ฉางเจียง (长江;長江) ซึ่งหมายถึง "แม่น้ำสายยาว " เป็นชื่อเรียกแม่น้ำในภาษาจีนอย่างไรก็ตาม ชาวจีนได้ตั้งชื่อที่แตกต่างกันให้กับบางส่วนของแม่น้ำ (ชื่อภาษาอังกฤษในปัจจุบันมาจากชื่อโบราณของแม่น้ำเพียงบางส่วน – ดูด้านล่าง) ^{[ 16 ] [ 17 ]}

ในภาษาจีนโบราณ แม่น้ำแยงซีเรียกว่าJiang/Kiang江[ ^{18 ]}ซึ่งเป็น^{อักษร}ที่ มีต้นกำเนิด จากคำประสมทางเสียงและความหมาย โดยรวม รากศัพท์ น้ำ氵เข้า กับคำพ้องเสียง工(ปัจจุบันออกเสียงว่าgōngแต่ในภาษาจีนโบราณ ออกเสียงว่า *kˤoŋ ^{[ 19 ]} ) คำว่า Kongน่าจะเป็นคำใน ภาษา ออสโตรเอเชียของชนพื้นเมือง เช่น ชาวเย่ว์คล้ายกับ*krongในภาษาโปรโตเวียดนามและkrungในภาษามอญซึ่งทั้งหมดมีความหมายว่า "แม่น้ำ" เกี่ยวข้องกับคำว่า^sông ( แม่น้ำ) ในภาษาเวียดนามสมัยใหม่ และkrung (เมืองริมแม่น้ำ) ในภาษาเขมร ซึ่งเป็นที่มาของ krung (เมืองหลวง) ในภาษาไทย ไม่ใช่ kôngkea (น้ำ) ซึ่งมาจากรากศัพท์ภาษาสันสกฤตgáṅgā ^{[ 20} ]

ในสมัยราชวงศ์ฮั่น คำว่า "เจียง " ในภาษาจีน มีความหมายว่า แม่น้ำ ทุกสายและแม่น้ำสายนี้ได้รับการยกย่องว่าเป็น "แม่น้ำใหญ่" ( ต้าเจียง ) คำว่า " ยาว " (長) ถูกนำมาใช้เรียกแม่น้ำสายนี้อย่างเป็นทางการครั้งแรกในสมัยหกราชวงศ์

แม่น้ำแยงซีมีหลายช่วงที่มีชื่อเรียกเฉพาะถิ่น ตั้งแต่เมืองอี้ปินไปจนถึงเมืองอี้ฉางแม่น้ำที่ไหลผ่านมณฑล เสฉวน และเทศบาลนครฉงชิ่งนั้นรู้จักกันในชื่อชวนเจียง (川江) หรือ " แม่น้ำเสฉวน " ในมณฑลหูเป่ยแม่น้ำนี้เรียกอีกชื่อหนึ่ง ว่า จิงเจียง (荆江;荊江) หรือ "แม่น้ำจิง" ตาม ชื่อ เมืองจิงโจวหนึ่งในเก้ามณฑลของจีนโบราณ ส่วนในมณฑลอานฮุยแม่น้ำนี้มีชื่อเรียกเฉพาะถิ่นว่าว่านเจียงตามชื่อย่อของมณฑลอานฮุย คือว่าน (皖) แม่น้ำ จินซา ("ทรายทอง") หมายถึงแม่น้ำ แยงซีช่วง 2,308 กิโลเมตร (1,434 ไมล์)จากเมืองอี้ปินขึ้นไปจนถึงจุดบรรจบกับแม่น้ำปาตังใกล้เมืองหยูซูในมณฑลชิงไห่ ในขณะที่ แม่น้ำ ถงเทียน ("นำไปสู่สวรรค์") หมายถึง ช่วง 813 กิโลเมตร (505 ไมล์)จากเมืองหยูซูขึ้นไปจนถึงจุดบรรจบของแม่น้ำถัวถัวและแม่น้ำตังฉู่    

แม่น้ำหยางซี (揚子江;扬子江) หรือ "แม่น้ำหยางซี" ซึ่งเป็นที่มาของชื่อภาษาอังกฤษ ว่า Yangtzeเป็นชื่อท้องถิ่นของแม่น้ำหยางซีตอนล่างในภูมิภาคหยางโจวชื่อนี้อาจมาจากท่าเรือข้ามฟากโบราณที่เรียกว่า Yángzǐหรือ Yángzǐjīn (揚子 / 揚子津) ^{[ 21 ]}ชาวยุโรปที่มาถึงบริเวณสามเหลี่ยมปากแม่น้ำหยางซี ได้นำ ชื่อท้องถิ่นนี้มาใช้เรียกแม่น้ำทั้งสาย ^{[ 16 ]}

ในฝั่งตะวันตก แม่น้ำนี้ถูกเรียกว่าQuian (江) และQuianshui (江水) โดยมาร์โค โปโล [ ^{22 ]}และปรากฏบนแผนที่ภาษาอังกฤษยุคแรกๆ ในชื่อKian หรือ Kiam [ ^{23 ] [ 24 ] [ 18 ] ใน}ช่วงกลางศตวรรษที่ 19 การถอดเสียงเป็นอักษรโรมันเหล่านี้ได้^{มาตรฐาน}เป็นKiang

รูปแบบที่เกี่ยวข้องซึ่งเป็นที่นิยมในภาษาอังกฤษคือ "Kian-ku" ^{[ 25 ]}ซึ่งสะกดว่า "Keeang-Koo" ^{[ 26 ]}และ "Kyang Kew" ^{[ 27 ]}ซึ่งมาจากการเข้าใจผิดว่าคำภาษาจีนสำหรับปากแม่น้ำแยงซี (江口, Jiāngkǒu ) เป็นชื่อของแม่น้ำเอง

ชื่อแม่น้ำบลูริเวอร์^{เริ่ม}ถูกนำมาใช้ในศตวรรษที่ 18 ^{[ 23 ]}เห็นได้ชัดว่าเนื่องมาจากชื่อเดิมของแม่น้ำดัมชู^{[ 29 ]}หรือแม่น้ำหมิน^{[ 31 ]}และจากการเปรียบเทียบกับแม่น้ำเหลือง [ ^{32 ] [ 33 ]}แต่ในเอกสารอ้างอิงภาษาอังกฤษในยุคแรกๆ มักอธิบายว่าเป็น 'คำแปล' ของแม่น้ำเจียง^{[ 34 ] [ 35 ]}เจียงโข่ว [ ^{26 ] หรือ}แม่น้ำหยางซีเจียง^{[ 36 ]}ชื่อนี้พบได้ทั่วไปในแหล่งข้อมูลในศตวรรษที่ 18 และ 19 แต่ก็เสื่อมความนิยมลงเนื่องจากผู้คนเริ่มตระหนักถึงการขาดความเชื่อมโยงกับชื่อภาษาจีนของแม่น้ำ^{[ 37 ] [ 38 ]}และเนื่องจากความขัดแย้งในการนำไปใช้กับทางน้ำที่เต็มไปด้วยโคลนเช่นนี้^{[ 38 ] [ 39 ]}

บันทึกภาษาละตินของMatteo Ricci ในปี 1615 เรื่อง De Christiana expeditione apud Sinasมีคำอธิบายเกี่ยวกับ "Iansu" และ "Iansuchian" ^{[ 40 ]}การแปลชื่อในบันทึกหลังมรณกรรมเป็นFils de la Mer ("บุตรแห่งมหาสมุทร") ^{[ 40 ] [ 41 ]}แสดงให้เห็นว่า Ricci ซึ่งในช่วงปลายชีวิตของเขาเชี่ยวชาญภาษาจีนเชิงวรรณกรรม ได้รับการแนะนำให้รู้จักกับชื่อนี้ในรูปแบบเสียงพ้อง洋子江มากกว่า揚子江ที่ใช้กันทั่วไป ยิ่งไปกว่านั้น แม้ว่าทางรถไฟและสัมปทานเซี่ยงไฮ้จะทำให้เมืองนี้กลายเป็นเมืองชายขอบในเวลา ต่อมา แต่ หยางโจวก็เป็นท่าเรือหลักของแม่น้ำตอนล่างในช่วงราชวงศ์ชิง เป็นส่วนใหญ่ โดยเป็นศูนย์กลางการผูกขาดเกลือที่สำคัญของเหลียงเจียงและเชื่อมต่อแม่น้ำแยงซีกับคลองใหญ่ไปยังปักกิ่ง (การเชื่อมต่อดังกล่าวทำให้ที่นี่เป็นหนึ่งในท่าเรือหลักของแม่น้ำเหลือง ระหว่างช่วงน้ำท่วมใน ปี 1344และช่วงปี 1850 ซึ่งในช่วงเวลานั้นแม่น้ำเหลืองไหลไปทางใต้ของมณฑลซานตงและไหลลงสู่มหาสมุทรห่างจากปากแม่น้ำแยงซีเพียงไม่กี่ร้อยกิโลเมตร^{[ 37 ] [ 25 ]} )

Yángzǐ Jiāng (揚子江;扬子江) หรือ "แม่น้ำหยางซี" ซึ่งเป็นที่มาของชื่อภาษาอังกฤษ ว่า Yangtzeเป็นชื่อท้องถิ่นของแม่น้ำหยางซีตอนล่างในภูมิภาคหยางโจว (ดูข้างต้น) ชาวยุโรปที่มาถึงบริเวณสามเหลี่ยมปากแม่น้ำหยางซี ได้นำ ชื่อท้องถิ่นนี้มาใช้เรียกแม่น้ำทั้งสาย ^{[ 16 ]}

ภายในปี 1800 นักทำแผนที่ชาวอังกฤษ เช่นแอรอน แอร์โรว์สมิธได้นำรูปแบบชื่อแบบฝรั่งเศสมาใช้^{[ 42 ]}เป็นYang-tseหรือYang-tse  Kiang ^{[ 43 ]}นักการทูตชาวอังกฤษโทมัส เวดได้แก้ไขเป็นYang-tzu Chiangซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการถอดเสียงภาษาจีนเป็นอักษรโรมัน ที่เคย ได้ รับความนิยม โดยอิงจากสำเนียงปักกิ่งแทนที่จะเป็นสำเนียงหนานจิง และตีพิมพ์ครั้งแรกในปี 1867 การสะกดYangtzeและYangtze  Kiangเป็นการประนีประนอมระหว่างสองวิธีที่นำมาใช้ในการประชุมไปรษณีย์จักรวรรดิปี 1906 ที่เซี่ยงไฮ้ ซึ่งได้กำหนดการถอดเสียงไปรษณีย์เป็น อักษร โรมันHanyu Pinyin ถูกนำมาใช้โดย สมัชชาใหญ่ครั้งแรกของสาธารณรัฐประชาชนจีนในปี 1958 แต่ไม่ได้ถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในภาษาอังกฤษนอกจีนแผ่นดินใหญ่ก่อนการฟื้นฟูความสัมพันธ์ทางการทูตระหว่างสหรัฐอเมริกาและสาธารณรัฐประชาชนจีนในปี 1979 ตั้งแต่นั้นมา การสะกดYangziก็ถูกนำมาใช้เช่นกัน

แหล่งกำเนิดและต้นน้ำของแม่น้ำแยงซีตั้งอยู่ในพื้นที่ที่มีชาวทิเบตอาศัย อยู่ของ มณฑลชิงไห่ [ ^{44 ] ใน}ภาษาทิเบต ต้นน้ำของแม่น้ำทูโอตูเรียกว่ามาจู ( ทิเบต: རྨ་ཆུ་ , Wylie : rma-chu , แปลตรงตัวว่า "น้ำสีแดง") ส่วนแม่น้ำถงเทียนเรียกว่าดริจู ( འབྲི་ཆུ་ , 'Bri Chu') แปลตรงตัวว่า "น้ำของจามรี ตัวเมีย " ( ถอดเสียงเป็นภาษาจีน:直曲; พินอิน: Zhíqū )

แม้ว่าปากแม่น้ำเหลืองจะผันผวนไปทางเหนือและใต้ของคาบสมุทรซานตง อย่างกว้างขวาง ในบันทึกทางประวัติศาสตร์ แต่แม่น้ำแยงซีกลับคงที่โดยส่วนใหญ่ จากการศึกษาอัตราการตกตะกอนอย่างไรก็ตาม เป็นไปได้ยากที่แหล่งน้ำไหลออกในปัจจุบันจะเกิดขึ้นก่อนปลายสมัยไมโอซีน ( ประมาณ11 ล้านปี ก่อน ) ^{[ 51 ]}ก่อนหน้านี้ ต้นน้ำของแม่น้ำไหลลงใต้ไปยังอ่าวตองกินตามแนวหรือใกล้กับเส้นทางของแม่น้ำแดง ในปัจจุบัน ^{[ 52 ]}

แม่น้ำแยงซีมีความสำคัญต่อต้นกำเนิดทางวัฒนธรรมของจีนตอนใต้และญี่ปุ่น^{[ 53 ]}มีการยืนยันกิจกรรมของมนุษย์ใน พื้นที่ สามหุบเขาเมื่อ 27,000 ปีก่อน^{[ 54 ]}และในช่วงสหัสวรรษที่ 5 ก่อน คริสต์ศักราช แม่น้ำแยงซีตอนล่างเป็นศูนย์กลางประชากรที่สำคัญซึ่งมีวัฒนธรรมเหอมู่ตูและ หม่าเจียปังอาศัยอยู่ ซึ่งทั้งสองวัฒนธรรมนี้เป็นหนึ่งในกลุ่มผู้ปลูกข้าวกลุ่มแรกๆ ในช่วงสหัสวรรษที่ 3 ก่อน คริสต์ศักราช วัฒนธรรมเหลียงจู ซึ่งเป็นวัฒนธรรม สืบทอดต่อมาได้แสดงให้เห็นถึงอิทธิพลจากชาวหลงซานในที่ราบจีนตอนเหนือ^{[ 55 ]}สิ่งที่ปัจจุบันถือว่าเป็นวัฒนธรรมจีนนั้นพัฒนาขึ้นตาม ลุ่ม แม่น้ำเหลือง ที่อุดมสมบูรณ์กว่า ชาว " เย่ว์ " ในแม่น้ำแยงซีตอนล่างมีประเพณีที่แตกต่างกันมากเช่นการทาฟันดำการตัดผมสั้นการสักร่างกาย และการอาศัยอยู่ในหมู่บ้านเล็กๆ ท่ามกลางป่าไผ่^{[ 56 ]}และถูกมองว่าเป็นคนป่าเถื่อนโดยชาวเหนือ 

หุบเขาแม่น้ำแยงซีตอนกลางเป็นที่ตั้งของวัฒนธรรมยุคหินใหม่ ที่เจริญรุ่งเรือง ^{[ 57 ]}ต่อมาได้กลายเป็นส่วนแรกสุดของหุบเขาแม่น้ำแยงซีที่ถูกรวมเข้ากับขอบเขตทางวัฒนธรรมของจีนตอนเหนือ (ชาวจีนตอนเหนือมีบทบาทในบริเวณนั้นมาตั้งแต่ยุคสำริด ) ^{[ 58 ]}

ในแม่น้ำแยงซีตอนล่างชนเผ่าเย่ว์ สองเผ่า ได้แก่ โกวหวู่ในเจียงซู ตอนใต้ และหยูเย่ว์ในเจ้อเจียง ตอนเหนือ แสดงให้เห็นถึงอิทธิพลของราชวงศ์โจว (เช่น ชาวจีนตอนเหนือ) ที่เพิ่มมากขึ้นตั้งแต่ศตวรรษที่ 9 ก่อน คริสต์ศักราช บันทึกดั้งเดิม^{[ 59 ]}ระบุว่าการเปลี่ยนแปลงเหล่านี้เกิดจากผู้ลี้ภัยจากทางเหนือ ( ไท่ป๋อและจงหยงในอู๋ และหวู่หยีในเย่ว์) ที่เข้ามายึดอำนาจเหนือชนเผ่าท้องถิ่น แม้ว่าโดยทั่วไปแล้วจะถือว่าเป็นตำนานที่ถูกสร้างขึ้นเพื่อสร้างความชอบธรรมให้แก่ผู้ปกครองราชวงศ์โจวคนอื่นๆ ในฐานะอาณาจักรอู๋และเย่ว์พวกเขามีชื่อเสียงในฐานะชาวประมง ช่างต่อเรือ และช่างตีดาบ การนำอักษรจีนสถาบันทางการเมือง และเทคโนโลยีทางการทหารมาใช้ ทำให้พวกเขากลายเป็นหนึ่งในรัฐ ที่มีอำนาจมากที่สุด ในช่วงปลาย ราชวงศ์ โจว ในแม่น้ำ แยงซีตอนกลางรัฐจิงดูเหมือนจะเริ่มต้นในหุบเขาแม่น้ำฮั่นตอนบนในฐานะรัฐเล็กๆ ของราชวงศ์โจว แต่ได้ปรับตัวให้เข้ากับวัฒนธรรมพื้นเมืองเมื่อขยายตัวไปทางใต้และตะวันออกเข้าสู่หุบเขาแม่น้ำแยงซี ในกระบวนการนี้ รัฐจิงได้เปลี่ยนชื่อเป็นฉู่^{[ 60 ]}

ไม่ว่าจะเป็นชนพื้นเมืองหรือผู้ที่รับอิทธิพลจากชนพื้นเมือง รัฐต่างๆ ในลุ่มแม่น้ำแยงซีก็สามารถต้านทานอำนาจของจีนตอนเหนือได้ บางแหล่งข้อมูลระบุว่ารัฐเหล่านี้มีมหาอำนาจถึง 3 ใน5 มหาอำนาจแห่งยุคฤดูใบไม้ผลิและ ฤดูใบไม้ร่วง และ 1 ใน4 ขุนศึกแห่งยุคสงครามอย่างไรก็ตาม พวกเขาก็แตกแยกกันเอง อำนาจที่เพิ่มขึ้นของรัฐฉู่ทำให้รัฐจินซึ่งเป็นคู่แข่งหันมาสนับสนุนรัฐอู๋เพื่อต่อต้าน รัฐอู๋สามารถยึดเมืองอิง เมืองหลวงของรัฐฉู่ได้สำเร็จ ในปี 506 ก่อนคริสต์ศักราช แต่ต่อมารัฐฉู่ก็สนับสนุนรัฐเย่ว์ในการโจมตีปีกด้านใต้ของรัฐอู๋ ในปี 473 ก่อนคริสต์ศักราชพระเจ้ากู่เจี้ยนแห่งเย่ว์ได้ผนวกรัฐอู๋เข้าเป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรโดยสมบูรณ์ และย้ายราชสำนักไปยังเมืองหลวงชื่อเดียวกัน ที่เมืองซูโจวในปัจจุบัน ในปี 333 ก่อนคริสต์ศักราช รัฐฉู่ได้รวมลุ่มแม่น้ำแยงซีตอนล่างเข้าเป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรโดยการผนวกรัฐเย่ว์ ซึ่งว่ากันว่าราชวงศ์ของเย่ว์ได้หนีลงใต้และก่อตั้ง อาณาจักร หมินเย่ว์ในมณฑลฝูเจี้ย น ราชวงศ์ฉินสามารถรวมจีนได้โดยการปราบปรามอาณาจักรปาและฉู่ที่อาศัยอยู่บริเวณแม่น้ำแยงซีตอนบนในมณฑลเสฉวน ในปัจจุบัน ซึ่งทำให้พวกเขามีฐานที่มั่นแข็งแกร่งในการโจมตีที่ตั้งถิ่นฐานของอาณาจักรฉู่ตามแนวแม่น้ำ   

อาณาจักรฉินพิชิตภูมิภาคแม่น้ำแยงซีตอนกลาง ซึ่งเป็นดินแดนหลักของอาณาจักรฉู่ในอดีต ในปี 278 ก่อนคริสต์ศักราช และผนวกดินแดนนั้นเข้ากับอาณาจักรที่กำลังขยายตัว จากนั้นฉินก็ใช้เส้นทางคมนาคมตามแม่น้ำเซียงขยายอำนาจไปยังหูหนานเจียงซี และกวางตุ้งโดยจัดตั้งกองบัญชาการทหารตามเส้นทางคมนาคมหลัก เมื่อราชวงศ์ฉินล่มสลาย กองบัญชาการทางใต้เหล่านี้ได้กลายเป็นจักรวรรดินานเยว่ ที่เป็นอิสระ ภายใต้ การปกครองของ จ้าวถัวในขณะที่ฉู่และฮั่นต่างแย่งชิงอำนาจกันทางเหนือ

นับตั้งแต่สมัยราชวงศ์ฮั่นภูมิภาคลุ่มแม่น้ำแยงซีมีความสำคัญต่อเศรษฐกิจของจีนมากขึ้นเรื่อยๆ การสร้างระบบชลประทาน (ระบบที่มีชื่อเสียงที่สุดคือตู้เจียงหยานทางตะวันตกเฉียงเหนือของเฉิงตู ซึ่งสร้างขึ้นใน สมัย ราชวงศ์จ้านกั๋ว) ทำให้การเกษตรมีความมั่นคงและมีผลผลิตสูง จนในที่สุดก็แซงหน้าแม้กระทั่ง ภูมิภาค ลุ่มแม่น้ำเหลืองจักรวรรดิฉินและฮั่นมีส่วนร่วมอย่างแข็งขันในการตั้งถิ่นฐานทางการเกษตรในที่ราบลุ่มแม่น้ำแยงซี โดยรักษาระบบคันกั้นน้ำเพื่อป้องกันพื้นที่เพาะปลูกจากน้ำท่วมตามฤดูกาล^{[ 61 ]}ในสมัยราชวงศ์ซ่ง พื้นที่ตามแนวแม่น้ำแยงซีกลายเป็นหนึ่งในพื้นที่ที่ร่ำรวยและพัฒนามากที่สุดของประเทศ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในบริเวณลุ่มน้ำตอนล่าง ในช่วงต้นราชวงศ์ชิง ภูมิภาคที่เรียกว่าเจียงหนาน (ซึ่งรวมถึงตอนใต้ของมณฑลเจียงซูตอนเหนือของ มณฑลเจ้ อเจียงและเจียงซีและตอนตะวันออกเฉียงใต้ของมณฑลอานฮุย)ให้รายได้แก่ประเทศถึง1/3 – 1/2

แม่น้ำแยงซีเป็นกระดูกสันหลังของระบบการขนส่งทางน้ำภายในประเทศของจีนมายาวนาน ซึ่งยังคงมีความสำคัญเป็นพิเศษมาเกือบสองพันปี จนกระทั่งมีการสร้างเครือข่ายทางรถไฟแห่งชาติในช่วงศตวรรษที่ 20 คลองแกรนด์คาแนลเชื่อมต่อแม่น้ำแยงซีตอนล่างกับเมืองสำคัญๆ ใน ภูมิภาค เจียงหนานทางตอนใต้ของแม่น้ำ ( อู๋ซีซูโจว หางโจว ) และกับจีนตอนเหนือ (ตั้งแต่หยางโจว ไปจนถึงปักกิ่ง) คลองหลิงฉู่โบราณที่ไม่ค่อยเป็นที่รู้จัก ซึ่งเชื่อมต่อ แม่น้ำเซียงตอนบนกับต้นน้ำของแม่น้ำกุ้ยเจียงทำให้สามารถเชื่อมต่อทางน้ำโดยตรงจากลุ่มแม่น้ำแยงซีไปยังสามเหลี่ยมปากแม่น้ำเพิร์ลได้^{[ 62 ]}

ในอดีต แม่น้ำแยงซีเคยเป็นพรมแดนทางการเมืองระหว่างจีนเหนือและจีนใต้หลายครั้ง (ดูประวัติศาสตร์จีน ) เนื่องจากเป็นการยากที่จะข้ามแม่น้ำ เหตุการณ์นี้เกิดขึ้นอย่างเห็นได้ชัดในช่วงราชวงศ์เหนือ ราชวงศ์ใต้และราชวงศ์ซ่งใต้มีการสู้รบหลายครั้งเกิดขึ้นตามริมแม่น้ำ โดยสงครามที่มีชื่อเสียงที่สุดคือยุทธการผาแดงในปี ค.ศ. 208 ในช่วงสามก๊ก

แม่น้ำแยงซีเป็นสถานที่เกิดการรบทางทะเลระหว่างราชวงศ์ซ่งและจินจูร์เชนในช่วงสงครามจิน-ซ่ ง ในยุทธนาวีไฉ่ซือในปี 1161 เรือของจักรพรรดิว่านหยานเหลียง แห่งจิน ได้ปะทะกับกองเรือซ่งบนแม่น้ำแยงซี ทหารซ่งยิงระเบิดปูนขาวและกำมะถันโดยใช้เครื่องยิงหินใส่เรือรบจูร์เชน การรบครั้งนี้เป็นชัยชนะของซ่งที่หยุดยั้งการรุกรานของจิน^{[ 63 ] [ 64 ]}ยุทธนาวีถังเต่าเป็นการรบทางทะเลบนแม่น้ำแยงซีอีกครั้งในปีเดียวกัน

ในทางการเมืองนานจิงเคยเป็นเมืองหลวงของจีนหลายครั้ง แม้ว่าส่วนใหญ่แล้วอาณาเขตของเมืองจะครอบคลุมเพียงทางตะวันออกเฉียงใต้ของจีนเท่านั้น เช่น ในสมัย อาณาจักรอู่ในยุคสามก๊ก ราชวงศ์จินตะวันออกและใน ยุค ราชวงศ์เหนือ ราชวงศ์ใต้และ ยุค ห้าราชวงศ์สิบอาณาจักร มีเพียง ราชวงศ์ หมิง เท่านั้น ที่ครอบครองพื้นที่ส่วนใหญ่ของจีนจากเมืองหลวงนานจิง แม้ว่าต่อมาจะย้ายเมืองหลวงไปที่ปักกิ่งก็ตาม เมืองหลวงของรัฐบาลชาตินิยมตั้งอยู่ในนานจิงในช่วงปี 1927-1937 และ 1945-1949

หมื่นไมล์แห่งแม่น้ำแยงซีภาพวาดทิวทัศน์สมัยราชวงศ์หมิง

เรือJardineซึ่งเป็นเรือกลไฟลำแรกที่แล่นในแม่น้ำสายนี้ ถูกสร้างขึ้นสำหรับบริษัทJardine, Matheson & Co. ของอังกฤษ ในปี 1835 เรือลำเล็กนี้มีไว้เพื่อขนส่งผู้โดยสารและไปรษณีย์ระหว่างเกาะหลินตินมาเก๊าและหวงผู่อย่างไรก็ตาม ชาวจีนซึ่งเข้มงวดในการบังคับใช้กฎระเบียบเกี่ยวกับเรือต่างชาติ ไม่พอใจที่ "เรือไฟ" แล่นขึ้นไปตามแม่น้ำกวางโจว อุปราชรักษาการแห่งเหลียงกวงได้ออกพระราชกฤษฎีกาเตือนว่าเรือลำนี้จะถูกยิงหากพยายามเดินทาง^{[ 65 ]} ใน การทดลองเดินเรือครั้งแรก ของ Jardineจากเกาะหลินติน ป้อมปราการทั้งสองฝั่งของแม่น้ำโบกได้เปิดฉากยิง และเรือถูกบังคับให้หันกลับ ทางการจีนออกคำเตือนเพิ่มเติมโดยยืนยันว่าเรือต้องออกจากน่านน้ำจีน ไม่ว่าในกรณีใด Jardineก็ต้องการการซ่อมแซมและถูกส่งไปยังสิงคโปร์^{[ 66 ]}

ต่อมาลอร์ดพาล์เมอร์สตันรัฐมนตรีต่างประเทศได้ตัดสินใจโดยอาศัย "คำแนะนำ" ของวิลเลียม จาร์ดีน เป็นหลัก ในการประกาศสงครามกับจีน ในช่วงกลางปี ​​ค.ศ. 1840 กองเรือรบขนาดใหญ่ได้ปรากฏตัวขึ้นที่ชายฝั่งจีน และเมื่อกระสุนปืนใหญ่ลูกแรกถูกยิงใส่เรืออังกฤษ คือเรือรอยัลแซกซอนอังกฤษก็ได้เริ่มต้นสงครามฝิ่นครั้งแรกเรือรบของกองทัพเรืออังกฤษได้ทำลายป้อมปืนชายฝั่งและเรือรบจีนจำนวนมาก พร้อมทั้งทำลายป้อมปราการชายฝั่งหลายแห่งตลอดทาง ในที่สุด พวกเขาก็รุกคืบขึ้นเหนือมาใกล้พอที่จะคุกคามพระราชวังอิมพีเรียลใน กรุง ปักกิ่งได้^{[ 65 ]}

บริษัท China Navigation Company เป็นบริษัทเดินเรือยุคแรกๆ ที่ก่อตั้งขึ้นในปี 1876 ในลอนดอน โดยเริ่มแรกทำการค้าขายตามแม่น้ำแยงซีจากฐานที่ตั้งในเซี่ยงไฮ้ โดยขนส่งผู้โดยสารและสินค้า การค้าชายฝั่งของจีนเริ่มขึ้นไม่นานหลังจากนั้น และในปี 1883 ก็ได้เริ่มให้บริการเดินเรือประจำไปยังออสเตรเลีย^{[ 65 ]}

เรือกลไฟมาถึงแม่น้ำตอนบนช้ากว่าปกติ ซึ่งเป็นช่วงที่ทอดยาวจากอี้ฉางไปยังฉงชิ่ง น้ำท่วมจากหิมะที่ละลายในเทือกเขาหิมาลัยทำให้เกิดกระแสน้ำตามฤดูกาลที่อันตราย แต่ฤดูร้อนเป็นช่วงเวลาที่เหมาะสมกว่าสำหรับการเดินเรือ และช่องเขา 3 แห่งซึ่งได้รับการอธิบายว่าเป็น "ทางผ่านยาว 150 ไมล์ ซึ่งเปรียบเสมือนคอแคบของนาฬิกาทราย" ก่อให้เกิดภัยคุกคามจากกระแสน้ำวน กระแสน้ำวน และกระแสน้ำหมุนวนที่เป็นอันตราย ทำให้เกิดความท้าทายอย่างมากต่อการเดินเรือกลไฟ ยิ่งไปกว่านั้น ฉงชิ่งอยู่สูงจากระดับน้ำทะเล 700-800 ฟุต จึงต้องใช้เครื่องยนต์ที่มีกำลังสูงในการไต่ระดับขึ้นไปตามแม่น้ำ การเดินทางด้วยเรือสำเภาประสบความสำเร็จในการเดินทางขึ้นไปตามแม่น้ำโดยใช้คนลากจูง 70-80 คน ซึ่งเป็นคนผูกติดกับเชือกที่ใช้แรงดึงเรือขึ้นไปตามแม่น้ำผ่านช่วงที่อันตรายและเสี่ยงที่สุดของช่องเขา 3 แห่ง^{[ 67 ]}

อาร์ชิบัลด์ จอห์น ลิตเติล เริ่มสนใจการเดินเรือในแม่น้ำ แยงซีตอนบน เมื่อในปี 1876 อนุสัญญาเชฟู ได้เปิดฉงชิงให้เป็นเมืองที่คณะกงสุลเข้ามาพำนัก แต่มีเงื่อนไขว่าการค้าต่างประเทศจะเริ่มได้ก็ต่อเมื่อเรือกลไฟสามารถแล่นขึ้นไปถึงจุดนั้นได้แล้วเท่านั้น ลิตเติลจึงก่อตั้งบริษัทเดินเรือกลไฟแม่น้ำแยงซีตอนบน จำกัด และสร้างเรือ คูหลิงขึ้นมา แต่ความพยายามที่จะนำเรือขึ้นไปไกลกว่าเมืองอี้ฉางนั้นถูกขัดขวางโดยทางการจีน ซึ่งกังวลเกี่ยวกับการสูญเสียภาษีค่าผ่านทาง การแข่งขันกับธุรกิจเรือสำเภาพื้นเมือง และความเสียหายต่อเรือของพวกเขาที่เกิดจากคลื่นของเรือกลไฟ เรือคูหลิงจึงถูกขายให้กับบริษัทเดินเรือกลไฟพ่อค้าจีนเพื่อให้บริการในแม่น้ำตอนล่าง ในปี 1890 รัฐบาลจีนตกลงที่จะเปิดฉงชิงให้กับการค้าต่างประเทศ ตราบใดที่จำกัดเฉพาะเรือพื้นเมืองเท่านั้น

ในปี พ.ศ. 2438 สนธิสัญญาชิโมโนเซกิได้กำหนดบทบัญญัติที่เปิดฉงชิงให้กับการค้าต่างประเทศอย่างเต็มที่ ลิตเติลได้ย้ายเข้าไปอยู่ในฉงชิงและสร้างเรือลีฉวน ขึ้น เพื่อรับมือกับช่องเขาในปี พ.ศ. 2441 ในเดือนมีนาคมเรือลีฉวนได้เดินทางขึ้นไปตามแม่น้ำจนถึงฉงชิงสำเร็จ แต่ก็ต้องอาศัยความช่วยเหลือจากผู้ติดตามทางเรือลีฉวนไม่ได้ออกแบบมาเพื่อขนส่งสินค้าหรือผู้โดยสาร และหากลิตเติลต้องการสานต่อวิสัยทัศน์ของเขาให้ก้าวไปอีกขั้น เขาจำเป็นต้องมีนักเดินเรือผู้เชี่ยวชาญ^{[ 68 ]}

ในปี ค.ศ. 1898 ลิตเติลได้ชักชวนกัปตันซามูเอล คอร์เนลล์ แพลนต์ให้เดินทางมายังประเทศจีนเพื่อช่วยเหลือด้วยความเชี่ยวชาญของเขา กัปตันแพลนต์เพิ่งเสร็จสิ้นการเดินเรือในแม่น้ำคารุนตอนบนของเปอร์เซียและตอบรับข้อเสนอของลิตเติลที่จะประเมินแม่น้ำแยงซีตอนบน ด้วย เรือลีฉวนในช่วงปลายปี ค.ศ. 1898 ด้วยการออกแบบจากแพลนต์ ลิตเติลจึงได้สร้างเรือ SS Pioneerขึ้นโดยมีแพลนต์เป็นผู้บังคับการ ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1900 แพลนต์เป็นคนแรกที่นำเรือสินค้าไอน้ำในแม่น้ำแยงซีตอนบนจากอี้ฉางไปยังฉงชิ่งได้สำเร็จ เรือ Pioneerถูกขายให้กับกองทัพเรืออังกฤษหลังจากการเดินเรือครั้งแรกเนื่องจากภัยคุกคามจากกบฏบ็อกเซอร์และเปลี่ยนชื่อเป็น HMS Kinshaความพยายามของเยอรมนีในการสร้างเรือกลไฟในปีเดียวกันนั้นกับเรือ SS Suixingจบลงด้วยความหายนะ ใน การเดินทางครั้งแรก ของเรือ Suixingเรือชนหินและจมลง ทำให้กัปตันเสียชีวิตและยุติความหวังที่จะมีบริการเรือกลไฟพาณิชย์ในแม่น้ำแยงซีตอนบนอย่างสม่ำเสมอ

ในปี ค.ศ. 1908 พ่อค้าท้องถิ่นในมณฑลเสฉวนและรัฐบาลของพวกเขาได้ร่วมมือกับกัปตันแพลนท์ก่อตั้งบริษัทเดินเรือไอน้ำเสฉวน ซึ่งเป็นบริการเดินเรือที่ประสบความสำเร็จเป็นครั้งแรกระหว่างอี้ฉางและฉงชิ่ง กัปตันแพลนท์เป็นผู้ออกแบบและบังคับเรือสองลำของบริษัท คือ เรือ SS Shutungและเรือ SS Shuhunเรือจีนลำอื่นๆ ก็เริ่มเข้ามาให้บริการ และในปี ค.ศ. 1915 เรือต่างชาติก็แสดงความสนใจเช่นกัน แพลนท์ได้รับการแต่งตั้งจากกรมศุลกากรทางทะเลของจีน ให้ดำรง ตำแหน่งผู้ตรวจการแม่น้ำอาวุโสคนแรกในปี ค.ศ. 1915 ในบทบาทนี้ แพลนท์ได้ติดตั้งเครื่องหมายนำทางและจัดตั้งระบบส่งสัญญาณ

เขายังเขียนคู่มือสำหรับคำแนะนำของกัปตันเรือในเส้นทางแม่น้ำแยงซีตอนบนระหว่างเมืองอี้ฉางและฉงชิงซึ่งเป็นคำอธิบายโดยละเอียดพร้อมภาพประกอบเกี่ยวกับกระแสน้ำ โขดหิน และอันตรายอื่นๆ ในแม่น้ำแยงซีตอนบน พร้อมคำแนะนำในการเดินเรือ แพลนท์ฝึกอบรมคนนำร่องชาวจีนและชาวต่างชาติหลายร้อยคน ออกใบอนุญาต และทำงานร่วมกับรัฐบาลจีนเพื่อทำให้แม่น้ำปลอดภัยยิ่งขึ้นในปี 1917 โดยการกำจัดสิ่งกีดขวางและภัยคุกคามที่ยากที่สุดบางส่วนด้วยวัตถุระเบิด ในเดือนสิงหาคม 1917 บริษัทบริติช เอเชียติก ปิโตรเลียม กลายเป็นเรือกลไฟพาณิชย์ต่างชาติลำแรกที่เข้ามาในแม่น้ำแยงซีตอนบน บริษัทการค้าต่างๆ เช่น บริษัท โรเบิร์ต ดอลลาร์, จาร์ดีน แมทเทสัน , บัตเตอร์ฟิลด์ แอนด์ สไวร์และสแตนดาร์ด ออยล์ได้เพิ่มเรือกลไฟของตนเองเข้ามาในแม่น้ำระหว่างปี 1917 ถึง 1919 ระหว่างปี 1918 ถึง 1919 ความรุนแรงจากขุนศึกในมณฑลเสฉวนและสงครามกลางเมืองที่ทวีความรุนแรงขึ้นทำให้บริษัทเดินเรือกลไฟเสฉวนต้องปิดกิจการ^{[ 69 ]}ซูตงถูกยึดครองโดยขุนศึก และซูฮุนถูกนำลงแม่น้ำไปยังเซี่ยงไฮ้เพื่อความปลอดภัย^{[ 70 ]}

ในปี 1921 เมื่อกัปตันแพลนต์เสียชีวิตกลางทะเลขณะเดินทางกลับบ้านที่อังกฤษ กองทุนอนุสรณ์แพลนต์จึงถูกจัดตั้งขึ้นเพื่อสืบทอดชื่อและคุณูปการของแพลนต์ต่อการเดินเรือในแม่น้ำแยงซีตอนบน บริษัทเดินเรือขนาดใหญ่ที่ให้บริการในขณะนั้น ได้แก่ Butterfield & Swire, Jardine Matheson, Standard Oil, Mackenzie & Co., Asiatic Petroleum, Robert Dollar, China Merchants SN Co. และ British-American Tobacco Co. ได้ร่วมบริจาคพร้อมกับเพื่อนชาวต่างชาติและนักเดินเรือชาวจีน ในปี 1924 อนุสาวรีย์รูปทรงพีระมิดหินแกรนิตสูง 50 ฟุตถูกสร้างขึ้นในซินตัน บนที่ตั้งบ้านของกัปตันแพลนต์ ในชุมชนชาวจีนของนักเดินเรือและเจ้าของเรือสำเภา ด้านหนึ่งของอนุสาวรีย์จารึกเป็นภาษาจีนและอีกด้านหนึ่งเป็นภาษาอังกฤษ แม้ว่าจะถูกย้ายไปยังพื้นที่สูงกว่าก่อนถึงเขื่อนสามหุบเขาเมื่อไม่นานมานี้ อนุสาวรีย์ก็ยังคงตั้งตระหง่านอยู่เหนือแม่น้ำแยงซีตอนบนใกล้กับเมืองอี้ฉาง ซึ่งเป็นการแสดงความเคารพร่วมกันที่หาได้ยากต่อชาวตะวันตกในประเทศจีน^{[ 71 ] [ 72 ]}

บริษัทสแตนดาร์ดออยล์ดำเนินการเรือบรรทุกน้ำมัน Mei Ping, Mei An และ Mei Hsia ซึ่งถูกทำลายทั้งหมดในวันที่ 12 ธันวาคม พ.ศ. 2480 เมื่อเครื่องบินรบของญี่ปุ่นทิ้งระเบิดและจมเรือ USS Panay กัปตันของสแตนดาร์ดออยล์คนหนึ่งที่รอดชีวิตจากการโจมตีครั้งนี้เคยประจำการอยู่ที่แม่น้ำตอนบนเป็นเวลา 14 ปี^{[ 73 ]}

แผนที่การเดินเรือแม่น้ำแยงซีในปี ค.ศ. 1915

เหมา เจ๋อตุงประธานพรรคคอมมิวนิสต์จีนได้ทำการว่ายน้ำในแม่น้ำที่เมืองหวู่ฮั่น ในปี พ.ศ. 2499 และ พ.ศ. 2509 เพื่อเป็นการประชาสัมพันธ์ให้เห็นว่าตนเองมีสุขภาพดี และยังเป็นการจุดประกายกระแสการว่ายน้ำผ่านการโฆษณาชวนเชื่อของพรรคอีกด้วย^{[ 74 ] [ 75 ]}

ในปี 2002 นักผจญภัยและนักเดินเรือชาวเดนมาร์กTroels Kløvedalได้ล่องเรือขึ้นไปตามแม่น้ำแยงซี จากเซี่ยงไฮ้ ผ่านเขื่อนสามหุบเขา ในเรือใบ "Nordkaperen" ซึ่งเป็นเรือที่ชาวเดนมาร์กเป็นเจ้าของร่วมกัน Kløvedal ใช้เวลา 12 ปีในการเตรียมการและรวบรวมใบอนุญาตที่จำเป็น และด้วยลูกเรือชาวเดนมาร์ก สมาชิกในครอบครัวของเขา ล่ามชาวจีน และนักเดินเรือ ท้องถิ่นหลายคน เขาจึงกลายเป็นชาวต่างชาติคนแรกนับตั้งแต่ปี 1949 ที่ล่องเรือในแม่น้ำแยงซี^{[ 76 ]}การเดินทางที่ยาวนานหลายเดือนของเขาได้รับการบันทึกไว้ทั้งในหนังสือ "Kineserne syr med lang tråd" ในปี 2004 และรายการโทรทัศน์ "Kløvedal i Kina" ทาง^ช่อง DR [ ^{77 ]}

Jetour Zongheng G700เป็นยานพาหนะคันแรกในประวัติศาสตร์ที่สามารถข้ามแม่น้ำแยงซีได้สำเร็จ การข้ามเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ. 2568 และใช้เวลา 22 นาที^{[ 78 ]}

ผู้คนหลายสิบล้านคนอาศัยอยู่ในที่ราบลุ่มแม่น้ำแยงซี ซึ่งเป็นพื้นที่ที่เกิดน้ำท่วมตามธรรมชาติทุกฤดูร้อน และสามารถอยู่อาศัยได้ก็เพราะมีคันกั้นน้ำคอยปกป้องเท่านั้น น้ำท่วมครั้งใหญ่ที่ล้นคันกั้นน้ำได้สร้างความเดือดร้อนอย่างมากแก่ผู้ที่อาศัยและทำการเกษตรในบริเวณนั้น น้ำท่วมครั้งสำคัญ ได้แก่ น้ำท่วมในปี 1931, 1954 และ 1998

อุทกภัยภาคกลางของจีนปี 1931หรืออุทกภัยภาคกลางของจีนในปี 1931 เป็นชุดของอุทกภัยที่โดยทั่วไปถือว่าเป็นหนึ่งในภัยพิบัติทางธรรมชาติที่ร้ายแรงที่สุดเท่าที่เคยบันทึกไว้ และเกือบจะแน่นอนว่าเป็นภัยพิบัติที่ร้ายแรงที่สุดในศตวรรษที่ 20 (เมื่อไม่นับรวมโรคระบาดและภาวะอดอยาก) ประมาณการจำนวนผู้เสียชีวิตทั้งหมดมีตั้งแต่ 145,000 ถึง 3.7  ล้านถึง 4  ล้านคน^{[ 79 ] [ 80 ]} แม่น้ำ แยงซีเกิดอุทกภัยอีกครั้งในปี 1935ทำให้มีผู้เสียชีวิตจำนวนมาก

ระหว่างเดือนมิถุนายนถึงกันยายน ปี 1954 อุทกภัยแม่น้ำแยงซีเป็นเหตุการณ์น้ำท่วมครั้งใหญ่ที่เกิดขึ้นส่วนใหญ่ในมณฑลหูเป่ย เนื่องจากปริมาณน้ำฝนที่สูงผิดปกติและฤดูฝนที่ยาวนานเป็นพิเศษในบริเวณตอนกลางของแม่น้ำแยงซีในช่วงปลายฤดูใบไม้ผลิปี 1954 ระดับน้ำในแม่น้ำจึงเริ่มสูงขึ้นเหนือระดับปกติประมาณปลายเดือนมิถุนายน แม้จะพยายามเปิดประตูระบายน้ำสำคัญ 3 แห่งเพื่อบรรเทาระดับน้ำที่สูงขึ้นโดยการเบี่ยงน้ำ แต่ระดับน้ำท่วมก็ยังคงสูงขึ้นเรื่อยๆ จนถึงระดับสูงสุดเป็นประวัติการณ์ที่ 44.67 เมตรในเมืองจิงโจว มณฑลหูเป่ย และ 29.73 เมตรในเมืองอู่ฮั่น จำนวนผู้เสียชีวิตจากอุทกภัยครั้งนี้คาดการณ์ไว้ที่ 33,000 คน รวมทั้งผู้ที่เสียชีวิตจากโรคระบาดในภายหลังภัยพิบัติด้วย

อุทกภัยแม่น้ำแยงซีในปี พ.ศ. 2541เป็นอุทกภัยครั้งใหญ่หลายครั้งที่เกิดขึ้นตั้งแต่กลางเดือนมิถุนายนถึงต้นเดือนกันยายน พ.ศ. 2541 ตามแนวแม่น้ำแยงซี^{[ 81 ]}

ในช่วงฤดูร้อนปี 1998 ประเทศจีนประสบกับน้ำท่วมครั้งใหญ่ในบางส่วนของแม่น้ำแยงซีส่งผลให้มีผู้เสียชีวิต 3,704 ราย ผู้ไร้ที่อยู่อาศัย 15 ล้านคน และ ความเสียหายทางเศรษฐกิจมูลค่า 26 พันล้าน ดอลลาร์สหรัฐ ^{[ 82 ]}แหล่งข้อมูลอื่นรายงานว่ามีผู้เสียชีวิตรวม 4,150 คน และ มีผู้ได้รับผลกระทบ 180 ล้านคน^{[ 83 ]} พื้นที่ กว่า25 ล้านเอเคอร์ (100,000 ตารางกิโลเมตร⁾ ถูกอพยพบ้านเรือน 13.3 ล้านหลังได้รับความเสียหายหรือถูกทำลาย น้ำท่วมครั้งนี้ก่อให้เกิดความเสียหายมูลค่า 26 พันล้านดอลลาร์สหรัฐ^{[ 83 ]}    

เหตุการณ์น้ำท่วมในประเทศจีนเมื่อ ปี 2559 สร้าง  ความเสียหายคิดเป็นมูลค่า 22 พันล้านดอลลาร์สหรัฐ

ในปี 2020 แม่น้ำแยงซีมีปริมาณน้ำฝนมากที่สุดนับตั้งแต่ปี 1961 โดยเพิ่มขึ้น 79% ในเดือนมิถุนายนและกรกฎาคมเมื่อเทียบกับค่าเฉลี่ยในช่วงเวลาเดียวกันตลอด 41 ปีที่ผ่านมา ทฤษฎีใหม่ชี้ให้เห็นว่าการลดลงอย่างฉับพลันของการปล่อยก๊าซเรือนกระจกและละอองลอย ซึ่งเกิดจากการปิดเมืองในช่วงการระบาดของโควิด-19 เป็นสาเหตุสำคัญของฝนตกหนัก ในช่วงหลายทศวรรษที่ผ่านมา ปริมาณน้ำฝนลดลงเนื่องจากการเพิ่มขึ้นของละอองลอยในบรรยากาศ และการปล่อยก๊าซเรือนกระจกที่ลดลงในปี 2020 ทำให้เกิดผลตรงกันข้าม นั่นคือปริมาณน้ำฝนที่เพิ่มขึ้นอย่างมาก การลดลงอย่างมากของละอองลอยดังกล่าวทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงอย่างมากในส่วนประกอบต่างๆ ของระบบภูมิอากาศ แต่การเปลี่ยนแปลงอย่างฉับพลันของระบบภูมิอากาศเช่นนี้จะแตกต่างจากการเปลี่ยนแปลงที่ตอบสนองต่อการลดการปล่อยก๊าซเรือนกระจกอย่างต่อเนื่องแต่ค่อยเป็นค่อยไปตามนโยบาย^{[ 84 ]}

ตั้งแต่ช่วงทศวรรษ 1950 เป็นต้นมา มีการสร้างเขื่อนและคันกั้นน้ำเพื่อควบคุมน้ำท่วม การถมที่ดิน การชลประทาน และการควบคุมพาหะนำโรค เช่นพยาธิใบไม้ในเลือดที่ทำให้เกิดโรคพยาธิ ใบไม้ในเลือด ส่งผล ให้ทะเลสาบมากกว่าร้อยแห่งถูกตัดขาดจากแม่น้ำสายหลัก^{[ 85 ]}มีประตูน้ำระหว่างทะเลสาบที่สามารถเปิดได้ในช่วงน้ำท่วม อย่างไรก็ตาม เกษตรกรและชุมชนต่างๆ ได้รุกล้ำที่ดินข้างทะเลสาบแม้ว่าจะห้ามตั้งถิ่นฐานก็ตาม เมื่อเกิดน้ำท่วม การเปิดประตูน้ำจึงเป็นไปไม่ได้ เพราะจะก่อให้เกิดความเสียหายอย่างมาก^{[ 86 ]}ดังนั้นทะเลสาบจึงแห้งเหือดไปบางส่วนหรือทั้งหมด ตัวอย่างเช่นทะเลสาบไป่ตังหดตัวจาก100 ตารางกิโลเมตร (39 ตารางไมล์)ในช่วงทศวรรษ 1950 เหลือเพียง40 ตารางกิโลเมตร (15 ตารางไมล์)ในปี 2005 ทะเลสาบจางตูลดขนาดลงเหลือเพียงหนึ่งในสี่ของขนาดเดิม ผลผลิตการประมงตามธรรมชาติในทะเลสาบทั้งสองลดลงอย่างมาก มีเพียงทะเลสาบขนาดใหญ่ไม่กี่แห่ง เช่นทะเลสาบโปยางและทะเลสาบตงติงเท่านั้นที่ยังคงเชื่อมต่อกับแม่น้ำแยงซี การตัดขาดทะเลสาบอื่นๆ ที่เคยทำหน้าที่เป็นแนวกันชนตามธรรมชาติสำหรับน้ำท่วม ทำให้ความเสียหายจากน้ำท่วมในพื้นที่ปลายน้ำเพิ่มมากขึ้น นอกจากนี้ การไหลเวียนตามธรรมชาติของปลาอพยพยังถูกขัดขวาง และความหลากหลายทางชีวภาพทั่วทั้งลุ่มน้ำลดลงอย่างมาก การเลี้ยง ปลาอย่างเข้มข้น ในบ่อโดยใช้ ปลาคาร์พ ชนิดหนึ่ง ที่เจริญเติบโตได้ดีใน สภาพน้ำที่มีสารอาหาร สูงและกินสาหร่ายเป็นอาหาร ทำให้เกิดมลพิษอย่างกว้างขวาง มลพิษยิ่งทวีความรุนแรงขึ้นจากการปล่อยของเสียจากฟาร์มเลี้ยงหมู รวมถึงน้ำเสียจากอุตสาหกรรมและเทศบาลที่ไม่ได้ผ่านการบำบัด^{[ 85 ] [ 87 ]}ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2555 แม่น้ำแยงซีใกล้เมืองฉงชิงกลายเป็นสีแดงเนื่องจากมลพิษ^{[ 88 ]}การสร้างเขื่อนสามหุบเขาได้สร้าง "กำแพงเหล็ก" ที่ผ่านไม่ได้ ซึ่งนำไปสู่การลดลงอย่างมากของความหลากหลายทางชีวภาพของแม่น้ำ ปลาสเตอร์เจียนแม่น้ำแยงซีใช้การเปลี่ยนแปลงตามฤดูกาลของการไหลของแม่น้ำเป็นสัญญาณบ่งบอกว่าถึงเวลาอพยพแล้ว อย่างไรก็ตาม การเปลี่ยนแปลงตามฤดูกาลเหล่านี้จะลดลงอย่างมากเนื่องจากเขื่อนและการผันน้ำ สัตว์อื่นๆ ที่กำลังเผชิญกับภัยคุกคามต่อการสูญพันธุ์ในทันที ได้แก่โลมาไป่จี โลมาไม่มีครีบหลังแคบและจระเข้แม่น้ำแยงซีจำนวนสัตว์เหล่านี้ลดลงอย่างรวดเร็วจากผลกระทบร่วมกันของการจับโดยบังเอิญระหว่างการประมง การจราจรทางน้ำ การสูญเสียที่อยู่อาศัย และมลพิษ ในปี 2549 โลมาไป่จีได้สูญพันธุ์ไป โลกสูญเสียสกุลทั้งหมดไป^{[ 89 ]}    

ในปี 2020 รัฐบาลจีนได้ผ่านกฎหมายที่ครอบคลุมเพื่อปกป้องระบบนิเวศของแม่น้ำ กฎหมายใหม่นี้รวมถึงการเสริมสร้างกฎการคุ้มครองระบบนิเวศสำหรับโครงการไฟฟ้าพลังน้ำตามแนวแม่น้ำ การห้ามโรงงานเคมีในระยะ 1 กิโลเมตรจากแม่น้ำ การย้ายอุตสาหกรรมที่ก่อให้เกิดมลพิษ การจำกัดการขุดทรายอย่างเข้มงวด รวมถึงการห้ามจับปลาในทางน้ำธรรมชาติทั้งหมดของแม่น้ำ รวมถึงลำน้ำสาขาและทะเลสาบที่สำคัญทั้งหมด^{[ 90 ]}

จากข้อมูลของ The Ocean Cleanupซึ่งเป็นมูลนิธิวิจัยด้านสิ่งแวดล้อมของเนเธอร์แลนด์ที่มุ่งเน้นเรื่องมลพิษในมหาสมุทร ระบุว่า แม่น้ำแยงซีก่อให้เกิดมลพิษพลาสติกในมหาสมุทร มากกว่าแม่น้ำ สายอื่น ๆแม่น้ำ 10 สายเป็นตัวนำพาพลาสติกถึง 90% ของพลาสติกทั้งหมดที่ไหลลงสู่มหาสมุทรผ่านทางแม่น้ำ โดยแม่น้ำแยงซีเป็นแม่น้ำที่ก่อให้เกิดมลพิษมากที่สุด^{[ 91 ] [ 92 ]}

ในปี พ.ศ. 2545 ได้มีการริเริ่มโครงการนำร่องเพื่อเชื่อมต่อทะเลสาบกับแม่น้ำแยงซีอีกครั้ง โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเพิ่มความหลากหลายทางชีวภาพและบรรเทาปัญหาน้ำท่วม ทะเลสาบแรกที่เชื่อมต่อกันอีกครั้งในปี พ.ศ. 2547 ได้แก่ทะเลสาบจางตูทะเลสาบหงหูและทะเลสาบเทียนเอ๋อโจวในมณฑลหูเป่ย บนแม่น้ำแยงซีตอนกลาง ในปี พ.ศ. 2548 ทะเลสาบไป่ตังในมณฑลอานฮุยก็ได้รับการเชื่อมต่ออีกครั้งเช่นกัน^{[ 87 ]}

การเชื่อมต่อทะเลสาบเข้าด้วยกันอีกครั้งช่วยปรับปรุงคุณภาพน้ำและทำให้ปลาสามารถอพยพจากแม่น้ำเข้าสู่ทะเลสาบได้ ซึ่งช่วยเพิ่มจำนวนและสายพันธุ์ของปลา การทดลองยังแสดงให้เห็นว่าการเชื่อมต่อทะเลสาบเข้าด้วยกันช่วยลดน้ำท่วมได้ แนวทางใหม่นี้ยังเป็นประโยชน์ต่อเกษตรกรในด้านเศรษฐกิจด้วย เกษตรกรผู้เลี้ยงปลาในบ่อเปลี่ยนมาใช้อาหารปลาจากธรรมชาติ ซึ่งช่วยให้พวกเขาสามารถเพาะพันธุ์ปลาที่มีคุณภาพดีขึ้นและขายได้ในราคาที่สูงขึ้น ทำให้รายได้เพิ่มขึ้น 30% จากโครงการนำร่องที่ประสบความสำเร็จ รัฐบาลจังหวัดอื่นๆ จึงเลียนแบบประสบการณ์และเชื่อมต่อทะเลสาบที่เคยถูกตัดขาดจากแม่น้ำเข้าด้วยกันอีกครั้ง ในปี 2548 ได้มีการจัดตั้ง Yangtze Forum ขึ้น โดยรวบรวมรัฐบาลจังหวัดริมแม่น้ำ 13 แห่งเพื่อจัดการแม่น้ำตั้งแต่ต้นน้ำจนถึงทะเล^{[ 93 ]}ในปี 2549 กระทรวงเกษตรของจีนได้กำหนดให้การเชื่อมต่อแม่น้ำแยงซีกับทะเลสาบเป็นนโยบายระดับชาติ ในปี 2010 รัฐบาลระดับมณฑลในห้ามณฑลและเซี่ยงไฮ้ได้จัดตั้งเครือข่ายพื้นที่คุ้มครองที่มีประสิทธิภาพ 40 แห่ง ครอบคลุม^{พื้นที่}16,500 ตารางกิโลเมตร(6,400 ตารางไมล์)ส่งผลให้ประชากรของสัตว์ใกล้สูญพันธุ์ 47 ชนิดเพิ่มขึ้น รวมถึงจระเข้แม่น้ำแยงซีที่ใกล้สูญพันธุ์อย่างยิ่ง ในเขตเซี่ยงไฮ้ พื้นที่ชุ่มน้ำที่ได้รับการฟื้นฟูช่วยปกป้องแหล่งน้ำดื่มของเมือง มีการวางแผนขยายเครือข่ายไปทั่วทั้งแม่น้ำแยงซีเพื่อให้ครอบคลุม 102 พื้นที่และ185,000 ตารางกิโลเมตร(71,000 ตาราง^ไมล์) ในที่สุด นายกเทศมนตรีเมืองอู่ฮั่นประกาศว่าทะเลสาบในเมืองขนาดใหญ่ที่น้ำนิ่ง 6 แห่ง รวมถึงทะเลสาบตะวันออก (อู่ฮั่น)จะถูกเชื่อมต่อกันอีกครั้งด้วยงบประมาณ 2.3 พันล้านดอลลาร์สหรัฐ เพื่อสร้างภูมิทัศน์พื้นที่ชุ่มน้ำในเมืองที่ใหญ่ที่สุดของจีน^{[ 85 ] [ 94 ]}       

แม่น้ำแยงซีเป็นแม่น้ำที่ยาวที่สุดและมีความสำคัญทางเศรษฐกิจมากที่สุดในเอเชียและเป็นแม่น้ำที่ใหญ่เป็นอันดับห้าของโลกในแง่ของปริมาณน้ำไหล นอกจากนี้ยังเป็นแม่น้ำที่ใหญ่ที่สุดที่ไหลผ่านประเทศเดียวทั้งหมด บริเวณปากแม่น้ำมีปริมาณน้ำไหลเฉลี่ยต่อปีประมาณ 995.8 ลูกบาศก์กิโลเมตร (31,550 ลูกบาศก์เมตร^ต่อวินาที)ระหว่างปี 1955 ถึง 2021 สถานีวัดระดับน้ำแห่งสุดท้ายบนแม่น้ำตั้งอยู่ที่ต้าถง ( 30°50′57.9192″N 117°43′47.4096″E / 30.849422000°N 117.729836000°E / 30.849422000; 117.729836000 ) ณ จุดนี้ มีการตรวจสอบปริมาณน้ำไหลอย่างสม่ำเสมอ แผนภูมิด้านล่างนี้อ้างอิงจากกระแสเฉลี่ยระหว่างปี พ.ศ. 2493 ถึง พ.ศ. 2563 ^{[ 3 ] [ 95 ] [ 4 ]} 

ข้อมูล ณ ปี 2011มีการค้นพบปลา 416 ชนิดในลุ่มแม่น้ำ แยงซี รวมถึง 362 ชนิดที่เป็นปลาน้ำจืดโดยเฉพาะ ส่วนที่เหลือพบได้ในน้ำเค็มหรือ น้ำ กร่อย เช่น ปากแม่น้ำหรือทะเลจีนตะวันออกทำให้แม่น้ำแยงซีเป็นหนึ่งในแม่น้ำที่มีความหลากหลายทางชีวภาพมากที่สุดในเอเชีย และมีความหลากหลายทางชีวภาพมากที่สุดในจีน (เมื่อเปรียบเทียบแม่น้ำเพิร์ลมีปลาเกือบ 300 ชนิด และแม่น้ำเหลือง มี 160 ชนิด) ^{[ 96 ]}มีปลา 178 ชนิดที่เป็นปลาเฉพาะถิ่นในลุ่มแม่น้ำแยงซี^{[ 96 ]}หลายชนิดพบได้เฉพาะในบางส่วนของลุ่มแม่น้ำ โดยเฉพาะอย่างยิ่งบริเวณต้นน้ำ (เหนือเมืองอี้ฉางแต่ต่ำกว่าต้นน้ำในที่ราบสูงชิงไห่-ทิเบต ) ซึ่งอุดมไปด้วยปลา 279 ชนิด รวมถึงปลาเฉพาะถิ่นของแม่น้ำแยงซี 147 ชนิด และปลาเฉพาะถิ่นโดยเฉพาะ 97 ชนิด (พบเฉพาะในส่วนนี้ของลุ่มแม่น้ำเท่านั้น) ในทางตรงกันข้าม ต้นน้ำซึ่งมีความสูงเฉลี่ยมากกว่า4,500 เมตร (14,800 ฟุต)เป็นที่อยู่อาศัยของสิ่งมีชีวิตที่มีความเชี่ยวชาญสูงเพียง 14 ชนิด แต่ 8 ในจำนวนนี้เป็นสิ่งมีชีวิตเฉพาะถิ่นของแม่น้ำ^{[ 96 ]}อันดับที่ใหญ่ที่สุดในแม่น้ำแยงซี ได้แก่Cypriniformes (280 ชนิด รวมทั้ง 150 ชนิดที่เป็นสิ่งมีชีวิตเฉพาะถิ่น), Siluriformes (40 ชนิด รวมทั้ง 20 ชนิดที่เป็นสิ่งมีชีวิตเฉพาะถิ่น), Perciformes (50 ชนิด รวมทั้ง 4 ชนิดที่เป็นสิ่งมีชีวิตเฉพาะถิ่น), Tetraodontiformes (12 ชนิด รวมทั้ง 1 ชนิดที่เป็นสิ่งมีชีวิตเฉพาะถิ่น) และOsmeriformes (8 ชนิด รวมทั้ง 1 ชนิดที่เป็นสิ่งมีชีวิตเฉพาะถิ่น) ไม่มีอันดับใดที่มีมากกว่าสี่ชนิดในแม่น้ำและมีสิ่งมีชีวิตเฉพาะถิ่นอย่างน้อยหนึ่งชนิด^{[ 96 ]}  

ปลาหลายชนิดในแม่น้ำแยงซีลดจำนวนลงอย่างมาก และ 65 ชนิดได้รับการจัดอยู่ในกลุ่มเสี่ยง ต่อการสูญพันธุ์ ในบัญชีแดง ของจีน ปี2009 ^{[ 97 ]}ในจำนวนนี้มี 3 ชนิดที่ถือว่าสูญพันธุ์ไป แล้วโดยสิ้นเชิง ( ปลาพายจีน , Anabarilius liui liuiและAtrilinea macrolepis ) 2 ชนิดที่สูญพันธุ์ในธรรมชาติ ( Anabarilius polylepis , Schizothorax parvus ) และ 4 ชนิดที่อยู่ในภาวะใกล้สูญพันธุ์อย่างยิ่ง( Euchiloglanis kishinouyei , Megalobrama elongata , Schizothorax longibarbusและLeiocassis longibarbus ) ^{[ 97 ] [ 98 ]}นอกจากนี้ ทั้งปลาสเตอร์เจียนแยงซีและปลาสเตอร์เจียนจีนยังถูกจัดอยู่ในกลุ่มใกล้สูญพันธุ์อย่างยิ่งโดยIUCNการอยู่รอดของปลาสเตอร์เจียนทั้งสองชนิดนี้อาจขึ้นอยู่กับการปล่อยตัวอย่างที่เพาะเลี้ยงในที่กักขังอย่างต่อเนื่อง^{[ 99 ] [ 100 ]}แม้ว่าจะยังคงถูกจัดอยู่ในกลุ่มใกล้สูญพันธุ์อย่างยิ่งแทนที่จะสูญพันธุ์โดยทั้งบัญชีแดงของจีนและ IUCN แต่การทบทวนล่าสุดพบว่าปลาพายจีนสูญพันธุ์ไปแล้ว^{[ 101 ] [ 102 ]}การสำรวจที่ดำเนินการระหว่างปี 2549 ถึง 2551 โดยนักมีนวิทยาไม่สามารถจับปลาชนิดนี้ได้เลย แต่มีการบันทึกตัวอย่างที่น่าจะเป็นไปได้ 2 ตัวอย่างด้วยสัญญาณไฮโดรอคูสติก^{[ 103 ]}บันทึกที่แน่นอนครั้งสุดท้ายคือปลาตัวหนึ่งที่ถูกจับโดยบังเอิญใกล้กับเมืองอี้ปินในปี 2546 และปล่อยหลังจากติดแท็กวิทยุแล้ว^{[ 98 ]}ปลาสเตอร์เจียนจีนเป็นปลาที่ใหญ่ที่สุดในแม่น้ำและเป็นหนึ่งในปลาน้ำจืดที่ใหญ่ที่สุดในโลก โดยมีความยาวถึง5 เมตร (16 ฟุต)ปลาพายจีนที่สูญพันธุ์ไปแล้วนั้นเชื่อกันว่ามีความยาวถึง7 เมตร (23 ฟุต)แต่ขนาดสูงสุดของมันถูกระบุด้วยความไม่แน่นอนอย่างมาก^{[ 104 ] [ 105 ] [ 106 ]}    

ภัยคุกคามที่ใหญ่ที่สุดต่อปลาพื้นเมืองในแม่น้ำแยงซีคือการจับปลามากเกินไปและการสูญเสียแหล่งที่อยู่อาศัย (เช่น การสร้างเขื่อนและการถมทะเล ) แต่มลภาวะการทำประมงที่ทำลายล้าง (เช่นการจับปลาด้วยระเบิดหรือยาพิษ) และชนิดพันธุ์ต่างถิ่นก็ก่อให้เกิดปัญหาเช่นกัน^{[ 96 ]}ประมาณ2 ใน3ของการประมงน้ำจืดทั้งหมดในประเทศจีนอยู่ในลุ่มแม่น้ำแยงซี^{[ 107 ]}แต่มีการบันทึกการลดลงอย่างมากของขนาดของปลาสายพันธุ์สำคัญหลายชนิด ดังที่เน้นโดยข้อมูลจากทะเลสาบในลุ่มแม่น้ำ^{[ 96 ]}ในปี 2015 ผู้เชี่ยวชาญบางคนแนะนำให้งดจับปลาเป็นเวลา 10 ปี เพื่อให้ประชากรที่เหลืออยู่ได้ฟื้นตัว^{[ 108 ]}และในเดือนมกราคม 2020 จีนได้กำหนดมาตรการงดจับปลาเป็นเวลา 10 ปีใน 332 แห่งตามแนวแม่น้ำแยงซี^{[ 109 ]}เขื่อนก่อให้เกิดปัญหาร้ายแรงอีกประการหนึ่ง เนื่องจากปลาหลายชนิดในแม่น้ำมีการอพยพ เพื่อผสมพันธุ์ และปลาส่วนใหญ่ไม่สามารถกระโดดข้ามได้ ซึ่งหมายความว่าบันไดปลา แบบปกติ ที่ออกแบบมาสำหรับปลาแซลมอนนั้นไม่มีประสิทธิภาพ^{[ 96 ]}ตัวอย่างเช่นเขื่อนเกอโจวบาได้ปิดกั้นการอพยพของปลาพายและปลาสเตอร์เจียนสองชนิด^{[ 99 ] [ 100 ] [ 105 ]}ขณะเดียวกันก็ทำให้ ประชากร ปลาฉลามครีบสูงจีน ถูกแบ่งออก เป็นสองกลุ่ม^{[ 110 ]}และทำให้ประชากรปลาไหลญี่ปุ่นในแม่น้ำ แยงซี สูญพันธุ์ไป [ ^{111 ] เพื่อ}พยายามลดผลกระทบของเขื่อนเขื่อนสามหุบเขาได้ปล่อยน้ำเพื่อเลียนแบบน้ำท่วมตามธรรมชาติ (ก่อนสร้างเขื่อน) และกระตุ้นการผสมพันธุ์ของปลาคาร์พในบริเวณปลายน้ำ^{[ 112 ]}นอกจากเขื่อนที่สร้างเสร็จแล้วในลุ่มแม่น้ำแยงซี ยังมีการวางแผนสร้างเขื่อนขนาดใหญ่อีกหลายแห่ง ซึ่งอาจก่อให้เกิดปัญหาเพิ่มเติมสำหรับสัตว์ป่าพื้นเมือง^{[ 112 ]}

ในขณะที่ปลาหลายชนิดที่เป็นปลาพื้นเมืองของแม่น้ำแยงซีกำลังถูกคุกคามอย่างร้ายแรง แต่ปลาบางชนิดกลับมีความสำคัญในการเพาะเลี้ยงปลาและถูกนำไปเลี้ยงอย่างแพร่หลายนอกถิ่นกำเนิด มีการเพาะเลี้ยงปลาพื้นเมืองของลุ่มแม่น้ำแยงซีทั้งหมด 26 ชนิด^{[ 108 ]}ในบรรดาปลาที่สำคัญที่สุด ได้แก่ปลาคาร์พเอเชีย 4 ชนิด ได้แก่ปลาคาร์พหญ้า ปลาคาร์พดำ ปลาคาร์พเงิน และปลาคาร์พหัวโตปลาชนิดอื่นๆ ที่สนับสนุนการประมงที่สำคัญ ได้แก่ปลาช่อนเหนือ ปลากะพงขาวปลาปักเป้าทาคิฟูกุ (ส่วนใหญ่อยู่ในส่วนล่างสุด) และปลาคาร์พล่าเหยื่อ^{[ 96 ]}

เนื่องจากการใช้ประโยชน์เชิงพาณิชย์ การท่องเที่ยว และมลภาวะ แม่น้ำแยงซีจึงเป็นที่อยู่อาศัยของสัตว์ขนาดใหญ่หลายชนิดที่ใกล้สูญพันธุ์อย่างร้ายแรง (นอกเหนือจากปลา) ได้แก่ โลมา ไม่มีครีบหลังแคบโลมาแม่น้ำแยง ซี จระเข้ จีนเต่ายักษ์แม่น้ำแยงซีและซาลาแมนเดอร์ยักษ์จีนนี่เป็นเพียงสถานที่เดียว นอกเหนือจากสหรัฐอเมริกา ที่เป็นถิ่นกำเนิดของจระเข้และปลาพาย ในปี 2010 ประชากรโลมาไม่มีครีบหลังในแม่น้ำแยงซีมีจำนวน 1,000 ตัว ในเดือนธันวาคม 2006 โลมาแม่น้ำแยงซีถูกประกาศว่าสูญพันธุ์ไปแล้วในทางปฏิบัติหลังจากการค้นหาอย่างกว้างขวางในแม่น้ำไม่พบร่องรอยการอาศัยอยู่ของโลมา^{[ 114 ]}ในปี 2007 มีการพบเห็นและถ่ายภาพสัตว์สีขาวขนาดใหญ่ในแม่น้ำแยงซีตอนล่าง และสันนิษฐานเบื้องต้นว่าเป็นโลมาแม่น้ำแยงซี^{[ 115 ]}อย่างไรก็ตาม เนื่องจากไม่มีการพบเห็นที่ได้รับการยืนยันตั้งแต่ปี 2004 จึงสันนิษฐานได้ว่าโลมาแม่น้ำแยงซี สูญพันธุ์ไปแล้วในทางปฏิบัติ ณ เวลานี้ ^{[ 116 ]} "โลมาแม่น้ำแยงซีเป็นสายพันธุ์สุดท้ายที่ยังมีชีวิตอยู่ของสายพันธุ์ขนาดใหญ่ที่มีอายุย้อนหลังไปเจ็ดสิบล้านปี และเป็นหนึ่งในหกสายพันธุ์ของโลมาน้ำจืด" มีการโต้แย้งว่าการสูญพันธุ์ของโลมาแม่น้ำแยงซีเป็นผลมาจากการสร้างเขื่อนสามหุบเขาเสร็จสมบูรณ์ ซึ่งเป็นโครงการที่ส่งผลกระทบต่อสัตว์และพืชหลายชนิดที่พบได้เฉพาะในบริเวณหุบเขาเท่านั้น^{[ 117 ]}

สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมบนบกหลายชนิดพบได้ในหุบเขาแม่น้ำแยงซี แต่ส่วนใหญ่ไม่ได้มีความเกี่ยวข้องโดยตรงกับแม่น้ำ มีข้อยกเว้น 3 ประการ ได้แก่นากยูเรเซียกึ่งน้ำกวางน้ำและกวางของเปเรดาวิด^{[ 118 ]}

นอกจากเต่ายักษ์หยางซีที่ใหญ่มากและหายากเป็นพิเศษแล้ว ยังพบเต่าขนาดเล็กอีกหลายชนิดในลุ่มแม่น้ำหยางซี บริเวณปากแม่น้ำและหุบเขา ได้แก่เต่ากล่องจีนเต่ากล่องหัวเหลืองเต่ากล่องแพน เต่า กล่องยูนนาน เต่าบ่อเหลือง เต่าบ่อจีน เต่าคอแถบจีนและเต่ากระดองอ่อนจีนซึ่งทั้งหมดนี้ถือว่าอยู่ในภาวะใกล้สูญพันธุ์^{[ 120 ]}

มีการค้นพบสัตว์ สะเทินน้ำสะเทินบกมากกว่า 160 ชนิดในลุ่มแม่น้ำแยงซี รวมถึงสัตว์สะเทินน้ำสะเทินบกที่ใหญ่ที่สุดในโลกอย่างซาลาแมนเดอร์ยักษ์จีนที่ใกล้สูญพันธุ์อย่างยิ่ง^{[ 121 ]}จำนวนของมันลดลงอย่างมากเนื่องจากการล่า (ถือเป็นอาหารอันโอชะ ) การสูญเสียถิ่นที่อยู่ และมลภาวะ^{[ 119 ]}ทะเลสาบเตียน ที่ ปนเปื้อนมลพิษซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของลุ่มน้ำแยงซีตอนบน (ผ่านแม่น้ำผู่ตู ) เป็นที่อยู่อาศัยของปลาหลายชนิดที่ใกล้สูญพันธุ์อย่างมาก แต่ก็เคยเป็นที่อยู่อาศัยของนิวท์ทะเลสาบยูนนานด้วยนิวท์ชนิดนี้ไม่พบเห็นอีกเลยตั้งแต่ปี 1979 และถือว่าสูญพันธุ์ไปแล้ว^{[ 122 ] [ 123 ]}ในทางตรงกันข้ามนิวท์ท้องแดงจีนจา กลุ่มแม่น้ำแยงซีตอนล่างเป็นหนึ่งในไม่กี่ชนิดของซาลาแมนเดอร์จีนที่ยังคงพบเห็นได้ทั่วไป และ IUCN ถือว่ามีความเสี่ยงน้อยที่สุด^{[ 123 ] [ 124 ] [ 125 ]}

ลุ่มแม่น้ำแยงซีมี ปูน้ำจืดหลายชนิดรวมถึงชนิดเฉพาะถิ่นหลายชนิด^{[ 128 ]}สกุลที่อุดมสมบูรณ์เป็นพิเศษในลุ่มแม่น้ำคือSinopotamon ในวงศ์ Potamid ^{[ 129 ]}ปูขนจีนเป็นปูอพยพ (อพยพระหว่างน้ำจืดและน้ำเค็ม) และมีการบันทึกว่าพบได้ไกลถึง1,400 กิโลเมตร (870 ไมล์)ขึ้นไปตามแม่น้ำแยงซี ซึ่งเป็นแม่น้ำที่ใหญ่ที่สุดในถิ่นกำเนิดของมัน^{[ 127 ]}เป็นสายพันธุ์ที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจในถิ่นกำเนิดของมันซึ่งมีการเลี้ยง^{[ 126 ]}แต่ปูขนจีนยังแพร่กระจายไปยังยุโรปและอเมริกาเหนือซึ่งถือว่า^เป็นสายพันธุ์รุกราน^[ 127 ^]  

แมงกะพรุนน้ำจืดCraspedacusta sowerbiiซึ่งปัจจุบันเป็นสายพันธุ์รุกรานในหลายพื้นที่ของโลก มีถิ่นกำเนิดมาจากแม่น้ำแยงซี^{[ 130 ]}