศ. 2544 ผู้ก่อการร้ายอัล-เคดาได้จี้เครื่องบินโดยสาร 4 ลำ และนำเครื่องบิน 2 ลำพุ่งชนตึกแฝดเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ในนครนิวยอร์กทำให้ตึกระฟ้าสูง 110 ชั้นทั้งสองหลังพัง ทลาย เครื่องบินลำที่สามพุ่งชนเพนตากอนและเครื่องบินลำที่สี่ถูกยิงตกในรัฐเพนซิลเวเนียหลังจากเกิดการต่อสู้ระหว่างผู้ก่อการร้ายกับผู้โดยสารบนเครื่องบิน^{[ 103 ]} การโจมตีครั้ง นี้ส่งผลกระทบอย่างลึกซึ้งต่อชาวอเมริกันจำนวนมาก ซึ่งรู้สึกเปราะบางต่อการโจมตีจากนานาชาติเป็นครั้งแรกนับตั้งแต่สิ้นสุดสงครามเย็น[ ^{104 ] ใน}คืนที่เกิดเหตุ บุชได้ปรากฏตัวทางโทรทัศน์แห่งชาติและสัญญาว่าจะลงโทษผู้ที่ให้ความช่วยเหลือในการโจมตี โดยกล่าวว่า "เราจะไม่แยกแยะระหว่างผู้ก่อการร้ายที่ก่อเหตุเหล่านี้กับผู้ที่ให้ที่พักพิงแก่พวกเขา" ในวันต่อมา บุชได้เรียกร้องให้ประชาชนละเว้นจากอาชญากรรมจากความเกลียดชังและการเลือกปฏิบัติต่อชาวมุสลิม-อเมริกันและชาวอาหรับ-อเมริกัน^{[ 103 ]}เขายังประกาศ " สงครามต่อต้านการก่อการร้าย " โดยกำหนดนโยบายภายในประเทศและต่างประเทศใหม่เพื่อป้องกันการโจมตีของผู้ก่อการร้ายในอนาคต^{[ 105 ]}

เนื่องจากที่ปรึกษาด้านนโยบายต่างประเทศระดับสูงของบุชเห็นพ้องกันว่าการโจมตีฐานทัพของอัล-เคดาเพียงอย่างเดียวจะไม่สามารถหยุดยั้งการโจมตีในอนาคตได้ รัฐบาลจึงตัดสินใจโค่นล้ม รัฐบาล ตาลีบัน ฝ่ายอนุรักษ์ นิยมของอัฟกานิสถานซึ่งให้ที่พักพิงแก่ผู้นำของอัล-เคดา^{[ 106 ]}พาวเวลล์เป็นผู้นำในการรวบรวมประเทศพันธมิตรในพันธมิตรที่จะโจมตีในหลายแนวรบ^{[ 107 ]}รัฐบาลบุชให้ความสำคัญเป็นพิเศษกับการเกลี้ยกล่อมผู้นำปากีสถานเปอร์เวซ มูชาร์ราฟซึ่งตกลงที่จะเข้าร่วมพันธมิตร^{[ 108 ]}เมื่อวันที่ 14 กันยายน รัฐสภาได้ผ่านมติที่เรียกว่าการอนุญาตให้ใช้กำลังทหารต่อต้านผู้ก่อการร้ายซึ่งอนุญาตให้ประธานาธิบดีใช้กำลังทหารต่อต้านผู้ที่รับผิดชอบต่อการโจมตี เมื่อวันที่ 7 ตุลาคม พ.ศ. 2544 บุชสั่งให้บุกอัฟกานิสถาน^{[ 106 ]}

พลเอกทอมมี แฟรงก์สผู้บัญชาการกองบัญชาการกลางสหรัฐฯ (CENTCOM) ได้วางแผนการบุกโจมตีเป็นสี่ขั้นตอน ในขั้นตอนแรก สหรัฐฯ ได้เสริมกำลังในพื้นที่โดยรอบและส่งเจ้าหน้าที่ซีไอเอและหน่วยรบพิเศษเข้าไปเชื่อมโยงกับพันธมิตรเหนือ ซึ่ง เป็นกลุ่มต่อต้านตาลีบันในอัฟกานิสถาน ขั้นตอนที่สองประกอบด้วยการโจมตีทางอากาศครั้งใหญ่ต่อเป้าหมายของตาลีบันและอัล-เคดา ในขณะที่ขั้นตอนที่สามเกี่ยวข้องกับการปราบปรามกองกำลังตาลีบันและอัล-เคดาที่เหลืออยู่ ขั้นตอนที่สี่และขั้นตอนสุดท้ายคือการสร้างเสถียรภาพในอัฟกานิสถาน ซึ่งแฟรงก์สคาดการณ์ว่าจะใช้เวลาสามถึงห้าปี สงครามในอัฟกานิสถานเริ่มต้นขึ้นในวันที่ 7 ตุลาคม ด้วยการโจมตีทางอากาศและขีปนาวุธหลายครั้ง และพันธมิตรเหนือเริ่มการรุกในวันที่ 19 ตุลาคม เมืองหลวงคาบูลถูกยึดได้ในวันที่ 13 พฤศจิกายน และฮามิด คาร์ไซได้รับการแต่งตั้งเป็นประธานาธิบดีคนใหม่ของอัฟกานิสถาน อย่างไรก็ตาม ผู้นำระดับสูงของกลุ่มตาลีบันและอัล-เคดา รวมถึงบิน ลาเดน หลบหนีการจับกุมได้ คาร์ไซจะยังคงอยู่ในอำนาจตลอดช่วงการดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีของบุช แต่การควบคุมที่มีประสิทธิภาพของเขามีจำกัดเฉพาะพื้นที่รอบกรุงคาบูล เนื่องจากผู้นำกองกำลังติดอาวุธต่างๆ เข้าควบคุมพื้นที่ส่วนใหญ่ของประเทศ^{[ 109 ]}ในขณะที่รัฐบาลของคาร์ไซพยายามควบคุมพื้นที่ชนบท กลุ่มตาลีบันก็รวมตัวกันใหม่ในประเทศปากีสถานเพื่อนบ้าน เมื่อบุชพ้นจากตำแหน่ง เขาพิจารณาที่จะส่งกองกำลังเพิ่มเติมไปเสริมกำลังอัฟกานิสถานเพื่อต่อต้านกลุ่มตาลีบัน แต่ตัดสินใจที่จะปล่อยเรื่องนี้ไว้ให้รัฐบาลชุดต่อไป^{[ 110 ]}

หลังจากการโจมตีเมื่อวันที่ 11 กันยายน คะแนนนิยมของบุชเพิ่มขึ้นอย่างมาก ส่วนหนึ่งได้รับแรงบันดาลใจจากรัฐบาลทรูแมนบุชจึงตัดสินใจใช้ทุนทางการเมืองที่เพิ่งได้รับมาใหม่นี้เพื่อเปลี่ยนแปลงนโยบายต่างประเทศของสหรัฐฯ อย่างพื้นฐาน เขามุ่งเน้นมากขึ้นถึงความเป็นไปได้ที่ประเทศที่เป็นศัตรูจะจัดหาอาวุธทำลายล้างสูง (WMDs) ให้กับองค์กรก่อการร้าย^{[ 111 ]} ในระหว่าง การกล่าวสุนทรพจน์เรื่องสถานการณ์ของประเทศในช่วงต้นปี 2002 บุชได้กำหนดสิ่งที่ต่อมาเรียกว่าหลักการของบุชซึ่งระบุว่าสหรัฐฯ จะดำเนินนโยบายโจมตีทางทหารแบบชิงลงมือก่อนต่อประเทศที่ทราบกันว่าให้ที่พักพิงหรือช่วยเหลือองค์กรก่อการร้ายที่เป็นศัตรูกับสหรัฐฯ^{[ 112 ]}บุชได้ระบุสิ่งที่เขาเรียกว่า " แกนแห่งความชั่วร้าย " ซึ่งประกอบด้วยสามประเทศที่เขาอ้าง ว่า เป็นภัยคุกคาม ที่ยิ่งใหญ่ที่สุดต่อสันติภาพโลกเนื่องจากการแสวงหาอาวุธทำลายล้างสูงและมีศักยภาพที่จะช่วยเหลือผู้ก่อการร้าย แกนดังกล่าวประกอบด้วยอิรักเกาหลีเหนือและอิหร่าน^{[ 113 ]}บุชยังเริ่มเน้นย้ำถึงความสำคัญของการเผยแพร่ประชาธิปไตยไปทั่วโลก โดยกล่าวในปี 2548 ว่า "การอยู่รอดของเสรีภาพในประเทศของเราขึ้นอยู่กับความสำเร็จของเสรีภาพในประเทศอื่น" ตามนโยบายแทรกแซงใหม่นี้ รัฐบาลบุชได้เพิ่มความช่วยเหลือต่างประเทศและเพิ่มงบประมาณด้านการป้องกันประเทศ^{[ 114 ]}งบประมาณด้านการป้องกันประเทศเพิ่มขึ้นจาก 304 พันล้านดอลลาร์ในปีงบประมาณ 2544 เป็น 616 พันล้านดอลลาร์ในปีงบประมาณ 2551 ^{[ 115 ]}

ระหว่างและหลังการรุกรานอัฟกานิสถาน สหรัฐฯ จับกุมสมาชิกกลุ่มอัล-เคดาและตาลีบันได้จำนวนมาก แทนที่จะนำตัวผู้ต้องหาขึ้นศาลในประเทศหรือศาลระหว่างประเทศ บุชกลับตัดสินใจจัดตั้งระบบศาลทหาร ขึ้นใหม่ เพื่อพิจารณาคดีผู้ต้องหา เพื่อหลีกเลี่ยงข้อจำกัดของรัฐธรรมนูญสหรัฐฯ บุชจึงกักขังผู้ต้องหาไว้ในเรือนจำลับของซีไอเอในหลายประเทศ รวมถึงค่ายกักกันกวนตานาโมเบย์เนื่องจากค่ายกวนตานาโมเบย์ตั้งอยู่บนดินแดนที่สหรัฐฯ เช่าจากคิวบา อย่างเป็นทางการ บุคคลที่อยู่ในค่ายจึงไม่ได้รับความคุ้มครองตามรัฐธรรมนูญเช่นเดียวกับที่พวกเขาจะได้รับในดินแดนสหรัฐฯ บุชยังตัดสินใจว่า " นักรบศัตรู " เหล่านี้ไม่มีสิทธิ์ได้รับความคุ้มครองทั้งหมดตามอนุสัญญาเจนีวาเนื่องจากพวกเขาไม่ได้สังกัดรัฐอธิปไตยใดๆ เพื่อหวังที่จะได้รับข้อมูลจากผู้ต้องหา บุชจึงอนุญาตให้ใช้ " เทคนิคการสอบสวนขั้นสูง " เช่น การทรมานด้วยการ จุ่มน้ำ^{[ 154 ]}การปฏิบัติต่อนักโทษที่เรือนจำอาบู กรายบ์ซึ่งเป็นเรือนจำของสหรัฐฯ ในอิรัก ก่อให้เกิดความไม่พอใจอย่างกว้างขวางหลังจากมีการเผยแพร่ภาพถ่ายการทารุณกรรมนักโทษสู่สาธารณะ^{[ 155 ]}

ในปี 2548 รัฐสภาได้ผ่านร่างกฎหมายว่าด้วยการปฏิบัติต่อผู้ถูกคุมขังซึ่งมีจุดประสงค์เพื่อห้ามการทรมานแต่ในคำแถลงการลงนามบุชได้ยืนยันว่าอำนาจบริหารของเขาทำให้เขามีอำนาจที่จะยกเว้นข้อจำกัดที่กำหนดไว้ในร่างกฎหมายดังกล่าว^{[ 156 ]}นโยบายของบุชได้รับการตำหนิอย่างหนักจากศาลฎีกาในคดีHamdan v. Rumsfeld ในปี 2549 ซึ่งศาลปฏิเสธการใช้คณะกรรมการทหารของบุชโดยไม่ได้รับการอนุมัติจากรัฐสภา และตัดสินว่าผู้ถูกคุมขังทั้งหมดได้รับการคุ้มครองโดยอนุสัญญาเจนีวา^{[ 157 ]}หลังจากการตัดสินดังกล่าว รัฐสภาได้ผ่านร่างกฎหมายว่าด้วยคณะกรรมการทหารปี 2549ซึ่งมีผลเป็นการล้มล้าง คำตัดสินใน คดีHamdan ^{[ 158 ]}ศาลฎีกาได้ล้มล้างบางส่วนของกฎหมายดังกล่าวในคดีBoumediene v. Bush ในปี 2551 แต่ค่ายกักกันกวนตานาโมยังคงเปิดทำการอยู่จนถึงสิ้นสุดวาระการดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีของบุช^{[ 159 ]}

ความขัดแย้ง ระหว่างอิสราเอลและปาเลสไตน์ซึ่งดำเนินมาตั้งแต่กลางศตวรรษที่ 20 ยังคงดำเนินต่อไปภายใต้การปกครองของบุช หลังจากที่การประชุมสุดยอดแคมป์เดวิดของประธานาธิบดีคลินตันในปี 2000สิ้นสุดลงโดยไม่มีข้อตกลงการลุกฮือครั้งที่สอง (อินติฟา ดาครั้งที่สอง ) ก็เริ่มต้นขึ้นในเดือนกันยายนปี 2000 ^{[ 160 ]}ในขณะที่รัฐบาลก่อนหน้านี้พยายามทำหน้าที่เป็นผู้ไกล่เกลี่ยที่เป็นกลางระหว่างอิสราเอลและปาเลสไตน์ รัฐบาลบุชกลับกล่าวโทษความรุนแรงไปที่ชาวปาเลสไตน์ ทำให้ รัฐ อาหรับเช่นซาอุดีอาระเบีย ไม่ พอใจ^{[ 160 ] [ 161 ]}อย่างไรก็ตาม การสนับสนุนแนวทางแก้ปัญหาแบบสองรัฐ ของบุช ช่วยลดความขัดแย้งทางการทูตที่อาจเกิดขึ้นกับซาอุดีอาระเบีย^{[ 162 ]}ด้วยความหวังที่จะสร้างสันติภาพระหว่างอิสราเอลและปาเลสไตน์ รัฐบาลบุชจึงเสนอแผนงานเพื่อสันติภาพแต่แผนดังกล่าวไม่ได้ถูกนำไปปฏิบัติ และความตึงเครียดก็เพิ่มสูงขึ้นหลังจากการชนะ การเลือกตั้งปาเลสไตน์ ในปี 2006 ของ ฮามาส^{[ 163 ]}

ด้วยความเชื่อว่าการกีดกันทางการค้าเป็นอุปสรรคต่อการเติบโตทางเศรษฐกิจ บุชจึงได้ทำข้อตกลงการค้าเสรีกับหลายประเทศ เมื่อบุชเข้ารับตำแหน่ง สหรัฐอเมริกามีข้อตกลงการค้าเสรีกับเพียงสามประเทศ ได้แก่ อิสราเอล แคนาดา และเม็กซิโก บุชลงนามในข้อตกลงการค้าเสรีระหว่างชิลีและสหรัฐอเมริกาและข้อตกลงการค้าเสรีระหว่างสิงคโปร์และสหรัฐอเมริกาในปี 2546 และได้ทำข้อตกลงการค้าเสรีระหว่างโมร็อกโกและสหรัฐอเมริกา และข้อตกลงการค้าเสรีระหว่างออสเตรเลียและสหรัฐอเมริกาในปีถัดมา เขายังได้ทำข้อตกลงการค้าเสรีระหว่างบาห์เรนและสหรัฐอเมริกา ข้อตกลงการค้าเสรีระหว่าง โอมานและสหรัฐอเมริกาข้อตกลงส่งเสริมการค้าระหว่างเปรูและสหรัฐอเมริกาและข้อตกลงการค้าเสรีระหว่างสาธารณรัฐโดมินิกันและอเมริกากลางนอกจากนี้ บุชยังได้ทำข้อตกลงการค้าเสรีกับเกาหลีใต้ โคลอมเบีย และปานามา แม้ว่าข้อตกลงกับประเทศเหล่านี้จะยังไม่ได้รับการให้สัตยาบันจนกระทั่งปี 2554 ^{[ 164 ]}

ในปี 2545 สหรัฐอเมริกาได้ถอนตัวออก จาก สนธิสัญญาต่อต้านขีปนาวุธระหว่างสหรัฐฯ และรัสเซีย^{[ 165 ]}นี่ถือเป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์หลังสงครามโลกครั้งที่ 2 ที่สหรัฐอเมริกาถอนตัวออกจากสนธิสัญญาอาวุธระหว่างประเทศที่สำคัญ^{[ 166 ]}จีนแสดงความไม่พอใจต่อการถอนตัวของอเมริกา^{[ 167 ]} จากนั้นประธานาธิบดี วลาดิมีร์ ปูตินที่เพิ่งได้รับเลือกตั้งใหม่ของรัสเซียกล่าวว่าการถอนตัวของอเมริกาจากสนธิสัญญา ABM เป็นความผิดพลาด^{[ 167 ]}และต่อมาในสุนทรพจน์ของประธานาธิบดีต่อสมัชชาแห่งสหพันธรัฐ เมื่อวันที่ 1 มีนาคม 2561 ได้ประกาศการพัฒนาระบบขีปนาวุธใหม่ทางเทคโนโลยีหลายชุดเพื่อตอบสนองต่อการถอนตัวของบุช^{[ 168 ] [ 169 ] [ 170 ]}ใน ภาพยนตร์เรื่อง The Putin Interviews ของ Oliver Stoneในปี 2560 ปูตินกล่าวว่าในการพยายามโน้มน้าวให้รัสเซียยอมรับการถอนตัวของสหรัฐฯ จากสนธิสัญญา ทั้งคลิ นตันและบุชต่างพยายามโน้มน้าวเขาถึงภัยคุกคามทางนิวเคลียร์ที่กำลังเกิดขึ้นจากอิหร่าน^{[ 171 ]}

เมื่อวันที่ 14 กรกฎาคม พ.ศ. 2550 รัสเซียประกาศว่าจะระงับการปฏิบัติตามพันธกรณีตามสนธิสัญญาว่าด้วยกองกำลังติดอาวุธตามแบบแผนในยุโรปโดยมีผลบังคับใช้หลังจาก 150 วัน ความล้มเหลวนี้อาจกล่าวได้ว่าเป็นจุดเริ่มต้นของ การแก้แค้น ของปูติน^{[ 172 ]}

บุชเน้นย้ำถึงการสร้างความสัมพันธ์ส่วนตัวที่ดีขึ้นกับประธานาธิบดีวลาดิมีร์ ปูตินแห่งรัสเซียเพื่อให้มั่นใจได้ว่าความสัมพันธ์ระหว่างสหรัฐฯ และรัสเซียจะราบรื่น หลังจากพบกับปูตินในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2544 ประธานาธิบดีทั้งสองต่างแสดงความเห็นในแง่ดีเกี่ยวกับการร่วมมือกันระหว่างสองอดีตคู่ปรับในสงครามเย็น^{[ 173 ]}หลังจากการโจมตี 9/11 ปูตินอนุญาตให้สหรัฐฯ ใช้พื้นที่น่านฟ้าของรัสเซีย และปูตินสนับสนุนให้ รัฐ ในเอเชียกลางมอบสิทธิ์การตั้งฐานทัพให้แก่สหรัฐฯ^{[ 174 ]}ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2545 สหรัฐฯ และรัสเซียได้ลงนามในสนธิสัญญาลดอาวุธนิวเคลียร์เชิงรุกซึ่งมุ่งลดคลังอาวุธนิวเคลียร์ของทั้งสองประเทศลงอย่างมาก^{[ 175 ]}ความสัมพันธ์ระหว่างบุชและปูตินเย็นชาลงในช่วงวาระที่สองของบุช เนื่องจากบุชวิพากษ์วิจารณ์การปราบปรามฝ่ายตรงข้ามทางการเมืองของปูตินในรัสเซียมากขึ้นเรื่อยๆ และความสัมพันธ์ก็ตกต่ำลงไปอีกหลังจากเกิดสงครามรัสเซีย-จอร์เจียในปี พ.ศ. 2551 ^{[ 176 ]}

ในการกล่าวสุนทรพจน์เรื่องสถานการณ์ของประเทศในปี 2002 บุชได้จัดกลุ่มอิหร่านร่วมกับอิรักและเกาหลีเหนือให้เป็นสมาชิกของ "แกนแห่งความชั่วร้าย" โดยกล่าวหาอิหร่านว่าให้ความช่วยเหลือองค์กรก่อการร้าย^{[ 177 ]}ในปี 2006 อิหร่านได้เปิดโรงงานนิวเคลียร์สามแห่งขึ้นใหม่ ซึ่งอาจทำให้อิหร่านสามารถเริ่มต้นกระบวนการสร้างระเบิดนิวเคลียร์ได้^{[ 178 ]}หลังจากการกลับมาดำเนินโครงการนิวเคลียร์ของอิหร่านหลายคนในแวดวงทหารและนโยบายต่างประเทศของสหรัฐฯ คาดการณ์ว่าบุชอาจพยายามเปลี่ยนแปลงระบอบการปกครองของอิหร่าน^{[ 179 ]}ในเดือนธันวาคม 2006 คณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติ ได้ผ่าน มติที่ 1737อย่างเป็นเอกฉันท์ซึ่งกำหนดมาตรการคว่ำบาตรต่ออิหร่านเพื่อควบคุมโครงการนิวเคลียร์ของอิหร่าน^{[ 180 ]}

เกาหลีเหนือได้พัฒนาอาวุธทำลายล้างสูงมาหลายปีก่อนที่บุชจะเข้ารับตำแหน่ง และรัฐบาลคลินตันได้พยายามแลกเปลี่ยนความช่วยเหลือทางเศรษฐกิจเพื่อยุติโครงการอาวุธทำลายล้างสูงของเกาหลีเหนือ แม้ว่ารัฐมนตรีต่างประเทศพาวเวลล์จะสนับสนุนให้สานต่อความสัมพันธ์ แต่เจ้าหน้าที่รัฐบาลคนอื่นๆ รวมถึงรองประธานาธิบดีเชนีย์ กลับมีความสงสัยในความจริงใจของเกาหลีเหนือมากกว่า บุชจึงพยายามโดดเดี่ยวเกาหลีเหนือโดยหวังว่าระบอบการปกครองจะล่มสลายในที่สุด^{[ 181 ]}

เกาหลีเหนือทำการทดสอบขีปนาวุธเมื่อวันที่ 5 กรกฎาคม พ.ศ. 2549 ซึ่งนำไปสู่มติคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติที่ 1695เมื่อวันที่ 3 ตุลาคม ประเทศดังกล่าวระบุว่า "ภัยคุกคามอย่างรุนแรงของสหรัฐฯ ต่อสงครามนิวเคลียร์มาตรการคว่ำบาตรและแรงกดดัน บังคับให้เกาหลีเหนือทำการทดสอบนิวเคลียร์ " ซึ่งฝ่ายบริหารของบุชปฏิเสธและประณาม^{[ 182 ]}ไม่กี่วันต่อมา เกาหลีเหนือก็ทำตามสัญญาที่จะทดสอบอาวุธนิวเคลียร์ [ ^{183 ] เมื่อ}วันที่ 14 ตุลาคม คณะมนตรีความมั่นคงได้ผ่านมติคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติที่ 1718 อย่างเป็นเอกฉันท์ลงโทษเกาหลีเหนือสำหรับการทดสอบดัง กล่าว ^{[ 184 ]}ในช่วงท้ายของการดำรงตำแหน่งประธานาธิบดี บุชพยายามที่จะเปิดการเจรจากับเกาหลีเหนืออีกครั้ง แต่เกาหลีเหนือยังคงพัฒนาโครงการนิวเคลียร์ต่อไป^{[ 185 ]}

หลังจากเข้ารับตำแหน่งได้ไม่นาน บุชได้ให้คำมั่นว่าจะบริจาคเงิน 200 ล้านดอลลาร์ให้กับกองทุนโลกเพื่อต่อสู้กับโรคเอดส์ วัณโรค และมาลาเรีย [ ^{186 ] เมื่อ}พบว่าความพยายามนี้ไม่เพียงพอ บุชจึงได้รวบรวมทีมผู้เชี่ยวชาญเพื่อหาวิธีที่ดีที่สุดสำหรับสหรัฐอเมริกาในการลดความเสียหายทั่วโลกที่เกิดจากการระบาดของโรคเอดส์^{[ 186 ]}ผู้เชี่ยวชาญซึ่งนำโดยแอนโทนี เอส. ฟอซีแนะนำให้สหรัฐอเมริกาเน้นการจัดหายาต้านไวรัสให้กับประเทศกำลังพัฒนาในแอฟริกาและแคริบเบียน^{[ 186 ]}ในสุนทรพจน์แถลงนโยบายประจำปีในเดือนมกราคม พ.ศ. 2546 ประธานาธิบดีบุชได้วางแผนยุทธศาสตร์ห้าปีสำหรับการบรรเทาโรคเอดส์ ฉุกเฉินทั่วโลก ซึ่งก็คือ แผนฉุกเฉินของประธานาธิบดีเพื่อการบรรเทาโรคเอดส์ด้วยการอนุมัติของรัฐสภา บุชได้ให้คำมั่นว่าจะจัดสรรเงิน 15 พันล้านดอลลาร์ให้กับความพยายามนี้ ซึ่งถือเป็นการเพิ่มขึ้นอย่างมากเมื่อเทียบกับเงินทุนภายใต้รัฐบาลชุดก่อนๆ ใกล้สิ้นสุดวาระการดำรงตำแหน่งประธานาธิบดี บุชได้ลงนามอนุมัติโครงการอีกครั้งซึ่งเพิ่มเงินทุนเป็นสองเท่า ภายในปี 2012 โครงการ PEPFAR ได้จัดหายาต้านไวรัสให้กับผู้คนกว่า 4.5 ล้านคน^{[ 187 ]}

ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2548 คาร์ล โรฟ และ ลูอิส "สกูเตอร์" ลิบบี้ที่ปรึกษาทางการเมืองหลักของ บุชและรองประธานาธิบดี ดิ๊ก เชนีย์ ตามลำดับ ถูกวิพากษ์วิจารณ์จากการเปิดเผยตัวตนของ วา เลอรี พลาเมเจ้าหน้าที่หน่วยข่าวกรองกลาง (CIA) ที่ทำงานลับ ให้กับนักข่าวใน คดีการรั่วไหลของ ข้อมูลCIA ^{[ 188 ]}โจเซฟ ซี. วิลสันสามีของพลาเมได้ตั้งข้อสงสัยต่อคำกล่าวอ้างของบุชที่ว่าฮุสเซนพยายามที่จะได้ยูเรเนียมจากแอฟริกาและอัยการพิเศษได้รับมอบหมายให้ตรวจสอบว่าเจ้าหน้าที่ฝ่ายบริหารได้รั่วไหลตัวตนของพลาเมเพื่อแก้แค้นวิลสันหรือไม่^{[ 189 ]}ลิบบี้ลาออกในวันที่ 28 ตุลาคม เพียงไม่กี่ชั่วโมงหลังจากที่คณะลูกขุนใหญ่ ได้ ฟ้องร้อง เขาในข้อหาให้ การเท็จหลายกระทงและขัดขวางกระบวนการยุติธรรมในคดีนี้ ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2550 ลิบบี้ถูกตัดสินว่ามีความผิดใน 4 กระทง และเชนีย์ได้กดดันให้บุชอภัยโทษให้ลิบบี้ แทนที่จะอภัยโทษให้ลิบบี้หรือปล่อยให้เขาไปติดคุก บุชกลับลดโทษให้ลิบบี้ ทำให้เกิดความแตกแยกกับเชนีย์ ซึ่งกล่าวหาบุชว่าทิ้ง "ทหารไว้ในสนามรบ" ^{[ 188 ]}

ในเดือนธันวาคม 2006 บุชได้ปลดอัยการสหรัฐฯ จำนวน 8 คน แม้ว่าอัยการเหล่านี้จะดำรงตำแหน่งตามความพอใจของประธานาธิบดี แต่การปลดอัยการจำนวนมากในช่วงกลางวาระนั้นไม่เคยเกิดขึ้นมาก่อน และบุชก็ถูกกล่าวหาว่าปลดอัยการด้วยเหตุผลทางการเมืองล้วนๆ ในระหว่างการเลือกตั้งปี 2006 เจ้าหน้าที่พรรครีพับลิกันหลายคนบ่นว่าอัยการสหรัฐฯ ไม่ได้สืบสวนการทุจริตการเลือกตั้ง อย่างเพียงพอ ด้วยการสนับสนุนของแฮร์เรียต ไมเออร์สและคาร์ล โรฟ อัยการสูงสุดกอนซาเลสจึงปลดอัยการสหรัฐฯ จำนวน 8 คนที่ถูกมองว่าไม่สนับสนุนนโยบายของรัฐบาลอย่างเพียงพอ แม้ว่ากอนซาเลสจะอ้างว่าอัยการถูกไล่ออกเนื่องจากเหตุผลด้านผลการปฏิบัติงาน แต่เอกสารที่เปิดเผยต่อสาธารณะแสดงให้เห็นว่าอัยการถูกปลดด้วยเหตุผลทางการเมือง ผลจากการปลดและการสืบสวนของรัฐสภาในเวลาต่อมา ทำให้โรฟและกอนซาเลสลาออกจากตำแหน่งทั้งคู่ รายงานปี 2008 ของผู้ตรวจการทั่วไปของกระทรวงยุติธรรมพบว่าการไล่ออกนั้นมีแรงจูงใจทางการเมือง แต่ไม่มีใครถูกดำเนินคดีเกี่ยวกับการไล่ออกเหล่านั้น^{[ 190 ]}

ในการเลือกตั้งกลางเทอมปี 2002 บุชกลายเป็นประธานาธิบดีคนแรกนับตั้งแต่แฟรงคลิน ดี. รูสเวลต์ในปี 1934ที่พรรคของตนเองได้รับที่นั่งเพิ่มในทั้งสองสภาของรัฐสภา พรรครีพับลิกันได้รับที่นั่งเพิ่มสองที่นั่งในการเลือกตั้งวุฒิสภาทำให้พวกเขากลับมาควบคุมสภาได้อีกครั้ง^{[ 196 ]}บุชกล่าวสุนทรพจน์ในหลายสถานที่เพื่อสนับสนุนพรรคของเขา โดยรณรงค์หาเสียงโดยเน้นถึงความปรารถนาที่จะโค่นล้มรัฐบาลของซัดดัม ฮุสเซน บุชมองว่าผลการเลือกตั้งเป็นการพิสูจน์ความถูกต้องของนโยบายภายในประเทศและต่างประเทศของเขา^{[ 197 ]}

บุชและทีมหาเสียงของเขาได้หยิบยกแนวคิดที่ว่าบุชเป็น "ผู้นำที่แข็งแกร่งในช่วงสงคราม" ขึ้นมา แม้ว่าแนวคิดนี้จะถูกบั่นทอนลงด้วยสงครามอิรักที่ไม่เป็นที่นิยมมากขึ้นเรื่อยๆ ก็ตาม^{[ 56 ]}นโยบายอนุรักษ์นิยมของเขาเกี่ยวกับการลดภาษีและประเด็นอื่นๆ อีกหลายประเด็นดึงดูดใจคนจำนวนมากทางฝ่ายขวา แต่บุชก็สามารถอ้างความสำเร็จที่เป็นกลางได้เช่นกัน รวมถึงโครงการ No Child Left Behind, Sarbanes-Oxley และ Medicare Part D ^{[ 198 ]}ด้วยความกลัวว่าเขาอาจจะทำลายโอกาสในการเลือกตั้งใหม่ของบุช เชนีย์จึงเสนอที่จะถอนตัวจากการลงสมัครรับเลือกตั้ง แต่บุชปฏิเสธข้อเสนอนี้ และทั้งสองได้รับการเสนอชื่ออีกครั้งโดยไม่มีคู่แข่งในการประชุมใหญ่พรรครีพับลิกันปี 2004 [ ^{199 ] ตาม}คำแนะนำของนักสำรวจความคิดเห็นMatthew Dowdซึ่งมองเห็นว่าจำนวนผู้มีสิทธิเลือกตั้งที่ไม่ แน่นอนลดลงอย่างต่อเนื่อง การหาเสียงของบุชในปี 2004 จึงเน้นการดึงดูดผู้มีสิทธิเลือกตั้งฝ่ายอนุรักษ์นิยมมากกว่าการโน้มน้าวใจผู้มีแนวคิดสายกลาง^{[ 200 ]}

In the 2004 Democratic primaries, Senator John Kerry of Massachusetts defeated several other candidates, effectively clinching the nomination on March 2. A Vietnam War veteran, Kerry had voted to authorize the Iraq War but had come to oppose it.^[201] The Bush campaign sought to define Kerry as a "flip-flopper" due to his vote on a bill funding the Afghanistan and Iraq wars.^[202] Kerry sought to convince Republican senator John McCain to become his running mate, but chose Senator John Edwards of North Carolina for the position after McCain rejected the offer.^[203] The election saw a major jump in turnout; while 105 million people had voted in 2000, 123 million people voted in 2004. Bush won re-election with 50.7% percent of the popular vote, making him the first individual to win a majority of the popular vote since his father in 1988, while Kerry received 48.3% of the popular vote. Bush won 286 electoral votes, winning Iowa, New Mexico, and every state he won in 2000 except for New Hampshire, while Kerry received 251 electoral votes.^[204] In the concurrent congressional elections, Republicans secured a government trifecta after retaining their majorities in the House of Representatives and the Senate, and Speaker of the HouseDennis Hastert and Senate Majority LeaderBill Frist both remained in their posts.

Damaged by the unpopularity of the Iraq War and President Bush, the Republicans lost control of both houses of Congress in the 2006 mid-term elections. Republicans were also damaged by various scandals, including the Jack Abramoff Indian lobbying scandal and the Mark Foley scandal. The elections confirmed Bush's declining popularity, as many of the candidates he had personally campaigned for were defeated. After the elections, Bush announced the resignation of Rumsfeld and promised to work with the new Democratic majority.^[205]

การเลือกตั้งปี 2008 จัดขึ้นในวันที่ 4 พฤศจิกายน บุชมีวาระจำกัดในปี 2008 เนื่องจากการแก้ไขรัฐธรรมนูญครั้งที่ 22วุฒิสมาชิกจอห์น แมคเคน ชนะการเลือกตั้งขั้นต้นของพรรครีพับลิกันในปี 2008ในขณะที่วุฒิสมาชิกบารัค โอบามาจากรัฐอิลลินอยส์ เอาชนะวุฒิสมาชิกฮิลลารี คลินตันจากรัฐนิวยอร์ก เพื่อชนะการเลือกตั้งขั้นต้นของพรรคเดโมแครตในปี 2008 [ ^{206 ] ชัยชนะ}ของโอบามาในการเลือกตั้งขั้นต้นของพรรคเดโมแครตส่วนใหญ่เป็นผลมาจากการต่อต้านสงครามอิรักอย่างแข็งขัน เนื่องจากคลินตันเคยลงคะแนนเสียงเห็นชอบสงครามอิรักในปี 2002 ^{[ 207 ]}แมคเคนพยายามที่จะแยกตัวเองออกจากนโยบายที่ไม่เป็นที่นิยมของบุช และบุชปรากฏตัวเพียงทางดาวเทียมในการประชุมใหญ่พรรครีพับลิกันปี 2008ทำให้เขาเป็นประธานาธิบดีที่ดำรงตำแหน่งคนแรกนับตั้งแต่ลินดอน บี. จอห์นสันที่ไม่ได้ปรากฏตัวในการประชุมใหญ่ของพรรคตนเองในปี1968 ^{[ 206 ]}

แมคเคนขึ้นนำในผลสำรวจความคิดเห็นในช่วงสั้นๆ หลังการประชุมพรรครีพับลิกัน แต่โอบามาก็กลับมาเป็นผู้นำในผลสำรวจอย่างรวดเร็ว^{[ 208 ]}การหาเสียงของแมคเคนได้รับความเสียหายอย่างหนักจากความไม่เป็นที่นิยมของรัฐบาลบุชและสงครามอิรัก และการตอบสนองของแมคเคนต่อวิกฤตการณ์ทางการเงิน ที่เกิดขึ้นอย่างเต็มรูปแบบ ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2551 ถูกมองว่าไม่แน่นอน^{[ 209 ]}โอบามาได้รับคะแนนเสียงเลือกตั้ง 365 เสียง และคะแนนเสียงจากประชาชน 52.9% การเลือกตั้งครั้งนี้ทำให้พรรคเดโมแครตได้ควบคุมทั้งฝ่ายนิติบัญญัติและฝ่ายบริหารเป็นครั้งแรกนับตั้งแต่การเลือกตั้งปี พ.ศ. 2537หลังการเลือกตั้ง บุชได้แสดงความยินดีกับโอบามาและเชิญเขาไปที่ทำเนียบขาว ด้วยความช่วยเหลือจากรัฐบาลบุชการเปลี่ยนผ่านตำแหน่งประธานาธิบดีของบารัค โอบามาได้รับการยกย่องอย่างกว้างขวางว่าประสบความสำเร็จ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับการเปลี่ยนผ่านระหว่างประธานาธิบดีจากพรรคการเมืองที่แตกต่างกัน^{[ 210 ]}ระหว่างพิธีสาบานตนเข้ารับตำแหน่งเมื่อวันที่ 20 มกราคม พ.ศ. 2552 โอบามาได้กล่าวขอบคุณบุชสำหรับการรับใช้ในฐานะประธานาธิบดีและการสนับสนุนการเปลี่ยนผ่านอำนาจของโอบามา^{[ 211 ]}