ทางรถไฟ Spuyten Duyvil และ Port Morris สร้างขึ้นในปี 1842 ^{[ 1 ]}และถูกซื้อโดยทางรถไฟ New York and Harlemในปี 1853 ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของข้อเสนอโดยรองประธาน NY&H Gouverneur Morris Jr.เพื่อรวมเข้ากับส่วนอุตสาหกรรมใหม่ของริมน้ำ ในปี 1864 ทางรถไฟ NY&H ทั้งหมด รวมถึง SD&PM ถูกซื้อโดยทางรถไฟ New York Central and Hudson River (NYC) และส่วนทางเหนือของ Mott Haven Junction กลายเป็นส่วนหนึ่งของ NYC Hudson Divisionในขณะที่สาขา Port Morris ที่เหลือยังคงสถานะเป็นส่วนหนึ่งของ Harlem Division ต่อไป ในปี 1871 ทางรถไฟสายนี้ได้เชื่อมต่อกับสิ่งที่ต่อมากลายเป็นทางรถไฟ New York and Putnamกับทางรถไฟ Hudson Riverในปี 1905–1906 เส้นทางนี้ได้รับการสร้างใหม่และ ติดตั้ง ระบบไฟฟ้า^{[ 2 ]}

เมื่อ มีการสร้าง คลองเดินเรือแม่น้ำฮาร์เล็มเส้นทางรถไฟจึงถูกปรับแนวใหม่ไปตามด้านเหนือในมาร์เบิลฮิลล์ แมนฮัตตันส่วนหนึ่งของเส้นทางเดิมรอบมาร์เบิลฮิลล์กลายเป็นทางรถไฟขนส่งสินค้าที่นำไปสู่สถานีขนส่งสินค้าคิงส์บริดจ์ แต่รางรถไฟรอบด้านเหนือและตะวันตกของมาร์เบิลฮิลล์ถูกรื้อถอนในภายหลังและไม่มีร่องรอยเหลืออยู่ ปัจจุบัน เส้นทางที่ปรับแนวใหม่นี้ทำหน้าที่เป็นส่วนหนึ่งของสายฮัดสันของรถไฟเมโทร-นอร์ท ระหว่างจุดเชื่อมต่อมอตต์เฮเวนและสายเวสต์ไซด์ [ ^{3 ] ทาง}รถไฟขนส่งสินค้าคิงส์บริดจ์และสถานีเดิมถูกใช้เป็นพื้นที่ของโรงเรียนมัธยมจอห์น เอฟ. เคนเนดีตั้งแต่ทศวรรษ 1970 ^{[ 4 ]}ทางรถไฟนิวยอร์กและพัตนัมยังคงอยู่จนถึงปี 1999 ^{[ 5 ]}

สาขา Port Morris เริ่มต้นที่ทางแยกรูปตัว Yทางเหนือของสถานี Melrose จากนั้นขยายไปทางตะวันออกเฉียงใต้ผ่านThe Hubผ่าน อุโมงค์ ยาว 2,200 ถึง 2,300 ฟุต (671 ถึง 701 เมตร) ^{[ 6 ]} (สร้างในปี 1905) ใต้สวน St. Mary's Park [ ^{7 ]}และในที่สุดก็ถึง Port Morrisริมแม่น้ำ East River หลังจากข้ามสะพานใต้แม่น้ำ Harlem และสาขา Port Chesterของทางรถไฟ New York, New Haven and Hartford ทาง^แยกรูปตัว Y ที่เชื่อมต่อกันอยู่ใต้สะพานบางส่วนนำไปสู่​​Oak Point Yard ที่เป็นของ New Haven Railroad เช่นเดียวกับ HR&PC เอง สถานีเพียงสองแห่งตามสาขานี้ตั้งอยู่ที่ Westchester Avenue ระหว่าง Brook และ St Ann's Avenues 40°48′57″N 73°54′46″W / 40.81583°N 73.91278°W / 40.81583; -73.91278และที่พอร์ตมอร์ริสเองซึ่งอยู่ฝั่งตรงข้ามแม่น้ำจากเกาะนอร์ธบราเธอร์^{[ 8 ]} 

หลังสงครามโลกครั้งที่สองเส้นทางรถไฟสายพอร์ตมอร์ริสประสบปัญหาการใช้งานน้อยและการเพิ่มขึ้นของความยากจนและความรุนแรงที่แพร่หลายจากย่านโดยรอบ รวมถึงความสูงที่จำกัดและการระบายน้ำที่ ไม่ดี ^{[ 9 ]}ในช่วงทศวรรษ 1970 มีการเสนอให้สร้างทางเลี่ยงใหม่^{[ 10 ]}เนื่องจากความสูงที่จำกัดและส่วนโค้งที่แคบของอุโมงค์เส้นทางรถไฟสายพอร์ตมอร์ริส ซึ่งไม่สามารถรองรับรถไฟ ในยุคนั้น ได้^{[ 11 ]}หลังจากการก่อสร้างOak Point Linkที่ปลายสุดทางใต้ของบรองซ์^{[ 6 ]}และการเปิดใช้งานในเวลาต่อมาในปี 1998 ^{[ 10 ]}เส้นทางรถไฟสายพอร์ตมอร์ริสก็หยุดใช้งานในปี 1999 ^{[ 9 ]}มีการประกาศยกเลิกอย่างเป็นทางการในปี 2003 เมื่อCSX Transportationประกาศว่าสามารถยกเลิกเส้นทางรถไฟสายนี้ได้เนื่องจากไม่มีการใช้งานในช่วงสองปีที่ผ่านมา^{[ 12 ]}ลาน Oak Point Yard ยังคงอยู่ทางตะวันออกเฉียงเหนือของพื้นที่ท่าเรือ และรางรถไฟอุตสาหกรรมในบริเวณใกล้เคียงสถานีพอร์ตมอร์ริสยังคงหลงเหลืออยู่ทางใต้ของSouthern Boulevard ^{[ 13 ]}ส่วนที่เหลือของทางรถไฟมีค่ายพักแรมขนาดใหญ่ของคนไร้บ้านและผู้ค้ายาเสพติด^{[ 14 ]}เต็มไปด้วยขยะ^{[ 11 ] [ 15 ]}และมักเกิดน้ำท่วมเนื่องจากระบบระบายน้ำไม่ดีและตั้งอยู่ต่ำกว่าระดับน้ำทะเล^{[ 11 ]}

"บึงม็อตต์เฮเวน" ซึ่งเป็นชื่อเรียกทางเดินในช่วงปลายทศวรรษ 2000 เนื่องจากมีน้ำขังอยู่ภายในร่องลึก ถึง 625,000 แกลลอนสหรัฐ (2,370,000 ลิตร; 520,000 แกลลอน อังกฤษ) ^{[ 16 ]}ถูกสูบออกในปี 2009 ด้วยงบประมาณ 350,000 ดอลลาร์สหรัฐ แม้ว่าจะปล่อยให้ขยะยังคงอยู่^{[ 15 ]}ไม่ทราบว่าใครเป็นเจ้าของรางรถไฟ^{[ 16 ]}แม้ว่าส่วนต่างๆ จะถูกซื้อโดยองค์กรเอกชนหลายแห่ง^{[ 17 ]}   

มีการเสนอแผนบูรณะในปี 2014 เพื่อเชื่อมต่อสายฮาร์เล็มกับสนามบินลาการ์เดียที่ ขยายใหญ่ขึ้น ^{[ 18 ]}ในปี 2015 ค่ายคนไร้บ้านถูกรื้อถอนและทำลายด้วยรถไถ^{[ 19 ]}หลังจากนั้น ได้มีการวางแผนอีกครั้งเพื่อเชื่อมต่อทางแยกกับสายฮาร์เล็มและกับทางรถไฟเชื่อมต่อระหว่างนิวยอร์กซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของเส้นทางรถไฟใต้ดินรอบเมืองนิวยอร์ก ที่เรียกว่าTriboro RX [ ^{14 ] อย่างไรก็ตาม}แผนเหล่านี้มีความซับซ้อนเนื่องจากที่ดินที่อยู่ติดกับทางสัญจรเป็น กรรมสิทธิ์ของเอกชน [ ^{6 ]}รวมถึงการพัฒนาที่อยู่อาศัยใหม่ที่อยู่ติดกับทางสัญจรโดยตรงที่ถนนสายที่^{156 [ 14 ]}