สาธารณรัฐดัตช์และอังกฤษเริ่มขยายอาณานิคมและพื้นที่ปฏิบัติการทางทะเลนอกทวีปยุโรปในช่วงต้นศตวรรษที่ 17 ซึ่งนำไปสู่ความขัดแย้งกับกองกำลังของสเปนและโปรตุเกส อย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้ นอกเหนือจากความขัดแย้งทางการค้าแล้ว ชาวดัตช์ (และอังกฤษ) ยังได้แยกตัวออกจากคริสตจักรโรมันคาทอลิกในศตวรรษที่ 16 ซึ่งแตกต่างจากมหาอำนาจไอบีเรียที่ยึดมั่นในนิกายคาทอลิกอย่างเหนียวแน่น ชาวดัตช์ยังต่อสู้กับสเปนตั้งแต่ช่วงทศวรรษ 1560 ถึง 1640เพื่อเรียกร้องการยอมรับอย่างเป็นทางการในเอกราชและบูรณภาพดินแดนของตนในยุโรป

ชาวดัตช์พยายามค้าขายกับจีนเป็นครั้งแรกในปี ค.ศ. 1601 ^{[ 1 ]}แต่ถูกทางการจีนปฏิเสธ เนื่องจากทางการจีนได้ทำการค้าขายกับชาวโปรตุเกสที่มาเก๊าตั้งแต่ปี ค.ศ. 1535 แล้ว

ในการเดินทางสำรวจในปี ค.ศ. 1604 จากบาตาเวีย (ฐานทัพกลางของชาวดัตช์ในเอเชีย) พลเรือเอกไวแบรนด์ ฟาน วาร์ไวก์ ได้ออกเดินทางเพื่อโจมตีมาเก๊า แต่กองกำลังของเขาถูกพายุไต้ฝุ่น ขัดขวาง ทำให้พวกเขาต้องถอยร่นไปยังหมู่เกาะเปสกาโดเรส ( เผิงหู ) ซึ่งเป็นกลุ่มเกาะ ที่อยู่ห่างจากฟอร์โมซา (ไต้หวัน) ไปทางตะวันตก 30 ไมล์ (50 กิโลเมตร)เมื่อไปถึงที่นั่น พลเรือเอกพยายามเจรจาเงื่อนไขการค้ากับชาวจีนบนแผ่นดินใหญ่ แต่ถูกขอให้จ่ายค่าธรรมเนียมที่สูงเกินจริงเพื่อแลกกับสิทธิ์ในการสัมภาษณ์ เมื่อถูกล้อมรอบด้วยกองเรือจีนที่มีกำลังเหนือกว่ามาก เขาจึงต้องจากไปโดยไม่บรรลุเป้าหมายใดๆ^{[ 2 ] [ 3 ]} 

บริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์พยายามใช้กำลังทหารบังคับให้จีนเปิดท่าเรือในฝูเจี้ยนเพื่อการค้า และเรียกร้องให้จีนขับไล่ชาวโปรตุเกส ซึ่งเนเธอร์แลนด์กำลังทำสงครามกับชาวโปรตุเกสออกจากมาเก๊า เนเธอร์แลนด์ได้โจมตีเรือสินค้าของจีนหลังปี 1618 และยึดเรือสำเภาเป็นตัวประกันในความพยายามที่ไม่ประสบความสำเร็จในการบังคับให้จีนยอมทำตามข้อเรียกร้องของพวกเขา^{[ 4 ] [ 5 ] [ 6 ]}

ในปี ค.ศ. 1622 หลังจากการโจมตีมาเก๊า ( สถานีการค้าของโปรตุเกสตั้งแต่ปี ค.ศ. 1557) ของชาวดัตช์ไม่สำเร็จอีกครั้ง และความล้มเหลวในการจัดตั้งสถานีการค้าในฟาตงโอ (ปัจจุบันคือฮ่องกง ) กองเรือจึงแล่นไปยังหมู่เกาะเปสกาโดเรส คราวนี้โดยตั้งใจ และดำเนินการจัดตั้งฐานทัพที่เมืองมาคุงเพื่อขัดขวางการค้ากับมะนิลา พวกเขาสร้างป้อมปราการโดยใช้แรงงานบังคับที่เกณฑ์มาจากประชากรชาวจีนในท้องถิ่น มีรายงานว่าการควบคุมดูแลของพวกเขานั้นเข้มงวดมากและการปันส่วนอาหารก็ขาดแคลนจนชาวจีนที่ถูกกดขี่เป็นทาส 1,300 คนจากทั้งหมด 1,500 คนเสียชีวิตในระหว่างการก่อสร้าง^{[ 7 ]}

ชาวดัตช์ขู่จีนสมัยราชวงศ์หมิงว่าจะโจมตีท่าเรือและเรือขนส่งสินค้าของจีน เว้นแต่จีนจะยอมให้มีการค้าขายในหมู่เกาะเปสกาโดเรสหรือไต้หวัน พวกเขาประกาศว่าพ่อค้าจะได้รับบัตรผ่านของชาวดัตช์สำหรับการเดินทางไปยังบาตาเวีย และอาจรวมถึงสยามและกัมพูชาด้วย แต่ไม่ใช่ไปยังมะนิลา ซึ่งจะถูกชาวดัตช์ยึดครอง^{[ 8 ]}พวกเขาเรียกร้องให้ราชวงศ์หมิงเปิดท่าเรือในฝูเจี้ยน (ฟูเจี้ยน) ให้กับการค้าของชาวดัตช์ ซึ่งจีนปฏิเสธ ผู้ว่าการฝูเจี้ยน ชาง โจวจั่ว เสนอให้ชาวดัตช์ออกจากหมู่เกาะเปสกาโดเรสไปที่เกาะฟอร์โมซาแทน ซึ่งจีนจะอนุญาตให้พวกเขาทำการค้าขายได้ สิ่งนี้นำไปสู่การปะทะกันหลายครั้งระหว่างชาวดัตช์และจีนตั้งแต่ปี 1622 ถึง 1624 ^{[ 9 ] [ 10 ]}หลังจากข้อเสนอของชางเมื่อวันที่ 19 กันยายน 1622 ชาวดัตช์ได้บุกโจมตีอามอยในเดือนตุลาคมและพฤศจิกายน^{[ 8 ]}ชาวดัตช์ตั้งใจที่จะ "ชักจูงให้จีนทำการค้าขายโดยใช้กำลังหรือด้วยความกลัว" โดยการโจมตีฝูเจี้ยนและเรือสินค้าจีนจากชาวเรือ^{[ 11 ]}กองปืนใหญ่ยาวถูกสร้างขึ้นที่อามอยในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1622 โดยพันเอกหลี่กังฮวาเพื่อป้องกันชาวดัตช์^{[ 12 ]}แม้ว่าเจ้าหน้าที่ชาวดัตช์ในพื้นที่จะตระหนักว่าราชวงศ์หมิงจะไม่ยอมถูกข่มขู่ให้ทำการค้ากับพวกเขา แต่กองบัญชาการในบาตาเวียกลับเข้าใจช้า เนื่องจากพวกเขาสั่งการให้มีการใช้ความรุนแรงซ้ำแล้วซ้ำเล่าต่อชาวจีนที่พวกเขาตั้งใจจะทำการค้าด้วย^{[ 8 ]}

ในปี ค.ศ. 1623 เมื่อชาวดัตช์พยายามบีบบังคับให้จีนเปิดท่าเรือ พวกเขาส่งเรือดัตช์ 5 ลำไปยังหลิวอ่าวแต่ภารกิจล้มเหลว ลูกเรือชาวดัตช์จำนวนหนึ่งถูกจับเป็นเชลย และเรือลำหนึ่งถูกยึด ในการตอบโต้ที่ชาวดัตช์ใช้แรงงานชาวจีนที่ถูกจับเป็นเชลยและเสริมกำลังทหารในหมู่เกาะเปสกาโดเรสด้วยเรืออีก 5 ลำ นอกเหนือจาก 6 ลำที่มีอยู่แล้ว จีนอนุญาตให้หนาน จูยี่ ผู้ว่าการคนใหม่ของฝูเจี้ยน เริ่มเตรียมการโจมตีกองกำลังดัตช์ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1623 การโจมตีของชาวดัตช์ถูกจีนตีโต้กลับที่เมืองอามอยในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1623 โดยจีนจับกุมผู้บัญชาการชาวดัตช์ คริสเตียน ฟรังก์ส เป็นเชลย และเผาเรือดัตช์ลำหนึ่งจากทั้งหมดสี่ลำ ยู่จื่อเกาเริ่มการรุกในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1624 ด้วยเรือรบและกองทหารเข้าโจมตีชาวดัตช์ในหมู่เกาะเปสกาโดเรส โดยมีเจตนาที่จะขับไล่พวกเขาออกไป^{[ 13 ]}การรุกของจีนมาถึงป้อมดัตช์เมื่อวันที่ 30 กรกฎาคม ค.ศ. 1624 โดยมีทหารจีน 5,000 นาย (หรือ 10,000 นาย) และเรือรบ 40-50 ลำภายใต้การนำของหยูและแม่ทัพหวังเมิ่งซง ล้อมป้อมที่บัญชาการโดยมาร์เทน ซองค์และชาวดัตช์ถูกบังคับให้ขอเจรจาสันติภาพในวันที่ 3 สิงหาคม และยอมจำนนต่อข้อเรียกร้องของจีน ถอนตัวจากหมู่เกาะเปสกาโดเรสไปยังฟอร์โมซา ชาวดัตช์ยอมรับว่าความพยายามใช้กำลังทหารเพื่อบีบบังคับให้จีนทำการค้ากับพวกเขานั้นล้มเหลวเนื่องจากความพ่ายแพ้ในหมู่เกาะเปสกาโดเรส ในงานฉลองชัยชนะของจีนเหนือ "คนป่าเถื่อนผมแดง" ซึ่งเป็นชื่อที่ชาวจีนใช้เรียกชาวดัตช์ นานจูยี่ได้นำทหารดัตช์ 12 นายที่ถูกจับมาเข้าเฝ้าจักรพรรดิในปักกิ่งมาเดินขบวน^{[ 14 ] [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ]}ชาวดัตช์ประหลาดใจที่ความรุนแรงของพวกเขาไม่ได้ทำให้ชาวจีนหวาดกลัว และการโจมตีป้อมปราการของพวกเขาใน Pescadores ในเวลาต่อมาโดยชาวจีน เนื่องจากพวกเขาคิดว่าชาวจีนนั้นขี้ขลาดและเป็น "กองทัพที่ใจไม่กล้า" จากประสบการณ์ที่พวกเขามีกับชาวจีนในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้^{[ 18 ]}

เมื่อชาวดัตช์มาถึงไต้หวัน พวกเขาพบว่าทางตะวันตกเฉียงใต้มีประชากรชาวจีนที่ส่วนใหญ่อพยพมาอาศัยอยู่แล้วเกือบ 1,500 คน^{[ 19 ]}เมื่อตัดสินใจตั้งรกรากในไต้หวัน และตามธรรมเนียมปฏิบัติในสมัยนั้น ชาวดัตช์ได้สร้างป้อมปราการป้องกันเพื่อใช้เป็นฐานปฏิบัติการ ป้อมนี้สร้างขึ้นบนคาบสมุทรทรายของเถาหยวน^{[ 20 ]} (ปัจจุบันเป็นส่วนหนึ่งของแผ่นดินใหญ่ไต้หวัน ใน เขตอันผิงในปัจจุบัน ) ป้อมชั่วคราวนี้ถูกแทนที่ด้วย ป้อมซีแลนเดียที่ใหญ่กว่าในอีกสี่ปีต่อมา^{[ 21 ]}ในปี 1626 มีทหาร 404 นายและผู้เชี่ยวชาญด้านปืนใหญ่ 46 นายประจำการอยู่ที่ป้อม ตามคำกล่าวของซัลวาดอร์ ดิอาซ ชายชาวโปรตุเกสที่ทำงานร่วมกับโจรสลัดชาวจีนเพื่อบ่อนทำลายการมีอยู่ของชาวดัตช์เพื่อสนับสนุนชาวโปรตุเกส มีทหารดัตช์เพียง 320 นาย และพวกเขา "ตัวเตี้ย น่าสังเวช และสกปรกมาก" ^{[ 22 ]}

ในปี ค.ศ. 1624 เรือGolden Lion ของเนเธอร์แลนด์ (ภาษาดัตช์: Gouden Leeuw ) ชนเข้ากับแนวปะการังของเกาะลาเมย์และลูกเรือถูกชาวพื้นเมืองฆ่าตาย ในปี ค.ศ. 1631 เรืออีกลำหนึ่งก็อับปางลงบนแนวปะการัง และผู้รอดชีวิตก็ถูกชาวเกาะหลิวฉิวฆ่าตายเช่นกัน^{[ 23 ]}ในปี ค.ศ. 1633 การส่งกองกำลังทหารดัตช์ 250 นาย โจรสลัดจีน 40 คน และชาวพื้นเมืองไต้หวัน 250 คน ไปโจมตีเกาะหลิวฉิว แต่ก็ไม่ประสบความสำเร็จมากนัก^{[ 24 ]}

ชาวดัตช์เป็นพันธมิตรกับซิงคาน หมู่บ้านเล็กๆ ที่จัดหาฟืน เนื้อกวาง และปลาให้แก่พวกเขา^{[ 25 ]}ในปี ค.ศ. 1625 พวกเขาซื้อที่ดินจากชาวซิงคานเดอร์และสร้างเมืองซากัมขึ้นสำหรับพ่อค้าชาวดัตช์และชาวจีน^{[ 26 ]}ในตอนแรกหมู่บ้านอื่นๆ รักษาความสงบสุขกับชาวดัตช์ แต่เหตุการณ์ต่างๆ ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1625 ถึง 1629 ได้ทำลายความสงบสุขนี้ ในปี ค.ศ. 1625 ชาวดัตช์โจมตีโจรสลัดชาวจีน 170 คนในวังคาน แต่ถูกขับไล่ออกไป ทำให้ชื่อเสียงของพวกเขาเสียหาย นักรบมัตตาอูได้รับกำลังใจจากความล้มเหลวของชาวดัตช์ จึงบุกโจมตีซิงคาน โดยเชื่อว่าชาวดัตช์ไม่สามารถปกป้องพวกเขาได้ ชาวดัตช์จึงกลับมาพร้อมกับเรือของพวกเขาและขับไล่โจรสลัดออกไปในภายหลัง ทำให้ชื่อเสียงของพวกเขากลับคืนมา จากนั้นมัตตาอูถูกบังคับให้คืนทรัพย์สินที่ถูกขโมยไปจากซิงคานและชดใช้ค่าเสียหาย ชาวซิงคานจึงโจมตีมัตตาอูและบัคคลูอันก่อนที่จะขอความคุ้มครองจากชาวดัตช์ ชาวเมืองซิงคานรู้สึกว่าชาวดัตช์ไม่สามารถปกป้องพวกเขาได้อย่างเพียงพอ จึงเดินทางไปญี่ปุ่นเพื่อขอความคุ้มครอง ในปี ค.ศ. 1629 ปีเตอร์ นูยต์สได้เดินทางไปเยี่ยมซิงคานพร้อมกับทหารปืนยาว 60 นาย หลังจากออกเดินทางในเช้าวันรุ่งขึ้น ทหารปืนยาวเหล่านั้นถูกสังหารในการซุ่มโจมตีโดยนักรบมัตตาอูและซูลังขณะข้ามลำธาร นูยต์สรอดพ้นจากการซุ่มโจมตีเนื่องจากเขาออกเดินทางในเย็นวันก่อนหน้า^{[ 22 ]}

เมื่อวันที่ 23 พฤศจิกายน ค.ศ. 1629 คณะสำรวจได้ออกเดินทางและเผาทำลายเมืองบาคลูอันเกือบทั้งหมด ทำให้ชาวเมืองจำนวนมากเสียชีวิต ซึ่งชาวดัตช์เชื่อว่าพวกเขาเป็นผู้สนับสนุนการสังหารหมู่ครั้งก่อน ชาวเมืองบาคลูอัน มัตตาว และโซลังยังคงก่อกวนพนักงานของบริษัทในช่วงหลายปีต่อมา สถานการณ์เปลี่ยนไปในช่วงปลายปี ค.ศ. 1633 เมื่อมัตตาวและโซลังทำสงครามกัน มัตตาวเป็นฝ่ายชนะ แต่ชาวดัตช์ก็สามารถใช้ประโยชน์จากความแตกแยกนี้ได้^{[ 22 ]}

ในปี ค.ศ. 1634 ทหารดัตช์ 475 นายจากบาตาเวียถูกส่งมาเป็นกำลังเสริมและมาถึงไต้หวันในปี ค.ศ. 1635 ^{[ 27 ]}ณ จุดนี้ แม้แต่ซินคานก็มีความสัมพันธ์ที่ไม่ดีกับชาวดัตช์ ทหารถูกส่งเข้าไปในหมู่บ้านและจับกุมผู้ที่วางแผนก่อกบฏ ในฤดูหนาวปี ค.ศ. 1635 ชาวดัตช์เอาชนะมัตตาอู ซึ่งสร้างความเดือดร้อนให้กับพวกเขามาตั้งแต่ปี ค.ศ. 1623 บาคลูอันทางเหนือของเมืองซากัมก็พ่ายแพ้เช่นกัน ในปี ค.ศ. 1636 มีการส่งกองกำลังขนาดใหญ่ไปโจมตีเกาะหลิวฉิว ชาวดัตช์และพันธมิตรไล่ล่าชาวบ้านประมาณ 300 คนเข้าไปในถ้ำ ปิดทางเข้า และฆ่าพวกเขาด้วยควันพิษเป็นเวลาแปดวัน ประชากรพื้นเมือง 1,100 คนถูกขับไล่ออกจากเกาะ^{[ 28 ]}พวกเขาถูกจับเป็นทาสร่วมกับผู้ชายที่ถูกส่งไปยังบาตาเวีย ในขณะที่ผู้หญิงและเด็กกลายเป็นคนรับใช้และภรรยาของเจ้าหน้าที่ชาวดัตช์ ชาวดัตช์วางแผนที่จะกำจัดประชากรบนเกาะรอบนอกในขณะที่ทำงานร่วมกับชนพื้นเมืองที่เป็นพันธมิตรอย่างใกล้ชิด^{[ 29 ]}หมู่บ้าน Taccariang, Soulang และ Tevorang ก็ถูกปราบปรามเช่นกัน^{[ 22 ]}ในปี 1642 ชาวดัตช์ได้สังหารหมู่ผู้คนบนเกาะ Liuqiu อีกครั้ง^{[ 30 ]}

มิชชันนารีชาวดัตช์บางคนถูกชาวพื้นเมืองไต้หวันฆ่าตายเนื่องจากพวกเขาพยายามเปลี่ยนศาสนา: "แดเนียล เฮนดริกซ์ ผู้สอนศาสนาซึ่งชื่อของเขาถูกกล่าวถึงบ่อยครั้ง ได้ร่วมเดินทางไปทางใต้ด้วย เนื่องจากความรู้ภาษาฟอร์โมซาอันยอดเยี่ยมและความสัมพันธ์อันคุ้นเคยกับชาวพื้นเมืองทำให้การบริการของเขามีค่ามาก เมื่อไปถึงเกาะปังซุย เขาเสี่ยง—บางทีด้วยความมั่นใจมากเกินไป—ออกไปไกลจากคนอื่นๆ และทันใดนั้นก็ถูกชาวพื้นเมืองติดอาวุธจำนวนมากล้อมไว้ หลังจากฆ่าเขาแล้ว พวกเขาก็นำศีรษะ แขน ขา และอวัยวะอื่นๆ แม้กระทั่งไส้ของเขาไปอย่างมีชัย ทิ้งลำตัวที่ถูกทำลายไว้เบื้องหลัง" ^{[ 31 ]}

ชาวญี่ปุ่นทำการค้าขายสินค้าจีนในไต้หวันมาตั้งแต่ก่อนที่ชาวดัตช์จะมาถึงในปี 1624 ในปี 1593 โทโยโทมิ ฮิเดโยชิวางแผนที่จะผนวกไต้หวันเข้ากับจักรวรรดิของเขาและส่งทูตพร้อมจดหมายเรียกร้องบรรณาการ จดหมายนั้นไม่เคยถูกส่งถึงเนื่องจากไม่มีอำนาจที่จะรับจดหมายนั้น ในปี 1609 โชกุนโทกูงาวะได้ส่งฮารุโนบุ อาริมะไปสำรวจเกาะ^{[ 32 ]}ในปี 1616 มูรายามะ โทอัน เจ้าหน้าที่จากนางาซากิได้ส่งเรือ 13 ลำไปพิชิตไต้หวัน กองเรือถูกพายุไต้ฝุ่นพัดกระจัดกระจาย และเรือสำเภาลำเดียวที่ไปถึงไต้หวันถูกซุ่มโจมตีโดยนักล่าหัว หลังจากนั้นคณะสำรวจจึงเดินทางกลับและไปโจมตีชายฝั่งจีนแทน^{[ 33 ] [ 34 ]}

ในปี ค.ศ. 1625 รัฐบาลดัตช์ในบาตาเวียสั่งให้ผู้ว่าการไต้หวันป้องกันไม่ให้ชาวญี่ปุ่นทำการค้าขาย พ่อค้าผ้าไหมชาวจีนปฏิเสธที่จะขายให้บริษัทดัตช์เพราะชาวญี่ปุ่นจ่ายแพงกว่า ดัตช์ยังจำกัดการค้าของญี่ปุ่นกับราชวงศ์หมิงด้วย เพื่อเป็นการตอบโต้ ชาวญี่ปุ่นจึงรับชาวบ้าน 16 คนจากหมู่บ้านซิงกันขึ้นเรือกลับไปยังญี่ปุ่น ซูเอ็ตสึคุ เฮโซ มาซานาโอะ ให้ที่พักพิงแก่ชาวซิงกันในนางาซากิ บาตาเวียส่งชายชื่อปีเตอร์ นูยต์สไปยังญี่ปุ่นและได้เรียนรู้เกี่ยวกับชาวซิงกัน โชกุนปฏิเสธที่จะพบกับชาวดัตช์และมอบของขวัญให้แก่ชาวซิงกัน นูยต์สเดินทางมาถึงไต้หวันก่อนชาวซิงกันและปฏิเสธที่จะอนุญาตให้พวกเขาขึ้นฝั่งก่อนที่ชาวซิงกันจะถูกจับกุมและของขวัญจะถูกยึด ชาวญี่ปุ่นจับนูยต์สเป็นตัวประกันและปล่อยตัวเขาเมื่อแลกกับการเดินทางกลับญี่ปุ่นอย่างปลอดภัยพร้อมผ้าไหม 200 พิคอล รวมถึงอิสรภาพของชาวซิงกันและการคืนของขวัญ^{[ 22 ]}ชาวดัตช์กล่าวโทษชาวจีนว่ายุยงให้เกิดสงครามซิงกันเดอร์^{[ 35 ]}

ชาวดัตช์ส่งเรือไปเพื่อฟื้นฟูความสัมพันธ์กับญี่ปุ่น แต่เรือถูกยึดและลูกเรือถูกคุมขังเมื่อเดินทางมาถึง การสูญเสียการค้ากับญี่ปุ่นทำให้การค้าขายในไต้หวันมีกำไรน้อยลงมาก และทางการในบาตาเวียพิจารณาที่จะละทิ้งอาณานิคมก่อนที่สภาฟอร์โมซาจะเร่งเร้าให้พวกเขารักษาอาณานิคมไว้ เว้นแต่พวกเขาต้องการให้โปรตุเกสและสเปนเข้ามายึดครอง ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1630 ซูเอ็ตสึกุเสียชีวิต และมาซาฟุสะ บุตรชายของเขา อนุญาตให้เจ้าหน้าที่ของบริษัทติดต่อกับโชกุนอีกครั้ง นูยต์ถูกส่งไปญี่ปุ่นในฐานะนักโทษและอยู่ที่นั่นจนถึงปี ค.ศ. 1636 เมื่อเขากลับมาเนเธอร์แลนด์ หลังจากปี ค.ศ. 1635 โชกุนห้ามชาวญี่ปุ่นเดินทางไปต่างประเทศและกำจัดภัยคุกคามจากญี่ปุ่นต่อบริษัท บริษัท VOC ขยายไปยังตลาดญี่ปุ่นเดิมในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ในปี ค.ศ. 1639 โชกุนยุติการติดต่อทั้งหมดกับโปรตุเกส ซึ่งเป็นคู่แข่งทางการค้าเงินรายใหญ่ของบริษัท^{[ 22 ]}

ชาวยุโรปทำงานร่วมกับและต่อสู้กับโจรสลัดจีน โจรสลัดหลี่ตานเป็นผู้ไกล่เกลี่ยระหว่างกองกำลังจีนสมัยราชวงศ์หมิงกับชาวดัตช์ที่เผิงหู ในปี 1625 เจ้าหน้าที่บริษัทน้ำมันจีน (VOC) ทราบว่าเขาเก็บของขวัญที่พวกเขามอบหมายให้เขานำไปมอบให้เจ้าหน้าที่จีนไว้เอง ลูกน้องของเขายังพยายามปล้นเรือสำเภาที่กำลังเดินทางไปค้าขายในไต้หวันด้วย ซัลวาดอร์ ดิอาซ ทำหน้าที่เป็นสายข่าวให้กับโจรสลัดและให้ข้อมูลภายในเกี่ยวกับจุดที่สามารถจับกุมเรือสำเภาที่ออกจากไท่หวนได้ ดิอาซยังเก็บเงินค่าคุ้มครองด้วย พ่อค้าชาวจีนชื่อซู่ซินซู่ร้องเรียนต่อเจ้าหน้าที่ดัตช์ว่าเขาถูกบังคับให้จ่ายเงิน 2,000 ตำลึงให้กับดิอาซ หลี่กัวจู บุตรชายของหลี่ตาน ก็เก็บเงินค่าคุ้มครองเช่นกัน ซึ่งรู้จักกันในชื่อ "ภาษีน้ำ" ชาวประมงจีนจ่าย 10 เปอร์เซ็นต์ของผลผลิตที่จับได้เพื่อแลกกับเอกสารรับประกันความปลอดภัยจากโจรสลัด นี่ทำให้บริษัทน้ำมันจีน (VOC) เข้าสู่ธุรกิจคุ้มครองด้วย พวกเขาส่งเรือสำเภาสามลำไปลาดตระเวนกองเรือประมงและเรียกเก็บค่าธรรมเนียมเช่นเดียวกับโจรสลัด คือ 10 เปอร์เซ็นต์ของผลผลิตที่จับได้ นี่เป็นหนึ่งในภาษีแรกๆ ที่บริษัทเรียกเก็บจากอาณานิคม^{[ 22 ]}

ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1626 สภาแห่งฟอร์โมซาได้ออกคำสั่งให้ชาวจีนทุกคนที่อาศัยหรือทำการค้าในไต้หวันต้องขอใบอนุญาตเพื่อ "แยกแยะโจรสลัดออกจากพ่อค้าและคนงาน" ^{[ 22 ]}ใบอนุญาตพำนักนี้ในที่สุดก็กลายเป็นภาษีหัวคนและแหล่งรายได้หลักของชาวดัตช์^{[ 22 ]}

หลังจากหลี่ตานเสียชีวิตในปี 1625 เจิ้งจือหลงก็ขึ้นเป็นหัวหน้าโจรสลัดคนใหม่ ชาวดัตช์อนุญาตให้เขาปล้นสะดมภายใต้ธงของตน ในปี 1626 เขาขายเรือสำเภาขนาดใหญ่ให้กับบริษัท และในอีกโอกาสหนึ่ง เขาได้ส่งมอบเรือสำเภาที่ยึดมาได้ 9 ลำพร้อมสินค้ามูลค่ากว่า 20,000 ตำลึง เจ้าหน้าที่จีนขอความช่วยเหลือจากชาวดัตช์ในการต่อต้านเจิ้งเพื่อแลกกับสิทธิ์ในการค้าขาย เจ้าหน้าที่ของบริษัทได้รับแจ้งว่าหากพวกเขาปฏิเสธความช่วยเหลือ คู่ค้าหลักของพวกเขาคือซู่ซินซู่จะไม่ได้รับอนุญาตให้ทำการค้ากับบริษัทอีกต่อไป แต่จะ "ถูกทำลายพร้อมกับครอบครัวทั้งหมดของเขา" บริษัทตกลง และผู้ว่าการชาวดัตช์ได้ไปเยี่ยมเจ้าหน้าที่ในฝูเจี้ยนเพื่อแจ้งให้ทราบว่าชาวดัตช์จะขับไล่เจิ้งออกจากชายฝั่ง อย่างไรก็ตาม ชาวดัตช์มาช้าเกินไป เจิ้งโจมตีเมืองเซี่ยเหมิน ทำลายเรือสำเภาหลายร้อยลำและจุดไฟเผาอาคารและบ้านเรือน เนื่องจากเห็นว่าเจิ้งแข็งแกร่งเกินกว่าจะต่อสู้ได้ ในปี 1628 ทางการจีนจึงมอบตำแหน่งและยศจักรพรรดิให้แก่เขาเพื่อเป็นการเอาใจ เจิ้งกลายเป็น "พลเรือเอกลาดตระเวน" ที่รับผิดชอบในการกวาดล้างโจรสลัดตามชายฝั่ง เขาใช้ตำแหน่งทางการของเขาในการทำลายคู่แข่งและตั้งมั่นอยู่ในท่าเรือเย่ว์กัง ในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1628 เจิ้งตกลงที่จะจัดหาผ้าไหม น้ำตาล ขิง และสินค้าอื่นๆ ให้กับบริษัทเพื่อแลกกับเงินและเครื่องเทศในอัตราคงที่ จากนั้นชาวดัตช์ก็โกรธเจิ้ง ซึ่งพวกเขาเชื่อว่าเขากำลังพยายามผูกขาดการค้ากับไต้หวัน คำสัญญาของเขา "หายไปในควัน" ^{[ 22 ]}ในฤดูร้อน ค.ศ. 1633 กองเรือดัตช์และโจรสลัดหลิวเซียงได้ทำการโจมตีแบบลอบเร้นที่ประสบความสำเร็จต่อกองเรือของเจิ้ง เจิ้งเชื่อว่าเขากับชาวดัตช์มีความสัมพันธ์ที่ดีต่อกันและถูกโจมตีโดยไม่ทันตั้งตัว กองเรือของเขาถูกทำลาย^{[ 22 ]}

เจิ้งเริ่มเตรียมกองเรือใหม่ทันที ในวันที่ 22 ตุลาคม พ.ศ. 2476 กองกำลังของเจิ้งล่อกองเรือดัตช์และพันธมิตรโจรสลัดของพวกเขาให้ติดกับดักและเอาชนะพวกเขาได้ [ ^{36 ] [ 37 ] ชาว}ดัตช์คืนดีกับเจิ้ง ซึ่งเสนอเงื่อนไขที่เป็นประโยชน์แก่พวกเขา และเขาก็จัดให้มีการค้าขายกับชาวจีนในไต้หวันมากขึ้น ชาวดัตช์เชื่อว่านี่เป็นเพราะชาวจีนกลัวโจรสลัด โจรสลัดหลิวเซียงยังคงต่อสู้กับเจิ้ง และเมื่อชาวดัตช์ปฏิเสธที่จะช่วยเหลือเขา หลิวก็ยึดเรือสำเภาดัตช์ลำหนึ่งและใช้ลูกเรือ 30 คนเป็นโล่กำบังมนุษย์ หลิวโจมตีป้อมซีแลนเดีย แต่ชาวจีนบางคนเตือนบริษัทและพวกเขาก็ต่อสู้กับโจรสลัดได้โดยไม่มีปัญหาใดๆ ในปี พ.ศ. 2480 หลิวพ่ายแพ้ต่อเจิ้ง ซึ่งได้สถาปนาอำนาจเหนือโลกการค้าของฝูเจี้ยน เขายังคงมีส่วนร่วมในกิจการของไต้หวันและช่วยเหลือการเติบโตของประชากรชาวจีนที่นั่น เขาวางแผนกับเจ้าหน้าที่จีนเพื่อย้ายผู้ประสบภัยแล้งไปยังไต้หวัน และมอบเงินสามตำลึงเงินและวัวหนึ่งตัวต่อคนสำหรับทุกๆ สามคน แผนดังกล่าวไม่เคยถูกนำไปปฏิบัติ^{[ 22 ]}

หลังจากการรณรงค์ปราบปรามในช่วงปี 1635–1636 หมู่บ้านต่างๆ มากมายได้มาแสดงความจงรักภักดีต่อชาวดัตช์ บางครั้งด้วยความกลัวการปฏิบัติการทางทหารของชาวดัตช์ และบางครั้งเพื่อผลประโยชน์ที่การคุ้มครองของชาวดัตช์จะนำมาให้ (อาหารและความปลอดภัย) หมู่บ้านเหล่านี้ทอดยาวจากหลงเกียวทางใต้ (125  กม. จากฐานทัพดัตช์ที่ป้อมซีแลนเดีย ) ไปจนถึงฟาโวร์ลังในภาคกลางของไต้หวัน ซึ่งอยู่ห่างจากป้อมซีแลนเดียไปทางเหนือ 90 กม. ความสงบสุขในช่วงเวลานี้ถูกเรียกว่าPax Hollandica (สันติภาพของชาวดัตช์) โดยนักวิจารณ์บางคน^{[ 38 ]} (อ้างอิงถึงPax Romana )

พื้นที่หนึ่งที่อยู่นอกเหนือการควบคุมของพวกเขาคือทางเหนือของเกาะ ซึ่งอยู่ภายใต้การปกครองของสเปนตั้งแต่ปี 1626 โดยมีที่ตั้งถิ่นฐานสองแห่งคือที่ตัมซุยและคีลุงป้อมปราการที่คีลุงถูกทิ้งร้างเนื่องจากสเปนขาดทรัพยากรในการบำรุงรักษา แต่ป้อมซานโตโดมิงโกในตัมซุยถูกมองว่าเป็นอุปสรรคสำคัญต่อความทะเยอทะยานของชาวดัตช์บนเกาะและในภูมิภาคโดยทั่วไป

หลังจากล้มเหลวในการขับไล่ชาวสเปนในปี 1641 ชาวดัตช์ได้กลับมาอีกครั้งในปี 1642 พร้อมกำลังเสริมเป็นทหารดัตช์และนักรบพื้นเมืองทางเรือ และสามารถขับไล่กองกำลังสเปน-ฟิลิปปินส์กลุ่มเล็กๆ ออกจากป้อมปราการและขับไล่พวกเขาออกจากเกาะได้สำเร็จ หลังจากการได้รับชัยชนะครั้งนี้ ชาวดัตช์ได้เริ่มดำเนินการผนวกหมู่บ้านทางเหนือเข้าอยู่ภายใต้การปกครองของตนในลักษณะเดียวกับการรณรงค์ปราบปรามที่ดำเนินการในทศวรรษก่อนหน้าทางตอนใต้

ในปี ค.ศ. 1644 กองทัพแมนจูได้เข้ายึดกรุงปักกิ่ง ทำให้เกิดสงครามกลางเมืองในจีนยาวนานเกือบสี่สิบปี เหตุการณ์นี้ส่งผลกระทบอย่างมากต่อการค้าผ้าไหมที่ทำกำไรได้มหาศาลระหว่างจีน ฟอร์โมซา และญี่ปุ่น ทำให้ชาวดัตช์ต้องเก็บภาษีใหม่เพื่อชดเชยผลกำไรที่สูญเสียไป ภาษีบางส่วนนั้นเก็บโดยกลุ่มคนที่ช่วยก่อตั้งอาณานิคม นั่นคือผู้ประกอบการชาวจีน ซึ่งชาวดัตช์ขายสิทธิ์ในการเก็บภาษีบางประเภทให้ ยกเว้นภาษีhoofdgeldซึ่งเป็นภาษีที่อยู่อาศัยหนึ่งในสี่เรียลสำหรับชาวจีนที่มาตั้งถิ่นฐาน ปัจจุบันคาดการณ์ว่าคิดเป็น 10% ของรายได้สุทธิรายเดือนของแรงงาน แม้ว่าอัตรานี้จะต่ำกว่าอัตราภาษีแบบดั้งเดิมของจีนที่ 12% แต่สภาพการณ์อื่นๆ ในดินแดนชายแดนอาจทำให้ภาระนี้หนักเกินไปสำหรับบางคน ภาษีที่อยู่อาศัยนี้ยังมาพร้อมกับใบอนุญาตที่อยู่อาศัยที่เรียกว่าhoofdbriefซึ่งชาวจีนต้องถือและแสดงให้ชาวดัตช์ทุกคนที่ขอตรวจสอบ ระบบนี้ถูกทหารของบริษัทใช้ในทางที่ผิดอย่างกว้างขวาง โดยเรียกร้องให้ดูเอกสารเพื่อเป็นข้ออ้างในการเรียกเก็บเงิน ผู้ว่าการทั่วไปในบาตาเวียเขียนจดหมายถึงไต้หวันเกี่ยวกับเรื่องนี้ โดยกล่าวว่า"การปฏิบัติต่อ [จีน] อย่างเลวร้ายเช่นนี้ไม่ใช่นโยบายที่ดี ซึ่งจีนได้เข้ามาหาเราเพราะไม่มีทางเลือกที่ดีกว่า"แม้จะมีความพยายามบางอย่างเพื่อบรรเทา การละเมิด hoofdbriefแต่ความตึงเครียดก็ยังคงเพิ่มสูงขึ้น^{[ 39 ]}

ในปี ค.ศ. 1644 โจรสลัดชื่อคินวัง ซึ่งปล้นสะดมหมู่บ้านชาวพื้นเมืองในฟอร์โมซามาตั้งแต่ปีก่อน ได้เกยตื้นในอ่าวลองก์เยาว์ และชาวพื้นเมืองได้จับตัวเขาและส่งมอบให้ชาวดัตช์ คินวังได้ประกาศปกครองทางตอนเหนือของเกาะ โดยเป็นกองกำลังต่อต้านชาวดัตช์ทางตอนใต้ หลังจากถูกจับตัว เขาถูกประหารชีวิต และพบเอกสารฉบับหนึ่งที่อยู่ในครอบครองของเขา ซึ่งเป็นการเรียกร้องไปยังชาวจีนในฟอร์โมซา โดยสัญญาว่าจะจ่ายเงินให้พวกเขาอย่างมากมาย และใช้ประโยชน์จากความไม่พอใจต่อภาษีของชาวดัตช์และข้อจำกัดในการค้าและการล่าสัตว์ เอกสารดังกล่าวระบุว่าโจรสลัดจะปกป้องพวกเขาและฆ่าชาวพื้นเมืองใดๆ ที่พยายามทำร้ายพวกเขา^{[ 39 ]}

ชาวดัตช์เริ่มส่งเสริมการอพยพของ ชาวฮั่นจำนวนมาก ไปยังเกาะ โดยส่วนใหญ่มาจากทางใต้ของมณฑลฝูเจี้ยนผู้อพยพส่วนใหญ่เป็นชายหนุ่มโสดที่ถูกห้ามไม่ให้อยู่บนเกาะ ซึ่งชาวฮั่นมักเรียกกันว่า "ประตูแห่งนรก" เนื่องจากมีชื่อเสียงในเรื่องการคร่าชีวิตกะลาสีและนักสำรวจ^{[ 40 ]}หลังจากการลุกฮือของชาวฮั่นในปี 1640 การกบฏของกัวฮวยอี้ในปี 1652 ได้เห็นการก่อ จลาจลอย่างเป็นระบบ ต่อต้านชาวดัตช์ ซึ่งได้รับแรงหนุนจากความโกรธแค้นต่อภาษีที่เอาเปรียบและเจ้าหน้าที่ทุจริต ชาวดัตช์ปราบปรามการกบฏอย่างหนักอีกครั้ง โดยมีผู้เข้าร่วมการกบฏถึง 25% ถูกสังหารในช่วงเวลาสองสามสัปดาห์^{[ 41 ]}

เมื่อวันที่ 7 กันยายน ค.ศ. 1652 มีรายงานว่าชาวนาชาวจีนชื่อ กัว ฮวยอี้ได้รวบรวมกองทัพชาวนาติดอาวุธด้วยหอกไม้ไผ่และมีดเกี่ยวข้าวเพื่อโจมตีซาคัม พวกเขาโจมตีในเช้าวันรุ่งขึ้น ชาวดัตช์ส่วนใหญ่สามารถหาที่หลบภัยในคอกม้าของบริษัทได้ แต่บางส่วนถูกจับและประหารชีวิต ทหารดัตช์ 120 นายยิงใส่กองทัพชาวนาที่มีกำลังพล 4,000 นายและทำให้พวกเขากระจัดกระจาย ชาวดัตช์บอกกับชาวพื้นเมืองว่าพวกเขาจะได้รับผ้าทอจากอินเดียเป็นรางวัลหากพวกเขาช่วยต่อสู้กับชาวจีน ในอีกสองวันต่อมา นักรบพื้นเมืองและนักรบดัตช์สังหารชาวจีนไปประมาณ 500 คน ซึ่งส่วนใหญ่ซ่อนตัวอยู่ในไร่อ้อย เมื่อวันที่ 11 กันยายน กบฏชาวจีนสี่ถึงห้าพันคนปะทะกับทหารของบริษัทและพันธมิตรพื้นเมือง หลังจากได้รับความสูญเสียไปสองพันคน กบฏก็หนีลงใต้ แต่ก็ถูกสังหารโดยกองกำลังพื้นเมืองจำนวนมาก โดยรวมแล้วชาวจีนประมาณ 4,000 คนถูกสังหาร และศีรษะของกัว ฮวยอี้ถูกนำไปเสียบไว้บนเสา^{[ 39 ]}

แม้ว่าการกบฏและการสังหารหมู่ชาวจีนที่เกิดขึ้นจะถูกปราบปรามได้ง่าย แต่ก็ทำลายแรงงานในชนบท เนื่องจากผู้ก่อกบฏส่วนใหญ่เป็นเกษตรกร แม้ว่าพืชผลจะไม่ได้รับความเสียหายมากนัก แต่บริษัทก็ไม่สามารถหาแรงงานที่จำเป็นในการเก็บเกี่ยวได้ ส่งผลให้ผลผลิตในปี 1653 ต่ำกว่าค่าเฉลี่ย อย่างไรก็ตาม ชาวจีนหลายพันคนอพยพไปยังไต้หวันเนื่องจากสงครามบนแผ่นดินใหญ่ และการเกษตรก็ฟื้นตัวขึ้นเล็กน้อยในปีถัดมา มีการใช้มาตรการปราบปรามชาวจีน และวาทกรรมต่อต้านชาวจีนก็เพิ่มมากขึ้น ชาวพื้นเมืองได้รับการเตือนให้ระวังชาวจีนและอย่าติดต่อกับพวกเขาโดยไม่จำเป็น ชาวดัตช์แสดงตนว่าเป็นผู้ปกป้องดินแดนของชนพื้นเมืองจากการรุกรานของจีน ในแง่ของการเตรียมการทางทหาร มีการดำเนินการเพียงเล็กน้อย ยกเว้นการสร้างป้อมปราการขนาดเล็กที่มีกำแพงบางๆ ชาวดัตช์ไม่รู้สึกถูกคุกคามเพราะผู้ก่อกบฏส่วนใหญ่เป็นเกษตรกร ในขณะที่ชาวจีนที่ร่ำรวยได้เข้าข้างชาวดัตช์และเตือนพวกเขาเกี่ยวกับการกบฏ^{[ 42 ]}

ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1654 ป้อมซีแลนเดียถูกฝูงตั๊กแตนโจมตี จากนั้นก็เกิดโรคระบาดที่คร่าชีวิตชาวพื้นเมือง ชาวดัตช์ และชาวจีนไปหลายพันคน จากนั้นก็เกิดแผ่นดินไหวที่ทำลายบ้านเรือนและอาคารต่างๆ โดยมีแผ่นดินไหวตามมาอีกนานถึงเจ็ดสัปดาห์^{[ 43 ]}

หมู่บ้านพื้นเมืองหลายแห่งก่อกบฏต่อชาวดัตช์ในช่วงทศวรรษ 1650 เนื่องจากการกดขี่ เช่น เมื่อชาวดัตช์สั่งให้ชาวพื้นเมืองในหมู่บ้านอู่เหลาหวันในแอ่งไทเปมอบหญิงพื้นเมือง หนังกวาง และข้าวให้แก่พวกเขา ซึ่งจุดประกายการก่อกบฏในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1652 ในเวลาเดียวกับการก่อกบฏของชาวจีน ล่ามชาวดัตช์สองคนถูกชาวพื้นเมืองอู่เหลาหวันตัดหัว และในการต่อสู้ที่เกิดขึ้นภายหลัง ชาวพื้นเมือง 30 คนและชาวดัตช์อีก 2 คนเสียชีวิต หลังจากมีการคว่ำบาตรเกลือและเหล็กต่ออู่เหลาหวัน ชาวพื้นเมืองถูกบังคับให้ขอเจรจาสันติภาพในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1653 ^{[ 44 ]}

เจิ้ง เฉิงกงหรือที่รู้จักในเอกสารดัตช์ว่า โคซิงกา เกิดที่ฮิราโดะประเทศญี่ปุ่น บิดาคือเจิ้ง จือหลง โจรสลัดชาวฟูเจี้ยนและมารดาคือภรรยาชาวญี่ปุ่น ในปี ค.ศ. 1640 จือหลงได้ดำรงตำแหน่งผู้บัญชาการทหารของมณฑลฟูเจี้ยน เฉิงกงใช้ชีวิตเจ็ดปีแรกในญี่ปุ่นกับมารดาคือ ทากาวะ มัตสึจากนั้นจึงไปศึกษาต่อที่ฟูเจี้ยนและได้รับประกาศนียบัตรระดับอำเภอเมื่ออายุ 15 ปี ต่อมาเขาศึกษาต่อที่โรงเรียนนายร้อยหลวงในหนานจิงเมื่อปักกิ่งตกอยู่ภายใต้การยึดครองของกลุ่มกบฏในปี ค.ศ. 1644 เฉิงกงและผู้ติดตามของเขาประกาศความจงรักภักดีต่อราชวงศ์หมิงและเขาได้รับพระราชทานบรรดาศักดิ์โคซิงกา ( ภาษาจีน:國姓爺; Pe̍h-ōe-jī : Kok-sèng-iâ ; แปลตรงตัวว่า ' เจ้าแห่งนามสกุลจักรพรรดิ' ) บิดาของเขา จือหลง ได้ช่วยเหลือจักรพรรดิหลงหวู่ในการรบเมื่อปี ค.ศ. 1646 แต่หลงหวู่ถูกจับและประหารชีวิต ในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1646 จือหลงประกาศความจงรักภักดีต่อราชวงศ์ชิง เฉิงกงยังคงต่อต้านราชวงศ์ชิงจากเซี่ยเหมินในปี ค.ศ. 1649 เฉิงกงได้ควบคุมเมืองฉวนโจวแต่ก็เสียไปในภายหลัง ในปี ค.ศ. 1650 เขาได้วางแผนการโจมตีครั้งใหญ่จากกวางตุ้งร่วมกับผู้ภักดีต่อราชวงศ์หมิงในกวางซี ราชวงศ์ชิงได้ส่งกองทัพขนาดใหญ่ไปยังพื้นที่นั้น และเฉิงกงตัดสินใจที่จะเคลื่อนทัพไปตามชายฝั่ง แต่พายุได้ขัดขวางการเคลื่อนไหวของเขา ราชวงศ์ชิงได้โจมตีเซี่ยเหมินอย่างไม่ทันตั้งตัว ทำให้เขาต้องถอยกลับไปป้องกันเมือง ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1656 ถึง 1658 เขาได้วางแผนที่จะยึดหนานจิง ในฤดูร้อนปี ค.ศ. 1658 เขาออกเดินทาง แต่พายุทำให้เขาต้องถอยกลับ ในวันที่ 7 กรกฎาคม ค.ศ. 1659 กองเรือของเฉิงกงออกเดินทางอีกครั้ง และกองทัพของเขาได้ล้อมหนานจิงในวันที่ 24 สิงหาคม กองกำลังเสริมของราชวงศ์ชิงมาถึงและทำลายกองทัพของเฉิงกง บังคับให้พวกเขาล่าถอยไปยังเซี่ยเหมิน ในปี พ.ศ. 2303 ราชวงศ์ชิงได้เริ่มดำเนินนโยบายอพยพชายฝั่งเพื่อตัดแหล่งทำมาหากินของเฉิงกง^{[ 43 ]}

กบฏบางส่วนในช่วงกบฏกัวหวยอี้คาดหวังความช่วยเหลือจากเฉิงกง และเจ้าหน้าที่บริษัทบางคนเชื่อว่าการกบฏนั้นถูกยุยงโดยเขา บาทหลวงนิกายเยซูอิตคนหนึ่งบอกกับชาวดัตช์ว่าเฉิงกงกำลังมองไต้หวันเป็นฐานปฏิบัติการแห่งใหม่ ในฤดูใบไม้ผลิปี 1655 ไม่มีเรือสำเภาผ้าไหมลำใดมาถึงไต้หวัน เจ้าหน้าที่บริษัทบางคนสงสัยว่านี่เป็นแผนของเฉิงกงที่จะทำร้ายพวกเขา บริษัทจึงส่งเรือสำเภาไปที่เผิงหูเพื่อดูว่าเฉิงกงกำลังเตรียมกำลังอยู่ที่นั่นหรือไม่ แต่ก็ไม่พบอะไร ในปี 1655 ผู้ว่าการไต้หวันได้รับจดหมายจากเฉิงกงที่ดูหมิ่นชาวดัตช์และเรียกชาวจีนในไต้หวันว่าเป็นพลเมืองของเขา เขาสั่งให้พวกเขาหยุดการค้าขายกับชาวสเปน เฉิงกงกล่าวถึงผู้นำชาวจีนในไต้หวันโดยตรง แทนที่จะพูดกับเจ้าหน้าที่ชาวดัตช์ โดยระบุว่าเขาจะระงับการค้าขายของเรือสำเภาในไต้หวันหากชาวดัตช์ไม่รับประกันความปลอดภัยของเรือสำเภาของเขาจากการรุกรานของชาวดัตช์ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ เฉิงกงได้เพิ่มการค้าต่างประเทศโดยการส่งเรือสำเภาไปยังภูมิภาคต่างๆ และบาตาเวียก็ระแวงการแข่งขันนี้ บาตาเวียจึงส่งกองเรือขนาดเล็กไปยังท่าเรือในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้เพื่อสกัดกั้นเรือสำเภาของเฉิงกง เรือสำเภาลำหนึ่งถูกจับได้ แต่เรือสำเภาอีกลำหนึ่งสามารถหลบหนีไปได้^{[ 43 ]}

การค้าของไต้หวันชะลอตัวลง และในช่วงปลายปี 1655 และต้นปี 1656 เป็นเวลาหลายเดือนที่ไม่มีเรือจีนลำใดมาถึงไท่หยูอันเลย แม้แต่สินค้าราคาถูกก็เริ่มขาดแคลน และมูลค่าของสินค้าพื้นเมืองก็ลดลง ระบบการขายสิทธิ์การค้าในหมู่บ้านพื้นเมืองให้กับพ่อค้าชาวจีนล่มสลาย เช่นเดียวกับระบบการเก็บรายได้อื่นๆ อีกมากมาย ในวันที่ 9 กรกฎาคม 1656 เรือสำเภาที่ชักธงของเฉิงกงได้มาถึงป้อมซีแลนเดีย เฉิงกงเขียนว่าเขาโกรธชาวดัตช์ แต่เนื่องจากมีชาวจีนอาศัยอยู่ในไต้หวัน เขาจึงอนุญาตให้พวกเขาทำการค้าบนชายฝั่งจีนเป็นเวลา 100 วัน ตราบใดที่ขายเฉพาะสินค้าไต้หวันเท่านั้น พ่อค้าชาวจีนเริ่มเดินทางกลับพร้อมครอบครัว เฉิงกงทำตามคำสั่งของเขาและยึดเรือสำเภาจีนลำหนึ่งจากไท่หยูอันที่ค้าขายพริกไทยในเซี่ยเหมิน ทำให้พ่อค้าชาวจีนต้องยกเลิกการเดินทางค้าขาย เจ้าหน้าที่ชาวจีนคนหนึ่งเดินทางมาถึงไท่หยูอันพร้อมเอกสารที่มีตราประทับของเฉิงกง เรียกร้องขอตรวจสอบเรือสำเภาทั้งหมดในไท่หยูอันและสินค้าของพวกเขา พ่อค้าชาวจีนปฏิเสธที่จะซื้อสินค้าต่างประเทศของบริษัท และยังขายสินค้าต่างประเทศของตนเองด้วย ทำให้ราคาสินค้าตกต่ำ^{[ 43 ]}

พ่อค้าชาวจีนในหมู่บ้านพื้นเมืองหมดสินค้าที่จะแลกเปลี่ยนกับสินค้าพื้นเมือง ชาวนาจีนก็ประสบปัญหาจากการอพยพของชาวจีนเช่นกัน พวกเขาไม่สามารถส่งออกข้าวและน้ำตาลได้ และการลงทุนในไร่นาและแรงงานก็สูญเปล่า ในช่วงปลายปี ค.ศ. 1656 ชาวนาจีนต่างขอความช่วยเหลือเรื่องหนี้สินและขอความช่วยเหลือในรูปแบบของการรับประกันราคา ชาวจีนจำนวนมากแทบหาอาหารกินเองไม่ได้ ชาวจีนได้ส่งของขวัญและจดหมายถึงเฉิงกงเพื่อกระตุ้นให้เขากลับมาเปิดการค้ากับไต้หวันอีกครั้ง แต่ก็ไม่ได้รับการตอบกลับ ชาวดัตช์ก็ส่งจดหมายถึงเฉิงกงผ่านคนกลางชาวจีนชื่อเหอติงปินเช่นกัน^{[ 43 ]}

เหอปิน พนักงานของบริษัท VOC หนีไปหาเจิ้งเฉิงกงและมอบแผนที่ไต้หวันให้เขา ในวันที่ 23 มีนาคม พ.ศ. 2304 กองเรือของเจิ้งออกเดินทางจากเกาะคินเหมินพร้อมทหารและลูกเรือประมาณ 25,000 นาย กองเรือมาถึงไท่หยูอันในวันที่ 2 เมษายน กองกำลังของเจิ้งเอาชนะทหารดัตช์ 240 นายที่เกาะแบ็กเซมบอยในอ่าวไต้หวันและขึ้นฝั่งที่อ่าวลือเอ๋อร์เหมิน^{[ 45 ] [ 46 ]}เรือดัตช์ 3 ลำโจมตีเรือสำเภาจีนและทำลายไปหลายลำจนกระทั่งเรือรบหลักระเบิด เรือที่เหลือไม่สามารถขัดขวางเจิ้งจากการควบคุมน่านน้ำรอบไต้หวันได้^{[ 47 ] [ 48 ]}

เมื่อวันที่ 4 เมษายน ป้อมโพรวินเทียยอมจำนนต่อกองกำลังของเจิ้ง เมื่อวันที่ 7 เมษายน กองทัพของเจิ้งได้ปิดล้อมป้อมซีแลนเดีย [ ^{49 ] การ}โจมตีป้อมล้มเหลวและทหารฝีมือดีของเจิ้งจำนวนมากเสียชีวิต หลังจากนั้นเจิ้งจึงตัดสินใจที่จะทำให้ผู้ป้องกันป้อมอดอาหาร^{[ 50 ]}บริษัทได้ส่งกองเรือ 12 ลำพร้อมลูกเรือ 700 คนไปช่วยเหลือป้อม การเสริมกำลังประสบกับสภาพอากาศเลวร้ายและเรืออับปาง ทำให้ลูกเรือทั้งหมดถูกชาวพื้นเมืองจับตัวและส่งไปยังค่ายของเจิ้ง การต่อสู้กินเวลานานตั้งแต่เดือนกรกฎาคมถึงตุลาคม เมื่อในที่สุดชาวดัตช์ก็ไม่สามารถช่วยเหลือการปิดล้อมได้หลังจากสูญเสียเรือไปหลายลำและถอยทัพ^{[ 51 ] [ 52 ]}ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1662 จ่าสิบเอกชื่อฮันส์ ยูร์เกน ราดิส ได้แปรพักตร์และแจ้งให้กองกำลังของเจิ้งทราบถึงจุดอ่อนในการป้องกัน^{[ 53 ]}เมื่อวันที่ 12 มกราคม เรือของเจิ้งได้เริ่มการระดมยิงและชาวดัตช์ก็ยอมจำนน เมื่อวันที่ 9 กุมภาพันธ์ บุคลากรของบริษัทที่เหลืออยู่ในป้อมซีแลนเดียได้ออกจากไต้หวัน^{[ 54 ]}ชาวดัตช์ยังคงตั้งมั่นอยู่ที่คีลุงจนถึงปี 1668 เมื่อพวกเขาถอนตัวออกจากไต้หวันโดยสมบูรณ์^{[ 55 ] [ 56 ] [ 57 ]}

หลังจากถูกขับไล่ออกจากไต้หวัน ชาวดัตช์ได้ร่วมมือกับราชวงศ์ชิง ใหม่ ในจีนเพื่อต่อต้านระบอบเจิ้งในไต้หวัน หลังจากการปะทะกันเล็กน้อย ชาวดัตช์ก็ยึดป้อมปราการทางเหนือที่คีลุง คืนได้ ในปี 1664 ^{[ 58 ]}เจิ้งจิงส่งกองทัพไปขับไล่ชาวดัตช์ แต่ก็ไม่ประสบความสำเร็จ ชาวดัตช์ยังคงยึดคีลุงไว้ได้จนถึงปี 1668 เมื่อการต่อต้านของชนพื้นเมือง (ซึ่งน่าจะถูกยุยงโดยเจิ้งจิง) ^{[ 59 ]}และความล้มเหลวในการยึดส่วนอื่นๆ ของเกาะคืน ทำให้ทางการอาณานิคมตัดสินใจละทิ้งป้อมปราการสุดท้ายนี้และถอนตัวออกจากไต้หวันทั้งหมด^{[ 60 ] [ 61 ] [ 62 ] [ 63 ] [ 64 ]}

คีลุงเป็นทรัพย์สินที่ทำกำไรได้ดีสำหรับบริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ โดยกำไรของบริษัท 26% มาจากการดำเนินงานในไต้หวันในปี พ.ศ. 2507 ^{[ 65 ]}

กองกำลังชิง-ดัตช์พยายามบุกไต้หวันสองครั้งในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1664 ในทั้งสองครั้ง พลเรือเอกฉีหลางต้องสั่งให้เรือของเขาถอยกลับเนื่องจากสภาพอากาศเลวร้าย ฉีหลางพยายามโจมตีไต้หวันอีกครั้งในปี ค.ศ. 1666 แต่ก็ต้องถอยกลับเนื่องจากพายุ ชาวดัตช์ยังคงโจมตีเรือของราชวงศ์เจิ้งเป็นระยะๆ ทำให้การค้าหยุดชะงัก และยึดครองเมืองจีหลงจนถึงปี ค.ศ. 1668 แต่พวกเขาก็ไม่สามารถยึดเกาะคืนได้ ในวันที่ 10 กันยายน ค.ศ. 1670 ตัวแทนจากบริษัทอีสต์อินเดีย ของอังกฤษ (EIC) ได้ลงนามในข้อตกลงการค้ากับราชวงศ์เจิ้ง^{[ 66 ] [ 67 ]}ถึงกระนั้น การค้ากับ EIC ก็มีจำกัดเนื่องจากการผูกขาดอ้อยและหนังกวางของราชวงศ์เจิ้ง รวมถึงความไม่สามารถของอังกฤษที่จะกำหนดราคาสินค้าจากเอเชียตะวันออกเพื่อนำไปขายต่อได้ การค้าของราชวงศ์เจิ้งอยู่ภายใต้นโยบายห้ามเดินเรือของราชวงศ์ชิงตลอดระยะเวลาที่ดำรงอยู่ ซึ่งจำกัดการค้ากับจีนแผ่นดินใหญ่ไว้เฉพาะผู้ลักลอบค้าขาย^{[ 68 ]}

ชาวดัตช์ปล้นโบราณวัตถุและสังหารพระสงฆ์หลังจากโจมตีวัดพุทธที่ปูตูซานบนเกาะโจวซานในปี พ.ศ. 2308 ^{[ 69 ]}

ในปี ค.ศ. 1672 นอกชายฝั่งตะวันออกเฉียงเหนือของไต้หวัน เรือของเจิ้งจิงได้ยึด ปล้น และจมเรือดัตช์ชื่อ คุยเลนเบิร์กซึ่งกำลังเดินทางจากนางาซากิไปยังบาตาเวีย ลูกเรือของเจิ้งจิงประหารชีวิตลูกเรือชาวดัตช์ 34 คน และจมน้ำอีก 8 คน มีเพียงลูกเรือชาวดัตช์ 21 คนเท่านั้นที่หนีรอดไปยังญี่ปุ่นได้^{[ 70 ]}

ผู้ว่าการฟอร์โมซา ( ภาษาดัตช์: gouverneur van Formosa ; ภาษาจีน:台灣長官) เป็นหัวหน้าฝ่ายบริหาร ได้รับการแต่งตั้งโดยผู้ว่าการทั่วไปแห่งดัตช์อีสต์อินเดียในบาตาเวีย (ปัจจุบันคือจาการ์ตาประเทศอินโดนีเซีย) ผู้ว่าการฟอร์โมซามีอำนาจในการออกกฎหมาย เก็บภาษี ทำสงคราม และประกาศสันติภาพในนามของบริษัทดัตช์อีสต์อินเดีย (VOC) และโดยนัยแล้วก็คือรัฐดัตช์ด้วย

เขาได้รับการช่วยเหลือในการปฏิบัติหน้าที่โดยสภาแห่งตาโยวอัน ซึ่งเป็นกลุ่มที่ประกอบด้วยผู้ทรงคุณวุฒิต่างๆ ที่พำนักอยู่ในตาโยวอัน ประธานของสภานี้เป็นรองผู้ว่าราชการจังหวัด และจะเข้ารับหน้าที่แทนหากผู้ว่าราชการจังหวัดเสียชีวิตหรือไร้ความสามารถ ที่พำนักของผู้ว่าราชการจังหวัดอยู่ที่ป้อมซีแลนเดียบนเกาะตาโยวอัน (ในขณะนั้นเป็นเกาะ ปัจจุบันคือเขตอันผิงของเมืองไถหนาน ) มีผู้ว่าราชการจังหวัดทั้งหมดสิบสองคนในช่วงยุคอาณานิคมของดัตช์^{[ 71 ]}

จุดประสงค์ดั้งเดิมของการสร้างป้อมซีแลนเดียที่เมืองตายโยวัน ( อันผิง ) ทางตอนใต้ของเกาะฟอร์โมซา คือเพื่อเป็นฐานสำหรับการค้าขายกับจีนและญี่ปุ่น รวมถึงเพื่อขัดขวางการค้าของโปรตุเกสและสเปนในภูมิภาคนี้ สินค้าที่ทำการค้าขายกันนั้นรวมถึงผ้าไหมจากจีนและเครื่องเงินจากญี่ปุ่น และสินค้าอื่นๆ อีกมากมาย

หลังจากสร้างป้อมปราการแล้ว ชาวดัตช์ก็ตระหนักถึงศักยภาพของฝูงกวางซิกา พื้นเมืองไต้หวัน ( Cervus nippon taioanus ) จำนวนมากที่อาศัยอยู่บนที่ราบทางตะวันตกของเกาะ หนังกวางที่แข็งแรงเป็นที่ต้องการอย่างมากของชาวญี่ปุ่น ซึ่งใช้ทำ เกราะ ซามูไรส่วนอื่นๆ ของกวางถูกขายให้กับพ่อค้าชาวจีนเพื่อใช้เป็นเนื้อสัตว์และยา ชาวดัตช์จ่ายเงินให้กับชนพื้นเมืองสำหรับกวางที่นำมาให้ และพยายามจัดการสต็อกกวางเพื่อให้ทันกับความต้องการ น่าเสียดายที่กวางที่ชนพื้นเมืองพึ่งพาในการดำรงชีวิตเริ่มหายไป ทำให้ชนพื้นเมืองต้องหาทางเอาชีวิตรอดแบบใหม่^{[ 75 ]}อย่างไรก็ตาม สายพันธุ์ย่อยนี้ยังคงมีชีวิตอยู่ในการกักขัง และการนำสายพันธุ์ย่อยนี้กลับคืนสู่ป่าในภายหลังก็ประสบความสำเร็จ^{[ 76 ]}ในปี ค.ศ. 1638 ชาวดัตช์ส่งออกหนังกวาง 151,400 ผืนจากไต้หวันไปยังญี่ปุ่น^{[ 77 ]}แม้ว่าจำนวนหนังกวางที่ส่งออกไปยังญี่ปุ่นจะลดลงเนื่องจากจำนวนประชากรกวางลดลง แต่ก็ยังคงส่งออกหนังกวางจำนวนมากตั้งแต่ 50,000 ถึง 80,000 ชิ้น^{[ 77 ]}ชาเป็นสินค้าส่งออกที่สำคัญอีกชนิดหนึ่ง หลังจากที่ชาวจีนเข้ามาตั้งถิ่นฐานในไต้หวัน พวกเขาก็เริ่มปลูกชาบนเนินเขาที่ไม่ค่อยอุดมสมบูรณ์ซึ่งไม่สามารถปลูกข้าวได้^{[ 77 ]}

แม้ว่าอ้อยจะเป็นพืชพื้นเมืองของไต้หวัน แต่ชาวพื้นเมืองไม่เคยสามารถผลิตน้ำตาลทรายจากอ้อยดิบได้^{[ 78 ]} ชาวจีนอพยพในสมัยราชวงศ์ หมิงและชิงเป็นผู้แนะนำเทคนิคการแปรรูปอ้อยดิบให้เป็นน้ำตาลทรายให้กับภูมิภาคนี้^{[ 78 ]}น้ำตาลกลายเป็นสินค้าส่งออกที่สำคัญที่สุดในไต้หวัน และจุดประสงค์หลักของการปลูกอ้อยคือการส่งออก^{[ 79 ]}น้ำตาลที่ผลิตในไต้หวันสร้างกำไรได้สูงกว่าน้ำตาลที่ผลิตในชวามาก^{[ 78 ]}ในปี ค.ศ. 1645 น้ำตาล 300,000 แคตตี้ ซึ่งคิดเป็นหนึ่งในสามของผลผลิตทั้งหมด ถูกส่งไปยังเปอร์เซีย^{[ 79 ]}ในปี ค.ศ. 1658 ไต้หวันผลิตน้ำตาลได้ 1,730,000 แคตตี้ และ 800,000 แคตตี้ (45%) ถูกส่งไปยังเปอร์เซีย โดย 600,000 แคตตี้ (35%) ส่งออกไปยังญี่ปุ่น^{[ 79 ]}ส่วนที่เหลือส่งออกไปยังเนเธอร์แลนด์^{[ 79 ]}ชาเป็นสินค้าส่งออกที่สำคัญอีกรายการหนึ่ง สินค้าส่งออกที่สำคัญอีกรายการหนึ่งของไต้หวันคือกำมะถันที่เก็บรวบรวมจากบริเวณใกล้เมืองเกลังและตัมซุย

ไต้หวัน โดยเฉพาะเมืองเถาหยวน กลายเป็นศูนย์กลางการขนถ่ายสินค้าที่สำคัญสำหรับเครือข่ายการค้าของเอเชียตะวันออก^{[ 80 ]}สินค้าจากญี่ปุ่น ฟูเจี้ยน เวียดนาม ไทย และอินโดนีเซีย ถูกส่งไปยังไต้หวัน จากนั้นจึงส่งออกไปยังประเทศอื่นๆ ตามความต้องการของตลาด^{[ 80 ]}ชาวดัตช์ส่งออกอำพัน เครื่องเทศ พริกไทย ตะกั่ว ดีบุก ป่าน ฝ้าย ฝิ่น และใยฝ้ายจากเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ผ่านบาตาเวียไปยังจีนโดยผ่านไต้หวัน และขนส่งผ้าไหม เครื่องลายคราม ทองคำ และสมุนไพรจากจีนไปยังญี่ปุ่นและยุโรปผ่านไต้หวัน^{[ 81 ] [ 79 ]}

ชาวดัตช์ยังจ้างชาวจีนมาทำไร่อ้อยและข้าวเพื่อส่งออก โดยข้าวและน้ำตาลบางส่วนถูกส่งออกไปยังตลาดเปอร์เซีย^{[ 82 ]} ความพยายามที่จะชักชวนชนเผ่าพื้นเมืองให้เลิกการล่าสัตว์และหันมาใช้ชีวิตแบบเกษตรกรรมแบบอยู่กับที่นั้นไม่ประสบความสำเร็จ เพราะ "สำหรับพวกเขา การทำเกษตรกรรม มีข้อเสียหลักสองประการ ประการแรก ตามการแบ่งงานตามเพศแบบดั้งเดิม มันเป็นงานของผู้หญิง ประการที่สอง มันเป็นงานที่ต้องใช้แรงงานมากและน่าเบื่อหน่าย" ^{[ 83 ]}

ดังนั้นชาวดัตช์จึงนำเข้าแรงงานจากจีน และยุคนี้เป็นยุคแรกที่มีการอพยพของชาวจีนจำนวนมากมายังเกาะ โดยนักวิจารณ์คนหนึ่งประเมินว่ามีชาวจีน 50,000-60,000 คนมาตั้งถิ่นฐานในไต้หวันในช่วง 38 ปีของการปกครองของชาวดัตช์^{[ 84 ]}ผู้ตั้งถิ่นฐานเหล่านี้ได้รับการสนับสนุนด้วยการขนส่งฟรีไปยังเกาะ ซึ่งมักจะใช้เรือของชาวดัตช์ และได้รับเครื่องมือ วัว และเมล็ดพันธุ์เพื่อเริ่มต้นทำการเกษตร^{[ 74 ]}ในทางกลับกัน ชาวดัตช์เก็บภาษีหนึ่งในสิบของผลผลิตทางการเกษตร^{[ 74 ]}

หลังจากที่ชาวดัตช์เข้าควบคุมไต้หวัน พวกเขาก็เรียกเก็บภาษีนำเข้าและส่งออกทั้งหมดทันที^{[ 79 ]}แม้ว่าอัตราภาษีดังกล่าวจะไม่เป็นที่ทราบแน่ชัดเนื่องจากไม่มีบันทึก แต่ชาวดัตช์น่าจะได้รับกำไรมากมายจากภาษีส่งออกที่พ่อค้าชาวจีนและญี่ปุ่นได้รับ^{[ 79 ]}ซึ่งส่งผลให้เกิดความขัดแย้งระหว่างชาวดัตช์และชาวญี่ปุ่นจนนำไปสู่เหตุการณ์ฮามาดะ ยาเฮอิในปี 1628 ^{[ 85 ] [ 79 ]}

การเก็บภาษีอีกรูปแบบหนึ่งคือภาษีรายหัว ซึ่งชาวดัตช์เรียกเก็บจากทุกคนที่ไม่ใช่ชาวดัตช์และมีอายุมากกว่าหกปี^{[ 79 ]}ในตอนแรก อัตราภาษีรายหัวถูกกำหนดไว้ที่หนึ่งในสี่ของเรียล ต่อมาชาวดัตช์ได้เพิ่มอัตราเป็นครึ่งเรียล^{[ 79 ]}ในปี ค.ศ. 1644 จำนวนภาษีรายหัวทั้งหมดที่เรียกเก็บคือ 33,700 เรียล และในปี ค.ศ. 1644 มีการเรียกเก็บมากกว่า 70,000 เรียล^{[ 79 ]}เมื่อรวมกับนโยบายการเช่าที่ดินที่เข้มงวดและการรีดไถโดยทหารดัตช์ ภาษีนี้จึงเป็นสาเหตุของการก่อจลาจลครั้งใหญ่ในปี ค.ศ. 1640 และ ค.ศ. 1652 ^{[ 86 ]}

ชาวดัตช์ได้กำหนดภาษีสำหรับการล่าสัตว์เช่นกัน พวกเขาขายใบอนุญาตขุดหลุมดักสัตว์ในราคา 15 เรียลต่อเดือน และใบอนุญาตดักจับสัตว์ด้วยบ่วงในราคา 1 เรียล^{[ 79 ]}ในช่วงฤล่าสัตว์ระหว่างเดือนตุลาคม ค.ศ. 1638 ถึงมีนาคม ค.ศ. 1639 ภาษีการล่าสัตว์รวมทั้งสิ้น 1,998.5 เรียล^{[ 79 ]}ไม่มีใบอนุญาตสำหรับการตกปลาในขณะที่มีการเก็บภาษี^{[ 79 ]}

ในปี ค.ศ. 1653 รายได้ของชาวดัตช์จากไต้หวันถูกประเมินไว้ที่ 667,701 กุลเดน 3 สตูเวอร์ และ 12 เพนนิง ซึ่งรวมถึงรายได้จากการค้าขาย 381,930 ^{[ 79 ]}ซึ่งแสดงให้เห็นว่าสำหรับชาวดัตช์ การเก็บภาษีกลายเป็นวิธีสำคัญในการสร้างผลกำไรในไต้หวัน^{[ 79 ]}

ประชากรของเกาะฟอร์โมซาภายใต้การปกครองของดัตช์ประกอบด้วยสามกลุ่มหลัก ได้แก่ ชนพื้นเมือง ชาวดัตช์ และชาวจีน นอกจากนี้ยังมีชาวสเปน จำนวนหนึ่ง อาศัยอยู่ในทางเหนือของเกาะระหว่างปี 1626 ถึง 1642 ในบริเวณรอบๆเมืองคีลุงและตัมซุย และ ในบางช่วงเวลาก็มีกลุ่มพ่อค้าโจรสลัดชาวญี่ปุ่น-เกาหลีจำนวนหนึ่งที่รู้จักกันในชื่อวาโกะซึ่งปฏิบัติการอยู่ในพื้นที่ชายฝั่งนอกเหนือการควบคุมของดัตช์

ก่อนการตั้งถิ่นฐานของชาวดัตช์ในศตวรรษที่ 17 ชนพื้นเมืองไต้หวันอาศัยอยู่ในระบบชนเผ่าจำนวนมากซึ่งมีความเป็นอิสระจากกันอย่างเป็นเอกลักษณ์ โดยมีประชากรระหว่างหนึ่งพันถึงหนึ่งร้อยคน การสำรวจสำมะโนประชากรที่ดำเนินการโดยชาวดัตช์ในปี 1650 คาดการณ์ว่ามีชนพื้นเมืองในพื้นที่ราบต่ำกว่า 50,000 คน แม้ว่าจะมีพันธมิตรชั่วคราว การทำเกษตรกรรมที่คล้ายคลึงกัน และการแต่งงานข้ามเผ่าบ้าง แต่ชนเผ่าต่างๆ ก็แสดงให้เห็นถึงความแตกต่างทางภาษาและโครงสร้างภายในที่ชัดเจน ความแตกต่างเหล่านี้ประกอบกับการล่าหัวอย่างแพร่หลายทำให้กลุ่มชาวไต้หวันมีความระแวงและระมัดระวังคนแปลกหน้า^{[ 126 ]}

เมื่อเดินทางมาถึง กลุ่มชนพื้นเมืองกลุ่มแรกที่ชาวดัตช์ได้ติดต่อด้วยคือชาวซิงกัง (新港), แบคโลน (目加溜灣), โซลัง (蕭) และมัตตาวู (麻豆) นิสัยที่เป็นปรปักษ์ของชนเผ่าพื้นเมืองไต้หวันเหล่านี้ นำไปสู่ความสัมพันธ์ที่ไม่เป็นมิตรกับชาวดัตช์ในตอนแรก ซึ่งเกี่ยวข้องกับการก่อจลาจลหลายครั้ง รวมถึงเหตุการณ์ฮามาดะ ยาเหอี ในปี 1628 ที่เกี่ยวข้องกับชาวซิงกัง และการสังหารทหารดัตช์ 20 นายในปี 1629 โดยชนเผ่ามัตตาวู^{[ 30 ]}ในที่สุด บริษัท VOC ก็เปลี่ยนไปใช้กลยุทธ์แบ่งแยกและปกครอง และได้สร้างพันธมิตรกับชนเผ่าซิงกังและโซลังเพื่อต่อต้านชนเผ่ามัตตาวู พร้อมทั้งพิชิตชนเผ่าจำนวนมากที่ไม่ปฏิบัติตามคำสั่งเหล่านี้ไปพร้อมกัน^{[ 127 ]}

กระบวนการแทรกแซงนี้รวมถึงการสังหารหมู่ชนพื้นเมืองที่อาศัยอยู่บนเกาะลาเมย์ในปี 1642 โดยกองกำลังดัตช์ที่นำโดยนายทหารฟรองซัวส์ การอน^{[ 30 ]}หลังจากเหตุการณ์เหล่านี้ ในที่สุดชนพื้นเมืองก็ถูกบังคับให้ยอมจำนนภายใต้การปกครองของกองทัพและถูกใช้แรงงานหลากหลายประเภทในช่วงที่เกาะฟอร์โมซาอยู่ภายใต้การปกครองของดัตช์ ตามเอกสารในปี 1650 ผู้ตั้งถิ่นฐานชาวดัตช์ปกครอง "หมู่บ้านชนเผ่า 315 แห่งที่มีประชากรรวมประมาณ 68,600 คน ซึ่งคาดว่าคิดเป็น 40-50% ของชนพื้นเมืองทั้งหมดของเกาะ" ^{[ 128 ] [ 129 ]}

VOC ได้จัดตั้งระบบภาษีและโรงเรียนเพื่อสอนการเขียนอักษรโรมันของภาษาพื้นเมืองและเผยแพร่ศาสนาคริสต์ตามแบบปฏิบัติในค ริสตจักร ปฏิรูปดัตช์^{[ 130 ] [ 28 ]}

ศาสนาพื้นเมืองของไต้หวันส่วนใหญ่เป็นศาสนาวิญญาณนิยมและถือว่าเป็นบาปและด้อยอารยธรรม ชาวฟอร์โมซานปฏิบัติกิจกรรมต่างๆ ที่ชาวดัตช์มองว่าเป็นบาปหรืออย่างน้อยก็ไม่อารยธรรม รวมถึงการบังคับทำแท้ง (โดยการนวด) สำหรับผู้หญิงที่อายุต่ำกว่า 37 ปี^{[ 131 ]}การนอกใจคู่สมรสบ่อยครั้ง^{[ 131 ]}การไม่ปฏิบัติตามวันสะบาโตของคริสเตียนและการเปลือยกายโดยทั่วไปคัมภีร์ไบเบิลของโปรเตสแตนต์ได้รับการแปลเป็นภาษาพื้นเมืองของชาวฟอร์โมซานและเผยแพร่ในหมู่ชนเผ่า นี่เป็นการเข้ามาของศาสนาคริสต์ในไต้หวันครั้งแรก^{[ 128 ]}

มิชชันนารียังรับผิดชอบในการจัดตั้งโรงเรียนในหมู่บ้านที่อยู่ภายใต้การปกครองของชาวดัตช์ โดยสอนไม่เพียงแต่ศาสนาของชาวอาณานิคมเท่านั้น แต่ยังรวมถึงทักษะอื่นๆ เช่น การอ่านและการเขียนด้วย ก่อนที่ชาวดัตช์จะมาถึง ชาวพื้นเมืองไม่ได้ใช้การเขียน และมิชชันนารีได้สร้างรูปแบบการเขียนหลายแบบสำหรับภาษาต่างๆ ของไต้หวันโดยอิงจากอักษรละติน นี่เป็นบันทึกแรกในประวัติศาสตร์ของภาษาเขียนในไต้หวัน^{[ 30 ]}

ความสำเร็จของอักษรซิงกังที่แพร่หลายในหมู่ชาวสิรายาและผู้คนอื่นๆ ที่เรียนรู้ ทำให้ประชากรพื้นเมืองมีอักษรเฉพาะสำหรับภาษาของตนเอง การใช้อักษรนี้พบได้ในสัญญาซื้อขายที่ดินกับชาวจีนฮั่นจนถึงศตวรรษที่ 18

มีการทดลองสอนภาษาดัตช์ ให้กับเด็กพื้นเมือง แต่การทดลองเหล่านี้ถูกยกเลิกอย่างรวดเร็วหลังจากที่ไม่ได้ผลดี อย่างน้อยชาวฟอร์โมซาคนหนึ่งได้รับการศึกษาในเนเธอร์แลนด์ ในที่สุดเขาก็แต่งงานกับหญิงชาวดัตช์และดูเหมือนว่าจะเข้ากับสังคมดัตช์ได้เป็นอย่างดี^{[ 132 ]}

ความหลากหลายของทรัพยากรทางการค้าที่เป็นเอกลักษณ์ (โดยเฉพาะหนังกวาง เนื้อกวาง และอ้อย) รวมถึงธรรมชาติที่ยังไม่ถูกแตะต้องของฟอร์โมซา ส่งผลให้ตลาดแห่งนี้เป็นตลาดที่มีกำไรมหาศาลสำหรับ VOC บันทึกในสมุดบันทึกที่เขียนโดยผู้ว่าการชาวดัตช์Pieter Nuytsระบุว่า "ไต้หวันเป็นท่าเรือการค้าที่ยอดเยี่ยม ทำให้สามารถทำกำไรได้ 100 เปอร์เซ็นต์จากสินค้าทั้งหมด" ^{[ 133 ]}ในการผูกขาดสินค้าเหล่านี้ ชาวพื้นเมืองไต้หวันถูกใช้เป็นแรงงาน โดยทักษะของพวกเขาได้รับการฝึกฝนจากการทำงานในฟาร์มอ้อยและการล่ากวาง

ในทำนองเดียวกัน ชาวดัตช์ได้เปลี่ยนแปลงวิธีการทำเกษตรแบบดั้งเดิมไปสู่ระบบที่ทันสมัยมากขึ้น ชนเผ่าพื้นเมืองในพื้นที่เพาะปลูกได้รับการสอนวิธีการใช้ระบบการจัดการพืชผลแบบตะวันตก ซึ่งใช้เทคโนโลยีเชิงนิเวศที่ยั่งยืนและมีประสิทธิภาพมากขึ้น แม้ว่าส่วนใหญ่จะเป็นเพราะการใช้ประโยชน์จากที่ดินเพิ่มมากขึ้น จึงจำเป็นต้องมีวิธีการจัดการทางเลือกเพื่อป้องกันการสูญพันธุ์ของกวางและทรัพยากรน้ำตาล

ชาวดัตช์นำการขุดบ่อน้ำ^{[ 134 ]} เข้ามา รวมถึงนำทั้งวัวและโคมายังเกาะด้วย

ชาวพื้นเมืองไต้หวันกลายเป็นส่วนสำคัญในการรักษาเสถียรภาพและขจัดความขัดแย้งในช่วงครึ่งหลังของการปกครองของชาวดัตช์ ตามบันทึกประจำวันของป้อมซีแลนเดีย ( ภาษาดัตช์: De dagregisters van het kasteel Zeelandia ) ชาวดัตช์มักจ้างชายจากชนเผ่าพื้นเมืองใกล้เคียง รวมถึงซินคัง (新港) และมัตตาว (麻豆) เป็นทหารราบในกองกำลังทั่วไป เพื่อเพิ่มจำนวนเมื่อจำเป็นต้องดำเนินการอย่างรวดเร็วในระหว่างการกบฏหรือการลุกฮือ เช่นเดียวกับกรณีการกบฏของกัวหวยอี้ในปี 1652 ซึ่งในที่สุดผู้สมรู้ร่วมคิดก็พ่ายแพ้และปราบปรามโดยชาวดัตช์ด้วยการใช้ชาวพื้นเมืองไต้หวันกว่าร้อยคน^{[ 127 ]}

อย่างไรก็ตาม ชนเผ่าพื้นเมืองไต้หวันซึ่งเคยเป็นพันธมิตรกับชาวดัตช์ต่อต้านชาวจีนในช่วงกบฏกัวหวยอี้ในปี 1652 กลับหันมาต่อต้านชาวดัตช์ในช่วงการปิดล้อมป้อมซีแลนเดีย ในเวลาต่อมา และแปรพักตร์ไปอยู่กับกองกำลังจีนของโคซิงกา^{[ 135 ]}ชนพื้นเมือง (ชาวฟอร์โมซา) แห่งซินคานแปรพักตร์ไปอยู่กับโคซิงกาหลังจากที่เขาเสนอการนิรโทษกรรมให้ ชาวพื้นเมืองซินคานจึงทำงานให้กับชาวจีนและประหารชีวิตชาวดัตช์ ชนพื้นเมืองชายแดนในภูเขาและที่ราบก็ยอมจำนนและแปรพักตร์ไปอยู่กับชาวจีนในวันที่ 17 พฤษภาคม 1661 เฉลิมฉลองอิสรภาพจากการศึกษาภาคบังคับภายใต้การปกครองของชาวดัตช์ด้วยการไล่ล่าและประหารชีวิตชาวดัตช์ รวมถึงทำลายตำราเรียนของโรงเรียนคริสเตียนของพวกเขา^{[ 136 ]}ชนพื้นเมืองไต้หวันโจมตีทั้งชาวจีนและชาวดัตช์ ในอาณาจักรมิดดากชาวพื้นเมืองต้อนรับกองทหารที่นำโดยเฉินเจ๋อ ผู้บัญชาการของโคซิงกาอย่างอบอุ่น เมื่อทหารของเฉินเจ๋อเกิดความประมาทจนประมาท ชาวพื้นเมืองจึงสังหารพวกเขาขณะหลับ ทำให้ทหารของโคซิงก้าเสียชีวิตไป 1,500 นาย นี่เป็นการโจมตีชาวจีนที่เลวร้ายที่สุดจากชาวพื้นเมืองหลายครั้ง กรณีที่เลวร้ายรองลงมาเกิดขึ้นทางตอนใต้ ซึ่งทหารของโคซิงก้าอีก 700 นายถูกชาวพื้นเมืองสังหาร^{[ 137 ]}

ตามที่เฟรเดอริค คอยเอ็ตต์กล่าวไว้ หลายคนเห็นนางเงือกปรากฏตัวในน่านน้ำใกล้ป้อมซีแลนเดียระหว่างที่โคซิงกาโจมตีชาวดัตช์ ชาวดัตช์จึงมาค้นหาในบริเวณทางน้ำอย่างละเอียด แต่นางเงือกก็หายไปแล้ว ถือเป็นสัญญาณของภัยพิบัติที่กำลังจะเกิดขึ้น^{[ 142 ]}