ภูมิศาสตร์ของเมืองมะนิลาโดดเด่นด้วยตำแหน่งชายฝั่งที่ปากแม่น้ำปาซิกซึ่งไหลลงสู่อ่าวมะนิลาเมืองนี้ตั้งอยู่บนท่าเรือที่ได้รับการปกป้องตามธรรมชาติ ซึ่งถือเป็นหนึ่งในท่าเรือที่ดีที่สุดในเอเชีย^{[ 1 ]}การขาดแคลนที่ดินเป็นปัจจัยหนึ่งที่ทำให้มะนิลาเป็นเมืองที่มีประชากรหนาแน่นที่สุดในโลก

เกือบทั้งหมดของเมืองตั้งอยู่บน ตะกอน น้ำท่วม ยุคก่อนประวัติศาสตร์ ที่สะสมมาหลายศตวรรษจากแม่น้ำปาซิก และบนพื้นที่ที่ถมขึ้นมาจากอ่าวมะนิลา พื้นที่ของเมืองได้รับการเปลี่ยนแปลงอย่างมากจากการแทรกแซงของมนุษย์ โดยมีการถมที่ดินจำนวนมากตามแนวชายฝั่งตั้งแต่สมัยอาณานิคมอเมริกัน ความแตกต่างตามธรรมชาติของภูมิประเทศบางส่วนถูกปรับให้เรียบเนื่องจากการขยายตัวของเมือง มะนิลาอยู่ ห่างจากแผ่นดินใหญ่ เอเชีย  800 ไมล์ (1,300 กม. ) ^{[ 2 ]}

ก่อนและระหว่างการปกครองอาณานิคมของสเปนในฟิลิปปินส์มะนิลาเป็นเมืองหลวงของจังหวัด ซึ่งครั้งหนึ่งเคยมีอาณาเขตครอบคลุมเกือบทั้งหมดของเกาะลูซอน และรวมถึงเขตการปกครองย่อยในปัจจุบันของปัมปังกา บูลากันริซั ล ลากู นาบา ตัง กัสเกซอนมินโดโรมาสบาเตและมารินดูเกต่อมา เขตการปกครองย่อยเหล่านี้ได้ถูกยกฐานะเป็นจังหวัด ทำให้จังหวัดมะนิลาเหลืออาณาเขตโดยประมาณเท่ากับตัวเมืองมะนิลาในปัจจุบัน (ยกเว้นอินทรามูรอส ซึ่งเป็นที่ตั้งเมืองหลวง) และพื้นที่สองในสามทางตะวันตกเฉียงเหนือของจังหวัดริซัล อาณาเขตของจังหวัดมะนิลาทอดยาวจากตะวันออกเฉียงเหนือไปตะวันตกเฉียงใต้ โดยรวมถึงอันติโปโล ไค นตา ตัย ตัยและตากิกและเมืองทั้งหมดทางเหนือและตะวันตกของเมืองเหล่านี้ในจังหวัดมะนิลา และอังโกโนเทเรซาโมรองและเมืองทางใต้และตะวันออกของเมืองเหล่านี้ในจังหวัดลากูนา ในช่วงต้นประวัติศาสตร์ของจังหวัด ชื่อจังหวัดได้ถูกเปลี่ยนจากมะนิลาเป็นจังหวัดตองโดซึ่งเป็นชื่อที่ใช้เรียกกันเกือบตลอดช่วงยุคการปกครองของสเปน

ประมาณปี 1853 เมือง Pueblos หรือเมือง 4 แห่งในจังหวัด Tondo ได้รวมตัวกับเมืองทางตะวันออกเฉียงเหนือของจังหวัด Laguna เพื่อก่อตั้ง Distrito de los Montes de San Mateo ซึ่งเป็นเขตการเมืองและทหารหรือเขตของเทือกเขาซานมาเตโอ จังหวัด Tondo ได้ผนวกเมืองCainta , Taytay , AntipoloและBoso-boso เข้ากับเขตใหม่นี้ ในขณะที่ Laguna มีส่วนสนับสนุนเมืองAngono , Binangonan , Cardona , Morong , Baras , Tanay , PilillaและJalajalaแต่ชื่อของเขตใหม่นี้ดูเทอะทะ ยาวเกินไป และทำให้หลายคนเข้าใจผิดคิดว่าเมืองซานมาเทโอ (ในจังหวัดทอนโด) เป็นเมืองหลวงของเขตภูเขาซานมาเทโอ ซึ่งในความเป็นจริงแล้วเมืองหลวงของเขตอยู่ที่โมรอง ดังนั้น ในปี พ.ศ. 2402 ตามแนวทางปฏิบัติทั่วไปในสมัยนั้น เขตจึงได้เปลี่ยนชื่อตามเมืองหลวง คือ อำเภอโมรง ในเวลาเดียวกันนั้น จังหวัดตองโดได้เปลี่ยนชื่อเป็นจังหวัดมะนิลา

เมื่อชาวสเปนส่งมอบฟิลิปปินส์ให้แก่ชาวอเมริกัน รัฐบาลพลเรือนก็ถูกจัดตั้งขึ้น ในช่วงเวลาเดียวกันนั้นเอง จังหวัดมะนิลาถูกยุบโดยคณะกรรมาธิการฟิลิปปินส์และหมู่บ้านต่างๆ ในจังหวัดมะนิลาถูกรวมเข้ากับหมู่บ้านในเขตโมรอง ก่อตั้งเป็นจังหวัดริซัล ขึ้นใหม่ ไม่กี่สัปดาห์ต่อมา มีการออกกฎบัตรใหม่สำหรับนครมะนิลา กำหนดขอบเขตและผนวกเมืองบางแห่งในจังหวัดริซัลเข้ากับเขตต่างๆ ขอบเขตเหล่านี้ได้รับการแก้ไขและกำหนดใหม่เล็กน้อยในวันที่ 29 มกราคม ค.ศ. 1902 เมื่อชานเมืองกากาลางินถูกผนวกเข้ากับเขตเมืองตองโด และหมู่บ้านซานตาอานา เดิม ถูกเปลี่ยนเป็นเขตเมืองมะนิลา ในวันที่ 30 กรกฎาคมของปีเดียวกันนั้น คณะกรรมการเมืองได้แบ่งเมืองออกเป็น 13 เขตการปกครองย่อยอย่างเป็นทางการ โดยตั้งชื่อว่าเขตต่างๆ และกำหนดขอบเขตของแต่ละเขต ในวันที่ 15 สิงหาคมของปีเดียวกันนั้น หมู่บ้านปันดาคันถูกผนวกเข้าเป็นเขตเมือง นับตั้งแต่นั้นมา ขอบเขตและเขตการปกครองของเมืองมะนิลาโดยพื้นฐานแล้วยังคงเหมือนเดิม

ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 เมืองมะนิลาได้รับการประกาศให้เป็นเมืองเปิดและเขตการปกครองได้ขยายไปยังเมืองและเขตเทศบาลที่อยู่ห่างไกล มันถูกเรียกว่ามหานครมะนิลาและรวมถึงเขตต่างๆ เช่นBagumbayanแปลว่าเมืองใหม่ (ทางตอนใต้ของมะนิลา), Bagumpanahonแปลว่า "ยุคใหม่" (Sampaloc, Quiapo, San Miguel และ Santa Cruz), Bagumbuhayแปลว่า "ชีวิตใหม่" (Tondo), Bagong Diwa แปลว่า "ระเบียบใหม่" (Binondo และ San Nicholas) เมือง Quezon Cityที่ก่อตั้งขึ้นใหม่ในขณะนั้นถูกถล่มและแบ่งออกเป็นสองเขต ในขณะที่เทศบาลCaloocan , Las Piñas , Malabon , Makati , Mandaluyong , Navotas , Parañaque , PasayและSan Juanกลายเป็นเขตของกรุงมะนิลา

• 
  แผนที่เมืองมะนิลา (Plano de Manila)ในปี ค.ศ. 1851 แสดงให้เห็นผังเมืองของพื้นที่กำแพงเมืองประวัติศาสตร์อินทรามูรอส
• 
  แผนผังเมืองมะนิลาที่จัดทำโดยแดเนียล เบิร์นแฮมในปี ค.ศ. 1905 ได้รวมเมืองและชานเมืองที่อยู่นอกกำแพงเมืองไว้เป็นส่วนหนึ่งของนครมะนิลาด้วย
• 
  แผนการใช้ที่ดินแบบครบวงจรของนครมะนิลา ปี 2549-2563
• 
  แผนที่แสดงการใช้ที่ดินปัจจุบันของเมืองมะนิลา
• 
  แผนที่เมืองมะนิลา แสดงสถานที่น่าสนใจ

• ลูซอน
• ภูมิศาสตร์ของประเทศฟิลิปปินส์
• อาณาจักรตองโด
• เขตมหานครมะนิลา
• เมกะมะนิลา