อ่าน 14 นาที
การมาโลนิเลชันของไลซีน
การมาโลนิเลชันของไลซีน ( Kmal , maK ) หรือ การมา โลนิเลชัน ของโปรตีน เป็นการ ดัดแปลง หลังการแปล (PTM) ที่ย้อนกลับได้ใน เซลล์ ยูคาริโอติก และ โปรคาริโอติก โดยที่ หมู่มาโลนิล...
การมาโลนิเลชันของไลซีน

การมาโลนิเลชันของไลซีน ( Kmal , maK ) หรือ การมา โลนิเลชันของโปรตีนเป็นการดัดแปลงหลังการแปล (PTM) ที่ย้อนกลับได้ใน เซลล์ ยูคาริโอติกและโปรคาริโอติกโดยที่หมู่มาโลนิล (–CO–CH2–COOH) จะถูกเพิ่มเข้าไปในหมู่ไลซีน (K) ของโปรตีน [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] Peng และคณะได้ค้นพบการดัดแปลงนี้เป็นครั้งแรกในปี 2011 โดยเป็นการ ดัดแปลง ที่ได้รับการอนุรักษ์ไว้ในเชิงวิวัฒนาการและจัดอยู่ในกลุ่มการดัดแปลงอะซิลที่เป็นกรดเช่นซัคซินิเลชันและกลูตาริเลชัน [ 4 ] [ 5 ] เนื่องจากเป็นการดัดแปลงที่มีการควบคุมแบบไดนามิก จึงตอบสนองต่อสภาวะต่างๆ เช่น การตอบสนองต่อความเครียด กระบวนการเผาผลาญ และการกลายพันธุ์ซึ่งส่งผลต่อประจุโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน[ 3 ] [ 6 ]สิ่งนี้เกี่ยวข้องกับวิถีการเผาผลาญของกลูโคสและกรดไขมัน รวมถึงการควบคุมยีนผ่านฮิสโตน และมีความเกี่ยวข้องมากขึ้นกับการควบคุมภูมิคุ้มกัน การสร้างหลอดเลือดใหม่ โรคข้อเข่าเสื่อม มะเร็ง และโรคเมตาบอลิก เช่น โรคอ้วนและโรคเบาหวานชนิดที่2 [ 7 ] [ 8 ] ความสำคัญทางชีววิทยาของมันได้รับการยอมรับมากขึ้นแต่หลายแง่มุมของการควบคุมและการทำงานของมันยังคงไม่ได้รับการแก้ไข ดังนั้นศักยภาพในการรักษาจึงยังไม่ได้รับการสำรวจ[ 7 ]
คุณสมบัติทางเคมี
ที่ค่า pH ทางสรีรวิทยาหมู่ ε- อะมิโน (–NH 2 ) ของหมู่ไลซีนจะอยู่ใน รูป โปรตอน เกือบทั้งหมด (–NH 3 + ) ในขณะที่หมู่คาร์บอกซิล (–COOH) ของหมู่มาโลนิลจะอยู่ใน รูปดี โปรตอน เกือบทั้งหมด (–COO - ) [ 5 ]การ เชื่อมต่อ แบบโควาเลนต์ของหมู่มาโลนิลกับหมู่ ε-อะมิโน ทำให้หมู่ไลซีนสูญเสียประจุบวกและรับประจุลบของหมู่มาโลนิล ส่งผลให้ประจุเปลี่ยนจาก +1 เป็น −1 [ 9 ] [ 1 ] [ 5 ]การเปลี่ยนแปลงประจุอย่างสมบูรณ์นี้เชื่อว่าจะรบกวนปฏิกิริยาไอออนิกทั้งภายในโปรตีนเองและกับส่วนประกอบที่มีประจุลบของนิวคลีโอไทด์โปรตีนและโมเลกุลขนาดเล็ก[ 5 ]การเปลี่ยนแปลงดังกล่าวสามารถเกิดขึ้นได้ที่หมู่ไลซีนหลายหมู่ภายในโปรตีนตัวเดียว แม้ว่าความถี่โดยรวมจะแตกต่างกันอย่างมากใน โปร ตีโอม[ 10 ]ตัวอย่างเช่น ในตับของหนู ประมาณครึ่งหนึ่งของโปรตีนที่ถูกมาโลนิเลตทั้งหมดมีไซต์เดียว ในขณะที่ความถี่จะลดลงอย่างรวดเร็วเมื่อเกินสี่ไซต์ และมีเพียงไม่กี่ตัวเท่านั้นที่ได้รับการดัดแปลงอย่างกว้างขวาง โดยเอนไซม์ที่ได้รับการดัดแปลงมากที่สุดคือคาร์บาโมอิลฟอสเฟตซินเทส 1 (CPS1) ของวงจรยูเรียที่มี 31 ไซต์[ 10 ]
ในบริบทของการเติมหมู่แอซิลลงบนไลซีนชนิดอื่นๆ การเติมหมู่มาโลนิลสามารถจัดวางได้ดังนี้:
ในขณะที่การอะเซทิเลชันทำให้ประจุบวกของไลซีนเป็นกลาง การมาโลนิเลชันจะทำให้เกิดประจุลบ ส่งผลให้มาโลนิเลชันอยู่ในกลุ่มอะซิเลชันที่เป็นกรดเช่นเดียวกับเมทิลมาโลนิเลชัน ซัคซินิเลชัน กลูตาริเลชัน 3-ไฮด รอกซี -3- เมทิลกลูตา ริเลชัน 3- เมทิลกลูตาโคนิเลชัน และ3-เมทิล กลูตาริเลชัน [ 5 ] [ 11 ] [ 12 ]ในแง่ของขนาด มาโลนิเลชัน (คาร์บอนสามอะตอม) มีขนาดใหญ่กว่าอะเซทิเลชัน (สองอะตอม) แต่เล็กกว่าซัคซินิเลชัน (สี่อะตอม) และกลูตาริเลชัน (ห้าอะตอม) [ 5 ]ด้วยเหตุนี้ การดัดแปลงอะซิลที่เป็นกรดดังกล่าว ดังที่ได้กล่าวถึงสำหรับมาโลนิเลชันและซัคซินิเลชัน จึงคาดว่าจะส่งผลกระทบมากกว่าอะเซทิเลชันที่ตำแหน่งไลซีนเดียวกัน[ 10 ]
การดัดแปลงแต่ละครั้งเกิดขึ้นจากอนุพันธ์ acyl-CoA ที่สอดคล้องกัน[ 13 ] [ 4 ] [ 12 ] [ 14 ] Malonyl-CoAผลิตขึ้นในไซโตซอลและไมโตคอนเดรียโดยacetyl-CoA carboxylase (ACC) และในไมโตคอนเดรียยังผลิตโดยacyl -CoA synthetase family member 3 (ACSF3) ด้วย[ 15 ] succinyl-CoAมาจากวัฏจักร TCAและการสลายกรดอะมิโน [ 1 ] [ 4 ] glutaryl-CoAมาจากการสลายตัวของกรดอะมิโน[ 1 ]และmethylmalonyl-CoAมาจากการเผาผลาญกรดอะมิโนและกรดไขมันสายคี่ซึ่งสะสมในภาวะขาดวิตามิน B12และภาวะกรดเมทิลมาโลนิกในเลือดสูง[ 12 ] Malonyl-CoA มีปฏิกิริยาต่อโปรตีนน้อยกว่า succinyl-CoA หรือ glutaryl-CoA มาก เนื่องจากเช่นเดียวกับ acetyl-CoA โซ่คาร์บอนที่สั้นกว่าไม่สามารถรองรับการเร่งปฏิกิริยา ภายในโมเลกุล ที่จำเป็นในการสร้างสาร ตัวกลาง แอนไฮไดรด์แบบวงจร ที่มีปฏิกิริยา ซึ่งจะช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนได้ในช่วง pH ที่กว้างขึ้น[ 16 ]หมู่ Malonyl, succinyl และ glutaryl จะถูกกำจัดออกโดยSirtuin 5 (SIRT5) ซึ่งแสดงกิจกรรมเพียงเล็กน้อยต่อการอะซิทิเลชัน[ 5 ]
การมาโลนิเลชันเกิดขึ้นส่วนใหญ่ในไมโทคอนเดรีย แต่ก็เกิดขึ้นในไซโทซอลและนิวเคลียสด้วย[ 17 ]ในตับของหนู ประมาณ 60% ของโปรตีนที่ถูกมาโลนิเลชันอยู่ในไมโทคอนเดรีย ในขณะที่ในไฟโบรบลาสต์ ของมนุษย์ การกระจายตัวจะสม่ำเสมอกว่า[ 17 ]การซัคซินิเลชันและการกลูตาริเลชันก็พบมากในไมโทคอนเดรียเช่นกัน แต่ไม่ได้จำกัดอยู่เฉพาะในไมโทคอนเดรียเท่านั้น[ 5 ]ความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์ของการดัดแปลงเหล่านี้สะท้อนถึงความพร้อมใช้งานของอะซิล-CoA: การอะเซทิเลชันพบได้บ่อยที่สุด การซัคซินิเลชันมีระดับสูงถึง 10–30% ของระดับอะเซทิเลชัน การมาโลนิเลชันพบได้น้อยกว่าอย่างน้อยสิบเท่า และการกลูตาริเลชันเกิดขึ้นในปริมาณเพียงเล็กน้อยเท่านั้น[ 11 ]นอกเหนือจากความถี่ที่แตกต่างกันแล้ว การมาโลนิเลชัน การซัคซินิเลชัน และการอะเซทิเลชันยังสามารถกำหนดเป้าหมายไปยังตำแหน่งไลซีนเดียวกันได้อีกด้วย[ 10 ]ในไมโตคอนเดรียของตับหนู ประมาณ 85% ของตำแหน่งซัคซินิเลชันจะทับซ้อนกับการดัดแปลงอย่างน้อยหนึ่งอย่าง และประมาณ 6% สามารถมีทั้งสามอย่างได้ โดยส่วนใหญ่อยู่ในโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการออกซิเดชันของกรดไขมัน การย่อยสลายกลูตาริล-โคเอ และคีโตเจเนซิส[ 10 ]ในทางตรงกันข้าม มีเพียง 55% ของตำแหน่งมาโลนิเลชันที่ทับซ้อนกับซัคซินิเลชัน ในขณะที่ประมาณ 45% เป็นเอกลักษณ์[ 10 ]รูปแบบที่แตกต่างกันเหล่านี้ชี้ให้เห็นถึงบทบาทการควบคุมเฉพาะของมาโลนิเลชันในบรรดาการดัดแปลงอะซิลของไลซีน[ 10 ]
| อะเซทิเลชัน | มาโลนิเลชัน | เมทิลมาโลนิเลชัน | ซัคซินิเลชัน | กลูตาริเลชัน | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| หมู่ฟังก์ชัน | สูตรเคมี | C 2 H 3 O | C 3 H 3 O 3 | C 4 H 5 O 3 | C 4 H 4 O 4 | C 5 H 6 O 4 |
| สูตรโครงสร้างแบบย่อ | –CO–CH3 | –CO–CH 2 –COOH | –CO–CH(CH 3 )–COOH | –CO–(CH 2 ) 2 –COOH | –CO–(CH 2 ) 3 –COOH | |
| ความใหญ่โต | กลุ่มคาร์บอนสองอะตอม[ 5 ] | กลุ่มคาร์บอนสามอะตอม[ 5 ] | กลุ่มคาร์บอนสี่อะตอม | กลุ่มคาร์บอนสี่อะตอม[ 5 ] | กลุ่มคาร์บอนห้าอะตอม[ 14 ] | |
| การเปลี่ยนประจุ | +1 → 0 [ 5 ] | +1 → -1 [ 5 ] [ 12 ] | ||||
| ผู้บริจาค | อะเซทิล-โคเอ[ 5 ] | มาโลนิล-โคเอ[ 4 ] | เมทิลมาโลนิล-CoA [ 12 ] | ซัคซินิล-โคเอ[ 13 ] | กลูตาริล-โคเอ[ 5 ] | |
| ความถี่ | อะเซทิล-โคเอ < ซัคซินิล-โคเอ < มาโลนิล-โคเอ < กลูตาริล-โคเอ[ 11 ] | |||||
| การอะซิเลชันแบบไม่ใช้เอนไซม์: ปฏิกิริยา | ไม่มีการก่อตัวของวงแหวนแอนไฮไดรด์[ 16 ] | ไม่มีการก่อตัวของวงแหวนแอนไฮไดรด์[ 16 ] | ไม่ทราบ | ตัวกลางแอนไฮไดรด์แบบวงแหวนห้าสมาชิกที่มีปฏิกิริยาสูง[ 16 ] | ตัวกลางแอนไฮไดรด์แบบวงแหวนหกเหลี่ยมที่มีปฏิกิริยาสูง[ 16 ] | |
| การกำจัดหมู่แอซิลด้วยเอนไซม์: เอนไซม์ (อีราเซอร์) |
| ทั่วโลก: Sirtuin 5 [ 5 ] [ 12 ] | ||||
| เส้นทาง |
|
|
|
|
| |
มาโลนิล-โคเอ เป็นตัวให้
Malonyl-CoA ซึ่งเป็นตัวให้สำหรับการมาโลนิเลชันของไลซีน ไม่สามารถผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ได้และต้องสังเคราะห์ขึ้นเฉพาะที่ในแต่ละส่วนของเซลล์ [ 20 ]
- ในไซโต ซอ ลอะเซทิล-โคเอ คาร์บอกซิเลส (ACC) สร้างมาโลนิล-โคเอ จากอะเซทิล-โคเอ และ CO2 และมีหน้าที่รับผิดชอบต่อมาโลนิล-โคเอส่วนใหญ่ในเซลล์[ 21 ]ปริมาณมาโลนิล-โคเอในไซโตซอลถูกควบคุมอย่างเข้มงวดโดยกิจกรรมที่ตรงกันข้ามของ ACC และมาโลนิล-โคเอ ดีคาร์บอกซิเลส (MCD) ซึ่งเร่งปฏิกิริยาย้อนกลับเพื่อผลิตอะเซทิล-โคเอ และ CO2 [ 17 ]มาโลนิล-โคเอในไซโตซอลมีบทบาทสำคัญในการควบคุมการเผาผลาญกรดไขมัน[ 21 ]แม้ว่ามาโลนิล-โคเอเองจะไม่สามารถเข้าสู่ไมโทคอนเดรียได้ แต่มาโลเนต ที่ผลิตผ่าน การไฮโดรไลซิสแบบไม่ใช้เอนไซม์ของมาโลนิล-โคเอในไซโตซอลอาจข้ามเยื่อหุ้มเซลล์และมีส่วนช่วยในมาโลนิล-โคเอในไมโทคอนเดรีย[ 21 ]
- ในไมโทคอนเดรียกลุ่มมาโลนิล-CoA ถูกสร้างขึ้นโดยสมาชิกในกลุ่มอะซิล-CoA ซินเทส 3 (ACSF3) ซึ่งเร่งปฏิกิริยาการสร้างไทโอเอสเทอร์ของมาโลเนตและ CoA และโดยไอโซฟอร์มของอะเซทิล-CoA คาร์บอกซิเลส 1 ในไมโทคอนเดรี ย(mtACC1) ซึ่งผลิตมาโลนิล-CoA ผ่านการคาร์บอกซิเลชันของอะเซทิล-CoA และ CO2 [ 15 ] เพื่อเสริมกิจกรรมการสังเคราะห์เหล่านี้ MCD ก็ทำงานในไมโทคอนเดรียเช่นกัน โดยจะเปลี่ยนมาโลนิล-CoA กลับไปเป็นอะเซทิล-CoA และ CO2 [ 20 ]มาโลนิล-CoA ในไมโทคอนเดรียมีความสำคัญต่อการมาโลนิเลชันของโปรตีนในบริเวณนั้น เช่นเดียวกับ การ สังเคราะห์กรดไขมันในไมโทคอนเดรีย (mtFAS) [ 20 ] [ 15 ]
- ในนิวเคลียส malonyl-CoA จะถูกสังเคราะห์โดย ACC1 ซึ่งส่วนใหญ่อยู่ในไซโตพลาสซึม บ่งชี้ถึงหน้าที่เฉพาะที่และอาจเป็นหน้าที่ที่ไม่ธรรมดา[ 1 ]
ระดับของมาโลนิเลชันจะเพิ่มขึ้นตามความพร้อมของมาโลนิล-CoA โดยเฉพาะอย่างยิ่งภายใต้สภาวะต่างๆ เช่น ความเครียดทางเมตาบอลิซึมหรือการขาดเอนไซม์เช่นการขาดมาโลนิล-CoA ดีคาร์บอก ซิ เล ส [ 17 ] [ 22 ]
กลไก
การมาโลนิเลชันแบบไม่ใช้เอนไซม์เกิดขึ้นเองโดยธรรมชาติผ่านการถ่ายโอนหมู่มาโลนิลโดยตรงจากมาโลนิล-CoA ไปยังหมู่ ε-อะมิโน (-NH2 )ของสารตกค้างไลซีนที่ถูกกำจัดโปรตอน โดยไม่ต้องอาศัยเอนไซม์[ 9 ]เฉพาะสารตกค้างไลซีนที่ถูกกำจัดโปรตอนเท่านั้นที่สามารถทำปฏิกิริยาในลักษณะนี้ได้ เนื่องจากหมู่ ε-อะมิโนของมันมีอิเล็กตรอนคู่อิสระที่สามารถโจมตีคาร์บอนิลคาร์บอนของไทโอเอสเทอร์มาโลนิล-CoA ที่มีปฏิกิริยาสูง ซึ่ง หมู่คาร์บอกซิ ลที่ดึงอิเล็กตรอนจะยิ่งเพิ่มปฏิกิริยาของมัน[ 9 ] อย่างไรก็ตาม เนื่องจากสารตกค้างไลซีนมีค่า pK aประมาณ 10.5 มันจึงมีอยู่ในรูปโปรตอนเกือบทั้งหมดที่ค่า pH ทางสรีรวิทยา (~7.4) โดยมีสารตกค้างที่ถูกกำจัดโปรตอนน้อยกว่า 0.1% ตามที่คำนวณจากสมการเฮนเดอร์สัน-ฮัสเซลบัค สภาพแวดล้อมระดับจุลภาคของโปรตีนในบริเวณนั้น เช่น บริเวณใกล้กับสารตกค้างที่มีประจุลบหรือภายใน ช่อง ไฮโดรโฟบิกสามารถทำให้เกิดการกำจัดโปรตอนของไลซีนได้ ในขณะที่สภาวะที่กว้างขึ้น เช่น ค่า pH ที่เป็นด่าง มากขึ้น (~8.0) ของเมทริกซ์ไมโทคอนเดรียจะเพิ่มสัดส่วนของสารตกค้างไลซีนที่ถูกกำจัดโปรตอนเป็นประมาณ 0.3% [หมายเหตุ 1 ]ซึ่งส่งเสริมการเกิดมาโลนิเลชันแบบไม่ใช้เอนไซม์[ 9 ] [ 1 ]ในส่วนที่มีค่า pH ใกล้เคียงกับค่ากลาง (~7.2) เช่น ไซโตโซลหรือนิวเคลียส สารตกค้างไลซีนจึงเกือบจะถูกโปรตอนอย่างสมบูรณ์และต้องพึ่งพาการเกิดมาโลนิเลชันแบบใช้เอนไซม์มากขึ้น ซึ่งแสดงให้เห็นว่าทั้งสองกลไกมีส่วนช่วยในรูปแบบการเกิดมาโลนิเลชันโดยรวมในเซลล์[ 1 ]
ในกระบวนการมาโลนิเลชันของเอนไซม์ หมู่ไลซีนที่ถูกโปรตอน (–NH 3 + ) ซึ่งเป็นรูปแบบที่พบเกือบทั้งหมด (≈ 99.9%) [หมายเหตุ 1 ]ที่ค่า pH ทางสรีรวิทยา (~7.4) ก็สามารถถูกดัดแปลงได้เช่นกัน[ 1 ] [ 23 ]ความคล้ายคลึงกันทางโครงสร้างระหว่างอะเซทิล-CoA และมาโลนิล-CoA บ่งชี้ว่าไลซีนอะเซทิลทรานสเฟอ เรส (KATs) บางชนิดอาจเร่งปฏิกิริยามาโลนิเลชันได้เช่นกัน[ 5 ] KAT2A (GCN5) ได้รับการเชื่อมโยงกับ การมาโลนิเลชัน ของฮิสโตน จากการทดลอง และปัจจุบันเป็นตัวเลือกที่แข็งแกร่งที่สุด ในขณะที่p300 ก็ได้รับการเสนอและเป็นที่ทราบกันว่าทำหน้าที่เป็นตัวกลางในการดัดแปลงอะซิ ลอื่นๆ เช่นโครโทนิเลชัน[ 1 ] [ 3 ]คล้ายคลึงกับกลไกการอะเซทิเลชันของ GCN5 เชื่อกันว่าหมู่ ε-อะมิโนจะถูกดีโปรตอนชั่วคราวโดยเบสเร่งปฏิกิริยา ภายใน บริเวณออกฤทธิ์ของเอนไซม์ทำให้เกิดปฏิกิริยาเดียวกันกับ malonyl-CoA เช่นเดียวกับการมาโลนิเลชันแบบไม่ใช้เอนไซม์[ 23 ] [ 1 ] อย่างไรก็ตาม เอนไซม์เฉพาะที่รู้จักกันในชื่อmalonyltransferaseยังไม่ได้รับการระบุอย่างแน่ชัด[ 1 ]
การกำจัดหมู่มาโลนีนจะถูกเร่งปฏิกิริยาโดยเอนไซม์Sirtuin 5 (SIRT5) ซึ่งเป็นฮิสโตนดีอะเซทิเลส คลาส III ที่ต้องการNAD +สำหรับการทำงาน แต่ถูกยับยั้งโดยนิโคตินาไมด์ [ 4 ] SIRT5ถูกแสดงออกทั่วโลกในไมโทคอนเดรีย ไซโตพลาสซึม และนิวเคลียร์ และยังสามารถกำจัดหมู่แอซิลที่มีประจุลบอื่นๆ ได้อีกด้วย[ 5 ] [ 12 ]มันเร่งปฏิกิริยาการกำจัดหมู่มาโลนีนในปฏิกิริยาต่อไปนี้: [ 5 ]
การวิเคราะห์โปรตีนในตับของหนูเผยให้เห็นว่า SIRT5 ควบคุมตำแหน่ง malonyl-lysine ที่ระบุได้ประมาณ 16% ซึ่งส่วนใหญ่มีเพียงสารตกค้างของไลซีนที่ถูก malonyl เพียงตัวเดียว[ 10 ]โปรตีนที่ถูกควบคุมในลักษณะนี้ส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับไกลโคไลซิส กลูโคเนโอเจเนซิส การออกซิเดชันของกรดไขมันและวัฏจักรยูเรีย [ 10 ] การ ลดลงของ malonyl ในระดับปานกลางที่สังเกตได้เมื่อ SIRT5 ถูกน็อคดาวน์ บ่งชี้ว่ามี demalonylasesเพิ่มเติมที่ยังไม่ได้รับการระบุ[ 2 ] นอกจากนี้ยังมีการเสนอว่า demalonylases และdeacetylasesทำงานน้อยกว่าในฐานะเอนไซม์ควบคุมเฉพาะ และเป็นส่วนหนึ่งของกลไกการควบคุมคุณภาพโปรตีนมากกว่า[ 21 ]
โปรตีนมาโลนิเลต
การวิเคราะห์โปรตีโอมิกส์เผยให้เห็นว่าโปรตีนที่ถูกมาโลนิเลตมีความเข้มข้นในวิถีที่เกี่ยวข้องกับ การเผา ผลาญกลูโคสและกรดไขมันรวมถึงวัฏจักรยูเรีย ซึ่งเกี่ยวข้องกับเอนไซม์ทั้งในไมโทคอนเดรียและไซโตโซล[ 2 ] [ 10 ]นอกจากนี้ยังตรวจพบการมาโลนิเลตในโปรตีนนิวเคลียร์ เช่น ฮิ สโตน H2B [ 1 ]
ด้านล่างนี้คือรายชื่อโปรตีนที่ได้รับการยืนยันจากการทดลองแล้วว่าผ่านกระบวนการมาโลนิเลชัน:
- อะเซทิล-โคเอ คาร์บอกซิเลส 1 (ACC1) [ 24 ]
- คาร์บาโมอิลฟอสเฟตซินเทส 1 (CPS1) [ 10 ] [ 25 ]
- คาร์นิทีน พาลมิโทอิลทรานสเฟอเรส 1 (CPT1) [ 17 ]
- เอนโอเลส 1 (ENO1) [ 4 ]
- ฟอร์มิลเตตระไฮโดรโฟเลตดีไฮโดรจีเนส 10- (ALDH1L1) [ 25 ]
- ฟรุกโตสบิสฟอสเฟตอัลโดเลสบี (ALDOB) [ 2 ]
- กลีเซอรัลดีไฮด์-3-ฟอสเฟตดีไฮโดรจีเนส (GAPDH) [ 3 ]
- ฮิสโตน H2B [ 1 ]
- ดีไฮโดรจีเนส 3-ไฮดรอกซีอะซิล-CoA สายยาว (LCHAD) [ 17 ]
- อะซิล-โคเอ็นเอ ดีไฮโดรจีเนสสายยาวมาก (VLCAD) [ 17 ]
ความสำคัญทางคลินิก
ในความผิดปกติทางเมตาบอลิซึมที่เรียกว่าภาวะกรดมาโลนิกและเมทิลมาโลนิก ในปัสสาวะ (CMAMMA) เอนไซม์ไมโทคอนเดรียACSF3ทำงานผิดปกติ ซึ่งมีส่วนช่วยในการสร้างกลุ่มมาโลนิล-CoA ในไมโทคอนเดรียโดยการเปลี่ยนมาโลเนต[ 15 ]การลดลงของมาโลนิล-CoA ที่เป็นตัวให้ส่งผลให้การมาโลนิเลชันของไลซีนในไมโทคอนเดรียลดลง[ 20 ]ในแบบจำลองหนู พบว่าภาวะไฮโปมาโลนิเลชันนี้ทำให้เส้นทางเมตาบอลิซึมที่สำคัญ เช่น ไกลโคไลซิส กลูโคเนโอเจเนซิส การออกซิเดชันของกรดไขมัน และ เมตาบอลิซึม ของ NADPH หยุดชะงัก ซึ่งท้ายที่สุดจะทำให้สมดุลพลังงานบกพร่อง[ 25 ]
ในความผิดปกติทางเมตาบอลิซึมที่เรียกว่าmalonic aciduriaเอนไซม์malonyl-CoA decarboxylase (MCD) ทำงานผิดปกติ ซึ่งจำเป็นสำหรับการเปลี่ยน malonyl-CoA เป็น acetyl-CoA [ 26 ]ทำให้เกิดการสะสมของ malonyl-CoA และการเพิ่มขึ้นอย่างมากของการ malonylation ของไลซีน[ 17 ]การวิเคราะห์โปรตีนและหน้าที่การทำงานแสดงให้เห็นว่า hypermalonylation นี้ทำให้การหายใจของไมโทคอนเดรียบกพร่องและลดความสามารถในการออกซิเดชันของกรดไขมัน ซึ่งชี้ให้เห็นถึงบทบาทโดยตรงของการ malonylation ของโปรตีนในความผิดปกติทางเมตาบอลิซึมของโรค[ 17 ]ความคล้ายคลึงกันทางคลินิกระหว่างความบกพร่องของ MCD และ ACSF3 ชี้ให้เห็นถึงการมีส่วนร่วมในเส้นทางร่วมกัน[ 20 ]
การมาโลนิเลชันยังเกิดขึ้นกับโปรตีนนิวเคลียร์ รวมถึงฮิสโตนซึ่งทำหน้าที่ควบคุมกระบวนการที่เกี่ยวข้องกับโครมาติน[ 1 ]พบว่าการมาโลนิเลชันของฮิสโตนทำให้ การแสดงออกของ ไรโบโซมอลอาร์เอ็นเอ (rRNA) และขนาดของนิวคลีโอลัสเพิ่มขึ้น ซึ่งทั้งสองอย่างนี้เป็นลักษณะที่เกี่ยวข้องกับการแก่ของเซลล์ [ 1 ] เนื้อเยื่อของหนูที่แก่แล้วแสดงให้เห็นการมาโลนิเลชันที่เพิ่มขึ้นทั่วโลก ซึ่งอาจเกิดจากการแสดงออกของอะเซทิล-โคเอ็นไซม์คาร์บอกซิเลสที่สูงขึ้นและกิจกรรมของดีอะซิเลส SIRT5 ที่ลดลง ซึ่งขึ้นอยู่กับระดับ NAD + ที่ลดลง [ 1 ]ผลการค้นพบเหล่านี้ชี้ให้เห็นถึงบทบาทของการมาโลนิเลชันของฮิสโตนใน การควบคุม เอพิเจเนติกส์ของกระบวนการแก่[ 1 ]
ในโรคเบาหวานประเภทที่ 2การมาโลนิเลชันของไลซีนจะเพิ่มสูงขึ้นอย่างมีนัยสำคัญในเนื้อเยื่อตับ ดังที่แสดงใน แบบจำลองหนู อ้วนเช่น หนู db/db และ ob/ob [ 2 ]โปรตีนที่ได้รับผลกระทบจำนวนมากเกี่ยวข้องกับการเผาผลาญกลูโคสและไขมันและการมาโลนิเลชันของ เอนไซม์ ไกลโคไลซิสแสดงให้เห็นว่าสามารถยับยั้งการทำงานของเอนไซม์เหล่านี้ ส่งผลให้ การไหลเวียนของ ไกลโคไล ซิสลด ลง[ 2 ] [ 10 ]เอนไซม์ไกลโคไลซิส 6 ใน 10 ตัวได้รับการมาโลนิเลชันที่ตำแหน่งที่ควบคุมโดยเดมาโลนิเลส SIRT5 ซึ่งต่อต้านการยับยั้งนี้และอาจทำหน้าที่เป็นเป้าหมายในการรักษา พร้อมกับเอนไซม์อื่นๆ ที่ยังไม่ได้รับการระบุซึ่งควบคุมการมาโลนิเลชัน[ 10 ] [ 2 ]
ในโรคข้อเสื่อมการแสดงออกของ SIRT5 ลดลงในกระดูกอ่อนระหว่างอายุ ในขณะที่การมาโลนิเลชันของไลซีนเพิ่มขึ้น[ 27 ]ในหนู การรวมกันของการขาด Sirt5 และโรคอ้วนที่เกิดจากอาหารไขมันสูงทำให้ การเสื่อม ของข้อต่อ รุนแรงขึ้น พร้อมกับการมาโลนิเลชันมากเกินไปของเอนไซม์ไกลโคไลซิสและการเผาผลาญ ของเซลล์ กระดูก อ่อนที่บกพร่อง [ 27 ]การกลายพันธุ์แบบมิสเซนส์ที่หายากใน SIRT5 ของมนุษย์ (F101L) ที่พบในโรคข้อเสื่อมทางพันธุกรรมยืนยันถึงความเชื่อมโยงโดยตรงระหว่างการมาโลนิเลชันมากเกินไปและโรคข้อเสื่อม[ 27 ]
ในแมโครฟาจ ที่อยู่ในสภาวะพัก กลีเซอรัลดีไฮ ด์-3-ฟอสเฟตดีไฮโดรจีเนส (GAPDH) จะจับกับmRNA ที่ก่อให้เกิดการอักเสบ เช่นTNFαและยับยั้งการแปลรหัส[ 3 ]ในแมโครฟาจที่ถูกกระตุ้น การมาโลนิเลชันของไลซีนทำหน้าที่เป็นสัญญาณควบคุมระหว่างการตอบสนองต่อการอักเสบ[ 3 ]การกระตุ้นการอักเสบด้วยลิโปโพลีแซคคาไรด์ (LPS) จะเพิ่มระดับมาโลนิล-CoA ในไซโตพลาสมิกและนำไปสู่การมาโลนิเลชันของ GAPDH ที่ไลซีน 213 [ 3 ] การมาโลนิเลชันจะขัดขวางการจับกันนี้ จึงส่งเสริมการแปลรหัสของ ไซโตไคน์ที่ก่อให้เกิดการอักเสบเช่น TNFα [ 3 ]ผลการค้นพบเหล่านี้แสดงให้เห็นว่าการมาโลนิเลชันของไลซีนเป็นตัวเชื่อมระหว่างการเผาผลาญของเซลล์และการกระตุ้นภูมิคุ้มกัน[ 3 ]
การยับยั้งเอนไซม์สังเคราะห์กรดไขมัน (FASN) จะเพิ่มระดับ malonyl-CoA ในเซลล์เยื่อบุหลอดเลือดส่งผลให้เกิดการ malonylation ของไลซีนในmTORที่ไลซีน 1218 [ 28 ]ซึ่งจะทำให้กิจกรรมของเอนไซม์ไคเนสของmTOR complex 1 ลดลง ส่งผลให้ การเพิ่มจำนวนของเซลล์เยื่อบุหลอดเลือด ลดลง และในที่สุดจะทำให้การสร้างหลอดเลือดใหม่บกพร่อง[ 28 ]ผลกระทบนี้พบได้ทั้งในการพัฒนาหลอดเลือดปกติและการสร้างหลอดเลือดใหม่ที่เกี่ยวข้องกับโรค เช่น การสร้างหลอดเลือดใหม่ ใน จอประสาทตา ในแบบจำลองหนูที่เป็นโรคจอประสาทตาในทารกแรกเกิด (ROP) [ 28 ]ผลการค้นพบเหล่านี้เชื่อมโยง malonylation กับการควบคุมการสร้างหลอดเลือดใหม่ผ่านการส่งสัญญาณ mTOR [ 28 ]
วิจัย
มาโลนิลไลซีนไม่เสถียรทางเคมีและสามารถดีคาร์บอก ซิเลชัน เป็นอะเซทิลไลซีนเมื่อได้รับความร้อน ซึ่งทำให้การวิเคราะห์ซับซ้อนขึ้นและอาจนำไปสู่การระบุผิดพลาด[ 29 ]ในการวิเคราะห์มวลสารแบบคู่ขนานปฏิกิริยานี้เกี่ยวข้องกับการสูญเสีย 44 Da ที่มีลักษณะเฉพาะ ซึ่งสอดคล้องกับการปล่อยCO 2 [ 4 ]เพื่อเอาชนะปัญหานี้ จึงได้มีการพัฒนา ไอโซสเตียร์ของมาโลนิลไลซีนที่มีพื้นฐานมาจากเตตราโซลที่ เสถียร ซึ่งต้านทานการสลายตัว ดัง กล่าว[ 29 ]มันเข้ากันได้กับการสังเคราะห์เปปไทด์และแสดงการรับรู้ที่ลดลงแต่ตรวจจับได้โดยแอนติบอดีเฉพาะ มาโลนิลและ SIRT5 ทำให้สามารถศึกษาการมาโลนิเลชันโดยปราศจากสิ่งแปลกปลอม จากการดีคาร์บอกซิเลชัน [ 29 ]
ดูเพิ่มเติม
หมายเหตุ
- ^ a bคำนวณจากสมการเฮนเดอร์สัน-ฮัสเซลบัค
สรุปเนื้อหา
ข้อมูลสำคัญจากบทความ
ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ การมาโลนิเลชันของไลซีน
การมาโลนิเลชันของไลซีน ( Kmal , maK ) หรือ การมา โลนิเลชัน ของโปรตีน เป็นการ ดัดแปลง หลังการแปล (PTM) ที่ย้อนกลับได้ใน เซลล์ ยูคาริโอติก และ โปรคาริโอติก โดยที่ หมู่มาโลนิล...
คุณสมบัติทางเคมี
ที่ ค่า pH ทางสรีรวิทยา หมู่ ε- อะมิโน (–NH 2 ) ของหมู่ไลซีนจะอยู่ใน รูป โปรตอน เกือบทั้งหมด (–NH 3 + ) ในขณะที่ หมู่คาร์บอกซิล (–COOH) ของหมู่มาโลนิลจะอยู่ใน รูปดี โปรตอน เกือบทั้งหมด (–COO - ) [ 5 ] การ เชื่อมต่อ แบบโควาเลนต์ ของหมู่มาโลนิลกับหมู่ ε-อะมิโน...
มาโลนิล-โคเอ เป็นตัวให้
Malonyl-CoA ซึ่งเป็นตัวให้สำหรับการมาโลนิเลชันของไลซีน ไม่สามารถผ่าน เยื่อหุ้มเซลล์ ได้ และต้องสังเคราะห์ขึ้นเฉพาะที่ในแต่ละ ส่วนของเซลล์ [ 20 ]
กลไก
การมาโลนิเลชันแบบไม่ใช้เอนไซม์เกิดขึ้นเองโดยธรรมชาติผ่านการถ่ายโอนหมู่มาโลนิลโดยตรงจากมาโลนิล-CoA ไปยังหมู่ ε-อะมิโน (-NH2 ) ของสารตกค้างไลซีนที่ถูกกำจัดโปรตอน โดยไม่ต้องอาศัย เอนไซม์ [ 9 ]...