หลังจากรวมอำนาจได้ในปี พ.ศ. 2510 ภายหลังความพยายามก่อรัฐประหารในปี พ.ศ. 2508ซึ่งดำเนินการโดยเจ้าหน้าที่ระดับกลางในกองทัพบกและกองทัพอากาศอินโดนีเซีย แต่ทางการกล่าวโทษพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซีย (PKI) ส่งผลให้มีการกวาดล้าง รัฐบาลของซูฮาร์โตได้ดำเนินนโยบายที่จำกัดเสรีภาพของพลเมือง อย่างรุนแรง และจัดตั้งระบบการปกครองที่แบ่งอำนาจระหว่าง องค์กร โกลการ์และกองทัพ อย่างมีประสิทธิภาพ ^{[ 1 ]}

ในปี พ.ศ. 2513 การขึ้นราคาและการทุจริตทำให้เกิดการประท้วงของนักศึกษาและการสอบสวนโดยคณะกรรมการของรัฐบาล^{[ 2 ]}ซูฮาร์โตตอบโต้ด้วยการห้ามการประท้วงของนักศึกษา บังคับให้นักกิจกรรมหลบซ่อนตัว มีเพียงการดำเนินคดีตามคำแนะนำของคณะกรรมการเพียงเล็กน้อยเท่านั้น รูปแบบการดึงฝ่ายตรงข้ามที่มีอำนาจมากกว่าบางส่วนมาอยู่ฝ่ายตนในขณะที่ดำเนินคดีอาญากับคนอื่นๆ กลายเป็นเอกลักษณ์ของการปกครองของซูฮาร์โต

ซูฮาร์โตลงสมัครรับเลือกตั้งโดยสภาที่ปรึกษาประชาชนทุกๆ ห้าปี เริ่มตั้งแต่ปี 1973 ตามกฎการเลือกตั้งของเขา อนุญาตให้มีสามหน่วยงานเข้าร่วมการเลือกตั้งได้ คือ พรรคการเมืองสองพรรคและโกลการ์พรรคการเมืองอื่นๆ ทั้งหมดถูกควบรวมเข้ากับพรรคพัฒนาสหรัฐ (PPP) ซึ่งมีพื้นฐานมาจากศาสนาอิสลาม หรือพรรคประชาธิปไตยแห่งอินโดนีเซีย (PDI) ซึ่งมีแนวคิดชาตินิยม โกลการ์ ซึ่งเป็นเครื่องมือทางการเมืองหลักของซูฮาร์โต ไม่ได้เป็นพรรคการเมืองอย่างเป็นทางการ ข้าราชการระดับสูงทุกคนถูกบังคับให้เข้าร่วมสมาคมพนักงานที่เชื่อมโยงกับโกลการ์ ในขณะที่ข้าราชการระดับสูงถูกห้ามไม่ให้เข้าร่วมพรรคการเมือง ในการประนีประนอมทางการเมืองกับกองทัพที่มีอำนาจ ซูฮาร์โตห้ามสมาชิกกองทัพไม่ให้ลงคะแนนเสียงในการเลือกตั้ง แต่จัดสรรที่นั่งในสภานิติบัญญัติให้กับตัวแทนของพวกเขา ซูฮาร์โตไม่มีคู่แข่งในการเลือกตั้งทุกครั้งที่เขาลงสมัคร (ได้แก่ ปี 1973, 1978, 1983, 1988, 1993 และ 1998) ^{[ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]}

ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2523 กลุ่มที่เรียกว่าPetisi 50เรียกร้องเสรีภาพทางการเมืองมากขึ้น และกล่าวหาว่าซูฮาร์โตตีความ อุดมการณ์รัฐปัญจ ศีลา ผิด โดยมีอดีตทหาร นักการเมือง นักวิชาการ และนักศึกษาลงนาม สื่ออินโดนีเซียปิดบังข่าว และรัฐบาลได้จำกัดเสรีภาพของผู้ลงนาม ซึ่งบางคนถูกจำคุกในภายหลัง^{[ 6 ]}

หลังจากการสิ้นสุดของสงครามเย็น ความกังวลของชาตะวันตกต่อลัทธิคอมมิวนิสต์ลดลง และชาตะวันตกก็ไม่เต็มใจที่จะยอมรับระบอบเผด็จการต่อต้านคอมมิวนิสต์ในประเทศโลกที่สามอีกต่อไป ด้วยเหตุนี้ บันทึกด้านสิทธิมนุษยชนของซูฮาร์โตจึงถูกตรวจสอบอย่างเข้มงวดมากขึ้นในระดับนานาชาติ ในปี 1991 การสังหารหมู่พลเรือนชาวติมอร์ตะวันออกใน สุสานที่เมือง ดิลีหรือที่รู้จักกันในชื่อ"การสังหารหมู่ซานตาครูซ"ทำให้สหรัฐฯ หันมาให้ความสนใจกับความสัมพันธ์ทางทหารกับระบอบซูฮาร์โต และประเด็นเรื่องการยึดครองติมอร์ตะวันออกของอินโดนีเซีย ในปี 1992 ความสนใจนี้ส่งผลให้รัฐสภาสหรัฐฯผ่านมติจำกัดความช่วยเหลือของIMETต่อกองทัพอินโดนีเซีย แม้ว่าประธานาธิบดีจอร์จ เอช.ดับเบิลยู. บุ ช จะคัดค้านก็ตาม ในปี 1993 ภายใต้ประธานาธิบดีบิล คลินตันคณะผู้แทนสหรัฐฯ ประจำคณะกรรมาธิการสิทธิมนุษยชนแห่งสหประชาชาติได้ช่วยผ่านมติแสดงความกังวลอย่างยิ่งต่อการละเมิดสิทธิมนุษยชนของอินโดนีเซียในติมอร์ตะวันออก

ในปี พ.ศ. 2539 พรรคประชาธิปไตยอินโดนีเซีย (PDI) ซึ่งเป็นพรรคที่ถูกกฎหมายและถูกใช้โดยระบอบใหม่เป็นเครื่องมือสนับสนุนระบบการเลือกตั้งของระบอบใหม่ ได้เริ่มแสดงอำนาจอิสระภายใต้การนำของเมกาวาตี สุการ์โนปุตริบุตรสาวของสุการ์โน บิดาผู้ก่อตั้งประเทศอินโดนีเซียเพื่อตอบโต้ สุฮาร์โตพยายามสร้างความแตกแยกในการเป็นผู้นำของ PDI โดยสนับสนุนกลุ่มที่ถูกดึงเข้ามาซึ่งภักดีต่อรองประธานสภาผู้แทนราษฎรสุริยาดีต่อต้านผู้สนับสนุนของเมกาวาตี หลังจากที่กลุ่มของสุริยาดีประกาศว่าจะมีการประชุมพรรคเพื่อปลดเมกาวาตีในเมืองเมดันในวันที่ 20-22 มิถุนายน เมกาวาตีได้ประกาศว่าผู้สนับสนุนของเธอจะจัดการเดินขบวนประท้วง กลุ่มของสุริยาดีได้ดำเนินการปลดเมกาวาตี และการประท้วงก็เกิดขึ้นทั่วประเทศอินโดนีเซีย^{[ 7 ]}

จากนั้นผู้สนับสนุนของเมกาวาตีก็เข้ายึดสำนักงานใหญ่ของ PDI ในจาการ์ตาในวันเสาร์ที่ 27 กรกฎาคม กลุ่มคนร้ายซึ่งรวมถึงทหารในชุดพลเรือนและอันธพาลจาก องค์กร Pemuda Pancasila ที่เกี่ยวข้องกับกองทัพ ได้บุกเข้าไปในอาคารโดยใช้กำลัง ตามรายงานของคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติมีผู้เสียชีวิต 5 คน บาดเจ็บ 149 คน และสูญหาย 74 คน ส่วนใหญ่เป็นผู้ที่ถูกทหารจับกุม การโจมตีดังกล่าวตามมาด้วยการจลาจลสองวัน ซึ่งเยาวชนได้เผาอาคารอย่างน้อย 6 หลัง รวมถึงอาคารกระทรวงเกษตร^{[ 8 ] [ 9 ]}ความตึงเครียดทางการเมืองในจาการ์ตาเกิดขึ้นพร้อมกับการจลาจลต่อต้านชาวจีนในSitubondo (1996), Tasikmalaya (1996), Banjarmasin (1997) และMakassar (1997) ในขณะที่การปะทะกันทางเชื้อชาติอย่างรุนแรงเกิดขึ้นระหว่างชาวDayakและMadureseใน กา ลิมันตันตะวันตก ในปี 1997 ระหว่างการจลาจล Sanggau Ledo ^{[ 10 ]}

ในช่วงครึ่งหลังของปี 1997 อินโดนีเซียกลายเป็นประเทศที่ได้รับผลกระทบหนักที่สุดจากวิกฤตการณ์ทางการเงินเอเชียปี 1997เศรษฐกิจประสบกับการไหลออกของเงินทุนต่างประเทศ ส่งผลให้ค่าเงินรูเปียห์อินโดนีเซียลดลงจาก 2,600 รูเปียห์ต่อดอลลาร์ในเดือนสิงหาคม 1997 เหลือมากกว่า 14,800 รูเปียห์ต่อดอลลาร์ในเดือนมกราคม 1998 บริษัทอินโดนีเซียที่มีหนี้สินเป็นสกุลเงินดอลลาร์สหรัฐฯ ประสบปัญหาในการชำระหนี้เหล่านี้ด้วยรายได้ที่เป็นเงินรูเปียห์ และหลายบริษัทล้มละลาย ความพยายามของธนาคารกลางอินโดนีเซียในการปกป้องระบบการลอยตัวของค่าเงินโดยการขายดอลลาร์สหรัฐฯ ไม่เพียงแต่แทบไม่มีผลต่อการลดลงของค่าเงินเท่านั้น แต่ยังทำให้ทุนสำรองเงินตราต่างประเทศของอินโดนีเซียลดลงอีกด้วย^{[ 12 ]}จุดอ่อนในเศรษฐกิจอินโดนีเซีย รวมถึงระดับหนี้สิน ที่สูง ระบบการจัดการทางการเงินที่ไม่เพียงพอ และระบบทุนนิยมแบบพวกพ้องถูกระบุว่าเป็นสาเหตุพื้นฐาน ความผันผวนในระบบการเงินโลกและการเปิดเสรีตลาดทุนระหว่างประเทศมากเกินไปก็ถูกกล่าวถึงเช่นกัน รัฐบาลตอบสนองด้วยการปล่อยให้ค่าเงินลอยตัว ขอ ความช่วยเหลือ จากกองทุนการเงินระหว่างประเทศปิดธนาคารบางแห่ง และเลื่อนโครงการลงทุนขนาดใหญ่^{[ 13 ]}

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2540 ซูฮาร์โตไม่ได้เข้าร่วมการประชุมสุดยอดประธานาธิบดีอาเซียนเป็นครั้งแรก ซึ่งต่อมาได้มีการเปิดเผยว่าเป็นเพราะอาการเส้นเลือดในสมอง แตกเล็กน้อย ทำให้เกิดการคาดเดาเกี่ยวกับสุขภาพของเขาและอนาคตอันใกล้ของการดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีของเขา ในช่วงกลางเดือนธันวาคม ขณะที่วิกฤตการณ์กำลังแพร่กระจายไปทั่วอินโดนีเซีย และ มีการถอนเงินทุนออกจากประเทศประมาณ 150 พันล้านดอลลาร์สหรัฐ เขาได้ปรากฏตัวในการแถลงข่าวเพื่อยืนยันว่าเขายังคงควบคุมสถานการณ์อยู่ และกระตุ้นให้ประชาชนเชื่อมั่นในรัฐบาลและค่าเงินรูเปียห์ที่กำลังตกต่ำ^{[ 14 ]}

ความพยายามของซูฮาร์โตในการฟื้นฟูความเชื่อมั่น เช่น การสั่งให้เหล่าพลเอกไปสร้างความมั่นใจให้กับผู้ซื้อสินค้าในตลาดด้วยตนเอง และแคมเปญ "ฉันรักรูเปียห์" แทบไม่มีผลใดๆ แผนอีกประการหนึ่งคือการจัดตั้งคณะกรรมการควบคุมค่าเงิน ซึ่งเสนอโดย สตีฟ แฮงค์ที่ปรึกษาพิเศษจากมหาวิทยาลัยจอห์นส์ ฮอปกินส์ในวันถัดมา ค่าเงินรูเปียห์แข็งค่าขึ้น 28% เมื่อเทียบกับดอลลาร์สหรัฐ ทั้งในตลาดซื้อขายทันทีและตลาดซื้อขายล่วงหน้าหนึ่งปี หลังจากได้ยินแผนดังกล่าว อย่างไรก็ตาม การพัฒนาเหล่านี้ทำให้รัฐบาลสหรัฐฯ และกองทุนการเงินระหว่างประเทศ (IMF) โกรธเคือง ซูฮาร์โตได้รับแจ้งจากทั้งประธานาธิบดีสหรัฐฯบิลคลินตันและผู้อำนวยการบริหารของ IMF มิเชล คัมเดสซัส ว่าเขาจะต้องยกเลิกแนวคิดเรื่องคณะกรรมการควบคุมค่าเงิน มิฉะนั้นจะสูญเสียความช่วยเหลือต่างประเทศมูลค่า 43 พันล้านดอลลาร์^{[ 15 ]}

หลักฐานชี้ให้เห็นว่าครอบครัวและผู้ร่วมงานของซูฮาร์โตได้รับการยกเว้นจากข้อกำหนดที่เข้มงวดที่สุดของกระบวนการปฏิรูป IMF และมีความขัดแย้งอย่างเปิดเผยระหว่างนักเทคนิคเศรษฐกิจที่ดำเนินการตามแผนของ IMF กับผลประโยชน์ที่เกี่ยวข้องกับซูฮาร์โต ซึ่งบั่นทอนความเชื่อมั่นในระบบเศรษฐกิจลงไปอีก^{[ 16 ]}งบประมาณปี 1998 ที่ไม่สมจริงของรัฐบาลและการประกาศของซูฮาร์โตเกี่ยวกับการแต่งตั้งฮาบิบีเป็นรองประธานาธิบดีคนต่อไป ล้วนก่อให้เกิดความไม่เสถียรของค่าเงินมากขึ้น^{[ 17 ]}ซูฮาร์โตตกลงอย่างไม่เต็มใจที่จะรับแพ็คเกจการปฏิรูปโครงสร้างที่ครอบคลุมมากขึ้นของ IMF ในเดือนมกราคม 1998 เพื่อแลกกับ สภาพคล่อง 43 พันล้านดอลลาร์ (โดยมีการลงนามในหนังสือแสดงเจตจำนงฉบับที่สามกับ IMF ในเดือนเมษายนของปีนั้น) อย่างไรก็ตาม ค่าเงินรูเปียห์ลดลงเหลือหนึ่งในหกของมูลค่าก่อนเกิดวิกฤต และข่าวลือและความตื่นตระหนกนำไปสู่การแห่ซื้อสินค้าในร้านค้าและผลักดันราคาให้สูงขึ้น^{[ 17 ] [ 16 ]}ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2541 รัฐบาลถูกบังคับให้จัดหาความช่วยเหลือด้านสภาพคล่องฉุกเฉิน (BLBI) ออกหนังสือค้ำประกันเงินฝากธนาคาร และจัดตั้งหน่วยงานปรับโครงสร้างธนาคารแห่งอินโดนีเซียเพื่อเข้าควบคุมการบริหารจัดการธนาคารที่มีปัญหาเพื่อป้องกันการล่มสลายของระบบการเงิน ตามคำแนะนำของ IMF รัฐบาลได้เพิ่มอัตราดอกเบี้ยเป็น 70% ต่อปีในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2541 เพื่อควบคุมอัตราเงินเฟ้อสูงที่เกิดจากราคาสินค้านำเข้าที่สูงขึ้น อย่างไรก็ตาม การกระทำดังกล่าวจำกัดการเข้าถึงสินเชื่อของภาคธุรกิจ^{[ 18 ]}

ประธานาธิบดีซูฮาร์โต (ซ้าย) และรองประธานาธิบดีบีเจ ฮาบิบี (ขวา) ที่เพิ่งได้รับเลือกตั้งใหม่ ในวาระที่เจ็ดและวาระสุดท้ายของซูฮาร์โต

แม้สถานการณ์ทางเศรษฐกิจจะย่ำแย่ลง ในระหว่างการประชุมใหญ่สภาที่ปรึกษาประชาชน ในปี 1998 ซูฮาร์โตได้รับการเลือกตั้งเป็นประธานาธิบดีอีกครั้งอย่างเป็นเอกฉันท์ โดยรองประธานาธิบดีตรี สุทริสโนถูกแทนที่ด้วยรัฐมนตรีและคนสนิทมานานอย่างบีเจ ฮาบิบี [ ^{10 ] การ}เลือกฮาบิบีของซูฮาร์โตไม่เป็นที่ยอมรับ ส่งผลให้ค่าเงินรูเปียห์อ่อนค่าลงอย่างต่อเนื่อง^{[ 19 ]}ในขณะเดียวกัน เขาก็แต่งตั้ง สมาชิกในครอบครัวและหุ้นส่วนทางธุรกิจของเขาหลายคนเข้าสู่ คณะรัฐมนตรีพัฒนาชุดที่เจ็ดการขึ้นราคาน้ำมันเชื้อเพลิงของรัฐบาลถึง 70% ในเดือนพฤษภาคมทำให้เกิดการจลาจลใน เมือง เมดัน จังหวัด สุมาตราเหนือ^{[ 20 ]}เมื่อซูฮาร์โตถูกมองว่าเป็นต้นเหตุของวิกฤตเศรษฐกิจและการเมืองที่ทวีความรุนแรงขึ้นในประเทศ บุคคลสำคัญทางการเมืองหลายคน รวมถึงนักการเมืองมุสลิมอาเมียน ไรส์ได้ออกมาพูดต่อต้านการดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีของเขา และในเดือนมกราคม 1998 นักศึกษามหาวิทยาลัยเริ่มจัดการเดินขบวนประท้วงทั่วประเทศ^{[ 10 ]}

การประท้วงที่สถาบันเทคโนโลยีบันดุงมีผู้ประท้วง 500 คน และในเดือนมีนาคม การประท้วงที่ใหญ่กว่าได้เกิดขึ้นที่มหาวิทยาลัยอื่นๆ รวมถึงมหาวิทยาลัยอินโดนีเซียและมหาวิทยาลัยกาจาห์มาดา [ ^{21 ] เมื่อ}วันที่ 9 พฤษภาคม 1998 มีรายงานว่าเจ้าหน้าที่ตำรวจ ดาดัง รุสมานา ถูกสังหารในการประท้วงที่มหาวิทยาลัยจวนดา^{[ 22 ]}ผู้ประท้วงเหล่านี้กำลังประท้วงต่อต้านการขึ้นราคาเชื้อเพลิงและพลังงานอย่างมหาศาล และเรียกร้องให้ประธานาธิบดีซูฮาร์โตลาออก^{[ 23 ] [ 24 ]}

ภาพรวมคร่าวๆ ของสถานการณ์ที่มหาวิทยาลัยตรีศักติระหว่างเหตุการณ์กราดยิง

กลุ่มผู้ก่อจลาจลเผาเฟอร์นิเจอร์สำนักงานบนถนนในกรุงจาการ์ตา

เมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม ซูฮาร์โตเดินทางออกจากอินโดนีเซียเพื่อเข้าร่วม การประชุมสุดยอด กลุ่ม G15ที่กรุงไคโรประเทศอียิปต์ ในขณะเดียวกัน ที่มหาวิทยาลัยตรีศักติ ในกรุงจาการ์ตา นักศึกษาได้วางแผนที่จะเดินขบวนไปยังอาคารรัฐสภาแต่กองกำลังรักษาความปลอดภัยปฏิเสธที่จะอนุญาตให้พวกเขาออกจากวิทยาเขตของมหาวิทยาลัย^{[ 25 ]}จากนั้นนักศึกษาจึงจัดการประท้วงนั่งลงนอกประตูมหาวิทยาลัย ที่นั่นชายใน ชุด เครื่องแบบกองพลเคลื่อนที่ปรากฏตัวบนสะพานลอยที่มองเห็นมหาวิทยาลัยตรีศักติ พวกเขายิงใส่นักศึกษา ทำให้มีผู้เสียชีวิต 4 ราย (เอลัง มูเลีย เลสมานา, เฮรี เฮอร์ตันโต, ฮาฟิดิน โรยัน และเฮนเดรียวัน ซี) และบาดเจ็บอีกหลายสิบคน^{[ 26 ]}

การเสียชีวิตของนักเรียนจุดชนวนให้เกิดความรุนแรงและการจลาจลครั้งใหญ่ทั่วจาการ์ตาในวันถัดมา บังคับให้ซูฮาร์โตต้องกลับมาในวันที่ 14 พฤษภาคม แม้ว่าซูฮาร์โตจะกลับมาแล้ว การจลาจลก็ยังเกิดขึ้นทั่วเมือง ในจาติเนการาทางตะวันออกของจาการ์ตาห้าง สรรพสินค้า มาตาฮารีถูกปิดล้อมและเผา ทำให้มีผู้เสียชีวิตประมาณหนึ่งพันคน ใน กล อด็อกทางตะวันตกของจาการ์ตากลุ่มคนร้ายโจมตีไชน่าทาวน์ของจาการ์ตา โดยเจ้าของร้านถูกบังคับให้จ่ายเงินให้กับอันธพาลท้องถิ่นเพื่อปกป้องพวกเขาจากความรุนแรง การจลาจลยังเกิดขึ้นใกล้ท่าเรือตันจุงปรีอ็อก ทางตอนเหนือ ของจาการ์ตาเมืองตังเกรังจังหวัดบันเตนและเคบายอรันบารู ทางตอนใต้ ของจาการ์ตาโดยทรัพย์สินของชาวจีนเป็นเป้าหมายหลัก^{[ 27 ]}มีผู้เสียชีวิตมากกว่าหนึ่งพันคนและมากถึงห้าพันคนในระหว่างการจลาจลเหล่านี้ในจาการ์ตาและเมืองอื่นๆ เช่นสุราการ์ตาเหยื่อจำนวนมากเสียชีวิตในห้างสรรพสินค้าและซูเปอร์มาร์เก็ตที่ถูกเผา แต่บางคนถูกยิงหรือถูกทุบตีจนเสียชีวิต เหตุจลาจลทำลายตลาด 13 แห่ง ร้านค้า 2,479 แห่งห้างสรรพสินค้า 40 แห่ง ร้านค้า 1,604 แห่ง อู่ซ่อมรถ 45 แห่ง สำนักงานเอกชน 383 แห่ง สถานีบริการน้ำมัน 9 แห่งรถโดยสารประจำทางและรถตู้โดยสาร 8 คัน รถยนต์ 1,119 คัน รถจักรยานยนต์ 821 คัน และบ้าน 1,026 หลัง^{[ 28 ]}

ชาวมุสลิมอินโดนีเซียที่ถูกมองว่ามีรูปลักษณ์ภายนอกคล้ายชาวจีนถูกผู้ก่อจลาจลทำร้าย แม้ว่าจะไม่ได้ระบุว่าตนเองเป็นชาวจีนเลยก็ตาม และเป็นเพียงผู้สืบเชื้อสายจีนที่ห่างไกลเท่านั้น รูมินาห์ หญิงมุสลิมชาวอินโดนีเซียคนหนึ่งกล่าวว่า เธอมีปู่ชาวจีนโสด (ซึ่งแต่งงานกับหญิงมุสลิมในท้องถิ่น) แต่เธอกับครอบครัวก็ต้องเผชิญกับการคุกคามอย่างต่อเนื่องจากเพื่อนบ้านเนื่องจากรูปลักษณ์ภายนอกและเชื้อชาติที่ถูกสันนิษฐาน เธอไม่ได้ระบุว่าตนเองเป็นชาวจีนหรือพูดภาษาจีน ในเหตุการณ์จลาจล ร้านเสริมสวยของเธอถูกปล้น และลูกชายคนหนึ่งของเธอเสียชีวิตในเหตุไฟไหม้ที่ห้างสรรพสินค้า^{[ 29 ]}

ในขณะนั้น กองทัพอินโดนีเซียแตกออกเป็นสองฝ่ายที่แตกต่างกัน ฝ่ายชาตินิยม "แดงและขาว" นำโดยพลเอกวิรันโต ผู้บัญชาการกองทัพ และฝ่ายอิสลาม "เขียว" นำโดยปราโบโว สุเบียนโต [ ^{30 ] ป}ราโบโว ซึ่งเป็นผู้บัญชาการของKostrad (กองกำลังสำรองเชิงยุทธศาสตร์ ซึ่งเป็นหน่วยที่ซูฮาร์โตเข้ายึดอำนาจในช่วงทศวรรษ 1960) เป็นเพื่อนกับมุชดี ปูร์โวปรานโจโนผู้บริหารKopassus (หน่วยรบพิเศษ) และอีกคนหนึ่งคือ ซยาฟรี ซัมซุดดิน หัวหน้ากองบัญชาการภูมิภาคจาการ์ตา [ ^{31 ] ใน}ระหว่างการจลาจล ทั้งมุชดีและซยาฟรีล้มเหลวในการสั่งการให้กองกำลังของตนปราบปรามการจลาจล และต่อมามีรายงานว่าซยาฟรีได้ติดต่อทางวิทยุกับแก๊งที่ก่อความวุ่นวายในเมือง เป็นไปได้ว่า Prabowo หวังว่าเหตุการณ์จลาจลจะทำให้ Wiranto คู่แข่งของเขาเสียชื่อเสียง และส่งผลให้ Suharto แต่งตั้ง Prabowo ให้เป็นหัวหน้ากองทัพ^{[ 32 ]}

ในขณะเดียวกัน ข้อกล่าวหาอื่นๆ ก็ปรากฏขึ้นว่ากองทัพมีส่วนร่วมอย่างแข็งขันในการจลาจล เจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยคนหนึ่งอ้างว่าระหว่างการจลาจล เจ้าหน้าที่หน่วย คอมมานโดพิเศษ (Kopassus)ได้สั่งให้เผาธนาคาร คนขับแท็กซี่รายงานว่าได้ยินชายคนหนึ่งในเฮลิคอปเตอร์ทหารยุยงให้ผู้คนบนพื้นดินทำการปล้นสะดม เจ้าของร้านค้าในพลาซ่าอ้างว่าก่อนการจลาจล เจ้าหน้าที่ทหารพยายามเรียกเก็บเงินค่าคุ้มครอง วัยรุ่นคนหนึ่งอ้างว่าเขาและคนอื่นๆ อีกหลายพันคนได้รับการฝึกฝนให้เป็นผู้ประท้วง เด็กเร่ร่อนคนหนึ่งอ้างว่า เจ้าหน้าที่ หน่วยคอมมานโดพิเศษสั่งให้เขาและเพื่อนๆ กลายเป็นผู้ก่อจลาจล มีรายงานว่าทหารปลอมตัวเป็นนักเรียนและเข้าร่วมในการจลาจล^{[ 33 ]}พยานผู้เห็นเหตุการณ์กล่าวถึงการทำลายล้างที่ถูกจัดระเบียบ โดยมีกลุ่มชายผมสั้นคอยนำผู้ปล้นสะดมเข้าไปในร้านค้า ห้างสรรพสินค้า และธนาคาร และผู้ก่อจลาจลถูกขนส่งด้วยรถบรรทุกทหาร เหยื่อการข่มขืนให้การว่าผู้หญิงเชื้อสายจีนถูกกำหนดเป้าหมาย โดยมีการวางแผนการทำร้ายล่วงหน้า^{[ 34 ] [ 35 ]}

ความรุนแรงและการจลาจลที่เกิดขึ้นทั่วประเทศดึงดูดความสนใจของรัฐบาล เมื่อวันที่ 6 พฤษภาคมวิรันโตคู่แข่งของประโบโวที่กล่าวถึงข้างต้น ได้เดินทางไปเยี่ยมชมพื้นที่ที่ได้รับผลกระทบและช่วยฟื้นฟูความสงบเรียบร้อยบนท้องถนน เมื่อวันที่ 8 พฤษภาคม สองวันต่อมา ประโบโวเองได้ส่งหน่วยหนึ่งของเขาไป "เพื่อสนับสนุนกองกำลังท้องถิ่นและให้ความมั่นใจแก่ประชาชนว่าหน่วยอื่นๆ พร้อมที่จะเข้าไปในพื้นที่ที่มีปัญหาหากจำเป็น" อย่างไรก็ตาม ความพยายามทั้งสองอย่างไม่สามารถควบคุมความรุนแรงได้อย่างเต็มที่ เนื่องจากมีการจลาจลเกิดขึ้นอย่างต่อเนื่องในเมดันทำให้ประชาชนคาดเดาว่าหน่วยที่ถูกส่งไปนั้นปฏิบัติตามคำสั่งเพียงเล็กน้อย^{[ 37 ]}

ความสงบเรียบร้อยได้รับการฟื้นฟูในที่สุดเมื่อผู้บัญชาการทหารประจำภูมิภาค ยูไซนี ขอความช่วยเหลือจากผู้นำชุมชนและองค์กรเยาวชนเพื่อจัดตั้งหน่วยลาดตระเวนท้องถิ่น ( ซิสกัมลิง ) เพื่อลาดตระเวนร่วมกับกองกำลังรักษาความปลอดภัย^{[ 38 ]} อย่างไรก็ตาม การไม่ดำเนินการใดๆ ของรัฐบาลยังคงดำเนินต่อไป โดยการตอบสนองต่อความรุนแรงนั้นไม่สอดคล้องกัน ในพื้นที่ทางตอนเหนือของมังกาเบซาร์จาการ์ตามีรายงานว่าทหารยืนดูเฉยๆ และปล่อยให้ผู้ปล้นสะดมเดินจากไปพร้อมกับสินค้าที่ขโมยมา^{[ 39 ]}ขณะที่ในสลิปิทางตะวันตกของจาการ์ตามีรายงานว่าทหารเสี่ยงชีวิตเพื่อปกป้องพลเรือน^{[ 40 ]}ในสุราการ์ตา (โซโล) พันเอกศรียันโต ผู้แทนกองทัพ ปฏิเสธข้อกล่าวหาเรื่องการละเลย โดยอ้างว่ากองกำลังภาคพื้นดินมีจำกัดและมีจำนวนน้อย เนื่องจากหน่วยต่างๆ ถูกโอนไปยังจาการ์ตา ทำให้เหลือทหารเพียงไม่กี่นายที่คอยช่วยเหลือตำรวจในการควบคุมผู้ประท้วงที่มหาวิทยาลัยมูฮัมมาดิยาห์ โดยส่วนใหญ่แล้ว กองทัพบรรยายถึงความรุนแรงว่า "ในแง่ของฝูงชนที่คลุ้มคลั่ง กระทำการอย่างควบคุมไม่ได้และเกิดขึ้นเองโดยธรรมชาติ มีจำนวนมากกว่ากองกำลังรักษาความปลอดภัย" ^{[ 41 ]}

สุนทรพจน์ลาออกของซูฮาร์โต

ประธานาธิบดีซูฮาร์โตลาออกจากตำแหน่ง ทางด้านซ้ายของเขาในภาพด้านหน้า สวมชุดคลุม คือ ประธานศาลสูงสุดสารวาตาและทางด้านขวาของเขาในภาพด้านหน้า คือ รองประธานาธิบดีบีเจ ฮาบิบี
วันที่	21 พฤษภาคม 2541  ( 1998-05-21 )
เวลา	9:00 น. ( เวลาอินโดนีเซียตะวันตก , UTC+07:00 )
ระยะเวลา	4 นาที
สถานที่จัดงาน	ห้องรับรองเอกสารพระราชวังเมอร์เดกา
ที่ตั้ง	จาการ์ตาอินโดนีเซีย
ผู้เข้าร่วม	ซูฮาร์โต

พิธีสาบานตนเข้ารับตำแหน่งประธานาธิบดีของ บีเจ ฮาบิบี

ประธานาธิบดี บีเจ ฮาบิบี กล่าวคำปฏิญาณตนเข้ารับตำแหน่งประธานาธิบดี
วันที่	21  พฤษภาคม 2541  ( 1998-05-21 )
ที่ตั้ง	พระราชวังเมอร์เดกาจาการ์ตา
ผู้เข้าร่วม	บีเจ ฮาบิบีประธานาธิบดีคนที่ 3 ของอินโดนีเซีย — เข้ารับตำแหน่ง ซูฮาร์โตประธานาธิบดีคนที่ 2 ของอินโดนีเซีย — ออกจากตำแหน่ง

หลังจากการจลาจล ในวันที่ 18 พฤษภาคม ผู้สนับสนุนซูฮาร์โตและประธานสภาผู้แทนราษฎรฮาร์โมโกได้เรียกร้องให้ซูฮาร์โตลาออกจากตำแหน่งประธานาธิบดีภายในห้าวัน ในการแถลงข่าว ซึ่งสร้างความประหลาดใจอย่างมากแก่หลายคน รวมถึงตัวซูฮาร์โตเองและผู้สนับสนุนคนอื่นๆ ของซูฮาร์โต ซูฮาร์โตเองมองว่าคำขอของฮาร์โมโกเป็นการทรยศ และผู้สนับสนุนเรียกฮาร์โมโกว่า "บรูตุส" ซึ่งเป็นการอ้างอิงถึงวุฒิสมาชิกโรมันมาร์คัส จูเนียส บรูตุส ผู้สังหาร จูเลียส ซีซาร์ ลุงของเขา^{[ 42 ]}ในขณะเดียวกันอาเมียน ไรส์ผู้นำองค์กรอิสลามมูฮัมมาดิยาห์ประกาศว่าจะจัดการเดินขบวนของผู้สนับสนุนหนึ่งล้านคนเพื่อเรียกร้องให้ซูฮาร์โตลาออก การเดินขบวนนี้วางแผนไว้สำหรับวันที่ 20 พฤษภาคม ซึ่งเป็นวันเฉลิมฉลองการตื่นรู้แห่งชาติ ของอินโดนีเซีย ในช่วงเย็นของวันที่ 18 พฤษภาคม นูร์โชลิช มาจิดปัญญาชนมุสลิมผู้ทรงอิทธิพลซึ่งได้จัดการประชุมต่างๆ กับนายพลและพลเรือน ได้พบกับซูฮาร์โต การประชุมสิ้นสุดลงโดยซูฮาร์โตแจ้งนูร์โชลิชถึงความตั้งใจที่จะลาออก "โดยเร็วที่สุด" หลังจากการประชุมกับผู้นำมุสลิม การประชุมสองชั่วโมงนี้เกิดขึ้นในเช้าวันที่ 19 พฤษภาคม หลังจากนั้น ซูฮาร์โตประกาศต่อประชาชนว่าเขาจะปรับคณะรัฐมนตรีและจัดตั้งคณะกรรมการปฏิรูปเพื่อวางแผนการเลือกตั้งใหม่^{[ 43 ] [ 44 ]}

หลังจากได้รับคำเตือนจากพันธมิตรของประโบโวถึงความเป็นไปได้ที่จะเกิดการนองเลือด อาเมียน ไรส์จึงสั่งยุติการชุมนุม ในวันที่ 20 พฤษภาคม มีการแสดงแสนยานุภาพครั้งใหญ่จากกองทัพ โดยมีทหารและรถหุ้มเกราะอยู่บนท้องถนนในจาการ์ตา ประโบโวต้องการตอบโต้ผู้ประท้วงอย่างเด็ดขาด แต่วิรันโตตระหนักว่ายุคของซูฮาร์โตกำลังจะสิ้นสุดลงและเปิดรับข้อเรียกร้องของนักศึกษามากกว่า ตามแหล่งข่าวของจาการ์ตาโพสต์วิรันโตได้ไปเยี่ยมซูฮาร์โตที่บ้านและขอให้ประธานาธิบดีลาออก ในวันเดียวกันนั้น พันธมิตรบางส่วนของซูฮาร์โตปฏิเสธที่จะเข้าร่วมคณะรัฐมนตรีชุดใหม่ เมื่อเผชิญกับภัยคุกคามจากการถอดถอนโดยฮาร์โมโก และได้รับจดหมายจากสมาชิกคณะรัฐมนตรี 14 คนที่ปฏิเสธการจัดตั้งคณะรัฐมนตรีชุดใหม่ ซูฮาร์โตจึงตัดสินใจลาออก เวลา 9.00 น. ของวันที่ 21 พฤษภาคม ซูฮาร์โตกล่าวสุนทรพจน์ลาออกสั้นๆ และถูกแทนที่โดยรองประธานาธิบดีบีเจ ฮาบิบีทันที^{[ 45 ] [ 46 ]}มีรายงานว่า ในช่วงค่ำของวันที่ 21 พฤษภาคม ปราโบโวได้เดินทางมาถึงทำเนียบประธานาธิบดีและเรียกร้องให้ตนเองได้รับการแต่งตั้งเป็นหัวหน้ากองทัพ และให้วิรันโตถูกปลดออกจากตำแหน่งหัวหน้ากองกำลังติดอาวุธ มีรายงานว่าฮาบิบีหลบหนีออกจากทำเนียบประธานาธิบดีได้สำเร็จ ในวันถัดมา ปราโบโวถูกปลดออกจากตำแหน่งหัวหน้ากองบัญชาการทหาร วิรันโตยังคงดำรงตำแหน่งหัวหน้ากองกำลังติดอาวุธ และกองกำลังของเขาก็เริ่มนำตัวนักศึกษาออกจากอาคารรัฐสภา^{[ 47 ]}