อินเนนีผู้ซึ่งมีอายุมากแล้วตั้งแต่ต้นรัชสมัยของทุตโมสที่ 2 มีชีวิตอยู่ตลอดรัชสมัยของกษัตริย์องค์นี้ไปจนถึงรัชสมัยของฮัตเชปซุต^{[ 15 ]}นอกจากนี้ ทุตโมสที่ 2 ยังได้รับการกล่าวถึงน้อยมากในบันทึกอนุสรณ์สถานและในชีวประวัติสุสานร่วมสมัยของเจ้าหน้าที่สมัยราชอาณาจักรใหม่ การนับอนุสรณ์สถานจากรัชสมัยของพระองค์อย่างชัดเจน ซึ่งเป็นเครื่องมือหลักในการประมาณรัชสมัยของกษัตริย์เมื่อไม่มีเอกสารลงวันที่ แทบจะเป็นไปไม่ได้เลย เพราะฮัตเชปซุตได้ยึดอนุสรณ์สถานส่วนใหญ่ของพระองค์ไป และทุตโมสที่ 3ก็ได้จารึกชื่อของทุตโมสที่ 2 ลงบนอนุสรณ์สถานอื่นๆ อย่างไม่เลือกปฏิบัติ^{[ 16 ]}อย่างไรก็ตาม นอกเหนือจากกลุ่มอาคารที่ยังคงเหลืออยู่หลายกลุ่มที่กษัตริย์สร้างขึ้นที่เซมนาคุมมาและเอเลแฟนไทน์อนุสรณ์สถานสำคัญเพียงแห่งเดียวของทุตโมสที่ 2 คือประตูหินปูนที่คาร์นัก ซึ่งครั้งหนึ่งเคยตั้งอยู่ด้านหน้าลานของเสาหลักที่สี่ แม้แต่อนุสาวรีย์นี้ก็ยังสร้างไม่เสร็จในรัชสมัยของทุตโมสที่ 2 แต่สร้างเสร็จในรัชสมัยของทุตโมสที่ 3 พระโอรสของพระองค์ ซึ่งบ่งบอกถึง "รัชสมัยของทุตโมสที่ 2 ที่ค่อนข้างสั้น" ^{[ 17 ]}ต่อมาประตูทางเข้าถูกรื้อถอนและส่วนประกอบของอาคารถูกนำไปรวมเข้ากับฐานรากของเสา หลักที่สาม โดย อเมนโฮ เทปที่ 3 ^{[ 8 ]}

ในปี พ.ศ. 2530 ลูค กาโบลเด ได้ตีพิมพ์งานวิจัยที่เปรียบเทียบทางสถิติจำนวนแมลงสคารับ ที่ยังหลงเหลืออยู่ ซึ่งพบในสมัยของฟาโรห์ทุตโมสที่ 1 ฟาโรห์ทุตโมสที่ 2 และฟาโรห์ฮัตเชปซุต^{[ 18 ]}แม้ว่าอนุสาวรีย์จะถูกแย่งชิงได้ แต่แมลงสคารับนั้นมีขนาดเล็กและค่อนข้างไม่มีนัยสำคัญ การเปลี่ยนแปลงชื่อของพวกมันจึงเป็นไปไม่ได้ในทางปฏิบัติและไม่มีผลกำไร ดังนั้นจึงให้ข้อมูลเชิงลึกที่ดีกว่ามากเกี่ยวกับช่วงเวลานี้ เชื่อกันว่ารัชสมัยของฟาโรห์ฮัตเชปซุตกินเวลา 21 ปี 9 เดือน กาโบลเดเน้นย้ำในการวิเคราะห์ของเขาถึงจำนวนแมลงสคารับที่ยังหลงเหลืออยู่ซึ่งเป็นที่รู้จักในสมัยของฟาโรห์ทุตโมสที่ 2 ที่มีจำนวนน้อยอย่างสม่ำเสมอเมื่อเทียบกับฟาโรห์ทุตโมสที่ 1 และฟาโรห์ฮัตเชปซุต ตามลำดับ ตัวอย่างเช่นการศึกษาเก่าของFlinders Petrie  เกี่ยวกับตราประทับแมลงสคารับระบุว่ามีตราประทับ 86 ชิ้นสำหรับ Thutmose I, 19 ชิ้นสำหรับ Thutmose II และ 149 ชิ้นสำหรับ Hatshepsut ในขณะที่การศึกษาล่าสุดโดย Jaeger ประมาณการว่ามีตราประทับทั้งหมด 241 ชิ้นสำหรับ Thutmose  I, 463 ชิ้นสำหรับ Hatshepsut และเพียง 65 ชิ้นสำหรับ Thutmose II ^{[ 19 ]}ดังนั้น เว้นแต่จะมีจำนวนแมลงสคารับที่ผลิตขึ้นในสมัย ​​Thutmose II น้อยกว่าปกติ นี่จะบ่งชี้ว่ารัชสมัยของกษัตริย์นั้นค่อนข้างสั้น บนพื้นฐานนี้ Gabolde ประมาณการว่า รัชสมัยของ Thutmose I และ II มีระยะเวลาประมาณ 11 และ 3 ปีเต็ม ตามลำดับ

คารา คูนีย์ โต้แย้งว่ารัชสมัยของพระองค์สั้น ไม่เกิน 3 ปี โดยพิจารณาว่า "แทบไม่มีวิหารใดที่มีชื่อของพระองค์ ไม่มีแคมเปญใดๆ ไม่มีสุสานที่มีคุณค่าใดๆ" และชี้ให้เห็นว่าบุตรที่รู้จักทั้งหมดของทุตโมสที่ 2 ยังเป็นเด็กเล็กในขณะที่พระองค์สิ้นพระชนม์ ซึ่งบ่งชี้ว่าพระองค์สิ้นพระชนม์ก่อนวัยอันควร ก่อนที่พวกเขาจะเติบโตเป็นผู้ใหญ่^{[ 20 ]}

ด้วยเหตุนี้ ระยะเวลาการครองราชย์ของฟาโรห์ทุตโมสที่ 2 จึงเป็นหัวข้อที่นักอียิปต์วิทยา ถกเถียงกันอย่างมาก โดยยังไม่มีข้อสรุปที่แน่ชัด เนื่องจากเอกสารที่หลงเหลืออยู่เกี่ยวกับการครองราชย์ของพระองค์มีจำนวนน้อย

โดยทั่วไปแล้วรัชสมัยของทุตโมสยังคงมีระยะเวลา 13 หรือ 14 ปี แม้ว่าอัตชีวประวัติของอิเนนีจะตีความได้ว่าทุตโมสครองราชย์เพียงช่วงเวลาสั้นๆ แต่ก็ยังเรียกทุตโมสที่ 2 ว่า "เหยี่ยวในรัง" ซึ่งบ่งชี้ว่าเขาอาจเป็นเด็กเมื่อขึ้นครองราชย์^{[ 15 ]}เนื่องจากเขามีชีวิตอยู่ได้นานพอที่จะมีบุตรสองคน คือเนเฟอรูเรและทุตโมสที่ 3จึงชี้ให้เห็นว่าเขาอาจมีรัชสมัยที่ยาวนานกว่า 13 ปี เพื่อที่จะเติบโตเป็นผู้ใหญ่และเริ่มต้นครอบครัว นักอียิปต์วิทยาชาวเยอรมัน เจ. ฟอน เบคเคอราธใช้ข้อโต้แย้งนี้เพื่อสนับสนุนกรณีการครองราชย์ 13 ปีของทุตโมสที่ 2 ^{[ 21 ]}อลัน การ์ดิเนอร์ตั้งข้อสังเกตว่าครั้งหนึ่งอนุสาวรีย์แห่งหนึ่งได้รับการระบุโดยจอร์จ ดาเรสซีในปี 1900 ^{[ 22 ]}ซึ่งมีอายุย้อนไปถึงปีที่ 18 ของทุตโมส แม้ว่าจะยังไม่สามารถระบุตำแหน่งที่แน่นอนได้^{[ 23 ]}จารึกนี้มักถูกระบุว่าเป็นของฮัตเชปซุต ซึ่งแน่นอนว่ามีปีที่ 18 ฟอน เบคเคอราธสังเกตว่าวันที่ปีที่ 18 ปรากฏในจารึกที่แตกหักของเจ้าหน้าที่ชาวอียิปต์ และตั้งข้อสังเกตว่าวันที่ดังกล่าวน่าจะหมายถึงพระนามของฮัตเชปซุตว่า Maatkare ซึ่งถูกเปลี่ยนแปลงมาจาก Aakheperenre Thutmose II โดยที่การอ้างอิงถึง Thutmose II ผู้ล่วงลับถูกลบออกไป นอกจากนี้ยังมีข้อเท็จจริงที่น่าสนใจว่าฮัตเชปซุตเฉลิมฉลอง Sed Jubilee ในปีที่ 16 ของเธอ ซึ่งฟอน เบคเคอราธเชื่อว่าเกิดขึ้น 30 ปีหลังจากที่ Thutmose I บิดาของเธอ ซึ่งเป็นแหล่งที่มาหลักของการอ้างสิทธิ์ในอำนาจของเธอเสียชีวิต สิ่งนี้จะสร้างช่องว่าง 13 ถึง 14 ปีที่รัชสมัยของ Thutmose II จะอยู่ระหว่างรัชสมัยของฮัตเชปซุตและ Thutmose I ^{[ 24 ]}อย่างไรก็ตาม Kara Cooney เสนอว่า Hatshepsut กำลังฉลองครบรอบ 30 ปีแห่งราชวงศ์ของบิดาของเธอ (11 ปีสำหรับ Thutmose I, 3 ปีสำหรับ Thutmose II และ 16 ปีสำหรับ Thutmose III) ซึ่งบ่งชี้ว่ารัชสมัยของสามีของเธอนั้นสั้น^{[ 25 ]}   

นอกจากนี้ Von Beckerath ยังเน้นย้ำว่านักอียิปต์วิทยาไม่มีเกณฑ์ที่แน่ชัดในการประเมินระยะเวลาการครองราชย์ของ Thutmose II ทางสถิติโดยพิจารณาจากจำนวนวัตถุที่หลงเหลือจากรัชสมัยของพระองค์^{[ 26 ]}

แคทเธอรีน โรเอริก ได้เสนอว่าสุสานKV20ซึ่งโดยทั่วไปเชื่อกันว่าสร้างขึ้นตามคำสั่งของฮัตเชปซุตนั้น เดิมทีเป็นสุสานของทุตโมสที่ 2 ในหุบเขากษัตริย์^{[ 27 ]}หากถูกต้อง นี่จะเป็นโครงการสำคัญของทุตโมสที่ 2 ซึ่งต้องใช้ระยะเวลาก่อสร้างหลายปี และบ่งบอกถึงรัชสมัยอันยาวนานของกษัตริย์องค์นี้ ประการที่สอง งานทางโบราณคดีใหม่โดยนักอียิปต์วิทยาชาวฝรั่งเศสที่คาร์นักได้ค้นพบหลักฐานของเสาประตูและลานเทศกาลอันหรูหราของทุตโมสที่ 2 อยู่หน้าเสาประตูที่ 4 ตามที่ลูค กาโบลเด กล่าว^{[ 28 ]}ในขณะเดียวกัน นักอียิปต์วิทยาชาวฝรั่งเศสที่คาร์นักยังได้ค้นพบก้อนหินจากโบสถ์และวิหารเรือที่สร้างโดยทุตโมสที่ 2 ที่นั่น^{[ 29 ]}สุดท้าย ซิกมุนต์ วิโซคกี ได้เสนอว่าวิหารฝังศพของฮัตเชปซุตที่เดียร์ เอล-บาฮารี เดิมทีเริ่มต้นเป็นวิหารฝังศพของทุตโมสที่ 2 เอง ต่อมา ทุตโมสที่ 3 ได้เปลี่ยนภาพวาดของฮัตเชปซุตเป็นภาพวาดของทุตโมสที่ 2 ในส่วนต่างๆ ของวิหารที่เชื่อกันว่าสร้างขึ้นโดยกษัตริย์องค์หลังก่อนที่ฮัตเชปซุตจะเข้าครอบครองวิหารหลังจากทุตโมสที่ 2 สิ้นพระชนม์^{[ 30 ]}ทุตโมสที่ 2 ยังมีส่วนร่วมในการตกแต่งวิหารของขุนุมที่เซมนาอีก ด้วย ^{[ 31 ]}

การพิจารณาหลักฐานทางโบราณคดีใหม่นี้อีกครั้งจะลบล้างข้อโต้แย้งหลายประการที่มักถูกยกมาสนับสนุนการครองราชย์อันสั้น ได้แก่ การไม่มีสุสานที่สามารถระบุได้ว่าเป็นของทุตโมสที่ 2 (ก่อนปี 2025) การไม่มีวิหารฝังศพ และการไม่มีโครงการก่อสร้างสำคัญใดๆ ที่ดำเนินการโดยฟาโรห์องค์นี้^{[ 32 ]}โครงการก่อสร้างคาร์นักของทุตโมสที่ 2 ยังบ่งชี้ว่าการครองราชย์ของพระองค์น่าจะยาวนานประมาณ 13 ปี มากกว่าเพียง 3 ปี

ในปีที่ 1 การขึ้นครองราชย์ของทุตโมสทำให้คุชก่อกบฏ ซึ่งเป็นสิ่งที่เคยเกิดขึ้นเป็นประจำเมื่อมีการเปลี่ยนผ่านอำนาจของกษัตริย์อียิปต์ รัฐนูเบียถูกทุตโมสที่ 1 ปราบปรามอย่างสมบูรณ์ ^{[ 33 ]}กบฏจากเคนเทนโนเฟอร์ลุกขึ้นต่อต้าน และกองกำลังอียิปต์ถอยร่นเข้าไปในป้อมปราการที่สร้างโดยทุตโมสที่ 1 ^{[ 34 ]}เนื่องจากพระองค์ยังทรงพระเยาว์ในขณะนั้น ทุตโมสที่ 2 จึงส่งกองทัพเข้าไปในนูเบียแทนที่จะนำทัพด้วยพระองค์เอง ดูเหมือนว่าพระองค์จะปราบปรามการกบฏครั้งนี้ได้อย่างง่ายดายด้วยความช่วยเหลือจากแม่ทัพของพระบิดา^{[ 35 ]} นักประวัติศาสตร์ โจเซฟัสได้บันทึกเรื่องราวการรณรงค์ครั้งนี้ไว้โดยเรียกมันว่าสงครามเอธิโอเปีย  

สรุปจากศิลาจารึกอัสวานของฟาโรห์ทุตโมสที่ 2 : กุชเริ่มวางแผนก่อกบฏ ทำให้เหล่าข้าราชบริพารของพระเจ้าแห่งสองแผ่นดิน (nb-tawy) คิดจะก่อการจลาจล มีการปล้นสะดมเกิดขึ้นหลังแนวป้อมปราการที่ฟาโรห์ทุตโมสที่ 1 สร้างขึ้นเพื่อยับยั้งการจลาจลจากดินแดนต่างแดนของชนเผ่าตาเซติแห่งเคนต์เฮนเนเฟอร์ หัวหน้าเผ่า (wr) ทางเหนือของกุชได้เริ่มก่อการสู้รบร่วมกับชนเผ่าตาเซติ สองคน ซึ่งเป็นบุตรชายของหัวหน้าเผ่า (wr) แห่งกุช ดินแดนต่างแดนถูกแบ่งออกเป็นห้าส่วน

ในไซนายดูเหมือนว่าทุตโมสที่ 2 จะต่อสู้กับชาวเบดูอินชาซูในการรณรงค์ที่อามอส เพน-เนคเบตกล่าว ถึง ^{[ 23 ]}การรณรงค์นี้ถูกเรียกว่าเป็นการจู่โจมเล็กน้อยโดยนักวิชาการบางคน

มีบันทึกบางส่วนที่บันทึกโดยเคิร์ท เซเธซึ่งบันทึกการรณรงค์ในเรเตนู ตอนบน หรือซีเรียซึ่งดูเหมือนว่าจะไปไกลถึงสถานที่ที่เรียกว่านีย์ซึ่งทุตโมส ที่ 1 ล่าช้างหลังจากกลับจากการข้ามแม่น้ำยูเฟรติส [ ^{36 ] นี่}อาจบ่งชี้ว่าการโจมตีชาวชาซูเกิดขึ้นเฉพาะระหว่างทางไปซีเรียเท่านั้น^{[ 36 ]}