จุดเริ่มต้นของทฤษฎีของดาร์วินเกิดขึ้นในช่วงเวลาที่ยุ่งวุ่นวายอย่างมาก ซึ่งเริ่มต้นเมื่อชาร์ลส์ ดาร์วินเดินทางกลับจากการสำรวจทางทะเล ด้วยเรือ บีเกิลโดยที่ชื่อเสียงของเขาในฐานะ นักสะสม ฟอสซิลและนักธรณีวิทยานั้นเป็นที่ยอมรับแล้ว เขาได้รับเงินช่วยเหลือจากบิดาเพื่อเป็นนักธรรมชาติวิทยา ผู้มี ชื่อเสียงแทนที่จะเป็นนักบวช และภารกิจแรกของเขาคือการหาผู้เชี่ยวชาญที่เหมาะสมมาอธิบายสิ่งที่เขารวบรวมไว้ เขียนบันทึกประจำวันและข้อสังเกตและนำเสนอผลการค้นพบของเขาต่อสมาคมธรณีวิทยาแห่งลอนดอน

ในช่วงเริ่มต้นการศึกษาทางธรณีวิทยาของดาร์วิน รายงานของ ริชาร์ด โอเวนนักกายวิภาคศาสตร์เกี่ยวกับฟอสซิลแสดงให้เห็นว่าสายพันธุ์ที่สูญพันธุ์ไปแล้วมีความสัมพันธ์กับสายพันธุ์ปัจจุบันในพื้นที่เดียวกัน และจอห์น กูลด์ นักปักษีวิทยา แสดงให้เห็นว่าตัวอย่างนกจากหมู่เกาะกาลาปาโกสเป็นสายพันธุ์ที่แตกต่างกันซึ่งมีความสัมพันธ์กับสถานที่ ไม่ใช่แค่เพียงสายพันธุ์ย่อย ประเด็นเหล่านี้ทำให้ดาร์วินเชื่อว่าการเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ต้องเกิดขึ้น และในสมุดบันทึกสีแดง ของเขา เขาได้จดบันทึกแนวคิดวิวัฒนาการแรกเริ่มของเขาไว้ เขาเริ่มต้นสมุดบันทึกเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์โดยเฉพาะด้วยการคาดการณ์เกี่ยวกับความแปรผันในลูกหลาน "เพื่อปรับตัวและเปลี่ยนแปลงเผ่าพันธุ์ให้เข้ากับ โลก ที่เปลี่ยนแปลงไป " และร่าง แผนผัง ลำดับวงศ์ ตระกูลที่ "แตกแขนงอย่างไม่เป็นระเบียบ" ของ ต้นไม้แห่งวิวัฒนาการต้น เดียว

การสังเกตพฤติกรรมของลิงอุรังอุตังในสวนสัตว์ ทำให้เขาเห็นว่าการแสดงออกทางสีหน้าของมันดูคล้ายมนุษย์ ซึ่งเป็นการยืนยันความคิดของเขาจาก การเดินทางบนเรือ บีเกิลที่ว่า ช่องว่างระหว่างมนุษย์กับสัตว์นั้นมีน้อยมาก เขาศึกษาการผสมพันธุ์สัตว์และพบความคล้ายคลึงกับธรรมชาติที่กำจัดสัตว์ที่อ่อนแอและเก็บสัตว์ที่แข็งแรงไว้ โดยที่เกษตรกรจงใจคัดเลือกสัตว์เพื่อการผสมพันธุ์เพื่อให้ลูกหลานของพวกมันเปลี่ยนแปลงไปอย่างมากผ่าน "รูปแบบขั้นกลางนับพัน" การคาดเดาของเขาเกี่ยวกับสัญชาตญาณและลักษณะทางจิตใจชี้ให้เห็นว่า นิสัย ความเชื่อ และการแสดงออกทางสีหน้ามีการวิวัฒนาการ และเขายังพิจารณาถึงผลกระทบทางสังคมด้วย แม้ว่านี่จะเป็น "งานอดิเรกหลัก" ของเขา แต่เขาก็ต้องดิ้นรนกับภาระงานที่มากมายและเริ่มป่วยไข้หลังจากพักงานไปช่วงหนึ่ง ความคิดเรื่องการแต่งงานของเขาก็หันไปหาเอ็มมา เวดจ์วูดลูกพี่ลูกน้อง ของเขา

การอ่านเกี่ยวกับมัลทัสและกฎธรรมชาติทำให้เขาประยุกต์ใช้ตรรกะแบบมัลทัสเกี่ยวกับการคิดทางสังคมเรื่องการดิ้นรนเพื่อความอยู่รอดโดยปราศจากความช่วยเหลือ และในที่สุดเขาก็ "ได้ทฤษฎีที่จะใช้เป็นพื้นฐานในการทำงาน" เขาขอเอ็มม่าแต่งงานและเธอก็ตอบตกลง ในทฤษฎีของเขา เขาเปรียบเทียบการคัดเลือกพันธุ์สัตว์กับการคัดเลือกโดยธรรมชาติจากความแปรผันที่เกิดขึ้นโดย "ความบังเอิญ" และยังคงมองหาข้อมูลสนับสนุนจากชนบทต่อไป ในวันที่ 24 มกราคม ค.ศ. 1839 เขาได้รับเลือกเป็นสมาชิกราชสมาคมและในวันที่ 29 เขาได้แต่งงานกับเอ็มม่า การพัฒนาทฤษฎีของดาร์วินจึงเริ่มต้นขึ้นหลังจากนั้น

ดาร์วินไม่ใช่คนแรกที่เสนอว่าสิ่งมีชีวิตชนิดต่างๆ สามารถเปลี่ยนแปลงไปตามกาลเวลาได้ ในหนังสือOn the Origin of Species ฉบับที่สาม ดาร์วินได้ให้ภาพร่างทางประวัติศาสตร์ของบรรพบุรุษของเขาในการเขียนเกี่ยวกับต้นกำเนิดที่มีการเปลี่ยนแปลงหรือการคัดเลือกโดยธรรมชาติ รวมถึงผู้ที่เขาเพิ่งได้เรียนรู้หลังจากที่หนังสือThe Origin ตีพิมพ์ในปี 1859 เรื่องราวของเขาส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับนักเขียนในศตวรรษที่ 19; "หากข้ามนักเขียนตั้งแต่ยุคคลาสสิกไปจนถึงยุคของบัฟฟอนซึ่งผมไม่คุ้นเคยกับงานเขียนของเขาลามาร์คเป็นคนแรกที่ข้อสรุปเกี่ยวกับเรื่องนี้ได้รับความสนใจอย่างมาก" อย่างไรก็ตาม ในเชิงอรรถ เขาได้กล่าวถึงว่าปู่ของเขา ดร. อีราสมัส ดาร์วินโกเธ่และเจฟฟรอย แซงต์ ฮิแลร์ได้ข้อสรุปเดียวกันเกี่ยวกับต้นกำเนิดของสิ่งมีชีวิตในช่วงปี 1794–95 ซึ่งเป็นการคาดการณ์ล่วงหน้าถึงลามาร์ค^{[ 1 ]}

หลังจากใช้ชีวิตวัยเด็กใน ครอบครัว นิกาย ยูนิแท เรียน ชาร์ลส์ ดาร์วินก็เริ่มสนใจในประวัติศาสตร์ธรรมชาติที่มหาวิทยาลัยเอดินบะระการทำงานในฐานะนักศึกษาของโรเบิร์ต เอ็ดมันด์ แกรนต์ทำให้เขามีส่วนร่วมในการศึกษาค้นคว้าบุกเบิกเกี่ยวกับแนวคิดของลามาร์คและอีราสมัส ดาร์วินเรื่อง ความ เหมือนกันทางโครงสร้างที่แสดงถึงการสืบเชื้อสายร่วมกันแต่เขาก็ได้เห็นว่าทฤษฎีเหล่านั้นมีความขัดแย้งและสร้างปัญหามากเพียงใด หลักสูตรของโรเบิร์ต เจมส์สัน สอนดาร์วินเกี่ยวกับ ธรณีวิทยาเชิงชั้น และปิดท้ายด้วยการบรรยายเรื่อง "ต้นกำเนิดของสัตว์ชนิดต่างๆ" ที่วิทยาลัยไครสต์ เคมบริดจ์เพื่อเตรียมตัวเป็น นักบวชแอ งกลิกันดาร์วินหลงใหลในการสะสมด้วง จากนั้นก็โดดเด่นในหลักสูตรพฤกษศาสตร์ของจอห์น สตีเวนส์ เฮนสโลว์ เขาเชื่อมั่นใน เทววิทยาธรรมชาติ ของพาเลย์ ซึ่งได้วางรากฐานข้อโต้แย้งเชิงเทเลโอโลยีว่าความซับซ้อนของ "การออกแบบ" ในธรรมชาติพิสูจน์บทบาทของพระเจ้าในฐานะผู้สร้าง และในทัศนะของพาเลย์และจอห์น เฮอร์เชลที่ว่าการสร้างสรรค์นั้นเป็นไปตามกฎที่วิทยาศาสตร์สามารถค้นพบได้ ไม่ใช่โดยปาฏิหาริย์ที่เกิดขึ้นเป็นครั้งคราว วิชาธรณีวิทยาที่เรียนกับอดัม เซดจ์วิกและการทำงานภาคฤดูร้อนเพื่อทำแผนที่ชั้นหินในเวลส์เน้นย้ำว่าสิ่งมีชีวิตบนโลกมีมานานนับล้านปีแล้ว

ต่อมาในระหว่างการเดินทางบนเรือบีเกิลดาร์วินเริ่มเชื่อมั่นในทฤษฎีเอกภาพนิยมของชาร์ลส์ ไลเอล เกี่ยวกับกระบวนการทางธรณีวิทยาแบบค่อยเป็นค่อยไป (ดู หนังสือ Principles of Geology ของไลเอล ซึ่งดาร์วินนำติดตัวไปด้วยบนเรือบีเกิล ) และครุ่นคิดว่าทฤษฎีการสร้างโลก ต่างๆ สอดคล้องกับหลักฐานที่เขาเห็นได้อย่างไร อย่างไรก็ตาม ดาร์วินไม่ได้คิดค้นทฤษฎีวิวัฒนาการในระหว่าง การเดินทางบนเรือ บีเกิลโดยเขาได้เล่าในภายหลังว่า:

เป็นที่ชัดเจนเช่นกันว่า ทั้งการกระทำของสภาพแวดล้อมโดยรอบ หรือเจตจำนงของสิ่งมีชีวิต (โดยเฉพาะในกรณีของพืช) ไม่สามารถอธิบายได้ว่าทำไมสิ่งมีชีวิตทุกชนิดจึงปรับตัวเข้ากับถิ่นที่อยู่อาศัยได้อย่างงดงามในกรณีมากมายนับไม่ถ้วน เช่น นกหัวขวานหรือกบต้นไม้ที่สามารถปีนต้นไม้ได้ หรือเมล็ดพืชที่สามารถกระจายพันธุ์ได้ด้วยตะขอหรือขนปุย ผมประทับใจกับการปรับตัวเช่นนี้มาโดยตลอด และจนกว่าจะสามารถอธิบายได้ ผมคิดว่าการพยายามพิสูจน์ด้วยหลักฐานทางอ้อมว่าสิ่งมีชีวิตมีการเปลี่ยนแปลงไปนั้นแทบจะไร้ประโยชน์

เมื่อเรือบีเกิลกลับมา มันจอดทอดสมอที่ฟัลเมาท์ คอร์นวอลล์ในวันที่ 2 ตุลาคม ค.ศ. 1836 ในคืนพายุเดียวกันนั้น ดาร์วินออกเดินทางด้วยรถม้าไปรษณีย์เพื่อเดินทางสองวันไปยังบ้านของครอบครัว – เดอะเมาท์เฮาส์ในชรูว์สเบอรี ชรอป เชอร์ เขามาถึงดึกในคืนวันที่ 4 ตุลาคม^{[ 2 ]}และเนื่องจากเขานั่งรถม้ามาเยี่ยมครั้งสุดท้าย^{[ 3 ]}เขาคิดว่าเขาอาจจะนอนที่โรงแรมไลออนเพื่อพักระหว่างเดินทางแทนที่จะรบกวนพวกเขา “ในยามดึก” ^{[ 4 ]}เขาได้ทักทายครอบครัวของเขาในมื้อเช้า และเริ่มเล่าข่าวคราวเกี่ยวกับครอบครัวและประเทศชาติ “อังกฤษทั้งประเทศดูเหมือนจะเปลี่ยนไป” ร่างกฎหมายปฏิรูปได้นำมาซึ่งสิ่งที่ดยุคแห่งเวลลิงตันผู้เป็น อนุรักษ์นิยม อธิบายว่าเป็นการเปลี่ยนแปลงอำนาจจากชาวแองกลิกันอนุรักษ์นิยมที่ดีไปสู่ผู้ผลิต พ่อค้า และผู้ไม่เชื่อใน พระเจ้า ที่เป็นพวกวิกผู้คนที่มีการศึกษากำลังถกเถียงกันถึงงานเขียนของโทมัส มัลทัสเกี่ยวกับปัญหาประชากรล้นเกินทรัพยากร ใน ขณะที่ กฎหมายคนยากจน ฉบับ ใหม่ซึ่งฝ่ายตรงข้ามอธิบายว่าเป็น "ร่างกฎหมายแบบมัลทัสที่ออกแบบมาเพื่อบังคับให้คนยากจนอพยพไปทำงานด้วยค่าแรงต่ำกว่า และดำรงชีวิตด้วยอาหารที่หยาบกว่าเดิม" นำไปสู่การสร้างโรงงานทำงานในเขตทางใต้ แม้ว่าจะเกิดการจลาจลและการวางเพลิงก็ตาม รัฐบาลยังไม่กล้าที่จะนำมาตรการเหล่านี้มาใช้ในลอนดอนและภาคเหนือที่เป็นเขตอุตสาหกรรม และภาวะเศรษฐกิจถดถอยกำลังนำมาซึ่งภัยคุกคามของการว่างงานจำนวนมาก

ดาร์วินเขียนจดหมายถึงเฮนสโลว์ว่าเขายังคง "รู้สึกตื่นเต้นและสับสนอย่างมาก... ผมต้องการคำแนะนำของคุณในหลายๆ เรื่อง ผมรู้สึกเหมือนลอยอยู่ในเมฆ" และในวันที่ 15 ตุลาคม เขาได้เดินทางไปเคมบริดจ์เพื่อขอคำแนะนำจากเฮนสโลว์และเซดจ์วิกเกี่ยวกับการจัดระเบียบคำอธิบายและการจัดทำรายการสิ่งของสะสมที่ได้จาก การเดินทางสำรวจด้วยเรือ บีเกิลเฮนสโลว์รับผิดชอบเรื่องพืช และดาร์วินได้รับการแนะนำให้รู้จักกับนักธรรมชาติวิทยาชั้นนำในลอนดอน พร้อมคำเตือนว่าพวกเขาอาจกำลังยุ่งอยู่กับงานอื่นๆ

ชาร์ลส์ไปพักอยู่กับเอราสมัสผู้ เป็นพี่ชาย ในลอนดอนใกล้กับสถาบันวิทยาศาสตร์ต่างๆ ซึ่งกำลังอยู่ในช่วงการปรับปรุงครั้งใหญ่ ขณะที่ตัวเมืองเองก็ถูกรื้อถอนเพื่อติดตั้งท่อระบายน้ำและระบบไฟส่องสว่างด้วยแก๊สใหม่ เขาตระเวนไปตามพิพิธภัณฑ์อังกฤษวิทยาลัยศัลยแพทย์หลวง สถาบันลินเนียนสมาคมสัตว์วิทยาและสมาคมธรณีวิทยาเพื่อพยายามขอให้ผู้เชี่ยวชาญรับดูแลคอลเลกชันของเขา เฮนสโลว์ได้สร้างชื่อเสียงให้กับศิษย์เก่าของเขาแล้วในช่วง การสำรวจของเรือ บีเกิลโดยการอนุญาตให้นักธรรมชาติวิทยาที่ได้รับเลือกเข้าถึงตัวอย่างฟอสซิลที่ส่งกลับมา รวมทั้งอ่านข้อความที่คัดมาจากจดหมายถึงเฮนสโลว์ให้แก่สมาคมปรัชญาเคมบริดจ์ ฟัง ซึ่งทางสมาคมได้จัดพิมพ์เป็นการส่วนตัวเพื่อแจกจ่าย ขณะที่บันทึกทางธรณีวิทยาของดาร์วินจากจดหมายเหล่านั้นได้รับการสรุปโดยเซดจ์วิกที่สมาคมธรณีวิทยา และข้อความที่คัดมาได้ปรากฏในนิตยสารต่างๆ ดาร์วินไป "ใช้ชีวิตอย่างสนุกสนานในหมู่นักวิชาการวิทยาศาสตร์" และตามที่ชาร์ลส์ บันเบอรีรายงานว่า "[เขา] ดูเหมือนจะเป็นนักสะสมสารพัดชนิด" ที่ค้นพบสายพันธุ์ใหม่ๆ "สร้างความประหลาดใจให้กับบรรดาผู้มีอำนาจทั้งหลาย" ในขณะที่นักธรณีวิทยาต่างรีบนำตัวอย่างหินไปตรวจสอบ นักสัตววิทยากลับมีตัวอย่างส่งมามากกว่าที่พวกเขาจะจัดการได้ สถาบันของพวกเขากำลังอยู่ในภาวะวุ่นวาย เนื่องจากกลุ่มผู้สนับสนุนประชาธิปไตยเรียกร้องให้มีการปฏิรูป โดยแทนที่นักวิทยาศาสตร์สมัครเล่นที่เป็นชนชั้นสูงด้วยนักวิทยาศาสตร์มืออาชีพที่ได้รับเงินเดือน เช่นเดียวกับ สถาบันวิจัย ของฝรั่งเศสที่สมาคมสัตววิทยา กลุ่มผู้ปฏิรูปนำโดยโรเบิร์ต เอ็ดมันด์ แกรนต์ อาจารย์ของดาร์วินสมัยเรียนที่เอดินบะระ ดาร์วินได้รับเงินค่าใช้จ่ายรายเดือนและหุ้นจากบิดา ทำให้เขามีรายได้ประมาณ 400 ปอนด์ต่อปี และเขามีความเห็นอกเห็นใจกลุ่มนักวิทยาศาสตร์สมัครเล่นที่เป็นเจ้าหน้าที่ในคณะสงฆ์ของเคมบริดจ์

นักธรณีวิทยาชาร์ลส์ ไลเอลเชิญดาร์วินไปรับประทานอาหารเย็นในวันที่ 29 ตุลาคม ค.ศ. 1836 ระหว่างรับประทานอาหาร ไลเอลตั้งใจฟังเรื่องราวของดาร์วิน (ซึ่งสนับสนุนทฤษฎีเอกรูปนิยม ของไลเอล ) และแนะนำเขาให้รู้จักกับริชาร์ด โอเวนและวิลเลียม โบรเดอริ ป สมาชิกพรรค ทอรีที่เพิ่งมีส่วนร่วมในการลงคะแนนเสียงขับไล่แกรนต์ออกจากตำแหน่งในสมาคมสัตววิทยา โอเวนกำลังโค่นล้มแกรนต์อย่างรวดเร็วในฐานะนักกายวิภาคศาสตร์ชั้นนำของประเทศ ดาร์วินไปเยี่ยมเขาที่วิทยาลัยศัลยแพทย์หลวงและโอเวนตกลงที่จะทำงานวิจัยเกี่ยวกับตัวอย่างสัตว์ในแอลกอฮอล์และกระดูกฟอสซิล โอเวนมีความกระตือรือร้นเช่นเดียวกับดาร์วิน เขาเป็นผู้สนับสนุนแนวคิดของเยอรมันเรื่อง "การจัดระเบียบพลังงาน" และต่อต้านทฤษฎีวิวัฒนาการของแกรนต์อย่างรุนแรง ในช่วงเวลานั้น แกรนต์เป็นหนึ่งในไม่กี่คนที่อาสาช่วยเหลือในการจัดทำบัญชีรายชื่อของสะสม ดาร์วินปฏิเสธข้อเสนอ เพราะไม่ต้องการเกี่ยวข้องกับพวกหัวรุนแรง ที่เสื่อมเสียชื่อเสียง ซึ่งประณามเพื่อนๆ ในเคมบริดจ์ของเขา

เมื่อวันที่ 12 พฤศจิกายน ดาร์วินได้ไปเยี่ยมญาติของเขาที่ตระกูลเวดจ์วูด ณแมร์ฮอลล์และพวกเขาสนับสนุนให้เขาตีพิมพ์หนังสือเกี่ยวกับการเดินทางของเขาโดยอิงจากบันทึกประจำวัน ซึ่งเป็นความคิดที่พี่สาวของเขาได้หยิบยกขึ้นมาเมื่อเขาไปเยี่ยมบ้าน

ในวันที่ 2 ธันวาคม เขาเดินทางกลับลอนดอนและเริ่มหาผู้สนใจซื้อตัวอย่างฟอสซิลของเขา โดยมีโทมัส เบลล์และบาทหลวงวิลเลียม บัคแลนด์สนใจในสัตว์เลื้อยคลาน ชื่อเสียงของดาร์วินเริ่มโด่งดังจากฟอสซิลสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมขนาดยักษ์ การค้นพบที่น่าประหลาดใจครั้งแรกของโอเวนคือ ฟอสซิลกะโหลกขนาดเท่า ฮิปโปโปเตมัสยาว 2 ฟุต 4 นิ้ว (710 มม.) ซึ่งดาร์วินซื้อมาในราคาประมาณสองชิลลิงใกล้เมืองเมอร์เซเดสระหว่างการเดินทาง "ควบม้า" 120 ไมล์ (190 กม.) จากมอนเตวิเด โอ เป็นฟอสซิลของสัตว์คล้าย หนูที่สูญพันธุ์ไปแล้ว มี ลักษณะคล้ายคาปิบารา ขนาดยักษ์ ซึ่งโอเวนตั้งชื่อว่าทอกโซดอนดาร์วินเขียนจดหมายถึงแคโรไลน์น้องสาวของเขาว่า "[ฟอสซิล] กำลังเผยสมบัติล้ำค่า" และเกี่ยวกับทอกโซดอนนั้น "ยังมีหัวอีกหัวหนึ่ง ขนาดเท่าแรด ซึ่งเท่าที่พวกเขาคาดเดาได้ ต้องเป็นสัตว์ที่กัดแทะ ลองนึกภาพหนูหรือกระต่ายขนาดนั้นดูสิ – พวกเขาน่าจะมีแมวที่มีชื่อเสียงมากมายในสมัยนั้น!" ^{[ 5 ]}วิทยาลัยศัลยแพทย์ได้แจกจ่ายแบบจำลองฟอสซิลให้กับสถาบันวิทยาศาสตร์หลัก ๆ

ดาร์วินไปเยี่ยมเพื่อนหญิงของอีราสมัส พี่ชายของเขา คือมิสแฮเรียต มาร์ติโน นักเขียน ฝ่ายวิกผู้มีความคิดเห็นแน่วแน่เกี่ยวกับความเสมอภาค และงานเขียนของเธอทำให้แนวคิดของโทมัส มัลทัสเป็นที่นิยม ในช่วงเวลานี้ เธอกำลังเขียนหนังสือSociety in Americaซึ่งรวมถึงการอภิปรายเกี่ยวกับ "กระบวนการสร้างโลก" ทางธรณีวิทยาที่เธอได้เห็นระหว่างการไปเยือนน้ำตกไนแอการา [ ^{6 ] เขา}นั่งอยู่ที่นั่นเกือบหนึ่งชั่วโมง “เธอเป็นคนน่าคบหามากและสามารถพูดคุยได้หลายเรื่องอย่างน่าอัศจรรย์ใจเมื่อพิจารณาจากเวลาที่จำกัด ผมประหลาดใจที่พบว่าเธอไม่ได้น่าเกลียดเลย แต่ดูเหมือนว่าเธอจะหมกมุ่นอยู่กับโครงการ ความคิด และความสามารถของตัวเอง อีราสมัสได้บรรเทาเรื่องนี้ลงโดยยืนยันว่าไม่ควรจะมองเธอในฐานะผู้หญิง” ^{[ 7 ]}ชาร์ลส์ ดาร์วิน เขียนไว้ในสมุดบันทึกเล่มหนึ่งว่า เขาได้อ่านหนังสือของเธอเรื่องวิธีการปฏิบัติตามศีลธรรมและมารยาทในช่วงครึ่งแรกของเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1838 เขาได้รับแรงบันดาลใจจากแนวคิดสัมพัทธนิยมทางวัฒนธรรมของมาร์ติโน จนสรุปได้ว่า ศีลธรรมไม่เพียงแต่จะได้รับอิทธิพลจากวัฒนธรรมเท่านั้น แต่ยังอาจเป็นสัญชาตญาณทางสังคมที่ถูกกำหนดโดยกรรมพันธุ์ด้วย: "นี่อาจเป็นผลตามธรรมชาติของมนุษย์ เช่นเดียวกับกวาง เป็นต้น ที่เป็นสัตว์สังคม และมโนธรรมหรือสัญชาตญาณนี้อาจฝังแน่นมาก แต่ก็จะไม่สามารถป้องกันไม่ให้ผู้อื่นเข้ามาได้" ^{[ 8 ]}ในอัตชีวประวัติของเธอ ต่อมาเธอได้กล่าวถึงชาร์ลส์ว่าเป็นคน "เรียบง่าย เหมือนเด็ก พิถีพิถัน และมีประสิทธิภาพ" ^{[ 9 ]}

ด้วยความไม่พอใจกับชีวิตใน "ลอนดอนที่สกปรกและน่ารังเกียจ" เขาจึงกลับไปเคมบริดจ์ในวันที่ 13 ธันวาคม จากนั้นจึงเขียนบทความชิ้นแรกของเขา ซึ่งแสดงให้เห็นว่า ชายฝั่ง ชิลีและ แผ่นดิน อเมริกาใต้กำลังยกตัวขึ้นอย่างช้าๆ และได้หารือเกี่ยวกับแนวคิดของเขากับไลเอล ไลเอลดีใจที่ดาร์วินได้ก้าวไปอีกขั้นโดยอธิบายความสมดุลระหว่างทวีปที่กำลังยกตัวขึ้นกับภูเขาที่กำลังจมลงซึ่งเป็นพื้นฐานของแนวปะการังยิ่งไปกว่านั้น ตามบันทึกร่วมสมัยในสมุดบันทึกของดาร์วิน เขาได้หารือกับไลเอลเกี่ยวกับต้นฉบับของไลเอลเรื่อง " องค์ประกอบของธรณีวิทยา"ซึ่งต่อมาได้รับการตีพิมพ์ (ในปี 1838) การค้นพบทางธรณีวิทยาของไลเอล รวมถึงการประมาณอายุของโลก พิสูจน์แล้วว่ามีประโยชน์ต่อดาร์วิน เนื่องจากเขากำลังกำหนดแนวคิดเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงของสายพันธุ์^{[ 10 ]}

ดาร์วินเดินทางกลับลอนดอนช่วงสั้นๆ เพื่อนำเสนอผลงานวิจัยต่อสมาคมธรณีวิทยาในวันที่ 4 มกราคม ค.ศ. 1837 แม้ว่าดาร์วินจะรู้สึกประหม่ากับการนำเสนอครั้งแรกของเขา แต่การนำเสนอได้รับการตอบรับเป็นอย่างดีจนเขารู้สึก "เหมือนนกยูงที่กำลังชื่นชมหางของตัวเอง" ในวันเดียวกันนั้น ดาร์วินยังได้นำเสนอตัวอย่างสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม 80 ชนิดและนก 450 ตัวแก่สมาคมสัตววิทยา โดย จอร์จ อาร์. วอเตอร์เฮาส์รับผิดชอบ ดูแลสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมเป็นอย่างดี

แม้ว่านกจะดูเหมือนเป็นสิ่งที่ไม่สำคัญนัก แต่จอห์น กูลด์ นักปักษีวิทยา ก็ได้ศึกษาพวกมันและสังเกตเห็นความสำคัญของตัวอย่างจากหมู่เกาะกาลาปากอสอย่างรวดเร็ว เขาเปิดเผยอย่างน่าตกใจในการประชุมครั้งต่อไปในวันที่ 10 มกราคมว่าสิ่งที่ดาร์วินคิดว่าเป็นนกกระจิบ นกดำ และนกฟินช์ที่แตกต่างกันเล็กน้อยนั้น แท้จริงแล้วคือ "นกฟินช์พื้นดินหลายชนิดที่มีลักษณะเฉพาะ" จนสามารถจัดเป็น "กลุ่มใหม่ทั้งหมด" ได้ถึง 11 ชนิด เรื่องราวของสิ่งที่เราเรียกกันว่า " นกฟินช์ของดาร์วิน " ได้รับการรายงานในหนังสือพิมพ์รายวัน แม้ว่าดาร์วินจะอยู่ที่เคมบริดจ์และไม่ได้รับรายละเอียดในขั้นตอนนี้ก็ตาม ในบันทึกการประชุม จำนวนชนิดได้เพิ่มขึ้นเป็น 12 ชนิด^{[ 11 ]}

โอเวนพบความสัมพันธ์ที่ไม่คาดคิดจากฟอสซิล: ฟอสซิลชุดนี้ประกอบด้วยScelidotherium ขนาดเท่าม้า ซึ่งดูเหมือนจะมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับตัวกินมด^{[ 5 ]}สลอธบก ขนาด มหึมาและอาร์ มาดิลโลหุ้ม เกราะ ขนาดเท่าวัว ซึ่งเขาเรียกว่าGlyptodonกระดูกสันหลังและกระดูกขาจาก ปาตาโกเนียที่ พอร์ตเซนต์จูเลียนซึ่งดาร์วินคิดว่าอาจมาจากมาสโตดอน นั้น ปรากฏว่ามาจากกัวนาโกหรือลามะ ขนาดมหึมา หรืออาจจะเป็นอูฐซึ่งโอเวนตั้งชื่อว่าMacraucheniaไลเอลเห็น "กฎแห่งการสืบทอด" โดยที่สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมถูกแทนที่ด้วยชนิดเดียวกันในแต่ละทวีป และในวันที่ 17 กุมภาพันธ์ เขาได้ใช้สุนทรพจน์ในฐานะประธานสมาคมธรณีวิทยาเพื่อนำเสนอผลการค้นพบของโอเวนเกี่ยวกับฟอสซิลของดาร์วิน โดยชี้ให้เห็นถึงข้อสรุปที่ว่าสายพันธุ์ที่สูญพันธุ์มีความสัมพันธ์กับสายพันธุ์ปัจจุบันในพื้นที่เดียวกัน เขาเชิญดาร์วินมาร่วมฟังการบรรยาย และคำพูดนั้นดึงดูดความสนใจของดาร์วินไปที่คำถามว่าทำไมสิ่งมีชีวิตในอดีตและปัจจุบันในสถานที่เดียวกันจึงมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกันมาก ในการประชุมเดียวกันนั้น ดาร์วินได้รับเลือกเข้าสู่สภาของสมาคม สำหรับไลเอลแล้ว นี่คือ "การเพิ่มเติมอันรุ่งโรจน์ให้กับสมาคมนักธรณีวิทยาของผม" สุภาพบุรุษ (และนักสมัครเล่นที่มีฐานะร่ำรวย) ที่มีหน้าที่เพียงแค่รักษาความซื่อสัตย์ทางวิทยาศาสตร์ ความมั่นคงทางสังคม และศาสนาอย่างมีความรับผิดชอบ สำหรับดาร์วินแล้ว มันหมายถึงการเข้าร่วมกลุ่มชนชั้นนำที่น่านับถือของนักธรณีวิทยาผู้มีชื่อเสียงที่กำลังพัฒนาวิทยาศาสตร์ที่เกี่ยวข้องกับอายุของโลกและวันแห่งการสร้างโลก

ดาร์วินได้รับเชิญจากฟิตซ์รอยให้เขียนบันทึกประจำวัน ของเขา ซึ่งอิงจากบันทึกภาคสนามของเขา เพื่อใช้เป็นส่วนประวัติศาสตร์ธรรมชาติในบันทึกการเดินทางของ เรือ บีเกิลของ กัปตัน และในที่สุดสิ่งนี้ก็ทำให้เขายุ่งอยู่ตลอดตั้งแต่วันที่ 13 มีนาคมถึงสิ้นเดือนกันยายน^{[ 12 ]}เขายังทุ่มเทให้กับการเขียนหนังสือเกี่ยวกับธรณีวิทยาของอเมริกาใต้ โดยนำเสนอแนวคิดของเขาและไลเอลเพื่อโต้แย้งคำอธิบายเกี่ยวกับการก่อตัวของภูเขาที่เกิดจากภัยพิบัติ ซึ่งอัลซิเด ดอร์บิญีกำลังส่งเสริมอยู่ในหนังสือหลายเล่มเกี่ยวกับทวีปนี้ที่เริ่มต้นเมื่อสองปีก่อน

ในวันจันทร์ที่ 27 กุมภาพันธ์ ดาร์วินได้บรรยายให้กับสมาคมปรัชญาเคมบริดจ์เกี่ยวกับท่อแก้วที่เขาพบใน เนินทราย มัลโดนาโดโดยอธิบายว่าเกิดจากฟ้าผ่าทำให้ทรายหลอมรวมกัน^{[ 13 ]}

เพื่อดูแลคอลเลกชันของเขา ดาร์วินต้องกลับไปลอนดอน และตามคำแนะนำของไลเอล เขาจึงวางแผนที่จะเดินทางมาถึงในวันศุกร์ที่ 3 มีนาคม พ.ศ. 2380 ทันเวลาสำหรับ งานเลี้ยงวันเสาร์ของ ชาร์ลส์ แบ็บเบจซึ่งเป็นการพูดคุยเกี่ยวกับความก้าวหน้าล่าสุด “ซึ่งมีสุภาพสตรีผู้มีรสนิยมดี รวมถึงสุภาพบุรุษด้านวรรณกรรมและวิทยาศาสตร์เข้าร่วมอย่างมากมาย” และ “ผู้หญิงสวยๆ หลากหลายกลุ่ม” รวมถึงนายธนาคารและนักการเมือง ซึ่งแบ็บเบจได้ส่งเสริมโครงการต่างๆ เช่น คอมพิวเตอร์เชิงกลของเขา^{[ 13 ]}ในตอนแรก ดาร์วินพักอยู่กับอีราสมัส ในบันทึกประจำวันของเขา (ที่เขียนขึ้นในภายหลัง) เขาระบุวันที่ย้ายเข้าอยู่เป็นวันที่ 6 มีนาคม พ.ศ. 2380 ในวันที่ 13 เขาได้ย้ายไปที่พักใกล้เคียง เข้าร่วมกลุ่มเพื่อนของอีราสมัส รวมถึงมาร์ติโนและเฮนสลีย์และเพลิดเพลินกับงานเลี้ยงอาหารค่ำแบบเป็นกันเองกับแขกรับเชิญ เช่น ไลเอล แบ็บเบจ และโทมัส คาร์ไลล์^{[ 14 ]}

ในการประชุมครั้งแรกเพื่อหารือเกี่ยวกับผลการค้นพบโดยละเอียดของเขา กูลด์บอกกับดาร์วินว่านกม็อกกิ้งเบิร์ด กาลาปากอส จากเกาะต่างๆ เป็นสายพันธุ์ที่แยกจากกัน ไม่ใช่แค่พันธุ์ย่อย และกลุ่มนกฟินช์ยังรวมถึง " นกเรน " ด้วย ^{[ 15 ]}นกเรียสอง สายพันธุ์ ก็เป็นสายพันธุ์ที่แตกต่างกันเช่นกัน และในวันที่ 14 มีนาคม การประกาศผลการค้นพบนี้ของกูลด์ต่อสมาคมสัตววิทยาแห่งลอนดอนนั้นมาพร้อมกับดาร์วิน ซึ่งได้นำเสนอเอกสารเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงการกระจายตัวของนกเรียสองสายพันธุ์เมื่อเดินทางไปทางใต้^{[ 16 ]}

ดาร์วินกังวลเพื่อให้แน่ใจว่าทฤษฎีของเขา ไม่ว่าจะตีพิมพ์หรือเป็นส่วนตัว สอดคล้องกับวิธีการทางวิทยาศาสตร์ ที่ได้รับการยอมรับ จากเพื่อนร่วมงานของเขา ในสมาคมวิทยาศาสตร์และในงานเลี้ยงอาหารค่ำแบบไม่เป็นทางการ เขาได้หารือเกี่ยวกับวิธีการกับผู้เชี่ยวชาญชั้นนำสองคนในหัวข้อนี้ คือจอห์น เฮอร์เชลและวิลเลียม เวเวลล์^{[ 17 ]}

แวดวงวิทยาศาสตร์กำลังคึกคักไปด้วยแนวคิดเกี่ยวกับเทววิทยาธรรมชาติในจดหมายถึงไลเอล เฮอร์เชลได้เขียนถึง "ปริศนาแห่งปริศนาทั้งหลาย การแทนที่สายพันธุ์ที่สูญพันธุ์ด้วยสายพันธุ์อื่น" เรื่องนี้ถูกเผยแพร่และอภิปรายกันอย่างกว้างขวาง โดยนักวิทยาศาสตร์ต่างเห็นพ้องกับแนวทางของเฮอร์เชลในการมองหาคำตอบผ่านกฎของธรรมชาติและปฏิเสธ ปาฏิหาริย์ เฉพาะกิจเป็นคำอธิบาย^{[ 18 ]}ชาร์ลส์ แบ็บเบจได้แสดงมุมมองเกี่ยวกับ "พระเจ้าแห่งธรรมชาติ" ในหนังสือ Bridgewater Treatise เล่มที่เก้า ของเขา (1837) ในลักษณะของผู้กำหนดกฎดังกล่าว^{[ 19 ]} เอราสมัส ดาร์ วินน้องชายผู้มีความคิดอิสระ ของดาร์วินเป็นส่วนหนึ่งของ กลุ่ม วิก นี้ และเป็นเพื่อนสนิทของนักเขียนแฮเรียต มาร์ติโนผู้ส่งเสริม ลัทธิ มัลทัส ซึ่งเป็นพื้นฐานของ การปฏิรูปกฎหมายคนยากจนของวิก(1834) ที่เป็นที่ถกเถียงกัน เพื่อหยุดยั้งสวัสดิการที่ก่อให้เกิดประชากรล้นเกินและความยากจนมากขึ้น ซึ่งในขณะนั้นกำลังถูกนำไปใช้ทีละเล็กทีละน้อยท่ามกลางการต่อต้านบ้านพักคนยากจน แห่ง ใหม่ ในฐานะชาวUnitarianมาร์ติโนยินดีต้อนรับ นัยยะ ที่รุนแรงของการเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ซึ่งได้รับการส่งเสริมโดยแกรนต์และแพทย์บางคน แต่เป็นสิ่งที่เพื่อนชาวแองกลิกันของดาร์วินรังเกียจ เพราะพวกเขาเห็นว่าเป็นภัยคุกคามต่อระเบียบสังคม การเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์คุกคามความแตกต่างที่สำคัญระหว่างมนุษย์และสัตว์ และหมายถึงการพัฒนาอย่างต่อเนื่องโดยมีนัยยะว่าชนชั้นล่างสามารถใฝ่หาสิทธิพิเศษของผู้ปกครองชนชั้นสูงได้^{[ 20 ]}

สถาบันทางการแพทย์ที่ควบคุมโรงพยาบาลสอน ในลอนดอน รวมถึงราชวิทยาลัยศัลยแพทย์ถูกจำกัดเฉพาะนิกายแองกลิกันและถูกครอบงำโดยชนชั้นสูงที่มองว่าการออกแบบสัตว์ที่สมบูรณ์แบบเป็นหลักฐานของเทววิทยาธรรมชาติที่สนับสนุนแนวคิดเรื่องฐานะและสิทธิพิเศษที่พระเจ้าประทานให้ ตั้งแต่ทศวรรษ 1820 โรงเรียนแพทย์เอกชนจำนวนมากที่เข้าร่วมกับมหาวิทยาลัยลอนดอน แห่งใหม่ ได้นำ "กายวิภาคศาสตร์เชิงปรัชญา" ของเจฟฟรอย แซงต์-ฮิแลร์ มา ใช้ โดยอิงจากความเป็นเอกภาพของแผนผังที่สอดคล้องกับการเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ ซึ่งบ่งบอกถึงแนวคิดของการพัฒนาอย่างต่อเนื่องและสนับสนุนข้อเรียกร้องที่รุนแรงเพื่อประชาธิปไตย กายวิภาคศาสตร์นี้ได้แพร่กระจายจากปารีสไปยังโรงเรียนแพทย์ในเอดินบะระแล้ว และโรงเรียนใหม่ในลอนดอนก็ดึงดูดชาวสกอต รวมถึงแกรนต์ วารสารจำนวนมากส่งเสริมแนวคิดที่รุนแรงเหล่านี้ รวมถึงThe Lancetของโทมัส แว กลีย์ (เริ่มต้นในปี 1823 โดยได้รับการสนับสนุนจากวิลเลียม คอบเบตต์และวิลเลียม ลอว์เรนซ์ซึ่งการตีพิมพ์แนวคิดวิวัฒนาการในปี 1819 ของพวกเขาถูกรัฐบาลฟ้องร้องในข้อหาหมิ่นศาสนา ) เพื่อตอบสนองต่อเรื่องนี้ สถาบันการแพทย์จึงให้การสนับสนุนชีววิทยาเชิงอุดมคติของโจเซฟ เฮนรี กรีน (1791–1863) และริชาร์ด โอเวน (1804–1892) ลูกศิษย์รุ่นน้องของเขา โดยอิงจากลัทธิชีวพลังของปรัชญาธรรมชาติ ของเยอรมัน และอุดมคติแบบเพลโตซึ่งมองว่ารูปแบบทางกายวิภาคเป็น " ต้นแบบ " ในจิตใจอันศักดิ์สิทธิ์ ถูกกำหนดผ่านอำนาจการมอบอำนาจอันศักดิ์สิทธิ์แบบ "สืบทอด" ตามลำดับชั้นแบบดั้งเดิม^{[ 21 ]}

ในปี ค.ศ. 1836 ดาร์วินใช้สมุดบันทึกสีแดง ของเขา บันทึกการสังเกตการณ์ภาคสนามในช่วงสุดท้ายของการเดินทาง ด้วยเรือ บีเกิล ตั้งแต่เดือนพฤษภาคมถึง 25 กันยายน หน้า 113 กล่าวถึงการพบปะกับ ริชาร์ด โอเวนหลังจากที่เรือกลับถึงอังกฤษในเดือนตุลาคม บันทึกในภายหลังกล่าวถึงการสนทนากับผู้เชี่ยวชาญคนอื่นๆ รวมถึงนักภูมิศาสตร์ เซอร์วูดไบน์ พาริชนัก ธรณีวิทยา ชาร์ลส์ ไลเอลและโรเดอริค เมอร์ชิ สัน และนักหอยวิทยาเจมส์ เดอ คาร์ล โซเวอร์บีดาร์วินยังจดบันทึกสั้นๆ เกี่ยวกับสิ่งที่เขากำลังอ่าน บันทึกช่วยจำเกี่ยวกับสิ่งพิมพ์ที่วางแผนไว้ รวมถึงบันทึกการเดินทาง ของเขา และ "ทฤษฎี" "การคาดเดา" และ "สมมติฐาน" ที่กำลังพัฒนาของเขา เขายังคงใช้สมุดบันทึกนี้ต่อไปจนถึงเดือนพฤษภาคมหรือมิถุนายน ค.ศ. 1837 ^{[ 22 ]}

In his later "Journal", Darwin recalled having been "greatly struck from about month of previous March on character of S. American fossils – & species on Galapagos Archipelago. – These facts origin (especially latter) of all my views."^[23] His first reference to transmutation appears in the Red Notebook around early March 1837, after John Gould told him that the common Rhea was a different species to the Petisse. Darwin wrote "Speculate on neutral ground of 2 ostriches; bigger one encroaches on smaller. change not progressif<e>: produced at one blow. if one species altered", proposing a sudden change or saltation in contrast to Lamarck's idea that species graded imperceptibly into each other: later, Darwin referred to this jump as inosculation. He drew on the relationship Owen had shown between fossils of the extinct giant Macrauchenia and the modern guanacos that Darwin had hunted in Patagonia: "The same kind of relation that common ostrich bears to [Petisse]: extinct Guanaco to recent: in former case position, in latter time. .... – As in first cases distinct species inosculate, so must we believe ancient ones: not gradual change or degeneration. from circumstances: if one species does change into another it must be per saltum – or species may perish." Here, he related the geographical distribution of species to their replacement over time, and tentatively proposed that the Rheas had a shared ancestor.^[24]

He noted his thoughts on reproduction and extinction; "Tempted to believe animals created for a definite time: – not extinguished by change of circumstances", and various domesticated animals had "all run wild & bred. no doubt with perfect success. – showing non-Creation does not bear upon solely adaptation of animals. – extinction in same manner may not depend. – There is no more wonder in extinction of species than of individual."^[24]

บันทึกของดาร์วินกล่าวถึงเอกสารหลายฉบับที่อ้างอิงจากงานเขียนทางธรณีวิทยาของเขาในระหว่างการเดินทาง^{[ 25 ]} ในการประชุมสมาคมภูมิศาสตร์เมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม พ.ศ. 2380 ดาร์วินได้อ่านบทความของเขาเกี่ยวกับชั้นหินรอบแม่น้ำริโอเดลาพลาตาซึ่งเขาได้พบฟอสซิลรวมถึงโทโซดอน [ ^{26 ] ใน}การประชุมเดียวกันนั้น มีการประกาศการค้นพบฟอสซิลไพรเมต โบราณครั้งแรก โดย การค้นพบของโพรบี คอทลีย์และฮิวจ์ ฟอลคอนเนอร์ในชั้น หิน ยุคนีโอจีน ของ เนิน เขาซิวาลิก และโดยเอ็ดวาร์ด ลาร์เตต์ใน ชั้นหิน ยุคไมโอซีนที่ซานซาน แฌร์ส [ ^{27 ] ต่อ}มา ไลเอลพูดติดตลกกับน้องสาวของเขาอย่างอึดอัดว่า "ตามทัศนะของลามาร์ค อาจต้องใช้เวลาหลายพันศตวรรษกว่าหางของพวกมันจะสึกหรอ และการเปลี่ยนแปลงไปเป็นมนุษย์จะเกิดขึ้น" แต่ดาร์วินเริ่มมองฟอสซิล "มหัศจรรย์" เหล่านี้ในแง่ของการเปลี่ยนแปลง^{[ 28 ]} บันทึกของดาร์วินกล่าวถึง "เอกสารเกี่ยวกับปะการัง" ซึ่งเขาได้ร่างไว้ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2478 โดยเขาได้นำเสนอเอกสารนี้เมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม พ.ศ. 2480 ที่สมาคมธรณีวิทยาแห่งลอนดอน และต่อมาได้ใช้เป็นพื้นฐานสำหรับหนังสือของเขาเรื่องโครงสร้างและการกระจายตัวของแนวปะการัง^{[ 25 ]}

ในการประชุมที่เกิดขึ้นบ่อยครั้ง โอเวนโต้แย้งว่า "พลังงานจัดระเบียบ" ภายใน "เชื้อตัวอ่อน" เป็นตัวกำหนดอายุขัยของสายพันธุ์และป้องกันการเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ นักพฤกษศาสตร์โรเบิร์ต บราวน์ได้แสดงให้ดาร์วินเห็นแนวคิดที่แตกต่างออกไป นั่นคือ "อะตอมที่รวมตัวกัน" ภายในเชื้อตัวอ่อน ซึ่งช่วยให้ธรรมชาติพัฒนาตนเองได้ โอเวนรู้สึกอับอายที่ไม่มีป้ายกำกับสำหรับตัวอย่างนกฟินช์ของเขา เขาจึงตรวจสอบตัวอย่างของฟิตซ์รอยในพิพิธภัณฑ์อังกฤษและติดต่อกับลูกเรือรวมถึงซิมส์ โควิงตันเพื่อขอรับคอลเลกชันของพวกเขา จากนั้นเขาสามารถเชื่อมโยงนกฟินช์กับเกาะต่างๆ โดยมีสายพันธุ์ที่แตกต่างกันในแต่ละเกาะ นอกจากจะเขียนบันทึกประจำวันต่อไปแล้วเขายังเริ่มต้นโครงการที่ทะเยอทะยานเพื่อตีพิมพ์รายงานของผู้เชี่ยวชาญเกี่ยวกับคอลเลกชันของเขาเป็นหนังสือหลายเล่มในชื่อZoology of the Voyage of HMS Beagle การค้นหาผู้สนับสนุนได้รับคำตอบเมื่อเฮนสโลว์ใช้การติดต่อของเขากับรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังโทมัส สปริง ไรซ์เพื่อจัดหาเงินช่วยเหลือจากกระทรวงการคลังจำนวน 1,000 ปอนด์^{[ 29 ]}ซึ่งเป็นจำนวนเงินเทียบเท่าประมาณ 97,000 ปอนด์ในปัจจุบัน^{[ 30 ]}

ระหว่าง การเดินทาง ของบีเกิล ดาร์วินได้สังเกตการกระจายตัวของอีกัวน่ากาลาปากอสสองชนิด และสงสัยว่า "สกุลนี้ ซึ่งชนิดต่างๆ ปรับตัวเข้ากับถิ่นที่อยู่ของตนได้เป็นอย่างดี เป็นสกุลเฉพาะของกลุ่มเกาะเหล่านี้" เขาได้ระบุอีกัวน่าทะเลจากหนังสือบนเรือว่าได้รับการตั้งชื่อว่าAmblyrhyncus Cristatusโดยเบลล์จากตัวอย่างที่มาถึงเม็กซิโก ซึ่งอาจพบที่ชายฝั่งแปซิฟิก^{[ 31 ]}ในเดือนมิถุนายน เขาได้ให้ข้อมูลนี้แก่วิลเลียม บัคแลนด์ [ ^{32 ] เมื่อ}ยุควิกตอเรียเริ่มต้นขึ้น ดาร์วินยังคงเขียนบันทึกประจำวัน ของเขาต่อไป และในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2380 เขาเริ่มแก้ไขต้นฉบับสำหรับการพิมพ์^{[ 33 ]}

ในช่วงกลางเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2380 เมื่อสมุดบันทึกสีแดง ของเขา เต็ม ดาร์วินจึงจัดระเบียบการจดบันทึกของเขาใหม่ และเริ่มใช้สมุดบันทึกใหม่สองเล่ม ได้แก่สมุดบันทึก "A"เกี่ยวกับธรณีวิทยา และสมุดบันทึก "B"ซึ่งเป็นเล่มแรกในชุดเกี่ยวกับ "การเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์" ^{[ 23 ] [ 34 ]}ซึ่งเขาได้เขียนกรอบความคิดสำหรับการคาดการณ์ของเขา โดยจดบันทึกความคิดเกี่ยวกับการวิวัฒนาการ ในวลีที่เขาใช้ในภายหลัง สิ่งนี้กลายเป็น "การระดมความคิด" ^{[ 35 ]}

The title page of the "B" notebook was headed Zoönomia, referring to his late grandfather's evolutionary ideas, and began with questions about the reasons for "generation" in which asexual reproduction resulted in copies of the original, while sexual reproduction produced variation in the offspring, and organisms had short lifespans. The world was known to have changed over time, and "the young of living beings, become permanently changed or subject to variety, according to circumstances". This included plants, animals, and humanity: "in course of generations even mind and instinct become influenced. – child of savage not civilized man." Full-grown organisms might be unchangeable, but variability of their offspring would "adapt & alter the race to changing world."^[36][37] His ideas predated genetic concepts, and he continued to believe that variations arose through reproduction in a purposeful way responding to changes in the environment.^[38] Not all would succeed: "The father being climatized, climatizes the child. Whether every animal produces in course of ages ten thousand varieties (influenced itself perhaps by circumstances) & those alone preserved which are well adapted."^[39]

ในประชากรขนาดใหญ่ “การแต่งงานข้ามสายพันธุ์” ( การผสมข้ามสายพันธุ์ ) จะทำให้ความแปรผันเหล่านี้เท่ากันและอธิบายได้ว่าทำไมสายพันธุ์จึงดูคงที่ แต่การแยกตัวทางการสืบพันธุ์ของกลุ่มย่อยขนาดเล็กอาจนำไปสู่ความแตกต่างและการเกิดสายพันธุ์ใหม่ตามภูมิศาสตร์ : “สัตว์บนเกาะที่แยกจากกันควรจะแตกต่างกันหากถูกแยกจากกันเป็นเวลานานพอสมควรโดยมีสภาพแวดล้อมที่แตกต่างกันเล็กน้อย” เช่นเดียวกับสายพันธุ์ต่างๆ ที่เขาเคยเห็นของเต่ากาลาปากอสและนกม็ อกกิ้งเบิร์ด สุนัขจิ้งจอก ฟอล์กแลนด์และสุนัขจิ้งจอกชิโลเอกระต่ายอังกฤษและกระต่ายไอริชสิ่งที่ดาร์วินเรียกว่า “ การสอดใส่ ” จะทำให้เกิดความแตกต่างที่ชัดเจนระหว่างสายพันธุ์ที่ใกล้เคียงกันมากที่สุดอย่างฉับพลัน ซึ่งอธิบายถึงนกเรียที่ยังคงเป็นสายพันธุ์ที่แตกต่างกันแม้จะมีอาณาเขตทับซ้อนกัน^{[ 41 ]}

นับว่าเป็นเอกลักษณ์สำหรับยุคสมัยของเขา เขาจินตนาการ ถึง การปรับตัว ที่แตกต่างกันนี้ ว่าเป็นการแตกแขนงทางสายเลือด จาก บรรพบุรุษร่วมกันซึ่งเป็นต้นไม้แห่งวิวัฒนาการ : "สิ่งมีชีวิตที่จัดระเบียบเป็นตัวแทนของต้นไม้ที่แตกแขนงอย่างไม่เป็นระเบียบ บางแขนงแตกแขนงมากกว่ามาก – ดังนั้นจึงเรียกว่าสกุล – ) มีหน่อปลายตายมากเท่ากับจำนวนหน่อใหม่ที่เกิดขึ้น" เขาได้ปรับปรุงแนวคิดนี้โดยเสนอแนวคิดปะการังแห่งชีวิต : "ต้นไม้แห่งชีวิตอาจควรเรียกว่าปะการังแห่งชีวิต ฐานของกิ่งก้านตาย เพื่อไม่ให้มองเห็นทางผ่าน" ^{[ 42 ]}ด้วยคำว่า "ฉันคิดว่า" เขาได้ร่างแผนภาพของรูปแบบการแตกแขนงนี้^{[ 40 ]} มุมมองใหม่นี้แตกต่างจากแนวคิดของนักวิวัฒนาการในยุคนั้น (รวมถึงลามาร์คและแกรนท์ ) ซึ่งจินตนาการถึงสายเลือด คู่ขนานอิสระ ที่ถูกผลักดันโดยแรงภายในเพื่อให้ก้าวหน้าไปสู่รูปแบบที่สูงขึ้น ดาร์วินคัดค้านแนวคิดเชิงเส้นเหล่านี้เกี่ยวกับความก้าวหน้า “การพูดถึงสัตว์ชนิดหนึ่งว่าสูงกว่าอีกชนิดหนึ่งเป็นเรื่องไร้สาระ – เราถือว่าสัตว์ที่มีสติปัญญาหรือโครงสร้างสมองพัฒนามากที่สุดเป็นสัตว์ที่สูงที่สุด – แน่นอนว่าผึ้งก็คงจะสูงที่สุดเมื่อสัญชาตญาณยังดีอยู่” ต่อมาในสมุดบันทึก เขาได้บันทึกแนวคิดเรื่องวิวัฒนาการของมนุษย์ไว้ว่า “ถ้ามนุษย์ทุกคนตายแล้ว ลิงก็จะสร้างมนุษย์ – มนุษย์จะสร้างเทวดา” ^{[ 43 ]}

ดาร์วินคิดว่าความเป็นไปได้ที่ "สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมและปลา" จะมีบรรพบุรุษร่วมกันนั้นไม่อาจตัดทิ้งได้ เมื่อมีสิ่งมีชีวิตรูปร่างแปลกประหลาดอย่างตุ่นปากเป็ดอยู่ พืชและสัตว์ที่มีเอกลักษณ์เฉพาะบนหมู่เกาะกาลาปากอสมีลักษณะร่วมกับสายพันธุ์บนแผ่นดินใหญ่ของอเมริกา ในขณะที่นกอพยพอย่างนกชายหาดก็ยังคงเหมือนเดิม แสดงให้เห็นถึง "พลังแห่งการสร้างสรรค์ที่ทำงานบนกาลาปากอส" ซึ่งยืนยัน "หากเราเชื่อว่าพระผู้สร้างทรงสร้างโดยใช้กฎเกณฑ์ใดๆ ซึ่งผมคิดว่าแสดงให้เห็นได้จากข้อเท็จจริงทางสัตววิทยาของหมู่เกาะเหล่านี้" ความสัมพันธ์ที่คล้ายคลึงกันในเชิงเวลาแสดงให้เห็นโดยสัตว์ยักษ์หุ้มเกราะที่สูญพันธุ์ไปแล้วอย่างไกลป์โทดอน ซึ่งมีลักษณะคล้ายกับ ตัวอาร์มาดิลโลในอเมริกาใต้ในปัจจุบันเขาพิจารณาว่าวิธีที่นักดาราศาสตร์เคยคิดว่าพระเจ้าทรงกำหนดการเคลื่อนที่ของดาวเคราะห์แต่ละดวงนั้น เทียบได้กับการสร้างสายพันธุ์แต่ละชนิดในประเทศต่างๆ แต่พลังแห่งพระเจ้า "เรียบง่ายและยิ่งใหญ่กว่ามาก" ในการสร้างสัตว์ชนิดแรกๆ ดังนั้นสายพันธุ์ต่างๆ จึงเกิดขึ้นตาม "กฎแห่งการกำเนิดที่แน่นอน" เขามองว่าสมมติฐานเรื่อง "การสร้างใหม่" เป็นเพียง "การคาดเดาเท่านั้น มันไม่ได้อธิบายอะไรเพิ่มเติม" ^{[ 44 ]} จากโอเวน เขาได้เรียนรู้จาก การสังเกตของ จอห์น ฮันเตอร์เกี่ยวกับ "การสร้างสัตว์ประหลาด" ( กลายพันธุ์ ) ตั้งแต่แรกเกิด และเขาสังเกตว่าสิ่งนี้สามารถ "นำเสนอความคล้ายคลึงกับการสร้างสายพันธุ์" ได้^{[ 45 ]}เขาจดบันทึกความคิดเกี่ยวกับวิธีที่สิ่งมีชีวิตสามารถไปถึงเกาะใหม่ได้: "นกฮูกสามารถขนส่งหนูที่ยังมีชีวิตอยู่ได้หรือไม่?" เมล็ดพืชอาจถูกลมพัดพาไป ถูกขนส่งโดยต้นไม้ลอยน้ำ หรือถูกนกกินที่บินไปยังเกาะ เขาจดบันทึกเตือนให้ "ทดลองกับเปลือกหอยในน้ำเค็มและกิ้งก่า" เช่นเดียวกัน^{[ 46 ]}

ภายใต้ความกดดันจากการจัดระเบียบวิชาสัตววิทยา และการตรวจแก้ต้นฉบับ วารสารของเขา(ซึ่งต้องแก้ไขคำนำเมื่อฟิตซ์รอยบ่นว่าเขา "ประหลาดใจที่ไม่มีการกล่าวถึงเจ้าหน้าที่เลย" สำหรับความช่วยเหลือของพวกเขา) สุขภาพของดาร์วินก็ทรุดโทรมลง ในวันที่ 20 กันยายน ค.ศ. 1837 เขาเกิดอาการ "หัวใจเต้นผิดปกติ" แพทย์ของเขาแนะนำให้เขา " หยุดทำงานทั้งหมด" และไปพักผ่อนในชนบท สองวันต่อมาเขาไปที่แมร์ฮอลล์บ้านของตระกูลเวดจ์วูด เพื่อพักฟื้นเป็นเวลาหนึ่งเดือน ญาติๆ ของเขาถามคำถามเกี่ยวกับ ชีวิต ของเกาโชจน เขาเหนื่อย ป้าของเขาที่ป่วยได้รับการดูแลโดย เอ็มม่าซึ่งยังไม่ได้แต่งงานและลุงโจ สของเขา ชี้ให้เห็นพื้นที่ที่เถ้าถ่านหายไปใต้ดินร่วน ซึ่งโจสคิดว่าอาจเป็นฝีมือของไส้เดือนดาร์วินเดินทางกลับลอนดอนในวันที่ 21 ตุลาคม และในวันที่ 1 พฤศจิกายน ได้บรรยายเกี่ยวกับบทบาทของไส้เดือนดินในการก่อตัวของดินให้กับสมาคมธรณีวิทยา ซึ่งเป็นเรื่องธรรมดาที่พวกเขาอาจมองว่าแปลกประหลาดวิลเลียม บัคแลนด์ต่อมาได้แนะนำให้ตีพิมพ์บทความของดาร์วิน โดยยกย่องว่าเป็น "ทฤษฎีใหม่และสำคัญที่จะอธิบายปรากฏการณ์ที่เกิดขึ้นทั่วไปบนพื้นผิวโลก – อันที่จริงแล้วเป็นพลังทางธรณีวิทยาใหม่" ในขณะเดียวกันก็ปฏิเสธข้อเสนอของดาร์วินอย่างถูกต้องว่าดินชอล์กอาจก่อตัวขึ้นในลักษณะเดียวกัน^{[ 47 ]}

ดาร์วินหลีกเลี่ยงการรับตำแหน่งทางการที่ต้องใช้เวลาอันมีค่า โดยปฏิเสธคำขอของวิลเลียม เวเวลล์ ที่ให้เขาดำรงตำแหน่งเลขานุการของสมาคมธรณีวิทยา โดยให้เหตุผลต่างๆ เช่น "อะไรก็ตามที่ทำให้ผมตื่นเต้นจนเกินไป จะทำให้ผมรู้สึกแย่และหัวใจเต้นเร็วผิดปกติ" ^{[ 48 ] [ 49 ]}แต่ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2381 เขาก็ยอมรับตำแหน่งนี้^{[ 50 ]}ในวันที่ 7 มีนาคม เขาได้อ่านบทความที่ยาวที่สุดของเขาให้สมาคมฟัง ซึ่งอธิบายถึงแผ่นดินไหวที่เขาได้เห็นที่เมืองคอนเซปซิออน ประเทศชิลีในแง่ของการเคลื่อนตัวของเปลือกโลกอย่างค่อยเป็นค่อยไป ซึ่งทำให้ไลเอลพอใจ แม้จะฝึกฝนมาหลายชั่วโมงแล้วก็ตาม ดังที่เขาเล่าในภายหลังว่า "ตอนแรกผมประหม่ามาก จนมองไม่เห็นอะไรอยู่รอบตัว และรู้สึกราวกับว่าร่างกายของผมหายไป เหลือเพียงศีรษะเท่านั้น" ^{[ 51 ]}

ในขณะเดียวกัน ดาร์วินก็ครุ่นคิดถึงการต่อต้านความคิดของเขาที่อาจเกิดขึ้น เขามั่นใจว่าต้องมี "รูปแบบขั้นกลางนับพัน" ระหว่างนาก สมัยใหม่ กับบรรพบุรุษที่อาศัยอยู่บนบกเท่านั้น เขาคิดว่า "ผู้ต่อต้านจะพูดว่า แสดงให้ฉันดูสิ ฉันจะตอบว่าใช่ ถ้าคุณแสดงให้ฉันเห็นทุกขั้นตอนระหว่างบูลด็อกกับเกรย์ฮาวด์" ^{[ 52 ] [ 53 ]}เขาเยาะเย้ยความเชื่อของเวเวลล์ในจักรวาลที่มนุษย์เป็นศูนย์กลาง ซึ่งปรับให้เข้ากับมนุษย์อย่างสมบูรณ์แบบ และเขียนว่า "ทฤษฎีของฉันจะทำให้กายวิภาคเปรียบเทียบทั้งในปัจจุบันและฟอสซิลมีชีวิตชีวาขึ้น มันจะนำไปสู่การศึกษาสัญชาตญาณ พันธุกรรม และพันธุกรรมทางจิตใจ อภิปรัชญาทั้งหมด" ^{[ 54 ]} ตรงกันข้ามกับมุมมองของศาสตราจารย์เคมบริดจ์ของเขาที่ว่ามนุษย์นั้น "เหมือนพระเจ้า" ประมาณเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1838 ดาร์วินเขียนในสมุดบันทึก B ของเขาว่า “สัตว์ที่เราทำให้เป็นทาส เราไม่ชอบที่จะถือว่าพวกมันเท่าเทียมกับเรา – เจ้าของทาสไม่ต้องการทำให้คนผิวดำเป็นสัตว์ประเภทอื่นหรือ – สัตว์ที่มีความรัก ความเลียนแบบ ความกลัวความตาย ความเจ็บปวด ความเศร้าโศกต่อผู้ตาย – ความเคารพ” ความคาดหวังที่จะพบ “บิดาแห่งมนุษยชาติ” เทียบได้กับการค้นหาMacraucheniaและ “หากเราเลือกที่จะปล่อยให้การคาดเดาดำเนินไปอย่างอิสระ สัตว์ของเรา เพื่อนร่วมชาติของเราในความเจ็บปวด โรคภัย ความตาย ความทุกข์ทรมาน และความอดอยาก ทาสของเราในงานที่หนักที่สุด เพื่อนร่วมทางของเราในความบันเทิง พวกเขาอาจมีส่วนร่วมจากต้นกำเนิดของเราในบรรพบุรุษร่วมกัน เราอาจถูกผูกมัดเข้าด้วยกันทั้งหมด” ^{[ 55 ]}

ในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1838 ดาร์วินได้เปลี่ยนมาใช้สมุดบันทึกพกพาเล่มใหม่ คือสมุดบันทึกสีแดงเข้ม(C notebook ) และเริ่มทำการวิจัยเกี่ยวกับการผสมพันธุ์สัตว์เลี้ยง เขาพบว่าวิลเลียม ยาร์เรลล์ ผู้ค้าส่งหนังสือพิมพ์ ที่พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำ มีความรู้มากมาย และตั้งคำถามว่านักเพาะพันธุ์สัตว์กำลังฝืนธรรมชาติหรือไม่ในการ "เลือกสายพันธุ์" ตอนนี้เขาเขียนถึง "การสืบเชื้อสาย" แทนที่จะเป็น "การเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรม" และบอกเป็นนัยถึงแนวคิดเรื่อง "การปรับตัว" ให้เข้ากับสภาพภูมิอากาศ

ในวันที่ 28 มีนาคม ที่สวนสัตว์ เขาได้เห็นลิงเป็นครั้งแรก และประทับใจกับ พฤติกรรมของ อุรังอุตัง "เหมือนเด็กซน" เมื่อผู้ดูแลสัตว์ยั้งแอปเปิลไว้ ในบันทึกของเขา เขาเขียนว่า "ขอให้มนุษย์ได้ไปเยี่ยมชมอุรังอุตังในที่เลี้ยง ฟังเสียงร้องที่แสดงอารมณ์ เห็นสติปัญญาของมัน... ขอให้เขาได้เห็นความป่าเถื่อน...เปลือยเปล่า ไร้เดียงสา ไม่พัฒนาแต่ก็พัฒนาได้ และขอให้เขากล้าที่จะโอ้อวดความเหนือกว่าอันน่าภาคภูมิใจของตน" ในที่นี้ ดาร์วินได้ดึงเอาประสบการณ์ของเขาเกี่ยวกับชนพื้นเมืองของติเอร์ราเดลฟู เอโกมาใช้ และกล้าที่จะคิดว่าช่องว่างระหว่างมนุษย์กับสัตว์นั้นมีน้อยมาก แม้จะมีหลักคำสอนทางศาสนาที่กล่าวว่ามีเพียงมนุษย์เท่านั้นที่มีจิตวิญญาณ

วันที่ 1 เมษายน ชาร์ลส์เขียนจดหมายถึงซูซานพี่สาวของเขาว่า เขาได้เห็นแรดในสวนสัตว์ที่ถูกปล่อยออกมาเป็นครั้งแรกในฤดูใบไม้ผลิ “เตะและยกขาหน้าขึ้น” และวิ่งเหยาะๆ ด้วยความดีใจ จากนั้นเขาก็เล่าเรื่องซุบซิบว่า คุณมาร์ติโน “ร่าเริงเหมือนแรดเลยช่วงนี้ – อีราสมัสอยู่กับเธอทั้งกลางวัน เช้า และกลางคืน – ถ้าบุคลิกของเธอไม่มั่นคงเหมือนภูเขาในแถบขั้วโลก เธอคงจะเสียมันไปแน่ๆ – ไลเอลไปเยี่ยมเธอเมื่อวันก่อน และมีดอกกุหลาบสวยๆ วางอยู่บนโต๊ะ เธอโชว์ให้เขาดูอย่างใจเย็นและพูดว่า “อีราสมัส ดาร์วิน” ให้ฉันมา – ช่างโชคดีเหลือเกินที่เธอหน้าตาธรรมดามาก ไม่อย่างนั้นฉันคงกลัว เธอเป็นผู้หญิงที่วิเศษมาก” ^{[ 56 ]}เขาเริ่มคิดถึงเรื่องการแต่งงาน และด้านหลังจดหมายเก่าฉบับหนึ่ง (ลงวันที่ 7 เมษายน 1838) เขาได้ระบุข้อดีข้อเสียของลอนดอน เคมบริดจ์ หรือชนบท โดยระบุว่า "ผมมีความสุขมากกว่าในการสังเกตโดยตรง ผมจึงไม่สามารถทำอย่างที่ไลเอลทำได้ คือการแก้ไขและเพิ่มเติมข้อมูลใหม่ลงในเส้นทางเดิม และผมไม่เห็นว่ามนุษย์จะเดินตามเส้นทางใดได้หากถูกผูกมัดอยู่กับลอนดอน – ในชนบท การทดลองและการสังเกตสัตว์ชั้นต่ำ – มีพื้นที่มากกว่า – " ^{[ 57 ]}ในจดหมายลงวันที่ 8 พฤษภาคมถึงชาร์ลส์ โทมัส ไวท์ลีย์ เพื่อนของเขาที่เคมบริดจ์ ซึ่งเพิ่งแต่งงาน ดาร์วินได้บรรยายตัวเองว่า "กลายเป็นนักเขียนเต็มตัว" และกล่าวว่า "ผมไม่รู้อะไรเลยเกี่ยวกับอนาคต ผมไม่เคยมองไปข้างหน้าไกลกว่าสองหรือสามบท – เพราะชีวิตของผมตอนนี้วัดจากปริมาตร บท และแผ่นกระดาษ และแทบไม่มีส่วนเกี่ยวข้องกับดวงอาทิตย์ – ส่วนเรื่องภรรยา ซึ่งเป็นตัวอย่างที่น่าสนใจที่สุดในบรรดาสัตว์มีกระดูกสันหลังทั้งหมด มีเพียงพระเจ้าเท่านั้นที่จะรู้ว่าผมจะได้ภรรยาหรือไม่ หรือจะสามารถเลี้ยงดูเธอได้หรือไม่หากได้" ^{[ 58 ]}

ดาร์วินพบจุลสารเล่มหนึ่งที่เขียนโดยเซอร์จอห์น เซไบรท์ เพื่อนของยาร์เรลล์ ซึ่งมีข้อความตอนหนึ่งว่า:

ฤดูหนาวที่รุนแรงหรือการขาดแคลนอาหาร โดยการทำลายสัตว์ที่อ่อนแอและไม่แข็งแรง มีผลดีเทียบเท่ากับการคัดเลือกที่ชาญฉลาดที่สุด ในประเทศที่หนาวเย็นหรือแห้งแล้ง ไม่มีสัตว์ใดสามารถมีชีวิตอยู่จนถึงวัยเจริญพันธุ์ได้ นอกจากสัตว์ที่มีร่างกายแข็งแรง สัตว์ที่อ่อนแอและไม่แข็งแรงจะไม่สามารถมีชีวิตอยู่เพื่อแพร่พันธุ์ความเจ็บป่วยของตนได้^{[ 59 ]}

เซไบรท์กล่าวว่าตัวเมียจะไปหา "ตัวผู้ที่แข็งแรงที่สุด" และ "ตัวที่แข็งแกร่งที่สุดของทั้งสองเพศ โดยการขับไล่ตัวที่อ่อนแอที่สุดออกไป จะได้รับอาหารที่ดีที่สุด และตำแหน่งที่เหมาะสมที่สุดสำหรับตนเองและลูกหลาน" หลังจากอ่านจุลสารแล้ว ดาร์วินแสดงความคิดเห็นว่า "เป็นการสังเกตที่ยอดเยี่ยมเกี่ยวกับการกำจัดลูกหลานที่อ่อนแอออกไปเพื่อไม่ให้แพร่พันธุ์ตามธรรมชาติ – สามารถอนุมานศิลปะทั้งหมดของการสร้างพันธุ์ต่างๆ ได้จากข้อเท็จจริงที่กล่าวมา" ^{[ 60 ] [ 61 ]}

การคาดเดาของดาร์วินในสมุดบันทึกของเขาลึกซึ้งขึ้นเมื่อเขาสงสัยว่าสัญชาตญาณและลักษณะทางจิตใจถูกส่งต่อให้ลูกหลานได้อย่างไร “ความคิด (หรือความปรารถนาที่ถูกต้องกว่า) เป็นกรรมพันธุ์ จึงยากที่จะจินตนาการว่ามันเป็นอย่างอื่นนอกจากโครงสร้างของสมองที่เป็นกรรมพันธุ์ การเปรียบเทียบชี้ให้เห็นถึงสิ่งนี้ – ความรักในเทพเจ้า ผลกระทบของการจัดระเบียบ โอ้ คุณนักวัตถุนิยม !” และเตือนตัวเองให้อ่านบาร์เคลย์ “เกี่ยวกับการจัดระเบียบ!!” ^{[ 62 ]} เขายังคงดิ้นรนกับ ธรณีวิทยา ของบีเกิลทำงานหนักเกินไป กังวล และประสบกับอาการปวดท้องและปวดหัวซึ่งทำให้เขานอนป่วยเป็นเวลาหลายวันติดต่อกัน ในที่ส่วนตัวเขาคิดถึงผลกระทบทางสังคมของวิวัฒนาการ เขียนว่า “ให้การศึกษาแก่ทุกชนชั้น หลีกเลี่ยงการปนเปื้อนของวรรณะ ปรับปรุงผู้หญิง (อิทธิพลสองเท่า) และมนุษยชาติจะต้องปรับปรุง” นี่คล้ายกับจุดยืนของลามาร์คแบบหัวรุนแรง แต่การศึกษาของผู้หญิงได้รับการสนับสนุนจากครอบครัวเวดจ์วูด-ดาร์วินทั้งหมดอยู่แล้ว และได้รับการสนับสนุนอย่างแข็งขันจากมาร์ติโน^{[ 63 ]}

ดาร์วินเขียนว่า "มนุษย์ด้วยความเย่อหยิ่งคิดว่าตนเองเป็นผลงานชิ้นเอกที่คู่ควรกับการแทรกแซงของเทพเจ้า ซึ่งผมเชื่อว่าเป็นการถ่อมตนและถูกต้องกว่าที่จะพิจารณาว่าเขาถูกสร้างขึ้นจากสัตว์" ^{[ 64 ]} ในงานเขียนเบื้องต้นของเขาเกี่ยวกับการแสดงออกทางอารมณ์ในมนุษย์และสัตว์ดาร์วินได้พลิกกลับแนวคิดทางเทววิทยาของชาร์ลส์ เบลล์ที่ว่ามนุษย์ถูกออกแบบมาให้เผยฟันเขี้ยวเมื่อยิ้ม และอธิบายการแสดงออกโดยการสืบเชื้อสายร่วมกันว่า "ไม่ต้องสงสัยเลยว่าเป็นนิสัยที่ได้มาจากการเป็นลิงบาบูนที่มีฟันเขี้ยวขนาดใหญ่มาก่อน – ผสมผสานข้อโต้แย้งนี้เข้ากับการที่เขามีฟันเขี้ยว – วิธีการมองเรื่องนี้มีความสำคัญ การหัวเราะเป็นการดัดแปลงการเห่า การยิ้มเป็นการดัดแปลงการหัวเราะ การเห่าเพื่อบอกสัตว์อื่น ๆ ในทำนองเดียวกันถึงข่าวดี การค้นพบเหยื่อ ซึ่งเกิดขึ้นอย่างไม่ต้องสงสัยจากความต้องการความช่วยเหลือ – การร้องไห้เป็นเรื่องที่น่าสงสัย – ภายใต้มุมมองนี้ การแสดงออกของสัตว์ทุกชนิดจึงกลายเป็นเรื่องที่น่าสนใจมาก – สุนัขคำรามขณะเล่น" ดาร์วินได้พูดคุยเป็นการส่วนตัวกับ เฮนสลีย์ เวดจ์วูดลูกพี่ลูกน้องของเขาเกี่ยวกับความสัมพันธ์ระหว่างมนุษย์กับสัตว์ เฮนสลีย์กล่าวว่า ความรักในพระเจ้าและความคิดถึงพระองค์หรือความเป็นนิรันดร์เป็นเพียงความแตกต่างระหว่างจิตใจของมนุษย์กับสัตว์ – แต่ช่างเลือนรางเหลือเกินในชาวฟูเอเจียนหรือชาวออสเตรเลีย! ประสบการณ์ของดาร์วินเองกับ "คนป่าเถื่อน" ที่เขาได้พบใน การเดินทางสำรวจ ของบีเกิลแสดงให้เห็นว่าไม่ใช่มนุษย์ทุกคนที่เชื่อในศาสนาเหล่านี้^{[ 65 ]}

ขณะที่เขากังวลเกี่ยวกับแนวคิดเหล่านี้และธรณีวิทยาอาการป่วยของเขาก็ทวีความรุนแรงขึ้น มีอาการปวดท้อง ปวดหัว และปัญหาเกี่ยวกับหัวใจ ทำให้เขาทำงานหนักเกินไปและต้องนอนพักรักษาตัวหลายวันติดต่อกัน^{[ 66 ]}ในเดือนพฤษภาคม เขาเขียนจดหมายถึงน้องสาวของเขา แคโรไลน์ เวดจ์วูด โดยหวังว่าจะได้ไปเยี่ยมญาติในเดือนกรกฎาคมหรือต้นเดือนสิงหาคม “แต่ฉันจะต้องรีบเร่งอย่างโหดร้าย เพราะฉันต้องไปสกอตแลนด์เพื่อทำงานด้านธรณีวิทยา” และยังต้องไปลอนดอนทุกๆ สองเดือนเพื่อตีพิมพ์หนังสือสัตววิทยา ของเขา “ฉันหวังว่าฉันจะสามารถทำงานอย่างหนักต่อไปได้ในอีกสามปีข้างหน้า มิฉะนั้นฉันจะไม่มีวันทำเสร็จ – แต่ฉันพบว่าสมองและกระเพาะอาหารเป็นพลังที่ขัดแย้งกัน และการคิดมากเกินไปในหนึ่งวันง่ายกว่าการคิดน้อยเกินไปมาก – ความคิดเกี่ยวอะไรกับการย่อยเนื้อย่าง – ฉันบอกไม่ได้ แต่พวกมันเป็นพลังที่เกี่ยวข้องกัน” ^{[ 67 ]}วิลเลียม ดาร์วิน ฟ็อกซ์ ลูกพี่ลูกน้องของดาร์วินได้ให้คำตอบที่เป็นประโยชน์ต่อคำถามของเขาเกี่ยวกับการผสมพันธุ์สัตว์เลี้ยง และในคำตอบของเขาเมื่อวันที่ 15 มิถุนายน ดาร์วินยอมรับเป็นครั้งแรกว่า "มันเป็นงานอดิเรกหลักของผม และผมคิดว่าสักวันหนึ่ง ผมจะสามารถทำอะไรบางอย่างเกี่ยวกับเรื่องที่ซับซ้อนที่สุดเกี่ยวกับสายพันธุ์และพันธุ์ต่างๆ ได้" ^{[ 52 ] [ 68 ]}

ในขณะเดียวกัน ดาร์วินก็ได้รับตำแหน่งในที่สาธารณะ และเมื่อวันที่ 21 มิถุนายน พ.ศ. 2381 เขาได้รับเลือกให้เข้าเป็นสมาชิกของ สโมสร Athenæumพร้อมกับชาร์ลส์ ดิกเกนส์ตั้งแต่ต้นเดือนสิงหาคม ดาร์วินเริ่มไปที่นั่นทุกวันเพื่อ "รับประทานอาหารที่ Athenæum เหมือนสุภาพบุรุษ หรือจะเรียกว่าเหมือนท่านลอร์ดก็ได้ เพราะผมมั่นใจว่าในเย็นวันแรกที่ผมนั่งอยู่ในห้องรับแขกขนาดใหญ่ บนโซฟาเพียงลำพัง ผมรู้สึกเหมือนเป็นดยุค – ผมชื่นชม Athenæum มาก ที่นั่นมีผู้คนมากมายที่น่าคบหา ... ผมสนุกกับมันมากขึ้น เพราะผมคาดหวังว่าจะเกลียดมัน" ^{[ 69 ] [ 70 ]}

ขณะนั้น ครอบครัวเฮนสลีย์ เวดจ์วูดอาศัยอยู่บ้านข้างๆ อีราสมัส ในช่วงต้นเดือนมิถุนายน ปี 1838 แคทเธอรีน ดาร์วินและเอ็มมา เวดจ์วูด ได้มาเยี่ยมพวกเขาเป็นเวลาหนึ่งสัปดาห์ หลังจากกลับมาจากงานสังสรรค์ในครอบครัวที่ปารีส เอ็มมาเล่าให้ป้าของเธอฟังในอีกไม่กี่สัปดาห์ต่อมาว่า "ชาร์ลส์เคยมาบ้านข้างๆ ด้วย ดังนั้นพวกเราจึงเป็นกลุ่มคนที่สนุกสนานและร่าเริงมาก"

อาการป่วยทำให้ดาร์วินต้องหยุดพักจากความกดดันในการทำงาน: เมื่อวันที่ 15 มิถุนายน เขาบอกกับวิลเลียม ดาร์วิน ฟ็อกซ์ ลูกพี่ลูกน้องของเขา ว่า “ช่วงนี้ผมไม่ค่อยสบาย ซึ่งทำให้ผมตัดสินใจออกจากลอนดอนเร็วกว่าที่คาดไว้ ผมจะนั่งเรือกลไฟไปเอดินบะระ – ไปเดินเล่นคนเดียวที่หน้าผาซอลส์เบอรี และรำลึกถึงอดีต จากนั้นก็ไปต่อที่กลาสโกว์และหุบเขาอินเวอร์เนสอันยิ่งใหญ่ – ซึ่งผมตั้งใจจะหยุดพักหนึ่งสัปดาห์เพื่อสำรวจธรณีวิทยาของถนนคู่ขนานของเกลนรอย – จากนั้นก็ไปชรูว์สเบอรี แมร์หนึ่งวัน และลอนดอนเพื่อสูบบุหรี่ พักผ่อน และทำงานหนัก” ^{[ 68 ]}เมื่อวันที่ 23 มิถุนายน พ.ศ. 2381 เขานั่งเรือกลไฟไปเอดินบะระเพื่อไป “สำรวจธรณีวิทยา” ในสกอตแลนด์ หลังจากกลับมาเยือนเอดินบะระในวันที่ 28 มิถุนายน (ซึ่งเป็นวันที่สมเด็จพระราชินีนาถวิกตอเรียทรงมีพระราชพิธีบรมราชาภิเษกในลอนดอน) เขาก็เดินทางต่อไปยังฟอร์ตวิลเลียม ที่เกลน รอยในวันที่อากาศดีเยี่ยม เขาเชื่อมั่นว่าได้ไขปริศนาของ "ถนนคู่ขนาน" รอบหุบเขาได้แล้ว ซึ่งเขาระบุว่าเป็นหาดทรายที่ยกตัวขึ้น แม้ว่านักธรณีวิทยารุ่นหลังจะสนับสนุนแนวคิดของหลุยส์ อากัสซิสที่ว่าสิ่งเหล่านี้เกิดจากการกัดเซาะของธารน้ำแข็งก็ตาม

เมื่อฟื้นตัวเต็มที่และมองโลกในแง่ดี เขาจึงกลับบ้านที่เดอะเมาท์ ชรูว์สเบอรีเขาพูดคุยถึงความคิดของเขากับพ่อและขอคำแนะนำเกี่ยวกับเอ็มมา ดร. โรเบิร์ต วอริ่ง ดาร์วิน ผู้มีประสบการณ์ ได้บอกลูกชายของเขาให้ปกปิดความสงสัยทางศาสนาซึ่งอาจก่อให้เกิด "ความทุกข์ยากอย่างแสนสาหัส... ทุกอย่างดำเนินไปได้ด้วยดีจนกระทั่งสามีหรือภรรยามีสุขภาพไม่ดี และจากนั้นผู้หญิงบางคนก็ต้องทนทุกข์ทรมานอย่างแสนสาหัสเพราะสงสัยในความรอดของสามี ทำให้พวกเธอต้องทนทุกข์ทรมานไปด้วยเช่นกัน" ชาร์ลส์ได้เขียนรายการสองคอลัมน์ลงบนเศษกระดาษ^{[ 71 ]}ภายใต้หัวข้อแต่งงานเขาได้ระบุถึงข้อดีต่างๆ เช่น "ลูกๆ – หากพระเจ้าทรงประสงค์ – เพื่อนร่วมทางและเพื่อนแท้ในวัยชราจะรู้สึกสนใจในตัวเรา – เป็นที่รักและเล่นด้วยได้ดีกว่าสุนัขเสียอีก" ในขณะที่ภายใต้หัวข้อไม่แต่งงานเขาได้เขียนว่า "อิสรภาพที่จะไปไหนก็ได้ตามใจชอบ... ไม่ต้องถูกบังคับให้ไปเยี่ยมญาติ... ไม่ต้องเสียค่าใช้จ่ายและความกังวลใจในการเลี้ยงดูลูกๆ... ความอ้วนและความเกียจคร้าน... หากมีลูกหลายคนก็ต้องทำงานหาเลี้ยงชีพ..." เขาจดบันทึกความคิดเพิ่มเติม จากนั้นสรุปว่า "พระเจ้า มันทนไม่ได้เลยที่จะคิดถึงการใช้ชีวิตทั้งชีวิตเหมือนผึ้งตัวผู้ ทำงาน ทำงาน แล้วก็ไม่ได้อะไรเลย – ไม่ ไม่เอา – ลองนึกภาพการใช้ชีวิตทั้งวันอย่างโดดเดี่ยวในบ้านลอนดอนที่เต็มไปด้วยควันและสกปรก – ลองนึกภาพภรรยาที่แสนดีนั่งอยู่บนโซฟาข้างเตาผิงอุ่นๆ มีหนังสือและดนตรีด้วย – ลองเปรียบเทียบภาพนี้กับความเป็นจริงอันมืดมนของมหาเศรษฐีมาร์ลโบโร เซนต์ แมรี่ แมรี่ แมรี่ แมรี่ เอ็ด" ^{[ 72 ]}

จากนั้นเขาใช้เวลาสองสัปดาห์นั้น "อยู่เฉยๆ ที่ชรูว์สเบอรี" ซึ่งหมายความว่าเขาเริ่มจดบันทึกในสมุด "D"เกี่ยวกับลำดับการเปลี่ยนแปลง และสมุด "M"เกี่ยวกับพื้นฐานวิวัฒนาการของพฤติกรรมทางศีลธรรมและสังคม โดยเขียนบันทึกและเกร็ดเล็กเกร็ดน้อยจากพ่อของเขาเกี่ยวกับประสบการณ์กับผู้ป่วยลงไปถึงหกสิบหน้า

หลังจากได้รับความโปรดปรานแล้ว เขาจึงไปเยี่ยมเอ็มม่าลูกพี่ลูกน้องของเขาในวันที่ 29 กรกฎาคม เขาไม่ได้ขอแต่งงาน แต่ก็ไม่สามารถปกปิดความคิดของเขาเกี่ยวกับการแปรสภาพได้ เอ็มม่ากล่าวว่า "เขาเป็นผู้ชายที่เปิดเผยและโปร่งใสที่สุดเท่าที่ฉันเคยเห็นมา และทุกคำพูดของเขาแสดงถึงความคิดที่แท้จริงของเขา" เมื่อเธอถามเกี่ยวกับต้นกำเนิดที่แท้จริง เขาหลีกเลี่ยงที่จะพูดถึงเรื่องนั้น โดยตระหนักว่า "มันจะต้องแสดงให้เห็นว่าดวงตาแรกเกิดขึ้นได้อย่างไร" ซึ่งเขายังทำไม่ได้ในตอนนี้

หลังจากเดินทางกลับลอนดอนในวันที่ 1 สิงหาคม ค.ศ. 1838 ดาร์วินได้อ่านบทวิจารณ์หนังสือPositive PhilosophyของAuguste Comteที่ Athenaeum Club ซึ่งช่วยเสริมแนวคิดเรื่องกฎธรรมชาติแบบแพนธีอิสต์ ของเขา ^{[ 73 ]}ทำให้เขากล่าวว่า "ช่างเป็นมุมมองที่งดงามเหลือเกินที่เราสามารถมองเห็นโลกได้" โดยที่ทุกสิ่งทุกอย่างประสานกัน "ด้วยกฎแห่งความกลมกลืนบางประการ" ซึ่งเป็นวิสัยทัศน์ที่ "ยิ่งใหญ่กว่ามาก" เมื่อเทียบกับการที่พระผู้เป็นเจ้าทรงสร้าง "สัตว์จำพวกหอยที่น่ารังเกียจมากมายหลายตัวขึ้นมาเอง – ช่างต่ำกว่าศักดิ์ศรีของพระองค์เสียจริง!" มีเพียง "จินตนาการที่คับแคบ" เท่านั้นที่มองเห็นพระเจ้า "ทรงต่อสู้กับกฎที่พระองค์ทรงสถาปนาขึ้นในธรรมชาติทั้งหมด" ^{[ 74 ]}งานของเขาเกี่ยวกับแนวปะการังและบทความที่ตั้งทฤษฎีว่าGlen Royเคยเป็นแขนของทะเลยังคงดำเนินต่อไป เขาไปเยี่ยมชมสวนสัตว์เพื่อทำการทดลอง สังเกตปฏิกิริยาของลิงและเห็นอารมณ์ต่างๆ เช่น "การแก้แค้นและความโกรธ" ซึ่งหมายความว่า "เชื้อสายของเรา [จึงเป็นรากเหง้า] ของกิเลสตัณหาอันชั่วร้ายของเรา" เขาต้องการพันธมิตร และบอกใบ้ให้ไลเอลทราบว่างานของเขา "เกี่ยวข้องกับคำถามเรื่องสายพันธุ์" โดยรวบรวม "ข้อเท็จจริงที่เริ่มจัดกลุ่มตัวเองอย่างชัดเจนภายใต้กฎย่อย" ^{[ 75 ]}

Then in late September he began reading "for amusement" the 6th edition of Malthus'sAn Essay on the Principle of Population which reminded him of Malthus's statistical proof that human populations breed beyond their means and compete to survive, at a time when he was primed to apply these ideas to animal species. Malthus had softened from the bleakness of the earlier editions, now allowing that the population crush could be mitigated by education, celibacy and emigration. Already Radical crowds were demonstrating against the harsh imposition of Malthusian ideas in the Poor Laws, and a slump was resulting in mass emigration. Lyell was convinced that animals were also driven to spread their territory by overpopulation, but Darwin went further in applying the Whig social thinking of struggle for survival with no handouts. His views were secular, but not atheistic. He asked how God's laws had produced "so high a mind" as ours, with purpose shown by descent geared towards the "production of higher animals", suggesting that "we are [a] step towards some higher end".^[76][77]

Malthus's essay calculates from the birth rate that human population could double every 25 years, but in practice growth is kept in check by death, disease, wars and famine.^{[78][79][80][81]} Darwin was well prepared to see at once that this related to de Candolle's concept of "nature's war" and also applies to the struggle for existence amongst wildlife,^[82][83] so that when there is more population than resources can maintain, favourable variations that allow the organism to better use the limited resources available tend to be preserved, and unfavourable ones destroyed by being unable to get the means for existence, resulting in the formation of new species.^[84] On 28 September 1838 he noted this insight, describing it as a kind of wedging, forcing adapted structures into gaps in the economy of nature formed as weaker ones were thrust out. He now had a theory by which to work.^[80]

Darwin's thoughts and work continued and he suffered repeated bouts of illness. On 11 November he returned to Maer Hall and proposed to Emma.

เขาได้พูดคุยเกี่ยวกับความคิดของเขาอีกครั้ง และต่อมาเธอก็เขียนจดหมายบอกเขาถึง “ความกลัวว่าความคิดเห็นของเราในเรื่องที่สำคัญที่สุดจะแตกต่างกันอย่างมาก เหตุผลของฉันบอกฉันว่าความสงสัยที่ซื่อสัตย์และมีสติสัมปชัญญะไม่ถือเป็นบาป แต่ฉันรู้สึกว่ามันจะเป็นช่องว่างที่เจ็บปวดระหว่างเรา ฉันขอบคุณคุณจากใจจริงสำหรับการเปิดเผยของคุณกับฉัน และฉันกลัวว่าคุณจะปกปิดความคิดเห็นของคุณเพราะกลัวว่าจะทำให้ฉันเจ็บปวด” เธอกล่าวต่อว่า “ชาร์ลีย์ที่รัก ตอนนี้เราเป็นของกันและกันแล้ว และฉันอดไม่ได้ที่จะเปิดเผยกับคุณ คุณจะช่วยฉันหน่อยได้ไหม? ฉันแน่ใจว่าคุณจะทำได้ นั่นคือการอ่านคำเทศนาอำลาของพระผู้ช่วยให้รอดแก่เหล่าสาวกของพระองค์ ซึ่งเริ่มต้นที่ตอนท้ายของบทที่ 13 ของยอห์น มันเต็มไปด้วยความรัก ความศรัทธา และความรู้สึกที่งดงามทุกอย่าง” ^{[ 85 ]}ในคำเทศนาอำลาจากพระ วรสารของ นักบุญยอห์น พระเยซูทรงสั่งสอนเหล่าสาวกของพระองค์ให้ “รักซึ่งกันและกัน” ซึ่งเป็นส่วนสำคัญของหลักคำสอนของคริสเตียนที่เน้นความจำเป็นในการเชื่อ สำหรับเอ็มมา ความสำคัญของศรัทธาได้รับการตอกย้ำจากการเสียชีวิตของแฟนนี น้องสาวของเธอในปี พ.ศ. 2375 และความต้องการของเธอที่จะได้พบกับแฟนนีอีกครั้งในภพหน้า เธอรู้สึกอย่างชัดเจนว่าดาร์วินจะสามารถเอาชนะความสงสัยและเชื่อมั่นได้^{[ 86 ]}ยอห์น 15ยังกล่าวอีกว่า “ถ้าผู้ใดไม่อยู่ในเรา...เขาจะถูกเผา” คำตอบที่อบอุ่นของดาร์วินทำให้เธอมั่นใจ และเธอตอบว่า “การได้พบคุณอย่างจริงจังในเรื่องนี้จะเป็นความสบายใจที่สุดของฉัน และฉันแน่ใจว่าคุณก็เช่นกัน ฉันเชื่อว่าฉันเห็นด้วยกับทุกคำที่คุณพูด และฉันดีใจที่คุณรู้สึกอยากจะพูดถึงเรื่องนี้ให้มากขึ้นอีกหน่อย” อย่างไรก็ตาม ความตึงเครียดนี้จะยังคงอยู่^{[ 87 ] [ 88 ]}

พ่อของเอ็มมาสัญญาว่าจะให้สินสอด 5,000 ปอนด์ บวกกับเงินรายปีอีก 400 ปอนด์ ในขณะที่ดร.ดาร์วินให้เงินเพิ่มอีก 10,000 ปอนด์แก่ชาร์ลส์เพื่อนำไปลงทุน พวกเขาตัดสินใจย้ายไปลอนดอนจนกว่าชาร์ลส์จะ "ทำให้สาธารณชนด้านธรณีวิทยาเบื่อหน่าย" กับความกระหายที่จะเขียนหนังสือ จากนั้นพวกเขาจะ "ตัดสินใจว่าความสุขของการเกษียณอายุและการใช้ชีวิตในชนบท... ดีกว่าการเข้าสังคมหรือไม่"

ในเวลากลางวัน ชาร์ลส์ออกไปหาบ้าน ส่วนในเวลากลางคืน เขาครุ่นคิดถึง "ความหลากหลายนับไม่ถ้วน" (ซึ่งเขายังคงคิดว่าได้มาด้วยวิธีใดวิธีหนึ่ง) โดยมีธรรมชาติของการแข่งขันคัดเลือกสิ่งที่ดีที่สุด นำไปสู่การเปลี่ยนแปลงทีละขั้นตอน ในขณะที่อวัยวะที่หลงเหลืออยู่ เช่น กระดูกก้นกบ (หาง) ของมนุษย์ ไม่ใช่สิ่งที่พระเจ้า "เติมเต็มความคิดดั้งเดิมของพระองค์จนหมดสิ้น" อย่างที่เข้าใจกันทั่วไป แต่เป็นซากบรรพบุรุษที่ชี้ไปถึง "บิดาแห่งมนุษย์"

ดาร์วินพิจารณาข้อโต้แย้งของมัลทัสที่ว่าประชากรมนุษย์ขยายพันธุ์เกินกำลังและแข่งขันกันเพื่อความอยู่รอด โดยสัมพันธ์กับสิ่งที่เขาค้นพบเกี่ยวกับสายพันธุ์ที่สัมพันธ์กับสถานที่ การสอบสวนก่อนหน้านี้เกี่ยวกับการผสมพันธุ์สัตว์ และแนวคิดของ "กฎแห่งความกลมกลืน" ตามธรรมชาติ ในช่วงปลายเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1838 เขาเปรียบเทียบการคัดเลือกพันธุ์สัตว์กับการคัดเลือกโดยธรรมชาติแบบมัลทัสจากตัวแปรแบบสุ่ม ซึ่งเกิดขึ้นจาก "โอกาส" และในช่วงกลางเดือนธันวาคม เขาอธิบายการเปรียบเทียบนี้ว่าเป็น "ส่วนที่สวยงามของทฤษฎีของฉันที่ว่าสายพันธุ์ของสิ่งมีชีวิตที่ถูกเลี้ยงนั้นถูกสร้างขึ้นโดยวิธีการเดียวกันกับสายพันธุ์ แต่สายพันธุ์หลังนั้นสมบูรณ์แบบกว่ามากและช้ากว่าอย่างไม่มีที่สิ้นสุด" ^{[ 89 ]}ดังนั้นใน "สายพันธุ์ ทุกส่วนของโครงสร้างที่ได้รับมาใหม่จึงใช้งานได้จริงและสมบูรณ์แบบ" ^{[ 90 ]}

หนังสือ The Ninth Bridgewater Treatise. A Fragment ฉบับพิมพ์ ครั้งที่สองของCharles Babbageซึ่งตีพิมพ์ในปีนั้น มีสำเนาจดหมายที่John Herschelส่งถึงCharles Lyellในปี 1836 ^{[ 91 ]}ไม่นานก่อนที่ Darwin จะไปเยี่ยม Herschel ที่Cape Townในวันที่ 2 ธันวาคม Darwin เขียนในสมุดบันทึกอิเล็กทรอนิกส์ของเขาว่า "Babbage ฉบับพิมพ์ครั้งที่ 2 หน้า 226 – Herschel เรียกการปรากฏตัวของสายพันธุ์ใหม่ว่าเป็นปริศนาแห่งปริศนา และมีข้อความสำคัญเกี่ยวกับปัญหานี้! เย้ – 'สาเหตุระหว่างกลาง' " ^{[ 92 ]}จดหมายของ Herschel สนับสนุนการค้นหาสาเหตุตามธรรมชาติ ตรงข้ามกับสาเหตุปาฏิหาริย์ และให้เหตุผลทางปรัชญาแก่โครงการของ Darwin ^{[ 93 ]}

แผนกสัตววิทยาประสบปัญหา โดยริชาร์ด โอเวนต้องหยุดงานเกี่ยวกับสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมฟอสซิลและจอห์น กูลด์ออกเดินทางไปแทสเมเนีย ทำให้ดาร์วินต้องทำงาน นกที่ยังทำไม่เสร็จให้เสร็จ[ ^{94 ] "}ผู้ชายคนหนึ่งจะมีอะไรพูดได้บ้าง ในเมื่อเขาทำงานทั้งเช้าเพื่อบรรยายถึงเหยี่ยวและนกฮูก แล้วก็รีบออกไป เดินอย่างงุนงงไปตามถนนสายหนึ่งและอีกสายหนึ่ง มองหาคำว่า 'ให้เช่า'" ^{[ 95 ]}เอ็มม่าได้จัดเตรียมที่จะมาลอนดอนกับครอบครัวเฮนสลีย์ เวดจ์วูดเป็นเวลาหนึ่งสัปดาห์เพื่อช่วยในการค้นหาบ้าน^{[ 96 ]}และเขียนจดหมายบอกเขาว่า "ดีแล้วที่ฉันจะมาดูแลคุณนะ คุณลุงที่น่าสงสารของฉัน" ก่อนที่จะมาถึงในวันที่ 6 ธันวาคม^{[ 97 ]}

เมื่อวันที่ 19 ธันวาคม พ.ศ. 2381 ในฐานะเลขานุการของสมาคมธรณีวิทยาแห่งลอนดอน ดาร์วินได้เห็นการสอบสวนอย่างโหดร้ายโดยโอเวนและพันธมิตรของเขา รวมถึงเซดจ์วิกและบัคแลนด์ ต่อ โรเบิร์ต เอ็ดมันด์ แกรนต์อาจารย์เก่าของดาร์วินเมื่อพวกเขาเยาะเย้ยทฤษฎีนอกรีตของลามาร์คของแกรนต์ ซึ่งเป็นการย้ำเตือนอย่างชัดเจนถึงความเกลียดชังของสถาบันต่อทฤษฎีวิวัฒนาการ^{[ 98 ]}

ระหว่างการเยี่ยมเยียน เอ็มม่าคิดว่าดาร์วินดูไม่สบายและเหนื่อยล้ามาก^{[ 99 ]}ในช่วงปลายเดือนธันวาคม เธอเขียนจดหมายเร่งเร้าให้เขา "ออกจากเมืองไปพักผ่อนเถอะ คุณดูไม่สบายมาระยะหนึ่งแล้ว ฉันเกรงว่าคุณจะต้องนอนป่วย... ไม่มีอะไรจะทำให้ฉันมีความสุขได้เท่ากับการได้ช่วยเหลือหรือปลอบโยนชาร์ลส์ที่รักของฉันเมื่อเขาไม่สบาย ดังนั้นอย่าป่วยอีกเลยนะ ชาร์ลส์ที่รัก จนกว่าฉันจะได้อยู่กับคุณเพื่อดูแลคุณ" ^{[ 100 ]}

เมื่อวันที่ 29 ธันวาคม พ.ศ. 2381 ดาร์วินได้เช่าบ้านพร้อมเฟอร์นิเจอร์ที่เลขที่ 12 ถนนอัปเปอร์โกเวอร์เขาเขียนจดหมายถึงเอ็มมาว่า "ถนนโกเวอร์เป็นของเราแล้ว ม่านสีเหลืองและทุกอย่าง" และแสดงความยินดีที่ได้เป็น "เจ้าของบ้านมาคอว์คอทเทจ" ^{[ 101 ]}ซึ่งเขาจำได้ดีถึงผนังและเฟอร์นิเจอร์สีฉูดฉาดที่ "ผสมผสานสีทั้งหมดของนกมาคอว์เข้าด้วยกันอย่างน่าเกลียด" ^{[ 102 ]}เอ็มมาดีใจที่พวกเขาได้บ้านที่เธอชอบ พร้อมกับหวังว่าพวกเขาจะกำจัด "หมาตายตัวนั้นออกจากสวนได้แล้ว" ^{[ 103 ]}ดาร์วินย้าย "พิพิธภัณฑ์" ของเขาเข้ามาอย่างใจร้อนในวันที่ 31 ธันวาคม ทำให้ตัวเขาเอง อีราสมัส และคนยกกระเป๋าประหลาดใจกับน้ำหนักของกระเป๋าเดินทางที่บรรจุตัวอย่างทางธรณีวิทยา^{[ 104 ]}

เมื่อวันที่ 24 มกราคม ค.ศ. 1839 เขาได้รับเกียรติให้ได้รับการเลือกตั้งเป็นสมาชิกราชสมาคมและได้นำเสนอผลงานวิจัยเรื่องถนนในเกลนรอย วันรุ่งขึ้นเขานั่งรถไฟกลับบ้านที่ชรูว์สเบอรี จากนั้นในวันที่ 28 เขาเดินทางไปยังแมร์ฮอลล์

เมื่อวันที่ 29 มกราคม ค.ศ. 1839 ชาร์ลส์ได้แต่งงานกับเอ็มมาที่เมืองแมร์ สแตฟฟอร์ด เชียร์ ใน พิธี แบบแองกลิกันที่จัดขึ้นเพื่อให้เหมาะกับกลุ่มยูนิแทเรียนด้วย โดยมีบาทหลวงจอห์น อัลเลน เวดจ์วูด ลูกพี่ลูกน้องของพวกเขา เป็นผู้ประกอบพิธี แม่ของเอ็มมาที่ป่วยติดเตียงหลับตลอดพิธี ทำให้เอ็มมาไม่ต้อง "เจ็บปวดจากการจากลา" หลังจากนั้นไม่นาน ชาร์ลส์และเอ็มมาก็รีบไปที่สถานีรถไฟ ทำให้ญาติๆ ของพวกเขาประหลาดใจ และรับประทานแซนด์วิชและดื่มอวยพรอนาคตของพวกเขาจาก "ขวดน้ำ" บนรถไฟ เมื่อกลับมาที่กระท่อมมาคอว์ ชาร์ลส์บันทึกในสมุดบันทึกของเขาว่า "แต่งงานที่แมร์และกลับลอนดอนเมื่ออายุ 30 ปี" และในสมุดบันทึก "E" ของเขา ได้บันทึกความคิดเห็นของ ลุงจอ ห์น เวดจ์วู ดเกี่ยวกับหัวผักกาด

โปรดดูพัฒนาการของทฤษฎีของดาร์วินเพื่อดูความก้าวหน้าต่างๆ ที่ตามมา โดยพิจารณาจากบริบทชีวิต การทำงาน และอิทธิพลภายนอกในขณะนั้น

• The Complete Works of Charles Darwin Online – Darwin Online; Darwin's publications, private papers and bibliography, supplementary works including biographies, obituaries and reviews. Free to use, includes items not in public domain.
• Works by Charles Darwin at Project Gutenberg; public domain
• โครงการจดหมายโต้ตอบของดาร์วินข้อความและหมายเหตุสำหรับจดหมายส่วนใหญ่ของเขา