การยึดครองอิรักเริ่มต้นขึ้นเมื่อวันที่20 มีนาคม 2546เมื่อสหรัฐอเมริกาบุกเข้าประเทศพร้อมกองกำลังพันธมิตรเพื่อโค่นล้มประธานาธิบดีซัดดัม ฮุสเซนและพรรคบาธสังคมนิยมอาหรับ ของเขา และดำเนินต่อไปจนถึงวันที่ 18 ธันวาคม 2554เมื่อกองกำลังอเมริกันชุดสุดท้ายออกจากประเทศไป แม้ว่าสหรัฐอเมริกา สหราชอาณาจักรและออสเตรเลียจะเป็นประเทศที่ให้การสนับสนุนกองกำลังพันธมิตรมากที่สุด แต่ยังมีอีก 29 ประเทศ เช่นญี่ปุ่นที่มีส่วนร่วมในสงครามอิรัก ในระดับที่น้อยกว่า นอกจากนี้ ยังมี บริษัทรับเหมาทางทหารเอกชนหลายแห่งที่เข้าร่วมในการบังคับใช้การยึดครอง ด้วย

เป็นช่วงเวลาแห่งความรุนแรงและความวุ่นวายทางการเมือง และมีอิทธิพลจากต่างชาติอย่างมากต่อการเมืองอิรัก ในเดือนเมษายน ปี 2003 การล่มสลายของรัฐบาลซัดดัมได้รับการประกาศอย่างเป็นทางการด้วยการจัดตั้งองค์การบริหารชั่วคราวของพันธมิตรซึ่งต่อมาได้แต่งตั้งและมอบอำนาจอย่างจำกัดให้แก่สภาปกครองชั่วคราวของอิรักในเดือนมิถุนายน ปี 2004 รัฐบาลชั่วคราวของอิรักได้รับการจัดตั้งขึ้น ยุติความขัดแย้งทางอาวุธระหว่างประเทศที่เกิดขึ้นระหว่างอิรัก (นั่นคืออิรักภายใต้การปกครองของพรรคบาธ ) และสหรัฐอเมริกา หลังจากการเลือกตั้งรัฐสภาอิรักในเดือนมกราคม ปี 2005รัฐบาลนี้ถูกแทนที่ด้วยรัฐบาลเปลี่ยนผ่านของอิรักหนึ่งปีต่อมารัฐบาลอัล มาลิกีที่ 1เข้ารับตำแหน่ง

ความพยายามในการฟื้นฟูอิรักหลังยุคซัดดัมชะลอตัวลงเมื่อกองกำลังพันธมิตรที่นำโดยสหรัฐฯ และรัฐบาลอิรักชุดใหม่ต้องเผชิญกับความขัดแย้งที่รุนแรงกับกลุ่มกบฏติดอาวุธชาวอิรัก ที่แข็งแกร่งกว่าที่คาดไว้ ส่งผลให้สภาพความเป็นอยู่ของประชาชนในประเทศยากลำบากตลอดช่วงเวลานั้น

กองกำลังทหารเข้ายึดครองและบริหารงานโดยองค์การบริหารชั่วคราวของพันธมิตร (CPA) ซึ่งต่อมาได้แต่งตั้งและมอบอำนาจจำกัดให้แก่สภาปกครองชั่วคราวแห่งอิรักกองกำลังที่เข้าร่วมการรุกรานส่วนใหญ่มาจากสหรัฐอเมริกาสหราชอาณาจักรและออสเตรเลียแต่ยังมีอีก 29 ประเทศที่ส่งกองกำลังเข้าร่วมด้วย และได้รับความช่วยเหลือในระดับต่างๆ จากญี่ปุ่นและประเทศพันธมิตรอื่นๆ เจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยเอกชนหลายหมื่นคนทำหน้าที่คุ้มครองโครงสร้างพื้นฐาน สิ่งอำนวยความสะดวก และบุคลากร

กองกำลังพันธมิตรและกองกำลังอิรักที่ร่วมมือกันต่อสู้กับ การก่อกบฏของกลุ่มติดอาวุธชาวอิรักที่แข็งแกร่งกว่าที่คาดไว้ ส่ง ผล ให้การฟื้นฟูอิรักเป็นไปอย่างช้าๆ ในช่วงกลางปี ​​2547 การปกครองโดยตรงของ CPA สิ้นสุดลง และรัฐบาลชั่วคราวแห่งอิรักชุดใหม่ที่มี "อำนาจอธิปไตยและเป็นอิสระ" ได้เข้ารับผิดชอบและมีอำนาจปกครองรัฐอย่างเต็มที่ CPA และสภาปกครองถูกยุบในวันที่ 28 มิถุนายน 2547 และรัฐธรรมนูญชั่วคราวฉบับใหม่มีผลบังคับใช้^{[ 1 ]}

อำนาจอธิปไตยถูกถ่ายโอนไปยังสภาปกครองของรัฐบาลรักษาการอิรักซึ่งนำโดยอียาด อัลลาวีในฐานะนายกรัฐมนตรีคนแรกของอิรักหลังยุคซัดดัม ฮุสเซน รัฐบาลนี้ไม่ได้รับอนุญาตให้ตรากฎหมายใหม่โดยไม่ได้รับการอนุมัติจากข้อตกลงสันติภาพ (CPA) รัฐบาลรักษาการอิรักถูกแทนที่เนื่องจากการเลือกตั้งที่เกิดขึ้นในเดือนมกราคม พ.ศ. 2548 หลังจากนั้นก็มีการเจรจาโดยสภาแห่งชาติอิรัก ที่ได้รับการเลือกตั้ง ซึ่งสิ้นสุดลงในวันที่ 6 เมษายน พ.ศ. 2548 ด้วยการเลือกตั้งบุคคลสำคัญหลายคน รวมถึงนายกรัฐมนตรีอิบราฮิม อัล-จาอาฟารีและประธานาธิบดีจาลาล ทาลาบานี นายกรัฐมนตรีอัล-จาอาฟารีเป็นผู้นำพรรคเสียงข้างมากของพันธมิตรอิรักรวม (UIA) ซึ่งเป็นการรวมตัวกันของพรรคอัล-ดาวาและพรรค SCIRI (สภาสูงสุดเพื่อการปฏิวัติอิสลามในอิรัก) ทั้งสองพรรคได้รับการสนับสนุนจากเตหะราน และถูกซัดดัม ฮุสเซนสั่งห้าม

ความขัดแย้งทางอาวุธระหว่างประเทศ (IAC) ระหว่างสหรัฐอเมริกาและอิรักในสงครามอิรักเริ่มต้นขึ้นเมื่อกองกำลังพันธมิตรที่นำโดยสหรัฐฯบุกอิรักในวันที่ 19 มีนาคม 2546 ความขัดแย้งทางอาวุธระหว่างประเทศยังคงดำเนินต่อไปหลังจากการบุกรุกเมื่อ มีการจัดตั้ง องค์การบริหารชั่วคราวของพันธมิตร (CPA) ในวันที่ 21 เมษายน เพื่อบริหารกิจการภายในของอิรักเป็นการชั่วคราว ดังนั้น การสู้รบในระหว่างการบุกรุกและการยึดครองอิรักจึงอยู่ภายใต้กฎหมายสงครามที่ใช้บังคับกับความขัดแย้งทางอาวุธระหว่างประเทศ รวมถึงอนุสัญญาเจนีวา ค.ศ. 1949 ซึ่งสหรัฐฯ และอิรักเป็นภาคี และอนุสัญญากรุงเฮก ค.ศ. 1907 ฉบับที่ 4 - กฎหมายและธรรมเนียมปฏิบัติของสงครามทางบกซึ่งเป็นที่ยอมรับกันโดยทั่วไปว่าเป็นกฎหมายมนุษยธรรมระหว่างประเทศตามธรรมเนียมปฏิบัติที่มีผลผูกพันกับประเทศที่ไม่เป็นภาคีที่เกี่ยวข้องกับความขัดแย้งทางอาวุธระหว่างประเทศ^{[ 2 ]}ตามมาตรา 42 ภายใต้หมวดที่ 3 ของอนุสัญญากรุงเฮก ฉบับที่ 4 - กฎหมายและธรรมเนียมปฏิบัติของสงครามทางบก “ ดิน แดนจะถือว่าถูกยึดครองเมื่ออยู่ภายใต้อำนาจของกองทัพฝ่ายตรงข้าม” ^{[ 3 ]}

อาจมีสถานการณ์ที่อดีตผู้ยึดครองยังคงรักษากองกำลังทหารไว้ในประเทศ โดยได้รับความยินยอมจากรัฐบาลที่ถูกต้องตามกฎหมายภายใต้ข้อตกลงด้านความมั่นคง (เช่น การประจำการของกองทัพสหรัฐฯ ในญี่ปุ่นและเยอรมนี) ความชอบด้วยกฎหมายของข้อตกลงดังกล่าวและความชอบธรรมของหน่วยงานระดับชาติที่ลงนามนั้นขึ้นอยู่กับการยอมรับในระดับนานาชาติ ซึ่งสมาชิกของประชาคมระหว่างประเทศจะฟื้นฟูความสัมพันธ์ทางการทูตและการเมืองกับรัฐบาลระดับชาติ

มติคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติที่ 1546ในปี 2547 มองไปข้างหน้าถึงการสิ้นสุดของการยึดครองและการรับเอาความรับผิดชอบและอำนาจอย่างเต็มที่โดยรัฐบาลชั่วคราวของอิรักที่มีอำนาจอธิปไตยและเป็นอิสระ อย่างสมบูรณ์ ^{[ 4 ]}หลังจากนั้น สหประชาชาติและประเทศต่างๆ ได้สถาปนาความสัมพันธ์ทางการทูตกับรัฐบาลชั่วคราว ซึ่งเริ่มวางแผนสำหรับการเลือกตั้งและการร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ ผลที่ตามมาคือ สงครามอิรักหลังวันที่ 28 มิถุนายน 2547 กลายเป็นความขัดแย้งทางอาวุธที่ไม่ใช่ระหว่างประเทศ (NIAC) เนื่องจากกองกำลังพันธมิตรที่นำโดยสหรัฐฯ ปฏิบัติการอยู่ในประเทศโดยได้รับความยินยอมจากรัฐบาลที่ถูกต้องตามกฎหมายใหม่ของอิรัก ดังนั้น การสู้รบในอิรักหลังการยึดครองจึงอยู่ภายใต้กฎหมายสงครามที่ใช้บังคับกับ NIAC รวมถึงมาตรา 3 ทั่วไปของอนุสัญญาเจนีวาปี 1949

ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2548 จอห์น เนโกรปอนเต เอกอัครราชทูตสหรัฐฯ ประจำอิรัก ระบุว่ารัฐบาลสหรัฐฯ จะปฏิบัติตาม มติของ สหประชาชาติที่ประกาศว่ากองกำลังพันธมิตรจะต้องถอนตัวออกไปหากรัฐบาลอิรักร้องขอ “หากนั่นเป็นความประสงค์ของรัฐบาลอิรัก เราก็จะปฏิบัติตามความประสงค์นั้น แต่เราไม่ได้ถูกติดต่อในประเด็นนี้ แม้ว่าเห็นได้ชัดว่าเราพร้อมที่จะหารือกับรัฐบาลในอนาคตเกี่ยวกับประเด็นใดๆ ที่เกี่ยวข้องกับการมีอยู่ของเราที่นี่” ^{[ 5 ]}

เมื่อวันที่ 10 พฤษภาคม 2550 สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรอิรัก 144 คนได้ลงนามในคำร้องต่อสภาเพื่อเรียกร้องให้สหรัฐอเมริกากำหนดตารางเวลาสำหรับการถอนกำลัง^{[ 6 ]}เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน 2550 รัฐสภาอิรักลงมติ 85 ต่อ 59 เสียงให้รัฐบาลอิรักปรึกษาหารือกับรัฐสภาก่อนที่จะขอขยายเวลาเพิ่มเติมของอาณัติคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติสำหรับปฏิบัติการร่วมในอิรัก^{[ 7 ]}อาณัติของสหประชาชาติภายใต้มติคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติที่ 1790หมดอายุลงเมื่อวันที่ 31 ธันวาคม 2551

ความขัดแย้งทางอาวุธระหว่างประเทศ (IAC) ระหว่างสหรัฐอเมริกาและอิรักในสงครามอิรักเริ่มต้นขึ้นเมื่อกองกำลังพันธมิตรที่นำโดยสหรัฐอเมริกาบุกอิรักในวันที่ 19 มีนาคม พ.ศ. 2546 IAC ยังคงดำเนินต่อไปหลังจากการบุกรุกเมื่อมีการจัดตั้ง CPA ขึ้นในวันที่ 21 เมษายน เพื่อบริหารกิจการภายในของอิรักเป็นการชั่วคราว ดังนั้น การสู้รบในระหว่างการบุกรุกและการยึดครองอิรักจึงอยู่ภายใต้กฎหมายสงครามที่ใช้บังคับกับ IAC รวมถึงอนุสัญญาเจนีวา พ.ศ. 2492 ซึ่งสหรัฐอเมริกาและอิรักเป็นภาคี และอนุสัญญากรุงเฮก พ.ศ. 2450 ฉบับที่ 4 - กฎหมายและธรรมเนียมปฏิบัติของสงครามทางบกซึ่งเป็นที่ยอมรับกันโดยทั่วไปว่าเป็นกฎหมายมนุษยธรรมระหว่างประเทศตามธรรมเนียมปฏิบัติที่มีผลผูกพันกับประเทศที่ไม่เป็นภาคีที่เกี่ยวข้องกับ IAC ^{[ 2 ]}

โรงเรียน ตำรวจ ศาล รัฐบาล และกองทัพถูกปิด ซึ่งหมายความว่าชาวอิรักส่วนใหญ่ตกงาน^{[ 8 ]}เมืองต่างๆ โดยเฉพาะแบกแดด ประสบปัญหาการลดลงของไฟฟ้า น้ำสะอาด และบริการโทรศัพท์จากระดับก่อนสงคราม โดยยังคงขาดแคลนต่อไปอย่างน้อยอีกหนึ่งปี^{[ 9 ]}

เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ. 2546 ประธานาธิบดี จอร์จ ดับเบิลยู. บุชแห่งสหรัฐอเมริกา ประกาศ "การสิ้นสุดปฏิบัติการรบหลัก" ในอิรัก ขณะอยู่บนเรือUSS  Abraham Lincolnโดยมีป้ายขนาดใหญ่ " ภารกิจสำเร็จ " แสดงอยู่ด้านหลังเขา สัปดาห์ต่อมาหลังจากการโค่นล้มการปกครองของพรรคบาธ สื่ออเมริกันได้พรรณนาว่าเป็นช่วงเวลาที่ชาวอิรักต่างรู้สึกยินดีปรีดาอย่างมากโจนาธาน โฟร์แมนผู้สื่อข่าวของนิวยอร์กโพสต์เขียนจากแบกแดดในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2546 ว่า "ความกระตือรือร้นของประชาชนที่มีต่ออเมริกานั้นน่าทึ่งมาก" ^{[ 10 ]}

มีรายงานการปล้นสะดมอย่างแพร่หลาย แม้ว่าการปล้นสะดมส่วนใหญ่จะมุ่งเป้าไปที่อาคารของรัฐบาลเดิมและซากอื่นๆ ของรัฐบาลเดิม และรายงานการสูญเสียสมบัติทางโบราณคดีของอิรักมากถึง 170,000 รายการมูลค่าหลายพันล้านดอลลาร์สหรัฐส่วนใหญ่มาจากพิพิธภัณฑ์แห่งชาติอิรัก [ ^{11 ]}ต่อมาพบว่าเป็นการกล่าวเกินจริงอย่าง^{มาก[ 12 ] [ 13 ]}

ในช่วงฤดูร้อนปี 2546 กองทัพสหรัฐฯ มุ่งเน้นไปที่การตามล่าผู้นำที่เหลืออยู่ของรัฐบาลที่ถูกโค่นล้ม ซึ่งจบลงด้วยการสังหารบุตรชายของซัดดัม คืออูเดย์ ฮุสเซนและคูเซย์ ฮุสเซนในวันที่ 22 กรกฎาคม^{[ 14 ]}โดยรวมแล้ว ผู้นำระดับสูงของระบอบการปกครองเดิมกว่า 200 คนถูกสังหารหรือถูกจับกุม รวมถึงเจ้าหน้าที่ระดับล่างและบุคลากรทางทหารอีกจำนวนมาก

หลังจากการรุกรานครั้งแรก ทหารและนายทหารเก่าของอิรักส่วนใหญ่แทบไม่ได้ต่อต้านกองกำลังพันธมิตรในช่วงแรกของการยึดครอง ทหารหลายคนเลือกที่จะกลับบ้านมากกว่าที่จะต่อสู้กับกองกำลังที่รุกรานอย่างเปิดเผย การยอมรับอำนาจของกองกำลังพันธมิตรเช่นนี้ เกิดขึ้นจากการที่กองทัพสหรัฐฯ ยังคงจ่ายเงินเดือนให้กับอดีตทหารของซัดดัม ขณะเดียวกันก็ให้สัญญากับนายทหารระดับสูงของอิรักว่าพวกเขาจะมีบทบาทสำคัญในการ "สร้างอิรักใหม่"

อย่างไรก็ตาม ในวันที่ 11 พฤษภาคม 2546 รัฐบาลบุชได้จัดตั้ง " องค์การบริหารชั่วคราวของพันธมิตร " (CPA) เพื่อเข้าควบคุมกิจการภายในของอิรักจากกองทัพสหรัฐฯ สิบสองวันต่อมาพอล เบรเมอร์หัวหน้า CPA ได้ออกคำสั่งยุบกองทัพอิรักทั้งหมด รวมถึงพนักงานพลเรือนส่วนใหญ่ของรัฐบาลเก่า และให้คำมั่นว่าจะสร้างกองทัพและรัฐบาลใหม่ขึ้นมาตั้งแต่เริ่มต้น โดย CPA ระบุว่าจะเป็นรัฐบาล "ที่ไม่แปดเปื้อนด้วยความเกี่ยวข้องใดๆ กับระบอบของซัดดัม" การยุบกองทัพอิรักอย่างกะทันหัน ท่ามกลางการประท้วงของบรรดาผู้บัญชาการภาคสนามของสหรัฐฯ จำนวนมาก ได้จุดชนวนให้เกิดการจลาจลในหมู่ทหารอิรักที่ปลดประจำการแล้วทันที นอกจากนี้ยังก่อให้เกิดความไม่สงบในวงกว้าง เช่น อัตราการว่างงานพุ่งสูงถึง 70% และบริการของรัฐบาลเกือบทุกอย่าง ตั้งแต่ตำรวจไปจนถึงคนเก็บขยะ ก็ถูกยกเลิกโดยไม่มีการแจ้งล่วงหน้า^{[ 15 ]}ในไม่ช้า อดีตบุคลากรทางทหารของอิรักจำนวนมากได้ร่วมมือกับ ผู้ภักดีต่อ พรรคบาธ ที่รอดชีวิต และจัดตั้งหน่วยกองโจร ก่อให้เกิดการก่อกบฏต่อต้านกองกำลังพันธมิตรเป็นเวลาแปดปี นอกจากการโจมตีที่กระจัดกระจายในแบกแดดแล้ว ผู้ก่อกบฏเหล่านี้เริ่มมุ่งเน้นไปที่การยึดครองและรักษาพื้นที่ในและรอบๆโมซุลติกริตและฟัลลูจาห์ในฤดูใบไม้ร่วงปี 2546 หน่วยเหล่านี้ซึ่งส่วนใหญ่เป็นฆราวาสได้เข้าร่วมกับผู้ก่อกบฏ " ญิฮาด " ที่มีแรงจูงใจทางศาสนา ทั้งชาวต่างชาติและชาวอิรัก ด้วยอิทธิพลที่เพิ่มขึ้นของพวกคลั่งศาสนา ยุทธวิธีแบบดั้งเดิมของการก่อกบฏส่วนใหญ่ เช่น การซุ่มยิง การซุ่มโจมตีของหน่วยเล็กๆ และการวางระเบิดแสวงหาเอง ริมถนน เพื่อโจมตีบุคลากรทางทหารต่างชาติ เริ่มเปลี่ยนไปเป็นการโจมตีด้วยระเบิดฆ่าตัวตายบ่อยครั้งและหน่วยสังหารที่มุ่งเป้าไปที่พลเรือนที่ถูกมองว่า "ภักดี" ต่อกองกำลังพันธมิตร^{[ 15 ]}

พวกเขานิยมโจมตี รถ ฮัมวี ที่ไม่มีเกราะป้องกัน และในเดือนพฤศจิกายน พวกเขาก็โจมตีเฮลิคอปเตอร์ของสหรัฐฯ ได้สำเร็จด้วย ขีปนาวุธ SA-7ที่ซื้อมาจากตลาดมืดทั่วโลก เมื่อวันที่ 19 สิงหาคม สำนักงานใหญ่สหประชาชาติในแบกแดดถูกทำลายจากการวางระเบิดที่โรงแรมคาแนลทำให้มีผู้เสียชีวิตอย่างน้อย 22 คน รวมถึงเซอร์จิโอ วิเอรา เด เมลโลผู้แทนพิเศษของเลขาธิการสหประชาชาติด้วย

ซัดดัม ฮุสเซน หลังจากถูกกองกำลังอเมริกัน จับกุมได้ไม่นาน และหลังจากถูกโกนหนวดเพื่อยืนยันตัวตน

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2546 ซัดดัมถูกจับกุมรัฐบาลชั่วคราวเริ่มฝึกกองกำลังรักษาความปลอดภัยเพื่อปกป้องโครงสร้างพื้นฐานที่สำคัญ และสหรัฐฯ สัญญาว่าจะให้ความช่วยเหลือด้านการฟื้นฟูมากกว่า 20 พันล้านดอลลาร์ในรูปแบบของเครดิตโดยใช้รายได้จากน้ำมันในอนาคตของอิรักเป็นหลักประกัน ในขณะเดียวกัน กลุ่มที่ถูกกีดกันออกจากพันธมิตรผู้รักชาติอิรัก (IPA) เริ่มเคลื่อนไหวเพื่อจัดการเลือกตั้ง บุคคลที่โดดเด่นที่สุดในกลุ่มนี้คืออาลี อัล-ซิสตานีแกรนด์อยาตอลลาห์แห่งนิกายชีอะห์ของศาสนาอิสลาม

สหรัฐอเมริกาและหน่วยงานบริหารชั่วคราวของพันธมิตรซึ่งบริหารโดยเจย์ การ์เนอร์และรองผู้บริหารอีกสามคน รวมทั้งทิม ครอส คัดค้านการอนุญาตให้มีการเลือกตั้งตามระบอบประชาธิปไตยในเวลานี้ โดยเลือกที่จะส่งมอบอำนาจให้กับกลุ่มชาวอิรักที่ไม่ได้มาจากการเลือกตั้งในที่สุด^{[ 16 ]}กลุ่มกบฏได้เพิ่มกิจกรรมมากขึ้น ศูนย์กลางที่มีความวุ่นวายมากที่สุดสองแห่งคือพื้นที่รอบเมืองฟัลลูจาห์และย่านชาวชีอะห์ที่ยากจนของเมืองต่างๆ ตั้งแต่แบกแดดไปจนถึงบัสราทางตอนใต้

ในฤดูใบไม้ผลิ สหรัฐอเมริกาและองค์การบริหารชั่วคราวของพันธมิตรตัดสินใจเผชิญหน้ากับกลุ่มกบฏด้วยการโจมตีสองครั้ง ครั้งหนึ่งที่เมืองฟัลลูจาห์ ซึ่งเป็นศูนย์กลางของ "กองทัพอัล-อันซาร์ของมูฮัมหมัด" และอีกครั้งที่เมืองนาจาฟ ซึ่งเป็นที่ตั้งของมัสยิดสำคัญแห่งหนึ่ง ซึ่งกลายเป็นจุดศูนย์กลางของกองทัพมาห์ดีและกิจกรรมต่างๆ ของพวกเขา ในฟัลลูจาห์ เจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยเอกชนสี่คนซึ่งทำงานให้กับบริษัทแบล็กวอเตอร์ สหรัฐอเมริกาถูกซุ่มโจมตีและเสียชีวิต และศพของพวกเขาก็ถูกทำลาย เพื่อเป็นการตอบโต้ สหรัฐฯ จึงเริ่มปฏิบัติการโจมตี แต่ก็ต้องหยุดลงในไม่ช้าเนื่องจากการประท้วงของสภาปกครองอิรักและการรายงานข่าวเชิงลบของสื่อ

มีการเจรจาสงบศึกซึ่งทำให้นายพลอดีตสมาชิกพรรคบาธเข้าควบคุมเมืองฟัลลูจาห์อย่างเบ็ดเสร็จ กองพลยานเกราะที่ 1 และกองพันทหารม้าที่ 2 ถูกย้ายไปทางใต้ เนื่องจากกองกำลังสเปน เอลซัลวาดอร์ ยูเครน และโปแลนด์กำลังประสบปัญหามากขึ้นในการรักษาการควบคุมเมืองอัลกุตและนาจาฟกองพลยานเกราะที่ 1 และกองพันทหารม้าที่ 2 เข้าช่วยเหลือกองกำลังสเปน เอลซัลวาดอร์ และโปแลนด์ และปราบปรามการกบฏอย่างเปิดเผยได้สำเร็จ

ในขณะเดียวกัน กองกำลังอังกฤษในบาสราก็เผชิญกับความไม่สงบที่เพิ่มมากขึ้น และเลือกพื้นที่ลาดตระเวนอย่างระมัดระวังมากขึ้น โดยรวมแล้ว เดือนเมษายน พฤษภาคม และต้นเดือนมิถุนายน เป็นช่วงเวลาที่มีการสู้รบนองเลือดที่สุดนับตั้งแต่สิ้นสุดสงคราม กองทหารอิรักที่รับผิดชอบเมืองฟัลลูจาห์หลังการหยุดยิงเริ่มกระจัดกระจาย และเมืองก็ตกอยู่ภายใต้การควบคุมของกลุ่มกบฏอีกครั้ง

ในการสู้รบที่เมืองฟัลลูจาห์ในเดือนเมษายน กองทัพสหรัฐฯ สังหารนักรบต่อต้านไปประมาณ 200 คน ขณะที่ทหารอเมริกันเสียชีวิต 40 คน และบาดเจ็บอีกหลายร้อยคนในการสู้รบที่ดุเดือด จากนั้นกองกำลังสหรัฐฯ ก็หันความสนใจไปที่กองทัพอัล-มาห์ดีในเมืองนาจาฟ ขบวนรถบรรทุกเสบียงขนาดใหญ่ของกองทัพสหรัฐฯ ซึ่งควบคุมโดยผู้รับเหมาพลเรือนถูกซุ่มโจมตีและได้รับความเสียหายและมีผู้บาดเจ็บล้มตายจำนวนมาก

เมื่อวันที่ 28 มิถุนายน 2547 ภายใต้การอุปถัมภ์ของมติคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติที่ 1546 ข้อตกลงสันติภาพอิรัก (CPA) ได้ถ่ายโอนอำนาจอธิปไตยบางส่วนให้กับรัฐบาลรักษาการ ซึ่งการกระทำแรกของรัฐบาลรักษาการคือการเริ่มการพิจารณาคดีของซัดดัม ฮุสเซนการถ่ายโอนอำนาจครั้งนี้ถือเป็นการสิ้นสุดสงครามระหว่างสหรัฐฯ และอิรัก รัฐบาลอิรักชุดใหม่เริ่มกระบวนการเตรียมการเลือกตั้ง แม้ว่าการก่อความไม่สงบและการขาดความสามัคคีภายในรัฐบาลเองจะนำไปสู่ความล่าช้าหลายครั้งก็ตาม

มุคทาดา อัล-ซาดร์ผู้นำกองกำลังติดอาวุธ ใช้กลุ่มประชาชนและกองกำลังมาห์ดีที่มีกำลังพลกว่าพันคน เข้าควบคุมท้องถนนในกรุงแบกแดด กองทัพประชาชนจีน (CPA) ตระหนักในไม่ช้าว่าตนสูญเสียการควบคุมและสั่งปิดหนังสือพิมพ์ยอดนิยมของเขา ส่งผลให้เกิดการประท้วงต่อต้านอเมริกาครั้งใหญ่ จากนั้น CPA พยายามจับกุมอัล-ซาดร์ในข้อหาฆาตกรรม แต่เขาต่อต้านกองทัพอเมริกาโดยลี้ภัยไปยังเมืองศักดิ์สิทธิ์นาจาฟ

การสู้รบระหว่างสหรัฐฯ และอิรักสิ้นสุดลงในวันที่ 28 มิถุนายน 2547 เมื่อสนธิสัญญาสันติภาพฉบับสมบูรณ์ (CPA) ส่งมอบอำนาจอธิปไตยของอิรักให้แก่รัฐบาลรักษาการของอิรักตามที่กำหนดไว้ในมติที่ 1546 ของสหประชาชาติ ตลอดช่วงสงครามอิรัก กองกำลังพันธมิตรที่นำโดยสหรัฐฯ ปฏิบัติการอยู่ในประเทศโดยได้รับความยินยอมจากรัฐบาลที่ถูกต้องตามกฎหมายชุดใหม่ของอิรัก ดังนั้น สงครามในอิรักหลังวันที่ 28 มิถุนายน 2547 จึงกลายเป็นความขัดแย้งทางอาวุธที่ไม่ใช่ระหว่างประเทศ (NIAC) ซึ่งอยู่ภายใต้กฎหมายสงครามที่ใช้บังคับกับ NIAC รวมถึงมาตรา 3 ทั่วไปของอนุสัญญาเจนีวา

ตลอดเดือนกรกฎาคมและสิงหาคม เกิดการปะทะกันหลายครั้งในและรอบ ๆ เมืองนาจาฟ ซึ่งจบลงด้วยการปิดล้อมมัสยิดอิมมานอาลี จนกระทั่งอัล-ซิสตานีเป็นผู้ไกล่เกลี่ยข้อตกลงสันติภาพในช่วงปลายเดือนสิงหาคม^{[ 17 ]}จากนั้นอัล-ซาดร์ได้ประกาศหยุดยิงทั่วประเทศ และเปิดการเจรจากับกองกำลังอเมริกันและรัฐบาล กองกำลังของเขาถูกรวมเข้ากับกองกำลังรักษาความปลอดภัยของอิรัก และอัล-ซาดร์ดำรงตำแหน่งทูตพิเศษ เหตุการณ์นี้เป็นจุดเปลี่ยนในความพยายามที่ล้มเหลวของอเมริกาในการแต่งตั้งอาห์เหม็ด ชาลาบีเป็นผู้นำรัฐบาลชั่วคราว จากนั้น CPA จึงแต่งตั้งอียาด อัลลาวีขึ้นเป็นผู้นำ ซึ่งในที่สุดเขาก็ได้รับความนิยมมากกว่าชาลาบีเพียงเล็กน้อย

รัฐบาลอัลลาวี ซึ่งมีกำลังพลจำนวนมากที่คงเหลือมาจากองค์การบริหารชั่วคราวของพันธมิตรเริ่มพยายามที่จะควบคุมโครงสร้างพื้นฐานด้านน้ำมัน ซึ่งเป็นแหล่งรายได้หลักของอิรัก และควบคุมเมืองสำคัญต่างๆ ของอิรัก การก่อความไม่สงบที่ยังคงดำเนินต่อไป สภาพที่ย่ำแย่ของกองทัพอิรัก ความไม่เป็นระเบียบของตำรวจและกองกำลังรักษาความปลอดภัย รวมถึงการขาดแคลนรายได้ เป็นอุปสรรคต่อความพยายามในการควบคุมสถานการณ์ นอกจากนี้ ทั้งอดีตกลุ่มบาธและกลุ่มติดอาวุธชีอะห์ยังได้ก่อวินาศกรรม ก่อการร้าย ก่อกบฏอย่างเปิดเผย และจัดตั้งเขตความมั่นคงของตนเองในเมืองต่างๆ กว่าสิบเมือง รัฐบาลอัลลาวีสาบานว่าจะปราบปรามการต่อต้านโดยใช้กองกำลังสหรัฐฯ แต่ในขณะเดียวกันก็เจรจากับมุกตาดา อัล-ซาดร์

ตั้งแต่วันที่ 8 พฤศจิกายน กองกำลังอเมริกันและอิรักได้บุกโจมตีฐานที่มั่นของกลุ่มติดอาวุธในเมืองฟัลลูจาห์ในปฏิบัติการ Phantom Furyสังหารและจับกุมผู้ก่อการร้ายจำนวนมาก เชื่อกันว่ากลุ่มกบฏจำนวนมากได้หลบหนีออกจากเมืองก่อนการบุกโจมตี ตัวเลขที่ได้รับการสนับสนุนจากสหรัฐฯ ระบุว่าฝ่ายก่อการร้ายสูญเสียกำลังพลกว่า 2,000 นาย นับเป็นการสู้รบที่นองเลือดที่สุดครั้งเดียวของสหรัฐฯ ในสงครามครั้งนี้ โดยมีชาวอเมริกันเสียชีวิต 92 นาย และบาดเจ็บอีกหลายร้อยนาย วิดีโอที่แสดงให้เห็นการสังหารชายที่ไม่มีอาวุธและบาดเจ็บอย่างน้อยหนึ่งคนโดยทหารอเมริกันได้ปรากฏขึ้น ทำให้เกิดความสงสัยและความไม่พอใจต่อประสิทธิภาพของการยึดครองของสหรัฐฯ อีกครั้ง ^{[ 18 ]}ต่อมานาวิกโยธินคนดังกล่าวได้รับการยกเว้นความผิด เนื่องจากนาวิกโยธินได้รับการเตือนแล้วว่าศัตรูบางครั้งจะแสร้งทำเป็นตายและวางกับดักระเบิดไว้ในศพเพื่อล่อให้นาวิกโยธินมาตาย เดือนพฤศจิกายนเป็นเดือนที่อันตรายที่สุดของการยึดครองสำหรับกองกำลังพันธมิตร แซงหน้าเดือนเมษายน

ในเดือนพฤศจิกายน กลุ่มกบฏได้เปิดฉากโจมตีอีกครั้งในเมืองโมซุล กอง กำลังสหรัฐฯ ซึ่งได้รับการสนับสนุนจากนักรบเปชเมอร์กา ได้เปิดฉากโจมตีตอบโต้ ส่งผลให้เกิดยุทธการโมซุล (2004)การสู้รบในโมซุลเกิดขึ้นพร้อมกับการสู้รบในฟัลลูจาห์ และเป็นสาเหตุหนึ่งที่ทำให้ทหารอเมริกันเสียชีวิตจำนวนมากในเดือนนั้น

ในเดือนธันวาคม ทหารอเมริกัน 14 นายเสียชีวิตและบาดเจ็บกว่าร้อยนายจากเหตุระเบิดในโรงอาหารแบบเปิดโล่งในเมืองโมซุล ซึ่งเป็นสถานที่ที่ประธานาธิบดีบุชใช้เวลาฉลองวันขอบคุณพระเจ้ากับทหารเมื่อปีที่แล้ว เชื่อกันว่าเหตุระเบิดเกิดจากมือระเบิดฆ่าตัวตาย

หลังจากทบทวนยุทธศาสตร์ทางทหารเมื่อปลายปี 2547 พลเอกจอร์จ เคซีย์ ผู้บัญชาการกองทัพ MNF-I ในขณะนั้น ได้สั่งการให้กองกำลังพันธมิตรเปลี่ยนจุดสนใจจากการต่อสู้กับผู้ก่อการร้ายไปเป็นการฝึกอบรมชาวอิรัก^{[ 19 ]}ในขณะนั้น การก่อกบฏของชาวอิรักส่วนใหญ่มุ่งเป้าไปที่การยึดครอง และเชื่อกันว่าหากกองกำลังพันธมิตรลดกำลังพลลง การก่อกบฏก็จะลดลง นักวางแผนทางทหารหวังว่าการเลือกตั้งระดับชาติจะเปลี่ยนมุมมองเกี่ยวกับการถูกยึดครอง ทำให้สถานการณ์มีเสถียรภาพ และอนุญาตให้กองกำลังพันธมิตรลดกำลังพลลงได้

เมื่อวันที่ 30 มกราคม มี การเลือกตั้งเพื่อจัดตั้งรัฐบาลเพื่อร่างรัฐธรรมนูญถาวร แม้ว่าเหตุการณ์จะเต็มไปด้วยความรุนแรงและขาดการมีส่วนร่วมของชาวอาหรับสุหนี่ อย่างกว้างขวาง แต่ชาว เคิร์ดและชีอะห์ ส่วนใหญ่ที่มีสิทธิ์ ก็เข้าร่วม เมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ พอล วูล์ฟวิทซ์ประกาศว่าทหารสหรัฐฯ 15,000 นาย ซึ่งได้รับการขยายเวลาปฏิบัติหน้าที่เพื่อรักษาความปลอดภัยในการเลือกตั้ง จะถูกถอนออกจากอิรักภายในเดือนถัดไป^{[ 20 ]}เดือนกุมภาพันธ์ มีนาคม และเมษายน ถือเป็นเดือนที่ค่อนข้างสงบเมื่อเทียบกับการสังหารหมู่ในเดือนพฤศจิกายนและมกราคม โดยมีการโจมตีของผู้ก่อการร้ายเฉลี่ยวันละ 30 ครั้ง จากเฉลี่ยวันละ 70 ครั้ง

ความหวังที่จะยุติการก่อความไม่สงบอย่างรวดเร็วและถอนทหารสหรัฐฯ ออกจากอิรักต้องพังทลายลงเมื่อเข้าสู่เดือนพฤษภาคม ซึ่งเป็นเดือนที่นองเลือดที่สุดของอิรักนับตั้งแต่การรุกรานของกองกำลังสหรัฐฯ ในเดือนมีนาคมและเมษายน ปี 2546 กลุ่มมือระเบิดฆ่าตัวตาย ซึ่งเชื่อว่าส่วนใหญ่เป็นชาวอาหรับสุหนี่อิรักที่หมดกำลังใจ ชาวซีเรีย และชาวซาอุดีอาระเบีย ได้ก่อเหตุโจมตีทั่วอิรัก เป้าหมายของพวกเขามักจะเป็นการชุมนุมของชาวชีอะห์หรือที่รวมตัวของพลเรือนซึ่งส่วนใหญ่เป็นชาวชีอะห์ ส่งผลให้พลเรือนอิรักเสียชีวิตกว่า 700 คนในเดือนนั้น รวมถึงทหารสหรัฐฯ อีก 79 นาย

ในช่วงต้นและกลางเดือนพฤษภาคม สหรัฐฯ ได้เริ่มปฏิบัติการมาทาดอร์ (Operation Matador ) ซึ่งเป็นการโจมตีโดยนาวิกโยธินประมาณ 1,000 นายในพื้นที่ที่ไร้การปกครองทางตะวันตกของอิรัก เป้าหมายคือการปิดเส้นทางลำเลียงเสบียงของกลุ่มกบฏที่ต้องสงสัยว่าเป็นเส้นทางลำเลียงอาสาสมัครและยุทโธปกรณ์จากซีเรียและจากการต่อสู้ที่พวกเขาได้รับ สมมติฐานของพวกเขาก็พิสูจน์แล้วว่าถูกต้อง นักรบติดอาวุธด้วยเสื้อเกราะกันกระสุน (ซึ่งไม่เคยเห็นมาก่อนในการก่อความไม่สงบในเวลานั้น) และใช้กลยุทธ์ที่ซับซ้อน ได้ปะทะกับนาวิกโยธิน และในที่สุดทำให้ฝ่ายสหรัฐฯ สูญเสียกำลังพล 30 นายเมื่อสิ้นสุดปฏิบัติการ และฝ่ายสหรัฐฯ สูญเสียกำลังพล 125 นาย

นาวิกโยธินประสบความสำเร็จในการยึดคืนพื้นที่ทั้งหมด และยังต่อสู้กับกลุ่มกบฏไปจนถึงชายแดนซีเรีย ซึ่งพวกเขาถูกบังคับให้หยุด (ชาวซีเรียที่อาศัยอยู่ใกล้ชายแดนได้ยินเสียงระเบิดของอเมริกาอย่างชัดเจนระหว่างปฏิบัติการ) กลุ่มกบฏติดอาวุธและได้รับการฝึกฝนเหล่านี้ส่วนใหญ่สลายตัวไปอย่างรวดเร็วก่อนที่สหรัฐฯ จะสามารถใช้กำลังอาวุธทั้งหมดเข้าโจมตีพวกเขาได้ เช่นเดียวกับที่เกิดขึ้นในฟัลลูจาห์

เมื่อวันที่ 14 สิงหาคม พ.ศ. 2548 หนังสือพิมพ์ Washington Postได้อ้างคำพูดของเจ้าหน้าที่ระดับสูงของสหรัฐฯ ที่ไม่เปิดเผยชื่อรายหนึ่งว่า "สหรัฐอเมริกาไม่คาดหวังอีกต่อไปว่าจะได้เห็นประชาธิปไตยรูปแบบใหม่ อุตสาหกรรมน้ำมันที่พึ่งพาตนเองได้ หรือสังคมที่ประชาชนส่วนใหญ่ปราศจากความท้าทายด้านความมั่นคงหรือเศรษฐกิจที่ร้ายแรง... 'สิ่งที่เราคาดหวังว่าจะบรรลุนั้นไม่เคยเป็นไปได้จริงเลยเมื่อพิจารณาจากตารางเวลาหรือสิ่งที่เกิดขึ้นจริง' " ^{[ 21 ]}

เมื่อวันที่ 22 กันยายน พ.ศ. 2548 เจ้าชายซาอุด อัล-ไฟซาลรัฐมนตรีต่างประเทศของซาอุดีอาระเบียกล่าวว่าพระองค์ได้เตือนรัฐบาลบุชว่าอิรักกำลังมุ่งหน้าสู่การแตกแยกและการเลือกตั้งที่วางแผนไว้ในเดือนธันวาคมไม่น่าจะสร้างความแตกต่างใดๆ^{[ 22 ]}เจ้าหน้าที่สหรัฐฯ ได้ออกแถลงการณ์ปฏิเสธมุมมองนี้ทันที^{[ 23 ]}

สภาแห่งชาติที่ได้รับการเลือกตั้งในเดือนมกราคมได้ร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ที่จะต้องได้รับการให้สัตยาบันในการลงประชามติระดับชาติในวันที่ 15 ตุลาคม 2548 การให้สัตยาบันรัฐธรรมนูญต้องได้รับเสียงข้างมากจากประชาชนทั่วประเทศ และอาจถูกขัดขวางได้หากมีเสียง "ไม่เห็นด้วย" สองในสามในอย่างน้อยสามจังหวัดจากทั้งหมด 18 จังหวัด ในการลงคะแนนเสียงจริง ผู้มีสิทธิเลือกตั้ง 79% ลงคะแนนเห็นชอบ และมีเสียง "ไม่เห็นด้วย" สองในสามในเพียงสองจังหวัด ซึ่งทั้งสองจังหวัดนั้นส่วนใหญ่เป็นชาวซุนนีรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ของอิรักได้รับการให้สัตยาบันและมีผลบังคับใช้ การมีส่วนร่วมของชาวซุนนีในการเลือกตั้งครั้งนี้มากกว่าการเลือกตั้งในเดือนมกราคมอย่างมาก แต่ไม่เพียงพอที่จะขัดขวางการให้สัตยาบัน

การเลือกตั้งสภาแห่งชาติอิรักชุดใหม่ภายใต้รัฐธรรมนูญฉบับใหม่จัดขึ้นเมื่อวันที่ 15 ธันวาคม 2548 การเลือกตั้งครั้งนี้ใช้ระบบสัดส่วน โดยกำหนดให้สตรีต้องดำรงตำแหน่งประมาณ 25% ของที่นั่งทั้งหมด หลังจากการเลือกตั้ง รัฐบาลผสมได้จัดตั้งขึ้นภายใต้การนำของนายกรัฐมนตรีนูรี อัล-มาลิกีโดยมีจาลาล ทาลาบานีเป็นประธานาธิบดี

ช่วงต้นปีนั้นเต็มไปด้วยการเจรจาจัดตั้งรัฐบาล และการต่อต้านรัฐบาลผสมอย่างต่อเนื่อง รวมถึงการโจมตีพลเรือนชาวชีอะห์เป็นหลัก

ดูเหตุการณ์ระเบิดมัสยิดอัลอัสการีและสงครามกลางเมืองอิรัก (2006–2008)

เมื่อวันที่ 22 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2549 เกิดเหตุระเบิดขึ้นที่มัสยิดอัลอัสการีทำให้เกิดความเสียหายอย่างมาก

เมื่อวันที่ 2 มีนาคม ผู้อำนวยการห้องเก็บศพของแบกแดดได้หลบหนีออกจากอิรัก โดยอธิบายว่า "มีคน 7,000 คนถูกสังหารโดยหน่วยสังหารในช่วงไม่กี่เดือนที่ผ่านมา" ^{[ 24 ]}หนังสือพิมพ์ Boston Globe รายงานว่าจำนวนชาวอิรักที่ถูกสังหารโดยหน่วยสังหารของกลุ่มแบ่งแยกนิกายในช่วงเดือนมีนาคม พ.ศ. 2549 มีจำนวนมากกว่าถึงแปดเท่า โดยมีผู้เสียชีวิตจากการโจมตีของผู้ก่อการร้าย 1,313 คน และเสียชีวิตจากการโจมตีฆ่าตัวตาย 173 คน^{[ 25 ]} ต่อมาหนังสือพิมพ์ LA Timesรายงานว่ามีชาวอิรักประมาณ 3,800 คนถูกสังหารจากความรุนแรงของกลุ่มแบ่งแยกนิกายในแบกแดดเพียงแห่งเดียวในช่วงสามเดือนแรกของปี พ.ศ. 2549 ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2549 ตัวเลขจากห้องเก็บศพแสดงให้เห็นว่ามีชาวแบกแดด 1,091 คนถูกสังหารโดยการประหารชีวิตของกลุ่มแบ่งแยกนิกาย^{[ 26 ]}

การก่อกบฏ การโจมตีของผู้ก่อการร้ายบ่อยครั้ง และความรุนแรงทางศาสนาในอิรักนำไปสู่การวิพากษ์วิจารณ์นโยบายของสหรัฐฯ อย่างรุนแรง และความหวาดกลัวต่อรัฐที่ล่มสลายและสงครามกลางเมือง ความกังวลดังกล่าวได้รับการแสดงออกโดยสถาบันวิจัย ของสหรัฐฯ หลายแห่ง ^{[ 27 ] [ 28 ] [ 29 ] [ 30 ]}รวมถึงเอกอัครราชทูตสหรัฐฯ ประจำอิรักซัลไม คาลิลซาด^{[ 31 ]}

ในช่วงต้นปี 2006 นายพลเกษียณอายุระดับสูงจำนวนหนึ่งเริ่มเรียกร้องให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม รัมส์เฟลด์ ลาออก ส่วนหนึ่งเป็นเพราะความวุ่นวายดังกล่าวที่เกิดขึ้นจากการบริหารจัดการสงครามของเขา

เมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม พ.ศ. 2549 อิรักได้เข้าควบคุมจังหวัดมุธันนา อย่างสมบูรณ์ ซึ่งถือเป็นครั้งแรกนับตั้งแต่การรุกรานที่จังหวัดหนึ่งถูกส่งมอบจากกองกำลังต่างชาติให้กับรัฐบาลอิรัก ในแถลงการณ์ร่วม เอกอัครราชทูตสหรัฐฯ ซัลไม คาลิลซาด และผู้บัญชาการกองทัพสหรัฐฯ ในอิรัก พลเอก จอร์จ เคซีย์ได้ยกย่องเหตุการณ์นี้ว่าเป็นก้าวสำคัญในความสามารถของอิรักในการปกครองและปกป้องตนเองในฐานะ "ประเทศอธิปไตย" และกล่าวว่าการส่งมอบในจังหวัดอื่นๆ จะเกิดขึ้นเมื่อเงื่อนไขต่างๆ บรรลุผล "ด้วยการถ่ายโอนความรับผิดชอบด้านความมั่นคงครั้งแรกนี้ มุธันนาแสดงให้เห็นถึงความก้าวหน้าที่อิรักกำลังทำไปสู่การปกครองตนเอง" แถลงการณ์ระบุ พร้อมเสริมว่า "กองกำลังนานาชาติจะพร้อมให้ความช่วยเหลือหากจำเป็น" ในพิธีเฉลิมฉลองเหตุการณ์นี้ นายกรัฐมนตรีอิรัก นูรี อัล-มาลิกี กล่าวว่า "นี่เป็นวันชาติที่ยิ่งใหญ่ที่จะถูกบันทึกไว้ในประวัติศาสตร์ของอิรัก ก้าวไปข้างหน้าครั้งนี้จะนำความสุขมาสู่ชาวอิรักทุกคน" ^{[ 32 ] [ 33 ]}

อดีตที่พักของประธานาธิบดีซัดดัม ฮุสเซน ซึ่งกองกำลังพันธมิตร ตั้งชื่อว่า ฐานปฏิบัติการแนวหน้าผู้กล้าหาญ (Forward Operating Base Courage ) ถูกส่งมอบโดยกองร้อยชาร์ลี กองพันที่ 4-11 กองพลทหารราบที่ 4 ให้แก่รัฐบาลจังหวัดนิเนเวห์เมื่อวันที่ 20 กรกฎาคม 2549 พระราชวังหลักเคยเป็นที่ตั้งของกองบัญชาการหลักของกองพลทหารราบที่ 101 กองบัญชาการหลักของกองกำลังเฉพาะกิจโอลิมเปีย กองพันที่ 4-11 กองพลน้อยรบที่ 172 และกองบัญชาการหลักของกองกำลังเฉพาะกิจเสรีภาพ พระราชวังแห่งนี้ทำหน้าที่เป็นกองบัญชาการสุดท้ายของกองกำลังผสมนานาชาติในอิรักตะวันตกเฉียงเหนือ ทหารสหรัฐฯ ได้ใช้เวลาในช่วงฤดูร้อนในการบูรณะพระราชวังเพื่อเตรียมการส่งมอบในที่สุด

พลตรีโทมัส อาร์. เทอร์เนอร์ที่ 2ผู้บัญชาการกองกำลังเฉพาะกิจแบนด์ออฟบราเธอร์ส กล่าวในพิธีที่จัดขึ้นเพื่อเฉลิมฉลองโอกาสนี้ว่า "การส่งมอบฐานปฏิบัติการล่วงหน้าคูเรจเป็นหนึ่งในความพยายามครั้งใหญ่ในการเสริมสร้างศักยภาพให้แก่ประชาชนชาวอิรัก และเป็นก้าวสำคัญในการบรรลุการพึ่งพาตนเองของอิรัก ... ความสำเร็จที่เกิดขึ้นในช่วงสามปีที่ผ่านมาแสดงให้เห็นว่ารัฐบาลท้องถิ่นกองทัพอิรักและตำรวจอิรักกำลังเพิ่มขีดความสามารถในการเป็นผู้นำด้านความมั่นคงของประเทศ" ดู ไรด์ คัชมูลาผู้ว่าราชการจังหวัดนิเนเวห์กล่าวหลังจากได้รับมอบกุญแจพระราชวังว่า "บัดนี้พระราชวังแห่งนี้จะถูกนำไปใช้เพื่อประโยชน์ของรัฐบาลอิรักและประชาชน" ^{[ 34 ] [ 35 ]}

เมื่อวันที่ 24 สิงหาคม 2549 พันตรี ชาร์ลี เบอร์บริดจ์ โฆษกของกองทัพอังกฤษ กล่าวว่า ทหารอังกฤษชุดสุดท้ายจำนวน 1,200 นาย ได้ออกจากค่ายอาบู นาจีซึ่งตั้งอยู่ชานเมือง อา มาราห์ในจังหวัดไมซาน ทางตอนใต้ของอิรัก เบอร์บริดจ์กล่าวกับรอยเตอร์ว่า ทหารอังกฤษที่ออกจากฐานทัพกำลังเตรียมที่จะมุ่งหน้าเข้าไปในพื้นที่ชุ่มน้ำตามแนวชายแดนอิหร่าน โดยระบุว่า "เรากำลังปรับกำลังพลของเราเพื่อมุ่งเน้นไปที่พื้นที่ชายแดนและจัดการกับรายงานการลักลอบขนอาวุธและระเบิดแสวงหาเองจากอีกฝั่งของชายแดน"

ฐานทัพแห่งนี้ตกเป็นเป้าหมายของการโจมตีด้วยปืนครกและจรวดอย่างต่อเนื่องนับตั้งแต่ก่อตั้งขึ้นในปี 2546 แต่เบอร์บริดจ์ปฏิเสธข้อเสนอแนะที่ว่าอังกฤษถูกบีบให้ออกจากอามารา ขณะเดียวกันก็ยอมรับว่าการโจมตีเป็นหนึ่งในเหตุผลที่ทำให้ตัดสินใจถอนกำลังออกไป โดยเหตุผลที่สองคือฐานทัพที่ตั้งอยู่กับที่ไม่เหมาะสมกับการปฏิบัติการใหม่ “อาบู นาจีเป็นเหมือนเป้าหมายที่อยู่ตรงกลางกระดานปาลูกดอก การโจมตีเป็นเรื่องน่ารำคาญและเป็นปัจจัยหนึ่งที่ทำให้เราวางแผน” ที่จะออกจากฐานทัพ เขากล่าวเสริมว่า “เมื่อเราไม่เป็นเป้าหมายที่ตั้งอยู่กับที่อีกต่อไป เราก็จะลดความสามารถของกองกำลังติดอาวุธในการโจมตีเราได้ ... เราเข้าใจว่ากองกำลังติดอาวุธในจังหวัดไมซานกำลังใช้เรื่องนี้เป็นตัวอย่างว่าเราถูกผลักดันออกจากอาบู นาจี แต่มันไม่เป็นความจริง เราแทบจะไม่ได้รับความสูญเสียเลย” เบอร์บริดจ์ระบุว่ากองกำลังรักษาความปลอดภัยของอิรักจะเป็นผู้รับผิดชอบด้านความปลอดภัยในไมซานในแต่ละวัน แต่เน้นย้ำว่าอังกฤษยังไม่ได้มอบการควบคุมทั้งหมดให้กับพวกเขา

มุกตาดา อัล-ซาดร์เรียกการถอนกำลังครั้งนี้ว่าเป็นการขับไล่กองกำลังพันธมิตรที่นำโดยสหรัฐฯ ออกจากศูนย์กลางเมืองของอิรักเป็นครั้งแรก ข้อความจากสำนักงานของอัล-ซาดร์ที่ถูกเปิดผ่านลำโพงติดรถยนต์ทั่วเมืองอมาราห์ระบุว่า "นี่คือเมืองแรกของอิรักที่ขับไล่ผู้ยึดครองออกไป... เราต้องเฉลิมฉลองโอกาสนี้!" ฝูงชนมากถึง 5,000 คน รวมถึงหลายร้อยคนที่ติดอาวุธปืนไรเฟิลจู่โจม AK-47 ได้บุกปล้นค่ายอาบู นาจีทันทีหลังจากทหารอังกฤษคนสุดท้ายออกไป แม้ว่าจะมีกองพลทหารอิรัก 450 นายประจำการเพื่อรักษาฐานทัพอยู่ก็ตาม การปล้นสะดมซึ่งกินเวลาตั้งแต่ประมาณ 10 โมงเช้าถึงช่วงเย็น กลายเป็นความรุนแรงในช่วงเที่ยงเมื่อมีคนในกลุ่มผู้ก่อจลาจลยิงใส่ฐานทัพ

กองทหารอิรักขออนุญาตผู้ว่าราชการจังหวัดเพื่อยิงตอบโต้ ซึ่งกองทัพอังกฤษเน้นย้ำว่าเป็นหลักฐานแสดงถึงการฝึกฝนของกองกำลังรักษาความปลอดภัย “มันแสดงให้เห็นว่าพวกเขาเข้าใจถึงความสำคัญของพลเรือนเป็นอันดับแรก ว่ารัฐบาล – ไม่ใช่กองทหาร – เป็นผู้รับผิดชอบ” เบอร์บริดจ์กล่าวในการสัมภาษณ์ทางโทรศัพท์กับเดอะวอชิงตันโพสต์มีรายงานผู้บาดเจ็บทั้งสองฝ่าย แต่ไม่มีผู้เสียชีวิต เบอร์บริดจ์กล่าวว่าการปล้นสะดมเกิดจากปัจจัยทางเศรษฐกิจมากกว่าความมุ่งร้าย โดยระบุว่า “ชาวเมืองอามาราห์ – ซึ่งหลายคนยากจนมาก – เห็นสิ่งที่พวกเขาเชื่อว่าเป็นเหมือนถ้ำของอะลาดินอยู่ข้างใน” อย่างไรก็ตาม ชาวเมืองอามาราห์บางคนบอกกับเดอะวอชิงตันโพสต์ว่าความไม่พอใจต่อการยึดครองนั้นรุนแรง “พวกปล้นสะดมขโมยทุกอย่าง – แม้แต่ก้อนอิฐ... พวกเขาเกือบจะทำลายฐานทั้งหมดราบเป็นหน้าดิน” อาห์เหม็ด โมฮัมเหม็ด อับดุล ลาตีฟ นักศึกษาอายุ 20 ปีจากมหาวิทยาลัยเมย์ซานกล่าว^{[ 36 ] [ 37 ] [ 38 ]}

เมื่อวันที่ 28 สิงหาคม พ.ศ. 2549 นายพลของสหรัฐฯ คนหนึ่งกล่าวว่าความรุนแรงในแบกแดดลดลงเกือบครึ่งหนึ่งนับตั้งแต่เดือนกรกฎาคม แม้ว่าเขาจะยอมรับว่ามีการวางระเบิดเพิ่มขึ้นในช่วง 48 ชั่วโมงที่ผ่านมาก็ตาม พลตรีวิลเลียม คัลด์เวลล์ กล่าวกับผู้สื่อข่าวว่า "กลุ่มกบฏและผู้ก่อการร้ายกำลังตอบโต้เพื่อพยายามลดทอนความสำเร็จของรัฐบาลอิรักและกองกำลังรักษาความปลอดภัย" หลังจากพบกับรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมอิรักอับดุล-กอเดอร์ โมฮัมเหม็ด จัสซิม อัล-มิฟาร์จี รัฐมนตรี ช่วยว่าการกระทรวงกลาโหมของอังกฤษเดส บราวน์กล่าวว่าอิรักกำลังก้าวหน้า และ "ทุกครั้งที่ผมมา ผมเห็นความก้าวหน้ามากขึ้น" ^{[ 39 ]}

กองบัญชาการทหารอเมริกันยอมรับในสัปดาห์ของวันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ. 2549 ว่ากำลังพิจารณาปรับปรุงแผนรักษาความปลอดภัยล่าสุดสำหรับแบกแดด ซึ่งการกวาดล้างอย่างเข้มข้นที่นำโดยอเมริกาเป็นเวลาสามเดือนล้มเหลวในการปราบปรามความรุนแรงโดย กลุ่มกบฏที่นำโดยชาว อาหรับสุหนี่และกองกำลังติด อาวุธ ชีอะห์และสุหนี่^{[ 40 ]}

เช้าวันที่ 9 พฤศจิกายน 2549 เกิดเหตุระเบิดรถยนต์และระเบิดริมถนนหลายจุดในกรุงแบกแดด: ใน เขต คาราดาเกิดเหตุระเบิดรถยนต์คร่าชีวิต 6 ราย และบาดเจ็บ 28 ราย อีกเหตุการณ์หนึ่งเกิดขึ้นในย่านกาฮีราทางตอนเหนือ คร่าชีวิต 7 ราย และบาดเจ็บอีก 27 ราย ทางตอนใต้ของแบกแดด เกิดเหตุระเบิดจากปืนครกตามด้วยระเบิดฆ่าตัวตายติดรถยนต์ คร่าชีวิต 7 ราย และบาดเจ็บ 27 ราย ใกล้ตลาดมิชิน ใกล้กับวิทยาลัยวิจิตรศิลป์ทางตอนกลางของแบกแดด เกิดเหตุระเบิดรถยนต์ที่พุ่งเป้าไปที่หน่วยลาดตระเวนของอิรัก คร่าชีวิต 3 ราย และบาดเจ็บ 6 ราย ตำรวจสองนายได้รับบาดเจ็บขณะพยายามเก็บกู้ระเบิดรถยนต์ใน เขต ซายูนา เหตุระเบิดรถยนต์บนถนนปาเลสไตน์ทางตะวันออกเฉียงเหนือของแบกแดดที่พุ่งเป้าไปที่หน่วยลาดตระเวนของอิรัก คร่าชีวิตทหาร 1 นาย และบาดเจ็บพลเรือน 4 ราย เหตุระเบิดรถยนต์อีกจุดหนึ่งทางตอนใต้ของแบกแดดทำให้มีผู้บาดเจ็บ 3 ราย และเหตุระเบิดรถยนต์อีกจุดหนึ่งใกล้กับอาคารบริการหนังสือเดินทางในย่านทางตอนเหนือ คร่าชีวิต 2 ราย และบาดเจ็บ 7 ราย

ระเบิดริมถนนในใจกลางกรุงแบกแดดคร่าชีวิตผู้คนไป 2 ราย และบาดเจ็บอีก 26 ราย ตำรวจลาดตระเวนถูกระเบิดริมถนนใกล้ปั๊มน้ำมัน ทำให้มีผู้เสียชีวิต 4 ราย อีก 4 คนได้รับบาดเจ็บจากระเบิดริมถนนอีกลูกในย่านแบกแดดใหม่ ระเบิดที่ซ่อนอยู่ในกระสอบระเบิดขึ้นในจัตุรัสตาเยิร์น ทำให้มีผู้เสียชีวิต 3 ราย และบาดเจ็บ 19 ราย ระเบิดอีกลูกในย่านดูราทำให้มีผู้เสียชีวิต 1 ราย และบาดเจ็บ 3 ราย กระสุนปืนครกตกในคาดมิยาห์ ทำให้หญิงคนหนึ่งเสียชีวิตและบาดเจ็บ 8 คน และในบายาลาดัตมีผู้บาดเจ็บ 4 ราย

นอกจากนี้ ในเมืองหลวง กลุ่มคนงานถูกลักพาตัวในเช้าวันที่ 9 พฤศจิกายน พ.ศ. 2549 พบศพ 5 ศพในย่านดูราในภายหลัง แต่พบศพอย่างน้อยอีกหนึ่งศพในแบกแดดในวันนั้น มือปืนยังสังหารพันตำรวจเอกและคนขับรถของเขาทางตะวันออกของเมือง และนอกเมืองเล็กน้อย ตำรวจจับกุมคนสองคนในการบุกค้นและพบศพหนึ่งศพ^{[ 41 ]}

เมื่อวันที่ 10 พฤศจิกายน ตำรวจอิรักพบศพ 18 ศพที่ถูกยิงหลายนัดในย่านต่างๆ รอบเมืองหลวง ซึ่งตำรวจไม่สามารถระบุตัวตนได้ วันต่อมา ระเบิดสองลูกที่วางไว้ในตลาดกลางแจ้งใจกลางกรุงแบกแดดระเบิดขึ้นประมาณเที่ยงวัน ทำให้มีผู้เสียชีวิต 6 คนและบาดเจ็บ 32 คน ระเบิดรถยนต์และระเบิดริมถนนถูกจุดชนวนห่างกัน 5 นาทีในตลาด ซึ่งอยู่ในพื้นที่ใกล้กับศูนย์กลางการค้าหลักของแบกแดด กองทัพสหรัฐฯ กล่าวว่าได้ตั้งรางวัล 50,000 ดอลลาร์สำหรับผู้ที่ช่วยค้นหาทหารอเมริกันที่ถูกลักพาตัวในแบกแดดอาห์เหม็ด อัล-ตาอี อายุ 42 ปี พลทหารสำรอง ถูกลักพาตัวเมื่อวันที่ 23 ตุลาคม ขณะออกจากเขตกรีนโซนซึ่งเป็นพื้นที่ที่มีการรักษาความปลอดภัยอย่างเข้มงวดและเป็นที่ตั้งสำนักงานใหญ่ของสหรัฐฯ เพื่อไปเยี่ยมภรรยาและครอบครัวชาวอิรักของเขา

เมื่อวันที่ 12 พฤศจิกายน 2549 มือระเบิดฆ่าตัวตายสังหารชาวอิรัก 40 คนและบาดเจ็บ 70 คน นอกศูนย์รับสมัครของสำนักงานใหญ่ตำรวจแห่งชาติในกรุงแบกแดดฝั่งตะวันตก เจ้าหน้าที่ตำรวจฉุกเฉินกล่าว พวกเขาเป็นหนึ่งในชายหลายสิบคนที่รอเข้าร่วมกองกำลังตำรวจในเขตกาเดสซิยา เมื่อมือระเบิดฆ่าตัวตายจุดระเบิดเข็มขัดระเบิด ในใจกลางกรุงแบกแดด ระเบิดรถยนต์และระเบิดริมถนนคร่าชีวิตพลเรือนชาวอิรัก 4 คนและบาดเจ็บ 10 คน ใกล้กับอาคารกระทรวงมหาดไทย และในเขตคาราดา ใจกลางกรุงแบกแดด ชาวอิรัก 1 คนเสียชีวิตและ 5 คนได้รับบาดเจ็บเมื่อระเบิดรถยนต์ระเบิดใกล้ตลาดกลางแจ้งในเช้าวันที่ 12 พฤศจิกายน 2549 มือปืนยิงเจ้าหน้าที่อิรักที่ใช้ระบบข่าวกรองใหม่ของอิรักเสียชีวิตขณะที่เขากำลังเดินไปที่รถที่จอดอยู่ของเขาในย่านบายา ทางตะวันตกเฉียงใต้ของกรุงแบกแดด พลเรือน 2 คนเสียชีวิตและอีก 4 คนได้รับบาดเจ็บเมื่อระเบิดริมถนนโจมตีรถยนต์ในย่านซายูนา ทางตะวันออกของกรุงแบกแดด^{[ 42 ]}

9 พฤศจิกายน 2549 ^{[ 41 ]}

• สุไวย์เราะห์: พบศพ 4 ศพใน แม่น้ำ ไทกริสโดย 3 ศพสวมเครื่องแบบตำรวจ
• อามาราห์ : เหตุระเบิดริมถนนในอามาราห์ ทำให้มีผู้เสียชีวิต 1 ราย และบาดเจ็บอีก 3 ราย นอกจากนี้ กลุ่มมือปืนยังยิงสังหารอดีตสมาชิกกลุ่มติดอาวุธเฟดาเยน ที่ต้องสงสัยอีกด้วย
• มุคดาดิยะห์ : กลุ่มมือปืนบุกโจมตีโรงเรียนประถมและสังหาร 3 ราย ได้แก่ ยาม ตำรวจ และนักเรียน
• ตาล อาฟาร์ : เหตุระเบิดริมถนนในตาล อาฟาร์ ทำให้มีผู้เสียชีวิต 4 ราย รวมทั้งตำรวจ 1 นาย และบาดเจ็บอีก 8 ราย ก่อนหน้านี้ ตำรวจ 2 นายเสียชีวิต และพลเรือน 4 คนได้รับบาดเจ็บ จากเหตุจรวดตกในย่านที่อยู่อาศัย
• โมซูล : มีผู้เสียชีวิตจากการถูกยิง 6 ราย รวมถึงตำรวจ 1 นาย
• ลาติฟียา : พบศพ 4 ศพ ถูกมัดและปิดปากไว้
• บาคุบาห์ : มีผู้เสียชีวิต 8 รายจากเหตุการณ์ต่างๆ

11 พฤศจิกายน 2549 ^{[ 43 ]}

• ลาติฟียา : กลุ่มมือปืนสังหารคนขับรถบรรทุกและลักพาตัวชาวอิรัก 11 คน หลังจากสกัดรถสี่คันที่ด่านตรวจปลอมทางตอนใต้ของเมืองหลวง ที่ด่านตรวจปลอมในลาติฟียา ซึ่งอยู่ห่างจากแบกแดดไปทางใต้ประมาณ 25 ไมล์ (40 กิโลเมตร) กลุ่มมือปืนได้ยึดรถสี่คัน—รถตู้สามคันและรถบรรทุกหนึ่งคัน—พร้อมกับชาวอิรักที่ถูกลักพาตัว ชาวอิรักเหล่านั้น—ชาย 11 คนและหญิง 3 คน—กำลังขับรถจากดิวันิยาไปยังแบกแดดเพื่อซื้อของเมื่อพวกเขาถูกสกัด กลุ่มมือปืนปล่อยหญิงสามคนไว้และลักพาตัวชาย 11 คน เจ้าหน้าที่กล่าว
• บาคุบาห์ : ทางเหนือของเมืองหลวง ใกล้กับเมืองบาคุบาห์ เกิดเหตุระเบิดฆ่าตัวตายด้วยรถยนต์ ทำให้มีผู้เสียชีวิต 2 ราย ที่ประตูหลักของสถานีตำรวจในเมืองซาฆานยา

แม้ว่าซัดดัม ฮุสเซนจะถูกกล่าวหาว่ามีความเชื่อมโยงกับสมาชิกอัล-เคดา แต่ก็มีเพียงสมาชิกอัล-เคดาจำนวนเล็กน้อยเท่านั้นที่ถูกพบว่าซ่อนตัวอยู่ในอิรักก่อนการรุกราน และทั้งหมดล้วนเป็นสมาชิกที่มีตำแหน่งต่ำกว่า

เมื่อวันที่ 3 กันยายน 2549 อิรักประกาศว่าได้จับกุมผู้นำระดับสูงอันดับสองของกลุ่ม อัล-เคดาในประเทศได้แล้ว ซึ่งถือเป็นการ"สร้างความเสียหายอย่างหนัก" ให้กับองค์กรที่กองทัพสหรัฐฯ กล่าวว่ากำลังแพร่กระจายความรุนแรงทางศาสนาซึ่งอาจนำไปสู่สงครามกลางเมือง ที่ปรึกษาด้านความมั่นคงแห่งชาติ โมวัฟฟัก อัล-รูไบอี ได้เรียกผู้สื่อข่าวมาแถลงข่าวอย่างเร่งด่วนเพื่อประกาศว่า ฮามิด จูมา ฟาริส อัล-ซูไอดี ผู้นำกลุ่มอัล-เคดา ถูกจับกุมตัวได้เมื่อหลายวันก่อน ซูไอดี ซึ่งก่อนหน้านี้ไม่ค่อยมีใครได้ยินชื่อ และรู้จักกันในชื่อ อบู ฮูมาม หรือ อบู รานา ถูกจับได้ขณะซ่อนตัวอยู่ในอาคารกับกลุ่มผู้ติดตาม รูไบอีกล่าวว่า "อัล-เคดาในอิรักได้รับความเสียหายอย่างหนัก" เขากล่าวว่าซูไอดีมีส่วนเกี่ยวข้องในการสั่งการวางระเบิดศาลเจ้าชีอะห์ในเมืองซามาร์ราเมื่อเดือนกุมภาพันธ์ 2549 ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของการสังหารหมู่ตอบโต้กันไปมาที่กำลังคุกคามสงครามกลางเมือง เจ้าหน้าที่อิรักกล่าวโทษกลุ่มอัล-เคดาว่าเป็นผู้ก่อเหตุโจมตีครั้งนี้ แต่กลุ่มอัล-เคดาปฏิเสธข้อกล่าวหาดังกล่าว รูไบอีไม่ได้ระบุสัญชาติของซูไอดี เขาบอกว่าซูไอดีถูกติดตามไปยังพื้นที่เดียวกันทางเหนือของแบกแดด ซึ่งเป็นพื้นที่ที่กองกำลังสหรัฐฯ สังหารอาบู มูซาบ อัล-ซาร์กาวี ผู้นำของอัล-เคดา ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2549 “เขาซ่อนตัวอยู่ในอาคารที่ครอบครัวอาศัยอยู่ เขาต้องการใช้เด็กและผู้หญิงเป็นโล่ห์มนุษย์” รูไบอีกล่าว ข้อมูลเกี่ยวกับซูไอดีที่เปิดเผยต่อสาธารณะมีน้อยมาก รูไบอีเรียกเขาว่าเป็นรองของอาบู อัยยูบ อัล-มาสรีบุคคลลึกลับ ซึ่งน่าจะเป็นชาวอียิปต์ที่เข้ามารับช่วงต่อกลุ่มอิสลามนิกายซุนนีจากซาร์กาวี^{[ 44 ]}

กองทัพสหรัฐฯ ระบุว่าอัล-เคดาเป็น "ผู้ยุยงหลัก" ของความรุนแรงระหว่าง ชนกลุ่มน้อย ซุนนีและ ชนกลุ่มใหญ่ ชีอะห์ใน อิรัก แต่ปฏิบัติการของสหรัฐฯ และอิรักได้ "ขัดขวาง" อย่างรุนแรง^{[ 44 ]}

พิธีส่งมอบอำนาจในวันที่ 2 กันยายน 2549 ถูกเลื่อนออกไปในนาทีสุดท้าย ครั้งแรกเป็นวันที่ 3 กันยายน 2549 จากนั้นก็เลื่อนออกไปอย่างไม่มีกำหนด หลังจากเกิดข้อพิพาทระหว่างรัฐบาลและวอชิงตันเกี่ยวกับถ้อยคำในเอกสารที่ระบุถึงความสัมพันธ์ในการทำงานใหม่ของกองทัพทั้งสองฝ่าย แหล่งข่าวจากรัฐบาลอิรักกล่าวว่า "มีข้อพิพาทบางประการ เราต้องการการควบคุมอย่างทั่วถึงและอิสระในการตัดสินใจอย่างเป็นอิสระ" โฆษกของสหรัฐฯ พันโทแบร์รี จอห์นสัน ลดความสำคัญของข้อโต้แย้งใดๆ และคาดว่าจะมีการลงนามในเร็วๆ นี้ โดยกล่าวว่า "มันน่าอับอาย แต่ได้ตัดสินใจแล้วว่าการไม่ลงนามในเอกสารจะดีกว่า" ในทางปฏิบัติ กองทัพสหรัฐฯ ยังคงเป็นกำลังหลัก รถถังของพวกเขาเข้าสู่เมืองดิวันิยา ทางตอนใต้ซึ่งเป็นเมืองของชาวชีอะห์ ในวันที่ 3 กันยายน 2549 การแสดงแสนยานุภาพเกิดขึ้นหนึ่งสัปดาห์หลังจากที่กองกำลังติดอาวุธชาวชีอะห์สังหารทหารอิรัก 20 นายในการต่อสู้ที่เน้นให้เห็นถึงการต่อสู้แย่งชิงอำนาจอย่างรุนแรงระหว่างกลุ่มชีอะห์ที่เป็นคู่แข่งกันในภาคใต้ที่อุดมไปด้วยน้ำมัน^{[ 44 ]}

เมื่อวันที่ 2 กันยายน พ.ศ. 2549 เรือนจำอาบู กรายบ์ได้ถูกส่งมอบให้กับรัฐบาลอิรักอย่างเป็นทางการ การส่งมอบอย่างเป็นทางการนี้ดำเนินการโดยพลโทแจ็ค การ์ดเนอร์ผู้บัญชาการกองกำลังเฉพาะกิจที่ 134 และตัวแทนจากกระทรวงยุติธรรมและกองทัพอิรัก^{[ 45 ]}

เมื่อวันที่ 7 กันยายน พ.ศ. 2549 นายกรัฐมนตรีนูรี อัล-มาลิกีได้ลงนามในเอกสารรับอำนาจควบคุมกองทัพเรือและกองทัพอากาศขนาดเล็กของอิรัก และกองพลทหารราบที่ 8 ของอิรักซึ่งตั้งอยู่ทางตอนใต้ ในพิธีที่จัดขึ้นเพื่อเป็นการระลึกถึงเหตุการณ์ดังกล่าว พลเอกจอร์จ เคซีย์ผู้บัญชาการสูงสุดของสหรัฐฯ ในอิรัก ได้กล่าวว่า "นับจากวันนี้เป็นต้นไป ความรับผิดชอบทางทหารของอิรักจะถูกกำหนดและนำโดยชาวอิรักมากขึ้นเรื่อยๆ" ก่อนหน้านี้กองกำลังผสมนานาชาติ – อิรักที่นำโดยสหรัฐฯ และบัญชาการโดยเคซีย์ ได้ออกคำสั่งแก่กองกำลังติดอาวุธของอิรักผ่านทางกองบัญชาการร่วมและสายการบังคับบัญชาของสหรัฐฯ-อิรัก หลังจากการส่งมอบอำนาจ สายการบังคับบัญชาจะไหลโดยตรงจากนายกรัฐมนตรีในฐานะผู้บัญชาการสูงสุดของอิรัก ผ่านกระทรวงกลาโหมไปยังกองบัญชาการกองกำลังร่วมอิรักจากนั้น คำสั่งจะไปยังหน่วยอิรักในพื้นที่ กองพลอิรักอีก 9 กองพลยังคงอยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของสหรัฐฯ โดยอำนาจจะถูกถ่ายโอนอย่างค่อยเป็นค่อยไป เจ้าหน้าที่ทหารของสหรัฐฯ กล่าวว่าไม่มีกำหนดเวลาที่เฉพาะเจาะจงสำหรับการเปลี่ยนผ่าน^{[ 46 ]}

เมื่อวันที่ 11 กันยายน พ.ศ. 2549 ปรากฏว่าพันเอกปีเตอร์ เดฟลิน หัวหน้าหน่วยข่าวกรองของนาวิกโยธินในอิรัก ได้ยื่นรายงานลับ ซึ่งผู้ที่ได้เห็นรายงานดังกล่าวระบุว่า สหรัฐฯ และรัฐบาลอิรักพ่ายแพ้ทางการเมืองในจังหวัดอันบาร์ตามรายงานของวอชิงตันโพสต์แหล่งข่าวจากกระทรวงกลาโหมที่ไม่เปิดเผยชื่อระบุว่า เดฟลินกล่าวว่า "ไม่มีสถาบันรัฐบาลอิรักที่ทำงานได้ในจังหวัดอันบาร์ ทำให้เกิดสุญญากาศซึ่งถูกเติมเต็มโดยกลุ่มกบฏอัล-เคดาในอิรัก ซึ่งกลายเป็นพลังทางการเมืองที่สำคัญที่สุดของจังหวัด" วอชิงตันโพสต์กล่าวว่า เดฟลินเป็นเจ้าหน้าที่ข่าวกรองที่มีประสบการณ์มาก และรายงานของเขากำลังได้รับการพิจารณาอย่างจริงจัง^{[ 47 ]}

วันต่อมา พลตรีริชาร์ด ซิลเมอร์ ผู้บัญชาการนาวิกโยธินในอิรัก กล่าวว่า "เรากำลังชนะสงครามนี้... ผมไม่เคยได้ยินการพูดคุยใดๆ เกี่ยวกับการแพ้สงครามมาก่อนเลยจนกระทั่งสุดสัปดาห์นี้" ^{[ 48 ]}

ในฤดูใบไม้ร่วงปี 2006 ชนเผ่าอิรักหลายเผ่าใกล้เมืองรามาดี นำโดยชีคอับดุล ซัตตาร์ อาบู ริชาได้ก่อการจลาจลต่อต้านกลุ่มกบฏต่างๆ ที่มีพันธมิตรกับอัลเคด้าในอิรัก พวกเขารวมตัวกันก่อตั้งขบวนการตื่นตัวแห่งอันบาร์ (Anbar Awakening)และช่วยพลิกสถานการณ์ให้เป็นประโยชน์ต่อกองทัพสหรัฐฯ

อีกสองจังหวัดถูกโอนไปอยู่ภายใต้การควบคุมของรัฐบาลระดับจังหวัดของอิรักในช่วงปลายปี 2549

เมื่อวันที่ 21 กันยายน พ.ศ. 2549 กองทัพอิตาลีได้ส่งมอบการควบคุมความปลอดภัยของ จังหวัด Dhi Qar ให้แก่กองกำลังอิรัก ทำให้ Dhi Qar เป็นจังหวัดที่สองจาก ทั้งหมด18 จังหวัดของประเทศที่อยู่ภายใต้การควบคุมของท้องถิ่นอย่างสมบูรณ์ พิธีส่งมอบได้จัดขึ้นที่Nasiriyah ^{[ 49 ]}

เมื่อวันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ. 2549 กองกำลังสหรัฐฯ ได้ส่งมอบการควบคุมจังหวัดนาจาฟ ทางตอนใต้ ให้กับกองกำลังรักษาความปลอดภัยของอิรัก^{[ 50 ]}

ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2550 ประธานาธิบดีจอร์จ ดับเบิลยู. บุช แห่งสหรัฐอเมริกาประกาศ"เพิ่มกำลัง"ของจำนวนทหารสหรัฐที่ประจำการในประเทศ^{[ 51 ]}นอกจากนี้ ในช่วงต้นปี พ.ศ. 2550 กองกำลังชนเผ่าสหรัฐและอิรักได้เข้าควบคุมเมืองรามดี รวมทั้งเมืองอื่นๆ เช่นฮิตฮาดิธารุตบะห์และอัลไกม์

ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2550 มีรายงานว่าสหรัฐอเมริกาได้เริ่มสร้าง "ฐานทัพถาวร" จำนวน 14 แห่ง โดยในขณะนั้นยังไม่มีการตั้งชื่อฐานทัพ 4 แห่ง ส่วนอีก 10 แห่งที่เหลือมีรายงานว่าเป็น Green Zone ในแบกแดด, Camp Anaconda ที่ฐานทัพอากาศ Balad , Camp Tajiใน Taji, Camp Falcon-Al-Sarq ในแบกแดด, Post Freedom ในโมซุล, Camp Victory-Al Nasr ที่สนามบินแบกแดด, Camp Marez ที่สนามบินโมซุล, Camp Renegade ใน Kirkuk, Camp Speicherใน Tikrit และ Camp Fallujah ^{[ 52 ]}ฐานทัพอากาศขนาดใหญ่ของอิรักเดิมอื่นๆ ที่มีการขยายและใช้งานโดยชาวอเมริกันเป็นจำนวนมาก ได้แก่ฐานทัพอากาศ Al-Asadทางตะวันตก, ฐานทัพอากาศ Tallilทางใต้ และal-Qayyarahทางเหนือ^{[ 53 ]}

ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2550 รัฐสภาอิรักเรียกร้องให้สหรัฐอเมริกากำหนดตารางเวลาสำหรับการถอนกำลัง^{[ 54 ]}และพันธมิตรของสหรัฐฯ เช่น สหราชอาณาจักรและเดนมาร์ก เริ่มถอนกำลังทหารออกจากประเทศ^{[ 55 ] [ 56 ]}ในช่วงฤดูร้อน สหรัฐฯ หันความสนใจไปที่อันบาร์ตะวันออกและยึดเมืองฟัลลูจาห์และอัล-คาร์มาห์ได้สำเร็จ

เพื่อเป็นการเฉลิมฉลองชัยชนะ ประธานาธิบดีจอร์จ ดับเบิลยู. บุชได้เดินทางไปยังอันบาร์ในเดือนสิงหาคม ปี 2007 เพื่อแสดงความยินดีกับชีค ซัตตาร์ และผู้นำชนเผ่าคนอื่นๆ

อิรักกลายเป็นหนึ่งในผู้ซื้ออุปกรณ์ทางทหารของสหรัฐฯ รายใหญ่ที่สุดในปัจจุบัน โดยกองทัพอิรักได้เปลี่ยนปืนไรเฟิลจู่โจมAK-47 เป็นปืนไรเฟิล M16และM4ของสหรัฐฯ ที่มีความแม่นยำกว่ารวมถึงอุปกรณ์อื่นๆ อีกด้วย^{[ 57 ]}

อิรักต้องการ เครื่องบิน F-16 จำนวน 36 ลำ ซึ่งเป็นระบบอาวุธที่ทันสมัยที่สุดที่อิรักเคยพยายามซื้อ กระทรวงกลาโหมแจ้งต่อสภาคองเกรสว่าได้อนุมัติการขายเฮลิคอปเตอร์โจมตีของอเมริกาจำนวน 24 ลำให้กับอิรัก ซึ่งมีมูลค่าสูงถึง 2.4 พันล้านดอลลาร์ รวมทั้งเฮลิคอปเตอร์ อิรักประกาศแผนการที่จะซื้อรถถังและยานเกราะ เครื่องบินขนส่ง และอุปกรณ์และบริการในสนามรบอื่นๆ จากสหรัฐฯ มูลค่าอย่างน้อย 10 พันล้านดอลลาร์ ในช่วงฤดูร้อน กระทรวงกลาโหมประกาศว่ารัฐบาลอิรักต้องการสั่งซื้อยานเกราะและอุปกรณ์อื่นๆ มากกว่า 400 คัน มูลค่าสูงถึง 3 พันล้านดอลลาร์ และเครื่องบินขนส่ง C-130J จำนวน 6 ลำ มูลค่าสูงถึง 1.5 พันล้านดอลลาร์^{[ 58 ]}

ในปี พ.ศ. 2551 อิรักคิดเป็นมูลค่ามากกว่า 12.5 พันล้านดอลลาร์จากยอดขายอาวุธของสหรัฐฯ มูลค่า 34 พันล้านดอลลาร์ให้กับต่างประเทศ (ไม่รวมเครื่องบินรบ F-16 ที่อาจเกิดขึ้น) ^{[ 59 ]}

ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2551 นักการทูตสหรัฐฯ เริ่มย้ายเข้าไปในสถานทูตแห่งใหม่^{[ 60 ]}รัฐบาลอิรักได้โอนที่ดินข้างแม่น้ำไทกริสในกรุงแบกแดดเพื่อสร้างสถานทูตสหรัฐฯ แห่งใหม่ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2547 อาคารแห่งใหม่นี้จะเป็นสถานทูตที่ใหญ่ที่สุดในโลก มีประชากรเทียบเท่าเมืองเล็กๆ มีกองกำลังป้องกันตนเอง มีไฟฟ้าและน้ำประปาเป็นของตัวเอง รายละเอียดบางส่วนของสถานทูตมีอยู่ใน รายงานของ คณะกรรมการความสัมพันธ์ต่างประเทศของวุฒิสภาสหรัฐฯแม้ว่ารายละเอียดอื่นๆ อีกมากมายต้องใช้เวลาหลายปีกว่าจะปรากฏออกมา^{[ 61 ]}

รองประธานาธิบดีสหรัฐฯโจ ไบเดนเดินทางเยือนแบกแดดเป็นครั้งที่สองในรอบสองเดือนในเดือนกันยายน พ.ศ. 2552 และได้พบกับนายกรัฐมนตรีนูรี อัล-มาลิกีแม้ว่ากลุ่มกบฏจะยิงปืนครกและจรวดใส่เขตกรีนโซนเพื่อประท้วงการปรากฏตัวของเขา แม้ว่าจะกล่าวกันว่าอยู่ใน "โหมดรับฟัง" ไบเดนได้หารือเกี่ยวกับประเด็นความมั่นคง การปรองดองทางการเมือง และการลงทุนจากต่างประเทศในเศรษฐกิจที่ร่ำรวยน้ำมันแต่กำลังอ่อนแอของอิรักกับผู้นำต่างๆ ในเมืองหลวงและภูมิภาคเคิร์ด ของ อิรัก^{[ 62 ]} "เราจะดำเนินการต่อไปในด้านอื่นๆ ของข้อตกลงด้านความมั่นคงของเราด้วยการถอนกองพลรบของสหรัฐฯ ทั้งหมดออกจากอิรักภายในสิ้นเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2553 และกองกำลังสหรัฐฯ ที่เหลือทั้งหมดภายในสิ้นปี พ.ศ. 2554" ไบเดนกล่าว^{[ 63 ]}

ในช่วงปี 2009 กองทหารออสเตรเลีย เอสโตเนีย เอลซัลวาดอร์ และโรมาเนียชุดสุดท้ายได้ถอนตัวออกจากอิรัก พันธมิตรของสหรัฐฯ ที่ยังคงอยู่ในอิรักมีเพียงสหราชอาณาจักรเท่านั้น

เมื่อวันที่ 18 สิงหาคม 2553 มีรายงานว่ากองกำลังรบของสหรัฐฯ ชุดสุดท้ายได้ข้ามพรมแดนเข้าสู่คูเวตแล้ว โดยเป็นขบวนรถสุดท้ายของกองพันรบที่ 4 สไตรเกอร์ของกองทัพบกสหรัฐฯ ที่ออกจากอิรัก โฆษกกระทรวงการต่างประเทศสหรัฐฯ พีเจ โครว์ลีย์ กล่าวกับสื่อว่า การถอนกำลังครั้งนี้เป็น "ช่วงเวลาทางประวัติศาสตร์" แต่ก็ระบุว่า การประจำการของสหรัฐฯ ในอิรักจะยังคงดำเนินต่อไป การถอนกำลังรบครั้งนี้เกิดขึ้นก่อนกำหนดเส้นตายที่ประกาศไว้ในวันที่ 31 สิงหาคมเกือบสองสัปดาห์

ในแถลงการณ์ที่เผยแพร่ ประธานาธิบดีโอบามาของสหรัฐฯ กล่าวถึงทหารที่ถอนกำลังออกไปว่า "ผมหวังว่าพวกคุณจะร่วมกับผมในการขอบคุณพวกเขา และทหารและครอบครัวทหารทั้งหมดของเรา สำหรับการรับใช้ชาติ" เขากล่าวเสริมว่าเหตุการณ์นี้เป็น "เหตุการณ์สำคัญในสงครามอิรัก" ^{[ 64 ]}

ปฏิบัติการอิรักเสรี (Operation Iraqi Freedom) ถูกประกาศ ปิดลงเมื่อวันที่ 31 สิงหาคม โอบามากล่าวในการปราศรัยต่อประชาชนว่า "ถึงเวลาที่จะพลิกหน้าใหม่แล้ว" ปฏิบัติการในอิรักจึงถูกเปลี่ยนชื่อเป็น " รุ่งอรุณใหม่" ( New Dawn )

ณ เดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2554 สหรัฐอเมริกาเป็นประเทศเดียวที่มีกองกำลังทหารประจำการอยู่ในอิรัก ประเทศอื่นๆ ก็มีเช่นกัน แต่อยู่ภายใต้ธงของสหประชาชาติ^{[ 65 ]}

ณ เดือนกันยายน พ.ศ. 2549 มีทหารสหรัฐฯ ประมาณ 145,000 นายในอิรัก^{[ 66 ]}นอกจากนี้ยังมีผู้รับเหมารักษาความปลอดภัยเอกชนประมาณ 20,000 คนจากหลากหลายสัญชาติภายใต้นายจ้างต่างๆ

เมื่อวันที่ 11 ตุลาคม พ.ศ. 2545 นายซัลไม คาลิลซาดที่ปรึกษาอาวุโสของประธานาธิบดีบุชเกี่ยวกับตะวันออกกลางได้เปิดเผยแผนการของรัฐบาลสหรัฐฯ ในการจัดตั้งรัฐบาลทหารที่นำโดยสหรัฐฯ ในอิรัก เช่นเดียวกับในเยอรมนีและญี่ปุ่นหลังสงคราม ซึ่งอาจคงอยู่เป็นเวลาหลายปีหลังจากการล่มสลายของซัดดัม^{[ 67 ]}ในช่วงก่อนการรุกราน สหรัฐฯ สัญญาว่าจะมีการเปลี่ยนผ่านอย่างรวดเร็วไปสู่รัฐบาลประชาธิปไตย รวมถึงการจัดทำรัฐธรรมนูญของอิรัก และบทบาทที่แข็งขันของชาวอิรักในการจัดตั้งหน่วยงานชั่วคราวและรัฐบาลใหม่ เจ้าหน้าที่สหรัฐฯ ยังคงเน้นย้ำว่าการรุกรานไม่ได้เกี่ยวกับการยึดครองในระยะยาว แต่เกี่ยวกับการปลดปล่อย

ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2546 พอล เบรเมอร์ประกาศแผนการที่จะมอบอำนาจอธิปไตยบางส่วนให้แก่สภาปกครองอิรักภายในวันที่ 30 มิถุนายน พ.ศ. 2547 ร่างรัฐธรรมนูญได้รับการร่างและอนุมัติโดยสภาปกครองอิรักในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2547 สหรัฐอเมริการะบุแผนการที่จะทำข้อตกลงด้านความมั่นคงกับรัฐบาลอิรักชุดใหม่ และคงอำนาจทางทหารไว้จนกว่าจะมีการจัดตั้งกองทัพอิรักชุดใหม่ รัฐบาลบุชยังคงยึดมั่นในข้อตกลงนี้แม้ว่าสถานการณ์ด้านความมั่นคงจะไม่มั่นคงก็ตาม รัฐบาลอิรักชั่วคราวได้รับการแต่งตั้งในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2547 ซึ่งในขณะนั้นสภาปกครองอิรักถูกยุบ แม้ว่าจะมีส่วนที่ทับซ้อนกันอย่างมากระหว่างสององค์กรปกครองก็ตาม

หน่วยงานบริหารชั่วคราวของพันธมิตรที่นำโดยสหรัฐฯได้แบ่งอิรักออกเป็น 4 เขตความมั่นคงเพื่อวัตถุประสงค์ในการบริหาร (ดูแผนที่): เขตเหนือใน ภูมิภาค โมซุล - เคอร์คุกเขตกลางในภูมิภาคแบกแดด- ติกริ ต เขตตอนกลางตอนใต้ใน ภูมิภาค คาร์บาลาและเขตใต้ใน ภูมิภาค บัสราเขตเหนือและเขตกลางมีกองกำลังทหารสหรัฐฯ ประจำการอยู่ ในขณะที่เขตตอนกลางตอนใต้มีกองพลนานาชาติภายใต้การบังคับบัญชาของโปแลนด์ประจำการอยู่ และเขตใต้มีกองพลนานาชาติภายใต้การบังคับบัญชาของอังกฤษประจำการอยู่^{[ 68 ]}

ในช่วงเดือนแรก ๆ ของการยึดครอง การปล้นสะดมและการทำลายทรัพย์สินทำให้การฟื้นฟูบริการพื้นฐาน เช่น น้ำ ไฟฟ้า และสุขอนามัย เป็นไปอย่างล่าช้า ภายในฤดูใบไม้ผลิปี 2547 บริการเหล่านี้ส่วนใหญ่ได้รับการฟื้นฟูให้กลับสู่ระดับก่อนสงครามแล้ว การกระจายพลังงานที่ไม่สม่ำเสมอยังคงเป็นปัญหาตลอดปี 2547 โดยพื้นที่แบกแดดยังคงมีไฟฟ้าดับเป็นระยะ^{[ 69 ]}เมื่อวันที่ 28 กรกฎาคม 2548 รัฐมนตรีว่าการกระทรวงไฟฟ้าของอิรักประกาศว่าปริมาณไฟฟ้าของอิรักเพิ่มขึ้นสูงกว่าระดับก่อนสงครามแล้ว^{[ 70 ]}

มีการกล่าวหามากมายเกี่ยวกับการละเมิดสิทธิมนุษยชนโดยกองกำลังยึดครองในอิรักหลังการรุกราน หนึ่งในข้อกล่าวหาที่สำคัญที่สุดคือ เรื่อง อื้อฉาวเกี่ยวกับการทรมานและการละเมิดนักโทษที่เรือนจำอาบู กรายบ์ซึ่งทหารอเมริกัน 11 นายจากกองร้อยตำรวจทหารที่ 372 ถูกตัดสินว่ามีความผิดในปี 2548 ใน ข้อหาอาชญากรรมสงครามหลายกระทงจากการปฏิบัติอย่างไม่เหมาะสมต่อนักโทษชาวอิรัก ฝ่ายบริหารของบุชปฏิเสธว่าการละเมิดดังกล่าวเป็นตัวบ่งชี้ถึงนโยบายทางทหารของสหรัฐฯ ในอิรัก^{[ 71 ] [ 72 ]}

อดีต สมาชิก พรรคบาธและเจ้าหน้าที่ทหารที่ไม่มีประวัติอาชญากรรมหรือการละเมิดสิทธิมนุษยชนได้รับอนุญาตให้กลับเข้ารับตำแหน่งในรัฐบาล^{[ 73 ]}

สำหรับการบูรณะซ่อมแซม มีการมอบสัญญาให้กับบริษัทเอกชน ในตอนแรก บริษัทจากประเทศที่ต่อต้านสงครามถูกยกเว้นจากสัญญาเหล่านี้ แต่การตัดสินใจนี้ถูกพลิกกลับเนื่องจากการประท้วง^{[ 74 ]}นักเคลื่อนไหวทางการเมืองและนักวิจารณ์กล่าวหาว่าเพนตาก อน ให้ความสำคัญกับบริษัทอย่างฮัลลิเบอร์ตันซึ่งเป็นอดีตนายจ้างของรองประธานาธิบดีดิก เชนีย์เนื่องจากบริษัทเหล่านี้มีความเชื่อมโยงกับสมาชิกระดับสูงของรัฐบาลบุช^{[ 75 ] [ 76 ]}ข้อสงสัยนี้เป็นความกังวลอยู่แล้วในช่วงที่มีการประท้วงทั่วโลกต่อต้านสงครามในอิรักการตรวจสอบพบว่าบริษัทในเครือของฮัลลิเบอร์ตันอย่างเคลล็อก บราวน์ แอนด์ รูท (KBR) อาจเรียกเก็บเงินจากรัฐบาลสหรัฐฯ เกินไป 61 ล้านดอลลาร์ ในสัญญามูลค่าหลายพันล้านดอลลาร์ สำหรับการนำผลิตภัณฑ์น้ำมันสำหรับกองทัพสหรัฐฯ เข้าสู่อิรักผ่าน ผู้รับเหมาช่วงชาว คูเวตบริษัท อัลตันเมีย คอมเมอร์เชียล มาร์เก็ตติ้ง จำกัด^{[ 77 ]}

บางคนยังโต้แย้งว่าผู้รับเหมาต่างชาติกำลังทำงานที่ชาวอิรักที่ว่างงานสามารถทำได้ ซึ่งอาจเป็นปัจจัยที่ทำให้เกิดความไม่พอใจต่อการยึดครอง^{[ 78 ] [ 79 ] [ 80 ]} ความไม่พอใจอาจทวีความรุนแรงขึ้นอีกเมื่อมีข่าวว่ารายได้จาก น้ำมันของอิรักเกือบ 9 พันล้านดอลลาร์สหรัฐหายไปจากกองทุนที่จัดตั้งขึ้นเพื่อฟื้นฟูอิรัก^{[ 81 ]}

เมื่อวันที่ 14 สิงหาคม พ.ศ. 2548 บทความในวอชิงตันโพสต์^{[ 82 ]}เกี่ยวกับความพยายามของรัฐบาลในการลดความคาดหวัง ได้อ้างคำพูดของเวย์น ไวท์ อดีตหัวหน้าทีมข่าวกรองอิรักของกระทรวงการต่างประเทศว่า "ความคาดหวังที่พังทลายอย่างสิ้นเชิงที่สุดคือความสามารถในการสร้างเศรษฐกิจที่แข็งแกร่งและยั่งยืนด้วยตนเอง เรายังห่างไกลจากจุดนั้นมาก อุตสาหกรรมของรัฐและไฟฟ้าล้วนต่ำกว่าที่เคยเป็นมาก่อนที่เราจะเข้ามา"

รายงานของ ผู้ตรวจการพิเศษแห่งสหรัฐอเมริกา สำหรับการบูรณะอิรัก พบว่ามีการ "ฉ้อโกง ความไร้ความสามารถ และความสับสน" อย่างแพร่หลายในการจัดการเงินหลายพันล้านดอลลาร์ของรัฐบาลอิรักและเงินทุนของอเมริกาที่มอบให้เพื่อการบูรณะโดยกองทัพสหรัฐฯ ผู้ตรวจการทั่วไปสจวร์ต โบเวน จูเนียร์ตั้งข้อสังเกตว่าโครงการที่เกี่ยวข้องกับน้ำและสุขาภิบาลที่วางแผนไว้ 136 โครงการ จะมีเพียง 49 โครงการเท่านั้นที่จะแล้วเสร็จ^{[ 83 ]}

ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2550 หนังสือพิมพ์นิวยอร์กไทมส์รายงานว่า ผู้ตรวจสอบการกำกับดูแลของรัฐบาลกลางสหรัฐฯ พบว่า "จากการสุ่มตัวอย่างโครงการ 8 โครงการที่สหรัฐฯ ประกาศว่าประสบความสำเร็จ พบว่า 7 โครงการไม่สามารถใช้งานได้ตามที่ออกแบบไว้ เนื่องจากปัญหาด้านระบบประปาและไฟฟ้า การขาดการบำรุงรักษาที่เหมาะสม การปล้นสะดมที่เห็นได้ชัด และอุปกรณ์ราคาแพงที่ไม่ได้ใช้งาน สหรัฐฯ เคยยอมรับในบางครั้งว่า...โครงการบูรณะบางโครงการถูกทิ้งร้าง ล่าช้า หรือก่อสร้างอย่างไม่ดี แต่นี่เป็นครั้งแรกที่ผู้ตรวจสอบพบว่าโครงการที่ประกาศอย่างเป็นทางการว่าประสบความสำเร็จ—ในบางกรณี เพียงแค่ 6 เดือนก่อนการตรวจสอบครั้งล่าสุด—ไม่สามารถใช้งานได้อย่างถูกต้องอีกต่อไป" ^{[ 84 ]}

ในปี 2555 อิรักซื้อไฟฟ้าจากสหรัฐอาหรับเอมิเรตส์เนื่องจากชาวอิรักยังคงต้องทนกับการตัดกระแสไฟฟ้านานถึง 20 ชั่วโมงต่อวันในช่วงเวลาที่มีความต้องการสูงสุด^{[ 85 ]}ในขณะที่ระบบมหาวิทยาลัยของประเทศก็เป็นหนึ่งในระบบที่แย่ที่สุดในตะวันออกกลาง^{[ 86 ]}ในเดือนมิถุนายน เจ้าชายอับดุล อิลาห์ อัล กาซิม ทรงแสดงความคิดเห็นว่าการผลิตน้ำมันของอิรักอยู่ในระดับสูงสุดในรอบ 20 ปี อับดุล อิลาห์ ตรัสทางโทรศัพท์จากแบกแดดว่า "การผลิตน้ำมันเกิน 3.07 ล้านบาร์เรลในเดือนนี้ เมื่อเทียบกับ 2.92 ล้านบาร์เรลในเดือนพฤษภาคม ซึ่งประกาศในรายงานประจำเดือนของโอเปก" ^{[ 87 ]}

การจัดตั้งรัฐบาลพลเรือนใหม่ของอิรักนั้นมีความซับซ้อนเนื่องจากความแตกแยกทางศาสนาและการเมืองระหว่างประชากรชีอะห์ ส่วนใหญ่กับชาวอาหรับ สุหนี่ ซึ่งเคยเป็นผู้ปกครองมาก่อน ยิ่งไปกว่านั้น บุคคลจำนวนมากในพรรคบาธ ของซัดดัม ถูกมองว่าแปดเปื้อนจากการมีส่วนเกี่ยวข้องโดยบางฝ่าย ในภาคเหนือของอิรักชาวเคิร์ดได้ปกครองตนเองอย่างมีประสิทธิภาพมาแล้ว 12 ปีภายใต้การคุ้มครองของเขตห้ามบิน

เมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม 2546 เจ้าหน้าที่สหรัฐฯ ได้ยกเลิกแผนการที่จะมอบอำนาจให้แก่รัฐบาลพลเรือนชั่วคราวของอิรักที่มาจากการเลือกตั้งตามระบอบประชาธิปไตย (คล้ายกับสิ่งที่เกิดขึ้นในอัฟกานิสถานหลังจากการรุกรานของสหรัฐฯ ในปี 2544 ) และได้เสนอญัตติต่อสหประชาชาติเพื่อให้สหรัฐฯ และสหราชอาณาจักรมีอำนาจอย่างกว้างขวาง และยกเลิกมาตรการคว่ำบาตรทางเศรษฐกิจต่ออิรัก ทำให้ประเทศผู้ยึดครองมีอำนาจในการใช้ทรัพยากรน้ำมันเพื่อจ่ายค่าใช้จ่ายในการฟื้นฟูประเทศ การผ่านมติดังกล่าวทำให้พวกเขาสามารถแต่งตั้งรัฐบาลชั่วคราวได้ด้วยตนเอง

เมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม 2546 พอล เบรเมอร์ผู้ บริหารองค์การบริหารชั่วคราวของพันธมิตร ได้แต่งตั้งสภาปกครองอิรัก ขึ้น

เมื่อวันที่ 22 พฤษภาคม 2546 คณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติลงมติ 14 ต่อ 0 ให้สหรัฐอเมริกาและอังกฤษมีอำนาจปกครองอิรักและใช้ทรัพยากรน้ำมันเพื่อฟื้นฟูประเทศมติที่ 1483ยกเลิกมาตรการคว่ำบาตรทางเศรษฐกิจที่บังคับใช้มาเกือบ 13 ปี ซึ่งเดิมทีบังคับใช้หลังจากการรุกรานคูเวตของอิรักในปี 1990 มติดังกล่าวอนุญาตให้เลขาธิการสหประชาชาติโคฟี อันนันแต่งตั้งผู้แทนพิเศษเพื่อทำงานร่วมกับผู้บริหารของสหรัฐฯ และอังกฤษในด้านการฟื้นฟู การให้ความช่วยเหลือด้านมนุษยธรรม และการจัดตั้งรัฐบาลใหม่

มติดังกล่าวยังได้จัดตั้งกองทุนพัฒนาอิรักขึ้นซึ่งรวบรวมเงินทุนจากการขายน้ำมัน กองทุนนี้ดำเนินการโดยสหรัฐอเมริกาและอังกฤษในช่วงแรกเพื่อฟื้นฟูประเทศ และอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของคณะที่ปรึกษาชุดใหม่ที่ประกอบด้วยสหประชาชาติและสถาบันการเงินระหว่างประเทศ ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2547 หนังสือพิมพ์นิวยอร์กไทมส์รายงานว่าทางการอเมริกันใช้เงิน 2.5 พันล้านดอลลาร์จากรายได้น้ำมันของอิรัก แม้จะมีข้อตกลงว่ารายได้จากน้ำมันควรกันไว้ใช้หลังจากอิรักได้รับเอกราชคืนแล้วก็ตาม^{[ 88 ]}

เมื่อวันที่ 14 สิงหาคม 2546 คณะมนตรีความมั่นคงลงมติ 14 ต่อ 0 เสียง "ยินดี" ต่อการจัดตั้งสภาปกครองอิรักมติที่ 1500ไม่ได้ให้การรับรองอย่างเป็นทางการว่าสภาปกครองนี้เป็นองค์กรปกครองที่ถูกต้องตามกฎหมายของอิรัก แต่ระบุว่าเป็น "ก้าวสำคัญ" สู่การสร้างรัฐบาลที่มีอำนาจอธิปไตย

เป็นเวลาหลายเดือนที่สหรัฐอเมริกายืนยันว่าจะจัดการประชุมร่างรัฐธรรมนูญ ซึ่งประกอบด้วยบุคคลสำคัญในอิรัก อย่างไรก็ตาม ข้อเรียกร้องจากยุโรปให้จัดการเลือกตั้งก่อนกำหนด และ การยืนกรานของ อยาตอลลาห์อาลี อัล-ซิสตานีในที่สุดก็บีบให้สหรัฐอเมริกาต้องยอมให้สภาปกครองที่ได้รับการแต่งตั้งทำหน้าที่นี้แทน

ในช่วงเดือนแรก ๆ ของการยึดครอง มีการแต่งตั้งเจ้าหน้าที่ใหม่หลายตำแหน่งในระดับท้องถิ่นและระดับภูมิภาค (เช่น นายกเทศมนตรี ผู้ว่าราชการจังหวัด สภาท้องถิ่น) เจ้าหน้าที่เหล่านี้ถูกเลือกจากกลุ่มบุคคลที่ได้รับการคัดเลือก (รวมถึงอดีตเจ้าหน้าที่พรรคบาธ) เพื่อเร่งการกลับคืนสู่สภาวะปกติและหลีกเลี่ยงการเลือกตั้งบุคคลที่ต่อต้านการมีอยู่ของพันธมิตร นักบวชทางศาสนาและเจ้าหน้าที่อื่น ๆ บางคนถูกมองว่าหัวรุนแรงเกินไปหรือเป็นอันตราย ในบางครั้ง เจ้าหน้าที่ที่ได้รับการแต่งตั้งก็ประพฤติตนไม่น่าชื่นชม ในวันที่ 30 มิถุนายน 2546 นายกเทศมนตรีที่ได้รับการแต่งตั้งของเมืองนาจาฟถูกจับกุมในข้อหาทุจริต

ภายในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2547 การเลือกตั้งตามระบอบประชาธิปไตยภายใต้การกำกับดูแลของ CPA ได้จัดขึ้นในระดับเทศบาลและเมืองในบางจังหวัดทางภาคใต้และภาคเหนือแล้ว^{[ 89 ]}

เมื่อวันที่ 15 พฤศจิกายน สภาปกครองอิรักประกาศว่ารัฐบาลเฉพาะกาลจะเข้ารับตำแหน่งต่อจากกองกำลังที่นำโดยสหรัฐฯ ในเดือนมิถุนายน และรัฐบาลที่มาจากการเลือกตั้งจะตามมาภายในสิ้นปี 2548 เมื่อร่างและให้สัตยาบันรัฐธรรมนูญเสร็จสิ้น รัฐบาลเฉพาะกาลจะได้รับการคัดเลือกในเดือนมิถุนายน 2547 โดยสภาเฉพาะกาลที่จัดตั้งขึ้นในเดือนพฤษภาคม 2547

สภาปกครองเปิดเผยกำหนดการหลังจากที่รัฐบาลสหรัฐฯ ตอบโต้กิจกรรมก่อการร้ายและ กลุ่ม ติดอาวุธต่อกองกำลังที่เข้ายึดครองและองค์กรช่วยเหลือ โดยยกเลิกแผนเดิมที่ระบุว่ารัฐบาลที่มีอำนาจอธิปไตยจะเข้ารับตำแหน่งได้ก็ต่อเมื่อมีการร่างรัฐธรรมนูญและจัดการเลือกตั้งแล้วเท่านั้นจาลาล ทาลาบานีประธานสภา กล่าวว่า การเปลี่ยนผ่านนี้จะเกี่ยวข้องกับการ "ร่างรัฐธรรมนูญถาวรโดยสภาที่มาจากการเลือกตั้งโดยตรงจากประชาชน และการเลือกตั้งรัฐบาลใหม่ตามบทบัญญัติของรัฐธรรมนูญฉบับใหม่นี้ก่อนสิ้นปี 2548"

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2547 ได้มีการร่างรัฐธรรมนูญชั่วคราวขึ้น โดยใช้ชื่อว่ากฎหมายว่าด้วยการบริหารราชการแผ่นดินแห่งอิรักในช่วงเปลี่ยนผ่านเอกสารฉบับนี้เรียกร้องให้มีการจัดตั้งสภาแห่งชาติที่มาจากการเลือกตั้งภายในเดือนมกราคม พ.ศ. 2548 ประเด็นเรื่องกำหนดการเลือกตั้งกลายเป็นเรื่องสำคัญสำหรับอิรักและสหรัฐอเมริกา เพราะการเลือกตั้งที่รวดเร็วจะทำให้รัฐบาลอิรักมีความชอบธรรมและสร้างภาพลักษณ์ที่ดีต่อการยึดครองประเทศของสหรัฐฯ แต่ความเสี่ยงที่จะเกิดความรุนแรงทำให้การเลือกตั้งล่าช้าออกไป ในที่สุดก็กำหนดวันเลือกตั้งเป็นวันที่ 30 มกราคม พ.ศ. 2548 แม้ว่าประธานาธิบดีกาซี อัล-ยาวาร์จะขอให้สหประชาชาติพิจารณากำหนดการเลือกตั้งใหม่หลายสัปดาห์ก่อนการเลือกตั้ง แต่การเลือกตั้งสภานิติบัญญัติก็จัดขึ้นตามกำหนดเวลา ทำให้เกิดสภาแห่งชาติอิรักขึ้น

สภาที่มาจากการเลือกตั้งได้ร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่สำหรับอิรักและเสนอให้ประชาชนชาวอิรักพิจารณาในวันที่ 28 สิงหาคม ต่อมาในวันที่ 15 ตุลาคม ชาวอิรักได้ลงคะแนนเสียงอนุมัติรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ และ ในวันที่ 15 ธันวาคม ได้มีการจัดการ เลือกตั้งสภานิติบัญญัติครั้งแรกภายใต้รัฐธรรมนูญฉบับใหม่

ในการแถลงข่าวเมื่อวันที่ 1 มิถุนายน 2547 ประธานาธิบดีบุชกล่าวว่า เขากำลังทำงานร่วมกับผู้นำประเทศต่างๆ เพื่อร่าง มติ คณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติที่รับรองการเปลี่ยนผ่านจากการยึดครองที่อยู่ภายใต้การควบคุมของสหรัฐฯ ไปสู่การปกครองตนเองอย่างสมบูรณ์ของอิรัก ภายใต้มตินี้ กองกำลังพันธมิตรจะยังคงอยู่ในอิรักจนกว่ารัฐบาลใหม่จะสามารถสร้างความมั่นคงและเสถียรภาพได้: "ชาวอิรักมีความปรารถนาอย่างแรงกล้า – อย่าเข้าใจผิด – ที่จะบริหารจัดการกิจการของตนเองและอยู่ในตำแหน่งที่พวกเขาสามารถจัดการมาตรการรักษาความปลอดภัยของตนเองได้" เมื่อวันที่ 8 มิถุนายน มติคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติหมายเลข 1546 ได้รับการรับรองอย่างเป็นเอกฉันท์ โดยเรียกร้องให้ "ยุติการยึดครองและให้รัฐบาลรักษาการของอิรักที่มีอำนาจอธิปไตยและเป็นอิสระอย่างสมบูรณ์รับผิดชอบและมีอำนาจเต็มที่ภายในวันที่ 30 มิถุนายน 2547"

เมื่อวันที่ 28 มิถุนายน 2547 การยึดครองสิ้นสุดลงอย่างเป็นทางการโดยข้อตกลงสันติภาพร่วม (CPA) ซึ่งถ่ายโอนอำนาจบางส่วนให้กับรัฐบาลอิรักชุดใหม่ที่นำโดยนายกรัฐมนตรี อียาด อัลลาวีพันธมิตรทางทหารนานาชาติ ยังคงให้ความช่วยเหลือรัฐบาลอัลลาวีในการปกครองชาวอิรักต่อไป จุดประสงค์ของการยึดครองอิรักนั้น ตามคำกล่าวของประธานาธิบดีจอร์จ ดับเบิลยู. บุช แห่งสหรัฐอเมริกา คือ เพื่อนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงจากภาวะอนาธิปไตยหลังสงครามไปสู่การปกครองตนเองอย่างสมบูรณ์ของอิรัก

ความสำเร็จครั้งสำคัญอีกประการหนึ่งในด้านอธิปไตยเกิดขึ้นจากการจัดตั้งรัฐบาลที่มาจากการเลือกตั้งตามระบอบประชาธิปไตยเมื่อวันที่ 6 เมษายน 2548 ซึ่งประกอบด้วยนายกรัฐมนตรีอิบราฮิม อัล-จาอาฟารีและประธานาธิบดีจาลาล ทาลาบานีหลังจากการเลือกตั้งในอิรักเมื่อเดือนมกราคม 2548

ภายใต้มติคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติที่ 1790ภารกิจของกองกำลังนานาชาติในอิรักได้รับการขยายออกไปจนถึงวันที่ 31 ธันวาคม 2008 หลังจากนั้นไม่มีเหตุผลใดที่กองกำลังทหารต่างชาติจะยังคงอยู่ในประเทศต่อไป ในวันที่ 6 มิถุนายน 2008 หนังสือพิมพ์อินดิเพนเดนต์รายงานว่าสหรัฐอเมริกากำลังกดดันรัฐบาลอิรักให้ลงนามใน "พันธมิตรเชิงยุทธศาสตร์" (ไม่ใช่ "สนธิสัญญา" ซึ่งจะต้องได้รับการอนุมัติจากวุฒิสภาสหรัฐฯ ) ซึ่งจะทำให้กองกำลังสหรัฐฯ มีอิสระอย่างกว้างขวางในการปฏิบัติการในอิรักต่อไป^{[ 90 ]}

วัตถุประสงค์ของรัฐบาลอิรักและกองกำลังนานาชาติในอิรักคือการถ่ายโอนความรับผิดชอบสำหรับจังหวัดทั้ง 18 จังหวัดในอิรักจากพันธมิตรไปยังหน่วยงานพลเรือนของอิรัก ทั้งในระดับชาติและระดับท้องถิ่น ความสนใจส่วนใหญ่ในประเด็นนี้มุ่งเน้นไปที่ความคืบหน้าด้านความมั่นคงภายในจังหวัด ทั้งในแง่ของภัยคุกคามจากผู้ก่อการร้ายและความสามารถของกองกำลังรักษาความปลอดภัยของอิรักแต่ปัจจัยอื่นๆ เช่น ความสามารถและศักยภาพของการปกครองท้องถิ่นก็มีความสำคัญเช่นกัน^{[ 91 ] [ 92 ]}

จังหวัดต่างๆ จะอยู่ภายใต้การประเมินอย่างสม่ำเสมอโดยรัฐบาลอิรักและกองกำลังพันธมิตร เมื่อจังหวัดใดดูเหมือนจะพร้อมแล้ว จะมีการเสนอแนะไปยังคณะกรรมการรัฐมนตรีด้านความมั่นคงแห่งชาติของอิรัก โดยนายกรัฐมนตรีจะเป็นผู้ตัดสินใจขั้นสุดท้าย

ณ เดือนตุลาคม พ.ศ. 2551 สิบสามจังหวัดประสบความสำเร็จในการเปลี่ยนผ่านไปยังการควบคุมของอิรักในจังหวัด ได้แก่มูธานนาดิการ์ นา จา ฟเมย์ซานดาฮุก เอร์บิลสุ ไลมานิยาห์ คา ร์บาลาบาสราอัลกอดิซิยาห์อัลอันบาร์บาบิลและวาสิต

มูทานนาเป็นแห่งแรก เมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม พ.ศ. 2549 เมื่อกองกำลังออสเตรเลีย ญี่ปุ่น และอังกฤษจากกองพลนานาชาติภาคตะวันออกเฉียงใต้ได้ถ่ายโอนความรับผิดชอบให้กับผู้ว่าการและหน่วยงานท้องถิ่น เนื่องจากมีประชากรชีอะห์จำนวนน้อยและเป็นเนื้อเดียวกัน จึงมีการใช้ความรุนแรงจากกองกำลังติดอาวุธน้อยมาก และมีการโจมตีกองกำลังพันธมิตรน้อยมากในช่วงหลายเดือนก่อนหน้านั้น ซึ่งส่งเสริมความก้าวหน้าที่ดีในการพัฒนาศักยภาพของกองทัพอิรักและ กองกำลัง กระทรวงมหาดไทยในพื้นที่นั้น ในทำนองเดียวกัน ผู้ว่าการมูทานนาก็ได้รับความไว้วางใจจากประชาชนในท้องถิ่นเป็นอย่างดี โดยได้รับการเลือกตั้งใหม่ในการเลือกตั้งท้องถิ่นในเดือนมกราคม พ.ศ. 2548 ^{[ 93 ]}

Dhi Qar ซึ่งอยู่ในพื้นที่รับผิดชอบของ MND-SE ที่นำโดยอังกฤษและกองพลน้อยอิตาลีและโรมาเนีย ได้รับการส่งมอบเมื่อวันที่ 21 กันยายน พ.ศ. 2549 ^{[ 94 ]}กองทหารออสเตรเลียใน MND-SE ยังคงพร้อมให้การสนับสนุนด้านความปลอดภัยแก่ชาวอิรักในทั้ง Muthanna และ Dhi Qar หากพวกเขาร้องขอ

เมืองนาจาฟซึ่งถูกกองกำลังโปแลนด์และกองกำลังสหรัฐฯ เข้ายึดครอง ถูกส่งมอบเมื่อวันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ. 2549 ^{[ 95 ]}

เมื่อวันที่ 18 เมษายน พ.ศ. 2550 จังหวัดไมซานกลายเป็นจังหวัดที่สี่ที่เปลี่ยนไปอยู่ภายใต้การควบคุมของจังหวัดอิรัก^{[ 96 ]}

เมื่อวันที่ 30 พฤษภาคม พ.ศ. 2550 จังหวัดทั้งสามที่ประกอบกันเป็นรัฐบาลภูมิภาคเคอร์ดิสถานได้เปลี่ยนไปอยู่ภายใต้การควบคุมของรัฐบาลอิรัก ทำให้จำนวนจังหวัดทั้งหมดเพิ่มขึ้นเป็น 7 จังหวัด^{[ 97 ]}

เมื่อวันที่ 29 ตุลาคม พ.ศ. 2550 คาร์บาลากลายเป็นจังหวัดที่แปดที่โอนไปอยู่ภายใต้การควบคุมของรัฐบาลอิรัก การโอนบัสราเมื่อวันที่ 16 ธันวาคม พ.ศ. 2550 ถือเป็นจุดกึ่งกลางในการโอนความมั่นคงของจังหวัดทั้งหมดให้กับกองกำลังรักษาความปลอดภัยของอิรัก^{[ 98 ]}

เมื่อวันที่ 16 กรกฎาคม พ.ศ. 2551 จังหวัดที่สิบอัล-กอดีสิยะห์ก็ถูกโอนไปอยู่ภายใต้การควบคุมของอิรักเช่นกัน^{[ 98 ]}

เมื่อวันที่ 1 กันยายน 2551 หลังจากระดับความรุนแรงลดลง กองทัพสหรัฐฯ ได้โอนการควบคุมจังหวัดอัลอันบาร์ อันกว้างใหญ่ ให้แก่ฝ่ายควบคุมระดับจังหวัดของอิรัก โดยจะคงกำลังทหารสหรัฐฯ ไว้ในระดับจำกัดเพื่อรักษาความปลอดภัย อัลอันบาร์เป็นจังหวัดที่ 11 ที่ถูกโอนไปอยู่ภายใต้การดูแลด้านความมั่นคงของอิรัก

เมื่อวันที่ 23 ตุลาคม พ.ศ. 2551 จังหวัดบาบิลกลายเป็นจังหวัดที่สิบสองที่กลับมาอยู่ภายใต้การควบคุมของอิรัก^{[ 99 ]}ในขณะที่จังหวัดวาซิตถูกโอนย้ายในภายหลังในเดือนเดียวกัน คือวันที่ 29 ทำให้เป็นจังหวัดที่สิบสามที่ถูกโอนย้าย^{[ 100 ]}

ณ วันที่ 31 ธันวาคม พ.ศ. 2551 จังหวัดของอิรัก 13 จาก 18 จังหวัดได้เปลี่ยนผ่านไปสู่การควบคุมโดยรัฐบาลอิรัก (Provincial Iraqi Control หรือ PIC) อย่างสำเร็จ^{[ 101 ]}เมื่อวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2552 ข้อตกลงสถานะกองกำลังระหว่างสหรัฐฯ และอิรัก (SA หรือUS–Iraq Status of Forces Agreement ) มีผลบังคับใช้ โดยโอนความรับผิดชอบด้านความมั่นคงไปยังรัฐบาลอิรัก แม้ว่าบางจังหวัดจะยังไม่เสร็จสิ้นกระบวนการเปลี่ยนผ่านไปสู่ ​​PIC ก็ตาม อย่างไรก็ตาม ตามคำขอของรัฐบาลอิรัก คณะอนุกรรมการร่วมด้านความมั่นคงประจำจังหวัดชุดใหม่ได้ถูกจัดตั้งขึ้นภายใต้การอุปถัมภ์ของ SA เพื่อประเมินสภาพการณ์ในจังหวัดอิรักที่เหลืออีก 5 จังหวัดที่ยังไม่ได้เปลี่ยนผ่านไปสู่ ​​PIC ก่อนวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2552 คณะอนุกรรมการนี้ได้ประชุมครั้งแรกในเดือนมกราคม พ.ศ. 2552

หลังจากการรุกรานในปี 2546 เกิดการก่อกบฏขึ้นต่อต้านกองกำลังพันธมิตรในระหว่างสงครามอิรักระยะแรกของการก่อกบฏเริ่มต้นขึ้นไม่นานหลังจากการรุกรานและดำเนินต่อไปจนกระทั่งมีการจัดตั้งรัฐบาลอิรักชั่วคราว และตั้งแต่ประมาณปี 2547 จนถึงเดือนพฤษภาคม 2550 มุ่งเป้าไปที่กองกำลังพันธมิตรที่นำโดยสหรัฐฯ เป็นหลัก ในช่วงไม่กี่เดือนแรกหลังจากการ "สิ้นสุดปฏิบัติการรบหลัก" ผู้ก่อกบฏได้ทำการโจมตีด้วยพลซุ่มยิง การระเบิดฆ่าตัวตายที่ด่านตรวจบนถนน และการซุ่มโจมตี ส่งผลให้กองกำลังพันธมิตรเสียชีวิตประมาณ 112 นายต่อเดือน^{[ 102 ]}

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2549 สงครามกลางเมืองระหว่างกลุ่มศาสนาได้ปะทุขึ้นในอิรัก ส่งผลให้กลุ่มกบฏมุ่งเป้าโจมตีตำรวจและกองกำลังติดอาวุธของรัฐบาลอิรักการโจมตียังคงดำเนินต่อไปในช่วงการฟื้นฟูประเทศอิรักขณะที่รัฐบาลอิรักพยายามสร้างอำนาจปกครองทั่วประเทศ^{[ 103 ] [ 104 ]}

แม้ว่าสงครามกลางเมือง (และความรุนแรงทางศาสนาที่เกิดขึ้นควบคู่กัน) จะสิ้นสุดลงในช่วงกลางปี ​​2551 แต่การก่อความไม่สงบยังคงดำเนินต่อไปหลังจากการถอนกำลังทหารสหรัฐฯ ออกจากอิรักในปี 2554 และในปี 2555 คลื่นแห่งการก่อความไม่สงบทางศาสนาและการต่อต้านรัฐบาลระลอกใหม่ได้กวาดล้างอิรัก ทำให้มีผู้เสียชีวิตหลายพันคน ความรุนแรงที่เพิ่มขึ้นนำไปสู่การปะทุของสงครามอีกครั้งในอิรักในปี 2556 ซึ่งกินเวลานานจนถึงปี 2560 ^{[ 105 ]}

ในช่วงปลายเดือนมิถุนายน ปี 2003 มีการถกเถียงกันในที่สาธารณะในสหรัฐอเมริกาว่า การก่อความไม่สงบนั้นสามารถจัดเป็นสงครามกองโจร ได้หรือไม่ เมื่อวันที่ 17 มิถุนายนพลเอก จอห์น พี. อะบิไซด์กล่าวว่า กองกำลังในอิรักกำลัง "ดำเนินการในสิ่งที่ผมจะอธิบายว่าเป็นปฏิบัติการแบบกองโจรคลาสสิกต่อเรา มันเป็นความขัดแย้งที่มีความรุนแรงต่ำในแง่หลักการทางทหารของเรา แต่มันคือสงครามไม่ว่าคุณจะเรียกมันว่าอย่างไร" ในแถลงการณ์ต่อสภาคองเกรสเมื่อวันที่ 18 มิถุนายน รองปลัดกระทรวงกลาโหมพอล วูล์ฟวิทซ์กล่าวว่า "มีสงครามกองโจรอยู่ที่นั่น แต่เราสามารถเอาชนะได้"

การก่อวินาศกรรมท่อส่งน้ำมันดิบ และโรงกลั่นน้ำมันเป็นยุทธวิธีสำคัญของการก่อความไม่สงบในอิรัก สหรัฐฯ ตั้งใจที่จะฟื้นฟูโครงสร้างพื้นฐานการผลิตของอิรักให้กลับสู่ระดับก่อนสงครามอย่างรวดเร็ว แต่การก่อวินาศกรรมที่เกิดขึ้นอย่างกว้างขวางทำให้การฟื้นฟูช้าลง รัฐบาลได้ตั้งเป้าหมายการผลิตน้ำมันไว้ที่ 5,000,000 บาร์เรลต่อวัน (790,000 ลูกบาศก์เมตรต่อ^วัน ) แต่ตัวเลขของประธานาธิบดีแสดงให้เห็นว่าการผลิตลดลงเล็กน้อยในปี 2548 เมื่อเทียบกับปี 2547 จาก 2.2 ล้านแกลลอนสหรัฐ (8,300 ลูกบาศก์เมตร⁾ต่อวัน เหลือ 2.1 ล้านแกลลอนสหรัฐ (7,900 ลูกบาศก์เมตร⁾ต่อวัน อย่างไรก็ตาม รัฐบาลอ้างว่าการผลิตน้ำมันเพิ่มขึ้นจากปี 2546 ซึ่งมีการผลิตน้ำมันอยู่ที่ 1,580,000 บาร์เรลต่อวัน (251,000 ลูกบาศก์เมตรต่อ^วัน )

นักวิเคราะห์ชาวอิรักโต้แย้งว่ามาตรการของรัฐบาลนั้นทำให้เข้าใจผิด เพราะสงครามเริ่มต้นในปี 2546 ซึ่งทำให้ตัวเลขการผลิตต่ำกว่าที่ควรจะเป็น

ริค บาร์ตัน ผู้เชี่ยวชาญด้านการฟื้นฟูอิรักจากศูนย์ยุทธศาสตร์และการศึกษาระหว่างประเทศในวอชิงตันกล่าวว่า "พวกเขาคาดการณ์ผิดไปจากเดิมมาก" สำหรับปริมาณการผลิตน้ำมันในปัจจุบัน "โดยพื้นฐานแล้วมันไม่ได้เพิ่มขึ้นเลยตลอดเวลาที่เราอยู่ที่นั่น แน่นอนว่าพวกเขาไม่สามารถปกป้องท่อส่งน้ำมันได้ คุณไม่สามารถฟื้นฟูประเทศในขณะที่กำลังมีสงครามอยู่ได้" ^{[ 106 ] [ 107 ] [ 108 ] [ 109 ]}

ปฏิบัติการ โจมตีเมืองฟัลลูจาห์ หรือปฏิบัติการ Vigilant Resolveเริ่มขึ้นเมื่อวันที่ 5 เมษายน 2547 เพื่อตอบโต้เหตุการณ์ฆาตกรรมและทำร้ายร่างกายพนักงานของบริษัท Blackwater จำนวน 4 คน เมื่อวันที่ 31 มีนาคม ถนนที่เข้าและออกจากเมืองถูกปิด เมื่อทหารและนาวิกโยธินสหรัฐฯ พยายามเข้าไปในเมือง การต่อสู้ที่ดุเดือดก็ปะทุขึ้น สมาชิกกลุ่มกบฏอิรักเปิดฉากยิงด้วยปืนกลหนัก จรวด และระเบิดจรวด ทหารและนาวิกโยธินตอบโต้ด้วยการนำรถถังและเฮลิคอปเตอร์เข้ามา

การปะทะกันที่เกิดขึ้นส่งผลให้มีผู้เสียชีวิตจำนวนมาก นาวิกโยธินหลายสิบคนเสียชีวิตและบาดเจ็บ สมาชิกกองกำลังที่ไม่ใช่พันธมิตรเสียชีวิต 271 คน และบาดเจ็บ 793 คน ตามการนับอย่างเป็นทางการในช่วงระหว่างวันที่ 5 เมษายนถึง 22 เมษายน รายงานที่ขัดแย้งกันทำให้ไม่ชัดเจนว่าผู้เสียชีวิตและบาดเจ็บเป็นนักรบกบฏหรือผู้หญิงและเด็กจำนวนเท่าใด^{[ 110 ] [ 111 ] [ 112 ]}นอกจากนี้ยังมีรายงานว่ารถพยาบาลและขบวนรถลำเลียงความช่วยเหลือถูกใช้โดยกลุ่มกบฏเพื่อลักลอบนำอาวุธและนักรบเข้ามาในเมือง^{[ 113 ]}เจ้าหน้าที่พันธมิตรกล่าวว่ากลุ่มกบฏใช้มัสยิดและโรงเรียนเป็นศูนย์บัญชาการและสถานที่เก็บอาวุธ โรงงานผลิตเสื้อกั๊กระเบิดฆ่าตัวตายถูกค้นพบโดยนาวิกโยธิน^{[ 114 ]}

หลังจากการพยายามหยุดยิงหลายครั้งไม่สำเร็จ สหรัฐฯ จึงถอนตัวออกจากเมือง ผู้บัญชาการนาวิกโยธินคนหนึ่งกล่าวว่า "เราไม่ต้องการเปลี่ยนฟัลลูจาห์ให้กลายเป็นเดรสเดน " สหรัฐฯ มอบอำนาจการปกครองเมืองให้กับอดีตนายพลชาวอิรักที่เคยรับใช้ภายใต้ซัดดัม ฮุสเซน ซึ่งสหรัฐฯ ยอมรับว่านักรบของเขาอาจมีอดีตสมาชิกกลุ่มกบฏรวมอยู่ด้วย

หลังจากนั้น เมืองนี้ถูกเรียกว่า "เมืองกบฏอิสระ" มีป้ายประกาศชัยชนะเหนือสหรัฐอเมริกาอยู่ตามท้องถนนในเมือง และมัสยิดบางแห่งก็ยกย่องการก่อกบฏของอิรัก นายพลมูฮัมหมัด ลาติฟกล่าวกับรอยเตอร์ว่า "ผมต้องการให้ทหารอเมริกันกลับไปยังค่ายของเขา สิ่งที่ผมต้องการมากกว่านั้นคือให้เขากลับไปยังสหรัฐอเมริกา" ^{[ 115 ]}

นาวิกโยธินสหรัฐฯ ล้อมเมืองฟัลลูจาห์ด้วยกำแพงดิน พยายามควบคุมการเข้าออกเมือง อนุญาตให้เฉพาะผู้หญิงและเด็กเท่านั้นที่สามารถออกจากเมืองได้ ในวันที่ 19 มิถุนายน พ.ศ. 2547 ชาวอิรัก 22 คน รวมถึงผู้หญิงและเด็ก ถูกสังหารในการโจมตีทางอากาศของสหรัฐฯ ในย่านที่อยู่อาศัย^{[ 116 ]}อัลลาวีประณามการก่อกบฏและเรียกร้องให้เมืองส่งตัวอาบู มูซาบ อัล-ซาร์กาวีผู้นำ กลุ่ม เตาฮีด-อี-ญิฮาดซึ่งถูกกล่าวหาว่าซ่อนตัวอยู่ในฟัลลูจาห์ มิฉะนั้นจะต้องเผชิญกับการทิ้งระเบิดทางอากาศจากสหรัฐอเมริกา

เมื่อวันที่ 4 เมษายน 2547 กองกำลังพันธมิตรได้ปิด หนังสือพิมพ์อั ล-ฮาวซาของมุคทาดา อัล -ซาดร์ นักบวชชีอะห์โดยอ้างว่ามีเนื้อหาปลุกระดมให้เกิดความรุนแรง ตัวอย่างหนึ่งคือ บทความเมื่อวันที่ 26 กุมภาพันธ์ อ้างว่าเหตุระเบิดฆ่าตัวตายในอิสกันดาริยาที่คร่าชีวิตผู้คน 53 คนนั้น เป็นจรวดที่ยิงโดยชาวอเมริกัน ไม่ใช่ระเบิดรถยนต์ เพื่อตอบโต้ อัล-ซาดร์จึงจัดการประท้วงเป็นเวลาหนึ่งวัน ในระหว่างการประท้วง สมาชิกกลุ่มกบฏอิรัก (ซึ่งอาจเกี่ยวข้องหรือไม่เกี่ยวข้องกับอัล-ซาดร์) ได้ซุ่มโจมตีหน่วยลาดตระเวนของกองกำลังพันธมิตรที่กำลังรักษาการณ์หน่วยเก็บขยะในเมืองซาดร์ทำให้ทหารเสียชีวิต 8 นาย นอกจากนี้ ผู้ติดตามของอัล-ซาดร์อีกหลายสิบคนก็เสียชีวิตในระหว่างการประท้วงเหล่านี้ด้วย

กองกำลังพันธมิตรตอบโต้ด้วยการจับกุมผู้ช่วยคนสนิทคนหนึ่งของอัล-ซาดร์ ทำให้อัล-ซาดร์เรียกร้องให้ผู้ติดตามของเขาลุกขึ้นต่อต้าน การต่อสู้ปะทุขึ้นในหลายเมืองทางตอนใต้ของอิรักในวันต่อมา รวมถึงเมืองคาร์บาลาคุตนาซิริยาและบัสรา กองกำลังพันธมิตรอิรัก (CPA) ประกาศว่ามีหมายจับที่ออกโดยผู้พิพากษาชาวอิรักเมื่อสามเดือนก่อน ต่ออัล-ซาดร์ โดยอ้างว่าเขาเป็นผู้รับผิดชอบต่อการสังหารอับดุล มาจิด อัล-โคอี นักบวชที่อยู่ฝ่ายเดียวกับกอง กำลังพันธมิตร หมายจับดังกล่าวได้ก่อให้เกิดการต่อต้านเพิ่มเติม เนื่องจากผู้ติดตามของโคอีเองกล่าวโทษพรรคบาธว่าเป็นผู้ลงมือฆ่า รัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรมของอิรักที่ได้รับการแต่งตั้งจากกองกำลังพันธมิตรกล่าวว่าเขาไม่ทราบเรื่องหมายจับ และสมาคมนักกฎหมายอิรักประกาศว่าหมายจับนั้น "ผิดกฎหมาย" อัล-ซาดร์ ผู้ซึ่งก่อนหน้านี้ได้จัดตั้งรัฐบาลคู่ขนานและกองกำลังติดอาวุธที่เรียกว่ากองทัพอัล-มาห์ดี ได้สั่งให้ผู้ติดตามของเขาเลิกปฏิบัติตามการยึดครอง และแนะนำให้พวกเขาโจมตีทหารของกองกำลังพันธมิตร ส่งผลให้ผู้ติดตามของเขาเข้าควบคุมเมืองทางตอนใต้หลายแห่ง โดยมักได้รับการสนับสนุนจากเจ้าหน้าที่ท้องถิ่นและตำรวจ

ในช่วงสองสามวันแรกของการลุกฮือ อัล-ซาดร์พำนักอยู่ในเมืองคูฟาซึ่งเป็นที่ที่เขามีผู้ติดตามจำนวนมากมาโดยตลอด ในวันที่ 7 เมษายน เขาได้ย้ายไปที่เมืองนาจาฟ เข้าไปอยู่ในอาคารใกล้กับศาลเจ้าอิหม่ามอาลีซึ่งเป็นศาลเจ้าศักดิ์สิทธิ์ที่สุดในศาสนาชีอะห์ หลังจากการต่อสู้อย่างดุเดือดในช่วงวันแรกๆ ของการลุกฮือ ผู้ติดตามของเขาได้เข้าควบคุมเมืองหลายแห่งในภาคใต้ของอิรัก ในเมืองคุต กองกำลังยูเครนที่เข้ายึดครองถูกขับไล่ออกจากเมืองด้วยการยิงปืนครกอย่างหนัก กองกำลังอิตาลีถูกปิดล้อมอยู่ภายในฐานทัพในเมืองนาซิริยา และในเมืองบัสรา พระราชวังของผู้ว่าการถูกยึดครอง ในเมืองคาร์บาลากองกำลังโปแลนด์และบัลแกเรียสามารถรักษาพื้นที่ไว้ได้หลังจากการต่อสู้ที่กินเวลานานตลอดทั้งคืน ฝ่ายพันธมิตรตอบโต้ด้วยการส่งกองกำลังปราบปรามไปยังเมืองคุตในวันที่ 8 เมษายน ทำให้ผู้ติดตามของอัล-ซาดร์ต้องสลายตัวไปปะปนกับประชากรในเมือง เหตุการณ์เดียวกันนี้เกิดขึ้นในเมืองอื่นๆ ส่วนใหญ่ และการควบคุมก็ถูกยกให้โดยปริยาย มีเพียงนาจาฟและคูฟาเท่านั้นที่ยังคงอยู่ภายใต้การควบคุมของกลุ่มผู้ติดตามอัล-ซาดร์อย่างแท้จริง ซึ่งกองทัพอเมริกันไม่ได้เข้าไปปฏิบัติการ กองกำลังพันธมิตรได้ส่งนาวิกโยธินสหรัฐ 2,500 นายไปยังนาจาฟเพื่อพยายาม "จับกุมหรือสังหาร" อัล-ซาดร์

ในตอนแรก พันธมิตรหวังว่าอัล-ซิสตานีจะบีบให้อัล-ซาดร์ยอมจำนน แต่ก็ต้องผิดหวังเมื่อเขาเรียกร้องให้ทุกฝ่ายใช้ความยับยั้งชั่งใจ แต่กลับมุ่งเน้นไปที่การประณามการกระทำของพันธมิตรในฟัลลูจาห์แทน ในช่วงกลางเดือนพฤษภาคม ปี 2004 กองกำลังที่นำโดยสหรัฐฯ เริ่มรุกเข้าไปในนาจาฟ ในระหว่างนั้น พวกเขาบุกเข้าไปในมัสยิดหลายแห่งเพื่อยึดอาวุธ และมีรายงานความเสียหายต่อสถานที่ศักดิ์สิทธิ์ที่สุดบางแห่งของศาสนาอิสลามนิกายชีอะห์ กองกำลังสหรัฐฯ ใช้กำลังยิงที่เหนือกว่าและการสนับสนุนทางอากาศ สร้างความเสียหายแก่กองทัพอัล-มาห์ดีอย่างต่อเนื่อง อัล-ซาดร์และเจ้าหน้าที่โรงพยาบาลโต้แย้งตัวเลข และต่างอ้างว่าผู้เสียชีวิตจำนวนมากเป็นพลเรือน กองทัพอัล-มาห์ดีสามารถสร้างความเสียหายแก่ฝ่ายอเมริกันได้เพียงเล็กน้อย แต่ในวันที่ 17 พฤษภาคม มีรายงานว่ากองทัพอัล-มาห์ดีขับไล่กองทหารอิตาลีออกจากฐานทัพในนาซิริยาห์^{[ 117 ]}ชาวอิตาลีได้รับบาดเจ็บ 10 คน พร้อมกับนักรบกองทัพอัล-มาห์ดีได้รับบาดเจ็บ 20 คน และเสียชีวิต 2 คน ในการโจมตีครั้งนั้น ฐานทัพถูกยึดคืนอย่างสงบในวันถัดมาด้วยการเจรจากับผู้นำเผ่าท้องถิ่น

แม้ว่าพันธมิตรจะยืนยันอย่างต่อเนื่องว่าเขาได้รับการสนับสนุนเพียงเล็กน้อย และมีการปะทะกันอย่างจำกัดกับ SCIRI ที่มีขนาดเล็กกว่า แต่เขาก็แทบจะไม่ถูกประณามโดยนักบวชอาวุโสของเขาเลย ศาลอิสลามขยายอิทธิพลในพื้นที่ที่เขาควบคุม มัสยิด อิหม่ามอาลีจบการเรียกละหมาดด้วยการขอความคุ้มครองจากพระเจ้าสำหรับเขา และเห็นได้ชัดว่าผู้ติดตามของเขามีจำนวนมาก^{[ 118 ]}หลายคนเชื่อว่าอัล-ซิสตานีไม่ได้พูดต่อต้านอัล-ซาดร์เพราะกลัวว่าจะทำให้ชาวชีอะห์แตกแยกกันเอง ผลสำรวจพบว่าในช่วงกลางเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2547 ชาวอิรัก 32% สนับสนุนอัล-ซาดร์อย่างแข็งขัน และอีก 36% สนับสนุนเขาในระดับหนึ่ง^{[ 119 ]}

ในเดือนสิงหาคม ปี 2004 อัล-ซาดร์พยายามก่อกบฏครั้งที่สอง และกองทัพอัล-มาห์ดีของเขาก็ยุยงให้เกิดความรุนแรงอีกครั้ง โดยเฉพาะใน สลัม เมืองซาดร์ในกรุงแบกแดด และในเมืองนาจาฟ กองกำลังสหรัฐฯ ตอบโต้ด้วยการรุกเข้าไปในพื้นที่ของนาจาฟที่อยู่ภายใต้การควบคุมของอัล-มาห์ดี ทำให้กองกำลังติดอาวุธแตกพ่าย โดยได้รับการสนับสนุนจากเฮลิคอปเตอร์ติดอาวุธกองทัพสหรัฐฯ สามารถสังหารนักรบอัล-มาห์ดีได้หลายร้อยคน และรุกคืบเข้าใกล้มัสยิดอิมานอาลี ซึ่งเป็นฐานที่มั่นของอัล-ซาดร์ การต่อสู้ที่ดุเดือดเกิดขึ้นระหว่างกองทัพสหรัฐฯ และกองกำลังอัล-มาห์ดีในสุสานนอกมัสยิด เพื่อหลีกเลี่ยงการทำลายมัสยิดอันศักดิ์สิทธิ์ในการบุกโจมตีโดยตรง จึงมีการแสวงหาทางออกทางการเมือง และข้อตกลงระหว่างอัล-ซิสตานีและอัล-ซาดร์ก็ยุติการก่อกบฏของเขาลง ในเดือนกันยายนปี 2004 โครงการหนึ่งได้ส่งเสริมให้สมาชิกกลุ่มอัล-มาดีในเมืองซาดร์นำอาวุธปืนไปแลกเป็นเงินกับทางการ และชุมชนแอแออัดแห่งนั้นก็สงบลงเกือบทั้งหมด

ภายในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2548 อัล-ซาดร์ได้ใช้ท่าทีประนีประนอมมากขึ้น พร้อมทั้งลดบทบาทลงอย่างมาก โดยกล่าวว่า "ข้าพเจ้าขอเรียกร้องให้ผู้ศรัทธาทั้งหลายรักษาเลือดเนื้อของชาวมุสลิมและกลับบ้าน" หลังจากเกิดความรุนแรงระหว่างผู้ติดตามของเขากับผู้ติดตามของอับดุล อาซิซ อัล-ฮาคิม^{[ 120 ]}

หลังจากการล่มสลายของระบอบบาธ กลุ่มคนที่มีวาระซ่อนเร้นแตกต่างกันได้จับตัวประกันทั้งชาวต่างชาติและชาวอิรัก รวมถึงพลเมืองของทั้งสองประเทศที่สนับสนุนและต่อต้านการรุกราน ซึ่งรวมถึงพลเมืองของออสเตรเลีย บราซิล บัลแกเรีย แคนาดา จีน สาธารณรัฐเช็ก ฝรั่งเศส อินเดีย ไอร์แลนด์ อิสราเอล อิตาลี เยอรมนี ญี่ปุ่น จอร์แดน เนปาล ปากีสถาน โปแลนด์ โรมาเนีย รัสเซีย เกาหลีใต้ ไทย ตุรกี ยูเครน สหราชอาณาจักร และสหรัฐอเมริกา

การจับตัวประกันดูเหมือนจะไม่มีการประสานงานกัน โดยกลุ่มต่างๆ เรียกร้องสิ่งต่างๆ กันไป ตัวประกันบางคนได้รับการปล่อยตัว ในขณะที่บางคนถูกฆ่า บางครั้งโดยการตัดศีรษะ กลุ่มอิสลามิสต์ที่ชื่อว่าTawhid and Jihad (เอกภาพของพระเจ้าและสงครามศักดิ์สิทธิ์) ซึ่งเปลี่ยนชื่อเป็น "อัล-เคดาในอิรัก" ในเดือนตุลาคม 2547 ได้อ้างความรับผิดชอบในการลักพาตัวหลายครั้ง กลุ่มนี้บริหารโดยAbu Musab al-Zarqawi ชาวปาเลสไตน์ที่เกิดในจอร์แดน ตัวประกันที่ถูกตัดศีรษะโดยกลุ่มของ Zarqawi และอาจโดย Zarqawi เองด้วย ได้แก่ ชาวอเมริกันNick Berg , Eugene ArmstrongและJack Hensley , ชาวเกาหลีใต้Kim Sun-il , Shosei Kodaจากญี่ปุ่น และKenneth BigleyจากสหราชอาณาจักรFabrizio Quattrocchi ชาวอิตาลี ถูกยิงที่ศีรษะ อาจโดยกลุ่มอื่น เช่นเดียวกับMargaret Hassanเจ้าหน้าที่ ช่วยเหลือชาวอังกฤษ จากข้อมูลของคณะกรรมการคุ้มครองนักข่าวพบว่ามีนักข่าวอย่างน้อย 25 คนถูกกลุ่มติดอาวุธลักพาตัวในอิรักนับตั้งแต่เดือนเมษายน 2547 ซึ่งเป็นช่วงที่กลุ่มกบฏเริ่มลักพาตัวชาวต่างชาติ

แม้ว่าการจับตัวประกันบางส่วนดูเหมือนจะมีแรงจูงใจทางการเมือง แต่ตัวประกันจำนวนมากถูกกลุ่มอาชญากรจับไปเพื่อแลกกับเงินสด โดยเฉพาะชาวอิรักที่มีรายได้สูงมักตกเป็นเป้าหมาย

ในเย็นวันที่ 4 มีนาคม 2548 รถยนต์ที่นำพาจูเลียนา สเกรนาซึ่งเพิ่งได้รับการปล่อยตัว พร้อมกับเจ้าหน้าที่สองคนจากหน่วยซิสมีหน่วยข่าวกรองทางทหารของอิตาลี ถูกทหารสหรัฐฯ ยิงใส่นิโคลา คาลิปารีผู้เจรจาเพื่อปล่อยตัวประกันชาวอิตาลีอีกแปดคน ถูกสังหาร ขณะที่สเกรนาและเจ้าหน้าที่อีกคนได้รับบาดเจ็บ ดูเพิ่มเติมได้ที่ การช่วยเหลือจูเลียนา สเกรนา

จากผลของการลุกฮือ พลเอก จอห์น อะบิไซด์แห่งกองทัพสหรัฐฯ ได้ร้องขอให้ส่งทหารเพิ่มอีก 10,000 นายไปยังอิรักในเดือนเมษายน พ.ศ. 2547 หลังจากยอมรับว่าเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยของอิรักจำนวนหนึ่งได้ละทิ้งหน้าที่หรือเข้าร่วมการก่อความไม่สงบในอิรัก^{[ 121 ]}เมื่อวันที่ 16 เมษายน พ.ศ. 2547 รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมสหรัฐฯโดนัลด์ รัมส์เฟลด์ประกาศว่าเขาได้อนุมัติคำขอของพลเอกอะบิไซด์และขยายเวลาการประจำการของทหารประมาณ 20,000 นาย ซึ่งมีกำหนดจะหมุนเวียนออกจากอิรัก ออกไปอีกสามเดือน มีการพบหลุมฝังศพหมู่ใหม่ใกล้กับเมืองรามาดี ซึ่งมีศพของชาวอิรักมากกว่า 350 คน^{[ 122 ]}ยังไม่ชัดเจนว่าหลุมฝังศพหมู่นี้มีศพของพลเรือนและ/หรือนักรบหรือไม่

ในการแถลงข่าวร่วมกับนายกรัฐมนตรีอังกฤษโทนี่ แบลร์ที่กรุงวอชิงตัน เมื่อวันที่ 6 ธันวาคม พ.ศ. 2549 ประธานาธิบดีจอร์จ ดับเบิลยู. บุชได้แสดง ความคิดเห็น เกี่ยวกับรายงานร่วมของคณะทำงานศึกษาอิรัก ซึ่งประเมินสถานการณ์ปัจจุบันของ สงครามอิรัก ที่นำโดยสหรัฐฯ และเสนอแนะนโยบาย ประธานาธิบดีบุชยอมรับเป็นครั้งแรกว่าจำเป็นต้องมี "แนวทางใหม่" ในอิรัก สถานการณ์ในอิรัก "ย่ำแย่" และภารกิจข้างหน้านั้น "ยากลำบาก" ^{[ 123 ]}ประธานาธิบดีบุชกล่าวว่าเขาจะไม่ยอมรับข้อเสนอแนะทุกข้อของคณะทำงาน ISG แต่สัญญาว่าจะพิจารณารายงานอย่างจริงจัง^{[ 124 ]}

เมื่อวันที่ 18 สิงหาคม พ.ศ. 2553 กองพลน้อยสไตรเกอร์ที่ 4 กองพลทหารราบที่ 2 ซึ่งเป็นกองพลน้อยรบสุดท้ายของสหรัฐฯ ได้ถอนกำลังออกจากอิรัก เป็นการสิ้นสุดภารกิจการรบของสหรัฐฯ ในอิรัก บุคลากรทางทหารของสหรัฐฯ จำนวน 52,600 นายยังคงอยู่ในอิรักเพื่อทำหน้าที่ให้คำปรึกษา^{[ 125 ]}

เมื่อวันที่ 19 สิงหาคม 2553 ประธานาธิบดีบารัค โอบามาของสหรัฐฯ ประกาศว่าปฏิบัติการรบทั้งหมดของสหรัฐฯ จะยุติลงในวันที่ 31 สิงหาคม โดยจะคงกำลังทหารไว้ 50,000 นายในบทบาทให้คำแนะนำและช่วยเหลือ การถอนกำลังทั้งหมดเกิดขึ้นในเดือนธันวาคม 2554 โดยระหว่างวันที่ 15 ถึง 18 ธันวาคม ทหารชุดสุดท้ายได้เดินทางออกจากประเทศ

ในช่วงการยึดครองอิรักหลังสงคราม กองกำลังยึดครองได้หันมาให้ความสนใจกับการบังคับใช้ระเบียบผ่านการลาดตระเวนการลาดตระเวนเหล่านี้ต้องเผชิญกับกลุ่มกบฏที่ทำการซุ่มโจมตีโดยใช้ปืนไรเฟิลจู่โจม ระเบิดมือแบบยิงด้วยจรวด และระเบิดที่วางไว้อย่างระมัดระวังและตั้งเวลาไว้ การลาดตระเวนจำเป็นต้องใช้ยานเกราะที่สามารถหยุดกระสุนปืนกลขนาด 7.62 มม. ได้เป็นอย่างน้อย พร้อมด้วยแท่นวางอาวุธภายนอกและอุปกรณ์ติดตามที่จำเป็น ประสบการณ์ยังเป็นกุญแจสำคัญในการตรวจจับรถยนต์ กล่อง หรือบุคคลที่อาจเป็นภัยคุกคามหรืออยู่นอกพื้นที่ ในขณะที่ปฏิบัติตามกฎการปะทะที่กำหนดท่าทีที่นิ่งแต่พร้อมรับมือ ทหารลาดตระเวนใช้เวลาเกือบแปดชั่วโมงต่อวันในพื้นที่ และทำการลาดตระเวนเกือบ 30 ครั้งต่อเดือน^{[ 126 ] [ 127 ] [ 128 ]}

ดังที่นักวิทยาศาสตร์วัฒนธรรม โรลันด์ เบเนดิกเตอร์ ตั้งข้อสังเกตไว้ในหนังสือของเขาเรื่องการทำให้เป็นประชาธิปไตยอย่างยั่งยืนของอิรัก^{[ 129 ]}และในบทความชุดหนึ่ง^{[ 130 ]}สาเหตุหลักประการหนึ่งของปัญหาสันติภาพที่เกิดขึ้นอย่างต่อเนื่องดูเหมือนจะประกอบด้วยข้อเท็จจริงที่ว่ามิติทางสังคมและวัฒนธรรมของความยั่งยืน ซึ่งรวมถึงประเด็นเรื่องชาติพันธุ์ ศาสนา และชนกลุ่มน้อย ยังไม่ได้รับการพิจารณาอย่างเหมาะสมในกลยุทธ์การทำให้เป็นประชาธิปไตยโดยรวมจนถึงปัจจุบัน^{[ 131 ]}

• การปล้นโบราณวัตถุในอิรัก : นับตั้งแต่การล่มสลายของระบอบซัดดัม ฮุสเซน กลุ่มผู้ปล้นโบราณวัตถุได้บุกเข้าไปในแหล่งโบราณสถานหลายแห่ง และเริ่มทำลายและปล้นโบราณวัตถุในระดับที่น่าตกใจ
• คำวิจารณ์สงครามอิรัก : รายชื่อคำวิจารณ์ทั่วไปเกี่ยวกับการรุกรานและการยึดครองทางทหารในอิรักเมื่อปี 2546
• เกราะฮิลล์บิลลี่ : คำศัพท์ทางทหารของสหรัฐฯ ที่เกิดขึ้นระหว่างการยึดครอง เพื่อใช้เรียกเกราะรถยนต์ที่ดัดแปลงขึ้นเองโดยทหารอเมริกันบางส่วน
• สิทธิมนุษยชนในอิรักหลังการรุกราน : หลายฝ่ายแสดงความกังวลเกี่ยวกับสถานการณ์สิทธิมนุษยชนในอิรักหลังจากการยึดครองอิรักในปี 2003
• อิรักและอาวุธทำลายล้างสูง : การใช้ การครอบครอง และเจตนาที่ถูกกล่าวหาว่ารัฐบาลอิรักต้องการได้มาซึ่งอาวุธทำลายล้างสูง (WMD) ประเภทอื่นๆ เพิ่มเติมในสมัยการปกครองของซัดดัม ฮุสเซน
• คณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติและสงครามอิรัก : การดำเนินการที่เกี่ยวข้องกับสงครามในอ่าวเปอร์เซียในปี 1991 และมติคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติหมายเลข 1441 ในช่วงปลายปี 2002-2003 พร้อมด้วยมติอื่นๆ อีกอย่างน้อย 14 ฉบับ และแถลงการณ์อีก 30 ฉบับระหว่างสองเหตุการณ์นั้น
• ลำดับการจัดกำลังรบในสงครามอิรัก : รายชื่อปัจจุบันของหน่วยทหารและกองกำลังพันธมิตรที่เข้าร่วมในอิรัก
• โรงพยาบาลอิบนุ ซินา
• วิกฤตการปลดอาวุธของอิรัก : ประเด็นการปลดอาวุธของอิรักเข้าสู่ภาวะวิกฤตในช่วงปี 2002-2003 หลังจากที่มีการเรียกร้องให้ยุติการผลิตและการใช้อาวุธทำลายล้างสูงของอิรักอย่างสิ้นเชิง และให้อิรักปฏิบัติตามมติของสหประชาชาติที่กำหนดให้ผู้ตรวจสอบของสหประชาชาติสามารถเข้าถึงพื้นที่ที่ผู้ตรวจสอบคิดว่าอาจมีโรงงานผลิตอาวุธได้อย่างไม่จำกัด
• คณะสำรวจอิรัก : คณะทำงานตรวจสอบข้อเท็จจริงที่ส่งโดยกองกำลังพันธมิตรหลังการรุกรานอิรักในปี 2546 เพื่อค้นหาโครงการอาวุธทำลายล้างสูง (WMD) ที่อิรักพัฒนาขึ้นภายใต้ระบอบการปกครองของอดีตประธานาธิบดีซัดดัม ฮุสเซน
• กลุ่มสนับสนุนและฟื้นฟูอิรักของญี่ปุ่น : การส่งกำลังทหารของรัฐบาลญี่ปุ่นไปยังอิรัก
• แบบทดสอบโดเวอร์ : แบบทดสอบที่ไม่เป็นทางการและเป็นวลีที่ใช้ในวงการสื่อสารมวลชนเพื่ออธิบายว่าประชาชนทั่วไปสนับสนุนปฏิบัติการทางทหารหรือไม่ โดยพิจารณาจากปฏิกิริยาของประชาชนต่อผู้เสียชีวิตจากสงครามที่เดินทางกลับมา
• ลำดับเหตุการณ์ในสงครามอิรัก : ลำดับเหตุการณ์ระหว่างการเข้ายึดครองอิรักของกองกำลังนานาชาติ หลังจากการรุกรานอิรักในปี 2546 และคำกล่าวที่เกี่ยวข้องเกี่ยวกับลักษณะของการยึดครองจากเจ้าหน้าที่
• ลำดับการจัดกำลังรบในสงครามอิรัก ปี 2009 : ภาพรวมของกองกำลังพันธมิตรในอิรัก
• สงครามต่อต้านการก่อการร้าย (ในแวดวงนโยบายต่างประเทศของสหรัฐฯ เรียกว่า สงครามต่อต้านการก่อการร้ายทั่วโลก หรือ GWOT) คือการรณรงค์ของสหรัฐอเมริกาและพันธมิตรบางประเทศ เพื่อกำจัดกลุ่มก่อการร้ายทั่วโลกและยุติการสนับสนุนการก่อการร้ายโดยรัฐ
• กองพลทหารราบที่ 256 (สหรัฐอเมริกา)

อาชีพที่ยึดครองหลังสงครามโลกครั้งที่สอง:

• ญี่ปุ่นภายใต้การยึดครอง : การยึดครองญี่ปุ่นโดยสหรัฐอเมริกาหลังสงครามโลกครั้งที่สอง ปี 1945-1952
• United States Army Military Government in Korea: US military administered southern Korea from 1945 to 1948
• Morgenthau Plan: The post World War II US occupation of part of Germany 1945–1955 (Germany was not fully sovereign until 1991)
• History of Germany since 1945
• GARIOA Government And Relief in Occupied Areas of Europe
• Marshall Plan

• Petersen, Roger Dale (2024). Death, Dominance, and State-building: The US in Iraq and the Future of American Military Intervention. Oxford scholarship online. New York, NY: Oxford University Press. ISBN 978-0-19-776074-1.
• "Iraq Coalition Casualty Count". Archived from the original on 28 June 2005. Retrieved 29 June 2005.
• "Non-US Forces in Iraq". GlobalSecurity.org. 15 March 2005.
• A Dossier of Civilian Casualties in Iraq 2003–2005(PDF) (Report). Iraq Body Count; Oxford Research Group. 27 July 2005. Retrieved 30 December 2008.
• Gillan, Audrey (19 January 2005). "Shocking images revealed at Britain's 'Abu Ghraib trial'". The Guardian. London.
• "In Pictures: Alleged prisoner abuse near Basra". The Guardian. London. 19 January 2005. Retrieved 22 May 2010.
• "Seven soldiers charged with Iraqi's murder". The Guardian. London. 3 February 2005. Retrieved 22 May 2010.
• "Iraq timeline: 1 February 2004 to 31 December 2004". The Guardian. London. January 2005. Retrieved 22 May 2010.
• Carroll, Rory (4 February 2005). "Meet the men who Britain and the US hope will take over the battle against Iraqi insurgents – if they live long enough". The Guardian. London.
• Cordesman, Anthony H. (6 August 2004). "US Policy in Iraq: A 'Realist' Approach to its Challenges and Opportunities". Center for Strategic and International Studies.
• Jennings, Ray Salvatore (1 May 2003). "The Road Ahead: Lessons in Nation Building from Japan, Germany, and Afghanistan for Postwar Iraq"(PDF). United States Institute of Peace (49). Archived from the original(PDF) on 19 February 2014.
• Sunga, Lyal S. (2006). "Dilemmas Facing NGOs in Coalition-Occupied Iraq". In Bell, Daniel A.; Coicaud, Jean-Marc (eds.). Ethics in Action: The Ethical Challenges of International Human Rights Nongovernmental Organizations. Cambridge: Cambridge University Press. pp. 99–116. doi:10.1017/CBO9780511511233.006. ISBN 978-0-521-68449-1.

Legal status

• Sunga, Lyal S. (2003). "ISIL Year Book of International Humanitarian and Refugee Law". Indian Society of International Law. New Delhi: 1–21.

Management of the Iraq Reconstruction Program

• Hoge, Warren (15 December 2004). "U.N. Criticizes Iraq Occupation Oil Sales". New York Times.

• Information on the US efforts to rebuild Iraq, with focus on the PRT program
• Back from Iraq: The Veterans' Stories ProjectArchived 13 January 2014 at the Wayback Machine
• Searchable timeline of Iraq occupation
• The end of Saddam Hussein Warning: Graphic Execution video
• The end of Saddam Hussein (video 2 January 8/07)- Warning: Mature content.
• About.com's An American Palace in Iraq and Four Permanent US BasesArchived 3 March 2016 at the Wayback Machine
• www.iraqanalysis.org – Information source listings and analysis on post-invasion Iraq
• Iraq Body Count – Independent database listing civilians killed in the Iraq war and occupation
• "Latest analysis on Iraq". Archived from the original on 8 February 2008. Retrieved 7 November 2007.{{cite web}}: CS1 maint: bot: original URL status unknown (link)
• FSB Iraq FrogStyleBiscuit's Iraq News and Analysis
• Iraq News Archive The White House
• Senator Byrd, Robert A Call for an Exit Door from Iraq 7 April 2004, Common Dreams News Center
• Is Iraq Another 'Vietnam'?Monthly Review, volume 56, issue 2, June 2004
• US/Iraq News Mission and Justice
• Jason Vest, "Willful Ignorance", Bulletin of the Atomic Scientists, July/August 2005. Discusses US approach to counterinsurgency in Iraq.
• Sheehan-Miles, Charles Iraq in Transition: An Examination of Iraqi resistance, terrorism, insurgency and organized crime 2005
• Americans are Losing the Victory in Europe, and Grim Europe Faces Winter of MiseryLife, 7 January 1946
• Oral History Interview with General William H. Draper Jr. Chief, Economics Division, Control Council for Germany, 1945–46
• Oral History Interview with General Lucius D. Clay Deputy military governor, Germany (US) 1946; commander in chief, US Forces in Europe and military governor, US Zone, Germany, 1947–49
• MarchofWar.com – Up-to-date Iraq war clock, war quotes and slogans, plus poll
• Interview with an American Contractor in Iraq
• A Policy for Germany
• Daoud al-Qaissi, Saddam's singer executed
• The World Monuments Fund's Iraq Cultural Heritage Conservation Initiative
• Did the United States Create Democracy in Germany? James L. PayneArchived 25 February 2017 at the Wayback MachineThe Independent Review, Volume 11 Number 2, Fall 2006, Analysis of the axiom that democracy can be imposed
• Bibliography: Iraq Wars: Post 2003 by Edwin Moise
• Imperial Life in the Emerald City: Inside Iraq's Green Zone by Rajiv Chandrasekaran
• Fiasco: The American Military Adventure in Iraq, 2003–2005 by Thomas E. Ricks