มัสยิดตั้งอยู่ทางตอนใต้ของเทมเปิลเมานต์หรือฮารัมอัลชารีฟ ซึ่งเป็นพื้นที่ล้อมรอบที่ขยายโดยกษัตริย์เฮโรดมหาราชเริ่มต้นในปี 20 ก่อน คริสต์ศักราช ระหว่างการบูรณะวิหารยิวแห่งที่สองของพระองค์^{[ 26 ]}มัสยิดตั้งอยู่บนแท่นเทียมที่รองรับด้วยซุ้มโค้งที่สร้างโดยวิศวกรของเฮโรดเพื่อเอาชนะสภาพภูมิประเทศที่ยากลำบากอันเป็นผลมาจากการขยายพื้นที่ล้อมรอบไปทางใต้สู่หุบเขาไทโรโปเอียนและคิดรอน^{[ 27 ]}ในช่วงปลายยุควิหารแห่งที่สองบริเวณที่ตั้งของมัสยิดในปัจจุบันเคยเป็นที่ตั้งของรอยัลสโตอาซึ่ง เป็น มหาวิหารที่ทอดยาวไปตามกำแพงด้านใต้ของพื้นที่ล้อมรอบ^{[ 27 ]}รอยัลสโตอาถูกทำลายไปพร้อมกับวิหารระหว่างการล้อมกรุงเยรูซาเล็มโดยชาวโรมันในปี 70  คริสต์ศักราช

เคยเชื่อกันว่า " Nea Ekklesia of the Theotokos " ของ จักรพรรดิ จัสติเนียนซึ่งแปลว่า" โบสถ์ใหม่แห่งพระแม่มารีผู้ให้กำเนิดพระเจ้า"และรู้จักกันทั่วไปในชื่อโบสถ์เนีย ซึ่งอุทิศแด่พระแม่มารีผู้ให้กำเนิดพระเจ้าได้รับการสถาปนาในปี 543 นั้น ตั้งอยู่ ณ ที่ซึ่งต่อมาได้มีการสร้างมัสยิดอัลอักซาขึ้น อย่างไรก็ตาม ซากที่ระบุว่าเป็นของโบสถ์เนียถูกค้นพบในส่วนใต้ของย่านชาวยิวในปี 1973 ^{[ 28 ] [ 29 ]}

การวิเคราะห์คานและแผ่นไม้ที่นำออกจากมัสยิดระหว่างการบูรณะในช่วงทศวรรษ 1930 แสดงให้เห็นว่าทำจาก ไม้ซีดาร์ และไม้ไซเปรสของเลบานอนการหาอายุด้วยคาร์บอนกัมมันตรังสีให้ช่วงอายุที่กว้างมาก บางชิ้นมีอายุเก่าแก่ถึงศตวรรษที่ 9 ก่อนคริสต์ศักราช แสดงให้เห็นว่าไม้บางส่วนเคยถูกใช้ในอาคารที่เก่ากว่ามาก่อน^{[ 30 ]}อย่างไรก็ตาม การตรวจสอบคานเดียวกันอีกครั้งในช่วงทศวรรษ 2010 ให้วันที่อยู่ในช่วงยุคไบแซนไทน์^{[ 31 ]}

ระหว่างการขุดค้นในช่วงทศวรรษ 1930 โรเบิร์ต แฮมิลตันได้ค้นพบส่วนหนึ่งของพื้นโมเสกหลากสีที่มีลวดลายเรขาคณิต แต่ไม่ได้ตีพิมพ์เผยแพร่^{[ 32 ]}วันที่ของโมเสกเป็นที่ถกเถียงกัน: ซาชี ดวีราพิจารณาว่าโมเสกเหล่านี้มาจากยุคไบแซนไทน์ก่อนอิสลาม ในขณะที่บารุค ไรช์ และแซนด์เฮาส์สนับสนุน ต้นกำเนิดในยุค อุมัยยะฮ์ ที่ใหม่กว่ามาก เนื่องจากมีความคล้ายคลึงกับโมเสกจากพระราชวังอุมัยยะฮ์ที่ขุดพบอยู่ติดกับกำแพงทางใต้ของเทมเปิลเมานต์^{[ 32 ]}โดยการเปรียบเทียบภาพถ่ายกับรายงานการขุดค้นของแฮมิลตัน ดิ เซซาเรได้สรุปว่าโมเสกเหล่านี้เป็นของช่วงที่สองของการก่อสร้างมัสยิดในยุคอุมัยยะฮ์^{[ 33 ]}ยิ่งไปกว่านั้น ลวดลายโมเสกยังพบได้ทั่วไปในอาคารอิสลาม ยิว และคริสเตียนตั้งแต่ศตวรรษที่ 2 ถึงศตวรรษที่ 8 ^{[ 33 ]}ดิ เซซาเรแนะนำว่าแฮมิลตันไม่ได้รวมโมเสกไว้ในหนังสือของเขาเพราะมันถูกทำลายเพื่อสำรวจด้านล่าง^{[ 33 ]}

มัสยิดรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้าที่สร้างจากไม้เป็นส่วนใหญ่บนพื้นที่เทมเปิลเมานต์ซึ่งจุผู้สักการะได้ 3,000 คน ได้รับการยืนยันโดยพระสงฆ์ชาวกอล ชื่ออาร์ คูลฟ์ระหว่างการแสวงบุญไปยังเยรูซาเล็มในช่วงประมาณปี ค.ศ. 679–682 ^{[ 34 ] [ 35 ]}ไม่ทราบตำแหน่งที่แน่นอน^{[ 35 ]}นักประวัติศาสตร์ศิลปะโอเลก กราเบอร์เห็นว่าน่าจะอยู่ใกล้กับมัสยิดในปัจจุบัน^{[ 35 ]}ในขณะที่นักประวัติศาสตร์ ยิลดิริม ยาฟุซ ยืนยันว่าตั้งอยู่ที่บริเวณโดมแห่งศิลาในปัจจุบัน^{[ 36 ]}นักประวัติศาสตร์สถาปัตยกรรมเคเอซี เครสเวลล์ตั้งข้อสังเกตว่าคำยืนยันของอาร์คูลฟ์ทำให้ข้ออ้างจากประเพณีอิสลามบางอย่างและพงศาวดารคริสเตียนในยุคกลางมีความน่าเชื่อถือมากขึ้น ซึ่งเขาเห็นว่าเป็นตำนานหรือไม่น่าเชื่อถือ ว่ากาหลิบราชีดุนคน ที่สอง อุมาร์ ( ครองราชย์ค.ศ. 634–644 ) สั่งให้สร้างมัสยิดแบบดั้งเดิมบนเทมเปิลเมานต์ อย่างไรก็ตาม อาร์คุลฟ์ได้ไปเยือนปาเลสไตน์ในช่วงรัชสมัยของกาหลิบมุอาวิยะห์ที่ 1 ( ครองราชย์ ค.ศ. 661–680 ) ผู้ก่อตั้งรัฐกาหลิบอุมัยยะห์ในซีเรีย^{[ 34 ]}มุอาวิยะห์เคยเป็นผู้ว่าการซีเรีย รวมทั้งปาเลสไตน์เป็นเวลาประมาณ 20 ปีก่อนที่จะขึ้นเป็นกาหลิบ และพิธีขึ้นครองราชย์ของเขาจัดขึ้นที่เยรูซาเลม นักวิชาการชาวเยรูซาเลมในศตวรรษที่ 10 อย่างอิบนุ ทาฮีร์อ้างว่ามุอาวิยะห์ได้สร้างมัสยิดบนฮารัม^{[ 37 ]}

มีความเห็นไม่ตรงกันว่ามัสยิดอัลอักซาในปัจจุบันนั้นสร้างขึ้นโดยกาหลิบอุมัยยะฮ์ อับดุลมาลิก ( ครองราชย์ ค.ศ. 685–705 ) หรือผู้สืบทอดตำแหน่งของเขา คืออัลวาลิดที่ 1 ( ครองราชย์ ค.ศ. 705–715 ) นักประวัติศาสตร์สถาปัตยกรรมหลายคนเชื่อว่าอับดุลมาลิกเป็นผู้ริเริ่มโครงการ และอัลวาลิดเป็นผู้สร้างหรือต่อเติมให้เสร็จสมบูรณ์^{[ e ]}อับดุลมาลิกได้ริเริ่มงานสถาปัตยกรรมที่ยิ่งใหญ่บนเทมเปิลเมานต์ รวมถึงการสร้างโดมแห่งศิลาในราวปี ค.ศ. 691ประเพณีอิสลามทั่วไปเชื่อว่าอับดุลมาลิกเป็นผู้ริเริ่มการสร้างโดมแห่งศิลาและมัสยิดอัลอักซาในเวลาเดียวกัน^{[ 45 ]}เนื่องจากทั้งสองถูกสร้างขึ้นบนแกนเดียวกันโดยเจตนา Grabar จึงแสดงความคิดเห็นว่าโครงสร้างทั้งสองเป็น "ส่วนหนึ่งของกลุ่มอาคารที่คิดมาอย่างดีทางสถาปัตยกรรม ซึ่งประกอบด้วยอาคารสำหรับชุมนุมและอาคารอนุสรณ์" ซึ่งก็คือมัสยิดอัลอักซาและโดมแห่งศิลา ตามลำดับ^{[ 46 ] [ f ]} Guy le Strange อ้างว่า Abd al-Malik ใช้วัสดุจากโบสถ์ Our Lady ที่ถูกทำลายเพื่อสร้างมัสยิด และชี้ให้เห็นหลักฐานที่เป็นไปได้ว่าโครงสร้างพื้นฐานที่มุมตะวันออกเฉียงใต้ของมัสยิดเป็นซากของโบสถ์^{[ 47 ]}

แหล่งข้อมูลที่เก่าแก่ที่สุดที่บ่งชี้ถึงงานของอัล-วาลิดเกี่ยวกับมัสยิดคือปาปรียาอโฟรดิโต^{[ 48 ]}ซึ่งประกอบด้วยจดหมายระหว่างผู้ว่าการของอัล-วาลิดแห่งอียิปต์ในเดือนธันวาคม ค.ศ. 708 ถึงมิถุนายน ค.ศ. 711 และเจ้าหน้าที่รัฐบาลในอียิปต์ตอนบนซึ่งกล่าวถึงการส่งแรงงานและช่างฝีมือชาวอียิปต์ไปช่วยสร้างมัสยิดอัล-อักซา ซึ่งเรียกกันว่า "มัสยิดแห่งเยรูซาเลม" ^{[ 42 ]}คนงานที่ถูกกล่าวถึงใช้เวลาระหว่างหกเดือนถึงหนึ่งปีในการก่อสร้าง^{[ 49 ]}นักประวัติศาสตร์หลายคนในศตวรรษที่ 10 และ 13 ยกย่องอัล-วาลิดว่าเป็นผู้ก่อตั้งมัสยิด แม้ว่านักประวัติศาสตร์อามิกัม เอลาดจะสงสัยในความน่าเชื่อถือของพวกเขาในเรื่องนี้ก็ตาม^{[ g ]}ในปี ค.ศ. 713–714 เกิดแผ่นดินไหวหลายครั้งในเยรูซาเลม ทำลายส่วนตะวันออกของมัสยิด ซึ่งต่อมาได้รับการสร้างใหม่ตามคำสั่งของอัล-วาลิด เขาได้นำทองคำจากโดมแห่งศิลามาหลอมเพื่อใช้เป็นเงินทุนในการซ่อมแซมและปรับปรุง เขาได้รับการยกย่องจากนักประวัติศาสตร์ในต้นศตวรรษที่ 15 อย่างอัล-กัลกา ชันดี ว่าเป็นผู้ตกแต่งผนังมัสยิดด้วยโมเสก^{[ 44 ]}กราเบอร์ตั้งข้อสังเกตว่ามัสยิดในยุคอุมัยยะฮ์ได้รับการประดับประดาด้วยโมเสก หินอ่อน และ "งานไม้แกะสลักและทาสีที่น่าทึ่ง" ^{[ 46 ]}ส่วนหลังนี้ได้รับการเก็บรักษาไว้บางส่วนใน พิพิธภัณฑ์ ^{โบราณคดี}ปาเลสไตน์และบางส่วนในพิพิธภัณฑ์อิสลาม [ ^{46 ]}

การประมาณขนาดของมัสยิดที่สร้างโดยราชวงศ์อุมัยยะฮ์โดยนักประวัติศาสตร์สถาปัตยกรรมมีตั้งแต่112 x 39 เมตร (367 ฟุต x 128 ฟุต) ^{[ 51 ]}ถึง114.6 x 69.2 เมตร (376 ฟุต x 227 ฟุต) ^{[ 36 ]}อาคารมีรูปทรงสี่เหลี่ยมผืนผ้า^{[ 36 ]} ในการประเมินของ Grabar ผัง ของมัสยิดเป็นแบบดัดแปลงจาก มัสยิด เสา แบบดั้งเดิม ในยุคนั้น ลักษณะที่ "ผิดปกติ" คือทางเดินวางตั้งฉากกับ ผนัง กิบลัตจำนวนทางเดินไม่เป็นที่ทราบแน่ชัด แม้ว่านักประวัติศาสตร์หลายคนจะระบุว่ามีสิบห้าทาง ทางเดินกลางซึ่งมีความกว้างเป็นสองเท่าของทางเดินอื่น ๆ น่าจะมีโดมอยู่ด้านบน^{[ 46 ]}      

ช่วงปีสุดท้ายของการปกครองของราชวงศ์อุมัยยะฮ์เป็นช่วงเวลาที่วุ่นวายสำหรับกรุงเยรูซาเล็ม กาหลิบอุมัยยะฮ์องค์สุดท้ายมาร์วานที่ 2 ( ครองราชย์ ค.ศ. 744–750 ) ลงโทษชาวเยรูซาเล็มที่สนับสนุนการกบฏต่อต้านพระองค์โดยเจ้าชายคู่แข่ง และทำลายกำแพงเมือง^{[ 52 ]} ในปี ค.ศ. 746 มัสยิดอัลอักซาถูกทำลายจากแผ่นดินไหว สี่ปีต่อมา ราชวงศ์อุมัยยะฮ์ก็ถูกโค่นล้มและถูกแทนที่ด้วยกาหลิบอับบาสิดซึ่งตั้งอยู่ในอิรัก^{[ 53 ]}

โดยทั่วไปแล้วราชวงศ์อับบาสิดไม่ค่อยสนใจกรุงเยรูซาเลมมากนัก^{[ 54 ]}แม้ว่านักประวัติศาสตร์Shelomo Dov Goiteinจะบันทึกไว้ว่าพวกเขา "ถวายเครื่องบรรณาการพิเศษ" แก่เมืองนี้ในช่วงต้นรัชสมัยของพวกเขา^{[ 52 ]}และ Grabar ยืนยันว่างานของราชวงศ์อับบาสิดในช่วงต้นเกี่ยวกับมัสยิดนั้นชี้ให้เห็นถึง "ความพยายามครั้งสำคัญในการยืนยันการสนับสนุนสถานที่ศักดิ์สิทธิ์ของราชวงศ์อับบาสิด" ^{[ 55 ]}อย่างไรก็ตาม เมื่อเปรียบเทียบกับยุคอุมัยยะฮ์ การบำรุงรักษามัสยิดอัลอักซาในช่วงการปกครองของราชวงศ์อับบาสิดมักมาจากความคิดริเริ่มของชุมชนมุสลิมในท้องถิ่น มากกว่าจากกาหลิบ^{[ 53 ] [ 46 ]}กาหลิบอับบาสิดองค์ที่สองอัล-มันซูร์ ( ครองราชย์ 754–775 ) ได้เสด็จเยือนกรุงเยรูซาเลมในปี 758 ระหว่างเดินทางกลับจาก การแสวง บุญฮัจญ์ที่เมกกะพระองค์พบว่าโครงสร้างบนฮารัมพังทลายจากแผ่นดินไหวในปี 746 รวมถึงมัสยิดอัลอักซาด้วย ตามธรรมเนียมที่มูจิร อัล-ดิน อ้างถึง ชาวมุสลิมในเมืองได้ขอร้องให้กาหลิบช่วยออกเงินบูรณะอาคารต่างๆ เพื่อเป็นการตอบสนอง กาหลิบจึงสั่งให้แปลงแผ่นทองและเงินที่ปิดประตูมัสยิดเป็นเงินดีนาร์และดีร์ฮัมเพื่อนำไปเป็นทุนในการบูรณะ^{[ 54 ]}

แผ่นดินไหวครั้งที่สองทำให้การซ่อมแซมของอัล-มันซูร์ส่วนใหญ่เสียหาย ยกเว้นส่วนทางใต้ใกล้กับมิห์ราบ (ช่องละหมาดที่ระบุทิศกิบลัต ) ในปี 780 ผู้สืบทอดตำแหน่งของเขาอัล-มะห์ดีได้สั่งให้สร้างใหม่ โดยกำหนดให้ผู้ว่าราชการจังหวัดและผู้บัญชาการคนอื่นๆ แต่ละคนร่วมออกค่าใช้จ่ายในการสร้างเสา[ ^{56 ] การ}บูรณะของอัล-มะห์ดีเป็นครั้งแรกที่มีบันทึกเป็นลายลักษณ์อักษรอธิบาย^{[ 57 ]}นักภูมิศาสตร์ชาวเยรูซาเลมอัล-มุกัดดาสีซึ่งเขียนในปี 985 ได้ให้คำอธิบายดังต่อไปนี้:

มัสยิดแห่งนี้สวยงามยิ่งกว่ามัสยิดแห่งดามัสกัสเสียอีก... ตัวอาคาร [หลังจากการบูรณะของอัล-มะห์ดี] แข็งแรงและมั่นคงกว่าที่เคยเป็นมาในอดีต ส่วนที่เก่าแก่กว่ายังคงอยู่ แม้จะเป็นเหมือนจุดชมวิวที่สวยงามท่ามกลางส่วนใหม่... มัสยิดอักซามีประตู 26 บาน... ใจกลางของอาคารหลักถูกปกคลุมด้วยหลังคาขนาดใหญ่ สูงชันและเป็นทรงจั่วเหนือหลังคานั้นมีโดมอันงดงามตั้งอยู่^{[ 58 ]}

อัล-มุกัดดาสีตั้งข้อสังเกตเพิ่มเติมว่ามัสยิดประกอบด้วยทางเดิน 15 ทางที่เรียงตัวตั้งฉากกับทิศกิบลัตและมีระเบียงที่ตกแต่งอย่างวิจิตรบรรจงพร้อมจารึกชื่อของกาหลิบราชวงศ์อับบาสิดไว้ที่ประตู^{[ 55 ]}ตามที่แฮมิลตันกล่าว คำอธิบายของอัล-มุกัดดาสีเกี่ยวกับมัสยิดในยุคอับบาสิดได้รับการยืนยันจากการค้นพบทางโบราณคดีของเขาในปี 1938–1942 ซึ่งแสดงให้เห็นว่าสิ่งก่อสร้างในยุคอับบาสิดยังคงรักษาบางส่วนของโครงสร้างเดิมไว้ และมีทางเดินกลางที่กว้างขวางซึ่งมีโดมอยู่ด้านบน^{[ 59 ]}มัสยิดที่อัล-มุกัดดาสีบรรยายไว้นั้นเปิดออกไปทางทิศเหนือ ไปทางโดมแห่งศิลา และที่ผิดปกติตามที่กราเบอร์กล่าวคือเปิดออกไปทางทิศตะวันออกด้วย^{[ 55 ]}

นอกจากอัล-มันซูร์และอัล-มะห์ดีแล้ว ไม่มีกาหลิบอับบาสิดองค์ใดเดินทางมาเยือนเยรูซาเลมหรือสั่งให้สร้างมัสยิดอัล-อักซาอีกเลย แม้ว่ากาหลิบอัล-มามูน ( ครองราชย์ ค.ศ. 813–833 ) จะสั่งให้สร้างสิ่งก่อสร้างสำคัญอื่นๆ ในฮารัมก็ตาม เขายังบริจาคประตู ทองสัมฤทธิ์ ให้กับภายในมัสยิด และนักภูมิศาสตร์นาซีร์ คุสรอว์ได้บันทึกไว้ระหว่างการเยือนในปี ค.ศ. 1047 ว่าชื่อของอัล-มามูนถูกจารึกไว้บนนั้น^{[ 60 ]}อับดุลลอฮ์ อิบนุ ทาฮีร์ผู้ว่าราชการอับบาสิดแห่งจังหวัดคุราซาน ทางตะวันออก ( ครองราชย์ ค.ศ. 828–844 ) ได้รับการยกย่องจากอัล-มุกัดดาสีว่าเป็นผู้สร้างเสาหินอ่อนเรียงรายอยู่ด้านหน้าประตูทั้งสิบห้าบานทางด้านหน้า (ทิศเหนือ) ของมัสยิด^{[ 61 ]}

ในปี 970 รัฐกาหลิบฟาติมิดซึ่งตั้งอยู่ในอียิปต์ได้พิชิตปาเลสไตน์จากพวกอิคชิดิดซึ่งเป็นพันธมิตรโดยนามของพวกอับบาสิด ต่างจากพวกอับบาสิดและชาวมุสลิมในเยรูซาเลมซึ่งเป็นชาวซุนนีพวกฟาติมิดนับถือศาสนาอิสลามนิกายชีอะห์ในรูปแบบ ของ อิสมาอีลี^{[ 63 ]}ในปี 1033 เกิดแผ่นดินไหวอีกครั้ง ทำให้ มัสยิดได้รับความเสียหายอย่างหนัก กาหลิบฟาติมิดอัล-ซาฮีร์ ( ครองราชย์ 1021–1036 ) ได้ทำการบูรณะมัสยิดขึ้นใหม่ระหว่างปี 1034 ถึง 1036 แม้ว่างานจะยังไม่เสร็จสมบูรณ์จนกระทั่งปี 1065 ในรัชสมัยของกาหลิบอัล-มุสตันซีร์ ( ครองราชย์ 1036–1094 ) ^{[ 55 ]}

มัสยิดใหม่มีขนาดเล็กกว่ามาก ลดลงจาก 15 ทางเดินเหลือ 7 ทางเดิน^{[ 55 ]}ซึ่งอาจสะท้อนถึงการลดลงอย่างมากของประชากรในท้องถิ่นในช่วงเวลานี้^{[ 64 ] [ h ]}ไม่รวมทางเดินสองทางที่อยู่ด้านข้างของทางเดินกลาง แต่ละทางเดินประกอบด้วยซุ้มโค้ง 11 ซุ้มที่ตั้งฉากกับทิศกิบลัตทางเดินกลางมีความกว้างเป็นสองเท่าของทางเดินอื่นๆ และมีหลังคาจั่วพร้อมโดม^{[ 67 ] [ i ]}มัสยิดนี้อาจไม่มีประตูข้างเหมือนมัสยิดหลังก่อน^{[ 55 ]}

ลักษณะเด่นและแตกต่างของสิ่งก่อสร้างใหม่คือโครงการโมเสกอันอุดมสมบูรณ์ที่ประดับประดาบนฐานโดม เพนเดนทีฟที่นำไปสู่โดม และซุ้มประตูหน้ามิห์ราบ [ ^{67 ] [ 68 ] พื้นที่}สามส่วนที่อยู่ติดกันซึ่งปกคลุมด้วยโมเสกนี้เรียกรวมกันว่า "ซุ้มประตูชัย" โดย Grabar หรือ " maqsura " โดย Pruitt ^{[ 67 ]}การออกแบบโมเสกนั้นหายากในสถาปัตยกรรมอิสลามในยุคหลังอุมัยยะฮ์ และโมเสกของอัล-ซาฮีร์เป็นการฟื้นฟูแนวทางปฏิบัติทางสถาปัตยกรรมของอุมัยยะฮ์ นี้ รวมถึงโมเสกของอับดุลมาลิกในโดมแห่งศิลา แต่ในขนาดที่ใหญ่กว่า โมเสกบนฐานโดมแสดงถึงสวนอันหรูหราที่ได้รับแรงบันดาลใจจากสไตล์อุมัยยะฮ์หรือ สไตล์ คลาสสิกเพนเดนทีฟทั้งสี่เป็นสีทองและมีลักษณะเป็นวงกลม เว้าแหว่ง สลับกับระนาบสีทองและสีเงิน และมีลวดลายของดวงตานกยูง ดาวแปดแฉก และใบปาล์ม บนซุ้มประตูมีภาพวาดขนาดใหญ่ของพืชพรรณที่งอกออกมาจากแจกันขนาดเล็ก^{[ 69 ] [ 68 ]}

เหนือซุ้มประตูที่นำไปสู่บริเวณโดม มีจารึกยาวสองบรรทัดเป็นทองคำที่เชื่อมโยงมัสยิดอัลอักซาโดยตรงกับการเดินทางในยามค่ำคืน ของมูฮัมหมัด ( อิสราและมิอ์รอจญ์ ) จาก " มัสยิดอัลฮะรอม " ไปยัง " มัสยิดอัลอักซา " ^{[ 70 ]}นับเป็นครั้งแรกที่มีการจารึกโองการอัลกุรอานนี้ในเยรูซาเลม ทำให้กราเบอร์ตั้งสมมติฐานว่าเป็นการกระทำอย่างเป็นทางการของราชวงศ์ฟาติมิดเพื่อเน้นย้ำความศักดิ์สิทธิ์ของสถานที่แห่งนี้^{[ 64 ]}จารึกนี้ยกย่องอัลซาฮีร์สำหรับการบูรณะมัสยิด และบุคคลนิรนามอีกสองคนคือ อบู อัลวาซิม และชารีฟอัลฮาซัน อัลฮุเซย์นี สำหรับการควบคุมดูแลงาน^{[ 70 ] [ j ]}

นาซีร์ คุสรอว์ บรรยายถึงมัสยิดระหว่างการเยี่ยมชมในปี 1047 ^{[ 71 ]}เขาถือว่ามัน "ใหญ่มาก" โดยมีขนาด 420 คูณ 150 ศอกทางด้านตะวันตก ระยะห่างระหว่างเสาหินอ่อน "แกะสลัก" แต่ละต้น ซึ่งมีจำนวน 280 ต้น คือ 6 ศอก เสาเหล่านี้ได้รับการรองรับด้วยซุ้มหินและข้อต่อตะกั่ว^{[ 72 ]}เขาสังเกตเห็นคุณลักษณะดังต่อไปนี้:

... มัสยิดปูด้วยหินอ่อนสีต่างๆ ทั่วทุกหนแห่ง ... มักซูเราะห์ [หรือพื้นที่ที่กั้นรั้วไว้สำหรับเจ้าหน้าที่] หันหน้าไปทางกลางกำแพงด้านใต้ [ของมัสยิดและบริเวณฮารัม] และมีขนาดใหญ่พอที่จะมีเสา 16 ต้น ด้านบนมีโดมขนาดใหญ่ที่ประดับประดาด้วยงานเคลือบ^{[ 72 ]}

การลงทุนจำนวนมากของอัล-ซาฮีร์ในฮารัม รวมถึงมัสยิดอัล-อักซา ท่ามกลางความไม่มั่นคงทางการเมืองในเมืองหลวงไคโรการก่อกบฏของ ชนเผ่า เบดูอินโดยเฉพาะชาวจาร์ราฮิดแห่งปาเลสไตน์ และโรคระบาด แสดงให้เห็นถึง "ความมุ่งมั่นต่อเยรูซาเลม" ของกาหลิบ ตามคำกล่าวของพรูอิต^{[ 73 ]}แม้ว่าเมืองจะมีประชากรลดลงในช่วงหลายทศวรรษที่ผ่านมา ราชวงศ์ฟาติมิดก็พยายามสร้างความงดงามและสัญลักษณ์ของมัสยิด และฮารัมโดยทั่วไป ด้วยเหตุผลทางศาสนาและการเมืองของตนเอง^{[ k ]}มัสยิดในปัจจุบันยังคงรักษารูปแบบส่วนใหญ่ของอัล-ซาฮีร์ไว้^{[ 76 ]}

การลงทุนของราชวงศ์ฟาติมิดในเยรูซาเลมหยุดชะงักลงในช่วงปลายศตวรรษที่ 11 เนื่องจากอำนาจการปกครองของพวกเขายิ่งไม่มั่นคงมากขึ้น ในปี 1071 อัทซิซ ทหารรับจ้างชาวตุรกี ได้รับเชิญจากผู้ว่าการเมืองฟาติมิดให้มาปราบปรามชาวเบดูอิน แต่เขากลับหันมาต่อต้านราชวงศ์ฟาติมิด ล้อมและยึดครองเยรูซาเลมในปีนั้น ไม่กี่ปีต่อมา ชาวเมืองก่อการจลาจลต่อต้านเขา และถูกอัทซิซสังหารหมู่ รวมถึงผู้ที่หลบภัยอยู่ในมัสยิดอัลอักซาด้วย เขาถูกสังหารโดยชาวเซลจุก ตุรกี ในปี 1078 ทำให้เกิดการปกครองของเซลจุกเหนือเมือง ซึ่งดำรงอยู่จนกระทั่งราชวงศ์ฟาติมิดกลับมาควบคุมได้อีกครั้งในปี 1098 ^{[ 77 ]}

กรุง เยรูซาเลมถูกยึดครองโดยพวกครูเซเดอร์ในปี ค.ศ. 1099 ระหว่างสงครามครูเซดครั้งที่หนึ่งพวกเขาตั้งชื่อมัสยิดว่าTemplum Solomonis ( วิหารของโซโลมอน ) เพื่อแยกความแตกต่างจากโดมแห่งศิลา ซึ่งพวกเขาตั้งชื่อว่าTemplum Domini (วิหารของพระเจ้า) ในขณะที่โดมแห่งศิลาถูกเปลี่ยนเป็นโบสถ์คริสต์ภายใต้การดูแลของคณะออกัสติน [ ^{78 ] มัสยิด}อัลอักซาถูกใช้เป็นพระราชวังและคอกม้า ในปี ค.ศ. 1119 กษัตริย์ครูเซเดอร์ได้จัดตั้งกองบัญชาการของอัศวินเทมพลาร์ไว้ข้างพระราชวังของพระองค์ภายในอาคาร ในช่วงเวลานี้ มัสยิดได้รับการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างบางส่วน รวมถึงการขยายระเบียงทางทิศเหนือ และการเพิ่มส่วนโค้งและกำแพงกั้น นอกจากนี้ยังมีการสร้างระเบียงทางเดินและโบสถ์ใหม่ขึ้นในบริเวณนั้น พร้อมกับสิ่งก่อสร้างอื่นๆ อีกหลายแห่ง^{[ 79 ]}อัศวินเทมพลาร์ได้สร้างส่วนต่อเติมทางทิศตะวันตกและทิศตะวันออกที่มีหลังคาโค้งให้กับอาคาร ปัจจุบันส่วนตะวันตกใช้เป็นมัสยิดสำหรับสตรี และส่วนตะวันออกใช้เป็นพิพิธภัณฑ์อิสลาม^{[ 80 ]}

หลังจากที่ราชวงศ์อัยยูบิดภายใต้การนำของซาลาดินยึดกรุงเยรูซาเล็มคืนได้หลังจากการปิดล้อมในปี 1187ก็มีการซ่อมแซมและปรับปรุงมัสยิดอัลอักซาหลายครั้ง เพื่อเตรียมมัสยิดสำหรับการละหมาดวันศุกร์ภายในหนึ่งสัปดาห์หลังจากที่ซาลาดินยึดกรุงเยรูซาเล็มได้ เขาได้สั่งให้รื้อห้องน้ำและที่เก็บธัญพืชที่พวกครูเซเดอร์ติดตั้งไว้ที่อัลอักซาออก ปูพื้นด้วยพรมอันล้ำค่า และอบกลิ่นน้ำกุหลาบและธูปภายในมัสยิด^{[ 81 ]}การบูรณะครั้งนี้ได้รับการจารึกไว้ด้วยอักษรนัสคี อาหรับ ที่ทำขึ้นบนแผงโมเสกแก้วปิดทองเหนือมิห์ราบ [ ^{82 ] สุลต่าน}นูร์ อัล-ดิน ผู้ปกครองก่อนหน้า ซาลาดิน จาก ราชวงศ์ เซงกิ ด ก็ได้สั่งให้สร้างมินบาร์หรือ "แท่นเทศน์" ใหม่ที่ทำจากงาช้างและไม้ในปี 1168–69 ซึ่งสร้างเสร็จหลังจากที่เขาเสียชีวิตมินบาร์ของนูร์ อัด-ดินถูกเพิ่มเข้าไปในมัสยิดในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1187 โดยซาลาดิน วางไว้ข้างมิห์ราบ^{[ 83 ]}

สุลต่านอัยยูบิดแห่งดามัสกัสอัล-มุอัซซัมได้สร้างระเบียงทางทิศเหนือของมัสยิดพร้อมประตูสามบานในปี 1218 ในปี 1345 สุลต่านมั มลุกอัล-กามิล ชาบานได้เพิ่มทางเดินสองทางและประตูสองบานทางด้านตะวันออกของมัสยิด^{[ 80 ]}

ในสมัยราชวงศ์มัมลุก ในปี ค.ศ. 1327-1328 (ค.ศ. 728) อัล-นาซีร์ มูฮัมหมัดได้สั่งให้บูรณะโดมของมัสยิด ดังที่ระบุไว้ในจารึกที่ระลึกที่จารึกไว้บนนั้น^{[ 84 ]}เขายังได้สร้างกำแพงทางใต้ของอัล-อักซาขึ้นใหม่ ในขณะที่ไกต์เบย์ได้สั่งให้บูรณะหลังคาตะกั่ว^{[ 85 ]}

หลังจากที่ชาวออตโตมันขึ้นครองอำนาจในปี 1517 พวกเขาไม่ได้ดำเนินการปรับปรุงหรือซ่อมแซมมัสยิดครั้งใหญ่ใดๆ พวกเขาได้สร้างผลงานทางสถาปัตยกรรมอื่นๆ ในบริเวณฮารัม รวมถึงการสร้างน้ำพุของกาซิม ปาชา (1527) และโดมตั้งอิสระสามแห่ง ซึ่งที่โดดเด่นที่สุดคือโดมของศาสดาที่สร้างขึ้นในปี 1538 และการบูรณะสระน้ำรารันจ์การก่อสร้างเหล่านี้ได้รับมอบหมายจากผู้ว่าการออตโตมันแห่งเยรูซาเลม ไม่ใช่จากสุลต่าน [ ^{86 ] ซึ่งมีส่วนร่วมจำกัดเพียงการ ต่อ}เติมหอคอยมินาเร็ตที่มีอยู่^{[ 86 ]}

ในปี พ.ศ. 2359 มัสยิดได้รับการบูรณะโดยสุไลมาน ปาชา อัล-อาดิลผู้ว่าราชการเมืองไซดอน ซึ่งประจำอยู่ที่ เมืองเอเคอร์หลังจากที่อยู่ในสภาพทรุดโทรม^{[ 87 ]}

มัสยิดได้รับความเสียหายจากแผ่นดินไหวในกาลิลีเมื่อปี พ.ศ. 2380 ^{[ 80 ]}

การบูรณะครั้งแรกในศตวรรษที่ 20 เกิดขึ้นในปี 1922 เมื่อสภาสูงสุดของมุสลิมภายใต้ การนำของ อามิน อัล-ฮุเซย์นี (แกรนด์มุฟตีแห่งเยรูซาเลม ) ได้มอบหมายให้สถาปนิกชาวตุรกีอาห์เมต เคมาเลตติน เบย์ บูรณะ มัสยิดอัล-อักซาและอนุสรณ์สถานในบริเวณโดยรอบ สภายังได้มอบหมายให้สถาปนิกชาวอังกฤษ ผู้เชี่ยวชาญด้านวิศวกรรม ชาวอียิปต์และเจ้าหน้าที่ท้องถิ่นร่วมมือและกำกับดูแลการซ่อมแซมและการต่อเติม ซึ่งดำเนินการในปี 1924–25 โดยเคมาเลตติน การบูรณะรวมถึงการเสริมความแข็งแรงให้กับฐานรากสมัยอุมัยยะฮ์โบราณของมัสยิด การแก้ไขเสาภายในการเปลี่ยน คาน การสร้าง นั่งร้าน การอนุรักษ์ซุ้มประตูและส่วนฐานของโดมหลักภายใน การสร้างกำแพงด้านใต้ขึ้นใหม่ และการเปลี่ยนไม้ในส่วนกลางของมัสยิดด้วยแผ่นคอนกรีต การบูรณะยังเผยให้เห็นภาพโมเสกและจารึกสมัยฟา ติมิดบนซุ้มประตูภายในที่เคยถูกปิดทับด้วยปูนปลาสเตอร์ ซุ้มประตูได้รับการตกแต่งด้วย ปูนปลาสเตอร์สีทองและสีเขียวและคานยึดไม้ถูกแทนที่ด้วยทองเหลืองหน้าต่างกระจกสีหนึ่งในสี่ได้รับการบูรณะอย่างระมัดระวังเพื่อรักษารูปแบบดั้งเดิมของราชวงศ์อับบาซิดและฟาติมิดไว้^{[ 88 ]}

แผ่นดินไหวที่เจริโคในปี 1927ก่อให้เกิดความเสียหายร้ายแรง^{[ 80 ]}ความเสียหายจากแผ่นดินไหวในปี 1927 และการสั่นสะเทือนเล็กน้อยในช่วงฤดูร้อนของปี 1937 ทำให้หลังคาของมัสยิดพังทลายลง^{[ 89 ]}มีการซ่อมแซมในปี 1938 และ 1942 ^{[ 80 ]}ส่วนบนของกำแพงด้านเหนือของมัสยิดได้รับการสร้างใหม่ และส่วนภายในทั้งหมดของหลังคาได้รับการตกแต่งใหม่ การซ่อมแซมอื่นๆ รวมถึงการสร้างวงกบและคานประตูตรงกลางขึ้นใหม่บางส่วน การตกแต่งด้านหน้าของระเบียง 5 ช่อง และการรื้อถอนอาคารโค้งที่เคยอยู่ติดกับด้านตะวันออกของมัสยิด^{[ 89 ]}เบนิโต มุสโซลินีผู้นำลัทธิฟาสซิสต์ชาวอิตาลีได้บริจาค เสา หินอ่อนคาร์ราราในช่วงปลายทศวรรษ 1930 ^{[ 90 ]}

เมื่อวันที่ 20 กรกฎาคม ค.ศ. 1951 กษัตริย์อับดุลลาห์ที่ 1ถูกมือปืนชาวปาเลสไตน์ยิงสามนัดขณะเสด็จเข้ามัสยิด ทำให้พระองค์สิ้นพระชนม์ พระราชโอรสของพระองค์เจ้าชายฮุสเซนประทับอยู่ข้างพระองค์และถูกยิงด้วยเช่นกัน แต่เหรียญที่พระองค์สวมอยู่ที่หน้าอกช่วยเบี่ยงเบนกระสุนไว้ได้

สถานที่แห่งนี้ตกอยู่ภายใต้การควบคุมของอิสราเอลเมื่อวันที่ 7 มิถุนายน พ.ศ. 2510 ในช่วงสงคราม 6 วันเมื่อวันที่ 21 สิงหาคม พ.ศ. 2512 นักท่องเที่ยวจากออสเตรเลียชื่อเดนิส ไมเคิล โรฮาน [ ^{91 ] ซึ่ง}เป็นคริสเตียนนิกายอีแวนเจลิ คัล ได้จุดไฟเผามัสยิดอัลอัก ซาโดยหวังว่าการเผามัสยิดอัลอักซาจะเร่งให้พระเยซูเสด็จกลับมาครั้งที่สอง^{[ 92 ]}เพื่อตอบสนองต่อเหตุการณ์ดังกล่าว การประชุมสุดยอดของประเทศอิสลามจึงจัดขึ้นที่ราบัตในปีเดียวกัน โดยมี ไฟ ซาลแห่งซาอุดีอาระเบียกษัตริย์แห่งซาอุดีอาระเบีย ในขณะนั้น เป็นเจ้าภาพ เหตุการณ์ไฟไหม้มัสยิดอัลอักซาถือเป็นหนึ่งในปัจจัยกระตุ้นการก่อตั้งองค์การความร่วมมืออิสลาม (OIC ซึ่งปัจจุบันคือองค์การความร่วมมืออิสลาม ) ในปี พ.ศ. 2515 ^{[ 93 ]}

หลังเกิดเพลิงไหม้ โดมได้รับการสร้างใหม่ด้วยคอนกรีตและหุ้มด้วยอะลูมิเนียมอะโนไดซ์ แทนที่แผ่นตะกั่วเคลือบอีนาเมลแบบเดิม ในปี 1983 ได้มีการเปลี่ยนวัสดุหุ้มด้านนอกที่เป็นอะลูมิเนียมเป็นตะกั่วเพื่อให้ตรงกับการออกแบบดั้งเดิมของ az-Zahir ^{[ 94 ]}

ในช่วงทศวรรษ 1980 เบน โชชานและเยฮูดา เอทซิออนสมาชิกทั้งสองของกลุ่มกุช เอมูนิม อันเดอร์กราวด์วางแผนที่จะระเบิดมัสยิดอัลอักซาและโดมแห่งศิลาเอทซิออนเชื่อว่าการระเบิดมัสยิดทั้งสองแห่งจะทำให้เกิดการตื่นรู้ทางจิตวิญญาณในอิสราเอล และจะแก้ปัญหาทั้งหมดของชาวอิสราเอล พวกเขายังหวังว่าพระวิหารที่สามของเยรูซาเล็มจะถูกสร้างขึ้นบนที่ตั้งของมัสยิด^{[ 95 ] [ 96 ]}

เมื่อวันที่ 5 พฤศจิกายน 2014 ตำรวจอิสราเอลได้เข้าไปในอัล-อักซาเป็นครั้งแรกนับตั้งแต่ยึดกรุงเยรูซาเลมได้ในปี 1967 เชค อัซซัม อัล-คาทิบ ผู้อำนวยการของอิสลามวักฟ์กล่าว รายงานข่าวก่อนหน้านี้ของสื่อเกี่ยวกับการ 'บุกโจมตีอัล-อักซา' หมายถึงบริเวณฮารัม อัล-ชารีฟ ไม่ใช่ตัวมัสยิดอัล-อักซาเอง^{[ 97 ]}

ระหว่างสงครามอิหร่านปี 2026มัสยิดถูกปิดเป็นเวลา 40 วันโดยทางการอิสราเอล ซึ่งถือเป็นครั้งแรกที่มัสยิดถูกปิดในช่วงละหมาดวันอีดนับตั้งแต่ปี 1967 ^{[ 98 ] [ 99 ]}มีผู้คนประมาณ 100,000 คนเข้าร่วมละหมาดวันศุกร์ในวันถัดจากวันที่มัสยิดเปิดทำการอีกครั้ง^{[ 100 ] [ 101 ]}

ไม่มีสิ่งใดหลงเหลืออยู่จากโดมเดิมที่สร้างโดยอับดุลมาลิก โดมในปัจจุบันเลียนแบบโดมของอัซซาฮีร์ ซึ่งประกอบด้วยไม้ที่เคลือบด้วยตะกั่วเคลือบแต่ถูกทำลายด้วยไฟไหม้ในปี พ.ศ. 2512 ปัจจุบันสร้างจากคอนกรีตหุ้มด้วยแผ่นตะกั่ว^{[ 94 ]}

โดมของอัลอักซาเป็นหนึ่งในโดมไม่กี่แห่งที่สร้างขึ้นด้านหน้ามิห์ราบในช่วงสมัยอุมัยยะฮ์และอับบาสิด โดยโดมอื่นๆ ได้แก่ มัสยิดอุมัยยะฮ์ในดามัสกัส (715) และมัสยิดใหญ่แห่งซูสส์ (850) ^{[ 104 ]}ภายในโดมตกแต่งด้วยภาพวาดสมัยศตวรรษที่ 14 ในระหว่างเหตุการณ์ไฟไหม้ในปี 1969 ภาพวาดเหล่านี้ถูกสันนิษฐานว่าสูญหายไปอย่างถาวร แต่ได้รับการบูรณะขึ้นใหม่ทั้งหมดโดยใช้ เทคนิค trateggioซึ่งเป็นวิธีการใช้เส้นแนวตั้งละเอียดเพื่อแยกพื้นที่ที่บูรณะขึ้นใหม่จากพื้นที่ดั้งเดิม^{[ 94 ]}

ด้านหน้าของมัสยิดสร้างขึ้นในปี ค.ศ. 1065 ตามคำสั่งของกาหลิบฟาติมิดอัล-มุสตันซีร์ บิลลาห์ประดับด้วยราวระเบียงที่ประกอบด้วยซุ้มโค้งและเสาขนาดเล็ก พวกครูเซเดอร์ทำลายด้านหน้าของมัสยิด แต่ได้รับการบูรณะและปรับปรุงใหม่โดยราชวงศ์อัยยูบิด มีการเพิ่มเติมการปูกระเบื้องที่ด้านหน้า^{[ 80 ]}วัสดุที่ใช้แล้วของซุ้มโค้งด้านหน้าประกอบด้วยวัสดุแกะสลักและประดับตกแต่งที่นำมาจากสิ่งก่อสร้างของครูเซเดอร์ในเยรูซาเลม^{[ 105 ]}ด้านหน้าประกอบด้วยซุ้มโค้งหินสิบสี่ซุ้ม^{[ 106 ]}ซึ่งส่วนใหญ่เป็น แบบ โรมาเนสก์ซุ้มโค้งด้านนอกที่เพิ่มเข้ามาโดยพวกมัมลุกมีรูปแบบโดยทั่วไปเหมือนกัน ทางเข้ามัสยิดอยู่ผ่านซุ้มโค้งกลางของด้านหน้า^{[ 107 ]}

ระเบียงตั้งอยู่ด้านบนสุดของส่วนหน้าอาคาร ส่วนกลางของระเบียงสร้างขึ้นโดยอัศวินเทมพลาร์ในช่วงสงครามครูเสดครั้งแรกแต่หลานชายของซาลาดินอัล-มุอัซซัม อิซาสั่งให้สร้างระเบียงขึ้นในปี ค.ศ. 1217 ^{[ 80 ]}

มัสยิดอัลอักซามีทางเดินเจ็ดทางที่ มี เสาเรียงราย พร้อมด้วยห้องโถงเล็กๆ เพิ่มเติมอีกหลายแห่งทางทิศตะวันตกและทิศตะวันออกของส่วนใต้ของอาคาร^{[ 108 ]}มัสยิดแห่งนี้มี หน้าต่าง กระจกสี 121 บานจากยุคอับบาสิดและฟาติมิด ประมาณหนึ่งในสี่ของหน้าต่างเหล่านี้ได้รับการบูรณะในปี 1924 ^{[ 88 ]}ส่วนโค้งของซุ้มประตูตรงข้ามทางเข้าหลักมีการตกแต่งด้วยโมเสกและจารึกที่ย้อนกลับไปถึงยุคฟาติมิด^{[ 62 ]}

• 
  ภาพภายในมัสยิดหันหน้าไปทางมิห์ราบ
• 
  ภาพมุมมองของห้องละหมาดแบบเสาเรียงราย
• 
  ภาพมุมมองเพดานที่หันหน้าไปทางมิห์ราบ
• 
  ภาพภายในมัสยิด แสดงให้เห็นมิห์ราบซึ่งบ่งบอกทิศกิบลัต
• 
  ประตูของศาลาเทศน์ซาลาดิน ต้นศตวรรษที่ 20
• 
  จารึกแสดงโองการจากคัมภีร์อัลกุรอานและชื่อผู้มีส่วนร่วมในการบูรณะโดมของมัสยิดอัลอักซาหลังเหตุเพลิงไหม้ในปี 1969

ภายในมัสยิดมีเสา รองรับ 45 ต้น โดย 33 ต้นทำจากหินอ่อนสีขาวและ 12 ต้นทำจากหิน^{[ 102 ]}แถวเสาในทางเดินกลางมีขนาดใหญ่และเตี้ย ส่วนอีกสี่แถวที่เหลือมีสัดส่วนที่ดีกว่า หัวเสามีสี่แบบที่แตกต่างกัน คือ หัวเสาในทางเดินกลางมีขนาดใหญ่และออกแบบอย่างเรียบง่าย ในขณะที่หัวเสาใต้โดมเป็นแบบคอรินเทียน [ ^{102 ] และทำจากหินอ่อนสีขาวของอิตาลี หัวเสาในทางเดินด้านตะวันออกมีรูปทรงคล้ายตะกร้าขนาดใหญ่ และ หัว}เสาทางด้านตะวันออกและตะวันตกของโดมก็มีรูปทรงคล้ายตะกร้าเช่นกัน แต่มีขนาดเล็กกว่าและมีสัดส่วนที่ดีกว่า เสาและเสาตอม่อเชื่อมต่อกันด้วยคานไม้ ซึ่งประกอบด้วยคานไม้สี่เหลี่ยมจัตุรัสที่หุ้มด้วยปลอกไม้^{[ 102 ]}

ส่วนใหญ่ของมัสยิดถูกฉาบด้วยปูนขาวแต่ส่วนฐานของโดมและผนังด้านล่างได้รับการตกแต่งด้วยโมเสกและหินอ่อน ภาพวาดบางส่วนโดยศิลปินชาวอิตาลีถูกนำเข้ามาเมื่อมีการซ่อมแซมมัสยิดหลังจากแผ่นดินไหวทำลายมัสยิดในปี 1927 ^{[ 102 ]}เพดานของมัสยิดได้รับการทาสีด้วยเงินทุนจากกษัตริย์ ฟา รุกแห่งอียิปต์^{[ 107 ]}

มินบาร์ของมัสยิดสร้างโดยช่างฝีมือชื่ออัคตารินีจากเมืองอเลปโปตามคำสั่งของสุลต่านเซนกิดนูร์ อัด-ดินโดยมีจุดประสงค์เพื่อเป็นของขวัญสำหรับมัสยิดเมื่อนูร์ อัด-ดินยึดกรุงเยรูซาเลมคืนจากพวกครูเซเดอร์ได้ และใช้เวลาสร้างหกปี (1168–74) นูร์ อัด-ดินเสียชีวิตและพวกครูเซเดอร์ยังคงควบคุมกรุงเยรูซาเลมอยู่ แต่ในปี 1187 ซาลาดินยึดเมืองได้และมินบาร์ก็ถูกติดตั้ง โครงสร้างทำจากงาช้างและไม้แกะสลักอย่างประณีต มี การสลักอักษรอาหรับลวดลายเรขาคณิตและลวดลายดอกไม้ลงบนงานไม้^{[ 109 ]}

หลังจากที่ โรฮานทำลายมันในปี 1969 มินบาร์ก็ถูกแทนที่ด้วยมินบาร์ ที่เรียบง่ายกว่ามาก ในเดือนมกราคม 2007 อัดนาน อัล-ฮุเซย์นีหัวหน้าของวาคฟ์ อิสลาม ที่ดูแลอัล-อักซา ได้กล่าวว่าจะมีการติดตั้งมินบาร์ ใหม่ ^{[ 110 ]}ซึ่งติดตั้งในเดือนกุมภาพันธ์ 2007 ^{[ 111 ]}การออกแบบมินบาร์ ใหม่นั้น วาดโดยจามิล บาดราน โดยอิงจากแบบจำลองที่เหมือนจริงของมินบาร์ซาลาดิน และบาดรานก็สร้างเสร็จภายในระยะเวลาห้าปี^{[ 109 ]} ตัว มินบาร์เองถูกสร้างขึ้นในจอร์แดนในช่วงระยะเวลาสี่ปี และช่างฝีมือใช้ "วิธีการทำไม้แบบโบราณ โดยเชื่อมต่อชิ้นส่วนด้วยหมุดแทนตะปู แต่ใช้ภาพคอมพิวเตอร์ในการออกแบบแท่นเทศน์ [ มินบาร์ ]" ^{[ 110 ]}

หน่วยงานบริหารที่รับผิดชอบดูแลมัสยิดอัลอักซาทั้งหมดเรียกว่า "เยรูซาเลมวักฟ์ " ซึ่งเป็นหน่วยงานของรัฐบาลจอร์แดน^{[ 112 ]}

วาคฟ์แห่งเยรูซาเลมมีหน้าที่รับผิดชอบเรื่องการบริหารในบริเวณมัสยิดอัลอักซาในทางกลับกัน อำนาจทางศาสนาในสถานที่นั้นเป็นความรับผิดชอบของแกรนด์มุฟตีแห่งเยรู ซาเลม ซึ่งได้รับการแต่งตั้งโดยรัฐบาลแห่งรัฐปาเลสไตน์^{[ 113 ]}

หลังจากการวางเพลิงในปี 1969 วักฟ์ได้ว่าจ้างสถาปนิก ช่างเทคนิค และช่างฝีมือในคณะกรรมการที่ดำเนินการบำรุงรักษาเป็นประจำขบวนการอิสลามในอิสราเอลและวักฟ์ได้พยายามเพิ่มการควบคุมของชาวมุสลิมเหนือเทมเปิลเมานต์เพื่อเป็นการต่อต้านนโยบายของอิสราเอลและการปรากฏตัวของกองกำลังรักษาความปลอดภัยของอิสราเอลที่เพิ่มมากขึ้นรอบ ๆ สถานที่ดังกล่าวตั้งแต่อินติฟาดาครั้งที่สองกิจกรรมบางอย่างรวมถึงการปรับปรุงโครงสร้างที่ถูกทิ้งร้างและการปรับปรุงใหม่^{[ 114 ]}

กรรมสิทธิ์ในมัสยิดอัลอักซาเป็นประเด็นขัดแย้งในความขัดแย้งระหว่างอิสราเอลและปาเลสไตน์ในระหว่างการเจรจาที่การประชุมสุดยอดแคมป์เดวิดในปี 2000ชาวปาเลสไตน์เรียกร้องกรรมสิทธิ์โดยสมบูรณ์ในมัสยิดและสถานที่ศักดิ์สิทธิ์อื่นๆ ของศาสนาอิสลามใน เย รูซาเลมตะวันออก^{[ 115 ]}

โดยปกติแล้ว ชาวมุสลิมที่อาศัยอยู่ในอิสราเอลหรือมาเยือนประเทศ และชาวปาเลสไตน์ที่อาศัยอยู่ในเยรูซาเลมตะวันออก จะได้รับอนุญาตให้เข้าไปในเทมเปิลเมานต์และละหมาดที่มัสยิดอัลอักซาได้โดยไม่มีข้อจำกัด^{[ 116 ]}เนื่องด้วยมาตรการรักษาความปลอดภัย รัฐบาลอิสราเอลจึงอาจห้ามชาวมุสลิมบางกลุ่มไม่ให้เข้าถึงอัลอักซาโดยการปิดกั้นทางเข้าสู่บริเวณนั้น ข้อจำกัดจะแตกต่างกันไปในแต่ละครั้ง บางครั้ง ข้อจำกัดได้ห้ามผู้ชายอายุต่ำกว่า 45 ปี ผู้ชายโสดอายุต่ำกว่า 50 ปี และผู้หญิงอายุต่ำกว่า 45 ปี เข้า บางครั้งข้อจำกัดจะถูกบังคับใช้ในโอกาสละหมาดวันศุกร์^{[ 117 ] [ 118 ]}บางครั้งก็บังคับใช้เป็นระยะเวลานาน^{[ 117 ] [ 119 ] [ 120 ]}ข้อจำกัดจะเข้มงวดที่สุดสำหรับชาวกาซา รองลงมาคือข้อจำกัดสำหรับผู้ที่มาจากเวสต์แบงก์ รัฐบาลอิสราเอลระบุว่าข้อจำกัดเหล่านี้มีขึ้นเพื่อเหตุผลด้านความปลอดภัย^{[ 116 ]}

จนถึงปี 2000 ผู้ที่ไม่ใช่มุสลิมสามารถเข้ามัสยิดอัลอักซาได้โดยรับบัตรจาก Waqf ขั้นตอนดังกล่าวสิ้นสุดลงเมื่ออินติฟาดาครั้งที่สองเริ่มต้นขึ้น กว่าสองทศวรรษต่อมา Waqf ยังคงหวังว่าการเจรจาระหว่างอิสราเอลและจอร์แดนอาจส่งผลให้ผู้เยี่ยมชมสามารถเข้าได้อีกครั้ง^{[ 121 ]}

มีการขุดค้นหลายแห่งนอกบริเวณเทมเปิลเมานต์หลังสงครามปี 1967 ในปี 1970 ทางการอิสราเอลได้เริ่มการขุดค้นอย่างเข้มข้นนอกกำแพงติดกับมัสยิดทางด้านทิศใต้และทิศตะวันตก ชาวปาเลสไตน์เชื่อว่ามีการขุดอุโมงค์ใต้มัสยิดอักซาเพื่อทำลายฐานราก ซึ่งอิสราเอลปฏิเสธ โดยอ้างว่าการขุดค้นที่ใกล้ที่สุดกับมัสยิดอยู่ห่างออกไปทางทิศใต้ ประมาณ 70 เมตร (230 ฟุต) ^{[ 122 ]}กรมโบราณคดีของกระทรวงกิจการศาสนาของอิสราเอลได้ขุดอุโมงค์ใกล้กับส่วนตะวันตกของมัสยิดในปี 1984 ^{[ 123 ]}ตามที่โอเลก กราเบอร์ทูตพิเศษของยูเนส โกประจำกรุงเยรูซาเลม กล่าว อาคารและโครงสร้างบนเทมเปิลเมานต์กำลังเสื่อมโทรมลง ส่วนใหญ่เกิดจากข้อพิพาทระหว่างรัฐบาลอิสราเอล ปาเลสไตน์ และจอร์แดน เกี่ยวกับผู้รับผิดชอบสถานที่แห่งนี้อย่างแท้จริง^{[ 124 ]} 

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2550 กรมฯ ได้เริ่มขุดค้นแหล่งโบราณคดีในบริเวณที่รัฐบาลต้องการสร้างสะพานคนเดินที่ พังทลายขึ้นใหม่ ซึ่งนำไปสู่ประตูมุฆราบีทางเข้าเดียวสำหรับผู้ที่ไม่ใช่มุสลิมไปยังบริเวณเทมเปิลเมาท์ สถานที่แห่งนี้อยู่ห่างจากมัสยิด60 เมตร (200 ฟุต) ^{[ 125 ]}การขุดค้นดังกล่าวทำให้เกิดความโกรธเคืองไปทั่วโลกอิสลามและอิสราเอลถูกกล่าวหาว่าพยายามทำลายรากฐานของมัสยิดอิสมาอิล ฮานิเยห์ซึ่งดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีขององค์การบริหารแห่งชาติปาเลสไตน์และ ผู้นำ ฮามาสในขณะนั้น เรียกร้องให้ชาวปาเลสไตน์รวมตัวกันประท้วงการขุดค้น ในขณะที่ฟาตาห์กล่าวว่าจะยุติการหยุดยิงกับอิสราเอล^{[ 126 ]}อิสราเอลปฏิเสธข้อกล่าวหาทั้งหมด โดยเรียกข้อกล่าวหาเหล่านั้นว่า "ไร้สาระ" ^{[ 127 ]} 

ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2564 ระหว่างเทศกาลปัสคาและเดือนรอมฎอน สถานที่แห่งนี้เป็นจุดศูนย์กลางของความตึงเครียดระหว่างผู้ตั้งถิ่นฐานชาวอิสราเอลและชาวปาเลสไตน์ ผู้ตั้งถิ่นฐานชาวยิวละเมิดข้อตกลงระหว่างอิสราเอลและจอร์แดน และทำการสวดมนต์และอ่านคัมภีร์โทราห์ภายในบริเวณ ซึ่งโดยปกติแล้วเป็นพื้นที่ห้ามเข้าสำหรับผู้ที่ไม่ใช่มุสลิม^{[ 128 ]}ในวันที่ 14 เมษายน ตำรวจอิสราเอลได้เข้าไปในพื้นที่และตัดสายลำโพงในหอคอยรอบมัสยิดอย่างรุนแรง ทำให้เสียงเรียกละหมาดเงียบลง โดยอ้างว่าเสียงดังกล่าวรบกวนงานของประธานาธิบดีอิสราเอลที่กำแพงตะวันตก^{[ 129 ]} ในวันที่ 16 เมษายน ชาว มุสลิม70,000 คนได้ละหมาดในบริเวณรอบมัสยิด ซึ่งเป็นการชุมนุมครั้งใหญ่ที่สุดนับตั้งแต่เริ่มการระบาดของโควิด-19 ตำรวจได้ห้ามไม่ให้คนส่วนใหญ่เข้าไปในตัวอาคาร^{[ 130 ]}ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2564 ชาวปาเลสไตน์หลายร้อยคนได้รับบาดเจ็บจากการปะทะกันในบริเวณดังกล่าว หลังจากมีรายงานว่าอิสราเอลตั้งใจที่จะดำเนินการขับไล่ชาวปาเลสไตน์ออกจากดินแดนที่ผู้ตั้งถิ่นฐานชาวอิสราเอลอ้างสิทธิ์^{[ 131 ] [ 132 ]}

เมื่อวันที่ 15 เมษายน 2565 กองกำลังอิสราเอลได้เข้าไปในเทมเปิลเมานต์และใช้แก๊สน้ำตาและระเบิดเสียงเพื่อสลายชาวปาเลสไตน์ที่พวกเขาอ้างว่ากำลังขว้างปาหินใส่ตำรวจ ชาวปาเลสไตน์บางส่วนได้ปิดกั้นตัวเองอยู่ภายในมัสยิดอัลอักซา ซึ่งพวกเขาถูกตำรวจอิสราเอลควบคุมตัว มีผู้บาดเจ็บกว่า 150 คนและถูกจับกุม 400 คน^{[ 133 ] [ 134 ] [ 135 ]}เมื่อวันที่ 5 เมษายน 2566 ตำรวจอิสราเอลได้บุกเข้าไปในวิหาร โดยกล่าวว่า "ผู้ก่อความวุ่นวาย" ที่ขว้างปาหินและจุดพลุใส่ตำรวจได้ปิดกั้นตัวเองและผู้สักการะอยู่ภายใน หลังจากเหตุการณ์ดังกล่าว กลุ่มติดอาวุธได้ยิงจรวดจากฉนวนกาซาไปยังอิสราเอลตอนใต้^{[ 136 ]}เมื่อวันที่ 22 เมษายน พ.ศ. 2567 ตำรวจอิสราเอลจับกุมผู้ต้องหา 13 คนในข้อหายุยงให้เกิดความรุนแรง หลังจากถูกจับได้ขณะลักลอบนำแพะเข้าไปในสถานที่เพื่อบูชายัญตามพิธีกรรม^{[ 137 ]}มีผู้ต้องหา 3 คนถูกจับกุมในปี พ.ศ. 2566 ในข้อหาพยายามลักลอบนำลูกแกะและแพะเข้าไปในสถานที่^{[ 138 ]}